Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400331.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3534.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 727 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:909 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 467--2628 Score: 781
Period size: 170 Copynumber: 12.7 Consensus size: 167
457 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
467 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
1 TTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
** * * * * **
532 GATATTCA-TTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTAC-ATG
64 GGCATTCACTT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-G
* * * * *
595 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATGTTGAA
127 -CTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * ********** ** *
637 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATAAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
* * * *
702 AGGCATTCA-TTGACAAAAAAAGAT-CATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTA
63 AGGCATTCACTT-ATAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
*
765 GCTTGAAATGGTTTTATAGTCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
126 GCTT-AAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* *
808 TTTCTTTATATTTTTTCTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAA
1 TTT-TTTATATTTTTT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
873 GGCCTTCACTTATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTTAGAAGGCTTATTACTCGCC
64 GGCATTCACTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG-C
* *********** * *
938 TTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAA
128 TTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * *
978 GTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTG-GAAATGTGAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAATGTGAAGAAAA
** * * * *
1042 AATCATTCA-TTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCA
63 AGGCATTCACTTA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-A
* * *** *
1106 -CTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAAAAAAATTTATGTTCAA
126 GC-TTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * * *
1148 TTCTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTTAAGAAATATCAAGAAA
1 -T-TTTTTATA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAA
*** * * *******
1213 AAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNNN
62 AAGGCATTCACTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTA
** ** * * * *
1278 NNTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAA
126 GCTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * ** * *
1320 TTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
* * ** *** * *
1385 --AAATCA-TTGGCAAGAAAAGTGTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGC
64 GGCATTCACTT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC
* * * * * * *
1447 TTTAGATTGTTTTACAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
128 -TTAAATGGTTTTATAATCC-CAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * ** * ******
1488 TATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGANNNNNN
1 T-TTTTTATA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
**** ** * * * * * *
1553 NNNNATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATTCCTTCAAAGGCCTTACTACTCG
63 AGGCATTCACTT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
* * * * * * * *
1617 TTTTATATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAA
127 -CTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * ** * * *
1659 TTTTTTTATATTTCTAATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTT-T-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
** * * * * *
1724 AGATATTCA-TTGGTAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCGTTCGAAAGTCTTATTAC-A
63 AGGCATTCACTT-ATAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * * * *
1786 CGTTTTAAATGGTTTTAGAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
126 -G-CTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * ********** ** **
1830 TTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACATACTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
** * * * * * *
1895 AGATATTCA-TTGACAAAAAAAGACCATTTATTGTCACCCATTTCTT-AAAGAGCCTTATTACTC
63 AGGCATTCACTT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTA
********* * *
1958 GCTTTAAATGNNNNNNNNNNT-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
126 GC-TTAAATG-GTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * *
2001 TTTCTTTATATTTTTCCTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTT-TTTATATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * ******
2066 GGTATTCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGGCTTATTNNNNNNN
64 GGCATTCACTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTAGC
*** * * * * *
2131 NNNAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
128 TTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * * *
2171 GTTTTTTACATTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAA
** ** * * *
2235 AATCATTCA-TGGGT-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
63 AGGCATTCACT-TATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* *********** * *
2298 CCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAA
126 GC-TTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
* * * * * * *
2341 GTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTCTAG-GAAACGTTAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTTGAGAAATGTGAAGAAAA
** * * ********** * *
2405 AATCATTCA-TTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTTCTCG
63 AGGCATTCACTT-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
* *
2469 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATG-TCGAA
127 C-TTAAATGGTTTTATAATC-CCAAAATTGATTTTATGTTC-AA
* * * * * *
2512 TTATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATCATTCAACGTTTACCTTGAGAAATATAAAGAAA
1 -T-TTTTTATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAA
*** * * *
2577 AAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
62 AAGGCATTCACTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
2629 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1487, Mismatches: 439, Indels: 128
0.72 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 76 0.05
169 61 0.04
170 618 0.42
171 526 0.35
172 137 0.09
173 67 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
TTTTTTATATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG
CATTCACTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTA
AATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAA
Found at i:1510 original size:511 final size:512
Alignment explanation
Indices: 467--1862 Score: 1122
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 512
457 NNNNNNNNNN
*
467 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
* * ** *
532 GATATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACATGAT
66 AATATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATCAT
* *** *
597 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAAAAATTATATGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
* ********** *
662 GACTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGATC
196 GACTATAATTCAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAAAAAAGATC
*
727 ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAGTCCCAAAA
261 ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCCCAAAA
* ** * * **
792 TTGATTTTATGTTCAATTTCTTTATATTTTTTCTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGA
326 TTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTTTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAA
* * **** * *
857 GAAATGTGAAGCAAAAGGCCTTCACTTATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTTAGA
391 CAAACGTGAAGCAAAAGAAAATCACTTACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTTAGA
* ********** *
922 AGGCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAAG
456 AGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG
* * * *** *
979 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAATGTGAAGAAAA-
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
* * *
1042 AATCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTC-TCA
66 AAT-ATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATCA
*
1106 CTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAAAAAAATT-TATGTTCAATTCTTTTTATAGTTTTT-GTTA
130 -TTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAAAAAATTATATGTTCAATT-TTTTTATA-TTTTTGGTTA
* * * * * * *
1169 AAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTTAAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAA
191 AAACAGACTATAATTCAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAAAAA
* *********
1234 AGTTCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTT-AAATGGTTTTATAAT
256 AGATCATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTT-GTTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAAT
** * * *
1297 TTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTC-AAAACAGACTATAATTGAATGT
319 CCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTT--TCTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ***
1360 CTAACTCAACAAACGTGAAG-AAAA-AAAATCA-TTGGCAAGAAAAGTGTTTTTATAGTCACCCA
382 CTAACTCAACAAACGTGAAGCAAAAGAAAATCACTT-ACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCA
* * *
1422 TTCCTTCTA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
446 TTCCTT-TAGAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
1486 -AT
510 AAG
* * * *****
1488 TATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGANNNNN
1 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAA
***** * * * * * * * * *
1552 NNNNNATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATTCCTTCAAAGGCCTTACTAC-TC
64 ACAATATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATC
* * * * *** * * * * **
1616 GTTTTATATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTCTAATTAAA
129 -ATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAAAAATTATATGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** * ** *
1681 ATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAAGAAAG
193 ACAGACTATAATTCAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAAAAAAG
* * * * * * *
1746 -TCCATTTATAGTCACCTA-TTCGTTCGAAAGTCTTATTAC-ACGTTTTAAATGGTTTTAGAATC
258 AT-CATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTGTTACTA-GCTTGAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
1808 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGT-TAAAACATACTATAA
320 CCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTT--TCTAAAACAGACTATAA
1863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 162, Indels: 47
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 11 0.02
510 215 0.31
511 293 0.42
512 171 0.24
513 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
AATATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACATCAT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAAAAATTATATGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
GACTATAATTCAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAAAAAAGATC
ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCCCAAAA
TTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTTTCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAA
CAAACGTGAAGCAAAAGAAAATCACTTACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTTAGA
AGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAG
Found at i:1642 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 467--4043 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 21.0 Consensus size: 168
457 NNNNNNNNNN
* * * *
467 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA-
* * * * * * * ** * *
532 GATATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACAT-GA
65 -AAAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTAC-TCGC
* * *
596 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATGTTGAAT
128 TTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * ********** * *
638 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATAAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * ** *
703 GGCATTCATTGACAAAAAAAGATC-ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGC
66 --AAATCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGC
* * * * * * *
767 TTGAAATGGTTTTATAGTCCCAAAATTGATTTTATGTTCAAT
128 TTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * ** * ** * *
809 TTCTTTATATTTTT--TCTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGT-TAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAG-AAA
**** ** ** * *
872 AGGCCTTCACTT-ATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CTATTCCTT-TAGAAGGCTTATTACT
64 A-AAAATCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCTA-AAGCCTTACTACT
* * * ********** * *
934 CGCCTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAAG
125 CGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * **** *
979 TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * * *
1043 ATCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACT
66 A--AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGCT
* * * *** * * *
1108 TTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAAAAAAATTTATGTTCAAT
129 TTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * * * * * * ** *
1149 TCTTTTTATAGTTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTTAAGAAATATCAAGAAA
1 T-TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *******
1213 AAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNN
64 AA--AAATCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTC
*** * * * *
1277 NNNTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAA
126 GCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* * * * *
1320 TTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
1385 AAATCATTGGCAAGAAAAGTGTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTT
66 AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGCTTT
* * *
1450 AGATTGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
131 AGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* * ***
1488 TATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGANNNNN
1 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGA--AGA
***** * *
1552 NNNNNATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATTCCTTC-AAAGGCCTTACTACTC
62 AAAAAAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAA-GCCTTACTACTC
* * * * * *
1616 GTTTTATATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAAT
126 GCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * *
1660 TTTTTTATATTTCTAATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * *
1725 GATATTCATTGGTAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCGTTCGAAAGTCTTATTACACG
66 -A-AATCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCG
* * * *
1788 TTTTAAATGGTTTTAGAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * ********** * *
1831 TTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACATACTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * * * *
1896 GATATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTATTGTCACCCATTTCTT-AAAGAGCCTTATTACTCGC
66 -A-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAA-AGCCTTACTACTCGC
* ********* * *
1960 TTTAAATGNNNNNNNNNNT-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
128 TTTAGATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* ** * * * * * *
2002 TTCTTTATATTTTT-CCTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAG-AAAA
** * * ** * * * * * *****
2066 GGTATTCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCATCAAAAGGCTTATTNNNNNN
65 -AAAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCTAAAGCCTTACT-ACTCG
**** * * *
2130 NNNNA-ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAG
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * **
2172 TTTTTTACA-TTTTCGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * * * *
2236 ATCATTCA-TGGGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCC
66 A--AATCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCA-CACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCG
* ********** * *
2299 CTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAAG
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * ** *
2342 TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCTCTAGGAAACGTTAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAAACGTGAAGAAAA
* * * * * ********** * *
2405 AATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTTCTCGC
65 AA--AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGC
* * * * *
2470 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
128 TTTAGATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * * * ** * ** *
2513 TATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATCATTCAACGTTTACCTTGAGAAATATAAAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * * **********
2578 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAANNNNNNNNNNTCGC
65 A--AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGC
* * * *
2643 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATCT-ATTTTAAGTTAAA
128 TTTAGATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAT
* * * * * * *
2684 TTTTTTACATTTTTGGTCAAAACTA-ACTATAATTGAATGTCTAACT-GAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA
* ** *********** *
2747 GAGAAATCGTTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACTTATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCA
65 -A-AAATCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCG
* * * *
2811 CTTTAAATAGTTTTACAATTTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAT
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAT
* ********** ** * *
2853 TATTTTTATATTTTTTGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAA
* * ********** *
2918 AGACATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTC-AAAGGCCTTATTACTCG
65 A-AAAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAA-GCCTTACTACTCG
** * *
2982 CTTTTTATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAGGTTGAAT
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * ** * * * *
3025 TTCTTTACATTTTTTGTCAAAACGGACTGTAATTAAATGTCTACCT-TAAGAACGTGAA-AAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * ********* * ** * * * *
3088 AGGTATTTATT-GCTAA-AAANNNNNNNNNNATAGTCACTCATTATTTCAAAAGTCTTATTATTC
66 A---AATCATTGGC-AAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTC
* * * *
3151 TCTTTAAATAGTTTT-TAAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAT
126 GCTTTAGATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* * * * * * *
3194 TATTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGAC-AGTAGTTAAATGTCT-CACTTAAGAGACATGAA-A
1 T-TTTTTATATTTTTAG-TTAAAAAAGACTA-TAATTGAATGTCTAC-CTCAAAAAACGTGAAGA
* * * * * * * * *
3255 AAAATACATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGTCTTATTACT
62 AAAA-A-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACT
* * ************************
3320 TGCTTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAAT
125 CGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * * *
3365 TTTTTTATATTTTTCA-CTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGGAAA
1 TTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAA-GAAA
* * * * * ********* *
3429 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTTTAGTCTC-CNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCG
64 AA-AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCG
* * * * *
3493 CTTTAAATGATTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGTT
127 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* * * * ** * *
3535 TATTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAA
1 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAA
* * * * * *
3599 AAGGCATTCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCAC-CTATT--TTTTGACAAGCCTTATTAC
64 AA--AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCT-A-AAGCCTTACTAC
* ********** *
3661 TCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAGGTTGAAT
124 TCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
* * * * * **** *
3707 GTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * ********** *
3772 GGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCT
66 --AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGC-
*
3837 TTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
128 TTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * * * * *
3878 ATTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTAAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * * * * * *
3943 GATATTCATTGGTAAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACACGAT
66 -A-AATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGCT
*
4008 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
129 TTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
4044 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2512, Mismatches: 772, Indels: 244
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 83 0.03
169 197 0.08
170 849 0.34
171 1116 0.44
172 167 0.07
173 98 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA
AAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCTAAAGCCTTACTACTCGCTTT
AGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
Found at i:2767 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 467--4043 Score: 1723
Period size: 682 Copynumber: 5.2 Consensus size: 678
457 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
467 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAC
1 TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAA
** * * * * * * * ** *
532 GATATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACAT-GA
65 GGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * * *
596 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATATGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC
129 TTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATT-ATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTCAAAAC
********* * * * * * *
661 AGACTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACATAAAGAAAA-AGGCATTCATTGACAAAAAAAGA
191 AGACTATAATTGAATGTCT-AACTAAGAAACGTGAAGAAAAGA-GAAATCATTGGCAAGAAAAG-
* * * * * * * * * *
725 T-CATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAGTCC-C
253 TGCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTACA-ACCTC
* * * * * * * * *
788 AAAATTGATTTTATGTTCAAT-TTCTTTATATTTTT--TCTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTT
317 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTATT-TTTACATTTTTCGT-TAAAAAAGATAATAATTGAATGTCT
** * * ** * *** *
850 ACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGGCCTTCACT-TATAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CTAT
380 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCA-TGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-AT
* * * * * **********
913 TCCTTTAGAAGGCTTATTACTCGCC-TTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGA
443 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTC-CCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
** * * *
977 AGTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAATGTGAAGAAAA
507 AGTTTTTTACATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACGTAAAGAAAA
* * * *
1042 AATCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCAC
571 AATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGC
* * *
1107 TTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAAA-AAAATTTATGTTC-AAT
636 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATG-TCGAAT
* * *
1149 TCTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTTAAGAAATATCAAGAAAA
1 T-TTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATATAAAGAAAA
********
1214 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTNNNNNNNN
64 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** *
1278 NNTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTCAAAAC
128 CTTTAAATGGTTTTATAA-TTCATAA-TTATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTCAAAAC
*
1343 AGACTATAATTGAATGTCTAACTCAACAAACGTGAAGAAAA-A-AAATCATTGGCAAGAAAAGTG
191 AGACTATAATTGAATGTCTAACT-AAGAAACGTGAAGAAAAGAGAAATCATTGGCAAGAAAAGTG
** * * * *
1406 TTTTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTACAACCTCATA
255 CATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTACAACCTCATA
* * *
1471 ATTGATTTTAAGTTGATTATTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTC
320 ATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTC
********** * * *
1536 AAGAAACGTGANNNNNNNNNNATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACATTCCTTCA
385 AAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCA
* ** * * * *
1601 AAGGCCTTACTACTCGTTTTATATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTAAATTTTTTT
450 AAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTT
* * **
1666 ATATTTCTAATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGAT-AT
515 ACATTT-TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACGTAAAGAAAAA-ATCAT
* * * * * * * *
1730 TCATTGGTAAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCGTTCGAAAGTCTTATTACACGTTTTAAA
577 TCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAA
* * * * * *
1795 TGGTTTTAGAATC-CCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
642 TGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
* * * * ********** * * *
1831 TTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACATACTATAANNNNNNNNNNACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAA
** * * * * * *
1896 GATATTCATTGACAAAAAAAGACCATTTATTGTCACCCATT-TCTT-AAAGAGCCTTATTACTCG
65 GGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAA-AGCCTTATTACTCG
********* * * **
1959 CTTTAAATGNNNNNNNNNNTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTATATTTTTCCT-AAAA
128 CTTTAAATG-GTTTTATAATTCATAATT-ATTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTGGTCAAAA
* * * * * * * **
2023 CAGATTATAATTGGATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAG-GTATTCACTGATAAGAAAAG
190 CAGACTATAATTGAATGTCTAAC-TAAGAAACGTGAAG-AAAAGAGAAATCATTGGCAAGAAAAG
* * ********* * *
