Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397558.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4266.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:329 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 303--342 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
293 AGAAAACGTA
303 AAGAAAAGGCCATTTATTAGC
1 AAGAAAAGGCCATTTATTAGC
* *
324 AAGAAAAGTCCGTTTATTA
1 AAGAAAAGGCCATTTATTA
343 TCATCCATGT
Statistics
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0.89 0.11 0.00
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21 17 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAGGCCATTTATTAGC
Found at i:709 original size:171 final size:169
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Indices: 135--933 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 169
125 AGAGTTATCA
** * *
135 AAAAGTCATCCGTTGCCAAGAAAAGTCTATTTACATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCACTGCAAAG-AAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
200 CGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTT-AGTT
64 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAAATTTTTGA-TT
*** * * * * *
264 AAAACGGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAG-
127 AAAATATATTACGAA-TGAATATCTACCTCAGGAAACATCAAGC
* ** * ** * * * * *
306 AAAAGGCCATTTATTAGC-AAGAAAAGTCCGTTTAT-TATCA-TCCATGTCATTTAACGCTTTAT
1 AAAA-GTCATCCACT-GCAAAG-AAAGTCTATTTATAT-TCACT-CAAG-CCTTGAAAGCCTTAT
** * ** * * *
368 TACTCACTTTAAATGTTTTTATGCT-TACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTAGATTTTT
60 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAAAATTTTT
* * * * * * * *
432 GGTTAAAATATATTATGATTGAA-AGTCTACCT-TGAAAAAAGTAAAGT
123 GATTAAAATATATTACGAATGAATA-TCTACCTCAGGAAACA-TCAAGC
* * * * ** *
479 AAAGGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCATTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTA-TT
1 AAAAGTCATCCACTGCAAAG-AAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTT
* *
543 GGCTTTGAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTAAAATTTTTGATTA
65 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAAATTTTTGATTA
* * * ** *
607 AAATATATTA-TAATTTATTATCTGTCT-TGGAAAACATCAAGC
128 AAATATATTACGAA-TGAATATCTACCTCAGG-AAACATCAAGC
* * * * *
649 AAAAGTCATGCACTGACAAGGAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCACTG-CAAAGAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
714 TGCTGTAAATTTTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTGGTTA
64 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAAAATTTTTGATTA
* ** *
778 AAATATATTACGAATGAATGTCTACCTCAGGAGGCATGAAGC
128 AAATATATTACGAATGAATATCTACCTCAGGAAACATCAAGC
* *
820 AAAAGTCATCCATTGCAAAGAAGAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATCCACTGCAAAGAA-AGTCTATTTATATTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
885 TACTTTAAATGGTTGTATAATGTCATAAATGA-TTTAAGTTGAATTTTTT
64 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
934 TACATTCTTA
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 105, Indels: 62
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 90 0.18
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172 156 0.32
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCATCCACTGCAAAGAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTTG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAA
TATATTACGAATGAATATCTACCTCAGGAAACATCAAGC
Found at i:1051 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 135--1255 Score: 987
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 336
125 AGAGTTATCA
* * * *
135 AAAAGTCATCCGTTGCCAAGAAAAGTCTATTTACATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* **
200 CGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAT-AATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTT
65 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTAGTT
** * *
264 AAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACGTAAAGAAAAGGCCATTT-ATTAGCAAG
127 AAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAACGTAAAGAAAAAGCC-TTTCATTAGCAAG
* * * *** ** * *
327 AAAAGTCCGTTTATTA-TCATCCATGTCATTTAACGCTTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTAT-
191 AGAAGT-CATTTA-TAGTCATCTAAACCATCGAACACCTTATTACTCAC-TTAAATGTTTTTATA
* * *
390 G-CTTACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTAGATTTTTGGTTAAAATATATTATGATTGA
253 GTC-T-CATAATTAATTTTAAGTTGAATATTT-TTACATTTTTGGTTAAAATATATTA-GAATGA
* * * *
454 AAGTCTACCTTGAAAAAAGTAAAGT
314 ATGTCTACC-TGGAAAAA-TGAAGC
* * * * *
479 AAAGGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCATTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTA-T
1 AAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
542 TGGCTTTGAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTAAAATTTTTGATT
65 T-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTAG-TT
* * * * * * * * * * * * *
606 AAAATATATTATAATTTATTATCTGTCTTG-GAAAACATCAAGCAAAAGTCATGCACT-GACAAG
127 AAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTAG-CAAG
* ** *
669 -GAAAGTCAATTTATAGTCA-CTCAAACCTTCGAA-AGCCTTATTACTTGCTGTAAATTTTTTTA
191 AG-AAGTC-ATTTATAGTCATCT-AAACCATCGAACA-CCTTATTACTCACT-TAAATGTTTTTA
*
731 TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACGAATGAA
251 TAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA-GAATGAA
***
796 TGTCTACCTCAGGAGGCATGAAGC
315 TGTCTACCT--GGAAAAATGAAGC
* * *
820 AAAAGTCATCCATTGCAAAGAAGAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGC-AAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
885 TACTTTAAATGGTTGTATAATGTCATAAATGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTAGTTAA
65 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTAGTTAA
* * * * *
949 AACATATAATAATTGAATGTTTATCTCGAG-ATACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCGAGAGA
129 AACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAGA
* * * * *
1013 AGTACATTTACAGTCATCTACACCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCT
194 AGT-CATTTATAGTCATCTAAACCATCGAACACCTTATTACTCAC-TTAAATGTTTTTATAGTCT
* * * * * *
1078 CATAACTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATATT
257 CATAATTAATTTTAAGTTGAA--TATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAGAA-TGAATGTC
* *
1143 TGCCTTGAAAAATGTCAAGC
319 TACCTGGAAAAATG--AAGC
* * * *
1163 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATATTCACTCAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
1228 TGCTTTAACTGGTTTTATAATCTTATAA
65 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1256 TAATAGAATG
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 124, Indels: 73
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 228 0.37
342 170 0.28
343 171 0.28
344 45 0.07
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
AAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAA
CATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAGAAG
TCATTTATAGTCATCTAAACCATCGAACACCTTATTACTCACTTAAATGTTTTTATAGTCTCATA
ATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAGAATGAATGTCTACCTGG
AAAAATGAAGC
Found at i:1539 original size:296 final size:298
Alignment explanation
Indices: 953--1552 Score: 875
Period size: 296 Copynumber: 2.0 Consensus size: 298
943 AGTTAAAACA
* *
953 TATAATAATTGAATGTTTATCTCGAGATACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCGAGAGAAGTAC
1 TATAATAATAGAATGTTTATCTCGAGATACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCGAGAAAAGTAC
1018 ATTTACAGTCATCTACACCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCATAA
66 ATTTACAGTCATCTACACCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCATAA
* * * **
1083 CTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATATTTGCCT
131 CTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACACTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTAACT
* * * * * **
1148 TGAAAAATGTCAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATATTCACTCAAGTCTTC
196 TGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTCTATTTAGATACACTCAAACCTTC
* *
1213 AAAAGCTTTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATCT
261 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *
1251 TATAATAATAGAATGTTTA-CTCGAGATATGTGAAGAAAAAG-CTTTCATTGGCGAGAAAAGT-C
1 TATAATAATAGAATGTTTATCTCGAGATACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCGAGAAAAGTAC
* **
1313 TATTTATAGTCATCTATGCCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCATA
66 -ATTTACAGTCATCTACACCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCATA
* * * *
1378 ACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATACTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTAAC
130 ACTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACACTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTAAC
* * * *
1443 TTGAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAGTTCTATTTAGATACACTCAAACCTT
195 TTGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTCTATTTAGATACACTCAAACCTT
*
1508 TAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCT
260 CAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
1547 CATAAT
1 TATAAT
1553 TGTTTTTAAG
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 31, Indels: 6
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
295 1 0.00
296 228 0.85
297 22 0.08
298 18 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (298 bp):
TATAATAATAGAATGTTTATCTCGAGATACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCGAGAAAAGTAC
ATTTACAGTCATCTACACCATCGAACACCTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCATAA
CTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACACTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTAACT
TGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAATTCTATTTAGATACACTCAAACCTTC
AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:1734 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1296--7508 Score: 3757
Period size: 171 Copynumber: 36.5 Consensus size: 170
1286 AAAAAGCTTT
* * * * * ** *
1296 CATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCTATGCCATCGAACA-CCTTATTACTCACATTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTC-AAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * *
1359 ATGGTTCTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATACTTTTAGTTAAAATATA
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * *
1424 TTATAACTGATTGTCTAACTT-GAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATC
127 TAATAACTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * *
1469 CATTGG-TAGGAAAGTTCTATTTAGA-TACACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGT-TACTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTA
* *
1531 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
*
1596 AATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
128 AATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
1640 CACTGGTAAGAAAACTCTATTTATTGTTACTCAAGCCTTGAAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTG-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
1705 TGGTATTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATA
* * * *
1769 ATAACTGGATGTCTACCTAGGGAAACGTGAAACAAAAGGCATC
129 ATAACTGAATGTCTACTTA-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * *
1812 CATTGGCAAGAACATTCTATTTATATTTACTCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
1876 TGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAA-GGATAA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* ** * * * *
1939 TAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTGAGGAAAAAGCCTTT
130 TAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * * * *
1981 CATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATG-CTATTAACCA-CCTTATTACTCGCTTGAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCT-TGAA-AAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * *
2043 ATGATTTTATAATCTGATATTTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACAG
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAG
* * * * * * ** *
2106 ATAATAATTGAATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTTTT
126 ATAATAACTGAATGTCTACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
2152 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATA--CTATCG-AATGCCTTATTACTTGTTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCA-AGCCT-T-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * *
2214 AATAGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAATATAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * *
2278 TATAACTGAATGTCTACCGTAGGAAACGTGAATCAAAAGCAATC
128 AATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* ** * * ** * * * * * *
2322 CATTGACAAGAAAAGTCCT-TCAAAAGCTTTA-TTACTCGTTTTAAATG-GTT-TTA-GT-CTCA
1 CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAG--TTACTCAAGC-CTTGAAAAGCCTTATTACTTGCT-T
* * * * * * ** * *
2381 TAATTGATTTTA-AGT-T--GAATTG-TTTCACA-TCT---TTTTGTTA-AAATATA-TTAGAAT
61 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT-TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * *** * * * * *
2435 TG--AATATCT--A---C--CTCGCGAAACTTGAAACCAAAGTCTTC
124 AGATAATAACTGAATGTCTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
2473 CATT-GCAAAGAAAAGTTTATTTAT-GTTCACTTAAGCCTTCG-AAATCTTTATTACTTACTTTA
1 CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * *
2535 AATGATTGTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTCTTAGTTAAAACAAA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * *** * * *
2600 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGATATAAGAAGAAAAAGCCTTT
127 TAATAACTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * ** * * *
2645 CATTAGCAA-AAGAGGTCTATTTATAGTCATTTATGGAATCGAACA-CCTTATTACTTACTTTAA
1 CATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTTACTCA-AGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* *
2708 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTTTACACTTTTT-GTTAAAATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTTACA-TTTTTAGTTAAAATAG
* * * * *
2772 ATTATAACTGGATGTCTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
126 ATAATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * *
2818 TATTGGTAAGAAAATTCTATTTATA-TTCACTAAAACCTTTG-AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * *
2881 ATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTAGTTCAAATATATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATA
* * * * *
2946 ATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGCCATC
129 ATAACTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
*** * * * * * *
2989 CATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * *
3054 GGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTGGTT-AAATCATATAA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT-AGATAA
* * *
3116 TGATTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
130 TAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * **
3158 CATTGGCAAGAACATTCTATTTATATTTGCTCAAGCCTTTG-AAAGATTTATTACTCT-CTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAA
* * * *
3221 ATTGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * *
3285 AATAATTAAATGTCTACTTTGGGAAACATGACA-CAAAAGTCACC
128 AATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATC
** * * * * *
3329 CATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTAGC-CGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTA-CTTGCTTTAAA
* * * * *
3393 TGGTTTTATAATCTCATACTAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* *
3457 TAACTGAATGTCTACCTAAGGAAACGTGAAGCAAAAG-TATTC
130 TAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TC
* * * * * *
3499 CATTGGTAAGAAAAGTCTCATTGATATTTACTTAAGCCTTTGAAAA-CTTTATTACTAGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * *
3563 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGACTTTTTTTATATATTT-GATTAAAACAGAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGAT
* *** * * * * *
3627 TATTTTTGAATGTATACCTTCGGAAACATGAAG-AAAACACCATT
128 AATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAA-GCCATC
** * ** * *
3671 CATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCACTTATTCTTTTG-AAAGCCTTATTACTTACTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTACTCAAGC-CTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * *
3734 ATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTT-GTTAAAATATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGAT
* * * * *
3798 TATAATTGAATGTTTTCTTTTGGAAACGT-AGAGCAAAAGCCATC
128 AATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATC
* * * * * * * *
3842 CACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTAGAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * *
3906 TGATTATACAGTCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATAT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGAT
* * **
3969 TATAACTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGCAAAAAG-CATC
128 AATAACTGAATGTCTACTTAG-GAAACGTGAAGC-AAAAGCCATC
