Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397566.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4833.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 751 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:395 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26--1095 Score: 1018
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
16 TTTGAAATCC
* * * * *
26 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** ** *
91 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGACAAAGCCATTCATTG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * * *
155 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCA
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*
197 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
262 TTGGTTCAAACAAATTA-AATATTAATATCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACCCATACATTG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* *
326 GTCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGTA
130 G-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCA
* * * * * *
369 TTATTACTCGCTTTGAA-TTG-TTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTAATATT
1 TTATTACTCGCTTT-AACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
432 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCACAAGAAAAGTAAAGAGAAAGCCTTTCATTG
65 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
497 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATA-CTTTCGAAAGCA
130 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTT-AAAAGCA
* * * * *
539 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
604 TTGGTTCAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
669 TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCC
131 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCA
** * * * * **
710 TTATTAC-CAGCTTTAACTAATTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATGTT
1 TTATTACTC-GCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * *
774 TTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGCCT-ACATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAAT
65 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTC-TCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
838 GACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCT
129 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCA
* * * * * * * *
881 TTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATATCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTAACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
946 TTGGTTAAAAC---TT-T-A---CA--TC-G-----AGAAATGTGAAGAGAAAAG-CAATCATTA
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTG
* * * *
994 ACAAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCA
130 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCA
* * * * * * * * *
1036 TTACTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATAGATTTAAAGTTAAATTTTTTTA
1 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1096 TATGTTTCAT
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 144, Indels: 44
0.80 0.16 0.05
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163 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
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TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCA
Found at i:748 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 15.8 Consensus size: 341
16 TTTGAAATCC
* * * **
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * ** *
91 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGACAAAGCCATTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * *
156 CATGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTGGTTTT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
221 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAATTA-AATATT
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAT-TG
* * ** * * * *
285 AATATCTGTCTCAAGAAATGTGAAGAAAAACCCATACATTGGTCAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** *
350 ACCCATACCTTTAAAAGTA
323 ACCCATACCTTCGAAAGCA
* * * * * *
369 TTATTACTCGCTTTGAATTG-TTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTAATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* ** * * *
433 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCACAAGAAAAGTAAAGAGAAAGCCTTTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
498 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * *
563 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTTGGTTCAAACAGATTAAAATTGA
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
628 ATGTTTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
260 ATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
693 CTATACCTTCAAAAGCC
325 CCATACCTTCGAAAGCA
* ** * * * * *
710 TTATTAC-CAGCTTTAACTAATTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTCATGTT
1 TTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * * * *
774 TTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAATG
65 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * *
839 AC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTT
130 GCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
903 TTGTAATATCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAC------T--TT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* ** * **
960 --A---C---ATCGAGAAATGTGAAGAGAAAAG-CAATCATTAACAA-AGAAAGTCCATTTATAG
258 GAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAG
* *
1015 TCACCCATGCCTTTGAAAGCA
321 TCACCCATACCTTCGAAAGCA
* * * * * * * * *
1036 TTACTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATAGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATGT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
** * * ** * * *
1101 TTCATTAAAATATATTATAATCAAATGTTTGCCTTAA-AAAACGTGAAGCAAAAGCCA-CCTATT
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTC-ATT
* * * * * * * * * *
1164 GGCACGAAAAATCTATTTGTAGTCACTCA-AGTCTTCGAAAACCTTGTTACTCACTTTAAAT-G-
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
1226 ---AT--T-T--TAA--G--TTGAA--T---TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* *
1274 GAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
258 GAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1338 ACCCATACCTTCGAAAGCA
323 ACCCATACCTTCGAAAGCA
* * * * **
