Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400253.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3462.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2001
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Found at i:333 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13--1990 Score: 1679
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 172
3 GTTTGAACCC
* * * * *
13 AAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGAAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * **
78 AGGGTTTCAAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGTCTTTTC--ATGCTTGTGGATGGCTTTTGCTTC
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
141 ATGTTTCATAAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATA
129 ACGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * *
184 AAAA-GTAAAAACATTGAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAA-TAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAAT
* * * *
247 AAGGC-TTCTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTT
65 AAGGCTTTC-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * *
311 ACGTTTCCTAAGGTCA-ACATTCAAATATAAT-T-TTTTTAGTGA
129 ACGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-A
*
353 AAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* *
417 AAGGCTTTCGAAGGCTT-AGTGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * *
481 CGTTACCTAAGG-CAGACATTCAAATATAATCTATTTT-AGTA
130 CGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * *
522 AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * ** *
587 TGACTTTCGAGGGCTAGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * *
652 GTTTCCTAAGGT-TGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACTG
131 GTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * ** *
692 AAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
757 AGACTTTCGAAAGCATTG-GTGACTATAAA-GGAACTTTTCTTGTAAAT-GATTGGCTTATTG-T
66 AGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTATCAATGGA-TGGCTT-TTGCT
* * * * ** * *
818 TCATGTGT-CTCAAGGT-AGACTTTGAATTATGTTTTGTTTTAACTA
127 TCACGTTTCCT-AAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * ** * *
863 AAAATTTAAAAACATTCAACTGGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGGAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * *
928 ACG-TATTCGACGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCTAATCGATGGCTTTTACTTT
66 AGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
991 ACTTTTCTTGAGGT-AGACATTGAATTATAATCTATTGTATCCA
129 ACGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * * * **
1034 ACAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * *
1099 AGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTT-TTTACA
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTT-CA
* * * * * *
1162 TGTTT-CTCAAGGT-AAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCA
130 CGTTTCCT-AAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* *
1204 AAAATGTAAAAAAGTTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * ** ** * ** * *
1268 AAGCTTTCGAA-GATAGAGGTGACTATGGATGGA-TTTTGCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTT
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-CTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * *
1331 ACGTTTCCTAAGGT-AGACATTCAAATATTATCTACTTTAA-TCA
129 ACGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-A
* * * *
1374 AAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATGTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * ** * * * * * *
1439 AGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAGCGGACTTTTGTTGTCTATGGATAGCTTTTGTTTTAC
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * *
1504 ATTTCTCT-A-GACAAACATTCAATTATAA-CATATTTCAA-TGA
131 GTTTC-CTAAGGTCAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAACT-A
* * * **
1545 AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCCATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
1610 ACGCTTTCGAAGGCATGAATGACTACAAATGGACTTTTCTCT-CCGAT-GAGTGGCTTTTGCTTC
66 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGGA-TGGCTTTTGCTTC
* * *
1673 ATGTTTCCTAAGGT-GGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
129 ACGTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
** *
1716 CCAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* ** * * * * * *
1781 AGGCTTTAGACAGTATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATTGCTTTTTCCTCA
66 AGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * **
1845 TGTTT-CTCGAGG-CA-ACCATTTAAATATAATATGTTTGAACCC
130 CGTTTCCT-AAGGTCAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * * * *
1887 AAAATGTAACACAACTT-AACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGAAAT
1 AAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
1951 AAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGGCTTTTC
65 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
1991 ATGCTTGTGG
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 290, Indels: 118
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 231 0.16
170 523 0.36
171 663 0.45
172 30 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
GTTTCCTAAGGTCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
Found at i:953 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13--1781 Score: 1109
