Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400400.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3599.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1103 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1157 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1111--1186 Score: 134
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
1101 CCAAGCTTTT
* *
1111 ACAATGACTTTTCATAGGCTTAGCCACAACCTTCA
1 ACAATGACTTTTCAAAGGCTCAGCCACAACCTTCA
1146 ACAATGACTTTTCAAAGGCTCAGCCACAACCTTCA
1 ACAATGACTTTTCAAAGGCTCAGCCACAACCTTCA
1181 ACAATG
1 ACAATG
1187 GTNNNNNNNN
Statistics
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35 39 1.00
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Consensus pattern (35 bp):
ACAATGACTTTTCAAAGGCTCAGCCACAACCTTCA
Found at i:2727 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2432--4941 Score: 2017
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2422 TATGAGAAAT
** * * * *
2432 GTAATAATACTTTTGAAGGCATG-GTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * ** * *
2496 TCCTT-TTGTTTCAC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATAATTTAACCAACAATATAAAAAACT
64 TGCTTCATGTTTC-CTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-T
* * * **
2559 TTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTTA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
2603 GTAATAAAGCTTTCGAGGGC-TTAGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
* * * * * * *
2667 TG-TTCATGGTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATCTCTTTTAACCATAAATTTAAAAAAGTT
64 TGCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TT
*
2731 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*** * * * ** * *
2774 GTAGCGATGCTTTCGAAGGTATGAGTGGTTAT-AATAGGACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTT
* * ** *
2837 TGCTTCATGTTTTC-AGAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
64 TGCTTCATGTTTCCTA-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAT
* * *
2901 TTAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** ** * * * * *
2945 CCAATAATACTTTCGAAAGCATGAGTGAATATAAAT-GAGCTTTTCTCT-CCAACGGATGGCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
3008 CGCTTTATGTTT-CTATAGATAGACATTCGATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAA
64 TGCTTCATGTTTCCTA-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAT
** *
3072 AAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * *
3116 GTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCT-CCAATGAATGTCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTT
* ** * * * *
3179 TGCTTCACGTTTCCGGAGATAGACAGTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAACAATTC
64 TGCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC
* * * * *
3244 AACTTGAAATCATTTACGA-ATTATAAAACTATTTAAAGTGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
3285 GTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATATATAGACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
* * * * * * * *
3350 TTTGCGTGTTTCCTAAGATATG-CATTTAAATATAATCTGTTTTAGCCCAAAATATAAAACAAAT
66 CTT-CATGTTTCCTAAGATA-GACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAAT
* * * * ** *
3414 T-AACCTAAAATGAATAATGAAATTATAAAATTATTTAAAGCAA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * * *
3457 GTAATAAGGGTTTTAAAAGCTTGAGTGACTACAAATAGAATTTTCTGGCTAGTGGATGGCTTATG
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
** * * * *
3522 CTTCATGTTTATTAAAACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-AGTAAAAGAATTC
66 CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-TAAAA-AATTC
* * * * *
3586 AGCTTAATATCGATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCAA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*** * *
3628 GTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATTGG-TTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTT
* * * * * * * * * *
3692 -TTTCATATTTCATAGGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
65 GCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTC
* *
3756 AACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
3798 GTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCCTGCCAATGGATTGACTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTT
* * * * * *
3862 GTTTTATGTTTCCTGAAG-CAGACATTAAATTATAAAATATTTTAATCAAAAATATAAAATAATT
65 GCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATT
*
3926 CAACCTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
128 CAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
*
3969 GTAATAAAGG-TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTT-TTGTCTCAAAT-AGATGGC
1 GTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C-C-AATGA-ATGGC
* * * *
4030 TTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGACAAATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
61 TTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* *
4094 CATTCAACTTAAAGTCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
125 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
4141 GTAATAATGCTTTTAAAGGCATGAGTGACCATAAAT-GAACTTTT-TTCTCCAACGGATGTCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTT
* **
4204 TGCTTCATGTTTTCC-AAGATAGACATTCGATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAA
64 TGCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT--AAAAAA
* *
4268 TTTAACTTGAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
126 TTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * *
4313 GTAATACGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTGTAAATGGACTTTTCTCGTCAATTAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
* * * * * * *
4378 CTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTTAAATATAATAT-TTTTAACCCAAAATATAAAAAAATCAA
66 CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAA
*
4442 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
131 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** * * *
4482 GTAATAAGATTTTTGAAGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
* * * * * * *
4546 TTTCATG-TTCCCAAGGTAGACATTTAAATATAATAT-TTTTAGCCCAAAATATAAAAAAAATT-
66 CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTA-ACCAAAA-ATATAAAAAATTC
* * *
4608 AACTTAAAATCAATTATTTATAAAATTAATTATTTATAAAACTATTTAAAGCGA
129 AACTTAAAATC-A--A--T-T---A-TGA-GA-TTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** ** * * * *
