Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397554.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2328.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7684
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Warning! 492 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:901 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 684--1054 Score: 466
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
674 NNNNNNNNNN
*
684 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-GGATAATATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGG-TAATATT
* * * * *
748 TCAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGTAATTTATTTG-TAAGAAAAGTCCA-TTCATA
65 TCAATGTCTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCAATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCACTT-ATA
* *
810 GTCA-TCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCAC-CTTAAATGGTT
128 GTCACT-CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTC-TAAATAGTT
* * * *
854 TTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATATTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTAATATTT
* * * *
919 GAATGTTTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTACTTATAGTC
66 CAATGTCTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCAATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
* * *
984 ACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTACTCTAAATAGTT
131 ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTT
* *
1025 TTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1055 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 23, Indels: 11
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 81 0.47
171 87 0.51
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTAATATTT
CAATGTCTGCCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGCAATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTT
Found at i:2085 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1774--3625 Score: 1403
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
1764 TTTTTTTTTA
* **
1774 CATTAGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAG-CTACCCATGCCTTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
1837 AATGGGTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATGGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* *
1902 TATATTTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAATAAAAAGCCATT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGCCATT
** * *
1946 CATTACCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
2011 GGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAACTATATTAC
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * * *
2076 AACTGAATGT-TCACTTCAAGAAACATG-ATGCAAAATCTATT
130 AATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAT-AAAAAGCCATT
* * * * * * * * * * * *
2117 CACTGACAATAAAAGTCCATCTATAATCATCCATACCTTTCAAAGCTTTATTAGTTGCTCTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********** * * *
2182 GGTTTTATAATCTCATTATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAAATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * * *
2247 ATTTGAATGCCTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAGAGCCATT
130 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAATAAAAAGCCATT
* * * * * *
2288 TATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATGCGTTTTAAAGCCTTATTTCTAGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * *
2353 GGTTTTATAATCTCCCAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTACATTTTAGGCTAAAATGTATTATA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * *
2418 ATTGAATGTTTGCTTC-ATGAAACATG-ATGCAAAAGCCATC
131 ATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAT-AAAAAGCCATT
* * *** * * * * *
2458 CATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAATCATTTAGGCTTTTGAAAGCCTTATAACTCACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * ** *
2523 GCTTTTGTAATTTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTGCATTTTTGGTTAAACCA-AGTAA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA-TTA
* * ** *
2587 TATTTGAATGTTTGTCTCGAG-AA-ATGTAAAAAAGAAGCCATT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AATAAA-AAGCCATT
* * * * ** * * * * *
2629 CATTTGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTAGTCAC-TTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
2693 GGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* * * * * * * ** * *
2758 AAATTCATTATTTACCTTGAGACATGTGAAGAAAAAGTCATAT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGCCAT-T
* * * * * *
2801 -ATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
2864 TGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* * * * * *
2929 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG-ATGTAAAAGTCATA
129 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAT-AAAAAGCCATT
* * * * * * *
2971 CATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCC-TTCTAAAGCCCTGTTGCTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
3035 TGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTGGGTTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* * * * * **
3100 TAACTGAATGTATGCTTTCGA-AAACATAAAGCAAAAGCCATT
129 TAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACATGAATAAAAAGCCATT
* * * * *
3142 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCCTATTACTCACTTGAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTT-TAA
* * * *
3206 ATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* ** *
3271 ATAACTT-AATGTCT-GCTTTAGAAA-AT-ATATAGAAAAAGCTATT
128 ATAA-TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AT--AAAAAGCCATT
* * * * * * *
3314 TATTGGCAAGAAAATTCTATTTACAGTCATCTATACC-TTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
3378 TGGTTTTATAATCTTATATTTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* * ** * * *
3443 TAACTAAATGTCTA-CTTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATT
129 TAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAATAAAAAGCCATT
* * * * * * * * *
3485 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCTATGCC-TTCAAAGCCCTATTACTCGATTTAAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
3549 AGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTATGGTTAAAATATATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
*
3614 AACTGAATGTCT
130 AATTGAATGTCT
3626 GCTTTAGGAA
