Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397551.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3484.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1583 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1658 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1165--4382 Score: 3152
Period size: 171 Copynumber: 18.8 Consensus size: 170
1155 NNNNNNNNNN
* * * *
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1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-A
* * * * * *
1229 AGGAAAACATTCAACTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAATACATTCCATTTAAAATCAAT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAAT
** * * ** **
1294 TATG-GGATTACGAAACCATTTAAA-ACAAGTAGTTTGGCTTTCA
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** * * *** * * * *
1337 AAGGAATGGGTGAGTATAATTTAACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTAATGTTTTCCAA
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* * * * * *
1402 GGCGAACATTCAATTACAATTTGTTTTGACATAAAAA-GTAAAAAATTAAACTTACAATCAATTA
66 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * * *
1466 CAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTA
130 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *** *
1507 AAGGATTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCGTACCAATGAATAACTTTTT-TCTCCTGTTTTCTA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCT-TCATGTTTTCTA
* *
1571 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
**
1636 ATGAGGTTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
1678 AAGGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTATTCTTACCAATAAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATC-A
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCTA
* * * *
1742 AGGCAAATATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** ** *
1807 TTAAGCCTATACGACCATTTAAAGAGGGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
1849 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGGCAATGAATGGG-TTTTCTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * *
1913 GGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAATGTTAAACTTAAAATCAATTT
66 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * *
1978 TAAGGCTATAAAACTGTTGAAAGAGATTAATAAAGCTTTTG
130 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
** *
2019 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATGTTTTTCTTTATG-TTTCTCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-A
* * * *
2083 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGTTAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
2148 ATG-GGATTATAAAACCATTTAAA-AGAAGTAGTAAGGGTTTCG
129 ATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * * * *
2190 AAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCAAATAAATAGATTTTTCTTC-TCGTTTTCCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-GTTTTCTA
* * * ** * * **
2254 AGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTCAC-ATAAAATACAAAAAATTTAACTAAAAATCAAGA
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
2318 ATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATATGGCTTTTA
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** * **
2360 AAGGATTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCGTACCAATGAATGACTTTTTCCTCACATTTTCTAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * * *
2425 GGTAAACATAT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTACGAAAGTTCAACTTAAAATTACTT
66 GGCAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
2489 ATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
2531 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAGTGGTTTTTTCTTCATG-TTTCTTG
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTC-TA
* * *
2595 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTGAAAATCAAT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
2660 TATG-GGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
128 TATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
2703 AAGACTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTATC-A
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCTA
* * *
2767 AGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAACCAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
2832 TTAAGGCTATAAAATCGTTTAAAGATA-T-ATAAGGCTTTTG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * ** * * *
2872 AGGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCGTTAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTCCTAG
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * *
2937 GGTAAACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAAGTTAAAATAAATTA
66 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** *
3002 TGAAATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG
130 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
3043 -ACGCCTGTGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTT-TCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-A
* * * *
3106 AGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAACAATCTAAAGAAATTAAACTTCAAATCAAT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
3171 T-TTATGGCTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAAGAAGGCTTTTG
128 TATGA-GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
3214 AAGGCTTAGGTAACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * **
3279 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAATCATTCAGCGTAAAATCGTTT
66 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
3344 ATG-GGACTACAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTA
129 ATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
