Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397561.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5138.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 180 characters in sequence are not A, C, G, or T
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66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAAACATTCAAT
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130 TATAATCTGTTTTAAACAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
*
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1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGAC
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130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
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513 AATCAATTATGAGATTATGAAACAATTTGGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATNNNNNNNN
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
** * * * ** *
578 NNAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGG-AAGACATTTAAT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAA-ACATTCAAT
* * * * * **
642 TAGT-ATCTCTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAA
130 TA-TAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCT-AA
* * * * * * * ** * *
685 AATAAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGGCT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
* * * * *
750 ATAAATGGACTCT-TCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAG-ACAGACATTCA
66 ATAAATAGACT-TGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTA-A-ACATTCA
* * * * * ** * *
812 ATTATTA-CTTATTTTAACTAACAATGCAAAAAAATTTAACTTAAA
128 ATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCT-AA
* * * * * * * *
857 AATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAG-TAGGTAATAAGGCTTTTGAAGTG-TTGGGTGA
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGA-GTAATAAAGCTTTTGAAG-GCATCGGTGA
* * * * * * * ** *
920 CTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATAAATGGC-TTTTCTTCAT-ATTTCTTGAGGTAAGTATTTA
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAGGTAAACATTCA
* * * * **
983 ATTATAATTTGTATTAACCAAGAATA-TAAAAAAATTCAAATTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
********** * * * * * * * *
1027 ANNNNNNNNNNAGATTACAAAACCATTTAAAGCGTGTAAT-ATGATTTTTGAA-GCCTTGAGTGA
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATCG-GTGA
* * * * * * ** ** *
1090 CTATAAATGGACTTTTTTTTAGTC-ATGAATAGCTTTTTC-TCCTAGTTTTCCAAGACAGACATA
64 CTATAAATAGAC-TTGTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTTCTGAGGTAAACAT-
* * * * *
1153 T-AAATATAATCTATTTGAACC-AAAAA-TATAAAAAATTTAACTTAA
125 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-TAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * * * * *
1198 AATTAATTATA-A-ATTATAAAACCATTTAAAACTAGTAATGAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGAC
1 AATCAATTA-AGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGAC
* * * * * * ** * * *
1261 TATAAAT-GAACTTTTTTTACTAATGAATGGAATTTTT-TTTATGTTCCCT-AGGTAGACTTTAA
65 TATAAATAG-ACTTGTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCA
* * * * *
1323 ATTATCATATGTTTT-AGCTAAAAA-TATAAATAAATTCAACTTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-TAAA-AAATTCAACCTAA
* * * * * * **********
1367 TATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCAT-GAGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGAC
* ** * ** * * *
1431 TATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTGAGATAGACATTCAAT
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * *** *
1496 TATTATCTATTTTAATTGAAAATG-TAAAAAACTTCAA-CTGAAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAA-TTCAACCT--AA
* * * * * * ** * * *
1539 AATTAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGTCTTGGGTGACT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
* ** * * * * * * *
1604 ATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAAATATTTAATT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATT
* * *
1669 ATAATCTGTTTTAA-C-TAAAAGTATAAAAGAATTCAACTTCA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-TAAAA-AATTCAACCTAA
* * * * * * * * *
1710 AATTATTTATGAGATTACAAAATC-ATTTAAAGAGAGTAATATAA-TTTTTGAA-GCCTTGAGTG
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAA-CAATTTAGAGCGAGTAATA-AAGCTTTTGAAGGCATCG-GTG
* * * * * ** * *
1772 ACTATAAA-AGAACTTTTCTTACGAATGAATAGCTTTTTC-TCTAAGTTTTCAAAGGCAGACATA
63 ACTATAAATAG-ACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTTCTGAGGTAAACAT-
* * * * *
1835 T-AAATATAATCTATTTGAA-CAAAAAA-TGTAAAAAAATCAACTTAA
125 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-TAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * * *
1880 AATCAATTATA-A-ATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATGAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGA
1 AATCAATTA-AGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGA
* * * ** *
1942 CTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTATACA-TCTA
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTC-A
* * * * *
2005 ATTATCATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
********* * * *
2049 AATCAATTATA-AGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTG
1 AATCAATTA-AGAG-ATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTG
* * * ** * * ** *
2111 ACTATAAATTGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTTTTCACATTTT-TAGAGGTAGACATTC
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* * * * ***
2175 AATTATTATCT-CTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAAATT-ATTTTAAA
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* * * * * * * *
2220 AATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTA-AACGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATTGGGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-TCGGTGAC
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2283 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT-ANNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATAGTGAA
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
2347 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTGA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTTAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
2390 AATTAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-TAGGCATAC-ATGA
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* * * ** * * *
2452 ATATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAA
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********** * * * *
2517 NNNNNNNNNNTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-AAACTCAA
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* * * * * *
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1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGAC
* *********** *
2624 -ATTAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCNNNNNNNNNNCG-TTTCTTGAGGTAGACATTC
65 TA-TAAATAG-ACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAGGTAAACATTC
* * * * * *
2686 AATTATTATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATACAA-CTCAA
127 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCT-AA
* * * * * * * * * *
2731 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-ATGATTTTTG-AGGCTTGGGTCAT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATCGGTGAC
* * * * * ** * * * *
2794 TATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATAACTCTTTCTTCATGTTTT-TAGAGGCAGACATTTAA
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-GAGGTAAACATTCAA
* * ** * * * * **
2858 ATATAATCTATTCAAACCGAAAATG-TAAAACATTTTAATTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAA-AATTCAACCTAA
* * * * * * *
2901 AATTAATTATA-AG-TTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
1 AATCAATTA-AGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGAC
* * * * * * ** *
2964 TACGAAA-GGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTCCCT-AGGTATACATTCAA
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* * *
3027 TTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AA-CTAAA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAT-TCAACCT-AA
* * * * * * * * *
3070 AATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGATGAT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGG-TGAC
* * *
3134 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--TGCATTTCCTGAGGCAAACATTCA
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG--TTTTCTGAGGTAAACATTCA
* ** * * * *
3197 ATTATTATCCT-TTTTAAGTAAAAATG-TAAGCAAATTCATCGTAAA
128 ATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAAAGTTAA-AAAATTCAACCT-AA