4662 GTAGTAATTCTTTCAAAGGCACGAGTGGCTAT-AATGAGACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTT
* * * **
4725 TGCCTCACGTGTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
64 TGCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATT
* * * *
4790 TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGCAA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** ** * * * * *
4833 CCAATAA-TATTTTGGAAGGTATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTCT-CCAATGGATAG-TTT
1 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTT
* *
4895 TCGCTTCATGTTT-CTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
64 T-GCTTCATGTTTCCTA-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
4942 TTGAAATTCT
Statistics
Matches: 1892, Mismatches: 364, Indels: 166
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 34 0.02
168 26 0.01
169 189 0.10
170 221 0.12
171 917 0.48
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173 29 0.02
174 2 0.00
177 2 0.00
178 3 0.00
179 4 0.00
180 67 0.04
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182 37 0.02
183 16 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTG
CTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:3552 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2514--9171 Score: 2155
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2504 TTTCACAAGG
* * * * * * *
2514 CAGACATTCAATTATAATATAATTTAACCAACAATATAAAAAACTTTAGCTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* ** * * * * * *
2579 AGATTAAAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAAGCTTTCGAGGGC-TTAGGTGACTGTAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * *
2643 TTTTCTTG-TCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGGTTCCTAAGGTAGACATCCAATTATAATCTCT
129 TTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGT
* * * * *
2707 TTTAACCATAAATTTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
193 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * ** * ** * *
2772 GAGTAGCGATGC-TTTCGAAGGTATGAGTGGTTAT-AATAGGACTTTTCACT-CCAATGGATGGC
258 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCT-TGAGTGACTATAAATA-GAATTTT--CTGCCAATGGATGAC
* *
2834 TTTTGCTTCATGTTTTCAGAGA
319 TTTTGCTTCATGTTTTTA-AAA
* * * *
2856 TAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATG
* ** ** * * *
2921 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGACCAATAATACTTTCGAAAGCATGAGTGAATATAAAT-GAGC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-C
* * * ** * * *
2985 TTTTCTCT-CCAACGGATGGCTTTCGCTTT-ATGTTT-CTATAGATAGACATTCGATTATAATAT
129 TTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTT-TTTTTCATGTTTCCTA-AGATAAACATTCAAATATAATAT
* * *** * *
3047 GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAAAAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
191 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
3112 GCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCTCCAATGAATGTC
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAA-TTTTCT-GCCAATGGATGAC
* *** *
3176 TTTTGCTTCACGTTTCCGGAGA
319 TTTTGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * * *
3198 TAGACAGTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAACAATTCAACTTGAAATCATTTACG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * * *
3262 A-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATATATAGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
* * ** * *
3326 TTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTGCGTGTTTCCTAAGATATGCATTTAAATATAATCTGTT
130 TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTT-CATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGTT
* * * * * * **
3391 TTAGCCCAAAATATAAAACAAATT-AACCTAAAATGAATAATGAAATTATAAAATTATTTAAAGC
194 TTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
3455 AAGTAATAAGGGTTTTAAAAGCTTGAGTGACTACAAATAGAATTTTCTGGCTAGTGGATGGCTTA
258 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTCT-GCCAATGGATGACTTT
3520 TGCTTCATGTTTATTAAAA
322 TGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * *
3539 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAA-GTAAAAGAATTCAGCTTAATATCGATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTAT
* * *** *
3603 GATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATATATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * *
3668 TTTTCTTACCAATGAATTGG--TTTTTTTCATATTTCATAGGGTAAACATTCAAATATAATCTGT
129 TTTTCTTGCTAATGAA-TGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGT
* *
3731 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
193 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
3796 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTGCCAATGGATTGACTTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTGCCAATGGA-TGACTTT
* * * * *
3861 TGTTTTATGTTTCCTGAAG
322 TGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * *
3880 CAGACATTAAATTATAAAATATTTTAATC-AAAAATATAAAATAATTCAACCTTAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTAT
* *
3944 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGG-TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA
** * * *
4008 C-TTT-TTGTCTCAAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGACAAATATTCAATTATAA
128 CTTTTCTTG-CT--AATGA-ATGGCTTTTTTTTCATG-TTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAA
* * * * * *
4069 TATATTTTAATCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATCAGATTATAAAACCATTT
188 TATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
4134 AAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGAGTGACCATAAAT-GAACTTTTTTCT-CCAACGGA
253 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAA---TTTTCTGCCAATGGA
* * *
4197 TGTCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGA
315 TGACTTTTGCTTCATGTTTT-TAAAA
* * * * *
4223 TAGACATTCGATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTGAAAAT-AATTA
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT--AAATCAATTA
* * * * * *
4287 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTGTAAATGGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * *
4352 CTTTTCTCG-TCAATTAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTCCCAAGGTAGACATTTAAATATAATAT
128 CTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTT-TTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATAT
*
4415 -TTTTAACCCAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
191 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * *
4478 GCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGACT
* *** **
4543 TTT-TTTCATGTTCCCAAGG
320 TTTGCTTCATGTTTTTAAAA
* * * * ** *
4562 TAGACATTTAAATATAATAT-TTTTAGCCCAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAATC-A--A-
* * * * ** ** * *
4625 TTATAAAATTAATTATTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAATTCTTTCAAAGGCACGAGTGG
60 -T-T---A-TGA-GA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA
* * * *** * * *
4690 CTAT-AATGAGACTTTTCACT-CCAATGGATGGCTTTTGCCTCACGTGTCCTAAGATAGACATTC
117 CTATAAAT-AGACTTTTC-TTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTC
* * ** * * *
4753 AATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAA
180 AAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
* * ** ** ** * * *
4818 AACAATTTAAAGCAACCAATAA-TATTTTGGAAGGTATGAGTGACAATAAATA-AACTTTTCTCT
245 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCT-TGAGTGACTATAAATAGAA-TTTTCT-G
* * **
4881 CCAATGGAT-AGTTTTCGCTTCATGTTTCTAGAGG
307 CCAATGGATGACTTTT-GCTTCATGTTTTTA-AAA
* * *** *** ** * **
4915 TAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TTGAAAT-TCTTATTACTC-ACTTTAAATGGCTTTTT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAT--C-AATT
* * * ** ** * ** ** * * **
4977 CTTCACGTTTCTCGATTTAGTCATTTAAA---AATAAT-CTG-TTTT-AACTCA-AAATGCAAGA
62 -ATGA-G-AT-T--ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG--ACT
* **** * * ** * ** **
5035 AAAAATCA-ACTTAAAAT-C-AAT-TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAATT
119 ATAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATG-GCTT-T----T--TTTTCA-TGTTTCCTAAG-A--
** * ** * * * ** ** ****
5096 TTGAGGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT
171 -T-A-AACAT-T-CAAATAT-AAT--A-TGTTTTAACCAA---A-----AATA-TAAAAAAAT-T
** * * ** ** * ***
5161 CAAGGTAGACATTCAATTAT-A-ATCTGTTTTAACCA---AAA-ATA-TAAAAAATTTTACTTAA
217 CAACTTA-AAATT-AATTATGAGAT-T-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT--TTAA
* * * ** * * ** ** ** * ** *
5219 AATCAATAACAAGATTAGAAA-ACCATTTAAAGTGAGTAAT-AATG--TTTTCGAAGAT-ATG-A
276 AAGC-TTGA-GTGACTATAAATAGAATTT--TCTG-CCAATGGATGACTTTT-G--CTTCATGTT
* *
5278 GTGACAAA
333 TTTA-AAA
* * ** * ******
5286 -GGACATTTTGTGCCAATGGATGGCT-T-TTGCTTCACTTTTCTCCTAGTAAATAATCAATT-AT
1 CAGACA---T-T--CAAT-TAT-AATATATT--TTAAC--AAAAAAT-GTAAA-AA--AATTCA-
* * * * ** * * * * * * **
5347 AGTATAATTTAATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATT-ATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGC
49 ACT-TAAATCAATTATGAGATT--A-T-AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGC-TTT-----
* * * * * *
5410 GAGTGATAAGGCTTTCGAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGACTTT
102 ---TGA--AGG----C--A----TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTT
** * ** ** * * * * *
5475 TTCGTCATAG-TTCTTAAGGCAGGCAATCAATTATAATCTGTTGTAGTA-C-AAAATGTAAAAAA
152 TTTTTCAT-GTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGTTTTA--ACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * ** * *
5537 GTTTAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGATTTTTGAAGG
214 ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG
* * * * * * ** * * **
5602 CTTGAATGACTGTAAATGGATTTTTTTTACCAATAAAT-AGCTCTTT-CTTCATATTTTTTGAGG
279 CTTGAGTGACTATAAATAGA-ATTTTCTGCCAATGGATGA-CT-TTTGCTTCAT-GTTTTTAAAA
* * * * * * * *
5665 CAGACATTTGAA-TATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTAT
1 CAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAATCAATTAT
* * ** * *
5729 GAGATTATAAAACCGTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * ** * * *
5794 ATTTCTTG-TCAAAGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG
129 TTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AAGATAAACATTCAAATATAATATG
* * * ** * *
5856 TATTAACTAAAAATATAAAACAATTCTGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
192 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
5921 TGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCTAGAGTGACTAGAAAAAGACTTTTCGTGCCAATTGG-TGGCT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAA-TGGATGACT
* * *
5985 TTTACTTCACGTTTTCTAAAG
320 TTTGCTTCATGTTTT-TAAAA
* * * * * * * *
6006 CAAACATTCAATTTTAGTCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * * * * *
6071 GGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-------AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
* * * * * ** * * *
6129 GTTCATAT-C-AATGAAT-GATTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAAACATTTAATTACAA-ACT
130 TTTC-T-TGCTAATGAATGGCTTTTTT-TTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATA-T
* * * * *
6190 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
191 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * ** * *
6255 GTGAGTAATAAGTATCTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAA-AGAACTTTTCTCACCAATGAATG-
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGA-GTGACTATAAATAGAA-TTTTCT-GCCAATGGATGA
* ** * ** **
6317 GTTTTTTTTTAT-TTTCCAAGG
318 CTTTTGCTTCATGTTTTTAAAA
* * * ** *
6338 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCTGCTTAAAATCGATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * * * ** * *
6403 AGGTTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCTTGATTGACTATAAA-AGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GAC
* * ** * * * *
6467 TTTT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACT-AGGTAGACATTCAATTATAATATA
129 TTTTCT-TGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTC-CTAAGATAAACATTCAAATATAATATG
** * * * * *
6530 TTTTAATAAAAAATATAAACAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
192 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
6595 CGAGTAATAAGG-TTTCAAAGGCTTG-GCTGAATAT-AATTGAGCTTTTCATGCTAATGAATAGT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAG-TGACTATAAATAGA-ATTTTC-TGCCAATGGAT-GA
* ** ** * *
6657 TTTTTTATTCATGGTTCCTGAGA
318 CTTTTGCTTCAT-GTTTTTAAAA
* * *
6680 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTTAATAAAAAATTTTAAAA
1 CAGACATTC------AA------TT-A-T----A-AT----ATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * * ** *
