Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400217.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3428.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4602
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.07, T:0.22
Warning! 1919 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1424 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1136--2098 Score: 1131
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
1126 TACTACTTGG
* * * * *
1136 TTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
1201 AGACTATAATTAAATGTCTACCTCGATAAAGGTGCATAAA-AAGCATTTCATTGAGAAGAAAAGT
65 ATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCA-TTCATTGAGAAGAAAAGT
* * *
1265 CCATTTATAGTCATCCATTCCTACAAAAGGCTTATTACTCGC
129 CCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* *
1307 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATACTTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAAC
* * * *
1372 ATACTATAATTGAATATTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
65 ATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
* * * * *
1437 CATTTAGAGTCATCCATTCCTTC-AAAGCCTTACTACTTGG
130 CATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* *
1477 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATATTTTTATATTTGTTG-TTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTT-TTGATTAAAA
* * * * * *
1541 CAGACTATAATTGACTGT-TTCCTCAAGAAACATGCA-AAA-AAGCTACTT-ATTAAGAAGAAAA
64 CATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGC-A-TTCATTGAGAAGAAAA
* ** * *
1602 GTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTTAAGAGGCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * * *
1646 TTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAAC
*
1711 ATACTATAATTGAATGTCTACC-CGGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAG
65 ATACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAG
* * * *
1774 TCAATTTAGAGTTACCCATTCCTTCAAAAAGTTTATTACTCGC
128 TCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * * *
1817 TTTAAATAGTTTTCA-AACCTCATAATTGATTTTAAG-TAGGATTTTTTAAAATTTTTGATTAAA
1 TTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTT-ATATTTTTGATTAAA
** * *
1880 ACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCAATTG-TAAGAAAA
63 ACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTC-ATTGAGAAGAAAA
* *
1944 GTCAATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
* * * *
1988 TTTAAATGGTTTTCTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAAC
* *
2053 ATATTATGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCA
65 ATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCA
2099 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 89, Indels: 44
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 39 0.06
169 97 0.14
170 111 0.16
171 410 0.60
172 20 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACA
TACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
ATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC
Found at i:4049 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3683--4088 Score: 553
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
3673 NNNNNNNNNN
*
3683 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACG
* * *
3748 TAAAGAAACAAGCGTTCAATTGCAACAAAAGTCAATTTAGAGTCATCCATTTCTTCAAAAAGCTT
66 TAAAGAAACAAGCATTCAATTGCAACAAAAGTCAATTTAGAGTCATCCATTCCATCAAAAAGCTT
* * *
3813 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTT
131 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
3854 TAACTTGAATTTTTTTAAATTTTTGCTTAAAACATACTATAATTGAGTGTCTACTTTGAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACG
*
3919 TGAAGAAACAAGCATTCAATTGCAACAAAAGTCAATTTAGAGTCA-CTCATTCCATCAAAAAGCT
66 TAAAGAAACAAGCATTCAATTGCAACAAAAGTCAATTTAGAGTCATC-CATTCCATCAAAAAGCT
********
3983 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNN
130 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * * * * *
4025 NNAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACATACTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAAC
4089 ATGCAAAAAA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 30, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 203 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACG
TAAAGAAACAAGCATTCAATTGCAACAAAAGTCAATTTAGAGTCATCCATTCCATCAAAAAGCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Done.