Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400243.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3451.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11843
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 617 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:294 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36--5812 Score: 4110
Period size: 171 Copynumber: 33.9 Consensus size: 171
26 CAATCGATTT
* * * * *
36 TAATCTATTTTTAA-AAAAAATGTATAAACATTGAAC-CGAAAATCAATTATGGGATAATAAAAC
1 TAATCTA-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
99 CATTTAAAGC-ATGTAATTAA-GCTTTCGAAGGTATGACTCACTGTAAATGGACTTTACTTGCCA
64 CATTTAAAGCGA-GTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** *
162 ATGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTTTATATTCAATTA
127 ATGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
*
207 TAATCTATTTTAACAAAAAA-GTTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATCAGATTATAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * **
271 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTATAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGGAATG
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * *
336 AATGATTTTTTCTTCACGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
130 AAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
378 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-ATTCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
442 ATTTAAAGTGAGTAATTAA-GCTTTCGAATGCGTGTGT-AGCTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAA
65 ATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
** * *
505 TGAATCGCTTTTTCCTCATA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
549 TAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAGGCT-AAAAACAATTATGAGATTATAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
613 ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATGGGTCACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAA-C
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
677 AATAGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTT
130 AA-AGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
720 TAATCTATTTTTACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATTAATTATCAGATTATAAAACTA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * *
785 TTTGAAGCGGGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-AGGTGAATATAAATAGATTTTTTTTGCTAATG
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * * * *
849 GTAGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGATAGACATTCAATTA
130 AAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
891 TAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTC-AAATCAATGATGAGATTA-AAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * *
954 ATTTAAAGCGAACAATAAAGCCTTT-AAAGGCATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
65 ATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * **
1018 GATAGCCTTTTTCTTCATA-TTACTCAAGTTAGGTATTCAATTA
129 GAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * ** * * * * * *
1061 GAATTTGTTTTCTCAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATAACATTATAATACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
1126 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTT-GAATGCATAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* *** *
1189 ATGGCTTTTTCTTCACA-TTTTTGAAGATAGACATTCAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
1230 TAATTTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAACTACAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
1293 CCTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AACGGCAT-AGGTGATTATAAATGGA-TATTTTTTGGT
64 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGA-GTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-GC
* * * * * * *
1355 CGATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTCGAGATAGACATTTAATTA
125 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
1401 TAAACTATTTTAACAAAACATTTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
1466 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAATAGAAATAGACTTTTCTTTCCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * *
1531 TAGCCTTTTTCTTCACA-TTTCTAAAGTTAGATATTCAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
1572 TAATCTATGTTCATCAAAAACA--TAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAAC
1 TAATCTAT-TTTAACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
1635 AATTTAAAGCGTGTAATTAGGCCTTT-AAAGCCATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAT
64 CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * ** * *
1699 TGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTTGCAAGGTGGACATTTAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * ** **
1743 TAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGCTATAAAATAA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * * *
1808 TTTAAAGCGTTTAATAAGGTTTTCGAAAG-ATTGAGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * ** *
1872 AATGGCTTTTTTTTCATGTTT-CTAGAGGTATACATTTGATAA
130 AAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCA-AGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
1914 TCATCCATTTTAACAAAAAATGCAAAAGAATTCAAC-CTAAAATCAACTATAAAATTATAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** *
1978 ACTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCATG-GCTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAA
65 ATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
**
2041 T-AAATGATTTTTTCTTTCAAGTTTCCCTAA-GTAGACATTCAATTA
128 TGAAA-GGCTTTTTC-TTCAAGTTTCCC-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
2086 TAATATGTTTTAACAAACAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
2151 TCTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCTAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
2216 TAGCCTTTTTCTTCAAATTTCCCAATGTAGACATTCAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
2257 TAATCTATTTTCAAC-AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATC
1 TAATCTATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
2321 ATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTTT-TAATGGC-TTAGGTGCCTATAAATTGATTTTTTTTTGCCA
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGA-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCA
* * * * *
2384 ATGAATGACTTTTTCTTCACGTCTCCCAAGGTAGATATTCAATTA