6745 AATTTAACTTGAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAG
43 AATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
6810 GTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCA--TTT-CTC
107 GCATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTT-TTT-CATGTTTCCT-
* * * * * * * * * *
6870 GAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAGCCCAAAATGTAAAAGACATTCAACTTAAAATCAA
167 AAGATAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATTAA
* * ** ** * * *
6935 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCTAGTAATAAGGGATTGGAAGGCTTAAATGACTATAAAT
231 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * *** *
7000 ACACTTTTTTTGCTGGT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAAA
296 AGA-ATTTTCTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * * *** **
7045 CAGGCATTCAATTATAATATATTTTAA-ATAGAAATATACAAAAATTTTGCTTAAAATTGATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * * * * * * **
7109 GAGATTATAAAACCATTGAGA-CTAAATAATAAGGCATTTGAAGGCTTTAATAACTATAAAGGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * * * * *
7173 CTTTTCGTACCAATGGATAG-TTTTTGCTTCACGTTTTTCTATG-TAGACATTCAATTATAATAT
128 CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTTCATG-TTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATAT
* * ** *
7236 ATTCTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAA
191 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * * * ** *
7301 GCGAATAAT-AGGGATTTAGAAGGCATCG-GAGAATATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAAT-A
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTA-AAAGC-TTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGA
** * * * *
7363 GCTTTTTTTTAACGTTTCTTGAGA
318 -CTTTTGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * * * * * *
7387 CAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACGAACAATATAAAAAAAATCAACTAAAAATGAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAATCAATTATG
* * * * *
7452 GGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTCGA-TGACTATAAA-AGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATA-GA
* * * * * * * * * * *
7515 CTTTTCCTGCTAATGCATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTCATGGTAGACATTTAAATATATTCTG
128 CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCT-AAGATAAACATTCAAATATAATATG
* * * * * *
7579 TTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGACTATAAAACTATTTAAAG
192 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * * ** *
7644 CGAGGAATAAGG-GTTTCGAGGACTTGAGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCTACCGGATGGCT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGACT
* ** *
7708 TTTACTTCACATTTCTTGAAA
320 TTTGCTTCATGTTT-TTAAAA
* * * * * **
7729 TAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * * ** * *
7794 AGATTACAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAACAATGGGTGACTATAAATAGAT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * *
7858 TTTTCTTACCAATGAATAG-TTTTTTTTAACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT
129 TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGTT
* * * * *
7922 TTAATC-AAAATCTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
194 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * * *
7986 AGTAATAAAGCTTTCGAATAA--ATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAGTGAATGGCTT
259 AGTAATAAGGCTTT-TAA-AAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGACTT
* *** **
8049 TTTCTTTACAT-TTACCAAGG
321 TTGC-TT-CATGTTTTTAAAA
* * * * * * *
8069 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTTTACCTAAAATTAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAATCAATTATG
* ** * * *
8134 AAATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAATATAAA-AGAAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-AC
* * *** * * * * *
8198 TTTTCATAT-C-AATGGATGACTTTTGCATCATGTTT-TTAGAGATAGACAGTGAATTATAATAT
129 TTTTC-T-TGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTA-AGATAAACATTCAAATATAATAT
* ** * * * * * **
8260 ATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAACTATGAGATTATAAAAGTATTTAAA
191 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * ** *
8325 GCTAGTAATAAGGCTTTT-AAAGATATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-AG
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCT-TGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGA-
* * * **
8388 CTTTTTCTTTGCAT-TTCTTGAGG
318 CTTTTGC-TT-CATGTTTTTAAAA
* * * * * * ** *
8411 TAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAGCTCAAAATGTAAAAGAAATTCTACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * *
8476 GAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGATTTGGAAGGCTTGAGTGACTATAAATACAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
* * ** ** * * * ** * *
8541 TTTTTTTGCTAGTG-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATT
129 TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATGTT
* ** *** * * * *
8605 TTAACTAAAAATATACCAAAATTTTGCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTGAGAGTG
194 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * **
8670 AGTAATAAGGCATTTGAAGGCTTTAATGACTATAAA-AGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGTTTT
259 AGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATA-GAATTTTC-TGCCAATGGATGACTTT
* * *
8734 TCGTTTCACGTTTCTCT-ATA
322 T-GCTTCATGTTT-T-TAAAA
* * * * * * *
8754 TAGACATTCAATTATAATATATTATAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCAT
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * *
8819 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATCG-GTGAATATAAATGGG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
8883 CTTTTCTTG-TCAATGAATAGC-TTTTTTTAACGTTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATTTG
128 CTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAAATATAATATG
* * * *
8946 TTTTAACCAATAATATAAAAAAA-TCAACTAAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAG
192 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * ** *
9010 CGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGCTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGC-TTGAGTGACTATAAATAGAATTTTC-TGCCAATGGATGACT
* * **
9074 TTTTCTTCATAGTTCTTAAGG
320 TTTGCTTCAT-GTTTTTAAAA
* * * * * ** * *
9095 CAGACAATCAATTATAATTTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAACGTTTAACATAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTATG
9160 AGATTATAAAAC
65 AGATTATAAAAC
9172 TANNNNNNNN
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TAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTGCCAATGGATGACTTTTGCT
TCATGTTTTTAAAA
Found at i:4633 original size:16 final size:16
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*
4628 TAAAATTAATTATTTA
1 TAAAATCAATTATTTA
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1 TAAAA
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Statistics
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TAAAATCAATTATTTA
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4956 ACTCACTTTA
* * *** * * ** *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT--
* * *
5031 A-AGAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGAAT
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* *
5095 TTTGAGGGCTTGTGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAGCCAATG
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* * * *
5138 GATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
** * ** * * *
5203 AAAAAATTTTACTTAAAATCAATAACAAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATG-TTTT
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* * *
5267 CGAA-GATATGAGTGAC---AAA-GGACATTTT-GT-GCCAATG
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* * * * * * * * **
5304 GATGGCTTTTGCTTCACT-TTTCTCCTA-GTAAATAATCAATTAT-A---G-TATAA-T-TTAAT
1 AATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* * *
5360 A-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTT
64 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
* * * * *
5424 TCGAAGCCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-CCAATG
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* * * * * * *
5466 AATGACTTTTTCGTCATAG-TTCTTAAGGCAGGCAATCAATTATAATCTGTTGT-AGTACAAAAT
1 AATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAAT
* * * * * *
5529 GTAAAAAAGTTTAACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAA-GAT
64 ATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-
* * * * * *
5593 TTTTGAAGGCTTGAATGACTGTAAATGGATTTTTTTTA-CCAATA
127 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCCAATG
* * * * ** * * * *
5637 AATAGCTCTTTCTTCATATTTTTTGAGGCAGACATTTGAA-TATAATCTATTTGAACCAAAAATA
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
* * * * *
5701 TAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTATAAAGCGAGTAATAAGGCTT
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** * * * * * *
5766 TCAAAGCCATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTT-GTCAAAG
129 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCCAATG
*
5808 AATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTATTAACTAAAAATAT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
** * * * *
5872 AAAACAATTCTGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTT
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* * * * *
5937 TAAAGGCTAGAGTGACTAGAAAAAGACTTTTCGT-GCCAATTG
130 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCCAA-TG
* * * * * * * * *
5979 -GTGGCTTTTACTTCACGTTT-TCTAAAGCAAACATTCAATTTTAGTCTATTTTAACTAACAATA
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* * *
6042 TAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA--A--
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* * * * * *
6103 ---AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCATA-TCAATG
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** * ** * * * * *
6142 AATGATTTTTTCTTCATGGTTCTTGAGGCAAACATTTAATTACAAACTATTTTAACTAAAAATAT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * *
6207 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTATCT
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** *
6272 TGAAGGAAT-AGGTGACTATAAA-AGAACTTTTCTCA-CCAATG
130 TGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTAGCCAATG
* * *
6313 AATGG-TTTTTTTTTAT-TTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
** * * * * * * *
6375 AAAAAAATTCTGCTTAAAATCGATTATGAGGTTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAATGCTTT
66 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
** *
6440 CAAAGGCTTGATTGACTATAAA-AGGACTTTT-TGT-GCCAATG
130 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCT-TAGCCAATG
* * * * * * *
6481 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACTAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATA
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA
* * *
6545 TAAACAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TT
65 TAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
** * * * *
6609 TCAAAGGCTTG-GCTGAATAT-AATTGAGCTTTTCAT-GCTAATG
129 TTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATAGA-CTTTTCTTAGCCAATG
** * * * *
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1 AAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* ** * * * ** * * *
6715 ATAAAAATATTTTAA--TAAAA--AATTTTAAAAAATTTAACTTGAAATCAACT-ATGGGA-TTA
64 ATAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAA--TTATGAGA-TT-A--TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *** * * *
6774 TAA-AACTATTT-AAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAA-AG-GTATAGGT-GACTATA
121 TAAGGA-T-TTTGAAGGCTTG-AGT--GACTATAAATAGACTTTTCTTAGCCAATG
* * * * * * ***
6825 AATGGAC-TTTTC-T--TG----TCAATGAATAGCTTTTTC-TTTGCAT-TTCTCGAGGTAGACA
1 AATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA-C--ATTCAATT--ATAATCT-GTTTTA-AC-
** **** * * ** * * * * * * *
6880 TTTAAATATAATCTGTTTTAGCCCAAAATGTAA--AAGACATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAG
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* * ** * * *
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116 AGTA-ATAAGGATTT-----T-G----AA-GGCTT-G-A-G--T-GA---CTATAAATAGACTTT
* ***
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160 TCTTAGCCAATG
* * ** * * * * *
7018 -ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATTTTAAATAGAAATAT
1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
*** ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 AATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT
* * * *
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64 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