1357 TTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * **
1422 TTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAATGTGAAAAAACAAATCTGTTCATT
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTG-AAGAA-AAAGCCATTCATT
* * * * * * * *
1487 GGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCATCCATGCCTTCGAAAGTATAATTACTCGCTCTAAATCGTT
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * ** * * * **
1552 TTATAATCTAATAATTGGTTTTAAGCTGAATTTTGTTATATTTTTCATTCAAATATATTTTCTTT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* * * * *
1617 GAATGTCTATCAC-A-AAAAATGCTAAGCAAAAGCCATTCGTTGGCATA-AAAAGTCCATTTATA
258 GAATGTCTGTCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA
* * *
1679 GTCGCTCA-AGCCTTC-AGAAGCT
320 GTCACCCATA-CCTTCGA-AAGCA
* * * ***
1701 TTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGCTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * *
1766 TTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
1830 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTACTACTCACTTTAAATGGTTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *** *
1895 TATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * ** ** *
1960 AATGCCTGCCTC-AAAAACATGAAGCGAAAGCCATTTGTTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCA
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
2024 CTCA-AGCCTTCGAAAGCC
324 CCCATA-CCTTCGAAAGCA
* * * * **
2042 TTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * *
2107 ATT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTGATAAACA-TGAATAAAAAGTCATTCATT
66 -TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * * *
2170 ATCGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTTCTC-C--------G-
129 GGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGT
* ** **
2224 -------T-T--T-ATT-A--TTAAGTTGAAGTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAACGGATTATAAT
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAT
* *** * * * *
2275 TAAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
257 TGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
***
2340 TGTCCATACCTTCGAAAGCA
322 CACCCATACCTTCGAAAGCA
*
2360 TTATTACTCGCTTTAACTGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
2424 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAA-AAAACATAAAG-AGAAGCCATCCATTG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * * * * *
2487 GTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
2552 TATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTAACATTTTTTG-T--CACAGATTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * *** * *
2614 AATATTTGTCTTGAGAAATGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGTCA
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
2679 CCCCTGCCTTCAAAAGCA
324 CCCATACCTTCGAAAGCA
** * * *
2697 TTATTACTTACTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * *
2762 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
** * * * * *
2826 CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATTGATTTT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2891 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTATAGTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTA
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
2955 AATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCGTTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCA
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
3020 CTCA-ATCCTTCAAAAGCC
324 CCCATA-CCTTCGAAAGCA
* * * *
3038 TAATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAA-TGAATTTTAAGTTG-ATATTTTTTATA-
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATAT
* * * *** ** * * * * *
3100 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATGTTGGGAAACGTGAGGCAAAAGGCATCCATT
64 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
3165 GG-AGGAAAAGGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCATTATTATTCACTTTAAATGG
129 GGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
3228 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTATGTTTTTAGTGAAAAAATATTATAA
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
* ** * * * *
3293 TTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
256 TTGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
3358 TCACCCATGCCTTCAAAAGTA
321 TCACCCATACCTTCGAAAGCA
* * ** * * * * * **
3379 TTATTACTCACTTTAACTAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTAAAGTCTTTTACGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
** * * * * * * * *
3444 TTTATTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* ** ** * * *
3509 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGTCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
3574 GTAATCTCATAATTGATTTTAA-TCTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* ** * * * * * *
3638 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
3703 CCTATGCTTTTGAAAGCA
324 CCCATACCTTCGAAAGCA
* *
3721 TTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
3786 TTGGTTAACACAAAGTA-AATAGAAATGTCTGCCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAGGCCATTGATT
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * **
3849 GGGAAGAAACGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATGACT
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
3913 TTATGATGTCATAATTGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATTCTTT-GTTAAAACATATTATAAT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATT-TTTGGTTAAAACATATTATAAT
* * ** * * *
3977 TGACTGTTTACCTCAAGAAACATGAA-AAGAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
257 TGAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
4041 TCACTCATACCTTCGAAAGCA
321 TCACCCATACCTTCGAAAGCA
* ** * * * * *
4062 TTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATGGATTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
*** * * * * * *
4127 TTTACTAAAATATATTATAATCGAATGTCTACCTCAA-AAAA-T---G----TG--A---A---G
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
4175 CAA-AAAA-TCCATTTGTAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
4236 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTAATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
4301 AATGTCTGTCTTGAGAAACACGAAGAAAAAACCA-TCATTGGTAAAAAAAAATCCACTTATAGTC
259 AATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
4365 ACCCATGCTTTCGAAAGCA