* * * * * * * * * * * *
3242 AATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGCCTTGGGTCACT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
* * * * *** * * * * * *
3307 ATAAATTGGCTTTTCCTAATAATGAATAGCTCTCTT-TTCACGTTTCCTGAGGTAAATATTTAAT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * * * * **
3371 TATAATTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTNN
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
******** * * * * * * * * *
3413 NNNNNNNNATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTCAAGGCATAGGTGAAT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
* * ** * * *
3478 ATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTT-TATCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAAT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * * * * *
3542 TATTATCTGTTTT-ATCTAAAAATTTAAAAATTTTCAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAA-ATTCAACCTAA
* * * * * ** **
3584 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTG---
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
* * * ** * *
3646 ----ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAGGTAAACATTCAAT
** * * * *
3706 TATTCTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATACAA-CTAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
* * * ********** *
3747 CAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATAANNNNNNNNNNGGTAT-GTGTGA
1 -AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGA
* * * * * * * * * *
3811 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTCCTT-TTGCGTTTCTTGAAGCAGACATTG
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTC-TGAGGTAAACATTC
* * * ** * * * *
3874 AATTGTTATCTCTTTTAAGTAAAAAAGTAAGCAAAGAGAAAT-AAGGCTTTTA
127 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT---TAAA-A-AATTCAA--C-CTAA
* * * * * * * * * * *
3926 AAGCAATTATGAGATTGTTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCTTTGGGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGC-ATCGGTGAC
* * * * ** * * *
3990 TATAAATTGGCTTTTCCTT-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTACCTAAGGTAAATATTTAA
65 TATAAATAGACTTGT-CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAA
* * * * * * *
4054 TTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTGA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
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4097 AANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCAT-GAGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCG-GTGAC
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4161 TATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGACTTTTTTTTCACGTTTCTCAT-A-GTAGACATTCA
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TC-TGAGGTAAACATTCA
* * * * *
4224 ATTATTATCTATTTTAA-CTAAAAA-TATAAAAATATTAAACTTAA
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* ** * * * * * * * * * * *
4268 AATCCATTGTGAGATTATTAAACCATTTAAAACAAGTAATGAAGTTTTTTAAGCCTTAGGTGACT
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* * * * * * * *
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66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTG-AGGTAAACATTCAAT
**
4397 TATAATCTGTTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAAAATT-AATATAA
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* * * * * * * * * *
4439 AATAAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-ATGATTTTTGAAAGC-TTGAGTGA
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* * * * * * * * * *
4502 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TTCTCTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACTTTTA
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCA
* * * ** * * * * * *
4566 AATATAATCTATATGGATCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAN
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCTAA
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4610 NNNNNNNNNTGAGATTATAAAATC-ATTTA-ATGCCTGTAATGAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGA
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAA-CAATTTAGA-GCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGA
* * * * * * * *
4673 ATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTTAA
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAA
* * *
4738 TTATAATTTGTTTTAA-CAAAAAA-TATAAAACAATTTAACTTAA
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* * * * * * * * **
4781 AATTAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTAATATAA--TAATTGAAGGCTTAAGTGA
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATA-AAGCT-TTTGAAGGCATCGGTGA
* * * * * * * * * *
4844 CTAGAAATGGACCTT-TCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTTCAGTGGTAGACATTTA
64 CTATAAATAGA-CTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCA
* * * * *
4908 AATATAATCTATTTGAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-GTTAAAAAATTCAACCTAA
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4952 AATCAATTATGA-ATTATAAAACAATTTAAAGCCAATAATGCGGC-TTTGAAAGGCATAGGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGGCATCGGTGAC
** * ** ** * *
5015 TACGAAT-GAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGTATACA-TCT
65 TATAAATAG-ACTTGTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTC-
* * * * * *
5077 AATTATCATCTATTTTAGCTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
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** * * * ** * * ********
5122 AATCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATNNNNNNNN
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATCGGTGACT
** * * * * * *
5187 NNAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAAACATTCAATT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
5252 ATTATCTATTTTAACTAAAAAAG-CAAAAAACTTCAACTTAAA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAA-TTCAACCT-AA
** * * * * * * *
5294 AATCAATTATCAGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAA-ACTTTGGGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGC-ATCGGTGAC
* * * ** * * * * *
5358 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCGTCATATTTTCTGGGGCAAACATTTAAT
65 TATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * *
5423 TATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAGAATTCAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAA-AATTCAACCTAA
* * * * * * * * * * **
5465 AATTAATTATGAGAATATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAAT-ATGATTTTTAAAGCCTTAAGTGA
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAA-CAATTTAGAGCGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATCGGTGA
* * * * * * * * * * *
5528 CTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTCCAAGTTTT-TCAAGGCAGACATAT-
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCT-GAGGTAAACAT-TC
* * * * *
5591 AAATATAATCTATTTGAA-CAAAAAA-TCTAAAAAGTTCAACTTAA
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* * * * *** * * *
5635 AATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATGTGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACT
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* * * * ** * *
5699 ATAAAT-GAACTTTTCTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTTATGTTCCCT-AGGTAGACATTCTAT
66 ATAAATAG-ACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * **
5762 TATCATCTGTTTT-ACCTAAAAATA-TAAAAAAATTCAAATTAA
130 TATAATCTGTTTTAACC-AAAAA-AGTTAAAAAATTCAACCTAA
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5804 AATCAATTATGATATTAGAAAACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCATGGGTGACT
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* * * * * * * * *
5869 ATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCTAAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAATT
** * * **
5934 ATTTTCTCTTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAAATTTAATTTAAA
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* * * * * * * * * *
5976 AATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTACAGCAAGTAATAACA-CTTTTAAAGCCTTGGGTGAC
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGCATCGGTGAC
* * ** * * * * * *
6040 AATAAATGGGTTTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAATATTTAA
65 TATAAAT-AGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAACATTCAA
* * * * * *
6105 ATATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTTAACTTGA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTTAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *
6148 AATGAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTA-ACGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGGGTGA
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* * * * * *
6211 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCCTCACGTTCTT-TGAGGTACACATTCA
64 CTATAAATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TTCTGAGGTAAACATTCA
* * * * * * *
6275 ATTATTATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATCTAAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGT-TAAAAAATTCAACCT-AA
* * * * * * *
6321 AATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTT
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*
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* *********
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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********** * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
1602 CTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAAATATTTAA
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* * * *
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*
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*
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452 TGAATAGCTTTTTCTCTAAGTTTTCAAAGACAGACATATAAATATAATCTATTTGAACAAAAAAT
* *
1862 GTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATGAGGCTTT
517 ATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAATGAGGCTTT
* *
1927 TAAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCT
582 TAAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTCCCT
* *
1992 AGGTATACATCTAATTATCATCTGTTTTACCC
647 AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* **********
2024 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * *
2089 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTTTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
* * * **
2154 CATTT-TTAGAGGTAGACATTCAATTATTATCT-CTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTATTTT
131 CATTTCTT-GAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AAAATGT-AAAAAAATTAACTT
* * * *
2217 AAAAATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCATTGGGTGA
193 AAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGTATTGGGTGA
********** * * * * *
2282 CTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATANNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATAGTGA
257 CTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAATATTTA
* * * * * * * * *
2346 ATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATAATGAGATTATAAA
321 ATTATAATCTGTATTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAAATTCAAATTATTTATGAGATTACAAA
* * * * ** * * *
2411 ACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTT-AGGCATACA-TGAATATAAATAG-ACTTTTTTTG
386 ACCATTTAAAGAGAGTAATATA--ATTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAA-AGAACTTTTCTTA
* * * * * * ********** * *
2472 CCAATGAATATCTTTTTCT-TCACGTTTTCTAAGGCAAACAT-TCAANNNNNNNNNNTTTTAACT
448 CGAATGAATAGCTTTTTCTCT-AAGTTTTCAAAGACAGACATAT-AAATATAATCTATTTGAACA
* * * * * * * *
2535 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
511 AAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAAT
* * * * * * **********
2600 AAGGCTTTTCAAGGCATGAGTGAC-ATTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCNNNNNNNNN
574 GAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTA-TAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCTTC
** * * * * * * *
2664 NCGTTTCTTGAGGTAGACAT-TCAATTATTATCTTTTTTAACT
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* * * * * *
2706 AAAAATGTAAAAAAATACAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * * * * * ** ** *
2771 ATGATTTTTG-AGGCTTGGGTCATTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATAACTCTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
** ** * * * ** * **
2835 TGTTT-TTAGAGGCAGACATTTAAATATAATCTATTCAAACCGAAAATGTAAAACATTTTAA-TT
131 CATTTCTT-GAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-CTAAAATGTAAAA-AAATTAACTT
* * * * * * * *
2898 TAAAATTAATTATAAG-TTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGT
193 AAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTTGAA-GTATTGGGT
* * * * * * * * *
2961 GACTACGAAA-GGACTTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTCCCT-AGGTATACAT
255 GACTA-TAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAATAT
* * * * * * ** *
3023 TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTAAAAATTAATTATGAGATTA
318 TTAATTATAATCTGTATTAACCAAAAGTATAAAAAAAT-TCAAATTCAAATTATTTATGAGATTA
* * * ** * * *
3087 TAAAACAATTTAAA-ACAAGTAATA-AGGCTTTCGAAG-GTATG-GATGATTATAAATAG-ACTT
382 CAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCT-TGAG-TGACTATAAA-AGAACTT
* * * * * * ** * * * *
3147 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTGCA-TTTCCTGAGGCAAACAT-TCAATTATTATCCT-T
442 TTCTTACGAATGAATAGCTTTTTCTCT-AAGTTTTCAAAGACAGACATAT-AAATATAAT-CTAT
* ** * * * * * * * *
3209 TTTAAGTAAAAATGTAAGCAAATTCATCGTAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
504 TTGAACAAAAAATATAA-AAAAATCAAC-TTAAAATCAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * * * *** * * * *
3274 CAAATAATAAGGCTTTTAAAGCCT-TGGGTCACTATAAATTGGCTTTTCCTAATAATGAATAGCT
566 CCAGTAATGAGGCTTTTAAAG-GTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGAT
* * * * * * * * * *
3338 CTCTT-TTCACGTTTCCTGAGGTAAATATTTAATTATAATTTGTTTCAACC
630 -TTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* ********** * **
3388 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
3452 TAAGGCTTTTCAAGGCAT-AGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTT-TA
65 TAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCT-
* * ** * * * * **
3515 TCACGTTT-TCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTATCTAAAAATTTAAAAATTTTCAA
128 TCACATTTCT-TGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATT-AA
* * * * * *
3579 CTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAGTAAAGC-TTTCAA--A----
190 CTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTTGAAGTATTGG
* * ** ** *
3636 G-G-C-ATAAGTGATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG
253 GTGACTATAA---ATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAA
* * ** * * * * * * * * *
3697 ACATTCAATTATTCTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATAC-AACTAACAATCAATTATGAG
314 ATATTTAATTATAATCTGTATTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAAATTCA-AATTATTTATGAG
* * ** ********* * * * *
3761 ATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATA-ANNNNNNNNNNG-GTATGTGTGACTATAAATGGACT
378 ATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCT-TGAGTGACTATAAAAGAACT
* * ** ** * * *
3824 TTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTCCTT-T-TGCGTTTCTTGAAG-CAGACAT-TGAATTGTTATC
441 TTTCTTACGAATGAATAG-CTTT--TTCTCTAAGTTT-TCAAAGACAGACATAT-AAATATAATC
* * * * * * * * *
3884 TCTTTTAAGTAAAAAAGTAAGCAAAGAGAAAT-AAGGCTTTTAAAGCAATTATGAGATTGTTAAA
501 TATTTGAA-CAAAAAA-T-A-TAAA-A-AAATCAA--C-TTAAAATCAATTAT-AAATTATAAAA
* * * * * * *** *
3948 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCCTT-CCA
556 CCATTTAAAACCAGTAATGAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTT-CTTACTA
* * * * * * * * *
4012 ATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTACCTAAGGTAAATATTTAATTATAATATGTTTTAACT
620 ATGAATGGATTTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* * * ********** * ** *
4072 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTGAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * ********** * *
4137 AAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGACTTTTTTTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
* * *
4202 CGTTTCTCAT-AG-TAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTAAACT
131 CATTTCT--TGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATT-AACT
* * * * * * ** *
4265 T-AAAATCCATTGTGAGATTATTAAACCATTTAAAACAAGTAATGAA-GTTTTTTAAGCCTTAGG
192 TAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTT-AAA-GAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGTATTGGG
* * * * *
4328 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTC-TGAAGGAAAATA
254 TGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTG-AGGTAAATA
* * * * * *
4391 TTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATT--AATATAAAATAAATTATGAGAT
317 TTTAATTATAATCTGTATTAACCAAAAGTAT-AAAAAAATTCAAAT-TCAAATTATTTATGAGAT
** * * * *
4454 TATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGATTTTTGAAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
380 TACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTG-AAGCCTTGAGTGACTATAAAAGAACTTTT
* * * * ** * * *