3386 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATG-TTTCTCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * * *
3450 GGACATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACTTTAAACCTGAAATCAA-T
66 GG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ***
3514 ATTAAGGCTATAAAACCATTTATAGAGGGTAATAAGGCTTCCA
129 A-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
3557 AAGGCTTAGGTGAATAGAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGTTTCCCT-
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCTA
* * * *
3621 AGGCAAACATGCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAAGGTAAAAACACTCAACTTAAAATCAAT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** * * * *
3685 TGTGAGATTATTAAATTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCATTCG
128 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
** * ** *
3728 AAGGCTTACGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTAGTTTTTCTTCATG-TTTCACA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTC-TA
* * * **
3792 AGGTAAACAATCAATTATAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACCCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
3857 TTGAGAG-TATAAAACCATTTAAAAAGAGTTATAAGGCTTTTG
129 ATGAG-GTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
3899 AAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGGTTTTTTCTTCATGTTTCCAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGGTTTTTCTTCATGTTTTCTA
*
3964 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** *
4029 ATGAAATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *** * *
4071 AAGACTTGAGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTATGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
* * * *
4136 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTTCAAATCAATT
66 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
4201 -TTATGGTTATAAAATCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
129 ATGA-GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
4243 AAAGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGG-TTTTCTTCATG-TTTCTCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCT-A
* ** * * * * *
4306 TGGCAAACATTTGATTATAATCTATTTTGACCAAATATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
4371 ATGAGGTAATAA
129 ATGAGGTTATAA
4383 GGGTTTNNNN
Statistics
Matches: 2499, Mismatches: 476, Indels: 144
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 149 0.06
170 540 0.22
171 1099 0.44
172 686 0.27
173 22 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA
GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:1942 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1165--4382 Score: 3236
Period size: 341 Copynumber: 9.4 Consensus size: 340
1155 NNNNNNNNNN
* * * *
1165 AAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT-CTTCATGTTTCCCAA
* * * * * *
1230 GGAAAACATTCAACTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAATACATTCCATTTAAAATCAATT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATT
** * * ** ** ** * *
1295 ATG-GGATTACGAAACCATTTAAA-ACAAGTAGTTTGGCTTTCAAAGGAATGGGTGAGTATAATT
129 ATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
*** * * * *
1358 TAACTTTTCTTGCCAAT-AAATGGCTTTTTCTTAATGTTT-TCCAAGGCGAACATTCAATTACAA
192 GGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTAT-CAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * ** *
1421 TTTGTTTTGA-CATAAAAAGTAAAAAATTAAACTTACAATCAATTACAAGGTTATAAAACCATTT
255 TCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTT
* * *
1485 AAAGCGAGCAATAAGGCTTTTA
319 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *** * * * *
1507 AAGGATTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCGTACCAATGAATAACTTTTTTCTCCTGTTTTCTAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCT-TCATGTTTCCCAA
* *
1572 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAGAAA-GTTCAACTTAAAATCAATT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATT
** *
1636 ATGAGGTTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTGG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
1701 GCTATTCTTACCAATAAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAATATTTAATTATAATATG
194 GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * **
1766 TTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGCCTATACGACCATTTAAAG
259 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAG
*
1831 AGGGTAATAAGGCTTTTG
323 AGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
1849 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGGCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
* * * ** * *
1914 GCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAATGTTAAACTTAAAATCAATTTT
66 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
1979 AAGGCTATAAAACTGTTGAAAGAGATTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
131 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* *
2044 TTTTCTTGCCAATGAATAT-GTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
196 TTTTCTTGCCAATGAAT-TGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
2108 TTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGTTAATTAT-GGGATTATAAAACCATTTAAA-
260 TTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGG-CTATAAAACCATTTAAAG
* * *
2171 AGAAGTAGTAAGGGTTTCG
323 AG-AGTAATAAGGCTTTTG
** * * * * ** *
2190 AAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCAAATAAATAGATTTTTCTTC-TCGTTTTCCA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGGTTTTCTTCAT-GTTTCCCA
* * * ** * * *
2254 AGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTCAC-ATAAAATACAAAAA-ATTTAACTAAAAATCAAG
64 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
