Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397563.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2710.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 181 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:296 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2446 Score: 1921
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 169
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* * * * * ** *
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64 AAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
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129 TACTCGCTTTAATTGTTTTT-A-ATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
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* * * *
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** * * * *
343 TTGAATGTTTTTT--ATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTTCCT-TAAGAAACA-T
1 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAA-AGT
* * * * * * * * * * *
404 GAAGAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAGAAGTCCATTTAGACTAACCCATTCCTTCGAAAGCATTA
63 GAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
469 TTACTTGCTTTAATTGTTGTTAAAATCTCATACTTGATTTTATA-
128 TTACTCGCTTTAATTGTT-TT-TAATCTCATAATTGATTTTA-AG
* * * * *
513 TTAAATTGTTTTACATCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAAAGTAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAAAGTGA
* * * *
577 AGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATT
65 AGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
642 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTATG
130 ACTCGCTTT-AATTGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * **
684 TTGAATTTTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAAGTGAA
** * * * * * *
749 GAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAGAAGTCTATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
66 GAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
814 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCATTTTATG
131 CTCGCTTTAATTG-TTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * ***
855 TTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTAGGGAAACA-TG
1 TTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA-AGTG
* * * * * *
919 AAGAAAAAGATACTCATTAGCT-AGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTG
64 AAGAAAAAGTTATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
983 TTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAACCTAATAATTGACTTTAAG
128 TTACTCGCT-TTAATTGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * **
1027 TTGAATTTTTTTTCA--TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCT-TGGGAAACTTG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAAGTG
* * * * * *
1089 AAGAAAAAGATATTCATCGGCATGAAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGTCTTCAAAAGCCTTA
64 AAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
1154 TTACTTGCTTTAAATTGCTTTATATTCTCATAATTGACTTTAAG
128 TTACTCGCTTT-AATTG-TTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAG
** ** ** * * ** **
1198 --CCATTTTTTTTTA-TTTTGGTCAAAACAAATTATAATTGAATACCTACCT-TGAGAATTGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAAGTGA
** * * * ***
1259 AGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTTGGAAGCCTTAT
65 AGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
1323 TGCTTAG-TTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 TAC-TCGCTTTAATTG-TTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
1366 TTAAATTTTTTAACATTTTTTATTCAAACATATTATAATTG-ATGT-TCACATCGAGAAAAGTGC
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCTAGAAAAGTGA
* * * * * *
1429 AGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATGCATTCGAAAGCCTTATT
65 AGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
1494 ACTCAATTTAAATAGTTTCATAATAATCTCATAAATGATTTGAAG
130 ACTCGCTTT-AATTGTTT--T--TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
1539 TTGAATTTCTTTAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAAAGTGA
* * * * * *
1603 TGAAAAAGTTATTCATTAGCAAGAAACA-TCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATAT
65 AGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
1667 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGACTTTAAG
129 TACTCGCTTT-AATTGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1710 TTGAAATTTATTTT-CA-TTTTTAGTTAAAACCGATTATAATTAAATGCCTACCTC-AAAAAATG
1 TTG-AATTT-TTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAA-G
* ** * * * **
1772 AGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCCTTTGAAAGCCTT
62 TGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
1837 ATCACTGGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-
127 ATTACTCGCTTTAATT-GTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTA-AG
* * * * *
1882 TTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAACC-CTAAAAAACATG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCTAGAAAA-GTG
* * *
1945 AAGAAAAAATTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
64 AAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2010 AACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAAGTT-ACTTTAAG
129 TACTCGCTTT-AATTGTTTT-TAATCTCATAA-TTGATTTTAAG
* * * * *
2053 TTGAATTTGGTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTAGCTCAAGAAACA-T
1 TTGAATTT--TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA-AGT
* ** * * * *
2116 GAGGAAAATA-CCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCCTT
63 GAAGAAAA-AGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* **
2179 ATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCTTTTTATA-
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* * * * *
2224 ATGAATTTTTTTACATTTTCTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAGACA-TG
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAA-A-AGTG
* * * ** * * *
2287 AAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAGAGTATATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAACCTTAT
64 AAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
2352 TACTCG-TTTGAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAG
129 TACTCGCTTT--AATTGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** *
2395 TTGTATTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCT
1 TTGAATTTTTTTAC-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
2447 TAAGAAATGT
Statistics
Matches: 1818, Mismatches: 375, Indels: 164
0.77 0.16 0.07
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167 9 0.00
168 58 0.03
169 89 0.05
170 377 0.21
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Consensus pattern (169 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAAGTGAA
GAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAATTGTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:1038 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--7316 Score: 6171
Period size: 342 Copynumber: 21.5 Consensus size: 339
* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
195 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAA-AGTGAAGAAAAAGTTATTCGTTGGCAA
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* * * * * *
258 GAAGAA-TCCATTTATAGTCAGCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGGTTTTAT
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* *
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* * * * *
343 TTGAATGTTTTTT-ATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTTCCTTAAGAAACATGAA
1 TTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * * * * *
407 GAAAAAGTCATTTATTGGTGAGAGAAGTCCATTTAGACTAACCCATTCCTTCGAAAGCATTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
472 CTTGCTTTAATTGTTGTTAAAATCTCATACTTGATTTTATATTAAATTGTTTTACATCTTTTATT
130 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * *
537 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-AGTAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGA
195 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACA-TGAAGAAAAAGATATTCATTAG-CAGA
* * * * *
601 AAAGTTCACTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*
666 CTCATAATTGACTTTATG
322 CTCATAATTGACTTTAAG
* * *
684 TTGAATTTTTTTTCATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * *
749 GAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAGAAGTCTATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* *
814 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTAT
130 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATA-TTTTTTAT
* * *
879 TAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGATACTCATTAGCTAGA
194 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-GGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGC-AGA
* * * * * *
944 AAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAAC
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*
1009 CTAATAATTGACTTTAAG
322 CTCATAATTGACTTTAAG
* * * *** *
1027 TTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACTTGAA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
** * ** * *
1091 GAAAAAGATATTCATCGGCATGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGTCTTCAAAAGCCTTAT
65 GAAAAAGCCATTCATTGG--TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
1155 TACTTGCTTTAAATTG-CTTTATATTCTCATAATTGACTTTA-A--GCCATTTTTTTTTA-TTTT
128 TACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTG-AATTTTTTTATATTTTT
** * * ** * *** ** * * *
1215 GGTCAAAACAAATTATAATTGAATACCTACCTTGAGAATTGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTG
191 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAG-C
* *** * * *
1280 AGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTTGGAAGCCTTATTGCTTAG-TTT-AATTGTTTT
254 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTT
*
1342 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG
316 TATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * ** * * * * *
1366 TTAAATTTTTTAACATTTTTTATTCAAACATATTATAATT-GATGT-TCACATCGAGAAA-AGTG
1 TTGAATTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-ACCTCAAGAAACA-TG
* ** * * * * * *
1428 CAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATGCATTCGAAAGCCTTAT
63 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*** * * ** * * *
1493 TACTCAATTTAAATAGTTTCATAATAATCTCATAAATGATTTGA-AGTTGAATTTCTTTAAATTT
128 TACTTGCTTT-AATTGTTT--TTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
1557 TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAAGTTATTCATTAG
189 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAG
* * * *
1622 CAAGAAACA-TCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTT
253 C-AGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
*
1686 TATAATCCCATAATTGACTTTAAG
316 TATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * *
1710 TTGAAATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACCGATTATAATTAAATGCCTACCTCAA-AAA-ATGA
1 TTG-AATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAT--
* * * *
1773 GAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTA
62 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
1838 TCACTGGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTT
127 TTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * **
1903 -TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAACCCTAAAAAACATGAAGAAAAA-ATTATTCATTAGC
192 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-A-CCTAGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTAGC
* *
1966 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTA
254 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
*
2031 TAATCCCATAAGTT-ACTTTAAG
318 TAATCTCATAA-TTGACTTTAAG
* * *
2053 TTGAATTTGGTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTAGCTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTT--TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* *
2118 GGAAAATA-CCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAGCCTTAT
64 AGAAAA-AGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * *
2181 TACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCTTTTTATAATGAATTTTTTTACATTTTCTA
128 TACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * *
2246 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAGACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
193 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAA-ACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGC-AG
* ** * * *
2311 AAGAGTATATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATAGTTTTATA
256 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATA
*
2375 ATCTTATAATTGACTTTAAG
320 ATCTCATAATTGACTTTAAG
* * * * *
2395 TTGTATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTAAG-AA-ATG-T
1 TTGAATTTTTTTC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
*************************************************************
2457 G--ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
**********************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTATT
130 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * *
2585 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCATTAGCATGAA
195 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-G-A
* * * * * *
2650 AAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTTAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATGAT
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
2715 CTCATAATT-AGCTTTAAG
322 CTCATAATTGA-CTTTAAG
* * * * * * *
2733 TT-ATTTGTTTTTCATTTTTGGTCAAACCATATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAA
1 TTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * * *
2797 GAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCAATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * *
2862 CTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTT-TT
130 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
2926 AAAACAGATTATAACTGATTGTCTACCTTGGGAA-ATGTTATGAAAAAGATATTCATTGGCATGA
195 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACATG--AAGAAAAAGATATTCATTAGCA-GA
* *
2990 AAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*
3055 CCCATAATTGACTTTAAG
322 CTCATAATTGACTTTAAG
* * * * * * **
3073 TTAAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATGTGAA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* ** *
3138 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATCA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * ** * * * * * *
3203 GTTGCTATAATTGCATTTATAATCTCATACCTGGTTTTATATTGAATGTTTCTACAGTTTTTATT
130 CTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * ** * * *
