Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397256.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_56.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 99179 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 29
Found at i:337 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 124--5626 Score: 3538
Period size: 171 Copynumber: 32.0 Consensus size: 170
114 NNNNNNAAAG
** ** * * *
124 CCATTTAAAGCGAGTAATATTGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGCCCTTTCTCTTCGA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTCTCTTCAA
* * * *
189 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGGCATTTAATTATAATCTATTTCAACCAACAAT
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* * * *
254 GGAAAAAAATACAACTTAAAATCAATCATGATATTATAAAA
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* * *
295 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTATCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTCT-TCA
** * * * *
360 ATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * * *
425 TGAAAAAGAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTAAAAAA
129 TGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * ** * *
468 CTATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTAAAAGTTTGAGTCACTATAAATAGACTTT-TCTTACCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * * * * *
532 ATGGGTGACTTTTGCTTCACAT-TTTCC-AA-AATAGACATTCAATTATAATATATTTTAGCTAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* *
594 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAA
126 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
639 CCATGTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATGGGTAACTACAAATGGACTTTTTTTGTCAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCT-TCAA
* ** * * * * * * * *
704 TGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTTTTTTAACCCAAAAT
65 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
769 ATACAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATCATATTATAATA
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * * *
810 CCATTCAAGGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAATGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * *
874 ATGGAAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-GCAGACA-TCTAATTATAA-CATATTTTAACCAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGAAGACATTC-AATTATAATC-TATTTTAACCAA
*
936 AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
126 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
981 CTATTTAAAGTGAGCAATAAGGATTTTAAAGACATGGGTGACTATAAGTGGCATTTTCT-TGTCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTCTCT-TCA
* * * * * * * * *
1045 ATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* *
1110 TGTAAAACATAATTAAACTTAAAATCAATTACGAGCA-TATAAAA
129 TGTAAAA-A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA
** * * * *
1154 TAATTTAAA-CTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCCTCCA
1 CCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCT-CTTCA
* * * * * *
1218 ATGGATGGCTTTTAG-TTTATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAGTCTAATTTAACCAACA
64 ATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * *
1282 ATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * ** * *
1325 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGG-TTAAGCGACTATAAAAAGATTTTTCTCATCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTCTTCA
* * * * * **
1389 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTCAA-AACAGGCATTCAATTCTAATATATTTTAATAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * *
1452 AATAT-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAATA
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
1495 CTATTTACAGCAAGTAATAAGGC-TTCGAAA-GCATG-GATGACTATAAATGGACTTT-TCTTGC
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTCTCTT--
* * * * * * * * *
1556 CTATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAGGCAA-ACATTCAAATATAATTTGTTTGAATCAA
62 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* *
1620 AAATGTAAAAGAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAA
126 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
1665 CCATTTAAAGCGAGTAGTAGGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGAACCTTTCT-TATCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTCT-TCA
* * * * * **
1729 ATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAA-GACACACATATTCAGTTATAATATATTTTAAATAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGA-AGAC--ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* *
1793 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATACAA
126 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * * *
1838 CCATTTAGAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGACATTAGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTATCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TCA
* * * ** ** *
1902 ATGGGTGACTTTTACTTCATGTTT-CTCAAGGTCGACATTCAATTATAATC-GCTTTAACCTAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
*
1965 A-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
2007 CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATAGACATTTCT-TGCC
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTCTCT-TC
* * * * * *
2070 AATGAATGGCTATTT-CTTCATGTTTTCTGAGGCAGACATTCAAATATAATC-AGTTTTAA-TAA
63 AATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACCAA
* *
2132 AAA-GTATACAAAAATTCAACTTAAAATCCA-TATGAGATTATAAAG
126 AAATGTA-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** ** * * * *
2177 TCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAACTCATAAATGACTATAAGTGGACCTTTCTCTCCAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTCTTCAA
* * * *
2242 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGGCATAT-AATTATAATCTATTTGAACCAATAA
65 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* *
2306 TG-AAAGAAAATACAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAA
129 TGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
2348 CCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTT-TCTTATCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TCA
** * * ** * *
2412 ATAAATGTCTTTTTCTTCA-CCTTCCTAAGG-TGAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAG-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
** * *
2475 ATAAAAAAGAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 ATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * * *
2519 TCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTCATTATAAATAGACTTT-TCTTGCCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * * ** ** * * * *
2583 ATGGGTGACTTTTACTTCAAATTTTTTAA-AATAGACATTCAATTATAATATCTTTTAGCCAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * *
2647 ATATAAAAGAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * * * *
2690 CCATGTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGAGTAACTACAAATGGACTTT-TTTTACCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * * * * * * * * *
2754 ATGAATGGTTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCT-TTTTAAACTAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AACCAAAA
* * * *
2818 ATATATAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
2861 CCATTCAAGGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGACTTGAATGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * *
2925 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-GCAGACA-TCTAATTATAA-CATATTTTAACAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGAAGACATTC-AATTATAATC-TATTTTAACCAA
* *
2987 AAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAG
126 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
3033 CCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGATTTCAAAGACATGGGTGGCTATAAATGGACTTT-TCTGGTC
1 CCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCT--TC
* * * * * * * * **
3096 AATGAATGGCTTTTTCTTGATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAATTATAACCTGTTTTAATTAAAA
63 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* **
3161 ATGTAAAACATAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGCGTATAAAA
128 ATGTAAAA-A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** ** * * *
3206 TAATTTAAA-CTGAGTAATACTGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCCTCCA
1 CCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCT-CTTCA
* * * * * * * *
3270 ATGAATAGCTTTTAG-TTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTACAATTTAATTTAACCAACA
64 ATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * *
3334 ATATAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
128 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* **** * ** *
3378 CCATGTAAAGCGAGTAATATCATTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAAAGGACTTT-TCTTACCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* ** * ** * * *
3442 ATTGATGGCTTTTATTTCTTGACT-CT-TGGAGTAGACATTCAATTAGAATATATTTTAATCC--
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGA--AGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAA
* *
3503 AAATGAAAATAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAA
126 AAATG-TAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
3550 CAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGGATGTGTGACTATAAACGGACTTT-TCTTACCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTT--CA
* * * * * * * * *
3614 ATGAATGACTTTTTCTTCACT-TTT-TTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
*
3677 ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** ** * ** * * * *
3719 CCATTTAAAATGAGTAATAATACTTTCGAAGGTGTGAGTAATTACAAATGGACTTTTCTCTAC-A
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTCTTCAA
* * * * * * * *
3783 TGGATGGCTTTTACCTCATGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTATGATCTAATTTAACTAACAAT
65 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT
* *
3848 ATAAAAAAATTCAACTCAAAAAT-AATTATGAGATTTAGCAAAATGTAAAA
130 GTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA-TT------A--TAAAA
** * *** * * ** * ** * *
3898 AAATTCAACTTGAAATAAATTATAGGATTAT-AAAACCATTCA-AAACGAGT-AATAAGACTTTC
1 CCATTTAAAGCG-AGT-AA-TA-AGGCTT-TCAAAGGCA-TGAGTGACTA-TAAAT-GGACTTTC
* ** * * * * ****
3960 AAAGGCTTGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTTC-T
58 ----TCTT---C-A--ATGGATG-GC--TT-TTGCT--T-CAT-G--TTTCCTA-AGGAAGACAT
* * * * *
4024 TGGCAGACATTCAATTATAT-TATATTTTAACTAAAATTGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
102 T--C--A-ATT--A-TA-ATCTAT-TTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
4088 TATGAGATTATAAAA
156 TATGAGATTATAAAA
* * ** *
4103 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTT-TCTTGTCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TCA
* * * *
4167 ACGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA-GATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTGAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAA
* **********
4231 AA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAA
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
4274 TCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCA-AAGGTGACTATAAATGGGCTTT-TCTTATT
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TC
* * * * * * * * * *
4337 AATGAATGGCTTTAT-CTTAACGTTTTCTAGGGTAGACATTTAAATATAA--TGTTTT-ACTAAA
63 AATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* *
4398 AA-GTAAAAACATTCAACTT-AAATTAA-TAT-AGATTAT-AAA
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** *
4437 -CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAAT-GAGCTTT-TCTTGCC
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTCTT--C
* * * * **
4499 AACGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTGAAA
63 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* *
4564 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * ** * *
4607 TCATTTCAAGTGAGTAATACGACTTTTGAAGGCAT-AGGTGAGTATAAATGGGCTTT-TCTTGTC
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TC
* * * * * *
4670 AATGAATGGCTTTAT-CTTAATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAA
63 AATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
********** *
4734 AATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATAAGATTATAAAA
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * **
4778 CCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC-ATAAATGAACTTTTCTCACCAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTCTTCAA
* * * * * * * *
4842 TGGATGACTTTTGCTTCATGATTCCTGAA-GCAGACATTCAATTACACTATATGTTAACCAAAGA
65 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * * * *
4906 TGCAAAACAATGCAACTTAAAATCAGTTATGAGATCATAAAA
129 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * * *
4948 CCATTTAAAGCAAGTGATAAGACTTTCAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTTTTTATTA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTCT-TCA
* * * * * * * * * * *
5013 ATGAATGGCTTTAT-CTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAAATATAATATGTTTTCACCCAAA
64 ATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* *
5077 ATATAAAAAAA--CAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * **
5118 CCATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGACTGAATATAAATTTACTTT-TCTTCTCA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTC-T-TCA
* * * * * * * *
5182 AAGTATGGCTTTTGCTTCACGGTTGT-C-GAGGTAGACATTCATTTATAATATATTTTAAGCAAA
64 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTT-TCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * * *
5245 CATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAA
127 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * * * ** * ********
5288 TCATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTCCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNN
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-CTCTTCAA
* * * * * *
5353 NGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
65 TGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
* * *
5416 ATGTAAAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTCTGACATTATAAAA
128 ATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * ** * * * *
5462 TTATTGAAAACAAGTAATAATACTTTCGAAA-ACATGAATGACTATAAATGGTCTTTCTCTCCAA
1 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTTCAA
* * * * * *
5526 TGGATAGCTTTTGCTTCATATAT-CTAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTAATTTAACCAATAA
65 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * * *
5590 TATAAACAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTA
129 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
5627 ACCAAAATGT
Statistics
Matches: 4135, Mismatches: 957, Indels: 481
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 3 0.00
162 87 0.02
163 5 0.00
164 6 0.00
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177 2 0.00
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180 4 0.00
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182 2 0.00
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185 1 0.00
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188 2 0.00
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203 2 0.00
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212 3 0.00
213 16 0.00
214 24 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTCTTCAAT
GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:4055 original size:214 final size:213
Alignment explanation
Indices: 3674--4096 Score: 513
Period size: 214 Copynumber: 2.0 Consensus size: 213
3664 GTTTTAACAA
* * *
3674 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAA
1 AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAA
* * * * * *
3739 TACTTTCGAAGGTGTGAGTAATTACAAATGGACTTTTCTCTACATGGATGGCTTTTACCTCATGT
66 GACTTTCAAAGGTGTGAGCAACTACAAATGAACTTTTCTCTACATGAATGGCTTTTACCTCATGT
3804 TTCCTAAGGCACACATTCAATTATGATCTAATTTAACTAACAA-TATAAAAAAATTCAACTCAAA
131 TTCCTAAGGCACACATTCAATTATGATCTAATTTAACTAA-AATTATAAAAAAATTCAACT-AAA
3868 AAT-AATTATGAGATTTAGC
194 AATCAATTATGAGATTTAGC
*
3887 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATAAATTAT-AGGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAAT
1 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGG-TTATAAAACCATTCAAAACGAGTAAT
* * *
3951 AAGACTTTCAAAGGCT-TGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTA-ATGAATGGCTTTT-GCT
64 AAGACTTTCAAAGG-TGTGAGCAACTACAAATGAACTTTTC-T-CTACATGAATGGCTTTTACCT
* * * * * *
4013 ACATGTTTTCT-TGGCAGACATTCAATTAT-AT-TATATTTTAACTAAAATTGTTAAAAAATTTA
126 -CATGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTATGATCTA-A-TTTAACTAAAATTATAAAAAAATTCA
*
4075 ACTTAAAATCAATTATGAGATT
188 ACTAAAAATCAATTATGAGATT
4097 ATAAAACCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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215 23 0.13
216 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (213 bp):
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAA
GACTTTCAAAGGTGTGAGCAACTACAAATGAACTTTTCTCTACATGAATGGCTTTTACCTCATGT
TTCCTAAGGCACACATTCAATTATGATCTAATTTAACTAAAATTATAAAAAAATTCAACTAAAAA
TCAATTATGAGATTTAGC
Found at i:4177 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3887--5626 Score: 1275
Period size: 170 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
3877 GAGATTTAGC
* * * **
3887 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATAAATTAT-AGGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
3951 AAGACTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTG-CTAATGAATGGCTTTTGCTAC
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTGCTTC
* * *
4015 ATGTTTTCT-TGGCAGACATTCAATTATATTATATTTTAACT
129 ATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* *
4056 AAAATTGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
4121 AAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAACGGATGGCTTTTGCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* * *
4186 CGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
130 TGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * ********** *
4227 GAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
1 -AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** ** * *
4292 ATGGCTTTCGAAGGC-AAAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTAT-CTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TGCTT
* * * * * *
4355 AACGTTTTCTAGGGTAGACATTTAAATAT-A-ATGTTTT-ACT
128 CATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * *
4395 AAAAAGTAAAAACATTCAACTT-AAATTAA-TAT-AGATTAT-AAA-CATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
4455 AGGCTTTCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTACTTCAT
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
*
4520 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
131 GTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
4560 GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAAAATCATTTCAAGTGAGTAAT
1 -AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * **
4625 ACGACTTTTGAAGGCAT-AGGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTAT-CTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TGCTT
* * * * *
4688 AATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCA
128 CATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CT
********** * * *
4732 AAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATAAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* *** * *
4797 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC-ATAAATGAACTTTTCTCACCAATGGATGACTTTTGCTTCAT
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * *
4861 GATTCCTGAA-GCAGACATTCAATTACACTATATGTTAACC
131 GTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * * ** *
4901 AAAGATGCAAAACAATGCAACTTAAAATCAGTTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTGAT
1 AAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * ** * * *
4966 AAGACTTTCAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTTTTTATTAATGAATGGCTTTAT-CTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TGCTT
* * * * * * *
5030 CACG-TTTCTTGAGGTAGACATTTAAATATAATATGTTTTCACCC
128 CATGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACT
* * * *
5074 AAAATATAAAAAAA--CAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * ** * * *
5137 AGACTTTCGAAGGCTTGACTGAATATAAATTTACTTTTCTTCTCAAAGTATGGCTTTTGCTTCAC
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-
* * * *
5202 GGTTGTC-GAGGTAGACATTCATTTATAATATATTTTAAGC-
130 TGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CT
* * * * * *
5242 AAACATGTAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAATAAT
1 AAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * ********** *
5306 AAGGCTTCCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGGCTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
** * * * * *
5371 CATTTTCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCA
130 TGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CT
* * * ** * ***
5413 AAAATGTAAAAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTCTGACATTATAAAATTATTGAAAACAAGTA
1 AAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** ** * * ** * * *
5478 ATAATACTTTCGAAAACATGAATGACTATAAATGGTC-TTTCTCT-CCAATGGATAGCTTTTGCT
63 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTTGCT
* * * * * *
5541 TCAT-ATATCTAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTAATTTAACC
127 TCATGTTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
5585 AATAATATAAACAAATTCAACTAAAAATTAATTATGAGATTA
1 AA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
5627 ACCAAAATGT
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 296, Indels: 93
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
GTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
Found at i:6384 original size:174 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5958--6729 Score: 650
Period size: 174 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
5948 AGACATTCAG
*
5958 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAA-CAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * **
6022 CCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCAAAG-ATAGGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGAAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCTTA--AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
* * * * * * *** * * *
6085 AT-GAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGATATTCAA
128 GTAG-ATGGCTTTCTCTTCA-GTTTCCTAAAACAAACATTGAA
* * * * *
6127 CTATAATATGTTGTAACAAAAAA-TATAAAAAACTTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAAGTA-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
6191 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTA
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-GGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA
* * **
6256 GTCGATGGCTTTCCCTTCATGTTTTTTAAAACAAACATTGAA
128 GTAGATGGCTTTCTCTTCA-GTTTCCTAAAACAAACATTGAA
* *
6298 TTATAATATATTTTAACTAAAAAAGTAAAAACAAAATTCAACCTAAAATCGATTATGAGATTATA
1 TTATAATATATTTTAAC-AAAAAAGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
6363 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
62 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * **
6428 CAATAAATGAGTTTTCTTTTC-GTTTCCTGAGGCAAACAATT-AA
126 TAGTAGATG-GCTTTCTCTTCAGTTTCCTAAAACAAAC-ATTGAA
* * * * * **
6471 ATATAATCTGTTTTAA-AAAAATGTAAGAAAATGAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** * *
6535 TAGTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGA--GTAAATGGACTTTTCTTG-TCAG
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AG
* * * *
6597 TGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAGACATCCG-A
129 TAGATGGCTTTCTCTTCA-GTTTCCTAAAACAAACAT-TGAA
* *
6638 TTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
6703 TCATTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTC
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
6730 AAAGGCATGG
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 102, Indels: 47
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.02
166 24 0.05
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171 64 0.13
172 9 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATATATTTTAACAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTA
GATGGCTTTCTCTTCAGTTTCCTAAAACAAACATTGAA
Found at i:6694 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5958--6769 Score: 691
Period size: 169 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
5948 AGACATTCAG
*
5958 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
6022 CCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTCAAA-GATAGGGGTGAC-TATAATGGACTTTTCTTGAAA
66 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGAGTGACATA-AATGGACTTTTCTTG-CA
* ** * * *** * *
6085 ATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGATATTCAA
129 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAAACA-TCAA
* * * * * * *
6127 CTATAATATGTTGTAACAAAAAATATAAAAAACTTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
6192 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCT-TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTA
66 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGAGTGAC-ATAAATGGACTTTTCTTGC-A
* ** * ** *
6256 GTCG-ATGGCTTTCCCTTCATGTTTTTTAAAACAAACATTGAA
129 AT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAAACA-TCAA
* *
6298 TTATAATATATTTTAACTAAAAAA-GTAAAAACAAAATTCAACCTAAAATCGATTATGAGATTAT
1 TTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
6362 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAA-GATAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
62 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGA-GTGAC-ATAAATGGACTTTTCT
* ** * ** *
6425 TGCCAATAAATGAG--TTTTCTTTTCGTTTCCTGAGGCAAACAATTAA
125 TG-CAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAAAC-ATCAA
* * * * **
6471 ATATAATCTGTTTT-A-AAAAAATGTAAGAAAATGAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
6534 CTAGTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TGAGTGA-GTAAATGGACTTTTCTTGTCAG
66 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGAGTGACATAAATGGACTTTTCTTG-CAA
* * *
6597 TGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAGACATCCGA
130 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAAACAT-CAA
* *
6638 TTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
6703 TCATTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTCAAAGGC-ATGGGTCACTAGAAATTGACTTTTCTTGCCA
66 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGAGTGAC-ATAAATGGACTTTTCTTG-CA
6767 ATG
129 ATG
6770 GCTAGCTCGT
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 109, Indels: 52
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 25 0.05
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169 101 0.20
170 72 0.14
171 80 0.16
172 10 0.02
173 36 0.07
174 88 0.17
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTATGAGTGACATAAATGGACTTTTCTTGCAAT
GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAAACAAACATCAA
Found at i:8436 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8139--12796 Score: 2610
Period size: 171 Copynumber: 27.4 Consensus size: 170
8129 NNNNTGGTTC
** * *
8139 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCTAACAAATTA-AATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA-TT
* * * * * * * **
8203 GAATGTCTGCCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 GAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
8268 A-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTGT
129 ACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * *
8310 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
8375 ATTGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAATCCTTTTATAG-CT
66 AATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * * *
8439 GCTTAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTT
* * * *
8481 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-ATTTTAGTTTAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATT
* * * *** ** * * * ** * * *
8545 GATTTTCTAACTCAAG-AAATGTGAAGATAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAATTCTATTTATAGC
65 GAATGTCT-GCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
8609 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
8652 TATACTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAATT
* ** * * * * * *
8715 GAATGT-TCGCCTT-GAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCGTTGATAAAAAAAAGTCTATTTATA
65 GAATGTCT-GCTTTGGA-AAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
8778 GTCACTCATACCTTTGAAATCATTATTA-TT-CAATTTAAATGGTTT
126 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC--TTTAAATAGTTT
* * * *
8823 TATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTACA-GTTTTAGTT-AAATAGATTATAATA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATT
* * * * ** * * * * * * *
8885 GATTTTTTTTCCTCAGG-AAATATGAAGTAAAAGCCATGCATTGATAAGAATAGTTCATTTACAG
65 GA--ATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * *
8949 TCACTCAAGGATTCAAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * **** *
8993 TATAATC-CTATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGCAAAAACTA-ATTGTAAT
1 TATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-TAGATTATAAT
* * ** * *
9056 TGAATATTTGGCTCTT-G-AAATGTGAAATG-AAAGCCATTCATTGACACA-AAAAGCCCATTTA
64 TGAATGTCT-GCT-TTGGAAAACATG-AA-GCAAAGCCATCCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTA
** * *
9117 TAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
124 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * *
9164 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-C-TTGTTTCATTAAAATAGATGATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
9227 GAATGTTTGCCTTAGAAACCA-GAAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAG--AAGTCCATTTATAAT
65 GAATGTCTGCTTTGGAAAACATG-AAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AG
* * * ** *
9289 TAAAT-ATGCCTTC-AGAAGCCCTATT-CTCACTTTAAATAGTAT
127 TCACTCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * ** *
9331 TATAATCTCATAA-TGATTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATAG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * *
9395 ATTGTTTGCCTTGTG-AAATATGAAACAAAAGCCATGCATTGACAA-AAAAGTTCATTTGTAGTC
66 AATGTCTGCTTTG-GAAAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
9458 ACTCAAGCATGCAAAAACCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * ***
9500 TATACTCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTA-ATTTCTTGGCAAAA-ACTGATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA--GATTATAAT
* * * * ** ** * * *
9563 TGAATATTTAC-CTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCATTGATAA-AATAAGTCCATTTATA
64 TGAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATA
* * * * * *
9626 GTTACTCCTACCTTCGAAAGCATTATTA-TCTACTTTAAATGGTTT
126 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTT
* * * * * *
9671 TATAATCTCATAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTT-C-TATTTTCATTAAAATAGATGATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
9734 GCATGTTTGTCTTGGGAAATGCA--AAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTATAG
65 GAATGTCTG-CTTTGGAAA-ACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * *
9797 TCAAACATGACTTC-AAATGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTC
127 TCACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * ** ** * *
9841 TATAAAT-TCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACCCTTTTGCTTAAAACAAATTATAAT
1 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * *** * * * * *
9904 TGAATGTATGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
9969 CACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC--CCATTTCAAATGGTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC-TTT-AAATAGTTT
* * *
10012 TACAAACCCATAATTGATTTTAAGTTG---------A-A-TTTTT-TTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
10065 AATGCCTGCCTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAA-AAAAGTCTATTTATAAT
66 AATGTCTG-CTTTGGAAAACATGAAGC-AAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** ** *
10128 CACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTTATTTTAAATGGTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
** ** *
10171 TATAATCTCATAATTGA--TT---TTGAATTTTTTTACA-TTGCTAGTTAAAATACCTTATAATA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATT
* **** * * * *
10230 GAATGTCTAC-CACAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCAATGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAG
65 GAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAGC-AAAGCCATCC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
10293 TCACTCATGCCCTCGAAAGCATTATTACTCACCTTAAATCA-TTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTT
* * * * * ** * *
10337 TACAATTTCATAATTGATTGTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACA-TTTGATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-ATAATT
* * * * * * * *
10400 GAATGTTTTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTACAA
65 GAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
10463 TCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTCAAATAGTTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
10507 TATAATCTCATAATT-ATTTTCAAGTTGAGTTTTCTTCCATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
** * *
10571 GAATGTCTGCTCCAGG-AAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 GAATGTCTGCT-TTGGAAAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
10635 CACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* *
10678 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACA-GTTTTAGTTAGAATAGATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAAT
* * ** * * ** ** * * *
10742 TCAATGTCTAC-TTCAAGAAACTTAAAGCAAAAATCATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATGG
64 TGAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * *
10806 GCGCCCACACCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTT
* * * *
10850 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTCATTAAAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * * * *
10915 AATGTTTACTTTAGAAAACAAGAAGTAAAAACCATTCACTAGTA-AA-AAAAGTCTACTTATAGT
66 AATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCA-TTG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
10978 CACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT-GATTT
128 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTT
* * * ** * * *
11021 TATAATCTCATAATTGGTTTTAGGTTCAATCGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* ** * * * * * *
11086 AATGTCTACCTCAGG-AAACGTGAA-AAAATCCTATTCATTTACAA-AAAAGTCTATTTATAGTC
66 AATGTCT-GCTTTGGAAAACATGAAGCAAAGCC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
11148 ACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTCCTCGCTTTAAATGGTTT
129 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * *
11190 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGATTATATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
11254 GAATGTCTG-TCCT--AAGAA-ATGCGAGCAAAAAGCTATTCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTA
65 GAATGTCTGCT-TTGGAA-AACATG-AAGC--AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTA
* ** *
11314 TAGTCACCCATAACTTC-AAAGGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTT
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* * ** * *
11361 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGCATTTTTGCTTAAAAAATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * * * *
11426 AATGTATGTCTTAGG-AACCGTGAAGAAAAAGCTATTCACT-AGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
66 AATGTCTG-CTTTGGAAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
11489 CACCCATACCTTC-AAAGGTCTTATTATTTGCTTTGAAT-GATTT
128 CACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTT
* * ** * *
11532 TATAGTCTCATAATTGATTTT-AGATAGTTTTTTTTTACATTTTTTGTTTAACAT--ATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAAT
* * * *
11594 TGAATGTAT--TTCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTAT
64 TGAATGTCTGCTT-TGGA-AAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
11656 AGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCATTACT-CTTGCTTTAAATGGTTT
125 AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
*** * * * * *
11701 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATATTTTTAC-TTTTTTGTTGAAATAAATTATAATGG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * * *
11765 AATGTTTAC-CT-CAAGAA-ATGAAAAGAAAAAGCTAGT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA
66 AATGTCTGCTTTGGAA-AACATG--AAG-CAAAGCCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
11826 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACTTACTTTAAATGGTCT
126 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
11871 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTATTGATTAAGATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * *
11935 AGTG-CTTGCCTTAGG-AAACATG-AGCCAAAAGCCATCCATTTA-AGAGAAAAGTCCATTTATA
66 AATGTC-TG-CTTTGGAAAACATGAAG-C-AAAGCCATCCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ** *
11996 ATCACTCTTGCCTT-TAAAGGCATTATTACTCACTTTGAATAGTTT
126 GTCACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
12041 TATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* *
12106 AATGTCCG-TCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GT
66 AATGTCTGCT-TTGGA-AAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-
* * ** * ** * *
12168 TTACTTAAACTTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTGTAAATAATTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTT
* ** * *
12212 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTGGGA-TAAAACAGATTATATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * ** * * *
12276 GAATGTTTG--TCGTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATCTTTTGGCATGAAAAGTCTATTTATAG
65 GAATGTCTGCTTTG-GA-AAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * * *
12339 TGACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * ** *
12383 TATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
*** * *** ** *
12448 AATG-CTTGTCTCAAGAAACGCA--AAGCAAAAGTGGTCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
66 AATGTC-TG-CTTTGGAAA-ACATGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** *
12510 TCACTTGA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAA-AGGTTT
127 TCAC-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-GTTT
* * * * * ** * *
12554 TATAATCCCATAATTAATTTTATA-TTTAATTTTTATACATTTGTGGTTAAAATGGATTATATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * *
12618 GAATGTTTACCTT-GAGAAATATAAAGAAAAGCCCATTCATT-ACCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 GAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAGCAAAG-CCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * **
12681 CCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCACTAAATAGTTT
127 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
12725 TATAACCTCA-AATTTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATACTT
1 TATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
12789 GAATGTCT
65 GAATGTCT
12797 AGCACAAGAA
Statistics
Matches: 3478, Mismatches: 786, Indels: 446
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.00
157 2 0.00
159 103 0.03
160 12 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 5 0.00
165 2 0.00
166 129 0.04
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
Found at i:9261 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 8139--12792 Score: 1873
Period size: 341 Copynumber: 13.7 Consensus size: 334
8129 NNNNTGGTTC
* *
8139 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCTAACA-A-ATTA-AAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC--TGTTTAGT-TAA-ATAGATTATAA-
* * * ** * * * * * * *
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* * * *
8266 TCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTT
122 TCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
8330 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-TATATTATAATTG-ATTGTCT-GCT-TTGGAA
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** * * * * * * *
8391 AACATGAAGTCAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAA-TCCTTTTATAG-CTGCTTAAGCCTTCGAA
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*
8454 AACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
308 AACATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
*
8481 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAAT-TTTAGTTTAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC--TGTTTAG-TTAAATAGATTATAATT
* ** * * * * * * *
8545 G-ATTTTCTAACTCAAGAAATGTGAAGATAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAATTCTATTTATAGC
62 GAATTTT-TACCT-AAGAAA-CAGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAGTTC-ATTTAAAGT
* * * * *
8609 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTA
123 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * *
8674 AGTT-AAATTTTTTACTTTTTTGGTTAAAAC-ATATTATAATTGAATGTTCGC-CTTGAGAAATG
188 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATTTTGGCTCTT--GAAATG
* * * * * * * *
8736 TGAAGTAAAAGCCACCCGTTGATAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAATCAT
251 TGAAATAAAAGCCATCCATTG--ACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTAAAAACAT
* ** *
8801 TATTATTCAATTTAAATGGTTT
313 TATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
8823 TATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTACAGTTTTAGTTAAATAGATTATAATAGAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTG-TTTAGTTAAATAGATTATAATTGA-
* * * * * * *
8888 TTTTTTTCCTCAGGAAATATGAAGTAAAAGCCATGCATTGATAAGAATAGTTCATTTACAGTCAC
64 ATTTTTACCT-AAGAAACA-GAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAA-AGTTCATTTAAAGTCAC
* ** * * *
8953 TCAAGGATTCAAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTTTATAATC-CTATAATTAATTTTTAG
126 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAG
** *
9017 TTGAATTTTTTTAAATTTTTGGCAAAAACTA-ATTGTAATTGAATATTTGGCTCTTGAAATGTGA
190 TTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTTGAAATGTGA
* * *
9081 AATGAAAGCCATTCATTGACACAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCATTATT
254 AATAAAAGCCATCCATTGACA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAA-CATTATT
9146 ACTCGCTTTAAATAGTTT
317 ACTCGCTTTAAATAGTTT
*
9164 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-CTTGTTTCA-TTAAAATAGATGATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTAC-TGTTT-AGTT-AAATAGATTATAATT
* * * ** * * * * *
9227 GAATGTTTGCCTTAGAAACCAGAAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAG-AAGTCCATTTATAATTA
62 GAATTTTTACCTAAGAAA-CAG-AAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAGTTCATTTA-AAGTC
* * * * *
9291 AAT-ATGCCTTCAGAAGCCCTATT-CTCA-CTTTAAATAGTATTATAATCTCATAA-TGATTTAA
124 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
9352 AGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATAGATTGTTTGCCT-TGTGAAATA
188 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCT-TGAAATG
* * * * * * * *
9415 TGAAACAAAAGCCATGCATTGACAAAAAAGTTCATTTGTAGTCACTCAAGCATGCAAAAACCTTA
251 TGAAATAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TAAAAACATTA
*
9480 TTACTCGGTTTAAATAGTTT
315 TTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * ** *
9500 TATACTCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTAAT-TTCTTGGCAAAAACTGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTGTT-TAGTTAAATA--GATTATAATT
* ** * * * * * *
9564 GAATATTTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCATTGATAAAATAAGTCCATTTATAGTT
62 GAATTTTTACCT-AAGAAA-CAGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGA-AAGTTCATTTAAAGTC
* * * * * * * *
9629 ACTCCTACCTTCGAAAGCATTATTATCTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTGA
124 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** ** * *
9693 ACTTGAATTTTTTTCTA-TTTTCATTAAAA-TAGATGATAATTGCATGTTT-G-TCTTGGGAAAT
188 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTT--GAAAT
* ** * * ** * ** *
9754 G-CAAAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAAACATGACTTCAAATGCC
250 GTGAAA-TAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAACA
* * * *
9818 CTATTACTTGCTTTAAATGGTTC
312 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ** * * *
9841 TATAAAT-TCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACCCTTTTGCTTAAAACAAATTATAAT
1 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTACTGTTTAG-TT-AAATAGATTATAAT
* * * * * * * ** * *
9904 TGAATGTATGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
61 TGAATTTTTACCT-AAGAAACA-GAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAGTTCATTTAAAGT
* * * * * * *
9969 CACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC--CCATTTCAAATGGTTTTACAAACCCATAATTGATTT
123 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC-TTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
**
10032 TAAGTTG----------AATTTTT--TTAAAA-TAGATTATAATTGAATGCCT-GC-CTTAGGAA
186 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTT--GAA
** ** * * * * **
10082 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCGAAAGT
248 ATGTGAAATAAAAGCCATCCATT-GACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAAC
*** *
10147 ATTATTACTTATTTTAAATGGTTT
311 ATTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ** *
10171 TATAATCTCATAATTGA--TT---TTGAATTTTTTTACAT-TGCTAGTTAAAATACCTTATAATA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TGT-TTAGTT-AAATAGATTATAATT
* * * * * * * *
10230 GAATGTCTACCACAAGAAACGTGAAGCAAAAA-CCATCCAATGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAG
62 GAATTTTTACC-TAAGAAAC-AGAAG-AAAAAGCCATCC-ATTGATAAG-AAAGTTCATTTAAAG
* * * * * *
10293 TCACTCATGCCCTCGAAAGCATTATTACTCA-CCTTAAATCA-TTTTACAATTTCATAATTGATT
122 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
10356 GTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAAC-A-TTTGATAATTGAATGTTT-TC-CTTGAG
185 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATT-ATAATTGAAT-TTTGGCTCTT--G
** * * * * * *
10416 AAACATGAAGA-AAAAGACATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGGCTTCAA
246 AAATGTGAA-ATAAAAGCCATCCATTGA-CAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AA
* * * * *
10479 AAGCCTTGTTACTTGCTTCAAATAGTTT
307 AAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
10507 TATAATCTCATAATT-ATTTTCAAGTTGAGTTTTCTTCCAT-TTTTGATTAAAATATATTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTT-TTAC-TGTTTAG-TT-AAATAGATTATAAT
* * * * * * * ** * *
10570 TGAATGTCTGCTCCAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
61 TGAATTTTTAC-CTAAGAAACA-GAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAGTTCATTTAAAGT
* * * * *
10635 CACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
123 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * **
10700 AGTTGAATGTTTTTTACAGTTTTAGTTAGAA-TAGATTATAATTCAATGTCT-ACTTCAAGAAAC
188 AGTTGAAT-TTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGC-TCTTGAAA-
* ** ** * * * * * ** * **
10763 T-T-AAAGCAAAAATCATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATGGGCGCCCACACCTTCGAATGC
249 TGTGAAA-TAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAAC
*
10826 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
311 ATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * *
10850 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTCA-TTAAAATAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTT-TACTGTTTAGTT-AAATAGATTATAATT
* * * * * * * *
10914 GAATGTTTACTTTAGAAAACAAGAAGTAAAAA-CCATTCACT-AGTAAAAAAAG-TCTACTTATA
62 GAATTTTTACCTAAG-AAAC-AGAAG-AAAAAGCCATCCATTGA-T-AAGAAAGTTC-ATTTAAA
* * *
10976 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGGTT
121 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * * * ** **
11040 TTAGGTTCAATCGTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA
185 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTTGAAA
* * * * * * * *
11104 CGTG-AA-AAAATCCTATTCATTTACAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCA
249 TGTGAAATAAAAGCC-ATCCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAACA
* *
11167 TTATTCCTCGCTTTAAATGGTTT
312 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ** * *
11190 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGATTATATTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC-TGTTTAGTT-AAATAGATTATAATTG
* * * *
11255 AATGTCTGT-CCTAAGAAATGC-G-AGCAAAAAGCTATTCATT-AGTAAGAAAAG-TCTATTTAT
63 AAT-T-TTTACCTAAGAAA--CAGAAG-AAAAAGCCATCCATTGA-TAAG-AAAGTTC-ATTTAA
* ** * * *
11315 AGTCACCCATAACTTCAAAGGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
120 AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * *
11380 TTAAGCTGAATTTTTTTGCATTTTTGCTTAAAA-AATATTATAATTGAATGTAT-G-TCTTAGGA
185 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTT--GA
** * * * * * * *
11442 ACCGTGAAGA-AAAAGCTATTCACTAGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
247 AATGTGAA-ATAAAAGCCATCCA-TTG-ACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAA
** * * *
11505 GGTC-TTATTATTTGCTTTGAAT-GATTT
308 -AACATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * * * * *
11532 TATAGTCTCATAATTGATTTTAGATAGTT--TTTTTTTACATTTTTTGTTTAACATATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTT--A-AGTTGAATTTTTTAC-TGTTTAGTTAAATAGATTATAATT
* * * * * *
11595 GAATGTATTT-CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
62 GAAT-T-TTTACCTAAGAAACA-GAAGAAAAAGCCATCCATTGA-TAAG-AAAGTTCATTTAAAG
* * * * * * *
11658 TCACTCAAGCTTTCGAAAGCATTACT-CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
122 TCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*** * * * * * * ** **
11722 AAGCAAAATATTTTT-ACTTTTTTGTTGAAA-TAAATTATAATGGAATGTTTACCTCAAGAAATG
187 AAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTTGAAATG
* * * * * * * * *
11785 -AAAAGAAAAAGCTAGT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
251 TGAAA-TAAAAGCCA-TCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-AAAAACA
* ** * *
11848 CTATTACTTACTTTAAATGGTCT
312 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
11871 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAT-TATT-GATTAAGATAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACTGT-TTAG-TTAA-ATAGATTATAATT
* ** * * * * *
11934 GAGTGCTTGCCTTAGGAAACATG-AGCCAAAAGCCATCCATTTA-AGAGAAAAGTCCATTTATAA
62 GAATTTTTACC-TAAGAAACA-GAAG-AAAAAGCCATCCATTGATA-AG-AAAGTTCATTTA-AA
* * * * * *
11997 -TCACTCTTGCCTTTAAAGGCATTATTACTCA-CTTTGAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATT
121 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
12060 TTAAGTT-AAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAA-TATATTGTAATTGAATGTCCG-TCTTGAGA
185 TTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATTTTGGCTCTT--GA
** ** * * * ** *
12122 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTTACTTAAACTTTTAAAA
247 AATGTGAAATAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATGC-CTTAAAA
* * * * *
12186 GCCTTATTACTCTCTGTAAATAATTT
309 ACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
12212 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACAT-TTTGGGATAAAACAGATTATATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TGTTT-AG-TTAAATAGATTATAATT
* * * * ** * *
12276 GAATGTTTGT-CGTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATCTTTTGGCATGA-AAAG-TCTATTTATA
62 GAAT-TTT-TACCTAAGAAACA-GAAGAAAAAGCCATCCATT-G-ATAAGAAAGTTC-ATTTAAA
* * * * * * * *
12338 GTGACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
121 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * ** *
12403 TATGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAA-TAGACTATAATTGAATGCTTGTCTCAAGAAAC
186 TAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT-TTTGGCTCTTGAAAT
* * *** ** * * * *
12467 G-CAAAGCAAAAGTGGTCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGA-GCCTTTGAAAGC
250 GTGAAA-TAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCC-TTAAAAAC
* * *
12530 CTTATTACTCACTGTAAA-AGGTTT
311 ATTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * * * *
12554 TATAATCCCATAATTAATTTTATA-TTTAATTTTTATACAT-TTGTGGTTAAAATGGATTATATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTT-TAC-TGTT-TAGTT-AAATAGATTATAAT
* * * * * * * *
12617 TGAATGTTTACCTTGAGAAATATAA-AGAAAAGCCCATTCATT-ACCAAGAAAAGTCCATTTATA
61 TGAATTTTTACC-TAAGAAACAGAAGA-AAAAG-CCATCCATTGA-TAAG-AAAGTTCATTTAAA
* * * * * ** *
12680 GCCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCACTAAATAGTTTTATAACCTCA-AATTTGATT
121 GTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATT
* * * * *
12744 TTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC-ATATTATACTTGAAT
185 TTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAAT
12793 GTCTAGCACA
Statistics
Matches: 3358, Mismatches: 710, Indels: 488
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
325 116 0.03
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327 1 0.00
328 2 0.00
329 3 0.00
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345 12 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTGTTTAGTTAAATAGATTATAATTGAAT
TTTTACCTAAGAAACAGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAGTTCATTTAAAGTCACTCATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACTAGATTATAATTGAATTTTGGCTCTTGAAATGTGAAATAAAA
GCCATCCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAACATTATTACTCGCTTT
AAATAGTTT
Found at i:9944 original size:848 final size:854
Alignment explanation
Indices: 8247--11231 Score: 2004
Period size: 848 Copynumber: 3.5 Consensus size: 854
8237 ATTCATAGGT
* * * *
8247 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
8311 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTATATGTTTCATTAAAATAGATGATAATTG
* * * * * * *
8375 ATTGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAATCCTTTTATAGCTG
129 AATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTAACGAGAAAAATCCATTTATAACTA
** * * * *
8440 CTTAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
194 AATAAGCCTTCGAAAACCCTATTACTCACTTTAAATGATATTATAATCTCATAATTGATTTAAAG
* * *
8505 TTGAATTCTTTTACAATTTTAGTTTAAACAGATTATAATTGATTTTCTAACTCAAGAAATGTGAA
259 TTGAATTCTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGATTTTCTAACTCAAGAAATATGAA
* * ** * * * * *
8570 GATAAAGCCATTCATCGGTAAGAAAATTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
324 GAAAAAGCCATGCATCGACAAGAAAATTCTATTTATAGCCACTCAAGCATGCAAAAACCTTATTA
* * * * * **
8635 CTCGCTTTAAGTGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACTTTTTTGGTTA
389 CTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTCTTGGCAA
* * ** *
8700 AAACATATTATAATTGAATGTTCGCCTTGAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCGTTGATAAAAAA
454 AAACATATTATAATTGAATATTCACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCATTGATAAAAAA
* * *
8765 AAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAATCATTATTATTCAATTTAAATGGTTTTATAATC
519 AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTATTCAATTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
8830 CCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTACAGTTTTAGTTAAATAGATTATAATAGATTTTTTTT
584 CCATAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTACAGTTTTAGTTAAATAGATGATAATAGATTGTTTGT
** * * * * * * * **
8895 CCTCAGGAAATATGAAGTAAAAGCCATGCATTGATAAGAATAGTTCATTTACAGTCACTCAAGGA
649 CCTCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTACAGTCAAACAAGGA
* * * * *
8960 TTCAAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTTTATAATCCTATAATTAATTTTTAGTTGAATTT
714 TTCAAAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCTATAATTAATTTTAAGTTGAATGT
* * * * * *** * *
9025 TTTTAAATTTTTGGCAAAAACTAATTGTAATTGAATATTTGGCTCTTGAAATGTGAAATGAAAGC
779 TTTTAAACTTTTGGCAAAAACAAATTATAATTGAATATATGCCTCAAAAAATATGAAATAAAAGC
9090 CATTCATTGAC
844 CATTCATTGAC
* * *
9101 ACA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
9165 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTCT-TGTTTCATTAAAATAGATGATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATGTTTCATTAAAATAGATGATAATTGA
* * * * *
9229 ATGTTTGCCTTAGAAACCA-GAAAG-CGAAAGCCATCCATTAAC-A-AGAAGTCCATTTATAATT
130 ATGTCTGCCTTAGAAAACATG-AAGTC-AAAGCCATCCATTAACGAGAAAAATCCATTTATAACT
* *
9290 AAATATGCCTTC-AGAAGCCCTATT-CTCACTTTAAAT-AGTATTATAATCTCATAA-TGATTTA
193 AAATAAGCCTTCGA-AAACCCTATTACTCACTTTAAATGA-TATTATAATCTCATAATTGATTTA
* * * * ** ***
9351 AAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATAGATTGTT-TGCCTTGTGAAAT
256 AAGTTGAAT-TCTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGATT-TTCTAACTCAAGAAAT
* * *
9414 ATGAA-ACAAAAGCCATGCATTGACAA-AAAAGTTC-ATTTGTAGTCACTCAAGCATGCAAAAAC
319 ATGAAGA-AAAAGCCATGCATCGACAAGAAAA-TTCTATTTATAGCCACTCAAGCATGCAAAAAC
* * *
9476 CTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTAATTT
382 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAATTT
* * *
9541 CTTGGCAAAAAC-TGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCATT
446 CTTGGCAAAAACAT-ATTATAATTGAATATTCACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCATT
* * * *
9605 GAT-AAAATAAGTCCATTTATAGTTACTCCTACCTTCGAAAGCATTATTA-TCTACTTTAAATGG
510 GATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTATTC-AATTTAAATGG
* *
9668 TTTTATAATCTCATAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTTCTA-TTTTCA-TTAAAATAGATGATA
574 TTTTATAATCCCATAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTAC-AGTTTT-AGTT-AAATAGATGATA
* ** * *
9731 ATTGCA-TGTTTGT-CTTGGGAAATGCAAAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTA
636 ATAG-ATTGTTTGTCCTCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTA
* * * * * * * *
9794 TAGTCAAAC-ATGACTTCAAATGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAAATTC-ATTATTG
700 CAGTCAAACAAGGA-TTCAAAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTAT-AATCCTATAATTA
** * *
9857 ATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACCCTTTT-GCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGCCTCAA
763 ATTTTAAGTTG-AATGTTTTTAAACTTTTGGC-AAAAACAAATTATAATTGAATATATGCCTCAA
* *
9920 AAAATATGAAGA-AAAAGTCATTCATTGGC
826 AAAATATGAA-ATAAAAGCCATTCATTGAC
* * *
9949 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC-C-CATTTCAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTT-AAATAGTTT
* * * *
10012 TACAAACCCATAATTGATTTTAAGTTG--A------AT-T-TTT--TTAAAATAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATGTTTCATTAAAATAGATGATAATTG
* * *
10065 AATGCCTGCCTTAGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATT-A-GAGAAAAAAGTCTATTTATAA
129 AATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTC-AAAGCCATCCATTAACGAG-AAAAA-TCCATTTATAA
* * * **** * * * *
10127 -TCACTCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
191 CTAAAT-AAGCCTTCGAAAACCCTATTACTCACTTTAAATGATATTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ** * * * * *
10190 ----TTGAATTTTTTTAC-ATTGCTAGTTAAAATACCTTATAATAGAATGTCTACCACAAGAAAC
255 AAAGTTGAATTCTTTTACAATT-TTAGTTAAAACAGATTATAATAGATTTTCTAACTCAAGAAAT
* * * * * * * * * * *
10250 GTGAAGCAAAAA-CCATCCAATGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCCT-CGAAAG
319 ATGAAG-AAAAAGCCATGC-ATCGACAAGAAAATTCTATTTATAGCCACTCAAG-CATGCAAAAA
* * * * * * * * * *
10312 CATTATTACTCACCTTAAATCA-TTTTACAATTTCATAATTGATTGTAAGTTCAATTTTTTTATA
381 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAT-
** * ** ** ** * * **
10376 TT-TTGGTTAAAACAT-TTGATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
444 TTCTTGGCAAAAACATATT-ATAATTGAATATTCACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCA
* * * * * ** * * * *
10439 TT-ATCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGC--TTCAAA
508 TTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTA-TT-CAATTTAAA
* * * * * * * * * * *
10501 TAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTCAAGTTGAGTTTTCTTCCA-TTTTTGATTAAAATATATT
571 TGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTGAACTTGAATTTT-TTACAGTTTTAG-TT-AAATAGATG
* * * * ** * * * *
10565 ATAATTGAATGTCTG--CTCCAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCAT
633 ATAATAGATTGTTTGTCCT-CAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCAT
* * ** * * * * *
10628 TTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAAT
697 TTACAGTCAAACAAGGATTCAAAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCT-ATAAT
* * * * ** * * * * * * * *
10692 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACAGTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTCAATGTCTACTTCA
761 TAATTTTAAGTTGAATG-TTTTTAAACTTTTGGCAAAAACAAATTATAATTGAATATATGCCTCA
* * ** *
10757 AGAAACT-T-AAAGCAAAAATCATTTATTGAC
825 A-AAAATATGAAA-TAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * ** * *
10787 AACAAAAGTCTATTTATGGGCGCCCACACCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * *
10851 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATAT-TGTTCATTAAAATAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATGT-TTCATTAAAATAGATGATAATTG
* * * * * * * * * * * *
10915 AATGTTTACTTTAGAAAACAAGAAGTAAAAACCATTCACT-A-GTAAAAAAAGTCTACTTAT-AG
129 AATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTAACG-AGAAAAA-TCCATTTATAAC
* * * ** ** * *
10977 TCACTCATGCCTTC-AAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTT
192 TAAAT-AAGCCTTCGAAAA-CCCTATTACTCACTTTAAATGATATTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * * *
11041 TAGGTTCAA-TCGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAC
255 AAAGTTGAATTC-TTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGATTTTCTAACTCAAGAAAT
* * * ** * * * * * * * * *
11105 GTG-A-AAAAATCCTATTCATTTACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCA
319 ATGAAGAAAAAGCC-ATGCATCGACAAGAAAATTCTATTTATAGCCACTCAAGCATGCAAAAACC
* * * * *
11167 TTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTT
383 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA-ATTT
11232 TTCTTTAAAA
Statistics
Matches: 1704, Mismatches: 327, Indels: 200
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
835 9 0.01
836 190 0.11
837 249 0.15
838 134 0.08
839 38 0.02
840 31 0.02
841 3 0.00
846 4 0.00
847 16 0.01
848 384 0.23
849 168 0.10
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851 32 0.02
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853 136 0.08
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855 54 0.03
856 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (854 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATGTTTCATTAAAATAGATGATAATTGAA
TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTAACGAGAAAAATCCATTTATAACTAAA
TAAGCCTTCGAAAACCCTATTACTCACTTTAAATGATATTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT
GAATTCTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGATTTTCTAACTCAAGAAATATGAAGA
AAAAGCCATGCATCGACAAGAAAATTCTATTTATAGCCACTCAAGCATGCAAAAACCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTCTTGGCAAAA
ACATATTATAATTGAATATTCACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCATTGATAAAAAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTATTCAATTTAAATGGTTTTATAATCCC
ATAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTACAGTTTTAGTTAAATAGATGATAATAGATTGTTTGTCC
TCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTACAGTCAAACAAGGATT
CAAAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCTATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTT
TTAAACTTTTGGCAAAAACAAATTATAATTGAATATATGCCTCAAAAAATATGAAATAAAAGCCA
TTCATTGAC
Found at i:12531 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 8133--13449 Score: 2515
Period size: 342 Copynumber: 15.7 Consensus size: 337
8123 NNNNNNNNNN
* * ** * *
8133 TGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCTAACAAATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGA-TAAAATAGATTA
* * * * * *
8198 -AATTTGAATGTCTG-CCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGCTAT-TCA-TAGGTAAGAAAAGTCCA
64 TAA-TTGAATGTTTGTCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCT-ATTA-GCAAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
8259 TTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATAGTGTTATAATCTCATAA
125 TTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * **
8323 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTCTG-CTTT
189 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCA
* * * * * * * * *
8387 GGAAAACATGAAGTC-AAAGCCATCCATTGACGAGAAAAATCCT-TTTATAGCTGC-TTAAGCCT
254 AG-AAACGTAAAG-CAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAG-T-CACT-A-CCT
* *
8449 TCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
312 TCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * *
8475 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACAATTTTAGTTTAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTT-GATAAAATAGATTA
* * * ** * * * ** * *
8540 TAATTG-AT-TTTCTAACTCAAGAAATGTGAAGATAAAGCCAT-TCATCGGTAAGAAAATTCTAT
64 TAATTGAATGTTTGT-CCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCT-ATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * *
8602 TTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATACTCTCATAATT
126 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
8667 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TCGCCTTGA
191 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-GTCTCAA
* * * * ** * ** * *
8730 GAAATGTGAAGTAAAAGCCACCCGTTGATAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGA
255 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-TACCTTCGA
* * * **
8795 AATCATTATTATTCAATTTAAA
316 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * *
8817 TGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTACAGTTTT-AGTTAAATAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGA-TAAAATAGATTA
* * * * * * * * * * *
8880 TAATAGATTTTTTTTCCTCAGGAAATATGAAGTAAAAGCCATGC-ATT-GATAAGAATAGT-TCA
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGA-GAAACATAAAGAAAAAGCTAT-CTATTAG-CAAGAAAAGTCT-A
* ** * * * *
8942 TTTACAGTCACTCAAGGATTCAAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTTTATAATC-CTATAA
125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAA
* * * ** * * * *
9006 TTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGCAAAAACT-AATTGTAATTGAATATTTGGCTC
189 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAAATTATAATTGAATGTCTGTCTC
** * * * * *
9070 TTGAAATGTGAAATG--AAAGCCATTCATTGACACA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCT
253 AAGAAACGT-AAA-GCAAAAGTCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-A--CCT
** * *
9132 TAAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
312 TCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * *
9158 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-CTTGTTTCATTAAAATAGATGA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGA-TAAAATAGATTA
* * ** * * * *
9222 TAATTGAATGTTTG-CCTTAGAAACCAGAAAGCGAAAGCCATCCATTAACAAG--AAGTCCATTT
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGAGAAA-CATAAAGAAAAAGCTATCTATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * ** * * *
9284 ATAATTAAAT-ATGCCTTCAGAAGCCCTATT-CTCACTTTAAATAGTATTATAATCTCATAA-TG
128 AT-AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * ***
9346 ATTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATAGATTGTTTGCCTTGTGA
192 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGA
** * * * * * * *
9411 AATATGAAA-CAAAAGCCATGCATTGACAA-AAAAGT-TCATTTGTAGTCACTCAAGCATGCAAA
257 AACGT-AAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT--A-CCTTCGAA
* **
9473 AACCTTATTACTCGGTTTAAA
317 AGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * *
9494 TAGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTA-ATTTCTTGGCA-AAAACT-GA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT-TT-G-ATAAAA-TAGA
* * * ** * * * *
9556 TTATAATTGAATATTT-ACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCATT-G-ATAAAATAAGTC
61 TTATAATTGAATGTTTGTCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCTATTAGCA-AGAA-AAGTC
* * * * *
9618 CATTTATAGTTACTCCTA-CCTTCGAAAGCATTATTA-TCTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
123 TATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * * *
9681 TAACTAATTTGAACTTGAATTTTTTT-C-TATTTTCATTAAAATAGATGATAATTGCATGTTTGT
186 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGT
*** * * * * * * * * *
9744 CTTGGGAAATGCAAAGCGAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAAACATGA-C
250 CTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC--AC-T-ACC
*
9808 TTC-AAATGCCCTATTACT-TGCTTTAAA
311 TTCGAAA-GCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* * * * * * *
9835 TGGTTCTATAAAT-TCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACCCTTTTGCTTAAAACAAAT
1 TGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTA-CATTTTG-ATAAAATAGAT
* * * *
9898 TATAATTGAATGTATG-CCTCA-AAAAATATGAAGAAAAAG-TCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTC
62 TATAATTGAATGTTTGTCCTGAGAAACATA--AAGAAAAAGCT-ATCT-ATTAGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
9959 CATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTAC-C-CATTTCAAATGGTTTTACAAACCCA
123 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGC-TTT-AAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
10022 TAATTGATTTTAAGTTG---------A-ATTTTT--TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTGCC
186 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTC
* * * * * * *
10075 TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCC
251 TCAAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATT-G-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-A--CC
** *
10138 TTCGAAAGTATTATTACT-TATTTTAAA
311 TTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* * **
10165 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TT---TTGAATTTTTTTACATTGCTAGTTAAAATACCTTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT--TTGATAAAATAGATTA
* * * ** * * * * * * *
10225 TAATAGAATGTCT-ACCACAAGAAACGTGAAGCAAAAA-CCATCCAAT-GGAGAGAAAAGTCCAT
64 TAATTGAATGTTTGTCC-TGAGAAACATAAAG-AAAAAGCTATCTATTAGCA-AGAAAAGTCTAT
* * * * * ** * *
10287 TTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCATTATTACTCACCTTAAATCATTTTACAATTTCATAATT
126 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
10352 GATTGTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAA-CATTTGATAATTGAATGT-TTTCCTTG
191 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATT-ATAATTGAATGTCTGT-CTCA
* * * * ** * * * ** *
10414 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGGCTTCAA
254 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-TACCTTCGA
* *
10479 AAGCCTTGTTACT-TGCTTCAAA
316 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* * * * *
10501 TAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTCAAGTTGAGTTTTCTTCCATTTTTGATTAAAATATATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGA-TAAAATAGATT
* * * * * *
10565 ATAATTGAATGTCTGCTCCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT-GCCAAGAAAAGTCCAT
63 ATAATTGAATGTTTG-TCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCTATTAG-CAAGAAAAGTCTAT
* * *
10628 TTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
126 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
10693 GATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACAGTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTCAATGTCT-ACTTCA
191 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTC-TCA
* * * * * * *
10757 AGAAACTTAAAGCAAAAATCATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATGGGCGCCCAC-ACCTTCG
254 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT---AG-TCACTACCTTCG
* *
10821 AATGCCTTATTACTCGCTTTAAA
315 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * *
10844 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTCATTAAAATAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGA-TAAAATAGATTA
* * * * * * *
10909 TAATTGAATGTTT-ACTTTAGAAAACA-AGAAGTAAAAA-CCAT-TCACTAGTAAAAAAAGTCTA
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGAG-AAACATA-AAG-AAAAAGCTATCT-ATTAGCAAGAAAAGTCTA
* * * *
10970 CTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * ** *
11035 TGGTTTTAGGTTCAATCGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAA
* ** *
11100 GAAACGTGAA--AAAA-TCCTATTCATTTACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
255 GAAACGTAAAGCAAAAGT-C-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-TACCTTCG
* * *
11161 AAAGCATTATTCCTCGCTTTAAA
315 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* ** *
11184 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GATAAAATAGATTA
* * * ** *
11249 TATTTGAATGTCTGTCCTAAG-AA-ATGCGAGCAAAAAGCTAT-TCATTAGTAAGAAAAGTCTAT
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGAGAAACAT-AAAG-AAAAAGCTATCT-ATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
11311 TTATAGTCACCCATA-ACTTCAAAGGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
126 TTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
11375 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGCATTTTTGCTTAAAA-AATATTATAATTGAATGTATGTCTTA
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAA-ATTATAATTGAATGTCTGTCTCA
* * * * * * *
11439 GGAACCGTGAAGAAAAAG-CTATTCACTAGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTC
254 AGAAACGTAAAGCAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA--C-TACCTTC
* * *
11502 -AAAGGTCTTATTA-TTTGCTTTGAA
314 GAAA-GCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* * * ** * *
11526 TGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTT-AGATAGTTTTTTTTTACATTTTTTGTTTAACAT--AT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA--TTTTG-ATAAAATAGAT
* * * *
11588 TATAATTGAATGTATT-TCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCA
62 TATAATTGAATGT-TTGTCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCTATTAGCAAGAAAAGTCT-A
* * * *
11651 TTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCATTACT-CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*** * * * * * **
11715 TGATTTTAAGCAAAATATTTTTAC-TTTTTTGTTGAAATAAATTATAATGGAATGTTTACCTCAA
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAA
* * * * * * *
11779 GAAATGAAAAGAAAAAG-CTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACCTTCAA
255 GAAACGTAAAGCAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--C-TACCTTCGA
*
11843 AAGCCCTATTACT-TACTTTAAA
316 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
* * * *
11865 TGGTCTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTATTGATTAAGATAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGA-TAAAATAGATTA
* * * * * * * *
11929 TAATTGAGTGCTTG-CCTTAGGAAACAT-GAGCCAAAAGCCATCCATTTA--AGAGAAAAGTCCA
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGA-GAAACATAAAG-AAAAAGCTATCTA-TTAGCA-AGAAAAGTCTA
* ** * * * * * *
11990 TTTATAATCACTCTTGCCTTTAAAGGCATTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAATGTCATAAT
125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * **
12055 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCCGTCTTGA
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAA
* * * * * * * **
12120 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTTACTTAAACTTTTAA
255 GAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCAC-T--ACCTTCGA
*
12184 AAGCCTTATTACTCTCTGTAAA
316 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
** * *
12206 TAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTGGGATAAAACAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT--GATAAAATAGATTA
* * * * *
12271 TATTTGAATGTTTGTCGTGAGAAACATAAAGAAAAAG-TCATCTTTTGGCATGAAAAGTCTATTT
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCT-ATCTATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * *
12335 ATAGTGACTCAAGCATTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
128 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
12400 TTTTATGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGA
193 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTC-TGTCTCAAGA
* ** * * *
12464 AACGCAAAGCAAAAGTGGTCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGAGCCTTTGAAAG
257 AACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-T-A-CCTTCGAAAG
* *
12529 CCTTATTACTCACTGTAAA
319 CCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * * *
12548 AGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTATA-TTTAATTTTTATACATTTGTGGTTAAAATGGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTT-T-GATAAAATAGATT
* * * * * *
12612 ATATTTGAATGTTT-ACCTTGAGAAATATAAAG-AAAAGCCCAT-TCATTACCAAGAAAAGTCCA
63 ATAATTGAATGTTTGTCC-TGAGAAACATAAAGAAAAAG-CTATCT-ATTAGCAAGAAAAGTCTA
* * * * * * ** * *
12674 TTTATAGCCACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCACTAAATAGTTTTATAACCTCA-AAT
125 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-
* * * * * * *
12738 TTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATACTTGAATGTCTAG-CAC
189 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-GTCTC
* * * *
12802 AAGAAACGTGAAG-AACGAGACA-TCAATTGGCAAGAAAAGTCCA--T-T-G--A--A---T-G-
253 AAGAAACGTAAAGCAA-AAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTACCTTCGA
*
12852 --G-------A----CTTTATA
316 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
** * * * *
12861 TGGTTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTTAAATTTTATTATATTGTTTATTAAAATAGATTA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGA-TAAAATAGATTA
* * * * * * *
12926 TAGTTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACA-AGAAGCAAAAGCTATCCATT-GGAAGGAAAAGTCCAT
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGA-GAAACATA-AAGAAAAAGCTATCTATTAGCAA-GAAAAGTCTAT
* *
12988 TTGTCA-TCACTCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
126 TTAT-AGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * ** **
13051 TTGATTATAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTAAATGTCTACCTTG
189 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCA
* * * ** * * * * * *
13116 AGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACTTAGACCTTTGA
254 AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-T--ACCTTCGA
*
13181 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA
316 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * *
13203 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGTTTGAAACA-ATTG
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTG-ATAAAATAGATTA
* ** * * * * * *
13266 TATTTGAACATCTG-CCTTAGAAA-ATATGAAGAAAAAGCTAT-TCATTGGCCAGAAAAATCCAT
64 TAATTGAATGTTTGTCCTGAGAAACATA--AAGAAAAAGCTATCT-ATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * ** ** * * *
13328 TTACAGTCAC-CTATGGCTTTGAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCTTAAT
126 TTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** * *
13392 TAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTTAAATATATTATAATTGAATGTCT
190 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCT
13450 ACTTTGAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGATAAAATAGATTATA
ATTGAATGTTTGTCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATCTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACG
TAAAGCAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTACCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCTCTTTAAA
Found at i:13154 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 12853--13477 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 168
12843 CATTGAATGG
* ** *
12853 ACTTTATATGGTTTTATAATCTCATAAGAGATTTTAAGTTAAATTTTATTATATTGTTT-ATTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTGATTAA
* * * * *
12917 AATAGATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAAGAAGCAAAAGCTATCCATTGGAAGGAAAA
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**
12982 GTCCATTTGTCATCACTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTC
128 GTCCATTT-TCATCACTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTC
* *
13024 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * *
13089 ATATATCATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCATTAGTAAGAAAAG
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** * * *
13154 TCCATTTCTTGTCACTTAGACCTTTGAAAGCCTTATTACTC
129 TCCATTT-TCATCACTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTC
* * * *
13195 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTGAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTGTTTGA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGATTAA
* * * ** * * * * *
13258 AACA-ATTGTATTTGAACATCTGCCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCCAGAAAA
65 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT-GCAAGAAAA
* * ** ** *
13322 ATCCATTTACAGTCAC-CTATGGCTTTGAAAGTTTTATTACTT
128 GTCCATTTTCA-TCACTC-ATACCTTTGAAAGCATTATTACTC
* * * * * * *
13364 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTTAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * *
13429 ATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAAACATGAAGGAAAAGCTAT
66 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGCAAAAGCTAT
13478 AACACACCGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGCAAGAAAAGTC
CATTTTCATCACTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTC
Found at i:13601 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13575--13622 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
13565 ATGATAGGTA
* * *
13575 AAAAGAATATTTTTTAAT
1 AAAATAATATTTATGAAT
13593 AAAATAATAATTTATGAAT
1 AAAATAAT-ATTTATGAAT
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1 AAAATAATATT
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Statistics
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0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.38
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ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AAAATAATATTTATGAAT
Found at i:15191 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14893--16189 Score: 621
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 167
14883 NNNNNNNNNN
* *
14893 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGAGTGAC
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * ** * *
14958 TATAAATAGACTTTGC-TATTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTTAGGAAAACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGG-TTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* *
15022 TTATAAT-TGATTTTAACCAACAATTTTAAAAAGTGCAACTTA
127 TTATAATATGATTTTAACCAA-AATTTAAAAAAAT-CAACTTA
* * * * * *
15064 AAAGTAATTATGAGCTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTGTCGAAGGCTTGGGTGAC
1 AAA-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * *
15129 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTATCTTCACATTCCCCAAGGTAGACATTCAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTT-CCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAT
* *
15194 TATAATATG-TTTTAACCAATATTGTCAAAAAATCTAACTTA
128 TATAATATGATTTTAACCAAAATT-TAAAAAAATC-AACTTA
* * * *
15235 AAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGAC
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
15300 TATAAAAGGACTTTTTTTGAT-AACGGATGGTGTTTCCTTTATGTTTCCCAAAGTAGACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGT-TTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
** * * *
15364 TTATAATAT-ATTTTAATAAAGAATATAAAAAACCTTAACTTA
127 TTATAATATGATTTTAACCAA-AATTTAAAAAA-ATCAACTTA
* * *
15406 AAATTAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTC--A---A--AG-G-C
1 AAA-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * ** * * **** * ** * *
15462 ---AAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTAAGGCAG-ACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG--TTTTCCTTCACGTTTCCCAAG--GTAGA--C-A
** * * *** * * *
15523 TT-ATATT-TTGTTTTA-ACGAA--AAATA-TAAAAAAATTCATCTTA
122 TTCA-ATTATAATATGATTTTAACCAAA-ATTTAAAAAAATCAACTTA
** * * * * * * *
15565 AAATCAATTATGCTATTATACAACCATTGAAGGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGAGAC
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * * * *
15630 TGTAAGTGAACATTTCTT-GCTAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTCTCCCTAGGTAAACATTTAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGG-TTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * **
15694 ATATAATCTG-TTTTAACCAATAATGCAAAAAAATCTAACTTA
127 TTATAATATGATTTTAACCAA-AATTTAAAAAAATC-AACTTA
* * * * *
15736 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGAC
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *** ** *
15801 TATAAATAGACTTTTCTTACCAAAT-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGG-TTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAA
* * *
15865 ATACT-ATTTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTA
127 TTA-TAATATGATTTTAACC-AAAATTTAAAAAAAT-CAACTTA
* * *
15907 AATTCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAATA-CGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* ** * ** * * * * *
15971 CTATAAATGAACATTTT-TTGCCAATGGGTCACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAATATTTA
63 CTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGGAT-GGTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * * * * *
16035 AATATAATAT-ATTTTGATCAAAAATGTGAGAAAATTTAACTTA
126 ATTATAATATGATTTT-AACCAAAAT-TTAAAAAAATCAACTTA
* * * *
16078 CAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAATGC-TTCTGAAGGCATGA-TGA
1 AAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTC-GAAGGCATGAGTGA
* * * *
16141 CTATAAATAGAATTTTCTT-TCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCC
63 CTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGG-TTTTCCTTCACGTTTCC
16190 GANNNNNNNN
Statistics
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AAATAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTCCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATATGATTTTAACCAAAATTTAAAAAAATCAACTTA
Found at i:15916 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14893--16159 Score: 822
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14883 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
14893 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA-AGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGAGTGA
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* ** * ** * *
14957 CTATAAAT-AGAC-TTTGCTAT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTTAGGAAAACATT
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* * * *** * **
15019 CAATTATAAT-TGATTTTAACCAACAATTTTAAAAAGTGC-AACTTAAAAGT-AATTATGAGCTT
127 TAAATATAATAT-ATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAT-CTAACTTAAAA-TCAATTATGAAATT
* *** * * * *
15081 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTGTC-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
