Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397557.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_167.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7499
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 42 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:859 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 48--5311 Score: 4078
Period size: 171 Copynumber: 30.9 Consensus size: 169
38 CCAGAGATAA
* *
48 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
112 TTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
177 CTTGTCTATGAATGGCTTCTTTTTTCACGTTTTTTGTA-GTAG
129 CTTGTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTTTT-AAGGCAG
* * * *
219 ACATTCAATTATACCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAACAATT-AACCTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
283 TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
348 CTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGCAG
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * * *
389 ACAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTCATATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
453 TTAT-AATCTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
517 CTTG-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTTTAGAGACAA
129 CTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTA-AGGCAG
* *
558 ACATTCAATTATATCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
1 ACATTCAATTATATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
623 ACAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAAGCTTTTGAAGG-CTGTAGAGACTATAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
687 TAGTCATTGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTTAAGACAG
130 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
727 ACATTCAATTATATCTGTTTTATGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGAT
1 ACATTCAATTATATCTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
792 TACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCGTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * **
857 TAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAG
130 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * *
897 ACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGTGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
962 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTATAAAGGAATAGAT-AGCTATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
1026 CCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAAGCAA
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
** * * * * *
1068 ACATTCAGGTGTAGCTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGA
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
1133 TTACAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTG-CTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
1197 T-TTTTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACCTTTCTCAAGGCAG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * *
1238 ACAATCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAT-TATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTACGAG
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
1302 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** *** * *
1366 TCTAGTCAATGAATGACTTTTTATTTACATTTCCCATGCCA-
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * *
1407 ACATTC-ATATATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAACAATT-AACTGAAAATCAATTACG
1 ACATTCAAT-TAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** ** * * * ** *
1470 AGGTTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAAAT-GAGC
61 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-C
* *** * *
1534 TTTTCTAGT-AAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAA
125 TTTTCTTGTCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
1579 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
1644 TTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAGC-TT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTT
* * * * *** * *
1708 TCTCGCCAATAAATGACTTTTTC-T--TG--TCAAAAGACTG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * ** * * *
1745 AGATT-ATATTATAT-TTTTTTAATAAAAA-AAATAAAAAATTTAACTTCAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCA-ATTATATCTGTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
1807 TTATTAAAAATATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTT
64 TTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * *
1871 TTTTG-CTAACGAATGGGTTTTTTTGCTAACGAATGGCTTTTCTTTGTGGTAA
128 TCTTGTC-AATGAAT-GG-CTTTTT-CT-TC--AT-G--TTT-TTTAAGGCAG
* * * * * * *
1923 AAATTCAATCATAGCT-TATTTCATCAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATACGAG
1 ACATTCAATTATATCTGT-TTT-AAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * *
1987 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGAGTATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
2052 TATAGTCAATGAATGACTTTTT-TTCATATTTTCTAAGGTAG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
2093 ACATTCAATTAAAATC-GATTTTAACCGAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATT-ATATCTG-TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
2157 ATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
2222 TCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * *
2264 ACATTCAATTATAGCTTGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAA
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAG
* ** ** * *
2328 ATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATTTCTTTAAATAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TT
* * * * * * *
2393 TTTTTATTAATGAACGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * * *
2436 AAAATCAAATCTA-ATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTCAACTTAAAATGACTTATGA
1 ACATTC-AAT-TATATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
2500 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
62 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *** * *
2565 TTCTTGTTAATGAAT-TCTTTTTTTTTAGGTTTCTCGTGGTAA
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
2607 ACATTCAATTAAAATAC-ATTTTAATTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATT-ATAT-CTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
2670 ATTACAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTAGACTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
2734 TTCTTG-CAAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAG
127 TTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * *
2777 ACAATCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
2842 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGAGTATAAATGCACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
2907 TGTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * ** * *
2949 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAGGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
3014 TTATAAAACTATTTAAA-CGGAATAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGCGTGTCTATAAATGAACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * *
3078 TCTTACCTA-GAAATGGCTTTTTTTTTTCATATTTTTTAAGGCAA
128 TCTTGTCAATG-AATGGC--TTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
3122 ACATAT-AATTATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-CAATTATGAG
1 ACAT-TCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
3185 ATTTTCAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTG-CTATACATAGACCT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGA-CT
* ** * ** * * *
3249 TTT-TTGTCAATGAACGATTTTTTCTACACATTTCTCAAGACAG
126 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * *
3292 ACAATCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
3356 TTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3421 CTTGTCAATGAAT---TTTTT-TTTATGTTTCTTGAGGTAA
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * *
3458 ACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAA-TTATATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* **** * * * **
3522 TTACAAGGTTATTTAAAGTGAGTAATAAAGGC--TTGGAGGAATGGGTGACTATAAGTTAACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
3585 TCTTG-CAAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGCAG
128 TCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * * *
3627 ACAATCAATAATAATTTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAATTCAATTACGAG
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * *
3692 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGGGTGAGTATAAATAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *** *
3757 TCTAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACCTTTCGCAAGGTAG
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
3799 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
3863 TTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGT-AGCTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTT
* * * * *
3927 TGTTG-CAAAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGACAA
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * *
3968 ATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATA-TCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * **
4032 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGATTGTAAATGGGTTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * ** * *
4097 CTAGTCTATGAATAACTTTTTTTTCATATTTCTCGAGGTAC
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * * *
4138 ACATTTAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATTAATTATAAA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** *
4202 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGAGTGACTACAAATATAGTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
*** * ** ** * ***
4266 TTCTCACCAATAAATACCTTTTTCTTCA-CATTTCTAGAGATTG
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTA-AGGCAG
* * * * * * *
4309 ACACTCTATTATAGTCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATGAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATA-TCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** **
4374 TTATAAAAGCATTTAAAGCAAGAAATAAGATTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * *
4439 TTTACCACTGAATGGCTTTCTCTTTC-TG--TTTTAATGCTG
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * **
4478 ATATTCAATTATAGCTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAACTCTAACTTAAAATCAATTACAAG
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
4542 ATTATAGAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGG-ATGGGTAACTATAAATGGACTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
4606 TTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAG
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* ** * * * * *
4649 ACATTTAATTATAATAAGTTTTAACCACAATTTTAAAAAACTTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
4714 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTAACTATAAATTGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ***
4779 CTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATATAG
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * * *
4820 ACATTCAATTATAGCGTATTTTAGCTAAAAATAG-AAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * *
4884 ATTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTAGTGGCTATAAATAGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * *
4949 TCTTGTCAATGAACGGCTTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGTAG
128 TCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* * * * *
4992 ACATTCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAATATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
5057 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5122 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAG
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
* *
5163 ATAGTT-AATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGA
1 ACA-TTCAATTATATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * *
5226 TTACACAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGAACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
5291 CTAGTCAATTAATGGCTTTTT
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTT
5312 TTGTTATAAC
Statistics
Matches: 4053, Mismatches: 879, Indels: 324
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 49 0.01
164 52 0.01
165 43 0.01
166 99 0.02
167 11 0.00
168 80 0.02
169 748 0.18
170 861 0.21
171 1266 0.31
172 570 0.14
173 147 0.04
174 5 0.00
176 1 0.00
177 2 0.00
178 11 0.00
179 10 0.00
180 47 0.01
181 45 0.01
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAG
Found at i:1074 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 48--5311 Score: 4109
Period size: 341 Copynumber: 15.4 Consensus size: 338
38 CCAGAGATAA
*
48 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
112 TTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTT
64 TTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
176 TCTTGTCTATGAATGGCTTCTTTTTTCACGTTTTTTGTA-GTAGACATTCAATTAT-ACCTGTTT
128 TCTTGTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCG-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
239 TAGCCAAAAATGTAAAAACAATT-AACCTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
191 TAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
303 AGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTT
* * *
368 TTTTCAT-GTTTTCTGAGGCAG
318 TCTTCATATTTTTC-AAGGCAG
* * * * * *
389 ACAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTCATATCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
453 TTAT-AATCTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
517 CTTG-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGACAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTA
129 CTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
580 A-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGA
193 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
644 AATAAAGCTTTTGAAGG-CTGTAGAGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCATTGAATGGCTTTTTC
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTC
* * * *
708 TTTATGTTTTTTAAGACAG
320 TTCATATTTTTCAAGGCAG
* * * *
727 ACATTCAATTATATCTGTTTTATGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGAT
1 ACATTCAATTATATCTGTTTTA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
792 TACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCGTTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
857 TAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAAC
130 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
922 CCAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
195 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
987 TAAGGCTTATAAAGGAATAGATAGCTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTC
260 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTC
* *
1052 ATATTTTTCAAAGCAA
323 ATATTTTTCAAGGCAG
** * * * *
1068 ACATTCAGGTGTAGCTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGA
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * *
1133 TTACAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTG-CTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * * *
1197 T-TTTTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACCTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTCTAATATGTTTTA
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
1261 ACCAAAATTATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
193 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
1326 AATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTAT
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT
* * ** * *
1390 TTACATTTCCCATGCCA-
321 TCATATTTTTCAAGGCAG
* * *
1407 ACATTC-ATATATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAACAATT-AACTGAAAATCAATTACG
1 ACATTCAAT-TAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * ** *
1470 AGGTTACAAAA-TAATTTAAAAAGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAAAT-GAG
61 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-
* * * * *
1533 CTTTTCTAGT-AAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG
124 CTTTTCTTGTCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
** * * * *
1597 TTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAA
188 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * *
1662 CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAGC-TTTCTCGCCAATAAATGACT
253 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATG-CT
* *
1726 TTTTCTTGTCA-A------AAGACTG
315 TTTTC-T-TCATATTTTTCAAGGCAG
* * * * * * *
1745 AGATT-ATATTATAT-TTTTTTAATAAAAA-AAATAAAAAATTTAACTTCAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCA-ATTATATCTGTTTTAACAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
1807 TTATTAAAAATATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTT
64 TTA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * *
1871 TTTTG-CTAACGAATGGGTTTTTTTGCTAACGAATGGCTTTTCTTTGTGGTAAAAATTCAATCAT
128 TCTTGTC-AATGAAT-GG-CTTTTT-CT-TC--AT-G--TTTC-TCGAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * *
1935 -AGCT-TATTTCATCAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATACGAGATTATAAAACC
182 AATCTGT-TTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * * * *
1998 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGAGTATAAATGGACTTTTATAGTCAATG
245 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
*
2063 AATGACTTTTT-TTCATA-TTTTCTAAGGTAG
309 AATG-CTTTTTCTTCATATTTTTC-AAGGCAG
* * **
2093 ACATTCAATTAAAATC-GATTTTAACCGAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATT-ATATCTG-TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * **
2157 ATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTT
63 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
2222 TCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTT
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTT
** * * *
2286 AGGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAAT-AATTATGAAATTTTAAAACCATTTAAAGCGA
192 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * * * *** *
2350 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATTTCTTTAAATAGACTTTTTTTTATTAATGAACGACTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGCTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
* *
2415 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
318 TCTTCATATTTTTCAAGGCAG
* * * * * *
2436 AAAATCAAATCTA-ATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTCAACTTAAAATGACTTATGA
1 ACATTC-AAT-TATATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
2500 GATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
62 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
2565 TTCTTGTTAATGAAT-TCTTTTTTTTTAGGTTTCTCGTGGTAAACATTCAATTAAAATAC-ATTT
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAAT-CTGTTT
** * * *
2628 TAATTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCTATTTAAAGCGA
191 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
2692 GTAATAAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTT
256 GTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
** *
2756 TCTTCA-CGTTTTCTGAGGCAG
318 TCTTCATATTTTTC-AAGGCAG
* * * * * *
2777 ACAATCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTACGAG
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTT-AACAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
2842 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGAGTATAAATGCACTTT
63 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
2907 TGTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** ** * * *
2971 AATGAAAAGGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA-CGGA
192 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GA
* * * * * * *
3035 ATAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGCGTGTCTATAAATGAACTTTTCTTACCTA-GAAATGGCTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAT-GC--TT
