Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397552.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4798.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7770
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Warning! 629 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:654 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9--3392 Score: 1862
Period size: 171 Copynumber: 19.8 Consensus size: 171
1 TTATGTTC
* * * * *
9 AATTTTTGATACATTTTTGGTTAAAACATG-CCATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAG
1 AATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* ** **********
73 AGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCNNNNNNNNNNTTATTAC
64 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
138 TAGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTC
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ************
181 AATTGTTTTTATATTTTT-GCTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGNNNNNNNNNNAG
1 AATT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * **
245 AAAAAGGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGTTTTATTAC
64 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * **********
310 TCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTG-NNNNNNNNNN
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
352 AAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATT-AATTGTCTACCTCGAGAAATGTGTA-
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * ********** *
414 AAAAAACCATTCATTGAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCACTCNNNNNNNNNNCTTATTG
64 AAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * **
478 CTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATAATTTTAAGTCA
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
522 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA-AATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGGA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
586 AGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCATATTACTC
66 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** **********
651 ATTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTT-
131 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** *
691 AAATTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAAATTAAATG-CTTACCTTGAGAAACATGTA
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAA
* * * * * *
754 GAAAAACA-TATTTATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCATAT
63 GAAAAA-AGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ********** *
817 TACTCACTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTC
126 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * * *
863 AATTTTTTTTACATTTTTGGCCAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAAAG
1 AA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * *
927 AAAACA-CATTCATTGGCAAGTAAAGTCCTTTTATAGTCAT-CCATTCCTTCAAAACCCTTATTA
64 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ********** * * *
990 CTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCAAAATTGATTTTAACTTC
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * *
1034 AATTTTTTTTTATATTTTTGGATAAAACACATTATAATTGAATGTTTAACTTAAGAGAA-GTAAA
1 AA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AACATGAA
* ** * * ** * *
1098 GAAAAAGGCATTCATTGATAA-AAAATTCTATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAGA-CCTTATTA
63 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
1161 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAACTAATTTTATGTTT
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
1205 AATATTTTATACATTTTTAGTT-AAACAGACTATACTTTAATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGA
1 AAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * *
1269 AAAAAGTATTTATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** **********************
1333 TTACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
1376 AATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTGAA-AAACAT-AT
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TCAAGAAACATGA-
* * * ** *
1437 AG-AGAAAGCCATGT-ATTTGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTTTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTT
62 AGAAAAAAG-CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT-TCCTTCAAAAGCCTT
* * *
1499 ATTACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTG
124 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTG
* * * * *
1547 AATTGTTTTTAAATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACGTGTA
1 AATT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAA
* * * * *
1610 G-AAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTTCTTGAAAAGCCTTATT
63 GAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
1674 ACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTATGTTA
127 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
1719 AATTGTTTTATATTTTT-GATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATAAAG
1 AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAG
* * ********** *
1782 TAAAAAGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
1847 TCGCTGTAAATTGTTTTATATTCTCAGAATTGATTTTAAGCTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * **
1890 AATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCAGGGAATGTGAAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* * * *
1955 AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-TCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