4518 CTTACCAATGAATAG--TTCTCTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACTTTTAAATATAATCTATATG
444 CTTACGAATGAATAGCTTTTTCTC-T-AAGTTTTCAAAGACAGACATATAAATATAATCTAT-TT
* * * ********** * * ** *
4581 GATC-GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAATCATTTAATGCCT
506 GAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAACCA
* ** * * *** * * * *
4645 GTAATGAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGTTTTTT
569 GTAATGAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTT
** * * * * * * *
4710 CTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATTTGTTTTAACA
634 CTTCATGTTCCCT-AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* * * * ** *
4756 AAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * * * *
4821 ATA--ATAATTGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTT
66 A-AGGCT-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * *
4884 CACGTTTTCAGTG-G-TAGACATTTAAATATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
129 CAC-ATTTC-TTGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAC-TAAAATGTAAAAAAATT-AA
* * * ** *
4947 CTT-AAAATCAATTATGA-ATTATAAAACAATTTAAAGCCAATAATGCGGC-TTTGAAAGGCA-T
190 CTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTTG-AA-GTATT
* ** ** * * ** * * *
5008 AGGTGACTACGAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGTTTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGTATA
251 GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATAAAT-GGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAA
* * * * * * * * * * * * * *
5072 CATCTAATTATCATCTATTTTAGCTAAAA-AAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCATA
315 TATTTAATTATAATCTGTATTAACCAAAAGTA-TAAAAAAATTCAAATTCAAATTATTTATGAGA
* ** * ********** * **
5136 TTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATA-AGGCTTTTGAAG-GTATNNNNNNNNNNAAATGGGCT
379 TTACAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCT-TGAGTGACTATAAAAGAACT
* * * ** * *
5198 TTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCT-TCATGTTTTTTGAAGTA-A-ACAT-TCAATTATTATC
441 TTTCTTACGAATGAATAG-CTTTTTCTCT-AAG-TTTTCAAAG-ACAGACATAT-AAATATAATC
* * ** * *
5258 TATTTTAACTAAAAAAGCA-AAAAACTTCAACTTAAAAATCAATTATCAGATTATTAAACCATTT
501 TATTTGAAC-AAAAAA-TATAAAAAAATCAACTT-AAAATCAATTAT-AAATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *** * *
5322 AAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAA-CTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
562 AAAACCAGTAATGAGGCTTTT-AAAGGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAAT
*** * * ** * * * * * * * *
5386 ATCTTTTTCGTCATATTTTCTGGGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACT
626 GGATTTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* * * * * * *
5440 AAAAATTTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * * * * *
5505 ATGATTTTTAAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAATAAATAGCTTTTTCTCC
66 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AATAAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * * * * *
5569 A-AGTTT-TTCAAGGCAGACATAT-AAATATAATCTATTTGAACAAAAAATCT-AAAAAGTTCAA
130 ACA-TTTCTT-GAGATAGACAT-TCAATTATTATCTATTTTAAC-TAAAATGTAAAAAAATT-AA
* * ** *
5630 CTT-AAAATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATGTGGCTTTTAAAGGTA-TG
190 CTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAG--AGTAATAAGGCTTTTGAA-GTATTG
** * * * * *
5692 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAC-CAA-AGAATGGCTTTTTCTTTATGTTCCCT-AGGTAGA
252 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATA-AATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAA
* * * * * * * *
5754 CATTCT-ATTATCATCTGT-TTTACCTAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAT
315 TATT-TAATTATAATCTGTATTAACC-AAAAGTATAAAAAAATTCAAATTCAAATTATTTATGAG
* * ********** * * * * * *
5817 ATTAGAAAACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATGGACTTT
378 ATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAAAGAACTTT
* * * * ** * ** *
5882 TCTTGTC-AATGAAT-GACTTTTTCT-TCACGTTCTCTAAGGTAGACAT-TCAATTATTTTCTCT
443 TCTT-ACGAATGAATAG-CTTTTTCTCT-AAGTTTTCAAAGACAGACATAT-AAATATAATCTAT
* * * * * * * *
5943 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTACAG
504 TTGAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTT-AAAATCAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAA
* * ** * * * **** * *
6008 CAAGTAATAACACTTTTAAAGCCT-TGGGTGACAATAAATGGGTTTTTTCTTACCAATGAATGGC
566 CCAGTAATGAGGCTTTTAAAG-GTATGAGTGACTATAAAT-AAACTTTTCTTACTAATGAATGGA
* * * * * * * * * *
6072 TTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAATATTTAAATATAATCTGTTTTAACT
629 TTTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTAGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
* * * * * * * *
6123 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAATGAATAATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * ** ** *
6188 AAGGCTTTTCAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCCTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
* * * *
6253 C-GTTCTTTGAGGTACACATTCAATTATTATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAA-T
131 CATTTC-TTGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AAAATGT-AAAAAAA-TTAACT
* * * *
6316 CTAAAAATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCT-TTGA
192 -TAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAA--GAGTAATAAGGCTTTTGAAG-TATTGG
*
6380 ATGACTATAAAT
253 GTGACTATAAAT
6392 ATAAAAAATA
Statistics
Matches: 3954, Mismatches: 903, Indels: 382
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
673 2 0.00
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Consensus pattern (678 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
CATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAA
AATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTATTGGGTGACTAT
AAATGGGCTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAATATTTAATTAT
AATCTGTATTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAAATTCAAATTATTTATGAGATTACAAAACCAT
TTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTACGAATGAA
TAGCTTTTTCTCTAAGTTTTCAAAGACAGACATATAAATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAA
AAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAACCAGTAATGAGGCTTTTAAA
GGTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTCCCTAGGT
AGACATCTAATTATCATATGTTTTACCC
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66 ATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCTG-GGTAGACGTCCAAT
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTT-CTTGAGGTAAACATTCAAT
* * * * * * *
130 TATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTGTAAGAGTATCAA
130 TATTATCT-TTTT-AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * * * * *
193 ACAATTTAGAGCGAGTAATA-AAGCTTTTGAAGGCATCGGTGAGTATAAGTAGACTTGTCTTGCC
193 ACCATTTAAAGAGAGTAATATAA-TTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * * * * *
257 AATGAAT-ATTTTTTTTTCACGTTTTCGAAGGCAAACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
257 AATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATAT-AAATATAATCTATTTAAACAAAA
* * * * *
320 AATATCATAAAATTCAACCTAAAATCAATTA-AGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAA
321 AATGT-AAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATA-A-ATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAA
* * **********
384 CGCTTTTAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACNNNNNNNNNNAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
383 GGCTTTT-AAGGCAT-ACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
** * * * * *
448 GTTTTCTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATTCAACCT-A
446 GTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AA-CTAA
512 A
508 A
* * ** * * ********
513 AATCAATTATGAGATTATGAAACAATTTGGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
** * * * *
578 NNAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCTGAGG-AAGACATTTAA
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCT-TGAGGTAA-ACATTCAA
* * * * * *
641 TTAGTATCTCTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAAATAAATTATGAGATTATTAA
129 TTATTATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * *
706 ACCATTTAAAGAGAGTAATA-AGGCTTTTGAAG-GTGTGGGTGGCTATAAATGGACTCTTCTTGC
193 ACCATTTAAAGAGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * * * * *
769 CAATAAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTTAAGACAGACAT-TCAAT-TATTACTTATTTTAACT
256 CAATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTC-AAAGGCAGACATATAAATATAAT-C-TATTTAAACA