* * *
3099 TTTTTTCATATTTTTTAAGGCAA
316 TTTCTTCATATTTTTCAAGGCAG
* * * *
3122 ACATAT-AATTATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-CAATTATGAG
1 ACAT-TCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
3185 ATTTTCAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTG-CTATACATAGACCT
63 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGA-CT
* ** * ** * * * * *
3249 TTT-TTGTCAATGAACGATTTTTTCTACACATTTCTCAAGACAGACAATCAATTTTAATATGTTT
126 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
3313 TAACTAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGA
191 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
3377 GTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT--TTTTT-
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTC
* * * * *
3439 TTTATGTTTCTT-GAGGTAA
320 TTCATATTT-TTCAAGGCAG
* * * * *
3458 ACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAA-TTATATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *** * * * **
3522 TTACAAGGTTATTTAAAGTGAGTAATAAAGGC--TTGGAGGAATGGGTGACTATAAGTTAACTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
3585 TCTTG-CAAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAAGCAGACAATCAATAATAATTTGTTT
128 TCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
3648 TGACAAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAATTCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
191 TAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * * * *
3713 AGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATAAATGACTTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTT
** ** *
3778 TCTTCACCTTTCGCAAGGTAG
318 TCTTCATATTTTTCAAGGCAG
* *
3799 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGGA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
3863 TTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGT-AGCTATAAATAGACTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTT
* * * * ** * * * **
3927 TGTTG-CAAAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTA
128 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
3991 ACAAAAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
193 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * * ** * * * * *
4055 AATAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGATTGTAAATGGGTTTTTCTAGTCTATGAATAACTTTTTTT
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCT
* * * *
4120 TCATATTTCTCGAGGTAC
321 TCATATTTTTCAAGGCAG
* * * * * *
4138 ACATTTAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATTAATTATAAA
1 ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
4202 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGAGTGACTACAAATATAGTT
63 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
*** * ** ** * *** * * *
4266 TTCTCACCAATAAATACCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGATTGACACTCTATTATAGTCTGTTTT
127 TTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * * *
4331 ATCTAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAG
192 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** ** * * * *
4396 AAATAAGATTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCACTGAATGGCTTTCTC
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTC
* * *
4461 TTTC-T-GTTTT-AATGCTG
320 -TTCATATTTTTCAAGGCAG
* * * **
4478 ATATTCAATTATAGCTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAACTCTAACTTAAAATCAATTACAAG
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
4542 ATTATAGAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGG-ATGGGTAACTATAAATGGACT
63 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * **
4605 TTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTTAATTATAATAAGTTT
126 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
4670 TAACCACAATTTTAAAAAACTTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
191 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * *
4735 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTT
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTT
** * *
4800 CTTCACGTTTCTTGATA--TAG
319 CTTCATATTT-TTCA-AGGCAG
* * * * * * *
4820 ACATTCAATTATAGCGTATTTTAGCTAAAAATAGAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATATC-TGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** * *
4885 TTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * *
4950 CTTGTCAATGAACGGCTTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTA
129 CTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
5015 ACCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGC
193 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
5080 AATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT
* *
5145 TCATGTTTTTCAAGACAG
321 TCATATTTTTCAAGGCAG
* * *
5163 ATAGTT-AATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGA
1 ACA-TTCAATTATATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * *
5226 TTACACAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGAACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
5291 CTAGTCAATTAATGGCTTTTT
129 CTTGTCAATGAATGGCTTTTT
5312 TTGTTATAAC
Statistics
Matches: 3933, Mismatches: 825, Indels: 331
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 5 0.00
334 44 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
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ACATTCAATTATATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATA
TTTTTCAAGGCAG
Found at i:1894 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1862--1916 Score: 92
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 20
1852 GGTGACTATA
1862 AATGGCTTTTTTTGCTAACG
1 AATGGCTTTTTTTGCTAACG
*
1882 AATGGGTTTTTTTGCTAACG
1 AATGGCTTTTTTTGCTAACG
1902 AATGGCTTTTCTTTG
1 AATGGCTTTT-TTTG
1917 TGGTAAAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
20 28 0.88
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Consensus pattern (20 bp):
AATGGCTTTTTTTGCTAACG
Found at i:2270 original size:685 final size:669
Alignment explanation
Indices: 1--5292 Score: 3677
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* ** * * * * *
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGATAAACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATC-G
* * * * *
66 TTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
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* * ** *
130 TGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTT
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
* * ** * ***
195 CTTTTTTCACGTTTTTTGTAG-TAGACATTCAATTAT-ACCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAC
194 -TTTCTTCACG-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAA-
* * * * *
258 AATT-AACCTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAG
256 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * ** *
322 GAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTTCTGAGGC
321 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGAC-TTTTTCTC-TG---TCAAAAGC
* * * * * * * *
387 AGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTCATATCAATTACGAG
381 TGAC-ATTAATTAT-AT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
452 ATTAT-AATCTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
442 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTT
** * * * ** * *
516 TCTTGCTAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGACAAACATTCAATTATA-TCTGTTTT
506 TCTTG-TAATGAATAGTTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATACT-TATTTT
* * * *
579 AAC-TAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAACGAG
569 AACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
643 AAATAAAGCTTTTGAAGGC-TGTAGAGACTATAAATGG
633 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GGTGACTATAAATGG
* * * * * * ** *
680 ACTTTTCTAGTCATTGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTTTAAGACAGACATTCAATT-ATATCTG
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATC-G
** * * * * *
744 TTTTATGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGATTACAAAACCATTCAAAG
65 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *** * * * *
809 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCGTTTCTAGTCAATAAATGACTT
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
* * ** * *** *
874 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAAT
194 TTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * ** * *
939 TTAACTTAAAATGAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTATAAAGGAA
259 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
1004 TAGAT-AGCTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAAT-AGCTTTTTCTTCATATTTTTC-AAAGC
324 TAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGA-CTTTTTC-TC-----TGTCAAAAGC
** * ** * * *
1066 AAACATTCAGGTGTAGCTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAAGTATGA
381 TGACATT-A-AT-TATATTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
1131 GATTACAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTG-CTATAAATAGACT
441 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTATAAAT-GGCT
* * ** * * * * * *
1195 TTT-TTTTCAATGAATGGCTTTTTTT-T-CACCTTTCTCAAGGCAGACAA-TCAATTCTAATATG
504 TTTCTTGT-AATGAATAG-TTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTA-AAAATTCAATTATACT-TA
* * * * *
1256 TTTTAACCAAAATTATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAG
565 TTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
1321 CGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
629 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * ** ** *
1361 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTATTTACA-TTTCCCATGCCA-ACATTC-ATATATAATC
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTGA-GGTAGACATTCAAT-TAAAATC
** * * * * **
1423 TGTTTTAATGAAAAATATAAAAAACAATTAACTGAAAATCAATTACGAGGTTACAAAATAATTTA
64 -GTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
** * * * ** * * *
1488 AAAAGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTAGT-AAGTGAATG