66 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
2019 GCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTC
131 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
2060 AAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACA-AGAATG-CTTACCT-AAGAAACGTGTAG
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAG
** * ** ***
2122 AAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTCCTTCAAAAGCCTTANNN
64 AAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
********
2186 NNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
2230 AATTATTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTAAAAAACGTGAAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* * * * * * ** **********
2294 ACAAGTATTCATTTGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTC
66 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
2359 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ACGTTGATTTTAAGTTC
131 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTG
* * * * **
2400 AATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTTGAGAAA-AGTGAA
1 AA-TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAA
* * * * ** * *
2463 GAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAGA-CCTTATTA
63 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
2527 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTC
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTG
* * ** * *
2571 AATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTG-AGG
1 AATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * * * * *
2635 GAAAAGCATTCAGTGGTAAGAAAGGCCCATTTAT-GCCTCTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACT
65 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
2699 TGCTTCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTG
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
2741 AAGTTTTTTATATTTTT-GTTTAAAACAGAC-AGTACA-TGAATG-CTTGCCTCAGGAAACGTGT
1 AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTA-TA-ATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA
* * * ** **********
2802 AGAGAAAATCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATNNNNNNNNNNGCCTTAT
62 AGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
2866 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTACGTTG
126 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
2912 AATTATTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAA-AAACATGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAGA
* * * ***
2975 AATAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*** *
3040 CGCTTTAAATCAATTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGATTG
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG
* * * * * **
3082 AATTTTGTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGTATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGA
1 AATTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * ** * * * * ** *
3147 AAAAGGGATTTTTTGGCAACAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTTCTTCAAAAATCTTACTACT
65 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* **********
3212 CGCTTTAAATTGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTG
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
3254 AATTATCTTACATTTTTCA-TTAAAA-ACGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAG
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAA
* * * * * *
3316 GAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTAATTA
63 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
3381 CTCACTTTAAAT
128 CTCGCTTTAAAT
3393 TCGTTTTAAG
Statistics
Matches: 2424, Mismatches: 689, Indels: 199
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 291 0.12
170 692 0.29
171 812 0.33
172 576 0.24
173 47 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:1550 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1373--3382 Score: 765
Period size: 170 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
1363 NNNNNNNNNN
*
1373 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAAAAACATATA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAAAAACATATA
* * ** *
1438 GAGAAAGCCATGT-ATTTGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTTTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATT
65 GAAAAAGCCAT-TCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATT
* *
1502 ACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAG
129 ACTAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGAT-TTTAAG
* * *
1544 TTGAATTGTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTGT
1 TTGAATT-TTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAAAAACATAT
* * * * * *
1609 AGAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTTCTTGAAAAGCCTTATT
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
1674 ACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTATG
129 ACTAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * * * * *
1716 TTAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATAAA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACATATA
* * * ********* * *
1781 GTAAAAAG-CTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNT-CCTTTAAAAGCCTTAT
65 G-AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTAT-AGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
1844 TACTCG-CTGTAAATTG-TTTTATATTCTCAGAATTGATTTTAAG
128 TACTAGCCT-TAAA-CGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * * * *** *
1887 CTGAATTTGTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACC-TCAGGGA-ATGT
