Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400296.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3502.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5324
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 422 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:375 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--3230 Score: 2922
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 170
1 AAAA
* *
5 CGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATATC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTC
* * * ** * * * *
68 TGTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACGGTCAATTCTAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAA
* * *
133 AAATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAG
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
178 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * * *
243 TTCCTTCATGTTTCATGAGGTAAACATTTC-ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAA
66 TTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
307 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
349 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTAAT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * * * * * * *
414 TTTCTTTATGTTTCTTGAGCTACACATTTAATTATAGGCTGTTTAAACTAAAAATGTGAAAACAT
66 TTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * ** *
479 TTACCTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAA
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
520 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTA-ATATGGACATTTCTTGCTAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * *
584 TTTCTTCATGTCTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTATAATAAAAAATGTAAAAACAA
66 TTTCTTCATGT-TTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AA
* * *
649 TTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAAACATTT-AA-
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
689 --AGTGATAAGGCTATTGAAGGAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * * *
752 TTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAGTGCAAAGAAAT
66 TTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* *
817 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
858 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTCTTT-TTCCCAATGAATAGT-
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAT-GTC
* * * * ** *
921 TTTTTCTACATATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCTG-TTT-ATGAAAAATGTAAATAA
64 TTTTTCTTCAT-GTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* *
984 ATTAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1027 CGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATG-CAT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-T
* * * * * * * *
1091 TTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAATACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* *
1156 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
1199 TGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* ** * * *
1264 TCTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAACA
66 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-A
* * * * * *
1329 ATCTAACTTAAAGTCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTCAAAG
129 TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * * **
1372 TGACTAATAAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGGTCAATAAATACC
1 CGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGTC
*
1436 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
64 TTTTTCTTCATGTTTC-T-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * *
1500 AACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTAAAAG
127 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * *
1545 TGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGGCTTTTCAT-CTCAATGAATGACT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTCT
* ** * * * * * *
1609 TTTTCTACACATTTCCCAAGGTAGACACTAAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAA
* * * ***
1674 AATT-AACTCAAAATCAATTTTGAGATTATTAAATTGTTTAAAG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
1717 TGAGTAGTAAAGTTTTTGAATGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TCAATGAATACCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* * * * * * *
1779 TTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCATAAACGTAAAAAAA
65 TTTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
*
1844 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
1886 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGTGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACCAATAAATACCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * * * *
1951 TTGCTTCATGTTACTCAATGTCGACATTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
66 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
2016 TCAACTTAAAATCAATCATGAGGTTATAAAAACTTTTAAAG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
2057 AGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CGTAATGAATAG-C
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GTC
** * * ** * * *
2120 TTTTT-TTACATGTTTCTCAAGACAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAGATATAAATA
64 TTTTTCTT-CATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* *
2184 AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
2228 CGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * ** * * *
2293 TTTCTTTACGTTTCTTGTGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAAT
66 TTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* ** * * **
2358 TTATTTTAAAATCAATTATTAGTTTACGAAACCATTT-AAG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** ** * * * * *
2398 ATAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTGACTAAAAATGGATTTTTCATACCAAT-AGATAG-
1 -CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AT-GT
* * * * * * * *
2461 CTTTTGCTTCACGTTCCCAAATGTAGATATTCAATTATAGCCT-TTTTAACAAAAAATATAAAAA
63 CTTTTTCTTCATGTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * *
2525 CATTTAACTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACCAGTTAAAG
127 AATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
2569 CGAGTAGTAAGGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCATTGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * **
2634 TTT-TT-ACGTTTCTCAAGGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAACTAAAT
66 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
2697 TTAATTTAAAATTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
2738 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATG-CAT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * *
2802 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTATACATTTAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAA
66 TTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAA
* *
2867 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * ** *