* * * * * * * *
831 AACAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAG-TAGGTA
318 AAAAATGTAAAAAAA-TCAACTT-AAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCA-GTA
* ** * * * *
895 ATAAGGCTTTTGAAGTG-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATAAATGGC-TTTTCT
379 ATAAGGCTTTT-AAG-GCATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * * * * *
958 TCATATTTCTTGAGGTA-AGTATTTAATTATAATTTGTATTAACCAAGAATATAAAAAAATTCAA
442 TCATGTTCCCT-AGGTATA-CATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AA
* *
1022 ATTAA
504 CTAAA
********** * * * ** * ** * *
1027 ANNNNNNNNNNAGATTACAAAACCATTTAAAGCGTGTAATATGATTTTTGAAGCCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * ** ** ** *
1092 ATAAATGGACTTTTTTTTAGTC-ATGAATAGCTTTTTCTCCTAGTTTTC-CAAGACAGACATAT-
66 ATAAATTGAC-TTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTTTTC-ACATTTCTTGAGGTAAACAT-TC
* * * * * * *
1154 AAATATAATCTATTTGAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT-AAAATTAATTAT-AAATTATA
127 AATTATTATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * *
1216 AAACCATTTAAA-ACTAGTAATGA-GGTTTTTGAAG-GTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTT
191 AAACCATTTAAAGA-GAGTAAT-ATAATTTTTGAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * * * * *
1278 TACTAATGAATGGAA-T-TTTTTTTATG-TTCCCTAGGTAGAC-TTTAAATTATCATATGTTTTA
253 TACCAATGAAT--AACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAA-TATAATCTATTTAA
* * * * * * * * *
1339 GCTAAAAATATAAATAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGT
315 ACAAAAAATGTAAA-AAAATCAACTTAAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGT
********* * *
1404 AATAAGGNNNNNNNNNNCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ATCAATGAATGACTTTTT
378 AATAAGG-CTTTTAAGGCAT-ACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTT
** * * * * * *** *
1467 CTTCACATTTCCTGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAACTTCA
440 CTTCATGTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-A
1532 ACTGAAA
503 ACT-AAA
* * * * * * * *
1539 AATTAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGTCTTGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ** * * * * * * *
1604 ATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAAATATTTAATT
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
* * * * * * * *
1669 ATAATCTGTTTTAACTAAAAGTATAAAAGAATTCAACTT-CAAATTATTTATGAGATTACAAAAT
131 ATTATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
1733 CATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTACGAAT
195 CATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* * * *
1798 GAATAGCTTTTTC-TCTAAGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTGAACAAAAAAT
260 GAATAACTCTTTCTTC-ATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAAAAAT
* *
1862 GTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATGAGGCTTT
324 GTAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTT
* *
1927 TAAAGGTATGA-GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCC
389 T-AAGGCAT-ACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCC
* *
1991 TAGGTATACA-TCTAATTATCATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
452 TAGGTATACATTC-AATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTAAA
* *********
2049 AATCAATTATAAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
1 AATCAATTATGAG-AGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* ** * *
2113 TATAAATTGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTTTTCACATTT-TTAGAGGTAGACATTCAA
65 TATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTT-GAGGTAAACATTCAA
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2177 TTATTATCTCTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-ATTTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAG
129 TTATTATCTTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * *
2241 ACCATTTAAA-CGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGCATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
193 ACCATTTAAAGAGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
********* * * * * * *
2304 AAT-ANNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCCTAAGGTA-A-ATAGTGAATTATAATCTATTTTAACTA
257 AATGA-ATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATA-T-AAATATAATCTATTTAAACAA
* * * * *
2366 AAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
319 AAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATA
* * * * * ** *
2431 AGGCTTTTTAGGCATACATGAATATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG
382 AGGCTTTTAAGGCATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
** * * ********** * *
2496 TTTTCTAAGGCAAACATTCAANNNNNNNNNNTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTCAA
447 TTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTAAA
* * *
2560 AATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCATGAGTGAC-
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
********** * *
2624 ATTAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCNNNNNNNNNNCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
66 A-TAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * *
2688 TTATTATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATACAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
129 TTATTATC-TTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
2752 ACTATTTAAAGCA-AGTAATATGATTTTTG-AGGCTTGGGTCATTATAAATGGATTTTTCTTACC
193 ACCATTTAAAG-AGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * **
2815 AATGGATAACTCTTTCTTCATGTTTTTAGAGGCAGACATTTAAATATAATCTATTCAAACCGAAA
257 AATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAAAA
** * * * *
2880 ATGTAAAACATTTTAATTTAAAATTAATTATAAGTTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGC
322 ATGTAAAA-AAATCAACTTAAAATTAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGC
* * * * *
2945 TTTTGAAGGCATAGGTGACTACGAAA-GGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTT
386 TTTT-AAGGCATACGTGACTA-TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
*
3009 CCCTAGGTATACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATATAACTAAA
449 CCCTAGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTAAA
* * * * * *
3070 AATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GATGAT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGAC
* * * *
3134 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTT-GCATTTCCTGAGGCAAACATTCAA
65 TATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * ** * * *
3198 TTATTATCCTTTTTAAGTAAAAATGTAAGCAAATTCATCGTAAAAATCAATTATGAGATTATTAA
129 TTATTAT-CTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * *
3263 ACCATTTAAAGCA-AATAATA-AGGCTTTTAAAGCCTTGGGTCACTATAAATTGG-CTTTTCCTA
193 ACCATTTAAAG-AGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTA
** * * * ** * * * * * * * * *
3325 ATAATGAATAGCTCTCTT-TTCACGTTTCCTGAGGTAAATATTTAATTATAATTTGTTTCAACCA
255 CCAATGAATAACTCT-TTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAA
********** **
3389 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATA
319 AAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATA
* * * *
3454 AGGCTTTTCAAGGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTT-TATCA
382 AGGCTTTT-AAGGCATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCT-TCA
* ** * * * * * * ** *
3518 CGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTATCTAAAAATTTAAAAATTTTCAACTTA
445 TGTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTAA
3583 A
508 A
* * ** * * ** *
3584 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTG---
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * ** * * *
3646 ----ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
* * * *
3707 ATTCTCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATACAAC-TAACAATCAATTATGAGATTATAAAA
131 ATTATCT-TTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** ********* * * *
3770 CAATTTAAAGCTAGTAATA-ANNNNNNNNNNG-GTATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
194 CCATTTAAAGAGAGTAATATA-ATTTTTGAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * ** * * * * **
3833 AATGAATGACT-TTCCTT-TTGCGTTTCTTGAA-GCAGACAT-TGAATTGTTATCTCTTTTAAGT
257 AATGAATAACTCTTTCTTCAT--GTTT-TCAAAGGCAGACATAT-AAATATAATCT-ATTTAAAC
* * ** * * *
3894 AAAAAAGTAAGCAAAGAGAAAT-AAGGCTTTTAAAGCAATTATGAGATTGTTAAACCATTTAAAG
317 AAAAAA-T--GTAAA-A-AAATCAA--C-TTAAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * * * *
3958 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCTTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCCTT-CCAATAAATGGCT