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACATAT
* * * *
1949 GAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-TCTCCCAT-TCCTTCGAAAGCCT
64 --AG-AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCT
* * * * *
2011 TATTACTTG-CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG
125 TATTACTAGCCTT-AAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * ** * * * *
2057 TTCAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACA-AGAATGCTTACC-T-AAGAAACGTG
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATA-ATTGAATG-TTACCTTGAA-AAACATA
* * * **
2119 TAGAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCAT-TCCTTCAAAAGCCTT
63 TAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTT
*********** * * *
2182 ANNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
126 ATTACTAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * * * * *
2227 TTGAATTATTTTACA-TTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTAAAAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACAT-A
* * * * * ** *****
2290 -AGAAACAAG-TATTCATTTGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTAT-TCCTTCAAAANNNNN
63 TAGAAA-AAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTT
***** * * * *
2352 NNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC--AACGTTGATTTTAAG
126 ATTACTAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAAC--TGATTTTAAG
* * * * *
2397 TTCAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTTGAGAAAA-GTG
1 TTGAA-TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGA-AAAACAT-
* * * * * ** *
2461 A-AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAATTCCATTTATAGTAACCCAT-TCTTTCAAGA-CCTT
62 ATAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATC-TTCAAAAGCCTT
* * *
2523 ATTACTCA-CTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-
126 ATTACT-AGCCTTAAACGA-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTA-AG
* * * * *
2568 TTCAATTTTTTATACATTTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-T-
1 TTGAATTTTTT-TATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACATA
* * * * * * * * * *
2630 TGAGGGAAAAG-CATTCAGTGGTAAGAAAGGCCCATTTAT-GCCTCTCAT-TCCTTCGAAAGTCT
63 T-A-GAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCT
* * * *
2692 TATTACTTG-CTTCAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG
125 TATTACTAGCCTT-AAA-CGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* ** * * * *
2738 TTGAAGTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGAC-AGTACA-TGAATGCTTGCC-TCAGGAAACGT
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTA-TA-ATTGAATG-TTACCTTGA-AAAACAT
* * * * ** **********
2800 GTAGAGAAAA-TCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATNNNNNNNNNNGCCT
62 ATAGA-AAAAGCCATTCA-TTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
2863 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTACG
125 TATTACTAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * *
2909 TTGAATTATTTTATA-TTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACAT-A
* * * ***
2972 -AGAAATAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTGT-TCCTTCAAAAGCCTT
63 TAGAAA-AAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTT
* * * * *
3034 ATTACTCGCTTTAAATC-AATTTATAACCTCATAATTGATTTT-AG
126 ATTACTAGCCTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * * **
3078 ATTGAATTTTGTTT-TCATTTTT-AGTTAAAATAGACAATAATTGTATGTCTACC-TCAGGAA-A
1 -TTGAATTTT-TTTAT-ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACA
* ** ** * * * * * * **
3139 TGTGAAGAAAAAGGGATTTTTTGGCAACAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTTCTTCAAAAATC
61 TAT--AGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCC
* * * * ********** *
3204 TTACTACTCGCTTTAAATTG-TTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG
124 TTATTACTAGCCTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
* * * *
3251 TTGAATTATCTTACATTTTTCATTAAAA-ACGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACA-GACTATAATTGAATGT-TACCTTGAAAAACAT-A
* * * * * * * *
3315 -GGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAAT-TCCTTCAAAAGCCTAA
63 TAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTTA
3378 TTACT
127 TTACT
3383 CACTTTAAAT
Statistics
Matches: 1420, Mismatches: 317, Indels: 204
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.01
169 115 0.08
170 475 0.33
171 461 0.32
172 343 0.24
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAAAAACATATAG
AAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCCCATATCTTCAAAAGCCTTATTAC
TAGCCTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG
Found at i:2942 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 1413--3709 Score: 1858
Period size: 682 Copynumber: 3.4 Consensus size: 679
1403 GACTATAATT
* * * * * * **
1413 GAATGCTTACCTTGAA-AAACATATAGAGAAAGCCATGTATTTGAAAGAAAAGTTTATTTATAGT
1 GAATGCTTACC-T-AAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
1477 TTCCCATAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG-TATT
64 CTGTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TT
* * * * *
1540 TAAGTTGAATTGTTTTTAAATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAA
127 TAAGTTGAATT-ATTTTAAA-TTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAA
* * * * * *
1604 CGTGTAGAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTTCTTGAAAAGCC
189 CGTGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCC
*
1669 TTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTATGTTAAATTGTTTTATATTT
253 TTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCA-AACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTT
* * *
1734 TTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGTAAAAAGCTTTCATTGG
317 TTGATTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTCAGAAACATAAAGTAAAAAGCATTCATTGG
********** * *
1799 CAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTGTTTT
382 CAAGAAAAGTCCATTTATAAGTAACCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATAGTTTT
* * * *
1864 ATATTCTCAGAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
447 ATAATCTCAGAATTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGA
* * * * * *
1929 ACGTCTACCTCAGGGAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATCTCC
512 ACGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACCTCC
1994 CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTT
577 CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTT
*
2059 CAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACAA
642 CAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAGTACAA
2097 GAATGCTTACCTAAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
1 GAATGCTTACCTAAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
***********
2162 GTCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
66 GTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
2227 TTGAATTATTTTACATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTAAAAAACGTGAAG
131 TTGAATTATTTTAAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAACGTGAAG
* * * **********
2292 AAACAAGTATTCATTTGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAANNNNNNNNNN
196 AAA-AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
2357 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AACGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTTAT
260 TCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAC--TGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTATATTTTTGAT
* * * * *
2421 TAAAACAGATTATAATTGAACGTTTACCTTGAGAAA-AGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGTAA
322 TAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTCAGAAACA-TAAAGTAAAAA-GCATTCATTGGCAA
* * * * *
2484 GAGAATTCCATTTAT-AGTAACCCATTCTTT-CAAGACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
385 GAAAAGTCCATTTATAAGTAACCCATCCTTTAAAAG-CCTTATTACTCACTGTAAATAGTTTTAT
* * *
2547 AATCTCATAATTGATTTTATA-TTCAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGA
449 AATCTCAGAATTGATTTTA-AGCTCAATTTGTT-TACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGA
* * ** * * *
2611 ATGTCTACCT-TGAGAAACT-TG-AGGGAAAAGCATTCAGTGGTAAGAAAGGCCCATTTATGCCT
512 ACGTCTACCTCAG-GAAA-TGTGAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACCT
* * *
2673 CTCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG
575 CCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAG
* * * *
2738 TTGAAGTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGACAGTACAT
640 TTCAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAGTACAA
* *
2778 GAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGTAGAGAAAAT-CATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 GAATGCTTACCT-AAGAAACGTGTAGA-AAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********** * * *
2842 CTGTCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTA
64 CTGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
2907 CGTTGAATTATTTTATATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAACATGA
129 AGTTGAATTATTTTAAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAACGTGA
*
2972 AGAAATAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTGTTCCTTCAAAAGCCTTATT
194 AGAAA-AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
3037 ACTCGCTTTAAATC-AATTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTGTTTT-CATTTT
258 ACTCGCTTTAAA-CGATTTTATAATCTCA-AACTGATTTTAAG-TT-AA-ATTGTTTTATATTTT
* * * * ** * * **
3099 T-AGTTAAAATAGACAATAATTGTATGTCTACC-TCAGGAAATGTGAAG-AAAAAGGGATTTTTT
318 TGA-TTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTCA-GAAACATAAAGTAAAAA-GCATTCATT
* * * * * ** * * * *
3161 GGCAACAAAAGTCCATTTAT-ACTCACCCATTTCTTCAAAAATCTTACTACTCGCTTTAAATTGT
380 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAAGTAACCCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATAGT
*********** * * * * *
3225 TTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTAT-CTTACATTTTTCA-TTAAAA-ACGACTAT
444 TTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGCTCAATT-TGTTTACATTTTT-AGTTAAAACA-AACCAT
* * ** * * * * **
3287 AATTGAATGTCTACCTC-GAAAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTA
506 AATTGAACGTCTACCTCAG-GAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * *
3351 TA-GTCACCAATTCCTTCAAAAGCC-TA--A-TTAC-TC--A---CTTTA-AAT-TC------G-
570 TACCTC-CC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * *
3396 TTTTAAGTTGAAG-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGCTA-TA-ATT
633 TTCTAAGTTCAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC-AGTACA-A
* *
3442 GAATGCTTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 GAATGCTTACCT-AAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3507 T-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTG-TATTG
65 TGTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTT
* * ** * * **
3570 AAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTCA-TTAAAGCAGACTCTAATTGAAT-TCCTACCTTGGGAAA
128 AAGTTGAATTA-TTTTA-AATTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGT-CTAGCTTGAAAAA
** * ** * ** * *
3632 TATGTAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATCGTCTCCAATTCCTTTAAAAGGC