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* ** * *** ** * * * *
15144 CTTATC-AATGAATGG-TTTTATCTTCACATTCCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
251 CTTACCAAAT-AATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAAATATATTTTGTTTT
* * * * *
15207 AACCAATATTGTCAAAAAATCTAACTTA
314 AACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTA
* * * * * * *
15235 AAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAA-AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTGAAGA-CAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGAGA
* * * * ** * ** * * * * * *
15299 CTATAAAAGGACTTTTTTTGATAACGGAT-GGTGTTTCCTTTATGTTTCCC-AAAGTAGACATTC
65 CTATAAATGAACATTTCTTGCCAATGGATCACT-TTTACTTCACG-TTCCCTAAGGTAAACATTT
* * * * * *
15362 AATTATAATATATTTTAA-TAAAGAAT--ATAAAAAACCTTAACTTAAAATTAATTACGAGATTA
128 AAATATAATATATTTTAACCAAA-AATGCA-AAAAAATC-TAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
* * * * *
15424 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTC--AA---A-G--G-C---AAAT-GAACTTTTTT
190 TAAAACCATTTAAAACAAGTAATAATGC-TTCTGAAGGCATGATGACTATAAATAGAA-TTTTCT
* * * * * ** * *
15476 TGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAAC
253 TACCAAAT-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAAATATATTTTGTTTTAAC
* * *
15540 GAAAAATATAAAAAAATTCATCTTA
317 CAAAAATATAAAAAAATCCAACTTA
** * * *
15565 AAATCAATTATGCTATTATACA-ACCATTGAAGGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGAGA
1 AAATCAATTATGAGATTATA-AGACCATTGAAGACAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGAGA
* * * * **
15629 CTGTAAGTGAACATTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTCTCCCT-AGGTAAACATTTA
65 CTATAAATGAACATTTCTTGCCAATGGATCACTTTTACTTCACGT-TCCCTAAGGTAAACATTTA
* * *
15693 AATATAATCTGTTTTAACCAATAATGCAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
129 AATATAATATATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
* * * * *
15758 ACCATTTAGAGCAAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
194 ACCATTTAAAACAAGTAATAATG-CTTCTGAAGGCAT-GATGACTATAAATAGAATTTTCTTACC
15822 AAATAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAAATACTA-TTTGTTTTAACCAAA
257 AAATAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAAATA-TATTTTGTTTTAACCAAA
*
15886 AATGTAAAAAAATCCAACTTA
321 AATATAAAAAAATCCAACTTA
* * * * *
15907 AATTCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAATACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTGAAGACAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGAGAC
* * * * *
15972 TATAAATGAACATTTTTTGCCAATGGGTCACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAATATTTAAA
66 TATAAATGAACATTTCTTGCCAATGGATCACTTTTACTTCACGTTCCCTAAGGTAAACATTTAAA
* * ** * * * * * *
16037 TATAATATATTTTGATCAAAAATGTGAGAAAATTTAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAAT
131 TATAATATATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
*
16102 CATTTAAAACGAGTAATAATGCTTCTGAAGGCATGATGACTATAAATAGAATTTTCTT
196 CATTTAAAACAAGTAATAATGCTTCTGAAGGCATGATGACTATAAATAGAATTTTCTT
16160 TCTAATGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTGAAGACAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGAGAC
TATAAATGAACATTTCTTGCCAATGGATCACTTTTACTTCACGTTCCCTAAGGTAAACATTTAAA
TATAATATATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
CATTTAAAACAAGTAATAATGCTTCTGAAGGCATGATGACTATAAATAGAATTTTCTTACCAAAT
AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAAAAACATTCAAATATATTTTGTTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAATCCAACTTA
Found at i:17085 original size:28 final size:28
Alignment explanation
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Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
17033 CTTGAAAAAC
17043 TTGAAAAAAAAGCCTATCATTGGTAAGA
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*
17071 TTGAAAAAAATGCCTATCATTGGTAAGA
1 TTGAAAAAAAAGCCTATCATTGGTAAGA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAAAAAAAAGCCTATCATTGGTAAGA
Found at i:17409 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17100--21281 Score: 1885
Period size: 171 Copynumber: 24.5 Consensus size: 170
17090 TTGGTAAGAC
* **
17100 CTCGCCTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTGCA-TTTTAG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCAT--ATTTTTAG
* * * * * * * *
17162 TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTCCCTCAAGAAACATGAAG-AAAATGCCATCTATTGGGAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAA
* * *
17226 GAAAACTCCATTTAGAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCATATTN
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
********* *
17270 NNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * *
17335 AAAATAGATTATAATTAAACGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAAGAA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * *
17400 TAGTCCATTTATTGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * * * * * *
17441 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAATTAAATGTGTTTTATGTTTCTAGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTCATATTTTTAGT
* * * * * * * *
17506 TAAAATAGATAATAACTGAATGTGTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGA
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* *** * * *
17571 AAATTTTGTTTATAGTCA-TCATGCCTTCAAAAGCATTATTT
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCA-TATTA
* *
17612 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTCTTACAT-TTTTT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT-TT-CATATTTTTAG
* * * * * * * ** *
17675 TCAAAATATATTATAATTAAATATTTTCCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTGACCCATTGGCAA-
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * *
17739 AAAATGTCCATTTATAGTCACTCCAGCTTTCGAAAGCTTTATTA
129 AAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-ATATTA
* * * * * *
17783 CTCGCATTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATGTTTTCATATTTTTAGT
* * * * * ** * * ********** *
17847 TAAAACA-AATAGTATTTGAATATTTTTCTCAAGAAACATGAAGAAAAANNNNNNNNNNGGTAAG
65 TAAAATAGATTA-TAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
17911 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATCTCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAG-CATATTA
* ********** * * * * *
17954 CTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTCTTTT-GTATTATTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATGTTTTCATATTTTTAGT
* * * *** * ** * * * *
18018 TAAAACAGATTATATTTAAATGTTTACCTTGGGAGACCTAAAGTAAAAGCCATCCACTAGCAAGA
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* ** * * * * * *
18083 AATGTTTACTTACAGTCCCTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * * ** *
18125 CTTGC-CTACAATGGTTGTATAATAGCATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTT-ATATTTTTAG
1 CTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTCATATTTTTAG
* * * * * * ** * * *
18188 TTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCTAAAG-AAAGAGCCATTCATTGACAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAA-AGCCATCCATTGGCAA
* * * *
18252 AAAAAGTTCA-TT-T-G-C-CT------TT-GAATACCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCATATTA
* * * * * *
18284 CTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATACTGTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTCATATTTTTAGT
* * * ** * * **
18348 TAAAATAGGTGATAATTGAATGGCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-GCAA
* * * *
18412 -AAAAGTTCATTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCA-TATTA
* * * * * ** *
18455 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATT-ATTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGCTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGT
* * * * * * *
18519 TAAAATAAATTATAATTGAATGTGTGCATTAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGG-AGAG
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AG
* * * *
18583 AAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGTCTTTC-AAAGTCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAAG-CATATTA
** * * * *
18626 CAAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTTA-T
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATA-TTTTTAGT
* * * * * ** * * * ** * * *
18690 TCAAATATATTGTAATTGAATATTTGTTTCAA-AGAATGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGTAGG
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGA-AATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
18754 AAAAGTCCATTTATGGTTACCCATA-CCTTCCG-AAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTT-CGAAAG-CATATTA
* * * * * *
18797 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTCATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * * * * * * * * * * * *
18862 ATAACAGATTATATTTGAATATCTACCTTAGGAAATATCAAG-AAAAGCTATTCATTGACAAGAA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * ** *
18926 AAGTCCATTTGTACTCACTCAAACTTTTAAAAGCCCTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * * * ********** * * *
18967 CTCACGTTAAATAGTTTTATAGTCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTT-GT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATT-TTTAGT
* * * * * * *
19031 TAAAATTA-ATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAACTGGAAAG
65 TAAAA-TAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * **
19095 AAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAATATTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCA-TATTA
* * * *
19138 CTCGCTTTAAATGCTTTCATAATGTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTT-CATATTTTTAG
* * * * * * * * * ** *
19201 TTAAAACATATTATAATTTATTGTCTACCT-TAGAAAACATGAA-AAAAAGATATTCATTGGCAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAG-AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * *
19264 GAAAAGTCTATTTATAGTCAAC-CACGCCTTCGAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
************ * * * * *
19308 CTTANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TTTAGATTTTTTTATA-TTTTAAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATGTTTTCATATTTTTAGT
* * * * * * * * *
19371 TAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAA-ATAAAGCAAAAACTATCCATTGGTAAGA
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * * *
19435 AAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAACCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAAGCATATTA
* * * * * * *
19477 CTCGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
** * * * * ** * *
19541 -AAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAA-AAGTAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
*
19603 AAAGTCCATTTATAGTCACAT-ATA-CCTTTC-AAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCAC-TCA-AGCC-TTCGAAAG-CATATTA
* * * * * * * *
19645 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * * * ** * * * *
19710 AAAATGGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AAGAAACGTGGAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAAA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCC-TCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * * **
19774 AAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAATATTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCA-TATTA
* * * * * *
19816 CTGGCTTTAAACGGTTTTATAATCTC----TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAG-T
* * * * * * * *** ** * *
19876 TAAAATATATTGTAATTGATTATCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAGGCCATCCATTAG-AAGG
65 TAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA-G
* * *
19940 AAAAGTCCATTTTTAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * *
19983 CTCTCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TTTATACAT-TTTTTA-
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-T-CATATTTTTAG
* * * * ** * * * * ** *
20044 TTAAAATATATCATAACTGAATGCGTGTCTTAGGCAACGTGAAGCAATAA-CCATCCATTGGGAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAA-AAGCCATCCATTGGCAA
* *
20108 GAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * * * * * * * * *
20152 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAACCTTATAATTG-TTTTTAGTTGAATTTTTTTATAATTTTGGCT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * * * ** * * **
20216 AAAATAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAAG-ACAAAGCCATTCATTAACAAGA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
20280 TAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAACCCTTAGTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-GCATATTA
* * * * * * *
20322 CTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATGTTAAGTTGAAT-TCTTTTAGATTGTT-GC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTCATATTTTTAG-
* ** * * * * * *
20385 TTAAAATAGACTATAATTGGATGGCTT-CCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGAAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAAT-GTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAA
** * *
20449 GCTAAGTCCATTTATACTCACTCATA-CCTTTGAAAGCATCATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCAT-ATTA
* ** * * * * *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * * * *** ** * **
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66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * *
20623 AAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CATATTA
* * * * * * **
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1 CTCGCTT-TAAA----TGGT--TT--TAT-AA---TCTCATAA--T--TGATT--TTAA--GTTG
* * * * * * *
20729 AATTTTTTTTACA-ATTTTGA-TTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAA-AAATGTG
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* * * * * *
20790 AAG-ATAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAGCTT
105 AAGCA-AAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGC-A
20853 TATTA
166 TATTA
* * * * * * * *
20858 CTCACTTTTAATGGTTTCATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTT
* * * * * * * * * ** * *
20923 AAAATTGATTATAATTTAATATCTACTTTGAA-AAACATGAAGCAATAGCCATCTGTTGGTAGGA
66 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTGC-CTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * *
20987 AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT-TATAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAG-CATATTA
* * *
21029 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTGTTACAT-TTTTT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT-TT-CATATTTTTAG
* * * * * * * ** * * *
21092 TTGAAACAGATTATATTTCAATGTATGCCTTAGGAAACGTG-AGTAAAAAGCCATTCATTGACAA
64 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * * *
21156 GAGAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-ATATTA
* * * * *
21200 CTTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATATTTTTATATTTTTTA-
1 C-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATA-TTTTTAG
*
21263 TTAAAATATATTATAATTA
64 TTAAAATAGATTATAATTA
21282 TATTTTTATT
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* * *
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CTTCAAAACCCTTAGTACTCG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * **** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* *
22298 ATTACAT-GCTTTACATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
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* * * *
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** * *
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* **
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* * * ** * * * **
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1 T-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * * * * *
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**
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** * * * * *
22679 TAAGTTGAATTTTACTATATTTATGGTTAAAACGGATTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACA
* * * * * * *
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** * * * *
22806 CTTATTACAAGTTTTAAATAGTTCTATAATCTCATGATTGATTT
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* * * * *
22850 TAAGTTGTATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTGTGCCATT-GGAAA
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
23021 TAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAGTGAATATAC-ACCTTGGGAAAC
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* * * * * *
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*
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* * * * * * ** **** **
23192 TAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATATTCAAATGTCTGTCTCAACAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACA
* *
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* * *
23320 TTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * * * * * * * *
23531 TAAGCTGAATTTTTTCATATTTTTTATTAAAATAGTTTATAATTAAATGTGTGCCATAGGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACA
* ** * * * *
23596 T-AAAGTAAAAGCTATCTATTGAAAAGAAGAGTCCATTTAT-G--ACTCATGCCTTCGAAA-CAT
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* * * **
23656 TATTGCCCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT
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* ** * * * **
23698 TAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATATCTAAATGTCTACCTTGATAAAC
1 TAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * * * * * *
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65 ATGAA-AAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* *
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* * * **
23870 TAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTGGTTAAATA-AGATTATATTTGAATATC-AATTTGAGGAAA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTG-GGAAA
* * * * * * **
23933 CATCAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATTCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
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* * *
23998 TTATTACTTGCGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * **
24041 TAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAACTGATTATAGTTGAATGTCTGCCTCAGGAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * *
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65 ATGAA-AAAAAGCCAT-CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGC
* * * * * * * *
24168 ATCATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATCT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
24212 TAGGTTGAATTTTTTAACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTT-AATGTTTAGCTTGGGAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * *
24276 ATGAGGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATGCCTTCGAAAA-C
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** * **
24339 CTTATTACTTACTTTAAATGGTGTTATAATCTTGTAATTGATTT
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* ******** ** * * * * * * **
24383 TAA-TTTANNNNNNNNNNATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAA
1 TAAGTTGA--ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAA
* * * * * * *
24447 CGTGAAGCAAAAGCTATCAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCTAGTCTT-AGAAAGC
64 CATGAA-AAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA-AAAGC
* * *
24511 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGA-CT
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * ***
24554 TAAGATTGAACTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTCCCTTATAAAAC
1 TAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * * * * * *
24619 ATGAAGAAAAAGCCATTCAATCGCAAGAAAAGTCTATTTGTATTCACCCATGTCTTTC-AAA-CA
65 ATGAA-AAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCAAAAGC-
* * *
24682 CTTATTACGT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGAATT
126 CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * **** **
24726 CAGGTTGAATTGTTTTATGTTGTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACA
* * * * * * * **
24791 TGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAAATCTATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAGTATT
66 TGAA-AAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* *
24856 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTT
129 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
24897 TAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACA
* * * * **
24962 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTT
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25027 ATTACTCGCTTTAAATGG
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25045 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2801, Mismatches: 631, Indels: 248
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
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TGAAAAAAAGCCATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
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Found at i:25905 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 169
25133 NNNNNNNNNA
* * * * * *
25143 GAAAAGTCCATTTATAGTGACTCAAACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
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* * * * * * *
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* * * ** * * * ** *
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* * * * * * * * *
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1 GAAAAGTTCATTTATAGTCACT-CAAGCC-TTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
25380 ATTATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGGAT
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** * * * * * *
25444 GGCTGCCTTA-GGAAGCATAAAGCAAATGCCATCCATTGGAAA
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** * * * * * * *
25486 GCTAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCATCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
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********* * * *
25551 NNNNNNNNNNTT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGATCAAAATATACTAT-ATGAATG
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* * * * *
25614 TATGCATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
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* * *
25655 GAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAN
1 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-AGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********* * * * **
25719 NNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATAGTTGTGGTCAAAATATATTATAACCAAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGATCAAAATATATTATAA-TGAAT
* * *
25784 GTGTGCCTAGGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAG
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*
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* ** *** *
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* * * *
25955 GTTTGCCTTA-GGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTGGTAAG
128 GTATGCC-TAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGT-AG
* ** * ** * *
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1 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-GCCTT-AGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
26062 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTACATTTTTTGGTTAAAATATATAATAATAGAG
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-GTTTTGATCAAAATATATTATAAT-GAA
* * * * * * * *
26127 TGTCTTCTTCA-AGAAA-ATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAA
127 TGTATGCCT-AGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAG
* * ********************** *
26169 GAAAAATCCATTTATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTTCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
26234 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTAT-GATTTTG-GCTAAAATATATTATAATTGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAG-TTTTGATC-AAAATATATTATAA-TGAA
* * * * * ** * *
26297 TGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGATAAAGTCATTGATTGGCAA
127 TGTATGCC-TAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAG
* * * * * * **
26340 GAAAAGTCCATTTATAGTGA-TCTATGCTTTCGAAAGCCTTATTAATCATTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTAG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
26404 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATA-TTGTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTT-TTGA-TCAAAATATATTATAA-TGA
* * * ** * * ** *
26467 ATAT-TAACCTCA-GAAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGAAAA
126 ATGTAT-GCCT-AGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAG
* * * *
26511 GAAAAGTTCATTTATAGTCGCTCATA--CTTCCCA-AAGCATTATTACTTGCATTAAATGGTTTT
1 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCCTT---AGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
26573 ATAATCTCATAATTGACTATAAGTTAAATTTTTTAACACTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
62 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGATCAAAATATATTATAAT
26635 TAAATGTTTG
Statistics
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGATCAAAATATATTATAATGAATGTA
TGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAG
Found at i:27841 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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* * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* *
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* ********** * *
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* * * * * ** * ** *
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* * * * *
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* * * *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * ***
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* * ** **
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* * * * *
28027 TCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * ** * *
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* * *
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* * * * * **********
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* *** * * * *
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* * ** * *
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130 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* ********** * * **
28369 TCGCTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * **********
28539 TTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * *
28604 CAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAACA-TCACTCATTTG-TAAGA
66 AAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCA-TTGATAAGA
* *
28667 AAAG-CCTATTTATAGTCA-TGCATACGTTCGAAAGCCTTATTTA-
129 AAAGTCC-ATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTAC
* * * * * * *
28710 TTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTATACTGTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * *
28775 AAATAGATTATAATTCAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTG-T-AGAGA
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* * *
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* *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTT
** * * ** * *
28944 AAAATATTTTATAATTGATTGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATCCATT-AGTAAGA
65 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGA
* * * * * *
29008 AAAGTCCATTTAGAGTTACCCATACCTTCCAAAGTCTTATTAC
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* * * * * * *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * *
29116 AAATTGTTTATATTTGAATGT-TTACCTTGGGAAATGTG-AGAAAATGCCACTCATTTG-TAA-A
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* * *
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* * * * *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * * *
29286 AAATAGATTATAATTGAATGTGTTCTTTAGG-AAGCATGAAGCAAAAGGCATCCATTGGA-GAGA
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* * *
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* * * * *
29392 TCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * *
29457 AAACAGATTAGAATTCAATGTCTACCTTTGGAAATA--TGAAGAAAAAGTCATTCATT-AGCAAG
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * ** *
29628 AAGTATATTATAATTGAATG--TTCGCTTCAAGAAAA-GTGAGGCAAAAGTCATTCATTGGCAAA
66 AAATAGATTATAATTGAATGTCTTC-CTT--GGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAG
* * * * **
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* * * * **
29734 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * *
29799 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGATAAGAA
66 AAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA
* * * * * * *
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** * * * * *
29905 TAACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTTGTTTACAGTTTTGGTTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * *
29969 AAACAGATTATATTTGAATGTC-TCTCTCTAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAG
66 AAATAGATTATAATTGAATGTCTTC-CT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAG
* * * *
30031 AAAAGTGCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTAC
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* * * * * *
30075 TTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTG
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * *
30139 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTTGA-AAGAA
66 AAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGATAAGAA
* * *
30203 AAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
30245 TTG-TTTCAAATGGTTTTGTAATCTTATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAAGTTTT-GT
1 TCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGT
* * * * * * *
30308 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGATAAAGCCATACATT-AGTAAG
64 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAG
* *
30372 AAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTAC
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* * *
30416 TCTCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
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AAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAA
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Found at i:28931 original size:341 final size:338
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Indices: 27044--30485 Score: 2219
Period size: 341 Copynumber: 10.1 Consensus size: 338
27034 NNNNNNNNTG
* * * *
27044 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTGTAACTGAATGTCTACCATAGAA
1 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
** * * * * * *
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* * * *
27168 GA---A--A-TCGCTTTAAATGGTTTTATTATCCCATAATT-AGTTGTAAGTTGAATTTTTTTAC
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* ** * * * * *
27226 ATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTGTCATAGGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATC
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* * *** * * **
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* *
27354 GGTTTTATAATTTCATAATTA
318 GATTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * * * *
27375 ATTTTAAGCTAAATATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATATATACCTTGGG
1 ATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA
* * * ** * * * *
27440 AAACATGAAGCAAAAGTAATCCATTG-ACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTATA
64 AAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGTA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * **********
27504 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTA
127 AGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTTA
* * * * * * * ** * *
27569 CATTTTTTGTTGAAACAGATTATATTTGAATGTCTACTTTAAAAAATGTGAAGAAAAAGTGATTC
190 TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA-TCACTC
* * * * * * *
27634 ATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATACTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAT
254 ATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * *
27698 GGTTTTATAACCTCATAATTG
318 GATTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * * ** *
27719 ATTTTAAGATGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTCAACGTCTTTCTTGGAA
1 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
** * * * * **
27784 AACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATTGTCA-TCCATGCCTTTGAAA
65 AATATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAA
** * * * * *
27848 G-CATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTGTCAT
128 GAC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAT
* * * * * * * * * **
27911 ACTGTTGGTTAAAATATATGATAATTGAATGTCT-GCTCTAGGAAATATGAAGCAGAGGC-CATC
191 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAATCAC-T-
* ** * * * ** ** **
27974 CATTGGGGA-AAAAGTCTATTTATAGTCAATCATGCCTTTAAAAGAGTTATTACTCACTTTAAAT
253 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
28038 -AGTTTTATAATGTCATAATTA
318 GA-TTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * * * *
28059 GTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTGTGCCTCA-AG
1 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-
** * * * * * *
28123 AAACGTGAAGGAAAAGCCA-TCAATTGGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATACCTTCCAA
64 AAATATAAAGAAAAAGCCATTC-ATTGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * * * *
28187 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCGCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
127 AGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAT
********** * * * *
28252 ANNNNNNNNNNAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGC-CATCC
191 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAATCAC-T-C
* * * * ** * * *
28316 ACTAGTAATAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTTCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
254 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
********** * *
28381 ATTNNNNNNNNNNATTATTG
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* ** * ** * * *
28401 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAAACTTTGCCTTAGGAA
1 ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* *** * * * * * * * *
28466 ATGTTGCGAAAACGTCACTCATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAATTAC-CTATGTCTTCCAAAG
66 ATATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAG
* * * * **********
28530 CCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTATAT
129 ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAT
* * *
28595 TTTTGGTTACAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAACATCACTCATT
193 TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAA-ATCACTCATT
* *
28660 TGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA-TGCATACGTTCGAAAGCCTTATTTA-TTGCTTTAAATG
257 AGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACT-CATACCTTCGAAAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAATG
* *
28722 ATTTTATAATCTCATAACTG
319 ATTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * *
28742 ATTTTAAGCTGAATTCTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTGCCTTAGAA
1 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
* * * *
28807 AACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGT-AGAGAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
65 AATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* *
28871 TAC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAGA
129 -ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATA
** * * * * *
28935 TTTTTGGTTAAAATATTTTATAATTGATTGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAAGC-CATCCA
192 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAATCAC-T-CA
* * * * * *
28999 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTTACCCATACCTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
255 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA
* * **
29063 GTTTTATAGTCTCATTATCG
320 -TTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * * * *
29083 ATATTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATTGTTTATATTTGAATGTTTACCTTGGGA
1 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
* * * * * * **
29148 AATGT-GAGAAAATGCCACTCATTTGTAA-AAAATATCTATTTATAGTCA-TCCATGCCTTTGAA
65 AATATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAA
* * * *
29210 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT
127 AGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAT
* * * * * * * **
29275 ACTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTTCTTTAGGAAGCATGAAGCAAAAGGCA-TCC
191 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAG-AAAAATCACT-C
* * * * * *
29339 ATT-GGAGAGAAAACTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGCAC-CATTACTCGCTTTAAA
254 ATTAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAA
* *
29402 TGATTTTATAATGTCATAATTG
317 TGATTTTATAATCTCATAATTA
* * * * *
29424 ATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTCAATGTCTACCTTTGGA
1 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
* * * *
29489 AATATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
65 AATATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * * *
29554 -CATTATTATTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
129 AC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * * * * *
29618 TTTGTGTTTAAAGTATATTATAATTGAATGT-T-CGCTTCAAGAAAA-GTGAGGCAAAAGTCATT
192 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTT--AGAAAACATGAAG-AAAAATCACT
* * * * * * **
29680 CATTGGCAAAAAAAGTCTATCTATATTCACTCATACCTTCGAAAGATTTATTACTTGCTTTAAAT
253 CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
29745 GGTTTTATAATCTCATAATTA
318 GATTTTATAATCTCATAATTA
* ** * *
29766 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AG
1 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-
* * * * * * * ** *
29830 AAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTTAAGCCTTTGAAG
64 AAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
* * ** * * * *
29895 GGCTTATTCCTAACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTTGTTTACA
128 GACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATA
* * * * * *
29959 GTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCT-CTCTCTAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
192 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT-TAGAAAACATGAAGAAAAA-TCACTC
* * *
30022 ATTAGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAAT
254 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
*
30086 G-GTTTATAATCTCATAATTA
318 GATTTTATAATCTCATAATTA
* * * *
30106 ATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA
1 ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
* * * * *
30171 AATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
65 AATATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * * *
30236 CCTTATTACTTG-TTTCAAATGGTTTTGTAATCTTATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
129 ACTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-T
* * * * * * *
30300 AGTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGATAAAGC-CATAC
191 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAATCAC-T-C
* *
30363 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCT-CTTTAAA
254 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATACCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAA
*
30426 TG-GTTTATAATCTCATAATTA
317 TGATTTTATAATCTCATAATTA
*
30447 ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
1 A-TTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
30486 TATCATAGCT
Statistics
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Consensus pattern (338 bp):
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ATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGAC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTT
TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAATCACTCATTAGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTA
Found at i:29289 original size:853 final size:837
Alignment explanation
Indices: 27545--30508 Score: 2676
Period size: 853 Copynumber: 3.5 Consensus size: 837
27535 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
27545 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTGAAACAGATTATATTTGAATGTCTACTTTA
1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTA
** * ** * * *
27610 AAAAATGTGAAG-AAAAAGTGATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTTACTCATGCCTTCA
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* * * * * *
27674 AAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGAATATTTTT
124 AAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTT
* * ** * *
27739 ATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTCAACGTCTTTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATT
189 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAATC-ATT
* * * *
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253 CATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * *
27868 TGGTTTTGTAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCATACTGTTGGTTAAAATATATGAT
317 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTGTTGGTTAAAATATATTAT
* * * **
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382 AATTGAATGTCTGCCT-TA-GAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAGAAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
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* * * *
28062 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTGTGCCTCAAGAAAC
509 TTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC
* * * *
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573 GTGAAGAAAAAGCCATCCATTGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGCCT
* * * * ****
28192 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCGCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTTTTATANNNN
637 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTT
****** * * * * *
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702 TGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCT-CCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-CATTAGT
* * * ** * **
28322 AATAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTTCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTNN
764 AAGAAAA-TTCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTT
******** *
28386 NNNNNNNNATTAT
825 ATAATCTCATAAT
* ** * **
28399 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAAACTTTGCCTTAGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGG
* * * * *
28464 AAATGTTGCGAAAACGTCACTCATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAATTAC-CTATGTCTTCCAA
65 AAATGTAGCGAAAA-GCCA-TCATTTA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTC-ATGCCTTCAAA
* ********** * *
28528 AGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTAT
126 AGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTTAT
* * * * *
28593 ATTTTTGGTTACAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAACATCACTCA
191 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAA-ATCATTCA
* * * * *
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255 TTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCATTA-TTACTTGCTTTAAAT
* * * *
28721 GATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATTAT
318 GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATACTGTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * * *
28786 AATTCAATGTCTGCCTTAGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGTAGAGAAACTCCATTTATA
382 AATTGAATGTCTGCCTTAGAAAA-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAGAAAAAGTCTATTTATA
* *
28851 GTCACTCATGCCTTCAAAAGTA-CTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATT
446 GTCACTCATGCCTTCAAAAG-AGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATT
* * * * *
28915 TTAAGTTAATTTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATTTTATAATTGATTGTCTACCTC-AGAAAA
509 TTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAA
* * * * *
28979 CGTAAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGTTACCCATACCTTCCAAAGTC
572 CGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGCC
* * * * * *
29044 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATTATCGATATTAAGTTCAATTTTTTTACATTT
636 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTT
* * * * * * *
29109 TTGGTTAAAATTGTTTATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTG-AGAAAATGCCACTCATTTG
701 TTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCT-CCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TCATTAG
29173 TAA-AAAATATCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
763 TAAGAAAAT-TC-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTT
*
29237 TATAATTTCATAAT
824 TATAATCTCATAAT
* * *
29251 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTTCTTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAG
* * * * * *
29316 GAAGCATGAAGC-AAAAGGCATCCATTGGAGAGAAAACTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGA
64 GAA--ATGTAGCGAAAAGCCAT-CATT-TAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAA
* * * * * *
29380 AAGCAC-CATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT
125 AAGC-CTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTT
* * *
29444 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTCAATGTCTACCTTTGG-AAATATGAAGAAAAAGTCAT
189 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACC-TTGGAAAACATGAAGAAAAA-TCAT
* * * * *
29508 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTATTTGTTTTAAA
252 TCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAA
*
29573 T-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-T-TTGTGTTTAAAGTATA
317 TGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATACTGTTG-G-TTAAAATATA
* * * * *
29635 TTATAATTGAATGT-T-CGCTTCAAGAAAAGTGAGGCAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT
378 TTATAATTGAATGTCTGC-CTT--AGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAGAAAAAGTCT
* * * * * *
29698 ATCTATATTCACTCATACCTTCGAAAGATTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
439 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
29763 TTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT
504 TT-ATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * * *
29827 AAGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCACTTA-AGCCTTT
566 AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC
* * * * ** * * *
29891 GAAGGGCTTATTCCTAACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TAGAATTTGT
629 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTT
*
29954 TTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTCTCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
693 TTACAGTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTC-CT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * *
30019 TTCATTAGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTTGCTTTAA
756 -TCATTAGTAAGAAAA-TTCATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
30084 ATGGTTTATAATCTCATAAT
818 ATGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
30104 TAATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-G
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAG
** * * * *
30168 GAAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
64 G-AAATGTAGCG-AAAAGCCA-TCATTT-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAA
* * *
30233 AAGCCTTATTACTT-GTTTCAAATGGTTTTGTAATCTTATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
125 AAGCCTTATTACTTGGTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTT
* * * * * * * **
30297 ACAAGTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGATAAAGCCAT
189 A-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGA-AAAATCAT
* *
30361 ACATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCGAAAGTC-TTATTACTCT-CTTTA
252 TCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACT-TGCTTTA
* *
30424 AATG-GTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAT
315 AATGATTTTATAATCTCATAATTAA-TTTTAAGTTGAATTTTTTATAC--TGTTGGTTAAAATAT
* ** *
30487 ATCATAGCTGAATGTATGCCTT
377 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT
30509 GGATTTTAAG
Statistics
Matches: 1709, Mismatches: 326, Indels: 150
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
850 2 0.00
851 24 0.01
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853 967 0.57
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855 23 0.01
856 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (837 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAGGA
AATGTAGCGAAAAGCCATCATTTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTT
TGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAATCATTCATTAGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTGTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
TCTGCCTTAGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG
CCTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTAATTT
TTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
CATCCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATAGAT
TATATTTGAATGTCTCCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCATTAGTAAGAAAATTCATTTATA
GTCACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:30809 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30513--30888 Score: 445
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
30503 TGCCTTGGAT
* * * *
30513 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTGTCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAA
* * * * *
30578 TGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCA
65 CGTGAAGCAAAAGTCACCCATTGGAAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACTTTGAAAGCA
* *
30643 TTATCACTTGC-T-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
130 CTATCAC-T-CATATTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTGA
* * *
30683 TTGTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGCTAAAATATATTATAATTTAATATCTATCTCAAGAA
1 TT-TAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTATCTCAAGAA
* * * *
30748 ACGTGAAGCAAAAGTGACCCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTGA-AGACTTTGAAAG
64 ACGTGAAGCAAAAGTCACCCATTGGAAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-ACTTTGAAAG
* * *
30812 CCCTATTACTCATATTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGAA
128 CACTATCACTCATATTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTG-A
*
30855 TTTAAGTT-AGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA
30889 CAAAAAATAT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 23, Indels: 15
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 6 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAAC
GTGAAGCAAAAGTCACCCATTGGAAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACTTTGAAAGCAC
TATCACTCATATTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:30871 original size:405 final size:404
Alignment explanation
Indices: 30106--30888 Score: 902
Period size: 405 Copynumber: 1.9 Consensus size: 404
30096 CTCATAATTA
* * * **
30106 ATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA
1 ATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTAAGAA
** * *
30171 AATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
66 AATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * *
30236 CCTTATTACTTGTTTCAAATGGTTTTGTAATCTTATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAA
131 CATTATCACTTGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACAA
* * * *** *
30301 GTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGATAAAGCCATACATT
196 GTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGATAAAGCCACACATT
* * *** * * *
30366 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT
261 AGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGACTTCGAAAGCCCTATTACTCTCATTAAATGGTT
30431 TATAATCTCATAATTAATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAGCT
326 TATAATCTCATAATTAA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAGCT
30496 GAATGTATGCCTTGG
390 GAATGTATGCCTTGG
* * * * **
30511 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTGTCTCAAG-
1 ATTTGAAGTTAAAGTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCT-AAGA
* * * * **
30575 AAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAA
65 AAATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAA
* *
30639 AGCATTATCACTTGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTA
129 AGCATTATCACTTG-TTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGTTAAATTTTTTTA
* * **
30703 CATA-TTTGGCTAAAATATATTATAATTTAATATCTATC-TCAAGAAACGTGAAGCA-AAAGTGA
193 CA-AGTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATATCTA-CATCAAGAAACATGAAG-ATAAAGCCA
* * * * *
30765 CCCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTGAAGACTTTGAAAGCCCTATTACTCAT-ATT
255 CACATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CAAGACTTCGAAAGCCCTATTACTC-TCATT
*
30828 AAATGGTCTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTT-AGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
318 AAATGGT-TTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
30889 CAAAAAATAT
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AATGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
CATTATCACTTGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACAA
GTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATATCTACATCAAGAAACATGAAGATAAAGCCACACATT
AGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGACTTCGAAAGCCCTATTACTCTCATTAAATGGTT
TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAGCTG
AATGTATGCCTTGG
Found at i:31567 original size:171 final size:169
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*
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* *
31423 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATTCTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAT
** * * * *
31488 ACAGTTGGTTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTACATTAGAAAACGTAAAGCAAAAGGC-ATCA
65 ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATCA
* ** *
31552 ATTGGAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCATTCATACCTTCGAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATC
* * * * *
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* * * * *
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1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * **
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64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATC
* * * * * *
31893 CATTAGTAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATACCTTTC-AA
128 AATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAA
* * * * *
31936 AACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TA
* ** * * * * * * *
32001 TATTTTTTATTAAAACAAATTAT-ATTCAAATATCTACCTTAGGAAACATCAA-C-AAAAGTCCA
64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAG-CTA
** * ** *** * * * ** *
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126 TCAATTGGAAGAAAAGTTCATT-TATAGTCACCCA-TGC-CTTCG--AA
*** * * * * ** * * *
32107 ATTATTTTATAATCTC-ATATTTGATTTTA-AAT-T--GAATT-CTTTTATA-TTG--TTTGTTA
1 AGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTA
* * * * * * * * * * *
32163 CA--ATAGATTATAATTGA--AT-ATT---TG-C--CTCAAGAAACATGAAGCAAACA-CTATCC
64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATCA
* * * *
32216 GTTGGAGAGAAAA---C--------TC-CACATACCTTCAAA
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**** * * * * * *
32246 AATAGTATTACTTGCTTT-ATTTAGTTTTATAATTTCATAATTCATTCT-AGTTTGAATTTTTTT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTT
* * * * * * * * *
32309 ACATT-TTAGATTATAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGAAG-TAAAAGCCA
63 ATATTGTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTA
* * * * * * * *
32372 TCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTAGAC
126 TCAATT-GGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
32417 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAT
* * ** * * * ** * * *
32482 ATTTTTAGTTAAAACGGATTAAAATTGAATGTCTGC-CATGGAAAATATAAAG-AAAAGGCCATT
65 ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTA-GG-AAACGTGAAGCAAAAAGCTA-T
* *
32545 C-ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTC-AA
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* * * * * *
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1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT
* * *
32653 ATTGGTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGG-AA-GTGTAGAGC-AAAAG-TGA
65 ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTG-A-AGCAAAAAGCT-A
* * * * *
32714 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATATTCACTCATGCCTTCGAA
126 TCAATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* *
32759 AGCAC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * ** * * ** *
32823 TATTTTTGGTT-AAATATATTAGCATAGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGC-AAAAGCCATC
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* * * * * *
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* *
32929 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * * * * * * *
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64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATC
* * * * ** * *
33056 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGTCAAGCCTTCAAA
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** *** * *
33099 AGCCTTATTACTCATTTTCGTTGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAT
* * * * *
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65 -ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCA-AAAAGCTA-
* * *
33226 TC-ATTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAA
126 TCAATTG-GAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * *
33270 ACCCTTAATACTTGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * * * * *
33334 TATTGTTGGTTAAAATAGACTATAATT-AGCTGGCTGCCTTAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCAT
64 TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTAT
* * ** * * * *
33397 CCATTCGAATGCTAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAA
127 CAATTGGAA-GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * * *
33441 AGCATCATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT
** * * * * * * * *
33506 AGTT-TTACTCAAAATATATTATAACTGAATG-CGTGCCTTCGGAAACATGAAG-TAAAAGCCAT
65 A-TTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-T-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTAT
* * * * * * * *
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127 CAATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * **
33612 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTA
* * *
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64 -TATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTA
33718 AAAAATGTGA
Statistics
Matches: 1907, Mismatches: 416, Indels: 284
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
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TTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCTATCAAT
TGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
Found at i:31785 original size:342 final size:337
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Period size: 342 Copynumber: 7.8 Consensus size: 337
31072 NNNNNNNNNN
* *
31082 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA
* * * * * * * ** *
31146 CAT-TATTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
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* * * * * *
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128 -ATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATA-CCTTC-AAAGC-ATTATTACTCGCTTT
* * * * * *
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187 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTGTTT-GTTAAAATA
* * * * * ** * *
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250 GATTATAATTAAATGTGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGA-AAGAAAAGTC
* * * *
31397 CATATATTGTAACCCATGCCTTCGAA
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* * * *
31423 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATTCTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * *
31488 ACAGTTGGTTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTACATTAGAAAACGTAAAGCAAAAGGCATCAA
66 ATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGGCATC-A
** ** *
31553 TTGGAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
129 TTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * **
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* * * *
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*
31747 GTCACTCATGCATTCCGA
321 GTCACTCATGCCTT-CGA
** * * * *
31765 AGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTTAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * *
31830 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTG-CTTCAAAAAACGTGAAGAAAAAGCTATCC
66 ATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAGGC-AT-C
* * * * *
31894 ATTAGTA-AGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATACCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
128 ATT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
31958 GGTTTTATAATCTCATTACTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATATTTTTTATTAAAACAAATTA
191 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTGTTTGTTAAAATAGATTA
* * *
32023 T-ATTCAAATATCTACCTTAGGAAACAT----C----A--A--C--------AAAAGTCCATTTA
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*
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* ** * * *
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1 AGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * **
32151 TAT-TGTTTGTTACAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCA-AGAAACATGAAGCAAACACTAT
65 TATAT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGAAAAGGC-AT
* * * * *
32214 CCGTTGGAGAGAAAA---C--------TC-CACATACCTTCAAA-AATAGTATTACTTGCTTTAT
127 -CATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAGCAT--TATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * * *
32266 TTAGTTTTATAATTTCATAATTCATTCT-AGTTTGAATTTTTTTACATT-TTAGATTATAATATA
189 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGA
* * * * * * *
32329 TTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
252 TTATAATTAAATGTGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATT-GAAAGAAAAGTCCAT
* * *
32394 TTATAGTCACTCAAGCCCTAGA
316 TTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * *
32416 CAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTA
1 -AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** * * * * *
32481 CATTTTTAGTTAAAACGGATTAAAATTGAATGTCTGCCATGGAAAATATAAAGAAAAGGCCATTC
65 TATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAGG-CA-TC
* * *
32546 ATTGG-GAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTCAAAGCCA-TATTACTCGTTTTAAA
128 ATTGGAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
32609 TGGTTTTACAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTGGTGGTTAAAATAGATTA
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* * * * * *** * *
32674 TAATTGAATGTTTACCTCAGG-AA-GTGTAGAGCAAAAGTGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATA
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*
32737 TATATTCACTCATGCCTTCGAA
317 TATAGTCACTCATGCCTTCG-A
*
32759 AGCAC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * * *
32823 TATTTTTGGTT-AAATATATTAGCATAGAATGTCTGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCT
65 TATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGGCATC-
* * *
32887 ATT-GAGAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCA-AGCCTTGGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAA
128 ATTGGAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTT-CAAAG-CATTATTACTCGCTTTAA
* *
32949 ATGG-TTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAATATA
189 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGA
* * * * * *
33011 TCATAACTAAATGTGTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCAT
252 TTATAATTAAATGTGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGA-AAGAAAAGTCCAT
* * * *
33076 TTATAGTTAGTCAAGCCTTCAAA
316 TTATAGTCACTCATGCCTTC-GA
** *** * *
33099 AGCCTTATTACTCATTTTCGTTGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * *
33164 A-ATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGATAAAGGCATT
66 ATA-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGA-AAAGGCA-T
* * * * * * * *
33227 CATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAACCCTTAATACTTGCTTTAAA
127 CATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
33291 TTGTTTTATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGACTA
190 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTA
** * * **
33356 TAATTAGCTG-GCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCGAATGCTAAGTCCATTT
255 TAATTAAATGTG-TGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATT-GAAAGAAAAGTCCATTT
* *
33420 ATACTCACTCATGCCTTCAAA
318 ATAGTCACTCATGCCTTC-GA
* * * * *
33441 AGCATCATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * * *
33506 AGT-TTTACTCAAAATATATTATAACTGAATG-CGTGCCTTCGGAAACATGAAGTAAAAGCCATC
66 A-TATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGGCAT-
* * * * * * *
33569 CATT-GATAAGAAAGGTCCATTTAGAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
127 CATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CC-TTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
** * * *
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*
33696 TTATAATTGAATGT
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33710 CTATCTTAAA
Statistics
Matches: 1805, Mismatches: 363, Indels: 235
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
308 3 0.00
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAGGCATCATT
GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTA
AATGTGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATGCCTTCGA
Found at i:33349 original size:682 final size:683
Alignment explanation
Indices: 32271--33691 Score: 1708
Period size: 682 Copynumber: 2.1 Consensus size: 683
32261 TTTATTTAGT
* * * * * *
32271 TTTATAATTTCATAATTCATTCT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTATAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAA
* * * *
32335 TTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 CTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
32400 TCACTCAAGCCCTAGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTT
130 TCACTCAAGCCCTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** *
32465 AGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTAAAATTGAATGTCTGCCATGGAAAATAT
195 AAGTTGAATGTTTTTAAATTTTGAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCATCAAAAACAT
* *
32530 AAAGAAAAGGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTCAAAGCCATA
260 AAAGAAAAGGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTCAAACCCATA
* * * * * *
32595 TTACTCGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTGGTG
325 ATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAAATGAATTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGGTG
* ** * ** *
32660 GTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTTTACCTCAGG-AA-GTGTAGAGCAAAAGTGATCCATTGG
390 GTTAAAATAGACTATAATTAG-ATGGCTACCTCAGGAAACATG-A-AGCAAAAGCCATCCATTCG
* *
32722 CAA-GAAAAGTCCATATATATTCACTCATGCCTTCGAAAGCA-CTATTACTCGCTTTAAATGGTT
452 -AATGAAAAGTCCATATATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCATC-ATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * ** * *
32785 TTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT-TAAATATATTAGCA-T
515 TTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTACTCAAAATATATTAGAACT
* * * *
32848 AGAATGTC-TGCCTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAGAAGAAAAGTCCCTTTATAG
580 -GAATG-CGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAG
* *
32912 TCACTCAAGCCTTGGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG
643 TCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
32953 TTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAA
1 TTTATAATCTCATAATTCA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAA
* ** * *
33017 CTAAATGTGTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATA
65 CTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ***
33081 GTTAGTCAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCATTTTCGTTGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
129 GTCACTCAAGCCCT-AGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATT
* *
33145 TTAAGTTGAAT-TATTTTATAATTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGA
193 TTAAGTTGAATGT-TTTTA-AATTTTGAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCATCAA-A
* * * * *
33207 AACATGAAGATAAAGG-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAA
255 AACATAAAGA-AAAGGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTC-AA
* * * * *
33270 ACCCTTAATACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCACAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT
318 ACCCATAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAAATGAATTTAAGTTGAATTCTTTTAT
* * * *
33335 ATTGTTGGTTAAAATAGACTATAATTAGCTGGCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
383 ATTGGTGGTTAAAATAGACTATAATTAGATGGCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
** * *
33400 TTCGAATGCTAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCATCATTACTCGCTTTCAATGG
448 TTCGAATGAAAAGTCCATATATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAATGG
* *
33465 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTACTCAAAATATATTATAA
513 TTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTACTCAAAATATATTAGAA
* * * *
33530 CTGAATGCGTGCCTTCGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAGGTCCATTTAGAG
578 CTGAATGCGTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAG
*
33595 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
643 TCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
33636 TTT-TGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACAATTTTAGTTAAAA
1 TTTAT--AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
33692 CAGATTATAA
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 92, Indels: 39
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 10 0.02
682 443 0.71
683 124 0.20
684 29 0.05
685 20 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (683 bp):
TTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATCATAAC
TAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCCTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATGTTTTTAAATTTTGAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCATCAAAAACATA
AAGAAAAGGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTCAAACCCATAA
TACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAAATGAATTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGGTGG
TTAAAATAGACTATAATTAGATGGCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCGAATG
AAAAGTCCATATATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCATCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTACTCAAAATATATTAGAACTGAATGC
GTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCAA
GCCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
Found at i:36759 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36011--36843 Score: 678
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
36001 NNNNNNNNNN
* * * * * *
36011 TGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGTTTATAATTGACTGTGTACCTTAG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* * * **
36076 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGGGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAA
* * *
36141 AGCCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 AGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ********** * *
36182 TGATATTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* ** ** * * * * * *
36247 AAAATGTGAAGAAAAAGCCATATATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATATTTACCCATGTCTTCCAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAA
* * *
36312 AGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
130 AGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
36353 T-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGCTAAAATAGATTATATTTTAATGTTTGCCTTTA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTA
** * * * *
36417 -GAAACAT-AGAGAAAAAGTTA-CTCATTTGCAA-AAAATGTCTATTTGTAGTCA-TCCGTGCCT
65 GGAAACATGA-AGAAAAAGCCATC-CA-TTGGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACT-CATGCCT
** * * * *
36477 TAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATTACCTCATAAT
125 TCCAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** * * *
36523 TGATTTGAAGTTAAATTCTTTTATACTGGTGGTTAAAATACATTGTAATTGAATGTCTACCTTAG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* * * *
36588 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGGAAACTCCATTTATAATCACTCATGCCTT-CAG
66 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCA-
* * *
36652 AAGTAGTT-TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAAT
129 AAG-ACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
36694 TAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATAGATTATACTTGAATGTTTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* ** * * * *
36759 GAAACATGGAGAAAAAGTTA-CTCATTTGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCG
66 GAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCC
*
36822 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
128 AAAGACTTATTACTCGCTTTAA
36844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 135, Indels: 42
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 128 0.25
171 359 0.71
172 14 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAA
GACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:37537 original size:129 final size:130
Alignment explanation
Indices: 37381--37620 Score: 290
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
37371 AATGGATGGC
* *
37381 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGGAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACC-AAAATGCAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGGAGACATT-AAATATAATCCATTTTAACCAAAAATG-AAAAAA
* * * *
37445 AATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAGGCGAGGTTTTATCAATGAATGG
64 AACTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGTTTTATCAATGAATGG
37509 TA
129 TA
* * * ** * *
37511 TTTTT-TTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTAATTGTGTTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGGAGACATTAAATATAATCCATTTTAACCAAAAATGAAAAAAA
* *
37574 ACTCATCTCAAAATCAACTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAG
65 ACTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
37621 TAATATGACT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 7
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
128 46 0.50
129 41 0.45
130 5 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (130 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGGAGACATTAAATATAATCCATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAA
CTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGTTTTATCAATGAATGGTA
Found at i:40545 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40262--40930 Score: 578
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
40252 AAACCTATCC
* * *
40262 ATTGACAACAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTG
1 ATTGACAACAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTG
* * * ** ** * ** *
40327 AATTTATAA-ATTTTTAAACAATGTTCGATTGAATATTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGCTCAT
66 GATTTATAACCTTTATAAATGAT-TTTAAATGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* * * *
40391 CA-TTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGCAAAGTCATCA
129 CAGTTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCAAAGCCATCA
* * *
40432 ATTGACAA-AAGAAGTCCATTTATACTCATTCACACCTTCAAAAGCCTTGTTACT-AGCTTTAAA
1 ATTGACAACAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-CTTTAAG
* * *
40495 AGGATTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATCGAATTGTTTTACATTTTT-GTTTAAATAGATC
64 TGGATTTATAACCTTTATAAATGATTTTAAAT-GAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * * *
40558 AT-ATTTTGAT-TTATACATAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCT
127 ATCAGTTTGATGTT-TGCATCGAGAAACGTGAAGC-AAAGCCATCA
* * * * *
40602 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGCG
1 ATTGACAACAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTG
* * * * **
40667 GATTTATAACCTTTA-AAATGATTCTAAAATAAATTTTTTAACAGTTTTGGTTGAAGTAGATCAT
66 GATTTATAACCTTTATAAATGATT-TTAAATGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
* *
40731 CA-TTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCC
129 CAGTTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAG-CAAAGCCATCA
* * * * ** **
40773 ATTAATAA-AAAAGGTTCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTT-TCCCTTGCTTTAAGT
1 ATTGACAACAAAA-GTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGT
* * * *
40836 GGATTTATAACACCTTCAT-AA--ATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAT
65 GGATTTAT-A-ACCTTTATAAATGATTTTAAATGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * *
40898 C-TTAGTTTGATGTTTGCATCGGGAAACATGAAG
126 CATCAGTTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAG
40931 TAGAGTGTAA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 62, Indels: 46
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 55 0.13
170 240 0.58
171 105 0.25
172 11 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTGACAACAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTG
GATTTATAACCTTTATAAATGATTTTAAATGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCA
GTTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCAAAGCCATCA
Found at i:41077 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 41061--41085 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
41051 TTCGTATGCG
41061 ATAAAATAATA
1 ATAAAATAATA
41072 ATAAAATAATA
1 ATAAAATAATA
41083 ATA
1 ATA
41086 TCAAAGTTGT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (11 bp):
ATAAAATAATA
Found at i:41495 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 41461--41525 Score: 78
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
41451 GGGAGGACCC
*
41461 AATTAAAAAGAAT-ATGAAGTTGAGGTGTGG
1 AATTAAAAAGAATGA-GAAGTTAAGGTGTGG
* * *
41491 AATTATAAATAATGAGAAGTTAATGTGTGG
1 AATTAAAAAGAATGAGAAGTTAAGGTGTGG
41521 AATTA
1 AATTA
41526 TAATTATCAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 29 0.97
31 1 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
AATTAAAAAGAATGAGAAGTTAAGGTGTGG
Found at i:45325 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 45010--49042 Score: 2909
Period size: 171 Copynumber: 23.6 Consensus size: 169
45000 TTAGAGTTGT
* * * * *
45010 TCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTAG-TTTAAGTGGACTTATAACTTTTTATTGATTTT-AAT
1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTAC-TCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAAT
* * * * *
45073 T---TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTTATGTTTGCATCGAGAAATGTGAAG
64 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACGTGAAG
* * * *
45135 TAAAAGCCATCGATTGACAAAAAAATTCCATTTATAGTCAC
129 CAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
45176 TCATACCTTCGAAAGCCTGATTATTTGCTTTAAGTAGATCTATAACTTTTTCATCGATTTTAAAT
1 TCATACCTTCGAAAGCCTG-TTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* * * * *
45241 TAAACTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACGGATCATAATTTTATGTTTACATAGAGAAACGTGAC
64 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACGTGA-
* * * * *
45306 A-CAAAAGTCATCAATTGACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCGC
127 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
45348 TTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGGATTTATAACTTTATAGATGATTTAAAAT
1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTA-ATGATTTTAAAT
* * * ** * * * * * *
45413 TGAATTTCTTCACTTTTTTTATTAAAATAAATTATAACTTGATCTTTGCATCGAGAAACGTGAAG
64 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACGTGAAG
* * **
45478 CAAAA-CCTATCCATCGACAA-AACCAGTCCGCTTAT-GCTCAC
129 CAAAAGCC-ATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAG-TCAC
* * * * * * *
45519 TCATGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATTAATTTTAGA
1 TCATACC-TTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAA
* * * * * * * * * *
45583 TTGAACTATTTATA-TTTTTTTGTTAAAACAGATAATCATTTCATGTTTGCATCA-TGATACATG
63 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACGTG
* *
45646 AAG-AACAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
126 AAGCAA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * *
45690 TTATTTCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGATTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAAT
1 TCATACCTTCGAAAGC-CTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* * ** * ** * * * *
45755 TG-ACTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAATCATTGTTTCACGTTTGCATCAG-GGAATGTGAA
64 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACGTGAA
* * * * * * *
45818 GAAAAATCCATCCATTGATAAGAAAACTCCATTTAGAGTTAG
128 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
45860 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTATA-TAGACTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAA
1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTA-AGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAA
* * * * * ** *
45924 TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATGATCATTTTACATTTGTATCA-AGAAACGTGA
63 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACGTGA
* ** *
45988 AACAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
127 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
46031 TCATACTTTCTAAAAGCTTGTTACTCGTTTTATGTGGATTTAAAACTTTATAAATTATTTTAAAT
1 TCATACCTTC-GAAAGCCTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAAT
* * * * * ** *
46096 TAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATGATCATTTTACATTTGCATTAG-GAAACATGA
64 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACGTGA
* * * * *
46160 AACAAAGGCCA-CCGATTGACAACAAAAATCTATTTATAGTCAC
127 AGCAAAAGCCATCC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
46203 TCAT-GCTTCCGAAAAGCTTGTTACTTGCTTTATGTGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAAA
1 TCATACCTT-CG-AAAGCCTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAA
* * * * * *
46267 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-TAACTATATCATAAGTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATA
63 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACGTG
* ** ** * *
46330 AAGAAAAAGCCATTGATTGGTAA-AACAAGTCTATTTATACTCAC
126 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** *
46374 TCACACCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCGTCGATTTTAGAT
1 TCATACCTTCGAAA-GCCTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* ** * * * * * * * *
46439 TGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAGAGACCATCATTTCATGTTTGTATTGGGAAACATGAAG
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* * *
46504 AAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
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* * * * ** * **
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1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAAT
* * * * * * *
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64 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACGTGAA
* *
46674 GCAAAAGCCATCAATTGACAA-AACAAGTCCATTTATAATCAC
128 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
46716 TCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGAATTTATAACTTTTTCATCAATTTTAGAT
1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* ** * * * ** * *
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64 TGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG-CATAGAGAAACGTG
* * *
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* * ** *
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1 TCATACCTTCGAAAGCCTGT-T-ACTCGCTTTAAGTGGATTTATA-ACTTTTT-AATGATTTTAA
* * * *
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** * * *
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126 AAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * * *
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1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACT-TTTTAAT-GATTTTAAA
* * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * *
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1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* * * * * *
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* * * * *
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** ** * * *
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* ** * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * **
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* * ** * * * * **
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* * ** * * * * *
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* *
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*** * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * ***
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* * * * **
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* * * *
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** **
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1 TCATACCTTCGAAAGCCTGT--TACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTT-TAATGATTTTAAA
* * * *
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63 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGC-ATAGAGAAACGTG
* *
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* * * * * *
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1 TCATACCTTCGAAAGCC-TGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTTTAATGATTTTAAAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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1 TCATACCTTCGAAAG-CCTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAAT
* * * * *
49003 TTATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGTCATAATTT
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49043 TTTGTTTACA
Statistics
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AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACGTGAAGCA
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Found at i:46288 original size:684 final size:677
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** *
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* * ** * * **
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* * * * * * *
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130 GAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTA
** * * *
45883 CTCGTTTTATA-TAGACTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
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* * * ** * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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514 TGCTT-CG-AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAAATTG
* * * * *
46270 AATTTTTTTACATTTTTTGTT-TAACTATATCATAAGTTGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGA
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** * *
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* * * * *
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1 TCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAAT
* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
46762 TTTTTCATCAATTTTAGATTGAATTTTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATCATCATTTCACA
389 TTTTAAAT-GATTTTAAATT-AA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATCATCATTTGACA
* * * * * *
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451 TTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-CCATTGACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * * *** * *
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* * * * * * * *
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577 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GAAACATGAA-GA
* *
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** * * *
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* * * * *
47125 TTGAA-TTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTCCATCTA-GAAACGT
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* * * * ** * * ** *
47187 GAAGTAAAAGTCATCGATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTTACTCATGCCTTTTAAGGCCTTG
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* * * * * * *
47252 TTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTTTAAAGTGAATGTTTTTATATTTTTA
192 TTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * *
47317 GTTAAAACAAATCATAACTCTATGTTTACGTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATTAATTGACAA
257 GTTAAAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAACAAAAGCCATCAATTGACAA
* * * * * * ** * *
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** * * * * * * * * * *
47447 ACTTTTTCATCCATTTTGAATTGAA-TTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATCATTATTTTACG
387 ACTTTTAAAT-GATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATCATCATTTGACA
* * * * ** * * *
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* * * *
47576 TACCTTCGAAAAGCC-TGTTACTCGCTTTTTA-TGGATTTAAAACTTTATAAGTGATTTGAAATT
514 T-GCTTCG-AAAGCCTTGTTACTCGC-TTTAAGTGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAAATT
** * ** * * *
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576 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAA-ACATGAAG-
* * *
47704 AAAA-CCATCCATTGGTAAAACAAGTCGATTTATACTGAC
639 AAAAGCCATCCATTGATAAAA-AAGTCCATTTATACTCAC
* * * * * * *
47743 TCACACCTTCGAAAGCCTTGTAACTTATTTTAAGTAGATTTATAAC-ATTTCATTGATTTTAAAT
1 TCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAAT
** ** *
47807 TGAAC-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGTTTTAGGAAACATGAAG
66 TGAACTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAG
* * * *
47871 GAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTCCGAAAGTCTTTTTAC
131 AAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTAC
* * * ** * * * * *
47936 CCACTTTAAATGGATGGATAACTTTTTAAATGACTTTCAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
196 TCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * ** * * * *
48001 AAGCAGACCATCATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAA
261 AAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAA
** * * * *
48066 AGTCTATTTATA--CTGTTATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTACGTGGATTTACAACAT
326 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGGATTTATAAC-T
** * * * * ** *
48129 TTTAAATGATTTTTTATTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAACAGATCATTATTTGATGTTTC
390 TTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATCATCATTTGACATTTG
* * * * * *
48194 CATTTGGGAACTTGAAGCAAAAGTCACCCATTGACAAAACAAGTCCATTTAT-GCTCACTCACGT
455 CATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-CCATTGACAAAA-AAGTCTATTTATAG-TCACTCATG-
* * * *
48258 CTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAGGTGGATTTATAACTTTATAAACGATTTTAAATTGAATT
516 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT
* * * *
48323 GTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCCTAATTTGATTTTTGCATCCAGAAACATGAAGCAAAAG
581 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-CAGAAACATGAAG-AAAAG
* *
48388 CCATCCATTAAGATAAAAAAGTCCATCTATAGTCAC
644 CCATCCATT--GATAAAAAAGTCCATTTATACTCAC
* *** *
48424 TCATACCTTCGAAAACCTTGTTACTCACTTTAAACAGATTTATAGA-TTTTTAAAT-GATTTTAA
1 TCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATA-ACTTTTT-CATCGATTTTAA
* ** * * * * * *
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64 ATTGAAC-TTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATG
* * * * * ** **
48552 AAGCACAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATACTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTAA
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* * *
48617 TACTCGCTTTAAGCAGATTTATAACTTTTGT-AATGATTTTAAATTAAGTTTTTTTACATTTTTA
193 TACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTT-TAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * *
48681 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCGTTAAGAAACGGGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAA
257 GTTAAAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAACAAAAGCCATCAATTGACAA
* * *
48746 GAAAAGTCCT-TTTATA-TACACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATTCA
322 GAAAAGT-CTATTTATAGT-CACTCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGGATTTA
* * * *
48809 TAACCTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATCAACATTTG
385 TAA-CTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATCATCATTTG
** * * * * * * *
48873 ATGTTTGC-TTTGAGAAACATGAAGTAAAAACTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
448 ACATTTGCATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCA-CCATTGACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * ** * * **
48937 TTAATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTCATTTTAAGTGGATTTATAA-TTTTTTCATCGATTTTAA
510 CTCATG-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTAAAACTTTATAAAT-GATTTTAA
* * * * *
49001 ATTTATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGTCATAATTT
573 ATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTT
49043 TTTGTTTACA
Statistics
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0.79 0.16 0.05
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Consensus pattern (677 bp):
TCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAAT
TGAACTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAG
AAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTAC
TCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAA
AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGGATTTATAACTT
TTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATCATCATTTGACATTTGC
ATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACCATTGACAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCTTCG
AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAACATGAAGAAAAGCCATCCA
TTGATAAAAAAGTCCATTTATACTCAC
Found at i:48152 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
48118 ATTTACAACA
*
48128 TTTTAAATGATTTTTTATTAAAT
1 TTTTAAA-CATTTTTTATTAAAT
*
48151 TTTTTAACATTTTTTATTAAA
1 TTTTAAACATTTTTTATTAAA
48172 ACAGATCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAAACATTTTTTATTAAAT
Found at i:48912 original size:855 final size:852
Alignment explanation
Indices: 45010--48999 Score: 3478
Period size: 855 Copynumber: 4.7 Consensus size: 852
45000 TTAGAGTTGT
* * * * * * *
45010 TCATGCCTTC-AAAAGCCTTGTTACTTAG-TTTAAGTGGACTTATAACTTTTT-ATTGATTTT-A
1 TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTAC-TCGCTTTAAATAGATTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAA
* * * * *
45071 ATT---TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTTATGTTTGCATC-GAGAAATGTG
65 ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGA-AAACGTG
* * * * * *
45132 AAGTAAAAGCCATCGATTGACAAAAAAATTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTGAT
129 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA-
* * * * * *
45197 TATTTGCTTTAAGTAGATCTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTAAACTTTTTTTACATTTTTG
193 TACTCGTTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
45262 GCTAAAACGGATCATAATTTTATGTTTACA-TAGAGAAACGTGACA-CAAAAG-TCATCAATTGA
257 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACGTGA-AGCAAAAGCT-ATCCATTGA
* * * *
45324 CAAGAAAAGT-CTACTTATAGTCGCTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTATGTGGATT
319 CAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATT
* * * * * * * * *
45388 TATAA-CTTTATAGATGATTTAAAATTGAATTTCTTCACTTTTTTTA-TTAAAATAAATTATAAC
383 TATAACCTTT-TAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAT
* * * * * * * *** *
45451 TTGATCTTTGCATCGAGAAACGTGAAGCAAAACCTATCCATCGACAA-AACCAGTCCGCTTATGC
446 TTGATGTTTGCAT-TAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGATAAGAA-AAGTCTATTTATAC
* * * * *
45515 TCACTCATGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATTAATTTT
509 TC-CTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTTT
* * * * *
45580 AGATTGAACTATTT-ATATTTTTTTGTTAAAACAGATAATCATTTCATGTTTGCATCAT--GATA
573 AGATTGAATTTTTTAATA-TTTTTTATTAAAACAGATCATCATTTCATGTTTGCAT-TTGGGA-A
* * * *
45642 CATGAAG-AACAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATTTCTTCGAAAGC
635 CATGAAGCAA-AAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGC
* * * * * *
45706 TTTGTTACTCGATTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTGACTTTTTTATATTT
699 CTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTT
* ** * * * * *
45771 TTCA-TTAAAACAAATCATTGTTTCACGTTTGCATCAGGGAATGTGAAGAAAAATCCATCCATTG
764 TT-AGTTAAAACAGATCATAATTTAACGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * *
45835 ATAAGAAAACTCCATTTAGAGTTAG
828 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
45860 TCATGCCTTCG-AAAGCCTTGTTACTCGTTTTATATAGACTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAA
1 TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAA
* * * * *
45924 TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATGATCATTTTACATTTGTATCA-AGAAACGTGA
66 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGA-AAACGTGA
* ** * * * * *
45988 AACAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACTTTCTAAAAG-CTTGT
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTC-GAAAGCCTT-A
* * * * * *
46052 TACTCGTTTTATGTGGATTTAAAACTTTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTTACATTTTTG
193 TACTCGTTTTAAGTAGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATTTTTG
* * * ** * * * *
46117 GTTAAAATAGATGATCATTTTACATTTGCATTAGGAAACATGAAACAAAGGCCA-CCGATTGACA
257 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCC-ATTGACA
* * * **
46181 ACAAAAAT-CTATTTATAGTCACTCATG-CTTCCGAAAAG-CTTGTTACTTGCTTTATGTGGATT
321 AGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTT-TG-AAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATT
* * * * * *
46243 TA-AAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-TAACTATATCATAAG
383 TATAACCTTT-TAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-AGATCATAAT
* * ** *
46306 TTGATGTTTGCATTAGGAAACATAAAG-AAAAAGCCATTGATTGGTAA-AACAAGTCTATTTATA
446 TTGATGTTTGCATTA-GAAACATGAAGCAAAAA-CTATCCATTGATAAGAA-AAGTCTATTTATA
* ** * * * * *
46369 CTCACTCACACCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCGTCGATTT
508 CTC-CTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTT
* * * * *
46434 TAGATTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAGAGACCATCATTTCATGTTTGTA-TTGGGAAAC
572 TAGATTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATCATCATTTCATGTTTGCATTTGGG-AAC
* * * *
46498 ATGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATG-CTTTCAAAAACC
636 ATGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTT-GAAAGCC
** * ** * * *
46562 TTGTTACTTACCTTAAGTATATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTACATGT
700 TTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGA-ATTTTTTACATTT
* * * * * *
46627 TTAGTTAAAACATATCATAATGTAATGTTTGCATTAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCAATTGA
764 TTAGTTAAAACAGATCATAATTTAACGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
*
46692 CAA-AACAAGTCCATTTATAATCAC
829 CAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
46716 TCATGCCTT-TAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGT-GAATTTATAACTTTTT-CATCAATTTTA
1 TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAG-ATTTAAAACTTTTTAAAT-GATTTTA
* * ** * * * * *
46778 GATTGAATTTTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATCATCATTTCACATTTGTAATAAG-AAGC
64 AATTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTG-CATCAGAAAAC
* * *
46842 GTGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCCT
126 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCT
* * ** * *
46907 TATCATTCGTTTTAAGTGGATTTATATTTTTTTTAAATGATTTTGAATT-GAGTTTTTTTACA-T
191 TAT-ACTCGTTTTAAGTAGATTTATA-ACTTTTT-AATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATT
* * **
46970 TTTGGCTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGTGAATTAAAAG-TCATCCATT
253 TTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATT
* * * * * * * *
47034 GACAAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTTTTGCTCACTTTAAGTGGA
317 GAC-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGA
** * * * * *
47099 TTTATAATGTTTT-CATCAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATCATAA
381 TTTATAACCTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
* * * * * *
47163 TTTGATGTTTCCATCTAGAAACGTGAAG-TAAAAGTCATCGATTGATAAGAAAAGTTTATTTATA
445 TTTGATGTTTGCAT-TAGAAACATGAAGCAAAAACT-ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
47227 GTTACTCATGCCTTTTAAGGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTT
508 -CTCCTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTT
* * * ** * * *** *
47292 TAAAGTGAATGTTTTT-ATA-TTTTTAGTTAAAACAAATCAT-AACTCTATGTTTACGTCAAGAA
572 TAGATTGAAT-TTTTTAATATTTTTTA-TTAAAACAGATCATCATTTC-ATGTTTGCATTTGGGA
* ** * * * * *
47354 ACATGAAGCAAAAGTCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCATTAAT-TCATTTGTAAC
634 ACATGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTC-TTTGAAAG
* * * * *
47418 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCCATTTTGAATTGAATTTTTTATATT
698 CCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGAATTTTTTACATT
* * * * * * * ** *
47483 TCTGGTTAAAACAGATCATTATTTTACGTTTGCATCAAGAAAGGTGAAGCAAAACCCATTAACTG
763 TTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAACGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* *
47548 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAC
828 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
47573 TTATACCTTCGAAAAGCC-TGTTACTCGCTTTTTATGGATTTAAAACTTTATAAGTGATTTGAAA
1 TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAA
** ** * * * * * *
47637 TTGAATCATTTTACATTTTTGGTTTGAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAGACGTAAA
66 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGAAAACGTGAA
* ** * * * *
47702 GTAAAA-CCATCCATTGGTAA-AACAAGTCGATTTATACTGACTCACACCTTCGAAAGCCTTGTA
131 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTAT-
** * * * * * * *
47765 ACTTATTTTAAGTAGATTTATAACATTTCATTGATTTTAAATTGAA--CTTTTTATATTTTTTGT
194 ACTCGTTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATTTTTGGT
* * ** * * *
47828 TAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGTTTTAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGA
259 TAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGA
* * ** * * * ** **
47893 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTCCGAAAGTCTTTTTACCCACTTTAAATGGATGGATAAC
324 AAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATTTATAAC
* * * * * * * *
47958 TTTTTAAATGACTTTCAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGACCATCATTGGATGTT
389 CTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTT
* * * *
48023 TGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATACT-GTTATGC
454 TGCAT-TAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATACTCCTTATGC
* * * * * * * ** *
48087 CTTTAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTACGTGGATTTACAACATTTTAAATGATTTTTTATTAAATT
518 CTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTTTAGATTGAATT
* * * * *
48152 TTTTAACATTTTTTATTAAAACAGATCATTATTTGATGTTTCCATTTGGGAACTTGAAGCAAAAG
583 TTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATCATCATTTCATGTTTGCATTTGGGAACATGAAGCAAAAG
* * *
48217 TCACCCATTGACAA-AACAAGTCCATTTAT-GCTCACTCACGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGC
648 ACATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAG-TCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGC
* * * *
48280 TTTAGGTGGATTTATAACTTTATAAACGATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
711 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * ** * *
48345 AGATCCTAATTTGATTTTTGCATCCA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAGATAA-AAAA
775 AGATCATAATTTAACGTTTGCAT-CAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT--GACAAGAAAA
*
48408 GTCCATCTATAGTCAC
837 GTCCATTTATAGTCAC
* * *
48424 TCATACCTTCGAAAA-CCTTGTTACTCACTTTAAACAGATTTATAGA-TTTTTAAATGATTTTAA
1 TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTA-AAACTTTTTAAATGATTTTAA
* * * **
48487 ATTGAACTTTTTTTAGATTTTTGGTTCAAACAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGAAAAAATG
65 ATTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGAAAACGTG
* * * **
48552 AAGCACAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATACTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTAA
129 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTT-A
* * *
48617 TACTCGCTTTAAGCAGATTTATAACTTTTGTAATGATTTTAAATT-AAGTTTTTTTACATTTTTA
193 TACTCGTTTTAAGTAGATTTATAACTTTT-TAATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATTTTTG
* * *
48681 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCGTTAAGAAACGGGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAA
257 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAA
*
48746 GAAAAGTCCTTTTATA-TACACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATTCAT
322 GAAAAGTCCTTTTATAGT-CACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATTTAT
* *
48810 AACCTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATCA-ACATTTGA
386 AACCTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATA-ATTTGA
* * * * *
48874 TGTTTGCTTTGAGAAACATGAAGTAAAAACTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCATT
450 TGTTTGCATT-AGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATACTCCTT
* * * * *
48939 AATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTCATTTTAAGTGGATTTATAATTTTTTCATCGATTTTA
514 -ATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTTTA
49000 AATTTATTTT
Statistics
Matches: 2508, Mismatches: 536, Indels: 185
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 8 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (852 bp):
TCATACCTTCGAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTAAAACTTTTTAAATGATTTTAAA
TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATCATTTGATATTTGCATCAGAAAACGTGAA
GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATAC
TCGTTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAA
AGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATGTGGATTTATAACCT
TTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTG
CATTAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATACTCCTTATGCCTT
TGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATTGATTTTAGATTGAATTTTT
TAATATTTTTTATTAAAACAGATCATCATTTCATGTTTGCATTTGGGAACATGAAGCAAAAGACA
TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAA
GTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCA
TAATTTAACGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCAC
Found at i:49647 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 49625--49661 Score: 56
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49615 GTGGATTCAC
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1 TATTACATGTAAAT
*
49639 TATTTCATGTAAAT
1 TATTACATGTAAAT
*
49653 TATTGCATG
1 TATTACATG
49662 CAAAAAGGAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
TATTACATGTAAAT
Found at i:51417 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 50981--52325 Score: 939
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50971 CAAAAGATGC
* ** * * * * *
50981 AAAAAATTCAATTCAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCTAGTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTTC
* * * * * * * ** *
51046 GAAGTCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATAAATGACTTTTACTTCATGTTTCCCA
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTT-CCT
* * ** * *
51111 ATGCATACATGGAATGATGACCTAT-TTTATCA-AAAAATATA
130 ATACAAACATCAAATTATGA--TATGTTT-TAATAAAAATATA
* * ** * * * * *
51152 AAACAATTTAATTTAAAATTGATGAAAAGGTTATAAATCGAC-TAAAGGTGAGTAATAAGGC-TT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA-GCGAGTAACAAGTCTTT
* * * * * * *
51215 CTAAAAGCACGAGTGAGAGTATACA--GACTTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTACTTCACATTT
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* * *
51278 CCCTTTACAAACATCAAATTATAATATGATTTAACT-AAAATATA
127 -CCTATACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA-TAAAAATATA
** * * * * *
51322 AAATAAATTCAATAAAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGTCTTT
1 AAA-AAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTT
* * * * * * * *
51387 CGAAGGCATGAGTGACAATAGATGGACTTTTCTTGTTAATTGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCT
* * * * *
51452 AATGCTAAGATCAAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATATA
130 -ATACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAT-AAAAATATA
* * * * * * * * * *
51494 AAATAATTCAATTTAAAGTCAATGAAAGATTTATAAATGCACTTAAAACAAGTATCAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTTC
* * * * * * *
51559 GAAGGCATGCA-TGACTATCAATAGACTTTTCTTATTAATAGATGGCTTTTAATTCATATTTCCT
66 GAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCT
* * * * * *
51623 AATGCAAACATGAAATGATGGTATGTTCTATTGAAAAATATA
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* * * * * * *
51665 AAAATATTTAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTCC
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTTC
* * * * * **
51730 GAAGGCATGAGTGAGTACAAATGGACTTGTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCT
66 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTT-CCT
*
51795 ATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
130 ATACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAT-AAAAATAT-A
* * * * **
51837 AAAAAATTTAATTTAAAATCAATAAAAAATTTATAAATTCACTTAAAGTAAGTAACAAGGT-TTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAA-GTCTTT
* * * * * * * * *
51901 -TAGGGTATGAGTGAGTATAAATAGACTTATTTAGTCAATGGATGACTTTTACTTCACATTTTCC
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACA-TTT-C
* * *
51965 CT-TGA-AAACATCGAATAATG-TTTGTTTTAATTAAAAATAT-
128 CTAT-ACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA-TAAAAATATA
* * * * * *
52005 AAAAAATTCAATTAAAAATTATTTAGAAAA-TTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTT
* * * * *
52069 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-TCTTTATTGTCAATTGATGGC-TTTGCTTCACGTTTCT
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCC
* * * *
52132 TGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAA-AGTA
129 T-ATACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA-TAAAAATA-TA
** * *
52175 AAAGCATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAGTCCACTTAAAGCGAGTAACAGGGT-TTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACA-AGTCTTT
* * * * * *
52239 TGAAGGCATAAGTGAGTATATATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTT-GTTGCACATTTTC
65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTT-CACATTTCC
* * *
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GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTA
TACAAACATCAAATTATGATATGTTTTAATAAAAATATA
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* * * * * *
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1 AAAAAATTCAATTAAAAATT-ATTTAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTT
* * * * ** * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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*
51303 ATGATTTAACTAAAATATA
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* * * * *
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1 AAA-AAATTCAATTAAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTT
* * * *
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65 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* * * * * *
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129 -ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAT
* * ** * *
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* * * * * * * * * *
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316 -GTATGTT-TAATT--AAAATATA
* * * * * * * * *
51665 AAAATATTTAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACATGGCTTCC
1 AAAAAATTCAATTAAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTTTC
* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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319 TG-TTTAATTAAAATATA
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1 -AAAAAATTCAATTAAAAATTATTTA-AAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTT
* *
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* * **
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128 T-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-TAAAAATA-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
* * ** * * * * *
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190 ATGAAAAAGTTATAAATCGACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAG-ATATA
* * * * * * * *
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254 TAGACTTTTTTTGTCAATAGATGACTTTTACTT-CACATTTCCCT-TTACAAACATCAAATAATG
* *
52324 -ATTTATTACAAATACCAAATGATGATCTGTTTTA
317 TATGT-TT---AAT--TAAA--AT-A-------TA
* * * * * *
52358 ACTAAAAATAT-AA-AAAAAATTGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAGTG
1 A--AAAAAT-TCAATTAAAAATT--ATTTAAAA--A--------GTTATAAATCTATTTAAAGCG
* ** * * * * * * * *
52421 AGTAATAAGGGTTCCGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTCTTATCAATGGATGACTTTTT
51 AGTAACAAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATTGATGGCTTTTG
* * * * * * *
52486 CTTGATGTTTCTTGATGTAAACATGAAATGATGATCTGTGTTCACA-AAAAATAT-AAAAAATTC
116 CTTCACGTTTCCT-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGT-TTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTC
** * ** * * * *
52549 AATTTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCA-TTCAAAACAAGTAACAAGGCTTCTAAAGTCGT
178 AATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCGACTT-AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT
* * * * ** * * ** ** * *
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242 GAGTGAG-ATATATAGACTTTTTTTGTCAATAGAT-GACTTTTACTTCACATTTCCCT-TTACAA
* * * *
52676 ACATCAAATGAGGATCTGTTTTAACTAAAACT-TGA
304 ACATCAAATAATG-TATG-TTTAATTAAAA-TAT-A
* * * * **
52711 GAAACATTCAACTT-AAAATCT-TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGATT
1 AAAAAATTCAA-TTAAAAAT-TATTTAAAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCGAGTAACAAGTCTT
* * * * * ** * *
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64 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTC
* * * * * **
52839 CAATGCAAACATCAAATTACGATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTTGA
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* * * * * * * * * *
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191 TGAAAAAGTTATAAATCGACTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGATATAT
* * * ** * ** *
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255 AGACTTTTTTTGTCAATAGATGACTTTTACTTCACATTTCCCT-TTACAAACATC-AA--ATAAT
* **
53029 CTAT-TTTAACAAAAAATATA
316 GTATGTTTAA-TTAAAATATA
* * * * * * *
53049 AAAAGATTCAGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACGTTAAA-TGAGTAACAACG-CTT
1 AAAAAATTCAATTAAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCTA-TTTAAAGCGAGTAACAA-GTCTT
** * * * * *
53112 TTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTC
64 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTC
* ** * ** ** * * * *
53177 CAATGCAAATGTCAAATGACAATCTGTTTTAACCAAATTATAAAAAAATTTAATTTAATATCATT
127 CTATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAT
* * ** * * * * * * * *
53242 TAAAAAGTAATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTCTCAAAGGCATGAGTGATTATAAATG
192 GAAAAAGTTATAAATCGACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGA-GATATATA
* * * * * ** * * * * *
53307 GACTTTTCTTGTCAATGGGTGACTTTTTCTTGATGTTT-CCTGATGCAAACATGAAATGATGATC
256 GACTTTTTTTGTCAATAGATGACTTTTACTTCACATTTCCCT-TTACAAACATCAAATAATG-TA
**
53371 TGTTTTAACGAAAA-ATA
319 TG-TTTAATTAAAATATA
* * * * * * * ** *
53388 TAAAAATTCAA-TATAAAATAAATGAAAAAGTTTTATATCCT-CTTAAAATGAGTAACAAAG-CC
1 AAAAAATTCAATTA-AAAATTATTTAAAAAGTTATAAAT-CTATTTAAAGCGAGTAAC-AAGTCT
* * * *
53450 TTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTGTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
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* * * * *
53515 CTAATGCAAACATC-AATAAGGATCTGTTTTAACCAAAACT-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATC
127 CT-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATC
** * ** *
53578 TTTTAAAATTTTATAAATCCACTTAAAG
189 AATGAAAAAGTTATAAATCGACTTAAAG
53606 AGAGTAACAA
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAT
GCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAA
AAGTTATAAATCGACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGATATATAGACTT
TTTTTGTCAATAGATGACTTTTACTTCACATTTCCCTTTACAAACATCAAATAATGTATGTTTAA
TTAAAATATA
Found at i:51846 original size:23 final size:23
Alignment explanation
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51810 TATGATCTGT
51820 TTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAAA
1 TTTAATAAAAAATCA-AAAAAAAA
** *
51843 TTTAATTTAAAATCAATAAAAAA
1 TTTAATAAAAAATCAAAAAAAAA
51866 TTT-ATAAA
1 TTTAATAAA
51874 TTCACTTAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (23 bp):
TTTAATAAAAAATCAAAAAAAAA
Found at i:52518 original size:195 final size:193
Alignment explanation
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52135 TGCAAACATG
** * *
52145 AAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAGCATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATA
1 AAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTCAAAATCAATGAAAAAGTAATA
* * ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* ** *
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52521 CTGTGTTCAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATCCACTTAAAGCGAGTAAAAGGGTTTCCGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
CAATAGATGACTTTTCTTGCATTTTCTGATACAAACATCAAATGATGATTTATTACAAATACC
Found at i:52847 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
52329 TTACAAATAC
* * *
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1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * * *
52404 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTCCGAAA-GCATGAATGACTATAAATGGAC-TTTCT
65 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
52467 TATCAATGGATGACTTTTTCTTGATGTTTCTTGATGTAAACAT
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* * * * * *
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1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTA
*** * * * * * *
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65 TAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTT
* * * * * ** *
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127 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * * *
52680 CAAATGAGGATCTGTTTTAACTAAAACT-TGAGAAACATTCAACTTAAAATCTTTTAAAAAGTTA
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * ** * * * * *
52744 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTTGAAGGCATGAATCACTATATATGGCCTTTTCTC
65 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
52809 ATCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACAT
130 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * * * *
52851 CAAATTACGATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTTGA-TGAAAAAGTTA
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAA-ATCATTTAAAAAGTTA
* * * * * * * *
52915 TAAATCCATTTAAAGCT-ACTAACAATGCTGTCAAAAG--T-A-TGAGTATAAATAGACTTTTTT
65 TAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** *
52975 TGTCAATATATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACAT
129 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * *
53018 CGAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAGATTCAGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * *
53083 AAATCAACGTTAAA-TGAGTAACAACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTT
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* **
53147 ATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAATGT
130 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACAT
** * * * * *
53189 CAAATGACAATCTGTTTTAAC-CAAATTATAAAAAAATTTAATTTAATATCATTTAAAAAGTAAT
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * *
53253 AAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTCTCAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * *
53318 TCAATGGGTGACTTTTTCTTGATGTTTCCTGATGCAAACAT
131 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * * * *
53359 GAAATGATGATCTGTTTTAACGAAAAATAT--AAAAATTCAATATAAAATAAATGAAAAAGTTTT
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * * *
53422 ATATCCTCTTAAAATGAGTAACAAAGCCTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTGTT-TT
66 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTT
* *
53486 GTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
130 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * * * **
53528 C-AATAAGGATCTGTTTTAACCAAAACT-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTAAAATTTTA
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* ** * * * * *
53591 TAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGG-TTTTGAAGGTATAAATGACTATAAGTGGACTTTTGT
65 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAA-GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
53655 CATCAATTGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACAT
129 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * * *
53698 CAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAA
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
53740 GTATAAATGG
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 217, Indels: 66
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
Found at i:53523 original size:339 final size:332
Alignment explanation
Indices: 52340--53615 Score: 1043
Period size: 338 Copynumber: 3.8 Consensus size: 332
52330 TACAAATACC
* * * *
52340 AAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTAAT
1 AAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAACATTCAATT-AAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * ** * * * * *
52405 AAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTCCGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTCTTAT
64 AAATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTTTTAT
* * * * ** * * * * * * *
52470 CAATGGATGACTTTTTCTTGATGTTTCTTGATGTAAACATGAAATGATGATCTGTGTTCACAAAA
129 CAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAA
** * ***
52535 AATATAAAAAATTCAATTTAAA--ATTGATGAAAAAGTTATAAATCCAT-TCAAAACAAGTAACA
193 TTTA-AAAAAATTCAATTTAAATCATT--T-AAAAAGTTATAAATCC-TCTTAAAGTGAGTAACA
* * * * * *
52597 AGGCT-TCTAAAGTCGTGAGTTAGTATAAATGGCCTCATT-TTGTCAATAGATAGA-TTTTGCTT
253 AAGCTCTC-AAA--AGT-A-TGAGTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATAGAT-GACTTTTGCTT
* ** *
52659 TATGTTTTATGATGCAAACATC
311 CATGTTTCCTGATGCAAACATG
* * * * *
52681 AAATGAGGATCTGTTTTAACTAAAACT-TGAGAAACATTCAACTTAAAATCTTTTAAAAAGTTAT
1 AAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAACATTCAA-TTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
** * * * * * * *
52745 AAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTTGAAGGCATGAATCACTATATATGGCCTTTTCTCA
64 AAATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTT-TTA
* * * * *
52810 TCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACATCAAATTACGATCTGTTTGAACTAA
128 TCAATAGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAAC--C
* * * *
52875 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCAT-TTAAAGCT-ACTAA
190 AAATTTAAAAAAATTCAATTTAAA--TCATTTAAAAAGTTATAAATCC-TCTTAAAG-TGAGTAA
* * * * *
52937 CAATGCTGTCAAAAGTATGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATATATGGCTTTTGCTTCATGT
251 CAAAGCTCTCAAAAGTATGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGT
* *
53002 TTCCTAATGTAAACATCG
316 TTCCTGATGCAAACAT-G
* * *
53020 -AATGATGATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAGATTCAGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
1 AAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCA-ATTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * *
53084 AATCAACGTT-AAATGAGTAACAACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTA
65 AATCCAC-TTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGG-CCTTTTTTA
* * ** * *
53148 TCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAATGTCAAATGACAATCTGTTTTAACCAA
128 TCAATAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAA
* *
53213 ATTATAAAAAAATTTAATTTAATATCATTTAAAAAGTAATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAA
192 ATT-TAAAAAAATTCAATTTAA-ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAA
* * * * * * *
53278 GCTCTCAAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGACTTTTTCTTGATGT
255 GCTCTCAAAAG--T-A-TGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGT
53343 TTCCTGATGCAAACATG
316 TTCCTGATGCAAACATG
* * * * *
53360 AAATGATGATCTGTTTTAACGAAAAATAT-AAAA-ATTCAATATAAAATAAATGAAAAAGTTTTA
1 AAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAAT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * *
53423 TATCCTCTTAAAATGAGTAACAAAGCCTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTGTTTTGT
65 AATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTT-TTTTAT
*
53488 CAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATC-AATAAGGATCTGTTTTAACCAAA
129 CAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACC-AA
* * * ** * *
53552 ACTTGAAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTAAAATTTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAA
192 A-TTTAAAAAAATTCAA-TTTAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAA
53616 TGGTTTTGAA
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 135, Indels: 74
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 8 0.01
337 59 0.08
338 225 0.29
339 162 0.21
340 93 0.12
341 151 0.20
342 56 0.07
343 8 0.01
345 1 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAATTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA
ATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTTTTATCA
ATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAATTT
AAAAAAATTCAATTTAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTCTC
AAAAGTATGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGC
AAACATG
Found at i:53547 original size:509 final size:503
Alignment explanation
Indices: 52339--53702 Score: 1294
Period size: 509 Copynumber: 2.7 Consensus size: 503
52329 TTACAAATAC
* * * * *
52339 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTAA
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATAT---AAAAATTCAATT-AAAATAAATGAAAAAGTTA
* * * * * * * *
52404 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTCCGAAAGCATGAATGACTATAAATGGACTTTCTTA
62 TAAATCCTCTTAAAATGAGTAACAAAGCTT-CGAAAGCATG-ATGAGTATAAATGGACTTTTTTG
* * * * * * * * *
52469 TCAATGGATGACTTTTTCTTGATGTTTCTTGATGTAAACATGAAATGATGATCTGTGTTCACAAA
125 TCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACAT-CAATGATGATCTGTTTTAACAAA
* * *
52534 AAATATAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATC-CATTCAAAACAAGTAACA
189 AAATATAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCAC-TT-AAAA-GAGTAACA
* * * * * * ** * *
52597 AGGCTTCTAAAGTCGTGAGTTAGTATAAATGGCCTCATTTTGTCAATAGATAGA-TTTTGCTTTA
250 ACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGAT-GACTTTTGCTTCA
*** ** * *
52661 TGTTTTATGATGCAAACATCAAATGAGGATCTGTTTTAACTAAAACTTGAGAAACATTCAACTTA
314 TGTTTTCCAATGCAAACATCAAATGACAATCTGTTTTAACTAAAACTTGAAAAAAATTCAACTTA
* * * * **
52726 AAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGATTTTGAAGGCATGAATCAC
379 AAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATCTCAAAGGCATGAATCAC
* * * *
52791 TATATATGGCCTTTTCTCATCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACAT
444 TATAAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * **
52851 CAAATTACGATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTTGATGAAAAAGTTAT
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAA--TATAAAAATTCAA-TTAAAATAAATGAAAAAGTTAT
* * * * *
52916 AAATCCAT-TTAAAGCT-ACTAACAATGCTGTCAAAAG--T-ATGAGTATAAATAGACTTTTTTT
63 AAATCC-TCTTAAA-ATGAGTAACAAAGCT-TCGAAAGCATGATGAGTATAAATGGAC-TTTTTT
* *
52976 GTCAATATATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATCGAATGATGATCTATTTTAACAA
124 GTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATC-AATGATGATCTGTTTTAACAA
* *
53041 AAAATATAAAAAGATTCAGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACGTTAAATGAGTAACA
188 AAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATC-AC-TTAAAAGAGTAACA
*
53106 ACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCAT
250 ACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGACTTTTGCTTCAT
** * * * *
53171 GTTTTCCAATGCAAATGTCAAATGACAATCTGTTTTAAC-CAAA-TTATAAAAAAATTTAATTTA
315 GTTTTCCAATGCAAACATCAAATGACAATCTGTTTTAACTAAAACTT-GAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
53234 ATATCATTTAAAAAGTAATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTCTCAAAGGCATGAGTGAT
379 AAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATCTCAAAGGCATGAATCAC
** * * * * **
53299 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGACTTTTTCTTGATGTTTCCTGATGCAAACAT
444 TATAAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACAT
* * * *
53359 GAAATGATGATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAATTCAATATAAAATAAATGAAAAAGTTTTAT
1 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATTCAAT-TAAAATAAATGAAAAAGTTATAA
* *
53424 ATCCTCTTAAAATGAGTAACAAAGCCTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTGTTTTGTC
65 ATCCTCTTAAAATGAGTAACAAAG-CTTCGAAAGCATGA-TGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTC
* * * * *
53489 AATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAATAAGGATCTGTTTTAACCAAAAC
127 AATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATCAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAA
* * ** *
53554 T-TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTAAAATTTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATG
192 TAT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAAT-CACTTAAA-AGAGTAACAACG
* * * * * * * * * *
53618 GTTTTGAAGGTATAAATGACTATAAGTGGACTTTTGTCATCAATTGAT-AGCTTTTGCTTCATGT
253 CTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGA-CTTTTGCTTCATGT
*
53682 TTCCCAATGCAAACATCAAAT
317 TTTCCAATGCAAACATCAAAT
53703 TATGATTTGT
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 133, Indels: 59
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 3 0.00
506 52 0.08
507 18 0.03
508 218 0.32
509 253 0.37
510 67 0.10
511 50 0.07
512 28 0.04
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (503 bp):
CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATTCAATTAAAATAAATGAAAAAGTTATAAA
TCCTCTTAAAATGAGTAACAAAGCTTCGAAAGCATGATGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATA
GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATCAATGATGATCTGTTTTAACAAAAAATATA
AAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCACTTAAAAGAGTAACAACGCTTTTAAA
GGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTTCCAATG
CAAACATCAAATGACAATCTGTTTTAACTAAAACTTGAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAAA
AAGTAATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATCTCAAAGGCATGAATCACTATAAATGGACT
TTTCTCATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACAT
Found at i:53650 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 51240--53746 Score: 1286
Period size: 339 Copynumber: 7.3 Consensus size: 338
51230 AGAGTATACA
* * * ** * * * * *
51240 GACTTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTACTTCACATTTCCCT-TTACAAACATCAAATTATAATA
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CCTAATGCAAACATCAAATGATGATC
* * * * * *
51304 TGATTTAAC-TAAAATATAAAATAAATTCAA-TAAAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCACTT
65 TGTTTTAACAAAAAATATAAAA-ACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT
* * ** * * * * *
51367 AAAGTGAGTAAC-AAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGACAATAGATGGACTTTTCTTGTTAATTGAT
129 AAAATGAGTAACAAAG-CTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTT-TTATCAATAGAT
* * * * * ** * **
51431 AGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGCTAAGATCAAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATAT-AA
192 GGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAA-CCAAAAT-TGAA
* * ** * * * * * * * * *
51495 AATAATTCAATTTAAAGTCAATGAAAGATTTATAAATGCACTTAAA-ACAAGTATCAAGGCTTTT
254 AAAAATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-GAGTAACAATGCTCTC
* * * *
51559 GAAGGCATGCATGACTATCAATA
318 AAAGG-AT-AATGACTATAAATG
* * * ** * * * *
51582 GACTTTTCTTATTAATAGATGGCTTTTAATTCATATTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGGTAT
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCT
* *** * * * * * * *
51647 GTTCTATTGAAAAATATAAAAATATTTAA-TTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCTATTTAA
66 GTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
** ** ** * * *
51711 AGCGAGTAACATGGCTTCCGAAGGCATGAGTGAGTACAAATGGACTTGTTTTGTCAATAGATGGC
131 AATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTT-TTTTATCAATAGATGGC
* * * * * ** *
51776 TTTTGCTTTATGTTTCCCTATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
195 TTTTGCTTCATGTTT-CCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAA-CCAAAAT-TGAAAAA
* ** * * * * * ** *
51841 AATTTAATTTAAAATCAATAAAAAATTTATAAATTCACTTAAAGTA-AGTAACAA-GGTTTTTAG
257 AATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAATGCTCTCAAA
* * *
51904 GGTATGAGTGAGTATAAATA
321 GG-AT-AATGACTATAAATG
* * * * * *
51924 GACTTATT-TAGTCAATGGATGACTTTTACTTCACAT-TTTCCCT--TGAAAACATCGAATAATG
1 GACTT-TTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTT--CATGTTT-CCTAATGCAAACATCAAATGATG
* ** * * *
51985 -TTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAA-ATTCAATTA-AAAATTATTTAGAAAA-TTATAAATCTA
62 ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTATAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCA
* ** * * * * * *
52046 TTTAAAGCGAGTAAC-AAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATCTTTATTGTCAATT
126 CTTAAAATGAGTAACAAAG-CTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGG-CCTTTTTTATCAATA
* ** * * * * **
52110 GATGGC-TTTGCTTCACGTTTCTTGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGT
189 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAAATTG-
** ** * * * ** * *
52174 AAAAGCATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAGTCCACTTAAAGCGAGTAACAGGGTTTT
252 AAAAAAATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGCTCT
** * *
52239 TGAAGGCATAAGTGAGTATATATG
317 CAAAGG-ATAA-TGACTATAAATG
* * ** * * * * * *
52263 GACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTG-TTGCACATTTTCTGATACCAATATCAAATGATGATT
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTT-CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATC
* * *
52327 TATTACAAATACCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTGAA-T-TCAAAAT
65 TGTT-----T------T-A--A-C------AA---AAAATAT-AAAAACATTCAACTAT-AAAAT
* * * * * ** * * *
52390 CATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTCCGAAAGCATGAATGACTATA
104 CATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATA
* * * * * * ** * * * *
52455 AATGGACTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTCTTGATGTTTCTTGATGTAAACATGAAATGATGA
169 AATGGCCTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAATGCAAACATCAAATAACGA
* * * * * *
52520 TCTGTGTTCACAAAAAAT-ATAAAAAATTCAATTTAAAAT-TGATGAAAAAGTTATAAATCCA-T
233 TCTGTTTTAACCAAAATTGA-AAAAAATTCAATTTAAAATCT-TTTAAAAAGTTATAAATCCACT
* * * * *
52582 TCAAA-ACAAGTAACAAGGCT-TCTAAAGTCG-TGAGTTAGTATAAATG
296 T-AAAGA-GAGTAACAATGCTCTC-AAAG--GAT-AATGACTATAAATG
* * * ** * *
52628 GCCTCATT-TTGTCAATAGATAGA-TTTTGCTTTATGTTTTATGATGCAAACATCAAATGAGGAT
1 GACT-TTTCTTGTCAATAGAT-GACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGAT
* * * *
52691 CTGTTTTAACTAAAACT-TGAGAAACATTCAACT-TAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACT
64 CTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT
** * * * * * * * *
52754 TAAAGCGAGTAACAAGGATTTTGAAGGCATGAATCACTATATATGGCCTTTTCTCATCAATTGAT
128 TAAAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTT-TTATCAATAGAT
* * * * *
52819 GGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATGCAAACATCAAATTACGATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAA
192 GGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAAATTG-AAA
* * * * ** * *
52884 AAAATTCAATTTAAAGT-TGATGAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCTACTAACAATGCTGTCA
255 AAAATTCAATTTAAAATCT-TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGCTCTCA
* * *
52948 AAAG-T-ATGAGTATAAATA
319 AAGGATAATGACTATAAATG
* * * * *
52966 GACTTTTTTTGTCAATATATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAACATCGAATGATGATCT
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCT
* * * * *
53031 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAGATTC-AGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACGTT-
66 GTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC-TTA
* * * * *
53094 AAATGAGTAACAACGCTTTTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGA
130 AAATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGG-CCTTTTTTATCAATAGATGG
** * * *
53159 CTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAATGTCAAATGACAATCTGTTTTAACC-AAATTATAAAAA
194 CTTTTGCTTCATG-TTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAAATT-GAAAAA
* * * * * * *
53223 AATTTAATTTAATATCATTTAAAAAGTAATAAATCCTCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTCTCAAAG
257 AATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGCTCTCAAAG
* *
53288 GCATGAGTGATTATAAATG
322 G-AT-AATGACTATAAATG
* * * * * *
53307 GACTTTTCTTGTCAATGGGTGACTTTTTCTTGATGTTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCT
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCT
* * * * * * *
53372 GTTTTAACGAAAAATAT-AAAA-ATTCAA-TATAAAATAAATGAAAAAGTTTTATATCCTCTTAA
66 GTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
* * *
53434 AATGAGTAACAAAGCCTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTGTTTTGTCAATAGATGGC
131 AATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTT-TTTTATCAATAGATGGC
*
53499 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATC-AATAAGGATCTGTTTTAACCAAAACTTGAAAAAA
195 TTTTGCTTCATGTTTCC-AATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAAA-TTGAAAAAA
* ** * * **
53563 ATTCAACTTAAAATCTTTTAAAATTTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGGTTTTGAAGG
258 ATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGCTCTCAAAGG
*
53628 TATAAATGACTATAAGTG
323 -AT-AATGACTATAAATG
* ** * * * *
53646 GACTTTTGTCATCAATTGAT-AGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATT
1 GACTTTTCTTGTCAATAGATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATC
* * * *
53710 TGTTTGAACCAAAAATGTGAAAAA-ATTCAAGTATAAA
65 TGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAACATTCAACTATAAA
53747 TGGATTTTTT
Statistics
Matches: 1710, Mismatches: 356, Indels: 198
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 69 0.04
338 285 0.17
339 343 0.20
340 173 0.10
341 178 0.10
342 304 0.18
343 75 0.04
344 7 0.00
345 2 0.00
350 1 0.00
351 2 0.00
352 1 0.00
353 1 0.00
354 2 0.00
360 1 0.00
361 1 0.00
364 11 0.01
365 136 0.08
366 115 0.07
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
GACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCT
GTTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTATAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
AATGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGCCTTTTTTATCAATAGATGGCT
TTTGCTTCATGTTTCCAATGCAAACATCAAATAACGATCTGTTTTAACCAAAATTGAAAAAAATT
CAATTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAATGCTCTCAAAGGATA
ATGACTATAAATG
Found at i:57575 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 57191--58541 Score: 1107
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
57181 AAGGGTCACT
* * * * **** * *
57191 ACAAAAGTCATCCATCGACAA-AACAAGTC-CATTTATATTCACTCACATTTTCGAAAACCTTGT
1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
57254 TACTCAATTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAACGATTTTAAATT-GAATTTTTTTACATTTTTT
65 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TAAATGATTTTAAATTAG-A-TTTTTTATATTTTTG
* ** * * * * * * *
57318 GTTGAAGTAGATCATAATTTAATTTTTACACCAAGAAATGTGAA
127 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAA
* * * * * * * *
57362 GCAAAAGCCATCCATTAAGAAGAAAAGT-TTATTTATACTCACTTATGTCTTTGAAAGCCTTGTT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* *
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* * * * * **
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1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTCATT-TATAGTCACTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
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64 TTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTAAAT-GATTTTAAA-TTAGA-TTTTTTATATTTTT
* * * *
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* * * *
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1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
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*
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127 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAA
* ** * * * * *
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1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** ** * *
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65 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAACT-TTTAAAT-GATTTTAAATT-AGATTTTTTATATTTTTG
* * * * *
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127 GTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCGAGAAACGTGAA
* * * * * **
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1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTTA-TGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
58279 TACTCACTTTAAGTTGATTTATAATTTTTTAAATGATTTTAAATT-GAATGTTTTTACATTTTTG
65 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTTAAATGATTTTAAATTAG-AT-TTTTTATATTTTTG
* * * *
58343 ATTAAAAACAGATCATGATTTTATGTTTGCATCGAGAAACATGAA
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* * *
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1 ACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** *
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66 ACTCACTTTAAGTGGATTTATAAC-TTTTAAATGA-TTTTAAATTAG-A-TTTTTTATATTTTTG
* * *
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Statistics
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * * *
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57704 G
509 G
* * ** *** *
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* * * * *
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* * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* **
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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257 TTTTTAAATGA-TTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATGT
* * * * ** *
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* * * * * ** *
58575 TCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACCTTTTCATCAATTACAAATTAAAT
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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1 CAAAAGAC-ATCCATTGACAAGAA-A-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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254 AACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGAT
* * * * **
59020 GTTTACATTGCGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAACAAGTCCATTTATACTCACTC
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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59214 A-
508 AG
* * * * ** *
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1 CAAAA-GACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTT
* * * * *
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* * ** * *
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127 TTAAAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG
* * * * *
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192 A-AAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGGATTTATA
* *
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255 ACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC-ATCATTTGAT
* * * *
59536 GTTTGCAAT-GGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATCAAAAAAAGTTCATTTATACTCAC
319 GTTTGC-ATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-C-AAAAAAGTCCATTTATACTCAC
* * * * * *
59600 TCATGCCTTCTAAAGCCTTGTCACTCATTTTAAGTAGATTTATAAATTTTTCATCAATTTTAAAT
381 TCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATCGATTTTAAAT
* * * * * * * * *
59665 TTAGTTTTTTTACATATTT-ATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTAC-TTTAAAAAATGTAA
446 TGA-ATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCT-AGAAACGTGA
59728 AG
508 AG
* * * * ** * *
59730 CAGAAA-CCATCAATTGACAA-AACAAATCCCTTTATAGTTGCTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTT
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* * * * * * * * *
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* * * **
59857 TAAAATAAATCATAATTTTATGTTTGCA-CTAGGAAACGTGATA-CAAAAGCCATTAATTGACAA
128 TAAAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATC-AAGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTGACAA
* ** ** ** * *
59920 AAAAAGTTTATTTATGGTCACTTATGTTTTCGGAA-CGCTTGTTACTTGCTTT-ATGTGCATTTA
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* * * ** * * *
59983 TAACTTTATAAGTAATTTTAAATTGAATTCCTTTAGA-TTTTGGTTAAAA-ATTATCATAATTTG
253 TAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATCATCATTTG
* * * *
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* * * * *
60110 ACTCACGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTGATCGATGTTAG
379 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATCGATTTTAA
* * * * * *
60175 ATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATCATCATTTGGTGTTTGCAT-TGGGAAACGTGA
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60239 AG
508 AG
* * ** * * * * * * ** *
60241 AAAAATACATCTTTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATTCCTTTGAAAGCCTTGCCAT
1 CAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
* * * *
60306 TCATTTTAAGTGGATTTAT-ACTTTTTTAATGATTTTAAATTAAAGTTTTTTATAATTTT-AGTT
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* * * * * * *
60369 AAAAATAGGTCATACTTTTATGTTTG--T------AC-T--AG-GAAA-CATATCAATTGATAA-
129 -AAAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTGACAAG
* * * * *
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192 AAAA-GTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGGATTTATA
* * * * ** * *
60485 AGTTTTTTAATAACTTTAAATTGAATTTTTATTACATTTTTACTTAAAACAGTTAATCATTTGAT
255 ACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGAT
* * * * * * * *
60550 GTTTACATTGAGAAATACGAAGCAAAAGCCATCGATTGATAACAAAAGTCTATTTATGCTCACTC
319 GTTTGCATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATACTCACTC
* * * * * * * * *
60615 GTGCTTTCAAAAACCTTATTCCTCGCTTTAAG-AGGATTTATAACTTCTTAAAT-AATTTTAAGT
383 ATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTA-GATTTATAACTT-TTTAATCGATTTTAAAT
* * * * * * *
60678 TAAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAAATCATTATTTGATATTTACAT-TGGGAAAGGTGA
446 TGAA-TTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCT-AGAAACGTGA
60741 AG
508 AG
* * * * **
60743 TAAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAAGTTGATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTCG-T
1 CAAAAGACATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT-GTT
* * * * * *
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64 ACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * ** * * *
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* ** ** * * *
60935 AAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGGATTTATA
* * * * *
61000 ACTTTTT-AATCAATTTTAAATTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTTAT
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* * * ** * * *
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* * * * *
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382 CATGCCTTCA-AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTT-AATCGATTTTAAA
* * * * * **
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445 TTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCT-AGAAACGTGAA
61254 G
509 G
* * * * * * *
61255 TAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTAAGGCCTTCGAAAGCCTTCTTAC
1 CAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
* * * * * * ** *
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* * * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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256 CTTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGAT
* * * * ** * * * * * * * *
61574 GTTTTCATTGGGAAACGTGAAATAAAAACCACCCATTGAGAAGAAAATTCTATCTAAAGTCACTC
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* * * * ** *
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383 ATGCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAGTAG-ATTTATAACTTTTTAATCGATTTTAAAT
* * * * *
61702 TGAATTCTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAGGTTATCATTTGATGCTAGCATC-AGGAAACGTGA
446 TGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAAC-AGATCATCATTTGATGTTTGCATCTA-GAAACGTGA
61765 AG
508 AG
* * * * *
61767 CAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTGTAATCACTCCTGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
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* * * * *
61832 TCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGGTTTTGAATTAAAGTTTTTTATATTTTTGATTC
66 TCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * *
61897 AAACAGGTCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA-AAC
130 AAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-
* ** * * * *
61961 AAGTCCATTTATACTCACTCACACTTTCAAAAGCCTCGTTACTCGCTTTAGGTGGATTTATAACT
194 AAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA-ATGGATTTATAACT
* * * * * *
62026 TTTTCATTAATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATCATCATTTGATGTTT
258 TTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTT
* * * *** * * *
62091 ACATCAAGAAACATGAGGCAAAAGTTGTCCATTGACAAGAATAGTCCATATATACTTACTCATGC
323 GCATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * *
62156 CTTCAACA-CCTTGTTACTCGCTTT--G-AG-----T---TTTTAAAT-GATTTTAAATTGAAGT
387 CTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATCGATTTTAAATTGAA-T
* * * * *
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451 TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCTAG-AAACGTGAAG
* * * * *
62267 CAAAAGCCATCCATTG---ATAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAT
1 CAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
** * * * * * * *
62329 TTGCTTTAAATGGACTTATAACTTTTTCATCTATTTTAAATT-AATTTTTTTACA-TTTAGGTTA
66 TCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * *
62392 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAATAAACATG-AGACAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
130 AAACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* * * ** ***
62456 AAGTCCACTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTCCCTTATTTTAAGTGGATTTATAAC-
194 AAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAA-TGGATTTATAACT
* ** * * * *
62520 TTCTCCATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATCATTTGATGTT
258 TTTTAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATGTT
** * * * * * **
62585 TGCATAAAAAAACATGAAGCAAAAGTCGTCCATTGATAAGAAGAA-TCTATTTATACTTGCTCAT
322 TGCATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA-AA-AAGTCCATTTATACTCACTCAT
* * * * * * *
62649 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTATAAGTGGATTTATAACTTTTAAAAT-GATTTTAGATTGA
385 GCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTT-TAATCGATTTTAAATTGA
** *
62713 ATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACA
449 ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
62738 AATTATAATT
Statistics
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CAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC
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AACAGATCATAATTTTATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATACTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATGGATTTATAACTTTT
TAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCA
TCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTC
AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATCGATTTTAAATTGAATTTTTT
ACATTTTTGATTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCATCTAGAAACGTGAAG
Found at i:59963 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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58566 TTGCTCGTGT
* * * ** *
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1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * * * * *
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65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAG-GAAACGTAAAGCAAAA
* * * * **
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* * * * * * * * * *
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1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
** * * * * * *
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65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAGCAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * * * *
58982 TTTTTTATATATTTGGTTAAAACAAATTATAATTTAATGTTTACA-TTGCGAAACATAAAGCAAA
64 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAG-GAAACGTAAAGCAAA
* ** * * *
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128 AGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * *
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1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAA-T
* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * ** *
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1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTT-TTCATCGATTTTAAATTT-AA
* * *
59326 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGATCATAATTTGATGTTTGCATCT-GGAAACTTGAAGCAA
63 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-CTAGGAAACGTAAAGCAA
* **
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* * * * *
59434 CTTCGAAAACCTTGTTACTTGCTTTAAATAGATTTATAACTTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * **
59498 TTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGA-CTATCATTTGATGTTTGCAATGGGAAATATAAAGCAAA
64 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATC-ATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAA
* *
59562 AGCCATCCATTGATCAAAAAAAGTTCATTTATACTCACTCATGC
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* * ** * * *
59606 CTTCTAAAGCCTTGTCACTCATTTTAAGTAGATTTATAAATTTTTCATCAATTTTAAATTTAGTT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * ** * ** ** *
59671 TTTTTACATATTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTACTTTAAAAAATGTAAAGCAGAAA
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCA-AAA
* * ** *
59736 -CCATCAATTGACAAAACAAA-TCCCTTTATAGTTGCTTATGC
129 GCCATCAATTGACAAAA-AAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * *
59777 CTTTGAAAGCCTTGTTAGTCGCTTAAGTAGATTTATAACCTTGTCATCGATTTCAAATTTAATTT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATTT
* * * *
59842 TTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATCATAATTTTATGTTTGCACTAGGAAACGTGATA-CAAAAG
66 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGT-AAAGCAAAAG
* ** ** * *
59906 CCATTAATTGACAAAAAAAGTTTATTTATGGTCACTTATGT
130 CCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * * *
59947 TTTCGGAA-CGCTTGTTACTTGCTTTATGT-GCATTTATAACTTTATAAGT-AATTTTAAATTGA
1 CTTCGAAAGC-CTTGTTACTCGC-TTAAGTAG-ATTTATAACTTTTTCA-TCGATTTTAAATTTA
** * * * * *
60009 ATTCCTTTAGA-TTTTGGTTAAAA-ATTATCATAATTTGTTGTTTGCA-TCCGGAAAC-AAGAAG
62 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTA-AAG
* * * * *
60070 CAAGAAGCCATCCATTAACAAAACAAGTCCATTGATACTCACTCACGC
124 CAA-AAGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * *
60118 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTGATCGATGTTAGATTGAA-T
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * * * * *
60182 TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATCATCATTTGGTGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAT
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAAAG
* ** * * * * * *
60247 ACATCTTTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATTC
130 CCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* ** * ** * * * *
60288 CTTTGAAAGCCTTGCCATTCATTTTAAGTGGATTTAT-ACTTTTTTAAT-GATTTTAAATTAAAG
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCTTAAGTAGATTTATAAC-TTTTTCATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * * * * * * *
60351 TTTTTTATAATTTTAGTTAAAAATAGGTCATACTTTTATGTTTGTACTAGGAAAC--ATATCAAT
64 TTTTTTATATTTTTGGTT-AAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAA
* ** ** ** * *** * * * ** * *
60414 TGATAAAAAAGGTCCATTTAAACT-CACTTATGC-CTTTGAAAGC
128 AGCCATCAATTG-ACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACT-CATGC
* *** ** * * * * ** *
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1 CTTCGAAAGC-CTTGTTACTCG--CT-TAAGTAGATTT-ATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTT
* ** * * * * * *
60508 AATTTTTATTACATTTTTACTTAAAACAGTTAATCATTTGATGTTTACATTGAGAAATACG--AA
61 AATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAA-ACGTAAA
* * * * * *
60571 GCAAAAGCCATCGATTGATAACAAAAGTCTATTTATGCTCACTCGTGC
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* * * * * ** * * *
60619 TTTCAAAAACCTTATTCCTCGCTTTAAG-AGGATTTATAACTTCTTAAAT-AATTTTAAGTTAAA
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTA-GATTTATAACTT-TTTCATCGATTTTAAATTTAA
* * * * * * * * * * *
60682 TTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATCATTATTTGATATTTACATTGGGAAAGGTGAAGTAAA
63 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAA
* * ** *
60747 AGCCATCCATTAACAAAAAAAAGTTGATTTATAGTCACTCATGC
128 AGCCATCAATTGAC-AAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * *
60791 CTTCGAAAGCCTTCG-TACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTTATCAATTTTAGATTGAA-
1 CTTCGAAAGCCTT-GTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAAT
** * * * * * * *
60854 TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATCATCATTTCATGTTTGAACTGGGAAATGTGAAGAAAAA
64 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAAA
* * ** * *
60919 GACATCCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGACACTCGTTC
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* * * * * * *
60962 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTTTTAATCAATTTTAAATTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * ** * * *
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65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAGCAAAA
* * *
61091 GTCATCGATTGACAAGAAAAGT-CAGTTTATACTCACTCATGC
129 GCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCA-TTTATACTCACTCATGC
* * * * * * * * *
61133 CTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGAGTTATAAATTTTTAAAT-GAATTTAAATTGAA-
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * * ** * *
61196 -TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATCATTCGATGTTTGCA-TTGAGAAATATGAAGTAAA
64 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAG-GAAACGTAAAGCAAA
* * * * *
61259 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTTACTAAGGC
128 AGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* ** * ** * **
61302 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGGGGATTTAAAACTTTATAAAT-GATTTTAGATAGAA-
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTT-TTCATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * * * * * * * *
61365 TTTATTACATTTTTTTGTTCAAATAGATCAT-ACTTGCACGTTTGCACCAAGAAACGTGAAGTAA
64 TTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAA
* * ** * * * *
61429 AAGCCAACCATTGGTAAAACAAGTGCATTTATACTCACTTACGC
127 AAGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * *
61473 CTTCAAAAGCCTTGTTACCTAC-TTTAAGT-GAATTTGTAACTTTTTCATCGCTTTTGAATTGAA
1 CTTCGAAAGCCTTGTTA-CT-CGCTTAAGTAG-ATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAA
* * * * * * *
61536 -TTTTTTATATCTTTT-GTAAAAATAGATCATAATTTGTTGTTTTCATTGGGAAACGTGAAA-TA
63 TTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGT-AAAGCA
* * * * * * * * * *
61598 AAAACCACCCATTGAGAAGAAAATTCTATCTAAAGTCACTCATGC
126 AAAGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * *
61643 GTTCG-AAGGCTTCGTTATTTGCTTTAAGT-GAATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAAATTGAA
1 CTTCGAAAGCCTT-GTTACTCGC-TTAAGTAG-ATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAA
* * * * * * * *
61706 TTCTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAGGTTATCATTTGATGCTAGCA-TCAGGAAACGTGAAGCA
63 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAGCA
* * * * * *
61769 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATCTGTAATCACTCCTGC
126 AAAGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * *
61814 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-GGTTTTGAATTAAAG
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTTAAATTTAAT
* * * * * *
61878 TTTTTTATATTTTTGATTCAAACAGGTCATAATTTGATGTTTGCA-TCAAGAAACATGAAGCAAA
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* * **
61942 AGCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCACAC
128 AGCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * ** * *
61985 TTTCAAAAGCCTCGTTACTCGCTTTAGGTGGATTTATAACTTTTTCATTAATTTTAGATTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * * * * *
62050 TTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATCATCATTTGATGTTTACA-TCAAGAAACATGAGGCAAAA
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAGCAAAA
*** * * * * *
62114 GTTGTCCATTGACAAGAATAGTCCATATATACTTACTCATGC
129 GCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * *
62156 CTTC-AACA-CCTTGTTACTCGCTT-TG-AG-TTTTTAA-------AT-GATTTTAAATTGAAGT
1 CTTCGAA-AGCCTTGTTACTCGCTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * * *
62208 TTTTTACATCTTTGGTTAAAACAGATCATCATTTGATATTTGCA-TTGGAAAACATGAAGCAAAA
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGG-AAACGTAAAGCAAAA
* *
62272 GCCATCCATTG---ATAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
129 GCCATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * *
62311 CTTCAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAAATGGACTTATAACTTTTTCATCTATTTTAAA-TTAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGC-TTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * ** * *
62375 TTTTTACA-TTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TCAATAAACAT-GAGACAAA
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAG-CAAA
* * * *
62437 AGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCACTTATACTCACTCATAC
128 AGCCA-TCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
** *** * * * * *
62480 CTTCGAAAGCCTTGTCCCTTATTTTAAGTGGATTTATAACTTCTCCATCGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTAC-TCGCTTAAGTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTTAATT
* * * * * ** * *
62545 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATCATTTGATGTTTGCA-TAAAAAAACATGAAGCAAAA
65 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTAAAGCAAAA
* * * * * * ** *
62609 GTCGTCCATTGATAAGAAGAA-TCTATTTATACTTGCTCATAC
129 GCCATCAATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * ** * *
62651 CTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TATAAGTGGATTTATAACTTTTAAAAT-GATTTTAGATTGAA
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCT-TAAGTAGATTTATAACTTTT-TCATCGATTTTAAATTTAA
* * ** *
62714 TTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTTCCTATTTGCA-TCAGGAAACGTA
63 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACT-AGGAAACGTA
62771 CAGCCTTTTA
Statistics
Matches: 3100, Mismatches: 762, Indels: 325
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCAAAAGC
CATCAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
Found at i:60275 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 58576--62769 Score: 2979
Period size: 342 Copynumber: 12.4 Consensus size: 339
58566 TTGCTCGTGT
* * * * ** *
58576 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACCTTTT-CATCAATTACAAATTAAAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-AATTTTAAATTGAAT
* * * * * * * * * *
58640 TATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTCATTTTTGCTTC-GAAAAACATAAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTG-GAAACGTGAAGCAAA
* * ** * *
58704 AGCTATCCATTGATAAAACATA-TCCATTTATACTCACTCACACCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCA
128 AGCCATCCATTGACAAAACA-AGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
* * * ** *
58768 CTTTAAATGGATTTATAACTTTTTCATCAATTTTAGACTGAATGTTTTTATATTTTTCATTAATA
192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGA-TTTAGATTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * *** * * *
58833 CAAGA-CATCATTTCAGGTTTGCATCAAGAAACGTGAAG-AAAAGAACACCCATTGACAAGAAAA
255 C-AGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAG-ACATCCATTGACAAAAAAA
*
58896 GTCTATTCATAGTCACTCATGC
318 GTCTATTTATAGTCACTCATGC
* * *
58918 CTTCGAAAGCCTTGTAACTCGCTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTAAATTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
* * * * * * * *
58983 TTTTTATATATTTGGTTAAAACAAATTATAATTTAATGTTTACAT-TGCGAAACATAAAGCAAAA
66 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTG-GAAACGTGAAGCAAAA
** * * * **
59047 GCCATCCATTGGTAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCGTGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
129 GCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACT
* *
59112 TTACGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATCTTAGATTGAAGTTTTTTTAATATTTTT-TTATCAA
194 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGAT-TTAGATTGAA--TTTTTT-ATATTTTTGGT-T-AA
* * * *** *
59176 AACAAATCATCA-TTCATTGTTTACATCAAGAAATGCGAA-AAAAATGACATCCATTGACAAAAA
253 AACAGATCATCATTTGA-TGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAA-GACATCCATTGACAAAAA
*
59239 AAGT-TCATTTATAGTGC-CCCATGC
316 AAGTCT-ATTTATAGT-CACTCATGC
** * * * * *
59263 CTTCGAAATTCTTGATATTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATAA-TTTAAATTTAAAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAA-TTGAAT
* * *
59327 TTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACTTGAAGCAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAA-AAGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * **
59392 GCCATCTATTGACAAAGCAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAACCTTGTTACTTGCT
129 GCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACT
* * * * *
59457 TTAAATAGATTTATAACTTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAAC
194 TTAAGTGGATTTATAACTTTTT-CATCGA-TTTAGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
59521 AGA-CTATCATTTGATGTTTGCAATGGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATCAAAAAAAG
256 AGATC-ATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGA-CAAAAAAAG
*
59585 T-TCATTTATACTCACTCATGC
319 TCT-ATTTATAGTCACTCATGC
* * ** * * * * *
59606 CTTCTAAAGCCTTGTCACTCATTTTAAGTAGATTTATAAATTTTT-CATCAATTTTAAATTTAGT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-AATTTTAAATTGAAT
* ** * * ** * *
59670 TTTTTTACATATTTATTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTAC-TTTAAAAAATGTAAAGCAGA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCT-GGAAACGTGAAGCA-A
* * * * ** * * * *
59734 AA-CCATCAATTGACAAAACAAATCCCTTTATAGTTGCTTATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAGTCG
127 AAGCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
* * * * *
59798 C-TTAAGTAGATTTATAACCTTGTCATCGATTTCAAATTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTT-AGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * **
59862 TAAATCATAATTTTATGTTTGCACTAGGAAACGTGATA-CAAAAGCCATTAATTGACAAAAAAAG
255 CAGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGA-AGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAG
* * * *
59926 TTTATTTATGGTCACTTATGT
319 TCTATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * * *
59947 TTTCGGAA-CGCTTGTTACTTGCTTTATGTGCATTTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTGAAT
1 CTTCGAAAGC-CTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAAT
** * * * * **
60011 TCCTTTAGA-TTTTGGTTAAAAATTATCATAATTTGTTGTTTGCATCCGGAAACAAGAAGCAAGA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA-GATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAA-A
* * *
60075 AGCCATCCATTAACAAAACAAGTCCATTGATACTCACTCACGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
128 AGCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
* * *
60140 TTTAAGTAGATTTATAACTTTTTGATCGATGTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
193 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGAT-TTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
* * * * ** * *
60205 TATCATCATTTGGTGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAATACATCTTTTGATAAGAAAAGTCT
257 GATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCT
* * *
60270 ATTTATAATCACTTATTC
322 ATTTATAGTCACTCATGC
* ** * ** * * * *
60288 CTTTGAAAGCCTTGCCATTCATTTTAAGTGGATTTAT-ACTTTTTTAATGATTTTAAATTAAAGT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
* * * * * * * *
60352 TTTTTATAATTTTAGTTAAAAATAGGTCATACTTTTATGTTTGTA-CT----A-G-G-A--AACA
66 TTTTTACATTTTTGGTT-AAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * * * * *
60407 --TATCAATTGATAAAA-AAGGTCCATTTAAACTCACTTATGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCAC
129 GCCATCCATTGACAAAACAA-GTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * * **
60469 TTTAAATGGATTTATAAGTTTTTTAAT-AACTTTAAATTGAATTTTTATTACATTTTTACTTAAA
193 TTTAAGTGGATTTATAA-CTTTTTCATCGA-TTTAGATTGAA-TTTT-TTATATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * * *
60533 ACAGTTAATCATTTGATGTTTACATTGAGAAATACGAAGCAAAAGCCATCGATTGATAACAAAAG
254 ACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAG
*
60598 TCTATTTAT-GCTCACTCGTGC
319 TCTATTTATAG-TCACTCATGC
* * * * * * * * *
60619 TTTCAAAAACCTTATTCCTCGCTTTAAGAGGATTTATAACTTCTTAAATAATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
* * * * * * *
60684 TTTTTACATTTTTGGATAAAACAAATCATTATTTGATATTTACAT-TGGGAAAGGTGAAGTAAAA
66 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCT-GGAAACGTGAAGCAAAA
* * ** * *
60748 GCCATCCATTAACAAAAAAAAGTTGATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTCG-TACTCG
129 GCCATCCATTGAC-AAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT-GTTACTCA
* * * **
60812 CTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTTATCAATTTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAAC
192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGA-TTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * *
60877 AGATCATCATTTCATGTTTGAACTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAAGT
256 AGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGAC-AAAAAAAGT
* * * *
60942 CCATTTATAGACACTCGTTC
320 CTATTTATAGTCACTCATGC
* * *
60962 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTTTT-AATCAATTTTAAATTGAAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-AATTTTAAATTGAAT
* * * * *** * *
61026 TTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTTATGTTTTCATCAACAAATGTGAAGCCAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * *
61091 GTCATCGATTGACAAGAA-AAGT-CAGTTTATACTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCA
129 GCCATCCATTGACAA-AACAAGTCCA-TTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
* * * *
61154 CTTTAAGTGGAGTTATAAATTTTTAAAT-GAATTTAAATTGAA-TTTTTATATTTTTGGTTAAAA
192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-CATCG-ATTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
61217 CATATTATCATTCGATGTTTGCATTGAGAAATATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
