Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400267.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3475.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6415
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 1636 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:933 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 640--1083 Score: 448
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
630 NNCTCAAAGT
* * * *
640 AGACATTCAATTCTAGTC-TGTTTAAGCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATT
1 AGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TT
* * * ***
704 -AGTCTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGACGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
64 GAGT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGAC
* *** * *
768 TTTT-TGTGCCAATGGTTGGCCTTTATTTTGT-GTTTCCCAAGAC
128 TTTTCT-TACCAATAAAT-ACCTTT-TTTTGTACTTT-CCAAGAC
*
811 AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* *
876 GATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGTGT-AGCTATAAATGGACT
66 G-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGA-CTATAAATGGACT
* * *
940 TTTCTTACTAATAAATACCTTTTTTTTTACACTTTCCAAGGC
129 TTTCTTACCAATAAATACCTTTTTTTGT--ACTTTCCAAGAC
* * * * * * * *
982 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
1047 GGTTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
66 -GTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 34, Indels: 18
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 8 0.03
171 205 0.89
172 12 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
GTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATAAATACCTTTTTTTGTACTTTCCAAGAC
Found at i:2157 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1844--3493 Score: 1451
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
1834 NNNNNNNNNN
* * *
1844 GATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * ** *
1909 AAACATAAAGAAAAA-ACCATTCATTAGCAAG-AAA--CTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
1970 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
2012 GATTTAAATTTGAATTCTTTATACATATTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTTAA
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *
2077 GAAA-AGTGAGGAAAAAGGCAATTATTGGTAAG-AAACTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAA
64 GAAACA-TGAAGAAAAAGGCAATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * *
2140 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAACCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
2183 GATTTTAGGCTGAATTTTTTAACGTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-G
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * ** *
2247 AAAATATAAAAAAAAAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACCTATTTCTTT
65 -AAACAT-GAAGAAAAAGGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTC
* *
2310 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGG-TTTATAATTTCAAAATT
126 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * * * *
2355 GACTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTTAATGTCTGCTTTGGGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** * * ** * * *
2420 AACACAAAGCAAAAGCCAACCATTGGGACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTGTCTAA
66 AACATGAAGAAAAAGGCAATTATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT-TC-AA
*** *
2483 AA-CCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAGA-CT-AATAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAA-AATT
* *
2525 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGCTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* *
2589 GAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-A
* *
2653 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATT
* * * * * *
2697 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGCTTAAAATAGACTAGAATGGAACGTCTACCTTGAC
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * *
2762 AAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCAATTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AA
* * * *
2826 AAACTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
2869 TATTTAAATTTGAATTTTTTATACATTTTTTATTAAAACAGACTAGAACTGATTGTCTACCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * ***
2934 GAAACAAGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCATATATACCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * ** * *
2998 AAGCCTCATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
3041 GATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACACACTATAATTGAATGTCTTCC-TCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * ** *
3105 ACAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAT-TCTTCCAA
65 A-AACATGAAGAAAAAGGCAATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT-CAA
* * *
3169 AAGCTTTATTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* ********* * * *
3212 GATTTTAAGTGGAATTCTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAAACT-GAATTGAATGTCTACCTTTA
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
3276 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGGCAATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
* * * * *
3341 AGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGATAC-CATAATT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATT
* * * **
3383 GATTTTGAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
3448 AAACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
65 AAACATGAAGAAAAAGGCAATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
3494 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 240, Indels: 101
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.01
169 69 0.06
170 161 0.14
171 500 0.42
172 354 0.30
173 87 0.07
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACATGAAGAAAAAGGCAATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
Found at i:4500 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4197--5032 Score: 613
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
4187 NNGTAATAAA
* * * ** * *
4197 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGCCTTTTTCTTTATGT
1 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
** * * ******** *
4262 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT-AGCNNNNNNNNNNT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAA
66 TTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATC--TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4325 AATCAATTATGGTATCATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATGAG
129 AATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAG
* * *
4368 GCTTTTGAAGGTCTGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
* *
4433 TTCTAAAGGTAGACATTCAATTC-AATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAGAATTCCACTTAAA
66 TTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * *****
4497 ATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTANNNNN
130 ATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAG
************ * * * *
4539 NNNNNNNNNNNNATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
4604 TGT-TAAAGGAAGACATTGAATTATAGTGTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAA
66 T-TCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
4668 ATCAACTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATGAG
130 ATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAG
** * * * * * * *
4710 GCTTTTGAAGGTATATGTGACTATAAATGAAATTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCTTCT
1 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
4775 TTCTTAAGGTAGACAATCAGTTCTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAA
66 TTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * *
4840 ATAAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG
130 ATCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-GAG
** * ********** *
4883 TTTTTTGAAGGTATGGTTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTCTCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
* * * *
4948 TTCTCAAGGTAGACATTCCATTCTAGTCTGTTTTAA-CTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAA
66 TTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
5012 ATCAATTATGGCATTATAAAA
130 ATCAATTATGGCATTATAAAA
5033 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 148, Indels: 21
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 14 0.03
171 303 0.60
172 102 0.20
173 86 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGT
TTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGGCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAG
Done.