Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400357.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3558.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2482
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.09, T:0.29
Warning! 620 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2119 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1268--2435 Score: 1329
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
1258 GAAACAAGTG
* * * * * *
1268 TTCATTGACAAGAATAGTCCATTTA-ATGTCACCTACTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTCA
1 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
1332 AACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTCTTTATATTTTTTATTAAAATAGAC
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * *
1397 TATAATCGATTGTCTACCTCGAAAAACA--CACAAAAAAGCCA
130 TATAATTGAATGTCTGCCTCG-GAAACATGCA-AAAAAAGCTA
* * * * * * *
1438 TTCATTGAGAAGATAAGTTCATTGATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTTA
1 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* *
1503 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAACAGACT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
* * * * * *
1568 ATTATTAAATTTTTGCCTCGAGAAACATACATAAAAAG-TGA
131 ATAATTGAATGTCTGCCTCG-GAAACATGCAAAAAAAGCT-A
* * *
1609 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGTTTTCA
1 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
*
1674 ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
* * * * *
1739 ATAATTGAATTTTTACCT-TGAGAAC-TAGGAAGAAACAAGC-A
131 ATAATTGAATGTCTGCCTCGGA-AACAT-GCAA-AAA-AAGCTA
* * * * * *
1780 TTCACTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCTAA
1 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
1845 ATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
* * * *
1909 ATATTTAAATG-CTTTCCTCTGAAA-ATGTCCAAAAAAAGCTA
131 ATAATTGAATGTC-TGCCTCGGAAACATG--CAAAAAAAGCTA
* *
1950 TTCGTTGACAGAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTT
1 TTCATTG--AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGC-TT
* * * * *
2013 TAAATGATTTTATAATCCCATAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAG
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * *
2078 ACTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGTAGAAAAAGCCA
128 ACTATAATTGAATGTCTGCCTC-GGAAACATGCAAAAAAAGCTA
* * * * * * *
2122 TTTATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGGTTCAA
1 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
2187 ATTGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
* * *
2252 ATAATTAAATG-CTTGCCTTGGGAAACATGCAAAAATAGCTA
131 ATAATTGAATGTC-TGCC-TCGGAAACATGCAAAAAAAGCTA
*
2293 TTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTA
* *
2358 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-GTTTTTGATTAAAACACA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGA
2422 CTATAATTGAATGT
129 CTATAATTGAATGT
2436 TTACCCTGAG
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 126, Indels: 55
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 227 0.27
171 383 0.45
172 217 0.26
173 5 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTGCCTCGGAAACATGCAAAAAAAGCTA
Done.