3268 AAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCCCGAAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTAGCAAGAA
195 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGC-AGAA
* * *
3333 AAGTCCATTAATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATC
258 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
*
3398 CCATAAGTT-ACTTTAAG
323 TCATAA-TTGACTTTAAG
* * * *
3415 TTGAGTTTTATTTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACC-C------C---A
1 TTGA-ATTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * *
3470 AG---AA---A--CA-T-GAG-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCGAAAGCCTTATT
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
3524 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
129 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * ** * * *
3589 TAAAACATATTACAACTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGA
194 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGC-AGA
* * *
3654 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTATAA
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAA
* * *
3718 TCTTATAATTGACTTCAAA
321 TCTCATAATTGACTTTAAG
* * *
3737 TTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
* * * * * ** *
3802 AAAAAACCCATTCATTAGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTA
65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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255 -G-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
*
4057 TGATCTCATAATT-AGCTTTAAG
318 TAATCTCATAATTGA-CTTTAAG
* * * **
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1 TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * *
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66 AAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
********** * * * *
4204 TTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATTCTTGATTTTATGTTGAAATTTTCTATATATATTTT-T
131 TTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTG-AATTTT-TTTATATTTTTTAT
* * * ** * * *
4268 TAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCATGGGCAATGTGATGAAAATGATATTCATTGGCATGA
194 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-GA
* * *
4333 AAAGTCCATTTACAGTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
**************
4398 CTCANNNNNNNNNNNNNNNN
322 CTCA--TAATTGACTTTAAG
**************** * *
4418 NNNNNNNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTAAG-AA-ATGCAA
1 TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATG--A
* * *
4481 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAATGTCCATTTAAAGTCACCCATGTCTTCGAAA-CACTTAT
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC-CTTAT
* * * *
4545 CACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATACTGAATTTTTTTTACATTTTTT
128 TACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAA-TTTTTTTATATTTTTT
* * ** *
4610 ATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGATGAAAAAGATATTCATTAGCAC
192 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-
* * * *
4675 GAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGTCTTGAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
255 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
*
4740 ATCCCATAATTGACTTTAAG
320 ATCTCATAATTGACTTTAAG
* * ** *
4760 TTGAATTTTTTTTTCGTTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATTTCAAGAAATATGA
1 TTGAA--TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * ** *
4825 AGAAAAAACCATTCATTGGTGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATC
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * ********** *
4890 AGTTGCTTTAATTGTATTTATAATCTCATACTTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTTAT
129 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * *
4955 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCT-GAAAAACATGAA-AAAAAGTTATTCATTAGCATG
194 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-G
* * * **
5018 AAAAGTCTATTTA-AGGTCGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTTACTTTAAAT-GATTTTAT
256 AAAAGTCCATTTATA-GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTAT
* *
5081 AATCCCATAAGTT-ACTTTCAG
319 AATCTCATAA-TTGACTTTAAG
* * *
5102 TTGAATTTTCTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAA-TTT-TTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * *
5167 GGAAAAGGCCATTCATTGGTGAGAAAATTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAACCTTATT
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
5232 ACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTCATTTCATATTGAA-TTTTTTATATTTTTTAT
129 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * ** * *
5296 TAAAAGAGATTATAACTAAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
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* * * **********
5361 AAAGTCCATTTATAGCCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAAT
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*
5426 CTTATAATTGACTTTAAG
322 CTCATAATTGACTTTAAG
* * * * *
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1 TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * * * *
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66 AAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
** * * * * *
5574 TCCCTTTAAATGGTTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
131 TTGCTTTAATTGTTTTTAT-AATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* *
5637 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGTATG-
194 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCAT---TA-GC
* * * *
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*
5765 TGATCTCATAATT-AGCTTTAAG
318 TAATCTCATAATTGA-CTTTAAG
* * * * * ** *
5787 TT---TTTTTTT-ATTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAG
1 TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * * *
5848 AGAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAC
66 AAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
5913 ATGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATATTTT-TTA
131 TTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * ** * *
5977 AAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCACGAAA
196 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-GAAA
* * * *
6042 AGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCC
259 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
6107 CATAATTGACTTTAAG
324 CATAATTGACTTTAAG
* * *
6123 TTGAATTTTTTTTTCA-TTTTGGATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATATGA
1 TTGAA--TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * *
6187 AGAAAAAGCAATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATC
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* * ** *
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* * * * * *
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*
6447 CCCATAATTGACTTTCAA-
322 CTCATAATTGACTTT-AAG
* * * *
6465 TTGAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTATCTCAAGAAATGA-GA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAA-CATGA
* * * * *
6529 AGAAAAAGCCATTCATTCGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGGAAGCCTTGTC
64 AGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