323 ACCCATACCTTCGAAAGCA
* * * * ** * * *
4384 ATGTTACTCGCTTTAACTGATTTCGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * **
4449 TTGGTTGAGACATATTATAATTGAATGTCTG-CATAGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCTGTTCATT
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * ** * * * *
4512 TGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGGCTTCGAAAGCATAATTACTCGCTTCATATAGTT
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
4577 TTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATATA-TATTATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTA-TAAT
** * * * * * *
4641 TGAATGTCTACCTCAAAAAACATTG-AGTAAAATCCATCCGTTGGCACA-AAAAGTCCATTTATA
257 TGAATGTCTGTCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA
* *
4704 GTCACTCA-AGCCTTTGAAAGTC-
320 GTCACCCATA-CCTTCGAAAG-CA
* *
4726 TTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * ** *
4791 TTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATA-TGAAGAAAAAGTCATTCATTG
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * *
4855 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAACCTTTATAACTCACTATAATTGGTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
** * * *
4919 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACGTTTTTGGTTAAACCAGATTATAACT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* *** * * *
4984 GAATGTCTGCCTCGAG-AA-AT---G--TCCGCC--TC----G--AGAAATGTCCATTTACAGTT
258 GAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
5034 ACCCATGCCATCGAAAGCA
323 ACCCATACCTTCGAAAGCA
* * * * * * *
5053 TTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
** * * * * * *
5118 TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTC-TAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTA
66 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
5182 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGGTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
5247 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTAT-GTTTTGCGTTAAAATAGATTATAATT
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTG-GTTAAAACATATTATAATT
* * ** *
5311 CATTGTCTAACTCAAGAAACATGAAGAAAAA
258 GAATGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
5342 ACGNNNNNNN
Statistics
Matches: 3973, Mismatches: 819, Indels: 371
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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310 1 0.00
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
TGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATACCTTCGAAAGCA
Found at i:1090 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 804--1093 Score: 370
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
794 ATTGAATGCC
* *
804 TACATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCAATGACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
1 TACATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCAATAACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * * *
869 CCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATATCATAATTAATTTCAAGCTGAAT
66 CCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTAAAGCTAAAT
934 TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTT
131 TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTT
* * *
959 TACATCGAGAAATGTGAAGAGAAAAGCAAT-CATTAACA-AAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
1 TACATCAAGAAATGTGAAG-CAAAAGCAATCCAATAACAGAA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
1022 TGCCTTTGAAAGCATTACTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAA-TAGATTTAAAGTTA
64 TGCCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTA-ATTTAAAGCTA
1086 AATTTTTT
128 AATTTTTT
1094 TATATGTTTC
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 18, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.04
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156 8 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (155 bp):
TACATCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCAATAACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTAAAGCTAAAT
TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTT
Found at i:1127 original size:155 final size:153
Alignment explanation
Indices: 845--1128 Score: 320
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
835 AATGACAGAA
* * * * * *
845 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * ** * *
910 ATCATAATTAATTTCAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTTTACATCGAGAAATGTG
66 ATCATAATTAATTTAAAGCTAAATTTTTTAACATGTTTCATTAAAAATTTAAATC--GAAATGTG
975 AAGAGAAAAGCAATCATTAACAAAG
129 AAGAGAAAAGCAATCATTAACAAAG
* * *
1000 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTACTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATAGT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * *
1065 CTCATAA-TAGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATATGTTTCATTAAAATATATTATAATC-AAATG
66 ATCATAATTA-ATTTAAAGCTAAATTTTTTAACATGTTTCATTAAAA-AT-TTA-AATCGAAATG
1128 T
127 T
1129 TTGCCTTAAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 20, Indels: 8
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.02
155 96 0.91
156 1 0.01
157 3 0.03
158 3 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (153 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
ATCATAATTAATTTAAAGCTAAATTTTTTAACATGTTTCATTAAAAATTTAAATCGAAATGTGAA
GAGAAAAGCAATCATTAACAAAG
Found at i:2066 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1224--5341 Score: 3477
Period size: 341 Copynumber: 12.2 Consensus size: 341
1214 TCACTTTAAA
* ** * * *
1224 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTGA
* * *
1289 GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATA-CCTTCGA
65 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGA
* * * *
1352 AAGCATTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTA
129 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** ** * * **
1417 CGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAATGTGAAAAAACAAATCTGT
194 CGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATG-AAGAA-AAAGCCAT
* * * * *
1482 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCATCCATGCCTTCGAAAGTATAATTACTCGCTCTAAA
257 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
* *
1547 TCGTTTTATAATCTAATAAT
322 TGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * ** * **