127 ATGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
2429 TAACCTATTTTACCTAAAAATGTAAAAAACTTCATC-CTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
2493 ATTTAAGGCAAGTAATTAA-GCTTTCGAAGGCGTGCA-TAACCAGAAATGGACTTTTCTTTCCAA
65 ATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
2556 TGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
2600 CAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAA--C---A-CAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** ** * * *
2659 TTTAAAGCGAGTAATTAA-GCTTTTAAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
66 TTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *
2723 ATA-GCTCTTTTCTTCACA-TTTCTCGAA-GCAGACATTCAATTA
130 AAAGGCT-TTTTCTTCA-AGTTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
2765 TAATCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTTTAACTGAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
2830 TTTGAGATG-G-GTAATAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTTGA-TATACATGGACTTTTCTTGCTAA
66 TTT-A-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** * * *
2892 TGATAGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGCACACATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
2936 TAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGA-T-TAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * ** *
2998 ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCATGGGTGGTTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * * *
3063 ATAGCCTTTTTCTTCACA-TTACTAAAGTTTGATATTCAATTA
130 AAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * ** * * * * * * **
3105 GAAT-TTTTTGTCTCCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGACATTACAATTCC
1 TAATCTATTT-TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
3169 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCATAAGTAACTATAAATGGCCTTTCCTTGTCAAT-
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * ** * *
3233 AAATGACTTTTTCTTCACTTTTTCTGAGATAAACATTCAATTA
130 AAA-GGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
3276 TAATTTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAACTACAAC-CTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * *
3340 CTTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTCAAAGGCAT-ACGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTGCTA
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCA
* * **
3404 ATGAATA-GCTTTTTCTTCACA-TTTCTCGATATAGACATTCAATTA
127 ATGAA-AGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * ** * * * * **
3449 TAATATGTTTTAACAGAAAATGTAAAAGTATTAAACTGAAAATTAATTATAAGATTATAAAATTA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
3514 TTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTCAAAGGCATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCACTGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
3579 TA-GCTTTTTCCTTCACA-TTTCTCGAGTTAGATATTCAATTA
131 AAGGCTTTTT-CTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * * *
3620 TAATCTGTTTTCACCAAAAATATTAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACAA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * *
3685 TTTAAAGCGTGTAATTAGACTTTCGGAGCCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGGCATTGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
3750 ATGGCTTTTTCTTCATCGTTTGCAAAGCG--GACATTTAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAG-GTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
3791 CAATATGTATTT-A-AAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAT
1 TAATCTAT-TTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
3854 AATTTAAAGCGCGTAATAAAGCTTTCGAAGGC-TCGAGTGACTAGAAATGGACATTTCTTGCTAA
64 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * **
3918 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTTGATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
3962 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAAC-CTAAAATTAATTATAAGATGATAAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
4026 ATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAGCCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAAT-
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * *
4090 AAATGATTTTTTCTTTTAGGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
130 AAA-GGCTTTTTC-TTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
4134 TAATATTTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTGAGCTTAAAATCAATTATCAGAATTA-AAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACC
* * * ** *
4198 ATCTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATATCTGGACTTTTCTTGCTAAT
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
4262 GATAGCCTTTTTCTTCACA-TTTTCCAAGGTAGATATTCAAATA
129 GAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
4305 TAATCTGTTTTCATAAAAAATGTGAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ** * * * * * *
4370 TTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTTACTATAAATTGACTTTTTTTGACAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * **
4435 ATGGCTTTTTCTTCACA-TCTCTCAAGGTGGGTATTCAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
4476 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATT-AA-TCCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-C-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
4539 CATTTAAGGCGATTAATTAA-GCTTTCGAAGGCGTGCGTAACCAAAAATGGACTTTTCTTGTCAA
64 CATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * *
4603 TGAATGACTTTTTCTTCATACTTT-TCAAGGTAAACATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
4647 TAATCTATTTTAGCTAAAAATGTCAAACAATTCAAC-CTAAAAT-ATATTATGAGATTATAAAAC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCA-ATTATGAGATTATAAAAC
* ** * * *
4710 CATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTAAACGCATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAA
64 CATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
4774 TGATAGCCTTTTTCTTCACGTTTCCCTAA-GCAGACATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCC-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
4818 TAATCTATTTTTACTAAAAATGT-AAAACATTTAACTGATAATCACTTATCAGATTATAAAACCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * ** * * *
4882 TTTGAAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
4947 TA-GCCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTTAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
4987 TAATCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * ** *
