Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397549.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_574.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8472
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 510 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1049 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 582--2261 Score: 1479
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
572 ATGTTTTCCA
* * * * * *
582 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACCAAATATGTAAAAACATTCAGCTTAAAACCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * *
647 ATAAGTTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACTTGAGTAATTATAAATAG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * **
712 ACTTTT-TGTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCT
131 ACTTTTCT-TGCT-AATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTAG
* * *** * *
753 TGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAGTAAAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * *
817 GTGAGATTATGAAATCATTTAAAGCAACTAGTAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
*
882 ACTTTTCTCT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTAG
131 ACTTTTCT-TGCTAATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTAG
* * * * * *
923 AGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
988 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATCG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* *
1053 ACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTG
131 ACTTTTCTTGCTAATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTAG
* ** *
1094 AGGTAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
1158 TATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATAG-TTTCAAAGGTATGAGAGACTATATAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * *
1222 AGATTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCT-G
129 GGACTTTTCT-TGCTAATGGATGTCTTTTGCTTCAC-GTTTCTAG
* * * * * * * * * * * *
1265 AGGCAAACATTTAATTATAGTATATTTTAACTAACAATATAAAAATATTTAACTAAAAATCGATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
1330 ATAAGATTATAAAACCATTTGAAA-CGAGCAATAAAGCTTTCAAAGGC-TTAGGTGACAATAAAT
66 ATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAAT
* * * * *
1393 GGACTTTTCTTCCCAATGAATAGT-TTTTTCTTAACGTTT-TAAG
129 GGACTTTTCTTGCTAATGGAT-GTCTTTTGCTTCACGTTTCT-AG
* * * * * *
1436 AGGCACACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAATAATATAAGAAAATTCAACTCAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * *
1500 TATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAGG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * *
1564 GACATTTCTTACCAATGGATGGT-TTTTTCTTGACGTTTTCCT--
130 GACTTTTCTTGCTAATGGAT-GTCTTTTGCTTCACG-TTT-CTAG
* * * * *
1606 AGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAGAAAAATTCAACTTAAAGTTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** ** * *
1670 ATAAGATTATAAAACCACGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
1735 TCTTTTCTTTCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGGTTCATA-
131 ACTTTTCTTGCTAATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTTC-TAG
* * * ** * *
1776 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1840 ATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCAT-AGGTAACTATAAAC
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGA-GTGACTATAAAT
** * * *
1903 GGACTTCACTTGCCAATGGATGGT-TATTT-CTTTACATTTCTCA-
129 GGACTTTTCTTGCTAATGGAT-GTCT-TTTGCTTCACGTTTCT-AG
* * * * * *
1946 AGGTAGGCATCCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
2011 ATGAGATTATAAAAGCATTTACACCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * *
2076 ACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCTTTT-CTTTACGTTTTCT-G
131 ACTTTTCTTGCTAATGGAT-GTCTTTTGCTTCACG-TTTCTAG
* * * * *
2117 ATGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAACTCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
2182 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
*
2247 ACTTTTCTTACTAAT
131 ACTTTTCTTGCTAAT
2262 AAATGGCTTT
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 233, Indels: 78
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 51 0.04
170 453 0.37
171 714 0.58
172 17 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCTAATGGATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTAG
Found at i:2105 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 576--2254 Score: 1553
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 337
566 TTTTTCATGT
* * * * *
576 TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACCAAATATGTAAAAACATTCAGCTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
640 ACCAATTATAAGTTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACTTGAGTAATTA
66 ATCAATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTA
* *
705 TAAATAGACTTTT-TGTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTTCT-TGGTAGACATTCAA
130 TAAATAGACTTTTCT-TGCT-AATGAATGGCTTTT-CTTCACG--TTTCTAAGGTAGACATTCAA
* * ** * *
767 TTATAATATATTTT-AGTAAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATGAAA
190 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
831 TCATTTAAAGCAACTAGTAATGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCTA
254 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCA
**
895 ATGGAT-GTCTTTTGCTTCATG
318 ATGGATGGT-TTTT-CTTCACA
* * * * *
916 TTTCT-AGAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAA
1 TTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
980 AATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGACT
65 AATCAATTATAAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACT
* * *
1045 ATAAATCGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
129 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT-CTTCACGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
1110 ATAA-CATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAAT
192 ATAATC-TGTTTTAAC-AAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
1174 CATTTAAAGCGAGTAATAATAG-TTTC-AAAG-GTATGAGAGACTATATATAGATTTTTCTCTCT
255 CATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAAGCATA-G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCC
*
1236 AATGGATGGCTTTTGCTTCACA
317 AATGGATGG-TTTTTCTTCACA
* * * * * * * * * * * *
1258 TTT-TCTGAGGCAAACATTTAATTATAGTATATTTTAACTAACAATATAAAAATATTTAACTAAA
1 TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
1322 AATCGATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAA-CGAGCAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAGGTGAC
65 AATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAC
* * * * ** * * *
1386 AATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATAGTTTTTTCTTAACGTTT-TAAGAGGCACACATTCAA
128 TATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GGCTTTTCTTCACGTTTCT-A-AGGTAGACATTCAA
* * * *
1450 TTATAATCTGTTTTAACAAATAATATAAGAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
190 TTATAATCTGTTTTAACAAA-AAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * *
1515 CCA-TTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAGGGACATTTCT-TACCA
254 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCA
* *
1578 ATGGATGGTTTTTTCTTGACG
318 ATGGATGG-TTTTTCTTCACA
* * * *
1599 TTT-TCCTAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATGTAGAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** **
1662 AGTTAATTATAAGATTATAAAACCACGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
65 AATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACT
* * * * * * * * *
1727 ATAAATGGTCTTTTCTTTCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGGTTCATAAGGCAAACATTCAATT
129 ATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATT
* *
1792 ATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
192 ATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * **
1857 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTAACTATAAACGGACTTCACT-TGCCAATG
257 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATG
*
1921 GATGGTTATTTCTTTACA
321 GATGGTT-TTTCTTCACA
* * * * * *
1939 TTTCTCAAGGTAGGCATCCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAT
1 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
2004 ATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTACACCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTA
66 ATCAATTATAAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTA
* * * *
2069 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCCTTTTCTTTACGTTTTCTGATGTAGATATTCAATTA
130 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGG-CTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGTAGACATTCAATTA
** * * * *
2134 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAACTCAATTATGAGATTATAAAACTA
193 TAATCTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
2199 TTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
257 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
2255 TACTAATAAA
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 194, Indels: 76
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 52 0.05
340 240 0.22
341 398 0.36
342 393 0.36
343 22 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATAAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGG
TTTTTCTTCACA
Found at i:2984 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2963--2995 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
2953 ATTTTAACAA
2963 AAAATTAAAAACAATT
1 AAAATTAAAAACAATT
*
2979 AAAATTAAAATCAATT
1 AAAATTAAAAACAATT
2995 A
1 A
2996 TGAGATNNNN
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTAAAAACAATT
Found at i:3788 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3447--4592 Score: 792
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 168
3437 NNNNNNNNTG
* * ** *
3447 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGTAATAAGACTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAAGAGTAATAAGGCTT
* * * *
3512 TTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AGATGGTTATTTCTTC-ATGTT
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGTT-TTTCTTCAAT-TT
* * * * *
3574 TCTCAAGGTAGACAATCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATA
127 TC-AAAGGCAAACATTCAATTATA-TCTATTTTAACTAAAAATA
* *
3618 TAAAAAAATTCAACCTGAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAAAGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAAGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
3683 CCGAAGGC-TCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCGATGGATGGTTTTTACTTCACATTTC
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTT-CTTCA-ATTTT
** * ** * *
3747 CCTAGGCAAATATTTGATTTTGATATATTTTAA-TCAAAAATA
128 CAAAGGCAAACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACT-AAAAATA
* ** * * * * * * *
3789 TAAAAAAATTAAATTTAAAATTAATTATAAAATTATAATATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
3854 TTGAAGGCTTCGA-TAACTGTAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCA-ATTTT
* * * * * *
3918 TAGAGGTAGACATTCCATTATCACCTATTTTAACTAAAAATA
128 CAAAGGCAAACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACTAAAAATA
* * * * *
3960 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGGAAGTAATAAGACCT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-AGTAATAAGGCTT
* * * * * * **
4025 TCGAAGGTAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTGCTAATGCATCTCTTTTTCTTCAAGTTTT
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCAA-TTTT
* * *
4089 CGAAGGCAAAGATTCAATTATATCCTATTTTAA-TAAAAAATG
128 CAAAGGCAAACATTCAATTATAT-CTATTTTAACT-AAAAATA
* * * ** *
4131 TAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGCAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAAGAGTAATAAGGCTT
* * ** * ***
4196 TCGAAGGCAT-GGGT-AGCTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATGGATTGCCATTTCTTCATATTT
65 TCGAAGGCATCGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGTTTTTCTTCA-ATTT
* ** * * * *