2317 AATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATATGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTATAAATT
128 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
* * * * ** *
2382 GGCTTTTCGTACCAATGAA-TGACTTTTTCCTCACATTT-TCTAAGGTAAACATAT-AATTATAA
193 GGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTATC-AAGGCAAACAT-TCAATTATAA
* * * * * * * * * * *
2444 TCTGTTTTAACCAAAAACGTACGAAAGTTCAACTTAAAATTACTTATGAGGTTACAAAATCATTT
255 TCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTT
*
2509 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTCG
319 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ***
2531 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAGTGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-GTTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * *
2596 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAACCATTCAGCTGAAAATCAATT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-CATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
2661 ATG-GGATTACAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAGGTGACTATAAATG
129 ATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
* * *
2725 GGCTTTTCTTGTCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCAGGTTTATCAAGGGAAACATTCAATTATAATC
193 GGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * *
2789 TGTTTTAACTAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAACCAATTTTAAGGCTATAAAATCGTTTAA
257 TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAA
*
2854 AGATA-T-ATAAGGCTTTTG
321 AGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * ** * *
2872 AGGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCGTTAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTCCTAG
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TCTTCATGTTTCCCAA
* * * *
2937 GGTAAACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAA-ATTCAAGTTAAAATAAATT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
** * * * *
3001 ATGAAATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTG-ACGCCTGTGTGACTATAAATGG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
3065 GCTTTTTTTGCGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTG
194 GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
3130 TTTTAACTAAACAATCTAAAGAAATTAAACTTCAAATCAATTTTATGGCTATAAAATCATTTAAA
259 TTTTAACCAAA-AATGTAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAA
* *
3195 AAGAGTAAGAAGGCTTTTG
322 GAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ***
3214 AAGGCTTAGGTAACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTCTCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TCTTCATGTTTCCCAA
* * * **
3279 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAATCATTCAGCGTAAAATCGTTT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-CATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
3344 ATG-GGACTACAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
129 ATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
* * *
3407 GGGCTTTGCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGACATACATTCAATTATAAT
192 GGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGG-CAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
3471 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACTTTAAACCTGAAATCAATATTAAGGCTATAAAACCATTTA
256 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTA
* * ***
3536 TAGAGGGTAATAAGGCTTCCA
320 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
3557 AAGGCTTAGGTGAATAGAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGTTTCCCTA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG-TTTTCTTCATGTTTCCCAA
* * * *
3622 GGCAAACATGCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAAGGTAAAAACACTCAACTTAAAATCAATT
65 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * * * **
3686 GTGAGATTATTAAATTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTACGTGACTATAAATGG
129 ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * *
3751 GCTTTTCTTACCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCA-CAAGGTAAACAATCAATTATAAATC
194 GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTT-ATCAAGGCAAACATTCAATTAT-AATC
*** *
3815 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACCCAACTTAAAATCAATTTTGAGAG-TATAAAACCATTTAA
257 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAG-GCTATAAAACCATTTAA
* *
3879 AAAGAGTTATAAGGCTTTTG
321 AGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
3899 AAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGGTTTTTTCTTCATGTTTCCAA
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GG-GTTTTCTTCATGTTTCCCA
*
3964 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAA-ATTCAACTTAAAATAAAT
64 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * *
4028 TATGAAATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGAGTGAGTATAAATG
128 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
*** * * *
4093 GGCTTTTCTTATGAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
193 GGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
4158 ATTTTAACAAAAAAATGTAAAGAAATTAAACTTCAAATCAATTTTATGGTTATAAAATCGTTTAA
258 GTTTTAAC-CAAAAATGTAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAA
4223 AGAGAGTAATAAGGCTTTTG
321 AGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
4243 AAAGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTCTCATG
1 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
** * * * * *
4308 GCAAACATTTGATTATAATCTATTTTGACCAAATATGTGAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTA
66 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
*
4372 TGAGGTAATAA