255 CAGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGT
* * * * *
61282 CCATTTATACTTACTAAGGC
320 CTATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * * *
61302 CTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAGGGGATTTAAAACTTTATAAATGATTTTAGATAGAA-T
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
* * * * * * ** *
61366 TTATTACATTTTTTTGTTCAAATAGATCAT-ACTTGCACGTTTGCACCAAGAAACGTGAAGTAAA
66 TTTTTACA-TTTTTGGTT-AAAAAGATCATAATTTG-ATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAAA
* ** * * * *
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128 AGCCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTC-A
* * * * *
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192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTAG-ATTGAATTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
61558 TAGATCATAATTTGTTGTTTTCATTGGGAAACGTGAA-ATAAAA-ACCACCCATTGAGAAGAAAA
255 CAGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGA-AAAAGA-CATCCATTGACAAAAAAA
* * *
61621 TTCTATCTAAAGTCACTCATGC
318 GTCTATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * **
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1 CTTCGAAAGCCTT-GTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAAT
* * * * * * *
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* * * *
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129 GCCATCCATTGACAA-AACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCAC
* * * * * *
61836 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-GGTTTTGAATTAAAGTTTTTTATATTTTTGATTCAAA
193 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTAG-ATTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * *** ** * * *
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* * **
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320 CTATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * * *
61985 TTTCAAAAGCCTCGTTACTCGCTTTAGGTGGATTTATAACTTTTTCATTAATTTTAGATTGAATT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
* * * ** * *
62050 TTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGATCATCATTTGATGTTTACATCAAGAAACATGAGGCAAAAG
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*** * * * *
62115 TTGTCCATTGACAAGAA-TAGTCCATATATACTTACTCATGCCTTC-AACA-CCTTGTTACTCGC
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* * * *
62177 TTTGAGT---TTT-TAA-------AT-GATTTTAAATTGAAGTTTTTTACATCTTTGGTTAAAAC
193 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGA-TTTAGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
* * ** * * *
62230 AGATCATCATTTGATATTTGCATTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG---ATAAAAGTC
256 AGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTC
* *
62292 CATTTATACTCACTCATGC
321 TATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * * *
62311 CTTCAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAAATGGACTTATAACTTTTT-CATCTATTTTAAATT-AAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-AATTTTAAATTGAAT
* *** *
62374 TTTTTTACA-TTTAGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAATAAACATG-AGACAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAG-CAAA
* * * * ** *
62437 AGTCATTCATTGACAAGAA-AAGTCCACTTATACTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTCCCTTA
128 AGCCATCCATTGACAA-AACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
* * * *
62501 TTTTAAGTGGATTTATAACTTCTCCATCGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
192 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGA-TTTAGA-TTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * **** ** * * * * *
62565 ATAAATAATCATTTGATGTTTGCATAAAAAAACATGAAGCAAAAGTCGTCCATTGATAAGAAGAA
254 ACAGATCATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAA-AAAAA
* ** *
62630 -TCTATTTATACTTGCTCATAC
318 GTCTATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * *
62651 CTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TATAAGTGGATTTATAACTTTTAAAATGATTTTAGATTGAAT
1 CTTCGAAAGCCTTGTTACTC-GCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAAT
* * * ** * *
62715 TTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTTCCTATTTGCATCAGGAAACGT
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGT
62770 ACAGCCTTTT
Statistics
Matches: 3046, Mismatches: 670, Indels: 273
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 5 0.00
324 81 0.03
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346 7 0.00
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Consensus pattern (339 bp):
CTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATCTGGAAACGTGAAGCAAAAGC
CATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
AAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTAGATTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATC
ATCATTTGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTT
ATAGTCACTCATGC
Found at i:63259 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 62995--65596 Score: 1534
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 170
62985 NNNNNNNNNN
* * * * * *
62995 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTCAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGAAAACTTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACTTGAA
* * *
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** * * *
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130 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
63166 TTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAATTATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACTTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACTTGAA
* * * * * * *
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66 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* **********
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129 ACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * **
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1 TTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAAACT-T
* * * * * *
63399 GAAG-ATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAAGCCACCCATGCCTTCGTAAGCCTT
63 GAAGCA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
63463 ATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
126 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ** ** *
63508 TT-AATGTTTTTAC-TTTTTAAGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTTCGCCTTAAG-AAACGTG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTACTTTGGAAAACTTG
* ** * ** * * *
63570 AAGTAAAAGCCACCCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAATCATTAT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCTTAT
********** *
63635 TACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAA
128 TACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
63678 TTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATAGATTGTTTTC-CT-CAAGAAATAT
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAA-AACT-T
* * ** * * * ** *
63740 GTAGCAAAAGCCATGCATTGATAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACTTAAGTATTCAAAAGCCTTA
63 GAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
63805 TTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTT-AG
127 TTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * * * *
63849 TTGAATTTTTTTAAATTTTT-AGTAAAA-ACTAATTGTAATTGAATATTTGGCTCTGG-AAA-TG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA-T-ATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAAACT-
*** * * * * * *
63910 TGAAGTGGAAGCCATTTATTGACATA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCAT
62 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
63974 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCACAATTTA-TTTAAG
125 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
64019 TTGAAGTTTTTT-CCTGTTTTCATTAAAATATATGATAATT-AGATGTTTGCCTTAGG-AAAC-A
1 TTGAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCT-ACTTTGGAAAACTT
** ** * * * * *
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63 G-AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTAT-AGT-CACTATGCCTTCGA-AAGC
* * * * *
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* ** * * * * * * * **
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1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAACT-TGA
* ** * * * * * *
64252 AGAAAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATT
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**** * * * *
64317 ACCCAATTCAAATGGTTTTACAAACCCATAATTGATTTTAAG
129 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *** *
64359 TTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATG-CATGCCTCACG-AAACGTG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-T-ACTTTGGAAAACTTG
* * * * * *
64422 AAGCAAAAACCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACTTTCGAAAGCATTA
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
64486 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG
127 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * ** *
64530 -TGAGTTTTTTTATATTTTTAATT-AAATCATATTATAATTAAATATTTGCCTCAGG-AAACGTG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAAACTTG
* * * * * * * *
64592 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCATCCATACCTTTGAAAACCTTTT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
64657 TAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TT---
128 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * ** * * **** *
64695 CTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCTTATAATAGAATGTCTGC-CACAAGAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGA-AAACTTGA
* * * * **
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** * ** *
64823 TACTCACCTTAAATCATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG
128 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * ** *
64866 TTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATGATAATTGATTGTCTACCCT-GAGAAACATG
1 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGA-AAACTTG
* * * ** * * * * *
64930 ATGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGACTTCGAAAGCCTTAT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
64995 TACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTCAAA
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* * * * ** *
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* * * * * * *
65100 AGCAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
65 AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
65165 GCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
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* ** * * * * * ** *
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* * *
65334 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAG
125 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** *
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* * * * **
65444 AGTAAAAGCCATTCACTAGCAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTAT
65 AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACT-ATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
65508 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAG
128 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
65551 TTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
65597 TTACCTCAGG
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GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:64047 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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62985 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
63123 TACTTGCGATAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTT-G
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
** * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* *********
63314 ATAATCTCATAANNNNNNNNNNG
318 ATAATATCATAA-TTGATTTAAG
** * * ** * **
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1 TTGAATTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * * **
63401 AG-ATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAAGCCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAT
65 AGCA-AAAGCCATCCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
63465 TACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTAC-TTTTTAA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-A
* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* ********* *
63658 ATCTCATNNNNNNNNNNAAA
321 ATATCAT-AATTGATTTAAG
* * * * *
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1 TTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* ** * * **
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65 AGCAAAAGCCATCCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
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129 ACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * *** *
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* * *
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255 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
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320 AATATCATAATTGATTTAAG
* * * * * * *
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1 TTGAATTTTTTTACAT-TTTTCATTAAAATAGATTATAA-TAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATG
** * * * * ** * * * *
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64 -AAGCAAAAGCCATCCATTGAA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * ** * *
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*
64338 AA-ACCCATAATTGATTTTAAG
320 AATA-TCATAATTGA-TTTAAG
* ** ** * *
64359 TTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATG-CATGCCTCACGAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * *
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65 AGCAAAAGCCATCCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
64487 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG-TGAGTTTTTTTATATTTTTAA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * *
64551 TTAAATCATATTATAATTAAATATTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
193 TTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
** * * * * * *
64616 AAAAGTATATTTATAGTCATCCATACCTTTGAAAACCTTTTTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
64681 TCTCATAATTGA-TT---
322 TATCATAATTGATTTAAG
* ** ** * *
64695 CTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCTTATAATAGAATGTCTGCCACAAGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA
* * * * * **
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* * ** * * *
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130 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * ** * *
64890 TAAAACATATGATAATTGATTGTCTACC-CTGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATT-ATCAA
194 TAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * * *
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256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
65017 AATCTCATAATTGTTTTCAAA
320 AATATCATAATTGATTT-AAG
* * * * * ** * * *
65038 TTGAGTTTTCTTCCATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGATTTAA-AAAAATAAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA
* * *
65101 GCAAAAGCTATCCATTGGTAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
66 GCAAAAGCCATCCATT-G-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
65165 GCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTA
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * *
65230 CTTAGAATAGATTATAATTCAATGTCTGCCTC-GAGAAACT-TAAAGCAAAAA-TCATTCGTTGG
192 GTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAA-TGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * *
65292 CAACAAAAGTTCATTTATGGCCACCCACACCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
253 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
65357 ATAA-ACTTATAATTGATTTTAAG
318 ATAATA-TCATAATTGA-TTTAAG
* * * * * * * *
65380 TTGCATTTTTTTATATTGTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTATA-AAATAAGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGA
* * * * * * **
65444 AGTAAAAGCCATTCACTAGCAAA-AGAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTAT
65 AGCAAAAGCCATCCA-TTG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
65508 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * *
65573 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTG-AG-GAAAGCCCTATTCATTGGCA
193 TTAAAACA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CC-ATTCATTGACA
65636 A-AAAAGTCCACTTTA
255 AGAAAAGTCCA-TTTA
65651 AGTAGATTTT
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 403, Indels: 150
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 141 0.08
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA
GCAAAAGCCATCCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
ATAATTGATTTAAG
Found at i:65175 original size:507 final size:507
Alignment explanation
Indices: 64273--65201 Score: 1110
Period size: 507 Copynumber: 1.8 Consensus size: 507
64263 TTTATTGGCA
* * * **
64273 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACCCAATTCAAATGGTTTTAC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCACTCAAAAGCATTATTACCCAATTCAAATCATTTTAC
* *
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66 AAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATGATAATTCAAT
* * * * * * * *
64403 GCATGCCTCACGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
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*
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196 ATACTTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTGA
* * * * * ** *
64533 GTTTTTTTATATTTTTAATTAAATCATATTATAATTAAATATTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAA
261 GTTTTCTTACATTTTTAATTAAATCATATTATAATTAAATATCTGACTCAGAAAAAATAAAGAAA
* * * * * *
64598 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCATCCATACCTTTGAAAACCTTTTTAATTG
326 AACCCATCCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAACCTTATTAATCG
64663 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCT
391 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCT
64728 TATAATAGAATGTCTGCCACAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGAG
456 TATAATAGAATGTCTGCCACAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGAG
* * * * * *
64780 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGTATTATTACTCACCTT-AAATCATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCACTCAAAAGCATTATTACCCA-ATTCAAATCATTTTA
* * * * * *
64844 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATGATAATTGA
65 CAAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATGATAATTCA
* * * *
64909 TTGTC-TACCCTGA-GAAACATGATG-AAAAAGACATTCATTATCA-AGAAAAGTCCATTTACAA
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*
64970 TCACCCATGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TTT
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* * * * *
65033 TCAAAT-TGAGTTTTCTTCCATTTTT-ATTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTGATTTA-AAA
254 T---ATGTGAGTTTTCTTACATTTTTAATT-AAATCATATTATAATTAAATATCTGACTCAGAAA
* * * * *
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* **
65157 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
378 ACCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
65202 TTAAGTTGAA
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 60, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCACTCAAAAGCATTATTACCCAATTCAAATCATTTTAC
AAACCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATGATAATTCAAT
GCATCCCTCACGAAACATGAAGCAAAAAACATCCATTACAGAGAAAAGTCCATTTACAATCACCC
ATACTTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTGA
GTTTTCTTACATTTTTAATTAAATCATATTATAATTAAATATCTGACTCAGAAAAAATAAAGAAA
AACCCATCCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAACCTTATTAATCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCT
TATAATAGAATGTCTGCCACAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGGAG
Found at i:65354 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 62995--65650 Score: 1998
Period size: 341 Copynumber: 7.8 Consensus size: 339
62985 NNNNNNNNNN
* * * * * *
62995 TTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTCAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGAAAACTTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAAAACATGA
* * ** * *
63059 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCA-TCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
64 AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * * *
63123 TACTTGCGATAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTT-G
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
** * * * * * *
63187 ATTAAATTATATTATAATTGAATGTCTACTTTG-GAAAACTTGAAGTAAAAGCTATCCATTGGCA
193 -TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAG-AAACTTGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA
* * * * * * *
63251 AAAAAAATCCTTTTATAGTCGCTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTA
255 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*********
63315 TAATCTCATAANNNNNNNNNNG
319 TAATCTCATAA-TTGTTTTAAG
* * ** **
63337 TTGAATTTTTTTACAATT-TTAGATT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTTAAGAAATGTG
1 TTGAATTTTTTTAC-ATTGTT-TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-AAACATG
* * * * *
63400 AAG-ATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAAGCCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTA
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* * *
63464 TTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTAC-TTTTTA
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-
* ** * * ** * **
63527 AGTTAAAAGATATTATAATTGAATGT-TCGCCTTAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCACCCGTTGAT
191 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAACTTGAAG-AAAAACCATTCATTGGC
* * * * *
63591 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAATCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
254 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********* *
63656 TAATCTCATNNNNNNNNNNAAA
319 TAATCTCAT-AATTGTTTTAAG
* * * * * * *
63678 TTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATAGATTGTTTTCCTCAAGAAATATGT
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-AAACATGA
* * ** * * * ** *
63742 AGCAAAAGCCATGCATTGATAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACTTAAGTATTCAAAAGCCTTATT
64 AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
63807 ACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTA
129 ACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * ** * * *
63870 GTAAAAAC-TAATTGTAATTGAATATTTGGCTCTG-GAAA-TGTGAAGTGGAAGCCATTTATTGA
192 GTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCTGCCTC-GAGAAACT-TGAAG-AAAAACCATTCATTGG
* * *
63932 CATA-AAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
253 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
63996 TATAATATCACAATT-TATTTAAG
317 TATAATCTCATAATTGT-TTTAAG
* * * * * *
64019 TTGAAGTTTTTT-C-CTGTTTTCATTAAAATATATGATAATT-AGATGTTTGCCTTAGGAAACA-
1 TTGAATTTTTTTACATTG-TTT-ATTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTA-AAAACAT
** * ** * * ** * *
64080 GAAAGTGAAAGCCAACCATTAATAAG--AAGTCCATTTATAATTAAACATGCCTT-TAGAAGCCC
62 G-AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-AAGCCT
* * * * **
64142 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATTATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACCCTT
125 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
64206 TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATATGCCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAATCATTTATTG
189 TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACT-TGAAG-AAAAACCATTCATTG
* * * * * ** *
64270 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACCCAATTCAAATGGTTT
252 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
64335 TACAAACCCATAATTGATTTTAAG
317 TATAATCTCATAATTG-TTTTAAG
** * * * *
64359 TTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATG-CATGCCTCACGAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTTA-AAAACATGA
* * * * * *
64423 AGCAAAAACCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACTTTCGAAAGCATTAT
64 AGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
64487 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG-TGAGTTTTTTTATATTTTTAA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * *
64551 TTAAATCATATTATAATTAAATATTTGCCTC-AGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA
193 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACTTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAA
** * * * * * *
64615 GAAAAGTATATTTATAGTCATCCATACCTTTGAAAACCTTTTTAATTGCTTTAAATGGTTTTATA
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
*
64680 ATCTCATAATTG-ATT---
321 ATCTCATAATTGTTTTAAG
* * * ** * ** *
64695 CTGAATTTTTTTACATTGCTCATTAAAATACCTTATAATAGAATGTCTGCCACAAGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAA-AAACATGAA
* * **
64760 GCAAAAGCCATCCAATGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGTATTATT
65 GCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * ** * * *
64824 ACTCACCTTAAATCATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGG
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * * **
64889 TTAAAACATATGATAATTGATTGTCTACC-CTGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTATCAA
193 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTC-GAGAAACTTGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAA
* * * *
64953 GAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTAT
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
65017 AATCTCATAATTGTTTTCAAA
320 AATCTCATAATTGTTTT-AAG
* * * * ** * *
65038 TTGAGTTTTCTTCCATT-TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGATTTAAAAAAATAAAG
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAACATGAAG
* * * * *
65102 CAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGC
66 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
65167 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTACT
131 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * *
65232 TAGAATAGATTATAATTCAATGTCTGCCTCGAGAAACTTAAAGCAAAAATCATTCGTTGGCAACA
194 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACTTGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
65297 AAAGTTCATTTATGGCCACCCACACCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
*
65362 CTTATAATTGATTTTAAG
323 CTCATAATTG-TTTTAAG
* * * * * *
65380 TTGCATTTTTTTATATTGTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTATAAAATAAGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AAAACATGAA
* * * * * * * **
65445 GTAAAAGCCATTCACTAGCAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATT
65 GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
65509 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAAT
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * **
65574 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGGAAA-TGTGAGGAAAGCCCTATTCATTGGCAA
194 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACT-TGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAA
65637 -AAAAGTCCACTTTA
256 GAAAAGTCCA-TTTA
65651 AGTAGATTTT
Statistics
Matches: 1843, Mismatches: 394, Indels: 154
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 143 0.08
337 4 0.00
338 137 0.07
339 183 0.10
340 88 0.05
341 562 0.30
342 553 0.30
343 73 0.04
344 100 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAACATGAAG
CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACTTGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTGTTTTAAG
Found at i:66286 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 65656--67349 Score: 1173
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
65646 CTTTAAGTAG
* * * * **
65656 ATTTTAGATTGAATTTTTTTGCATTTTTGGT-TAAAGCAGATCATAATTTGATGTTTG-AAAGGG
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT--TATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGG
* * * **
65719 AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAA
64 -AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGA
* **** *
65783 AAGCCTTATTTA-TCACTTTAAGACAATTTATGACTTTTTCATCA
127 AAGCCTT-GTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
* ** * ***
65827 ATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGATAAAACAGATCATCCTTTCATTTTTGCATCAAGA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGA
* * * * * *
65892 AACATGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAT-CGTCGCTTATACCTTTGAAA
65 AATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAC-TCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * ** *
65956 GACTTGTTACTCACTTTAAGTGAATTTGTAACTTTATAAAT-G
129 GCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTT-TTCATCA
* * *
65998 ATTTTAAATT-ATTTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATATTTGCATT--G
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTA--TAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGG
* * * **
66060 AAAGACGTGAAGTAAAAAGTCATCCATTGACAA-AACAAGTCCATTTATACTCACTCACACCTTT
64 AAATA--TGAAG-CAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTT
* * * * *
66124 GGATGCCTTGCTACTCAGTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCG
125 GAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
* * * ** *
66170 ATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTTATAAAACAAATCATTGTTTTATGTTTGCATTGGGAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAA
* ** * * *
66235 ATGTGAAGCAAAAATCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
66 ATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGC
** * * *
66300 CTTGTTTTTCACTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTTATCA
131 CTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
* * * ** **
66340 ATTTTAAATTG-ATTTATTTTACCATTTTTGT-TAAAGCAGATGATAATTTGATGTTTGTGTTAA
1 ATTTTAAATTGAATTT-TTTTA-CATTTTT-TATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGG
* * * * ** * * *
66403 AAAATATGAAGTAAAAGTCATCGATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCGTTAAA
63 GAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAA
* * * ** *
66468 AGACTTGTTACTCACTTT--GTGAATTTATAACTTTATAAAT-G
128 AGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTT-TTCATCA
* * * * * **
66509 ATTTCAAATTGTATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACATATTATAATTTCATGTTTGGCAAGGGG
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TAAAACAGATCATAATTTCATGTTT-GCATTGGG
* * * * * * * **
66574 AAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTAATAA-AACAAGTTCATTTATACTCACTTACGCCTTCAAA
64 AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAA
* * * *
66638 AGCCTTGTTAGTTATTTTAAGC-GGATTTATAACTTTTTTATCA
128 AGCCTTGTTACTCACTTTAA-CTGGATTTATAACTTTTTCATCA
* * * * * * * * *
66681 ATTTTGAATTGAAGTTTTTGACATTTTGGT-TAGAACAAATCATCATTTTATGTTTGTATTGGG-
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTT-TTATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGA
** **
66744 AATCATGAAGC-AAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAA
65 AAT-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAA
*
66808 GCCTTGTTACTCATTTTAAAC-GGATTTATAAC-TTTTCATCA
129 GCCTTGTTACTCACTTT-AACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
* ** * * ** * * ***
66849 ATTTTAGATAAAAATTTTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGATCATCATTGGATATTTGCAATACA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT--TATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGG
* * * **
66913 AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAA-AAAGAGTCCATTTATACTCATTCATGCCTTCAAA
64 AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAA
* * * * * *
66977 AGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTAAAACTTTTTAAAT-G
128 AGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTT-CATCA
* * ** *
67020 ATTTTAAA-TCAATTTCTTTTTTACATTTTAGT-TAAAACAGATCACCATTTGAAT-TTTGCATT
1 ATTTTAAATTGAA--T-TTTTTTACATTTT-TTATAAAACAGATCATAATTT-CATGTTTGCATT
* ** * * * * * *
67082 GGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAATCAATTTATACTCCCCCATG-CTTTC
61 GGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTT-
* * * *
67146 AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTCATTA
125 GAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
** * * * **
67192 ATTTTGGATTGAATTTGTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATCATAGTTTGATGTTTGCATCAG
1 ATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTTTA--TAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGG
* ** * ** * * **
67255 GAAACACCAAGCCAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
63 GAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAA
* * *
67320 AGCCTTATTAATCACTTTAAGTGGATTTAT
128 AGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTAT
67350 GTCAGTTAAA
Statistics
Matches: 1202, Mismatches: 262, Indels: 118
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 36 0.03
169 171 0.14
170 274 0.23
171 434 0.36
172 243 0.20
173 43 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATAAAACAGATCATAATTTCATGTTTGCATTGGGAA
ATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGC
CTTGTTACTCACTTTAACTGGATTTATAACTTTTTCATCA
Found at i:66736 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 65663--67349 Score: 1595
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 503
65653 TAGATTTTAG
* * * * * ** *
65663 ATTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAGCAGATCATAATTTGATGTTTG-AAAGGGAAAACATG
1 ATTGAATTTGTTTACA-TTTT-GTTAAAACAAATCAT-ATTTTATGTTTGCATTGGG-AAATATG
* * *
65727 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAAAACAAGTCCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTA
62 AAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *** * *
65791 TTTATCACTTTAAGACAATTTATGACTTTTTCATCAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTT
126 TTAATCACTTTAAGTGGATTTAT-AATTTTTCATCAATTTTAAATTG-ATTTTTTTACA-TTTTT
* * * * * * * * *
65856 GATAAAACAGATCATCCTTTCATTTTTGCATCAAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGACAA
188 GTTAAAACAGATCATCATTTGATATTTGCATTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAA
* ** * * * * *
65921 GAAAAGACCATTTATCGTCGCTTATACCTTTGAAAGACTTGTTACTCACTTTAAGTGAATTTGTA
253 GAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCC-TTAAAAGACTTGTTACTCACTTT-AGTGAATTTATA
*
65986 ACTTTATAAATGATTTTAAATTATTTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATA
316 ACTTTATAAATGATTTTAAATTATTTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAAT-
* * *
66051 TTTGC-ATTGAAAGACGTGAAGTAAAAAGTCATCCATTGACAAAACAAGTCCATTTATACTCACT
379 TTTGCAATGGAAA-ACGTGAAGT-AAAAGCCATCCATTGACAAAACAAGTTCATTTATACTCACT
* *** * * * * *
66115 CACACCTTTGGATGCCTTGCTACTCAGTTTAA-CTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAA
442 CACGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGC-GGATTTATAACTTTTTCATCAATTTTGA
* * * *
66177 ATTGAATTTGTTTATATTTTTTATAAAACAAATCATTGTTTTATGTTTGCATTGGGAAATGTGAA
1 ATTGAATTTGTTTACATTTTGT-TAAAACAAATCA-TATTTTATGTTTGCATTGGGAAATATGAA
** * * * *
66242 GCAAAAATCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTT
64 GCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
66307 TTCACTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTTATCAATTTTAAATTGATTTATTTTACCATTTTTGTT
129 ATCACTTTAAGTGGATTTAT-AATTTTTCATCAATTTTAAATTGATTT-TTTTA-CATTTTTGTT
* * * * ** * * * *
66372 AAAGCAGATGATAATTTGATGTTTGTGTTAAAAAATATGAAGTAAAAGTCATCGATTGATGAGAA
191 AAAACAGATCATCATTTGATATTTGCATTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAA
66437 AAGTCCATTTATAATCACTCATGCCGTTAAAAGACTTGTTACTCACTTT-GTGAATTTATAACTT
256 AAGTCCATTTATAATCACTCATGCC-TTAAAAGACTTGTTACTCACTTTAGTGAATTTATAACTT
* * * * *
66501 TATAAATGATTTCAAATTGTATTTTTTTACTTTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTTCATGTTT
320 TATAAATGATTTTAAATTAT-TTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAAT-TTT
* * * * * *
66565 GGCAAGGGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTAATAAAACAAGTTCATTTATACTCACTTACG
382 -GCAATGGAAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAAACAAGTTCATTTATACTCACTCACG
* * * *
66630 CCTTCAAAAGCCTTGTTAGTTATTTTAAGCGGATTTATAACTTTTTTATCAATTTTGA
446 CCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGCGGATTTATAACTTTTTCATCAATTTTGA
* * *
66688 ATTGAAGTTT-TTGACATTTTGGTTAGAACAAATCATCATTTTATGTTTGTATTGGG-AATCATG
1 ATTGAA-TTTGTTTACATTTT-GTTAAAACAAATCAT-ATTTTATGTTTGCATTGGGAAAT-ATG
* ** ** *
66751 AAGC-AAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGT
62 AAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ** * * ** *
66815 TACTCATTTTAAACGGATTTATAACTTTTCATCAATTTTAGATAAAAATTTTTTACATTTTTGGT
127 TAATCACTTTAAGTGGATTTATAATTTTTCATCAATTTTAAAT-TGATTTTTTTACATTTTT-GT
* * * *
66880 TAAAACAGATCATCATTGGATATTTGCAATACAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-TCAA-
190 TAAAACAGATCATCATTTGATATTTGCATTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT-AAG
* * * * *
66943 AAAGAGTCCATTTATACTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGT-AGATTTAA
254 AAA-AGTCCATTTATAATCACTCATGCCTT-AAAAGACTTGTTACTCACTTT-AGTGA-ATTTAT
* * * **
67007 AACTTTTTAAATGATTTTAAATCAATTTCTTTTTTAC-ATTTTAGTTAAAACAGATCACCATTTG
315 AACTTTATAAATGATTTTAAAT-TA-TT-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTT-
* * * ** *
67071 AATTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAAA-AAAATCAATTTATACTCC
376 AATTTTGCAATGGAAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAAACAAGTTC-ATTTATACTCA
* * * * * * *
67135 CCCATGCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTCATTAATTTTGG
440 CTCACGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGCGGATTTATAACTTTTTCATCAATTTTGA
* * * * ** * **
67199 ATTGAATTTGTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAGTTTGATGTTTGCATCAGGAAACACCA
1 ATTGAATTTGTTTACA-TTTT-GTTAAAACAAATCATA-TTTTATGTTTGCATTGGGAAATATGA
* * *
67264 AGCCAAAGCCAT-TGATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
63 AGCAAAAGCCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
67328 TAATCACTTTAAGTGGATTTAT
127 TAATCACTTTAAGTGGATTTAT
67350 GTCAGTTAAA
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 184, Indels: 69
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 13 0.01
509 113 0.12
510 85 0.09
511 323 0.34
512 91 0.10
513 307 0.32
514 23 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
ATTGAATTTGTTTACATTTTGTTAAAACAAATCATATTTTATGTTTGCATTGGGAAATATGAAGC
AAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAAT
CACTTTAAGTGGATTTATAATTTTTCATCAATTTTAAATTGATTTTTTTACATTTTTGTTAAAAC
AGATCATCATTTGATATTTGCATTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
CATTTATAATCACTCATGCCTTAAAAGACTTGTTACTCACTTTAGTGAATTTATAACTTTATAAA
TGATTTTAAATTATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATTTTGCAATGGAA
AACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAAACAAGTTCATTTATACTCACTCACGCCTTCAAAAG
CCTTGTTACTCACTTTAAGCGGATTTATAACTTTTTCATCAATTTTGA
Found at i:69411 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69043--69444 Score: 390
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
69033 AGAGTTATCA
* * * *
69043 ATTTATGACTTTTTCATCAATTTTAAATTGGATTTCTTTTATATTTTTCA-TTAAAACATATTAT
1 ATTTATAAC-TTTTCATCAATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTAT
* * ** * *
69107 AATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAATTCATTTCT
63 AATTTGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGATAAGAAAAAGTCATTTCT
*
69172 AGGCACTCGTACCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAGTGG
128 AGGCACTCGTACCTTCAAAAACTTGATTACTCACTTTAAGTGG
* * * *
69215 ATTTATAAATTTATAAAT-GATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 ATTTATAACTTT-T-CATCAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* **
69279 ATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGATAA-ATCAAGTC-TGTT-T
64 ATTTGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGATAAGAAAAAGTCAT-TTCT
* * * * *
69341 ATGCTCACTC--ACGATTTCGAAAGACTTGA-TACTTACTTTAATTGG
128 A-G-GCACTCGTAC--CTTC-AAAAACTTGATTACTCACTTTAAGTGG
*
69386 ATTTATAACTCTTTCATCAATTTTAAATTGAATTTGTTTTTATC-TTTTTTGTTAAAACA
1 ATTTATAACT-TTTCATCAATTTTAAATTGAA-TT-TTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACA
69445 AATGATCATT
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 28, Indels: 27
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 11 0.06
171 115 0.61
172 34 0.18
173 22 0.12
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAACTTTTCATCAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TTGATGTTTGCATTGGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGATAAGAAAAAGTCATTTCTAGG
CACTCGTACCTTCAAAAACTTGATTACTCACTTTAAGTGG
Found at i:69814 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69591--69917 Score: 404
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
69581 TTTGAAAAAT
* * * * * *
69591 ATAGATCATCATTCCATGTATGCATTGGGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATT-TACAAGAAAA
1 ATAGATCACCATTCCATGTATGCATTAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGCAAAAAAAAA
* * * * ** *
69655 GTCCATTTATAGTCACTCAAGGGTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAACTAGATTTATAACTTT
66 ATACATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTTT
69720 TTCATCGATTTTGAATTGAATTTTTTTTGTCTATTATTAAA
131 TTCATCGATTTTGAATTG-ATTTTTTTTGTCTATTATTAAA
* * * * ***
69761 ATAGATCACCATTTCATGTTTGTATTATGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAA
1 ATAGATCACCATTCCATGTATGCATTAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT-GCAAAAAAAA
* * * *
69826 AATAGATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTT
65 AATACATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTT
*
69891 TTTCATCGATTTTTAATTGATTTTTTT
130 TTTCATCGATTTTGAATTGATTTTTTT
69918 ATTTTTTTTA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 25, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 44 0.34
171 8 0.06
172 78 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATAGATCACCATTCCATGTATGCATTAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGCAAAAAAAAA
ATACATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTTT
TTCATCGATTTTGAATTGATTTTTTTTGTCTATTATTAAA
Found at i:69954 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 69678--69996 Score: 433
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
69668 CACTCAAGGG
*
69678 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAACTAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTGAATTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTGAATTGAATTT
* * * * **
69743 TTTTTGTCTATTATTAAAATAGATCACCATTTCATGTTTGTATTATGAAACATGAAGTGAAAGCC
66 TTTTTGTCTATTATTAAAACAGATCACCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
69808 ATCCATTGGCAAAAAAAAAATAGATTTATACTCACCCATGCC
131 ATCCATTGGCAAAAAAAAAATAGATTTATACTCACCCATGCC
* * *
69850 TTCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTTAATTG-ATTT
1 TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTGAATTGAATTT
* * * * * * * * *
69914 TTTTATTTTTTTTATTCATACAGATTATCATTTTATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGC
66 TTTT-TGTCTATTATTAAAACAGATCACCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGC
* *
69979 CATCTATTGGCAACAAAA
130 CATCCATTGGCAAAAAAA
69997 GTCCTCTTAT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 21, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.06
172 117 0.94
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTGAATTGAATTT
TTTTTGTCTATTATTAAAACAGATCACCATTTCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCCATTGGCAAAAAAAAAATAGATTTATACTCACCCATGCC
Found at i:72588 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 72211--73407 Score: 838
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 172
72201 TTATCTATTT
* * * * * * * * **
72211 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGTCTAAAAATTGATAAAAAAGTTATAAATACACTTAAAGCA
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAT-TTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTG
* * * * *
72276 AGTAACAAGGCCTTT-GATGGCATGAGTGGCTAT-AAATGTG-CTTT-TTTGTCAATGGATGGCA
65 AGTAACAAGG-CTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATG-GACTTTGCTTGTCAATGGATGGC-
* ** * * * * * *
72337 TTTT-CTTTAAT-TTTCCCAAAGAAAATATGAAATGATGATCTGATT-
127 TTTTGC-TTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATATG-TTG
* * * *
72382 TAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATTGATGAAGAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGA
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGA
* * * *
72447 GTAACAAGGCTTTTAAAGGCGTGAATGACTATAAAATGGACTTTCCATGTCAATGGATGGCTTTT
66 GTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
72512 GCTTGATGTGTCCTTATGCAAGCATAAAATTCTGATATGTTG
131 GCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATATGTTG
* * * **
72554 TAACCTAAAATGTGAAAGAATTCAATTTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTCAAGTGA
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGA
* * *** * * *
72619 GTAATAAAGCTTTCAAAGATGTGAATGATTATAAAATGGCCTTTGCTTGTCAATGGATGGATTTT
66 GTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCTTTT
*
72684 GCTTCATGTTTCC-T-TGCAAATATCAAATTATGATCTAT-TTG
131 GCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGA--TATGTTG
* * * * *
72725 -AACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAA-TGTACAAATCCACTCAAGGTG
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGT-TATAAATCCACTAAAAGTG
* * * * *** * ** * * **
72788 ACTAACAAAGCCTTCGAAGGCATTTGTGATTAT-AAATGGACTTTTTTATATCAATGAATAACTT
65 AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCT-TGTCAATGGATGGCTT
* ** * * * * * *
72852 TTGCTTCATGTTTGCAAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTT
129 TTGCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATATGTTG
* ** * * **
72896 TAACAAAAAATGT-TGAGCAATTCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGAA
1 TAACCAAAAATGTAAAAG-AATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTG
* * ** *
72960 AGTAACAAGGCTTTCAATGGCATGAATGACTATAACATGGACTTTGCTTACCAATGGATGCCTTT
65 AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * *
73025 TGGTTCATGTTT-CTTGATGTAAACATCAAATTCTGATATGTTT
130 TGCTTCATGTTTCCTT-ATGCAAACATCAAATTATGATATGTTG
* * **
73068 TAATCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTTAAGTGA
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGA
* * * * * **
73133 GTGATAAGGCTTTCAATGGCATGAGAT-AGTATAAAA-AGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTT
66 GTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGA-ATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * ** * * * * *
73196 AGCTCCACGTTTAGTGATGCAAACAACAAGTGATGA-ACTGTTT
130 TGCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATA-TGTTG
* * * * * * * *
73239 TAACTAAAAA--TAAAAAAAATCTAATTTTAAAT-AATTTAAAAAGTAATAAATGCACTTAAAA-
1 TAACCAAAAATGTAAAAGAATTC-AATTTAAAATCGA-TGAAAAAGTTATAAATCCAC-TAAAAG
* * * ** * *
73300 TGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGAGAAT-AAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
63 TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCT
* ** * * * *
73364 TTAGCTTCACATTTCCTGATGCAAAGATCAAATGATGATCTGTT
128 TTTGCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
73408 TTAATGAAAA
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 184, Indels: 59
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 30 0.04
170 282 0.35
171 111 0.14
172 374 0.46
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
TAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGA
GTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATGGCTTTT
GCTTCATGTTTCCTTATGCAAACATCAAATTATGATATGTTG
Found at i:73007 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 72164--73124 Score: 849
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 336
72154 TAAAGGATTG
* * * * * * ** *
72164 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAATAAAAACATGAAAGGATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTGCTTCATGTTTC-AAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATGT-TGAG
* * * *
72229 AATTCAGTCTAAAAATTGATAAAAAAGTTATAAATACACTTAAAGCAAGTAACAAGGCCTTT-GA
64 AATTCAAT-TAAAAATTGATGAAAAAGTTATAAAT-CACTTAAAGAAAGTAACAAGG-CTTTCAA
* * * *
72293 TGGCATGAGTGGCTATAAATGTGCTTT-TTTGTCAATGGATGGCATTTT-CTTTAAT-TTTCCCA
126 TGGCATGAATGACTATAAATG-GCTTTGCTTGTCAATGGATGG-ATTTTGC-TTCATGTTT-CC-
** * * * * * *
72355 AAGAAAATATGAAATGATGATCTGATTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATTGATG
186 TTGAAAATATCAAATTATGATCT-ATTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATG
* * * * * *
72420 AAGAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCGTGAATGACTATAAAATG
250 AAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGACTAACAAAGCCTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATG
* * **
72485 GACTTTCCATGTCAATGGATGG
315 GACTTTCCATATCAATGAATAA
* * ** * * * ** * * * **
72507 CTTTTGCTTGATGTGTCCTTATGCAAGCATAAAATTCTGATATGTTGTAACCTAAAATG-TGAAA
1 CTTTTGCTTCATGT-TTCAAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATGTTG--A
* * ** * * *
72571 GAATTCAATTTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTCAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAA
63 GAATTCAATTAAAAATTGATGAAAAAGTTATAAAT-CACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAAT
*** * *
72636 GATGTGAATGATTATAAAATGGCCTTTGCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTTGC
127 GGCATGAATGACTAT-AAATGG-CTTTGCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTTGA
72701 AAATATCAAATTATGATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
190 AAATATCAAATTATGATCTATTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
* * * * *** *
72766 A-TGTACAAATCCACTCAAGGTGACTAACAAAGCCTTCGAAGGCATTTGTGATTAT-AAATGGAC
254 AGT-TATAAATCCACTAAAAGTGACTAACAAAGCCTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGAC
**
72829 TTTTTTATATCAATGAATAA
318 -TTTCCATATCAATGAATAA
72849 CTTTTGCTTCATGTTTGCAAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATGTTGAGC
1 CTTTTGCTTCATGTTT-CAAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATGTTGAG-
* *
72914 AATTCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAATG
64 AATTCAATTAAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATC-ACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAATG
** ** *
72979 GCATGAATGACTATAACATGGACTTTGCTTACCAATGGATGCCTTTTGGTTCATGTTT-CTTGAT
128 GCATGAATGACTATAA-ATGG-CTTTGCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTTGA-
* * * * * *
73043 GTAAACATCAAATTCTGATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAA
190 --AAATATCAAATTATGATCT-ATTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAA
73108 AAAGTTATAAATCCACT
252 AAAGTTATAAATCCACT
73125 TTAAGTGAGT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 110, Indels: 43
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 27 0.06
342 300 0.62
343 68 0.14
344 87 0.18
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (336 bp):
CTTTTGCTTCATGTTTCAAATGAAAACATGAAATGATGATCTATTTTAACAAAAAATGTTGAGAA
TTCAATTAAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAATGGCA
TGAATGACTATAAATGGCTTTGCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTTGAAAATAT
CAAATTATGATCTATTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATA
AATCCACTAAAAGTGACTAACAAAGCCTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATGGACTTTCCATA
TCAATGAATAA
Found at i:73339 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 72353--73346 Score: 1160
Period size: 514 Copynumber: 1.9 Consensus size: 513
72343 TTAATTTTCC
* * * *
72353 CAAAGAAAATATGAAATGATGATCTGATTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATTGA
1 CAAAGAAAACATGAAATGATGATCTGATTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATCGA
* ** * *
72418 TGAAGAAGTTATAAATCCACTAAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCGTGAATGACTATAAAA
66 TGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAA
** * * *
72483 TGGACTTTCCATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTGATGTGTCCTTATGCAAGCATAAAATTCTGAT
131 TGGACTTTCCATACCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTGTCCTTATGCAAACATAAAATTCTGAT
* * * *
72548 ATGTTGTAACCTAAAATGTGAAAGAATTCAATTTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTC
196 ATGTTGTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTC
* * * *
72613 AAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGATGTGAATGATTATAAAATGGCCTTTGCTTGTCAATGGATG
261 AAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGATGAGAATGAGTATAAAATAGACTTTGCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * *
72678 GATTTTGCTTCATGTTTCCTTGCAAATATCAAATTATGATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAAA
326 GATTTAGCTCCACGTTTACTTGCAAACAACAAATGATGAACTATTTGAACCAAAAATATAAAAAA
* ** *
72743 ATTCAATTTAAAATCGATGAAAAATGTACAAATCCACTCAAGGTGACTAACAAAGCCTTCGAAGG
391 ATTCAATTTAAAATCAATGAAAAATGTACAAATCCACTCAAAATGACTAACAAAGCCTTCAAAGG
** ** *
72808 CATTTGTGATTATAAATGGACTTTTTTATATCAATGAATAACTTTTGCTTCATGTTTG
456 CATGAGTGAGAATAAATGAACTTTTTTATATCAATGAATAACTTTTGCTTCATGTTTG
** *
72866 CAAATGAAAACATGAAATGATGATCT-ATTTTAACAAAAAATGTTGAGCAATTCAATTAAAAATC
1 CAAA-GAAAACATGAAATGATGATCTGA-TTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATC
* *
72930 GATGAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAATGGCATGAATGACTATAA
64 GATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAA
* * * * * * *
72995 CATGGACTTTGCTTACCAATGGATGCCTTTTGGTTCATGT-TTCTTGATGTAAACATCAAATTCT
129 AATGGACTTTCCATACCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTGTCCTT-ATGCAAACATAAAATTCT
* *
73059 GATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCAC
193 GATATGTTGTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * **
73124 TTTAAGTGAGTGATAAGGCTTTCAATGGCATGAG-AT-AGTATAAAA-AGACTTTTTTTGTCAAT
258 TTCAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAA-AG-ATGAGAATGAGTATAAAATAGACTTTGCTTGTCAAT
* * * * * *
73186 GGATGGCTTTAGCTCCACGTTTAGTGATGCAAACAACAAGTGATGAACTGTTTTAACTAAAAATA
321 GGATGGATTTAGCTCCACGTTTACT--TGCAAACAACAAATGATGAACTATTTGAACCAAAAATA
* * * * * * *
73251 -AAAAAAA-TCTAATTTTAAAT-AATTTAAAAA-GTAATAAATGCACTTAAAATGAGTAACAAGG
384 TAAAAAAATTC-AATTTAAAATCAA-TGAAAAATGT-ACAAATCCACTCAAAATGACTAACAAAG
* * *
73312 CTTTTAAAGGTATGAGTGAGAATAAATGAACTTTT
446 CCTTCAAAGGCATGAGTGAGAATAAATGAACTTTT
73347 CTTGTCAATG
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 75, Indels: 19
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 46 0.12
514 313 0.79
515 33 0.08
516 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (513 bp):
CAAAGAAAACATGAAATGATGATCTGATTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAATTAAAAATCGA
TGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAA
TGGACTTTCCATACCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTGTCCTTATGCAAACATAAAATTCTGAT
ATGTTGTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTC
AAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGATGAGAATGAGTATAAAATAGACTTTGCTTGTCAATGGATG
GATTTAGCTCCACGTTTACTTGCAAACAACAAATGATGAACTATTTGAACCAAAAATATAAAAAA
ATTCAATTTAAAATCAATGAAAAATGTACAAATCCACTCAAAATGACTAACAAAGCCTTCAAAGG
CATGAGTGAGAATAAATGAACTTTTTTATATCAATGAATAACTTTTGCTTCATGTTTG
Found at i:76888 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 76463--76953 Score: 510
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
76453 AGAAATGGAT
* * * * ** * * * *
76463 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGTTTCCCGATGCGAACATCAAATCATGATCTATT
1 TTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTACTACATATCTCCCAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTT
* *
76528 TTAA-TCAAAAAAGTAAAAATAATATTCAATTTAAAAATATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAA
66 TTAACT-AAAAAAGT-AAAA-AA-ATTCAAGTTAAAAATATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAA
* *
76592 ACGGAGTAAGATGGAGTAAGAAAGCTTTCAAGGCATGAATGAGTAAAACTAGAC
127 ACGGAGTAAGATGGAGTAAAAAAGCTTTCAAGGCATGAATGACTAAAACTAGAC
* * * * *
76646 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTT
1 TTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTACTACATATCTCCCAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTT
* *
76711 TTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTATTTATAAAGTTATAATTCCACTTAAA-GA
66 TTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAAGTTAAAAATATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAACG-
* * *
76775 GAGTAAGATGGAG-AAAAAAGGCTTTCAAAGTCATGAGTGACTATAAA-TGGAC
130 GAGTAAGATGGAGTAAAAAA-GCTTTC-AAGGCATGAATGACTA-AAACTAGAC
* *
76827 TTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTACACTACAT-TCT-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
1 TTTTCTTATCAATAGATGGCTTTT--ACTACATATCTCCCAATGCAAACATCAAATCATGATCTG
* * * * * * * * *
76890 TTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AATTTTAAAATCTATAAAAAATTTATAAATCCACTTAA
64 TTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAT-TCAAGTTAAAAATAT-TTATAAAGTTATAAATCCACTTAA
76954 GGCGAATAAC
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 32, Indels: 19
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
180 57 0.21
181 96 0.36
182 30 0.11
183 77 0.29
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (180 bp):
TTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTACTACATATCTCCCAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTT
TTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAAGTTAAAAATATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAACGG
AGTAAGATGGAGTAAAAAAGCTTTCAAGGCATGAATGACTAAAACTAGAC
Found at i:77520 original size:172 final size:165
Alignment explanation
Indices: 76807--78328 Score: 635
Period size: 172 Copynumber: 8.9 Consensus size: 165
76797 TTTCAAAGTC
* * * * * * *
76807 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTAC-AC-TACATTCTCCAATGC
1 ATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATA-TTTCT-CAATGC
* * * ***
76870 AAACATCAAATTATGATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AATTTTAAAATCTATAAA
62 AAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAAT-TCAA-TTT-AAATC-ATTTT
* *** * *
76934 AAATTTATAAATCCACTTAAGGCGAATAACAAGGCTT-TCGAAGGC
122 AAAGTTATAAATCCACTTAA-AATAATAACAAGGCTTCT-AAAGGA
* * * ** * * * * *
76979 ATTAGTAAGTATAAATAGACTTATT-TAATGAATGAATGGCTTTTGGTGCATTTTTGCT-AATGC
1 ATGAGTGACTAT-AATAGACTT-TTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTT-CTCAATGC
* * * *
77042 AAACATCAAATTATGATATGATTTAA-TGAAAACTGTAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTATAA
62 AAACATCAAATTATGATATGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAATTCAATTT-AAATCATTT-TAA
* * **
77106 AGTTATTAATCCACTTAAAGAGAATAACAAGGCTTCCGAAGGA
124 AGTTATAAATCCACTTAAA-ATAATAACAAGGCTTCTAAAGGA
* * * * * * *
77149 ATGAATGATTCTAATAGACTTTTCTTATTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAA
1 ATGAGTGACTATAATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGCAAA
* * * * *
77214 CATGAAATAATGATATGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAATTCAGTTTAAATCA-GTGAAGATGT
65 CATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGA-AAAAAATTCAATTTAAATCATTTTAA-A-GT
* *
77277 CATAAATCCATTTAAAACT-ATAAACAAGGCTTCTAAAGGA
127 TATAAATCCACTTAAAA-TAAT-AACAAGGCTTCTAAAGGA
* * * * * * *
77317 ATTG-GTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAACGAATAGCTTTTGGTTCACATTTCTCGATGCA
1 A-TGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGCA
* * *
77381 AAGATCAAATTATGATATGTTTTAACTGAAAGTGCAAAACAAATTCAATTTAGAATCATTTCTAA
63 AACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATG-AAAA-AAATTCAATTTA-AATCATTT-TAA
* * **
77446 AGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGCC
124 AGTTATAAATCCACTTAAAATAA-TAACAAGGCTTCTAAAGGA
* *
77489 ATGAGTGACAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTGCTTCATAGTTCTCAATGCAA
1 ATGAGTGACTATAA-TAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGCAA
* * * * * *** *
77554 ACATTAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAACTGATGAAAAAC
64 ACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATTCAAT-TTAAA-TCATTTTAAAG
* * * * * * *
77619 TTAAAAAT-GATTTAAATTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGC
126 TTATAAATCCACTTAAAAT-AATAACAAGGCTTCTAAAGGA
* * * * * ** * * * *
77659 ATAAGTAAGTAAAAATTGACTTTT-TTAAGT-AATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCAATGT
1 ATGAGTGACT-ATAATAGACTTTTCTT--GTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGC
* * * * * * ** *
77722 GAACATGAAATGATAATATGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAACGA-TGGATTTAAAATCATTTAA
62 AAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAA-TGAAAAAA--ATTCAATTT-AAATCATTT-T
* ** * * *
77786 AAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGGAACAAGGCTTTTAAGGGC
122 AAAGTTATAAATCCACTTAAAAT-AATAACAAGGCTTCTAAAGGA
* ** * *
77831 ATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TCTTTGCTTCATGTTT-TCCAATGA
1 ATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCT-TTTGCTTCATATTTCT-CAATGC
* * * * * **
77894 AAACATCAAATTATGATATGTTTTTACTAAAAAAAT-AAAAAAAATCAATTTTGAATTAATGAAG
62 AAACATCAAATTATGATATGTTTTAACT--AAAAATGAAAAAAATTCAA-TTTAAATCATTTTA-
* * ** * * * * *
77958 AAGTTATGAATCCCCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAGGGC
123 AAGTTATAAATCCACTTAAA-ATAATAACAAGGCTTCT-AAAGGA
* * * * * * ** * * * *
78002 ATGAGTGAGTAGACATGGATTTTTATTGCCAATGGATAGTTTTTGCTTCACATTTCCCAATGCAA
1 ATGAGTGACTATA-ATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGCAA
* * * * * * * *
78067 TCATCAAATCATGTTCTATTTGAAATAAAAATTTTAAAAAAA-TCAATTTGAAATCATTTATAAA
64 ACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAA--TGAAAAAAATTCAATTT-AAATCATTT-TAAA
* * *
78131 GTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAATAGTAAGAAAGCTT-TCAAAGGT
125 GTTATAAATCCACTT-AA-A-A-T-----A-A-TAACAAGGCTTCT-AAAGGA
* * * * *
78183 ATGAGTGATTGGA-AATAAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTATTGC
1 ATGAGTGACT--ATAATAGACTTTTCTTGTCAA-AAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTC-AATGC
* * * * * *
78246 AGATATTAAATCATGATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT-AATTTAAATTCATTTATAA
62 AAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAAT-GAAAAAAATTCAATTTAAA-TCATTT-TAA
*
78310 AGTTATAAATACACTTAAA
124 AGTTATAAATCCACTTAAA
78329 GAGAGTAAGA
Statistics
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166 2 0.00
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (165 bp):
ATGAGTGACTATAATAGACTTTTCTTGTCAAAAATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAATGCAAAC
ATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAATCATTTTAAAGTTATA
AATCCACTTAAAATAATAACAAGGCTTCTAAAGGA
Found at i:77792 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 76368--78298 Score: 1259
Period size: 342 Copynumber: 5.6 Consensus size: 342
76358 TTATGTTTTG
* * *** *
76368 AATGTAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAGAAGG
1 AATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAACAAGG
* * * * * * * *
76433 CTTTC-AAGGTATAAGTGA-ATAGAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAGGT
66 CTTTCAAAGGCATGAGTGACA-ATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
76496 T-TCCCGATGCGAACATCAAATCATGATCTATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAATAATATTCAATT
130 TCT-CCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATA-T-AAAA-AA-ATTCAATT
* * * * * * *
76559 TAAAAAT-ATTTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAACGGAGTAAGATGGAGTAAGAAAGC-TTTC
190 TAAAACTGA--TGAAAAACTTATAAATCCATTTAAAC----T--GAT----TAACAAGGCTTTTA
* * * * * * *
76621 AAGGCATGAATGAGTA-AAACTAGACTTTTCTT--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCC
243 AAGGCATTAGTAAGTATAAA-TAGACTTTT-TTAAGTCAATGAATGACTTTTGGTTCATATTTCT
* * *
76683 CAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTTTTAACTAAA
306 CAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAA
* * * *
76720 AAAGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTATTTATAAAGTTATAATTCCACTTAAAGAGAGTAAGATG
1 AATGTAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTT-AA-A-A-TAAG-T-
* * * * *
76785 GAGAAAAAAGGCTTTCAAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTT
59 ----AACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTT
* * * * *
76850 TACACTACA--TTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAA
120 T--GCTTCATGTTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * * **
76913 TAT-AATTTTAAAATCT-ATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAGGC-GAATAACAAGGCTTTCGA
183 T-TCAA-TTTAAAA-CTGATGAAAAACTTATAAATCCATTTAA-ACTGATTAACAAGGCTTTTAA
* * * * *
76975 AGGCATTAGTAAGTATAAATAGACTTATTTAA-TGAATGAATGGCTTTTGGTGCATTTTTGCT-A
244 AGGCATTAGTAAGTATAAATAGACTTTTTTAAGTCAATGAATGACTTTTGGTTCATATTT-CTCA
* **
77038 ATGCAAACATCAAATTATGATATGATTTAATGAAA
308 ATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAA
* * * * *
77073 ACTGTAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAAGTTATTAATCCACTTAAAGAGAA-TAACAAG
1 AATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAA-ATAAGTAACAAG
* * * * *** *
77137 GCTTCCGAAGGAATGAATGATTCT-AATAGACTTTTCTTATTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGT
65 GCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
77201 T-TCTCAATGCAAACATGAAATAATGATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAGTTTAAA
130 TCTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAA
* * * ** * * * * * *
77264 TCAG-TGAAGATGTCATAAATCCATTTAAAACT-ATAAACAAGGCTTCTAAAGGAATTGGTGAGT
194 ACTGATGAAAAACTTATAAATCCATTT-AAACTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTAGTAAGT
* * * * *
77327 ATAAATAGACTTTTTT-TGTCAACGAAT-AGCTTTTGGTTCACATTTCTCGATGCAAAGATCAAA
258 ATAAATAGACTTTTTTAAGTCAATGAATGA-CTTTTGGTTCATATTTCTCAATGCAAACATCAAA
**
77390 TTATGATATGTTTTAACTGAA
322 TTATGATATGTTTTAACCAAA
* * * * *
77411 AGTGCAAAACAAATTCAATTTAGAATCATTTCTAAAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAAGAA
1 AATGTAAAA-AAA-TCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAACAA
* * * * *
77476 GGCTTTTAAAGCCATGAGTGACAATAACTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTGCTTCATA
64 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCAT-
* * * *
77541 GTTCT-CAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAA
128 GTTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAA
* * * *
77605 AACTGATGAAAAACTTAAAAAT-GATTTAAATTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTAAGT
193 AACTGATGAAAAACTTATAAATCCATTTAAACTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTAGTAAGT
* * * * * * ** *
77669 AAAAATTGACTTTTTTAAGT-AATGGATGACTTTTGCTTTATGTTTCTCAATGTGAACATGAAAT
258 ATAAATAGACTTTTTTAAGTCAATGAATGACTTTTGGTTCATATTTCTCAATGCAAACATCAAAT
* *
77733 GATAATATGTTTTAACCAAA
323 TATGATATGTTTTAACCAAA
* ** * * * *
77753 AATTTAAAAAACGATGGATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGGAACAA
1 AATGTAAAAAA--ATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAACAA
* * * *
77818 GGCTTTTAAGGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TCTTTGCTTCAT
64 GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCT-TTTGCTTCAT
* * * * * * **
77882 GTTTTCCAATGAAAACATCAAATTATGATATGTTTTTACTAAAAAAATAAAAAAAATCAATTTTG
128 GTTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAA
* * * * * ** * * ** * * *
77947 AATTAATGAAGAAGTTATGAATCCCCTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGAGTGAG
193 AACTGATGAAAAACTTATAAATCCATTTAAA-CTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTAGTAAG
* * * * * * * * * * *
78011 TAGACATGGA--TTTTTATTGCCAATGGAT-AGTTTTTGCTTCACATTTCCCAATGCAATCATCA
257 TATAAATAGACTTTTTTA-AGTCAATGAATGA-CTTTTGGTTCATATTTCTCAATGCAAACATCA
* * * * * **
78073 AATCATGTTCTATTTGAAATAAA
320 AATTATGATATGTTTTAACCAAA
* *
78096 AATTTTAAAAAAATCAATTTGAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAA
1 AA-TGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTT-AA-A-A-T-----A
* * * **** * *
78161 TAGTAAGAAAGCTTTCAAAGGTATGAGTGATTGGAAATAAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTT
56 -AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTT
* * * * * * *
78226 TGCTTCATGTT-TCCTATTGCAGATATTAAATCATGATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
120 TGCTTCATGTTCTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
78290 T-AATTTAAA
184 TCAATTTAAA
78299 TTCATTTATA
Statistics
Matches: 1238, Mismatches: 271, Indels: 141
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 113 0.09
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347 1 0.00
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365 1 0.00
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAACAAGG
CTTTCAAAGGCATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTT
CTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAAC
TGATGAAAAACTTATAAATCCATTTAAACTGATTAACAAGGCTTTTAAAGGCATTAGTAAGTATA
AATAGACTTTTTTAAGTCAATGAATGACTTTTGGTTCATATTTCTCAATGCAAACATCAAATTAT
GATATGTTTTAACCAAA
Found at i:78108 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 77787--78149 Score: 379
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
77777 ATCATTTAAA
* * *
77787 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGGAACAAGGCTTTTAAGGGCATGAGTGACAATAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGGAACAAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACAAGAAATAGACT
* * * ** * * *
77852 TTTCTTGTCAATGGATGGTCTTTGCTTCATGTTTTCCAATGAAAACATCAAATTATGATATGTTT
66 TTTATTGCCAATGGATAGTCTTTGCTTCACATTTCCCAATGAAAACATCAAATCATGATATATTT
** *
77917 TTACTAAAAAAATAAAAAAAATCAATTTTGAATTAATGAAG
131 GAAATAAAAAAATAAAAAAAATCAATTTTGAATTAATGAAG
* * * * * ** * * *
77958 AAGTTATGAATCCCCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGAGTGAGTAGACATGGATT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGGAACAAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACAAGAAATAGACT
* * * * *
78023 TTTATTGCCAATGGATAGTTTTTGCTTCACATTTCCCAATGCAATCATCAAATCATGTTCTATTT
66 TTTATTGCCAATGGATAGTCTTTGCTTCACATTTCCCAATGAAAACATCAAATCATGATATATTT
** * * * *
78088 GAAATAAAAATTTTAAAAAAATCAA-TTTGAAATCATTTATA-
131 GAAATAAAAAAATAAAAAAAATCAATTTTG-AATTAATGA-AG
78129 AAGTTATAAATCCACTTAAAG
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAG
78150 AGAGTAAGAA
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 37, Indels: 4
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 148 0.97
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGGAACAAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACAAGAAATAGACT
TTTATTGCCAATGGATAGTCTTTGCTTCACATTTCCCAATGAAAACATCAAATCATGATATATTT
GAAATAAAAAAATAAAAAAAATCAATTTTGAATTAATGAAG
Found at i:78327 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 78061--78520 Score: 529
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
78051 ACATTTCCCA
* * * * *
78061 ATGC-AATCATCAAATCATGTTCTATTTGAAATAAAAATTTTAAAAAAATCAATTTGAAATCATT
1 ATGCTAAT-ATCAAATCATGATCTATTTTAACTAAAAA-TATAAAAAAATTAATTT-AAATCATT
* *
78125 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAAT-AGTAAGAAAGCTTTCAAAGGTATGAGT
63 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAATGAGGAAGAAAGCTTTCAAAGGCATGAGT
* * * * * ** *
78189 GATTGGAAATAAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCCT-
128 GACTAGAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGACCTTTGC-TCGACATTCCCTG
* * *
78241 ATTGC-AGATATTAAATCATGATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAATTTAAATTCATT
1 A-TGCTA-ATATCAAATCATGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAATTTAAA-TCATT
* * * *
78305 TATAAAGTTATAAATACACTTAAAGAGAGTAAG-AATGAGGGAGAGAGCTTTCGAAGGCATGAGT
63 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAATGAGGAAGAAAGCTTTCAAAGGCATGAGT
* **
78369 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGACCTTTGCTCGACATTCCCTG
128 GACTAGAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGACCTTTGCTCGACATTCCCTG
*
78422 ATGCTAATATCAAATCATGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCATTT
1 ATGCTAATATCAAATCATGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT-AATTT-AAATCATTT
* *
78487 AAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAAGAA
64 ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAAGAA
78521 GGCTTTCAAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 32, Indels: 20
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.03
180 155 0.65
181 67 0.28
182 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (180 bp):
ATGCTAATATCAAATCATGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAATTTAAATCATTTAT
AAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAATGAGGAAGAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
TAGAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGACCTTTGCTCGACATTCCCTG
Found at i:78762 original size:367 final size:367
Alignment explanation
Indices: 78281--78944 Score: 890
Period size: 367 Copynumber: 1.8 Consensus size: 367
78271 ACTAAAAATA
* * * *
78281 TAAAAAAATTAATTTAAATTCATTTATAAAGTTATAAATACACTTAAAGAGAGTAAGAATGAGGG
1 TAAAAAAATTAATTTAAAATCAGTTATAAAGTTATAAATACACTTAAAAAGAATAAGAATGAGGG
78346 AGAGAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGACCTTT-GC-
66 AGAGAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATG-CCTTTCGCT
* * * *
78409 TCGACATTCCCTGATGCTAATATCAAATCATGATCTATTTTA-ACTAAAAATATAAAAATATTCA
130 TC-ACATTCCCTGATGCAAACATCAAATCATGACCTATTTTAGAC-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * **
78473 ATTTAAAATCATTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAGAAGGCT-TTCAAAGTGTGA
193 ATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAAGCTATTCAAAGAATGA
*
78537 GTGAGTAGAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATAGCTTTTTTTCTATGTTTACCAATTCAAACAT
258 GTGAGTAAAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATAGCTTTTTTTCTATGTTTACCAATTCAAACAT
78602 CAAATCATGATCTATGTTATAAAGTTATAAAGTTCAATTTCTATG
323 CAAATCATGATCTATGTTATAAAGTTATAAAGTTCAATTTCTATG
* *
78647 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAAAGAATGAG-ATGGAG
1 TAAAAAAATT-AATTTAAAATCAGTTATAAAGTTATAAATACACTTAAAAAGAATAAGAAT-GAG
* * * *
78711 TGAGA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTCG
64 GGAGAGA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGCCTTTCG
* * * * **
78775 CTTCACATTTCTTGATGCAAACATCAAATGATGACCTTTTTTAGACAAAAATATAAAAAAATTTG
128 CTTCACATTCCCTGATGCAAACATCAAATCATGACCTATTTTAGACAAAAATATAAAAAAATTCA
* * ** * *
78840 ATTTTAAATAATTTATAAAGTTATAAATCCACTCAAAGTGAGTAACAAAGCTATTGAAGGAATGA
193 ATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAAGCTATTCAAAGAATGA
* * * *
78905 GTGAGTAAAAATGGGCTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTT
258 GTGAGTAAAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATAGCTTTT
78945 GCTTCATGTT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 38, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
366 17 0.07
367 189 0.75
368 47 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (367 bp):
TAAAAAAATTAATTTAAAATCAGTTATAAAGTTATAAATACACTTAAAAAGAATAAGAATGAGGG
AGAGAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGCCTTTCGCTT
CACATTCCCTGATGCAAACATCAAATCATGACCTATTTTAGACAAAAATATAAAAAAATTCAATT
TAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAAGCTATTCAAAGAATGAGTG
AGTAAAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATAGCTTTTTTTCTATGTTTACCAATTCAAACATCAA
ATCATGATCTATGTTATAAAGTTATAAAGTTCAATTTCTATG
Found at i:79397 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 79182--81528 Score: 1735
Period size: 172 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
79172 AGTTAGAAGG
* * * * *
79182 AGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTGAATAGATGGCTTTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * *
79247 GCTTCACG-TTCCTAGATGCAAATATCAAATTATGATATGTTTTAA-CAAAATATGTAAAAAAAT
66 GCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAAT
*
79310 TCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTA
130 TCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * *
79353 AGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAGAAATAGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTTTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
79418 G-TCTCATGTTTCCTA-ATGTAAACATCAAATCATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAATAT
66 GCT-TCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
79481 TCAATTTAAAATCATCTACAAAGTTATAAATCCACTTAAAAAGAGTAGAA
130 TCAATTTAAAATCAT-GAAAAAGTTATAAATCCACTT----A-A--AGCA
* * * * * *
79531 TGGAGTAAAAAGGCTTTC-ATAGGTATGAGTTG-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGG
1 ---AGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAG-TGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * * * *
79594 CTTTGGCTTCATGTTT-TTCGATGCAAACATCAAATGATGACCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAA
61 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
79658 CAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATTCACTTAAAGCG
126 AAATTCAATTTAAAATCA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
** ** * * * * *
79705 AGTAA-AGAAACTTTTTTAATGCATGAGTGAGTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTT
1 AGTAACA-AGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * * ** * * **
79769 TTCCTTTATGTTTCCCA-ATGTAAACATGAAATGATGGTCAATTGTAA-GAACAAACATAAAAAC
64 TTGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAA-
* * * *
79832 AA-TCTACTTAAAATCATTTAAAAAGTGATAAATCCACTTAAAGCA
127 AATTCAATTTAAAATCA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
** * * * * * * * * *
79877 AACAACAATGCTTTCAAAAGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTC
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
79942 GCTTCACGTTT-CTTGATGCAAACA-CAAAATGATGGTCTATTTTAACC-AAAATATAAAAAAAT
66 GCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATC-AAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** * * *
80004 TTTATCTAAAATCGATGAAAAAGTTATAGATCCA-TTCAAAACA
130 TCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGCA
* * **
80047 AGTAACAAGGTCTTT-GAAGGCATGAGTG-GCTATAAAT-GTGCTCTATT-TTATCAATGGACAG
1 AGTAACAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGAG-TATAAATAG-ACT-T-TTCTTGTCAATGGATGG
* * * * ** *
80108 CTTTTGTTTCATGTTTTCTA-ATG-ACAATATGAAATGATGATCTAATTTAACTAAAAATGTAAA
61 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAGATGCA-AACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
80171 ACAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCG
125 AAAATTCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * * * * * * *
80219 AGTAACAAGGCTTTCCAAGACGTGAATCACTATAAAATAGACTTTGCTTATCAATGGATGGATTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAT-AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
80284 TTCTTTATGTTTCC-AGATGCAAACATCAAATTCA-GATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAG
65 TGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAA-TGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
80347 TTCAATTTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
129 TTCAATTTAAAA-TCATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * * * * * *
80391 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATACAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAGGGATTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATA-AATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
** * * * * * * *
80456 TGCTTCATGTTTCCT-CTTGCAAACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAACT
65 TGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
80520 TTAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG
130 TCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * * * * * * *
80563 ACTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATATATAGACTTTT-TATGTAAATGGATAGCTTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTT
* * * * ***
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65 TGCTTCATGTTT-CCTAGATGCAA-ACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
80689 ATTCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCA-TTAAAAG-A
128 ATTCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGCA
* * * * * * * *
80733 GAGTAACAAGGCTTTCAAAGACATGAATGACTATAACATAGACTTTGCTTGCCACTAGATGGCTT
1 -AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAA-ATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * ** * *
80798 TAAG-TTCATGTTTCCT-GATGCAAACATCCAATTCTGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGA
64 T-TGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * ***
80861 ATTCAATTTAAAAGCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTCAAATTG
128 ATTCAATTTAAAATC-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * *
80906 AGTGACAAGGCTTTCG-AGGACATGAGGGAGTATAAA-AGGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGAGTATAAATA-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* ** * * ** * * * * *
80969 TTGCTCCA-AATTCTTTGATTAAAAAAACAATTGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAA
64 TTGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
81033 -TCTAATTTCAAATCATTTAAAAAGTAATAAATGCACTTAAAGCA
129 TTC-AATTTAAAATCA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * * * *
81077 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTAAGTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGCCTTTC
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
*
81142 ACTTCATGTTTCAC-A-ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAA-CAAATAATGTCAAAGAA
66 GCTTCATGTTTC-CTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAA-AATGT-AAA-AA
* * * *
81204 AAATCAATTTAAAATCAT-ATATAAAGTTATAAATCTATTTAAAGCG
127 AATTCAATTTAAAATCATGA-A-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
* * * *
81250 AGTAAAAAGGCTTTC-AAGGCCA-GAGTGTGTAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
1 AGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * * **
81313 TGCTTCATGCTTCCCA-ATGCGAACATCAAATCATGATCTTTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAT
65 TGCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
81377 TCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGGGAGTA
130 TCAATTTAAAATCA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AA---AGCA
* * *
81424 AGATGGAGCAAGAAAGCTTTC-AAGGCATGAGTGAGTAGAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATG
1 AG-T--AACAAG---GCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * *
81488 ACTTTCGATTCATGTTT-CTCAG-TGCAAACATCAAATAATGA
60 GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AGATGCAAACATCAAATGATGA
81529 CAGCTTATTG
Statistics
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GCTTCATGTTTCCTAGATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
CAATTTAAAATCATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA
Found at i:80720 original size:515 final size:514
Alignment explanation
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79841 AAAATCATTT
* * *
79851 AAAAAGTGATAAATCCACTTAAAGCAAACAACAATGCTTTCAAAAGTATGAATGACTATAAATGG
1 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAACAACAAAGCTTTCAAAAGCATGAATGACTATAAATGG
* * * * * **
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66 ACTTTTCTTGTCAATGGAGGGATTTCGCTTCACGTTTCCTCATGCAAACACAAAATGATAATCTA
* *
79981 TTTTAACCAAAATATAAAAAAATTTTATCTAAAATCGATGAAAAAGTTATAGATCCATTCAAAAC
131 TTTTAACCAAAATATAAAAAAATTTAATCTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCATTCAAAAC
* * * * * * * * *
80046 AAGTAACAAGGTCTTTGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGTGCTCTATTTTATCAATGGACAGCTT
196 AACTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATAAATGTACTCTATTTTATAAATGGACAGCTT
* * * * *
80111 TTGTTTCATGTTTTCTAATGACAATATGAAATGATGATCTAATTTAACTAAAAATGTAAAACAAT
261 TTGTTTCACGTTTGCCAATGACAACATGAAATGATGATCTAATTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
* * * *
80176 TCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCCAAGACG
326 TCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACA
* * ** *
80241 TGAATCACTATAAAATAGACTTTGCTTATCAATGGATGGATTTTTCTTTATGTTTCCAGATGCAA
391 TGAATCACTATAAAATAGACTTTGCTTACCAATAGATGGATTTAACTTCATGTTTCCAGATGCAA
* ***
80306 ACATCAAATTCAGATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAGTTCAATTTAAAATTGATG
456 ACATCAAATTCAGATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAAGCAATG
** * *
80365 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATACAATG
1 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAACAACAAAGCTTTCAAAAGCATGAATGACTATA-AATG
* * * ** *
80430 GACTTTTCTTGTCAATGGAGGGATTTTGCTTCATGTTTCCTCTTGCAAACATTAAATTATAATCT
65 GACTTTTCTTGTCAATGGAGGGATTTCGCTTCACGTTTCCTCATGCAAACACAAAATGATAATCT
* *
80495 ATTTTAACCAAAACTATAAAAAACTTTAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AA
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* * * * *
80559 AGCGACTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATATATAG-ACT-T-TTTATGTAAATGGAT
193 AACAACTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATAAAT-GTACTCTATTT-TATAAATGGAC
*
80621 AGCTTTTGCTTT-ACGTTTGCCAATGA-ATACATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAAAATGTA
256 AGCTTTTG-TTTCACGTTTGCCAATGACA-ACATGAAATGATGATCTAATTTAACCAAAAATGTA
* * *
80684 AAGCCATTCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCATTAAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC
319 AAACAATTCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * *
80749 AAAGACATGAATGACTATAACATAGACTTTGCTTGCCACTAGATGGCTTTAAGTTCATGTTTCCT
384 AAAGACATGAATCACTATAAAATAGACTTTGCTTACCAATAGATGGATTTAACTTCATGTTTCCA
* * *
80814 GATGCAAACATCCAATTCTGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAAGCAAT
449 GATGCAAACATCAAATTCAGATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAAGCAAT
80879 G
514 G
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1 AAAAAGTTATAAATCCACT
80899 CAAATTGAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (514 bp):
AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAACAACAAAGCTTTCAAAAGCATGAATGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGTCAATGGAGGGATTTCGCTTCACGTTTCCTCATGCAAACACAAAATGATAATCTA
TTTTAACCAAAATATAAAAAAATTTAATCTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCATTCAAAAC
AACTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATAAATGTACTCTATTTTATAAATGGACAGCTT
TTGTTTCACGTTTGCCAATGACAACATGAAATGATGATCTAATTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
TCAATTAAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACA
TGAATCACTATAAAATAGACTTTGCTTACCAATAGATGGATTTAACTTCATGTTTCCAGATGCAA
ACATCAAATTCAGATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAATTTAAAAGCAATG
Found at i:80750 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 78982--81417 Score: 1717