4259 CTC-GAGATAGACATTCAATTATAGTTTATTTTATCCAAAAATA
127 -TCAAAGGCAAACATTCAATTATA-TCTATTTTAACTAAAAATA
* * ** **
4302 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAGACTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAAGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
4367 TCGAAGG-TTTGGGTGGCTCTAAATGGACTTCTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTC-ATGTAT
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCAAT-T-T
** * * * * * * * *
4430 TCTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAGATG
127 TCAAAGGCAAACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACTAAAAATA
* * * * * * *
4473 T-AAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTT
1 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTT
* ** *
4537 TTGAACTCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
65 TCGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTT
4593 GCCAATGAAT
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 176, Indels: 69
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 116 0.15
171 622 0.81
172 22 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGCATCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCAATTTTCAA
AGGCAAACATTCAATTATATCTATTTTAACTAAAAATA
Found at i:3951 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3447--5098 Score: 1162
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
3437 NNNNNNNNTG
* * * * *
3447 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGTAATAAGACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
3512 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-AGATGG-TTATTTCTTCATGTTT
66 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGA-ATGGCTT-TTTCTTCATGTTT
* * * * * *
3575 CTCA-AGGTAGACAATCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTGAAGT
129 -TTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * *
3639 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAAAGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCTCGAGTGACTATA
193 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAAGAGTAATAAGGCTT-CGAAGG-TTGGGTGACTATA
* * * * * * ** *
3704 AATGGACTTTTCATGCCGATGGATGGT-TTTTACTTCACA-TTTCCCTAGGCAAATATTTGATTT
255 AATGGACTTTGCATGCCAATGCAT-CTCTTTTACTTCA-AGTTTCCCAAGGCAAAGATTCAATTA
*
3767 TGAT-ATATTTTAATCAAAAATA
318 T-ATCATATTTTAATAAAAAATA
* * * * * * * *
3789 TAAAAAAATTAAATTTAAAATTAATTATAAAATTATAATATCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
3854 TTGAAGGCTTCGATAACTGTAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
66 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
* *
3919 AGAGGTAGACATTCCATTATCA-CCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
131 AGAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * *
3983 ATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGGAAGTAATAAGACCTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA
195 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAG-AGTAATAAG-GCTTCGAAGGT-TGGGTGACTATAAA
* * * * * *
4048 TAGACTTTGCTTGCTAATGCATCTCTTTTTCTTCAAGTTTTCGAAGGCAAAGATTCAATTATATC
257 TGGACTTTGCATGCCAATGCATCTCTTTTACTTCAAGTTTCCCAAGGCAAAGATTCAATTATATC
* *
4113 CTATTTTAATAAAAAATG
322 ATATTTTAATAAAAAATA
* * *
4131 TAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGCAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** * *
4196 TCGAAGGCATGGGTAGCTATAAATGAACTTTTCTTGT-TAATGGATTGCCATTTCTTCATATTTC
66 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
* * * * * * *
4260 TCGAGATAGACATTCAATTATAGTTTATTTTATCCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCA
130 TAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* ** * *
4325 ATTATGAGATTATAAAAGTATTTAGACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGGCTCTAAA
195 ATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAAGAGTAATAAGGC-TTCGAAGG-TTGGGTGACTATAAA
* * ** ** * * ** * * *
4390 TGGACTTCT-CTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTATT-CTGAGGTAGATATTCAATTATA
257 TGGACTT-TGCATGCCAATGCATCTCTTTTACTTCAAGT-TTCCCAAGGCAAAGATTCAATTAT-
* * ** * *
4453 ATC-TGTTTGAACCAAAGATG
319 ATCATATTTTAATAAAAAATA
* * * * * *
4473 T-AAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * *
4537 TTGAACTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTGCCAATGAA
66 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTT--C-----A
* * * * *
4602 TGGCTTTTTCTTTATGGTTTCCATGGTAGATATTGAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA-AGTA
124 T-G----TT-TTTA--G-----A-GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATA-TA
* * * * * *
4666 AAAAATTTGAACTTAAAATCAACTGTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
174 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA-AGAGTAATAAGGC-TT
** * * * * *** ** ** ** *
4730 TAAAGGTACGAGTGATTATAAAATAGACTTTTTTTTATCAATGGC-TAGCTTTCGCTTCATGTTT
236 CGAAGGT-TGGGTGACTAT-AAATGGAC-TTTGCATGCCAAT-GCATCTCTTTTACTTCAAGTTT
** * * * * * *
4794 CTTGAA-GTAGATAATCAATTATAAT-ATATTTTAACAAAAAATG
297 C-CCAAGGCAAAGATTCAATTAT-ATCATATTTTAATAAAAAATA
* * * *
4837 TAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * *
4902 TCAAAGGCATGAGTGACTATTAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCC
66 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-T
* * * * * * * * *
4967 CA-AGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTTACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
130 TAGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * * * *
5031 ATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAGGTGACTATAAA
195 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-AGAGTAATAAGGC-TTC-GAAGGTTGGGTGACTATAAA
5096 TGG
257 TGG
5099 GGCTTTCGAA
Statistics
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0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
AGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGAGTAATAAGGCTTCGAAGGTTGGGTGACTATAAATGGA
CTTTGCATGCCAATGCATCTCTTTTACTTCAAGTTTCCCAAGGCAAAGATTCAATTATATCATAT
TTTAATAAAAAATA
