Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397562.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5446.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 363 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:333 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69--1334 Score: 1031
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
59 ATAATCTCCT
*
69 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTT
* * *
133 GAATATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTTAAAAAACGTGAAA
65 CAAT-TTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAA
* * *
198 AAAATGCATTTATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTGTAGTTACCC
128 AAAATGCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCC
* * * * * *
241 TTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATTATCTCAAAAGTAATTTTATGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* *
306 AATTTTTATTATTATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGA
66 AATTTTT-TTA-TATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAA-A
* *
371 AAAAAGCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAG-CACCC
128 AAAATGCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCC
* * ** * *
412 GTTCCTTTAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * *
477 -ATTTTTTTCT-TTTGTTATTAAAATAGATTATAATTAAATAT-T-TGCATTAAGAAACATGAAA
66 AATTTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAT-C-TTAAGAAACGTG-AA
* * * * * * *
538 AAAAAGGTATTCATTG-GCTAGCAAAGTAC-ATTGATAGTCT-CTC
127 AAAAATGCATTTATTGAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGT-TACCC
* * * * *
581 ATTCCTTCAAAAACGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * *
645 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTA-CTTCGAGAAATGT-ATAG
66 AATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAACGTGA-A-
* * * *
708 AAAAATACATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCG
127 AAAAATGCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCC
* * * * * * * *
751 ATTCTTTGAAAAGTCATATTAGTAACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * ** *
816 AATCTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG
66 AAT-TTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAA
* * *
880 AAAA-GCACATTCATTG-GCAAGCAAAGT-TCATTTATAGTCACCC
128 AAAATG--CATTTATTGAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTACCC
* * * * *
923 ATTCTTTCAAAAG-CTGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCGGTTCTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * ** ** *
987 CAATTTGTTTTACACTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAAGTGAAG
65 CAATTT-TTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAA-
* * * *
1052 AAAAAGGCATTCATTG-GCAAGCAAAA-TTTCATTTATAGTAACCC
127 AAAAATGCATTTATTGAGCAAG-AAAAGTCT-ATTTATAGTTACCC
* * * * *
1096 ATTCTTTCAAAA-CTTTATTACT-AGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * **
1159 -AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTGAGTGTCTGTCTCGAGAAACGTGTAAA
65 CAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTG-AAA
* * * * * *
1223 GAAA-GCCATTCATT--GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCT
128 AAAATG-CATTTATTGAGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCC
* * * ** * * *
1265 ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAGTAATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
1330 AATTT
66 AATTT
1335 ATCTACCTCG
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 143, Indels: 103
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 5 0.01
168 64 0.07
169 108 0.12
170 218 0.24
171 98 0.11
172 338 0.38
173 67 0.07
174 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
AATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGAAAAAA
ATGCATTTATTGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCC
Found at i:1172 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 24--6191 Score: 2958
Period size: 344 Copynumber: 18.1 Consensus size: 338
14 GGAAACATAT
** * * * * * *
24 AGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTAATAATCTCCTATTCCTTCAAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAGCATTTA-TTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* *
87 TTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATATTTTTTATATTT
63 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTCAATATTTTTTACATTT
* * * * * *
150 TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTTAAAAAACGTGAAAAAAATGCATTTATTGAG
126 TTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTG-G
* * * * * * *
215 AAAAAAAAG-TCTATTTGTAGTTACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTT
189 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * *
279 TATTATCTCAAAAGTAATTTTATGTTCAATTTTTATTATTATTTTTATTAAAACAGACTATAATT
253 TATAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTA-TATTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* *
344 GAATGTCTATCTCAAGAAACA-TGA
315 GAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGA
* * * * *
368 AGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG-CACCCGTTCCTTT-AAAAGTGTTAT
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACTCTTAT
* * *
431 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AT-TTTTTT-C-TTTTGT
64 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTT-T
* * * * * * * * * *
492 TATTAAAATAGATTATAATTAAATATTTGCATTAAGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGGCT
128 AATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAA-GCATTCATTGGCA
* * * * *
557 AGCAAAGTACATTGATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA-ACGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
191 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
621 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAA
255 TAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
685 TGCCTACTTCGAGAAATGT-A
318 TGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * * * * *
705 TAGAAAAATA-CATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATTCTTTGAAAAGTCAT
1 -AGAAAAA-AGCATTTA-TTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACTCTT
* * * *
768 ATTAGTAACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATCTTTTTTACATTTT
62 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTT
** * * *
833 TGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAGCACATTCATTGG
127 TAATTAAAACAGAT-ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG--CATTCATTGG
* *
897 CAAGCAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG-CTGTATTACTCACTTTAAATAGTTT
189 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACT-TATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * ** * *
961 TATAATCTCAAAATCGGTTCTAAGTTCAATTTGTTTTACACTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
253 TATAATCTCAAAAT-GATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* *
1026 GAATGTTTGCCTCGAGAAAAGTGA
315 GAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * *
1050 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGCAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAACT-TTAT
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAG-AAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAACTCTTAT
* * *
1114 TACTAGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTACATTTTTC
64 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTTA
* * * ** * * *
1177 ATTAAAACAGGCTATAATTGAGTGTCTGTCTCGAGAAACGTGTAAAGAAAGCCATTCATT-GCTA
129 ATTAAAACA-GATATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG-CATTCATTGGC-A
* * * * * * *
1241 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAGTAATTTCAT
191 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * ** ** * * * *** *
1306 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTATCTACCTCGA--GAAACGTGA--AAAAAAAAAC
256 AATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTATTAAAAC-AGACTATAATTGAAT
* * **
1365 GT-T-CATTGCCATGAAAAGTCC
319 GTCTAC-CT-CGA-GAAAAGTGA
*** * * *** * * * * *
1386 A-TTTATAGTC-TCTTATT-CCTTCAAAA-GC-CTTAT--T-ACACA--CTTT-AAATAGTTTTA
1 AGAAAAAAG-CAT-TTATTGGCAAGAAAATTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA-ACTCTTA
* * * * * * ** * ** **
1440 -TA--ATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATT-TTTCATTAA-AACAGACTATAA
63 TTACTAGCT-TTAAATGGTTT-TA--T-AA-TCTCAT-AATTGATT--TTAAGTTCA-A-TATTT
* * * ** ** * * ** *
1500 TTGA-ATGCCTGTCTT-A-TGAAACATG-TAGAGAAAGTAAT-T-TATTTAGAAGAAAAGTCCAT
117 TTTACAT---T-T-TTAATTAAAACA-GATATA-ATTG-AATATCTACCT-CAAGAAACGTGAAA
** * * ** ** * * * * *
1559 TTATAGTC-TCCCA-TACCATCAAAAG--C-CTTAT--T-A-CTA-GCCTT-AAATG-GTT-TTA
173 AAAAAG-CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTA
* * * * * * ** * *
1611 -T-AATCT-CATAATTGTAT--T-TTAAGTTGAATTTT---TTTACA--TTTTT-TA---TTA-A
236 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATG-ATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTATATTTTTATT
* * * * *
1660 AACATACTATAAT-TAAATG--T-T-TACCTCGAGAAACGTGT
299 AA-A-AC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * * **
1698 AG-AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCATCAAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* * * * *
1761 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTAC-ATTTT
* * * * * * *
1826 TGACTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACACT-AAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGG
127 TAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTAC-CTCAAGAAACGTGA-AAAAAAAGCATTCATTGG
* * * * ** *
1890 CAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCTCCAATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
189 CAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * *
1954 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAAAGTATAATTG
253 TATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTG
**
2019 AATGTCTACCTCGAGAAACTTGA
316 AATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * *
2042 TGAAAAATGCATTTATTGACAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAA-T-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* * * * * * *
2105 TTACTTA-CTTTAAATCGTCTTATTATCCCAAAATTTATTTTATGTTCAAT-TTTTACTTACATT
63 TTAC-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTT--TTACATT
* * * * * *
2168 TTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAAAAAAAGTATTCATTG
125 TTTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACC-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTG
** * * *
2232 GCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTGTTCCTTCAAAAGTCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGT
188 GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATAGT
* * *
2295 TTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTCAATTTTTTT-TACTTTTTTGATTAAAACATATTATA
251 TTTATAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA--TTTTT-ATTAAAACAGACTATA
* *
2359 ATTAAATGTCTACACT-GAGAAACGTGA
312 ATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAAAGTGA
* * * * * * *
2386 GGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAACGATAT-ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCT-TTA
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAA-AAT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* * ** *
2449 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGA-ATTTTTTATATTTTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
* * ** *** * * * *
2512 CATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGGGAAAAGTGTAGAAAAACA-CATTTATTCAG
128 AATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTG-A-AAAAAAAGCATTCATT-GG
* * * * * *
2576 -AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA-ACTATATTACTCGCTTCAAATGGCT
189 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACT-TATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * *
2638 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC-ATTCTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACAATAA
252 TTATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTAT-A-TTTTTATTAAAACAGACTATAA
* *
2702 TTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGA
313 TTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * * **
2728 AG-AAAAA-CATATTCATTGGCAAGCAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCTTTTAAAAGC-AGT
1 AGAAAAAAGCAT-TT-ATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTT
* *
2790 ATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AGATCGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACAT
62 ATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTCAA-TATTTTTTACAT
* * * * * * * *
2853 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCTCGAG-TACAGTGAAGAGAAAGGCATTTAT
124 TTTTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAAC-GTGAA-AAAAAAGCATTCAT
* * * * * * * *
2916 TGACAAGAAAA-TTCTATTTATAGTAACCTATTCTTTCAAAA-CCTTATTACT-AGCCTTATATG
186 TGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCA-CTTTAAATA
* * * * *
2978 GTTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTT-GATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
249 GTTTTATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
3042 AGTTGATTGCCTAACTCAAGAAATGTGT
311 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* ** * * *
3070 AG-AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* * * * **
3133 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-CTTTTTTACACATTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
3196 ATTTAAAACAAAACATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAATGTGAAGAAATAGCATTCATTGTCAA
128 AATTAAAAC-AGATATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * *
3261 GAAAAG-TCTATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGAATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
192 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
3325 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATACTTGAAT
256 AATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
3390 G-CTTGCC-CCAGGAAACA-TGT
319 GTC-TACCTCGA-GAAA-AGTGA
* * * * *
3410 AG-AAAAAGCCATTTATTTGG-AAAAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATACTTTCAAAAGC-CTT
1 AGAAAAAAG-CATTTA-TTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTT
* * * * **
3472 ATTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAAT-TTTTTTTTATGT
62 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTCAATATTTTTTACAT-T
* * * ** * * *
3535 TTTGCATTAAAACAGACTACAATTGAAT-GCTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATCATTCATT
125 TTT-AATTAAAACAGA-TATAATTGAATATC-TACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATT
* * * ** *
3599 GGCAAAAAAAAG-TCTATTTATAAT-ATCCCATTTCTTCAAAAG-CTATATTACTTGCTTTAAAC
