Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397564.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1966.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7106
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 1864 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2221 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1925--5334 Score: 3307
Period size: 171 Copynumber: 20.0 Consensus size: 170
1915 NNNNNNNNNN
* * * *
1925 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCA-TTAAAGGTGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-GCGAGTAAT
** * *
1989 AAGGCTTTTGAAGGAACAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGTGTTTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTTC
* * *
2053 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
2096 AAAATATAAAAAAGTTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATTAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* *
2161 AGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATAAATAGCTTTTTCTAT-A
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCT-TCA
* *
2225 TGTTT-TCTAAGGCA-AGCATTCAATTTTAGTCTGTTTTAACCA
129 TGTTTCTC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
2267 AAAATG-AAATAAAATTCAATTTAGAATCAATTATTAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
2331 ATGACTTTTGAAGGAACGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATATCTTTTTCTTT
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-GCTTTTTCTTC
** * * * * *
2395 ACATTTCTCATGCTAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACCA
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * *
2438 ATAATGTAACAGAAATT-AAATCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAATGTAA-AAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
2502 AAAGGGC-TTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTTT
64 TAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTCTT
* * * * * *
2565 ACA--TTTCTCAAGGTAAATACTAAATTATTA-TCTATTTTAACTA
127 -CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
2608 AAAATCTAAAAAAATTCAAATTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
2673 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGGCCTCTCTT-TCTAATGAATGCTTGTTTCTACT
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC-AATGAATGCTT-TTTCTTCA
** * ** *
2737 TGTTTCTTGAGGTAAACATTTTATTATAGTTTGTTTTAACCA
129 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
*
2779 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAGGCGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAAT
** * *
2843 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTT-TCCAATGAATGCTTGTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGCTT-TTTCTTC
* * *
2907 ATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACTA
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
2950 AAACTGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAAT
1 AAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
3015 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCT-AGTCATAT-CTTTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA-ATGCTTTTTCTTC
** *
3078 AT-TTTCTC-AGGTAGATGTTCAATTATAGTCTATTTTAACC-
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * *
3118 AAAA--TATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
3181 GGGCTTTTAAAGAAATGGG-GACTATAAATGGATTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTTCA
** ** * * * *
3244 CATTTCTTGAGCTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
129 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * * * *
3286 ATAATGTAAAAAAAATTTAA-TCTAAAATAAATTTTGAGATTATGAAACCATTTACAGTGAGTAA
1 AAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** * * *
3350 TAAGGCATTTAAAGAAATATGAGACTATAAATAGACTTCTCTTAC-CAATGAATGCTTTTTTCTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC-TTTTTCTT
* * ** *
3414 TATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTTTCTGTTTTAACTA
127 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
3458 AAAATCTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAGAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
*
3523 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCGTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGC-TTTTTCTTCAT
** *
3588 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCA
130 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
3629 AAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATAAATTATGAGATTATAGAATAATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
3694 AGGCTTTTGAA-GAAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACA
66 AGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCA
* * * * * **
3758 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATCA-TTTATTTTAATGA
129 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACCA
* ** * *
3800 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
3865 TA-GCTTTTGAAGAAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTTTTAC-CAGTGAATGCCTTTTTCTTC
66 -AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTTC
** * * ** * *
3928 ATGTTTCTTTAGGTAAACATTGAAAAATAGTCTCTTTTAACTA
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * *
3971 ATAATGCAAAAAAAATTCAA-TGTAGAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAA
1 AAAATG-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA
* ** *
4035 TATGGCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTT
* * * * *
4099 -TTCGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
127 CAT-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * *
4143 ATAATGTAAAAGAAACTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCAA-TGAAAGCGAGTAA
1 AAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** *
4207 AAAGGGTTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATGGACGTTTT-TTTTCCAATGAATGCTTGTTTCT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCT-CAATGAATGCTT-TTTCT
* * *
4271 TGATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
126 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* ** * *
4316 ATAATGTAATAAAAATT-GTCTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
4380 AAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTACA
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCA
** * **
4445 CATTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACCA
129 TGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
4487 AAAATGTAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTACT
1 AAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* ** *
4551 AAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGA-TAATAAATAGG-CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTA
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAAT-GGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTT
* * *
4614 AAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCA
127 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
4658 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAAATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * * * *
4723 AGGATTTTGAAAGAATAAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTCTCTTTAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTT-TCTTCAT
* * *
4788 GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACCA
130 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * ** *
4829 AAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-T-TAAAACCATTTGCAGCGATTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
4892 AGTCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTTTTTTAT-AGTGAATATCTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAT
* * *
4956 GTTTATCAAGGTAAACCTTCAATTAT-GTCTGTTTTAACCA
130 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
** * ** * *
4996 AAAATACAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGCCCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
* **
5061 TGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACAAATGTCTTTTTCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTTCA
** * * * * *
5125 CATTACTCGAGCTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTGTAACCA
129 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAACCA
* * * * * * * * * * *
5167 ATAATGCAAAAAAAATTGAACCTAAAATCGATTTTGAGATTATACAACCATTTAGAGCAAGTATT
1 AAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * *
5232 AAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGAGTATAAATGGACTTGTCTT-TCCAATGAATGCTTGTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGCTT-TTTCTTC
* ** * *
5296 CTGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTA
128 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
5335 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2688, Mismatches: 458, Indels: 185
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 24 0.01
165 74 0.03
166 11 0.00
167 72 0.03
168 46 0.02
169 228 0.08
170 123 0.05
171 1349 0.50
172 675 0.25
173 80 0.03
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTCATG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
Done.