5050 ATTTAAAGAGAGCAACAAGGCATTCAAAGGC-TTAGGTAACGATAAATAAATTTTTCTTGCCAAT
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** ** * * * *
5114 GAGTGGCTTTGACTTTACA-TTTCCTATGGTAG--ATGTCTAAATA
129 GAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACAT-TC-AATTA
** * * * *
5157 TAATCTATTTTAATGAAAAAGGGAAAAGAAACTCAA-TCTAGAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** * * *
5221 CATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGTTTTG-GTGTCTACAAATAGACTTTTCTTGCCAA
64 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * *
5285 TGATAGCCTTTTTCTTCACA-TTTCTCAAGTTAGATATTCAATTA
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * * *
5329 TAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAGTTTTGACATTATAAAATCA
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * *
5394 TTTAAAGTGAGCAATTAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
66 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *** *
5459 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGACATTCAATTA
131 AAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
5500 TAATTTTTTTTAACCAAACATGTTAAAAACTACAAC-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
1 TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * ** * * * * *
5564 ATTTAATGTAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGAGTAGAAATGTACTTTTTTTGCCAAT-
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** *** * ** *
5628 AAATGAATTTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTCGACATTTGATTT
130 AAA-GGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
5671 TAATATGCTTTT-ACAAAAAATGTACAAACATTCAAC-C----T-AA-AATGAGATAAT-AAACT
1 TAATCT-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * * * *
5727 ATTTAAAAG-GTGTAATTAGGCTTTTAAAGGCATGACTCACTGTAAATGGA-TTTTACTTGCTAA
65 ATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAA
* *
5790 TGAATGACTTTTTCTTCAAGTTT
128 TGAAAGGCTTTTTCTTCAAGTTT
5813 TCTAAAGTAA
Statistics
Matches: 4450, Mismatches: 983, Indels: 354
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 58 0.01
164 17 0.00
165 130 0.03
166 4 0.00
167 2 0.00
168 12 0.00
169 343 0.08
170 462 0.10
171 2671 0.60
172 582 0.13
173 156 0.04
174 7 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
AAGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTA
Found at i:6141 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5819--6203 Score: 502
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
5809 GTTTTCTAAA
* * *
5819 GTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** * * * *
5884 TTCGAAGCTATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCCTTGAATGGCTTTCTCTTCATATTTT
66 TTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTCTCGTCATAGTTT
* * *
5949 CCAAAGCATACATTTAATTATAATGTGTTTTAACCAAAAAT
131 CCAAAGCAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACAAAAAAT
* * **
5990 GTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
6055 TTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATTATTTTTTCGTCA-AGTTT
66 TTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTCTCGTCATAGTTT
* *
6119 CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACAAAAAAT
131 CC-AAAGCAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACAAAAAAT
* * *
6161 GTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATTAGATTATGAAACC
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACC
6204 TTTTTCTTCA
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 32, Indels: 2
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 175 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTCTCGTCATAGTTT
CCAAAGCAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACAAAAAAT
Found at i:6281 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 6123--6303 Score: 265
Period size: 100 Copynumber: 1.8 Consensus size: 100
6113 AAGTTTCCTA
* * * *
6123 AGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATT
* *
6188 ATTAGATTATGAAACCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
66 ATGAGATTATAAAACCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
* * *
6223 AGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATATAAGAA-AATTCAACCTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAA-AACAATTCAACCTAAAATCAAT
6287 TATGAGATTATAAAACC
65 TATGAGATTATAAAACC
6304 ATTTAAAGCA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
100 69 0.97
101 2 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (100 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
Found at i:6432 original size:271 final size:270
Alignment explanation
Indices: 5958--6474 Score: 588
Period size: 271 Copynumber: 1.9 Consensus size: 270
5948 TCCAAAGCAT
* * * **
5958 ACATTTAATTATAATGTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGA
** * ** * ** *
6023 TTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCAAAGCCATAGGCCACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * *
6088 CTTGCTAATAAATTATTTTTTCGTCAAGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAA
131 CTTCCCAATAAA-TACTTTTACGTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
6153 CAAAAAATG-TAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATTAGATTATGAAACCTTTTTCTTCATGT
195 CAAAAAATGTTAAAA-AATTGAACTAAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCTTTTTCTTCATGT
6217 TTTTCGAGGTAG
259 TTTTCGAGGTAG
* * * *
6229 ACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGA
* * * * *
6294 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTACACTTTTAAAGGCATGGGCCATTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCAAAGCCATAGGCCACTATAAATAGACTTTT
* * * * * * *
6359 CTTCCCCATGATAA-ACTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGAAAACATTCAATTATATTCTGTTTTT
131 CTTCCCAAT-A-AATACTTTTACGTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
6423 ACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTAAAAATCTATTATCAAATTATAAAACC
194 ACAAAAAATGTTAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATCAAATTATAAAACC
6475 ATTTGAAGCG
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 44, Indels: 6
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
271 191 0.96
272 6 0.03
273 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (270 bp):
ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCAAAGCCATAGGCCACTATAAATAGACTTTT
CTTCCCAATAAATACTTTTACGTCAAGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
AAAAAATGTTAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCTTTTTCTTCATGTTT
TTCGAGGTAG
Found at i:7271 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 6202--7383 Score: 1144
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
6192 GATTATGAAA
* * * * * * *
6202 CCTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATAT-AAG
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTCAA-
* *
6266 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTACACTTTTAA
65 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAA
** * * * * * * *
6331 AGGCATGGGCCATTATAAAT-AGACTTTTCTTCCCCATGATAA-ACTTTTACTTCATGTTTCTTG
130 AGGCATGGGTAACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGA-AAGACTTTTTCTTCACGTTTCCTA
* * * ** * *
6394 AGGAAAACATTCAATTAT-ATTCTGTTTTTACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTAAAAATCTAT
193 AGGAAGACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAATACATCT-AAAATCAAT
* * ** * * * * *
6458 TATCAAATTATAAAACCATTTGAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAAAGATAAGGGTGAATATAAATG
255 TATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAGGCT-TGGGTGACTACAAATG
* *
6523 GACTTTACTTGCTAATG-ATAG
318 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * *
6544 CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATGTCAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTCAAA
* * * * * * *
6609 AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTCAAA
66 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAA
* * * * * * * * * * *
6673 GGCTTGGGTGACCATAAATAAACTTTTCTTTCTAATGAATGGCTCTGTTGTT-GCGTTTCCTAAG
131 GGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGACT-TTTTCTTCACGTTTCCTAAG
* * * * *
6737 GCAGACATCCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAAAAGGTAAAACAATTCAATCTAAAATCAATTA
195 GAAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAA-AATAC-ATCTAAAATCAATTA
* * * * *
6802 TGAGATTATAAAACCACATAAAGTAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGA
257 TGAGATTATAAAACCA-TTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGGGTGACTACAAATGGA
* *
6867 CTTTTCTTCCCAATGAAAG
320 CTTTTCTTGCCAATGAATG
* * ** * * *
6886 CCTTTTTCTTCACATTTTTTAAGTTAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACTAAAAATG-CAAG
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTCAA-
* ** * * * *
6950 AGAATTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATTAGGCTTTTGA
65 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAA
*
7015 AGGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AT
130 AGGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG
* * *
7079 GTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTACATCCTAAAATCAATTAT
195 GAAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TACAT-CTAAAATCAATTAT
* * *
7144 GAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTAGAAATGTAC
258 GAGATTATAAAACCATTTAA-GCAAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGGGTGACTACAAATGGAC
7209 TTTTCTTGCCAATGAATG
321 TTTTCTTGCCAATGAATG
** ** * * * *
7227 GATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTTGATTTTAATCTATTTTTACAAAAAATGT-ACA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTCA-A
* * * * *
7291 AACATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGC-ATGTAATTAGACTTTTG
65 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATTAGACTTTTA
* *
7355 AAGGCATGGCTAACTATAAATGGACTTTT
129 AAGGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTT
7384 GTGCTAATGA
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 134, Indels: 41
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.01
341 315 0.46
342 279 0.41
343 83 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTCAAA
AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAA
GGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGG
AAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATACATCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGGGTGACTACAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATG
Found at i:7346 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6203--7406 Score: 1051
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
6193 ATTATGAAAC
* * * * * * *
6203 CTTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATATAAGAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAA-AA
** *
6268 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTACACTTTTAAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAG
** * * * * **
6333 GCATGGGCCATTATAAATAGACTTTTCTTCCCCATG-ATAAA
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GG
* * * * * * *
6374 CTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGA-AAACATTCAATTATATTCTGTTTTTACCAAAAATGTTAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATG-TAAA
* * * * * ** *
6438 AAATTTAA-CTAAAAATCTATTATCAAATTATAAAACCATTTGAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAA
64 AAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAA
** * * * * *
6502 AGATAAGGGTGAATATAAATGGACTTTACTTGCTAATG-ATAGC
128 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GG
* * *
6545 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACTAAAAATGTCAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGT-AAAA
* * * * * *
6610 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTCAAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAG
* * ** * *
6674 GCTTGGGTGACCATAAATAAACTTTTCTTTCTAATGAATGG
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * ** * * * * * *
6715 CTCTGTTGTT-GCGTTTC-CTAAGGCAGACATCCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAAAAGGTAA
1 CT-TTTTCTTCACGTTTCTC-GAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCAC-TAAAAATGTAA
* ** * * *
6778 AACAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACATAAAGTAAGTAATAATGCTTTCA
63 AA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCA
* * * *
6843 AAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAAGC
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** * * * * *
6887 CTTTTTCTTCACATTTTTTAAGTTAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACTAAAAATGCAAGAG
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAA-AA
** * * * **
6952 AATTCAAGTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATTAGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAG
* * * * *
7017 GCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAAGA
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * *
7058 CTTTTTCTTCACGTTTC-CTATG-TAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAA
* * * *
7121 AACTACATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATTAGGCTTTCGAA
65 AA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAA
* * *
7186 GGCTTGGGTGACTAGAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGG
129 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* ** * * * *
7228 ATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTTGATTTTAATCTATTTTTACAAAAAATGTACAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTA-AAA
* * * * * * **
7293 CATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCATGTAATTAGACTTTTGAAG
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAG
* * * *
7358 GCATGGCTAACTATAAATGGACTTTT-GTGCTAATGAATGG
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
7398 CTTTTTCTT
1 CTTTTTCTT
7407 TAAGTTTCCC
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 181, Indels: 41
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 260 0.31
171 469 0.56
172 100 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAA
ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTCAAAGG
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
Found at i:7765 original size:304 final size:304
Alignment explanation
Indices: 7131--7718 Score: 702
Period size: 305 Copynumber: 1.9 Consensus size: 304
7121 AACTACATCC
* * * * * *
7131 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTG
1 TAAAATCACTTATTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGGGTG
* * * * *
7196 ACTAGAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTTG
66 ACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTCTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTTA
* * * * * * *
7261 ATTTTAATCTATTTTTACAAAAAATGTACAAACATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATAATAAA
131 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGATAATAAA
* * * * *
7326 ACTATTTAAAGCATGTAATTAGACTTTTGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGACTTTTGTGCTAA
196 ACCATTTAAAGCATGTAATAAGACTTTCGAAGCCATGGCTAACTATAAATGGACTTTTCTGCTAA
* * *
7391 TGAATGGCTTTTTCTTTAAGTTTCCCAACGTAAAAAAATTCAACT
261 TAAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCCAACGT-AAAAAATTCAACT
* * *
7436 TAAAATCACTTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-ACTATGGGT
1 TAAAATCACTTATTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT-TGGGT
* * * * * *
7500 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTCTCTTCATGCTTTC-CAAGGCAGATATT
65 GACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTCTCTTCACG-TTTCTCAAGACAGACATT
* * *
7564 TAATTATAA-ATGTTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAT
129 TAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGATAAT
* *
7627 AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT-
193 AAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAGACTTTCGAAGCCATGGCTAACTATAAATGGACTTTTCTG
* * *
7690 CTAGTAAATGATTTTTTCTTCAGGTTTCC
257 CTAATAAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCC
7719 TTAGCTTGAC
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 41, Indels: 10
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
303 23 0.10
304 99 0.42
305 112 0.47
306 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (304 bp):
TAAAATCACTTATTAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGGGTG
ACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTCTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTTA
ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATCAGATAATAAA
ACCATTTAAAGCATGTAATAAGACTTTCGAAGCCATGGCTAACTATAAATGGACTTTTCTGCTAA
TAAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCCAACGTAAAAAATTCAACT
Found at i:8145 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7420--8679 Score: 1162
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
7410 GTTTCCCAAC
* * * * *
7420 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-
* * * * * * * *
7485 TTTGAAA-CTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTCTCTTCATGCTT
65 TTTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACG-TT
* * * * *
7549 TC-CAAGGCAGATATTTAATTATAA-ATGTTTTAAGCAAAAAT
129 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
7590 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * *
7655 TTCGAAGCCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTAGTAAATG-AT---TTTTTCTTCAGGTT
66 TTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT-T-GTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTT
* * *
7716 TC-CTTAGCTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAGAAAAT
129 TCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAAT
* * * ** *
7759 ATAAAACAATTGAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
7824 TTCAAAGATATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CTAATG-ATAGC-----CTTCATGTTT
66 TTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
7882 C-CTGAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAAT
130 CTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * *
7924 GTAAAAAAA-TCAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGC
1 GTAAAAAAATTC-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
7988 TTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATTGG-TTTTTCTTGTTAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTC
65 TTTCAAAGGTATGGGTAACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTT
* **
8052 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAAT
129 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
8095 ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGT-AGGA
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGC
** * * * *
8159 TTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTCATGTTT
65 TTTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
* ** * * * *
8224 CCCAAGACAGATATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAATAT
130 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
8266 GCACAAAAATTCAACCTAAAAACAATCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGAT
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * ** * *
8331 TTTAAAGACAT-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGGGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTC
66 TTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTC
* *
8395 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAATAT
131 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* ** * * * * *