Period size: 343 Copynumber: 7.1 Consensus size: 338
78972 AATGATGATT
* * * * *
78982 AGTTATAAATCCACTTAAAGCGAG-AAAAAGGCTTTCAAAGGCACGAATGGCTATAAATGAACTT
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTT
* * * * *
79046 TTCTTATCAATGGATGTCTTTTGTT-TTGTGTTTCTCGATGTAAACATGAAATGATGATCTATGT
65 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGTTCATGT-TTCCTC-ATGTAAACATGAAATGATGATCTATTT
* * *
79110 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAA--TAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGA
128 TAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA
* * * * * *
79173 GTTAGAAGGAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTGAATAG
192 -CT---A--A--CA-AA-GCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * *
79238 ATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCTAGATGCAAATATCAAATTATGATATGTTTTAA-CAAAATATG
247 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-A-ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATG
79301 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
309 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
* * * * * *
79331 AGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAGAAATAGACTT
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
79396 TTTTTGTCAATGGATGACTTTTGTCTCATGTTTCCTAATGTAAACATCAAATCATGATCTGTTTT
65 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TCATGTTTCCTCATGTAAACATGAAATGATGATCTATTTT
* * *
79461 AATCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATC-ATCTACAAAGTTATAAATCCACTTAAAAAGA
129 AACCAAAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCGAT-GAAAAAGTTATAAATCCACTT---AA-A
* * * * * * * *
79525 GTAGAATGGAGTAAAAAGGCTTTCATAGGTATGAGTTG-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATA
188 G-CGACT--A--ACAAA-GCTTTCAAAGGCATAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * * * * *
79589 GATGGCTTTGGCTTCATGTTTTTCGATGCAAACATCAAATGATGACCTGTTTTAGCCAAAAATAT
246 GATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
79654 AAAACAATTCAATTTAAAATC-ATTTATAA
310 AAAAAAATTCAATTTAAAATCGA-TGAAAA
* * ** ** * * * *
79683 AGTTATAAATTCACTTAAAGCGAGTAA-AGAAACTTTTTTAATGCATGAGTGAGTAGAAATGGAC
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACA-AGGC-TTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGAC
* * * * * *
79747 TTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTCCTTTATGTTTCC-CAATGTAAACATGAAATGATGGTCAAT
63 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GTTCATGTTTCCTC-ATGTAAACATGAAATGATGATCTAT
* * * * * * * *
79811 TGTAA-GAACAAACATAAAAACAATCTACTTAAAATC-ATTTAAAAAGTGATAAATCCACTTAAA
126 TTTAACCAA-AAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * *
79874 GCAAAC-AACAATGCTTTCAAAAGTATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGG
188 GC-GACTAACAAAGCTTTCAAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* ** * * *
79937 CTTTCGCTTCACGTTTCTTGATGCAAACA-CAAAATGATGGTCTATTTTAACC-AAAATATAAAA
251 CTTTTGCTTCACGTTTC-CAATGCAAACATC-AAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
** *
80000 AAATTTTATCTAAAATCGATGAAAA
314 AAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
* * * * *
80025 AGTTATAGATCCA-TTCAAAACAAGTAACAAGGTCTTT-GAAGGCATGAGTGGCTATAAATGTG-
1 AGTTATAAATCCACTT--AAAGAAGTAACAAGG-CTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATG-GA
* ** * * *
80087 CTCTATT-TTATCAATGGACAGCTTTTGTTTCATGTTTTCTAATG-ACAATATGAAATGATGATC
62 CT-T-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-TTCATGTTTCCTCATGTA-AACATGAAATGATGATC
* * * *
80150 TAATTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTAAA
123 TATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
* * * * * * * * *
80215 AGCGAGTAACAAGGCTTTCCAAGACGTGAA-TCACTATAAAATAGACTTTGCTTATCAATGGATG
187 AGCGACTAACAAAGCTTTCAAAGGCAT-AAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
80279 GATTTTTCTTTATGTTTCCAGATGCAAACATCAAATTCA-GATATGTTTTAACCAAAAATGCAAA
250 GCTTTTGCTTCACGTTTCCA-ATGCAAACATCAAA-TGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
80343 AGAGTTCAATTTAAAATTGATGAAAA
313 AAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAA
* *
80369 AGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATACAATGGACT
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATA-AATGGACT
* * * * * * *
80434 TTTCTTGTCAATGGAGGGATTTTGCTTCATGTTTCCTCTTGCAAACATTAAATTATAATCTATTT
64 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-TTCATGTTTCCTCATGTAAACATGAAATGATGATCTATTT
* *
80499 TAACCAAAACTATAAAAAACTTTAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA
128 TAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA
* * * * * * *
80564 CTAACAAAGCCTTCGAAGCCATAAGTGACTATATATAGACTTTT-TATGTAAATGGATAGCTTTT
192 CTAACAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTT
* * * ***
80628 GCTTTACGTTTGCCAATG-AATACATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAGCCATT
256 GCTTCACGTTT-CCAATGCAA-ACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
*
80692 CAATTAAAAATCGATGAAAA
319 CAATTTAAAATCGATGAAAA
* *
80712 AGTTATAAATCCA-TTAAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACATGAATGACTATAACATAGAC
1 AGTTATAAATCCACTT-AAAGA-AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAA-ATGGAC
* * * * * * * ** ** * *
80776 TTTGCTTGCCACTAGATGGCTTTAAGTTCATGTTTCCTGATGCAAACATCCAATTCTGATATGTT
63 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGTTCATGTTTCCTCATGTAAACATGAAATGATGATCTATT
* * * * **
80841 TTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAAGCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTCAAATTG
127 TTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG
* * * * * * * * * *
80906 AGTGACAAGGCTTTC-GAGGACATGAGGGAGTATAAAAGGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
191 ACTAACAAAGCTTTCAAAGG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* ** *** ** * * * * *
80970 TGCTCCAAATTCTTTGATTAAAAAAACAATTGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAA-T
255 TGCTTCACGTT-TCCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
81034 CTAATTTCAAATC-ATTTAAAA
319 C-AATTTAAAATCGA-TGAAAA
* * * * * * * * *
81055 AGTAATAAATGCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTAAGTATAAATTGACTT
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
81120 TTCTTGTCAATGGATGCCTTTCACTTCATGTTTCAC-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTT
65 TTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGTTCATGTTTC-CTCATGTAAACATGAAATGATGATCTATTT
* * * *
81184 TAA-CAAATAATGTCAAAGAAAAATCAATTTAAAATC-AT-ATATAAAGTTATAAATCTATTTAA
128 TAACCAAA-AATAT--AA-AAAATTCAATTTAAAATCGATGA-A-AAAGTTATAAATCCACTTAA
* * ** *
81246 AGCGAGTAA-AAAGGCTTTC-AAGGCCA-GAGTGTGTAAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
187 AGCGACTAACAAA-GCTTTCAAAGG-CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * **
81308 GCTTTTGCTTCATGCTTCCCAATGCGAACATCAAATCATGATCTTTTTTAATTAAAAATGTAAAA
250 GCTTTTGCTTCACG-TTTCCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* *
81373 AAATTCAATTTAAAATC-ATTTATAA
314 AAATTCAATTTAAAATCGA-TGAAAA
*
81398 AGTTATAAATCTACTTAAAG
1 AGTTATAAATCCACTTAAAG
81418 GGAGTAAGAT
Statistics
Matches: 1661, Mismatches: 342, Indels: 174
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 28 0.02
342 251 0.15
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (338 bp):
AGTTATAAATCCACTTAAAGAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTT
TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGTTCATGTTTCCTCATGTAAACATGAAATGATGATCTATTTTAA
CCAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGACTAA
CAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTA
AAATCGATGAAAA
Found at i:81952 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 81553--86509 Score: 3616
Period size: 170 Copynumber: 29.1 Consensus size: 170
81543 AAGCCTAATT
* * * * * * *
81553 AATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAGTTG----TT-TTAT
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * * * * *
81613 CCATGGGTGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGATGCAAACATCAAATTATCATCTGTTTGAACC-AA
66 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* *
81677 AA--TAAAAAAGTCAATTTTAAAA-CAATTA-AAAAGTTATA
131 AATGTAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTATAAAA-TTATA
* * * * * *
81715 AATCCAC-TAAAAATGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTG
1 AATCCACTTAAAGA-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * * * * *
81779 TCAATGGATGGCTTTTGTTTTAGGTTGCCCAATGCAAACATCAAATTATAATATGTTTTAACCAA
65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA
* *
81844 AAATGTAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAAATTATG
130 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * * *
81885 AATCCACTTAATGAGAGTAAGAAGGC-TTCAGAAGGCATGATTGACTGTAAATTGACATTTCTTG
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* ** *
81949 TCAATTGACTATAAAGGCTTCAAAAAGGCCTTTCCCCCACGTTTCTCAATGCAAACAAT-AAATT
65 TCAA-TG--GAT---GGCTT-----TTG-C-TT----CACGTTTCCCAATGCAAAC-ATCAAATT
* * * * **
82013 ATGATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATAGATGAAT-AAATTATA
112 ATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAAT-CATTTATAAAATTATA
* * * *
82074 AATCCACTTAAAGTACGTAGT-A-AA-GCTTTCAAAGGCATTAATGAGTATAAATTGACCTTTT-
1 AATCCACTTAAAG-A-G-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGA-CTTTTC
* * * * * * * *
82135 TTGTTAATGAATGACTTTTG-TTGCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTAGGACCTGATTTAA
62 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA
* * **
82199 CGAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATAATTTATAAAGCTATA
126 CCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * * * * * *
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* * *
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** * * * ** * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCT-
* * * * * ** * ** *
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* *
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* ** * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * * ** * **
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66 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* * *
82715 AATGTGAAAAAAATAAATTTAAAATCACTTA-AAAAGTTATA
131 AATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA-TTATA
* * * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * * * * *
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* *
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130 AAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTG
** * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTG
* * * * * *
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65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA
** * * * *
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130 AAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * ** * *
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* *
83393 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAAGTTATA
130 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * ** * *
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1 AATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGAC-TTTTCTT
* * * * * * * *
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*
83560 CAAAAATATAAAAACATT-AATTTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATA
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* * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * ** * *
83670 TAATGGATGGGTTTTGCTTCACGTTT-CTTATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAA
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* * * *
83734 ATTTTAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATAAAGTTATA
131 AATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * ** * * * *
83774 AATCCCCTTAAAGAAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGTATTAGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGT
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * * * * *
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* *
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130 AAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATC-ATTTATAA-AATTATA
* * * * * **
83945 TATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTCGAAAGCATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGT
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * * * * *
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66 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
84074 AATGTAAAACATTCCATTTAAAATCATTGA-AAATGTTATA
131 AATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAA-ATTATA
** * * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG-
* * ** * * *
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65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA
* *
84243 AAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATA
130 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * * * * *
84284 AGTCCACTTAAA-ATAAGTAAGAAGG-TATCCGAAGGTATGAGTGACTATGAA-TGAACTTTTCT
1 AATCCACTTAAAGA-GAGTAACAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCT
* * * * * *
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63 TGTCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC
* * * *
84410 CAAAAATTTTAACAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATA
127 CAAAAA-TGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
** * ** * * *
84455 CCTCCACTTAAA-ACGAGTAAAAAGGCTTTAAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTA
1 AATCCACTTAAAGA-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * ** ** * *
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* * *
84583 AAATGTAAACAAATTCAATCTAAAATCAATGA-AAAACTTATA
130 AAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA-TTATA
* ** * ** * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * * * * * * * ** *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTG
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* * *
84920 AAAAATATAAAAGAATTCAATTGAAAATCATTTA-AAAGGTTATA
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA-AATT-GACTTTTCTT
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* *
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* * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * * * * **
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* * **
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* * * * *
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1 AATCCACTTAAA-GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGAC-TTTTCTT
* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATTG-ACTTTTCTT
* * * * * *
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* * * * *
85773 AAAATGCAAAAAAATCAATTTAAAGTTATTTA-AAAAGCTATA
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1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* * * ** * *
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* * * *
85945 AAAGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATAAAGTTGTA
131 AATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
* * *** * *
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1 AATCCACT-TAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTG
* * * * * * ** * *
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65 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCA
* * *
86114 AAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGA-TGATAAAGTTATA
129 AAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTATAAAATTATA
* * * * * * *
86157 AATCCAATTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGCCAATAAGTGGAC-TTTCTTGT
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGT
* ** ** * * * *
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* * *
86286 AATTTAAAAAAATTTAATTTAAAATTATTTATAAAATTATA
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* * * * * * * *
86327 AATCCACTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTC-ACCGGCATTAGTCACTATAAATGGACTTTTTTTT
1 AATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATTGAC-TTTTCTT
* * * * * * * * * * *
86391 AATTAATAGATGGTTTTTTCTTCAAGTTTCCTAATGCGAACATCAAATTATGATATGTTTTGAGC
64 -GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACC
* *
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*
86501 AATCGACTT
1 AATCCACTT
86510 TTAGTGAATG
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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AATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATA
Found at i:82644 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 81553--87486 Score: 3833
Period size: 341 Copynumber: 17.5 Consensus size: 338
81543 AAGCCTAATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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1 AATCCACTTAAAT--GAGTAACAAGGCTTTCA-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* **
81948 GTCAATTGACTATAAAGGCTTCAAAAAGGCCTTTCCCCCACGTTTCTCAATGCAAACAAT-AAAT
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* * * * * * *
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110 GATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTTAA-AAGTTATAAA
** * * * * * * * *
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171 TCCACTTAAAGCTA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGA-ATTTTTTTTA
* * * * * *
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233 TCAATAG-ATGGCTTTTGCTT-CATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT
* * *
82201 AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATAATTTATAAAGCTATA
296 AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * * *
82244 AATCCACTTAAA-GAGAATAACAAGGATTTCGAAGGGATGAATGATTGTAAATAGACTTTTCTTC
1 AATCCACTTAAATGAG--TAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
82308 TCAACGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACCAA
64 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAA
* * * *
82373 AAATGTCAAAAATTCCATTTAAAATTGA-TGAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAA
129 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAA
* * ** * *
82437 GGC-TTCTTAAGGTATGAGCGGGTATAAATGAATTTTTTTCTATCAATCGATGGCTTTTACTTCA
192 GGCTTTC-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTT-TATCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * ** *
82501 CATTTCCTAATATAAACATTAAATTATGAAATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGATTCAATTTAA
255 TATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAA
*
82566 AATCGA-TGAAAAAGTTATA
320 AATC-ATTTAAAAAGTTATA
* * * * *
82585 AATACACTTAAATCGAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTACAAATGGACTTTTCTTGT
1 AATCCACTTAAAT-GAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * ** **
82650 CAATGGATGACTTTTGATTCATGTTTCTCAATGTGAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATAAAA
65 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * * * *
82715 AATGTGAAAAAAATAAATTTAAAATCACTTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCGAGTAACATG
130 AATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAG
* * * * **
82780 ACTTTCGAAAGTATGAGTGACTAT-AA-G--TTATTTTGT-TC-ATAGATGGCTTTTACTTCACG
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* * * *
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257 TTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAATTT
*
82901 AAAATCATTTATAAAGTTATA
318 AAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * *
82922 AATCTACTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGCACTTTTTTTG
1 AATCCACTTAAAT--GAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * * * * **
82986 TCAATGGATGGCTTTTATTTTATGTTT-TCTAATACAAACATCAAATCATGATATGTTTTAATAA
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* * * * *
83050 AAAATGTGAAAAGATTCAATTTAAAGTCAATGAAAAGGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGCAAC
128 AAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCT-AGTAAC
* * * * * ** *
83114 AAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTATCAACGGATGCCTTTTGCTTCA
190 AAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * ** * *
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* *
83244 AAGTCATTTATAAAGTTATA
319 AAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * *
83264 AATCCACTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTGAAA-GTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTG
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* * * * * * *
83328 TGAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTATCGATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTT-ACTCA
64 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAAC-CA
* * *
83392 AAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAA
128 AAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAA
* ** * * * * *
83457 GGCTTTC-AAAGTCATTTGTGACTAT-AATGGACTTTTTTTTGTTAATAGATGACTTTTCCTTCA
192 GGCTTTCGAAGGT-ATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCA
* * *
83520 CATTTTCC-AATACTAAA-ATCAAA-TAGTGATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAACATT-AA
255 TA-TTTCCTAATGC-AAACATCAAATTA-TGATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCAA
83580 TTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
315 -TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * *
83605 AATCCATTTAAAGCGATTAACAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * *
83670 TAATGGATGGGTTTTGCTTCACGTTTCT-TATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAA
65 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAA
* * * * ** *
83734 ATTTTAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATAAAGTTATAAATCCCCTTAAAGAAAGTAAGAAGG
130 AATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAGG
** * * * * * * * **
83799 CTTTTAAAGGTATTAGTGACTCTAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATAGATAGCTTCTGCTTCA-CG
194 CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-ATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATAT
* * *
83862 TTCGCTAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAACAATTTAATTTAAA
258 TTC-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAA
*
83927 ATCGA-TGAAAGAA-TTATA
321 ATC-ATTTAAA-AAGTTATA
* * * **
83945 TATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTCGAAA-GCATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTG
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
84009 TCAATGGATTGCTTTGGCTTTATGTTTCTCAATGCAAACATGAAATTATGATCTG-TTTAACTAA
64 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAA
* * * *
84073 AAATGTAAAACATTCCATTTAAAATCATTGAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAA
129 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAG
* * * * * *
84138 GCTTTCGAAGGTATGAGGGAGTATAAATGGAATTTTTTTGACCAATGGATGGC-TTTGCTTCATG
193 GCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATA
* * * * *
84202 TTT-CTGAATGCAAACATCAAATTATGCTCTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCAATTTAAA
257 TTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAA
*
84266 ATCATTTATAAAGTTATA
321 ATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * * * *
84284 AGTCCACTTAAAATAAGTAAGAAGG-TATCCGAAGGTATGAGTGACTATGAATGAACTTTTCTTA
1 AATCCACTT-AAATGAGTAACAAGGCT-TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
84348 TCAATAGG-TGTCTTTTGCATCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCA
64 TCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCA
* * * ** * * *
84412 AAAATTTTAACAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATACCTCCACTTAAAACGAGTAAAA
128 AAAA-TGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACA
** * * * * * *
84477 AGGCTTTAAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGC-TTTGGTTCAT
191 AGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * *
84541 ATTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAATCTAA
256 ATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAA
* * *
84606 AATCAATGAAAAACTTATA
320 AATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * ** * *
84625 AATCCATTTAAAGTTAGTAATAAGGC-TTCTGAAGATATGAGTGAGTAGAAATTGG-CTTTTCTT
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTT
* * * * * * * ** *
84688 TTTAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGATGCAAACATGAAATGATTATCTACTTTAACTA
63 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCA
* *
84753 AAAATGT-AAAAATTCAATTTAAAATCATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAAGAA
128 AAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCT-AGTAACAA
* * * * *
84816 TGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATAGATGGCTTTTGCTTCTTA
192 GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATA
* *
84881 TTT-CTCAATGCAAGA-ATCAAATTATGAT-TTTTTTGAA-TAAAAAATATAAAAGAATTCAATT
257 TTTCCT-AATGCAA-ACATCAAATTATGATCTGTTTT-AACT-AAAAATGTAAAA-AATTCAATT
* *
84942 GAAAATCATTTAAAAGGTTATA
317 TAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * *
84964 AATCCACTTAAACTAAGTAACAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTAT
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * *
85028 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCTATGCGAACATTAAA-GTATGATTTGTTTTAACTAA
65 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATG-ATGATCTGTTTTAACCAA
* * ** *
85092 AAAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATAAAGTTCCAAATCCACTTAAAGAGT-GTAACAA
129 AAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAG-CTAGTAACAA
** ** * * * * * * ** ** *
85155 GGCTTTTAAAGGCGTAAGTG-GTAATAATTGGAGTTTTCTTATCAACGGATAACATTTG-TTCCA
192 GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACT-ATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTT-CA
* * * * * * *
85218 CATTTCCCAATGC-AA-ATTAAATGATGATTTGATTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTA
255 TATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTA
* *
85281 AAATCATTTGAATAGTTATA
319 AAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * *
85301 AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTATT-GAAGGCATGAGTGAATCTAAATGGACTTTTTTTC
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCT-TTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * **
85365 TCAATGGATGGCCTTTGCTTCACGTTT-TCCAAATACAAACATAAAATCATGATCTGTTTTAGTC
64 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-C-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACC
* * * *
85429 AAAAATATAAAAATATTTAATTTAAAAT-AGATAAAAGAGTT-TAAAATCCACTTAAA-CTAAGT
127 AAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCA-TTTAAA-AGTTAT-AAATCCACTTAAAGCT-AGT
* * * * * * *
85491 AACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTTTTCAATGGATGACTTTTGC
187 AACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGC
* * * * * *
85556 TTCATATTTCCTAATCCAAACATCAAATGATCATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATACTTCAA
251 TTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAA
* *
85621 TTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATA
315 TTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * *
85645 AATCCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-GCTTGAGTGAGC-AAAAATGAACTTTTCTT
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
85708 GTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACAGCAAATGATGATTTGTTTTAACTA
63 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCA
* * * * * * * * *
85773 AAAATGCAAAAAAATCAATTTAAAGTTATTTAAAAAGCTATAAATTCACTTAAAGTTAGCAATAA
128 AAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAA
* * * *
85838 GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTAT
192 GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGA-ATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCAT
* ** * *
85902 GTTTCCTAATAAAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTTAA
256 ATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAA
* * *
85967 AATCACTTATAAAGTTGTA
320 AATCATTTAAAAAGTTATA
* * ** *
85986 AATCC-CTCTAAAAAGAGTAAGAAGGCTTTCGAAA-ATATGAGTGACTATATATGGACTTTTCTT
1 AATCCACT-T-AAATGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** * *
86049 GTCAGTAGATGTCTTCTGCTTCATGCTTTCT-AATATAAACATCAAATCATGATATGTTTTAACC
63 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACC
* * *
86113 AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCGA-TGATAAAGTTATAAATCCAATTAAAG-TGAGTA
127 AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCT-AGTA
* * * * * * * * * * *
86176 AAAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGCCAATAAGTGGA-CTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTT
188 ACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * * *
86240 CAAATTT-CTAAATGCAAAGATCAAATTATAATCTATTTTAACCACAAATTTAAAAAAATTTAAT
253 CATATTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAAT
*
86304 TTAAAATTATTTATAAAA-TTATA
316 TTAAAATCATTTA-AAAAGTTATA
* * ** * * *
86327 AATCCACTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTCACCGGCATTAGTCACTATAAATGGACTTTTTTTTA
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTT-
* * * * * * * * * * *
86392 ATTAATAGATGGTTTTTTCTTCAAGTTTC-CTAATGCGAACATCAAATTATGATATGTTTTGAGC
63 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACC
* * **
86456 AAAAATGTAAAACAAATTCAAATTAAAATCATTTATTAAA-TTATAAATCGACTTTTAG-TGAAT
127 AAAAATGT-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTA--AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCT--A-
* * * * * ** **
86519 GTAA-ATGGACTTT------T-T--TTGTCAATAGATG-GCTTTTGCT-TC-AT--A-----TTT
185 GTAACAAGG-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTT
* * ** * * * * *** * * ***
86564 -C-CCA-A-TACAAACAT-C-AA-AT-AATGA-TCTGTTTTCATAAAAAATATAAAAAG-ATCCA
249 GCTTCATATTTCCTA-ATGCAAACATCAA--ATTATGATCT-GTTTTAACTA-AAAATGTAAAAA
* * * * ** *
86619 ATT-TA-TAATCAATGA-AAAAG---TTATA
309 ATTCAATTTA-AAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * * *
86644 AATCCAC-TAAAAGCAAGCAACAAGGTTTTCGAAGGAATG-GATTACTATAAGTGGACTTTTATT
1 AATCCACTTAAATG--AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
86707 GTCAATGGATGGTTTTTGCATT-ACGTTTC-CTGATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAAC
63 GTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAAC
* * * * *
86770 CAAATATGTAAAAATATTTAATCTAAAATCATTTATATAGTTATAAATTCACTTAAAG-TGAGTA
126 CAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCT-AGTA
* * * * * * * * *
86834 AAAAGGCTTTCGAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTTAATGGATGGTTTTTGCAT
188 ACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGC-T
** * ** *
86899 T-ACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATTATGATCAATTTTAAC-AAAAAGTATAAACAAATTCAA
252 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAA-AAATTCAA
* * *
86962 TTTAAAATCAATGACAAAGTTATA
315 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * *
86986 AATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCAAAGG-AGTCAATGAGTATAAATGGAGTGGTT-TT
1 AATCCACTTAAA-TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT
* ** *
87049 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTT-TCCAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACC
63 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACC
* ** * *
87113 AAACAA-GTAAAAAAATTCAATTCAAAATCAATGAAAAACTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA
127 AAA-AATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAA
* *** * * * * * * * * * *
87177 TAAAAATTTCAAACGCATAAGTGAGTATAAATAAACTTTTTTTTATCAATGGAAGGGTTTCGCTT
189 CAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAA-TTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTT
** * * *
87242 CACGTTTCC--ATGCACAAACATCAAATTATGTTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAA
253 CATATTTCCTAATG--CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAA
**
87305 TTTAAAATCATTTGTAAAGTTATA
315 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
* * * * * * * * **
87329 AATCCACTTAATGTGAGTATA-AATGCTTTCGAGGGTATAAGTGAGTAGAAATAAACTTTTCTTG
1 AATCCACTTAA-ATGAGTA-ACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** *
87393 TCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTGATGTGAACATCAAATGATGATTTGTTTTAACCA
64 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCA
*
87457 AAAATGTAAAAATATTCAATTTTAAATCAT
128 AAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAT
87487 CAAAAAGTCT
Statistics
Matches: 4401, Mismatches: 913, Indels: 566
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
312 8 0.00
313 9 0.00
314 35 0.01
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316 13 0.00
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319 1 0.00
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322 17 0.00
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324 8 0.00
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331 8 0.00
332 33 0.01
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349 1 0.00
350 2 0.00
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354 34 0.01
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356 2 0.00
357 5 0.00
358 18 0.00
359 178 0.04
360 12 0.00
361 5 0.00
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Consensus pattern (338 bp):
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AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAGGCT
TTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAATTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTC
CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
TTAAAAAGTTATA
Found at i:83093 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 81990--86509 Score: 3426
Period size: 171 Copynumber: 26.5 Consensus size: 169
81980 TTCCCCCACG
* *
81990 TTTCTCAATGCAAACAAT-AAATTATGATCTATTTTAA-CTAAAAAAGTAAAAAAAATTCAATTT
1 TTTCT-AATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGT--AAAAAATTCAATTT
* * * *
82053 AAAAT-AGATGAATAAATTATAAATCCACTTAAAGTACGTAGT-A-AA-GCTTTCAAAGGCATTA
61 AAAATCA-ATTAA-AAGTTATAAATCCACTTAAAG--CG-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * *
82114 ATGAGTATAAATTGACCTTTT-TTGTTAATGAATGACTTTTG-TTGCATGT
121 GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGT
* * * *
82163 TTCCTAATGCAAACATCAAATTAGGACCTGATTTAA-CGAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * * *
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* * * *
82291 TAAATAGACTTTTCTTCTCAACGGATGGCTTTTGCTTCACG-
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
82332 TTTCTCGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAATTCCATTTAAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
** * * * * * **
82397 TTGATGAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAGGC-TTCTTAAGGTATGAGCGGGTA
65 TCAATTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * * **
82461 TAAATGAATTTTTTTCTATCAATCGATGGCTTTTACTTCACAT
128 TAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * ** *
82504 TTCCTAATATAAACATTAAATTATGAAATGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAGATTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * * * *
82568 TCGATGAAAAAGTTATAAATACACTTAAATCGAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTAC
65 TCAAT-TAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* *
82633 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGATTCATG-
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * * *
82673 TTTCTCAATGTGAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATAAAAAATGTGAAAAAAATAAATTTAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAA
* * * * * *
82738 ATCACTTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCGAGTAACATGACTTTCGAAAGTATGAGTGACTA
64 ATCAATT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * * *
82803 TAAGT-TA-TTTT-GT-TC-ATAGATGGCTTTTACTTCACG-
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
82839 TTTCTCAATGAAAAGATCAAATTATG-GCATGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATT-AATTT
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAATC-AAAAATGT--AAAAAATTCAATTT
* * * * *
82901 AAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGA
61 AAAATCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * ** *
82966 CTATAAATGCACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTATTTTATGT
125 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
83011 TTTCTAATACAAACATCAAATCATGATATGTTTTAATAAAAAATGTGAAAAGATTCAATTTAAAG
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAA
* * * *
83076 TCAATGAAAAGGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGCAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
65 TCAATTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * *
83141 AAATGCACTTTTCTTATCAACGGATGCCTTTTGCTTCATGT
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * ** ** * * *
83182 TTCCTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTACCCAAAAATACAAAACAATTTAATTCAAAG
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAA
* * * * * * * *
83247 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTGAAAGTATGAGTGATTAT
65 TCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* *
83312 AAATGGACTTTTCTTGTGAATGGATGGCTTTTACTTCATGT
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * *
83353 TTATC-GATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTACTCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
1 TT-TCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * **
83417 TTATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGTCATTTGTGACTAT
65 TCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * **
83482 -AATGGACTTTTTTTTGTTAATAGATGACTTTTCCTTCACAT
129 AAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * *
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* * * * *
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* * * *
83650 TATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGGTTTTGCTTCACG-
126 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
83693 TTTCTTATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAA-CTAAAATTTTAAAAAATTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * ** * ** * * *
83757 TCACTTATAAAGTTATAAATCCCCTTAAAGAAAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGTATTAGTGACTCT
65 TCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * *
83822 AAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATAGCTTCTGCTTCACGT
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * *
83863 TCGCTAATGCAAACATCAAATCATGATCTGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAACAATTTAATTTAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAA
* * * * * * * *
83927 ATCGATGAAAGAATTATATATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTCGAAAGCATGAGTGACAA
64 ATCAATTAAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
** * * *
83992 TAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTGGCTTTATG-
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * *
84033 TTTCTCAATGCAAACATGAAATTATGATCTG-TTTAA-CTAAAAATGTAAAACATTCCATTTAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAA
* * * * *
84096 ATC-ATTGAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGCTAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGGGAGT
64 ATCAATT-AAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * *
84160 ATAAATGGAATTTTTTTGACCAATGGATGGC-TTTGCTTCATG-
127 ATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
84202 TTTCTGAATGCAAACATCAAATTATGCTCTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * *** * * *
84267 TCATTTATAAAGTTATAAGTCCACTTAAAATAAGTAAGAAGG-TATCCGAAGGTATGAGTGACTA
65 TCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * * *
84331 TGAATGAACTTTTCTTATCAATAGG-TGTCTTTTGCATCATG-
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * *
84372 TTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATTTTAACAAATTTAATTTAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAA-TGTAAAAAATTCAATTTAAA
* ** * * ** *
84437 ATCATTTATAAAGTTATACCTCCACTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTAAAAGGCATGAATGACTA
64 ATCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
84502 TAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGC-TTTGGTTCAT-A
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
84542 TTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAATCTAAA
1 TTTC-TAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAA
* * * ** * ** *
84607 ATCAATGAAAAACTTATAAATCCATTTAAAGTTAGTAATAAGGC-TTCTGAAGATATGAGTGAGT
64 ATCAAT-TAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
84671 AGAAATTGG-CTTTTCTTTTTAATGAATAGCTTTTGCTTCACG-
127 ATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * **
84713 TTTCTCGATGCAAACATGAAATGATTATCTACTTTAA-CTAAAAATGT-AAAAATTCAATTTAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAA
* * * * *
84776 ATC-ATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAGAATGCTTTCGAAAGTATGAGTGACTA
64 ATCAATT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
84840 TAAATGAACTTTTTTTCTCAATAGATGGCTTTTGCTTC-T-T
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
84880 ATTTCTCAATGCAAGA-ATCAAATTATGAT-TTTTTTGAATAAAAAATATAAAAGAATTCAATTG
1 -TTTCT-AATGCAA-ACATCAAATTATGATCTGTTTT-AATCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTT
* * *
84943 AAAATCATTTAAAAGGTTATAAATCCACTTAAA-CTAAGTAACAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTG
61 AAAATCAATTAAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * **
85006 ATTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACCT
124 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
85052 TTCCCT-ATGCGAACATTAAAGTATGATTTGTTTTAA-CTAAAAAT-AAAAAAATTCAATTTAAA
1 TT-TCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAA
* ** * * ** * * *
85114 ATCACTTATAAAGTTCCAAATCCACTTAAAGAGTGTAACAAGGCTTTTAAAGGCGTAAGTG-GTA
64 ATCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-
* * * * ** * **
85178 ATAATTGGAGTTTTCTTATCAACGGATAACATTTG-TTCCACAT
127 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGT
* * * * * * *
85221 TTCCCAATGC-AA-ATTAAATGATGATTTGATTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAA
* * * * *
85284 TCATTTGAATAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTATT-GAAGGCATGAGTGAATC
65 TCAATT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * * *
85348 TAAATGGACTTTTTTTCTCAATGGATGGCCTTTGCTTCACGT
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
85390 TTTCCAAATACAAACATAAAATCATGATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAATATTTAATTTAAA
1 TTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAA
* * *
85455 AT-AGATAAAAGAGTT-TAAAATCCACTTAAA-CTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGA
64 ATCA-ATTAAA-AGTTAT-AAATCCACTTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * *
85517 GTATAAATAGACTTTTTTTTTTCAATGGATGACTTTTGCTTCATAT
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* * * * * * *
85563 TTCCTAATCCAAACATCAAATGATCATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATACTTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAA
** * * * * * *
85628 TTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGCTTGAGTGAGC-A
65 TCAAT-TAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTA
* * * **
85692 AAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACAT
128 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * * *
85734 TTCCCAATGCAAACAGCAAATGATGATTTGTTTTAA-CTAAAAATGCAAAAAAATCAATTTAAAG
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* * * * ** * * *
85798 TTATTTAAAAAGCTATAAATTCACTTAAAGTTAGCAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTAT
65 TCAATT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * *
85863 AAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGT
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * *
85904 TTCCTAATAAAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA-CTAAAAAAGTAAAAAAATTCAATTTAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAA
* * ** * ***
85968 ATCACTTATAAAGTTGTAAATCC-CTCTAAAAAGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAATATGAGTGACT
64 ATCAATTA-AAAGTTATAAATCCACT-TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
86032 ATATATGGACTTTTCTTGTCAGTAGATGTCTTCTGCTTCATGC
127 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * * *
86075 TTTCTAATATAAACATCAAATCATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * *
86140 TCGATGATAAAGTTATAAATCCAATTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGCCAAT
65 TCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * **
86205 AAGTGGAC-TTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCA-AA
129 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
86244 TTTCTAAATGCAAAGATCAAATTATAATCTATTTTAACCACAAATTTAAAAAAATTTAATTTAAA
1 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAA
* * * * * * * * *
86309 ATTATTTATAAAATTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAGAAAGCTTTC-ACCGGCATTAGTCACT
64 ATCAATTA-AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
86373 ATAAATGGACTTTTTTTTAATTAATAGATGGTTTTTTCTTCAAGT
127 ATAAATGGAC-TTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
86418 TTCCTAATGCGAACATCAAATTATGATATGTTTTGAGCAAAAATGTAAAACAAATTCAAATTAAA
1 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAA-AAATTCAATTTAAA
* *
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64 ATCAATTA--AAAGTTATAAATCCACTT
86510 TTAGTGAATG
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
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CAATTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
Found at i:86814 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
86510 TTAGTGAATG
* * * ** ** * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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1 TAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATT
* * * * * * * *
86755 ATGATCTATTTTAACCAAATATGTAAAAATATTTAATCTAAAATCATTTATATAGTTATAAATTC
65 ATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCC
* * * *
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130 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-AATAAGTGAGTA
* * *
86862 TAAATGGACTTTTATTCTTAATGGATGGTTTTTGCATT-ACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATT
1 TAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATT
** * *
86926 ATGATCAATTTTAA-CAAAAA-GTATAAACAAATTCAATTTAAAATCAATGACAAAGTTATAAAT
65 ATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAAT
* * *
86989 CCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGAGTCAA-TGAGTA
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* * ** * *
87033 TAAATGGAGTGGTT-TTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTTCC-AATGCAAACATGAAAT
1 TAAATGGACT-TTTATTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCTGATGCAAACATCAAAT
* * * * *
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* *** * * *
87160 CCACTTAAAGCGAGTAATAAAAATTTCAAACGCATAAGTGAGTA
128 CCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGAGTA
** * * * *
87204 TAAATAAACTTTTTTTTATCAATGGAAGGGTTTCGCTTCACGTTTCC--ATGCACAAACATCAAA
1 TAAATGGAC-TTTTATTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATG--CAAACATCAAA
* * * *
87267 TTATGTTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAATTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATAAA
63 TTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGATAAAGTTATAAA
* * * * *
87331 TCCACTTAATGTGAGTATA-AATGCTTTCGAGGGTATAAGTGAGTA
127 TCCACTTAAAGCGAGTA-ACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGAGTA
* ** * * * ** *
87376 GAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATGTGAACATCAAATGA
1 TAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATTA
* * *
87441 TGATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAATTTTAAATCAT
66 TGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
87487 CAAAAAGTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGACTTTTATTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATGCAAACATCAAATTA
TGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCA
CTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGAGTA
Found at i:88115 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 87859--88117 Score: 362
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 141
87849 GAATGAGCAG
* ***
87859 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATGTGAACATCAAATGAT
1 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATACAAACATCAAATGAT
* * * *
87924 GATTTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAATATTCAATTTCAAATCATTAAAAAGTCTTTCGAAGGCG
66 GATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCATGAAAAAGTCTTTCGAAGGCG
87989 TAAATGATTAT
131 TAAATGATTAT
*
88000 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATACAAATATGC-AATGA
1 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATACAAACAT-CAAATGA
* * *
88064 TGATCTGTTTTTACC-AAAATATAAAAA-ATTATAATTTAAAATTGATGAAAAAGT
65 TGATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATT-CAATTTAAAA-TCATGAAAAAGT
88118 TAGGGTGAGT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
139 3 0.03
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (141 bp):
AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGATACAAACATCAAATGAT
GATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAATCATGAAAAAGTCTTTCGAAGGCG
TAAATGATTAT
Found at i:88897 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 88141--94942 Score: 3407
Period size: 171 Copynumber: 39.9 Consensus size: 170
88131 AAAGTTTCTA
* * * * * * * **
88141 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAAACTTTTTTTATCAATGGAAGGGTTTTGATCCACATTTCCCT-
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTA
* * * * * * * *
88205 ACACAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTCAATTTTAAATCATTT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* *
88270 GTAAAGTTATAAATCTACTTAATGCGAGTAAGAA-GCTTTCA
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* ** ** * * *
88311 AAGGCATGAGT-AG---AAATGGACTTTTCCTGTTTATGGATGGCTTTGGCTTCGAAT-TTTTCT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTC--ATGTTTCCT
* * ** ** *
88371 -ATGTGAACATCAAATGCTG-TTCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCTT
64 AATATAAACATCAAATTATGATT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * ** *
88434 TTATAAAGTTAT-AGTCCACTTAATATGAGTAAGAAGACTTTCG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * *
88477 AAGGCATAAGTGAGT-TGAAATAGACTGTTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCTTCATGTTTTCC-
1 AAGGCATGAGTGAGTAT-AAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCT
** * * *
88540 AATGCAAACATCAAATGATGATTTGATTTT-GTAAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAT
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTG-TTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * * ** *
88604 TT-AAAAGCTATAAATCCACTAAAAGTGAGTATCAAGGCTTCCG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * *** *
88647 AAGGTATGAGTGAGTGTAAATAAACATTTTTTGTCAACAAAAGGGTTTCATTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * *
88712 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCTATTCAGAATCATTTG
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* *
88777 TAAAGTTATAAATCCACTTAATCCGAGTAAGAAGGC-TTCTA
130 TAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTC-G
* * * * * * * *
88818 AAGGAATGAGTGAGAATAAATAGA-TTTTTGTTATTAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTCCTT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
* * * * * * * *
88882 ATATAAACGTCAAATTATGACCTT-TTTTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTAAAAATCATT
65 ATATAAACATCAAATTATGA-TTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * *
88946 TGTACAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * **
88989 AAGGTATGAGTGAGTATAAATGGAGTTATTTTGTTC-ATAGATGGATTTTGCTTCACATTT-CTC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTG-TCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-
** * * *
89052 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGA-
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATC-AT
* * * * * *
89116 -TGAAAAAGTTCTAAATCCACTTAAAAG-GAGTAATAAGCCTTTCA
127 TTG-TAAAGTTATAAATCCACTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * *
89160 AAGGCATAAGTGAGTATAAAT-GTACTTGTTTTGTCAAT-GAAT-GCCTTTGCTTCATGTTTTCT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* *
89222 AATGTAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATT
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * *
89286 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCAACTAAAAAGGCTTTCG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * ** * * ** *
89329 AAGGCATGAGTGAGTATAAATTGACTTTTCTCATCAACAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * *
89394 TGTAAACATGAAATGATGATATGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCA-ATG
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* * * * *
89458 AAAAACTTATAAATCCACTTTAA-GTGAGTAACAAGGCTTTTG
130 -TAAAGTTATAAATCCAC-TTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
** * **
89500 AAGGCATGAACGAGTATAAATAGACTCTTTTTT-TCAATAGATGTCTTTTGCTTCATGTTTGTTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT-TTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
** * * *
89564 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAGATTCAATTCT-AAATCATT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATT-TAAAATCATT
* * * *
89628 TGTGAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAAGAAGGTTTTTG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* ** * *
89671 AAGGCATAAGTGAGTATAAAT-GAACAGTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCTT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCCT
* * * * * * *
89734 GATGTAAATATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AATTTAAAACCATT
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * *
89798 TGTATAGTTATAAGTCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-G
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * *
89840 AAGGTATAAGTGTGTATAAAT-GAACTTTTATTGTTAATAGATGGCTTTTGCTCCATGTTCCCTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
** * * *
89904 ATACGAACATCAAATGATGATTT-TTGTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATCTAAAATCATT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTT-TTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
*
89967 TGTAAAGTTATAAATCCA-TTAAATGC-ATGTAAGAAAGCTTTCG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTT-AATGCGA-GTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * *
90010 AAGGTATGAGTGAGAAAAAATAGACTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* ** * * * * ** * * * *
90075 TGTAAATGTTAAATTATTATCTGTGTT-A-ACCAA-A-AAAACAA--CAACTAAAAATCATTTAT
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGT
* * * *
90134 AAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
131 AAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * * *
90174 AAGGCGTCAATGAGTATATATGGAGTTGTTTTT-CCCATGGAT-GCATTTTGCTTCATGGTTCCT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTT-TTTTTGTCAATAGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCT
** * * * * * * * *
90237 AATGCAAACATCAAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAAATAAAAACATTTAATTTAAAATTGA-
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCAT
*** * * * * *
90301 TAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
** * * * * *
90345 AAGGTGTGAGTTAGTATAAATGGAC--------TCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * *
90402 -AGAAAACATCAAATAATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAAT--T
66 TA-TAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-T-AAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * * *
90463 GATGAAAAAGTTATAAATCTACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
127 -TTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * *
90509 GAGGCATGAGTGAGTATAAATAAACTTTTTTTGTCAA-CGAAAGAG-TTTTACTTCAT-TAT-CT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAG-ATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
90570 CAATGA-AAACATCAAACTATGATATGTTTTAGCCTAAAAA-GTAAAACAATTTAATTTAAAACC
64 -AAT-ATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTA--ATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* * * * * *
90633 ATTTGTACAA-TTATAAATCCACTAAAAAGTGAGTAACAAGCCTTTTG
125 ATTTGTA-AAGTTATAAATCCACT-TAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * ** * * ** *
90680 AAGGCATAAATGATTATATATAGACTTTTCATGTCAATAGATGACTTTTGCTCCACATTTCCTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * * *
90745 TGTGAACATCAAATGATCATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATAAATCTAAAATCATTTG
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* * *
90810 TAAAGTTATAAATCCAATTAATGCAAGTAAGAAAGCTTTCG
130 TAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
90851 AAGGCATGAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTGGTCAATGGATGACTTTTTCTTCATATTT-CTCA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-A
* * * * * *
90915 GTGTAAATC-TCAAATTATGATCTG-TTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAACTAAAAATCATT
65 ATATAAA-CATCAAATTATGATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * *
90978 TATAAAGTTAT-AAT-CAGCTTAAAT-TGAGTAACAAGGCTTTCG
128 TGTAAAGTTATAAATCCA-CTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
** * * * * * * * * * *
91020 AAGGTGTGAATGACTATAAATGGAGTTGTTTTGCCCATAGATGGGTTTTGCTTCACGTTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
** * * * * * * **
91085 TGCAAACATCAACTTATGATATGCTTTAACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGATG
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* * * *
91148 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAAG-GAGTAACAAGGCTTTCA
130 -TAAAGTTATAAATCCACTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * ** **
91190 AAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACTTGTTTTATCAATGGATGTCTTGCGCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * *
91255 TACAAATATGAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTTCAATTTAAAAT--TGAT
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT-TT
* * * * *
91318 GAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAATAACAAGGC-TTCTA
129 G-TAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTC-G
* * * * * *
91361 AAAGTATGAGTGAATATAAATAGATTTTTTTTTTATCAAT-GAATGGCTTTTACTTCATGTTTCC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA--CTTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* *** * * * * * * * *
91425 TGATGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATACAAAAACATTCAA--TGAAATCAA
63 TAATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* ** * *
91488 TTGTAAAGTTAT-AATACA-TTAA-AAGAATAA-ACAGGCTTACG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGA-AGGCTTTCG
* * * * ** * * * * * ** *
91529 AA-GTATGAGTTATTATAAATTGACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TTTTAGATTTAAATTTCCCA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCTA
* * * * * * * * * * * *
91592 ATGTAAAGATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTCAAAATTGA-A
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATT
*** * ** * *
91656 AAAAAAGTTTTAAATCCACTTAA-GTAAGTAACAAGGCTTTCA
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* ** * * ** * * *
91698 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTCCATCAATGGATGGCATTCACTTCATATTTTCTG
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTT-TGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
*** * * * * *
91763 ATGCGAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATTATTT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * ** *
91827 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAAAAACACTTTCA
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* *
91869 AAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTGTCAATTATAAATGGAGTTGTTTGGTCCATGGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTC-A--AT--A--GA------TGG--C-----
** * *
91933 TGGGTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAGACATCAAATTATGATCTGTTTTAATTAAAAATATAA
46 ----TTTTGCTTCATGTTTCCTAATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAA
* * * * *
91998 AAAAATTTAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAACGTGAGTAAGAAGGCTTACA
106 AAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * ** *
92063 AAGGTATGAGTGAGTAAAAATAGACTTTTCATGTCAATAGATGG-TGTTTGCTTCACGTTT-CTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTA
*** * * * * * *
92126 GATGCGAACATCAAATGATGA-TT-TTTTAACCAAAAGTAT-AAAAATTTGAATTTAATATCATT
65 -ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * *
92188 TGTAAAGTTTTAAATCCACTTAATACGAGGAAGAAGGCTTTTG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * *
92231 AAGGTATGAGTGAG-AGTAAATAGACTTTTCTTGTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCAT
1 AAGGCATGAGTGAGTA-TAAATAGACTTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* ** *** * * * * ** *
92294 AATGTAAATGTCAAATTATGATCCATGTTAACCAAAAATGGT-AAAAACTTCAGCTAAAAATCAT
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * * * *
92358 TTATATAGCTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * *
92402 AAGGTATGAGTGAGTATAAATGGAGTTGTTTTGTCTATGGATGG-TTTTGCTTCACCT-TTTCC-
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCA--TGTTTCCT
** * * * * * * **
92464 AATGCAAACATCAACTTATGATATGCTTTAACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGA
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * *
92527 TGAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAG-GAGTAACAAGGCTTTCA
128 TG-TAAAGTTATAAATCCACTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * * **
92571 AAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACTTGTTTTATCAATGGATGTCTTTCGCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * *
92636 TACAAATATGAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAAT--TGAT
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT-TT
* * * * *
92699 GAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAATAACAAGGC-TTCTA
129 G-TAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTC-G
* * * * *
92742 AAAGTATGAGTGAGTATAAATAGATTTTTTTTTTATCAAT-GAATGGCTTTTACTTCATGTTTCC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA--CTTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* *** * * * * ** * * *
92806 TGATGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAACATTCAA-TTGAAATCAA
63 TAATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * * *
92870 TTGTAAAGTTATAAATACA-TTAAAGAGAATAACAAGGCTTACG
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * ** * * * * **
92913 AAGGTATGAGTTATTATAAATTGACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TTTTAGATTCAAATTT-CTC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCT-
** * * * * * * * * * *
92976 AACGTAAAGATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTCAAAATTGA-
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCAT
**** * * ** * *
93040 AAAAAAAGTTTTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCA
127 TTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* ** * * ** * * *
93084 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTCCATCAATGGATGGCATTCACTTCATATTTTCTG
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTT-TGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
*** * * * * *
93149 ATGCGAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATTATTT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * ** *
93213 GTCAAGTTATAAATCCACTTATTGCGACTAAAAACACTTTCA
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * *
93255 AAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTTTTATAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTCT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC-TTTTTTTGT-CAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
** * * ** * *
93319 AATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAATCAAAACTGCAAACAAATTCAATTTAAAATAATT
64 AATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
** * * * * * * *
93384 TACAAATTTATAGATCCACTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTCCG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * *
93427 AAGGTATGAGTGAGAATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTTTGCTTTATGTTTCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
* * * * **
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65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
93555 ATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCG
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
** * * ** * * ** ** *
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1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
** ** * * * *
93662 TGCAAATGTCAAATTATTATCTGTTTTCACAAAAAAATA-AAAACAAATTCAATTTAAAATCA-A
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTT-A-ATAAAAATATAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * *
93725 CGAATAAGTTATAAATCCACTTGAA-GAGAGTAACAAGGCTTTGG
128 TGTA-AAGTTATAAATCCACTT-AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * ** ** * *
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1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTT-TTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
** * * * * **
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65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TT
*** * *
93897 AAAAAAGTTATAAATCCACTT-ATAGTGAGTAACAAGGCTTT-G
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAAT-GCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * * *
93939 AAAGGCGTGAGTAAGTATAAATGGACTTGTTCTATTAATGGATGGCTGTTGCCTCATGTTTCCTA
1 -AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
** * * * * * * **
94004 ATGCAAACATGAAATGAT-ATTCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTGTT
65 ATATAAACATCAAATTATGATT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * *
94068 TATCAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTGAGAAGGCTTTTG
128 TGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * ** *
94111 AAGGTATGAGTGAGAATAAATACACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * *
94176 TGA-AAATAT-AAATTATGATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTT
66 T-ATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * *
94239 ATAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGCTAGTAATAAAGTTTTC-
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
*** * * * ** *
94280 AACAATATGAGTGACTATAAATGGACATTTTTCATCAAT-GAATGGCTTTTGTTGTACA--TTTC
1 AA-GGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCT-T-CATGTTTC
** * * *
94342 CTAATGCAAACATTAAATTATGATTTGATTTAGATAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAAAATC
62 CTAATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTA-ATAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATC
* * * * * * * * *
94406 ATCTATAGAGTTAT-AATCTACTTAAAGAGAATAACAAGGCTTTCA
125 ATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * * * * * *
94451 AAGGCATGAGTAATTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGATTCATGTTTCCCAT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
* * * * * * * * *
94516 TGTAAACATAAAATGATGATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCTAAAATTA-ATG
66 TATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* * * * *
94580 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAAT-AG-GCAATAAGGCTTTTG
130 -TAAAGTTATAAATCCACTT--AATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * ** *
94622 AAGGCATAAGTGAGTATAAATCGAC-TTTTTTGTCAATTGATGGCTTCTGCTTCACATTT-CTCG
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-A
** * * * * * * **
94685 ACGTGAATATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAA-TCAGCTTAAAATCATTT
65 ATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* *
94749 GTAAAGTTATAAATCTACTTAATGCAAGTAAGAAGGCTTTCG
129 GTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTAAGAAGGCTTTCG
* * * * * * ** * * **
94791 AAGACATGAGTGAGAATAAATGGGTA-TTTTCTTATCAATGGACAGCGTTTGCTTTACATTTCGC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAAT-AG-ACTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-C
* * ** * * * * *
94855 -AATGTAAA-AGTCAAATTATGATCTGTACTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTAAAAATCA
63 TAATATAAACA-TCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
*
94918 TTTGTAAAGTTATAAATCCAATTAA
126 TTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAA
94943 AGCAAAAAAT
Statistics
Matches: 5116, Mismatches: 1243, Indels: 544
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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164 181 0.04
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166 106 0.02
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170 1325 0.26
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Found at i:89063 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 20.0 Consensus size: 340
88114 AAGTTAGGGT
* * * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * ** * * *
88188 TTGATCCACATTTCCCTACA--CAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
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* * * * * *
88251 ATTCAATTTTAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCTACTTAATGCGAGTAAGAA-GCTTTCAAAGG
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* * ** * * *
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** ** * ** * *
88374 TGAACATCAAATGCTGTTCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCTTTTATA
254 CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTA
* *
88439 AAGTTAT-AGTCCACTTAATA-T
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* * * * * * * *
88460 GAGTAAGAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGAGT-TGAAATAGACTGTTCTTGTCAATGGATAGTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAT-AAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * * *
88524 TTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATGATGATTTGATTTTGTA--AAAAATATAAAAAA
65 TTGCTTCATG-TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTT-AACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
88587 ATTCAATCTAAAATCATTT-AAAAGCTATAAATCCACTAAAAGTGAGTATCAAGGCTTCCGAAGG
127 ATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
* ** * * * * *** * **
88651 TATGAGTGAGTGTAAATAAACATTTTTTGTCAACAAAAGGGTTTCATTTCATGTTTCCCAATATA
192 TATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCA
* * * * * *
88716 AACATCAAATTATGATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCTATTCAGAATCATTTGTAAA
256 AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAA
**
88781 GTTATAAATCCACTTAATCC
321 GTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * *
88801 GAGTAAGAAGGC-TTCTAAAGGAATGAGTGAGAATAAATAGA-TTTTTGTTATTAATGGATGGCT
1 GAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTT-TTATCAATGGATGGCT
* * * ** * * * * *
88864 TTTACTTTATGTTTCCTTATATAAACGTCAAATTATGACCTTTTTTAACCAAATATGTAAAAAAC
64 TTTGCTTCATGTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
88929 TTCAACTAAAAATCATTTGTACAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
128 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* * **
88994 ATGAGTGAGTATAAATGGAGTTATTTTGTTC-ATAGATGGATTTTGCTTCACATTTCTCAATGCA
193 ATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTG-TCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCA
* *
89058 AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGA--TGAAA
256 AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTG-TA
*
89121 AAGTTCTAAATCCACTTAAAAG-
319 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGC
* * * * * * * *
89143 GAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATAAGTGAGTATAAAT-GTACTTGTTTTGTCAATGAAT-GCCT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * *
89206 TTGCTTCATGTTTTCTAATGTAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
65 TTGCTTCATG-TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* ** * * *
89270 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCAACTAAAAAGGCTTTCGAAGGCA
129 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTA
* ** * * ** * *
89335 TGAGTGAGTATAAATTGACTTTTCTCATCAACAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAATGTAAA
194 TGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAA
* * * * * * * * *
89400 CATGAAATGATGATATGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCA-ATGAAAAAC
258 CATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG-TAAAG
* *
89464 TTATAAATCCACTTTAAGT
322 TTATAAATCCACTTAAAGC
* ** * *
89483 GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAACGAGTATAAATAGACTCTTTTTT-TCAATAGATGTCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT-TTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * * *
89547 TTGCTTCATGTTTGTTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAGAT
65 TTGCTTCATGTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * *
89612 TCAATTCT-AAATCATTTGTGAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAAGAAGGTTTTTGAAGGC
129 TCAATT-TAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* * * * ** *
89676 ATAAGTGAGTATAAATGAACAGTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCTTGATGTA
193 ATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAATGCA
* * * * * *
89740 AATATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AATTTAAAACCATTTGTATA
256 AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAA
*
89804 GTTATAAGTCCACTTAAAGC
321 GTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * * * *
89824 AAGTAATAAGGCTTT-GAAGGTATAAGTGTGTATAAAT-GAACTTTTATTGTTAATAGATGGCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAG-ACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * * * * *
89887 TTGCTCCATGTTCCCTAATACGAACATCAAATGATGAT-TTTTGTTAATCAAAAATGT-AAAAAA
65 TTGCTTCATGTT-TCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
89950 TTCAATCTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCA-TTAAA-TGCATGTAAGAAAGCTTTCGAAG
128 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTG-A-GTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * ** *
90013 GTATGAGTGAGAAAAAATAGACTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGATGT
191 GTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGC
** * * * * * * * *
90078 AAATGTTAAATTATTATCTGTGTTAAC---CAA-A-AAAACAA--CAACTAAAAATCATTTATAA
255 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAA
* *
90136 AGTTATAAATCTACTTAAAGT
320 AGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * * * *
90157 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTCAATGAGTATATATGGAGTTGTTTTT-CCCATGGAT-GCAT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTT-TTTTTATCAATGGATGGC-T
* * * * ** *
90220 TTTGCTTCATGGTTCCTAATGCAAACATCAAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAAATAAAAACA
64 TTTGCTTCAT-GTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *** * * *
90285 TTTAATTTAAAATTGA-TAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
128 TTCAATTTAAAA-TCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
90349 TGTGAGTTAGTATAAATGGAC-------TCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGAAA
192 TATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAA
* * * *
90407 ACATCAAATAATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAAT--TGATGAA
257 ACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC-AAAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT-TTG-T
* *
90469 AAAGTTATAAATCTACATAAAGC
318 AAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * *
90492 GAGTAACAAGGCTTTCGGAGGCATGAGTGAGTATAAATAAACTTTTTTTGTCAACGAAAGAG-TT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATG-GCTT
* * * * * * *
90556 TTACTTCAT-TATCTCAATGAAAACATCAAACTATGATATGTTTTAGCCTAAAAA-GTAAAACAA
65 TTGCTTCATGTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
90619 TTTAATTTAAAACCATTTGTACAA-TTATAAATCCACTAAAAAGTGAGTAACAAGCCTTTTGAAG
128 TTCAATTTAAAATCATTTGTA-AAGTTATAAATCCACT-TAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * ** *
90683 GCATAAATGATTATATATAGACTTTTCATGTCAATAGATGACTTTTGCTCCACATTTC-CTGATG
191 GTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATG
** * * * * * *
90747 TGAACATCAAATGATCATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATAAATCTAAAATCATTTGTA
254 CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTA
* *
90812 AAGTTATAAATCCAATTAATGC
319 AAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * ** *
90834 AAGTAAGAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTGGTCAATGGATGACTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
90899 TTCTTCATATTTCTCAGTGTAAATC-TCAAATTATGATCTG-TTTAATCAAAAATATAAAAAACT
66 TGCTTCATGTTTCT-AATGCAAA-CATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
90962 TCAACTAAAAATCATTTATAAAGTTAT-AAT-CAGCTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
129 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCA-CTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* * * * * * * * *
91025 GTGAATGACTATAAATGGAGTTGTTTTGCCCATAGATGGGTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAA
193 ATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAA
* * * * * ** *
91090 ACATCAACTTATGATATGCTTTAACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGATGAAAAA
257 ACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG-TAAA
91153 GTTATAAATCCACTTAAAAG-
321 GTTATAAATCCACTT-AAAGC
* * * * * * * *
91173 GAGTAACAAGGCTTTCAAAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACTTGTTTTATCAATGGATGTCTTG
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * *
91238 CGCTTCATGTTTTTTAATACAAATATGAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACTT
66 TGCTTCATG-TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
91303 CAATTTAAAAT--TGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAATAACAAGGC-TTCTAAAAG
130 CAATTTAAAATCAT-TTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGG
* * * * * *
91365 TATGAGTGAATATAAATAGATTTTTTTTTTATCAAT-GAATGGCTTTTACTTCATGTTTC-CTGA
192 TATGAGTGAGTATAAATGGA---CTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AA
* * * * * * * *
91428 TGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATACAAAAACATTCAA--TGAAATCAATTG
252 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* *
91491 TAAAGTTAT-AATACA-TTAAA-A
317 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * ** *
91512 GAATAA-ACAGGCTTACGAA-GTATGAGTTATTATAAATTGACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TT
1 GAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * ** * * * * * * *
91574 TTAGATTTAAATTTCCCAATGTAAAGATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAA
65 TT-GCTTCATGTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * **** * * *
91639 TTCAATTCAAAATTGA-AAAAAAAGTTTTAAATCCACTT-AAGTAAGTAACAAGGCTTTCAAAGG
128 TTCAATTTAAAA-TCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
* * * * ** * *
91702 CATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTCCATCAATGGATGGCATTCACTTCATATTT-TCTGATG
192 TATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTT--GTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATG
* * * * *
91766 CGAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATTATTTGTA
254 CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTA
*
91830 AAGTTATAAATCCACTTAATGC
319 AAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * ** * * *
91852 GACTAAAAACACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTGTCAATTATAAATGGA
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC---TTTT-T---TTATCAATGGA
*
91916 GTTGTTTGGTCCATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAGACATCAAATTATGATCTGT
59 ------TGG--C---------TTTTGCTTCATGTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** * * *
91981 TTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAACGT
106 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT
* * * * * *
92046 GAGTAAGAAGGCTTACAAAGGTATGAGTGAGTAAAAATAGACTTTTCATGTCAATAGATGG-TGT
171 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCT-T
* * * * * *
92110 TTGCTTCACGTTTCT-AGATGCGAACATCAAATGATGAT-T-TTTTAACCAAAAGTAT-AAAAAT
234 TTGCTTCATGTTTCTCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * *
92171 TTGAATTTAATATCATTTGTAAAGTTTTAAATCCACTTAATA-C
298 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGC
* * * * * * *
92214 GAGGAAGAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAG-AGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTA-TAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * ** ** * *
92278 TTTCTTTATGTTTCATAATGTAAATGTCAAATTATGATCCATGTTAACCAAAAATGGT-AAAAAC
65 TTGCTTCATGTTTC-TAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAA
** * * * * ** *
92342 TTCAGCTAAAAATCATTTATATAGCTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGT
128 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* * *
92407 ATGAGTGAGTATAAATGGAGTTGTTTTGTCTATGGATGG-TTTTGCTTCACCT-TTTC-CAATGC
193 ATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCA--TGTTTCTCAATGC
* * * * * ** *
92469 AAACATCAACTTATGATATGCTTTAACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGATGAAA
255 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG-TA
*
92532 AAGTTATAAATCCATTTAAAAG-
319 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGC
* * * * * * *
92554 GAGTAACAAGGCTTTCAAAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACTTGTTTTATCAATGGATGTCTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * *
92619 CGCTTCATGTTTTTTAATACAAATATGAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT
66 TGCTTCATG-TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
92684 TAATTTAAAAT--TGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAATAACAAGGC-TTCTAAAAG
130 CAATTTAAAATCAT-TTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGG
* * * * *
92746 TATGAGTGAGTATAAATAGATTTTTTTTTTATCAAT-GAATGGCTTTTACTTCATGTTTC-CTGA
192 TATGAGTGAGTATAAATGGA---CTTTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AA
* * * * ** * * *
92809 TGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAACATTCAA-TTGAAATCAATTG
252 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG
* *
92873 TAAAGTTATAAATACA-TTAAAGA
317 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * ** *
92896 GAATAACAAGGCTTACGAAGGTATGAGTTATTATAAATTGACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
* ** * * * * * * *
92960 TAGATTCAAATTTCTCAACGTAAAGATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAAT
66 T-GCTTCATGTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * **** * * * *
93025 TCAATTCAAAATTGA-AAAAAAAGTTTTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGC
129 TCAATTTAAAA-TCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* * * ** * *
93089 ATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTCCATCAATGGATGGCATTCACTTCATATTT-TCTGATGC
193 ATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTT--GTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATGC
* * * * * *
93153 GAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATTATTTGTCA
255 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAA
**
93217 AGTTATAAATCCACTTATTGC
320 AGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * ** * * *
93238 GACTAAAAACACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTTTTAT-AATGGATAGC
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC---TTTTTTTATCAATGGATGGC
* * * * * *
93301 TTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAATCAAAACTGCAAACAA
63 TTTTGCTTCATG-TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * * *
93366 ATTCAATTTAAAATAATTTACAAATTTATAGATCCACTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTCCGAAGG
127 ATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
93431 TATGAGTGAGAATAAATGAACTTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTTTGCTTTATGTTTC-CAAATGT
192 TATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATGC
* * * * * ** *
93495 AGACGTCAAATTATGATTTGTTTTAAC-TAAAATATAAAAAACTTCAATCAAAAATCATTTATAA
255 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAA
* *
93559 AGTTATAAATCTACTTAAAGA
320 AGTTATAAATCCACTTAAAGC
** * * ** * * * *
93580 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCGGGAGTGAGTATAAATGGAGTCGTTTTGTCTATAGATGGGTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
* * ** * * * *
93645 TGCTTCACAT-TTTTTGATGCAAATGTCAAATTATTATCTGTTTTCACAAAAAAAT-AAAAACAA
66 TGCTT--CATGTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAA-AA
** * * * *
93708 ATTCAATTTAAAATCA-ACGAATAAGTTATAAATCCACTTGAAGAGAGTAACAAGGCTTTGGAAG
127 ATTCAATTTAAAATCATTTGTA-AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * ** ** *
93772 GCATAAGTGAGTATAAATGGAGTTCTTTT-TCCCATGGATGGGGTTTATTTCACGTTTCCTC-AT
191 GTATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGT-CAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAT
* * * ****
93835 GCAAACATCAAATTATGATATGTTCTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAGT-AGACAA
253 GCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTTG
* * *
93899 AAAAGTTATAAATCCACTTATAGT
317 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * *
93923 GAGTAACAAGGCTTT-GAAAGGCGTGAGTAAGTATAAATGGACTTGTTCTATTAATGGATGGCTG
1 GAGTAACAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * * * *
93987 TTGCCTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGAT-ATTCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAA
65 TTGCTTCATGTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
** * * * * * * *
94051 TTCAATTTAAAATTGTTTATCAAGTTATAAATCCACTTAATGCGAGTGAGAAGGCTTTTGAAGGT
128 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGT
* ** * * ** * *
94116 ATGAGTGAGAATAAATACACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTGATGAA
193 ATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATGCA
* * * * * * *
94180 AATAT-AAATTATGATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTTATAAA
256 AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAA
*
94244 GTTATAAATCCTCTTAAAGC
321 GTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * *** * * * * *
94264 TAGTAATAAAGTTTTC-AACAATATGAGTGACTATAAATGGACATTTTTCATCAATGAATGGCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* * * * * *
94328 TTGTTGTACAT-TTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATTTGATTTAGA-TAAAAATGTAAAAAA
65 TTGCT-T-CATGTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA-ACCAAAAATGT-AAAAA
* * * * * * *
94391 AATT-AATTTAAAATCATCTATAGAGTTAT-AATCTACTTAAAGAGAATAACAAGGCTTTCAAAG
126 AATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * * *
94454 GCATGAGTAATTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGATTCATGTTTCCCATTGT
191 GTATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGC
* * * * * * * * *
94519 AAACATAAAATGATGATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCTAAAATTA-ATGAAA