187 GGC-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGACT-TATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
3661 GGCTTTATCATCTCAAAATTAATTTTAAGCTCAATTTTTTTA-ACTTTTT-TGGCTAAAACATAT
248 AGTTTTATAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTAT---TAAAACAGAC
* * *
3724 TATAATTAAATGTCTACATCGGGAAACA-TG-
308 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGA
* * * * *
3754 AGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
** * * * * *
3818 TTGTTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAGTTTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
** * * *
3882 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
128 AATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * * * *
3947 AG-AAATTTCTATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATCGTTTTA
191 AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* *
4011 TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
255 TAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAA-TTTT-TTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* **
4076 AATGTCTACCTCAAGAAGTGTGA
316 AATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
*** * * *
4099 AGAAAAATA-CATTTATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-ATTA
1 AGAAAAA-AGCATTTATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTA
* * * * * * * *
4162 TTACTCA-CTTGAAATTGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTATTTATATTT
63 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTT-TTTACA-TT
* * * * * *
4226 TTTTATTAAAATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCATTG
125 TTTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTG
* * * * *
4291 TCCAAGAAAAG-TCTATTTATGGTCACCCATTGCC-TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGG
188 -GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * ** *
4354 TTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACAGTTTTCGTTAAAACAGATTATA
250 TTTTATAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATA
* **
4419 ATTGAATGTTTACCTTAAGAAAAGTGA
312 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * *** * *
4446 AG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAATTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCCAAAGC-CTTA
1 AGAAAAAAG-CATTTATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACTCTTA
* *
4509 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-ATTTTTTACATTTTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
** * * ** * * *
4572 CGTTAAAACATACTATAATT-AA-ATGCTTGCCTCGGGAAACATGTAGAAAAACA-CATTTATTT
128 AATTAAAACAGA-TATAATTGAATAT-C-TACCTCAAGAAACGTG-A-AAAAAAAGCATTCA-TT
* * * * ** * * * *
4634 TG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTTTGAAAG-TTATATTACTCGCTTTAAATGGC
187 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACT-TATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
4697 TTTATCATCTCAAAATTGATTGTAAGTTTAATTTTTTTA-ACTTTTTCTGGCTAAAAGAGATTAT
251 TTTATAATCTCAAAA-TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTAT---TAAAACAGACTAT
* * *
4761 AATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGA
311 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * * * * *
4789 GGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC-CTTAT
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-CTCTTAT
* * * * * * * * *
4853 TGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAACTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAGTTTTG
64 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTTA
* * * * * ** * * **
4917 GTTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTACCTCGAGAAACAAGAAGAAAAAAACATTAATTAACAA
129 ATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAA
* ** * * * * *
4982 GAAAAG-TCTATTTATAGTGTA-TTATTCTTTCAAAA-ATTTTATTACTCGCTTTAAAGAGTGTT
192 GAAAAGTTC-ATTTATAGT-CACCCATTCCTTCAAAAGA-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
5044 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTAAATAAAACAAATTATAATTGA
254 ATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGA
* *
5109 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
317 ATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* * * *
5131 AGAAAAAA-CTATTCAATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATA-TCTCCTATTCTTTCGAAAGC-CTT
1 AGAAAAAAGC-ATT-TATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAACTCTT
* * ** * *
5192 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTCAA-GTTTTTTATATTTT
62 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTT
** * * * ** * * * *** * *
5256 TGGTTAAAACAGGCTGTACA-CGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAATCTCATTTATTTG
127 TAATTAAAACA-GATATA-ATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTG-AAAAAAAAGCATTCATTGG
* * * * * * * *
5320 AAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
189 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
5385 ATAATCTCATAATTGATTATAAATTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGA
254 ATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
5450 ATCTATACCTCAAGAAACGTGAA
317 ATGTCTACCTCGAGAAAAGTG-A
* * * * * *
5473 AAAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-GAAAC-CAATA
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAACTC-TTA
* * * * * * *
5536 TTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTCAGTT-GA-A-TTTTTACATTTTT
63 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTT
* * ** * * **
5598 -GTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAGAAAAATTCACTT-ATTTGG
128 AATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTG-AAAAAAAAGCA-TTCA-TTGG
* * * * * *
5661 -AAGAAAAG-TCTATTTAAAATCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
189 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC-TTATTACTCACTTTAAATAGTT
** * * * *
5723 TGGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTGTTCT-TTAAAACAGACTATAAT
252 TTATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATT-TT-TATTAAAACAGACTATAAT
* * * *
5786 TAAATG-CTTGCCTC-ATGAAACGTGT
314 TGAATGTC-TACCTCGA-GAAAAGTGA
* * * * * ** * *
5811 AGCAAAATA-CATTTATTCGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATT-TCCTCAAAAGC-CAT
1 AG-AAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA-CTCTT
* * * * *
5873 ATTACTCA-CTTTAAATGGCTTTATCATCTCCA-AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAACTT
62 ATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTT-ACAT
*** * * * * * * * *
5936 TTTTTGCTAAAACAAATTAGAATTAAATGTCTACATCGAGAAACGTGAGAAAAAAGGCTTTCATT
124 TTTTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGA-AAAAAAAGCATTCATT
* * * * * *
6001 GACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
187 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * **
6066 TTATAATCTCATAACTAATTTTCAGTTAAATGTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
252 TTATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATT
** * *
6131 GAATGTCTACCTTAAGAAACGTAA
315 GAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA
* *
6155 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAA-TTCATTTAT
6192 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.74 0.16 0.11
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Consensus pattern (338 bp):
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CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTTACATTTTTAAT
TAAAACAGATATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
AGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CAAAATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCGAGAAAAGTGA
Found at i:1183 original size:514 final size:510
Alignment explanation
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Period size: 514 Copynumber: 12.0 Consensus size: 510
30 ACCCATTTAT
* * * * *
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* *
103 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATATTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACT
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
293 TAATTTTATGTTCAATTTTTATTATTATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTC
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* * * * * *
357 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAG-CACCCGTTCCTTT
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* * * *
420 -AAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CATTTTT
378 CAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * * * *
483 TT-C-TTTTGTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATTTGCATTAAGAAACA-TGAAAAAAAAGG
442 TTACATTTT-TGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGA
*
545 TATTCA
505 CATTCA
* * * * * * * *
551 TTGGCTAGCAAAGTACATTGATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACGTTATTACTCA-CTTTAAATA
1 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCTTTAAATG
* * *
615 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * * * *
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130 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAGAAAAATACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
743 AGTCTCCGATTCTTTGAAAAGTCATATTAGTAACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATT
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808 TTAAGTTCAATCTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
259 TTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
*
873 CGTGAAGAAAAGCACATTCATTGGCAAGCAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCT
322 CGTGAAGAAAAG-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCT
* * * * * * * *
938 GTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCGGTTCTAAGTTCAATTTGTTTTACACT
386 -TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATT
* * * * * * *
1003 TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCA
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* ** *
1065 TTGGCAAGCAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-CTTTATTACTAGCTTTAAATG
1 TTGGCAAG-AAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATG
* * *
1129 ATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* ** * **
1193 ATTGAGTGTCTGTCTCGAGAAACGTGTA-AAGAAAGCCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTA
130 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAGAA-AAATACATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** *
1256 TAGTCAT-CTATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAGTAATTTCATAATCTCATAATTGA
193 TAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *** * * * * *
1320 TTTTAAGTTGAATTTATCTAC-CTCGAGAAACGTGAAAA-A-A-AAAACGTTCATTG-C--CAT-
257 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG----GTTAAAACAGATATAA--TTGAATGTCTACCTC
* *** * * * * *** * *
1377 GA-AAA-GTCCATTTATAGTC-TCTTATT-CCTTCAAAAG--C-CTTAT--T-ACACA--CTTT-
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* * * * * * * * * * *
1429 AAATAG-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTCA-AGT-T--GAATT-TTTTTAAATT---TTTCA
379 AAA-AGCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--
** ** * * * * * * * ** * ** * *
1484 TTAAAACAGACTATAATT-GAA-TGCCTGT-CTT--ATG-AAACATGTAGAGAAAGT-AATTTAT
440 TT-TTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AAAGTGAA--GAA
** **
1542 TTAGA-A-GAA
500 AAAGACATTCA
** * * * * *
1551 AAGTC----------CATTTATAGTCTCCCATACCATCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGG
* * *
1606 TTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATA
66 TTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * *
1671 ATTAAATGTTTACCTCGAGAAACGTGTAGAAAAAGT-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
130 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** *
1735 AGTCTCCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
194 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * *
1800 CTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTGACTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACACT-AAGA
259 TTAAGTTCAA-TTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGA
* * * * **
1864 AACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCTCCAATTCCATCAAAA
320 AACGTGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* *
1928 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
383 G-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * ** * *
1993 TTTTT-AGTTAAAGCAAAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGATGAAAAATG-CATTT
447 TTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAA-GACATTC
2056 A
510 A
* * *
2057 TTGACAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC-TAGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
2120 CGTCTTATTATCCCAAAATTTATTTTATGTTCAATTTTTACTTACATTTTTTATTAAAAAAGACT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT--TTACATTTTTCATTAAAACAGACT
* * * * *
2185 ATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC--AT-GAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
127 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAG-AAAAATA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * *
2247 TTATAGTCACCTGTTCCTTCAAAAGTCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
190 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
2311 TGATTCTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACACT-
254 TGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTAC-CTC
* * * * * *
2375 GAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AACGATAT-ATTTATAGTCTCCTATTCCTT
316 GAGAAACGTGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAG-T-TCATTTATAGTCACCCATTCTTT
*
2438 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAA-TTT
378 CAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTT
* * * * *** * *
2501 TTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGGGAAAAGTGTAGAAAAACAC
441 TTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGAC
*
2566 ATTTA
506 ATTCA
* * * * * *
2571 TTCAG-AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACTATATTACTCGCTTCAAAT
1 TT-GGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAAT
* * * ** * *
2634 GGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTCTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACAA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTA
* * * * *
2699 TAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGA-AGAAAAACATATTCATTGGCAAGCAAAGTCTATTT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-ATAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** *
2763 ATAGT-TACCCATTCTTTTAAAAGCAGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AGATC
192 ATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATT
* *
2826 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCTCG
255 GATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * *
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* * * * * *
2953 AAAACCTTATTACTAGCCTTATATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTG-ATTGTTTT
379 AAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * * *
3017 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAGTTGATTGCCTAACTCAAGAAATGTGTAGAAAAAGCCAT
443 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACAT
3082 TCA
508 TCA
** * * * * *
3085 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGG
* * * ** *
3150 TTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GACTTTTTTACACATTT-ATTTAAAACAAAAC-AT
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* * * *
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* * ** * *
3274 ATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGAATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA
192 ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
3402 AAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGG-AAAAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATACTTTCAAA
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* * * * *
3466 AGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTTT
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* * ** * * *
3530 TATGTTTTGCATTAAAACAGACTACAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-TCA
445 CAT-TTTTG-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACA
3593 TTCA
507 TTCA
* * * * * * *
3597 TTGGCAAAAAAAAG-TCTATTTATAATATCCCATTTCTTCAAAAGCTATATTACTTGCTTTAAAC
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* * * * * * *** * *
3661 GGCTTTATCATCTCAAAATTAATTTTAAGCTCAATTTTTTTAACTTTTTTGGCTAAAACATATTA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTA
* * * * *
3726 TAATTAAATGTCTACATCGGGAAAC--ATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAT-AG-AAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** ** * *
3789 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG
191 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
3854 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
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3919 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAG-AAATTTCTATTTATAGTCACCTATT-TCTTCAAA
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* * * * * * *
3982 AGCCTTATTAGTCACTTTAAATCGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTATTT
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*
4112 TA
509 CA
*** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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252 ATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCT
** * * *** *
4434 TAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAA-TTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTT
315 CGAGAAACGTGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTT
*
4498 CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
378 CAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** * *
4562 TTACATTTTTCG-TTAAAACATACTATAATTAAATG-CTTGCCTCGGGAAACA-TGTAGAAAAAC
442 TTACATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAG
*
4624 ACATTTA
504 ACATTCA
* * * ** *
4631 TTTTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCTTTGAAAG-TTATATTACTCGCTTTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTT-TATTACTAGCTTTAAAT
* * * * * *
4694 GGCTTTATCATCTCAAAATTGATTGTAAGTTTAATTTTTTTA-ACTTTTTC-TGGCTAAAAGAGA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTCAT---TAAAACAGA
* * * * * **
4757 TTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGA-GGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
125 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-ATAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * *
4821 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAAC
189 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
4886 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTACCTCGA
254 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCGA
** * * ** * **
4951 GAAACAAGAAGAAAAAAACATTAATTAACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTGTA-TTATTCTTTCA
318 GAAACGTGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGT-CACCCATTCTTTC-
** * * *
5014 AAAATTTTATTACTCGCTTTAAA-GAGTGTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATT
379 AAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
5078 TATATTTTTAAATAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACTA
443 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGAC-A
5142 TTCAA
507 TTC-A
* * * * *
5147 TT-GCAAGAAAAGTTCATTTATA-TCTCCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGG
* ** * * ** * *
5210 TTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGTTCAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGCTGTAC
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA-
* * * * * * * * * * *
5275 A-CGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGTAG-AAAATCTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTAAT
130 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAGAAAAAT-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * **
5338 AGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
194 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ** * * * *
5403 ATAAATTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATCTATACCTCAAGAAAC
259 TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * * * *
5468 GTGAAAAAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-GAAACC
323 GTG-AAGAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGC
* * * * * *
5532 AATATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAA--TTTTTACATT
385 -TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * **
5595 TTTG-TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAGAAAAATTCACTT-A
449 TTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACA-TTCA
* * * *
5656 TTTGG-AAGAAAAG-TCTATTTAAAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAAT
** * * * *
5719 GGTTTGGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTGTTCTTTAAAACAGACTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
5783 AATTAAATG-CTTGCCTC-ATGAAACGTGTAGCAAAATACATTTATTCGAAAGAAAAGTCCATTT
129 AATTGAATGTC-TACCTCGA-GAAACGTATAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * *
5846 ATAGTCTCTTATTTCC-TCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATCATCTCCA-AATT
192 ATAGTCTCCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATT
* * * * * * * *
5909 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAACTTTTTTTGCTAAAACAAATTAGAATTAAATGTCTACATCG
255 GATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * * *
5974 AGAAACGTGAGAAAAAAGGCTTTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
317 AGAAACGTGA-AGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
* * * * *
6039 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTCAGTTAAATGTTTTTA
381 AAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
6104 TAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAA-AGCATT
445 CATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGA-CATT
6168 CA
509 CA
*
6170 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
6192 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4494, Mismatches: 887, Indels: 517