127 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAA-TGAATG
* * * *
1552 GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAA
190 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAA
* * *
1616 AAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGA
254 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
* **
1681 AGGAATAAGTGACTATAAATGGAGC-TTTCTCGCCAATAAATGACTTTTTCT-TGTCAAAAGACT
319 AGGAATAGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTCTGTCAAAAG-CT
* * * * *
1744 GAGATTATATTATATTTTTTTAATAAAAAAAATAAAAAATTTAACTTCAAATGAATTATGAGATT
382 GACATTA-ATTATATTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
1809 ATTAAAAATATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTTT
445 A-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCT
* * * * *
1874 TGCTAACGAATGGGTTTTTTTGCTAACGAATGGCTTTTCTTTGTGGTAAAAATTCAATCATAGCT
509 TG-TAATGAAT-AGTTTTTTT-CT-AC--AT-G--TTTC-TCGAGGTAAAAATTCAATTATA-CT
* * * *
1939 TATTTCATCAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAAATACGAGATTATAAAACCATTTAA
563 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
2004 AGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGAGTATAAATGG
627 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* *
2047 ACTTTTATAGTCAATGAATGACTTTTT-TTCATATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTAAAATCGA
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATCG-
* ** * * *
2111 TTTTAACCGAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
65 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *
2176 CGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTT
130 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
* * * ***
2241 TTTCTTCACGTTTTTCAAGACAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGGCAAAAATGTAAAAAAA
194 TTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
2305 TTAAACTTAAAAAT-AATTATGAAATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
258 TTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * * * ** * * * *
2369 AAT-GAATTTCTTTAAATAGACTTTTTTTTATTAATGAACGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
322 AATAG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTC-TC-TG--TC-AAAAG
* * * * *
2433 CAGAAAATCAAATCTA-ATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTCAACTTAAAATGACTTA
380 CTG-ACAT-TAAT-TATAT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAA-AATTT-AACTTAAAATCAATTA
* * * *
2497 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGA
438 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-
** * * * * * * *
2562 CTTTTCTTGTTAATGAATTCTTTTTTT-T-TAGGTTTCTCGTGGTAAACATTCAATTAAAATACA
502 CTTTTCTTG-TAATGAATAGTTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATACT-TA
** * * *
2625 TTTTAATTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCTATTTAAAGC
565 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2690 GAGTAATAAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTAG
630 GAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* ** * * * *
2730 ACTTTTCTTG-CAAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGGCAGACAATCAATTATAATTT
1 ACTTTTCTAGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTA-AAATC
* * * *
2794 GTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
64 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * ** * * *
2859 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGAGTATAAATGCACTTTTGTAGTCAATGAATGAC
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * **
2924 TTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTT-AATGAAAAGGGTAAAA
192 TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAA
* * * *
2987 AAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTT-AAACGGAATAATAAGGCTTTTGA
255 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC-GAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * * *
3051 AAGAA-AGCGTGTCTATAAATGAACTTTTCTTACCTAGAAATGGCTTTTT-TTTTTCATATTTTT
319 AGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTCTGTCA-A-----
** * * *
3114 TAAGGCAAACATATAATTATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAA-CAA
377 -AA-GCTGACAT-TAATTATA--TTGTTTTA-ATAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * *
3178 TTATGAGATTTTCAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTG-CTATACA
435 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAA
* * * ** * ** * *
3242 TAGACCTTTT-TTGTCAATGAA-CGATTTTTTCTACACATTTCTCAAGACAGACAA-TCAATTTT
499 T-G-GCTTTTCTTGT-AATGAATAGTTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTA-AAAATTCAATTAT
* * * * * * *
3304 AATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAACCATT
560 ACT-TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
3369 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGG
624 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * *
3415 ACTTTTCTTGTCAATGAAT---TTTTT-TT--TATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAGTAAAATA
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATAT-TTTC-TGAGGTAGACATTCAATTAAAAT-
* * * ****
3474 TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAGGTTATTTAA
63 CGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * *
3538 AGTGAGTAATAAAGGC--TTGGAGGAATGGGTGACTATAAGTTAACTTTTCTTG-CAAATGAACG
128 AGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTC-AATGAATG
* * * * * * *
3600 GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAG-CAGACAATCAATAATAATTTGTTTTGACA-AAAAATGTAA
190 GCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AAATAAAAATGT-A
* * * * *
3663 AAAAAATTAAACTTAAATTCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAATGCTTC
252 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
3727 CGAAGGTATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTC-TAGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACCTTTCG
316 TGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATAAATGACTTTTTC-T---CTGTCA
* * * * *
3791 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT
376 AAAGCT-GACATT-AATTAT-AT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * **
3856 TATGGGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGT-AGCTATAAAT
436 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAAT
* * * * * * * ** ** * *
3920 AGACTTTTGTTGCAAAGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGACAAATATTCAATTATAGCC
500 -GGCTTTTCTTGTAATGAATAGTTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATA-CT
* *
3984 TGTTTTAACAAAAAATGTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
563 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
4049 GCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGATTGTAAATGG
628 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
** * * * * * *
4091 GTTTTTCTAGTCTATGAATAACTTTTTTTTCATA-TTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATCT
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTAAAATC-
* * * * * * * *
4155 GTTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATTAATTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAA
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* * * *** * **
4220 GCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATGAGTGACTACAAATATAGTTTTCTCACCAATAAATACC
129 GCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATG-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * * * * **
4284 TTTTTCTTCACATTTCT-AGAGATTGACACTCTATTATAGTCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAA
192 TTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * ** *
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321 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTT-T-TCTCTG-TCAAAAGCTG
* * **
4478 ATATTCAATTATAGCTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTCTAACTTAAAATCAATTACAAGA
383 ACATT-AATTATA--TTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4543 TTATAGAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGG-ATGGGTAACTATAAATGGACTT
443 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTT
* ** * * * * * * * *
4606 TTCTAGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTTAATTATAATAAGTTT
505 TTCTTGT-AATGAATAGTTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATACTTA-TTT
* * * * * *
4670 TAACCACAATTTTAAAAAACTTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
568 TAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ** * *
4735 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATATGTAACTATAAATTG
632 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * ** ** * *
4773 ACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGATATAGACATTCAATT-ATAGCG
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTAAAATCG
* * * * * *
4836 TATTTTAGCTAAAAATAGAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAA
65 --TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * * *
4901 AGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAACGGC
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
* * ** * * * ** *
4966 TTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
192 -TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAA
* * * ** * *
5031 GATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAG
256 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
5096 GAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGA-
321 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTC-TC-TG----TCAAAAG
* * * * * *
5160 CAGATAGTTAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAG
380 CTGACA-TTAATTATAT-TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** * *
5225 ATTACACAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGAACTTT
442 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GCTTT
5290 TCT
506 TCT
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Statistics
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TATATTGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGTAATGAATAG
TTTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAAAATTCAATTATACTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
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4176 AAAATTAATT-T
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1 AAAATTAATTAT
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1 AAAATTA
4206 TAAAACCATT
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AAAATTAATTAT
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** * * * **
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* * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ** * * * * * * *
320 AGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTTCTGAG
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* * * * * *** * * * *
385 GCAGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTCATATCAATTACG
379 ACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTACA
* * * * * *
450 AGATTAT-AATCTATTTAAAGCGGGTAATAAGGC-TTTCGAAAGAAT-GAGTGACTATAAATGG
444 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTC-AAAGGATAG-GTAACTATAAATGG
* ** * * * ** * * **
511 ACTTTTCTTG-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGACAAACATTCAATTAT-ATCT
1 ACTTTTCTAGTC-AATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATAA
* * * * * * *
574 GTTTTAACTAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAA
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* * * * * ** * * * *
638 ACGAGAAATAAAGCTTTTGAAGG-CTGTAGAGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCATTGAATGGC
130 GCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATG-AGTGACTATAAATATACTTTTCTA-CCAATAAAT-AC
* ** * * *
702 TTTTTCTTTATGTTTTTTA-AGACAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTATGC-AAAAATGTAAAA
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* * * * * * * ** * * *
764 AAATTCAACTTAAAATCAACTAGGAGATTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
253 AACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAA
*** ** * * *
829 GGCATGGGT-GACTATAAATGGGCGTTTCTAG-T-CAATA-AAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCT
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** * * * * ** ** * * *
889 CGAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAA
375 TAAGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAA
*** * * * * * *
954 TTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTAT-AAAGGAATAGATAGCTATAAA
439 TTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGG-ATAGGTAACTATAAA
1018 TGG
503 TGG
* * * * * * * * * * * ** * * *
1021 ACTTTCCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAAGCAAACATTCAGGTGTAGCT-T
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* * * * * * *
1085 GTTTTAACCAAAAATAT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTACAAAACCATTGAA
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** * * ** * *
1149 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTTCAATGAATGGC
129 AGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATATACTTTTCTACCAATAAAT-AC
* * ** * * * * *
1213 TTTTTTTTCACCTTTCTCA-AGGCAGACAATCAATTCTAATATGTTTTAAC-CAAAATTATAAAA
191 TTTTTCTTCACATTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTA-AAAA
* * * * * * *
1276 CAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
254 -ACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAA
*** ** * * * * ***
1340 GGCATGGGT-GACTATAAATAGACTTTTCTAGT-CAATGAAT-GACTTTTTATTTACAT-TTCCC
317 AAAATAAGTAG-CTATAAATAGACTTTTGT--TCCAAAGAATAG-CTTTCT-CTT-CATGTTTTT
* * * ** ** * *
1401 ATG-CCAACATTC-ATATATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAACAATTAACTGAAAATCA
376 AAGACAAATATTCAAT-TATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAC--TCAACTTAAAATCA
* * * ** ** * * ** *
1464 ATTACGAGGTTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGGC-TTTCGAAAGCCTAGGTGACTATAA
438 ATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTC-AAAGGATAGGTAACTATAA
1528 AT-G
502 ATGG
** * * * * * * *
1531 AGCTTTTCTAGT-AAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATC
1 A-CTTTTCTAGTCAA-TGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATA
* * * * * *
1595 TGTTTTAAATAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
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* * ** *
1659 AAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAGC-TTTCTCGCCAATAAATG
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* * * * * *
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* * * * * * *
1778 AAAAA-TTTAACTTCAAATGAATTATGAGATTATTAAAAATATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTT
250 AAAAACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA-T-AAAACATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTT
*** ** * * * * * * * *
1842 TGATGGAATGGGT-GACTATAAAT-GGCTTTTTTTGCTAACGAATGGGTTTTTTTGCTAACGAAT
313 TGAAAAAATAAGTAG-CTATAAATAGACTTTTGTT-CCAAAGAAT-AG-CTTTCT-CT-TC--AT
** ** * * * * * * * *
1905 GGCTTTTCTTTGTGGTAAAAATTCAATCATAGCTTATTTCATCAAAAAATGTAAAAAATTTCAAC
370 -G---TT-TTTAAGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-CTCAAC
* * * * * *
1970 TTAAAATCAAATACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCCGAAGGCATTGG
429 TTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGG-ATAGG
* *
2034 TGAGTATAAATGG
493 TAACTATAAATGG
* * * * * * *
2047 ACTTTTATAGTCAATGAATGACTTTTT-TTCATATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTAAAAT-C
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTC-GAGGTACACATTTAATTATAATAA
* * ** * * *
2109 GATTTTAACCGAAAAGGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
65 G-TTTGAA-CAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * ** * * *
2173 AAGCGGGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCTATGAATGG
128 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTC-TACCAATAAAT-A
* * * *
2238 CTTTTTCTTCACGTTTTTCA-AGACAGACATTCAATTATAG-CTTGTTTTAGGC-AAAAATGTAA
190 CTTTTTCTTCACATTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTA-ACTAAAAAT-TAA
* * * * * * *
2300 AAAAATTAAACTTAAAA-ATAATTATGAAATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
251 AAAACTTTAACTTAAAATA-AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTT
** ** * ** * *
2364 GAAGGAATGAA-TTTCTTTAAATAGACTTTT-TTTTATTAATGAA-CGACTTTTTCTTCATGTTT
314 GAAAAAAT-AAGTAGCTATAAATAGACTTTTGTTCCA--AA-GAATAG-CTTTCTCTTCATGTTT
* * * * * *** * *
2426 CTCAAGGCAGAA-AATCAAATCTAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTCAACTTAAAA
374 -TTAAGACA-AATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AA-CTCAACTTAAAA
* * ** * * * * * * * *
2490 TGACTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTAT
435 TCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGATAGGTAACTAT
2555 AAATGG
500 AAATGG
* * * * * ** * * * *
2561 ACTTTTCTTGTTAATGAAT-TCTTTTTTTTTAGGTTTCTCGTGGTAAACATTCAATTAAAATACA
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATA-A
* * * * * * * *
2625 -TTTTAATTAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCTATTTAA
65 GTTTGAA-CAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
2687 AGCGAGTAATAAAGGTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCAAATGAATGAC
129 AGCGAGTAAT-AAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTC-TACCAATAAAT-AC
* ** * * * * *
2752 TTTTTCTTCACGTTTTCT-GAGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA
191 TTTTTCTTCAC-ATTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-T-AAAA
* * * * * * *
2816 AAGTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
253 AACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAA
*** ** * *
2881 GGTATTGGTGAG-TATAAAT-GCACTTTTGTAGT-CAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTCT
317 AAAATAAGT-AGCTATAAATAG-ACTTTTGT--TCCAAAGAATAG-CTTTCTCTTCATGTTTT-T
* ** * * * ** * ** * *
2942 GAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAGGGTA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAA
376 AAGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-CAAAA-AATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * **
3006 TTATAAGATTATAAAACTATTTAAA-CGGAATAATAAGGCTTTTGAAA-GAAAGCGTGTCTATAA
439 TTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGATAG-GTAACTATAA
*
3069 ATGA
502 ATGG
* * ** * * ** * * *
3073 ACTTTTCTTA-CCTA-GAAATGGCTTTTTTTTTTCATATTTTTTAAGGCAAACATATAATTATAG
1 ACTTTTC-TAGTCAATG-AATAAC--TTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATA-
* * * * * * * * *
3136 CT-TGTTTTAGCTAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAA-CAATTATGAGATTTTCAAACTAT
61 ATAAGTTTGAAC-AAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * **
3198 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTG-CTATACATAGACCTTTTTTGTCAATGA
125 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATATA-CTTTTCTACCAAT-A
** * * * * * * *
3262 ACGATTTTTTCTACACATTTCTCA-AGACAGACAATCAATTTTAATATGTTTTAACTAAAAATAT
186 AATACTTTTTCTTCACATTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-T
* * * * * *
3326 AAAAAA-TTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
249 AAAAAACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTT
* ** ** * * * * * *
3390 CGAAAGTATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT---TTT-TTTTTATGTTTCT
313 TGAAAAAATAAGTAG-CTATAAATAGACTTTTGTT-CCAAAGAATAGCTTTCTCTTCATGTTT-T
* ** * * * *** * * * *
3450 TGAGGTAAACATTCAAGTAAAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
375 TAAGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAAT
** * **** * ** * * *
3515 TATGAGATTACAAGGTTATTTAAAGTGAGTAATAAAGGC--TT-GGAGGAATGGGTGACTATAAG
440 TACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA-GCTTTTCAAAGG-ATAGGTAACTATAAA
**
3577 TTA
503 TGG
* *** * * * * * * * * *
3580 ACTTTTCTTG-CAAATGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAAGCAGACAATCAATAATAATT
1 ACTTTTCTAGTC-AATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTC-GAGGTACACATTTAATTATAATA
* * *
