Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400252.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3462.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4945
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Found at i:598 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 274--641 Score: 411
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
264 AGTGACTATA
* ** * *
274 AATGGATGGCTTTTGCTTCCCATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTCGTTCAACCAACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTCGTTCAACCAAAA
* *
339 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAATATAG
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
* * *
404 CTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
131 CTTTAGAAGGCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * **
445 AATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTCGACATTCAAATATAATTTATGTT-AGTCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCT-CGTTCAACCAAA
* * * * *
509 AATATAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATCATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
65 AATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAATA
* * * * *
573 AAGTTTTAGAAGGCATGGA-TGACTATATATGGACTTTTTTTGCC
128 AAGCTTTAGAAGGC-TGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* *
617 AAT-GAGTGACTTTTTCTTCACATTT
1 AATGGA-TGGCTTTTGCTTCACATTT
642 TTTGATACAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 29, Indels: 9
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 56 0.34
172 95 0.58
173 12 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTCGTTCAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATAAGATTACAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAAG
CTTTAGAAGGCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
Found at i:1367 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 881--4756 Score: 1913
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 168
871 TTAAAATAGA
* * * * * * * *
881 CTTT-GAAGGCTTGAGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATGGGTGA-TTTTCGCTTCATGT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTT-TCTTCATTT
* ** * * * ** * *
944 TTCCTTTTGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAA
65 TTTC-GATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAA
* * * * * ** *
1009 TTAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTACCAAGA
127 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGG
* ** * * * * * *
1051 CTTTCGAAGATATAAGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTA-CTAATG-GATGGCTTTTGCTTCATG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAG-TGACTTTTTCTTCATT
* * * * * * *
1114 TTTCCCATG-ATCGACATTCAAATATAAT-TTTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAA
64 TTTTCGATGCA--AATATTC-AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAA
**
1177 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGG
125 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
1221 CTTTAGAAGGTATGGGTGATTATATATGGACTTTTCTTGTCAATGAGTGACTTTTTCTTCACTTT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCA-TTT
* * * * *
1286 TTTCGATGCAAATATACAATGATAATCCATTTTAACTAAAAATGTAAGCAAATTCAACGTAAAAT
65 TTTCGATGCAAATATTCAAT-ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAAT
** * *
1351 CAATTATTAA-ATTATAAAATTATTCAAAGTGAGTAATAAGA
128 CAATTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
1392 CTTTTGAAGGCATTG-GTGACTAAAAAAGGTCTTTTC-TAGTCAGTGATTGACTTTTTCTTTATG
1 CTTTAGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAGTGACTTTTTCTTCAT-
* * * * * *
1455 TTTCTT-GAGGCAAACATTTAAATATAACCTTTTTTTAACCCAAAATGTAAAAATATTCAACTTA
63 TTT-TTCGATGCAAATA-TTCAATATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTA
* *
1519 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAAT-AGG
124 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * * * **
1563 TATTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGGTG-GTTTTCGCTTCACA
1 -CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTT-TCTTCATT
* ** * * * * *
1627 TTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAA
64 TTTTC-GATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* *
1692 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTACTAAGG
126 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* ** * * * * * * * *
1735 CTTTCGAAGATATAAGTGACTGTAAATGGATTTTTCTTACCAATG-GATGGCCTTTGCTTCATGT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAG-TGACTTTTTCTTCATTT
* * * * * *
1799 TTCCCATGGTC-TACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAA
65 TTTCGAT-G-CAAATATTC-AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAA
* *
1863 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGG
126 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
1906 CTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGGTAACTTTTTCTTCGTGTT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCAT-TT
* ** ** * *
1971 TTTCTAT-CGAAATATTCAATGATAATCCGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCTACGTAAA
65 TTTCGATGC-AAATATTCAAT-ATAATCTATTTTAA-CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * *
2035 ATCAATTATTAGGTTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGG
126 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
2078 CTTTCGAAGGCAT---TGACTATAAAAGGTA-TTTTC-TAGTCAATAACTAAATTTTTCTTTATG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTA-TCAATGAGTGACTTTTTCTTCAT-
* * * * * * * * *
2138 TTTTTTGAGGCAAACATTTAAATATAA-CTTTTTTCACCCAAAATATATAAATATTCAACTTAAA
63 TTTTTCGATGCAAATA-TTCAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAA
* *
2202 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-GATAAT-AGTT
126 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAG-G
* * * * * * * * * * *
2245 TTTTCGTAGGCTTTAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAG-TGACTTTTTCTTCATTT
* ** * * * * * *
2309 TTCCTTTTGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TTTC-GATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
2374 TCAGTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTATTAAGG
127 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGG
* * * * * * ** * * *
2416 CTTTTGAAGACATAAGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTACCAATG-GATGGGTTTTGCTTTATGT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAG-TGACTTTTTCTTCATTT
* * * * * * *
2480 TTCCCATGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAA
65 TTTCGAT-GCAAATATTC-AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAA
2544 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
127 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * *
2586 ATTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCAT-TT
* ** * * *
2651 TTTCAATGCAAATATTCAATGATAATCCGTTTTAACAAAAAATGTTAGAAAATTTAACTTAAAAT
65 TTTCGATGCAAATATTCAAT-ATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** *
2716 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGG
128 CAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
2757 CTTTCA-AAAGCATTGA-TGACTATAAAAGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGT-TT-AC
1 CTTT-AGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTT-TCTTCA-
* * * * * * * * * *
2818 GTTTCTCGAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAGCCTAAAATGTAAAAAAATTCGACTTCA
62 TTTTTTCGATGCAAATA-TTCAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAA
* * * *
2883 AATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGGGTAAT-AGG
125 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * ** * * * *
2926 TGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGC-TTTACTTCATGT
1 -CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATTT
* * * ** * *
2990 TTTCAATAGAAAACATTCAATTATAATAAATTTT-ACCCAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAA
65 TTTCGAT-GCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
3054 TCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGG
127 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
3096 CTTTCA-AAAGCTTGGGTGACTATAAATTGATTTTTCTTA-CTAATG-GATGGCTTTTGCTTTAC
1 CTTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAG-TGACTTTTTC-TT-C
* * * * * * * * * * * * *
3158 GTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTAAAATATATTGTAACTAGAAATATAAAAAAATTTAACTTA
61 ATTTTTTCGATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
* * *
3222 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
124 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * ** * *
3267 CTTTCA-TA-GCGAT-ACGTGACTATCAATGGA-TTTTTTTCCCAATGAATGGCTTTTT-TTCAC
1 CTTT-AGAAGGC-ATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCA-
* * * * * * * * *
3327 GTTTCTCGAGGTAAATATTCATTTACAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
62 TTTTTTCGATGCAAATATTCA-ATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAA
* * ** *
3392 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCAATAA--
125 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
3434 C--------GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAATG-GATGGCATTTGCTTCGCT
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAG-T-G-A----CTT---T
* * * *
3489 TTTTTCATCTTCATGTTTCCCAT-CATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
55 TTCTTCA--TT--T-TTT-CGATGCA-A-ATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-A
* * * **
3553 AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
110 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * **
3612 CTTTTAGAA-GCATG-GTGACTATAAAAGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTTTCTTTACGT
1 C-TTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATTT
* ** * *** * * * * * * *
3675 TTCCTGGGGTAGCCATTGAAATATAATTTGTTTTAGCCCAAAATGGAAAAAGATTCAACATAAAA
65 TTTC-GATGCAAATATT-CAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAA
* * * *
3740 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGGGTAAT-AGG
127 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
3781 TATTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAAT-AGGTGACTTTTGCTTCCTG
1 -CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-GTGACTTTTTCTTCAT-
* * * * *