6594 ACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTG-ATTTTTTTATATTTTTTAT
129 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * ** * *
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* * * *
6723 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTATAA
257 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAA
*
6787 TCTTATAATTGACTTTAAG
321 TCTCATAATTGACTTTAAG
* * * **
6806 TTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGGGAA
1 TTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
** * * * *
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65 GAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* ** * * *
6936 CTCGCTTTAAACAG-TTTTATAAAT-GCATAATTGATTTGA-ATTTGAATTGTTTTTATATTTTT
130 CTTGCTTT-AATTGTTTTTAT-AATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATT-TTTTTATATTTTT
* * *
6998 TATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATATATTCATCAGCA
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* * * * * * * * *
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255 -GAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
*
7128 TGATCTCATAATT-AGCTTTAAG
318 TAATCTCATAATTGA-CTTTAAG
* * * * *
7150 TT-ATTTGTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTAACTCGAGAAACATGA
1 TTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-TACCTCAAGAAACATGA
* * * * *
7213 AAAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATT
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*
7278 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATACTTGATTTT
129 ACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTT
Statistics
Matches: 5573, Mismatches: 1198, Indels: 405
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Consensus pattern (339 bp):
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TAATTGACTTTAAG
Found at i:1678 original size:855 final size:845
Alignment explanation
Indices: 4--7316 Score: 3372
Period size: 855 Copynumber: 8.6 Consensus size: 845
1 TTG
* * *
4 AATTTGTTTTCATTTTT-GCTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGA
1 AATTTATTTTCATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-T-AGAAACATGAAGA
* * **
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* * * * * * *
132 TTGCTTTAATTATTTT-TGACATCTCATAGTTGATTTTATGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATT
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* * * * *
196 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA-AGTGAAGAAAAAGTTATTCGTTGGCAAGA
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* * * * *
260 AGAA-TCCATTTATAGTCA-GCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGGTTTTATA
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* * * * * * *
323 ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TGTTTTTTATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTAAAAG
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* * * * *
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377 TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
* * * * *
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442 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTAA
* *
517 ATTGTTTTACATCTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATG-TCTACCTC-AGGAAAAGTAAAGA
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* * * *
580 AAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
569 AAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * ** *
645 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTATGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGCTTAA
633 C-ATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAA
* * * * * **
710 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAGAA
697 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAA
* * * * * * * * *
775 GTCTATTTATACTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTC
762 ATCCATATATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCC
* * *
840 ATACTTCATTTTATGTTG-
827 ATAATTCACTTTAAGTTGA
* *
858 AATTT-TTTTATATTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTAGGGAAACATGAA
1 AATTTATTTT-CA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA--GAAACATGAA
* * * *
921 GAAAAAGATACTCATTAGCT-AGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTT
61 GAAAAAG-TATTCATT-GGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * *
985 ACTCGCTCTAAATGGTTTTATAACCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTAGTT
124 ACTCGCT-TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTA-TT
* * * * * *
1050 AAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCATGAA
187 AAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
1115 AAAGTCCATTTATAGTCACGTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGCTTTATATT
251 AAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
1180 CTCATAATTGACTTTAAG-CCATTTTTTTTTA-TTTTGGTCAAAACAAATTATAATTGAATACCT
316 CTCATAATTGACTTTAAGTCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATATCT
* *** *
1243 ACCTTGAGAATTGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGC
380 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGC
* * *
1308 CTTTGGAAGCCTTATTGCTTAG-TTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAA
445 CTTTGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTAAA
* * *
1371 TTTTTTAACATTTTTTATTCAAACATATTATAATTG-ATGTTCACATCGAGAAAAGTGCAGAAAA
508 TTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * *
1435 AGATATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCAA
572 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-A
* * *
1500 TTTAAATAGTTTCATAATAATCTCATAAATGA-TTTGAAGTTGAATTTCTTTAAATTTTTTATTA
635 TTTAAATAGTTT--T-ATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTA
* * * * **
1564 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAAGTTATTCATTAGCAAGA-A
696 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGA
* *
1628 ACATCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
761 A-ATCCATATATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
1693 CCATAATTGACTTTAAGTTGA
825 CCATAATTCACTTTAAGTTGA
* * *
1714 AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACCGATTATAATTAAATGCCTACCTCA-AAAAATGAGAAGA
1 AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-AGAAACAT--GAAGA
* * * * *
1778 AAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATCACT
63 AAAAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
1843 GGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTTTA
127 CGC-TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTT-TCA-TTTTATTA
* * * *
1906 AAATAAATTATAATTGAATGTCTAACCCTAAAAAACATGAAGAAAAA-ATTATTCATTAGCAAG-
188 AAATAAATTATAATTGAATGT-TTA-CCTTAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGA
* *
1969 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
250 AAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
2034 TCCCATAAGTT-ACTTTAAGTTGAATTTGGTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTAAAT
315 TCTCATAA-TTGACTTTAAG-TCAATTT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTAAT
* * * * * * *
2098 GTCTAGCTCAAGAAACATGAGGAAAATA-CCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
376 ATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
* **