* * * * * **
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* * * * ** * * * *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * *
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66 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-ATT
* * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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66 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
* * * **
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* * ** * ** * * *
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* ** * * * *
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65 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
* ** * * *
7829 TTCAAAACAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTA-CCAATG
129 TTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCCAATG
* * * * * * *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-
* * * *
7934 TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
64 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATT
* **** * * * *
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* *
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* ** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * ** * *
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64 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
* * * * *
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* ** * * * * *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATG--TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* *** ** * * *
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66 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-ATT
* * *
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* * *** * * *
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* * *
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62 ATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
8852 GATTTTGAAGGCATCG-GTGAATATAAATGGGCTTTTCTT-GTCAATG
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* * * * * * * *
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1 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* *
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** * * *
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** *
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* * * * * *
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** * * * * * **
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* * ** * * * **
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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256 TTCTTGTCAATGAATAGCTTTT-TTTAACGTTTCT--TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *** * *
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318 TTAACCAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * * * * *
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383 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTG-ATGGCTTTTTC
* * * * * * * * *
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447 TTCACAGTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA-AAAATATACAAAAA-TTT
*
5541 A
510 T
* * * * *
5542 ACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAA-G-ATTTTTGAAGGCTT
1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCA-TTTCGAAGGCTT
* * * ** ** * * ** * ***
5605 GAATGACTGTAAATGGATTTTTTTTACCAATAAATAGCTCTTT-CTTCATATTT-TTTGAGGCAG
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* * * ** * * * *
5668 ACATTTGAA-TATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTCAAAATCAATTATGAG
128 ACA-TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAG
* * * * * * * *
5732 ATTATAAAACCGTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATAGACATT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGCATCGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** * *
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257 TCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** * *
5862 CTAAAAATATAAAACAATTCTGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
322 C-CAAAATATAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * * * * * *
5927 AAAAGGCTTTTAAAGGCTAGAGTGACTAGAAAAAGACTTTTCGTGCCAATTGGTGGCTTTTACTT
385 ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CTAGTGATGGCTTTTTCTT
* * * * * * * * *
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449 CACAGTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAAAATTTT
* * * *
6054 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA---A-----AAGGCTTG
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** * * * * * * * * * * *** *
6111 GGTGACTATAAATGGGCTGTTCATATCAATGAATGATTTTTTCTTCATGGTTCT-TGAGGCAAAC
66 AATGACTATAAAAGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCT-ATATAGAC
* * * * * *
6175 ATTTAATTACAA-ACTATTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
130 ATTCAATTATAATA-TATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAGA
* * * * * * * * *
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*** * * * * ** *
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* * ** * * * * *
6366 TAAAAATGTAAAAAAATTCTGCTTAAAATCGATTATGAGGTTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAA
323 -CAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * * *
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* * * *
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448 TCACAGTTCTTA--AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATACAAAAATTT
6555 T
510 T
* * * *
6556 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG--TTTCAAAGGCTT
1 -ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCGAAGGCTT
** * ** * * * * * ** * * * *
6619 GGCTGAATAT-AATTGAGCTTTTCATGCTAATGAATAGTTTTTTTATTCATGGTTC-CTGAGACA
65 GAATGACTATAAAAGGA-CTTTTCGTACCAATGGAT-GGTTTTTGCTTCACGTTTCTCT-ATATA
* * *
6682 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTTAATAAAAAATTTTAAAAAA
127 GACATTCAATTATAATAT-ATTT---T---AATA-AAAAATA---T-A-AAAAAA-TTT---AAC
* * * * ** * *
6747 TTTAACTTGAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTTAAAGGT
175 TTAAAATT--AAT---C-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGC
* ** * *
6812 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCATTTCTCGAGGTAG
234 ATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTT-TTAACGTTTCTTGAGGTAG
* * * * *
6877 ACATTTAAATATAATCTGTTTTAGCCCAAAATGTAAAAGACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
298 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAAATATAAAA-A-AATCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * *** *
6942 ATTATAAAACCATTTAAACCTAGTAATAAGGGATTGGAAGGCTTAAATGACTATAAATACACTTT
360 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * ** *
7007 TTTTGCTGGTGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATTTTA
425 TCTTGCTAGTGATGGCTTTTTCTTCACAG-TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* *
7071 AATAGAAATATACAAAAATTTT
489 ACTAAAAATATACAAAAATTTT
* * * * *
7093 GCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTGAGA-CTAAATAATAAGGCATTT-GAAGGCTT
1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGC-GAGTAATAAGGCATTTCGAAGGCTT
* * * * * *
7156 TAATAACTATAAAGGGACTTTTCGTACCAATGGATAGTTTTTGCTTCACGTTTTTCTATGTAGAC
65 GAATGACTATAAAAGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCTATATAGAC
* *
7221 ATTCAATTATAATATATTCTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATCATGAGATT
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* * * * **
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* ** *
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* * * * *
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323 CAA-AATAT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
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386 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCTAGTG-ATGGCTTTTTCTT
* * * * * * * * ** * **
7544 CAC-GTTTCTCATGGTAGACATTTAAATATATTCTGTTTTAACCCAAAATATAAAAAAATTCA
449 CACAG-TTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAAAATTTT
* * * * * * * *
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1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCGAAGG-CTT
* * * * * ** * * * * *
7669 GAGTGACTCTAAATA-GACTTTTCTTGCTACCGGATGGCTTTTACTTCACATTTCT-TGAAATAA
65 GAATGACTATAAA-AGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCT-ATATAG
* *
7732 ACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAG
128 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAG
* * * * * * * * *
7796 ATTACAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-ACAATGGGTGACTATAAATAGATTT
192 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGC-ATCGGTGACTATAAATGGACTT
** * * *
7860 TTCTTACCAATGAATAGTTTTTTTTAACGTTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
256 TTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
7924 AATCAAAATCTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
320 AACCAAAAT-ATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* **** * * *
7989 AATAAAGCTTTCGAATAAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCATGCCAGTGAATGGCTTTTTCT
384 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTG-ATGGCTTTTTCT
* * * * *
8054 TTACATTTAC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTA-AAAATATTT
448 TCACAGTT-CTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATACAAAA-ATTT
8116 T
510 T
* * ** *
8117 ACCTAAAATTAATTATGAAATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTG
1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCGAAGGCTTG
* * * * * ** * * * ** *
8181 AGTGAATATAAAAGAACTTTTCATATCAATGGATGACTTTTGCATCATGTTTTTAGAGATAGACA
66 AATGACTATAAAAGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCTATATAGACA
* * * * *
8246 GTGAATTATAATATATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAA-CTATGAGATT
131 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATC-ATGAGATT
** * * ** * * *
8310 ATAAAAGTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGATATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCT
195 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
8375 TATCAATGAATAGCTTTTTCTTTGCATTTCTTGAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAGCT
260 TGTCAATGAATAGCTTTTT-TTAACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-
* * *
8440 CAAAATGTAAAAGAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAA
323 CAAAATATAAAA-AAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
8505 TAAGGATTTGGAAGGCTTGAGTGACTATAAATACACTTTTTTTGCTAGTGATGGCTTTTGCTTCA
386 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGATGGCTTTTTCTTCA
* ** * *
8570 CATTTCTTAAAACAGGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACCAAAATTTT
451 CAGTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAAAATTTT
* * * * *
8630 GCTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTGAGAGTGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGCTTT
1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCGAAGGCTTG
* * *
8694 AATGACTATAAAAGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGTTTTTCGTTTCACGTTTCTCTATATAGAC
66 AATGACTATAAAAGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTT-GCTTCACGTTTCTCTATATAGAC
*
8759 ATTCAATTATAATATATTATAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAGAT
130 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAGAT
* * *
8824 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATCGGTGAATATAAATGGGCTTTTC
194 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** *
8889 TTGTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
259 TTGTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* *
8954 AATAATATAAAAAAATCAACTAAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
324 AA-AATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
9019 AGGCTTTCGAA-GCTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
388 AGGCTTTCGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTG-ATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
9083 TAGTTCTTAAGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTGAACTAAAAATGTA-AAAACGTTTA
451 CAGTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAAA-ATTTT
* *
9143 ACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
9172 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 2882, Mismatches: 608, Indels: 266
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (510 bp):
ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCATTTCGAAGGCTTG
AATGACTATAAAAGGACTTTTCGTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCTATATAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATCATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAGGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
AATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGATGGCTTTTTCTTCACAGTT
CTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATACAAAAATTTT
Found at i:10412 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9807--10650 Score: 648
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
9797 NNNNNNNTTC
* **
9807 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA------GAAGGCTT-A
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGA
* * ** * * * * * *
9865 GGTGGCTAT-AAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGATTTTTTCTTTATGGTTCTTAAGGCAGAC
66 -GTGACTATAAAAAGACCTTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* *
9929 ATTCAATTATAAACTCTTTTAATAACCAAAAATATAAAAAAATTT
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* ** * *
9974 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAATTATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCTTG
* * * * * ** * *
10039 AATGACCATAAACAGACCTTTTTTCCCAATGAAT-AGTATTTTCTTCACATTTCTAAATG-TAGA
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* * * *
10102 CAATCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAACTGTAAAAAAATTT
128 CATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAA-TATAAAAAAATTT
* * * * **
10145 AACTTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACCGTTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
10209 -AGGTGACTAT-AAATGAGCTTTCGTCGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAA
64 GA-GTGACTATAAAAAGACCTTT-TTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAG
* *
10272 ACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAATGTAAAAAAATTCT
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAATATAAAAAAATT-T
* * * *
10316 -ACTTAAAATCGATTATGAGGTTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCTTG
* * * * *
10380 AGTGATTATAAAAAGA-CTTTTTGTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGACAGAC
65 AGTGACTATAAAAAGACCTTTTT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* * *
10444 ATTCAATTATAATATATTTTA--ATAAAATATATAAAAAATGT
129 ATTCAATTATAATCTGTTTTATCA-AAAATATA-AAAAAATTT
* * * * *
10485 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGGTTTCGAAGGCTTGG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * ** * * *
10550 GCGAATATAAATAAG--CTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTCTTCATCGTTCCT-AAGGCAA
66 GTGACTATAAA-AAGACCTTTT-TTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGACAG
* * *
10612 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATATAAAAA
127 ACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATATAAAAA
10651 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 106, Indels: 64
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 44 0.08
169 46 0.09
170 229 0.43
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172 10 0.02
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175 10 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGA
GTGACTATAAAAAGACCTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAATATAAAAAAATTT
Found at i:10427 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9807--10650 Score: 865
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 339
9797 NNNNNNNTTC
* * * **
9807 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA------GAAGGCTTAG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAAAGAATAG
* * * * *
9866 GTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGATTTTTTCTTTATGGTTCTTAAGGCAGACAT
66 GTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTTAT-GTTCCTAAGGCAAACAT
* *
9931 TCAATTATAAACTCTTTTAATAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
130 TCAATTATAATCTGTTTT-AT-A-CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
9996 TATACAATTATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAATGACCATAAACAGACCTTTT
192 TACAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATGACCATAAAAAGACCTTTT
* * *
10061 TTCCCAATGAATAGTATTTTCTTCACATTTCTAAATG-TAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAA
257 TTCCCAATGAATAGTATTTTCTTCACATTTCTAAA-GACAGACAATCAATTATAATATATTTTAA
* *
10125 CAAAAACTGTA-AAAAAATTT
321 -AAAAA-TATATAAAAAATGT
* ** *
10145 AACTTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACCGTTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCGAAAGAAT
* * * *
10209 AGGTGACTATAAATGAGC-TTTCGTCGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGACAAA
64 AGGTGACTATAAATGAGCTTTTC-TTGCCAATGAATGATTTTTTCTTTATG-TTCCTAAGGCAAA
* * * *
10273 CATTCAATTATAATCTGTTTTAT-CTAAAATGTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCGATTATGAGG
127 CATTCAATTATAATCTGTTTTATACAAAAATATAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
10336 TTACAAAACCAT-TGAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAAAAGA-CTT
191 TTACAAAACCATAT-AAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATGACCATAAAAAGACCTT
** * * ** *
10399 TTTGTGTCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTCTAGACAGACATTCAATTATAATATATTT
255 TTT-TCCCAATGAATAG-TATTTTCTTCACATTTCTAAAGACAGACAATCAATTATAATATATTT
*
10463 TAATAAAATATATAAAAAATGT
318 TAAAAAAATATATAAAAAATGT
* * * ** *
10485 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGGTTTCGAAGGCTTGG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAAAGAATAG
* * * * * * *
10550 GCGAATATAAATAAGCTTTTCTTGCTAATGAATAGTTTTTTTCTTCATCGTTCCTAAGGCAAATA
66 GTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GATTTTTTCTTTAT-GTTCCTAAGGCAAACA
*
10615 TTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAACAATATAAAAA
129 TTCAATTATAATCTGTTTTATA-CAAAAATATAAAAA
10651 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 69, Indels: 41
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 43 0.10
339 35 0.08
340 111 0.27
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342 2 0.00
344 7 0.02
345 72 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAAAGAATAG
GTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTTATGTTCCTAAGGCAAACATT
CAATTATAATCTGTTTTATACAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
AAACCATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAATGACCATAAAAAGACCTTTTTTCC
CAATGAATAGTATTTTCTTCACATTTCTAAAGACAGACAATCAATTATAATATATTTTAAAAAAA
TATATAAAAAATGT
Done.