Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400362.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3563.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2216
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.35
Warning! 199 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1661 Score: 1341
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
* * * * * * *
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATGATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTACA-TT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* ** * * * * * *
65 CTAGTTAATCCAGTTTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAGCCTAAAGAAAAA-GCTATTCATTG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTG
* * *
129 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
* * * * *
171 TTGTTGCTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
236 TTAATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * ** *
301 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTTCCTTTAACAGCC
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
* * * * * *
342 TTACTACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* *
407 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-T-AAGGAAACATGAGAA-AAAAA-GCATTTA
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA--AAACAT-A-AAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *
468 TTGGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTCAATCATTCCTTCAAAAGCT
127 TTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
**
513 TTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-T
1 TTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * *
576 TTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TTATGTCAC-AG-GAAACATGAAG-AAAAGCCATTCA
65 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TG-C-CTTGAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
637 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGA-TCAATTCCTTAAAAAGCC
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-TCCTTTAAAAGCC
* * * *
682 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * ** * * **
747 TTACTTATAACAGACTACAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCAATAT
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * * **
812 CAAGAGAAGTCAATTTACAGTCACCCATTCCGCTAAAAGCC
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
* * *
853 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TT
* * * * * * * * * * *
918 TTTA-TTAAAACATACTACAATTGATTGTCT-ACATCAAGAAACGTGAAA-AATAA-GCATTTAT
65 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACAT-AAAGAAAAAGGCATTCAT
* * * * * *
979 TAGCAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCT
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
* * * * * * *
1023 TTACTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * *** * *
1088 TTAGTTAAAAGAGATTGTAATTAAATACCTGCC-T-AAGGGAACAT-AAGAAAAAAGGCATTTAT
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA--AAACATAAAG-AAAAAGGCATTCAT
** * * * * * * *
1150 TGATAAGAAAGGTCAATTTATAGTCAC-CCATTCTGTCAAAAACG
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCT-TTAAAAGCC
* *
1194 TTATGACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * *
1258 TTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-TTATG-CTTCGAGAAACATAAAGTAAAAGCCATTCATT
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTT-GAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * *
1321 AGCAAGAAAACTACATTTATAGTCAC-CCATTCTATTAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCT-TTAAAAGCC
* * ** * *
1364 TTGTTACTCA-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTAAATC
1 TTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * *
1428 TTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAG-AAAAGGTATTCATT
65 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT
* * * * *
1491 GGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTACTTCAAAAGCC
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
** * * * * * * *
1534 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTCTACA-TT
1 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * *
1598 TTAGCTAAAGCAGATTATAATTCAATGTCT-ACATCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATCCATTG
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTG
1662 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 250, Indels: 96
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.01
169 143 0.12
170 482 0.40
171 525 0.44
172 26 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAAGCC
Found at i:1090 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5--1649 Score: 1514
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 341
1 TTAT
* * * * * * * * *
5 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATGATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTACA-TTCTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
** * * * *
69 TTAATCCAGTTTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAGC--CTAAAG-AAAAAGCTATTCATTGA-
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA-CATGTAAAGAAAAAAGC-ATTTATT-AT
* * * ** * ** * * *
