Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400282.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3490.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 684
Length: 1140
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Found at i:446 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1135 Score: 1152
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
* *
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAAAATGAAGAAAAAAGCATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * ** *
66 TGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA
66 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * ** * *
130 TTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTTATA
130 TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTGTACA
* * * * * *
173 TTTTTGG-TCAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CCCTCTACAAACGT-AA-AAAAAAGGCATTC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAA-GCATTC
* * * *
234 ATTGGCTAGAGAAGTCCATTT-TAAGTCACCCACT-CCTTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
297 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
127 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACA
* * * *
343 TTTTTAGTTGAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *
408 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
473 TTTGTAATGC-CATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
131 TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACA
* * *
513 ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACC-TCA-ATAA-ATGTAA-ATAAAAATGCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGA-AACATG-AAGA-AAAAA-GCAT
* ** * * * * *
574 TTATTGGCAAGAAAAGTATATTTATGGTCACCTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAA
62 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
639 TGTTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACA
127 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACA
* * * * * *
685 TTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * ** * * *
750 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCATTGTTAATCACTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* ** * *
815 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTGC-
131 TTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTTGTACA
* * * *** * * * * *
856 TTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAGCATCTACCCTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCA
1 TTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * *
921 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*
986 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCGTTGTACA
130 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACA
* * * * *
1029 TTTTTGGTTAAAATAGACAAGGAA-TGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATA-TATTC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTC
* * *
1092 ATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATGGTCACTCATACCTTCAAAAG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
1136 TCATA
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 142, Indels: 62
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 24 0.03
170 210 0.27
171 96 0.12
172 414 0.52
173 36 0.05
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACA
Found at i:639 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1135 Score: 1385
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 340
* *
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAAAATGAAGAAAAAAGCATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAT
* * *
66 TGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA
66 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-
* * * * *
130 TTTTGTAATGCCATAATTGATTTTGATTTGAATTTTTTTTATATTTTTGG-TCAAATAGACTATA
129 TTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * *
194 ATTGAATGTCTCCCTCTACAAACGTAAAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAGAAGTCCAT-TTTA-
193 ATTGAATGTATCCCTCAACAAACGTAAAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGT--ATATTTAT
* * *
257 AGTCACCCACTCCTTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
255 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
322 TAAATTTGAATTCTTTGTACA
320 TAAATTTGAATTCTTTGTACA
* * * *
343 TTTTTAGTTGAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAT
*
408 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
*
473 TTTGTAATGCCATAATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
130 TTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
537 TGAATGTATACCTCAATAAATGTAAATAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTATATTTATGGT
195 TGAATGTATCCCTCAACAAACGTAAA-AAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGT
* * * * *
602 CACCTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGTTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTAA
258 CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
667 ATTTGAATGT-TTTGTACA
323 ATTTGAAT-TCTTTGTACA
* * * *
685 TTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAT
* * ** * * * *
750 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCATTGTTAATCACTTTAAATGGT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
* * * * * *
815 TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATATTAT
130 TTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
878 AATTGAGCATCTA-CCCT-GAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
192 AATTGA--ATGTATCCCTCAACAAACGTAAA-AA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTT
* * *
941 CTAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
253 ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
*
1006 TTTAAATTTGAATTCGTTGTACA
318 TTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
* * * **
1029 TTTTTGGTTAAAATAGACAAGGAA-TGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATA-TATTC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAA-AGTATTC
* * *
1092 ATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATGGTCACTCATACCTTCAAAAG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
1136 TCATA
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 90, Indels: 32
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 17 0.02
341 52 0.08
342 356 0.52
343 16 0.02
344 232 0.34
345 9 0.01
346 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
TTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTATCCCTCAACAAACGTAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCAC
CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
TGAATTCTTTGTACA
Done.