1567 TGGTTTTAAGCTGAATTTTGTTATATTTTTCATTCAAATATATTTTCTTTGAATGTCTATCACAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
* * *
1632 AAA-ATGCTAAGCAAAAGCCATTCGTTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTC-
66 AAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
1694 AGAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
128 A-AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
1759 TACGCTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
192 TACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
1824 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTACTACTCACTTTAAA
257 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
1889 TGGTTTTATAATCTCATAAT
322 TGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
1909 CGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
** ** *
1974 AAACATGAAGCGAAAGCCATTTGTTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
66 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * *
2039 GCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTTACG
131 GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACG
* * * ** * * *
2104 TTTATTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTGATAAACATGAATAAAAAGTCATTCA
196 TTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * *
2168 TTATCGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTTCTC-C--------
260 TTGGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
2223 G--------T-T--T-AT
324 GTTTTATAATCTCATAAT
* * ** ** ** * *
2229 T-A--TTAAGTTGAAGTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTAAATGTCAACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TGA
* * * * **
2291 GAAACATGAAGAAAGAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT-TGTCCATA-CCTTCG
65 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-AGCCTTCG
*
2354 AAAGCATTATTACTCGCTTTAACTGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
128 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * *
2418 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAAAAACATAAAG-AGAAGCCATC
193 ACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
2482 CATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT
258 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* *
2547 AGTTTTATAATGTCATAAT
323 GGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * *
2566 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTAACATTTTTT-GT--CACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTGA
* *** * * * ** *
2628 GAAATGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCCTGCCTTCAAA
65 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
** * * *
2693 AGCATTATTACTTACTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
130 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
2758 GTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATCAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
195 GTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
2822 TTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAATTGA
260 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
2887 TTTTATAATCTCATAAT
325 TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
2904 TGATTTCAAGTTGAATGTTTTTATAGTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTGA
* * * * * *
2969 AAAACATGAAGCAAAAGCCATTCGTTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAA
65 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * * *
3034 AGCCTAATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAA-TGAATTTTAAGTTG-ATATTTTTT
130 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT
* * *** *** * * * *
3097 A--TATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATGTTGGGAAACGTGAGGCAAAAGGCAT
193 ACGT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
3160 CCATTGG-AGGAAAAGGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTC-AAAGCATTATTATTCACTTTA
257 TCATTGGCAAGAAAA-GTTCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTA
*
3223 AATGGTTTTATAATCTTATAAT
320 AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
3245 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTAT-GTTTTTAGTGAAAAAATATTATAATTCAATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TG
* * * * * * *
3309 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
64 AAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * ** * * * * *
3374 AAGTATTATTACTCACTTTAACTAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTAAAGTCTTTTA
129 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** * * *
3439 CGTTTTTTA-TTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAACCATT
194 CG-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * *
3503 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGTCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT
258 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* *
3568 AGTTTTGTAATCTCATAAT
323 GGTTTTATAATCTCATAAT
* *
3587 TGATTTTAA-TCTGAATTTTTTAATA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTT
1 TGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-T
* * * * * * * * *
3650 GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CTATGCTTTT
63 GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTC
*
3714 GAAAGCATTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
127 GAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
3779 TATGTTTTTGGTTAACACAAAGTA-AATAGAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGCCA
192 TACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
3843 TTGATTGGGAAGAAACGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCGAAAGCATTACTACTCGCTTTAA
256 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
** * *
3907 ATGACTTTATGATGTCATAAT
321 ATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
3928 TGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATTCTTTGTTAAAACATATTATAATTGACTGTTTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
* *
3993 GAAACATGAA-AAGAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCG
66 -AAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG
* ** * * * * *
4056 AAAGCATTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATGGATTTAAAGTTTAATTTTTTT
128 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * * *
4121 ATATTTTTTA-CTAAAATATATTATAATCGAATGTCTACCTCAA-AAA-AT---G----TG--A-
