Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400372.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3573.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6105
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 1614 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3549 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3016--4277 Score: 1336
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
3006 NNAAGGAATA
* * *
3016 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT--TGCATTTCTCGAGGTAAA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG--TTTCT-AAGGTAGA
* * * * * * *
3079 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATA-ATAA-AATTCAACTTAAAATCCATTATGAC
63 CATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACA-AAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAG
* * * *
3142 ATGATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATG
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAT-TG
* * *
3187 GGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAG-GTTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGAC
** * * * * * * * * *
3251 ATTCAATCCTAGT-TTTTTTAACTAAAAATGTA-AAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGACAT
64 ATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAT
* * *
3314 TCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATG-TATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAT-TG
* *
3357 GGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACA
* * *
3422 TTCAATTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATT
65 TTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATT
3487 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTG
* * * * *
3529 GGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCT-AAGGTAGAC
* * * * *
3593 ATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGGT
64 ATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAT
* * *
3658 TATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AGAAGAATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGATTG
* * *
3701 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC---TT-TT--TGTTTCTTAAGCTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACA
* * *
3760 TTCAATTATAATCA-ATTCTAACCAAAAA-CTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAT
65 TTCAATTATAGT-ATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAT
* * * *
3823 TTTAAAACCAGTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-ATTG
* * *
3866 GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTT-A-G--T-TAAGGTTGACAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAGACAT
* * * * * * *
3926 TCTATTATAATCA-ATTCTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTAAAATTTATATCAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAGT-ATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
3990 ATAAAACCAGTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTG
* * *
4032 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACA
* * * * * * *
4097 TTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTAAGATT
65 TTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATT
* * *
4162 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTG
** * * * * *
4204 GGTGACTATAAATAAACTTTTTTTGCCAATGAACGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGT-GAAA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACA
4268 TTCAATTATA
65 TTCAATTATA
4278 ATCTGTTCNN
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 106, Indels: 66
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 137 0.14
166 146 0.15
167 3 0.00
168 5 0.01
169 5 0.01
170 148 0.16
171 107 0.11
172 397 0.42
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTG
Found at i:4043 original size:503 final size:506
Alignment explanation
Indices: 3008--4245 Score: 1489
Period size: 503 Copynumber: 2.4 Consensus size: 506
2998 NNNNNNNNNN
* * * *
3008 AAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTGCA--TTTCTC
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCCTT-CATGTTTCTC
* * * * *
3071 GAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATA-ATAA-AATTCAACTTAAAATC
64 AAGG-AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACA-AAGAATTCAAATTTAAATC
* * * * * *
3133 CATTATGACATGATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAA
127 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
3198 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAG
192 ATGGACTTTTCTTGCCAATG-AA--TGCCTT-TT--TGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAA
** * * * * * * *
3263 TTTTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACCATTTA
251 TAATTCTAACCAAAAATCTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACCAGTTA
* * * *
3328 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGTATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
316 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGC
* * * * *
3393 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATATACAAA
381 CTTTTGCTTCATG-TT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAATATACAAA
* * *
3458 GAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
444 GAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG
* * * *
3521 AAAGATTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
* * *
3586 GGAAGATATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT
66 GGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT
* *
3651 ATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAA-GAATGGGTGACAATAAATG
131 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * *
3715 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTTCTTAAGCTTGACATTCAATTATAATCAATTCTA
195 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAAT-AATTCTA
* * * * * *
3780 ACCAAAAA-CTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTTTAAAACCAGTTAAGGTGAG
259 ACCAAAAATCTA-AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACCAGTTAAAGCGAG
*
3844 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTG
323 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTG
* * * *
3909 -TT-A-G-T-TAAGGTTGACATTCTATTATAATCA-ATTCTAACCAAAAATGTTCAAAGAATTAA
387 CTTCATGTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTCTAACCAAAAATATACAAAGAATTAA
*
3968 AATTTATATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG
451 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG
*
4024 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCCCA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCA
** * * *
4088 AGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT
65 AGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAAT
* * * *
4153 TTTAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAAT
130 TATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
** * *
4217 AAACTTTTTTTGCCAATGAACGCCTTTTT
194 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
4246 CTTCATATTT
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 86, Indels: 36
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
502 4 0.01
503 282 0.45
504 7 0.01
505 1 0.00
507 1 0.00
508 27 0.04
509 109 0.17
510 7 0.01
511 6 0.01
512 11 0.02
513 80 0.13
514 88 0.14
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTCAA
GGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAATAATTCTAAC
CAAAAATCTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACCAGTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTC
ATGTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAATATACAAAGAATTAAAATTT
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG
Found at i:4070 original size:675 final size:681
Alignment explanation
Indices: 3011--4257 Score: 1661
Period size: 675 Copynumber: 1.8 Consensus size: 681
3001 NNNNNNNAAG
* * *
3011 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTGCATTTCTCGAGGT
1 GAATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACC--TTTCTTTG-ATTTCTCAAGCT
* * * * * * *
3076 AAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGA
63 AAACATTCAATTATAATCAATTCTAACCAAAAATACAATAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA
* * * *
3141 CATGATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTT
128 CATGATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
3206 TTCTTGCCAATGAAAGGTTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTTTTTTTA
193 CTCTTGCCAATGAAAGCTTCTTTCTTCATG-TTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAATAATTCTA
* * * * * * *
3271 ACTAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGT
257 ACCAAAAATGTAAAAGAATTAAAATTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAGTTAAAGCGAAT
* * * *
3336 AATAAGGCTTTTGAATGTATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCT
322 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCT
* * * * *
3401 TCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTATGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAA
387 TCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAA
* *
3466 ATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGG
452 ATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGG
* * * *
3531 TGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATG-CTTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGAAGATAT
517 TGACTATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGAACGCCTTTTT-CTTCATATTTCTCAAGGAAGATAT
3595 TCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGGTTA
581 TCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGGTTA
3660 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAA
646 TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAA
* * * **
3696 GAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TT-TTTG-TTTCTTAAGCTTGA
1 GAATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTTTGATTTCTCAAGCTAAA
* * * *
3758 CATTCAATTATAATCAATTCTAACCAAAAACTACAA-AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGA
66 CATTCAATTATAATCAATTCTAACCAAAAA-TACAATAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACA
** * * *
3822 TTTTAAAACCAGTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTCT
130 TGATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCT
* * * * *
3887 CTTGCCAATGAATGCCTT-TTTGTT-A-G-T-T-AAGGTTGACATTCTATTATAATCAATTCTAA
195 CTTGCCAATGAAAG-CTTCTTTCTTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAAT-AATTCTAA
* * * * * *
3946 CCAAAAATGTTCAAAGAATTAAAATTTATATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAAT
258 CCAAAAATG-TAAAAGAATTAAAATTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAGTTAAAGCGAAT
*
4011 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
322 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCT
* * *
4076 TCATGTTTCCCAAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAA
387 TCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAA
* *
4141 ATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGG
452 ATTTAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGG
*
4206 TGACTATAAATAAACTTTTTTTGCCAATGAACGCCTTTTTCTTCATATTTCT
517 TGACTATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGAACGCCTTTTTCTTCATATTTCT
4258 TGAGGTGAAA
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 75, Indels: 20
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
673 17 0.04
674 14 0.03
675 262 0.54
676 6 0.01
677 1 0.00
678 1 0.00
679 130 0.27
680 6 0.01
681 4 0.01
682 2 0.00
685 39 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (681 bp):
GAATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTTTGATTTCTCAAGCTAAA
CATTCAATTATAATCAATTCTAACCAAAAATACAATAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACAT
GATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTC
TTGCCAATGAAAGCTTCTTTCTTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAATAATTCTAACCA
AAAATGTAAAAGAATTAAAATTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAGTTAAAGCGAATAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTTCAT
GTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTT
AAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAC
TATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGAACGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAGATATTCAAT
TGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAGAA
Found at i:5359 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 4667--5487 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 165
4657 NNNNNNNNNN
* * * * *
4667 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TCTT-
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCT-TTA
** * * * * *
4730 TACATTTTTTATTATAACAAATTATAATTGAATG-CTTGCCTTG-GAAAACATGAAGA-AAAAGG
65 TACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG-AAACGTGAAGACAAAA-A
* * *
4792 TATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAA
127 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-----T--A
* * * * ** * * * *
4838 AAGCCTTATGATTTACTTTAAAAGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTAAAGCTGAATTGTTT-T
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAT
* *** *
4902 ACATTTTTGATTGAAAA-AGGTTATAATTGAATGTCTACCTTGGAGAAA-GTGAAG-CAAAAGCC
66 ACATTTTTGGTT-AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGACAAAA-AC
* ** *
4964 ATCCATTGACGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTAGGA
128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--C---CC-A-TA
** * ** *
5009 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAATGAATTCTTAAT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAT
* * * * * *
5074 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA-ATCTACCTTAAGAAACGTGGAGACAAAGACATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGACAAAAACATT
* *
5138 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATNNNNNNNN
131 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-------A
** * * *
5180 NNGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATTTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAT
** * * *
5244 ACAGATTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGA-ATAAAATAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGACA-AAAACAT
* ****
5308 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNA
130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-------CCATA
* * * * *
5351 AAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTTCTAA-TCCTGAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTA
** * * * * *
5415 TACATTTTTGGTTAAAGTAAACTTTAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTAAAAACAAAAGGCA
65 TACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGACAAAA-ACA
5480 TTCATTGA
129 TTCATTGA
5488 TAAAAANNNN
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 104, Indels: 70
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 2 0.00
169 1 0.00
170 38 0.07
171 365 0.72
172 89 0.17
173 11 0.02
176 2 0.00
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (165 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTAT
ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGACAAAAACATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
Found at i:5371 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4667--5339 Score: 757
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
4657 NNNNNNNNNN
** * ***
4667 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTCTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAATAAATTTCTTTA
* * * * **
4732 CATTTTTTATTATAACAAATTATAATTGAATGCTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTC
66 CATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * *
4797 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATGATTTACTTTAAAAG
131 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAAAG
* ** **
4862 GTTTTATAACCTCAAAATTAATTTAAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGATTGAAAAAGGTTATA
196 GTTTAATAACCTCAAAATTAATTTAAAGCTGAATTGTTTTACAGATTTGATTGAAAAAGACTATA
* ** **
4927 ATTGAATGTCTACCTTGGAGAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACGTGAAAAGTCCATTTATA
261 ATTGAATGTCTACCTTCGAGAAAGTGAAGCAAAAAACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
4992 GTCACTCATTCCTAGGA
326 GTCACTCATTCCTAGGA
*
5009 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAATGAA-TTCTTAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAATAAATTTCTT--
* * * * *
5073 TACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAAT-C-TACCTTA-AGAAACGTGGAGACAAAGAC
64 TACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTG-AATGCTTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGAC
********** *
5135 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTA
127 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTA
* ** * * * * *
5200 AATGGTTTAATAATTTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGATTTGGTT-AAAACAGA
192 AAAGGTTTAATAACCTCAAAATTAATTTAAAGCTGAATTGTTTTACAGATTTGATTGAAAA-AGA
* * *
5264 CTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAG-AATAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
256 CTATAATTGAATGTCTACCTTCGAGAAA-GTGAAGCAA-AAAACATCCATTGACAAGAAAAGTCC
5327 ATTTATAGTCACT
319 ATTTATAGTCACT
5340 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 53, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 19 0.07
342 222 0.82
343 27 0.10
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAAATAAATTTCTTTA
CATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGCTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTC
ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAAAG
GTTTAATAACCTCAAAATTAATTTAAAGCTGAATTGTTTTACAGATTTGATTGAAAAAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTCGAGAAAGTGAAGCAAAAAACATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATTCCTAGGA
Done.