Found at i:4589 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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4555 ATAAATGGAC
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1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCT
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1 TTTTCTT
4614 TATGGTTTCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTCTTGCCAATGAATGGCT
Found at i:5033 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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4576 ATGAATGGCT
* * * * * *
4586 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGGTTT-CCATGGTAGATATTGAATTATAATATGT
1 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTAT-GTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATAT
* * * *
4650 TTTAACTAAAAAAGT-AAAAAATTTGAACTTAAAATCAACTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
65 TTTAACTAAAATA-TAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
4714 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTACGAGTGATTATAAAATAGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCACGAGTGACTATAAAATAGAC
* * * * * * ** *
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1 -TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CCAAGGTAGATATTCAATTATAATATA
* * *
4822 TTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
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* * * *
4887 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-TAATGGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCACGAGTGACTATAAAATAGAC
* * *
4930 TTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATAT
* * *
4994 TTTAACTTACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGC
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129 GAGTAATAAGGCTTTCAAA
5078 AGCTTAGGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATT
TTAACTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTCAAAGGCACGAGTGACTATAAAATAGAC
Found at i:5091 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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4576 ATGAATGGCT
* * * * * * * *
4586 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGGTTT-CCATGGTAGATATTGAATTATAATATGT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATAT
* * *
4650 TTTAACTAAAAAAGT-AAAAAATTTGAACTTAAAATCAACTGTGAGATTATAAAA-TCATTTAAA
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* * * *
4713 GCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAG-GTACGAGTGATTATAAAATAGAC
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* * ** * * ** * * *
4758 TTTTTTTTATCAATGGCTAGCTTTCGCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGATAATCAATTATAATATA
1 -TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAAGGTAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
4822 TTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAAC-TAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * *
4887 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATTAATGGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
4930 TTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATAT
1 TTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATAT
* *
4994 TTTAACTTACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGC
65 TTTAAC-TAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* *
5059 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAG-GTGACTATAAATGGGGC
129 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAGAGTGACTATAAAT-GGAC
** * * * * * *
5102 -TTTCGAACCAATGAATGGCTTTTTCTTCCTGTTTCCTATGGGAAACATTCAATTGTAAT
1 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
5161 TTGTTTAAAT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 63, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATT
TTAACTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTCAAAAGCATAGAGTGACTATAAATGGAC
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Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 8.9 Consensus size: 342
5163 GTTTAAATTG
* * ** * * * * *
5173 ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATACTTTTGAAAGCTTGGGTGACTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
5238 TGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-GATTTTGCTTCATGTTTTCGAAGACAAATATTCCATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * *
5302 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
131 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
5367 AAGCGAGTAATAAAGCCTTT-GAAGGCATAG-GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCAT
196 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * * *
5430 GACTTTTCCTTCAAGTTTCCCT-GGGCAGACATTGAATTATATTCTATTTTAACCAAAAATATAA
260 GGCTTTTTCTTCATGTTT--CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA
*
5494 AAAAATTTGACTTAAAATCA
323 AAAAATTTAACTTAAAATCA
* * *
5514 ATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * * * * *
5579 TGGACTTTTCTTGCTAATGCATTGCTTTCTCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGACATTCATTTAT-AT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
5643 GCTGTTTTAACAAAAAAGGTATAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
131 -CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * ** *
5708 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTGAGTCACTATAAATGAAAATTTCTTACCAATGAAT
195 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
5772 GGCTTTTTCTTCATATTTATAGAGGTAGACATTTAAGTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
260 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
* *
5837 AACAATTCATCTTAAAATCA
324 AA-AATTTAACTTAAAATCA
* * * *
5857 ATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTAGGTCACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
* * *
5921 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGGTTCCTATA-GCAGACATTCAATTATA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATA
* * * *
5985 ATCTATTTTTAC-AGAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCA-
129 ATCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
