Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400277.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3486.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6644
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 1066 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:286 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--310 Score: 440
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
1 T
* *
2 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAAAA
1 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATGGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAAAA
* * * *
67 ATATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAGCCATTCAT-TGAAAGAAAAAGTCCA
66 ATAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATCAGAAAG-AAAAGTCCA
131 TTTATAGTTACCCACACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTC
130 TTTATAGTTACCCACACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTC
* * **
172 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATGGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATGGAATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTAGGTTAAAA-A
* * * * * *
237 TATTAGAATTAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAGAAAGACATTCATCAGCAAGTAAAGTCC
64 AAATAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATCAGAAAGAAAAGTCC
302 ATTTATAGT
129 ATTTATAGT
311 CACTTATGCC
Statistics
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170 36 0.30
171 20 0.17
172 60 0.50
173 4 0.03
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Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAACCTTATAATGGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAAAA
ATAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATCAGAAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTTACCCACACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTC
Found at i:610 original size:171 final size:170
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Indices: 433--879 Score: 462
Period size: 164 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
423 NNTGCCTAAG
* **
433 GAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCGCCCAAGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* *
498 AGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATGTGTTT-A
66 AGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TGTTTCA
* * ****
562 TATTTATGGTTAAAAAAAATAATAATTGAATGTTTACTTTGA
129 CATTTATGGTTAAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACGCCAA
* * * * * * *
604 GAAACATGAAGAATGAGCC-ACTCATTGACAAGAAAAG-ACTATTTATAGTCACCTATGCGTTCA
1 GAAACATGAAGAA-AAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGTA-TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
667 AAAACCTTATTA--C-C--T-ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCA
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTCA
* * * *
726 CATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACGCCAA
129 CATTTATGGTTAAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACGCCAA
* * * * * ** * *
768 GAAACCTAAAGAAAAAGCTTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCACGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * *
833 AGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTA-ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTT
880 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 43, Indels: 24
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.03
164 123 0.56
166 2 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
169 2 0.01
170 1 0.00
171 81 0.37
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTCACA
TTTATGGTTAAAAAAAATAATAATTGAATGTCTACGCCAA
Found at i:3059 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2365--3060 Score: 392
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 172
2355 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
2365 ACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG--AAAAGCCATTCATTGA-TAGAAAA
1 ACAGATAATAATCAAATATCCACCATGAGAAAC-TAAAGAAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAAA
* * ** * * * ** *
2427 AGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTAGTACTCGCTT-TAAATTATTGTATAACC
65 AATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTCTAAAAGATTTTATAACC
* *
2491 TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAA
129 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAA
* ** * ** * * * * * *
2535 ATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAGGTGAAG-AAAGAGCCATTAATTGACAAGAAAA
1 ACAGATAATAATCAAATATCCACCATGAGAAA-CTAAAGAAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAAA
** * * * *************** *
2599 GCCTG--TTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNNNTATAATC
65 -AATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAAAGATTTTATAACC
* *
2662 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAA
129 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * * * *
2706 ACATG-TTATAACCAAATATCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCCATTCATCGATAAGAAA
1 ACA-GATAATAATCAAATATCCACCATGAGAAAC-TAAAGAAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAA
** * * **
2770 AAATTTATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTGATTTTATAACC
64 AAATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAAAGATTTTATAACC
* * * * * *
2835 CCATAATTGATTTTAAGTTGTATCTTTTTATATGTTTGGATAAA
129 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
* * ** * * * * * *
2879 ATAAATAATAATTGAATGTCCACCATGGGAAA-T-ATGAAAAAAAGTCATTTATTGACAAG-AAA
1 ACAGATAATAATCAAATATCCACCATGAGAAACTAAAG-AAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAAA
* ** * * * *
2941 AGTGCATTTATAGTCGTCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTCTAAAAGTTTTTAT-ACTT
65 AATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAAAGATTTTATAAC-C
** *
3005 TTATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
129 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
3049 ACAGATAATAAT
1 ACAGATAATAAT
3061 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 117, Indels: 28
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 131 0.33
171 132 0.33
172 34 0.09
173 96 0.24
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ACAGATAATAATCAAATATCCACCATGAGAAACTAAAGAAAAAAGCCATTCATCGACAAGAAAAA
ATGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAAAGATTTTATAACCCC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
Found at i:4409 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3906--6644 Score: 2170
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 171
3896 NNNNNNNNNN
* ** *
3906 ATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * * * * *
3971 ATTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAA-AAACGCA-AAGAAAAAGTCATTCATTGT
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAATG-AGAAGAAAGAGCCATTCATTGG
* * * *
4034 CGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTT
129 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