2162 CATGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCTTTTTATAAT
440 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAT-AT
* * * * *
2226 GAATTTTTTTACATTTTCTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAGACA-TGAA
504 TAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACCTCGAGAA-A-AGTGAA
* * * *
2289 GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAGAGTAT-ATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAACCTTATT
567 GAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAC-TATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** *
2353 ACTCGTTTGAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGTATTTTTTTCTATTTTTGGT
630 ACTCATTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGAT
* * * **********************
2418 TAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAATGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
694 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA--AGAAAAAGCCATTCATTAGCAA
*****************************************************************
2483 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
757 GAGAAATCCATATATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
************************
2548 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
822 ATCCCATAATTCACTTTAAGTTGA
****** ** * ** * ** * *** *
2572 NNNNNNTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CA-GGAAACGT-G-AA-A--AA
1 AATTTATTTTCATT--TTTAG-TTAAAACAG-AT-TATAATTAAATGTCTACCTAGAAACATGAA
* * * * * * *
2629 -AAAGA-TATTCATTAGCATGA-AAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTT-TAAGAGCCTTAT
61 GAAAAAGTATTCATT-G-GTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAA-AGCCTTAT
** * *
2690 TACTCGCTTTAAATAGCTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT--ATTTGTTTTTCATTTT-
123 TACTCGC-TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTA
** * ** *
2751 TGGTCAAACCATATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGG
185 T--T-AAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGG
** * * ** * * * * *
2815 TGAG-AAAAGTCAATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTT
245 CAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * ** * *
2879 TATATTCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAACTG
310 TATAATCTCATAATTGACTTTAAG-TCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TT
* * ** ** * * ** * * * *
2943 ATTGTCTACCTTGGGAAATGTTATGAAAAAGATATTCATTGG-CATGAAAAGTCCATTTACAGTC
373 AATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATACTC
* * ** * * * * *
3007 ACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGACTTTA
437 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTA
** * * * * * *
3071 -AGTTAAATTTTTT-TTTATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTAAATG-TCTATCTCAAGAAAT
501 TA-TTAAATTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-ACCTCGAGAAAA
** * * * * ** *
3133 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCT
562 GTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * ** ** * * *
3198 TATCAGT--TGCTATAATTGCATTTATAATCTCATACCTGGTTTTATA-TTGAATGTTTCTACAG
626 TATTACTCAT-TTA-AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTTTA-AA
* * ** * * * **
3260 TTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCCCGAAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCAT
686 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
3324 TAGCAAGA-AAAGTCCAT-TAATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTGGCTTTAAATA
751 TAGCAAGAGAAA-TCCATAT-ATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATG
3387 GTTTTATAATCCCATAAGTT-ACTTTAAGTTGA
814 GTTTTATAATCCCATAA-TTCACTTTAAGTTGA
** * * * * *
3419 GTTTTATTTTTATTTTTGGTCAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACC------C--CAAG---A
1 AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
3473 A--A--CA-T-GAG-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
66 AGTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-
* ** * *
3531 TTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTCATTTTATA-TTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAA
130 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTT-TCA--TTTTATTAAAA
* * * * * * * *
3594 CATATTACAACTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAG-AAAAG
191 TAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAAG
* * *
3658 TCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTATAATCTT
255 TCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
3722 ATAATTGACTTCAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAC
319 ATAATTGACTT-TAAGTCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATATCTAC
* * * * * *
3787 CTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTAGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCT
382 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCT
* * ** * * * * *
3852 TTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAAT-GCATAATTGATTTGA-AGTAGAAT
447 TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTAT-AATCTCATACTTGATTTTATATTA-AA-
* *
3914 TTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTC-AGGAAACGTGAAGAAA
508 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-ACCTCGA-GAAAAGTGAAGAAA
* * ** * * * *
3976 ATGATATTCATCGACATGAAAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTTAAGAGTCTTATTACTC
571 AAGATATTCATTGGTAAG-AAAAGTTCATTTATAGTC-ACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4041 ACTTTAAATAGCTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT---TTTTTTT-CATTTTTGGTCAA
634 A-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAA
* * * * * **
4101 AACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG--GAAGTCATTCATTGGTGAGA-AA
697 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAA
* * * * * * **********
4163 AGTTCATTTATACTCA-CTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATC
762 A-TCCATATATACTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * *
4227 TCATTCTTGATTTTATGTTGA
825 CCATAATTCACTTTAAGTTGA
* * * * **
4248 AATTT-TCTATAT-ATATTTT--TTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCATGGGCAATGTGA
1 AATTTAT-T-T-TCAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-T-AGAAACATGA
* * * * * * * * *
4309 TGAAAATGATATTCATTGG-CATGAAAAGTCCATTTACAGTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTAT
60 AGAAAAAG-TATTCATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ***************************** *
4373 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTG
123 TACTCGC-TTAAATAATTTTATAATCTCA---TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTT
* * * * * * ** *
4438 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTA-AGAA-ATGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
184 ATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AACATG--AAGAAAAAGATATTCATTGGC
* * * ** * * * * *
4501 GAG-AAATGTCCATTTAAAGTCACCCATGTCTTCGAAA-CACTTATCACTCGCTTTAATTGTTTT
246 AAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * ** * *
4564 TATAATCTCATACTTGATTTTATACTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAATTATAATT
310 TATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTCAATTTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * ** * ** * * * * *