8436 GTACAAATTTTCAACCTAAAGTTAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAGGCGAGTAATTAA-GC
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGC
* * ** * ** * * * *
8500 TTTCGAAGGTGTGCATAACTATAAACGGACTTTTCTCATCAATGAATGGCTTTTTATTTACATTT
65 TTTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
* *
8565 CTCAAGGTAGTA-ATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAT
130 CTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** * * * * *
8607 GTAAAATTAGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATTAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*
8672 TTCGAAGG
66 TTCAAAGG
8680 CATAGGATTT
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 158, Indels: 57
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 131 0.15
166 8 0.01
167 12 0.01
168 28 0.03
169 106 0.12
170 228 0.25
171 380 0.42
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTC
TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
Found at i:8451 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 7421--8685 Score: 1095
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
7411 TTTCCCAACG
* * * *
7421 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTT
* * * * *
7486 TTGAA-ACTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGA-ATGGCTTTCTCTTCATGCTT
65 TTGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGATA-GCCTTT-TCTTCAT-ATT
* * * *
7549 T-CCAAGGCAGATATTTAATTATAA-ATGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
125 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * *
7612 CAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTAACTATA
189 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * ** * * * *
7677 AATGGACTTTTCTCT-AGTAAATGATTTTTTCTTCAGGTTTC-CTTAGCTTGACATTCAATTATA
254 AATGGACTTTTCTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATA
*
7740 ATCTGTTTTAACAGAAAATA
318 ATCTGTTTTAACAAAAAATA
* * * *
7760 TAAAACAATTGAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTT
** ** * * *
7825 TCAAAGATATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATAG-C----CTTCATGTTTCCT
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATGATAGCCTTTTCTTCATATTTCCC
* * * * *
7885 GAGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATCAAACTTAAAATCAAT
129 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAAT
* * * * * *
7950 TATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGG-TTTGAGTGACTATAAAT
193 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG-GTGACTATAAA-
* * * * *
8014 TGG-TTTTTCTTGTTAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
256 TGGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
8078 CTGTTTCAATAAAAAATA
320 CTGTTTTAACAAAAAATA
* * *
8096 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGTAGGATT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGGCTT
* * * *
8161 TTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTCATGTTTCC
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCAATG-ATAGCCTTTTCTTCATATTTCC
* * * * * * * *
8226 CAAGACAGATATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAATATGCACAAAAATTCAACCTAAAAACAA
128 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
8291 TCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGACAT-GGTAACTATAAAT
192 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
** *
8355 GGACTTTTCTTATCAGGGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
257 GGACTTTTCTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
8420 TGTTTGAACCAAATATG
321 TGTTTTAACAAAAAATA
* ** * * * * * * *
8437 TACAAATTTTCAACCTAAAGTTAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAGGCGAGTAATTAAGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGGCTT
* ** ** * ** * * * * *
8502 TCGAAGGTGTGCATAACTATAAACGGACTTTTCTCAT-CAATGAATGGCTTTTTATTTACATTTC
65 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT--TGCAATG-ATAGCCTTTTCTTCATATTTC
* * * * * * *
8566 TCAAGGTAGTA-ATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATTAGTCAACCTAAAATC
127 CCAAGGCAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * * * **
8630 AATTATGAGATGATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATAGG
190 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGG
8686 ATTTCAGGTT
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 140, Indels: 51
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.00
333 36 0.05
334 87 0.11
335 4 0.01
336 142 0.19
337 7 0.01
338 3 0.00
339 91 0.12
340 8 0.01
341 267 0.35
342 102 0.13
343 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTT
TGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGATAGCCTTTTCTTCATATTTCCCAA
GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAAATA
Found at i:8812 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 8562--8814 Score: 307
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 132
8552 TTTATTTACA
* * * * **
8562 TTTCTCAAGGTAGTAATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATTAGTCAACCTAAA
1 TTTCCCAAGGTAGTAATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAACAAGTCAACCTAAA
* * *
8627 ATCAATTATGAGATGATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATAGGATTTCA
66 ATCAATTATCAGATGATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGATTTCA
8692 GG
131 GG
* * *
8694 TTTCCCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-TAAAAAATATAAAACAATTGAACTTA
1 TTTCCCAAGGTAGTA-ATTCAATTATAATCTGTTTCAACT-AAAAATATAAAACAAGTCAACCTA
* **
8757 AAATCAATTATCAGATTATAAAA-T-CATCTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCAAAGGCAT
64 AAATCAATTATCAGATGATAAAACTAC-T-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
8815 GGGTGACTAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
131 4 0.04
132 97 0.95
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (132 bp):
TTTCCCAAGGTAGTAATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAACAAGTCAACCTAAA
ATCAATTATCAGATGATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGATTTCA
GG
Found at i:9457 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8688--9953 Score: 1380
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 169
8678 GGCATAGGAT
* * * * * *
8688 TTCAGGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATATAAAACAATTGAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAA
* * * * *
8753 CTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAG-TTTTTCAAAGGCATGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT-AAAAGCATGG