3643 TGTTTTG-ACAAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTT-AAATTCAATTACGAGATTATAAAACCATT
64 AG-TTTGAAC-AAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * *
3706 TAAAGAGAGTAATAATGCTTCCGAAGGTATGGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATAAAT
126 TAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTCTA-CCAATAAAT
* * * * *
3771 GACTTTTTCTTCACCTTTCGCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
189 -ACTTTTTCTTCACATTTC-TAGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAA
* * * * * *
3835 AAAA-TTCAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTG
251 AAAACTTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTG
* * *
3899 AAAGAATAAGTAGCTATAAATAGACTTTTGTTGCAAAGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAG
315 AAAAAATAAGTAGCTATAAATAGACTTTTGTTCCAAAGAATAGCTTTCTCTTCATG-TTTTTAAG
* * * **
3964 ACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
379 ACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTACA
* * *
4029 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCAAAGGCATAGGTGATTGTAAATGG
444 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGG-ATAGGTAACTATAAATGG
** * * **
4091 GTTTTTCTAGTCTATGAATAACTTTTTTTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATAAG
* * *
4156 TTTGAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAA
66 TTTGAAC-AAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
4220 GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGAGTGACTACAAATATAGTTTTCTCACCAATAAATACCT
130 GCGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTCT-ACCAATAAATA-CT
* * * *
4285 TTTTCTTCACATTTCTAGAGATTGACACTCTATTATAGTCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAC
192 TTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAC
* * *
4350 TTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGAAATAAGATTTTTGAAAAA
256 TTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAAAAA
** * * ** *
4415 ATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTTTTACCACTGAATGGCTTTCTCTTTC-TG-TTTTAATG-C
320 ATAAGTAG-CTATAAATAGACTTTTGTT-CCAAAGAATAGCTTTCTC-TTCATGTTTTTAA-GAC
** * *
4476 TGATATTCAATTATAGCTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTCTAACTTAAAATCAATTACAA
381 AAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTC-AACTTAAAATCAATTACAA
* * * *
4541 GATTATAGAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGGATGGGTAACTATAAATGG
445 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGATAGGTAACTATAAATGG
* * *
4602 ACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGTAGACATTTAATTATAATAAG
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATAAG
* * * * * * * * *
4667 TTTTAACCACAATTTTAAAAAACTTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
66 TTTGAACAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
4732 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-ATGTAACTATAAAT-TGACTTTTCTTGCCTATGAATGGC
131 CGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAT-ACTTTTC-TACCAATAAAT-AC
* * * * *
4795 TTTTTCTTCACGTTTCTTGATATAGACATTCAATTATAG-CGTATTTTAGCTAAAAA-TAGAAAA
191 TTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATTA-AAAA
* * * * ** *
4858 ACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAACG-CTTTTGA
254 AC-TTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGAAATAA-GACTTTTGA
** * * * * * ** * *
4922 AGGAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAACGGCTTTTTTCTTCACCT-TTTTTG
316 AAAAATAAGTAGCTATAAATAGACTTTTGTT-CCAAAGAATAGC-TTTCTCTTCA--TGTTTTTA
** * * * *** * * *
4986 AGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAATATCAATT
377 AGACAAATATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ACTCAACTTAAAATCAATT
** * * * * * *
5051 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATG
441 ACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGG-ATAGGTAACTATAAATG
5115 G
505 G
* * ** * * * * *
5116 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAG-ACAGATAGTTAATTAT-ATC
1 ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACAT--TTAATTATAATA
* * * * * * *
5178 TGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTT-AAATTCAATTATGAGATTACACAACTATTT
64 AGTTTGAA-CAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATT-AATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * *
5240 AAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGA-ACTTTTCTA
127 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAAT-ATACTTTTCTA
5294 GTCAATTAAT
Statistics
Matches: 3810, Mismatches: 747, Indels: 451
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
504 24 0.01
505 82 0.02
506 75 0.02
507 251 0.07
508 229 0.06
509 213 0.06
510 478 0.13
511 797 0.21
512 372 0.10
513 343 0.09
514 514 0.13
515 245 0.06
516 59 0.02
517 5 0.00
519 17 0.00
520 15 0.00
521 59 0.02
522 28 0.01
523 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
ACTTTTCTAGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATAAG
TTTGAACAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATATACTTTTCTACCAATAAATACTTTTT
CTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATTAAAAAACTTTAA
CTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCAAGAAATAAGACTTTTGAAAAAATAAGT
AGCTATAAATAGACTTTTGTTCCAAAGAATAGCTTTCTCTTCATGTTTTTAAGACAAATATTCAA
TTATAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTCAAAGGATAGGTAACTATAAATGG
Found at i:5447 original size:136 final size:135
Alignment explanation
Indices: 5178--5428 Score: 333
Period size: 136 Copynumber: 1.9 Consensus size: 135
5168 TAATTATATC
* * * *
5178 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTACACAACTATTTAAA
1 TGTTATAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACTATTTAAA
* ** * *
5243 GCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTAGTCAATTAATGGCT
66 GCGACTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGACAATAAATGAACTTTTCTAGTCAATTAATGGCT
5308 TTTTT
131 TTTTT
* * *
5313 TGTTATAACCAAAAATGTAAAAACATTGAGCTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACTATTTA
1 TGTTATAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GACTACAAAACTATTTA
* * * *
5377 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACAATAAATGGACTTTTCT
64 AAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGACAATAAATGAACTTTTCT
5429 TGCCATTGAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 16, Indels: 3
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
135 23 0.23
136 75 0.77
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (135 bp):
TGTTATAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACTATTTAAA
GCGACTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGCGACAATAAATGAACTTTTCTAGTCAATTAATGGCT
TTTTT
Found at i:5640 original size:305 final size:304
Alignment explanation
Indices: 5038--5626 Score: 720
Period size: 305 Copynumber: 1.9 Consensus size: 304
5028 AAAGATTCAA
* * *
5038 CTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGG
* * * *
5103 TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAGATAGT
66 CAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAAACAGT
* * * ** *
5168 TAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTACACA
131 TAATTAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAA
* * * ** *
5233 ACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTAGTCA
196 ACCATTTAAAACGACTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGATGACCATAAATGAACTTTTCTAGTCA
* * * *
5298 ATTAATGGCTTTTTTTGTTATAACCAAAAATGTAAAAACATTGAG
261 ATGAATAGCTTTTTTTATTATAACC-AAAAGGTAAAAACATTGAG
* *
5343 CTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
1 CTTAAAATCAATTATGA-GACTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGAATGG
* * ** * *
5407 GCGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACA
65 GCAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGACAAACA
* * *
5471 -TTCAATTAAAATATGTTTTGACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCACTTATGAGATT
129 GTT-AATT-AAATATGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATT
* * *
5535 ACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGATGA-C-TAAAAGTAGACTTTT
191 ACAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGATGACCATAAATG-A-ACTTTT
*
5598 CTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTCATTAT
254 CTAGTCAATGAATAGCTTTTTTT-ATTAT
5627 TCCTGAGGTA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 37, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
304 3 0.01
305 117 0.49
306 22 0.09
307 93 0.39
308 4 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (304 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGG
CAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAAACAGT
TAATTAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTACAAA
ACCATTTAAAACGACTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGATGACCATAAATGAACTTTTCTAGTCA
ATGAATAGCTTTTTTTATTATAACCAAAAGGTAAAAACATTGAG
Found at i:5751 original size:476 final size:477
Alignment explanation
Indices: 4846--5787 Score: 1109
Period size: 476 Copynumber: 2.0 Consensus size: 477
4836 TATTTTAGCT
* *
4846 AAAAATAGAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATAGAAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
4911 AACGCTTTTGAAGGAATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAACGGCTTTTTTCTTC
66 AACGCTTTTGAAAGAATGAGCGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTTCTTC
* * * ** *
4976 ACCTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGATTCAACTT
131 ACCTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * ** * *
5041 AATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTAA
196 AAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCGAAGGAATGGATAA
* * * * * * *
5106 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAGATAGTTAA
261 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATTCCAAGACAAAAAATCAA
* * *
5171 TTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAGATTACACAACT
326 TTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACT
* **
5236 ATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACCATAAAT-GAACTTTTCTAGTCAAT
391 ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGGTGACCATAAATAG-ACTTTTCTAGTCAAT
*
5300 TAATGGCTTTTTTTGTTATAACC
455 GAATGGCTTTTTTTGTTATAACC
* * * * *
5323 AAAAAT-GTAAAAACATTGAGCTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAATAG-AAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATGA-GACTACAAAACCATTCAAAGTGAGTA
* * * * ***
5386 ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATTTC-TTTTTCT
64 ATAACGCTTTTGAAAGAATGAGCGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTTCT
** * *
5450 TCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTGACTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAA
129 TCACCTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAA
* * *
5514 CTTAAAACCACTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGA
193 CTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCGAAGGAATGGA
* * * **
5579 TGACTA-AAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATAG-CTTTTT-TTCAT-TATTCCTGAGGTAAAA
258 TAACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTATTCC-AAGACAAAA
*
5640 AATCAATTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
320 AATCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
* * *
5704 T-CTAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTTT
382 TAC-AAAACT-ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGGTGACCATAAATAGACTTT
5766 TCTAGTCAATGAATGGCTTTTT
445 TCTAGTCAATGAATGGCTTTTT
5788 CTTTACTTTT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 64, Indels: 25
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
474 4 0.01
475 27 0.07
476 206 0.53
477 152 0.39
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (477 bp):
AAAAATAGAAAAACATTGAACCTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTCAAAGTGAGTAAT
AACGCTTTTGAAAGAATGAGCGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAACGGCTTTTTTCTTC
ACCTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGACTTTCGAAGGAATGGATAA
CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTATTCCAAGACAAAAAATCAA
TTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACT
ATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTAGTCAATG
AATGGCTTTTTTTGTTATAACC
Found at i:5903 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5313--6291 Score: 756
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
5303 TGGCTTTTTT
* * * * * * * *
5313 TGTTATAACCAAAAATGTAAAAACATTGAGCTTAAAATCAATTA-TACGACTATAAAACTATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGA-GATTACAAAACCATTTA
* * * * * * * * **
5377 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATTT
65 AAGAGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG
* ** *
5442 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGCAAACATTCAATTAAAATA
129 CTTTTTCTTCATGTTT-TTCATGAAAAACATTCAATTATAATA
* * * * * *
5484 TGTTTTGACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCACTTATGAGATTACAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * *
5549 A-ACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGATGACTA-AAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATA
66 AGA-GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTAGTCAATGAATG
* * * *
5612 GCTTTTT-TTCA--TTATTCCTGAGGTAAAA-AATCAATTATAATT
128 GCTTTTTCTTCATGTTTTTCATGA---AAAACATTCAATTATAATA
*
5654 TGTTTTAA-CAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATT-CTAAAATCATTT
1 TGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAC-AAAACCATTT
* *
5717 AAAGTA-AGTAATAAGGCTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATG
64 AAAG-AGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATG
* *
5781 GCTTTTTCTTTACT-TTTTTCATGAAAAACATTCAATTACAATA
128 GCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCATGAAAAACATTCAATTATAATA
* * * *
5824 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGGTTACAAAACAAATTA
1 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTA
* * * * *
5889 AAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAAGTATGGGTGACTAT-AATGGGA-TTTTCTAGTCAATGAATG
65 AAGAGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTAGTCAATGAATG
* ** * ** *
5952 GTTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAAACATTCAATTATAATC
128 GCTTTTTCTTCATGTTTTTCATGAAAAACATTCAATTATAATA
* * * *
5995 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * * * * * **
6060 AGTGAGCAATAACGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAACTGGAGTTTTCTCA-CCAACAAAT-G
66 AGAGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-AGTCAATGAATGG
* ** * * *** ** * * *
6123 CCTTTTCTTCA-CATTTCCAAAGACTGACATTTTATTACAGTC
129 CTTTTTCTTCATGTTTTTC-ATGAAAAACATTCAATTATAATA
* * * * * *
6165 TGTTTTAACCTAAATTATAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTA-GAGATTATAAAACCATTTAA
1 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
* * * * * * *
6229 AGCA-TGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTTTTGCCAATGAATGG
66 AG-AGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG
6292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 121, Indels: 64
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 17 0.03
169 109 0.17
170 248 0.38
171 252 0.38
172 28 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAA
AGAGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCT
TTTTCTTCATGTTTTTCATGAAAAACATTCAATTATAATA
Found at i:5989 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5311--6095 Score: 864
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 337
5301 AATGGCTTTT
* * * * * *
5311 TTTGTTATAACCAAAAATGTAAAAACATTGAGCTTAAAATCAATTATACGACTATAAAACTATTT
1 TTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGA-GATTATAAAAC-ATTT
* * * * * * *
5376 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGCGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATT
63 AAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATG
* * ** * *
5441 TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTAAAATATGTTTTGACTAAAAAAGTAAAA
127 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGAAAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAA
* * * * * **
5506 AAATTCAACTTAAAACCACTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAA
192 AAATTCAACTTAAAACCAATTACGAGATTACAAAACAAATTAAAACGAGAAATAAGACTTTCAAA
* * * *
5571 GGAATGGATGACTAAAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTCATTATTCCTGAGGT
257 AGAATGGATGACTAAAAGTAGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTTTCATTATTCCAGAGGC
5636 AAAAAATCAATTATAA
322 AAAAAATCAATTATAA
*
5652 TTTGTTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTCTAAAATCATTT
1 TTTGTTTTAACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAA-CATTT
* * * *
5717 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG
63 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGG
* * *
5782 CTTTTTCTTTACT-TTT-TTCATGAAAAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
128 CTTTTTCTTCA-TGTTTCTTCA-GAAAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGT-AA
* * * *
5845 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGGTTACAAAACAAATTAAAGA-GAGAAATAAGGCTTTC
190 AAAAATTCAACTTAAAACCAATTACGAGATTACAAAACAAATTAAA-ACGAGAAATAAGACTTTC
* * * * * *
5909 AAAAGTATGGGTGACTATAA-TGGGA-TTTTCTAGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGT-TTCC
254 AAAAGAATGGATGACTAAAAGT-AGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTT-TTCAT-TATT-C
* *
5971 CAG-GGCAAACATTCAATTATAA
315 CAGAGGCAAAAAATCAATTATAA
* *
5993 TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 TTTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAA-CATTT
* *
6058 AAAGTGAGCAATAACGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTA
63 AAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTA
6096 CAACTGGAGT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 60, Indels: 25
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 112 0.30
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342 27 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (337 bp):
TTTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGAGATTATAAAACATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTT
TTTCTTCATGTTTCTTCAGAAAAACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAT
TCAACTTAAAACCAATTACGAGATTACAAAACAAATTAAAACGAGAAATAAGACTTTCAAAAGAA
TGGATGACTAAAAGTAGACTTTTCTAGTCAATGAATAGCTTTTTTTCATTATTCCAGAGGCAAAA
AATCAATTATAA
Found at i:6883 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6324--7450 Score: 781
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
6314 NNNNNNNNNN
* * * *
6324 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * ** ** *
6389 TGTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAGTGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTCAAGACAAACA
66 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAAACA
* * *
6454 TTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAATGTAAAAAAATTC
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
* * *********** * *
6494 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* *** * * * ** ** **
6559 AGTGACTATAAATCGACTTTTCTTCCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAATG
66 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAAACA
* * * * *
6624 TTCAATTAT-AGCTTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAAATTTT
131 TTCAATTATAATC-TGTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTC
* * * *
6665 AA-TCTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACTATTCAAAG-GCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 AACT-TAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* ** ** *
6728 TTAGTTCCTATAAATAGA-TTTT-TTTTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAGA
64 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAAA
* * *
6791 CAATCAATTCTAATATGTTTTAACTAAAATTATAAAAAAAATT-
