Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400227.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3437.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4845
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.10, T:0.26
Warning! 1348 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:495 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1752 Score: 2070
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
* *
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
66 TTGAATTTGTTTTATA-TTTTAGGC-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACAT
66 TTGAATTT-TTTTATATTTTTA--CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACAT
* * *
129 GAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCGATTTATAGTCA
127 GAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * *** * *
173 CCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAACGATTTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAA-
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
237 TTG---TTTTTCAT-TTTTCA-TTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATAAA
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAA
*
297 GAAAAACACATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
130 GAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
338 ACCAAGCCTTCAAAATG-CTTATTACTCT-TTTCATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CCCAAGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
401 AGCTT-AATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCACTGGAAACAT
64 AG-TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAACAT
* * *
465 GAAGAAAAACATATTCATTAGCATGAAAAGCCCATTTATAGTCA
127 GAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * ** *
509 CCTAAGCCTTCAGAAGCCTTATCGCTCTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
574 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAACTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAA
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAA
* *
639 GAAAAACCCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
130 GAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * *
680 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
745 TTGAATTTTTTT-TATATTTTAGGC-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGTAAACAT
66 TTGAATTTTTTTATAT-TTTTA--CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACAT
* * **
808 GTAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTGATTTATAGTCA
127 GAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * ** * * *
852 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAACGATTTTATGGTCTTAAAAATGATTTTAA-
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
916 TT--A---TTTTACATTTTT-CATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTCGAGAAACATG
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTAC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-G-GAAACATG
*
974 AAGAAAAACACATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
128 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
1017 CCCAAGCCTTCAAAATG-CTTATTACTCTCTTCATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 CCCAAGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ***
1081 GCTT-AA-TTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCACCAGAAACATG
65 G-TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAACATG
* * *
1144 AAGAAAAACACATTCATTGCCATGGAAAGCCCATTTATAGTCA
128 AAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * * *
1187 CCGAAGCCTTTAGAAGCCTTATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ** * *
1252 TTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAACTGAATGTTT-CCTTGGGAAACATGAA
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAA
* * * *
1316 GAAAAACCCATTCACTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGT--
130 GAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
*
1355 --C-A-CC--C--AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
1412 TTGAATTTTTTT-TATATTTTAGGC-TAAAACAGATTATAATTAAATGCTTGCCTTGGAAAACAT
66 TTGAATTTTTTTATAT-TTTTA--CTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACAT
*
1475 GAAGAAAAA-ATTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCA
127 GAAGAAAAACA--CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
1520 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCA-AACTTGATTTTAA
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAA
* * * ** * *
1584 GTTGAATTTTGTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGGTTGTTTGACTTTGGAAAGATGA
65 GTTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGAAACATGA
* * *
1649 AGAAAAACCCATTCATTGGCAGGAAAAGCCTATTTATAGTCA
129 AGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
1691 CCGAAGCCTTCAAGAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1348, Mismatches: 171, Indels: 123
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 63 0.05
161 23 0.02
162 19 0.01
163 28 0.02
164 9 0.01
165 246 0.18
166 11 0.01
167 16 0.01
168 4 0.00
169 13 0.01
170 198 0.15
171 415 0.31
172 230 0.17
173 68 0.05
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAG
AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
Found at i:1109 original size:507 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--1752 Score: 2128
Period size: 507 Copynumber: 3.5 Consensus size: 506
* *
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
66 TTGAATTTGTTTTATA-TTTTAGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATG
66 TTGAATTT-TTTTATATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATG
* * *
130 AAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTAT
129 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *** * * *
195 TACTCTCTTTAAACGATTTTATGGCCTTAAAATTGATTTTAA-TTG--TTTTTCAT-TTTTCA--
194 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTT-AGG
* * * * *
254 TTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGGAAG
258 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
* * *
319 AAAAGCCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAATGCTTATTACTCT-TTTCATATGGTTTTATA
322 AAAAG-CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA-GCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATA
* *
383 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAATTTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATG
384 ATCTCATAAATGATTTTAAG-TTAA--TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* ** * * *
448 TTTACCACTG-GAAACATGAAGAAAAACATATTCATTAGCATGAAAAGCCCATTTATAGTCA
