Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400237.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3446.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 795
Length: 1326
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 361 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1132 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 605--1322 Score: 778
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 172
595 GGTGCAATTA
* * * *
605 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGGCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT-GGTT
* * * * * * * *
670 TC-TAATCTCAAAAATGATTTTAACTT-TATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAAT
65 TCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
* * * * * *
733 TGAATATTTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACTATTCATTG
130 TAAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAACCATTCATTG
* * * * * *
776 GCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
841 TATAAACTCATAATTGATTATAAGTTGAATA-TTTTTAT-GTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
66 CATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * * *
904 GAACATCTGCCTCTA-GACACATGAAGTAAAAGA-CA-ACGATTG
131 AAATATCTGCCT-TAGGAAACATGAAGTAAAA-ACCATTC-ATTG
* * * ** *
946 G-AGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTATGCCTTCAAAAGTATTATTAG-TCACTTTAAGTGGT
1 GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-GCTCACTTTAAATGGT
* * *
1009 TTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAA
64 TTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
* *
1074 TTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGTAAAAACCA-TCTATTG
129 TTAAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAACCATTC-ATTG
* * *
1118 GCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
* *
1183 TATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATT
66 CATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * *
1246 AAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAA-CAAAAAGCTATTCATTG
131 AAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAA-CCATTCATTG
* *
1288 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
1323 TAAA
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 76, Indels: 31
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 206 0.45
171 108 0.24
172 134 0.29
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTT
CATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
AAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGTAAAAACCATTCATTG
Found at i:1163 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 608--1322 Score: 845
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 341
598 GCAATTAGCA
** * *
608 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGGCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTCT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGATTATTGCTCACTTTAAATAGGTTTCT
* * * *
673 AATCTCAAAAATGATTTTAACTTTATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTGAAT
66 AATCTCAAAAATAATTTTAACTTAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTAAAT
* * * *
738 ATTTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACTATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTA
131 ATCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTA
803 ATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTATAAGTTG
196 ATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTATAAGTTG
*
868 AATATTTTTATGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACATCTGCCTCTAGACACATGAAGTAA
261 AATATTTTTATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACATCTGCCTCTAGACACATGAAGTAA
933 AAGACAACGATTGGAG
326 AAGACAACGATTGGAG
* ** * *
949 AGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTATGCCTTCAAAAGTATTATTAG-TCACTTTAAGT-GGTTTC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGATTATT-GCTCACTTTAAATAGGTTTC
* * * * * * * *
1012 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTA
65 -TAATCTCAAAAATAATTTTAACTT-AATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTA
* * * * *
1077 AATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGTAAAAACCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC
128 AATATCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC
* * * * *
1141 ACTCAA-GCC-TTGGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTT
192 ACT-AATGCCTTTGG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTAT
* * * ** * * *
1204 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGTCT-TAGGAAACAT
255 AAGTTGAATATTTTTATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACATCTGCCTCTA-GACACAT
** *
1268 GAACAAAAAG-CTATTC-ATTGGCA-
319 GAAGTAAAAGAC-A-ACGATTGG-AG
*
1291 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
1323 TAAA
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 51, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 76 0.24
342 228 0.73
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGATTATTGCTCACTTTAAATAGGTTTCT
AATCTCAAAAATAATTTTAACTTAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTAAAT
ATCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTA
ATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTATAAGTTG
AATATTTTTATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACATCTGCCTCTAGACACATGAAGTAA
AAGACAACGATTGGAG
Done.