4077 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTTC--TTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * ** * * *
4140 GGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAGACAT--GAAGAAAAAGCTATTCATTGG
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCT-ACCT-CAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGG
* *
4203 CATGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
129 CAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * * * *
4246 ATTACTCGCTATAAATAATTTTATAACATCATAATTGATTATACGTTGAATTGTTTTGCATTTTC
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * *
4311 AATTAAAATAGATAATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCAATTCATTAGCA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
* * *
4376 AGAAAACCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
131 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
4417 ATTACTAGGTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * **
4482 AGTTAAAACATATTATAATTATATGTCTATCTCAAGAAAT-ATGAAGAAAGAGCCATTCATTTCC
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
* **
4546 GAG-AAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTT
130 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * ** *
4587 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCACAACTGATTTTGAGTCAAATTGTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* ** * * * * * * *
4652 GATTAAAATAGATAATAGCTGAATGTCTGCCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGAC
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
* * * *
4716 AAGAAAA-CTCCATTCATAGTCACCTACT-CCTTCGAAAGCCTT
130 AAGAAAAGC-CTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * **
4758 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACCTTATAATTCATTTTACGTTGAATTTTTTTGTATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * *
4823 AGTTAAAATAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATGTGAAAAAAGAGCCATTCGTTGCCA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
* ** *
4888 ACAAAAGCCTATTTATAGTCATACATGCCTTTAAAAGCCTT
131 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* **
4929 ATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * ***
4994 TGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAGATCTATTCATTATT
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
* *
5058 GAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTT
130 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *** * **
5100 ATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTGTAATCTAATAATTGGCCTTCAGTTGAATTTCATT-CATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
5164 GGTTAAAAAAAATAATAATTAAATGTTTGA-CTTAGGAACAT--GAAGAAAAAGCTATTCATTGG
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCT-ACCTCAAGAA-ATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGG
* * *
5226 CATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
129 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * **
5269 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAACATCATAATTGATTTTACGTTGAATTGTTTTGTATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
5334 GGTTAAAATAGATAATAATTGAATTTTTACCTTAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTAGTA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
* *
5399 AGAAAAGCCTAATTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
131 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * **
5440 ATTACTAGATTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * * * *
5505 AGTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAGTGTGAAGAAACAACCATTCATTAGCA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
* **
5570 GGAAAA-CTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTT
131 AGAAAAGC-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * **********
5611 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
5676 GGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAA-CATGAACAAAGAGCCATTCATTGAC
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
* * *
5740 AAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTT
130 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* ********** *
5782 ATTACTCGCTTTAAATGATTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * ** ** * * *
5847 GGTTAAAACAGATAACAATTAAATGTCTGTCTCGGGAAAGGTGAAGAAA-AACCATTCATTGGCA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
* * *
5911 AGGAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTT
131 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * **********
5952 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAACATCATGATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * ** * * *
6017 GGTTAAAATAGATAATAATTCAATGCCTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGC
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
* * *
6081 AAGAAAAGCTTTATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTT
130 AAGAAAAGC-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
6124 ATTACTCTCTTTAAATAGTTTGATAACCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * **
6189 TAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAATCAT-A-AAGAAAGAGCCATTCATTG
65 TGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAA--ATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTG
* * * *
6252 GTAAGAAAAGCCTATTTATACTCATCCTTGCCTTCAAAAGCCTT
128 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* ********** * *
6296 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * ** * * * *
6361 GATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AAGAAAGATCAACTCATTGA
66 GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAG-AA-ATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGG
* ** ** ** *
6425 CAAAAAAAGCCTATGCAGGGTCACCCATGCCTTGGAAGGCCTT
129 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
6468 ATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATATCCTCATCATTAATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTT
1 ATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ********** * * * * * *
6532 TAGTTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTGATTGGC
65 TGGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
*
6597 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCCTT
130 AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
6639 ATTACT
1 ATTACT
Statistics
Matches: 2024, Mismatches: 496, Indels: 96
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 231 0.11
170 348 0.17
171 1118 0.55
172 258 0.13
173 66 0.03
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCA
AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
Found at i:4901 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3906--6644 Score: 2555
Period size: 512 Copynumber: 5.3 Consensus size: 511
3896 NNNNNNNNNN
* * *
3906 ATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
1 ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *** *
3971 ATTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACGCAAAGAAAAAGTCATTCATTGTCG
66 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-TCG
