Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400381.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3581.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1869
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.13, T:0.33
Warning! 221 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1124 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 636--1858 Score: 1426
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 172
626 NNNNNNNNNN
* * * *
636 AAATGGACTTTTCTTATCAGTGAAT-GCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
700 TAGTATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCTACTTACAGTCAATTATGAGATTATAAAA-T
66 TAGTCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* *
764 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTTT
130 -ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * *
808 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTCTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT--ACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * *
870 TAGTATGTTTTAATCAAAAATTTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTGA-AAAA
66 TAGTCTGTTTTAAACAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAA
* *
933 CTATTGAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
128 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * * * *
978 AAGTAGACTTTTTTTCTCAATTAATGGCTT-TTTCTGCATATTTCTTGAGTTAGACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * *
1042 TTGTCTGTTTTAAAGAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
66 TAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
*
1107 TTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGACTAT
131 TTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * * *
1149 AAATGGATTTTTTTTCTCAATAAATGGTTTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGT-GAACATTCAATT
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAG-ACATTCAATT
1213 ATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65 ATAGTCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
1277 TATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTAT
129 TATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
1321 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGACA-GACTT-TTT-TTGCACGTTT-TCCGAGGTAGACATTCAA
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGA-ATGGCTTGTTTCTT-CATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAA
* *
1382 TTATAGTCTGTTTTAAA-AATAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1446 CTATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTCT
128 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * *
1491 AAATGAACTTTTCTTGTTAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAAACATTCAATTA
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * *
1555 TAGTCTATTTT-AACAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TC
66 TAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-
* * *
1618 GTTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAAGGAATGGGTGACTCT
130 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTAT
* * * ** *
1662 AAAAGGACTTTTCTTGTCAAAGAAT-ATTTGTTTCTTCACGTTTCTC-ACGGTAGACATTCAATT
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATT
* * * * *
1725 ATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAACACT
65 ATAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * *
1790 ATTTATAA-CGAGTAATAAACCTTCTAAAGGAATGAGTGACTAT
130 ATTTA-AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* *
1833 AAATGGACTTTTTTTCTTAATGAATG
1 AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG
1859 ATATTTTTTA
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 114, Indels: 58
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 346 0.38
171 266 0.29
172 285 0.31
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
TTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
Found at i:1413 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 640--1858 Score: 1459
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 509
630 NNNNNNAAAT
* ** ** * * * *
640 GGACTTTTCTTATCAGTGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGA-GATAGATATTCAATTATAGT
1 GGACTTTTCTTCTCAAAGAATATTTGTTTCTTCACGTTTC-CCACGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * *
704 ATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTCTACTTACAGTCAATTATGAGATTATAAAA-TCATT
65 ATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT
* * * *
768 TAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT
128 TAAAGCGAGTAATAAGC-TTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT
* * *
833 GCTTCTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATTTAAAAA
192 GCTTCTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CAAAAATGT-AAAA
** * *
898 AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTGA-AAAACTATTGAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTG
255 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACTATTGAAACCGAGTAACAAGCCTTTCG
* * * * * *
961 AAGGAATGGGTGACTATAAGT-AGACTTTTTTTCTCAATTAATGGCTT-TTTCTGCATATTTCTT
319 AAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTGTTTCTGCACATTTCTC
** * * * *
1024 GAGTTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAGAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
382 GAGGAAAACATTCAATTATAGTCTATTTT-AACAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
1089 TATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAA
446 TATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
*
1152 T
509 A
* * * * * *
1153 GGATTTTTTTTCTCAATA-AATGGTTTTTTTTTTCATGTTTCCCGA-GGT-GAACATTCAATTAT
1 GGACTTTTCTTCTCAA-AGAAT-ATTTGTTTCTTCACGTTTCCC-ACGGTAG-ACATTCAATTAT
* *
1215 AGTCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
62 AGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
*
1279 TTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
126 TTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGA
*
1344 CA-GACTT-TTT-TTGCACGTTT-TCCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAATAA
190 -ATG-CTTCTTTCTT-CACGTTTCT-CGAGGT--ACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAA-AA
* *
1404 TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAACAAGG
248 TGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAACAAGC
* * * * *
1468 CTTTCGAAAGAATGGGTGACTCTAAATGAACTTTTCTTGTTAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTT
313 CTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTTTCTGCACATT
* *
1533 TCTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATT
378 TCTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATC
* *
1598 AATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAAGGAATGGGTGACTCTA
443 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATA
1663 AAA
507 AAA
* *
1666 GGACTTTTCTTGTCAAAGAATATTTGTTTCTTCACGTTTCTCACGGTAGACATTCAATTATAGTA
1 GGACTTTTCTTCTCAAAGAATATTTGTTTCTTCACGTTTCCCACGGTAGACATTCAATTATAGTA
* *
1731 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAACACTATTTAT
66 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-
* * * *
1796 AA-CGAGTAATAAACCTTCTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCTTAATGAATG
130 AAGCGAGTAAT-AAGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG
1859 ATATTTTTTA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 71, Indels: 57
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
512 227 0.37
513 290 0.48
514 59 0.10
515 23 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (509 bp):
GGACTTTTCTTCTCAAAGAATATTTGTTTCTTCACGTTTCCCACGGTAGACATTCAATTATAGTA
TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
AGCGAGTAATAAGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT
CTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAACCGAGTAACAAGCCTTTCGAAAGAAT
GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTGTTTCTGCACATTTCTCGAGGAAAAC
ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAA
Done.