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTGCTCACGTTAAATAGTTTT
128 CAAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * *
195 ATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATACTATAATTGA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAACATACTATAATTGA
* * * ** *
260 ATGTT-TACCTTGAA-AAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
257 AT-TTATA-CATCAAGAAACATAAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* *
323 ACCCTTTCCTTTAACAGCCTTAC
319 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAC
* * *
346 TACTCACTTTAAATAGTTTCAGAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
* * **
411 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAAGGAAACATG-AGA-AAAAAAGCATTTATTGGC
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-G-AACATGTAAAGAAAAAAGCATTTATTATC
** * ** * * **
473 AAGAAATATCTATTTATAGTCAATCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTT
129 AAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* *
537 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
* * * * *
602 TTTATGTCA-CAGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTGAT
258 TTTAT-ACATCAAGAAACATAAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * *
665 CAATTCCTTAAAAAGCCTTAT
321 CCATTCCTTTAAAAGCCTTAC
* * * * * *
686 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAC
1 TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
751 TTATAACAGACTACAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ATGTAAAGAAAAAAGCATTCAATATCAA
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAACATGTAAAGAAAAAAGCATTTATTATCAA
*
815 GAGAA-GTCAATTTACAGTCACCCATTCCG-CTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
131 GA-AAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
878 TAATCTCAGAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTACAATTG-A
194 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
* * * *
942 TTGTCTACATCAAGAAACGTGAAA-AATAAG-CATTTATTAGCAAGGAAAGTTCATTTATAGTCA
258 TT-TATACATCAAGAAACAT-AAAGAA-AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
*
1005 CCCATTCCTTTAAAAGCTTTAC
320 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTAC
* *
1027 TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
* * * ** * *
1092 TTAAAAGAGATTGTAATTAAATACCTGCCTAAGGGAACA--T-AAGAAAAAAGGCATTTATTGAT
66 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAGAACATGTAAAGAAAAAA-GCATTTATT-AT
* * * * *
1154 -AAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCTGTCAAAAACGTTATGACTCGCTTTAAATAGTTTT
128 CAAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * *
1218 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
* * * * *
1283 TTTATGCTTCGAGAAACATAAAGTAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAACTACATTTATAGTCACC
258 TTTATACATCAAGAAACATAAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
**
1348 CATT-CTATTAAAAGCCTTGT
322 CATTCCT-TTAAAAGCCTTAC
* * * * *
1368 TACTCA-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTAAATCTTTA
1 TACTCACT-TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTA
* * * * * * **
1432 GTTAGAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTT-AGGAAACATG--AAG-AAAAGGTATTCATTGG
65 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-G-AACATGTAAAGAAAAAAGCATTTATTAT
* * * ** * * ** *
1493 CTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
128 CAAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * * * *
1558 ATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTCTACATTTT-AGCTAAAGCAGATTATAATTCA
193 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGA-TTAAAACATACTATAATTGA
* * *
1622 ATGTCTACATCAAGAAACGTAAAGAAAA
257 ATTTATACATCAAGAAACATAAAGAAAA
1650 AGGCATCCAT
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 203, Indels: 86
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 14 0.01
340 413 0.39
341 477 0.45
342 140 0.13
343 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAACATGTAAAGAAAAAAGCATTTATTATCAA
GAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATTT
ATACATCAAGAAACATAAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT
CCTTTAAAAGCCTTAC
Found at i:1097 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 110--1619 Score: 1529
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 511
100 GAGAAGCCTA
* * * ** *
110 AAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTG
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCAATTCCTTAAAAAGCCTTA
* * * *
174 TTGCTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA
65 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA
* * * * * *
239 ATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA
130 ATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAA
* * * * * *
304 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCTTTCCTTTAACAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTCAG
195 GAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
368 AATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
259 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAAT
* * * *
433 GTCTGCCTAAGGAAACATGAGAAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAATATCTATTTATAGTCAATC
324 GTCTACATAAGGAAACATGAGAAAAAAAGCATTTATTAGCAAGAAATATCTATTTATAGTCAACC
* ** * * *
498 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
389 ATTCCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTC
* * * * ** *
563 AATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATTTATGTC-ACAGGAAACAT
454 AATATTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATACATGCCTA-AGGAAACAT
* *
621 GAAG-AAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGATCAATTCCTTAAAAAGCCTT
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCAATTCCTTAAAAAGCCTT
* * * *
684 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * *
749 ACTTATAACAGACTACAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCAATATCA
129 AATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCA
* * **
814 AGAGAAGTCAATTTACAGTCACCCATTCCGCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
194 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
879 AATCTCAGAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATACTACAATTGAT
259 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAA
* *
943 TGTCTACATCAA-GAAACGTGA-AAAATAAGCATTTATTAGCAAGGAAAGT-TC-ATTTATAGTC
323 TGTCTACAT-AAGGAAACATGAGAAAAAAAGCATTTATTAGCAA-GAAA-TATCTATTTATAGTC
* * * *
1004 ACCCATTCCTTTAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAGTTAATTTTAA
385 AACCATTCCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * *
1069 GTTCAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATTGTAATTAAATACCTGCCTAAGGGAACAT
450 GTTCAATATTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATACATGCCTAAGGAAACAT
* * * * * * *
1132 AAGAAAAAAGGCATTTATTGATAAGAAAGGTCAATTTATAGTCACCCATT-CTGTCAAAAA-CGT
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCAATTCCT-T-AAAAAGCCT
* *
1195 TATGACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTT
63 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
** * * *
1259 TGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-TTATG-CTTCGAGAAACATAAAG-TAAAAGCCATTCATT
128 TAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTT-TGCCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAAG-CATTCATT
* * * *
1321 AGCAAGAAAACT-ACATTTATAGTCACCCATTCTATTAAAAGCCTTGTTACTCA-TGTTAAATGG
190 AGCAAGAAAAGTCA-ATTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATAG
* * * * *
1384 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAG-TTTTAAATCTTTAGTTAGAACAGATTATA
253 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTACA
* * * * * * * * * * * *
1448 ATTGAAAGTTTGCCTTAGGAAACATGA-AGAAAAGGTATTCATTGGCTAGAAA-AGTCCATTTAT
317 ATTGAATGTCTACATAAGGAAACATGAGAAAAAAAGCATTTATTAGCAAGAAATA-TCTATTTAT
* * * * ** * * * * *
1511 AGTC-ACTTATTACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGAT
381 AGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAAT
* * *
1575 TTTAAGTT-AA-ATTATTCTACATTTTAGCTAAAGCAGATTATAATT
445 TTTAAGTTCAATATT-TT-TATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
1620 CAATGTCTAC
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 146, Indels: 58
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 157 0.19
511 551 0.67
512 107 0.13
513 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCAATTCCTTAAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
TTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAG
AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGT
CTACATAAGGAAACATGAGAAAAAAAGCATTTATTAGCAAGAAATATCTATTTATAGTCAACCAT
TCCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAA
TATTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATACATGCCTAAGGAAACAT
Found at i:2213 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1865--2215 Score: 382
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
1855 NNNNNNCTCG
* ** *
1865 CTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAGAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTACTTAAAA
* * * * * ** * *
1930 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAATGAAGGAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGT
66 CAGACTATAATTCAATGTATACCTCGAGAAAAATAAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGT
** * *
1995 TTGTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAATCTAATTACTAA
131 TCATTTACAGTCACCCATTCGTTCAAAAATCTAATTACTAA
* * *
2036 CTTTAAATCGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTACTTAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATA-TCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TATTTTTACATTTTTACTTAA
** * * ** *
2100 AACAGACTATAATTCAATGTATGGCTCGAGAAACATAAAAAAAAAAGCATTCATTGTTAAGAGAA
64 AACAGACTATAATTCAATGTATACCTCGAGAAAAATAAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
2165 GTTCATTTACAGTCACCTATTTCGTT-AAAAGTCTTATTACTTA
129 GTTCATTTACAGTCACCCA-TTCGTTCAAAAATCTAATTACTAA
2208 CTTTAAAT
1 CTTTAAAT
2216 G
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 31, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 38 0.26
172 102 0.70
173 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTACTTAAAA
CAGACTATAATTCAATGTATACCTCGAGAAAAATAAAAAAAAAAGCAGTCATTGGCAAGAAAAGT
TCATTTACAGTCACCCATTCGTTCAAAAATCTAATTACTAA
Done.