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 297, Indels: 92
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 276 0.21
171 819 0.61
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173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATA
ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAATAAAAAGCCATT
Found at i:3897 original size:310 final size:310
Alignment explanation
Indices: 3362--3944 Score: 683
Period size: 310 Copynumber: 1.9 Consensus size: 310
3352 TCTAAAGCCC
*
3362 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATATTTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
3427 TGTTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACTTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGT
66 TGTTTAAAATAGATAATAACTAAATGTCTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGC
*
3492 AAGAAAAGTCCATTTACAATCACCTATGCCTTCAAAGCCCTATTACTCGATTTAAAAAGTTTTAT
131 AAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAGCCCTATTACTCGATTTAAAAAGTTTTAT
* * * * *
3557 AGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTATGGTTAAAATATATTATAACTGAAT
196 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTATGATTAAAATATATTATAACTGAAT
*
3622 GTCTGCTTTAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCGTTCCAAAAGCTT
261 GTCTACTTTAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCGTTCCAAAAGCTT
* * *
3672 TATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCAT-TATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAT-TTAATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACATT
** ** * *
3735 TTTAG-TTAAAATAGATAATATTTAAATGT-TTGTCTCAAG-AACATGAAGATAAACCCATTCAT
64 TTT-GTTTAAAATAGATAATAACTAAATGTCTACT-TCAAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCAT
* * * * * * * * * **
3797 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGT
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGCCTT-CAAAGCCCTATTACTCGATTTAAAAAGT
* * ** * *
3862 TTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTGAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTGATTCAAATATATTATAA
191 TTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTATGATTAAAATATATTATAA
*
3926 TTGAATGTCTACTTTAGGA
255 CTGAATGTCTACTTTAGGA
3945 CAGATGAAGC
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 43, Indels: 12
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
309 53 0.24
310 170 0.76
311 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (310 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
TGTTTAAAATAGATAATAACTAAATGTCTACTTCAAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAGCCCTATTACTCGATTTAAAAAGTTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTATGATTAAAATATATTATAACTGAAT
GTCTACTTTAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCGTTCCAAAAGCTT
Found at i:4209 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3634--6918 Score: 2190
Period size: 171 Copynumber: 19.3 Consensus size: 170
3624 CTGCTTTAGG
* * * * * *
3634 AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCGTTCCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
3699 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTAAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * *
3764 -TTGTCTCA-AGAACATGAAGATAAACCCATTCATTGGCAAGA
129 CTACT-TTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
3805 AAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * *
3870 CTCAAAATT-ATTTTTGAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTGATTCAAATATATTATAATTGAATGT
66 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
3934 CTACTTTAGGACAGATGAAGCAAAAGCCGTCCACT-ACTATGA
129 CTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGA
* ** * * * * * *
3976 AAAGCCCATGCACAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCGTTGTTACTTAG-TTTAAAAGGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
** *
4039 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACGGATTGA-AATTAAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATT-ATAATTGAATG
* ** * *
4103 TTTACTTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTAAGA
128 TCTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
4146 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTACAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAA
* * * *
4211 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--ATTTT---TTTTTGTTAAAGTATATTATAATTAAATGTC
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
4271 TACTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGA
130 TACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
4312 AAAGTCCATTTATAGACACCC-TAGCCATTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * ***
4376 TCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTAGGAAAAATAGATGATAATTCTGTGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * ** * *
4440 TTGCCTT-GGGAACTATGAAG-AAAAGGCATTCACTGGCAAGA
129 CTACTTTAGAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * ** *
4481 AAATTTCATTTATAGTGACCCATGCCTTTCAAAAGTC-TATTACACGCTTTAAATAATTTTACAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * * * * * * *
4545 TCTCATTATTAATTTTAAACTAAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATATTTGAGTGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
4610 CTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATCGACATGA
129 CTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
4652 AAAGTCCATTTATATTCACCTATACCTTCCAAAGCCTCATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
************** *
4717 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNNNNNNAAAATATATTATAATTGAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
4782 TGCTTCA-AGAAACATGATGCAAAAGCCATCCCTTGGCAAGA
130 TACTTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * ***********
4823 GAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
4887 TTTCATAATTGATTTTGAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-GTATTATATTTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAG-ATTATAATTGAATG
* * * * *
4950 TCTACTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAATA
128 TCTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *********
4993 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * * *
5057 NCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTGTTTCACATTTTTAATTAAAACAGATAATATTTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** * * *
5122 TCTACCTCGGGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