Period size: 170 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
3 GTTTGAACCC
* * * * * *
13 AAAATGTAACAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGAAAT
1 AAAATTTAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * ***
77 AAGGGT-TTCAAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGTCTTTTCATGCTTGTGGATGGCTTTTGCTTC
65 AA-CGTATTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * *
141 ATGTTTCATAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATA
129 ATGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACTA
* * * * *
184 AAAA-GTAAAAACATTGAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * ** * * * *
248 A-GGCTTCTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTT
66 ACGTATTC-GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
311 ACGTTTCCTAAGGTCA-ACATTCAAATATAAT-T-TTTTTAGTGA
129 ATGTGTCCTAAGGT-AGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACT-A
* * * *
353 AAAATGTAAAAA-AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATTTAAAAACATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
417 AAGGCT-TTCGAAGGC-TTAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTACTT
65 AACG-TATTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * *
479 CACGT-TACCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTA-TTTTAGTA
128 CATGTGT-CCTAAGGTAGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACTA
* *
522 AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
587 TGAC-T-TTCGAGGGC-TAGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
66 --ACGTATTCGAAGGCATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
649 CATGTTTCCTAAGGTTGACATTCAAATATATCTACTTTAACTG
128 CATGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATATATCTACTTTAACTA
* * * *
692 AAAATATTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAAC
1 AAAAT-TTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** *
756 AA-G-ACTTTCGAAAGCATTGGTGACTATAAA-GGAACTTTTCTTGTAAAT-GATTGGCTTATTG
65 AACGTA--TTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCAAATGGA-TGGCTT-TTG
* * * * * **
817 -TTCATGTGT-CTCAAGGTAGACTTTGAATTATGTTTTGTTTTAACTA
125 CTTCATGTGTCCT-AAGGTAGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACTA
** * * *
863 AAAATTTAAAAACATTCAACTGGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGGAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
928 ACGTATTCGACGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATCGATGGCTTTTACTTTAC
66 ACGTATTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCA-
* * * * * * *
993 T-TTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAATCTA-TTGTATCCA
130 TGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT-ATCTACTT-TAACTA
* * * * * * * **
1034 ACAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * * * * * *
1099 A-G-ACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTTC-AATGAATGGCTTTT-TTTA
66 ACGTA--TTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTT-
* * * * * ** *
1160 CATGT-TTCTCAAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCA
128 CATGTGTCCT-AAGGTAGACATTCAAATA-TATCTACTTTAACTA
* **
1204 AAAATGTAAAAA-AGTTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAAT
1 AAAATTTAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * ** *
1267 AAAGCT-TTCGAA-G-ATAGAGGTGACTATGGATGGA-TTTTGCTTGCCAATGAATGAATTTTTC
65 AACG-TATTCGAAGGCATA-A-GTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCAAATGGATGGCTTTTGC
* * *
1328 TTTACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTACTTTAA-TCA
126 TTCATGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATA-TATCTACTTTAACT-A
* * * * * *
1374 AAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATGTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** ** * * * *
1439 AGGCT-TTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAGCGGACTTTTGTTGTC-TATGGATAGCTTTTGTTTT
66 ACG-TATTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATGGATGGCTTTTG-CTT
** * * *
1502 ACAT-T-TCTCT-AGACAAACATTCAATTATAACATA-TTTCAA-TGA
128 -CATGTGTC-CTAAGGTAGACATTCAAATATATC-TACTTT-AACT-A
* * * *
1545 AAAATGTAAAAA-ATTTCAACTTAAAATCCATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATTTAAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* **
1609 AACGCT-TTCGAAGGCATGAA-TGACTACAAATGGACTTTTCTCT-CCGAT-GAGTGGCTTTTGC
65 AACG-TATTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAATGGA-TGGCTTTTGC
* * * * *
1670 TTCATGTTTCCTAAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
126 TTCATGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT-ATCTACTTTAACTA
** * *
1716 CCAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1781 A
66 A
1782 GGCTTTAGAC
Statistics
Matches: 1279, Mismatches: 237, Indels: 164
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 15 0.01
169 232 0.18
170 503 0.39
171 500 0.39
172 25 0.02
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
ACGTATTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
GTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATATATCTACTTTAACTA
Found at i:1166 original size:511 final size:504
Alignment explanation
Indices: 13--1831 Score: 1622
Period size: 511 Copynumber: 3.6 Consensus size: 504
3 GTTTGAACCC
* * * * ** *
13 AAAATGTAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGAAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * * * * * * *** *