** * * *
4036 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGT
130 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
* *
4101 AATCTAATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTTC--TTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAT
195 AATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAT
* * * * * * *
4164 GTCTGTCTTGGGAGACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
260 GTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* ** *
4229 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAATTTTATAACATCATAATTGATTATACGTTG
325 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTACGTTG
* * * * * * *
4294 AATTGTTTTGCATTTTCAATTAAAATAGATAATAATTGAATGTGTACCTCAAGAAATGAGAAGAA
390 AATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAAAA
* * *
4359 AGAGCAATTCATTAGCAAGAAAACCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
455 AGAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
4417 ATTACTAGGTTTAAATGTTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
1 ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
4482 AGTTAAAACATATTATAATTATATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAGAGCCATTCATTTCCG
66 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTT-CG
*
4547 AG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
130 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** * * * * **
4611 AACCTCACAACTGATTTTGAGTCAAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAGCTGAAT
195 AATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAAT
* * * * * *
4676 GTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGACAAGAAAACTCCATTCATAGTCACCT
260 GTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * * *
4741 ACT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAACCTTATAATTCATTTTACGTT
325 A-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTACGTT
*
4805 GAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATGTGAAAA
389 GAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAAA
* * ** **
4870 AAGAGCCATTCGTTGCCAACAAAAGCCTATTTATAGTCATACATGCCTTTAAAAGCCTT
454 AAGAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
4929 ATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
4994 TGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAGATCTATTCATTATTG
66 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-TCG
* * * * *
5059 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTG
130 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTA
* ** * ** * *
5123 TAATCTAATAATTGGCCTTCAGTTGAATTTCATT-CATTTTTGGTTAAAAAAAATAATAATTAAA
194 TAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAA
* * * * * *
5187 TGTTTGACT-TAGGAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
259 TGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
*
5251 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAACATCATAATTGATTTTACGTT
324 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTACGTT
* * * * * *
5316 GAATTGTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATTTTTACCTTAAGAAATGAGAAGA
389 GAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAAA
* * * *
5381 AAGAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGCCTAATTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
454 AAGAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * **
5440 ATTACTAGATTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTT
1 ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *** *
5505 AGTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAGTGTGAAGAAACAA-CCATTCA-TTAG
66 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTTCG
* ** ** **
5568 CAGGAAAACTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
130 -A-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
********** * * * *
5633 ATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTAA
193 ATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGA
* * * * * * *
5698 ATGTTTACCTCAAGAAACATGAACAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCAC
258 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ********** *
5763 CCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG
323 CCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTACG
* * * * * * ** ** *
5827 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAACAATTAAATGTCTGTCTCGGGAAAGGTGAA
387 TTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAA
* *
5892 GAAAA-A-CCATTCATTGGCAAGGAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTT
452 -AAAAGAGCCATTCATT-GCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * **********
5952 ATTACTCA-CTTTAAAT-AGTTTTCTAACATCATGATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTT
1 ATTACT-AGGTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
6015 TTGGTTAAAATAGATAATAATTCAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGG
64 TTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-T
* * *
6080 CAAGAAAAGCTTTATTTATAGTCACCCA-TACTTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGT
128 CGAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGT
* * * * *
6143 TTGATAACCTCATAATTGAT-TGTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATA
190 TTTATAATCTCATAATTGATCT-TAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATA
* * * * * * *
6207 ATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATAAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATA
253 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * **********
6272 CTCATCCTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTT
318 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTT
* * * * * ** *
6337 TAAGTTGATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
383 TACGTTGAATTTTTTTGTATTTTTAG-TTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAT
* * * * * ** ** * *
6401 ATGAAAGAAAGATCAACTCATTGACAAAAAAAGCCTATGCAGGGTCACCCATGCCTTGGAAGGCC
447 GTGAAA-AAAGAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
6466 TT
510 TT
*** * * * * * *
6468 ATTACTCCTTTTAAATGGTTTTATATCCTCATCATTAATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTT
1 ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
********** ** * * * * *
6533 AGTTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTGATTGGCA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-TCG
* ** *
6598 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCCTTATTACT
130 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACT
Statistics
Matches: 1816, Mismatches: 373, Indels: 74
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 85 0.05
511 503 0.28
512 564 0.31
513 292 0.16
514 195 0.11
515 37 0.02
516 138 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
ATTACTAGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTCGA
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATG
TCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTACGTTGA
ATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAAAAA
GAGCCATTCATTGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
Done.