373 CCAGTAATAAGGCTTTTAAGGC-ATACGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGCTAATGAATGGCT
* * * * * * *
4022 TTTTCTTCATGTTACCTAAGGTAAATATTTAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
436 TTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* **
4087 ATCAACTTGA
499 ATTAACTAAA
********** * * ** * * *
4097 AANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ********** * * *
4162 ATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGACTTTTTTTTCACGTTTCTCAT-A-GTAGACATTCAA
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCT--TGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
4225 TTATTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTAAACTT-AAAATCCATTGTGAGATTATTAA
129 TTATTATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
4289 ACCATTTAAA-ACAAGTAATGA-AGTTTTTTAAGCCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
193 ACCATTTAAAGA-GAGTAAT-ATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
*** * * * * * * * * * *
4352 CAATGAATGGTTTTTTCTTTATG-TTTCTGAAGGAAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAA
256 CAATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTC-AAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAA
* * * * * **
4416 AAATATAAAAAAAATTAA-TATAAAATAAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
320 AAATGT-AAAAAAATCAACT-TAAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATA
* ** * * * * * * *
4480 TGATTTTTGAAAGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAG-TTCTCTCTTC
382 AGGCTTTT-AAGGCAT-ACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT-TTTCTTC
* ** * * * * * * * ** * * *
4543 ACGTTTTCTAAGGTAGACTTTTAAATATAATCTATATGGATCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
444 ATGTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTA
*
4608 AN
507 AA
********* * * ** * * *
4610 NNNNNNNNNTGAGATTATAAAATC-ATTTAATGCCTGTAATGAA-GCTTTCGAAGGTATGGGTGA
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA
* * * * ** * *
4673 ATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAG-TTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAAATATTT
64 CTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTT-TTCACATTTCT-TGAGGTAAACATTC
* * * * * * *
4736 AATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATT
127 AATTATTATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * ** * *
4800 AAACTATTTAAAGCA-AGTAATATAATAATTGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGACCTTTCTTA
191 AAACCATTTAAAG-AGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
** * * ** * * *
4864 CCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTTCAGTGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTGAACAAA
255 CCAATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAA
* * * * **
4929 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTATAAAACAATTTAAAGCCAATAATGCG
320 AAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAG
* * ** * **
4994 GCTTTGAAAGGCATAGGTGACTACGAAT-GAACTTTTCTT-ATCAATGAATAGTTTTTTTCTTCA
384 GCTTT-TAAGGCATACGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
5057 TGTTTCCTAGGTATACA-TCTAATTATCATCTATTTTAGCTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTA
445 TGTTCCCTAGGTATACATTC-AATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTAA
5121 A
508 A
* * * * * * ********
5122 AATCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
** * * * * ** * *
5187 NNAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAAACATTCAATT
66 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATT
* * * *
5252 ATTATCTATTTTAACTAAAAA-AGCAAAAAACTTCAACTTAAAAATCAATTATCAGATTATTAAA
131 ATTATCT-TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
5316 CCATTTAAAGCA-AGTAATA-AAGCTTTTGAAACTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
194 CCATTTAAAG-AGAGTAATATAA-TTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * *** * * * * * *
5379 AATGAATATCTTTTTCGTCATATTTTCTGGGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
257 AATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAAAA
* * * * *
5444 ATTTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAA-TATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATATG
322 ATGTAAAA-AAATCAACTTAAAATTAATTAT-A-AATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAG
** * * * * * * * * *
5508 ATTTTTAAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTCCAAGT
384 GCTTTT-AAGGCATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-
** * * * * * * * * * * *
5573 TTTTCAAGGCAGACATAT-AAATATAATCTATTTGAACAAAAAATCT-AAAAAGTTCAACTTAA
447 TTCCCTAGGTATACAT-TCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTAAA
* * * ** * * *
5635 AATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATGTGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * ** * * * *
5699 ATAAA-TGAACTTTTCTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTCCCT-AGGTAGACATTCTA
66 ATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
5761 TTATCATCTGTTTTACCTAAAAATATAAAAAAATTCAAATT-AAAATCAATTATGATATTAGAAA
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* ********** * * * **
5825 ACCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGTCA
193 ACCATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * * * * * ** * *
5890 ATGAATGACTTTTTCTTCACGTTCTCTAAGGTAGACAT-TCAATTATTTTCTCTTTTAACAAAAA
258 ATGAATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATAT-AAATATAATCTATTTAAACAAAAA
* * * * * * * * * *
5954 ATATAAAAAAATTTAATTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAGACCATTTACAGCAAGTAATAAC
322 ATGTAAAAAAA-TCAACTT-AAAATTAATTAT-AAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAG
* * * ** * * ** * * *
6019 ACTTTTAAAGCCTTGGGTGACAATAAATGGGTTTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATG
384 GCTTTT-AAGGCATACGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* * * * * * * * **
6084 TTTCCTGAGGTAAATATTTAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTGA
447 TTCCCT-AGGTATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTAAA
* * * * * * * * *
6148 AATGAATAATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGAGTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * ** * *
6213 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCCTCAC-GTTCTTTGAGGTACACATTCAAT
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* * *
6277 TATTATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAA-TCTAAAAATCAATTATGAGATTATTA
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* **
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Statistics
Matches: 4448, Mismatches: 1189, Indels: 419
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ATTTAAAGAGAGTAATATAATTTTTGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
AATAACTCTTTCTTCATGTTTTCAAAGGCAGACATATAAATATAATCTATTTAAACAAAAAATGT
AAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATAAATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTA
AGGCATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCTAGG
TATACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTAAA
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* * *
322 TAT-CATAAAATTCAACCTAA
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * ** * * ********** * **
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* * * *
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* *
660 AAAATGT-AAAAAAATTCAAGTTAAA
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* * * * * * ** * *
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* * * * * ** *
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66 ATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAA-GACTTTTTCTTCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTCAAA
* * * * ** *
814 TATTA-CTTATTTTAACTAACAATGCAAAAAAATTTAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAA
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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256 AATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
*
1006 ATAT-AAAAAAATTCAAATTAA
320 ATATAAAAAAAATT-AACTTAA
********** * * * * * *
1027 ANNNNNNNNNNAGATTACAAAACCATTTAAAGCGTGT-AATATGATTTTTGAAGCCTTGAGTGAC
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* *** * **
1091 TATAAATGGACTTTTTTTTAGTCATGAATAG-CTTTTTCTCCTA-GTTTTCCA-AGACAGACATA
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* * * *
1153 T-AAATATAATCTATTTGAACCAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAT-AAATTAT
124 TCAAATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * ** *
1215 AAAACCATTTAAAACTAGTAATGAGGTTTTTGAAG-GTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTT
189 TAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * *
1279 ACTAATGAATGGAATTTTTT-TT-ATGTTCCCT-AGGTAGACT-TTAAATTATCATATGTTTTAG
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*
1340 CTAAAAATAT-AAATAAATTCAACTTAA
314 CTAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAA
* * * * **********
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1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
1432 ATAAATAGACTTTTCTTATC-AATGAATGACTTTTTCTTCAC-ATTTCCTGAGATAGACATTCAA
66 ATAAATGGACTTTTCTTA-CAAAT-AAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTCAA
* * * *** * * * *
1495 TTATTATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAACTTCAACTGAAAAATTAATTATGAGATTATTAA
128 ATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATTAA
* * * * * **
1560 ACTATTTAAAGCAAGTAAT-AGGGCTTTTGAAGTCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTC
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* * * *
1624 AATTAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
256 AATGAATGGTTTTTTCTTCAT-GTTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * *
1689 GTAT-AAAAGAATTCAACTTCA
320 ATATAAAAAAAATT-AACTTAA
* * * * * * * *
1710 AATTATTTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGAGAGTAATATAA-TTTTTGAAGCCTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
1774 TATAAAAGAACTTTTCTTACGAATGAATAG-CTTTTTC-TCTAAGTTTTCAAAGGCAGACATAT-
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* * *
1836 AAATATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTAT-AAATTATAA
126 AAATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTA
* * * * *** *
1899 AACCATTTAAAGCCAGTAATGAGGCTTTTAAAG-GTATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGC
191 AACCATTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
* * * * * * * * *
1963 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCCT-AGGTATACATCTAATTATCATCTGTTTTACCCAAA
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*
2027 AATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
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* * * * *
2114 ATAAATTGG-CTTTTCTTATC-AATAAATGGCTTTTTTTTCACATTTTTAGAGGTAGACATTCAA
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* * * * **
2177 TTATTATCTCTTT-AACTAAAAATATAAAAAAAATT-ATTTTAAAAATCAATTATGAGATTATTA
128 ATATAATCTATTTGAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATTA
* * * *
2240 GACCATTTAAA-CGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGCATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
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********* * * * *
2303 CAAT-ANNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATAGTGAATTATAATCTATTTTAACTAA
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*
2367 AAATAT-AAAAAAATTCAACTTGA
318 AAATATAAAAAAAATT-AACTTAA
* * * * *
2390 AATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTT--AGGCAT-ACATGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAG-TTTTTGAAGGCATGA-GTGA
* * * * * * * * *
2452 ATATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTC-TAAGGCAAACATTCA
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********** * * * * * * *
2516 ANNNNNNNNNNTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGAGTATAAA
127 AATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAA
* * * * * * ** *
2581 ACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTCAAGGCATGAGTGAC-ATTAAATGAACTTTTCTTGC
192 ACCATTTAAAGCAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTA-TAAATGGGCTTTTCTTAC
************ * * * * *
2644 CAATGAATGGCNNNNNNNNNNCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTTTTTTAACTAAA
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* * *
2709 AATGT-AAAAAAATACAACTCAA
319 AATATAAAAAAAAT-TAACTTAA
* * * * * * * *
2731 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT-AATATGATTTTTG-AGGCTTGGGTCAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAG-TTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * *
2794 TATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGATA-ACTCTTTCTTCATGTTTTTAGAGGCAGACATTTAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACAAAT--AAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCATAGGTAGACATTCAA
** ** * * * * * * * *
2858 ATATAATCTATTCAAACCGAAAATGTAAAACATTTTAATTTAAAATTAATTATAAG-TTATAAAA
128 ATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA
* * * * * *
2922 CCATTTAAAGCCAA-TAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTACGAAA-GGACTTTTCTTAC
193 CCATTTAAAG-CAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTA-TAAATGGGCTTTTCTTAC
* * * * * * * * *
2984 TAATGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTCCCT-AGGTATACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAA
255 CAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTT-TCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
3048 AATGT-AAAAAAATATAACTAAA
319 AATATAAAAAAAAT-TAACTTAA
* * * * * * * * * *
3070 AATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG-GATGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAG-TGAC
* * * * * ** * * * *
3134 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTGC-ATTTCCTGAGGCAAACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-AAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTCAA
* * * ** * ** * *
3198 TTATTATCCT-TTTTAAGTAAAAATGTAAGCAAATTCATCGTAAAAATCAATTATGAGATTATTA
128 ATATAAT-CTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATTA
* * * * *
3262 AACCATTTAAAGCAAATAAT-AAGGCTTTTAAAGCCTTGGGTCACTATAAATTGGCTTTTCCTAA
191 AACCATTTAAAGCAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
* * * * * * * *
3326 TAATGAATAGCTCTCTT-TTCACGTTTCCTGAGGTAAATATTTAATTATAATTTGTTTCAACCAA
255 CAATGAAT-GGTTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* **
3390 AAATGT-AAAAAAATTCAACTTNN
318 AAATATAAAAAAAATT-AACTTAA
******** * * * * * * *
3413 NNNNNNNNATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTCAAGGCAT-AGGTGAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGA-GTGAC
*** * * * *
3477 TATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTT-TATCACGTTTTC-TAAGGCAAACATTCA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-AAAGACTTTTTCT-TCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTCA
* * * * * * * ** *
3540 ATTATTATCTGTTTTATCTAAAAATTTAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
127 AATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAA
** * * * * * ** * * *
3605 ACCATTTAAAGCGGGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAAGTG-------ATGGACTTTTCTTGCTA
192 ACCATTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
*** * * * * **
3663 ATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTCTCTGTTTTAA-TCAAAA
257 ATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAA
* *
3727 ATGT-AAAAAAATACAAC-TAA
320 ATATAAAAAAAAT-TAACTTAA
* * * ********** * *
3747 CAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCTAGTAATAANNNNNNNNNNGGTATGTGTGAC
1 -AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * *
3812 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTCCTT-TT-GCG-TTTCTTGAAGCAGACATTG
65 TATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-AAAGACTTT--TTCTTCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTC
* * * * * * * * *
3874 AATTGTTATCTCTTTTAAGTAAAAAAGTA-AGCAAAGAGAAAT-AAGGCTTTTAAAGCAATTATG
126 AAATATAATCTATTTGAA-CAAAAAA-TATA--AAA-A-AATTCAA--C-TTAAAATCAATTATG
* * *
3937 AGATTGTTAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGCTTTGGGTGACTATAAATTGGC
182 AGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * * *
4001 TTTTCCTT-CCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTACCTAAGGTAAATATTTAATTATAATATGT
246 TTTT-CTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTT-TCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGT
* * *
4065 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTGA
309 TTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAA
********** *
4097 AANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
********* * *
4162 ATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNGACTTTTTTTTCACGTTTCTCATA-GTAGACATTCAAT
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* * * * * * *
4226 TATTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTAAACTTAAAATCCATTGTGAGATTATTAAAC
129 TATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAAC
* * * * *
4291 CATTTAAAACAAGTAATGAAGTTTTTTAAGCCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
194 CATTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAAT
* * *