193 A-CGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
4173 --A---GCAA-AAAA-TCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
257 TCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
*
4231 T-GATTTATAATCTCATAAT
322 TGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
4250 TGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTA-ATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCT
* * * * * * * * * *
4313 GAGAAACACGAAGAAAAAACCA-TCATTGGTAAAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATGCTTTC
63 GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * ** * *
4377 GAAAGCAATGTTACTCGCTTTAACTGATTTCGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCT
127 GAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * **
4442 TACATTTTTGGTTGAGACATATTATAATTGAATGTCTGCAT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGCTG
192 TACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
4506 TTCATTTGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGGCTTCGAAAGCATAATTACTCGCTTCAT
256 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
* *
4571 ATAGTTTTATAATCTAATAAT
321 ATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
4592 TGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATATA-TATTATTTGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTA-TAATTGAATGTCTACCT-G
* * * * *
4656 AAAAACATTG-AGTAAAATCCATCCGTTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
64 AAAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
*
4719 GAAAGTC-TTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
127 GAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
4783 TTATGTTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGTCA
191 TTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * * * *
4848 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTTTATAACTCACTATAA
256 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
*
4913 TTGGTTTTATAATCTCATAAT
321 ATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** ** * * * *
4934 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACGTTTTTGGTTAAACCAGATTATAACTGAATGTCTGCCT---
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
* * * * * * * * * *
4996 ---C--G-AG-AAATGTCC--GC-CT--CGAGAAATGTCCATTTACAGTTACCCATGCCATCGAA
66 AAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * * * *
5049 AGCATTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAA
130 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TA
** * * * * *
5114 ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
194 CGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* *
5177 CATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
258 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
*
5242 GGGTTTATAATCTCATAAT
323 GGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *** * * * * * *
5261 TAATTTTAAGTTAAATTGTTTTATGTTTTGCGTTAAAATAGATTATAATTCATTGTCTAACTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
5326 GAAACATGAAGAAAAA
66 -AAACATGAAGAAAAA
5342 ACGNNNNNNN
Statistics
Matches: 3030, Mismatches: 613, Indels: 269
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
315 2 0.00
316 52 0.02
317 120 0.04
318 72 0.02
319 2 0.00
320 4 0.00
321 25 0.01
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323 41 0.01
324 6 0.00
325 1 0.00
326 2 0.00
327 250 0.08
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329 1 0.00
330 2 0.00
331 4 0.00
332 7 0.00
333 1 0.00
334 2 0.00
335 1 0.00
336 4 0.00
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339 8 0.00
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAA
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACG
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAAT
Found at i:2071 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1224--2217 Score: 951
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
1214 TCACTTTAAA
** * *
1224 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCA
* * * *
1289 GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATA-CCTTCGA
65 AAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGA
* * *
1352 AAGCATTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAAT
129 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
1394 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACGTTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCATTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTCA
* ** ** * ** * * *
1459 GAAATGTGAAAAAACAAATCTGTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATTGTCA-TCCATGCCTTC
65 AAAACATG-AAGCA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTC
* * * * *
1523 GAAAGTATAATTACTCGCTCTAAATCGTTTTATAATCTAATAAT
127 GAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * ** ** *
1567 TGGTTTTAAGCTGAATTTTGTTATATTTTTCATTCAAATATATTTTCTTTGAATGTCTATCACAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* *
1632 AAA-ATGCTAAGCAAAAGCCATTCGTTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTC-
66 AAACATG--AAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
* * * *
1694 AGAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAAC
128 A-AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * *
1738 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-GCTTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
* * * *
1802 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
65 A-AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * *
1867 AAGTATTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
1909 CGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* ** *
1974 AAACATGAAGCGAAAGCCATTTGTTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
66 AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * *
2039 GCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
2079 TGATTTTGAGTTGATTTTTTTTACGTTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCA
* ** * ** * * *
2144 TAAACATGAATAAAAAGTCATTCATTATCGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
65 AAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
2208 AAGCATTATT
129 AAGCATTATT
2218 TCTCCGTTTA
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 142, Indels: 35
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 208 0.31
171 314 0.47
172 23 0.03
173 118 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:4307 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 4032--4307 Score: 371