128 TCTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
5165 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCCCTCTAAATGATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
5230 CTCATAATTGATTTTAAGATGAATCTTTTAACATTTTTAGTTAAAACACG-TTATATTTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATA-GATTATAATTGAATGT
* * ********** *
5294 CTACCTCA-AGAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNTTGACAAGA
129 CTACTTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
5336 AAAGTCCATTTATAGTTACCTA-AGCGTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTCTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
5400 TCTCATAATTGATTTTAAGTT---TTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAA-AGAATTATATTTGAAGG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATG
* * * * * *
5461 TC-AATATCGAAAAACATGCAG-AAAAGCCATTAATTGACAAGA
128 TCTACTTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
5503 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
5567 TCTCAAAATTAATTTTAAGATAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** ** * * * * **
5632 -TTGTTTCAGTGAACATGATGCAAAAGCCATCCATCGATAAGA
129 CTACTTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
5674 AAAGTCCATTTATATTCGCCCA-AGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
5738 TCTAATTATTGATTTTAATTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATGGAGTGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * ** *
5802 TTGCCTTGGAAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
129 CTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
5844 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
5909 CTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTGTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTAAAACTCAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
5974 TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGG
130 TACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * **
6015 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
6080 CTCATTATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-ATT-TACGTG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-
* * * * * **
6143 CTTGCATTGGAAAACATGAAGAAAAA-CTATTTATTGATAAGA
129 C-TACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
6185 AAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-GGATTTTGTAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAA
********** * *
6249 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
6314 CTGCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAGTGGCAAGA
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* * * * ***********
6356 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTANNNNNNNNNNCAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
6420 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCATGAAAA-A-AATATATTTGAATTT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * *
6483 CTATCTTGAG-AAACATGAA-AAGAAAACCATTCAATGGGAAGA
129 CTA-CTTTAGAAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
6525 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCC-T-TTACAT-ACTTTAAATGGTTTCATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
6587 TGTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
6652 TTA-TCTCA-AAACACGTGAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGA
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* * * *
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1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
6759 CTCTTAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATATC
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* * * *
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* * * * *
6864 AAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
6919 CNNNNNNNNN
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CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
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Found at i:5990 original size:341 final size:339
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* * * * *
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** * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * *
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* ** *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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257 ATTT-TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAA
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321 AAGCCATCCATTGACAAGA
* * ** * ** *
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* ** * * * * *
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* ** *********** * * **
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192 TGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGA
* * * * * *
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257 ATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAA
*
4975 AGCCATCCATTGACAATA
322 AGCCATCCATTGACAAGA
* **********
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1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * *
5058 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTGTTTCACATTTTTAATTAAAACAGATAATATTTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
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** * * * *
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* * ** * * *
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*********
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* * * * * * *
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* * * *
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66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGT
***** * * * * * *
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129 TTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
5527 CCTTCTAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGATA-AA
194 CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAA
* *** *
5591 TTTTTTAACATTTTT-AGTTAAACTATATTATAATTGAATGT-TTGTTTCAGTG-AACATGATGC
258 TTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AG-GAAACATGAAGC
* *
5653 AAAAGCCATCCATCGATAAGA
319 AAAAGCCATCCATTGACAAGA
* * * * *
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1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