255 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTG-TA
*
94583 AAGTTATAAATCCACTTAAA-A
319 AAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * * *
94604 TAGGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGAGTATAAATCGAC-TTTTTTGTCAATTGATGGCTT
1 GA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTT
* ** * * ** * * * *
94668 CTGCTTCACATTTCTCGACGTGAATATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATATAAACAAA-
65 TTGCTTCATGTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** * * ** * **
94732 TCAGCTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCTACTTAATGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACA
129 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTA
* * * ** * * ** * *
94797 TGAGTGAGAATAAATGGGTA-TTTTCTTATCAATGGACAGCGTTTGCTTTACATTTCGCAATGTA
194 TGAGTGAGTATAAAT-GG-ACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCA
** * * * * *
94861 AA-AGTCAAATTATGATCTGTACTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTTGTAA
256 AACA-TCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAA
*
94925 AGTTATAAATCCAATTAAAGC
320 AGTTATAAATCCACTTAAAGC
94946 AAAAAATAAG
Statistics
Matches: 5021, Mismatches: 1195, Indels: 534
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
327 50 0.01
331 2 0.00
333 54 0.01
334 149 0.03
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342 1047 0.21
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTT
TGCTTCATGTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
AATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATG
AGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACAT
CAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTAT
AAATCCACTTAAAGC
Found at i:89517 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 88124--97718 Score: 4683
Period size: 511 Copynumber: 18.6 Consensus size: 507
88114 AAGTTAGGGT
* * * * *
88124 GAGTAACAAAG-TTTCTAAAGGCATGAGTGAGTATAAATAAACTTTTTTTATCAATGGAAGGGTT
1 GAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GAC-TTTTTTATCAAT-GAATGCTT
* * ** * *
88188 TTGATCCACATTTCCCTACA--CAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAT
62 TTGCTTCATGTTT-CCTA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-
* * * * * *
88251 ATTCAATTTTAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCTACTTAATGCGAGTAAGAA-GCTTTCAAAGG
124 ATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * * *
88315 CATGAGT-AG---AAATGGACTTTTCCTGTTTATGGATGGCTTTGGCTTCGAAT-TTT-TCTATG
189 CATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ATGTTTCCCAATG
* * * ** * *
88374 TGAACATCAAATGCTGTTCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCTTTTATA
252 TAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATA
* * * * *
88439 AAGTTAT-AGTCCAC-TTAATATGAGTAAGAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGAGT-TGAAATAGA
317 AAGTTATAAATCCACTTTAA-GTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAT-AAATAGA
* * * * ** * *
88501 CTGTTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCTTCATGTTT-TCCAATGCAAACATCAAATGATGATTTG
380 CT-TTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCT-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
** * * * *
88565 ATTTT-GTAAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCATT-TAAAAGCTATAAATCCACTAAAA
443 -TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
*
88628 GT
506 GC
* * * * * * ** * **
88630 GAGTATCAAGGCTTCCGAAGGTATGAGTGAGTGTAAATAAACATTTTTTGTCAACAAAAGGGTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GAC-TTTTTTATCAATGAATGCTTTT
* ** *
88695 -CATTTCATGTTTCCCAATATAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAA
64 GC--TTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAA
* * * ** * * *
88758 TTCTATTCAGAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATCCGAGTAAGAAGGC-TTCTAAAGG
125 TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC-GAAGG
* * * * * * * * ** *
88822 AATGAGTGAGAATAAATAGATTTTTGTTATTAATGGATGGCTTTTACTTTATGTTTCCTTATATA
189 CATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTA
* * * * * * * * * * *
88887 AACGTCAAATTATGACCTTTTTTAACCAAATATGTAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTTG-TAC
254 AACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGATAA
* * * *
88951 AGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGAGTT
318 AGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTT
*
89016 ATTTTGTTC-ATAGATGGATTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
383 -TTTTG-TCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
*
89080 TAACAAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAATCGA-TGAAAAAGTTCTAAATCCACTTAAAAG-
446 TAACAAAAAATATAAAA-AATTCAATTTAAAATC-ATTGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGC
* * * * * *
89143 GAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATAAGTGAGTATAAATGTACTTGTTTTGTCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATG-ACTT-TTTTATCAATGAATGCTTTT
* * *
89208 GCTTCATGTTTTCTAATGTAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA
64 GCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA
* * *
89273 ATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCAACTAAAAAGGCTTTCGAAGGCATGA
129 ATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * ** * **
89338 GTGAGTATAAATTGACTTTTCTCATCAACAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAATGTAAACAT
194 GTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAAACAT
* * * * * * *
89403 GAAATGATGATATGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATGAAAAACTTAT
259 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTAT
* ** *
89468 AAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAACGAGTATAAATAGACTCTTTTTT
324 AAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT-TTTTTG
* ** * * *
89533 TCAATAGATGTCTTTTGCTTCATGTTTGTTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAA
388 TCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAA
* ** *
89598 AAATATATAAAGATTCAATTCT-AAATCATTTG-TGAAGTTATAAATCCACTTAATGC
453 AAATATA-AAAAATTCAATT-TAAAATCA-TTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * * *
89654 GACTAAGAAGGTTTTTGAAGGCATAAGTGAGTATAAATGAACAGTTTTTGTCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATG-AC-TTTTTTATCAATGAAT-GCTTT
* * * * * * * *
89719 T-CTTTCATGTTTCTTGATGTAAATATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
63 TGC-TTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * *
89783 T-AATTTAAAACCATTTGTATAGTTATAAGTCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGTA
126 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * * * * ***
89846 TAAGTGTGTATAAATGAACTTTTATTGTTAATAGATGGCTTTTGCTCCATG-TTCCCTAATACGA
191 TGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC-AATGTAA
* * *
89910 ACATCAAATGATGAT-TTTTGTTAA-TCAAAAATGT-AAAAAATTCAATCTAAAATCATTTG-TA
255 ACATCAAATGATGATCTGTT-TTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGATA
* * * * * *
89971 AAGTTATAAATCCA--TTAAATGCATGTAAGAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGAGAAAAAATAGA
317 AAGTTATAAATCCACTTTAAGTG-A-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA
* * * ** * ** * *
90034 CTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCTTGATGTAAATGTTAAATTATTATCTGT
380 CTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * * * * *
90099 GTTAAC--CAAA-A-AAACAA--CAACTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGT
444 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * * * *
90157 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTCAATGAGTATATATGGAGTTGTTTT-TCCCATGGATGCATT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTT-TTTTAT-CAATGAATGC-TT
* * * * **
90221 TTGCTTCATGGTTCCTAATGCAAACATCAAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAAATAAAAACAT
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AT
* * *** * ** * *
90286 TTAATTTAAAATTGA-TAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGT
126 TCAATTTAAAA-TCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *
90350 GTGAGTTAGTATAAATGGA-----C---TCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGAAA
190 ATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAA
* * * *
90407 ACATCAAATAATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAATTGA-TGAAA
255 ACATCAAATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGATA
* * * * * *
90470 AAGTTATAAATCTACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGGAGGCATGAGTGAGTATAAATAAACT
317 AAGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC-
* * * * * *
90535 TTTTTTGTCAA-CGAAAGAG-TTTTACTT--CATTATCTCAATGAAAACATCAAACTATGATATG
381 TTTTTTGTCAATAG-ATG-GCTTTTGCTTCACATT-TCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * * * * * * *
90596 TTTTAGCCTAAAAAGTA-AAACAATTTAATTTAAAACCATTTGTACAA-TTATAAATCCACTAAA
443 TTTTA-AC-AAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGAAAAAGTTATAAATCCACT-TA
*
90659 AAGT
504 AAGC
* * * * * * * *
90663 GAGTAACAAGCCTTTTGAAGGCATAAATGATTATATATAGACTTTTCATGTCAAT-AGATGACTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTTTT-TTATCAATGA-ATG-CTT
* ** * ** * * * *
90727 TTGCTCCACATTTCCTGATGTGAACATCAAATGATCATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAA
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * * *
90792 TAAATCTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCAATTAATGCAAGTAAGAAAGCTTTCGAAGGCA
126 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA
* ** * * * * *
90857 TGAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTGGTCAATGGATGACTTTTTCTTCATATTTCTCAGTGTAAA
191 TGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAAA
* * * * *
90922 TC-TCAAATTATGATCTG-TTTAA-TCAAAAATATAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTTATAAA
256 -CATCAAATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAA
* * ** * * * *
90984 GTTAT-AAT-CAGCTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTGTGAATGACTATAAATGGAGTT
319 GTTATAAATCCA-CTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACTT
* * * * * * * *
91047 GTTTTGCCCATAGATGGGTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAACTTATGATATGCTTT
383 -TTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTT
* *
91112 AACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAAG-
447 AACAAAAAATATAAAA-AATTCAATTTAAAATCA-TTGAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGC
* * * * * * *
91173 GAGTAACAAGGCTTTCAAAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACTTGTTTTATCAATGGATGTCTTG
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTT-TTTTATCAATGAATG-CTTT
* ** * * * * *
91238 CGCTTCATGTTTTTTAATACAAATATGAAATGATGATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAACT
63 TGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-T
* * *
91302 TCAATTTAAAAT--TGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAA-TAACAAGGC-TTCTAAA
126 TCAATTTAAAATCAT-TTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC-AAGTAACAAGGCTTTC-GAA
* * * * * * * * **
91363 AGTATGAGTGAATATAAATAGATTTTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGA
187 GGCATGAGTGAGTATAAATGGA--CTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
** * * * * * * *
91428 TGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATACAAAAACATTCAA--TGAAATCAATTG
250 TGTAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTG
* ** * * * * * *
91491 -TAAAGTTAT-AAT--ACATTAAAAGAATAA-ACAGGCTTACGAA-GTATGAGTTATTATAAATT
314 ATAAAGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATA
* * * * * * * * * * * *
91550 GACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TTTTAGATTTAAATTTCCCAATGTAAAGATGAAATGATGATC
378 GACTTT-TTTGTCAATAGATGGCTTTT-GCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * * ** *
91614 TATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTCAAAATTGA-AAAAAAAGTTTTAAATCCACTT-
441 TGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTA
*
91677 AAGT
504 AAGC
* * * *
91681 AAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTCCATCAATGGATGGCAT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTTTTTT--ATCAATGAAT-GCTT
** * * * * * * * *
91746 TCACTTCATATTTTCTGATGCGAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATT
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATT
* * * * * ** *
91811 CAATTTAAAATTATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAAAAACACTTTCAAAGGCAT
127 CAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * *
91876 GAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTGTCAATTATAAATGGAGTTGTTTGGTCCATGGATGGGTTT
192 GAGTGAGTATAAATGGAC----TTT-TC--TTATCAATGGA------TGG--C---------TTT
* * * * *
91940 TGCTTCATGTTTCCTAATGCAGACATCAAATTATGATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATT
233 TGCTTCATGTTTCCCAATGTAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* * * * *
92005 TAATTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATAAATCCAC-TTAACGTGAGTAAGAAGGCTTACAAAGGT
298 CAATTTAAAATCA-TTGATAAAGTTATAAATCCACTTTAA-GTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
92068 ATGAGTGAGTAAAAATAGACTTTTCATGTCAATAGATGG-TGTTTGCTTCACGTTTCT-AGATGC
361 ATGAGTGAGTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATAGATGGCT-TTTGCTTCACATTTCTCA-ATGC
* * * * * * * *
92131 GAACATCAAATGATGAT-T-TTTTAACCAAAAGTATAAAAATTTGAATTTAATATCATTTG-TAA
423 AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGAAAA
*
92193 AGTTTTAAATCCACTTAATA-C
487 AGTTATAAATCCACTTAA-AGC
* * * * *
92214 GAGGAAGAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAG-AGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTA-TAAAT-GACTTTT-TTATCAATGAAT-GCTT
* * * * ** ** * * *
92278 TTTCTTTATGTTTCATAATGTAAATGTCAAATTATGATCCATGTTAACCAAAAATGGTAAAAACT
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAT
** * * * * * *
92343 TCAGCTAAAAATCATTTATATAGCTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGTA
126 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * ** * *
92408 TGAGTGAGTATAAATGGAGTTGTT-TTGTCTATGGATGG-TTTTGCTTCACCTTTTCCAATGCAA
191 TGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAA
* * * * * * * * *
92471 ACATCAACTTATGATATGCTTTAACAAAAAACATAAAAGAATTCAATTT-AAAT-AGATGAAAAA
255 ACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGATAAA
* * * * *
92534 GTTATAAATCCA-TTTAAAAG-GAGTAACAAGGCTTTCAAAGTCGTGAGTAAATATAAATAGACT
319 GTTATAAATCCACTTT--AAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT
* * * * ** * * * * * *
92597 TGTTTTATCAATGGATGTCTTTCGCTTCATGTTTTTTAATACAAATATGAAATGATGATCTGTTT
382 T-TTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* *
92662 TAATC-AAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
446 TAA-CAAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * *
92725 GAATAACAAGGC-TTCTAAAAGTATGAGTGAGTATAAATAGATTTTTTTTTTATCAATGAATGGC
1 GAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GA---CTTTTTTATCAATGAAT-GC
* * * * * * *
92789 TTTTACTTCATGTTTCCTGATGCGAACATCAAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAC
60 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-
* * * * *
92854 ATTCAA-TTGAAATCAATTGTAAAGTTATAAATACA-TTAAAG-AGAATAACAAGGCTTACGAAG
124 ATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * ** * *
92916 GTATGAGTTATTATAAATTGACTTTCCTTATCAGTGGATGG-TTTTAGATTCAAATTTCTCAACG
188 GCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCCAATG
* * * * * * * * ** *
92980 TAAAGATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAATTCAAAATTGA-AAAA
252 TAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGAT
* * * * *
93044 AAAGTTTTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC
316 AAAGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC
* * * ** * * * * *
93109 TTTTTTCCATCAATGGATGGCATTCACTTCATATTT-TCTGATGCGAACATTAAATTATAATCTG
381 TTTTTT--GTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * ** **
93173 TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTG-TCAAGTTATAAATCCACTTATTG
443 TTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
93237 C
507 C
* * ** * * *
93238 GACTAAAAACACTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACATTTTTTTTTAT-AATGGATAGC
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GAC----TTTTTTATCAATGAAT-GC
* * * * *
93301 TTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAA-TCAAAACTGCAAACA
60 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAA-A
* ** * * ** * *
93365 AATTCAATTTAAAATAATTTACAAATTTATAGATCCACTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTCCGAAG
123 AATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * ** * * *
93430 GTATGAGTGAGAATAAATGAACTTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTTTGCTTTATGTTTCCAAATGT
188 GCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGT
* * * * * ** *
93495 AGACGTCAAATTATGATTTGTTTTAACT-AAAATATAAAAAACTTCAATCAAAAATCATTTATAA
253 AAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAA
* * * ** * *
93559 AGTTATAAATCTACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCGGGAGTGAGTATAAATGGAGTC
318 AGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT-
* * * * ** ** *
93624 GTTTTGTCTATAGATGGGTTTTGCTTCACATTTTTTGATGCAAATGTCAAATTATTATCTGTTTT
382 TTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTT
* * ** * * *
93689 CACAAAAAAATAAAAACAAATTCAATTTAAAATCAACGAATAAGTTATAAATCCACTTGAAGA
447 AAC-AAAAAATATAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * **
93752 GAGTAACAAGGCTTTGGAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGAGTTCTTTT-TCCCATGGATGGGGT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTT-TTTTAT-CAATGAAT-GCTT
** * * * * * *
93816 TTATTTCACGTTTCCTCATGCAAACATCAAATTATGATATGTTCTAACAAAAAATATAAAAAAAT
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAT
* ***** * **
93881 TCAATTTAAAGT-AGACAAAAAAGTTATAAATCCACTTATAGTGAGTAACAAGGCTTT-GAAAGG
126 TCAATTTAAAATCA-TTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCG-AAGG
* * * * * * *
93944 CGTGAGTAAGTATAAATGGACTTGTTC-TATTAATGGATGGCTGTTGCCTCATGTTTCCTAATGC
189 CATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGT
* * * * * ** * *
94008 AAACATGAAATGAT-ATTCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTGTTTATC
253 AAACATCAAATGATGA-TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATA
* * * * * * *
94072 AAGTTATAAATCCAC-TTAATGCGAGTGAGAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAGAATAAATACAC
317 AAGTTATAAATCCACTTTAA-GTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGAC
* * * * *
94136 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTGATGAAAATAT-AAATTATGATCTGT
381 TTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * * *
94199 TTAAACTAAAAATATAAAAAACTTCAACTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGC
444 TTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * *** * *
94264 TAGTAATAAAGTTTTC-AACAATATGAGTGACTATAAATGGACATTTTTCATCAATGAATGGCTT
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGAGTATAAAT-GAC-TTTTTTATCAATGAAT-GCTT
* * * *
94328 TTGTTGTACA--TTTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATTTGATTTAGA-TAAAAATGTAAAAA
62 TTGCT-T-CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA-ACTAAAAATGT--AAA
* * * * * *
94390 AAATT-AATTTAAAATCATCTATAGAGTTAT-AATCTACTTAAAG-AGAATAACAAGGCTTTCAA
122 AAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGA
* * * * * *
94452 AGGCATGAGTAATTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGATTCATGTTTCCCATT
186 AGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAT
* * * * * * * *
94517 GTAAACATAAAATGATGATATGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATCTAAAATTAATGAA
251 GTAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAT
* * * * * * *
94582 AAAGTTATAAATCCACTTAAAAT-AGGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGAGTATAAATCGA
316 AAAGTTATAAATCCACTTTAAGTGA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA
* * * * ** * *
94646 CTTTTTTGTCAATTGATGGCTTCTGCTTCACATTTCTCGACGTGAATATCAAATTATGATCTATT
380 CTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* ** * * *
94711 TTAACCAAAAATATAAACAAA-TCAGCTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATAAATCTACTTAATGC
445 TTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAATTTAAAATCA-TTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * *
94774 AAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAGAATAAATGGGTA-TTTTCTTATCAATGGACA-GC
1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT--G-ACTTTT-TTATCAAT-GA-ATGC
* * ** * ** *
94837 GTTTGCTTTACATTTCGC-AATGTAAA-AGTCAAATTATGATCTGTACTAACCAAAAATGTAAAA
60 TTTTGCTTCATGTTTC-CTAATGCAAACA-TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * ** * * * *
94900 AACTTCAACTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCAATTAAAGCAAAAAATAAGGATATCAAA
123 AA-TTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
* * * **
94965 GACGTGATTGAGTATAAATGAAGTTGTTTTGCTTCACGTTTTTAAGGCATGAGTGAGTATAAATG
187 GGCATGAGTGAGTATAAATG--G-ACTTTT-CTT-A------T----CA--A-TG-G-----ATG
* * * * *** * *
95030 GACCTTTTTTGTTTAACGTTTCCCGATGTTTGCTTGTCATAAATTGGACTTTGCTTGTCAATGGA
228 G--C--TTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAAAC--ATC--AAA-T-GA-------TG---AT--C
** **** ** * * ** * *
95095 TAGCTTTTGCCTCATGCTTCCCATTGTAAACA-TCAAATTATCATCTGTTTTAACTAAAAGTGTA
271 T-G-TTTTAACT-AAAAAT---A-TAAAAAAATTCAATTTAAAATC---ATTGA-T-AAAGT-T-
* ** * * * ** * *
95159 AAAAAATTTAATTTAAAATCGATGAAAATGTTATAAATCTACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTT
322 -ATAAATCCACTTT--AA--G-TG---A-GTAACAAGGCT--TTCGAA--G-GCA---------T
* *
95223 CGAAGGCATAAGGAAGTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTAC-TCTACATTTC
363 -G-A-G--T---G-AGTATAAATAGAC--TTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTC-ACATTTC
* * ** * * * * *
95287 TCAATACAAATATCAAATGGTGATTTATTTTAACTAAAAATGTAGAAAAATTCAATTGAAAATCA
416 TCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATATA-AAAAATTCAATTTAAAATCA
* * * * *
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480 -TTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* ** * * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GA-CTTTTTTATCAATGAAT-GCTTT
* ** * * * * * *
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63 TGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAT
* * * * *** * * ** *
95509 TCAATTTAAAATTA-ATGAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAATGAGTGACAAGACTTTAAAAGAC
126 TCAATTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * * * *** **
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190 ATGAGTGAGTAT-AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTA
* * * * * *
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254 AACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAA-ATCATTGATA
* * * * * * *** * * *
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* * * * ** * * *
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382 TTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATC-AAATTATGATCTGTTT
* * * * * * * * *
95829 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTTCAAATTATTTAGAAAGTAATAAATCCACTTAAAGT
446 TAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* ** * * * * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTTTT-TTATCAATGAATG-C-T-
* * * * * ** *
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61 TTTGCTT-CATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA-ACT-AAAAATGTAAA
* * * *
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* * ** * **
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* * ** * * * * * *
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249 ATGTAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * * * * *
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313 GATAAAGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATA
* * * *
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378 GACTTTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * * * * * *
96320 GTTTGAACCAAAAATTAAAAAAAAAAT-AATTTAAAATTAATAAAAAAGTTATAAATCTACTTAA
442 GTTTTAA-CAAAAAAT-ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
96384 AGC
505 AGC
** * * * * * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATG-ACTTTT-TTATCAAT-GAAT-GCTT
* * * * * ** * * **
96450 TTGATTCATATTTGCTAATGCAAACATGAAATGATGATCCATTTTGACCAAAAATACAAAAACAA
62 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAA-AA
* * * * * ** * *
96515 TT-AATTTCAAATTA-ATGAAAAAGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGTAATAA-G-TGTCATGAA
125 TTCAATTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC--GAA
* * ** * * *
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187 GGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTT-TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAT
* * * * **
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251 GTAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGAT
* * * * * * *
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316 AAA-GTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA
* * ** * * *
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380 CTT-TTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * * * *
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*
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507 C
* * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GACTTTTTT-ATCAATGAAT-GCTTT
* * * * * * *
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* ** ** * *
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126 TCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * *** **
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* * * * *
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254 AACATCAAATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATA
* ** * * * *
97216 AAGTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACT
317 AAGTTATAAATCCACTTTAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGACT
* * * ** * * *
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382 TTT-TTGTCAATAGATGGCTTTTG-CTTCACATTTCTCAATGCAAA-CATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
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444 TTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAG
*
97408 T
507 C
* * * * * * * * * * *
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1 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTAT-AAATGACTTTT-TTATCAATGAATGCTTTT
* ** * ** * * * * *
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* * * ** *
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126 TCAATTTAAAATCATTTGTA-AAG-TTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACA-AGGCTTTCGAAG
** * ** * * * * **
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* * * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * ** *
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** * * ** * * * * * *
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* * * ** *** * * *
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*** * *** * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * *
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** * * * * * *
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* ** * ** *
96110 T-G------CTTCACATTT-TCTGATGCAAATAGGAAATGATG
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
96209 GTAAAGTGAGTAACATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATTG
64 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGT-TTGTCAATGG
* * ** * * * *
96273 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAAATGCACATATCAAATTATG
128 ATGGCTTTTACTTCACATTTCTCAACACAAAAATAAAATCATG
* * * * ** * *
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1 ATCTATTTTAACTAAAAATGT---AAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAATGTTATAAATCTA
** * * * * * *
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63 CTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGTT--TGTCAAT
* * * ** * * *
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* * * ** * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *** * * *
96612 CGATGGCATTTGCTTCATGTTTC-CTAA-TTGAACATCAAATTATG
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
96720 AAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGA-CTTGTTTTGTGAATGTAT
66 AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTG-TTTGTCAATGGAT
* * ** * ** * *
96784 GGGTTTTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATAAAATGATG
130 GGCTTTTACTTCACATTTCTCAACACAAAAATAAAATCATG
* ** ** * *
96825 ATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACT
1 ATCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAATGTTATAAATCTACT
* * * * * * * * *
96890 TGAAGTGAGTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA-TTTTTTTCATAAATGAA
65 TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGTTT-GTCAATGGA
* * * ** *
96954 TAGG-TTTT-GTTGCACGTTTC-CTTATGCAAACATCAAAAT-ATG
129 T-GGCTTTTACTT-CACATTTCTC-AACACAAAAAT-AAAATCATG
* * * * * *
96996 GTC-AGATTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT-TATTTACAAA-GTTATAAATCC
1 ATCTA-TTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCGA-TGA-AAATGTTATAAATCT
** * * * * * *
97058 GTTTAAAGAGAATAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGATTATAAATGGA-CTT-TTCTAGTTAA
62 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGTT-T-GTCAA
** ** * * * * *
97121 TGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGATC-CAAACATCAAATTATG
125 TGGATGGCTTTTACTTCACATTTC-TCAACACAAAAATAAAATCATG
* * * *
97167 ATCTATTTCAA-TCAAAAATGAAAACAAATTCAATTTAAAATC-ATTTATAAA-GTTATAAATCC
1 ATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATCGA-TGA-AAATGTTATAAATCT
** * * * * * * *
97229 ACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTAAAT
62 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGT-TTGTCAAT
* ** ** * * *
97293 GGATGGCTTTGGAC-TCATGTTTCTC-ACTGAAAGTATCAAATTATG
126 GGATGGCTTT-TACTTCACATTTCTCAACACAAA-AATAAAATCATG
* * * * * * *
97338 ATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAATTTAAAATC-ATTTATAA-GTTTATAAATCCA
1 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCGA-TGAAAATG-TTATAAATCTA
* * ** * * * * * * * *
97401 TTTAGAGTAACTGACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTTACTATAAA-AGGA-CTTTTCTTGTCAGT
63 CTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATA-GACCTTGT-TTGTCAAT
97464 GGATGG-TTTTCACTTCACATTTCTCAA
126 GGATGGCTTTT-ACTTCACATTTCTCAA
97491 TTCAAACAAG
Statistics
Matches: 1721, Mismatches: 346, Indels: 230
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
151 5 0.00
152 4 0.00
153 38 0.02
154 62 0.04
155 2 0.00
156 1 0.00
157 3 0.00
158 1 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 1 0.00
167 8 0.00
168 141 0.08
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170 323 0.19
171 826 0.48
172 206 0.12
173 19 0.01
174 1 0.00
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCGATGAAAATGTTATAAATCTACTT
AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACCTTGTTTGTCAATGGATG
GCTTTTACTTCACATTTCTCAACACAAAAATAAAATCATG
Found at i:97380 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 96137--97716 Score: 1186
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
96127 TGCAAATAGG
* * * * * * * *
96137 AAATGATGATTTGTTTTAAC-AAAAAAAGTTAAACAATTCAATTTGAAATCAATAAAAAAGTTAT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTAT
* * * *
96201 AAATTCACGTAAAGTGAGTAACATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * *
96266 TCAATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAAATGCACATATC
130 TCAATGGATGGCTTTTGC-TCATGTTTCTAAATGCAAACATC
* * * * *
96308 AAATTATGATCTGTTTGAACCAAAAATTAAAAAAAAAAT-AATTTAAAATTAATAAAAAAGTTAT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA-TATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTAT
* * ** * * * *
96372 AAATCTACTTAAAGCGAGTAACAA-ATTTTTGAAGGGATGAGGGACTATAAATGAACTTTTCCTG
65 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
96436 TCAATCGATGGTTTTTGATTCATATTTGCT-AATGCAAACATG
130 TCAATGGATGGCTTTTG-CTCATGTTT-CTAAATGCAAACATC
* ** * * * *
96478 AAATGATGATCCATTTTGACCAAAAATACAAAAACAATT-AATTTCAAATTAATGAAAAAGTTAT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTAT
* * ** * * *
96542 CAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGTG-TCATGAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGA-TTTGTTT
65 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCT
* * * *
96605 TGCCAATCGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCTAATTG--AACATC
128 TGTCAATGGATGGCTTTTGC-TCATGTTT-CTAAATGCAAACATC
* * * * * *
96648 AAATTATGATCTATTTTAAC-AAACATA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAAATGTTATC
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATA
* * * *
96711 AATCCACTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGACTTGTT-TTG
66 AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTG
* * * * * *
96775 TGAATGTATGGGTTTTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATA
130 TCAATGGATGGCTTTTGC-TCATGTTTCTAAATGCAAACATC
* *
96817 AAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATA
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATA
* ** * * * *
96882 AATCCACTTGAAGTGAGTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGAGTATAAATAGA-TTTTTTTCA
66 AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-G
* * * * *
96946 TAAATGAATAGG-TTTTGTTGCACGTTTCCT-TATGCAAACATC
130 TCAATGGAT-GGCTTTTGCT-CATGTTT-CTAAATGCAAACATC
* * * * * * * * *
96988 AAAATATGGTCAGATTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTACAAAGTTATA
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATA
** * * * * *
97053 AATCCGTTTAAAGAGAATAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGT
66 AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * ** *
97118 TAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGATCCAAACATC
131 CAATGGATGGCTTTTG-CTCATGTTTCTAAATGCAAACATC
* * * * * * *
97159 AAATTATGATCTATTTCAA-TCAAAAATGA-AAACAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTA
1 AAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTA
** *
97222 TAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
64 TAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
97287 GTAAATGGATGGCTTTGGACTCATGTTTCTCACTG-AAAGTATC
129 GTCAATGGATGGCTTTTG-CTCATGTTTCTAAATGCAAA-CATC
* * * * ** *
97330 AAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAATTTAAAA-TCATTTATAAGTTTAT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAG-TTAT
* * * * * * *
97394 AAATCCATTTAGAGTAACTGACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTTACTATAAAAGGACTTTTCTTG
65 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * **
97459 TCAGTGGATGG-TTTTCACTTCACATTTCTCAATTCAAACAAG
130 TCAATGGATGGCTTTT-GC-TCATGTTTCTAAATGCAAACATC
* * * * * ** *
97501 AAACTATGATATGTTTTAAC-CAGAATGA-AAAAAAATTCAATTTGAAATCT--TTTATAAGATT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAAAT-TAATGAAAAAG-TT
* * ** *
97562 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGCATCGA-T---TATAAATCAACTATT
63 ATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACA-AGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
97622 CTCGTTAATGGATGACTTTTGATTGATGTTTCCT-GATGCAAACATG
126 CTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTCATGTTT-CTAAATGCAAACATC
* * * *
97668 AAATGATGATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAAT
1 AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAAT
97717 CAACATGAAA
Statistics
Matches: 1136, Mismatches: 227, Indels: 95
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 61 0.05
168 129 0.11
169 42 0.04
170 251 0.22
171 623 0.55
172 29 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATA
AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
CAATGGATGGCTTTTGCTCATGTTTCTAAATGCAAACATC
Found at i:97420 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 95122--97719 Score: 1155
Period size: 513 Copynumber: 5.1 Consensus size: 507
95112 TTCCCATTGT
* * * * * * *
95122 AAACATCAAATTATCATCTGTTTTAA-CTAAAAGTGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCGATGAAA
1 AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATC-AAAAATG-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAA
* ** * * * *
95186 ATGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAG-GAAGTATAAATAGAC
64 ATGTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
95250 TTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTACTCTACA--TTTCTCAATACAAATATCAAATGGTGATTT
128 -TTGTTTTGTAAATGGATGGCTTTGGCT-T-CATGTTTCTCAATGCAAACATAAAATGATGATAT
* ** * * * * * * *
95313 ATTTTAACTAAAAATGTAGAAAAATTCAATTGAAAATCATTTG-TAAAGTTATAGATCTACTT-A
190 GTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTA-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGA
* * * * ** * * * * * * *
95376 ATGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGTGTCAGTGAGTATAAATGGACCTTGT-TTGTCAATGGATG
254 A-GTAACTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGA-CTTTTCTTATAAATGAATG
* * * * * *
95440 GCTTTTTCTTCACATTTGTCAACGCAAA-AATAAAATCATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAA
317 G-TTTTACTTCACATTTCTCAATGCAAACAACAAAAT-ATGATATGATTTAAC-AAAAATGA-AA
* * * ** * * * *
95503 AATAATTCAATTTAAAAT-TAATGAAAA-AGTTATAAATTCACTTAAA-ATGAGTGACA-AGACT
378 AAAAATTCAATTTAAAATCT-TTTAAAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAAT-AAATAGGCT
** * * * ** * * *
95564 TTAAAAGACTTCAATGACTATAAAATGGAC-ATTTCTTGTTAATGGGT-AGCTTTTGCTTCATGT
439 TTTGAAGGCATC---GATTAT-AAATCAACTA-TTCTAGTTAATGGATGA-CTTTTGATTCATGT
*
95627 TTCCTGTTCC
498 TTCCTGATCC
* * * * * * ** * *
95637 AAATATCAAATTATGATCTGTTTTAAT-AAAAATGAAAAAAAATAAATTTAAACTTGATGAAAAA
1 AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATCAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAAAT
* * * * *** *
95701 GTTATAAATCTACTTAAA-ATAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAAAAAATATAAAT--ACAT
66 GTTATAAATCCACTTAAAGA-AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-T
* * * * * * * * *
95763 TTTTTTTTCAATGGATAGTTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTGCAAACATCAAAATGATGATCTATT
129 TGTTTTGTAAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACAT-AAAATGATGATATGTT
* ** * * * * * * * *
95828 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGTTTCAAATTATTTAGAAAGTAATAAATCCACTTAAAGTG
193 TTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGAAGTA
* * ** * * * * * * *
95893 AGTAATAAGGCTTTTAAAAGCATAAGTTACTATAAATA-GACTTTTGTTGTCAATGGATGACGTC
258 ACTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTATAAATGAATG--GT-
* * ** *
95957 TTT--TTTACATTTCTCAAGGCAAAC-ATGAAATGATGATCT-ATTTTAGTGTA-AAAAAT--AA
319 TTTACTTCACATTTCTCAATGCAAACAACAAAAT-ATGATATGA-TTTA----ACAAAAATGAAA
** * * * * * *
96015 AAAAATTC-ATTTAAAATCGATGAAAA-AGTTATAAATCCACTTAAAAAGAGT-AATAAGACTTT
378 AAAAATTCAATTTAAAATCTTTTAAAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGAGAATAAAT-AGGCTTT
* * * ** ** *
96077 CGAAGACAT-GAGTGAGTAAA--AA-TAAACT--TT--T-TTTG-C--TTCA--CAT-TTT-CTG
441 TGAAGGCATCGA-TTA-TAAATCAACTATTCTAGTTAATGGATGACTTTTGATTCATGTTTCCTG
*
96126 ATGC
504 ATCC
* ** * * * * * * * * **
96130 AAATAGGAAATGATGATTTGTTTTAA-CAAAAAAAGTTAAACAATTCAATTTGAAATCAATAAAA
1 AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATC-AAAAATG-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAA
* * * ** * *
96194 AAGTTATAAATTCACGTAAAGTGAGTAACATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
64 ATGTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * * * *
96259 T-TTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAAATGCACATATCAAATTATGATCTGTT
129 TGTT-TTGTAAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATAAAATGATGATATGTT
* * * * * * * *
96323 TGAACCAAAAATTAAAAAAAAAAT-AATTTAAAATTAATAAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGC
193 TTAACTAAAAA-TACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGAAGT
* * ** ** * * * * * * *
96387 GAGTAACAA-ATTTTTGAAGGGATGAGGGACTATAAATGAACTTTTCCTGTCAATCG-ATGGTTT
257 AACTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATAAAT-GAATGG-TT
* ** *
96450 TTGA-TTCATATTTGCT-AATGCAAAC-ATGAAATGATGATCCAT--TTTGACCAAAAAT-ACAA
320 TT-ACTTCACATTT-CTCAATGCAAACAACAAAAT-ATGAT--ATGATTT-AACAAAAATGA-AA
* * * * * * * *
96509 AAACAATT-AATTTCAAAT-TAATGAAAA-AGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGT-AATAAGTG-
378 AAA-AATTCAATTTAAAATCT-TTTAAAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGAGAATAAAT-AG-GC
** * ** * * * ** * * * *
96569 TCATGAAGGCGTGAGT-GAGTATAAATGGA-TTTGTTTTGCCAATCGATGGCATTTGCTTCATGT
438 TTTTGAAGGC---A-TCGATTATAAATCAACTAT-TCTAGTTAATGGATGACTTTTGATTCATGT
* *
96632 TTCCTAAT-T
498 TTCCTGATCC
* * * *
96641 GAACATCAAATTATGATCTATTTTAA-CAAACATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAAAT
1 AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATCAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAAAT
* ** * * *
96705 GTTATCAATCCACTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGACTTG
66 GTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTG
* * * * * *
96770 TTTTGTGAATGTATGGGTTTTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATAAAATGATGATCTGTTTTA
131 TTTTGTAAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATAAAATGATGATATGTTTTA
* *
96835 ACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGAAGTGAGT
196 ACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGAAGTAACT
* *
96900 AACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGAGTATAAATA-GA-TTTTTTTCATAAATGAATAGGTTTT-
261 AACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTT-ATAAATGAAT-GGTTTTA
* * * * * *
96962 GTTGCACGTTTC-CTTATGCAAACATCAAAATATGGTCA-GATTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
323 CTT-CACATTTCTC-AATGCAAACAACAAAATATGAT-ATGATTTAAC-AAAAATGAAAAAAAAT
* *
97025 TCAATTTAAAAT-TATTTACAAAG-TTATAAATCCGTTTAAAGAGAATAACA-AGGCTTTTGAAG
384 TCAATTTAAAATCT-TTTA-AAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAA-ATAGGCTTTTGAAG
* ** * * * *
97087 GCATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGTTAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGATCC
446 GCAT---CGATTATAAATCAACTATTCTAGTTAATGGATGACTTTTGATTCATGTTTCCTGATCC
* ***
97152 AAACATCAAATTATGATCTATTTCAATCAAAAATGAAAACAAATTCAATTTAAAATCATTTATAA
1 AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATCAAAAATGAAAA-AAATTCAATTTAAAATCAAGGA-AA
*
97217 A-GTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACT
64 ATGTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
97281 T-TTCTTGTAAATGGATGGCTTTGGAC-TCATGTTTCTCACTG-AAAGTATCAAATTATGATATG
129 TGTT-TTGTAAATGGATGGCTTTGG-CTTCATGTTTCTCAATGCAAA-CATAAAATGATGATATG
* * * * ** * *
97343 TTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTAATTTAAAA-TCATTTATAAGTTTATAAATCCA-TTTAG
191 TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAG-TTATAAATCCACTTGA-
* ** * * * * *
97406 AGTAACTGACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTTACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAGTGGATGGT
254 AGTAACTAACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATAAATGAATGGT
* * * * * *
97471 TTTCACTTCACATTTCTCAATTCAAACAAGAAACTATGATATGTTTTAACCAGAATGAAAAAAAA
319 TTT-ACTTCACATTTCTCAATGCAAACAACAAAATATGATATGATTTAACAAAAATGAAAAAAAA
* * * *
97536 TTCAATTTGAAATCTTTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAATAGGCTTTTGAAGGC
383 TTCAATTTAAAATCTTTTAAAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAAATAGGCTTTTGAAGGC
* * *
97601 ATCGATTATAAATCAACTATTCTCGTTAATGGATGACTTTTGATTGATGTTTCCTGATGC
448 ATCGATTATAAATCAACTATTCTAGTTAATGGATGACTTTTGATTCATGTTTCCTGATCC
* * * *
97661 AAACATGAAATGATGATCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAA
1 AAACATCAAATTATGATCT-ATTTAAATCAAAAATG-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAA
97720 CATGAAACAT
Statistics
Matches: 1634, Mismatches: 332, Indels: 240
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
492 10 0.01
493 28 0.02
494 80 0.05
495 190 0.12
496 46 0.03
497 8 0.00
498 2 0.00
499 6 0.00
500 2 0.00
501 1 0.00
503 2 0.00
504 1 0.00
505 4 0.00
506 4 0.00
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508 16 0.01
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510 164 0.10
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513 311 0.19
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515 24 0.01
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
AAACATCAAATTATGATCTATTTAAATCAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCAAGGAAAAT
GTTATAAATCCACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTG
TTTTGTAAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATAAAATGATGATATGTTTTA
ACTAAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTGAAGTAACT
AACAAGGCTTTCCAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATAAATGAATGGTTTTACTT
CACATTTCTCAATGCAAACAACAAAATATGATATGATTTAACAAAAATGAAAAAAAATTCAATTT
AAAATCTTTTAAAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAATAAATAGGCTTTTGAAGGCATCGATTA
TAAATCAACTATTCTAGTTAATGGATGACTTTTGATTCATGTTTCCTGATCC
Found at i:101838 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 101550--104292 Score: 1524
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 166
101540 AATGTCAAAG
* * * * * **
101550 TTATAAATCCAGTTAAAGCGAGCAACAAGGCTTACGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAAACTTTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTT
* * * * *
101615 TTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATAAAATGATGACCTGTTTTAA
62 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAA
* * *
101680 CTAAAAATATAAAGCAATTCAAGTTAAAATCATTTGTAAAA
127 CTAAAAATATAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * *
101721 TTGTAAATCCA-TATAATGTGACTGAAAAGGCCTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAATTGACTTT
1 TTATAAATCCACT-TAA-GCGA-T-AAAAGG-CTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
* * * * * * *
101785 TTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGAAAACATGAAATGATAATCTATTTTG
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTA
* * * *
101850 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAA
126 ACTAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * ** * *
101892 TTATAAATCTACTTAAAGTG-TGAAACTAGGCTTTCGAAGGCACCAGTGACAATAAA-TGAATTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGAT-AAA--AGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-A-CT
* ** * * * * **
101955 TTTCTTGTCAATGGATGATTTTTGCCTCACGTTTCTTGATGCAAACAACT-ACCT-ATGATCTGT
59 TTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAAC-A-TGAAATGATGATCTGT
* * * * **
102018 TTCAAGC-AAAAATGA-AACAAAATTCAATTTGATATCGTTTATATGA
122 TTTAA-CTAAAAAT-ATAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * * * **
102064 TTATAAAACCA-TTGGGAGCGATTAAATAGGATTTTGAAGGCCTAAGTGACTATAAATAAAC-TT
1 TTATAAATCCACTT--AAGCGA-TAAA-AGG-CTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
* * * * * * *
102127 TCTTATCAATGGATGGC-TTTGAATTCATGTTTCTTAGTGAAAACATCAAATTATGATATGTTTT
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTT
* * * **
102191 AACTACAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGT
125 AACTAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * * * * **
102233 TTATAAATCTATTTAGAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTTACTCTAAAAGGACTTTT
1 TTATAAATCCACTTA-AGCGA-TAA-AAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTT
* * ** * * * *
102298 CTTATCAGTGGAT--CATTTTCACTTCACATTTCTTTATGCAAACAAGAAACT-ATGATATGTTT
62 CTTATCAATGGATGGC-TTTT-GCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAA-TGATGATCTGTTT
* * * *
102360 TAACTAGAAATGA-AAAACAATTCAATTTGAAATCTTTTATAAGA
124 TAACTAAAAAT-ATAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * ** * *
102404 TTATAAAACCAGTTGAAGCGAGTAAATAGGCTTTCGAAGGCATGAACGATTATAAATCGACTTTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAAA-AGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTT
* * ** *
102469 CTTATCAATGGATGACTTTTGCTTGATGTTTCCCGATGCAAACATGAAATGATGATTTGTTTTAA
62 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAA
* * * * *
102534 ATAAAAATATAAAAAATTTTAATTTAAAATTAATGTA-AAAG
127 CTAAAAATATAAAAAA-TTCAATTTAAAA-TCATTTATAAAA
* ** * *
102575 TTATAAATCCAGTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTACAAAGGCATAAGTGCCTATAAA-TGAACTTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACTTT
* * *
102639 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCC-AATGCAAACATGAAATGCTGATCTATTTT
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTT
* * * * * *
102703 AACCAAACAT-TGAAAGCAATTCAAATTAAAATCATTTGTAAAG
125 AACTAAAAATAT-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * * *
102746 TTGTAAATCCACTTAATGCGATTGAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAATTGACATTG
1 TTATAAATCCACTTAA-GCGA-T-AAAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGAC-TTT
* * * ** * *
102811 T-TTGTTAATGGATGGTTTTTTATTCATGTTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTG
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTA
* * * * * *
102875 ACCAAAAATGTAAAAACATTTAATTCAAAATCATTTCTAAAG
126 ACTAAAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * * * * * ** * * *
102917 TTATAAATCTACTGAAAGTGAGAAGCTAGGCTTTCGAAAGTACCA-TGACAATAAATAGACTTGT
1 TTATAAATCCACT-TAAGCGATAA--AAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTT
** * ** * *
102981 CTTATCAATGGATGATTTTTGCTTCTTGTTT-CTCGGTGCAAACAACT-AACT-ATGATTTGTTT
62 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAAC-A-TGAAATGATGATCTGTTT
* * * * * **
103043 CAACCAGAAATGA-AACAAAGTTCAATTTGAAATCATTTATATGA
124 TAACTAAAAAT-ATAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * * * * * *
103087 TTATAAAACCA-TTGGGAGCAATTAAATAGCCTTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAGTTT
1 TTATAAATCCACTT--AAGCGA-TAAA-AGGC-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
* * * ** * * * *
103151 TCTTCTCAATGGATGGCTTTCGCTGCACATTTCCTAATCCAAACATCAAATTATGATCTCTTTTA
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTA
* *
103216 A-TGAAAAATGTAAAAAAAAAAATT-AATTTAACATCATTTA-AAAA
126 ACT-AAAAA--T---ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* ** ** * * *
103260 GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTACAAAAACATGAGTGCCTATAAATGGA-TAG
1 -TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACT-T
* *
103324 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCT-ATGCAAACATGAAATGAT-ATTCTATT
60 TTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGA-TCTGTT
* *
103387 TTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAG
123 TTAACTAAAAAT-ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * *
103432 TTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTT
* * * * * * * *
103497 CTTATTAATGGATAGCTTTTGC-TCTATGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGCTTTA
62 CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTA
* * * * * *
103561 ACCAGAAATGTAAAAACATTCAATTTGAAATTATTTATAAGA
126 ACTAAAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* * * *
103603 TTATAAATCTAGTTAAAGCGACTAACAAGGC-TTGAAAAGGCATGACTGACTATAAATGGACTTT
1 TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTTTG--AAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
* * * * * ** * * ** * * *
103667 TATTAGCAATGAATGGTTTTTGGTTCACATTTCATGATGTGAACAAGAAACT-ATGATCTATTTC
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAA-TGATGATCTGTTTT
* * * *
103731 AACTAGAAATGA-AAAAAATTCAATTTAAAATCCTTCATAAGA
125 AACTAAAAAT-ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
** * ** * ** * *
103773 TTATAAAAACATTTAAAGAAAATAAATAGGCTTTTAAAGGTGTG-GACGACTATAAATAGAC-TT
1 TTATAAATCCACTT-AAG-CGATAAA-AGGC-TTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATTGACTTT
* * * * ** * *
103836 TCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTT-GTCAATGCAAACACCAAATCATGATCTCTTTT
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTT
* * *
103900 AACTAAAAATGTGAAAAAAATTCAACTTAATATCATTTA-AAAA
125 AACTAAAAATAT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
** * * *
103943 GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCCTACGAAGGCATAAGTG-CCATAAATGGACTTT
1 -TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGG-CTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
** * * * *
104007 TCTTGCCAATGGATGAC-TTTGCTTCTTGTTT-TTCAATGCAAACATGAAATGATGATATGTTTT
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTT
* * * * *
104070 AACCAAAAATATAAATAAATGCAATCTAAAATCAGTGA-AAAA
125 AACTAAAAATATAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
* ** *
104112 GTTATAAATTCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
1 -TTATAAATCCACTT-AAGCGA-TAA-AAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
* * * * * *
104177 TCTTGTCAATGAATAGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATTATGCTCTGTTTTA
61 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTA
* *
104242 A-AAAATATATATAAAAATATTCAATTTAAAATCATTTATAAAG
126 ACTAAA-A-ATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
104285 TTATAAAT
1 TTATAAAT
104293 TCTCTTAAAG
Statistics
Matches: 1981, Mismatches: 458, Indels: 265
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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169 198 0.10
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175 16 0.01
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
TTATAAATCCACTTAAGCGATAAAAGGCTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTA
TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAACTAA
AAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAA
Found at i:102549 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 101547--104556 Score: 1961
Period size: 341 Copynumber: 8.8 Consensus size: 338
101537 ATCAATGTCA
* * * * * * **
101547 AAGTTATAAATCCAGTTAAAGCGAGCAACAAGGCTTACGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAAACT
1 AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *** *
101612 TTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATA-AAA-TGATGACCTGT
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* * * * * * * *
101675 TTTAACTAAAAAT-ATAAAGCAATTCAAGTTAAAATCATTTGTAAAATTGTAAATCCA-TATAAT
128 TTTAACCAAAAATGA-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACT-TAAA
* * * * * * * *
101738 GTGACTGAAA-AGGCCTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAATTGACTTTTTTTGTTAATGGATGGC
190 GCGAGT-AAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * * * *
101802 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGAAAACATGAAATGATAATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAAA
254 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
*
101867 ATTCAATTTAAAATCATTTCT
319 A-TCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * ** * *
101888 AGAATTATAAATCTACTTAAAGTGTGAAACT-AGGCTTTCGAAGGCACCAGTGACAATAAATGAA
1 A-AGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * ** *
101952 TTTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTTGCCTCACGTTTCTTGATGCAAACAACTACCTATGATCTG
64 -CTTTTCTTATCAATGGATGA-TTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTG
* * * * * * **
102017 TTTCAAGCAAAAATGAAACAAAATTCAATTTGATATCGTTTATATGATTATAAAACCA-TTGGGA
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* * * * * *
102081 GCGATTAAATAGGATTTTGAAGGCCTAAGTGACTATAAATAAAC-TTTCTTATCAATGGATGGC-
190 GCGAGTAAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * * *
102144 TTTGAATTCATGTTTCTTAGTGAAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTACAAATGTAAAAAA
255 TTTG-CTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
102209 ATCAATTTAAAATCATTTAT
319 ATCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * ** * * * *
102229 AAGTTTATAAATCTATTTAGAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTTACTCTAAAAGGAC
1 AAG-TTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *
102294 TTTTCTTATCAGTGGATCATTTTCACTTCACATTTCTTTATGCAAACAAGAAACTATGATATGTT
65 TTTTCTTATCAATGGATGATTTT-GCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTGTT
* * * * * *
102359 TTAACTAGAAATGAAAAACAATTCAATTTGAAATCTTTTATAAGATTATAAAACCAGTTGAAGCG
129 TTAACCAAAAATGAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCG
* ** * * * *
102424 AGTAAATAGGCTTTCGAAGGCATGAACGATTATAAATCGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTT
193 AGTAAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* ** * * * * * * *
102489 GCTTGATGTTTCCCGATGCAAACATGAAATGATGATTTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAATTTT
258 GCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATC
* * *
102554 AATTTAAAATTAATGTAA
322 AATTTAAAA-TCATTTAT
* * * * * * *
102572 AAGTTATAAATCCAGTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTACAAAGGCATAAGTGCCTATAAATGAACT
1 AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * *
102637 TTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-TCCAATGCAAACATGAAA-TGCTGATCTAT
66 TTTCTTATCAATGGAT-GATTTTGCTTCATGTTTCT-TGATGCAAACAAGAAACT-ATGATCTGT
* ** * * * * *
102700 TTTAACCAAACATTGAAAGCAATTCAAATTAAAATCATTTGTAA-AGTTGTAAATCCACTTAATG
128 TTTAACCAAA-AATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAG
* * * * * * * *
102764 CGATTGAGA-AGGCTTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAATTGACATTGT-TTGTTAATGGATGGT
191 CGAGT-AAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGC
** * * * * *
102827 TTTTTATTCATGTTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAC
254 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-
* * * *
102892 ATTTAATTCAAAATCATTTCT
318 AATCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * ** * *
102913 AAAGTTATAAATCTACTGAAAGTGAG-AAGCT-AGGCTTTCGAAAGTACCA-TGACAATAAATAG
1 -AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAA--TAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** *
102975 ACTTGTCTTATCAATGGATGATTTTTGCTTCTTGTTTCTCGGTGCAAACAACTAACTATGATTTG
63 ACTTTTCTTATCAATGGATGA-TTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTG
* * * * * **
103040 TTTCAACCAGAAATGAAACAAAGTTCAATTTGAAATCATTTATATGATTATAAAACCA-TTGGGA
127 TTTTAACCAAAAATGAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAA
* * * * * * * *
103104 GCAATTAAATAGCCTTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAGTTTTCTTCTCAATGGATGGCT
190 GCGAGTAAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * ** * *
103169 TTCGCTGCACATTTCCTAATCCAAACATCAAATTATGATCTCTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAA
255 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGT----AA
* * *
103233 AAAAATTAATTTAACATCATTTAAA
315 AAAAATCAATTTAAAATCATTT-AT
* * * ** *
103258 AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTACAAAAACATGAGTGCCTATAAATGGA-T
1 AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
103322 AGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCT-ATGCAAACATGAAA-TGAT-ATTCT
66 -TTTCTTATCAATGGAT-GATTTTGCTTCATG-TTTCTTGATGCAAACAAGAAACT-ATGA-TCT
* * * *
103384 ATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAATCCACTTAA
126 GTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAA
* ** * * * *
103448 AGCAAGTAACA-AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATAG
189 AGCGAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * * * *
103512 CTTTTGC-TCTATGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGCTTTAACCAGAAATGTAAAA
253 CTTTTGCTTC-ATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
103576 ACATTCAATTTGAAATTATTTAT
317 A-AATCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * *
103599 AAGATTATAAATCTAGTTAAAGCGACTAACAAGGCTTGA-AAAGGCATGACTGACTATAAATGGA
1 AAG-TTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-ACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** * ** *
103663 CTTTTATTAGCAATGAATGGTTTTTGGTTCACATTTCATGATGTGAACAAGAAACTATGATCTAT
64 CTTTTCTTATCAATGGAT-GATTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTGT
* * * * * * * **
103728 TTCAACTAGAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCCTTCATAAGATTATAAAAACATTTAAAGAA
128 TTTAACCAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCG
* * ** * *
103793 AATAAATAGGCTTTTAAAGGTGTG-GACGACTATAAATAGAC-TTTCTTGTTAATGGATGGCTTT
193 AGTAAATAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * *
103856 TGCTTCTTGTTT-GTCAATGCAAACACCAAATCATGATCTCTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAA
257 TGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAA
* * *
103920 TTCAACTTAATATCATTTAAA
320 -TCAATTTAAAATCATTT-AT
* * * * *
103941 AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCCTACGAAGGCATAAGTG-CCATAAATGGACT
1 AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * * *
104005 TTTCTTGCCAATGGATGACTTTGCTTCTTGTTT-TTCAATGCAAACATGAAA-TGATGATATGTT
66 TTTCTTATCAATGGATGATTTTGCTTCATGTTTCTT-GATGCAAACAAGAAACT-ATGATCTGTT
* * * * * ** *
104068 TTAACCAAAAAT-ATAAATAAATGCAATCTAAAATCAGTGA-AAAAGTTATAAATTCACTTAAAA
129 TTAACCAAAAATGA-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAG
* * * *
104131 TGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCT
191 CGAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * *
104195 TTTACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAATTATGCTCTGTTTTAA--AAAATATATATAAAA
255 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTA-AAAA
104258 ATATTCAATTTAAAATCATTTAT
318 A-A-TCAATTTAAAATCATTTAT
* * * *
104281 AAAGTTATAAATTCT-CTTAAAGAGAGTAAGAAGGAATAAGAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGAC
1 -AAGTTATAAA-TCTACTTAAAGCGAGT-------AAT---AAGGCTTACGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * ** *
104345 TAT-AA--GACTTTTTTTGTTAATGGATGACTTTTACGTCATGTTTCTAGACGTAAACATCAAAT
54 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGA-TTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAAC
* * * * ** * * * *
104407 TATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAGTAATTCCATTTAAAATTATTTATAA-AGTTATTAAT
118 TATGATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAA
* * ** * * * *
104471 CCACTTAAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATCAATGACAATAAAT-GAACTTTT-TCTGTT
181 CCACTTAAAGCGAGTAAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGTC
*
104534 AATGGATGGTTTTTGCTTCATGT
244 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
104557 CTCATGATGC
Statistics
Matches: 2059, Mismatches: 501, Indels: 209
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 57 0.03
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341 568 0.28
342 529 0.26
343 148 0.07
344 57 0.03
345 198 0.10
346 10 0.00
348 2 0.00
349 21 0.01
350 130 0.06
351 25 0.01
352 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
AAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTATCAATGGATGATTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTGTTTT
AACCAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGT
AAATAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
TCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCAATT
TAAAATCATTTAT
Found at i:103154 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 101585--104589 Score: 1810
Period size: 512 Copynumber: 5.8 Consensus size: 512
101575 CAAGGCTTAC
* * * * * *
101585 GAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAAACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCA
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCA
* * * *
101650 ATGCAAACATAAAATGATGACCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAGCAATTCAAGTTAAAATCATT
66 ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAGAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * *
101714 TGTAAAATTGTAAATCCA-TATAATGTGACTGAA-AAGGCCTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAA
131 TATAAAGTTATAAATCCACT-TAATGCGACT-AATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTATAAA
* * * * * *
101777 TTGACTTTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGAAAACATGAAATGATAAT
194 TGGACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCT-ATGCAAACATGAAATGATGAT
* * * *
101842 CTATTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAA-TTATAAATCTACTT
258 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAGTTATAAATCCACTG
* * * * * *
101906 AAAGTGTGAAACTAGGCTTTCGAAGGCACCAGTGACAATAAATGAATTTTTTCTTGTCAATGGAT
323 AAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCACCAGTGACAATAAATG-A-CTTTTCTTATCAATGGAT
* * * * * * *
101971 GATTTTTGCCTCACGTTTCTTGATGCAAACAACTACCTATGATCTGTTTCAAGCAAAAATGAAAC
386 GACTTTTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACAACTAACTATGATTTGTTTCAACCAAAAATGAAAC
* * * *
102036 AAAATTCAATTTGATATCGTTTATATGATTATAAAACCATTGGGAGCGATTAAATAGGATTTT
451 -AAATTCAATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGGGAGCGATTAAATAGGCTTTT
* * *
102099 GAAGGCCTAAGTGACTATAAATAAAC-TTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGAATTCATG-TTTCT
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTTC-
* * * * * * * *
102161 TAGTGAAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTACAAATGT-AAA-AAAATCAATTTAAAATCA
64 CAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAGAAATTCAATTTAAAATCA
* * * * *
102224 TTTAT-AAGTTTATAAATCTATTTAGA-GTGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTTACTCTA
129 TTTATAAAG-TTATAAATCCACTTA-ATGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTATA
* * * * ** * *
102287 AAAGGAC-TTTTCTTATCAGTGGAT--CATTTTCACTTCACATTTCTTTATGCAAACAAGAAACT
192 AATGGACATTTT-TTGTCAATGGATGGC-TTTTGA-TTCATGTTTC-CTATGCAAACATGAAA-T
* * * * * *
102349 -ATGATATGTTTTAACTAGAAATG-AAAAACAATTCAATTTGAAATC-TTT-TATAAGATTATAA
252 GATGATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAG-TTATAA
* * * * ** ** **
102410 AACCAGTTG-AAGCGAGTAAATAGGCTTTCGAAGGCATGAACGATTATAAATCGACTTTTCTTAT
315 ATCCA-CTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCACCAGTGACAATAAAT-GACTTTTCTTAT
* * * * **
102474 CAATGGATGACTTTTGCTTGATGTTTCCCGATGCAAAC-A-TGAAATGATGATTTGTTTTAAATA
378 CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACAACT-AACT-ATGATTTGTTTCAACCA
* * * * * * * ** *
102537 AAAAT-ATAAAAAATTTTAATTTAAAATTAATGTAAAAG-TTATAAATCCAGTT-AAAGCGAGTA
441 AAAATGA-AACAAA-TTCAATTTGAAA-TCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTGGGAGCGATTA
**
102599 ACA-AGGCTTAC
502 A-ATAGGCTTTT
* * * *
102610 AAAGGCATAAGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCCA
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCA
* * * * * * *
102675 ATGCAAACATGAAATGCTGATCTATTTTAACCAAACAT-TGAAAGCAATTCAAATTAAAATCATT
66 ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAGAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * * *
102739 TGTAAAGTTGTAAATCCACTTAATGCGATTGAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAAGTATAAATT
131 TATAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTATAAATG
* * * *
102804 GACATTGTTTGTTAATGGATGGTTTTTTATTCATGTTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCT
196 GACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCT-ATGCAAACATGAAATGATGATCT
* * * * *
102869 GTTTTGACCAAAAATGTAAAAACATTTAATTCAAAATCATTTCTA-AAGTTATAAATCTACTGAA
260 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAGTTATAAATCCACTGAA
* * *
102933 AGTGAG-AAGCTAGGCTTTCGAAAGTACCA-TGACAATAAATAGACTTGTCTTATCAATGGATGA
325 AGCGAGTAA-CTAGGCTTTCGAAAGCACCAGTGACAATAAAT-GACTTTTCTTATCAATGGATGA
* * * *
102996 TTTTTGCTTCTTGTTTCTCGGTGCAAACAACTAACTATGATTTGTTTCAACCAGAAATGAAACAA
388 CTTTTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACAACTAACTATGATTTGTTTCAACCAAAAATGAAACAA
* * *
103061 AGTTCAATTTGAAATCATTTATATGATTATAAAACCATTGGGAGCAATTAAATAGCCTTTT
453 A-TTCAATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGGGAGCGATTAAATAGGCTTTT
* * * * * * * **
103122 GAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAGTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTCGCTGCA-CATTTCCT
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-
* * * ** * *
103186 AATCCAAACATCAAATTATGATCTCTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAAAAATT-AATTTAACA
65 AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAA--T-ATGAAAGAAATTCAATTTAAAA
* * * * *** * **
103249 TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTACAAAAACATGAGTGCCTAT
126 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTAT
* * * *
103314 AAATGGATAGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCTATGCAAACATGAAATGAT
191 AAATGGACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATG-TTTCCTATGCAAACATGAAATGAT
* *
103379 -ATTCTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATA-AAGTTATAAATC
255 GA-TCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAACATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAGTTATAAATC
* * * ** * *
103441 CACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAA
318 CACTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAA-GCACCAGTGACAATAAAT-GACTTTTCTTATCAA
* * * * * *
103505 TGGAT-AGCTTTTGC-TCTATGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGCTTT-AACCAGA
381 TGGATGA-CTTTTGCTTC-ATGTTTCTCGATGCAAACAACTAACTATGATTTG-TTTCAACCAAA
* * * ** *
103567 AATGTAAA-AACATTCAATTTGAAATTATTTATAAGATTATAAATCTAGTT-AAAGCGACTAACA
443 AATG-AAACAA-ATTCAATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTGGGAGCGATTAA-A
**
103630 -AGGCTTGA
504 TAGGCTTTT
* * * * * * * * * * **
103638 AAAGGCATGACTGACTATAAATGGACTTTTATTAGCAATGAATGGTTTTTGGTTCA-CATTT-CA
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCA
** ** * * * *
103701 TGATGTGAACAAGAAACT-ATGATCTATTTCAACT-AGAA-ATGAAAAAAATTCAATTTAAAATC
66 --ATGCAAACATCAAA-TGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAGAAATTCAATTTAAAATC
* * ** * * ** * ** * *
103763 CTTCAT-AAGATTATAAAAACATTTAAAGAAAATAA-ATAGGCTTTT-AA-AGGTGTGGACGACT
128 ATTTATAAAG-TTATAAATCCACTTAATGCGACTAATA-AGGCTTTTGAAGACATGAGTA--ACT
* * * * * * * ** *
103824 ATAAATAGAC-TTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCTTGTTTGTCAATGCAAACACCAAATC
189 ATAAATGGACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTT-CCTATGCAAACATGAAATG
* * * * * * *
103888 ATGATCTCTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAATTCAACTTAATATCATTT-AAAAAGTTATAAAT
253 ATGATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAACATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAGTTATAAAT
* * * * * ** * **
103952 CCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCCTACGAAGGCATAAGTG-CCATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
317 CCACTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCACCAGTGACAATAAAT-GACTTTTCTTATCAA
* * * * * *
104016 TGGATGAC-TTTGCTTCTTGTTTTTCAATGCAAAC-A-TGAAATGATGATATGTTTTAACCAAAA
381 TGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACAACT-AACT-ATGATTTGTTTCAACCAAAA
* * * * * * * * ** ** ** *
104078 ATATAAATAAATGCAATCTAAAATCAGTGA-AAAAGTTATAAATTCACTT-AAAATGAGTAACA-
444 AT-GAAACAAATTCAATTTGAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCA-TTGGGAGCGATTAA-AT
*
104140 AGGCTTTC
505 AGGCTTTT
* * * * * *
104148 GAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTACTTCATG-TTTCC
1 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC
* * * *
104211 TAATGCAAACATGAAATTATGCTCTGTTTTAA--AAAATATAT-ATAAAAATATTCAATTTAAAA
65 -AATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAA-ATATGA-AAGAA-ATTCAATTTAAAA
* * * * * * *
104273 TCATTTATAAAGTTATAAATTCTCTTAAAGAGAGTAAGAAGGAATAAGAAGGC-TTTCAAAAGCA
126 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTT----A-A-T--G--CGACTAATAAGGCTTTTGAAGA-CA
* * * * *
104337 TGAGTGACTAT-AA--GACTTTTTTTGTTAATGGATGACTTTT-ACGTCATGTTT-CTA-GACGT
180 TGAGTAACTATAAATGGACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGA-TTCATGTTTCCTATG-C--
* * * * * * * * *
104396 AAACATCAAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAGTA-ATTCCATTTAAAATTATTTATA
241 AAACATGAAATGATGATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AACATTCAATTTAAAATCATTTCTA
* * * * *
104460 -AAGTTATTAATCCACTTAAAGCGAGTAACTAAGCTTTC-AAAGGCATCAATGACAATAAATGAA
305 GAAGTTATAAATCCACTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAA-GCACCAGTGACAATAAATG-A
** * * **
104523 CTTTTTCTGT-T-AATGGATGGTTTTTGCTTCATGTCTCAT-GATGCGAATGACTAACTATGATT
368 C-TTTTCT-TATCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-TCGATGCAAACAACTAACTATGATT
104585 TGTTT
430 TGTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATAAAGTTATAAATCCACTTAATGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAACTATAAATG
GACATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCTATGCAAACATGAAATGATGATCTA
TTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAATTTAAAATCATTTCTAGAAGTTATAAATCCACTGAAA
GCGAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCACCAGTGACAATAAATGACTTTTCTTATCAATGGATGACTT
TTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACAACTAACTATGATTTGTTTCAACCAAAAATGAAACAAATT
CAATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGGGAGCGATTAAATAGGCTTTT
Found at i:104409 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 104139--104487 Score: 413
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
104129 AATGAGTAAC
* * *
104139 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTACTTCA
1 AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTACGTCA
* * ** *
104204 TGTTTCCTAATGCAAACATGAAATTATGCTCTGTTTTA-AAAAATATATATAAAA-ATATTCAAT
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* *
104267 TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATTCTCTTAAAGAGAGTAAGAAGGAATAAG
127 TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAGGAATAAG
* * *
104321 AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTAT-A-AGACTTTTTTTGTTAATGGAT-GACTTTTACGTCA
1 AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAG-CTTTTACGTCA
* * * * *
104383 TGTTT-CTAGACGTAAACATCAAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAGTAATTCCATTT
65 TGTTTCCTA-ACGCAAACATCAAATTATAATCTATTTTAGAAAAAAATATAAAATAATTCAATTT
* * *
104447 AAAATTATTTATAAAGTTATTAATCCACTTAAAGCGAGTAA
129 AAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
104488 CTAAGCTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTACGTCAT
GTTTCCTAACGCAAACATCAAATTATAATCTATTTTAGAAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAA
AATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAGGAATAAG
Found at i:105139 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 105034--105197 Score: 177
Period size: 73 Copynumber: 2.2 Consensus size: 73
105024 CAAGAAATAG
* * * *
105034 TGTTAGTTGACTAAGAGTTTACTACCAAAAATTAGATTCAAAGACAGAA-ATGACTTAATTGACT
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***
105098 AAGAAGTTT
65 AAGAAGCAA
* * * * * *
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1 TGTTAGTCGACTAAGAGCTTACTACCAAAAATTAGATTCAAAGACAAAGACGACTTAATCGACTA
*
105172 AGTAGCAA
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*
105180 TGTTAGTCAACTAAGAGC
1 TGTTAGTCGACTAAGAGC
105198 ATTTTGCTTG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 15, Indels: 2
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.03
73 73 0.97
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (73 bp):
TGTTAGTCGACTAAGAGCTTACTACCAAAAATTAGATTCAAAGACAAAGACGACTTAATCGACTA
AGAAGCAA
Found at i:105722 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 105439--112172 Score: 3944
Period size: 171 Copynumber: 39.6 Consensus size: 170
105429 TGTAATGGAT
* * ** *
105439 TTATGAATCCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTCTT-AAAGGTATGAATGGCTATAAATGGACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCT-TTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
105503 TCTTATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTT-TCCAATGAAAACATCAAATTATGATATGTTTC
65 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT-
* * *
105567 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATAAAAAAT
128 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * ** * * *
105610 TTATGAATCCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTCTCAAAGGTATGAATGGCTATAAATAGACTTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTT
* *
105675 CTTGTCAATAGATGGCTTTTG-TATCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTCTTTAA
66 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTAA
* *
105739 ATAAAAAATGTAAAAAAAAGATTCAATTTAACATCATTTAAAAAG
130 A-CAAAAATGT--AAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * * * * * *
105784 TTATAAATCTACTTAAAGTGAGCAACAAGGCTTACAAAGGTA-AAAGTGCCTATGAATGGACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAA-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * **
105848 TCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-AGAT-AAAACATCAAATGATAATCTAAATT
65 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTT
* *
105911 -AACCAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
128 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* **
105953 TTATAAATCCACTTAAATCGAGTAAAACAA--C-TTCTAAAGGTATGGCTGACTATAAATGGACT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGT--AACAAGGCTTTC-AAAGGTATGAATGACTATAAATGGACT
* * * * **
106015 TTTCTTGTCAATGGATGGCCTGTGCTTCATGTTT-TCTAATCCAAACATGAAATTATTTTCTGTT
63 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTG-T
** * **
106079 TTAAA-AAAAATGTAAAATTACTCAATTTAAAATCATTTGTAAAG
126 TTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* ** * * * ** **
106123 TTATAAATCCATTTAAAGTAAATAAGAAAGCTTTTGAAGACAT-AGATGACTATAAATGGACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGA-ATGACTATAAATGGAC-TT
* * * * * *
106187 TTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAATGCAAAGATCAATTTAGGATTTGTTT
64 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * *
106251 TAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTGAAATCATTT-ATAAG
128 AAAC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * * * * *
106295 ATTGTAAATTCATTTAAAGCTAGTAACAAGGCTGTCAAAGG-ATGAGTGACTATAAATGGACTTT
1 -TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ** * *
106359 TCATATCAATAGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAAACAAGAAACTATGATCTGTTTTA
65 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTAA
*** * * *
106424 ACTTGAA-GTAAAAAAAAAATCAATTTGAAATCCTTTATAAGAA-
130 ACAAAAATGT--AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-AA-AAG
* * * * * * ** ** ** *
106467 -TATGAAA-CTATTTGAGGCAAGTAA-ATGGGCTTTTGAAGACATGAGGGA-TGATAAATGGATT
1 TTAT-AAATCCACTTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTCAAAGGTATGAATGACT-ATAAATGGACT
** * * ** * *
106528 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTT-TCTGATGCAAACATCGTATCATGATCTCTT
63 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCT-GT
* * * *
106592 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATTCAATATCATTTAAAAAG
126 TTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
** * * * * * * *
106637 TTATAAATTAACTTAAAACAAGTAATAAGACTTTCAAAGGTATATAAGTCAATATAAATGGACTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTAT-GAA-TGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
106702 TTTTTAGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAATGTAAACCTGAAATGAGGATTTATTT
64 TTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * * *
106767 TAACTAAAAATGTAAAACAATTAAATTTAAAATGATTTAAAAAG
128 AAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* ** * *
106811 TTATAAATCCTCTTAAAGCGAGT------GC---CAAAGACAT-AAGAGACTATAAATGAACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAA-TGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
106866 TCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTATTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTA
65 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTAA
** * *
106931 ACAAATAATGTAAAGTAATTCAACTTAAAATAATTT-AAAAG
130 ACAAA-AATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * * * * * * * * * *
106972 CTATAAATCCACTTCAAGCGAATAACTATGCTTTCTAAA-GCATCAGTGACAACAAATCGACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
107036 TCTTG-CAATAGATGG-TTTTCGCATCACGTTTC-CTAATGC-AA-A-C-AAGTATGATATGTTT
65 TCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * * * *
107094 TAACTAAAAATG-AAATAAAATTTAATTTGAAATCATTT-ATATG
128 AAAC-AAAAATGTAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * * ** *** * *
107137 ATTATAAATCCATTTAGAGTGAGTAA-ATAGGCTTTTGAAGGTATGAGCAACTATAATTAGACTT
1 -TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTT
** ** * * * *
107201 TTCTTG-CTAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCTTAATGCAAAGAACAAATTATGATATGTTT
64 TTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
*** * * * * *
107265 TTCCAACAATGTAGAAACAATTCAATTTAACATCACTAAAAAAG
128 AAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAG
* * * * *
107309 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTAACGATAAGTGGACTTT
1 TTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAA-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * *
107373 TCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTACACGTTTCGCAATACAAATATTAAATTATGATATATTTTA
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* * * * *
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* * * **
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * ** ** * * *
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* ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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65 TGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGAGT--AAATGGACTTTTTTTCTAAATGGATGGCTT
* * * ** *
111489 -TGA--C----TTTCGAATACAAACATCAAATGATGATCTA
128 TTGATTCATGTTTTCCAATGCAAAAAGAAAATGAT-AACTA
* * * * * * * *
111523 TTTTAGCCAAAAA--TAAAAAAAATCAATATAAAATCATTCAAAAAGTAATAAATTCACTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT-AATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA-
* * * * **
111586 C-GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTCTGAGTGACTGTAAATGAACTTTTTTGTC--AATCAATGGC
64 CTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGA--GTAAATGGACTTTTTT-TCTAAATGGATGGC
* * ** **
111648 TTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAGCATCAAAT--T-ACGGTA
126 TTTTGATTCATGTTTTCCAATGCAAAAAGAAAATGATAAC--TA
* * * * *
111689 TGTTTCAACTAAAAATGTAAAACAATTCAATTTGAAATTGATG-AAAAGCTTATAAATCCCCTTT
1 T-TTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTT-AAAATAATGAAAAAG-TTATAAATCCACTTA
* * * * * * * * * * * *
111753 AAGTGAGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGGGTGG
62 AACTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGA--GTAAATGGACTTTTTTTCTAAATGGATGG
* * * ** *
111818 CTTTT-ACTTCATCTTTTCCAATG-ATTACATCAAATGATTATCTA
125 CTTTTGA-TTCATGTTTTCCAATGCA-AAAAGAAAATGA-TAACTA
* *
111862 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAGGTCAATTTAAAATAGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCAATTTAAAATA-ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * * * * * *
111927 GTGAGTAATAAGACTTT-TAAAGGCATGAGGGAGTATAAATGGA-TAATTTTTGTCAATGCATGG
64 CTGAGTAACAAGGCTTTCGAAA-GTATGAGTGAG--TAAATGGACT-TTTTTTCTAAATGGATGG
* * * * * **
111990 CTTTTGCTTCATATTTTCTC-ATTCAAACATAAAATGATGATGTA
125 CTTTTGATTCATGTTTTC-CAATGCAAAAAGAAAATGAT-AACTA
* * **
112034 TTTTAACAATAAAAA--TAAAAAAATTCAATTTCAAATCATTTTAAAAG-TATTAAATCCACTT-
1 TTTTAAC--TAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT-AATGAAAAAGTTA-TAAATCCACTTA
* * * * * * *
112095 AA---AGTAACAAGGTTTTCGAAGGTATGGGTGACAATAAA--GACTTTTCTTGTCAATGGATGG
62 AACTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTG--AGTAAATGGACTTTTTTTCTAAATGGATGG
*
112155 CTTTTGCTTCATGTTT
125 CTTTTGATTCATGTTT
112171 CTTGATGCAT
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GAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGAGTGAGTAAATGGACTTTTTTTCTAAATGGATGGCTTTTG
ATTCATGTTTTCCAATGCAAAAAGAAAATGATAACTA
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114071 TCTATTATAG
* * *
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* * * * *
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* * * **
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* *
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* * * * * * **
114318 TAAGGCTTTCGAAGGTGTGGGTGAGTATATATAGACTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTACTTTG
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* *
114383 CGTTTGC-TAACGCAAACATAAAATGATGACCTGTTTTAA
128 TGTTT-CTTAACGCAAACATAAAATGATGACCTGGTTTAA
* * *
114422 CAAAAAAT-ATGAAAAAAATTAAATTTAAAATTAATAAAAAGGTTATAAATCTATTTAAAGTGAG
1 C-CAAAATGA--AAAAAAATTCAA-TTAAAATTAATAAAAA-GTTATAAATC-ACTTAAAGTGAG
* * * * * *
114486 TAAAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTATCAATTGATGGCTTTTG
60 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGAC--TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTG
*
114551 TTTCATGTTTCT
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
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GGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
TTCTTAACGCAAACATAAAATGATGACCTGGTTTAA
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Indices: 114585--119928 Score: 3733
Period size: 171 Copynumber: 31.3 Consensus size: 170
114575 GAAATTATGA
* * *
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* *
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* * * *** * * * *
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* * * * * * **
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65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC--CAAAAA-TGTAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCA
* ** *
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* * * * * **
114929 AAGGCATGAATGACTATTAACGGATTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TC-T
* * ** * ** * * * *
114994 --TG-AAATTATCAAACTACAATTTAATTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTAAAAATTAT
63 AATGCAAA-CATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * *
115056 TTATAAAGTTAGAAATTCACTTAAAGCGAGTACCAAGGCTTTCG
127 TTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* ** * * * * * *
115100 AAAGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAGTGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * * *
115165 TGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TG
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTT
* **
115229 A-AGAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGT-ACAAGGCTTTCG
129 ATA-AAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
*** * * * *
115270 AAAATATGAGTGAGTATAAATGGACTCTTTTTGTCAATAGATGGCTTTTG-TT-TTGCATTTACC
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACT-TTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG--TTTTCT
** * * * * * * * *
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63 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * * * *
115398 TGTAAAGTTATAAATCCAATTAATGGGAGTAAAAAGGTTTTCC
128 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * ** * * ** *