130 TGAGGTTATAA
4383 GGGTTTNNNN
Statistics
Matches: 2377, Mismatches: 437, Indels: 124
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 85 0.04
340 110 0.05
341 764 0.32
342 655 0.28
343 580 0.24
344 183 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
TTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGA
GTAATAAGGCTTTTG
Found at i:5317 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4991--5394 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
4981 ATTTTGAGGC
* * *
4991 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTCGGCGACTATAAATGGGCTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCTTAGGTGACTATAAAT-GGCTTTTC
* * * *
5056 TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
64 TTGCCAATGAATGGGTCTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTAAC
* ********** *
5121 TAAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
129 CAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * * *
5162 TATAAAACCAGTTGAAGAGAGTAATAAGGCTATTAAACGCTTAGGTGACTATAAATGAGCTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCTTAGGTGACTATAAATG-GCTTTTC
* * *
5227 TTGCGAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTCCA-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
64 TTGCCAATGAATGGGTCTTTCTTCATGTTT-CATAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTAA
* * *
5291 CCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTAAGGT
128 CCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* *
5333 TATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAATAAGACTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGCTTT
1 TATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGACTTTTGAAG-CTTAGGTGACTATAAATGGCTTT
5395 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 37, Indels: 9
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
171 183 0.95
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGCTTAGGTGACTATAAATGGCTTTTCTT
GCCAATGAATGGGTCTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACCA
AAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
Found at i:6047 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5726--6235 Score: 636
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
5716 NNNNNNNNNN
*
5726 AAAAATGA-AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAAAGT
1 AAAAAT-ATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGA-TATAAAACCATTTAAAG-AAGT
* * * *
5789 GATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGGGACTATAAATGAGCTTTCCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
62 AATAAGGCTTTTGAA-GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCT
* *
5854 T-AAGTTTTGCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC
125 TCAAG-TTTACCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC
*
5898 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGATATAAAACCATTTAAAGA-AGTAAT
* * * * * *
5963 AAGGCTATTGAATGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCGAATGATTGTG-TCTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAA-GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGC-AATGAATG-GCTTTTTCTTC
* * * *
6027 ATGTTT-CCAACGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACC
127 AAGTTTACCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC
* *
6069 AAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGATATAAAACCATTTAAAG-AAGTAAT
* * * *
6134 AAGACTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAT-TGCTTTTCTTGCATTGAATGGCTTTTTTTTCAA
65 AAGGCTTTTGAAG-CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAA
6198 GTTTACCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
129 GTTTACCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
6236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 33, Indels: 25
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 45 0.15
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171 210 0.71
172 16 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGATATAAAACCATTTAAAGAAGTAATA
AGGCTTTTGAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGT
TTACCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC
Found at i:6795 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6481--7839 Score: 1150
Period size: 172 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
6471 NNNTTTCTCG
* * * *
6481 AGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAACTCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * **
6546 AT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGTCTTGGGGGACTATAAAT-
66 ATAG-GA-TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAATG
* ***
6609 AGGCTTTCCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTTAAGTTTTGCCA
129 A-GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAA-TTTTGCCA
* *
6653 AGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
6717 TTTCAGGATATAAAACTACTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATGAACG
65 TAT-AGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAATG
* * * *
6782 GGCTTTTCTTGCCAATGACTAT--GTTTTTTTTCATGTTT-CCAA
129 AGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGGGTTTTTCTTAAT-TTTGCC-A
* * * *
6824 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T
* * *** ** * *
6888 TTTAGGCTATAAAAATGTTTAAAGAGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA
65 TATAGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAATGA
* * * *
6953 GTTTTTCTTACCAATGAA-TGGGTGTTTCTTCATCTTT-CTCA
130 GCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAAT-TTTGC-CA
* * * * * *
6994 ATGAAAACATTGAATTATAATCTGTTCTATGC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
7058 TATGAGGTTATAAAACAATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATG
65 TAT-AGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAATG
* * * * * * **
7123 GGCTTCTCTTGCCAAT-AAATGGGTTTTGCTTCATGGTT-CTTG
129 AGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAAT-TTTGC-CA
* * * **
7165 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCTGCTTAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** * *
7230 TATGGGACAACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTCAAGGCGTAGG-AGACTATAAAT
65 TATAGGA-TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTA-ACTATAAAT
* * ***
7294 GAGCTTCTCTTGCCAATGCA-TGGGTTTTTCTTCATATTTT-TTG
128 GAGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTT-A-ATTTTGCCA
* * * *
7337 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
7402 TAT-GGTACTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTCAAGGCTTAGG-AGACTATAAA
65 TATAGG-A-TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTA-ACTATAAA
* * *
7465 TGAGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGATTTTTCTTCATGTTT-CTGA
127 TGAGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAAT-TTTGC-CA
* * ** * * *
7509 AGGCAAAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAGTTCTACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
7574 ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAA-TATAAATG
66 AT-AGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGT-AACTATAAATG
* * * *
7638 GGCTTTTCTTACCAAT-TATTGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTCA
129 AGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAAT-TTTGC-CA
* * * * * * * * *
7680 AGGCAAATA-TCAATTATAATTTGTTTTCACCAAATATGTAAAAATCATTCAGCTTTAAATGAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
7744 TAT-GGCACTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGCGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
65 TATAGG-A-TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAA
* *
7807 TGAGCTTTTCTTGCTAATGAA-TGTGTTTTTCTT
127 TGAGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTT
7840 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 154, Indels: 75
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 188 0.19
171 388 0.39
172 395 0.40
173 19 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATAGGATATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTAACTATAAATGAG
CTTTTCTTGCCAATGAATTGGGTTTTTCTTAATTTTGCCA
Found at i:7116 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6474--8122 Score: 1422
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
6464 NNNNNNNNNN
* * * * *
6474 TTTCTCGAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
6539 CTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGTCTTGGGGGACTA
66 ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* *** *
6604 TAAAT-AGGCTTTCCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTT-AAG
131 TAAATGA-GCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGGTTTTTCTTCATG
* * *
6645 TTT-TGCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAACAAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTT
1 TTTCT--CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
6708 AAAATCAATTTTCAGGATATAAAACTACTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAA
63 AAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGA
* * * * ** *
6773 CTATGAACGGGCTTTTCTTGCCAATGACTATGTTTTTTTTCATG
128 CTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* * *
6817 TTTC-CAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAA
1 TTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *** ** *
6880 AATCAATTTTTAGGCTATAAAAATGTTTAAAGAGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACT
* * * *
6945 ATAAATGAGTTTTTCTTACCAATGAATGGGTGTTTCTTCATC
130 ATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* * * * **
6987 TTTCTCAATGAAAACATTGAATTATAATCTGTTCTATGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
7052 CTCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
66 ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * * *
7117 TAAATGGGCTTCTCTTGCCAATAAATGGGTTTTGCTTCATG
131 TAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* ** * * * **
7158 GTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCTGCTTAA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
** * * ** * * *
7223 AATCAATTATG-GGACAACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAC
65 AATCAATTATGAGG-TTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
* * *
7287 TATAAATGAGCTTCTCTTGCCAATGCATGGGTTTTTCTTCATA
129 TATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* ** * * *
7330 TTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
* * * *
7395 AATCAATTAT--GGTACTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTCAAGGCTTAGGAGA
65 AATCAATTATGAGGT--TACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGA
*
7458 CTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATG
128 CTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* * ** * * *
7502 TTTCTGAAGGCAAAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAGTTCTACTTAAA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
7567 ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAATA
66 ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * * *
7632 TAAATGGGCTTTTCTTACCAATTATTGGGTTTTTCTTCATG
131 TAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
7673 TTTCTCAAGGCAAATA-TCAATTATAATTTGTTTTCACCAAATATGTAAAAATCATTCAGCTTTA
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
* ** * *
7737 AATGAATTATG-GCACTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGCGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