446 TTTGCTTC-GAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * ** *
509 CCTAAGCCTTCAGAAGCCTTATCGCTCTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
574 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAACTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAA
66 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAA
* *
639 GAAAAACCCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTTTTA
131 GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
704 CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGGC
196 CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTAGGT
*
769 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGTAAACATGTAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
259 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
* * **
834 AAAGCTGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAACGATTTTATGGT
323 AAAGCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-TTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
899 CTTAAAAATGATTTTAA-TT-A-TTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
386 CTCATAAATGATTTTAAGTTAATTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG
*
960 CTTCGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
450 CTTCGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
1017 CCCAAGCCTTCAAAATG-CTTATTACTCTCTTCATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 CCCAAGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ***
1081 GCTT-AA-TTTTTTATATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-ACCAGAAACA
65 G-TTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACA
* * * * * * *
1142 TGAAGAAAAACACATTCATTGCCATGGAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTTAGAAGCCTT
127 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
1207 ATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATTTTT
192 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTATATTTTA
* * * *
1272 GGTTAAAACAGATTGTAACTGAATGTTT-CCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGTA
256 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCA
1336 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAG----C-----CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
320 AGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1392 ATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGGCTAAAACAGATTATAATTAAAT
384 ATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AA-TTTTTATAT-TTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * *
1457 GCTTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAA-ATTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCA
445 GTTTG-CTTCGAGAAACATGAAGAAAAACA--CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* *
1520 CCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCA-AACTTGATTTTAA
1 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAA
* * ** * *
1584 GTTGAATTTTGTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGGTTGTTTGACTTTGG-AAAGATG
65 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGAAAACATG
* * * *
1648 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAGGAAAAGCCTATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAGAGCCTTAT
129 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
1713 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
194 TACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1753 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 130, Indels: 84
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
495 39 0.04
496 3 0.00
498 1 0.00
500 7 0.01
501 6 0.01
502 43 0.04
503 94 0.09
504 137 0.13
505 56 0.05
506 43 0.04
507 279 0.26
508 220 0.20
509 4 0.00
511 1 0.00
512 10 0.01
513 8 0.01
514 120 0.11
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAA
GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGGTTA
AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAA
GCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AAATGATTTTAAGTTAATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTTCGA
GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
Found at i:3380 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2963--3401 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
2953 TATTCCTTCT
* *
2963 GAAACATGAAGAAAATACTATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAA-ACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
* * * *
3028 AGCATTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATGGCCTTAAATATTATTTTAAGTTTAATTATTTTAC
65 AGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGCCGTAAATATTATTTTAAGTTGAATTATTTTAC
* ** * * **
3093 ATTTTTGTTTAAAACAGATTGTAAGTGAATGTTTTCTTTGA
130 ATTGTTGGCTAAAACAGATTGCAAGTGAATGTTTACTTCAA
* * * * ******
3134 GAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGACAAGAAACGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCNNNNNN
1 GAAACATGAAGAAAAACA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
**** * *
3199 NNNNTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAGCGGTAAACTA-TATTTTAAGTTGAATT-TTATT
65 AGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGCCGTAAA-TATTATTTTAAGTTGAATTATT-TT
* *
3262 ACATTGTTGGCTGAAACAGATTGCAATTGAATGTTTGAC-TCAA
128 ACATTGTTGGCTAAAACAGATTGCAAGTGAATGTTT-ACTTCAA
* * * *
3305 GAAACAGGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACATTCACCTAACCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAA-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
* * *
3370 AGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAG
65 AGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAG
3402 TCTCATAATT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 52, Indels: 10
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 204 0.97
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAACAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA
GCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGCCGTAAATATTATTTTAAGTTGAATTATTTTACA
TTGTTGGCTAAAACAGATTGCAAGTGAATGTTTACTTCAA
Found at i:3516 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3475--3516 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
3465 AAAAATATGG
*
3475 AGAAAAACCCATTCATTGTCA
1 AGAAAAACCCATTCATAGTCA
* *
3496 AGAAAAGCCCATTTATAGTCA
1 AGAAAAACCCATTCATAGTCA
3517 CCCAAGCCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.21, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
AGAAAAACCCATTCATAGTCA
Done.