3845 TTTTT-GATAGTAACA-ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAGTATTCAACTTA
63 TTTTTCGAT-GCAA-ATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTA
* * * ** *
3908 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAGA
124 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
3953 CTTTAGAAGGCATGGGTGA-TAATAAAAGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTC-TCTATG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTC-ATT
* * * * * ** * *
4016 TTTCCCATGGCAGATGTTTAAATATAGA-CCGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAA
64 TTTTCGAT-GCAAAT-ATTCAATATA-ATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
4080 AATTAATTATGAGATTA-GAAACTTATTTAAAGCGAGTAATAAGA
125 AATCAATTATAAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
4124 CTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATATG-CTTTTCTTGTCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAG-TGACTTTTTCTTCA--
* * * ***
4187 TTTCTT-GAGGCAGACAT-TTAAATATAA-CTATTTTAGGGAAAAATGTAAAAACATTCAACTTA
62 TTTTTTCGATGCA-A-ATATTCAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTA
* * * * *
4249 AAATCAATTATGAGTTTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATATGG
124 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
4294 CTTTCGAGGGC-TAGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAAT-AGATGGCTTTTACTTCATG
1 CTTTAGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAG-TGACTTTTTCTTCAT-
** * * * * ** * * *
4357 TTTCCCAAGGTC-GACATTCAA-ATATATCTGCTTTAATCGATAATGTAAAAATATTCAACTTAA
63 TTTTTCGATG-CAAATATTCAATATA-ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAA
*
4420 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
125 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * *
4464 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-GGAACTTTTCTT-GCAAATGATTGGCCTTTTGTTCATG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTATC-AATGAGTGACTTTTTCTTCAT-
* * * * * * * * * * * *
4527 TGTGTCAAGGTAGACATTGAATTATACTCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAGCAA-TCAACTTAA
63 TTTTTCGATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA--AATTCAACTTAA
* ** * *
4591 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGGAATAATG
125 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
4635 CTTTCGACGGCATAAATGACTATAAAAGGACTTTTCTT-TCTAATCGA-TGGCTTTTGCTTCATG
1 CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AAT-GAGTGACTTTTTCTTCATT
* * * * * * *
4698 TTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTGTATCCAACAATATAAAAACATTCAA
64 TTTTC-GATGCAAATATTCAA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAA
4757 AGGCTTCAGT
Statistics
Matches: 2895, Mismatches: 616, Indels: 389
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 16 0.01
160 14 0.00
161 1 0.00
166 7 0.00
167 65 0.02
168 19 0.01
169 312 0.11
170 820 0.28
171 1231 0.43
172 265 0.09
173 15 0.01
174 3 0.00
175 3 0.00
176 89 0.03
178 1 0.00
179 2 0.00
183 1 0.00
184 1 0.00
185 25 0.01
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATTTT
TTCGATGCAAATATTCAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
Found at i:2559 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 881--4756 Score: 2375
Period size: 341 Copynumber: 11.4 Consensus size: 340
871 TTAAAATAGA
* * * *
881 CTTT-GAAGGCTTGAGTGATTAAAAATAGACTTTTCTTACCAATGGGT-GATTTTCGCTTCATGT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGT
* * * *
944 TTCCTTTTGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAA
65 TTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * ** * * * *
1009 TTAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACT-AGTACCAAGACTTTCGAAGATATAAGTGACTG
130 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTA
* * * * * **
1073 TAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCATGATCGACATTCAAATA
194 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCGA-GGTAAACATTCAAATA
* * *
1138 TAATTTTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
258 TAATTTTTTTAA-CCAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
**
1203 TTAAAG-AAAGTAATAAGG
322 TTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * ** * *
1221 CTTTAGAAGG-TATGGGTGATTATATATGGACTTTTCTTGTCAAT-GAGTGACTTTTTCTTCACT
1 CTTTAGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCA-T
* * ** * * * ** * * ** *
1284 TTTTTC-GATGCAAATATACAATGATAATCCATTTTAACTAAAAATGTAAGCAAATTCAACGTAA
63 GTTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * **
1348 AATCAATTATTAA-ATTATAAAATTATTCAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATTGGTGAC
128 AATCAATTA-TAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGAC
* * * * * * * * * *
1412 TAAAAAAGGTCTTTTC-TAGTCAGT-GATTGACTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAAACATTTA
192 TATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGGA-TGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CGAGGTAAACATTCA
*
1475 AATATAACCTTTTTTTAACCCAAAATGT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
254 AATATAA--TTTTTTTAA-CCAAAATATAAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