65 AATCAATTATGAG-GTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCTTAGGTGA
* * ***
7800 CTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATGAATGTGTTTTTCTTCNNN
128 CTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
******* * ** * **
7844 NNNNNNNAGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTNN
1 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
******** * * * * * * * * *****
7908 NNNNNNNNATGAGGTTATAAAACTATTTAAAAATACTAACAAGGCTGTTGAAGGCAT-GNNNNNN
65 AATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGAC
**** * * *
7972 NNNNAATG-GACTTTACTTGCCAACGAATGGGTTTTTCTTTATG
129 TATAAATGAG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
* * * **
8015 TTTCTCGAA-GCTAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGCTCAACTTAA
1 TTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
8079 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
65 AATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 264, Indels: 54
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 193 0.16
171 532 0.45
172 444 0.37
173 18 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
TAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
Found at i:7938 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 6481--7840 Score: 1178
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 343
6471 NNNTTTCTCG
* ** * ** * *
6481 AGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAACTCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * *
6546 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGTCTTGGGGGACTATAAAT-A
66 ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAATATAAATGA
* * *** * *
6610 GGCTT-TCCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTTAAGT-TTTGC-CAAGGAAAACATTCAATTATA
131 -GCTTCT-CTTACCAATGCA-TGGGTTTTTCTTCA-TATTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * * *
6672 ATATGTTTTAAACAAAAAAT-TAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGG-A-TATAAAAC
191 ATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTAT--GGCACTACAAAAC
* * * * * * * *
6733 TACTTAAAGAGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCTTGGGTA-ACTATGAACGGGCTTTTCTTGCCA
253 CATTTAAAGTGAGTAAT-AGCGCTTTTCAAGGCTTAGG-AGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCA
* **
6796 ATGACTAT-G-TTTTTTTTCATGTTTCCAA
316 ATGA--ATGGATTTTTCTTCATGTTTCTGA
* * * ** *
6824 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *** * ** * * * * *
6888 TTTAGGCTATAAAAATGTTTAAAGAGAGTAATAATACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA
66 ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAATATAAATGA
* * * * * * * *
6953 GTTTTTCTTACCAATGAATGGGTGTTTCTTCATCTTTCTCAATGAAAACATTGAATTATAATCTG
131 GCTTCTCTTACCAATGCATGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* ** * * * ** * *
7018 TTCTATGCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAACTCAATTATGAG-GTTATAAAACAATTTAA
196 TTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATG-GCACTACAAAACCATTTAA
* * * * * * *
7081 GGAGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATAAATGG
260 AGTGAGTAAT-AGCGCTTTTCAAGGCTTAGGAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *
7145 GTTTTGCTTCATGGTTCTTG-
324 ATTTTTCTTCATGTTTC-TGA
* * * ** * **
7165 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCATTCTGCTTAAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
** * ** ** *
7230 TATG-GGACAACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATGGGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGACTATAAAT
65 TATGAGG-TTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAATATAAAT
* * ** *
7294 GAGCTTCTCTTGCCAATGCATGGGTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC
129 GAGCTTCTCTTACCAATGCATGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
*
7359 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATGGTACTACAAAACCATTTA
194 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTA
*
7424 AAGTGAGTAATAGGGCTTTTCAAGGCTTAGGAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
259 AAGTGAGTAATAGCGCTTTTCAAGGCTTAGGAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
7489 ATTTTTCTTCATGTTTCTGA
324 ATTTTTCTTCATGTTTCTGA
* * * * *
7509 AGGCAAAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAGTTCTACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
7574 ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGG
66 ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAATATAAATGA
* * * * *
7639 GCTTTTCTTACCAAT-TATTGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAATA-TCAATTATAATTT
131 GCTTCTCTTACCAATGCA-TGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
7702 GTTTTCACCAAATATGTAAAAATCATTCAGCTTTAAATGAATTATGGCACTACAAAACCATTTAA
195 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAA
* * * *
7767 AGTGAGTAATAGCGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATGAATGTG
260 AGTGAGTAATAGCGCTTTTCAAGGCTTAGGAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATG-G
7832 -TTTTTCTTC
324 ATTTTTCTTC
7841 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 148, Indels: 43
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 11 0.01
341 178 0.21
342 232 0.27
343 282 0.33
344 142 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AGGCAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGGTTACAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCGTAGGAGAATATAAATGA
GCTTCTCTTACCAATGCATGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACCAAAAATGTAAAAATCATTCAGCTTAAAATCAATTATGGCACTACAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAGCGCTTTTCAAGGCTTAGGAGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGAT
TTTTCTTCATGTTTCTGA
Done.