115441 AAGGCATGACTAACTATAAGCGGACTTTTTTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * * * **
115506 TACAAACAGCAAACTATGAACTATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAAACTTCAATTTGGAATCAT
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG--TAAAAAAA-TTCAATTTAAAATCAT
* * *
115571 TTAT-AGGATTATAAA-CCATTTAAA-CTGAGTAA-ATAGGCTTTTG
127 TTATAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGC-GAGTAACA-AGGCTTTCG
* * * * * * ** * ** *
115614 AAGGCTTAAGTGACTATTAATAGACTTTTCCTAACAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * **
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65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
** * * *
115744 A-AACAACTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAGAAGGTTTTCG
129 ATAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * * *
115786 AAAGTATGAGTAACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCT-
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTA
* * **
115850 ATGCAAACATCAAATTATAATCTGGTTTAA-CTGAAA-GTAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATT
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
*
115912 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCG
128 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
*** * * * * ** *
115955 AAGTTGTGGGTGA-TAATTATTGGACTTTTCTTGCCAATGGAAAGCTTTTG-TTCCACT-TTTCC
1 AAGGCATGAGTGAGT-ATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CA-TGTTTTC
* * * * * * *
116017 TGATGCAAAAATTAAATGATGATTTGTTTTAACAAAAAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATCAT
62 TAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * *
116082 TGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAG-GTAGTAACAAGGCTTTCG
127 TTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG-AGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
116126 AAGGCAAGAGTGAATATAAATGAACTTTTTTCGTCTATGGATAGCTTTTGTTTTA-GCTTTCTTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TA
* * * * * * *
116190 ATCCAAACATCAAATT-TGATCTATTTCAACCAACATTGTAAACAAATTCAATTTAAAATTATTT
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* ** * **
116254 ATAAAGTTATAAATCCCCTTAAAGAAAGTAACCAA-ACTTTTA
129 ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA-CAAGGCTTTCG
* * ** * * * ** * *
116296 AAGGCATTAGTGACTATAAATCAACTTTTTTTTTAAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * * *
116361 TCCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTAAAAATCATTTA
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
** *
116426 TAAAGTTATAAATCCACTTCAAA-AAAGTAAGAAGGCTTTCG
130 TAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * ** ** * *
116467 AAGGTATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGTATTACTTTTGCTTCACATTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * ** * * * *
116532 TGCAAACATGAAATGATGATCTGTTCTAATTAAAAATATAAATAAATTTAATTTAAAATTATTTA
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
* *
116597 -AAATTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCG
130 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * *
116637 AAGGCGTGAGTGAGTATAAATGCA-TTTGTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTT-T-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTA
* * ** * * * *
116701 ATACAAAAATCAAATTATGA-CATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATACAATTCAAAATTGA-
64 ATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCAT
* * * * *
116764 TGAAAAATTTATAAATCCACTTCAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
127 TTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * *
116808 AAAG-AGTGAGTGAGTATTAATGGACTTCTTTTCTCAATGGAAGGCATTTGCTTCATG-TTTCAT
1 AAGGCA-TGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-T
* * * * *
116871 GATGCAAACATCAAATTAT-ACTTTGTTTTAACGAAAAAATATAAGAAAATTCAATTTAAAATCA
63 AATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
* * * *** * * *
116935 ATGAAAAAGTTATAAATATGCTTAAAGTGAGGAACAAGGCTTTCA
126 TTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
** * * ** * * *
116980 AAGGTGTGAGTGAGTATATATGGACTTATTTGTTCAATATATGGCTTTCGCTTCATATTTCCTAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
** * * *
117045 TGCAAACATCAAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAT-AATTT-AAGTCATTT
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * **
117108 GTAAAGTTATAAATCGACTTAATGCGAGTAAGAAGATTTTCG
129 ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * * *
117150 AAGGCATAAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * * * * *
117215 TGCAAACATCAAATTATGATCTGCTTCAA-CAGAAATATATACAAATTCAA-CTAAAATCATTTA
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
*
117278 TAAAGTTATGAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TTCTG
130 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC-G
* ** ** * * *
117319 AAGGTATTTGTGAGTATAAACAGACTTTTTTTCTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * **
117384 TGTGAAACAGCAAATGATGATCTGTTTTAAATAAAAAAT-TCAAAAACAAATTCAATTTAAAATC
65 TG-CAAACATCAAATTATGATCTGTTTT-AACCAAAAATGT--AAAA-AAATTCAATTTAAAATC
* * * * * *
117448 ATTTGTAAAGTTATAAATTCGCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCA
125 ATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * *
117494 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGAACTTGTTTTTGTCAACT-GATAGCTTTTGCTTCACG-TTTCT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-T-TTTTTGTCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-
* * * * * * * *
117557 TGATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTAATCAAAAAAGGAAAAAAAATCAACTAAAAATCAA
62 TAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * *
117621 TTATAAAGTTATAAATCCAGTTAAAG-GTAATAATAAGGCTTTC-
127 TTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG-AGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * *
117664 AATGG--T--GTGAATATAAATAGAGTTGTTTT-ACTAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCCT
1 AA-GGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCT
* * * * ** * *
117724 GATGTAAATATCAAATTATGATATGTTTTAA-CAAAGAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAA
63 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * *
117788 TGAAAAAGTTATAAATCCACATAAAAG-GAGTAACAAGACTTTCG
127 TTATAAAGTTATAAATCCAC-TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * *
117832 AAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGACTTGTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTATG-TTTCTCA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCT-A
* * * * * * **
117896 ACGCAAACATCAAATTATGATTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAGTCAATATAAAATTGTTT
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
** * * **
117961 ATAAAGTTATGTATGCACTTAAAGCGAGTAACAAGGTTTTTA
129 ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
** * * * * * **
118003 AAAACATGAATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGGTTTGCTTTTGCTTCA-CATTTCTTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TA
* * * * * * * * *
118067 ATACGAACATTAAATGATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAGAAAATTCAATTTAAAAT-AGTT
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
*** * * *
118131 A-AAAGGTTATAAATCCACTTAAAGATTGCAACAAAGCTTTTG
129 ATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * *
118173 AAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTAG
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTA-
* * * * * * *
118237 ATGAAAACATGAAATGATGATATGTTTTAA-CAACAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATTGA-
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCAT
* * * * * *
118299 TGAAAAAGTTCTTAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCG
127 TTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
** * * * * * * *
118343 AAGGTTTGAGTGAGTATAAGTGGACTTGTTTTCTCAATGGATGACTTTTGCTTGATGCTTCCTGA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* * * * *
118408 TGCAAACATCAAATGATGATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCAATTTAAATTTATTTA
65 TGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
* *
118472 AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCG
130 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* ** * * * * **
118513 AAGGCATGAGTGAGTAT-AATGGACTTGTTTCCCAATGGATAGCTTTTGCTTTATGCTTCCCGAT
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAT
* * * * * * * *
118577 GCAAAGATCAAATGATGATCTATTTTAAACAAAAATGTATAAAAA-TCAAATTAAAGTCATTTAA
66 GCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* * **
118641 AAAGTTATAAAGCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTA
131 AAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * * **
118681 AAGGTATAAGTGAGTGTAAATGAACTTGTTTTATCAATGGAT-GCCTTTGCTTCA-CATTTCTTG
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-T-
* * * * * * * * *
118744 AGAT--AAATATCAAATTATGATCTATTTTAACGAGATATATAAACAAGATTCAATTTAAACTTA
63 A-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAATTTAAAATCA
* * * * * * *
118807 ATGAAAAAGTTAGAAATCTACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTG
126 TTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * *
118852 AAGGCGTGAGTTAGTATAAATGGACTTGTTTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTCAT-ATTTCTTA
1 AAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TA
* * * * * *
118916 ATTCAAATATCAAACTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAATTCAATTTATAATCATT
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATT
* ** * * * *
118981 TGTATGGTTATAAATCCACTTAATGTGAGAAAGAAGGCTTTC-
128 TATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * *
119023 AAAGCTATGAGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCCTG
1 AAGGC-ATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTA
* * * * *
119088 ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATT-AATTTAAAGTTGA-T
64 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAA-ATCATT
* * * **
119151 GAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAACAAGGCTTTCG
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* *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * ** **
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* * ** * * **
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** * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* ** *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * ** * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* *
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318 GAGTAACAAGGCTTTCGAAAGT
* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * ***
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* *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * * * ** * **
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* ** * * * *
117178 TCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGCTTCA
193 TCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA
* * * * * *
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*
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** ** * * * * * *
117324 ATTTGTGAGTATAAACAGACTTTTTTTCTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTGATGTGA
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* * * *
117389 AACAGCAAATGATGATCTGTTTTAAATAAAAAAT-TCAAAAACAAATTCAATTTAAAATCATTTG
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* * * * * * * *
117453 TAAAGTTATAAATTCGCTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAGTATAAATGAA
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* *
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189 CTT-TTCTTGTCAA-TGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTC-TAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * ** *
117581 TG-TTTAATCAAAAA-AGGAAAAAAAATCAACTAAAAATCAATTATAAAGTTATAAATCCAGTTA
251 TGTTTTAACCAAAAATA--TAAAAAATTCAATTTAAAATTGATTATAAAGTTATAAATCCACTTA
* *
117644 AAG-GTAATAATAAGGCTTTC--AA-T
314 AAGAG-AGTAACAAGGCTTTCGAAAGT
* * * * * * * *
117667 -GGTGTGAATATAAATAGAGTTGTTTT-ACTAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCCTGATGTA
1 ATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTC-AATGGATGGCTTTTGTTTCAT-TTTCCTAATGCA
* * * * *
117730 AATATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAGAAA-ATAAAAAAATTTAATTTAAAATCA-ATGAAA
63 AACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAA-AAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTG-AA
* * * * *
117793 AAGTTATAAATCCACATAAAAGGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGACT
126 AAGTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
117858 TGTT-TTGTCAATGGAT-GACTTTTGCTTTATG-TTTCTCAACGCAAACATCAAATTATGATTTT
191 T-TTCTTGTCAATGGATAG-CTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * * * ** *
117920 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAAGTCAATATAAAATTGTTTATAAAGTTATGTATGCACTTAAAG
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* * ** **
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317 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGT
* * * * * * * * * *
118008 ATGAATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATGGTTTGCTTTTGCTTCACATTTCTTAATACGA
1 ATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTCA-TTTTCCTAATGCAA
* * * * * * * * *
118073 ACATTAAATGATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAGAAAATTCAATTTAAAAT-AGTT-AAAAG
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*** * * * *
118136 GTTATAAATCCACTTAAAGATTGCAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTT
128 GTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
118201 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTAGATGAAAACATGAAATGATGATATGTTTT
193 TCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTT
* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
118413 ACATCAAATGATGATCA-GTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATCAATTTAAATTTATTTAAAAA
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** * *
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128 GTTATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * ** * * *
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193 TCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA
* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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192 TTCTT-GTCAATGGATAGCTTT
119929 AACCAAAAAT
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ATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTGAAAAGTT
ATAAATCCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACC
AAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATTGATTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACA
AGGCTTTCGAAAGT
Found at i:120204 original size:297 final size:298
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119620 TGATATGTTG
* *
119630 TAACCAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAATCATTTAAAGAGTTATAAATCCATTTAAAGAG
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* * * * * * *
119695 AGTAAGAAGGTTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTG
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* * * *
119760 CTTCACATTTCCTTATACAAACGTCAAATTATGATCTATTGTATCCGAAAATAAAAAAAAACCCA
131 CTTCACATTTCCTAATACAAACATCAAATTATGATATATTGTAACCGAAAATAAAAAAAAACCCA
* * * * * * * *
119825 ATTTAAAATCATTTATAAAGATATAAATCTACTTAAAGAAAGCAACAAGACTTTTAAAGGTGTGG
196 ATTGAAAATCATTTATAAAGATACAAATCCACCTAAAAAAAGCAACAAGACTTTCAAAGGTATGA
* * *
119890 GTGATTGTAATTGGACTTTTTTCGTCAATGGATAGCTT
261 GTGACTATAAATGGACTTTTTTCGTCAATGGATAGCTT
119928 TAACC-AAAAATATAATAA-AATTC-ATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCC-TCTTAAAG
1 TAACCAAAAAATATAA-AATAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCAT-TTAAAG
*
119989 CA-AGT-AGCAAGGATTTT-GAAAAGCATGACTGAA-TATAAATGGACCTTTCTTACTAATGGAT
64 -AGAGTAAG-AAGG-TTTTCG-AAAGCATGACT-AACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGGAT
* * * * ***
120050 GGCTTTTGTTTCACGTTTTCC-AATCCAAACATCAAATTATGATATGTT-TCAACC-AAAATGTG
124 GGC-TTTGCTTCAC-ATTTCCTAATACAAACATCAAATTATGATATATTGT-AACCGAAAATAAA
** * * *
120112 AAAAAATTCAATTGAAAATCATTTATAAAGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTC
186 AAAAAACCCAATTGAAAATCATTTATAAAGATACAAATCCACCTAAAAAAAGCAACAAGACTTTC
*
120177 GAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT
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120206 CCTTGTTAAT
Statistics
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TAACCAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGAG
AGTAAGAAGGTTTTCGAAAGCATGACTAACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGGATGGCTTTG
CTTCACATTTCCTAATACAAACATCAAATTATGATATATTGTAACCGAAAATAAAAAAAAACCCA
ATTGAAAATCATTTATAAAGATACAAATCCACCTAAAAAAAGCAACAAGACTTTCAAAGGTATGA
GTGACTATAAATGGACTTTTTTCGTCAATGGATAGCTT
Found at i:120372 original size:171 final size:170
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119916 AATGGATAGC
* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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126 CTTTTGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* ** * * * * *
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1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
* * * * *
120161 AAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGTTAATGGATGGCTTT
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** *
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* * *
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1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTA-AAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * ** * * * **
120331 AGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTTCTTATCAGTGGATTACTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
* * *
120396 TTGCTTCATGTTTCCTAATGAAAACATGAAATGATGATCTGT
129 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
120438 TTTAACTAAAGATG-TAAAAAATGCAATTTAAAATCGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTCAAG
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * *
120501 CA-AGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGACTGGGTGTAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGGT
65 -AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGAT-GGC
** * * *
120565 TTTTGCTTCACATTTCCTAATGCCAATATCAAATGATGATCAT-T
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* * * * * *
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1 T--TTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * * * *
120673 GTGAGTAATAATGCTTTCAAATGCATGAGTGAGTATAAATGGAGTTATTTTGTCATTGGATTGCT
64 GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCT
* * * *
120738 TTGGCTTCATGTTTCATGATGCAAACAT-AAA--ATGGA-CTTGC
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* * * * *
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1 TTTAACCAAAAATGAA-AAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * * * * *
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* * * *
120906 TTTTACTTCATGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGT
127 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * **** *
120950 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAA-TCAACTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATTTGTTTAATG
1 TTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * *
121014 CA-AGTAAGAAGGCTTTGGAAGGCATAAGTGAGAATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
65 -AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCT
* * *
121078 TTTGCTTCATATCTCCTAATGCAAA-AGTCAAATTATGATATGT
128 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACA-TCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
121121 TTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAAGTCAACTAAAAATCATTTATAAAGTTAGAAATCCACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * * * *
121185 CA-AGCAACAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGAGTATAAATGTAGTTGTTTTGTCAATAGAT-ACT
65 -AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCT
* * * *
121248 TTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACAGCAAATGATGATATGT
128 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
121291 TTTAACCAAAGATGTAAAAAAAGTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACCTAAA-A
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
* * * * * * * * **
121355 GAATAACAAGACTTCCAAAGGCATAAGTGAATATAGATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGATTTT
66 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTT
* * * * ** * *
121420 TGTTTCACGTTTCTTGATGCAAATGTCAAATTATGATTTGG
130 TGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
121461 TTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTAAAAATCATTTAAAACA-TTATAAATCCATTTAAA
1 TTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAA-AGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * *
121524 GCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATGGC
64 G-AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGC
* * * * * *
121588 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGTAAAAATGAAATGATGATATGC
127 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* ** * * * * * ** *
121632 ATTAATGAAAAAT-ATAAAAGATTCAATTCAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATTGACTTGGAA
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAA
* * * * * * *
121695 -AGTGTAATAAGACTTTTGAAGGCGTGAATGAGTATAAATGGACTTGTTTTGTCAATTGATGGCT
64 GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCT
** ** * * *
121759 TTTGCTTCACATTTTTTGATGCAAACATCAAATGATAATCTGT
128 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * *
121802 TTGAATCAAAAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATCACTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-
* * * * * * * *
121867 A-AATGAGAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GATTTTTCTTGTCAACGGATGGTTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTT
* ** * * * *
121930 TTTCTTCACATGTCC-ATATGAAAACATAAAATAATGATCTGT
129 TTGCTTCATGTTTCCTA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** * * * * *
121972 TTTAATGAAAAAT-ATAAACAATTCAATTTAAAATTGA-TCAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * * * ** * * *
122035 CGAGTAACATGGCTTTCAAAGACGTAAACGAGTGTAAATGGACTTGTTTTGTGAATGAATGGCTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTT
* * *
122100 TTGCTTTACAT-TTTCC-AATGTAAACAAT-AGATAATGATCTGT
129 TTGC-TT-CATGTTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGT
* * ** * * * ** * *
122142 TTTAACAAAAAATGTAAAAATTTTAAACTAAAAATCATTTATTAAGTTATAAATCCACATAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
* * * * * * *
122207 GAGCAACAAGGCTTTCGAATG--TGTGT-A-TAAAAATGGAGTTGGTTTGTCAATGTATGGCTTT
66 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTT
* * * *
122268 TGCTTCACGTTT-CTCAATGCAAACATCCAATCATGATTTGT
130 TGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * *
122309 TTT-AGCAAAAA-CATAAAAAAA-TAAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * ** *** * *
122371 GGAGTGACAAGACTTTTAAAGATGTGAGTGAGTATATATGGACTTGTTTTGTAAATGGATGGCTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTT
* * * *
122436 CTGCTTCATGTTTTCC-AATGCTAACATCAAATTATGGTCTAT
129 TTGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
122478 TTTAACCAAAGATGTAAAAACATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
** * * * *
122543 GAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCGTGAGTGAATATGAATGGACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTT
66 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTT-TGTCAATGGATGGCTTT
* * * *
122608 TGCTTTATG-TTCCTGATGCAGACATCAAATTACT-ATTTGT
130 TGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTA-TGATCTGT
** ** *
122648 TTTAATAAAAAATGTAAAATAAAA-TCAA-TTAAAA-CTATTTGTAAAGTTATAAATCTACTTAA
1 TTTAACCAAAAATG-AAAA-AAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
* * * * *
122710 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGGTATAAATTGACTATTTTTTGTCAATGGATGG
63 AGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC--TTTTTTGTCAATGGATGG
* * *
122775 CTTTTGCATCATGTTTCCTAATG-AGAACATCAAATGATGATCTAT
126 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCA-AACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
122820 TTTAACTAAAAAT-ATTAAAATATTAAATTTAAATTCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * * *
122884 TA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGGCT
65 -AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCT
** * * * * * *
122948 TTTTATTCATATTTCCTAATGTAAACATGAGATGATGATCTTT
128 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* ** * * * * *
122991 TTTTATGAAAAA-AAATAACAAAATTTAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACATAAA
1 TTTAACCAAAAATGAA-AA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
** * * * *
123055 -ACGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGAATATAAATGTATTTTTTTTGTCAATGGATGGC
64 GA-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGC
* * * * **
123119 TTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAATATGAAATGATGATAAGT
127 TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** * * * * * * *
123163 TTTAACCAAAAATGTCAAAATATTC-ATTTCAAAATTAATGAAAGAGTTATAATTCTACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTT-AAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * *
123227 CGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATTAGTGAGTATAAATGGACCTTTTTTGTCAATGGATGGCTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * *
123292 TCGCTTCTTGTTTGCCT-TTGCAAACATGAAATTATGATTTGC
129 TTGCTTCATGTTT-CCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
123334 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTT-AAATTAGTTTAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * * * * *
123398 CA-AGTCACAAGGCTTTCGAAAGTATAAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGGTGACT
65 -AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCT
* * ** **
123462 TTTTCTTCATGTTTCCTGATGCAAACATCAAACGATGATCTAA
128 TTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * * * *
123505 TTTAACAAAAAAATAAAAAAAAATTGAATTTACATTCGA-TGAAAAAGTTATATATCCATTTAAA
1 TTTAAC-CAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * *
123569 TAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTGA-GAGTGAGTATAAATGGAGTTGTTTTGTCAATGGATGGC
64 GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGC
* * *
123633 TTTTGTTTCATGTTT-CTAATTGCAAACAACAAATTATAATCTGT
127 TTTTGCTTCATGTTTCCTAA-TGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** ** * * * *
123677 TTTAATAAAAAATTTAAAAAACTTTAATTTAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-
* * * * * *
123742 A-AGTAACAAGGTTTTTGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATTGATGGCTT
65 AGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTT
* * ** *
123806 TTGCTTCATGTTTCCCAAAGTGAACATCAAATTATGATATGT
129 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** ** * * * * * * * *
123848 TTTAATGAAAAATGAGCAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAGGTTATAATTTCAATTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
* * * * * * *
123913 GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATAGATGGCTTT
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** * * *
123978 TGC-TCACATTT-CTCAGTGCAAATATCAAATTATGATTTGT
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* * * * * *** * *
124018 TTT-A--AAGAATGTAAAAAAGTTAAATTTAAAATTAACGAACAAGTTATAAATCCACTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
* * * ** *
124080 GAGTAA-AGAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACAGTTTTTACCAATGAATGGC-T
66 GAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTT
** * *
124143 TTGCTTCACATTTCTTGATGCAAACATCAAAT
129 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAAT
124175 GTTGATTTCT
Statistics
Matches: 3229, Mismatches: 715, Indels: 272
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 51 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA
GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT
GCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
Found at i:120375 original size:468 final size:467
Alignment explanation
Indices: 119534--120377 Score: 1067
Period size: 468 Copynumber: 1.8 Consensus size: 467
119524 GGAAATAGGT
* * * * *
119534 TTTTGAAAGCATGATTGACTATCAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTTATATTT
1 TTTTGAAAGCATGACTGAATATAAATGGACCTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTACTTTATATTT
* * *
119599 CCTAATGCAAACGTCAAATTATGATATGTTGTAACCAAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAAT
66 CCTAATCCAAACATCAAATTATGATATGTTGTAACC-AAAAATATAAAATAATTCAATTGAAAAT
* ** * * * * *
119664 CATTTAAAGAGTTATAAATCCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGTTTTCGAAGGCATTAGTAACTATA
130 CATTTAAAGAGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATA
* * * * *
119729 AGTGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTGCTTCACATTTCCTTATACAAACGTCAAATTATGA
195 AATGGACTTTCCTTGCCAATGGATGGCTTTGCTTCACATTTCCTGATACAAACATCAAATTATGA
* * * *
119794 TCTATTGTATCCGAAAATAAAAAAAAACCCAATTTAAAATCATTTATAAAGATATAAATCTACTT
260 TCTATTGTAACCAAAAATAAAAAAAAACCCAATCTAAAATCATTTATAAAGATATAAATCCACTT
** * **** *
119859 AAAGAAAGCAACAAGACTTTTAAAGGTGTGGGTGATTGTAATTGGACTTTTTTCGTCAATGGATA
325 AAAGAAAGCAACAAGACTTTTAAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTTTTCGTCAATGGATA
119924 GCTTTAACCAAAAATATAATAAAATTCATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAG
390 GCTTTAACCAAAAATATAATAAAATTCATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAG
119989 CAAGTAGCAAGGA
455 CAAGTAGCAAGGA
*
120002 TTTTGAAAAGCATGACTGAATATAAATGGACCTTTCTTACT-AATGGATGGCTTTT-GTTTCACG
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*
120065 T-TTTCC-AATCCAAACATCAAATTATGATATGTT-TCAACC-AAAATGTGAAAA-AATTCAATT
61 TATTTCCTAATCCAAACATCAAATTATGATATGTTGT-AACCAAAAATAT-AAAATAATTCAATT
*
120125 GAAAATCATTTATAA-AGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGT
124 GAAAATCATTTA-AAGAGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* ** *
120189 GACTATAAATGGACTTTCCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGATGCAAACATCA
188 AACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGGATGGC-TTTGCTTCACATTTCCTGATACAAACATCA
* * * ** *
120254 AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-CTACAAATCATTTATAAAGCTATA
252 AATTATGATCTATTGTAACCAAAAATAAAAAAAAACCCAATCTA-AAATCATTTATAAAGATATA
* * * * *
120318 AATCCACTTAAAGAGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTT
316 AATCCACTTAAAGAAAGCAACAAGACTTTTAAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTT
120378 CTTATCAGTG
Statistics
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468 140 0.44
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470 6 0.02
471 1 0.00
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Consensus pattern (467 bp):
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CCTAATCCAAACATCAAATTATGATATGTTGTAACCAAAAATATAAAATAATTCAATTGAAAATC
ATTTAAAGAGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAA
ATGGACTTTCCTTGCCAATGGATGGCTTTGCTTCACATTTCCTGATACAAACATCAAATTATGAT
CTATTGTAACCAAAAATAAAAAAAAACCCAATCTAAAATCATTTATAAAGATATAAATCCACTTA
AAGAAAGCAACAAGACTTTTAAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTTTTCGTCAATGGATAG
CTTTAACCAAAAATATAATAAAATTCATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGC
AAGTAGCAAGGA
Found at i:123077 original size:514 final size:509
Alignment explanation
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Period size: 514 Copynumber: 8.3 Consensus size: 509
119923 AGCTTTAACC
* * *
119933 AAAAATATAATAAAATTC-ATTTAAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGCAAGTAGC
1 AAAAATATAA-AAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
* * * * *
119997 AAGGATTTTGAAAAGCATGACTGAATATAAATGGAC-CTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGTT
65 AAGGCTTTT-AAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTCTGT-C-AATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
120060 TCACGTTTTCC-AATCCAAACATCAAATTATGATATGTTTCAAC-CAAAATGTGAAAAAATTCAA
127 TCA--TGTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * ***
120123 TTGAAAATCATTTATAAAGTTACAAATCCACCTAAAAAAAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-TATGA
190 TT-AAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA
* ** * ** *
120187 GTGACTATAAATGGACTTTCCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGATGCAAACAT
253 GTGAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACAT
* * * * *
120252 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAA-CTACAAATCATTTATAAAGCT
318 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTA-AAATCATTTAAAAAGTT
* * * * *
120315 ATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCACAAATGGACTTTTC
381 ATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * * * *
120379 TTATCAGTGGATTACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGAAAACATGAAATGATGATCTGTTTTAAC
445 TTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTAA-
120444 T
509 T
* * * * *
120445 AAAGATGTAAAAAATGCAATTTAAAATCGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTCAAGCAAGTAACA
1 AAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACA
* * ** * * *
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66 AGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGGAT-GGCTTTTGCTT--
* * * * * * *
120575 CAT-TTCCTAATGCCAATATCAAATGATGATCAT-TTCCTAAACCAAGAATGT-AAAAAATTTAA
128 CATGTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGAT-ATGTT--TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
120637 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATTCTCTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAATGCATGAG
190 -TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * * *
120702 TGAGTATAAATGGAGTTATTTTGTCATTGGATTGCTTTGGCTTCATGTTTCATGATGCAAACATA
254 TGAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATC
* * * * * *
120767 AAATG--GA-CTTGCTTAAACAAAAAATA-ACAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAGAGTT
319 AAATGATGATC-TGTTTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTT
* * * * * *
120827 ATAAATCCACTTAAAGCGAGGAACAAGGCTTTCGACGACACGAA-TGAGTATAAATGGACTTGTT
381 ATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA-TAAGTGACTATAAATGGACTT-TT
* * * * * * * * *
120891 -TT-ACTAATGAATAGCTTTTACTTCATGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTA
444 CTTGTC-AATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTA
120954 ACT
508 A-T
* * * * * * * **** * *
120957 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATTTGTTTAATGCAAGTAAG
1 AAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
** *
121022 AAGGCTTTGGAAGGCATAAGTGAGA-ATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
65 AAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGA-ATATAAATGGACTTTTTC-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
121085 CATATCTCCTAATGCAAA-AGTCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAGTCAAC
128 CATGT-TCCTAATGCAAACA-TCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-
* * ** * * *
121149 TAAAAATCATTTATAAAGTTAGAAATCCACTTAAAGCAAGCAACAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGT
190 TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
121214 GAGTATAAATGTAGTTGTTTTGTCAATAGAT-ACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACAGCA
255 GAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCA
* * * * * *
121278 AATGATGATATGTTTTAACCAAAGATGTAAAAAAAGTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAA
320 AATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA
* * * * * * *
121343 ATCTACCTAAAAG-AA-TAACAAGACTTCCAAAGGCATAAGTGAATATAGATGGACTTTTCTTGT
385 ATCCA-CTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * ** * *
121406 CAATAGAT-GATTTTTGTTTCACGTTTCTTGATGCAAATGTCAAATTATGAT-TTGGTTTAAT
449 CAATGGATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTT-TTTTAAT
* * * * *
121467 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCATTTAAAACA-TTATAAATCCATTTAAAGCAAGTA
1 -AAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTA
* * * * * *
121531 ATAAGGCTTTCAAAGGTATGAATGACTATAAATGGA-GTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
63 ACAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTC-TGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * ** ** * *
121595 TCATGTTTCCTAATGTAAAAATGAAATGATGATATGCATTAATGAAAAATAT-AAAAGATTCAAT
127 TCATG-TTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * ** * * * *
121659 TCAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATTGACTTGGAAAGT--GTAATAAGACTTTTGAAGGCGTG
191 T-AAAA-TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTT--AAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTG
* * * ** ** *
121721 AATGAGTATAAATGGACTTGTTTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTGATGCAAACA
252 AGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACA
* * * * *
121786 TCAAATGATAATCTGTTTGAA-TCAAAAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAATCACTTAAAAAGTT
317 TCAAATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * * * *
121850 ATAAATCCACTTAAAGCAAATGAGAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GATTTTTCT
381 ATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * *
121914 TGTCAACGGATGGTTTTTTCTTCACATGTCC-ATATGAAAACATAAAATAATGATCTGTTTTAAT
446 TGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-ATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTAAT
* ** * * *
121978 GAAAAATATAAACAATTCAATTTAAAATTGATCAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAAC
1 -AAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
* * * * * ** * * * *
122043 ATGGCTTTCAAAGACGTAAACGAGTGTAAATGGACTTGTTT-TGTGAATGAATGGCTTTTGCTTT
65 AAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTT-TTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT
* * * * * ** *
122107 ACATTTTCC-AATGTAAACAAT-AGATAATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATTTTAAAC
128 -CATGTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-
* * * * * *
122170 TAAAAATCATTTATTAAGTTATAAATCCACATAAAGTGAGCAACAAGGCTTTCGAATG--TGTGT
190 TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * ** * *
122233 -A-TAAAAATGGAGTTGGTTTGTCAATGTATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAATGCAAACATC
255 GAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATC
* * * * * * * *
122295 CAATCATGATTTGTTTTAGC-AAAAACATAAAAAAA-TAAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATA
319 AAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATA
** * * ** *** * * *
122358 AATCCACTTAAAGGGAGTGACAAGACTTTTAAAGATGTGAGTGAGTATATATGGACTTGTT-TTG
384 AATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTG
* * * * * * * *
122422 TAAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTTTCC-AATGCTAACATCAAATTATGGTCTATTTTAACC
448 TCAATGGATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTAA-T
* * * * * * **
122485 AAAGATGTAAAAACATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAAC
1 AAAAATATAAAAA-ATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
* * * *
122550 AAGGCTTTTAAAGGCGTGAGTGAATATGAATGGACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTA
65 AAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
122615 TGTTCCTGATGCAGACATCAAATTACT-ATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAATAAAATCAATTA
130 TGTTCCTAATGCAAACATCAAATTA-TGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTA
* * * *
122679 AAA-CTATTTGTAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGG
193 AAATC-ATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA
* *
122743 GTATAAATTGACTATTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTAATG-AGAACATCA
257 GTATAAATGGACT-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCA-AACATCA
* * * * * *
122807 AATGATGATCTATTTTAACTAAAAATATTAAAATATTAAATTTAAATTCATTTATAAAGTTATAA
320 AATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA
* * * * * *
122872 ATCCACTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATC
385 ATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * *
122937 AATGGATGGCTTTTTATTCATATTTCCTAATGTAAACATGAGATGATGATCTTTTTTTAT
450 AATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTAAT
* * * * *
122997 GAAAAAAAATAACAAAATTTAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACATAAAACGAGTA
1 --AAAAATATAA-AAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTA
* * * *
123062 ACAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGAATATAAATGTATTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
63 ACAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * * * *
123127 CATGTTTCCCAATGCAAATATGAAATGATGATAAGTTTTAACCAAAAATGTCAAAATATTCATTT
128 CATG-TTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATT
* * * * * * * *
123192 CAAAATTAATGA-AAGAGTTATAATTCTACTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATT-AG
192 -AAAATCATTTATAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAG
* * * *
123255 TGAGTATAAATGGACCTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCTTGTTTGCCT-TTGCAAACAT
254 TGAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAATGCAAACAT
* * * * * *
123319 GAAATTATGATTTGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTT-AAATTAGTTTAAAAAGTTA
318 CAAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTTAAAAAGTTA
* * * * *
123383 TAAATTCACTTAAAGCAAGTCACAAGGCTTTCGAAAGTATAAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTT
382 TAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
123448 GTCAATGGGTGACTTTTTCTTCATGTTTCCTGATGCAAACATCAAACGATGATCTAATTTAACAA
447 GTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCT-TTTTTA-AT
* * * * * * * *
123513 AAAAATAAAAAAAAATTGAATTTACATTCGATGAAAAAGTTATATATCCATTTAAA-TAGAGTAA
1 AAAAAT-ATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAA
* * * * *
123577 CAAGGCTTTTGAAGGTGA-GAGTGAGTATAAATGGAGTTGTTT-TGTCAATGGATGGCTTTTGTT
64 CAAGGCTTTTAAAGG-CATGAGTGAATATAAATGGACTT-TTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * *
123640 TCATGTTTCTAATTGCAAACAACAAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAACTTTAAT
127 TCATGTTCCTAA-TGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-
* * * * * *
123705 TTAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGTTTTTGAAGGCATGCGT
190 TTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * * **
123770 GACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGTGAACATCA
255 GAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCA
* * ** * * * *
123835 AATTATGATATGTTTTAA-TGAAAAATGA-GCAAAAATTCAATTTAAAATTAATGAAAAGGTTAT
320 AATGATGATCTGTTTTAACT-AAAAAT-ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * ** * * * * *
123898 AATTTCAATTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTG
383 AAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * * *
123963 CCAATAGATGGCTTTTGC-TCACATTT-CTCAGTGCAAATATCAAATTATGAT-TTGTTTT-A-
448 TCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATGATGATCTT-TTTTAAT
* * * * * * **
124022 AAGAATGTAAAAAAGTTAAATTTAAAATTAACGAACAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA-
1 AAAAATATAAAAAA-TTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
** * * * ** *
124086 AGAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACAGTTTT-TACCAATGAATGGC-TTTGCTT
65 A-AGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC-TTTTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* *
124149 CACAT-TTCTTGATGCAAACATCAAAT
128 --CATGTTCCTAATGCAAACATCAAAT
124175 GTTGATTTCT
Statistics
Matches: 2955, Mismatches: 648, Indels: 258
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 75 0.03
506 157 0.05
507 164 0.06
508 32 0.01
509 97 0.03
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516 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
AAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACA
AGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
GTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAA
TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTAT
AAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGAT
GATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
TTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTTTTTTAAT
Found at i:129111 original size:338 final size:339
Alignment explanation
Indices: 128374--129175 Score: 938
Period size: 338 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
128364 CAGTCGTTAC
* * **
128374 AAAATTCAA-CTAAAAATCATTTATAAAGGTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCA
1 AAAACTCAAGCTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCA
* * * * * * * * *
128438 ATGGCATGAGTTAGTATAAATAGACTTTTTTTTTAATGAATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCCAA
66 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTAG-TTCACGTTTTCCAA
* * * * *
128502 TGTAAACATTAAATGATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAATTTAAAATCGTTTA
130 AGTAAACATCAAATGATGATCTGTGTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCATTTA
** * *
128567 AAAAGTAATAAATCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGAGTGACTAAAAATGAA
194 AAAAGTAATAAATCCACATAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAATCATGAGTGACTAAAAATGAA
* * * **
128632 CTTTTGTTGTCAATGGATGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAACGATGATCTGTT
259 CTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAACGATAATCTCAT
*
128697 TTAACAAAAAATATAA
324 TCAACAAAAAATATAA
* ** * * * * * *
128713 AAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGATTAACAAGGCTTTTA
1 AAAACTCAAGCTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCA
*
128777 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGGCTTTTAGTTCACGTTTTCTAA
66 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTAGTTCACGTTTTCCAA
* * * *
128842 AGTAAACATCAAATTATGATCTGTGTT-A-AAAAATGTAAAAAAGTTAAATTTGAAATCATTTAG
130 AGTAAACATCAAATGATGATCTGTGTTAACAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCATTTAA
* * * *
128905 AAAGTTATATATCCACATAAAGCAAGTAACAAGGCTTTC-AAATACATGAGTGACTACAAATGGA
195 AAAGTAATAAATCCACATAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAAT-CATGAGTGACTAAAAATGAA
* * * * * * *
128969 CTTTTCTTGTCGATTGATGGGTTTTGCTTGATGTTTCCTGATGCAAACAT-CAACTTATAATTTC
259 CTTTTCTTGTCAATGGAT-GGTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAAC-GATAATCTC
* *
129033 ATTCAACCAAAAATGTAA
322 ATTCAACAAAAAATATAA
129051 AACAACTC-AGCTAAAAATCATTTATAAAGTTA-AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
1 AA-AACTCAAGCTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * *
129114 AAAGGTATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTATTTCACGTTTT
65 AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTAGTTCACGTTTT
129176 TCAATGCAAA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 66, Indels: 17
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.01
337 100 0.26
338 143 0.37
339 85 0.22
340 57 0.15
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
AAAACTCAAGCTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCA
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTAGTTCACGTTTTCCAAA
GTAAACATCAAATGATGATCTGTGTTAACAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCATTTAAA
AAGTAATAAATCCACATAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAATCATGAGTGACTAAAAATGAACT
TTTCTTGTCAATGGATGGTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATGAAACGATAATCTCATTC
AACAAAAAATATAA
Found at i:129185 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 128374--129174 Score: 808
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
128364 CAGTCGTTAC
* * *
128374 AAAATTCAACTAAAAATCATTTATAAAGGTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAA
1 AAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAA
* * * * * * * * *
128439 TGGCATGAGTTAGTATAAAT-AGACTTTT-TTTTTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
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* *
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* * * * * *
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63 ACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTT
* * * *
134958 CATGTTTCTCAATACAAACATCAAATGAT-ACTCTTTTTTAACAA
127 CATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGA-TATATTTTAAC-T
* * *
135002 AAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTA-AAATGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTA
* * * * * * **
135065 ACAAGGC-TTCTGAAGGCATGAGT-AATTGTAAATAGACTTATTTTGTCAATGCATAACTTTTGC
63 ACAAGGCTTTC-AAAGGCATAAGTGAA-TATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-C
* ** * * *
135128 TTCGTGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATTATCTGA-TTTAA-T
125 TTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATAT-ATTTTAACT
** *
135172 CAAAAATGTAAAAAA-AAAATTTAAAATCATAT-ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAATAA
1 -AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAT-TGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
* * * * * *
135235 CCAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC
64 CAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTC
* * * * *
135300 ATGTTTCCCTATGCAAACA-CGAAATGATGATTTGTTTGAACT
128 ATGTTTCTCAATGCAAACATC-AAATGATGATATATTTTAACT
* * * * *
135342 GAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTAAAAATCCACTTTAAGCA-AGTA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTA
* * * * * * *
135405 A-TAGGCTTTCAAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGATTTTTTTTGTCAAAT-GATGGATTTTATT
63 ACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTC-AATGGATGGCTTTT-CT
** * * * ** * * * *
135468 TCACATTT-TTAGATGTAGATGTCAAATTATTATCTGTTTTAACT
126 TCATGTTTCTCA-ATGCAAACATCAAATGATGATATATTTTAACT
* * * * * * * *
135512 GAAAATATAAATAAATTCAATTTAAAATCTTTTG-TAAAGTTGTAAATCTAGTTAATGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATC-ATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
* * * ** * * * * * ** *
135576 GAAGTCTTTCGAAGATATGAGAGAGTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGGATTACTTTTACATC
64 CAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTC
* * * * ** * *
135641 AGGTTTGTTAATCCAAACATCAAATTCT-AAACTATTTTAACC
128 ATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATA-TATTTTAACT
* ** * * * * *
135683 AGAAATACAAAAAAAATCAA-CTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTATAGCA-AGTG
1 AAAAAT-GTAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTA
* * * * ** *
135746 ACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATTAT-AATAGACTTTTTTTATCAACAGATAGCTTTTACTT
63 ACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTT
* * *
135810 CACGTTT-TCTAATGAAAACATCAAATGATGATATGTTTTAA-T
127 CATGTTTCTC-AATGCAAACATCAAATGATGATATATTTTAACT
* * * * * **
135852 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAGATCAATT-AAAAAG-GATAAATCTTCTTAAA-ACGAGT
1 -AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-GAGT
* *** * * * * * * * *
135914 AACAATGCTTTTGTAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATGGATAGCTTTTATT
62 AACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CT
* ** * ** * *
135979 TC-TAGTTTC-CCATTTACAACATTAAATGATGACCTGTTCTAA-T
126 TCAT-GTTTCTCAATGCA-AACATCAAATGATGATATATTTTAACT
* * * *
136022 AAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAATAATT--TAAATGTCATAAATCCACTTACAGCA-AG
1 -AAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAG-AGAG
* * * * * * * **
136084 TAATAAAGC-TTCTAAAGGCATCAGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTG
61 TAACAAGGCTTTC-AAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-
* ** * * * *
136148 TTTCACATTTCTCAATGCAAGCATCATATTATGATCT-TATTTAACT
124 CTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATATAT-TTTAACT
* * * * * * * *
136194 AAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATCACCT-ATAAAGTTACAAATCCACTTGAAGTGGGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
* * * * * * * * * * *
136258 TAAGGGTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGAACTCTTCTTGTCAAAGGATTGTTTTTACTTC
64 CAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTC
* * * *
136322 ATAG-TTCAT-AATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTGAACT
128 AT-GTTTC-TCAATGCAAACATCAAATGATGATATATTTTAACT
* * * * * *
136364 AAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGATTAAA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGT--A
* * * * * * * * *
136429 AAAAGGCTTTCAAAGGGATAAGTGAGTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATCGCTTGCTTTTGTTT
63 ACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTT
* * ** * ** * * *
136494 CACGTTTCTCGATATAAATAAAAAATTATGATTTGA-TTTAACC
127 CATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATAT-ATTTTAACT
* * * * *
136537 AAAAATGTATAAAATTTCAA-TTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGGGTAA
1 AAAAATGTA-AAAAATTCAATTTAAAA-TCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
* * * * * * * * *
136600 CAATGCTTTCGAAGACATAAGTGAGA-ATAAGTGGACTTTTCTTATGAATGGATGACATTTGC-T
64 CAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGA-ATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGC-TTTTCTT
* * * *
136663 CACGTTTCTCAGTGCAAATATCAAATTATGAT
127 CATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGAT
136695 CTGTTTTAGA
Statistics
Matches: 5260, Mismatches: 1263, Indels: 853
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
150 3 0.00
151 46 0.01
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153 3 0.00
154 13 0.00
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181 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACA
AGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTCTTCATG
TTTCTCAATGCAAACATCAAATGATGATATATTTTAACT
Found at i:130617 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 130201--131354 Score: 484
Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 168
130191 ACCTTTCTTG
* * * * *
130201 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGAAAACGTCAAATTATGATCTATTTTAAACAA
1 TCAATGGATGGC-TTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTT-AACAA
*** * * * *
130266 AAAA-GTAAAAAAAATTCAACAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAACA
64 AAAATGT--AAAAAATTCAACAAAAATCAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACA
**** * * * * *
130330 AGGCTTTCGAAACCATGAGTGAGTTTAAATGGACTTGTTTTG
127 AGGAAGCCGAAACCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTTTTA
* * * * *
130372 TCAATGGCTGGCTTT-CTCTTCATGTTTTTCAATGTAAACATCAAATGATGATCTATTTTAACTA
1 TCAATGGATGGCTTTGCT-TT-ATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAA
* ** *
130436 AAAATGTAAAAAATTTAATTTAAAATTAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAA
64 AAAATGTAAAAAATTCAA-CAAAAATCAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAA
* ** *
130501 GGAAGCCGGAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTTTTA
128 GGAAGCCGAAACCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTTTTA
* *
130542 TCAATGGATGGCTTTGCTTTATGTTTCTCGATCTAAACATCAAATTATGATCAATTTTAACAAAA
1 TCAATGGATGGCTTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAA
* * ** * * * * *
130607 AATGTAAAAAAAGTCAATTAAAAATCATTTG-TAAAGTTATGAATCCAC-TAAATGTGAGTAAGA
66 AATGT-AAAAAATTCAA-CAAAAATCA-AAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAA-GAGAGTAACA
**** ** * *
130670 AGGCTTTC-AAAGGTATAAGTGAGTATAAATAGACTT-TTCTTG
127 AGGAAGCCGAAA-CCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTT-TTA
* * * * * * * * *
130712 TCAATTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTGTCTATGCAAACATCAAATTATGTTATGTTTTAATC-A
1 TCAATGGATGGC-TTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAA-CAA
* *** * * * * *
130776 AAAATATAAAAAATTCAACCAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGCAATAA
64 AAAATGTAAAAAATTCAA-CAAAAATCAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAA
****** ** * * * *
130841 GGCTTTTTAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTG
128 GGAAGCCGAAACCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTTTTA
* * * * * * * * * *
130882 TCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCCAATGCAAACAT-GAATAGATTATATGTTTTAACAA
1 TCAATGGATGGC-TTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAAT-TATGATCTATTTTAACAA
** ** * ** * * * *
130946 AAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTG-TAAGGTTATAAATCCACTTAATGGGAATAAG
64 AAAATGTAAAA-AATTCAA-CAAAAATCA-AAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAAC
**** * * *
131010 AAGGCTTTCAAAAGCATGAA-T-AAGTATAAA-AGGACTT-TTCTTG
126 AAGGAAGCCGAAACCAT-AAGTGAA-TATAAATA-GACTTGTT-TTA
* * * * * * * **
131053 TCAATTGATTGCTTGTGCTTCATGTTT-TCTAATGCAAACATCAAATTATGATATATTCTAACCT
1 TCAATGGATGGCTT-TGCTTTATGTTTCTC-GATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAA
* *** * * * * *
131117 AAAATGTAAAAACATTCAACTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATCCACTGAAAGCGAGTAATA
64 AAAATGTAAAAA-ATTCAAC-AAAAATCAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACA
** *** ** * * *
131182 AGGCTGTTTAAGGCATAAGAGAATATAAATGGACTTGTTTTG
127 AGGAAGCCGAAACCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTTTTA
* * * * * * * * * * * * * *
131224 TTAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCCAATGCAAACATCTAATGATAATTTGTCTTAGCTAA
1 TCAATGGATGGC-TTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAA
* * * * * *
131289 AAATATAAAAAATTCAATTAAAAAT-AGATAAAAAATTTACAAATCCACTTCAAGAGAGTAACAA
65 AAATGTAAAAAATTCAA-CAAAAATCAAAGAAAAAA-TTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAA
131353 GG
128 GG
131355 CTTCTGAAGG
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 166, Indels: 77
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 75 0.10
170 347 0.45
171 342 0.44
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
TCAATGGATGGCTTTGCTTTATGTTTCTCGATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAA
AATGTAAAAAATTCAACAAAAATCAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGA
AGCCGAAACCATAAGTGAATATAAATAGACTTGTTTTA
Found at i:130675 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 129690--136695 Score: 2314
Period size: 512 Copynumber: 13.8 Consensus size: 507
129680 TTGGCAACAA
* ** * * * *
129690 ATGGCTTTTGCTTTAAATTTCCTGATGCAAACATCAAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGT-
* ***
129755 AAAAAAAAATTTATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
65 -AAAAAAAATTCAACAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
* ** * **
129820 TAAATGGCATAAGTGAGTATAAATGAACTTTTTTGTCAATAAATGACTTTTGCTTCA-CATTTTC
129 TAAA--GCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTTTC
* * *
129884 TGATGCAATCATCGAATTATAATCTTTCTTAACTAAAAATGTAAAAAACAAATTCAATTTAAAAT
191 -AATGCAAACATCGAATGATAATCTTT-TTAACTAAAAATGT---AAA-AAATTCAATTTAAAAT
** * * * * *
129949 CATCTATAAAGTTATAAATCCACTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCGTAGGTGAGTAT
250 CATAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-GAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATAT
* * ** * *
130013 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTC-CTTATGTAAACATCAAATTA
314 AAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAATTA
** * * * *
130077 TGATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATCAATCCA
378 TGATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCA
* * * * * *
130142 CTTAATACGACTAAAAAGGCTTTTAAAAGAATAAGCGACTATAAGATGGACCTTTCTTGTCAATG
443 CTAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAA-ATGGACCTTTCTTGTCAATG
130207 G
507 G
* * * *
130208 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGAAAACGTCAAATTATGATCTATTTTAAACAAAAAAGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
*
130273 AAAAAAATTCAACAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
66 AAAAAAATTCAACAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT-
* * * *
130338 GAAACCATGAGTGAGTTTAAATGGACTTGTTTTGTCAATGGCTGGCTTTCTCTTCATGTTTTTCA
130 -AAAGCATAAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTTTTCA
* * * * * *
130403 ATGTAAACATCAAATGATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAATTTAAAATTAAAGA
192 ATGCAAACATCGAATGATAATCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATAGA
* * **** **
130468 AAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGAAGCCGGAGGCATAAGTGAATATAAATAGA
256 TAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGA
* * *
130533 CTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTGCTTTATGTTTCTC-GATCTAAACATCAAATTATGATCAAT
321 CTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAATTATGATCAAT
* * *
130597 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAGTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATGAATCCACTAAATGT
386 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTAAATGC
* * * * * * * *
130662 GAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGTATAAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTG
451 GAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGG
** * * *
130719 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTGTCTATGCAAACATCAAATTATGTTATGTTTTAATC-AAAAA-TA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * * *
130782 TAAAAAATTCAACCAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTT
66 AAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC--T
* * **
130847 TTAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCC
128 TTAAAGCATAAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGC-TTTTCTTCATGTTTTTC
* * *
130912 AATGCAAACAT-GAATAGATTATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAT
191 AATGCAAACATCGAAT-GATAATCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCA-
* * * * * * *
130976 TTG-TAAGGTTATAAATCCACTTAATGGGAATAAGAAGGCTTTCAAAAGCATGAA-T-AAGTATA
252 TAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCAT-AAGTGAA-TATA
* * *
131038 AA-AGGACTTTTCTTGTCAATTGATTGCTTGTGCTTCATGTTT-TCTAATGC-AAACATCAAATT
315 AATA-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTT-TGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAAATT
* ** * * * *
131100 ATGAT-ATATTCTAACCTAAAATGTAAAAACATTCAACTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATC
377 ATGATCA-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATC
* * * *
131164 CACTGAAA-GCGAGTAATAAGGCTGTTT-AAGGCATAAGAGAATATAAATGGA-CTTGTTTTGTT
441 CACT-AAATGCGAGTAAAAAGGCT-TTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTT-TCTTGTC
131226 AATGG
503 AATGG
* * * * * * * * * *
131231 ATGGCTTTTGCATCATGTTTCCCAATGCAAACATCTAATGATAATTTGTCTT-AGCTAAAAA-TA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * * * * * * * *
131294 TAAAAAATTCAATTAAAAAT-AGATAAAAAATTTACAAATCCACTTCAAGAGAGTAACAAGGCTT
66 AAAAAAATTCAA-CAAAAATCA-TTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
* * * ** * * **
131358 CTGAAGGTATGAGTGTCTATAAATGGACCTTTTTTATCAATGGATGG-TATATTTTTCACATTTA
129 -T-AAAGCATAAGTGAGTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGGATGGCT-T-TTCTTCATGTTT-
* * * * * * * * * *
131422 TT-GATGCAAAAAT-AAATTAATGATATGTTTTGA-TGAAAAATATAAGGAAATTCAATTTAGAA
188 TTCAATGCAAACATCGAA-TGATAATCT-TTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * * *
131484 TCA-ACAAAAAAATAATTAGTCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTCTAAAGTG--TGAA-TGA
249 TCATA-GATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC-AAAG-GCAT-AAGTGA
* * * * *
131545 GA-ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCGTTTACTTCATGTATC-CTAATGC-AAACATC
310 -ATATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATC
* * ** * *
131607 AAATTATGAT--ATGATTTAACTAAAATTGTAAACCAGTTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTA
372 AAATTATGATCAAT--TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTA
* ** ** ** * *
131670 TAAATCCACTTAATGTAAGTAACTAGGCTTTTGGAGGCATGATTGAG-A-ATAAATGGA-CTTTC
435 TAAATCCACTAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAAT-A-AGAGAATATAAATGGACCTTTC
*
131732 TAGTCAATGG
498 TTGTCAATGG
* * * * * * * *
131742 ATGACTTTTGCTTCAGGGTTCCTGATGCAAACATCAAATTAT-TTTTGATTTAATA-AAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA-ACAAAAAAGT
* ** * * * *
131805 ACAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAATAGCTAA-GCT
65 AAAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAC-AAGGCT
* * * * * * * *
131868 TTCAAAGGTATGACTGACTATAAATAGAATTTTCTTAT-AAGTCGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
128 TT-AAA-GCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAA-TGGATGGCTTTT-CTTCATGTTT
* ** ** * * *
131932 TCCCTTAAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATC
188 TTCAATGCAAACATCGAATGATAATCT-TTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATC
** * * *
131997 ATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGTCTTTTGAAA-GCATGAGT-AACTA
251 ATAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGC-TTTCAAAGGCATAAGTGAA-TA
* * ** ** * * * *
132059 TAAATGGACTTTTTTTTTATCAATCAATGGCTTTTGCTTCACATTTTTCAAAGC-AAACATCCAA
313 TAAATAGAC--TTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAA
* * * * * * * *
132123 TTATCAT--ATGTTTAAACAATAAATGT--GATAA-TCGAATTTAAAAT--TGATGAAAAATTTA
375 TTATGATCAAT-TTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTC-AATTAAAAATCAT-TTG-TAAAGTTA
* * ** *** ** * * *
132181 TAAATCCATTTAAAT-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCGTGAA-TTACTATAAATGGACTTTTG
435 TAAATCCA-CTAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAAT-AAGAGAATATAAATGGACCTTTC
132244 TTGAT-AATGG
498 TTG-TCAATGG
* * * * * * * *
132254 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACAT-GAA--ATGATCTATTTT-ATCAAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAA-GT
* * * * * * * * *
132315 AAAAAAAATTTAATTTAGAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCAC-TGAAGATGAGTAATAAGGC
65 AAAAAAAATTCAA--CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGC
* * * * * * * **
132378 TTCTAAAGGCATGAGTGAGTGTAAATAGACTTGTTTTATCAATGAATAGTTTTTACTTCACATTT
127 TT-TAAA-GCATAAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTT
* ** * * * * * *
132443 TCCTTTACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAAATTCAATTGAAAAT
188 TTCAATGCAAACATCGAATGATAATCT-TTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTCAATTTAAAAT
* * * * * * * *
132508 CATTTG-CAAAGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGATTAT
250 CA-TAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATAT
* * * * * * *
132572 AAATGGATTTTTCTTATCAATTGATAGCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAATGCT-AACATCAAATT
314 AAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAAATT
*** ** * * * * *
132635 ATGATTTGTTTTAATGAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAGTCA-ATG-AAAGATTTATAAAT
377 ATGATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAG--TTATAAAT
* * ** ** * * * *
132698 GCACTTAAA-GCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCAT--GCG--------T-GACTTTTCTTGTTA
440 CCAC-TAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTGTCA
*
132751 ATAG
504 ATGG
** * ** ** * ** * * ***
132755 ATAACTTTTACTTCATATTTCCTAATGCAAACATGAAAGGATGGTATGTTCT-ATTGAAAAA-TA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * ** * * * *
132818 TAAAAATATTTAATTTAAAATCAATGA-AAATGTTATAAATTCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCT
66 -AAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCT
* * * ** * *
132882 TCCGAAAGCATTAGTGAGTACAAATGGACTTGTTTTGTCAATAAATGGCTTTTACTTTATGTTTC
128 T--TAAAGCATAAGTGAGTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTT
* * * * * * *
132947 CCCATGCAAACATCAAATTATGATATGTTT---T---AATG--AAAAA-T--A--T---A--A-A
189 TCAATGCAAACATCGAATGATAATCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATA
* * * * *
132993 -A-AAA--T-TCAAT----TTAAAGCA-AGTAACAAGG-TTTCGAGGGCATGAGTGAGTATAAAT
254 GATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAAT
* * * * ** *
133047 GGACTTAT-TTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCCT--TGAAAACATCAAATAATG
318 AGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCT-CTAATCTAAACATCAAATTATG
* ** * * * * *
133109 -TCTATTTTAATTAAAAATATATAAAAATTCAATTAAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCATT
380 ATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCA-C
* * * ** * * * * * *
133173 TAAAAT--GAGTAACAAGTCATTCGAA-GATATGAGTGACTATAAATGGATCTTTATTGTCAATT
444 T-AAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGA-ATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTGTCAATG
133235 G
507 G
* ** * * * *
133236 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGATGC-AACTATGAAATAATGATCTGTTTT-AACCAAAAAGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAAC-ATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGT
** ** * * * * *
133299 -AAAAGCATTCAATTTAAAATCGA-TAAAAAAGTTATAAATCCAC-TGAAGCGAGTAATAAGGCT
65 AAAAAAAATTCAA-CAAAAATC-ATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC-
* * * *
133361 TTTAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
127 TTTAAAG-CATAAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATG----
* * * * *
133426 CTTATACAAATATCAAATGATGATCTATTACAAACACCAAATGATGATCCGTTTTAACAAAAAAT
185 -TT-T-----T-TC--A--ATG--------CAAACATCGAATGATAAT-CTTTTTAACTAAAAAT
* * ** * * * * *
133491 GTAAAAAAAAATTGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAGTGAGTAATAAGG
229 GT---AAAAAATTCAATTTAAAATCATAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGG
* * * * * ** * *
133556 CTTCTGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTTTTGACGT
291 CTT-TCAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGT
* * * * ** * ** * *
133620 TTCT-TGATGTAAACATGAAATGATGATCTGTGTTAATGAAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAA
354 TTCTCTAATCTAAACATCAAATTATGATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAA
* *** * * * ** ** ** * *
133683 AT-AGATAAAAAAGTTATAAATCCATTTAAA--CAAGTAACAAGGCTTCCAAAGGCGTGTGTGAG
419 ATCA-TTTGTAAAGTTATAAATCCA-CTAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAA
*
133745 TATAAATGG--CTTCGTTTTGTCAATGG
482 TATAAATGGACCTT--TCTTGTCAATGG
* *** * * * * ** *
133771 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATGAGGATTTGTTTT-AACGAAAACTTG
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * * * * * *
133835 AGAAAGATTCAACTTAAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAACAA-G----
66 AAAAAAATTCAAC-AAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
** * * * ** * * **
133895 --A--AT---TTTG-ACACAT----TTTCTCATCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAAT
130 AAAGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTTTCAAT
* * * * * * * * *
133948 ACAACCATCAAATTA-AGATCTATTTGAACCAAAAATATAAAACAATTCAATTTAAAGTTGATA-
194 GCAAACATCGAATGATA-ATCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAA-ATCATAG
* * ** * * * * *
134011 AAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCTACTAACAATGCTTTCGAAA-GCATGAGTGAGTATAAATG
255 ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATAAGTGAATATAAATA
* * * * *
134075 GACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAATGTAAACATCGAATGATGATC
319 GACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAATTATGATC
** * * * * * ** *
134139 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAGTTTAAAATCACTTAAAAAGTTATAAATCAACGTAA
383 AATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCAC-TAA
* * * * * * *
134204 A-GCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTGTTTTGTAAATGG
447 ATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTT-TCTTGTCAATGG
** * * ** ** * * ** * * **
134265 ATGAATTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATGTC-AATGACGACCTATTTT-AAC-CAATTGT-
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * ** * * * * *
134326 AAAAATATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATTCACTTAAAGTCAGTAACAAAGCTTC
66 AAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT-
* * * * * *
134391 CAAAGGCATGAA-TGATTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACCTTTTCTTGATG-TTTC
129 TAAA-GCAT-AAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATG-GCTTTTCTTCATGTTTTT
* * * * **
134454 CTGATGCAAACAT-GAAATGATGATCCGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAAT-
190 C-AATGCAAACATCG-AATGATAAT-CTTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATC
* * * * * * * *
134516 AAATGAAAAAGTTATATATCCACTTAAA-ACGAGTAACAAGGCCTTCGAAGGTATGAGTGAGTAT
251 ATA-GATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-GAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATAT
* * * *
134580 AAATA-ACCTTGTT-TTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCATATTTC-CTGATGC-AAACATCAAA
314 AAATAGA-CTT-TTCTTATCAATGGATGG-CTTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAAA
* * ** * * * ** *
134641 TGAGGATCTGTTTTAACCAAAACT-TGAAAAAAATTCAACTT-AAAATCTTTTAAAAATTTATAA
375 TTATGATCAATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-TTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAA
* * * * * * * * * * **
134704 ATCCACTTAAA-GAGAGTAACAAGGGTTTTGAAGGTATGAA-TGACTATAAGTGGACTTTTGTCA
438 ATCCAC-TAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAAT-AAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTG
*
134767 TCAATTG
501 TCAATGG
* * * * * *
134774 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGT-
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * * * * * * *
134838 AAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACT-AGTAATAAGTCT
66 AAAAAAATTCAA--CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCT
* * * *
134901 TTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
128 TT--AAAGCATAAGTGAGTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTT
* * * * * *
134966 TCAATACAAACATCAAATGATACTCTTTTTTAACAAAAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATC
189 TCAATGCAAACATCGAATGATAATC-TTTTTAAC-TAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATC
** * *
135031 ATTTA-AAATGTTATAAATCCACTTAAAGCA-AGTAACAAGGC-TTCTGAAGGCATGAGT-AATT
251 ATAGATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATAAGTGAA-T
* * * ** * *
135092 GTAAATAGACTTATT-TTGTCAATGCATAACTTTTGCTTCGTGTTTCT-TGATGC-AAACATCAA
312 ATAAATAGACTT-TTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAA
* * * * * *
135154 ATTATTATCTGA-TTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA--AAATTTAAAATCATATATAAAGTTATA
374 ATTATGATC-AATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATA
* * ** ** * * * * * * *
135215 AATCCACTTAAA-GAGAATAACCAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTG
437 AATCCAC-TAAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTG
135279 TCAATGG
501 TCAATGG
* * * * * * *
135286 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTATGCAAACA-CGAAATGATGATTTG-TTTGAACTGAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATC-AAATTATGATATGTTTTAAAC-AAAAAAG
* * * * * * * ** *
135349 T-AAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTAAAAATCCACTTTAAGCAAGTAA-TAGGC
64 TAAAAAAAATTCAA--CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* * * * * **
135411 TTTCAAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGATTTTTTTTGTCAAAT-GATGGATTTTATTTCACATT
127 TTT-AAA-GCATAAGTGAGTATAAATGGA-CTTTTTTGTC-AATGGATGGCTTTT-CTTCATGTT
* * ** * * * * *
135475 TTT-AGATGTAGATGTCAAATTATTATCTGTTTTAACTGAAAATATAAATAAATTCAATTTAAAA
187 TTTCA-ATGCAAACATCGAATGATAATCT-TTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAA
* * * * * * * * * * ** * * *
135539 TCTTTTG-TAAAGTTGTAAATCTAGTTAATGTGAGTAAGAAGTCTTTCGAAGATATGAGAGAGTA
249 TC-ATAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATA
* ** * * * * *
135603 TAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATTACTTTTACATCAGGTTTGT-TAATCCAAACATCAAAT
313 TAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAAT
* * * * * * ** * * * *
135666 TCTAAACTATTTTAACCAGAAATACAAAAAAAATCAACTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATC
376 TATGATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATC
* * * * * * * * * * * * *
135731 CACT-TATAGCAAGTGACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATTAT-AATAGACTTTTTTTATCAA
441 CACTAAAT-GCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTGTCAA
**
135794 CAG
505 TGG
* * * ** * * *
135797 ATAGCTTTTACTTCACGTTTTCTAATGAAAACATCAAATGATGATATGTTTT-AATAAAAAA-TA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
* * * * * ** ** *
135860 TAAAAAAATTCAATCTAAGATCAATTAAAAAG-GATAAATCTTCTTAAAACGAGTAACAATGCTT
66 -AAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC-T
* * * * * * * * *
135924 TTGTAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATGGATAGCTTTTATTTC-TAG-TTT
128 TT-AAAGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCAT-GTTTT
* * ** ** * * * *
135987 CCCATTTACAACATTAAATGATGACCTGTTCTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAA
189 TCAATGCA-AACATCGAATGATAATCT-TTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAA
** * * * * * *
136051 T-A-ATTTAAATGTCATAAATCCACTTACAGCA-AGTAATAAAGC-TTCTAAAGGCATCAGTGAC
249 TCATAGATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTTC-AAAGGCATAAGTGAA
* * * * ** * ** * *
136112 TATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTGTTTCACATTTCTC-AATGC-AAGCATCAT
311 TATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAA
* * * * ** * *
136175 ATTATGATC-TTATTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATCACCTATAAAGTTACAA
374 ATTATGATCAAT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAA
* * * ** * * * * *
136239 ATCCACTTGAAGTG-G-GTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AAT-GAACTCTTCTT
438 ATCCAC-T-AAATGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCT-TTCTT
*
136300 GTCAAAGG
500 GTCAATGG
* * * * *** * * * * *
136308 ATTGTTTTTACTTCATAG-TTCATAATGCAAACATGAAATGATGATCTG-TTTGAACTAAAAA-T
1 ATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGT
** * * * *
136370 ATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGATTAAAAAAAGG
65 A-AAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT--AACAAGG
* * * * * * *
136435 CTTTCAAAGGGATAAGTGAGTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATCGCTTGCTTTTGTTTCACGTT
126 CTTT-AAA-GCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTT
* * ** * *** * * * *
136500 TCTCGATATAAATAAAAAATTATGAT-TTGATTTAACCAAAAATGTATAAAATTTCAA-TTAAAA
187 TTTCAATGCAAACATCGAATGATAATCTT--TTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * *
136563 TTGAT-GAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGGGTAACAATGCTTTCGAAGACATAAGTGAGA-
249 -TCATAGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGA-AT
* * * * * * *
136626 ATAAGTGGACTTTTCTTATGAATGGATGACATTTGC-TCACGTTTCTC-AGTGC-AAATATCAAA
312 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATGTTTCTCTAAT-CTAAACATCAAA
136688 TTATGATC
375 TTATGATC
136696 TGTTTTAGAC
Statistics
Matches: 5011, Mismatches: 1102, Indels: 756
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
469 1 0.00
470 64 0.01
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477 1 0.00
478 4 0.00
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490 5 0.00
491 181 0.04
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAACAAAAAAGTA
AAAAAAATTCAACAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTA
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AAACATCGAATGATAATCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATAGATAAAG
TTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAATATAAATAGACTTTT
CTTATCAATGGATGGCTTTGCTTCATGTTTCTCTAATCTAAACATCAAATTATGATCAATTTTAA
CAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTAAATGCGAGTA
AAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAATATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGG
Found at i:130676 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 129576--133003 Score: 1938
Period size: 341 Copynumber: 10.1 Consensus size: 339
129566 TATTTTTATC
* ** * *
129576 AAAAATGT-AAAAAAATTTAACAAAAAATTA-TTATAAAGTTATAAATCCACTTGAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
* * * * ** * * *** *
129639 TAAAG-TTTTAGATGGCATGAGTGAGTATAAATATACTTTTTTTGGCAACAAATGGCTTTTGCTT
66 GAAGGCTTTCA-A-AGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
* ** * * * * *
129703 TA-AATTTCCTGATGCAAACATCAAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATT-
129 CACGTTTTTC-AATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACTAAAAATGT----AAAAAATTC
* * * *
129766 TATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTAAATGGCAT
189 AATTTAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAA-GGCAT
* * ** * * ** * * *
129830 AAGTGAGTATAAATGAAC-TTTTTTGTCAATAAATGACTTTTGCTTCACATTTTCTGATGCAATC
253 AAGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAAAC
* * * *
129894 ATCGAATTATAATCTTTCTTAACT
317 ATCAAATTATGATCATT-TTAACA
* * *
129918 AAAAATGTAAAAAACAAATTCAATTTAAAATCATCTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAATGAGT
1 AAAAATGT-AAAAA-AAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
* * * *
129983 AATAAGGCTTTCTAAGGCGT-AGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTAC
64 AAGAAGGCTTTC-AAAGCATGA-GTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTAC
* * * *
130047 TTCACATTTCCTT--ATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTC
127 TTCACGTTT--TTCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTC
* * * *
130110 AATTTAAAATCATTTG-TAAAGTTATCAATCCACTTAATA-CGACTAAAAAGGCTTTTAAAAGAA
189 AATTTAAAATCA-TTGATAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCA
* * * * * * *
130173 TAAGCGACTATAAGATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCGATGAAA
252 TAAGTGAATATAA-ATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAA
*
130238 ACGTCAAATTATGATCTATTTTAAACA
315 ACATCAAATTATGATC-ATTTT-AACA
* *
130265 AAAAA-GTAAAAAAAATTCAA-CAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
* * * *
130328 CAAGGCTTTCGAAACCATGAGTGAGTTTAAATGGACTTGTT-TTGTCAATGGCTGGCTTTCT-CT
66 GAAGGCTTTC-AAAGCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TACT
* * * * *
130391 TCATGTTTTTCAATGTAAACATCAAATGATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAATT
128 TCACGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATT
* ** * * * * *******
130456 TAAAATTAAAGAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGAAGCCGGAGGCATAAGTG
193 TAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTG
* * * *
130521 AATATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGC-TTTGCTTTATGTTTCTCGATCTAAACATCAA
258 AATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGATC-AAACATCAA
130585 ATTATGATCAATTTTAACA
322 ATTATGATC-ATTTTAACA
* * *
130604 AAAAATGT-AAAAAAAGTCAATTAAAAATCATTTGTAAAGTTATGAATCCAC-TAAATGTGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAA-GTGAGTA
* * * * *
130667 AGAAGGCTTTCAAAGGTATAAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTGATGGCTTTTGCTT
65 AGAAGGCTTTCAAA-GCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
* * * * * **
130732 CACGTTTGTCTATGCAAACATCAAATTATGTTATGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAATTCAACC
129 CACGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAATT
* * * * *
130796 AAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTTAAGGCATAAGTG
193 TAAAATCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTG
* * * *
130861 AGTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATGAA
258 AATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAAACAT-CA
*
130926 TAGATTAT-AT-GTTTTAACA
321 -A-ATTATGATCATTTTAACA
* * * * * * *
130945 AAAAATGT-AAAACAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAGGTTATAAATCCACTTAATGGGAATAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * *
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66 GAAGGCTTTC-AAAGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTC
* *
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130 ACGTTTTTC-AATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAA-ATTCAAT
* * * *
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192 TTAAAA-TCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCT-TTTAAAGGCATAA
* * * * * *
131200 GAGAATATAAATGGACTTGTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCCAATGCAAACAT
255 GTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAAACAT
* * * * * *
131265 CTAATGATAAT-TTGTCTTAGCT
319 CAAATTATGATCAT-T-TTAACA
* * * * * * * *
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1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCA-TTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTA
* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* *** * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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*
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312 CAAACATCAAATTATGATCAT--TTTAACA
* ** * * * * *
131628 AAAATTGT-AAACCAGTTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGTAAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
** ** * * * * * *
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66 GAAGGC-TTTCAAAGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTC
** * * * *
131756 A-GGGTTCCTGATGCAAACATCAAATTAT-TTTTGA-TTTAA-TAAAAAATGTACAAAAAATT-A
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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254 AGTGAATATAAATGGACTTTTTTTGTCAA-TGGATGGCATTTGCTTCATG-TTTCCCGAT-CAAA
*
131943 CATCAAATTATGATCTATTTTAACT
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* * **
131968 AAAAATGT-AAACAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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128 TCACGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACTAA-AAATGTAAAAAATTC-AA
* * * * * * ** * *
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191 TTTAAAA-TCATTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCAT-A
* * * * * *
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254 AGTGAATATAAATGGACTTTTTTTG-TCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAAAC
* *
132286 AT-GAA--ATGATCTATTTTATCA
317 ATCAAATTATGATC-ATTTTAACA
* * * * * * * *
132307 AAAAATATAAAAAAAATTTAATTTAGAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCAC-TGAAGATGAGT
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAA-TTAAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGT
* * * * * * *
132370 AATAAGGC-TTCTAAAGGCATGAGTGAGTGTAAATAGACTTGTT-TTATCAATGAATAGTTTTTA
64 AAGAAGGCTTTC-AAA-GCATGAGTGAGTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTA
* * ** * * * *
132433 CTTCACATTTTCCTTTACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAAATTC
126 CTTCACGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTC
* * * * * * **
132498 AATTGAAAATCATTTG-CAAAGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGTCTTTCGAAGGCAT
189 AATTTAAAATCA-TTGATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCAT
* * * * * * * * * *
132562 GAGTGATTATAAATGGA-TTTTTCTTATCAATTGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAATGCTAA
253 AAGTGAATATAAATGGACTTTTT-TTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCCGAT-CAAA
** **
132626 CATCAAATTATGATTTGTTTTAATG
316 CATCAAATTATGA-TCATTTTAACA
* * * * * * * * **
132651 AAAAATAT-AAAATAATTCAATTTAAAGTCAATGA-AAGATTTATAAATGCACTTAAAGCAAGTA
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTATAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTA
** * * * * **
132714 TTAAGGCTTTCGAAG---GCA-TGCG------T-GACTTTTCTTGTTAATAGATAACTTTTACTT
65 AGAAGGCTTTCAAAGCATG-AGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
* * ** * * * * * *
132768 CA--TATTTCCTAATGCAAACATGAAAGGATGGTATGTTCT-ATTGAAAAATATAAAAATATTTA
129 CACGT-TTTTC-AATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-ATTCA
* * * * * **
132830 ATTTAAAATCAATGA-AAATGTTATAAATTCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTCCGAAA-GCAT
190 ATTTAAAATCATTGATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTT-TTAAAGGCAT
* * * * ** * * * *
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**
132958 ATCAAATTATGAT-ATGTTTTAATG
317 ATCAAATTATGATCA--TTTTAACA
*
132982 AAAAATAT-AAAAAAATTCAATT
1 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATT
133004 TAAAGCAAGT
Statistics
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Consensus pattern (339 bp):
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TGATCATTTTAACA
Found at i:131403 original size:852 final size:845
Alignment explanation
Indices: 129690--136702 Score: 3291
Period size: 852 Copynumber: 8.3 Consensus size: 845
129680 TTGGCAACAA
** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *** * * * **
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* *
130525 TAAATAGACTTTTTTTATCAATGG
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*
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* * ** * *
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* * *
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* ***
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189 T-TCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACT-AAAAATATAAACAAATTCAATTTAAA
* * **
130800 ATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTTAAGGCATAAGTGAGTA
252 ATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTA
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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510 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAA-CTAAAATGT
* *
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* * **
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* * * *
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* * *
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829 ACCTTTTTTATCAATGG
* ** * * * * **
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1 ATGGCT-T-TGCTTT-ATGTTT-TCGATGCAAACATAAATT-ATGATATATTTTAACAAAAAATA
** * *** * * * * *
131464 T-AAGGAAATTCAATTTAGAATCAACAAAAAAATAATTAGTCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCC
61 TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCT
* * * **
131528 TTCTAAAGTG--TGAA-TGAGAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCGTTTACTTCATGT
126 TTCTAAAG-GCAT-AAGTGAGTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACAT
* * * * * * *
131590 ATCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGATTTAACTAAAATTGTAAACCAGTTCAATTTAAAA
188 TTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAATTTAAAA
* * * * * * * *
131655 TCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGTAAGTAACT-AGGCTTTTGGAGGCATGATTGAGAA
253 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTA
* * * * **
131719 TAAATGGAC-TTTC-TAGTCAATGGATGACTTTTGCTTCAGGGTTCCTGATGCAAACATCAAATT
317 TAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
* * * * *
131782 AT-TTTTGATTTAATAAAAAATGTACAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAATC
381 ATGATTTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATC
* * * * * *
131845 CACTTAAAGAGAAT-AGCTAA-GCTTTCAAAGGTATGACTGACTATAAATA-GAATTTTCTTAT-
444 CACTTAATGAGAATAAG--AAGGCTTTCAAAAGAATGAATGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGTC
** *
131906 AAGTCGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCCTTAAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAA
506 AA-TCGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACT-AA
* *
131971 AATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAG
569 AATGTAAA-AAATTCAA-CTAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
* * * **
132036 TCTTTTGAAAGCAT-GAGTAACTATAAATGGACTTTTTTTTTATCAATCAATGGCTTTTGCTTCA
632 GCTTTT-AAAGCATAGAG-AA-TATAAATGGACTTGTTTTGT-T-AATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * * * * * *
132100 CATTTTTCAAAGCAAACATCCAATTATCATATGTTTAAAC-AATAAATGT-GATAA-TCGAATTT
692 TGTTTTTCAATGCAAACATCAAATGATAATATGTTT-AACTAA-AAATGTAAAAAATTC-AATTA
* * * ** * * * *
132162 AAAATTGATGAAAAATTTATAAATCCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGCCGTGAAT-
754 AAAATAGATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTCT-GAAGGCATGAGTG
132225 TACTATAAATGGA-CTTTTGTTGAT-AATGG
818 T-CTATAAATGGACCTTTT-TT-ATCAATGG
* * * * *
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1 ATGGC-TTTGCTTTATGTTTT-CGATGCAAACATAAATTATGATATATTTTAACAAAAAATATAA
* * * * * *
132317 AAAAAATTTAATTTAGAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCAC-TGAAGATGAGTAATAAGGC-T
64 AAAAAATTCAATTTA-AAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTT
* * * * *
132379 TCTAAAGGCATGAGTGAGTGTAAATAGACTTGTTTTATCAATGAATAGTTTTTACTTCACATTTT
127 TCTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACTT-TTTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTT
* * * * * * *
132444 CCT-TTACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAGTGTAAAATAAATTCAATTGAAAAT
191 -CTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAACAAATTCAATTTAAAAT
** * * * * *
132508 CATTTGCAAAGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATA
254 CATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATA
* * * * *
132573 AATGGATTTTTCTTATCAATTGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAATGCTAACATCAAATTATG
319 AATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATG
** * * * *
132638 ATTTGTTTTAATGAAAAATATAAAATAATTCAATTTAAAGTCA-ATG-AAAGATTTATAAATGCA
384 ATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAG--TTATAAATCCA
** * * * *
132701 CTTAA--AGCAAGTATTAAGGCTTTC----GAAGGCATG-C-GT-----GACTTTTCTTGTTAAT
446 CTTAATGAG-AA-TAAGAAGGCTTTCAAAAGAATGAATGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAAT
* ** * * * * ** * * * * *
132753 AGATAACTTTTACTTCAT-ATTTCCTAATGCAAACATGAAAGGATGGTATGTTCT-ATTGAAAAA
509 CGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACT--AAAA
* * * * * * * *
132816 TATAAAAATATTTAATTTAAAATCAATGA-AAATGTTATAAATTCATTTAAAGTGAGTAACAAGG
571 TGTAAAAA-ATTCAA-CTAAAATCATTTATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGG
** * * * * ** * *
132880 CTTCCGAAAGCATTAGTGAGTACAAATGGACTTGTTTTGTCAATAAATGGCTTTTACTTTATGTT
633 CTT-TTAAAGCA-TAGAGAATATAAATGGACTTGTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
** * * *
132945 TCCCCATGCAAACATCAAATTATGATATGTTT---T---AATG----AAA---AA-T----AT--
696 TTTCAATGCAAACATCAAATGATAATATGTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTAAAAATAG
* * * **
132990 A-AAAAAA--T-TCAAT----TTAAAGCA-AGTAACAAGGTTTC-GAGGGCATGAGTGAGTATAA
761 ATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAG-AGAGTAACAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGTCTATAA
*
133045 ATGGA-CTTATTTAGTCAATGG
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* * ** * * * **
133066 ATGGCTTTTACTTCATGTTTTTCCTTGAAAACATCAAATAATG-TCTATTTTAATTAAAAATAT-
1 ATGGC-TTTGCTTTATG-TTTTCGATGCAAACAT-AAATTATGATATATTTTAACAAAAAATATA
* * * * * * * *
133129 ATAAAAATTCAATTAAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCATTTAAAATGAGTAACAAGTCATT
63 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
* ** * * * * *
133194 C-GAAGATATGAGTGACTATAAATGGATCTTTATTGTCAATTG-ATGGCTTTTGCTT--CATGTT
128 CTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGA-CTTTTTTGTCAA-TGAATGGCTTTTACTTCACAT-TT
* * * * *
133255 TCTTGATGC-AACTATGAAATAATGATCTGTTTTAACCAAAAAGTA-AAAGC--ATTCAATTTAA
190 TC-TAATGCAAAC-ATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAA-TATAAA-CAAATTCAATTTAA
* * * * ** * *
133316 AATCGA-TAAAAAAGTTATAAATCCAC-TGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGAG
251 AATC-ATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAG
* * * * * * *
133379 TATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATACAAATATCAAAT
315 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-C-----C------C--A-
* * ** *
133444 GATGATCTATTACAAACACCAAATGATGATCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTGAATT
365 -ATG--------CAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATGT---AAAAAATTCAATT
* ** * * * * * * * * *
133509 CAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCTGAAAGCATGAGT
418 TAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGAGAATAAGAAGGCTTTC-AAAAGAATGAAT
* * * * ** * * ** * *
133573 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTTTTGACG-TTTCTTGATGTAAACATG
482 GACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATCGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGAAAACATC
* * * * * * * *
133637 AAATGATGATCTGTGTTAA-TGAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAAT-AGATAAAAAAGTTAT
546 AAATTATGATCTATTTTAACT--AAAATGTAAAAAATTCAA-CTAAAATCA-TTTATAAAGTTAT
* * ** * * * *
133700 AAATCCATTTAAA-CAAGTAACAAGGCTTCCAAAGGCGTGTGTGAGTATAAATGG-CTTCGTTTT
607 AAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAA-GCAT-AGAGAATATAAATGGACTT-GTTTT
* ** ** * *
133763 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATGAGGATTTGTTTTAACGA
669 GTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATCAAATGATAATATG-TTTAACTA
* * *** * * * *
133828 AAACT-TGAGAAAGATTCAACTT-AAAATCTTTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGTAA
733 AAAATGT-A-AAAAATTCAA-TTAAAAATAGATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAA
** * * * *
133891 CAAGAATT-T-------TGA----C---ACAT-----TTTCTCATCAATTG
795 CAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGTCTATAAATGGACCTTTTTTATCAATGG
* ** * * * * * * *
133922 ATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATACAACCATCAAATTAAGATCTATTTGAACCAAAAATAT-
1 ATGGC-TTTGCTTTAT-GTTTTCGATGCAAACAT-AAATTATGATATATTTTAACAAAAAATATA
* * * * * * *
133986 AAAACAATTCAATTTAAAGTTGA-TAAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCT-ACTAACAATGCT
63 AAAAAAATTCAATTTAAA-ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCT
* * * * * **
134049 TTCGAAA-GCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTT
126 TTCTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGAC-TTTTTTGTCAATGA-ATGGCTTTTACTTCACATT
* * * * * * *
134112 TCCTAATGTAAACATCGAATGATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AATATTCAGTTTAAAA
189 TTCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATATAAACAA-ATTCAATTTAAAA
* * * * * * **
134176 TCACTTAAAAAGTTATAAATCAACGTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGAGTAT
253 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTAT
* * * ** * * * * ** *
134241 AAATGGACTTTGTTTTGTAAATGGATGAATTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATGTC-AATGA
318 AAATGGACTTT-TCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTA
* ** * * * * ** * *
134305 CGACCTATTTTAAC--CAATTGTAAAAATATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATTCA
382 TGATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCA
* ** * * * * * * * * * *
134368 CTTAAAGTCAGTAACAAAGCTTCCAAAGGCATGAATGATTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
446 CTTAATGAGAATAAGAAGGCTTTCAAAAGAATGAATGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATCG
* * * * * * **
134433 ATGACCTTTT-CTTGATG-TTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCCGTTTTAA-TGAAAAAT
511 ATG-GCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACT--AAAAT
* * * * * * *
134495 ATAAAAAATTCAACATAAAATAAATGAAAAAGTTATATATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCCT
572 GTAAAAAATTCAAC-TAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGG-CT
** * * * * * * * *
134560 TCGAAGGTATGAGTGAGTATAAAT-AACCTTGTTTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCAT-ATTT
635 TTTAAAGCAT-AGAGAATATAAATGGA-CTTGTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTT
* * ** * * * *
134623 CCTGATGCAAACATCAAATGAGGATCTGTTTTAACCAAAACTTGAAAAAAATTCAACTT-AAAAT
698 TC-AATGCAAACATCAAATGATAATATG-TTTAACTAAAA-ATGTAAAAAATTCAA-TTAAAAAT
*** * * * * * *
134687 CTTTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGGTTTTGAAGGTATGAATGACTATA
759 AGATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGTCTATA
* * *
134752 AGTGGA-CTTTTGTCATCAATTG
824 AATGGACCTTTT-TTATCAATGG
* * * * * * * *
134774 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGT-
1 ATGGC-TTTGCTTTATGTTT-TCGATGCAAACAT-AAATTATGATATATTTTAACAAAAAATATA
* * * * *
134838 AAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACT-AGTAATAAGTCT
63 AAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCT
* * * *
134901 TTC-GAAGGCATGAGTGAGTATAAAT-GAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATG
126 TTCTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAG-AC-TTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACAT-
* * * * * * * *
134962 TTTCTCAATACAAACATCAAATGAT-ACTCTTTTTTAACAAAAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTA
188 TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGA-TATGTTTTAACTAAAAATA-TAAACAAATTCAATTTA
** * * *
135026 AAATCATTTA-AAATGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTCTGAAGGCATGAGTA
250 AAATCATTTATAAA-GTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAAGTG
* * * * * ** * ** ***
135089 ATTGTAAATAGACTTATT-TTGTCAATGCATAACTTTTGCTTCGTGTTTCTTGATGCAAACATCA
313 AGTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCA
* * * ** * *
135153 AATTATTATCTGATTTAATC-AAAAATGTAAAAAA-AAAATTTAAAATCATATATAAAGTTATAA
377 AATTATGATTTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAA
* ** * * * * *
135216 ATCCACTTAAAGAGAATAACCAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTTTTGT
441 ATCCACTTAATGAGAATAAGAAGGCTTTCAAAAGAATGAATGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGT
* * * * * * * *
135280 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTATGCAAACA-CGAAATGATGATTTGTTTGAACTGA
505 CAATCGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGAAAACATC-AAATTATGATCTATTTTAACT-A
* * * * * * * *
135344 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTAAAAATCCACTTTAAGCAAGTAA-T
568 AAATGT-AAAAAATTCAA-CTAAAA-TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACA
* * * * * * * * **
135407 AGGCTTTCAAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGATTTTTTTTGTCAAAT-GATGGATTTTATTTCA
630 AGGCTTTTAAA-GCAT-AGAGAATATAAATGGACTTGTTTTGT-TAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * ** * * * * * *
135471 CATTTTT-AGATGTAGATGTCAAATTATTATCTGTTTTAACTGAAAATATAAATAAATTCAATTT
692 TGTTTTTCA-ATGCAAACATCAAATGATAATATG-TTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAATTA
*** *** * * * * * * * * ** *
135535 AAAATCTTTTGTAAAGTTGTAAATCTAGTTAATGTGAGTAAGAAGTCTT-TCGAAGATATGAGAG
754 AAAATAGATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTCT-GAAGGCATGAGTG
**
135599 AGTATAAATGGA-CTTTTCTTGA-CAATGG
818 TCTATAAATGGACCTTTT-TT-ATCAATGG
** * * * * ** * * * * * *
135627 ATTACTTTTACATCAGGTTTGTTAATCCAAACATCAAATTCT-AAACTATTTTAACCAGAAATAC
1 ATGGC-TTTGCTTTATGTTT-TCGATGCAAACAT-AAATTATGATA-TATTTTAACAAAAAATAT
* * * ** *
135691 AAAAAAAA-TCAA-CTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTATAGCAAGTGACAAGGCT
62 AAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCT
* * * * * *
135754 TTC-AAAGGCATGAGTGATTAT-AATAGACTTTTTTTATCAA-CAGATAGCTTTTACTTCACGTT
126 TTCTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGAC-TTTTTTGTCAATGA-ATGGCTTTTACTTCACATT
* * * * *
135816 TTCTAATGAAAACATCAAATGATGATATGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAGA
189 TTCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACT-AAAAATATAAACAAATTCAATTTAAAA
* * * ** ** * * * * * *
135880 TCAATTAAAAAG-GATAAATCTTCTTAAAACGAGTAACAATGCTTTTGTAGGCATGAGTGACTAT
253 TCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTAT
* * * * * ** * *
135944 AAATAGACTTTTCTTCTAAATGGATAGCTTTTATTTCTA-GTTTCCC-ATTTACAACATTAAATG
318 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTC-ACGTTTCCCAATGCA-AACATCAAATT
** * * * * *
136007 ATGACCTGTTCTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAAT-AATT-TAAATGTCATAAAT
381 ATGATTTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAA-GTTATAAAT
* * * * * * * * *
136070 CCACTTACA-GCA-AGTAATAAAGC-TTCTAAAGGCATCAGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGT
443 CCACTTA-ATG-AGAATAAGAAGGCTTTC-AAAAGAATGAATGACTATAAAAGGACTTTTCTTGT
** * ** * * *
136132 CAAT-GAATAACTTTTGTTTCA-CATTTCTCAATGCAAGCATCATATTATGATCT-TATTTAACT
505 CAATCG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGAAAACATCAAATTATGATCTAT-TTTAACT
* ** * * * * *
136194 AAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATCACCTATAAAGTTACAAATCCACTTGAAGTGGGTAAT
567 -AAAATGT-AAAAAATTCAACT-AAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAC
* * * * * * * * * * * *
136259 AAGGGTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AATGAACTCT-TCTTGTCAAAGGATTGTTTTTACTTC
629 AAGGCTTT-TAAAGCAT-AGAGAATATAAATGGACT-TGTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTC
** * * * *
136322 ATAGTTCAT-AATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATT
691 AT-GTTTTTCAATGCAAACATCAAATGATAATATGTTT-AACTAAAAATGT-AAAAAATTCAATT
* * * * * * * * * * *
136386 TAAAATCA-TTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGATTAAAAAAAGGCTT-TCAAAGGGATA
753 AAAAAT-AGATAAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGT--AACAAGGCTTCT-GAAGGCATG
** * * *
136449 AGTGAGTATGAATGGA-CTTTTCTTGTCAATCG
814 AGTGTCTATAAATGGACCTTTT-TTATCAATGG
* * * ** * * * * *
136481 CTTGCTTTTG-TTTCACGTTTCTCGATATAAATAAAAAATTATGATTTGA-TTTAACCAAAAATG
1 ATGGC-TTTGCTTT-ATGTTT-TCGATGCAAA-CATAAATTATGATAT-ATTTTAACAAAAAATA
* * * * * *
136544 T-ATAAAATTTCAA-TTAAAATTGA-TGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGGGTAACAATGC
61 TAAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* * * * * * * * * * * *
136606 TTTC-GAAGACATAAGTGAGAATAAGTGGACTTTTCTTATGAATGGATGACATTTGC-TCAC-GT
125 TTTCTAAAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACATT
* * *
136668 TTCTCAGTGCAAATATCAAATTATGATCTGTTTTA
189 TTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTA
136703 GACTTTTCTT
Statistics
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AAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCTA
AAGGCATAAGTGAGTATAAATAGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTTCTAAT
GCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
AAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGAC
TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTT
TTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAAGTTATAAATCCACTTAATGAGA
ATAAGAAGGCTTTCAAAAGAATGAATGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATCGATGGCTTTTG
CTTCATGTTTTCCAATGAAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAAATGTAAAAAATTCAAC
TAAAATCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGCATAGAGAA
TATAAATGGACTTGTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATCAAAT
GATAATATGTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAATTAAAAATAGATAAAAAATTTATAAATCCA
CTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTCTGAAGGCATGAGTGTCTATAAATGGACCTTTTTTATCAATGG
Found at i:133051 original size:140 final size:140
Alignment explanation
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132844 AAAATGTTAT
** * * *
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* * * *
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* ** *
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** ** * * *
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66 GTCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCCATGAAAACATCAAATAATGTATATTTTAATGAA
*
133123 AAATATATAA
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133133 AAATTCAATT
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133143 AAAAATTATT
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTCAATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTCCGAAAGCATGAGTGAGTACAAATGGACTTATTTA
GTCAATAAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCCATGAAAACATCAAATAATGTATATTTTAATGAA
AAATATAAAA
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133510 AAAATCATTT
* * * *
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** * * * *
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* *
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* * * * *
133690 AAAAAGTTATAAATCCATTTAAA-CAAGTAACAAGGCTTC-CAAAGGCGTGTGTGAGTATAAATG
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* * * *
133753 G-CTTCGTT-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATGAGGAT
65 GACTT--TTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGATGCAAACATCAAATGAGGAT
* * * * *** *
133816 TTGTTTTAACGAAAACTTGAGAAAGATTCAACTTAAAATCTTTT
128 CTGTGTTAACGAAAAATTGAGAAAAATTCAACTTAAAATAGATA
* *
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1 AAAAAGTTATAAATCCAATTAAAGCGAGTAACAAG
133895 AATTTTGACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGTTATAAATCCAATTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCTCAAAGCATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGATGCAAACATCAAATGAGGATCTG
TGTTAACGAAAAATTGAGAAAAATTCAACTTAAAATAGATA
Found at i:133809 original size:366 final size:366
Alignment explanation
Indices: 133131--133811 Score: 863
Period size: 366 Copynumber: 1.9 Consensus size: 366
133121 AAAAATATAT
* * * * *
133131 AAAAATTCAATTAAAAATTATTTATAAAGTTATAAATCCATTTAAAATGAGTAACAAGTCATTCG
1 AAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAATGAGTAACAAGGCATTCG
* * * * *
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* * ** *
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* * * **
133326 AAAGTTATAAATCCACTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACT
196 AAAGTTATAAATCCACTGAAACAAGTAACAAGGCTTCCAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACT
* * *
133391 TTTTTTGTTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATACAAATATCAAATGATGATCTATTA
261 TGTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATACAAACATCAAATGATGATCTATTA
133456 CAAACACCAAATGATGATCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
326 CAAACACCAAATGATGATCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * *
133497 AAAAATTGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCT
1 AAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAATGAGTAACAAGGCATTC-
* ** *
133561 GAA-AGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTTTTTGACGTTTCT
65 GAAGA-CATGAGTGACTATAAATGGATC-TTTATTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCT
* **
133624 TGATGTAAAC-ATGAAATGATGATCTGTGTTAATGAAAAA-TATAAAAAATTCAATTTAAAATAG
128 TGATG-AAACTATGAAATAATGATCTGTGTTAACCAAAAAGTA-AAAAAATTCAATTTAAAATAG
* * * * *
133687 ATAAAAAAGTTATAAATCCATTTAAACAAGTAACAAGGCTTCCAAAGGCGTGTGTGAGTATAAAT
191 ATAAAAAAGTTATAAATCCACTGAAACAAGTAACAAGGCTTCCAAAGACATGAGTGAGTATAAAT
* * * *
133752 -GGCTTCGTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTTGATGCAAACATCAAATGA
256 AGACTT-GTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT-ATACAAACATCAAATGA
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Statistics
Matches: 265, Mismatches: 43, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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366 249 0.94
367 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (366 bp):
AAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCAATTAAAATGAGTAACAAGGCATTCG
AAGACATGAGTGACTATAAATGGATCTTTATTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGA
TGAAACTATGAAATAATGATCTGTGTTAACCAAAAAGTAAAAAAATTCAATTTAAAATAGATAAA
AAAGTTATAAATCCACTGAAACAAGTAACAAGGCTTCCAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACT
TGTTTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATACAAACATCAAATGATGATCTATTA
CAAACACCAAATGATGATCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
Found at i:134760 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 133915--136702 Score: 1723
Period size: 341 Copynumber: 8.2 Consensus size: 338
133905 CATTTTCTCA
* * * * * * * * *
133915 TCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGGTTCCCAATACAACCATCAAATTAAGATCTATTTGAACCAA
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAA-TGAGATCTGTTTTAACCAA
* * * * * * * * *
133980 AAATATAAAACAATTCAATTTAAAGTTGA-TAAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCTACTAACA
65 AATTGTAAAAAAATTCAATTTAAA-ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACA
* * * * * *
134044 ATGCTTTCGAAAGCATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCAT
128 AGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGAC-TTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * *
134109 GTTTCCTAATGTAAACATCGAATGATGATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAATATTCAGTTTA
192 GTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAATTTA
* * * * * * ** *
134173 AAATCACTTAAAAAGTTATAAATCAACGTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGAG
255 AAATAAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAG
*
134238 TATAAATGGACTTTGTTTTG
320 TATAAATGAAC-TTGTTTTG
* * * ** * *
134258 TAAATGGATGAATTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATGTC-AATGACGACCTATTTTAACC--
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGA-GATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
134320 AATTGTAAAAATATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATTCACTTAAAGTCAGTAACAA
65 AATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAACAA
* * * * * *
134385 AGCTTCCAAAGGCATGAATGATTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACCTTTT-CTTGAT
129 GGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATG-GCTTTTGCTTCAT
* * * * * **
134449 GTTTCCTGATGCAAACATGAAATGATGATCCGTTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACATAAA
192 GTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAA
* * *
134514 ATAAATGAAAAAGTTATATATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCCTTCGAAGGTATGAGTGAGTA
257 ATAAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTA
134579 TAAAT-AACCTTGTTTTG
322 TAAATGAA-CTTGTTTTG
* *
134596 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATATTTCCTGATGCAAACATCAAATGAGGATCTGTTTTAACCAA
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGA-GATCTGTTTTAACCAA
* * *
134661 AACTTG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCTTTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGAGAGTAACA
65 AA-TTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-AGTAACA
* ** * * * * *
134725 AGGGTTTTGAAGGTATGAATGACTATAAGTGGACTTTTGTCATCAATTGATGGCTTTTGCTTCAT
128 AGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * *
134790 GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAA
192 GTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAA
** * * *
134855 AATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACTAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGAGTGAGT
256 AATAAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGT
*
134920 ATAAATGAACTTTTTTTG
321 ATAAATGAACTTGTTTTG
* * * * *
134938 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAATACAAACATCAAATGATACTCTTTTTTAACAA
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATGAGA-TCTGTTTTAAC-C
** * *
135002 AAAAAAGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAC
63 AAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAAC
* * * * * * * ** *
135067 AAGGCTTCTGAAGGCATGAGTAATTGTAAATAGACTTATTTTGTCAATGCATAACTTTTGCTTCG
127 AAGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGACTT-TTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * **
135132 TGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATTATCTGATTTAATCAAAAATGTAAAAAA-AAAATTTAA
191 TGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAA
* * * * *
135196 AATCATAT-ATAAAGTTATAAATCCACTTAAAGA-GAATAACCAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGA
256 AAT-AAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA-ACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* *
135259 CTATAAAT-AGACTTTTTTTG
319 GTATAAATGA-ACTTGTTTTG
* * *
135279 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCT-ATGCAAACA-CGAAATGATGATTTGTTTGAACT
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTT-CCTAATGCAAACATC-AAATGA-GATCTGTTTTAAC-
* * * * *
135342 GAAAA-TGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTGA-TGAAAAAGTTAAAAATCCACTTTAAGCAAGTA
62 CAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTA
* * * * * * * * * **
135405 A-TAGGCTTTCAAAGGCGTGAGTGAGTATAAATGGATTTTTTTTGTCAAAT-GATGGATTTTATT
125 ACAAGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGA-CTTTTTTATC-AATGGATGGCTTTTGCT
** * * * ** * * * *
135468 TCACATTT-TTAGATGTAGATGTCAAATTATTATCTGTTTTAA-CTGAAAATATAAATAAATTCA
188 TCATGTTTCCTA-ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAA-AAATTCA
*** * * * * *** * * **
135531 ATTTAAAATCTTTTG-TAAAGTTGTAAATCTAGTTAATGTGAGTAAGAAGTCTTTCGAAGATATG
250 ATTTAAAAT-AAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG
* *
135595 AGAGAGTATAAATGGACTT-TTCTTG
314 AGTGAGTATAAATGAACTTGTT-TTG
* * * * * ** * * * *
135620 ACAATGGAT-TACTTTTACATCAGGTTTGTTAATCCAAACATCAAATTCTA-AACTATTTTAACC
1 TCAATGGATGGA-TTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAA-T-GAGATCTGTTTTAACC
** * * * * *
135683 AGAAA-TACAAAAAAAATCAA-CTAAAAGTCATTTATAAAGTTATAAATCCACTTATAGCAAGTG
63 A-AAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTA
* * * * ** * *
135746 ACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATTAT-AATAGACTTTTTTTATCAACAGATAGCTTTTACTT
125 ACAAGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGAC-TTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * *
135810 CACGTTTTCTAATGAAAACATCAAATGATGATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATC
189 CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAATT
* * * * ** * * *
135875 TAAGATCAATTAAAAAG-GATAAATCTTCTTAAAACGAGTAACAATGCTTTTGTAGGCATGAGTG
253 TAAAATAAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* *
135939 ACTATAAAT-AGACTT-TTCTTC
318 AGTATAAATGA-ACTTGTT-TTG
* * * ** * ** * * * **
135960 TAAATGGATAGCTTTTATTTC-TAGTTTCC-CATTTACAACATTAAATGATGACCTGTTCTAATA
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCAT-GTTTCCTAATGCA-AACATCAAATGA-GATCTGTTTTAACC
* * * * * *
136023 AAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAATAATTT-AAATGTCATAAATCCACTTACAGCAAGTAA
63 AAAATTGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGTAA
* * ** * * * * * * ** *
136087 TAAAGCTTCTAAAGGCATCAGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTGTTTC
126 CAAGGCTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** * * * *
136152 ACATTT-CTCAATGCAAGCATCATATTATGATCT-TATTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAACTCAA
190 ATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATGATGATCTGT-TTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTCAA
* * ** * * * ** * * *
136214 CTAAAAATCACCT-ATAAAGTTACAAATCCACTTGAAGTGGGTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGA
251 TTTAAAAT-AAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* *
136278 GTGACTAT-AATGAACTCT-TCTTG
315 GTGAGTATAAATGAACT-TGTTTTG
* * * * * * * *
136301 TCAAAGGATTGTTTTTACTTCATAG-TTCATAATGCAAACATGAAATGATGATCTGTTTGAACTA
1 TCAATGGATGGATTTTGCTTCAT-GTTTCCTAATGCAAACATCAAATGA-GATCTGTTTTAACCA
* * * * *
136365 AAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGATTAAAA
64 AAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-AAGT--AA
* * * * * * * * * * *
136430 AAAGGCTTTCAAAGGGAT-AAGTGAGTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATCGCTTGCTTTTGTTT
126 CAAGGCTTCCGAAGGCATGAA-TGATTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * ** * * * * *
136494 CACGTTTCTCGATAT--AAATAAAAAATTATGATTTGATTTAACCAAAAATGTATAAAATTTCAA
189 CATGTTTC-CTA-ATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAATTCAA
** ** * * * *
136557 -TTAAAATTGATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGGGTAACAATGCTTTCGAAGACATAAG
251 TTTAAAATAAATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * *
136621 TGAGAATAAGTGGACTT-TTCTTA
316 TGAGTATAAATGAACTTGTT-TTG
* * * * * *
136644 TGAATGGAT-GACATTTGC-TCACGTTT-CTCAGTGCAAATATCAAATTATGATCTGTTTTA
1 TCAATGGATGGA-TTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATGA-GATCTGTTTTA
136703 GACTTTTCTT
Statistics
Matches: 1907, Mismatches: 450, Indels: 177
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 48 0.03
339 176 0.09
340 375 0.20
341 674 0.35
342 339 0.18
343 287 0.15
344 5 0.00
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TCAATGGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATGAGATCTGTTTTAACCAAA
ATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGAAGTAACAAGG
CTTCCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGACTTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
CCTAATGCAAACATCAAATGATGATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATAA
ATGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAGTATAAA
TGAACTTGTTTTG
Found at i:140772 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 140107--143663 Score: 1475
Period size: 172 Copynumber: 20.8 Consensus size: 169
140097 TACACATACA
* * * * * * * *
140107 TTTGAAAGCCTTGTTTCTTATTTTAAGTGGATTTATCACTTTTTAAAAGATTTAAAATTGATTTT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAATTGAATTT
* ** * ** * * * *
140172 TTTTACATTTTTCA-TTACAATTGATCATCATTCCATGTTTGCATTGGAA-AATGTAAAGCAAAA
65 TTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATT-TAAGAACGTGAAGCAAAA
* * * *
140235 GCCATCCATTGACAAGAGAAGTCTATTTCTACTCACTCATGCC
128 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATG-C
* * * * * * *
140278 TTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGGTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAAATA
1 TTTG-AAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAATTGAATT
* * * * * * *
140343 TTTTTATATTTTTGGCTAAAACA-AGTCATCATTTGATGTTTGCA-TGAAGAAACATGAAGCAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAA
* * * * *
140406 AACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATATTGACTCATGCC
127 AGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATG-C
* * *
140450 TATAAAAGCCTTCTTACTCCATCCTACTCTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAGATGATTTTA
1 TTTGAAAGCCTTCTTA---C-T-C-A----CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTA-ATGATTTTA
* * * * * * * *
140515 AATTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATGATTTGATGTTTACA-TTAGGACACAT
55 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAGA-ACGT
* * * * ** *
140579 -AAGGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTACTCTTTTATGC
119 GAA-GCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * *
140630 TTTTGAAAGCATTGTTGCTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATCGATTTTAAATTGAATT
1 -TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAATT
* * * *
140695 TTTTTATATATTTT-GTTAAAATAGAACATAATTTGATATTTGCATTTAAGAACGTGAAGCAAAA
64 TTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAGAACGTGAAGCAAAA
*
140759 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTTCATTTATACTCACTCATGC
128 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * *
140801 CTTGAAAGCCTTCTTACTCCATCCTACTCTATTTAAGTGGATTAATAACTTTATAAATGATTTTA
1 TTTGAAAGCCTTCTTA---C-T-C-A--C--TTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTA
* * * * *
140866 AATTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACAGATCATGATTTGATCTTTGCATTGGAA-AACAT
55 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATT-TAAGAACGT
* * * * * *
140930 GAAACAAAAGCCATCCACTCACAACAAAAGTCCATTTCTACTCACTCATGC
119 GAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* ** * *
140981 CTTGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * *
141046 TTTTACATTTTTAATTAAAACGGATCATGACTTGATATTTG--TGTTAGAAAACGGGTA-CAAAA
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCAT-TTA-AGAACGTGAAGC-AAA
* * * * *
141108 AGCTATCTATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATACC
127 AGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAT-GC
* ** ** * *
141152 TTAGAAAGCCTT-TTCACTCTTTTTAAGCAGATTTATAACTTTTTTATCGATTTTAGATTGAATT
1 TTTGAAAGCCTTCTT-ACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAATT
* * * * * * *
141216 TTTTTACATTTTTGGTT-AAATAGATCATCATTTCATGTTTGCA-TTAGGAAATGTGAAGCAAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAAA
*
141279 GCCAT-TCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGC-CACTCATGCC
128 GCCATCT-ATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACTCATG-C
* * * * **
141323 TTTGAAAGCCTTCTT-TTCACTTTAAGTGAATTTATAACTTTTTAAATTATTTTAAATAGTTTTC
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAATTG-AAT-
* * ** * * * *
141387 TTTTTTACATTTGTGGTTAAAACTA-ATCACCATTTCATGTTCGCA--TAGGGAAGCAG-GAAGC
63 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATCATGATTTGATATTTGCATTTA-AGAA-C-GTGAAGC
* * *
141448 AAAAACCATCTATTAATAAGAAAAGTCCATTTATA---AC-CA---
124 AAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * * * * **
141487 -TT-CATGCCTTC--AAT-AGCTTTAAATGAATTTATAACTTTATAAATGATTCGAAATTGAATT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCA-CTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAATTGAATT
* * * * * * * * *
141547 GTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGTCA-GCATTTGATGTTTTC-TTTAAGATATGTGAAGCCAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATG-ATTTGATATTTGCATTTAAGA-ACGTGAAGCAAA
* * * * *
141610 AGCTAACCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCC
127 AGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATG-C
* * * * *
141654 TTCGAAAGCCTTCTCACTCTATTTCACTCTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATTATTTTT
1 TTTGAAAG-C--CT---TC---TT-ACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTA
* * * * * *
141719 AATAGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATCATGATTGGATGTTTACA-TTAGGAACCAT
55 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAGAA-CGT
* * * * *** * * *
141782 GAAAACCTTGAAAGTCCAT-T-TTTACTCATTCACG-CC-TTGA-A--AAC-C-T--
119 G--AAGC--AAAAG-CCATCTATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * ** * * * * *
141828 TCT--AA--CTTGCTTTAAGTGGA-TTT-A-TAAATTTTTAA----ATGAT-TTT--AGATTGAA
1 TTTGAAAGCCTT-C-TT-ACT-CACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAATTGAA
* * * * * * ** * *
141879 TATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAACATGATTTGATGTATGCA-TTGGGAAACATGGAGCAA
62 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAA
* * *
141943 AAGCCATCCATTAACAAG-AAAGTCCATTTCTACTCACTCATGC
126 AAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * ** **
141986 CTTGAAAGCTTTCTTACTCGTTTTAAGTGGATTTATAACTTTGCAAATGATTTTAAATT--ATTT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAATTGAATTT
** * * * * **
142049 TTTTATGTTTTTGGCTAAAACAGATCATCATTTGATGTTTGCA-TTAAGAAATATGAAGCAAAAG
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAAAG
* * * *
142113 CCATCCT-TTTACAAAAAAAGTCCATTTATATTGACTCATGCC
129 CCAT-CTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATG-C
* * * ** * * * * *
142155 TTCGAAAGCTTTGTTGTTCGCTTTAAGTGCATTCATTACTTTTTAAATGA-TTTAAGATTTAGAT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAA-ATTGA-AT
* * * * * * *
142219 TTGTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATCATCATTT-ATTGTTTGCA-TCAAAATACATGGAGCA
63 TT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGA-TATTTGCATTTAAGA-ACGTGAAGCA
* * * * *
142282 TAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCC-TCTTATACTCCCTCATACC
125 AAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATACTCACTCAT-GC
* * * * * *
142328 TTCGAAAGCCTTGTCACTCACTTTAAGTGGATTTACAACTTTTTTATTGATTTTAAATTGAATTC
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAAC-TTTTTAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * * *
142393 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATCA-GAATTGGATGTTTGCA-TCAAGAAACATGAACCAAAA
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATG-ATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAAA
* * * * * *
142456 GCCATCCATTGGCAAGTAAAGCCCATGTTATAGTCATTCATGCC
128 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATACTCACTCATG-C
* * * ** * * * * *
142500 TTTAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTTAGTGGATTTATAGCTTTTTCATTGATTTTTAATTGAATTG
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * ** * *
142565 TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCATCATTTCATATTTTCATTGGA-AATGTGAAGCAAAAGT
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAGAACGTGAAGCAAAAGC
* * * *
142629 CATCCATTGGCATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
130 CATCTATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATG-C
* * * ** ** * *
142671 TTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTACATTTATAACTTTTTTTTAATTTTAAATT-AAATTT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAATTGAATTTT
* * * * * * * * *
142735 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTACA-ATAAGAAACATTAAGCAAAATC
66 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * * *
142799 CATCCATTGATAAGCAAAGTCTATTTTATAGTCATTGAAGCC
130 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCA-TTTATACTCACTCATG-C
* * * ** * * *
142841 TTTGTAAGCCTTATTGCT-TGTATTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATTGCTTTTTTAATGGAAT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACT-TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAA-TG-ATTTTAAATTGAAT
* * * * * * * * *
142905 TCTTTAAGC-TTTTTTGTTAAAACAGATCA-GAATTTGATGTTTGTA-TCAGGAAACATGAAGCC
63 TTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGATCATG-ATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCA
* * * * * * * *
142967 AAAGCCATCCATTAATAAGGAAAGTCTATTTTGTAGTCATTCACT-C
125 AAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCA-TTTATACTCACTCA-TGC
* * * * *
143013 TTTTGAAAGCCTTGTTACTCACATTT-AGTGAATTTATAACTTCTTCATCTATTTTAAATTGAAT
1 -TTTGAAAGCCTTCTTACTCAC-TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAAT
* * * * * * * * * * *
143077 TGTTTTACATTTTTTGTTGAATCAGATCATCATTTCATGTTTTCA-TTAGGAAAAGTGGAGCAAA
63 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAA
* * * * *
143141 AGCTATCTATTGACAAAAAAAAG-CATATTTATAGTCACTCATTC
127 AGCCATCTATTGAC-AAGAAAAGTC-CATTTATACTCACTCATGC
* * * * *** * * * * *
143185 CTTCAAAGGCCCTATTACTTGTTTTGATTGGATCTATAACTTTTTCATCGATTTTAGATTGAATT
1 TTTGAAA-GCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTTAAATTGAATT
* * * * * * * *
143250 TTTTCATATTTTT-GATTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGCA-TCAAGAAACGTAAAGCAAA
64 TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAA
* * * * * *
143313 AGCCATCCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGC-CATTTATACC
127 AGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACTCAT-GC
** * * ** ** * ***
143357 TTCAAAAACCTTGTCGCTTGCTTTAAATGGATTTATCTTTTTTTTTAAATGATTTTAAATTG-AT
1 TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTA--TAACTTTTT-AATGATTTTAAATTGAAT
* * ** * * * * * *
143421 TTTTTTACATTTTTGGTTACAATTGATCATCATTTTATGTTTGCATTGGGAA-AA-GTAAAGTAA
63 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATT--TAAGAACGTGAAGCAA
* * * * * *
143484 AGGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTTCTACTCACTCATGC
126 AAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
* * * *
143528 TTTCGAAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTGAAATTGAAT
1 TTT-G-AAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTAATGATTTTAAATTGAAT
* * * * * * * * * **
143593 ATTTTCACATTTTTGGCTAAAATAGGTCATCATTTGATGTTTTCA-TCGAGAAACGTGAAGCAAA
63 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAG-AACGTGAAGCAAA
143657 AGCCATC
127 AGCCATC
143664 CATTTGCTGG
Statistics
Matches: 2593, Mismatches: 593, Indels: 399
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
149 6 0.00
150 7 0.00
151 6 0.00
152 3 0.00
153 13 0.01
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156 3 0.00
158 3 0.00
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161 50 0.02
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178 3 0.00
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATGATTTTAAATTGAATTTT
TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTTAAGAACGTGAAGCAAAAGCC
ATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
Found at i:141135 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 140108--141774 Score: 1100
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
140098 ACACATACAT
* * * * * * *
140108 TTGAAAGCCTTGTTTCTTATTTTAAGTGGATTTATCACTTTTTAAAAGATTTAAAATTGATTTTT
1 TTGAAAGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTT
* ** * ** * * * *
140173 TTTACATTTTTCA-TTACAATTGATCATCATTCCATGTTTGCATTGGAAAATGTAAAGCAAAAGC
66 TTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTGAAGCAAAAGC
* * * *
140237 CATCCATTGACAAGAGAAGTCTATTTCTACTCACTCATGCC
130 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* * ** * * * *
140278 TTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGGTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAAATA
1 -TTG-AAAGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATT
* * * * * * *
140343 TTTTTATATTTTTGGCTAAAACA-AGTCATCATTTGATGTTTGCATGA-AGAAACATGAAGCAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TCATGATTTGATATTTGCATTAGA-AAACGTGAAGCAAA
* * * * *
140406 AACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATATTGACTCATGCC
127 AGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* * *
140450 TATAAAAGCCTTCTTACTCCATCCTACTCTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAGATGATTTTA
1 T-TGAAAGCCTTCTTA---C-T--TA----CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTA
* * * * * * * * *
140515 AATTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATGATTTGATGTTTACATTAGGACACAT-
55 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTG
* * * * ** * *
140579 AAGGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTACTCTTTTATGCTT
120 AA-GCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC-C
* * * * *
140632 TTGAAAGCATTGTTGCTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTT-CATCGATTTTAAATTGAATTT
1 TTGAAAGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAATTT
* * * * *
140696 TTTTATATATTTT-GTTAAAATAGAACATAATTTGATATTTGCATTTA-AGAACGTGAAGCAAAA
65 TTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCA-TTAGAAAACGTGAAGCAAAA
*
140759 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTTCATTTATACTCACTCATGCC
128 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* *
140802 TTGAAAGCCTTCTTACTCCATCCTACTCTATTTAAGTGGATTAATAACTTTATAAATGATTTTAA
1 TTGAAAGCCTTCTTA---C-T--TA--C--TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAA
* * * * *
140867 ATTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACAGATCATGATTTGATCTTTGCATTGGAAAACATGA
56 ATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTGA
* * * * * *
140932 AACAAAAGCCATCCACTCACAACAAAAGTCCATTTCTACTCACTCATGCC
121 AGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* * *
140982 TTGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTAAATTAAATTTT
1 TTGAAAGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTT
* * * ** * *
141047 TTTACATTTTTAATTAAAACGGATCATGACTTGATATTTGTGTTAGAAAACGGGTA-CAAAAAGC
66 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTGAAGC-AAAAGC
* * * * *
141111 TATCTATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATACC
130 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* ** * *
141152 TTAGAAAGCCTT-TTCACTCT-TTTTAAGCAGATTTATAACTTTTT-TATCGATTTTAGATTGAA
1 TT-GAAAGCCTTCTT-ACT-TACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT-GATTTTAAATTGAA
* * * * * * *
141214 TTTTTTTACATTTTTGGTT-AAATAGATCATCATTTCATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAA
62 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTGAAGCAAA
*
141278 AGCCAT-TCATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGC-CACTCATGCC
127 AGCCATCT-ATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACTCATGCC
* * * **
141323 TTTGAAAGCCTTCTT--TTCACTTTAAGTGAATTTATAACTTTTTAAATTATTTTAAATAGTTTT
1 -TTGAAAGCCTTCTTACTT-ACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTG-AAT
* * ** * * * * *
141386 CTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACTA-ATCACCATTTCATGTTCGCA-TAGGGAAGCAG-GAAGC
63 -TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATCATGATTTGATATTTGCATTA-GAAAAC-GTGAAGC
* * * *
141448 AAAAACCATCTATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAAC-CATTCATGCC
124 AAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-ACTCACTCATGCC
* * * ** *
141495 TTCAATAG----C-T--TTA----AA-TGAATTTATAACTTTATAAATGATTCGAAATTGAATTG
1 TTGAA-AGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTT
* * * * * * * * * *
141548 TTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGTCA-GCATTTGATGTTTTCTTTA-AGATATGTGAAGCCAAA
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATG-ATTTGATATTTGCATTAGA-AAACGTGAAGCAAAA
* * * * *
141611 GCTAACCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCC
128 GCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
* * * *
141654 TTCGAAAGCCTTCTCACTCTATTTCACTCTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATTATTTTT
1 TT-GAAAGCC-T-T--CT-TACTT-A----CTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTA
* * * *
141719 AATAGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATCATGATTGGATGTTTACATTAG
55 AATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAG
141775 GAACCATGAA
Statistics
Matches: 1174, Mismatches: 232, Indels: 170
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
159 77 0.07
160 5 0.00
161 28 0.02
162 2 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 2 0.00
169 4 0.00
170 213 0.18
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174 6 0.01
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176 2 0.00
177 2 0.00
178 2 0.00
179 6 0.01
180 167 0.14
181 176 0.15
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTGAAAGCCTTCTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTT
TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATGATTTGATATTTGCATTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCC
ATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
Found at i:142947 original size:514 final size:516
Alignment explanation
Indices: 142350--143325 Score: 1245
Period size: 514 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
142340 GTCACTCACT
* * *
142350 TTAAGTGGATTTACAACTTTTTTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAGTGGATTTACAACTTTTTAATTGATTTTAAATGGAATTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACA
* ** *
142415 TATCAGAATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAA-CCAAAAGCCATCCATTGGCAAGTAAAGCC
66 GATCAGAATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCC-AAAGCCATCCATTAACAAGGAAAGCC
* ** * * * *
142479 CATGTTATAGTCATTCA-TGCCTTTAAAAGCCTTGTTATTTGCTTTTAGTGGATTTATAGCTTTT
130 CATGTTATAGTCATTCACT-CCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACATTTAGTGAATTTATAACTTCT
*
142543 TCAT-TGATTTTTAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAT-AGATCATCATTTCATATTTT
194 TCATCT-ATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTT-AAATCAGATCATCATTTCATATTTT
* * *
142606 CATT-GGAAATGTGAAGCAAAAG-TCATCCATTGGCATAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAT
257 CATTAGGAAAAGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGACAAAAAAAAG-CACATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
142668 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTACATTTATAACTTTTT-TTTAATTTTAAATTAAA
320 GCCTTCAAAAGCCCTATTACTCATTTTAAGTACATCTATAACTTTTTCATCAATTTTAAATTAAA
* * *
142732 TTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTACAAT-AAGAAACATTAAGCAA
385 TTTTTTCATATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTCATGTTTAC-ATCAAGAAACATAAAGCAA
*
142795 AATCCATCCATTGATAAGCAAAGTCTATTTTATAGTCATTGAAGCCTTTGTAAGCCTTATTGCTT
449 AAGCCATCCATTGATAAGCAAAGTCTATTTTATAGTCATTGAAGCCTTTGTAAGCCTTATTGCTT
142860 GTA
514 GTA
* * * *
142863 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATTGCTTTTTTAATGGAATTCTTTAAGC-TTTTTTGTTAAAA
1 TTAAGTGGATTTACAACTTTTTAATTG-ATTTTAAATGGAATTCTTTAA-CATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
142927 CAGATCAGAATTTGATGTTTGTATCAGGAAACATGAAGCCAAAGCCATCCATTAATAAGGAAAGT
64 CAGATCAGAATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCCATTAACAAGGAAAGC
* * * * *
142992 CTATTTTGTAGTCATTCACTCTTTTGAAAGCCTTGTTACTCACATTTAGTGAATTTATAACTTCT
129 CCATGTTATAGTCATTCACTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACATTTAGTGAATTTATAACTTCT
* *
143057 TCATCTATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTGAATCAGATCATCATTTCATGTTTTCA
194 TCATCTATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAATCAGATCATCATTTCATATTTTCA
* * * *
143122 TTAGGAAAAGTGGAGCAAAAGCTATCTATTGACAAAAAAAAGCATATTTATAGTCACTCATTCCT
259 TTAGGAAAAGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAAGCACATTTATAGTCACTCATGCCT
* ** * * ** * * *
143187 TCAAAGGCCCTATTACTTGTTTTGATTGGATCTATAACTTTTTCATCGATTTTAGATTGAATTTT
324 TCAAAAGCCCTATTACTCATTTTAAGTACATCTATAACTTTTTCATCAATTTTAAATTAAATTTT
* * * *
143252 TTCATATTTTTGATTAAAATAGATCATCATTTCATGTTTGCATCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCC
389 TTCATATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTCATGTTTACATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCC
143317 ATCCATTGA
454 ATCCATTGA
143326 GAAAAAAAGT
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 61, Indels: 20
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 28 0.07
514 192 0.49
515 89 0.23
516 21 0.05
517 60 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (516 bp):
TTAAGTGGATTTACAACTTTTTAATTGATTTTAAATGGAATTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACA
GATCAGAATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCCAAAGCCATCCATTAACAAGGAAAGCCC
ATGTTATAGTCATTCACTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACATTTAGTGAATTTATAACTTCTTC
ATCTATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAATCAGATCATCATTTCATATTTTCATT
AGGAAAAGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAAGCACATTTATAGTCACTCATGCCTTC
AAAAGCCCTATTACTCATTTTAAGTACATCTATAACTTTTTCATCAATTTTAAATTAAATTTTTT
CATATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTCATGTTTACATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCAT
CCATTGATAAGCAAAGTCTATTTTATAGTCATTGAAGCCTTTGTAAGCCTTATTGCTTGTA
Found at i:145907 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 145356--147680 Score: 1598
Period size: 180 Copynumber: 13.2 Consensus size: 177
145346 TGACAACACC
* * * * * * *
145356 ATTGACATGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAACCTTCTTACTCCATCCTACTC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACTCC-T--TACTC
* * *
145421 TCTTTAAGTGGATTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATTAAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAA
62 TCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAA
* * * * * *
145485 AACATATCATAATTTGATGTTTGCATCATGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
126 AACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * * *
145537 ATTGATAAGAAAAGTCAATTTCTACTCACTCATACCTTCGAAATCC--TTA----TTACT-TGCT
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTCCTTACTCT-CT
** * *
145595 TTAAGTGGATTTATAACTTT-TTCATCGATTTTAAATTGAA-TTGTTTACATTTTTTG-TTAAAA
65 TTAAGTGGATTTATAACTTTATAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAA
* ** *
145657 CAGATCATAATTTGATAATTGCATT-TGAAA-ATGTTAAGCAAAAGCCATCT
128 CAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATG--AAGCAAAAGCCATCT
* * *
145707 ATTGAAAAGAAAAATCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCCATCCTACTC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCC-TTTTACTCC-T--TACTC
* * * *
145772 TCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTG-ATGTTTTAATATTTTTGATTGAA
62 TCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * *
145836 ACAGTTCATGATTTGATGTTTACATCAGGAAAGATGAAGCAAAACCCATCC
127 ACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * *
145887 ATTCACAACAAAAGTCTATTTCTACACACTCATGCC-TTGAAAGCC--TT--T--TTACTCGCTT
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTCCTTACTCTCTT
* * *
145945 TAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTT-TATTTTTGATTAAAACGG
66 TAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
* *
146009 ATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGGAATG-TGAAGCAAAAGCTATCT
131 ATCATGATTTGATGTTTGCATTA-GGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * *
146056 ATT-AGCAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATAG-CTTCGAAAGCC--TT-CT-C--ACTCTC
1 ATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCAT-GCCTTTGAAAGCCTTTTACTCCTTACTCTC
* ** ** * * * *
146113 ATTAAGCAGATTTATAACTTT-TTCATCGATTTTAGATTGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAA
64 TTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * ** * *
146177 TAGATCATTATTTCACATTTGCATTAGG-AA-ATGCAAAGTAAAAGCCATCC
128 CAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATG--AAGCAAAAGCCATCT
* ** * * * * * *
146227 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAC-CACTCACACCTTCGACAG----TT-GT-GTTACGCGCT
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT-ACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTCCTTACTCTCT
* * * **
146285 TTAAGTTGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTTACATTTTGGCTAAAAC
65 TTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAAC
* * * * * * * * *
146349 AGGTTATCATTTGATGTTTACATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCC
129 AGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * * * *
146398 ATTAACAGGAAAAGTCTATTTCTATTCACTTATGCC-TAGAAAG-CTTTCTAACTCTATTTTACT
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTT-T-ACTC---CTTACT
* * * * * * * *
146461 CCCTTTAAATGGATTTATAGCTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTGGGTTTA
61 CTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * **
146526 AACAGATCATGATTTGATGATTGCATTAGGAAATG-TGAACCAAAAATCATCT
126 AACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAA-GATGAAGCAAAAGCCATCT
* * *
146578 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTATTCACTCATG-CTTTCGAAAGCC----A-T-GTTACT-TGC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTTTTACTCCTTACTCT-C
** * *
146635 TTTAAAAGGATTTATAACATTT-T-CATCGATTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTAATTAA
64 TTTAAGTGGATTTATAAC-TTTATAAAT-GATTTTAAATTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAA
* ** *
146697 AATAGATCAT-ACTTTGATGTTTATATT-GAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCT
126 AACAGATCATGA-TTTGATGTTTGCATTAG-GAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * **
146749 ATTGATC-AGAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCCTTTGTACT
1 ATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACTCC--T-TACT
* * * * *
146813 CTCTTTAAGTGGATTTATAAATTTATAAATAATTTTTAATTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAA
61 CTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* * ** *
146878 AA-AAATCATAATTTGATGTTTGCATTAAAAAACG-TGAAAG-AAAGGCCAT-T
126 AACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAA-GATG-AAGCAAAAGCCATCT
* * * *
146928 CATTGAGAAGAAACA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCCTTTTACT
1 -ATTGACAAGAAA-AGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACTCC--TTACT
* * *
146992 CTCTTAAAATTGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACT-TTTTT-AGTT
61 CTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTGA-TT
* * * * * * *
147055 AAAACAGATC-TTATTTGATGTTTGCACTAGAAAACG-TAAAGTAAAAACCATCC
124 AAAACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAA-GATGAAGCAAAAGCCATCT
* ** * *
147108 ATTGACAAAAAAAGTCTATTTCCACTCACTCAT-TCTTTCAAAAGCC--TTA----TTACT-TGC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTTTTACTCCTTACTCT-C
** * * * * *
147165 TTTAAG-GGCATTTATCGCTTTTTCACTGATTTTCAATTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAA
64 TTTAAGTGG-ATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAA
* * * * * ** **
147228 ATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAAAGG-AACATTAAGTTAAAGTTATCT
127 ACAGATCATGATTTGATGTTTGCAT-TAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * *
147279 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACTTTTGAAAGCCTTCTTACTCCTTTTTACTC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACTCC---TTACTC
* * * *
147344 TTTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAATGGTTTTAAATTGAATTTTTTTAT-TTTTTAAGTTAA
62 TCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAA
* * * * * * *
147408 AACAGATC-TTATTTGATGTTTTCACTAGAAAACATAAAGTAAAAGCCATCT
126 AACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * *
147459 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGC-CA-TCCATGCCTTCGGAAGCTTTCTTACTCCTTCTTAC
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA-CTCACT-CATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACT-C--CTTAC
* * * * * *
147522 TCACTTTAAGTAGATTTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTGAA-TATTTTACATTTTTGGTTA
60 TCTCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * *
147586 AAATAGATCATGATTTGATGTTTACATTAGAAAACG-TAAAGCAAAAGCCATCT
125 AAACAGATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAA-GATGAAGCAAAAGCCATCT
* * *
147639 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTACTCACTCATACCTTTGAA
1 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAA
147681 TGTCATGTTA
Statistics
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0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTCCTTACTCTCTT
TAAGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAG
ATCATGATTTGATGTTTGCATTAGGAAAGATGAAGCAAAAGCCATCT
Found at i:146554 original size:351 final size:348
Alignment explanation
Indices: 145364--147785 Score: 1685
Period size: 351 Copynumber: 6.9 Consensus size: 348
145354 CCATTGACAT
* * * * * * *
145364 GAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAA-CCTTCTTACTCCATCCTACTCTCTTTAA
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTT--AAAAGCTTTCTTACT-CTTCTTACTCTCTTTAA
* * * * * *
145428 GTGGATTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATC
63 GTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * * *
145493 ATAATTTGATGTTTGCATCATGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCAATT
128 ATAATTTGATGTTTGCATTA-GGAA-ATGAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * **
145557 TCT-ACTCACTCATACCTTCGAAATC-CTTATTACTTGCTTTAAGTGGATTTATAACTTT-TTCA
191 TCTAAC-CACTCATACCTTCGAAAGCTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAA
* * * **
145619 TCGATTTTAAATTGA-ATTGTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTTGATAATTGCAT-T
255 T-GATTTTAAATTGATTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACAGATCAT-ATTTGATGTTTGCATCT
* *
145682 TGAAA-ATGTTAAGCAAAAGCCATCTATTGAA-AA
317 AGAAACA--TAAAGCAAAAGCCATCTATT-AACAA
* * *
145715 GAAAAATCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTT-TTACTCCATCCTACTCTCTTTAA
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCC-TTAAAAG-CTTTCTTACT-CTTCTTACTCTCTTTAA
* * * * * * *
145779 GTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTG-ATGTTTTAATATTTTTGATTGAAACAGTTC
63 GTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * * * * * *
145843 ATGATTTGATGTTTACATCAGGAAA-GATGAAGCAAAACCCATCCATTCACAACAAAAGTCTATT
128 ATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATGA--AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * *
145907 TCT-ACACACTCATGCCTT-GAAAGC-CTTTTTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAA
191 TCTAAC-CACTCATACCTTCGAAAGCTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAA
* *
145969 TGATTTTAAATTTAATTTTTTTTA-TTTTT-GATTAAAACGGATCATGATTTGATGTTTGCAT-T
255 TGATTTTAAA-TTGATTTTTTTTACTTTTTAG-TTAAAACAGATCAT-ATTTGATGTTTGCATCT
* ** * * *
146031 AGGGAATGTGAAGCAAAAGCTATCTATTAGCAA
317 A-GAAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAACAA
* * * * * *
146064 GAGAAGTCCATTTATAATCACCCATAG-CTTCGAAAGC---C-T--TC-TC--ACTCTCATTAAG
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCAT-GCCTT-AAAAGCTTTCTTACTCTTCTTACTCTCTTTAAG
** ** * * ** *
146119 CAGATTTATAACTTT-TTCATCGATTTTAGATTGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAATAGATC
64 TGGATTTATAACTTTATAAAT-GATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * ** *
146183 ATTATTTCACATTTGCATTAGGAAATGCAAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
128 ATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATG-AAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
146248 ATAACCACTCACACCTTCGACAG-T-TGTGTTACGCGCTTTAAGTTGATTTATAACTTTATAAAT
192 CTAACCACTCATACCTTCGAAAGCTCT-TGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAAT
* * * * * * *
146311 GATTTTAAATTGATTTTTTTTTACATTTTGGCTAAAACAGGTTATCATTTGATGTTTACATCAAG
256 GATTTTAAATTGA-TTTTTTTTACTTTTTAGTTAAAACAGATCAT-ATTTGATGTTTGCATCTAG
* *
146376 AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAG
319 AAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAACAA
* * * * * * *
146406 GAAAAGTCTATTTCTATTCACTTATGCC-TAGAAAGCTTTCTAACTCTATTTTACTCCCTTTAAA
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTA-AAAGCTTTCTTACTCT-TCTTACTCTCTTTAAG
* * * *
146470 TGGATTTATAGCTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATGTTGGGTTTAAACAGATCA
64 TGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCA
* * * * ** * *
146535 TGATTTGATGATTGCATTAGGAAATGTGAACCAAAAATCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTC
129 TAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATG-AAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTC
** * * * * * *
146600 TATTCACTCATGCTTTCGAAAGC-CATGTTACTTGCTTTAAAAGGATTTATAACATTT-T-CATC
193 TAACCACTCATACCTTCGAAAGCTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAC-TTTATAAAT-
* * * * **
146662 GATTTTAAATTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATCATACTTTGATGTTTATAT-TGA
256 GATTTTAAATTGATTTTTTTTA-CTTTTTAGTTAAAACAGATCATA-TTTGATGTTTGCATCT-A
* * *
146726 GAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATTGATC-A
318 GAAACATAAAGCAAAAGCCATCTATT-AACAA
* * *
146757 GAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCCTT-TGTACTCTCTTTAA
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTT-AAAAGCTTTCTTACT-CTTCT-TACTCTCTTTAA
* * * * * *
146821 GTGGATTTATAAATTTATAAATAATTTTTAATTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAATC
63 GTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
** * * *
146885 ATAATTTGATGTTTGCATTAAAAAACGTGAAAG-AAAGGCCATTCATTGAGAAGAAACA-TCCAT
128 ATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAA--TGAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCAT
* ** * * * * *
146948 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCCTTTTACTCTCTTAAAATTGATTTATAAC
190 TTCTAACCACTCATACCTTCGAAAG----C-T-CT--TGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAC
* *
147013 TTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATCTTATTTGATGTTT
247 TTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACAGATCATATTTGATGTTT
* * * * *
147078 GCA-CTAGAAAACGTAAAGTAAAAACCATCCATTGACAA
311 GCATCTAG-AAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAACAA
* ** * *
147116 AAAAAGTCTATTTCCACTCACTCATTCTTTCAAAAGC---CTTA------TTACT-TGCTTTAAG
1 GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTT-AAAAGCTTTCTTACTCTTCTTACTCT-CTTTAAG
** * * * * * *
147171 -GGCATTTATCGCTTTTTCACTGATTTTCAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATC
64 TGG-ATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATC
* * ** ** * *
147235 ATAATTTGATGTTTGCATAAAGGAACAT-TAAGTTAAAGTTATCTATTGACAAGAAAAGTCTATT
128 ATAATTTGATGTTTGCAT-TAGGAA-ATGAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * **
147299 TATAGTCACTCATACTTTTGAAAGCCTTCTTACTCCTTTTTACTCTTTTTAAATGGATTTATAAC
191 TCTAACCACTCATACCTTCGAAAG--------CT-CTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAAC
* * * *
147364 TTTATAAATGGTTTTAAATTGAATTTTTTTATTTTTTAAGTTAAAACAGATCTTATTTGATGTTT
247 TTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTACTTTTT-AGTTAAAACAGATCATATTTGATGTTT
* * * *
147429 TCA-CTAGAAAACATAAAGTAAAAGCCATCTATTGATAA
311 GCATCTAG-AAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTAACAA
** *
147467 GAAAAGTCTATTTATAGC-CA-TCCATGCCTTCGGAAGCTTTCTTACTCCTTCTTACTCACTTTA
1 GAAAAGTCTATTTATA-CTCACT-CATGCCTT-AAAAGCTTTCTTACT-CTTCTTACTCTCTTTA
* * * *
147530 AGTAGATTTATAACTTTATAAATGATTTTGAATTGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
62 AGTGGATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * *
147594 CATGATTTGATGTTTACATTAGAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATT
127 CATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATG-AAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * **
147659 TCT-ACTCACTCATACCTTTGAATG-TCATGTTACTCGCTCTAAAAGAATTTATAAATTT-TTCA
191 TCTAAC-CACTCATACCTTCGAAAGCTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAA
* * * * *
147721 TCAATTTTAAATTGAATTGTTTTATA-TTTTTTG-TAAAACAGATTATGATTTGATGTTTTCATC
255 T-GATTTTAAATTG-ATT-TTTTTTACTTTTTAGTTAAAACAGATCAT-ATTTGATGTTTGCATC
147784 TA
316 TA
147786 TTGATAAGAA
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 321, Indels: 210
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 34 0.02
340 87 0.05
341 67 0.04
342 73 0.04
343 3 0.00
344 1 0.00
345 1 0.00
347 3 0.00
348 9 0.01
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353 8 0.00
354 7 0.00
355 1 0.00
356 4 0.00
358 5 0.00
359 69 0.04
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361 40 0.02
362 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (348 bp):
GAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTAAAAGCTTTCTTACTCTTCTTACTCTCTTTAAGTG
GATTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCATA
ATTTGATGTTTGCATTAGGAAATGAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAA
CCACTCATACCTTCGAAAGCTCTTGTTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACTTTATAAATGATTT
TAAATTGATTTTTTTTACTTTTTAGTTAAAACAGATCATATTTGATGTTTGCATCTAGAAACATA
AAGCAAAAGCCATCTATTAACAA
Found at i:147804 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 147634--147927 Score: 333
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
147624 AAGCAAAAGC
* * * * *
147634 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTACTCACTCATA-CCTTTGAATGTCATGTTACTCGCTC
1 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTCAACTCACTCA-AGCC-TTGAAAGCCATCTTACTCACTC
* * *
147698 TAAAAGAATTTATAAATTTTTC-ATCAATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTTG-TAAAACA
64 TAAAAGAATTTAT-AACTTTACAAT-AATTTTAAATT-AATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
*
147761 GATTATGATTTGATGTTTT
126 GATAATGATTTGATGTTTT
* * * *
147780 CATCTATTGATAAGAAACGTCCATTTCAACTCACTTAAGCCTTGAAAGCCTTCTTACTCACTCTA
1 CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTCAACTCACTCAAGCCTTGAAAGCCATCTTACTCACTCTA
** * * * * *
147845 AGTGGATTTATAACTTTACAAATTATTTTAAATTAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGATA
66 AAAGAATTTATAACTTTAC-AATAATTTTAAATTAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATA
147910 ATGATTTGATGTTTT
130 ATGATTTGATGTTTT
147925 CAT
1 CAT
147928 TGGAAAACAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 23 0.19
145 64 0.52
146 37 0.30
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (144 bp):
CATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTCAACTCACTCAAGCCTTGAAAGCCATCTTACTCACTCTA
AAAGAATTTATAACTTTACAATAATTTTAAATTAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAA
TGATTTGATGTTTT
Found at i:148042 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 147821--148540 Score: 498
Period size: 167 Copynumber: 4.2 Consensus size: 167
147811 CACTTAAGCC
* * *
147821 TTGAAAGCCTT-CTTACTCACTCTAAGTGGATTTATAAC-TTTACAAATTATTTTAAATT-AATT
1 TTGAAAGCCTTGC-TACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTAC--ATAATTTTAAATTAAATT
* * * * *
147883 TTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGATAATGATTTGATGTTTTCATTGGAAAACATAAAGCAAAAG
63 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAG
* * * *
147948 CTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTGCTACATTATGCCT
128 CCAACCATTGACAAGAAAAGTCCATTGTTACATTATGCCT
* * * * *
147988 TTGAAAGGCTTGCTACTCGCTTTAAGTGGATTGATAACTTTTGCATCAATTTT-AATTGAATTGT
1 TTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTACAT-AATTTTAAATTAAATTTT
* * * ** * * *
148052 TTTACACTTTTGGTTAAAACA-AAACATAATTTGATGTTCACATCAGG-GAACATAAAGTAAAAC
65 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATA-ATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAAACATAAAGCAAAAG
* * *
148115 CCAACTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-TCATGCCT
128 CCAACCATTGACAAGAAAAGTCCA--T-T-GTTACATTATGCCT
* * * * * *
148158 TTAAAAACCTT-CTTACTCATTTCTCTTTTTAAGTGGATTTATAACTTCATAAATGATTTTAAAT
1 TTGAAAGCCTTGC-TA--C---TCGC--TTTAAGTGGATTTATAACTT-TTACATAATTTTAAAT
* * * * * * *
148222 TGAA-TTTTTTATATTTTTGATTCAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-TGACAAACATGAA
57 TAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTGCATAGGA-AAACATAAA
* * * * *
148285 GCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAATCTATTTTTACTCATTAAAGCCT
121 GCAAAAGCCAACCATTGACAAGAAAAGTCCATTGTTA--CATT-ATGCCT
* * *
148335 TTGAAAGCCTTGCTACTCGCATTGAGTGGATTTATAACTTTTTCATAGATTTTAAATTAAAATTT
1 TTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTACATA-ATTTTAAATT-AAATTT
* * * ** * *
148400 TCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATCATAATTTGATGTTTGCATAGG-AAATGTAAAGTAAAA-T
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGC
* * * * *
148463 CAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCACTCATGCCT
129 CAACCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TGTTA--CA-TTATGCCT
* *
148505 TTGAAAGCCTT-TTACTCGTTTTCAA-TGGATTTATAA
1 TTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTT-AAGTGGATTTATAA
148541 AATCAGCTAT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 92, Indels: 68
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.02
167 106 0.25
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170 87 0.20
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174 1 0.00
175 7 0.02
176 1 0.00
177 105 0.25
178 12 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTACATAATTTTAAATTAAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTTGATGTTTGCATAGGAAAACATAAAGCAAAAGCCA
ACCATTGACAAGAAAAGTCCATTGTTACATTATGCCT
Found at i:148480 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 147783--148540 Score: 538
Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
147773 ATGTTTTCAT
** * * *
147783 CTATTGATAAGAAACGTCCATTTCA-ACTCACTTAAGCC-TTGAAAGCCTT-CTTACTCACTCTA
1 CTATTGATAAGAAAAATCCATTT-ATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGC-TACTCGCTTTA
* * * * * *
147845 AGTGGATTTATAAC-TTTACAAATTATTTTAAATT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGA
64 AGTGGATTTATAACTTTTTCATA-GATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAA
* * * * * * * *
147908 TAATGATTTGATGTTTTCATTGGAAAACATAAAGCAAAAGCTAT
127 TCATAATTTGATGTTTGCATAGG-AAACATAAAGTAAAACCCAA
* * * * ** * * *
147952 CCATTAACAAGAAAAGTCCATTGCTA--CA-TTATGCCTTTGAAAGGCTTGCTACTCGCTTTAAG
1 CTATTGATAAGAAAAATCCATTTATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAG
* * * * *
148014 TGGATTGATAACTTTTGCATCA-ATTTT-AATTGAATTGTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAAAC
66 TGGATTTATAACTTTTTCAT-AGATTTTAAATTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATC
** *
148077 ATAATTTGATGTTCACATCAGGGAACATAAAGTAAAACCCAA
129 ATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAACATAAAGTAAAACCCAA
* * * * * * * *
148119 CTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTTAAAAACCTT-CTTACTCATTTCTC
1 CTATTGATAAGAAAAATCCATTTATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGC-TA--C---TCGC
** * * * *
148183 TTTTTAAGTGGATTTATAACTTCAT-AAATGATTTTAAATTGAATTTTTTATATTTTTGATTCAA
60 --TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTCATA-GATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
148247 ATAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGACAAACATGAAGCAAAAGCCAC
122 ATAAATCATAATTTGATGTTTGCATAG-GAAACATAAAGTAAAACCCAA
* * * * * * *
148296 CCATTGACAAGAAAAATCTATTTTTACTCATTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGCTACTCGCATTGAG
1 CTATTGATAAGAAAAATCCATTTATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAG
*
148361 TGGATTTATAACTTTTTCATAGATTTTAAATTAAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATC
66 TGGATTTATAACTTTTTCATAGATTTTAAATT-GAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAAATC
** * *
148426 ATAATTTGATGTTTGCATAGGAAATGTAAAGTAAAA-TCAG
129 ATAATTTGATGTTTGCATAGGAAACATAAAGTAAAACCCAA
* * * * * * *
148466 CTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTT-TTACTCGTTTTCAA
1 CTATTGATAAGAAAAATCCATTTATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTT-AA
148530 -TGGATTTATAA
65 GTGGATTTATAA
148541 AATCAGCTAT
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 106, Indels: 56
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 12 0.03
167 111 0.24
168 8 0.02
169 41 0.09
170 90 0.20
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175 5 0.01
176 2 0.00
177 114 0.25
178 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTATTGATAAGAAAAATCCATTTATACTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAAG
TGGATTTATAACTTTTTCATAGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATCAT
AATTTGATGTTTGCATAGGAAACATAAAGTAAAACCCAA
Found at i:148592 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 148457--148621 Score: 321
Period size: 81 Copynumber: 2.0 Consensus size: 81
148447 AAATGTAAAG
148457 TAAAATCAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTC
1 TAAAATCAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTC
*
148522 GTTTTCAATGGATTTA
66 GCTTTCAATGGATTTA
148538 TAAAATCAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTC
1 TAAAATCAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTC
148603 GCTTTCAATGGATTTA
66 GCTTTCAATGGATTTA
148619 TAA
1 TAA
148622 CTTTCTAAAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
81 83 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (81 bp):
TAAAATCAGCTATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTC
GCTTTCAATGGATTTA
Found at i:149091 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 148786--149424 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
148776 TTTGCTCTCT
* * * * * * * *
148786 TTAAGTGGATTTATAAC-TTCATAGATGATTTTAAATCAAATTTTTTTATATTTTTGATTCAAAT
1 TTAAGTGAATTTATAACTTTC-TAAATGATTTTAAATTAAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * *
148850 AGATCATAATTTTGATGTTTGCAT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCTACCCATTGACAAAAAAAG
65 AAATCATAA-TTTGATGTTTGCATCAGA-AAACGTGAAGCAAAAACCATCCATAGACAAAAAAAG
* * * **
148914 TCTATTTCTACTCATTTAAACCTT-TGAAG-CTTTATTACTCGCA
128 TCTATTTATACTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTT-TT-CTCGCA
** * *
148957 TTAAGTGAATTTATAACTTT-TTCATAGATTTTAAATTAAAACTTTCTTACATTTTTTATTACAA
1 TTAAGTGAATTTATAACTTTCTAAAT-GATTTTAAATT-AAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAA
* *
149021 CAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCTATAGACAAGAAATA-
64 CAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATAGACAA-AAAAAG
* ** * *
149085 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTCTTGCT
128 TCTATTTATACTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTTTTCTCGCA
* * ** * ** *
149128 TTCAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACA
1 TTAAGTGAATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * * ** *
149193 AATCATAATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCCGTTGACAGGAAAAGTCC
66 AATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATAGACAAAAAAAGTCT
* * *
149258 ATTTATAGTCACT----CCTT-------CTTATTCT--CT
131 ATTTATACTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTTTTCTCGCA
* * *
149285 TTAAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAC
1 TTAAGTGAATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAACTTTCTTACA-TTTTTGATTAAAAC
* ** * * * * * * *
149348 AAATCATGATTTGATGTTTGCATTGGGAGACGTGAAGAAAAAACTATCCATTGATAATAAAAGTC
65 AAATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATAGACAAAAAAAGTC
* *
149413 CATTTCTACTCA
130 TATTTATACTCA
149425 TTCATGCCTT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 73, Indels: 35
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 77 0.20
157 44 0.11
159 7 0.02
166 4 0.01
169 3 0.01
170 87 0.23
171 115 0.30
172 44 0.11
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTGAATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAACTTTCTTACATTTTTGATTAAAACA
AATCATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATAGACAAAAAAAGTCT
ATTTATACTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTTTTCTCGCA
Found at i:149232 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 148549--149444 Score: 792
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
148539 AAAATCAGCT
* * * *
148549 ATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTTTACTCGCTTTCAA-TG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAGCCTTTTTCTTGCTTT-AAGTG
* * *
148613 GATTTATAACTTTCTAAATGGTTTT-AATTTAATTTATTTTGTATTTTTGATTAAAACAAATCAT
64 GATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAATTT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAAATCAT
* *
148677 AATTTGATGTTTGCATTAGGAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
128 AATTTGATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
*
148719 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCCTTTTGCTCT
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAGCC-TTTT--T-C--TTG----
* * *
148784 CTTTAAGTGGATTTATAAC-TTCATAGATGATTTTAAATCAAATTTTTTTATATTTTTGATTCAA
55 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTC-TAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * *
148848 ATAGATCATAATTTTGATGTTTGCATTGAGAAACA-TGAAGCAAAAGCTACCC
119 ACAAATCATAA-TTTGATGTTTGCA-TCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
* * * * * * ** * *
148900 ATTGACAAAAAAAGTCTATTTCTACTCATTTAAACCTTTG-AAG-CTTTATTACTCGCATTAAGT
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAGCCTTT-TT-CTTGCTTTAAGT
* ** * * * * *
148963 GAATTTATAACTTT-TTCATAGATTTTAAATTAAAACTTTCTTACATTTTTTATTACAACAAATC
63 GGATTTATAACTTTCTAAAT-GATTTTAAATT-AAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATC
* * *
149027 ATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACGTGAAGCAAAAACCATCT
126 ATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
* * * *
149071 ATAGACAAGAAATA-TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTCTTGCTTTCAGTG
1 ATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTTTTCTTGCTTTAAGTG
* * *
149135 GATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAAATCATA
64 GATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATCATA
*
149200 ATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
129 ATTTGATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
* * *
149241 GTTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA--C-T-CCTT------CTTATTC-T-CTTTAAGTGGA
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAGCCTTTTTCTTGCTTTAAGTGGA
* *
149294 TTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAAATCATGA
66 TTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAAATCATAA
** * * * * * *
149357 TTTGATGTTTGCATTGGGAGACGTGAAGAAAAAACTATCC
130 TTTGATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
* * * * * *
149397 ATTGATAATAAAAGTCCATTTCTACTCATTCATGCCTTTGAAACCCTT
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAGCCTT
149445 GTTACATCAA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 100, Indels: 79
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 77 0.13
157 44 0.07
158 2 0.00
159 7 0.01
160 2 0.00
161 2 0.00
166 4 0.01
167 4 0.01
168 1 0.00
169 1 0.00
170 140 0.24
171 116 0.20
172 39 0.07
173 4 0.01
174 1 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
177 2 0.00
178 3 0.01
179 7 0.01
180 54 0.09
181 68 0.12
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAGCCTTTTTCTTGCTTTAAGTGGA
TTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATCATAAT
TTGATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCC
Found at i:149416 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 149126--149417 Score: 415
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
149116 CTTTTTCTTG
* **
149126 CTTTCAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
149191 CAAATCATAATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGCAAAATCCATCCGTTGACAGGAAAAGT
66 CAAATCATAATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGAAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGT
149256 CCATTTATAGTCACTCCTTCTTATTCT
131 CCATTTATAGTCACTCCTTCTTATTCT
*
149283 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * * *
149347 CAAATCATGATTTGATGTTTGCATTGGGAGACGTGAAGAAAAAACTATCCATTGATAATAAAAGT
66 CAAATCATAATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGAAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGT
149412 CCATTT
131 CCATTT
149418 CTACTCATTC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 77 0.66
157 40 0.34
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (157 bp):
CTTTAAGTGGATTTATAACTTTCTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAAATCATAATTTAATGTTTGCATCAGAAAAAGTGAAGAAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCCTTCTTATTCT
Done.