Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400365.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3566.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.09, T:0.33
Warning! 774 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:296 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--805 Score: 746
Period size: 169 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
* * * *
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-ATACTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAAT
* * * ** * * * *
64 TGAATG-CT-TGGCTCGGAAAATGT-ATAGAAAAAGTCATTTATTTG-TAGAAAAATCCATTTAT
65 TGAATGTCTAT--CTTGAAAAACGTGA-A-AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** *
125 AGTCTCTCATTCCTTTAAAAACCTTATGACTTGCGTTAAATGGTT
126 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
170 TTAAAATCTCATAATTGATTTGAAG-TTAAATTTTTTAC-TTTTTCCATTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAAATTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGACAATAAT
* *
233 TGCATGTCTATCTTGAAAAACGTGAAAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGT
65 TGAATGTCTATCTTGAAAAACGTGAAAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
297 ATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
129 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
339 TTATAATCTCAAAATTGCTTTT-AGATTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACAATAATT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATT
* * * * *
403 GAATG-CTTGTCTTGAGAAACGTGTAAAAAAACACATTTATT---TAGAAAAGTCCACTTATAGT
66 GAATGTC-TATCTTGAAAAACGTG-AAAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
464 CGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTT
129 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
506 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTGTACATTTTTTATTAAAACATACAATAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGACAATAAT
* * * * * *
571 TGAATATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATCGGCAAGCAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTATCTTGAAAAACGTGAA-AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
636 CAC-CAATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
129 CTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
678 TTATAATCACAAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTGATTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATC-AT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAAATTTT--TTACATTTTTTA-TTAAAACAGA-CAAT
* * * * * *** * *
740 AATTGAATGTTTACCTCGAAAAAAGTGAAGAAAAGGTATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
62 AATTGAATGTCTATCTTGAAAAACGTGAAAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
805 G
127 G
806 CAACCCATTC
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 83, Indels: 48
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 81 0.15
168 44 0.08
169 223 0.42
170 23 0.04
171 45 0.09
172 110 0.21
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATT
GAATGTCTATCTTGAAAAACGTGAAAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
Found at i:1712 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1553--1890 Score: 193
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
1543 NNNNNNNNNN
* * * * *
1553 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACACACTATAATTGAATGCCTGCCTCGGGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACA
* * * *
1618 TGTAG-AGAAAGCCATTTATTTGA-AA-AAAAGTCCATTTATAATCTCTCATACCTTCAAAAGCC
66 TGAAGAAAAAAG-CA-TTAGTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCACATACCTTCAAAAGCC
1680 TTATTACTCA-TATTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGA
129 TTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAA--TC-T-C---A
* * ********** ** *
1720 TTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACANNNNNNNNNNGAATATCTACCTTGAGAA
1 ---TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAA
* * * * * ** *
1785 ACATGAACAAAAAAGCATTCA-TTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAAAAG
63 ACATGAAGAAAAAAGCATT-AGTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCACATACCTTCAAAAG
** *
1849 CCTTATTACTTGCGTTAAATAGTTTTATAATCTCA
127 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
1884 TAA-TTGA
1 TAAGTTGA
1891 TTTGAAGTTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 28, Indels: 20
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
161 3 0.02
164 1 0.01
167 1 0.01
168 1 0.01
169 8 0.06
170 56 0.41
171 61 0.45
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAAGCATTAGTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCACATACCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
Found at i:2847 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 2571--2863 Score: 376
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
2561 TTTTAAATAA
***
2571 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * *
2636 TTGAATGTGTACTTTGAGAAATGCCAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAG
66 TTGAATGTCTACTTCGAGAAATG-CAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAAAAAAATCTATTTATAG
*
2701 TCACCCGTTCCTTCAAATGG
130 TCACCCATTCCTTCAAATGG
* * **
2721 TTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * **
2786 TTGAATGTCTAGC-TCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAATGTGC-ATTTA
66 TTGAATGTCTA-CTTCGAG-AA-ATGCAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAAAAAAAT-CTATTTA
*
2848 TAGTCATCCATTCCTT
127 TAGTCACCCATTCCTT
2864 TAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 16, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 116 0.94
151 4 0.03
152 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (149 bp):
TTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
TTGAATGTCTACTTCGAGAAATGCAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAAAAAAATCTATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAATGG
Found at i:3018 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2715--3208 Score: 570
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
2705 CCGTTCCTTC
* * * * **
2715 AAATGGTTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTCATTAAAACAGA
* *
2780 CTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAATGTGCAT
65 CTATAATTG-ATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTGCAT
* *
2845 TTATAGTCAT-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCT
* *
2886 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAT
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
* *
2951 TATAATTGATCGTCT-GCCTTG-GAAAACATGTAA-AAAAA-ACTATTTATT-GTCAAGAAAAGC
66 TATAATTGAT-GTCTAG-CTCGAG-AAACATG-AAGAAAAAGAC-ATTCATTAGT-AAGAAAAG-
*
3011 T-CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTCT
124 TGCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCT
* * * *
3056 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * * *
3121 CTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCAC
65 CTATAATTG-ATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTGCAT
* *
3186 TTATAATCACCCATTCCTTCAAA
129 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
3209 TGGTTTTATA
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 32, Indels: 32
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 136 0.49
171 126 0.46
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
TATAATTGATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTGCATTT
ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCT
Found at i:3277 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 3056--3354 Score: 377
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
3046 TGCTCACTCT
* * * *
3056 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAA
* * * * * **
3121 CTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCA
66 CAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAG-AAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
3185 CTTATAATCACCCATTCCTTC
130 CTTATAATCACCCATTCCTTC
* *
3206 AAATGGTTTTATAATCTCAT-AATCAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAAAT-AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAA
* * * *
3270 GCAATAATTAAATATCTACTTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
65 ACAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
* * **
3335 TTTATAGTCAGTCATTCCTT
130 CTTATAATCACCCATTCCTT
3355 TAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 21, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
149 3 0.02
150 120 0.95
151 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAA
CAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAC
TTATAATCACCCATTCCTTC
Found at i:3695 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3206--4603 Score: 1356
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
3196 CCATTCCTTC
** *
3206 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAC-AG
* * * *
3271 CA-ATAATTAAATATCTA-CTTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
65 -ATATAATTGAATTTCTACCTT-AAGAAACATG-AAGAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
** * *
3334 ATTTATAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTT
127 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
3377 AAATGGTTTTATTATCTCAGAACTGATTTTATGTTCAA-TGTTTTTCACATTTTT-AGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTT-ACATTTTTGA-TTAAAAC
* * * * * *
3440 AGACTATAATTAAATGTT-GACCTCAAGAAACATGATGAAACAAGCATTCATTAGCAAGATAAGT
63 AGA-TATAATTGAAT-TTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-ATGCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* **
3504 CCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTGGCTTT
125 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
3549 AAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * *
3614 TAATAATTAAATTTCTACCTTAAGAGACATGTATGAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
66 T-ATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* ** *
3679 TTATAGTCAGCCATTCCTTGGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
129 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ** *
3720 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCATTTACATTTTTCATTAAAACAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACA-G
* * * ** * * *
3785 CTATAATTGAA-TGCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCT
65 ATATAATTGAATTTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAATG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
* * *
3848 ATTTATAGACACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTT
127 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
3891 AAATGG--TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * *
3954 TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAATGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-
66 T-ATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
*
4018 TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
4059 AAATGGTTTTATTATCTCCA-AATTTG-TTTTATGTTCAATTGTTTATAAATTTTTGATTAGAAC
1 AAATGGTTTTATAATCT-CATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * * *
4122 AAACAATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCAGCAAGAAAAGTT
63 AGA-TATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTC
* * *
4187 CATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
126 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
4231 AAATGGATTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTATTACATTTTTCATT-AAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-TTACATTTTTGATTAAAACAG
* * *
4295 ACTATAATTGAATGCTT-T-CCTT-GGAAAACAT-ATAGACAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 A-TATAATTGAAT--TTCTACCTTAAG-AAACATGA-AGA-AAATGCATTCATTAGCAAGAAAAG
* * * * * *
4356 TCCATTTATAGGCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCT
124 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
4402 AAATGGTTTTATAACCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * *
4467 CTATTATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAC
66 -TATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAATG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
4532 TTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
4573 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
4604 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1012, Mismatches: 170, Indels: 90
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 47 0.05
169 90 0.09
170 66 0.07
171 581 0.57
172 220 0.22
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
TATAATTGAATTTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:4343 original size:682 final size:685
Alignment explanation
Indices: 3206--4603 Score: 1713
Period size: 682 Copynumber: 2.0 Consensus size: 685
3196 CCATTCCTTC
* ** *
3206 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAG
1 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAG
* *
3271 CAATAATTAAATATCTACTTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAT
66 CAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT
** **
3336 TTATAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAGAACT
131 TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAGAACT
* * * *
3401 GATTTTATGTTCAATGTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTGACCTCAA
196 GATTTTATGTTCAATGTTTATCAAATTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTAAATGTTGACCTCAA
* * * *
3466 GAAACATGATGAAACAAGCATTCATTAGCAAGATAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
261 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
** * *
3531 TACCTTATTACTGGCTTTAAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
326 TACCTTATTACTCACTTTAAATCGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
* ** * *
3596 TTTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTAAATTTCTACCTTAAGAGACATGTATGAAAATGCATTCA
391 ATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTAAATTTCTACCTTAAGAGACATATATGAAAATCCATTCA
* * * * *
3661 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATTCCTTGGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATG
456 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGC-GCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATG
* * *
3725 GTTTTATAATCTCA-AAATTAATTTTAAGTTGAATTCATTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTAT
520 GTTTTATAACCTCATAAA-TAATTTTAAGTTGAATTCATTTACATTTTGCATTAAAACAGACTAT
* * * * * *
3789 AATTGAAT-GCTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTT
584 AATTGAATATC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCACTT
* *
3852 ATAGACACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTT
647 ATAGACACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
3891 AAAT-GG-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAA-TAG
1 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAG
* * * * * * *
3953 ATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAATGCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
66 -CAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCA
*
4018 -TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCCA-AA
130 TTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCT-CAGAA
* * * *
4081 TTTG-TTTTATGTTCAATTGTTTAT-AAATTTTT-GATTAGAACAAACAATAGTTGAATGTCT-A
194 -CTGATTTTATGTTCAA-TGTTTATCAAATTTTTAG-TTAAAACAAACAATAATTAAATGT-TGA
** *
4142 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCC
255 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * * * * * *
4207 TTCGAAA-GCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATT
320 TTC-AAATACCTTATTACTCACTTTAAATCGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * *
4271 TTTATTACATTTTTCATTAAACATA-CT-ATAATTGAATGCTT-T-CCTTGGAA-A-ACATATA-
384 GTT-TTACATTTTTCATTAAA-ATAGATAATAATTAAAT--TTCTACCTT--AAGAGACATATAT
* *
4329 GACAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
443 GA-AAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCGCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTA
* * * ** * **
4394 CTCGCTCTAAATGGTTTTATAACCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTT
507 CTCACTCTAAATGGTTTTATAACCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTCATTTACATTTTGCATT
* * *
4459 AAAACAGACTATTATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACGACATTCATTAGCAAGAA
572 AAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAA
* *
4524 AAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
637 AAGTCCACTTATAGACACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
4573 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
4604 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 86, Indels: 41
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 6 0.01
682 426 0.70
683 140 0.23
684 31 0.05
685 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (685 bp):
AAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAAG
CAATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGAAAGAAAATGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAGAACT
GATTTTATGTTCAATGTTTATCAAATTTTTAGTTAAAACAAACAATAATTAAATGTTGACCTCAA
GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
TACCTTATTACTCACTTTAAATCGATTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
ATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTAAATTTCTACCTTAAGAGACATATATGAAAATCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCGCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGG
TTTTATAACCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTCATTTACATTTTGCATTAAAACAGACTATAA
TTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAG
ACACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Done.