2087 TCCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGGCTTATTNNNNNNNNNNA-ATAGTTTTATAATCTC
253 TGCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAGATAGTTTTACAACCTC
* *
2151 ATAATTGATTTTAGGTTGAAGT-TTTTTACA-TTTTCGTTAAAATAGACT-ATAATTGAATGTCT
317 ATAATTGATTTTAAGTTG-AGTATTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTCT
* * *
2213 ACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATGGG-TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CAT
380 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATGGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CACAT
* * **********
2276 TCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCCCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAGGTTGAA
443 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * *
2341 GTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTCTAGGAAACGTTAAGAAAAA
508 GTTTTTTACATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTAGGAAACGTAAAGAAAAA
**********
2406 ATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTNNNNNNNNNNCCTTATTTCTCGCT
572 ATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCT
2471 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
637 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
* *
2513 TATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATCATTCAACGTTTACCTTGAGAAATATAAAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATATAAAGAAAA
* **********
2578 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAANNNNNNNNNNTCGC
64 AGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
2643 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATCTATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAACT
129 TTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAAT-TATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTCAAAAC-
* *
2708 A-ACTATAATTGAATGTCTAACTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGAAATCGTTGGCAAGAAAAGTGC
191 AGACTATAATTGAATGTCTAACTAAGAAACGTGAAGAAAAGAGAAATCATTGGCAAGAAAAGTGC
* * ********** * * **
2772 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATTTCATAA
256 ATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTACAACCTCATAA
* * * ********** *
2837 TT-ATTTTTAAGTTGATTATTTTTATATTTTTTGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTT
321 TTGA-TTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * **********
2901 GAGAAATGTGAAGAAAAAGA-CATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTC
385 AAGAAACGTGAAGAAAAA-ATCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTC
* * * ** * *
2965 AAAGGCCTTATTACTCGCTTTTTATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAGGTTGAA-TTTCT
449 AAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTT-T
* * * * * *
3029 TTACATTTT-TTGTCAAAACGGACTGTAATTAAATGTCTACCTTAAG-AACGTGAAA-AAAAAGG
513 TTACATTTTAAT-T-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACGT-AAAGAAAAA-A
* * ********** * ** * *
3091 T-ATTTATTGCTAAAAANNNNNNNNNNATAGTCACTCATTATTTCAAAAGTCTTATTAT-TCTCT
573 TCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-TCTCGCT
* * * ** *
3154 TTAAATAGTTTT-TAAATCTC-ATAATTGATTTTAACTTG-AT
637 TTAAATGGTTTTAT-AATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
* * * * * * *
3194 TATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA-CAGT-AGTTAAATGTCT-CACTTAAGAGACATGAA-A
1 T-TTTTTATATTTTTG-TTAAAACAGATTA-TCA-TTCAACGTTTAC-CTTAAGAAATATAAAGA
** * * * * ** *
3255 AAAATACATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGTCTTATTACT
61 AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********************** * **
3320 TGCTTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-CACTA
126 CGCTTTAAA--TGGTTTTATAATTCATAATTATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTGGTC-A
* * * * *
3384 AAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGGAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAA
187 AAACAGACTATAATTGAATGTCTAACT-AAGAAACGTGAA-GAAAAGAGAAATCATTGGCAAGAA
** * * ********** * **
3448 AAGTTTATTTTTAGTCTCCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTACAGT
250 AAGTGCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAG-TTTTACAAC
** * * *
3512 CTCATAATTGATTTTAAGTTGTTTATTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATTTC
314 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTC
** * ** * * * *
3577 TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCAC-CTAT
379 TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-AT
** * * * * * **********
3641 TTTTTGACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAGGTTGAA
443 TCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * *
3706 -TGTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTAAAGAAA
508 GT-TTTTTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACGTAAAGAAA
* * * ** ********** *
3770 AAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTC
570 AA-ATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTC
* * * * **
3834 GCTTTTAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAAT
634 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
* * * * * * * *
3878 ATTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAA-ACGTAAAGAAA
1 TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATA--TAAAGAAA
** * * * * * * * * *
3941 AAGATATTCATTGGTAAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACACG
63 AAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
4006 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 CTTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATT-ATTTTAAGT
4044 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2124, Mismatches: 676, Indels: 188
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 174 0.08
681 469 0.22
682 703 0.33
683 649 0.31
684 126 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (678 bp):
TTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATCATTCAACGTTTACCTTAAGAAATATAAAGAAAAAG
GCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATTCATAATTATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTAACTAAGAAACGTGAAGAAAAGAGAAATCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTA
TAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTACAACCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CGTGAAGAAAAAATCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCC
TTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACATTT
TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACGTAAAGAAAAAATCATTCATTGGTA
AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCAAAAATTAATTTTATGTCGAAT
Done.