Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400307.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3512.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4432
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.06, T:0.20
Warning! 2172 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3148 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2971--3630 Score: 703
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
2961 TCTTCATAGC
** *
2971 CTTATTACTCGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATATTTTTAACAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAACAT
* * * * * * * * * *
3035 TTTTGGTTAAAACAAACTCTTATTAAATGCCTGCATCAAGAAATGTGCAA-AAAAAACCATTCAT
65 TTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAACAAGCATTCAT
* * * *
3099 TGA-GAGAAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTTAAAAGG
129 TGACAAG-AAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTTAAAAAG
* * * *
3142 CTTATTAGTCACTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATT
* * * * *
3207 TTTAATTAAAACATAGTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTG
66 TTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTG
* *
3272 ACAAGAAAAGTCAATTTAGAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAAG
131 ACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCT-ATTCCTTTAAAAAG
** * *
3313 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACAT
* * * * *
3377 TTCTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAACAAGTATTCATT
65 TTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATT
* *
3442 GACAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACCCATT-CTTTCAAAAAG
130 GACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTT-AAAAAG
* * * *
3484 CTTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAG-TGAAATTGTTTT-ACA
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTAACA
* * * *
3547 TTTTTTG-TTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACCCCTAGAAACGTGTAG-AA-AAGCTATTC
64 -TTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGC-ATTC
** *
3609 ATTGGGAAGAAAAGTTCATTTA
127 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
3631 TAGTTACTAA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 62, Indels: 25
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 36 0.09
171 358 0.86
172 18 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATT
TTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTTAAAAAG
Done.