*
1539 AAACTATTTAAAGTGG-GTAAT-AGG
315 AAACCATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * **
1563 TATTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGGTGG-TTTTCGCTTCACA
1 -CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATG
*
1627 TTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
64 TTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
1691 AATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTACTAAGGCTTTCGAAGATATAAGTGAC
128 AATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGAC
* * * * * **
1755 TGTAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCCATGGTCTACATTCAAA
192 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCGA-GGTAAACATTCAAA
*
1820 TATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
256 TATAATTT-TTTTAACC-AAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
*
1885 CATTTAAAGT-TAGTAATAAGG
319 CATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * ** * *
1906 CTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGGTAACTTTTTCTTCGTGT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-
* * * * * *** * * * *
1970 TTTTCTATCG-AAATATTCAATGATAATCCGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAAAATTCTACGTAA
64 TTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
2034 AATCAATTATTAGGTTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT---TGACT
128 AATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACT
* * * *** * ** * *
2096 ATAAAAGGTA-TTTTC-TAGTCAAT-AACTAAATTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAAACATTTA
193 ATAAATGG-ACTTTTCTTA-CCAATGGA-TGGCTTTTGCTTTATG-TTTCCGAGGTAAACATTCA
* * * *
2158 AATATAACTTTTTTCACCCAAAATAT-ATAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
254 AATATAA-TTTTTTTAACCAAAATATAAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
*
2222 ACCATTTAAAGTGGA-TAAT-AGTT
317 ACCATTTAAAGTGGAGTAATAAG-G
* * * * *
2245 TTTTCGTAGGCTTTAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* *
2310 TCCTTTTGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
66 TCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
2375 CAGTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTATTAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTGT
131 CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTAT
* * * *
2439 AAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGGTTTTGCTTTATGTTTCCCATGGTAGACATTCAAATAT
195 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCGA-GGTAAACATTCAAATAT
*
2504 AATTTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT
259 AATTT-TTTTAACCAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATT
2569 TAAAGT-GAGTAATAAGG
323 TAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * * *
2586 ATTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * * *** * * * *
2651 T--TTCAATGCAAATATTCAATGATAATCCGTTTTAACAAAAAATGTTAGAAAATTTAACTTAAA
66 TCCTT--TTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
2714 ATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGGC-TTTCAAAAGCAT-TGATGAC
129 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATAAG-TGAC
* * ** * * * *
2777 TATAAAAGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTG-TTTACGTTTCTCGAGGCAAACATTTAAA
192 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CGAGGTAAACATTCAAA
* * * * * * * *
2841 TATAATCTGTTTTAGCCTAAAATGTAAAAAAATTCGACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
256 TATAAT-TTTTTTAACC-AAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
*
2906 TATTTAAAGTGG-GTAAT-AGG
319 CATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * *
2926 TGTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGC-TTTACTTCATGT
1 -CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * * ** * *
2990 TTTCAATAGAAAACATTCAATTATAATAAATTTT-ACCCAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAA
65 TTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * **
3054 TCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGC-TTTCAAAAGCTTGGGTGACTA
130 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATAAGTGACTA
* * * * * * *
3118 TAAATTGATTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
194 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CGAGGTAAACATTCAAATA
* * * * * *
3183 AAATATATTGTAACTAGAAATATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
258 TAAT-TTTTTTAACCA-AAATAT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
*
3247 ATTTAAAG-CGAGTAATAAGG
320 ATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * * * * * *
3267 CTTTCA-TA-GCGAT-ACGTGACTATCAATGGA-TTTTTTTCCCAATGAATGGCTTTT-TTTCAC
1 CTTT-AGAAGGC-TTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
*** * * * * * *
3327 GTTT-CTCGAGGTAAATATTCATTTACAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
63 GTTTCCT-TTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* ** * *
3391 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAGCAATAACGC--TT---G-----AGTGA
127 AAATCAATTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGA
* * *