4629 GAATGTCTACCTTAGGAAATGTGATGAAAAAGATATTCATTAG-CACGAAAAGTCCATTTACAGT
373 -AATATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATACT
* * * * * * * *
4693 CACCTATGTC-TTGAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGACTT
436 CACCCATGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTT
* * * * * ** *
4756 TA-AGTTGAATTTTTTTTTCGTTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTAAATG-TCTATTTCAAGA
499 TATA-TT-AA-ATTTTTTACATTTTT-TATTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-ACCTCGAGA
* ** * * ** *
4818 AATA-TGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGTGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCGAA
559 AA-AGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAA
* * * * * **********
4881 AGCCTTATCAGTTGC-TTT-AATTGTATTTATAATCTCATACTTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTT
621 AGCCTTATTA-CT-CATTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * **
4944 ACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCTGAAAAACATGAA-AAAAAGTTATT
683 AAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * **
5008 CATTAGCATGA-AAAGTCTATTTA-AGGTCGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTTACTTTAA
748 CATTAGCAAGAGAAA-TCCATATATA-CTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAA
* *
5071 ATGATTTTATAATCCCATAAGTT-ACTTTCAGTTGA
811 ATGGTTTTATAATCCCATAA-TTCACTTTAAGTTGA
* * * * *
5106 ATTTTCTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAA
1 AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT--AGAAACATGAAGAA
* * * * * * *
5171 AAGGCCATTCATTGGTGAGAAAATTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTT
64 AAAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
5236 GCTTTAATTATTTTTATAATCTCATACTTCATTTCATA-TTGAATTTTTTATAT-TTTTTATTAA
128 GC-TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTT-T-TCATTTTATTAA
* * * * * * *
5299 AAGAGATTATAACTAAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAG-AAA
189 AATAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* * * **********
5363 AGTCCATTTATAGCCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCT
253 AGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
5428 TATAATTGACTTTAAGCTGAA-TGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA
318 CATAATTGACTTTAAG-TCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATATCTA
* * * * * * * *
5492 CCTCAACAAACATGAAGAAAAACCCAATCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGCC
381 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
** * ** * * * * *
5557 TTCAAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT
446 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTAT-AATCTCATACTTGATTTTATA-TT-AAA
* * *
5620 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
508 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-ACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
* * * *
5684 AGATATTCATCGGTATGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCATT-AAGAGCCTTATTACT
572 AGATATTCATTGGTA--AGAAAAGTTCATTTATAGTC-ACTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
5748 CGCTTTAAATAGCTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT---TTTTTTT--ATTTTT-AGTC
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* * * * *
5806 AAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAGTCATTCATT-G-ATGAG
695 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAG
* * * * * * * *
5869 AAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAATTGTTTTTATA
760 -AAA-TCCATATATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
5933 ATCTCATACTTGATTTTATA-TTG-
822 ATCCCATAATTCACTTTA-AGTTGA
* * * *
5956 AATTT-TTTT-ATATATTT-TTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAA-ATGTGAT
1 AATTTATTTTCAT-T-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TAGAAACA--TGAA
* * * * * *
6017 GAAAAAGATATTCATTGG-CACGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATT
61 GAAAAAG-TATTCATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
6081 ACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTGGA
124 ACTCGC-TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTCATTTT--A
* * * * * * * **
6146 -TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGGTGA
185 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAA
* ** * * * * * *
6209 G-AAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAATTGTTTTTAT
248 GAAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** *
6273 AATCTCATACTTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
313 AATCTCATAATTGACTTTA-AGTCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAT
* ** * ** * * * * *
6338 GTCTACCTTAAGAAATGTGATGAAAAAGATATTCATTAG-CACGAAAAGTCCATTTACAATCACC
376 ATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATACTCACC
* * ** * * * * * * * *
6402 TATACCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCGCTTAAAATAG-TTTTATAATCCCATAATTGACTTTCA-A
440 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTT-TAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGA-TTTTATA
* * * * * * * * * *
6465 TTGAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAAT-ATCTATCTCAAGAAATGAGA
503 TT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTC-ACCTCGAGAAAAGTGA
** * * * * * ** * *
6529 AGAAAAAGCCATTCATTCGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGGAAGCCTTGTC
566 AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
6594 ACTCGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTG-ATTTTTTTATATTTTTT
630 ACTC-ATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTG
* * *** * * * ** *
6656 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTCCCCCAAAAAACATGATGAAAAAGATATTCATTGGCAA
692 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAA
* * * * * *
6721 GA-AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTTTTA
757 GAGAAA-TCCATATATACTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTA
** *
6784 TAATCTTATAATTGACTTTAAGTTG-
820 TAATCCCATAATTCACTTTAAGTTGA
* * * * **
6809 AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGGGAAGAA
1 AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-T-AGAAACATGAAGAA
* * * * *
6874 AAAGCTTTTCATTTGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 AAAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
6938 CGCTTTAAACAGTTTTATAAAT-GCATAATTGATTTGAATTTGAATTGTTTTTAT-ATTTTTTAT
127 CGC-TTAAATAATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TCA--TTTTAT
* * * ** *
7001 TAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAATATATTCATCAGCATG
186 TAAAATAA-ATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * *
7065 AACAAGTTCATTTACAGCCAAC-TATGCCTTTAAGAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGCTTTAT
249 AAAAAGTCCATTTATAGTC-ACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
7129 GATCTCATAATT-AGCTTTAAGT-TATTTGTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAA
313 AATCTCATAATTGA-CTTTAAGTCAATTT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AA
* * ** * * *
7192 T-GCTTAACTCGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAC
375 TATC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCAC
* *
7256 CCAT-ACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATATTCTCATACTTGATTTT
439 CCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTT
Statistics
Matches: 4853, Mismatches: 1308, Indels: 596
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
828 5 0.00
829 104 0.02
830 9 0.00
831 41 0.01
832 5 0.00
833 70 0.01
834 193 0.04
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836 20 0.00
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838 1 0.00
839 3 0.00
840 1 0.00
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848 113 0.02
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861 3 0.00
862 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (845 bp):
AATTTATTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAGAAACATGAAGAAAA
AGTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTATTAAAATAAAT
TATAATTGAATGTTTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATT
TATAGTCACGTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ACTTTAAGTCAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATATCTACCTTAAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATATTAAATTTTTTACATTTT
TTATTAAAACATATTATAATTGAATGTTCACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGT
AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAAATCCATATATACTCACCTA
TGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTCACTTTAAGTTGA
Found at i:2914 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2578--7312 Score: 2717
Period size: 171 Copynumber: 27.9 Consensus size: 169
2568 NNNNNNNNNN
* * * * *
2578 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCATT
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
* * * * * *
2642 AGCATGA-AAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTTAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
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* * *
2706 CTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT-ATTTGTTTTTCAT
127 TTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * *
2748 TTTTGGTCAAACCATATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATT
* * * * * *
2813 GGTGAGAAAAGTCAATTTATACTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTT
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* * * * *
2877 TTTATATTCTCATACTTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * * * ** * *
2919 TTTTTTTAAAACAGATTATAACTGATTGTCTACCTTGGGAAATGTTATGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
* *
2984 G-CATGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
65 GTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * *
3048 TTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTAT
129 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * ** *
3089 TTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
* * * * * * * * * *
3154 GGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATCAGTTGCTAT-AATTGCA
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-T
** ** *
3218 TTTATAATCTCATACCTGGTTTTATA-TTGAA-TGTTTCTACAGT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTGTTT-TTCA-T
* * * * * *
3261 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCCCGAAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTA
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
** * * * *
3326 GCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTGGCTTTAAATAGTTT
65 GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
3391 TATAATCCCATAAGTT-ACTTTAAGTTGAGTTTTATTTTTAT
130 TATAATCTCATAA-TTGACTTTAAGTTGAATTGT-TTTTCAT
* * * * * * * *
3432 TTTTGGTCAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCCCAAGAAACATG-AGGAAAAG--TCCATT-
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTG
* *** * ** * * * **
3493 -T----ATAGT-CACCCATA--C-CCTCGAAAGCCTT-ATTA--CTTGCTTTAATTG-TTTTTAT
65 GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT--ATA-CCTTCAAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * * *
3545 AATCTCATACT-TCATTTTATATTGAATTT--TTTTATATTTTTTATTAAA
125 AGTTTTATAATCTCA---TA-ATTGACTTTAAGTTGA-ATTGTTT-TTCAT
*** * * * * ** * *** * * *
3593 ACATATTACAACTGAATGTTTACCTCAA--AAAACAT---G--A-A-GAA-AAATA-CATTCATT
1 TTTTGTTAAAAC-AAAT-TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATT
** * * * *
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64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGT
* * * *
3711 TTTATAATCTTATAATTGACTTCAAATTGAATTTTTTTTCAT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * **
3753 TTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATT
* * * * * * * *
3818 AGTGACAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* *
3883 TTATAAAT-GCATAATTGA-TTTGAAGTAGAATT-TTTTTACAT
129 TTAT-AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTT-CAT
* * * * *
3924 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACGTGAAGAAAATGATATTCATC
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
* * * * * * * *
3988 GACATGA-AAAAGTTCATTTATAGTCAACTATGCCTTTAAGAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG
64 G--GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
4052 CTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT---TT-TTTTTCAT
127 TTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * *
4091 TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG--GAAGTCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATT
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4154 GGTGAGAAAAGTTCATTTATACTCA-CTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
** * *
4218 TTTATAATCTCATTCTTGATTTTATGTTGAAATT-TTCTATAT-AT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTGTT-T-T-TCAT
* * * * ** * *
4262 ATTTT-TTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCAT-GGGCAATGTGATGAAAATGATATTCAT
1 -TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCAT
* * *
4325 TGG-CATGAAAAGTCCATTTACAGTCATCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
63 TGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
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4389 TTTTATAATCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 TTTTATAATCTCA--TAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
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4434 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTAAG-AA-ATGCAAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAG-TATTCAT
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4497 TGGTGAGAAATGTCCATTTAAAGTCACCCATGTCTTCGAAA-CACTTATCACTCGCTTT-AATTG
63 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAG
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4560 TTTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-CTGAATTTTTTTTACATT
127 -TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTGTTTTT-CA-T
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4606 TTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAATGTGATGAAAAAGATATTCATT
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
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64 GGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
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4734 TTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCGT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTGTTTTTCAT
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4777 TTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATTTCAAGAAATATGAAGAAAAAACCATTCATT