2909 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAC-AGTAAATAGACTTTTATTTTCAATGAATGGCT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT
* * * * * * * ** * * *
2973 TTTTCTACATGTTTTCCAATGCAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATGAAAATA
65 TTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * ** *
3038 TTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * **
3080 CGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAGATCG-GTAACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATAG-
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-AT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GT
* * * * **
3142 CTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA
63 CTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
*
3207 AATTTAACTTAAAATCAATTATGA
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
3231 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2498, Mismatches: 483, Indels: 146
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 66 0.03
168 125 0.05
169 304 0.12
170 273 0.11
171 1068 0.43
172 361 0.14
173 191 0.08
174 107 0.04
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
TTTCTTCATGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
Found at i:2737 original size:852 final size:842
Alignment explanation
Indices: 5--3228 Score: 3340
Period size: 852 Copynumber: 3.8 Consensus size: 842
1 AAAA
* ** *
5 CGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATATCTG
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTC-CAATGAATACCT-
* * ** * * *
70 TTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACGGTCAATTCTAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAA
63 TTT-TTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAA
* * * * *
135 ATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
125 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
200 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTCCTTCATGTTTCAT-GAGGT
190 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTTT-CTTCATGTTTC-TCAAGGT
* * * *
264 AAACATTTC-ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATG
253 AAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
328 AGATTATAAAATCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
317 AGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC
* ** * **
392 TTTTCTTGTCAATGAATG-TAATTTTCTT-TATGTTTCTTGAGCTACACATTTAATTATAGGCTG
381 TTTTCTTGTCAATGAATGCT--TTTT-TTACATGTTTCTCAAGC-AGACATTTAATTATAATCTG
* * * * * *
455 TTTAAACTAAAAATGTGAAAACATTTACCTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAA
442 TTTTAA-TAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * *
520 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGGGTGACTA-ATATGGACATTTCTTGCTAATGAATGCCTT
506 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * *
584 TTTCTTCATGTCTT-TTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTATAATAAAAAATGTAAAAAC
571 TTTCTTCATGT-TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTA-AATAAAAAATGTAAAAA-
* * * * *
647 AATTCAACTTAAAATAAATT-TTGAGATTATAAAAACATTT--A-AAGTGATAAGGCTATTGAAG
633 AATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATGAAACCATTTAAATAAGTAATAAGGCT-TTGAAG
* * * * * *
708 GAATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT-TCATGAGG
696 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-CCAATG-ATAGCTTTTTCTTCACGTTCCCA-AAGG
* * * *
772 TAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAGTGCAAAGAAATTCAACCTAAAATC-AATTAT
758 TAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAAATT-T
* *
836 GAGATTATAAAACCATTTACAG
821 GAGATTATAAAACCAGTTAAAG
* * * * * *
858 CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTCTTTTTCCCAATGAATA-GTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACT-TTCTT-CCAATGAATACCTT
* * * * * ** *
922 TTTTCTACATATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTCTG-TTT-ATGAAAAATGTAAATAAA
64 TTTT-TACGT-TTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * *
985 TTAAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGA
126 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
1050 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAA
191 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * * *
1115 ACATTCAAATACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
255 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
1180 GTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGATTTT
319 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
1245 TCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCACA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTT
384 TCTTGTCAATGAATG-CTTT-T-TTTACATGTTTCTCAA-GCAGACATTTAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
1308 TAACAAAAA-ATGTAAAAAACAATCTAACTTAAAGTCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTCAAAG
445 TAATAAAAATATG--AAAAA-ATTC-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * ** * * * *
1372 TGACTAATAAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGC-TTTTTTGGTCAATAAATACC
506 CGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTT-GCCAATGAATACC
* * * *
1436 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
569 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
1501 ACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAG
634 A-TTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATGAAACCATTTAAA-TAAGTAATAAGGC-TTTGAAG
** * * *
1566 GAATGAGAAACTATAAATGGGCTTTTCATCTCAATGA-ATGACTTTTTCTACACATTTCCC-AAG
696 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATC-CAATGATA-G-CTTTTTCTTCAC-GTTCCCAAAG
* * * * * * * *
1629 GTAGACACTAAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTCAAAATCAATTT
757 GTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATT
* **
1694 TGAGATTATTAAA-TTGTTTAAAG
820 TGAGATTATAAAACCAG-TTAAAG
* * * * * * * *
1717 TGAGTAGTAAAGTTTTTGAATGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCAATGAATACCTTTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTCTTCCAATGAATACC-TTT
* * * * * *
1782 TTTTCATGTTTCTCAAGGTGGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCATAAACGTAAAAAAATTT
65 TTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTT
*
1847 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * **
1912 TGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACCAATAAATACCTTTTGCTTCATGTTACTCAATGTCGACA
194 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
** * * *
1977 TTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGGTTA
258 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
2042 TAAAAACTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
323 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* *
2107 CGT-AATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGACAGACATTTAATTATAGTTTGTTTTAATG
388 -GTCAATGAAT-GCTTTTTTTACATGTTTCTCAAG-CAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAT-
* * * * * *
2171 AAAGATAT-AAATAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTCA
449 AAAAATATGAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * ** *
2235 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTT
513 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * **
2300 ACGTTTCTTGTGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTATTTT
578 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* * * ** *
2365 AAAATCAATTATTAGTTTACGAAACCATTTAAGATAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTGA
643 AAAATCAATTATTAGATTATGAAACCATTTAA-ATAAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGA
* * * *
2430 CTAAAAATGGATTTTTCATACCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCAAATGTAGATATTCAA
706 CTATAAATGGACTTTTCAT-CCAAT-GATAGCTTTTTCTTCACGTTCCCAAAGGTAGATATTCAA
* * *
2495 TTATAGCCT-TTTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAA
769 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAA
2559 CCAGTTAAAG
833 CCAGTTAAAG
* * * * *
2569 CGAGTAGTAAGGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCATTGAATGCCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTT-CCAATGAATACCTT
* * **
2634 TTTTTACGTTTCTCAAGGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAACTAAATTT
64 TTTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTT
* * * * *
2699 AATTTAAAATTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * *
2764 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGCATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTATACAT
194 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
* * *
2829 TTAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
259 TCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2894 TAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAC-AGTAAATAGACTTTTAT
323 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTA-TAAATAGACTTTTCT
* * *
2958 TTTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTT-TCCAATGCAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAAT
387 TGTCAATGAAT-GCTTTTTTTACATGTTTCT-CAA-GCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-
* * * * **
3022 TAAAAATATGAAAATATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAA
448 TAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * ** * *
3087 TAAGGCTTTTGAA-GAGATCGGTAACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTCTA
513 TAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT
* * * *
3151 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
577 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
3216 TAAAATCAATTAT
642 TAAAATCAATTAT
3229 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1953, Mismatches: 344, Indels: 149
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 6 0.00
849 155 0.08
850 132 0.07
851 64 0.03
852 583 0.30
853 138 0.07
854 206 0.11
855 105 0.05
856 50 0.03
857 39 0.02
858 230 0.12
859 236 0.12
860 9 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (842 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTCTTCCAATGAATACCTTTT
TTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCATTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
AATGAATGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATA
TGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT
TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
TTATTAGATTATGAAACCATTTAAATAAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCATCCAATGATAGCTTTTTCTTCACGTTCCCAAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTT
TTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAG
Found at i:4632 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3953--4946 Score: 651
Period size: 172 Copynumber: 5.8 Consensus size: 168
3943 ATGGGAGTCT
* ** *** * * *
3953 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCCCATTTCTCAAGGTTGACATTAAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTT-TTCATGTTTCTC-ATGTAGACATTCAATT
* * * * * *
4018 ATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAATATCAATTTTGAGAATATAAAAC
64 ATAATATGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
********** *
4083 TATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAAGAATGAGG-GACT-
127 TATTTAAAGTAGGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATG-GGTGA-TA
** * * * * * *
4125 ATAAACAGACTTTTGTTACCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTT-TTCATGTTTC-TCATGTAGACATTCAATT
* * * * ** * * **********
4190 ATACTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGGGACNNNNNNNNN
64 ATAATATGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT
* * * * * *
4255 NTTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACA
128 ATTTAAAGTAG-GTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATA
* * * * * * *
4296 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGACTACCTTTTTCTTCACGCTTCTCGACT-TTGAGATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTTTTCATGTTTCTC-A-TGTAGACATTCAAT
* * *
4360 TATAATCTGTTTTAATCCAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
63 TATAATATGTTTTAA-CCAAAAA-TAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* *****************
4425 CCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGATA
126 CTATTTAAAGTAGGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATA
* *
4468 AGAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCAATGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTC-ATGTAGACATTCAATT
4533 ATAATATGTTTTAA-CATAAAATTAAAAAACAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
64 ATAATATGTTTTAACCA-AAAA-TAAAAAA-AATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * * *
4597 TTATTTAGATA-TAGTTA-TAAGTCTTTT-ACAGGAATGGGAGACT-
126 CTATTTA-A-AGTAGGTACTAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGA-TA
** ** * *
4640 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTTGATAGACATTCAATA
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTT-TTCATGTTTCTCATG-TAGACATTCAATT
* * * * ** *
4705 ATACTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG-GTACTATAAAAC
64 ATAATATGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAAC
*
4769 TATTTAAAGTGGGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATA
127 TATTTAAAGTAGGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATA
*
4811 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCATCGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTTTTCATGTTTCTCAT-GTAGACATTCAATT
* *
4876 ATAATATGTTTTAACCAAAAA-ATAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACC
64 ATAATATGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT
4940 ATTTAAA
128 ATTTAAA
4947 TATANNNNNN
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 157, Indels: 64
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 53 0.08
171 250 0.39
172 325 0.51
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTCATGTTTCTCATGTAGACATTCAATTAT
AATATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATT
TAAAGTAGGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATA
Done.