189 CGTGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCC
3697 TTATTACTC-CTTT
253 TTATTACTCGCTTT
3710 TAAATGGTNN
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 256, Indels: 112
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
663 10 0.01
664 146 0.11
665 104 0.08
666 2 0.00
672 2 0.00
673 3 0.00
674 4 0.00
677 1 0.00
679 5 0.00
680 7 0.01
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683 187 0.14
684 30 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
GAATGCTTACCTAAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
GTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTATTTTAAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAGCTTGAAAAACGTGAAG
AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAACGATTTTATAATCTCAAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAA
ACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTCAGAAACATAAAGTAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAAGTAACCCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATAGTTTTATAATCTCA
GAATTGATTTTAAGCTCAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTGAACGTCTACC
TCAGGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACCTCCCATTCCTTC
GAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTCAAGTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAGACAGTACAA
Found at i:3441 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 3244--3526 Score: 357
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152
3234 NNNTAATTGA
3244 TTTTAAGTTGAATTATCTTACATTTTTCATTAAAAACGACTATAATTGAATG-TCTACCTCGAA-
1 TTTTAAGTTGAATTATCTTACATTTTTCATTAAAAACGACTATAATTGAATGCT-TACCTC-AAG
3307 AAACATG-AGGAAAAAGGC-ATTCA-TTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCA
64 AAACATGTA-GAAAAA-GCTATTCATTTGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCA
3369 AAAGCCTAATTACTCACTTTAAATTCG
126 AAAGCCTAATTACTCACTTTAAATTCG
* * * *
3396 TTTTAAGTTGAAGTT-T-TTATATTTTTTATT-AAAACAGGCTATAATTGAATGCTTGCCTCAAG
1 TTTTAAGTTGAA-TTATCTTACATTTTTCATTAAAAAC-GACTATAATTGAATGCTTACCTCAAG
* * * * * *
3458 AAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
64 AAACATGTAGAAAAAGCTATTCATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAA
3523 GCCT
129 GCCT
3527 TATGACTAGC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 10, Indels: 15
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 8 0.07
151 85 0.75
152 19 0.17
153 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (152 bp):
TTTTAAGTTGAATTATCTTACATTTTTCATTAAAAACGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAA
ACATGTAGAAAAAGCTATTCATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGC
CTAATTACTCACTTTAAATTCG
Found at i:4027 original size:339 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3248--4056 Score: 748
Period size: 339 Copynumber: 2.4 Consensus size: 331
3238 AATTGATTTT
* * * *
3248 AAGTTGAAT-TATCTTACATTTTTCATTAAAA-ACGACTATAATTGAATGT-CTACCTCGAAAAA
1 AAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTCATCAAAACA-GACTATAATTGAAT-TCCTACCTTGAGAAA
* * ** ** * * * *
3310 CATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
63 TATGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTTAAAAGGC
* **
3375 TAATTACTCACTTTAAAT--TC------G-TTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
128 TTATTACTCACTTTAAATGGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTACATTAAAAC
** * * * **
3431 AGGCTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAGAAAAGTC
193 AAACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAATCTATTTATTCAGAAGAAAAGTC
* * *
3496 CATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATGTCATA
258 CATTTATAGACTCCTATTCCTTAAAAAGCCTTATGACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
3561 ATTGTATTG
323 AATGTATTG
* * * *
3570 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAGCAGACTCTAATTGAATTCCTACCTTGGGAAATAT
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTGAGAAATAT
* ** * * *
3635 GTAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATCGTCTCCAATTCCTTTAAAAGGCTTA
66 GAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTTAAAAGGCTTA
*
3700 TTACTC-CTTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAC
131 TTACTCAC-TTTAAATGGT----------CATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTAC
*** * *
3764 ATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCT-CCTTGGGAAATATGTAGAACAATAC-ATTTATTCAGA
185 ATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAT-CTATTTATTCAGA
* * * * * *
3827 AGAAAAGTCCA-TTATAGACTCTTATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTAT
249 AGAAAAGTCCATTTATAGACTCCTATTCCTTAAAAAGCCTTATGACTAGCCTTAAATGGTTTTAT
3891 AATCTCATAGCAAAT-T-TT-
314 AATCTCAT---AAATGTATTG
*
3909 AAGTTGAAT-TTCTTTAC-TTTTTTAGTCAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTA-CTTAGAGAA
1 AAGTTGAATATT-TTTACATTTTTCA-TCAAAACAGACTATAATTGAAT-TCCTACCTT-GAGAA
* * * *
3970 ATATGAAGAAAAAAAGATTCATTGGCAAGAAAAATCTCTTTATAGT-TACCCATTCCTTTAAAAG
62 ATATGAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCT-CCAATTCCTTTAAAAG
4034 GCTTATTACTCACTTTAAATGGT
126 GCTTATTACTCACTTTAAATGGT
4057 TTTATTATCT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 58, Indels: 49
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
321 2 0.01
322 119 0.30
323 2 0.01
324 1 0.00
334 1 0.00
338 12 0.03
339 165 0.42
340 42 0.11
341 49 0.12
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATTCCTACCTTGAGAAATAT
GAAGAAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCCAATTCCTTTAAAAGGCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTATATTTTACATTAAAACAAA
CTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAATCTATTTATTCAGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGACTCCTATTCCTTAAAAAGCCTTATGACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT
GTATTG
Found at i:4923 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4502--4934 Score: 426
Period size: 168 Copynumber: 2.5 Consensus size: 167
4492 GTTAAATCAT
* ** ** * * * *
4502 TTTACATTTTTCATTAGAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
1 TTTACATTTTT-TTTA-AAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAA-A
* * * * * **
4566 T-ATTTATTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTATTTT
63 TCATTTATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTACCTT
* * * *
4630 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTGAATAC
127 AAATGGTTTAATAATATCAAAATAGATTTGAAATTGAATAC
* * *
4671 TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTCTTAGGATACGTGTAG-AAAAACCT
1 TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAATC-
*
4735 ATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTA
65 ATTTA-TTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTA-CCTTA
* * **
4800 AATGGTTTAATAATATCATAATTG-TATTGAAATTGAATTTT
128 AATGGTTTAATAATATCAAAATAGAT-TTGAAATTGAA-TAC
* * *
4841 TTTA-ATATTTTTAATTAAAACAGACTCTAATTTAATACTTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAA
1 TTTACAT-TTTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAA
*
4905 TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
63 TCATTTATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATA
4935 GCTTCGTATT
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 33, Indels: 21
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.03
168 82 0.37
169 49 0.22
170 10 0.05
171 4 0.02
172 61 0.28
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAATCA
TTTATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTACCTTAAAT
GGTTTAATAATATCAAAATAGATTTGAAATTGAATAC
Found at i:4954 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4502--4973 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
4492 GTTAAATCAT
* ** ** * * * **
4502 TTTACATTTTTCATTAGAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
1 TTTACATTTTT-TTTA-AAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACC
* * * * * * *
4566 TATTTA-TTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-TTT
64 TATTCATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT
* * * *
4629 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTGAATAC
128 TAAATGGTTTAATAATATCAAAATAGATTTGAAATTGAATAC
* *
4671 TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTCTTAGGATACGTGTAGAAAAACCTA
1 TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCTA
* * *
4736 TTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAA
66 TTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
* * **
4801 ATGGTTTAATAATATCATAATTG-TATTGAAATTGAATTTT
131 ATGGTTTAATAATATCAAAATAGAT-TTGAAATTGAA-TAC
* * *
4841 TTTA-ATATTTTTAATTAAAACAGACTCTAATTTAATACTTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAA-
1 TTTACAT-TTTTT--TTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAAC
* * ** * * *
4904 ATCATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT-AGCTTCGTATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCG
63 CT-ATTCATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAATC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
4967 CTTTAAA
125 CTTTAAA
4974 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 41, Indels: 19
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 88 0.35
169 49 0.20
170 10 0.04
171 7 0.03
172 94 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTACATTTTTTTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTTAGGAAACGTGTAGAAAAACCTA
TTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
ATGGTTTAATAATATCAAAATAGATTTGAAATTGAATAC
Found at i:5165 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4224--7377 Score: 1486
Period size: 170 Copynumber: 18.5 Consensus size: 170
4214 NNNNAAAAGC
* * * * * *
4224 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * * *
4289 AATGGCTTTATTATCTGAAAATTAACTTTACGTTCAATTTCTTTTACATTTTTGCA-TAACACAA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTT--ATTAAAACAG
* ** * * * * *******
4353 ATTATAATTGGCTATCTACCTTGAGAAACATGAAGANNNNNNN
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
*** * * * * * *
4396 NNNCATT-GGCAAGAAAAGTTCATTTACAGCCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
********** * * **
4460 AANNNNNNNNNNAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATCATTTTACATTTTTCATTAGAAA-AG
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-ATTA-AAACAG
* ** * **
4524 ACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGGT
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
* * * * * **
4567 ATTTATT-GGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ATTTT
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * ** *
4630 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTGAA-TACTTTACATTTTTTTTAAAACAGAC
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAC
** ** * *
4694 TATAATTGAATGCCTGTCTT-AGGATACGTGTAGAAAAACCT
130 TATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGTAGAAAAACAT
* ** * * * ** * *
4735 ATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTA
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
4800 AATGGTTTAATAATATCATAATTG-TATTGAAATTGAATTTTTTTAATATTTTTAATTAAAACAG