78 AGGGTTTCAAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGTCTTTTCATGCTTGTGGATGGCTTTTGCTTCAT
65 AGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * ** * * *
143 GTTTCATAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAATAAAA-AGTAAAAACATTGAACATAA
130 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACCAAAATATTAAAAA-ATTCAACTTAA
* * * * *
207 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGC-TTCTAAAGGTTTGAGTGA
193 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAAGTAATAAGACTTTCGAAA-GATTG-GTGA
* * * ** * *
270 CTATAAATGAACTTTTCTTATC-AATGGATGGCTT-TTGCTTTACGTTTCCTAAGGTCA-ACATT
255 CTATAAA-GGACTTTTCTT-GCAAATGAATGAATTATT-CTTCACGTGTCCTAAGGT-AGACATT
* ** * * * * *
332 CAAATATAAT-TTTTTTAGTGAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
316 CAAATATTATCTACTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTC-AACTGAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
395 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGTGACTATGAATGGACTTTTCTTAT
380 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * *
460 C-AATGGATGGCTTTTACTTCACGTTACCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGTA
445 CTAATGGATGGCTTTTACTTTACATT-TCTTAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTA-TA
* * *
522 AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
587 TGACTTTCGAGGGCTAGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
65 AGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
* * * *
652 GTTTCCTAAGGTTGACATTCAAATATATCTACTTTAACTGAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAA
130 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATATCTATTTTAAC-CAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
717 ATCAATTATGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTCGAAAGCATTGGTGACTA
194 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAAG-ATTGGTGACTA
* * ** * * * * *
782 TAAAGGAACTTTTCTTGTAAATGATTGGCTTATTGTTCATGTGT-CTCAAGGTAGACTTTGAATT
258 TAAAGG-ACTTTTCTTGCAAATGAATGAATTATTCTTCACGTGTCCT-AAGGTAGACATTCAAAT
* ** * * * *
846 ATGT-TTTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAACATTCAACTGGAAATCGATTATGAGATTATAAAA
321 AT-TATCTACTTTAATC-AAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
909 CCATTTAAAGCAAGGAATAACG-TATTCGACGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCT
384 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGC-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCT
* * * *
972 AATCGATGGCTTTTACTTTACTTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAATCTATTGTATCCA
447 AATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCTT-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATT-TAT--A
* * * * * *
1034 ACAATATAAAAAAATTCACCTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
1099 AGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTT-TTTACA
65 AGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTT-CA
* * * *
1162 TGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAGTTCAACT
129 TGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTA-TATCTATTTTAACCAAAATAT-TAAAAAA-TTCAACT
*
1225 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA-AGCTTTCG-AAGATAGAGG
190 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGA-CTTTCGAAAGAT--TGG
* * * * * *
1287 TGACTATGGATGGA-TTTTGCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACAT
252 TGACTAT-AAAGGACTTTT-CTTGCAAATGAATGAATTATTCTTCACGTGTCCTAAGGTAGACAT
* *
1351 TCAAATATTATCTACTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
315 TCAAATATTATCTACTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** ** * *
1416 AATACCATGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAGCGGACTTTTGTTG
380 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* ** * *
1481 TCT-ATGGATAGCTTTTGTTTTACATTTCTCTAGACAAACATTCAATTATAA-CATATTTCAATG
444 TCTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCT-TAGGCAGACATTCAATTATAATC-TATTT--AT-
1544 A
504 A
* *
1545 AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCCATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
1610 ACG-CTTTCGAAGGCATGAATGACTACAAATGGACTTTTCTCTCCGATGAGTGGCTTTTGCTTCA
65 A-GACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* *
1674 TGTTTCCTAAGGTGGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCACCAAT-TTAAAAAAATTCAACTT
129 TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTATTTTAACCA-AAATATT-AAAAAATTCAACTT
* * * *
1738 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGACAG-TATGGATG
191 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAAGAT-TGG-TG
* *
1802 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
254 ACTATAAA-GGACTTTTCTTGCAAATGAAT
1832 TGCTTTTTCC
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 195, Indels: 108
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 14 0.01
509 233 0.22
510 114 0.11
511 428 0.40
512 181 0.17
513 83 0.08
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG
TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATATCTATTTTAACCAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAAGATTGGTGACTATAA
AGGACTTTTCTTGCAAATGAATGAATTATTCTTCACGTGTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTAT
CTACTTTAATCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTAATGGATGG
CTTTTACTTTACATTTCTTAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTATA
Done.