*
8817 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATAGCCTTTTTC
129 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAT-GGCTTTTTC
* ** * * * *
8859 TTCACATTTATTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAGAAAATTCAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAA
* * * * * * *
8924 -TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAG
65 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGCATGG
* * *
8988 ATGACTATAAATTGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTC
129 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG-ATGGCTTTTTC
* * * * * *
9030 TTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAT
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA
* * * *
9095 CCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTAAG-CTTTT-GAAGACATG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGACTTTTAAAAG-CATG
* * * *
9158 TGTAACCATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTC
128 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATG-ATGGCTTTTTC
* * * *
9201 TTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAA
* * * *
9266 CCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGACTTTTAAAAGCATCGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGCATGGG
9331 TGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAATGATGGCTTTTGT-
130 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGATGGCTTTT-TC
* * * * *
9371 TTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTAAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAA
* * * * *
9436 CTTACAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAATGCATGGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGCATGGG
* *
9501 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATGGCCTTTTC
130 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATGGCTTTTTC
** * * * * * *
9541 TTCAAATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAAACTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA
* * *
9606 CTTAAAATCAATTATCAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCCATGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAG-CATGG
* * * **
9670 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGATTTTTTC
129 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAT-GATGGCTTTTTC
* * * * * * *
9712 TTCAAGTTTCCTAAGGTAGACAGTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAACTGTAAAACAATTGAA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAA
* * * * **
9777 TTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGCA
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGCATGGG
* *
9842 TGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATAGCTTTTCTC
130 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATGGCTTTT-TC
* * ** *
9883 TTCATGTTTCCCAAGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCATC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
1 TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGT-AAAAAATTCA
9947 ACTTAAA
64 ACTTAAA
9954 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 147, Indels: 48
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 310 0.34
171 584 0.63
172 25 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGCATGGGT
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGATGGCTTTTTC
Found at i:9463 original size:815 final size:815
Alignment explanation
Indices: 7894--9488 Score: 2037
Period size: 815 Copynumber: 2.0 Consensus size: 815
7884 TGAGGCAGAT
* * *
7894 ATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAATCTAGTTTCACAAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* * ** * **
7959 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATTGGTTTTTCT
66 ATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
8024 TGTTAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATA
131 TGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATCTATCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACA
* *
8089 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAG
196 AAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAG
* * *
8154 TAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTCA
261 TAGGATTTTAAAGGCATAGATAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTCA
* * * * * *
8219 TGTTTCCCAAGACAGATATTCAACTATAATCTATTTTAACCAAATATGCACAAAAATTCAACCTA
326 TGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTACAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACCTA
* * *
8284 AAAACAATCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTAAAGACATGGTAACT
391 AAAACAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGACATGGTAACC
* * * *
8349 ATAAATGGACTTTTCTTATCAGGGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
456 ATAAATGGACTTTTCTTATCAAGGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* ** * *
8414 ATAATCTGTTTGAACCAAATATGTACAAATTTTCAACCTAAAGTTAATTATGAGATAATAAAATC
521 ATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACC
* * * ** *
8479 ATTTAAGGCGAGTAATTAAGCTTTCGAAGGTGTGCATAACTATAAACGGACTTTTCTCATCAATG
586 ATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAAGCATGCATAACTATAAACAGACTTTTCTCATCAATG
** * *
8544 AATGGCTTTTTATTTACATTTCTCAAGGTAGTAATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT
651 AATGGCTTTTTATTTACATTTCTCAAGGTAGTAATTCAATTATAAACTGTTTTAACAAAAAATAT
* * *
8609 AAAATTAGTCAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACTACT-TAAAGCGAGTAATTAGGCTT
716 AAAAATAGTAAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCA-TATAAAGCGAGTAATTAGGCTT
8673 TCGAAGGCATAGGATTTCAGGTTTCCCAAGGTAGAC
780 TCGAAGGCATAGGATTTCAGGTTTCCCAAGGTAGAC
* * ** *
8709 ATTCAATTATAATCT-GTTTCAATAAAAAATATAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATCAGAT
1 ATTCAATTATAATCTAGTTTC-ACAAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGAT
** *
8773 TATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* *
8838 TTGCTAATG-ATAGCCTTTTTCTTCACATTTATTAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTC-
130 TTGCTAATGAATAG-CTTTTTCTTCACATCTATCAAGGTAAACATTCAATTATAATATG-TTTCA
* * * * *
8901 ACCAAAAATGTAAGAAAATTCAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGC
193 ACAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGC
* * * * * *
8966 AA-TAAGGCTTTTAAAGGCTTAGATGACTATAAATTGACTTTTCTTA-CTAATGAATGGCTTTTT
258 AAGT-AGGATTTTAAAGGCATAGATAACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATAGCCTTTT
** * * * *
9029 CTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA
321 CTTCATGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTACAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCA
* * * * * * *
9094 TCCTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTAAGCTTTTGAAGACATGT
386 ACCTAAAAACAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGACATG-
* *
9159 GTAACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CTAAGGTAAACA
450 GTAACCATAAATGGACTTTTCTTATCAAGGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACA
* * * *
9223 TTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTA-AAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATT
514 TTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATA
* * * *
9287 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATT-AGACTTTTAAAAGCAT-CGGTGACTATAAATAGACTTTT
578 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAG-CTTTCAAAAGCATGC-ATAACTATAAACAGACTTTT
** * *
9350 CTTGTCAATG-ATGGCTTTTGT-TTTACGTTTCTTAAGGTAG-ACATTCAATTATAAACTGTTTT
641 CTCATCAATGAATGGCTTTT-TATTTACATTTCTCAAGGTAGTA-ATTCAATTATAAACTGTTTT
* * * *
9412 AACAAAAAATATAAAAATATTAAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAG
704 AACAAAAAATATAAAAATAGTAAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATATAAAGCGAG
9477 TAATTAGGCTTT
769 TAATTAGGCTTT
9489 TAAATGCATG
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 105, Indels: 26
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
814 12 0.02
815 483 0.73
816 167 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (815 bp):
ATTCAATTATAATCTAGTTTCACAAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTATAAGATT
ATAAAATCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCACATCTATCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTCAACA
AAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAG
TAGGATTTTAAAGGCATAGATAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCCTTTTCTTCA
TGTTTCCCAAGACAGACATTCAACTACAATCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTCAACCTA
AAAACAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAAGATTTTAAAGACATGGTAACC
ATAAATGGACTTTTCTTATCAAGGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATTAAGCTTTCAAAAGCATGCATAACTATAAACAGACTTTTCTCATCAATG
AATGGCTTTTTATTTACATTTCTCAAGGTAGTAATTCAATTATAAACTGTTTTAACAAAAAATAT
AAAAATAGTAAACCTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATATAAAGCGAGTAATTAGGCTTT
CGAAGGCATAGGATTTCAGGTTTCCCAAGGTAGAC
Found at i:10669 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 10381--10917 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 165
10371 NNNNNNNNNN
* * * * *
10381 GTAATAAGCTTTTTAAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCTATGAATGCTCGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGCT--TTT
* *
10446 CTTTG--TGTTTCTTGAGGTAGAA-ATTCAATTATAGTCTGTTTTGAAGAAAAATGTAAAAAAAT
64 -TTTGCATGTTTC-TCAGG-A-AAGATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAATG-AAAAAAAT
* *
10508 TAAGATTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
123 TAA-CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
10552 CTAATAAGCCTTTTCAGGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAAT-GCTTTTT
* *********
10617 TTGCATGTTTCTCATGGAAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGNNNNNNNNNNCA
65 TTGCATGTTTCTCA-GGAAAG-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATG--AAAAAAATTA
* * *
10682 ACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGA
125 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
10723 GTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTT-AATGAACAAGCTTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TTCAATG-A-ATGCTTT
* * *
10787 TTTTGCATGTTTCCCAAGGCAAGTACTCAATTATAGTCTGTTTTAAC---AA--AAAAAAATTCA
63 TTTTGCATGTTTCTC-AGGAAAG-ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGAAAAAAATT-A
* * * *
10847 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACTATTAAAAGCGG
125 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*
10888 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAG-GTGACT
10918 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 56, Indels: 34
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 60 0.20
168 2 0.01
169 6 0.02
170 8 0.03
171 165 0.56
172 52 0.18
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTTTTT
TGCATGTTTCTCAGGAAAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTAACTTAA
AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:11457 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11069--11579 Score: 569
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
11059 NNNNNNNNNN
* * *
11069 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAATGACTCTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGAATGACTCTAA
* * * * * * *
11134 ATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGTTTGTTTGTTCACATTTCTCG-GGATAGACAATCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATA
* * * *
11198 GCATGTTTTAATAACAAATATAAAAAATTTAACTTAAGATA
130 GTATGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAATTTAACTTAAAATA
* * * * *
11239 AATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTTTGAAAGAATGATTGACTCTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGAATGACTCTAA
* * * *
11304 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACTAGTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAG
66 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
11369 TATGTTTTAATAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
131 TATGTTTTAATAAAAAAT-TTAAAAAATTTAACTTAAAATA
********** * *
11410 AATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG-AAGAAAT-AGGTGACTGT
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAG-AATGA-ATGACTCT
* * * * *
11473 AAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTTCTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
*
11538 AGTATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
129 AGTATGTTTTAATAAAAAAT-TTAAAAAATTTAACTTAAAAT
11580 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 53, Indels: 7
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 128 0.45
171 156 0.55
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGAATGACTCTAA
ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTAGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
TATGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAATTTAACTTAAAATA
Done.