Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400356.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3557.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2542
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.29
Warning! 579 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:677 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3--1112 Score: 775
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 172
1 CT
* * * *
3 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGC-TTTTTTTGCACGTTTCTCAAAGTAGGCATTCAGT
1 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAAT
* * * ********** * * * *
67 TATAGTCTATTTTAACAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAATC
66 TATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
* ** ** * * * *
131 AATTTATAGTGAGTAATAAGAGTTTTGAAGTAATA-TTGACT
131 AATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
* * * * ** * * *
172 GTAAATGGACTTTTTTTTCTCAATAAAT-GACTTTTTTTACACAT-TTT-TGAAGGCAGGCTTTC
1 ATAAATAGAC-TTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTT-TGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTC
* * * * *
234 AATTATAGTCTTTTTTAACCATAAA-TGTAAAAAAAATTAA-TCTAAAATCAACTTTGAGATTAT
63 AATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAATTTTAAAAAAATTTAACT-TAAAATTAATTTTGAGATTAT
*
297 AAAACAA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATGACC
126 AAAACAATTTAAAA-CGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGG-TGACC
* * * * **
344 ATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GCCTTTTTTT-CATGTCTCTCAAGGTAAACATTCAA
1 ATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAA
* * * * * * ** * * * **
406 TTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCCAAATCAATTATAACTTTATAAAA
65 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA
* * * *
471 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACC
130 CAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
*
514 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAAT
1 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAAT
*
579 TATAGTCTGTTTTAACCCAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
66 TATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
* *********** * *
644 AATTTAAAGCGNNNNNNNNNNTTTTTAAAGGAATGGGTGACT
131 AATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
* * * * * * **
686 ATAAATGGACTTTTCTTAC-AAATGAAT-GCCTCTTTTTT-CATGTTTTTCAAGGTAAACATTCA
1 ATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCA
* * * * * * * * * * * *
748 ATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTATAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA
* *
813 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACC
129 ACAATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
*
857 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGC-TTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAAT
1 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAAT
* * *
921 TATAGTCTGTTTTAATCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGGGATTATAAAAT
66 TATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
********** * ** *
986 AATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTAAAGGAACGGGTGACT
131 AATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
* * ** * **
1028 ATAAATCGACTTTTCTTAC-AAATGAAT-GCCTTTTTTTT-CATGTTTCTCATGGTAAACATTCA
1 ATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCA
* *
1090 ATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
64 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
1113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 189, Indels: 54
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 18 0.02
170 196 0.27
171 352 0.49
172 154 0.21
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAC
AATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACC
Found at i:822 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 231--1112 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
221 AAGGCAGGCT
* * * * * *
231 TTCAATTATAGTCTTTTTTAACCATAAATGTAAAAAAAATT-AA-TCTAAAATCAACTT-TGAGA
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTC-AAAATCAA-TTATAAGT
* * *
293 TTATAAAACAATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACCATAAATAGACTTTT
63 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTT
* *
358 CTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTCTCTCAAGGTAAACA
128 CTT-CAAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
* * *
401 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCCAAATCAATTATAACTTTA
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTA
* * *
466 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
* * * * **
531 CTCAATGAATAGCTTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCA
131 C-AAATGAAT-GCCTTTTTTT-CATGTTTCTCAAGGTAAACA
* * ** * * * * * * * *
573 CTCAATTATAGTCTGTTTTAACCCAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTA
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTA
*********** * *
638 TAAAACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
*
703 ACAAATGAATGCCTCTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAAACA
131 -CAAATGAATGCCT-TTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
* *
744 TTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTA
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTA
* * * **
809 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
* * * * **
874 CTCAATAAATAG-CTTTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCA
131 C-AAATGAAT-GCCTTTTTTT-CATGTTTCTCAAGGTAAACA
* * * * * * * ** *
915 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGGGATT
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTT
* ********** * * * *
979 ATAAAATAATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTAAAGGAACGGGTGACTATAAATCGACTTTTCT
65 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCT
*
1044 TACAAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCATGGTAAACA
130 T-CAAATGAATGCC-TTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
1086 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
1 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
1113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 136, Indels: 31
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 116 0.21
171 295 0.53
172 137 0.24
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTT
CAAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
Found at i:830 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 141--1112 Score: 1214
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
131 AATTTATAGT
* * * * ** * *
141 GAGTAATAAGAGTTTTGAAGTAAT-ATTGACTGTAAATGGACTTTTTTTTCTCAATAAAT-GACT
1 GAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGAC-TTTTCTTCTCAATAAATAG-CT
* ** * * * ** * *
204 TTTTTTACACATTTTTGAAGGCAGGCTTTCAATTATAGTCTTTTTTAACCATAAA-TGTAAAAAA
64 TTTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAATTTTAAAAAA
* * * *
268 AATTAA-TCTAAAATCAACTTTGAGATTATAAAACAATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
128 ATTTAACT-TAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGC--GTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * *
332 GAATGGATGACCATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCATGTCTCTCAAGGTA
190 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTA
*
397 AACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCCAAATCAATTATAAC
255 AACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATAAC
* *
462 TTTATAAAACTATTTAAAGC
320 TTTATAAAACCATTTAAAAC
* * *
482 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGC-TT
*
547 TTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACCCAAATTTTAAAAAAAT
65 TTTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAAT
*********
612 TTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGNNNNNNNNNNTTTTTAAAGGAA
130 TTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG--TAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* *
677 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTCTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAAA
193 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCT-TTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
* * * *
742 CATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTT
257 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATAACTT
807 TATAAAACCATTTAAAAC
322 TATAAAACCATTTAAAAC
*
825 GAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTT
1 GAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTT
* *
890 TTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATTTTAAAAAAATT
66 TTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATT
* * ******** *
955 TAACTTAAAATTAATTTTGGGATTATAAAATAATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTAAAGGAAC
131 TAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAAT--TTAAAGCGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* *
1020 GGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTCTCATGGTAAAC
194 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCC-TTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC
1085 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
258 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAA
1113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 78, Indels: 21
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 41 0.08
342 342 0.63
343 158 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
GAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTT
TTTTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCACTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAATT
TAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
CAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATAACTTTATA
AAACCATTTAAAAC
Found at i:1736 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1428--1739 Score: 313
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
1418 NTTTAAAGCG
* * * * *
1428 AGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGATATTT
*** * ** * * * ** * *
1493 TTTTTCATGTTTCTTGACGTAGACATTTGATTATAGTTTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATT
66 GCCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATT
1558 CAACTTAAAATTAATTATGCTATTATAAAACA
131 CAACTTAAAATTAATTATGCTATTATAAAACA
* *
1590 NNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAC
1 ----------AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAC
*
1654 GAATG-TATTTGCCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCAAAAAGT
55 GAATGATATTTGCCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCAAAAAAT
*
1718 GTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
120 ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
1740 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 22, Indels: 3
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 67 0.57
172 50 0.43
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGATATTT
GCCTTCACGTTTCTCCAAGTAAAAATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATTAATTATGCTATTATAAAACA
Done.