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTT-ATTAAAACAG
* * ** **
4864 ACTCTAATTTAATACTTGTCTT-AGGAAACGTGTAGAAAAA-AT
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGTAGAAAAACAT
* * * ** *
4906 CATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTTCGTATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCGCT
1 -ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
********** * * * * *
4969 TTAAANNNNNNNNNNATCTGATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTTCTTTAAAACA
63 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACA
* * * *
5033 GACTATAATTAAATGTTTACTTTGGGAAACTTGTAGAAAAACAT
127 GACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
* * *** *
5077 ATTTATTCAGAA-AAAAGTACATTTATAGTCTTTCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
5141 AATGGTTTTATAATCTCCTAATTGACTTTAAGTTCAATTTTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTACATTTTT-ATTAAAACAGA
* * * * *
5206 CAATAATTGAACGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAACAC
129 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
* * *
5248 ATTCATT-GGCAAGCAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCA--TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
5312 TTTAAATAGTTTTTAATAATCTCA-ACGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTATT-A
62 TTTAAAT-GGTTTT-ATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTATTAA
* * ***
5375 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAGAA-GTGAAGAAAAAGGC
123 AACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA-AACGTGTAGAAAAACAT
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129 CTA-TA-ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGA-AAAA-CAT
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1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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129 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
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6273 ATTCATT-GGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTC-ATTT
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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6398 AGATTATAATTGAACGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGT
126 AGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
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6443 ATTCATT-TGTAAGAGAAGTCTATTTATAGCCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT
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6570 CTATAATTGATTGCTTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAAGCCAT
129 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA--CAT
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6614 A--CATTGAGAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTA
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
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6677 AATGGTTTTATAATCTCGTAAAGGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAAC
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGAC
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6742 TATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGC
130 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
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6783 ATTCATTGACAAAAAAAGTCCATGTATAGTCATCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
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6847 AATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAAAC
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGAC
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6912 TATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAATGTATAGAAAAAGAC
130 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
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6953 ATTCATT-GGTAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-TATTT
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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7016 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATAT-ATTTTAAGTTTAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAN
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAACAG
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7079 NNNNNNNNNGAATGCCTGCCTTGGGAAACATATAGAAAAATC-T
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA-CAT
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7122 ATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTNNNNNNNNNNCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTAGCCTT
1 ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
7186 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATATTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAG
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
* * *** * * * * * **
7250 ATTCTAATTGAATACCTGCCTTCAAAAATGTATAGAAAAAGTT
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
* * * * * * *
7293 ATTCATT-GGTAA-AAAAATCTATTTATAG-CTTCCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTT
1 ATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
7355 TAAATAGTTTTATAATCTCATAA
64 TAAATGGTTTTATAATCTCATAA
7378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2278, Mismatches: 595, Indels: 220
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 12 0.01
167 31 0.01
168 201 0.09
169 433 0.19
170 575 0.25
171 575 0.25
172 267 0.12
173 19 0.01
174 26 0.01
175 88 0.04
176 17 0.01
177 32 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAACAT
Done.