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-TAT-AAAAAAATTC
* * * *
6834 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* *
6898 GGTGACTATAAAT-GAACTTTTGTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCGC-A-AC-
66 AGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACGTTTC-C-CAAGACA
* * *
6958 AACATTC-ATATATAATCTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAATATTC
127 AACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTC
** *** * * *
7003 AACTTAAAATCAATTACGA-AGTTACAAAATAATTTAAAAATAATAATAAGGCTTTTGAAAGCAT
1 AACTTAAAATCAATTACGAGA-TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * * * *
7067 GATTGACTATAAATGGGCTTCTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTAT-ATGTTTCCTAAGGCAAA
65 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGG-CTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAAA
* *
7131 CATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTC
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
7174 AACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGTCTTGTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * ** * * **
7239 GGTGACTATAAATGGTGC-TTTCTAGCCAATAAATGAATTTTTCTTT-ACATGT-CCAGAGACTG
66 AGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACGTTTCCCA-AGACAA
* * * * *
7301 ACATTCTATTATAGTATGTTTTAA--AAAAAATTAAAAAATTC
128 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * * *
7342 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAAA-TATTTTAAGCAAGTAATAAAGCCTTTGATGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * *
7406 GGGCGACTATAAAT-GGC-TTTCTTTGAT-AATGAATGGCTTTTTTTT
65 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAG-TCAATGAATGGCTTTTTTTT
7451 ATGCTTTTTT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 173, Indels: 72
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.01
167 16 0.02
168 116 0.15
169 165 0.22
170 213 0.28
171 223 0.30
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
AGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGACAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:7080 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 6324--7379 Score: 501
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 166
6314 NNNNNNNNNN
* * ** ** * * *
6324 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAAAGAATAAT-AAGGTTTTGAAAGCATG
* * * * * ** * * *
6389 TGTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAGTGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTCAAGACAAACA
65 AGTGACTATAAATGAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTC-CCA-AC-AACA
* * *
6454 TTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAATGTAAAAAAATTC
127 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
* * *********** *** * *
6494 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCCAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGG-TTTTGAAA-GCAT
* *** * * * ** *
6558 GAGTGACTATAAATCG-ACTTTTCTTCCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAA-
64 GAGTGACTATAAAT-GAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAA--CAAC
* * * * *
6621 ATGTTCAATTAT-AGCTTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAAATTTT
126 A--TTCAATTATAATC-TGTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * *
6665 AA-TCTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACT-A-TTCAAAGGCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 AACT-TAAAATCAATTACGAGATTACAAAA-TAATTTAAAAAG-AATAATAAGG-TTTTGAAAGC
* ** * **
6727 ATTAGTTCCTATAAAT-AGA-TT-TTTTTTCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACGTTTCCCAAGAC
62 ATGAGTGACTATAAATGA-ACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACGTTTCCC-A-AC
* * *
6788 AGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACTAAAATTATAAAAAAAATT-
123 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-TAT-AAAAAAATTC
* * * ** * * *
6834 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGCATGG
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGGTTTTGAAAGCATGA
* *
6899 GTGACTATAAATGAACTTTTGTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGCAACAACATT
66 GTGACTATAAATGAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTC-C-CAACAACATT
* * *
6964 C-ATATATAATCTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAATATTC
129 CAAT-TATAATCTGTTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTC
*
7003 AACTTAAAATCAATTACGA-AGTTACAAAATAATTTAAAAATAATAATAAGGCTTTTGAAAGCAT
1 AACTTAAAATCAATTACGAGA-TTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGG-TTTTGAAAGCAT
* ** * * * *
7067 GATTGACTATAAATGGGCTTCTCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTATATGTTTCCTAAGGCAAAC
64 GAGTGACTATAAATGAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAA--C-AAC
* *
7132 ATTCAATTATAATCTATTTTAAGTAAAAATATAAAAAAATTC
126 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAATATAAAAAAATTC
* * ** * ** * * *
7174 AACTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAA-GTCTTGTGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGGT-TT-TGAAAGCAT
* ** * * ** * * * *
7238 GGGTGACTATAAATGGTGCTT-TCTAGCCAATAAATGAATTTTTCTTTACATGTCCAGAGACTGA
64 GAGTGACTATAAAT-GAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCC-CA-AC-AA
* * * * *
7302 CATTCTATTATAGTATGTTTTAA--AAAAAATTAAAAAATTC
125 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
7342 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAAATATTTTAA
1 AACTTAAAATCAATTACGAGATTACA-AAATAATTTAA
7380 GCAAGTAATA
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 155, Indels: 99
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 84 0.12
169 164 0.24
170 210 0.31
171 209 0.31
172 14 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
AACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAAAGAATAATAAGGTTTTGAAAGCATGA
GTGACTATAAATGAACTTCTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCAACAACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:7338 original size:509 final size:509
Alignment explanation
Indices: 6324--7420 Score: 1116
Period size: 509 Copynumber: 2.2 Consensus size: 509
6314 NNNNNNNNNN
*
6324 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
* * *
6389 TGTGACTATAAATAAACTTTTCTAATCAGTGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTCAAGACAAACA
66 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTCAAGACAAACA
* ** * * *
6454 TTTAATTATAATCTGTTTTAATTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTAT
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAC
********** ** * * *
6519 NNNNNNNNNNAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTTTCTTC
196 AAAATAATTTAAAAACAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTCTCTAC
* * * * ** *
6584 CCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAATGTTCAATTATAGCTTCTTTTAGCTAA
261 CCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGCTTCTTTAAGCTAA
* * * *
6649 AAATATAAAAAATTTTAATCTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAACTATTCAAAGGCAGTAATAA
326 AAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGGCAGTAATAA
* * ** *** * ** * *
6714 GGCTTTTGAAGGAATTAGTTCCTATAAATAGATTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTT
391 GGCTTGTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATTTTTAGCCAATAAATGAATTTTTTTTCACATG
* * *
6779 TCCCAAGACAGACAATCAATTCTAATATGTTTTAACTAAAATTATAAAAAAAATT-
456 TCCCAAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAAC-AAAA-AATATAAAAAATTC
*
6834 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
* * ** * * *
6898 GGTGACTATAAATGAACTTTTGTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGCA-AC-AAC
66 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTC-AAGACAAAC
*
6961 ATTC-ATATATAATCTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTACGA-AG
130 ATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACCAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGA-
* * * * *
7024 TTACAAAATAATTTAAAAATAATAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGATTGACTATAAATGGGCTTC
192 TTACAAAATAATTTAAAAACAATAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTC
** *
7088 TCTAGTCAATGAATGGCCTTTTCTAT-ATGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT-T
256 TCTACCCAATGAATGGCCTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTAT-AGCT-TCT
* **
7150 TTAAG-TAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACCATTTGAA-
317 TTAAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAG
* * *
7212 GCGAGTAATAAGTCTTGTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGTGCTTTCTAGCCAATAAATGAA
381 GC-AGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAT--TTT-TAGCCAATAAATGAA
* * * *
7276 TTTTTCTTT-ACATGT-CCAGAGACTGACATTCTATTATAGTATGTTTTAA-AAAAAAT-TAAAA
442 TTTTT-TTTCACATGTCCCA-AGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA
7337 AATTC
505 AATTC
* * * * * * *
7342 AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAAAT-ATTTTAAGCAAGTAATAAAGCCTTTGATGGAAT
1 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATA-AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAT
*
7406 GGGCGACTATAAATG
65 GGGTGACTATAAATG
7421 GCTTTCTTTG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 87, Indels: 39
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
507 10 0.02
508 70 0.15
509 289 0.60
510 65 0.14
511 44 0.09
512 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
GGTGACTATAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCACTTTTTCATCACGTTTCTCAAGACAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAC
AAAATAATTTAAAAACAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATCGACTTCTCTAC
CCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGCTTCTTTAAGCTAA
AAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTCAAAGGCAGTAATAA
GGCTTGTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATTTTTAGCCAATAAATGAATTTTTTTTCACATG
TCCCAAGACAGACAATCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
Done.