6048 TTAAAGCAAGTACTTAGGCTTTCAAAGGCA-TAAGTGACTATAAAT-AGACTTCTCATGCCAACG
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** ** * **
6111 GATGGCTATTTCTTTC-TGTTTCTTGAGGTAGACATTCCGTTATAATCTGCTTGAAGAAAAAATG
257 AATGGCTTTTTC-TTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG
*
6175 TAAAAAAATTTAAC-TAAAATTA
320 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * *
6197 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * * * * *** *** * *
6262 TGGACTTTTCTTTCCAACGGATGGGTTTTGCTTCACAATTCTTGAGACAAATATTCAATT-TAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * *
6326 AT-TTTAAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
131 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
6389 AAACGAGTAACAAGGCTTTTATAGGC-TAT-AATGACTAT-AATGAACTTTTCATGCC-ATGGAT
196 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * * * * * *
6450 AGCTTTTACTTTATGTTTCTTAAGGTAAATATTTAAGTATATATATACTTT-ACTAAAAAAAGT-
260 GGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAAC-CAAAAATGTA
* * * *
6513 CAAAAATTCAACTTAATATTA
322 AAAAAATTTAACTTAAAATCA
* *
6534 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGCCTAGGTGAGTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
* * * * **** *
6598 AT-GAGCCTTTCTTGCAAATGAACAGCTTTTTCTTCACGTTTTTGGAGGTAAACATTCAATTATA
65 ATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * *
6662 ATATATTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATT
129 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** *
6727 TAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCA-TG-GTGACTATAAATGGA-TATTTCTTATCAATGG
194 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
6789 ATGGCTTTTACTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATACTTTAATCAAAAATGT-
258 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
6853 AAAAAATTTCAACTTAAAATCA
322 AAAAAATTT-AACTTAAAATCA
* *
6875 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCA-GTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAA
* * * * * * *
6939 ATGAACTTTT-TTAGCCAATAAAT-GACTTTTTTTTCACGGTTCCCATGGTAAACATTCAATTAT
65 ATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * * * * * *
7002 AATATATTTTAACTAACAATGTAAGACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTAT
128 AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* ** * * * * **
7067 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCCTTGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAAAA
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * * ** *
7130 AATAGTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAACCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
257 AATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT
*
7195 AAAAAAAATTTAACTTAAAGTCA
321 -AAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * *
7218 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAAGGCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * *
7283 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATAG--T-CCAATGGTAGATATTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAA-GGCAAACATTCAATTATA
* * *
7345 ATCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTCAGATTATAAAATCATT
129 ATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
7409 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAATG-GTAACTATAAATGGACTCTTT-TTGCCAATGA
194 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
7472 ATGGTTTTTTCTTCATGGTTTCCATGGCAAACATTCAATTATGATTTATTTTAATCC-AAAATGT
258 ATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAAATGT
* ** * *
7536 AGAGCAATTTAACTCAAAATTA
321 AAAAAAATTTAACTTAAAATCA
** * * * **
7558 ACAATGAGATGACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * ** * * * * * * *
7622 AGAACTGTTCTTGTTAATGGATGGATTTTTCTTCATCTTTTCGATGGCAAACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * * * *
7687 ATGTTTTAGCCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAATATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
131 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
7752 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGAGACTATAAAT-AGACTTTTTTTTGTCAATGAA
196 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGA-AC-TTTTCTTGCCAATGAA
* * * * ** *
7815 TAGCTTTTTCTTCACGGTTCCTATA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCCTAAATATA
259 TGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
** * * * *
7879 AAGCAATTCAACTCAAAGTTA
322 AAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * *
7900 ACTATGAGATGATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAA
* * * * * *
7964 AGGGAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATCTTT-TCAGAGGCAAACATTCAATTATA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTCAATTATA
* * * *
8027 ATCTGTTTTGAACCAAAAATGTTAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
129 ATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
8092 TTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCA-TCACTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATG
193 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATG
* * * * *
8155 GATGGCTTTTGCTTGATGTTTCTTGAGGTAGACATCCAATTATAAT
257 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAAT
8201 ATATCTAAAC
Statistics
Matches: 2206, Mismatches: 402, Indels: 157
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 2 0.00
336 45 0.02
337 175 0.08
338 46 0.02
339 63 0.03
340 302 0.14
341 568 0.26
342 600 0.27
343 386 0.17
344 19 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AATTTAACTTAAAATCA
Found at i:6146 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5173--8200 Score: 2366
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 171
5163 GTTTAAATTG
* * ** * * * *
5173 ATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATACTTTTGAAA-GCTTGGGTGACTGTAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATAGGTGACTATAA
* * * * * * * *
5237 AT-GAACTTTTCTTGCTAATGAAT-GATTTTGC-TTCATGTTT-TCGAAGACAAATATTCCATTA