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 152
4022 AAGAAAAGTT
* * *
4032 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATA
* * * *
4097 ATGGATTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATCGAATGTCTACCTC
66 ATGGATTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTC
4162 AAAAAATGTGAAGCAAAAAATC
131 AAAAAATGTGAAGCAAAAAATC
* * *
4184 CATTTGTAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCAT
* * * *
4247 AATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTA-ATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
65 AATGGATTTAAAGTTGAATGTTTTTATAT-TTTTTA-CTAAAACAGATTATAATCGAATGTCT
4308 GTCTTGAGAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 14, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.02
150 12 0.11
151 51 0.48
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (152 bp):
CATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTACTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATA
ATGGATTTAAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTC
AAAAAATGTGAAGCAAAAAATC
Found at i:4922 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4896--4941 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
4886 CTTCGAAACC
*
4896 TTTATAACTCACTATAATTGGT
1 TTTATAA-TCAC-ATAATTGAT
*
4918 TTTATAATCTCATAATTGAT
1 TTTATAATCACATAATTGAT
4938 TTTA
1 TTTA
4942 AGTTGAATTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.55
21 3 0.14
22 7 0.32
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTATAATCACATAATTGAT
Found at i:5003 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2231--5002 Score: 1858
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 169
2221 CCGTTTATTA
* * * * ** *
2231 TTAAGTTGAAGTTTCTTACGTTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTAAATGTCAACCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * ** *
2296 ATGAAGAAAGAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT-TGTCCATA-CCTTCGAAAGC
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-AGCCTTCGAAACC
*
2359 ATTATTACTCGCTTTAACTGG-TTTATAATCTCATAATTGATT
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
2401 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAAAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * * ** * * *
2466 ATAAAG-AGAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCAT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCAT
* * *
2530 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * * * **
2571 TTAAGTTGAAGTTTTTAACATTTTTTG-T-CACAGATTATAATTGAATATTTGTCTTGAGAAATG
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACA
* * * * * * ** * *
2634 CGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCCTGCCTTCAAAAGCATT
65 TGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCATT
** * *
2699 ATTACTTACTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2739 TTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATC-AAAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * ** ** * * * *
2803 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCAT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCAT
* * *
2868 TATTACTCACTTTAATTGATTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ** * *
2909 TCAAGTTGAATGTTTTTATAGTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATCTTGAAAAA
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTAT-GTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * * *
2973 CATGAAGCAAAAGCCATTCGTTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCAAAAGCC
63 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-CC
* * * *
3038 -TAATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAA-TGAATT
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATT
* * * * *** * *
3080 TTAAGTTGATATTTTTTAT-ATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATGTTGGGAAAC
1 TTAAGTTGA-ATTTTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * * * * * * *
3144 GTGAGGCAAAAGGCATCCATTGG-AGGAAAAGGTTCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTC-AAAG
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCA-AGCC-TTCGAAAC
* * *
3206 CATTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATT
126 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
3250 TTAAGTTGAATTTCTTTATGTTTTTAGTGAAAAAATATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTT-TTTATGTTTTTGGT-TAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * * * * **
3315 ATGAAGAAAAAGCCATTGATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTAT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCAT
* * ** *
3380 TATTACTCACTTTAACTAATTTTATAATCTCATAATTAATT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * ** * * * * *
3421 TTCAGTTAAAGTCTTTTACGTTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTAAATGTCTACTTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * ** * * * * * * *
3486 GTAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGTCTTCAAAAGCAT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCAT
* * *
3551 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
3592 TTAA-TCTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA
1 TTAAGT-TGAATTTTTT-ATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * * * *
3656 CATGAAGAAAAAGTCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CTATGCTTTTGAAAGC
63 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAACC
*
3720 ATTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * **
3763 TTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAACACAAAGTA-AATAGAAATGTCTGCCTTAAGAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAA-ACAGATTATAATTG-AATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * * *
3827 CATGAAGAAAAGGCCATTGATTGGGAAGAAACGTCCATTTATAGTCAC-CATA-CCTTCGAAAGC
63 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAACC
* ** * *
3890 ATTACTACTCGCTTTAAATGACTTTATGATGTCATAATTGATT
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
3933 TTAAGCTAAATGTTTTTATATTCTTT-GTTAAAACATATTATAATTGACTGTTTACCTCAAGAAA
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTATGTT-TTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * *
3997 CATGAA-AAGAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAG
63 CATGAAGAA-AAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAC
* ** * * *
