Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400332.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3535.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3301
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Warning! 680 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:364 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 5--524 Score: 542
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 167
1 CACC
* *
5 CATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-ATATTGATTTGAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATT-ATTTTAAGT
* * * * ** ** * *
69 CTAATTTTTTTTAATTTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACGACGAGAAACTTATA
64 -TAAATTTTTTTCATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGA-AAACGTGTA
* *
134 GAAAAACCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
126 GAAAAACACATTTA-TTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
*
177 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATATTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAT-TTTAAGT
** * * * *
241 TAAATTTTTTTCATTTTTTATCCAAACAGACTGTAGTTGAATACCTACCTCAATAAACGTGTAGA
64 TAAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGA-AAACGTGTAGA
** * *
306 AAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGATCCATTTATAGTCTCA
128 AAAACACATTTATTGA-AAGAAAAG-TCCATTTATAGTCTCA
* * * *
348 CATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAAATGATTTTGAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTATTTTAAGTT
* * * * *
413 GAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTCTAATTAAATGCCTGA-CTCTGAAAACGTGTAG
65 AAATTTTTT-TCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT-ACCTC-GAAAACGTGTAG
* * *
477 AAAAACACATTTATTCAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
127 AAAAACACATTTATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
519 CATTCC
1 CATTCC
525 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 48, Indels: 21
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 46 0.16
171 116 0.40
172 121 0.42
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTA
AATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCGAAAACGTGTAGAAAA
ACACATTTATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
Found at i:1647 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1363--2922 Score: 1483
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
1353 NNNNNNNNNN
* * * *
1363 AAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ** *
1428 TTATAATTCAATGTTTACCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGTGTTCATTGACAAGAAAAGTCCA
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
1492 TTTGTAGTAACCCATTCCATCAAAA-CCTTATTACTCACTTT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
1533 AAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* *
1598 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
** ** *
1663 TTATAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCCCATTACTCGCTTT
131 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
1704 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATGTTTTTACACTTTTGGTTAAAACACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ** * * **
1769 CTATAATTAAACGTCTACCTC-AAAAATGTGAAGAAAAAAGCT-TTCATTGACAAGAAAATTTTA
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
1832 TTTATAATCTCACATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ** * * * * *
1874 AAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTGGTTTAAATTCTTTTATATTATTAGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * ** * * *
1939 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAGAGACATTTATTGGCAACAAAAGTCCA
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
2004 -TTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTCTTGCTCACTTT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
2045 AAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAG
* * * * *** * *
2109 ACTATAATTGAATGGT-TGCCTCAAGAAAGATGCAGAAAAATCCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCC
65 ACTATAATTGAAT-GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
*** *
2173 ATTTATAGTCTTTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
* * * * * *
2216 AAA-GGTTTTATAATCTCATACTTGACTTTAAGTTCAA-TGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
2279 CAATAATTGAAT-TCCTACCTCTAGAAACATG-TGAGAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAAGTGC
66 CTATAATTGAATGT-CTACCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
2342 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCAATTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
2385 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAA-TTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* ** * * * * * *
2448 ACTATAATTGAACGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAATAAAAG-CTA
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTC-C
* * *
2512 ATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGACTTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
2555 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-AGTTTTT-GCTTAAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA-TTTTTAG-TTAAAA
* * ** * * * * *
2618 CTGATTATAATTGAATGTCTAAGTTGAGAAACATGTAG-AAAACGTATTTATTTG-GAAGAAAAG
62 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA-TTGACAAGAAAAG
* * *
2681 TCCATTTATAATCCCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACCCTT
126 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
* * * * * *
2727 AAAGGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGATTTTTTTTATATATTTT-TTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAG
* * * * ** * ** * *
2791 ACAATAATTGAGTG-CTTACCTAGGGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCGTTGATAAGAAAAGTCC
65 ACTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
2855 ATTTGTAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGT-AGCCTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
*
2898 AAATGGTGTTATAATCTCATAATTG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
2923 TATANNNNNN
Statistics
Matches: 1133, Mismatches: 223, Indels: 67
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 105 0.09
170 536 0.47
171 329 0.29
172 109 0.10
173 50 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Done.