4356 GAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTGAAGGAAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
259 GAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTG-AGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
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* * * * * * *
4439 AATAAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGT-AATATGATTTTTGAAAGCTTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAG-TTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *
4503 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTCTCTCTTCACGTTTTC-TAAGGTAGACTTTTAA
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* * * * ********** *
4567 ATATAATCTATATGGATC-GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAA
128 ATATAATCTAT-TTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAA
* * ** ** * * *
4631 ATCATTTAATGCCTGTAATGAAGCTTTCGAAG-GTATGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCC
192 ACCATTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACC
* * *
4695 AATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAA
256 AATGAATGGTTTTTTCTTCATG-TTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* *
4760 ATATAAAACAATTTAACTTAA
320 ATATAAAAAAAATTAACTTAA
* * * * * ** * *
4781 AATTAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCAAGTAATATAA-TAATTGAAGGCTTAAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * *
4845 TAGAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATAG-TTTTTTCTTCACGTTTTCAGT-GGTAGACATTTA
65 TATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-AA-AGACTTTTTCTTCACGTTTTCA-TAGGTAGACATTCA
* *
4908 AATATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAA
127 AATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAA
* ** * * * * ** ** *
4972 ACAATTTAAAGCCAA-TAATGCGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTACGAATGAACTTTTCTTATC
192 ACCATTTAAAG-CAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACC
* * * * * * *
5036 AATGAATAGTTTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGTATACATCTAATTATCATCTATTTTAGCTAAA
256 AATGAAT-GGTTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
5100 AA-AGT-AAAAAAATTCAACTTAA
319 AATA-TAAAAAAAATT-AACTTAA
* * ** * * * * ********
5122 AATCAATTATCATATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
** * * * * * * * * *
5187 NNAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTT-TTGAAGTAAACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACAAAT-AAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCAT-AGGTAGACATTCAAA
* * ** * *
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* * *
5315 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAA-CTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
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* * * * * *
5379 AATGAAT-ATCTTTTTCGTCATATTTTCTGGGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
256 AATGAATGGT-TTTTTCTTCAT-GTTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
5443 AAT-TTAAAAGAATTCAACTTAA
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
5592 AATATAATCTATTTGAACAAAAAATCT-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAA
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* ** * **
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* * * * * * * *
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*
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* * ********** *
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* * * *
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* ** * * * * *
5932 TTATTTTCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAAATCAATTATGAGATTATTAG
128 ATATAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATTAA
* * * *
5997 ACCATTTACAGCAAGTAAT-AACACTTTTAAAGCCTTGGGTGACAATAAATGGGTTTTTTCTTAC
192 ACCATTTAAAGCAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGG-CTTTTCTTAC
* * *
6061 CAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAATATTTAAATATAATCTGTTTTAACTAAA
255 CAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
6126 AATATAAAAAAATTTAACTTGA
319 AATATAAAAAAAATTAACTTAA
* * * * * * * * *
6148 AATGAATAATGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* ** * * * *
6213 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTTCCTCACGTTCTT--TGAGGTACACATTCAA
66 ATAAATGGACTTTTCTT-ACAAATAAAGACTTTTTCTTCACGTT-TTCAT-AGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
6276 TTATTATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTTAATCTAAAAATCAATTATGAGATTATTA
128 ATATAATCTATTTGAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATTA
* * * * **
6341 GACCATTTAAATCGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAGCTTTGAATGACTATAAAT
191 AACCATTTAAAGCAAGTAATGAA-GCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAAT
6392 ATAAAAAATA
Statistics
Matches: 4630, Mismatches: 1189, Indels: 458
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 9 0.00
335 167 0.04
336 7 0.00
337 6 0.00
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349 154 0.03
350 18 0.00
351 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACAAATAAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCATAGGTAGACATTCAAATA
TAATCTATTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCA
TTTAAAGCAAGTAATGAAGCTTTTAAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGA
ATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAAATATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
AAAAAATTAACTTAA
Found at i:6701 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6502--6823 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
6492 NNNNNNNNNG
* ** * *
6502 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTTAA
* * * * * * *
6567 GGCAGA-TATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAA-TTGAACTTAAAATCAAT
66 GGCAAACAAAT-AAATATAATCTATTTCAA-AAAAAATGTAAAA-AAGTTGAACTTAAAATCAAT
**
6630 TATGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGATTTTTA
128 TATAAG-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGATTTTTA
* * **
6673 AAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAA
1 AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTTAA
* *
6738 GGCAAACAAATAAATATAATCTATTTCAATAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTAT
66 GGCAAACAAATAAATATAATCTATTTCAAAAAAAATGTAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTAT
6803 AAGTTATAAAACTATTTAAAG
131 AAGTTATAAAACTATTTAAAG
6824 CCAATAAGAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.16
170 32 0.25
171 75 0.58
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATAAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTTAA
GGCAAACAAATAAATATAATCTATTTCAAAAAAAATGTAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTAT
AAGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGATTTTTA
Found at i:6943 original size:169 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6574--6943 Score: 373
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
6564 TGAGGCAGAT
**
6574 ATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATGTGAT
1 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGAT
** * * * * * * * * *
6638 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGATTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACTATTTAAAGCCAATAAAAAGACTTTTAAAGCCATAGGTAACTACAAATAGACTTTTC
* **
6703 TTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACA
130 TTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTCCTTAAGGCAAACA
* * * * * *
6746 AAT-AAATATAATCTATTTCAAT-AAAAATGTAAAA-AAGTTTAACTTAAAATCAATTATAAG-T
1 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAA-TTGAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* *
6807 TATAAAACTATTTAAAGCCAATAAGAAAG-CTTTTGAAGCCATAGGTAACTACGAATAGA-TTTT
65 TATAAAACTATTTAAAGCCAATAA-AAAGACTTTTAAAGCCATAGGTAACTACAAATAGACTTTT
* * * *
6870 TTCTACCAATGAAT-GACTTTTTCTTTATGTTCCTT-AGGTAGAC-
129 CT-TACCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTCCTTAAGGCAAACA
6913 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATG
1 ATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATG
6944 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 33, Indels: 17
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 27 0.17
169 79 0.50
170 34 0.22
171 14 0.09
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
ATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAATAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCCAATAAAAAGACTTTTAAAGCCATAGGTAACTACAAATAGACTTTTCT
TACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTCCTTAAGGCAAACA
Done.