5739 CTAATTATTGATTTTAATTTTAATTTTTTATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATGGAGTGTTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
** * *
5804 GCCTTGGAAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAC
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* * *
5869 CTTCCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATT
195 CTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT
* * * * * * *
5934 TGTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTAAAACTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
260 T-TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * *
5999 TCATTCATTGGCAAGG
324 CCATCCATTGACAAGA
* ** * * **
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* * * * * * *
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65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATG
* * * * * ** * *
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128 TTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
6208 GCCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-GGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
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********* * * * * *
6272 ATNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGAAAACATGATGCAA
257 AT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAA
* *
6337 AAGCCATCCAGTGGCAAGA
321 AAGCCATCCATTGACAAGA
* * ***********
6356 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTANNNNNNNNNNCAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
6421 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCA-TGAAAA-A-AATATATTTGAAT-T
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * *
6482 TCTATCTT-GAGAAACATGAAAAGAAAA-CCATTCAATGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 T-TGCCTTGGA-AAACATG--AAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
6545 CATACCTTCCAAAGCC-T-TTACAT-ACTTTAAATGGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGT
190 CATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
6607 CGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATCTCA--AAACACGTG
254 AGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA--TG
* * **
6669 AAG-AGAAAGACATTCATTGGTAAGA
315 AAGCA-AAAGCCATCCATTGACAAGA
* * * *
6694 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCCTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
6759 CTCTTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATAATATTTGAATATC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * *
6823 TGTCTT-GAGAAACATGAAGAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAT
130 TGCCTTGGA-AAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** *
6887 GCCTTTTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
193 GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
6919 CNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
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TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTT
TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCCATTGACAAGA
Found at i:6952 original size:679 final size:664
Alignment explanation
Indices: 3634--6918 Score: 2106
Period size: 679 Copynumber: 4.8 Consensus size: 664
3624 CTGCTTTAGG
* * * * * * *
3634 AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCGTTCCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-TGGTTTTACAA
* * * * *
3699 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTAAATGT
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** ** * * * *
3764 T-TGTC-TCAAGAACATGAAGATAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCA
124 TCTACCTTGGA-AACATGAAAAGAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
3827 TGCCTTCCGAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTGAGTTA
188 TACCTTCCAAAGCC-T-TTA-CTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG-TG
* * * * * * * * ** *
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248 AATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAACA-CTGAAG-
* * * * * * * ** * * * * *
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310 AAAAGACATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA-
* * *
4019 TTAG-TTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTT
373 TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * ** **
4082 AAAACGGATTGA-AATTAAATGT-TTACTTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTAA
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* * ** * *
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494 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAT
* * * * *
4209 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTT----TTTTG-TTAAAGTATATTATAATTAAAT
558 AATCTCAAAATTAATTTTAAGAT-AAATTTTTTAACATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * **
4268 GTCTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGA
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* * * * * **
4312 AAAGTCCATTTATAGACACCCTAGCCATTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTACAAT
* * *
4377 CTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTAGGAAAAATAGATGATAATTCTG--TG
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* * * * * *
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* * * ** * * *
4500 CCATGCCTTTCAAAAGTCTATTAC-ACGCTTTAAATAATTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAA
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* * * * * * * * * ** *
4564 CTAAATTTGTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATATTTGAGTGTCTGCCTTGGGAAAC-GTGA
245 GTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACC-T-CAAAACACTGA
* * * * * * * *
4628 AGAAAA-AGCTATTCATCGACATGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATACCTTCCAAAGCCTCAT
308 AGAAAAGA-C-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTAT
* * ***********
4692 TACTT-GCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNNN
371 TA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTACATTTTTT
*** * * * * * * *** *
4756 NNNAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACATGATGCAAAAGCCATCCCTTGGCAA
433 GTTAAAA-AGATTATATTTGAAT-TCTTCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTAATTGACAA
* * * *********** *
4821 GAGAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTAT
494 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * * * *
4885 AATTTCATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATGTATTATATTTGAAT
558 AATCTCAAAATTAATTTTAAGATAAATTTTTTAACA-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* *
4949 GTCTACTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAATA
622 GTCTGCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCA-TGACAAGA
* **********
4993 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTACAAT
* * * * *
5058 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTGTTTCACATTTTTAATTAAAACAGATAATATTTGAATGT
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* * * * *
5123 CTACCTCGGGAAACATGATGAA-AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
125 CTACCT-TGGAAACATGA-AAAGAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* ** * *
5187 TGCCTTTGAAAG-CTTTATTACTCCCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATG
188 TACCTTCCAAAGCCTTTACTACT---T-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TG
* * * *
5251 AATCTTTTAACATTTTTAGTTAAAACACG-TTATATTTGAATGTCTACCTCAAGAA-ACATGAAG
248 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-GATAATATTTGAATGTCTACCTCAA-AACAC-TGAAG
********* * * * * * *
5314 AAANNNNNNNNNNTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTAAGCGTTTGAAAGCCTTATTAT
310 AAA-AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTAT
* * * *
5379 TCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTCATTTTTTGTTAAA
374 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * * * *
5443 AAGAATTATATTTGAAGGTCAATATCGAAAAACATGCAGAAAAGCCATTAATTGACAAGAAAAGT
439 AAG-ATTATATTTGAA-TTC-TTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTAATTGACAAGAAAAGT
* * * *
5508 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAA
501 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAA
* * *
5573 AATTAATTTTAAGATAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAATGTTTG-TT
566 AATTAATTTTAAGATAAATTTTTTAACATTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
** *
5637 TCAGTGAACATGATGCAAAAGCCATCCATCGATAAGA
630 T-AGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAT-GACAAGA
* * * * *
5674 AAAGTCCATTTATATTCGCCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATGGTTTTACAAT
* * * * * * *
5739 CTAATTATTGATTTTAATTTTAATTTTTTATATTTTTA-GTAAAAATAGATTATAATGGAGTGTT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTATG-AAAAA-A-A-TATATTTGAAT-TT
* * *
5803 -TGCCTTGGAAA-ATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
125 CTACCTTGGAAACATG-AAAAGAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* *
5866 TACCTTCCAAAGCCTTATTACT-CGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAG
188 TACCTTCCAAAGCC-T-TTACTAC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-G
* * * ** * *
5930 AATTTGTTTACA-TTTTTGACTAAAACAAATTAA-AACTCAATGTCTACCTTAGGAAACA-TGAA
248 AATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACCTCA--AAACACTGAA
* * * * * *
5992 GAAAAAGTCATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCCAAAGCTTTATTA
309 G-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* ** * * *
6057 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATT-ATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGT
373 TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TTAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTTGT
* * * * * *
6121 TAAAACAAATTATATTT-ACGTGCTTGCATTG-GAAAACATGAAGAAAAACTATTTATTGATAAG
435 TAAAA-AGATTATATTTGA-ATTCTT-C-TTGAG-AAACATGAAGAAAAGCTATTAATTGACAAG
* * * * *
6184 AAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTTGTAA
495 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * ********* *
6249 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGT
560 TCTCAAAATTAATTTTAAGATAAAT-TTTTTAACATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
*
6314 CTGCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAGTGGCAAGA
624 CTGCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCA-TGACAAGA
* * *********
6356 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTANNNNNNNNNNCAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA-ATGGTTTTACAAT
*
6421 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTCATGAAAAAAATATATTTGAATTTCTA
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTT-ATGAAAAAAATATATTTGAATTTCTA
* * * *
6486 TCTTGAGAAACATGAAAAGAAAACCATTCAATGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
128 CCTTG-GAAACATGAAAAGAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACC
* *
6551 TTCCAAAGCCTTTACATACTTTAAATGGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTTTT
192 TTCCAAAGCCTTTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-GAATTTTT
* * *
6616 TTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTATCTCAAAACACGTGAAGAGAAAGACA
255 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAACAC-TGAAGA-AAAGACA
* * *
6681 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCCTATTATTCACTTTAA
318 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAA
* *
6746 ATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAA
383 ATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AGATTA
* * *
6811 TATTTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAGAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
446 TATTTGAAT-TCT-TCTTGAGAAACATGAAGA-AAAGCTATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
6876 TAGCCACCCATGCCTTTTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATG
508 TAGTCACCTATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
6919 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2014, Mismatches: 471, Indels: 243
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
674 1 0.00
675 25 0.01
676 261 0.13
677 145 0.07
678 102 0.05
679 439 0.22
680 129 0.06
681 337 0.17
682 301 0.15
683 63 0.03
684 202 0.10
685 7 0.00
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (664 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATGGTTTTACAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTATGAAAAAAATATATTTGAATTTCTACCT
TGGAAACATGAAAAGAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCC
AAAGCCTTTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTACAT
TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAACACTGAAGAAAAGACATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAGATTATATTTGAATT
CTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC
CTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGATAAATT
TTTTAACATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGC
CATCCATGACAAGA
Done.