Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3510.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2465
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.34
Warning! 362 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1405 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1103--2464 Score: 858
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
1093 NNNNNNNNNN
* * *
1103 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCATAATTATTTTTAAGTTG
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * * *
1168 AACTTTCTTATATTCATTATTAAAACAGATTATAGTT-ACATGGTTACCTCGAGAAACATAAAGA
66 AACTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGATTTCCTCGAGAAACGTAAAGA
**********
1232 AAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCG
129 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* * * * * ** *
1274 ATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTAATAACCTCATAATTGGTTTTAATTTG
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * *
1339 AACTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTTCCTCAAGAAATGTGAAGAA
66 AACTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTTCCTCGAGAAACGTAAAGAA
********** *
1404 AAAGATATCCATTGGCANNNNNNNNNNATTTATAGTTATCC-
130 AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCG
* *
1445 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCGTTTT-TAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
********** * *
1509 GANNNNNNNNNNATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-CTCTGCCTTC-AGAAACGTAAA
65 GAACTTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGAT-TTCC-TCGAGAAACGTAAA
********** * * *
1572 GAAAAAGATATCCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCAACA
127 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* * * *
1616 ATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTATCT-TAATCTCATAATTACTTTTAAGT
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-T-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
*
1679 TGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-ATTTATAATT-ACATG-TTTACCTCGAGAAACGTG
64 TGAACTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGA-ATGATTT-CCTCGAGAAACGTA
**********
1741 AAGAAAAAGATATCCANNNNNNNNNNAAGTCTATTTATAGTCACCG
125 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* * *
1787 ATGCCTTCAAAAGCCTT-TCTACTCGATTTAAAT-AGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAA-
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC-TCATAATTAATTTTAAG
* * * * *
1848 TTCGAA-TTGTTTTATATTTTTTAGTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTG
63 TT-GAACTT-TTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTTCCTCGAGAAACGTA
* ********** *
1912 AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCC
125 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* * * * **
1958 ATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGCAG
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
*
2023 AACTTTTTTATATTTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-ATTTGCCTTGAGAAACGTAAAGA
66 AACTTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTT-CCTCGAGAAACGTAAAGA
* * *
2087 AAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
129 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* * * * * * ***
2129 ATGCTTTCGAAAGCATTAGTACTCGTTTTAAAT-AGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAANNN
1 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA-TAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
******* ** *
2193 NNNNNNNTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATT-ACATG-TTTATTTCGAGAAACGTGAA
65 GAACTTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGATTT-CCTCGAGAAACGTAAA
**********
2256 GAAAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCG
127 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
* ********** *
2300 ATGCCTTCAAAATG-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTAGTTTTAA-TT
1 ATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * * * * *
2363 TAAATTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTTCTCAAGAAACATGAAG
65 GAACTTT-TTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTTCCTCGAGAAACGTAAAG
*
2428 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
128 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
2465 C
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 220, Indels: 80
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 29 0.03
171 870 0.93
172 32 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
AACTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGATTTCCTCGAGAAACGTAAAGAAA
AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCG
Found at i:2080 original size:513 final size:498
Alignment explanation
Indices: 1108--2450 Score: 1235
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 498
1098 NNNNNATGCC
* *
1108 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTTTAATCTCATAATTATTTTTAAGTTGAACT
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACT
* * * * * *
1172 TTCTTATATTCATTATTAAAACAGATTATAGTTACATGGTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAG
65 TTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
** *
1237 ATATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTT
130 ATATCCATT--------AAGTCTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGATT
* * *
1302 TAAATGATTTAATAACCTCATAATTGGTTTTAATTTGAACTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAG
187 TAAATGATTTAATAACCTCATAATTGATTTTAATTCGAACTTTTTTATACTTTTTAGTAAAACAG
* ***
1367 ATTATAATTGAATGATTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCANNNNNNNNNNA
252 ATTATAATTGAATGATTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-------AGAA
* *
1432 TTTATAGTTATCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCGTTTTTAATCTCATAAT
310 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCGTTTTTAATCTCATAAT
** ********** *
1497 TAATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTGCCTTCA
375 TAATTTTAAGCAGAACTTTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTCA
**********
1562 GAAACGTAAAGAAAAAGATATCCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCAACAATACA
440 GAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATACA
* *
1621 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTATCTTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTT
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTT
*
1686 TTTTATATTTTTTATTAAAACA-ATTTATAATTACATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
66 TTTTATATTTATTATTAAAACAGA-TTATAATTACATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
** *
1750 ATATCCANNNNNNNNNNAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTT-TCTACTCGAT
130 ATATCCA--------TTAAGTCTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTGT-TACTCGAT
* * *
1814 TTAAAT-AGTTTTATAACGTCATAATTGATTTTAATTCGAA-TTGTTTTATATTTTTTAGTAAAA
186 TTAAATGA-TTTAATAACCTCATAATTGATTTTAATTCGAACTT-TTTTATACTTTTTAGTAAAA
* * ** *
1877 CATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGANNNNN
249 CAGATTATAATTGAATGATTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-----
*** * * **
1942 NNNNNTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTTTAATCTCAT
309 --ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCGTTTTTAATCTCAT
* * *
2007 AATTAGTTTTAAGCAGAACTTTTTTATATTTCTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCT
372 AATTAATTTTAAGCAGAACTTTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
* * * * *
2072 TGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCT
437 TCAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATACA
* * * *********
2134 TTCGAAAGCATTAGTACTCGTTTTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAANNNNNNNNN
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTT
* **
2199 NTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTATTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
66 TTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
** * * *
2264 TATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAATG-CTTATTACTCGCTT
131 TATCCATT--------AAGTCTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAA-GCCTTGTTACTCGATT
********** * * * *
2328 TAAATGATTNNNNNNNNNNATAATT-AGTTTTAATT-TAAATTTATTTATATTTTTTATTAAAAC
187 TAAATGATTTAATAACCTCATAATTGA-TTTTAATTCGAACTTT-TTTATACTTTTTAGTAAAAC
* * *
2391 AGATTATAATTGAATGTTTTTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
250 AGATTATAATTGAATGATTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
2451 AAGTCCATTT
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 113, Indels: 77
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
512 11 0.02
513 667 0.98
514 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (498 bp):
TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTT
TTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
TATCCATTAAGTCTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAATGATT
TAATAACCTCATAATTGATTTTAATTCGAACTTTTTTATACTTTTTAGTAAAACAGATTATAATT
GAATGATTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAATTTATAGTCACCCATG
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCGTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGCAGAAC
TTTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTCAGAAACGTAAAGAAAAA
GATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATACA
Done.