65 ATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTG-AGGCAGACATTCAATTA
* * *
5298 TAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
128 TAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
5343 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCCTTT-GAAGGCATAGGTAACTATAA
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* * * * * * *
5407 ATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGAC-TTTTCCTTCAAGTTTCCCTG-GGCAGACATTGAATTAT
65 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTT-CTTGAGGCAGACATTCAATTAT
* * **
5470 ATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCA
129 AATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
5514 ATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
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* * * * *
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5921 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-TTCATGGTTCCTAT-A-GCAGACATTCAATTA
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6156 TCTGCTTGAAGAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATTA
131 TCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
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6197 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
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6534 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGCCTAGGTGAGTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATAGGTGACTATAA
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128 TAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
6705 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
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6769 TGGA-TATTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
66 TAGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATA
* * *
6832 ATATACTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCA
130 ATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
6875 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCA-GTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAA
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6939 AT-GAACTTTT-TTAGCCAATAAATGACTTTTT-TTTCACGGTTC-CCATGGTAAACATTCAATT
65 ATAG-ACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATT
* * * * * *
7000 ATAATATATTTTAACTAACAATGTAAGACAATTTAACTTAAAATTA
127 ATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * ** * * *
7046 ATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * ** * * * * **
7111 TAGACTTTTCTTACTAAAAAATAGTTTTTTC-TTCACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAACCATA
66 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAATTATA
* * *
7174 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAGTCA
130 ATCTATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
7218 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTACAAAGGCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * ** * *
7283 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC-TTCATAG--TC-CAATGGTAGATATTCAATTAT
66 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCAT-GTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATTAT
*
7344 AATCT-GTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
129 AATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
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7387 ATTGTCAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-ATGGTAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATA-GGTGACTATAA
* * * *
7451 ATGGACTCTTT-TTGCCAATGAATGGTTTTTTC-TTCATGGTTTC--CATGGCAAACATTCAATT
65 ATAGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCAT-GTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATT
* * * * ** * * *
7512 ATGATTTATTTTAATCCAAAATGTAGAGCAATTTAACTCAAAATTA
127 ATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
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7558 ACAATGAGATGACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGCAT-GGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
* ** * * * * *
7622 -AGAACTGTTCTTGTTAATGGATGGATTTTTC-TTCATCTTT-TCGATGGCAAACATTCAATTAT
66 TAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTGA-GGCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
7684 AATATGTTTTAGCCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAATATTA
129 AATCTATTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
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7728 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGAGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAA
* * * * *
7792 ATAGACTTTTTTTTGTCAATGAATAGCTTTTTC-TTCACGGTTCCTAT-A-GCAGACATTCAATT
65 ATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCA-TGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAATT
** * ** * * *
7854 ATAATCTATTTTAACCCTAAATATAAAGCAATTCAACTCAAAGTTA
127 ATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
7900 ACTATGAGATGATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAA
** * * * * *
7964 AGGGAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTC-TTCATCTTT-TCAGAGGCAAACATTCAATTAT
65 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAATTAT
* * *
8026 AATCTGTTTTGAACCAAAAATGTTAAATAATTCAACTTAAAATCA
129 AATCTATTTT-AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
8071 ATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATCA-CTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAA
* * * * *
8135 AT-GAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGC-TTGATGTTTCTTGAGGTAGACATCCAATTA
65 ATAG-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTA
8197 TAAT
128 TAAT
8201 ATATCTAAAC
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 437, Indels: 218
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 30 0.01
167 41 0.02
168 62 0.03
169 234 0.10
170 656 0.28
171 838 0.36
172 432 0.19
173 16 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAA
TCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Done.