1 TTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATT
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4842 GGTGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATCAGTTGCTTT-AATTGTA
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT-
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4906 TTTATAATCTCATACTTGATTTTNNNNNNNNNNT-TTTTACATT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTTCA-T
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4949 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACC-CTGAAAAACATGAA-AAAAAGTTATTCATT
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
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5012 AG-CATGAAAAGTCTATTTA-AGGTCGCCTATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTTACTTTAAAT-G
64 GGTGA-GAAAAGTCCATTTATA-GTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
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5074 ATTTTATAATCCCATAAGTT-ACTTTCAGTTGAATTTTCTTTTCAT
127 -TTTTATAATCTCATAA-TTGACTTTAAGTTGAATTGT-TTTTCAT
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5119 TTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAGGCCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
* * * * * * *
5184 GGTGAGAAAATTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAATTATT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* *
5248 TTTATAATCTCATACTTCA-TTTCATA-TTGAATT-TTTTAT-ATT
128 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-A-AGTTGAATTGTTTT-TCA-T
* * * * * * * *
5290 TTTTATTAAAAGAGATTATAACTAAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
* * * * * **********
5355 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTT
65 GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
5420 TATAATCTTATAATTGACTTTAAGCTGAA-TGTTTTTCAT
130 TATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * ** *
5459 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAACCCAATCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATT
* * * * * * *
5524 AGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAATGGT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* *
5588 TTTATAAAT-GCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
128 TTTAT-AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CA-T
* * * * *
5631 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATCG
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
* * * *
5696 GTATGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACTATGCCATT-AAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
65 G--TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
5760 CTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT---TT-TTTTT-AT
127 TTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * * * *
5798 TTTTAGTCAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAGTCATTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATT
* * * * * *
5863 GATGAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTT-AATTGT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-
* *
5926 TTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATT-TTTTT-AT
127 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * *
5967 ATATTTTTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCT-TAGAAA-ATGTGATGAAAAAGATATTC
1 -T-TTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAG-TATTC
* *
6030 ATTGG-CACGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
61 ATTGGTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
6094 AGTTTTAAAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCAT
125 AGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTGTTTTTCAT
* * * * * * * *
6140 TTTGGATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCAATTCATTG
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
* * ** * * * *
6205 GTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTT-AATTGTTT
65 GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TT
* * *
6269 TTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTGAATT-TTTTTATATT
129 TTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTGTTTTT-CA-T
* ** ** * *
6311 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGATGAAAAAGATATTCATTA
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
* * * * * *
6376 G-CACGAAAAGTCCATTTACAATCACCTATACCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCGCTTAAAATAGTT
65 GTGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* *
6440 TTATAATCCCATAATTGACTTTCAA-TTGAATTTTTTTTCAT
129 TTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * * * * *
6481 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTATCTCAAGAAATGA-GAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CATGAAGAAAAAG-TATTCAT
* * ** ** * * *
6545 TCGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGGAAGCCTTGTCACTCGCTTT-AATTGT
63 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-
* * *
6609 TTTTATAATCTCATACTTGATTTTATA-TTG-ATT-TTTTTATATT
127 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAATTGTTTTT-CA-T
* * * * * *
6652 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTCCCCCAAAAAACATGATGAAAAAGATATTCATTG
1 TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG
** * ** * *
6717 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTGAAATGGTT
65 GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTT
* * *
6781 TTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAT
129 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* ** ** *
6822 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGGGAAGAAAAAGCTTTTCATT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT
* * * *
6887 TGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGT
64 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * *
6951 TTTATAAAT-GCATAATTGA-TTTGAATTTGAATTGTTTTTATATT
128 TTTAT-AATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTTTT-CA-T
* *
6995 TTTTATTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAATATATTCAT
1 TTTTGTTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAA-GTATTCAT
* * * * * * * * * * * *
7058 CAGCATGA-ACAAGTTCATTTACAGCCAACTATGCCTTTAAGAGCTTTATTACTTGCTTTAAATA
63 -TG-GTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * *
7122 GCTTTATGATCTCATAATT-AGCTTTAAGTT-ATTTGTTTTTCAT
126 GTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
* * * *
7165 TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTAACTCGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATTCAT
1 TTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCAT
* * * * * *
7229 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGT
63 TGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-
* *
7293 TTTTATATTCTCATACTTGA
127 TTTTATAATCTCATAATTGA
7313 TTTT
Statistics
Matches: 3499, Mismatches: 827, Indels: 477
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
153 4 0.00
154 7 0.00
155 1 0.00
157 1 0.00
158 8 0.00
159 19 0.01
160 36 0.01
161 50 0.01
162 30 0.01
163 9 0.00
164 13 0.00
165 64 0.02
166 74 0.02
167 17 0.00
168 105 0.03
169 77 0.02
170 950 0.27
171 1210 0.35
172 640 0.18
173 170 0.05
174 14 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGG
TGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTTCAT
Done.