4060 CATTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATGGATT
126 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * * * * * *
4104 TAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATCGAATGTCTACCTCAAAAAAT
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTAT-GTTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * * * *
4169 GTGAAGCAAAAA---ATCCATT--T--G--TAGT-CACTCA-AG-C-CTTCGAAAGCCTT--ATT
64 ATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TC--AAGCCTTCGA-A
* * * * * * * * *
4219 ACTCACTT-TAAAT-GATTTATAA---TCTCATAAT-TGAT-TTTAAGT
124 AC-CA-TTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * * * *
4261 TGAAGTT---TTTAATGT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACAT
** * * * * * * * *
4322 GAAGAAAAAACCA-TCATTGGTAAAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCAAT
66 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCATT
* * * ** *
4386 GTTACTCGCTTTAACTGATTTCGTAATCTTATAATTGATT
130 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * *
4426 TTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTGAGACATATTATAATTGAATGTCTGCATAGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTT-TTATGTTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * * * * *
4491 ATGAAGAAAAAG-CTGTTCATTTGCT-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATGGCTTCGAAAGC
64 ATGAAGAAAAAGTC-ATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACC
* * * * *
4554 ATAATTACTCGCTTCATATAGTTTTATAATCTAATAATTGATT
127 ATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * *
4597 TTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAA-ATATATATTATTTGAATGTCTACCTCAAAAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAAACAGAT-TA-TAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * *
4661 CATTG-AGTAAAA-TCCATCCGTTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
63 CA-TGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* *
4723 GTC-TTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 -CCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
4768 TTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAT
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGG-TTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAC
*
4833 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCAT
* * * *
4898 TATAACTCACTATAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
4939 TTAAGTTGAATTCTTTTACGTTTTTGGTTAAACCAGATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
1 TTAAGTTGAATT-TTTTATGTTTTTGGTTAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAA
5003 TGTCCGCCTC
Statistics
Matches: 2070, Mismatches: 429, Indels: 205
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
150 5 0.00
151 36 0.02
152 4 0.00
153 6 0.00
154 1 0.00
157 9 0.00
158 3 0.00
159 10 0.00
160 20 0.01
161 16 0.01
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163 13 0.01
164 3 0.00
165 11 0.01
167 30 0.01
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169 90 0.04
170 530 0.26
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172 44 0.02
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACAT
GAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCATTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:5006 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4985--5023 Score: 69
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
4975 ATTATAACTG
*
4985 AATGTCTGCCTCGAGA
1 AATGTCCGCCTCGAGA
5001 AATGTCCGCCTCGAGA
1 AATGTCCGCCTCGAGA
5017 AATGTCC
1 AATGTCC
5024 ATTTACAGTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 22 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.28, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (16 bp):
AATGTCCGCCTCGAGA
Found at i:5338 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5014--5341 Score: 444
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
5004 GTCCGCCTCG
* *
5014 AGAAATGTCCATTTACAGTTACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGAT
1 AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGAT
** * *
5079 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTGCATTAAAATAGATTATAATTCAAT
* ** *
5144 GTTTGTCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
131 GTCTAACTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
* * * * * *
5185 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGAT
** * *
5250 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTT-ATGTTTTGCGTTAAAATAGATTATAATTCAT
66 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTAAAATTTTGCATTAAAATAGATTATAATTCAA
5314 TGTCTAACTCA-AGAAACATGAAGAAAAA
130 TGTCTAACT-AGAGAAACATGAAGAAAAA
5342 ACGNNNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 4
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 130 0.96
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGCTTGAT
AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTGCATTAAAATAGATTATAATTCAAT
GTCTAACTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
Found at i:6219 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6002--6364 Score: 442
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
5992 NNNNNNNNNN
* * ** * *
6002 TGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTCATGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTG-CATCA
* ** * * * *
6067 GAAACGTAAAG-AAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
65 AAAAAATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
**
6131 AGCATTATTGCTCGCTTTAAATGAG-TTTATAATCTCATAAT
130 AGCATTATTAATCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
6172 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCATCAA
* * * *
6237 AAAAATGAAGAAAAAACCATTTATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAT
66 AAAAATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
* *
6302 GCATTATTAATCTCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAAT
131 GCATTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
6342 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
6365 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 29, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.07
170 151 0.93
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCATCAA
AAAAATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAA
GCATTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Done.