3445 CTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCATTTGCTTCGCTTTTTTCATCTTCATGTTTCCC
191 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGC--TT--TT-G-------C-T-TT-ATGTTTCCG
** * * * * * *
3510 ATCATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAT
241 A-GGTAAACATTCAAATATAAT-TTTTTTAACC-AAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAT
* * **
3575 TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAG-CAAGTAATAAGG
303 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * ** ** ** * * *
3612 CTTTTAGAA-GCATG-GTGACTATAAA-AGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTTTCTTTACG
1 C-TTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
*** * ** * * * * * ** ** * *
3674 TTTCCTGGGGTAGCCATTGAAATATAATTTGTTTTAGCCCAAAATGGAAAAAGATTCAACATAAA
64 TTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
3739 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGGGTAAT-AGGTATTTTGAAGGCTTAAGTGACT
129 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGACATAAGTGACT
* ** * ** ** *
3803 ATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGG-TGACTTTTGCTTCCTGTTTTTGATAGT-AACAATTCAA
193 ATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCGA-GGTAAAC-ATTCAA
* * * * * *
3866 TTATAATATATTTTAACTAAAA-ATATAAAAGTATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
255 ATATAAT-TTTTTTAACCAAAATATA-AAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
* ** *
3930 ACCATTTAAAG-CGAACAATAAGA
317 ACCATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * ** ** * *
3953 CTTTAGAAGGCATGGGTGA-TAATAAA-AGGGCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTC-TCTAT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATA-GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTC-AT
** * * ** * * *** ** * *
4015 GTTTCCCATGGCAGATGTTTAAATATAGA-CCGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTA
63 GTTTCCTTTTGCAAACATTCAATTATA-ATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
4079 AAATTAATTATGAGATTA-GAAACTTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-AGCTTGAGTG
127 AAATCAATTATAAGATTATAAAAC-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATAAGTG
* ** * * * * * * *
4142 ACTATAAATATG-CTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTT
190 ACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CGAGGTAAACATTC
* * *** * * *
4206 AAATATAACTATTTTAGGGAAAAATGTAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAA
253 AAATATAATTTTTTTA-ACCAAAATATAAAAA-ATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
* * *
4270 GACCATTTAAAG-CGAGTAATATGG
316 AACCATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * * ** * *
4294 CTTTCGAGGGCTAGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
**** * * * ** * * * *
4359 TCCCAAGGTC-GACATTCAAATAT-ATCTGCTTTAATC-GATAATGTAAAAATATTCAACTTAAA
66 TCCTTTTG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * **
4421 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
129 ATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTA
* * * * * *
4486 TAAA-GGAACTTTTCTTGCAAAT-GATTGGCCTTTTG-TTCATGTGTGT-CAAGGTAGACATTGA
194 TAAATGG-ACTTTTCTTACCAATGGA-TGG-CTTTTGCTTTATGT-T-TCCGAGGTAAACATTCA
* * * * * *
4547 ATTATACTCTGTTTTAACTAAAATTGTAAAAGCAA--TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
254 AATATAAT-TTTTTTAACCAAAA-TATAAAA--AATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
** * *
4610 AAACCATTTAAAG-CAAGGAATAATG
315 AAACCATTTAAAGTGGAGTAATAAGG
* * * * * * * *
4635 CTTTCGACGGCATAAATGACTATAAA-AGGACTTTTCTTTCTAATCGATGGCTTTTGCTTCATGT
1 CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
*** * * * * * *
4699 TTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTGTATCCAACAATATAAAAACATTCAA
65 TTCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
4757 AGGCTTCAGT
Statistics
Matches: 2799, Mismatches: 577, Indels: 318
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
330 32 0.01
332 2 0.00
334 2 0.00
335 1 0.00
338 86 0.03
339 288 0.10
340 460 0.16
341 924 0.33
342 388 0.14
343 345 0.12
344 31 0.01
345 108 0.04
346 90 0.03
347 2 0.00
348 2 0.00
351 2 0.00
352 2 0.00
354 2 0.00
356 30 0.01
357 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
TCCTTTTGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCGAGGTAAACATTCAAATATAA
TTTTTTTAACCAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGGAGTAATAAGG
Found at i:4827 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 4752--4853 Score: 195
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 50
4742 TATAAAAACA
4752 TTCAAAGGCTTCAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATCTATGGATGGCT
1 TTCAAAGGCTTCAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATCTATGGATGGCT
*
4802 TTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATCTATGGATGGCT
1 TTCAAAGGCTTCAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATCTATGGATGGCT
4852 TT
1 TT
4854 TGCTTCATAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 51 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.23, T:0.37
Consensus pattern (50 bp):
TTCAAAGGCTTCAGTGACTACAAGTGGACTTTTCTTATCTATGGATGGCT
Done.