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
475 22 0.00
476 37 0.01
477 15 0.00
478 145 0.03
479 16 0.00
480 1 0.00
481 5 0.00
482 1 0.00
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500 7 0.00
501 16 0.00
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504 9 0.00
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518 65 0.01
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520 141 0.03
521 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTATAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG
AAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCA
Found at i:1448 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 1206--1469 Score: 386
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
1196 GAGTGTCTGT
* * ** *
1206 CTCGAGAAACGTGTAAAGAAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCT
1 CTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCT
* * * *
1271 TCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAGTAATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTA
66 TCAAAAGACTTATTACACACTTTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTA
1336 TCTAC
131 TCTAC
* *
1341 CTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAACGTTCATTGCCATGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTTATTCC
1 CTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-TATTCC
* * *
1405 TTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTT
65 TTCAAAAGACTTATTACACACTTTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTT
1470 TTTTAAATTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 2
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
134 2 0.02
135 112 0.98
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (135 bp):
CTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCT
TCAAAAGACTTATTACACACTTTAAATAATTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTA
TCTAC
Found at i:1739 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1336--6191 Score: 4203
Period size: 171 Copynumber: 28.3 Consensus size: 171
1326 GTTGAATTTA
* ** * * * * **
1336 TCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAACGTTCATTGCCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* * *
1401 TTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-ACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTG
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
1465 AATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
130 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * * * * * *
1507 CCTGTCT-TATGAAACATGTAGAGAAAGTAATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
1 TCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
* * *
1570 CATACCATCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGT
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGT
* *
1635 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTAAATG
128 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
1679 TTTACCTCGAGAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* * * * *
1744 TTCCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTCA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
1809 ATTTTTTTTACTTTTTTTGACTAAAACATATTATAATTAAATG
131 A-TTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
1852 TCTACACT-AAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCTCCA
1 TCTAC-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * *
1916 ATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
1981 AATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAGCAAAGTATAATTGAATG
130 AATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
2023 TCTACCTCGAGAAACTTGATGAAAAA-TGCATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * * * *
2087 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATCGTCTTATTATCCCAAAATTTATTTTATGTT
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
2151 CAATTTTTACTTACATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTGAATG
129 GAATTTTT--TTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * **
2196 TCTACCTTGAAAAACATGAAAAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTG
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* * * *
2260 TTCCTTCAAAAGTCTTATTACCT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTC
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
2324 AATTTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAATG
130 AA-TTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
2367 TCTACACT-GAGAAACGTGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AACGATATATTTATAGTCTCC
1 TCTAC-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCC
* * * *
2430 TATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTT
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
* * *
2494 TGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATG
128 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * ** * * *
2537 CCTACCTTGGGAAAAGTGTAGAAAAACACATTTATTCAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * *
2601 ATTCCTTCAAAA-ACTATATTACTCGCTTCAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
65 ATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
2665 CATTCTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATG
129 GAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
2709 TCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAACAT-ATTCATTGGCAAGCAAAGTCTATTTATAGT-TACC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CC
* * ** *
2772 CATTCTTTTAAAAGCAGTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AGATCGATTTTAAG
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAG
* * *
2835 TTCAATTTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
127 TTGAA--TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * ** *
2882 T-TACCTCGAG-TACAGTGAAGAGAAAGGCATTTATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTAACCT
1 TCTACCTCGAGAAAC-GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * *
2945 ATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTAGCCTTATATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTG
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
3009 -ATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAGTTGATTG
130 AATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * ** * * *
3051 CCTAACTCAAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* *
3116 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** *
3180 ACTTTTTTACA-CATTTATTTAAAACAAAAC-ATAATTGAATG
131 ATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAC-AGACTATAATTGAATG
* * * * *
3221 TCTACCTCCAGAAATGTGAAGAAATAG-CATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* ** * * *
3285 TTTCTTCAAAAGAATTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
3349 AATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATACTTGAATG
130 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
3391 -CTTGCC-CCAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTTATTTGG-AAAAAAAGTCCATTTACAGTCTC
1 TC-TACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
* * * * *
3453 CCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAG
63 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAG
** * *
3517 TTGAATTTTTTTTTATGTTTTGCATTAAAACAGACTACAATTGAATG
127 TTGAATTTTTTTACAT-TTTT-TATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * * * *
3564 -CTTGTCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-TCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCTATTTATAATATCC
1 TC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
* * * * * * * *
3627 CATTTCTTCAAAAG-CTATATTACTTGCTTTAAACGGCTTTATCATCTCAAAATTAATTTTAAGC
64 CATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * *
3691 TCAATTTTTTTA-ACTTTTTTGGCTAAAACATATTATAATTAAATG
128 TGAATTTTTTTACA-TTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
3736 TCTACATCGGGAAACATG-AGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCT
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
** * * *
3800 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* **
3865 AATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
130 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * ** * *
3907 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGTAAGAAATTTCTATTTATAGTCACCT
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * * *
3971 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA-CTTTAAATCGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTT
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
4035 CAATTTTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
129 GAA-TTTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * *** *
4080 TCTACCTCAAGAAGTGTGAAGAAAAA-TACATTTATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
* * * * * * *
4144 ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCA-CTTGAAATTGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTT
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
4208 CAATTTTTATTTATATTTTTTTATTAAAATAGACTACAATTGAATG
129 GAA-TTTT-TTTACA-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
4254 TCTACCTCTAGAAACGTTAAGAAAAAAG-CATTCATTGTCCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
* * * *
4318 CATTGCC-TCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAG
64 CATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** *
4381 TTTAATTTTTTTTACAGTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
127 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * * * **
4427 TTTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAATTCTATTTATAGTCTTTCA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* *
4492 TTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
** * *
4557 A-TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACATACTATAATTAAATG
131 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ** * * * *
4597 -CTTGCCTCGGGAAACATGTAGAAAAACACATTTATTTTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
1 TC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
** * * * * * *
4660 CATTCCTTTGAAAG-TTATATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATCATCTCAAAATTGATTGTAAGT
64 CATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * *
4724 TTAATTTTTTTA-ACTTTTTCTGGCTAAAAGAGATTATAATTAAATA
128 TGAATTTTTTTACA-TTTTT-T-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
4770 TCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* * * * * *
4835 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAACTAATTTTAAGTTGA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** *
4900 ATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATG
131 ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** ** * ** * ***
4941 TTTACCTCGAGAAACAAGAAGAAAAAAACATTAATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGTATTA
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA
* *** * * *
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* * * * * *
5070 AATTTATTTATATTTTTAAATAAAACAAATTATAATTGAATG
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* *
5112 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCAATT-GCAAGAAAAGT-TCATTTATA-TCTC
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTC
* * * * * **
5173 CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGT
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * * * * * *
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* ** * *
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66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
5411 AATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATC
130 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
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1 TCTACCTCGAGAAACGTG--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
** * * * * * * *
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* *
5581 TGAA--TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
128 TGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
5622 CCTACCTCAAGAAATGTGTAGAAAAATTCACTT-ATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTAAAATCTCT
1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCA-TTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCC
* * ** *
5685 CATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGGTAATCTCATAATTGATTTTAAATT
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
5750 GAA-TTTTTTACATTGTTCT-TTAAAACAGACTATAATTAAATG
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* * * * * * *
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1 TC-TACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCC
* * * *
6028 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTCAGTT
64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * **
6093 AAATGTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
129 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * *
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1 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
6192 NNNNNNNNNN
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* ** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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* * *
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* ** * * *** *
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* * * *
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* * * * *
2618 ATTACTCGCTTCAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTCTTTTTTTCATTTT
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* * *
2683 TT-GTTAAAATAGACAATAATTGAATG
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* * * * *
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* * ** * *
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64 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGT
* * * * * *
2836 TCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TACCTCGAG-TACAGTG
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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*
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * *
3306 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTCATT
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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252 -TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACTTT
*** * * *
3708 TTTGGCTAAAACATATTATAATTAAATG
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* ** * * *
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1 TCTACCTCAAGAAACGTGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
** * * *
3801 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGTTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGA
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*
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* ** * * *
3931 AAAGCATTCATTGGTAAGAAATTTCTATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCA
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* * * * * *
3996 CTTTAAATCGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTATTTA-TATTTTTTATTA
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323 AAACAGACTATAATTGAATG
** * * *** * *
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1 TCTACCTCAAGAAACGTGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
* * * * * * * * *
4144 ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTGAAATTGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTC
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* ** * * * * *
4209 AATTTTTATTTATATTTTTTTATTAAAATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTTAA
130 AA-TTTT-TTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * *
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192 GAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATT-CCTTCAAAAGCCTTAT
** * * * * **
4338 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACAGTTTTC
255 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTC
* *
4403 GTTAAAACAGATTATAATTGAATG
319 ATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * **
4427 TTTACCTTAAGAAAAGTGA-AGAAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAATTCTATTTATAGTCTTTC
1 TCTACCTCAAGAAACGTGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC
*
4491 ATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
65 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** *
4556 AA-TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACATACTATAATTAAATG-CTTGCCTCGGGAAACATGTAGA
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * ** *
4619 AAAACA-CATTTATTTTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCAC-ATTCCTTTGAAAG-TTATAT
194 AAAA-AGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCT-TAT
* * * * *
4680 TACTCGCTTTAAATGGCTTTATCATCTCAAAATTGATTGTAAGTTTAATTTTTTTAACTTTTTCT
255 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACTTTTT-T
*** * * * *
4745 GGCTAAAAGAGATTATAATTAAATA
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* * * *
4770 TCTACCTCGAGAAACGTGAGGAAAGAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
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* * * * *
4835 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAACTAATTTTAAGTTGA
66 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
4900 ATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTACCTCGAGAAACAAGAAGAAA
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* * ** * * * ***
4965 AAAACATTAATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTGTA-TTATTCTTTCAAAAATTTTATTACTC
196 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
5029 GCTTTAAA-GAGTGTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTA-TATTTTTAAATA
260 GCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTCATTA
* *
5092 AAACAAATTATAATTGAATG
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*
5112 TCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAA-ACTATTCAATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATA-TCTC
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* * * * **
5173 CTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCAATTTTAAGT
63 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
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*** * * * * * * *
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192 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * *
5367 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAATTGAATTGTTTTA-TATTTTTCAT
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* *
5431 TAAAACAGACTACAATTGAATC
321 TAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
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** * * * * * *
5518 ATTCCTTTGAAA-CCAATATTACTCGTTTTCAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTCAGTT
65 ATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
5582 GAA--TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAGA
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** * * * *
5644 AAAATTCACTT-ATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTAAAATC-TCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
194 AAAAAGCA-TTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * * *
5706 ACTCGCTTTAAATGGTTTGGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTGTTCTT
256 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCAT
*
5770 TAAAACAGACTATAATTAAATG
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* * * * * * * *
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* * * * *
5855 TATTTCC-TCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATCATCTCCA-AATTGATTTTAAG
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* * * * * * * * * * *
5918 TTTAATTTTTTTTAACTTTTTTTGCTAAAACAAATTAGAATTAAATGTCTACATCGAGAAACGTG
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* * * * *
5983 -AGAAAAAAGGCTTTCATTGACAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
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* * * * * *
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**
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* *
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6192 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAA
CAGACTATAATTGAATG
Found at i:6592 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6292--6783 Score: 531
Period size: 174 Copynumber: 2.8 Consensus size: 172
6282 NNNNNNNNNN
* * *
6292 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTT-TC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT-
* * * * * ** *
6356 TCACGTTTCTTGATGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAAAATT
64 TCACATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAAATGT-AAATAAAAATT
* * * * *
6420 GAACTTGAAATCAATTTGAGATAACAAAACCATTTAAAGTGTGTA
128 GAACATAAAATCAATTTGAGATAACAAAACAAATTAAAGTGAGTA
* * *
6465 ATAAGGTTTTTGAAGCAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTATTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTT
* *
6530 AACATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTGTAGTTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAATAAAAATTGA
65 CACATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAATAAAAATTGA
* * * *
6595 ACATAAAATCAATTTTGGGATAATAAAATAAATTCAAGTGAGTA
130 ACATAAAATCAA-TTTGAGATAACAAAACAAATTAAAGTGAGTA
********** * *
6639 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTNNNNNNNNNNAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCATTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTT
* * * *
6704 CATATTTCTCA-AGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATATAAATAAAAATTG
65 CACATTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAATAAAAATTG
6768 AACATAAAATCAATTT
129 AACATAAAATCAATTT
6784 TGGGATAATN
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 46, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.01
173 118 0.44
174 143 0.54
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTC
ACATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAATAAAAATTGAA
CATAAAATCAATTTGAGATAACAAAACAAATTAAAGTGAGTA
Done.