Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400391.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3590.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 907
Length: 1513
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Warning! 40 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:477 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2--1513 Score: 1090
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
1 G
* * * * * *
2 TTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCTTCAGGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * * *
67 ACGTAAATAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
** * *
132 CTTAGGACTCGCTTTAAATGATTGTAAAACCTCATAATTGA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * *
173 TTTTAAGTTGAATATTTTTATAATTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * *
238 AC-TAGAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTCAAAAG
65 ACAT-GAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * *
302 CCTTATCACTCGCTTTTAATGATTTTATGACCTCATAATTGA
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * **
344 TTTTAATTTCAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAACATCTGCCTCAAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * *
409 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAGAAAATGTCTACTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
********** * * *
474 TTATTACTNNNNNNNNNNGCTTTTTTAATCTCATAATT-A
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
** * * * * * * **
513 GTTTTAAGTTGAAAGTTTTTATCTTTTTAATAAAACAGATTATAATCGAGTGTCTACATTGAGAA
1 -TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * *
578 ACATGAACAAAAAGATATCCA-TGGTAAAGACAAAAGTCCATTTATTGTAACTACATGACCTTCG
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG--CAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATG-CCTTCG
* * * *
642 ACAAGCC-TATTACTGCGC-TTAAATAGTTTTTTTAATCTAATAATT-A
124 A-AAGCCTTATTACT-CGCTTTAAAT-GATTTTATAACCTCATAATTGA
* * *
688 GTCTTAAGTTG-ATCTTTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATT-ATATGTTTAG-CTTA
1 -TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCT-GCCTCA
* * ** * * * * * *
750 ACATATGTGAAGAAAGAGATATCTATTAGTACGAAAAGTCTATTTAAAGTCACTCATGCCTTC-A
61 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * *
814 GAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTA
125 -AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * *
860 TTTTAATTTAAATGTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCCCAAAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * *
925 ACGTGAAGAAAATGATATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGC
65 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
* *
990 CTTACTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * ********** * *
1031 TTTT-AGTTTAGATTTTTTTTATATTGTTCATTAAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTGCTTTAAG
1 TTTTAAG-TT-GAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * *
1095 AAACGTGAAGAACATA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACTCATGCCTTCGAA
63 AAACATGAAGAA-AAAGATATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
******
1159 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATNNNNNN
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
**** * * * * * *
1203 NNNNAAGTTGAATTTTATTACAAATTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * *
1268 ACCA-GAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACT-CCTTCAAAA
65 A-CATGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCGAAA
* * **********
1331 GCCTCATCANNNNNNNNNNATGATTTTATAACCTCATAATTGA
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * * * * * * **
1374 ATTGAATTTTAATTCTTTTATATTTTTATTAAGATAGATTATAATTGAACGTCTGTCTTGAGAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * *** * * *
1439 CATCAAAAAAAAGATATCCAGCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
1504 TTATTACTCG
130 TTATTACTCG
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 258, Indels: 87
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 270 0.26
171 448 0.43
172 171 0.16
173 14 0.01
174 32 0.03
175 46 0.04
176 44 0.04
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA
Done.