* * * * *
4013 TATTGTCAA-AAATATTCTATTTATA-TTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACATGTTTTA
1 CATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * *
4075 AATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT--A-------A-ATTTTT-GATTAAAACAGA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGA
* * * * ** *
4129 TAGTAATTGAATGTCTGCTTCAGGAGATATGAA-CAAAAGTCATC
127 TAATAACTGAATGTCTACTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** * * *
4173 CATTGGCAATATAAGTCCATTTATAGCCA-TCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA-GTGACTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACT-CAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTG-CTTTAA
* * * ** *
4236 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATGA-TTTTGGTTAATCTATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * *
4300 TATAATTCAATGTCTGTCTT-GAGAAAGGTGAAGCAAAAGCTATC
128 AATAACTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * *
4344 CATTAGTAAGAAAAGTCTATTTTATA-TTCACCCAAGCTTTCGAAAA-CCCTATTAGTCGCTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTA-TTTATAGTT-ACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* ********** * *
4407 AATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * * *
4472 AATAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACATGTAGTAAAAGTCACC
128 AATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
** * * * * * **
4516 CATTGATAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCAAGCC-TGCAAAACCCCTATTAGC-TGCAATAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTG-AAAAGCCTTATTA-CTTGCTTTAA
* * * * * *
4579 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACGA-TTTTGGTAAAAATATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * *
4643 TATAACTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATC
128 AATAACTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * *
4687 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT--TTATTCAAGGCTTCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * *
4750 TGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATAA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* * *
4815 TAATTGAATGTCTACTTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCACC
130 TAACTGAATGTCTACTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** *
4857 CATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACTCTAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * *
4921 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* * * * * * ** *
4986 TAATTGAATGTTTTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACTTTT
130 TAACTGAATG-TCTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * **** * ** *
5028 TAAT-GCTAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC-CTATTTTTTTAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAA
1 CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTC-AAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * * * *
5091 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATACTTTTGGCTAAAACATATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATA
* * * * * *
5156 ATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACGTCCAA-CAAAAGCCACC
129 ATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGT-GAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * * **
5199 CATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAATCCTTTTTGCTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * *
5263 TGGCTTTATAATCTCCTAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGCTAAAACAGTTTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* * * * * *
5327 TAATTGAATCAT-TGCCTTAGGAAACATGAA-CAAAAAGTCATT
130 TAACTGAAT-GTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATC
* * * * * * * *
5369 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCG-AAAGCCTTATTGCTCGCTGTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * * * * * * *
5433 TGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTCAATTTCTTCATATTTTTTGTTAAAATAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
** * * * * * * * *
5498 TATTTTAATGTTTGCCTT-GATAAATGTGATG-AAAAGACTATT
130 TAACTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAG-CCATC
* * * * *
5540 CATTGGCGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAATCCTTTG-AAAGCCCTCTTACTTGCTTTAA
1 CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * *
5603 ATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT-AAATGTTTTATATTTTT-GATAAAA-ACATA
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATA
* * * *
5665 TTATGATTGAATGTTTATTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
129 --ATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * ** * * * * * * **
5710 AACTATCAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCATTCAAGCTTTCGAAAA-CCTAATTACTCACTTTAA
1 CATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * * * *
5774 ATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGATAGAACAAATA
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATA
* * * * * * *
5839 ATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAG-AGAAAGCCATT
129 ATAACTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCA-AAAGCCATC
* * * * * * * * * * *
5882 CATTAGCAAGAAATGTCCATTTATACTCACCCATGCAATCG-AATGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGC-CTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
5946 TGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATATG-T
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAATA-GAT
* * * * *
6010 TATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAGGCCATT
128 AATAACTGAATGTCTA-CTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * *
6054 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACA-TTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTGTTACTGGCTTTGA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-A
* * * *
6117 AA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTTTT-GATTAAAACAAA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGA
* **
6180 TAATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-C
127 TAATAACTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * * *
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1 -CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATT-ACTTGCTTTA
* * * * * * *
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63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA----ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * * * * *
6350 ATATTAGAAATGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAACCAAAAGTCACC
124 AGATAATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
6398 CATT-ACAAAGAATAGTCTATTTATA-TTCACTCAAGCTTTCG-AAACCCTTATTACTTACTTTA
1 CATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * *
6460 AATGGTTGTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAAAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * * * * * * * *
6525 AATAATTGGATGTTTGCCTTAAGATACGTGAA-AAAAAGCCTTT
128 AATAACTGAATGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
** * * * * * * * ** *
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1 CATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTTACTC-AAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * * * *
6630 AATGATTTTAAAATCTTATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGA
* * * * *
6694 TTATAACTAAATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATC
127 TAATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** * *
6739 CATTAGCAAAAAAATTCTATTTATA-TTCACAAAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* * * *
6803 TGG-TTTATAATCTTATAGA-TGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTTAAAACAGAT
65 TGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGAT
* ** *
6865 AATAATTGAATGTCTACTTTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATC
128 AATAACTGAATGTCTAC-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * ** *
6909 CACTGGCAA-AACAAATCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAAGTGTTATTATTTGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* *
6973 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGAT
* * * * *
7037 TATAACTGAATGTCGACCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGGCATC
128 AATAACTGAATGTCTACTTA-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * *
7081 CATTGGCAAGAAAATTCTATTTATATTTACTCAAACCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
*
7145 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGGA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GA
* ** * * * *
7208 TAATCACTGAATACCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTT
127 TAATAACTGAATGTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * ** *
7253 CATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATGCCATTGACCA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
** * *
7316 TGGTTTTATAATCTGGTATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
* * * * * * * *
7381 TAATTGAATGTTTTCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTT
130 TAACTGAATGTCTACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
** * * *
7423 CATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC-CTATGCCATCGAACA-CCTTATTACTTGCTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTC-AAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
7486 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 4717, Mismatches: 1045, Indels: 558
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
148 2 0.00
149 5 0.00
150 9 0.00
151 35 0.01
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175 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
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GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAAT
AACTGAATGTCTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
Found at i:2475 original size:151 final size:149
Alignment explanation
Indices: 2199--2488 Score: 329
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
2189 ATCGAATGCC
* * * *
2199 TTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT-A-CTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTGTTTCACATTT
* * *
2264 TGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCGTAGGAAACGTGAATCAAAAGCAATCCATTG-A
64 TGATTAAAATATATTAGAACTGAATATCTACCGTAGGAAACGTGAAACAAAAGCAATCCATTGCA
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129 -AAGAAAAGTCCTTCAAAAGCT
* * *
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1 TTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA-TACTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTGTTTCACA---T
* * * * *
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62 TTTGATTAAAATATATTAGAACTGAATATCTACCGTAG-GAAACGTGAAACAAAAG-CAATCCAT
2476 TGCAAAGAAAAGT
125 TGCAAAGAAAAGT
2489 TTATTTATGT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 15, Indels: 14
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
149 28 0.24
150 2 0.02
151 79 0.68
152 8 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (149 bp):
TTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATACTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTGTTTCACATTTTG
ATTAAAATATATTAGAACTGAATATCTACCGTAGGAAACGTGAAACAAAAGCAATCCATTGCAAA
GAAAAGTCCTTCAAAAGCT
Done.