Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397568.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_862.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6928
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 522 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:328 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--5655 Score: 4661
Period size: 171 Copynumber: 33.1 Consensus size: 169
* * * * *
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
66 TGCCAATAAATGGCTTTTTCATCACGTTT-TGCAAGGTAAACATTCAATTGTAATTTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* *
130 CAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTT
128 CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
172 ACAAAACTAGTTAAAGTGAGTGATAAGGCTCTT-AAGGGAATGGATGACTATAGAA-AGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGAA-GGCATGGATGACTATA-AATGGACTTTT
** * * *
235 CTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGACAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
63 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
300 CCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
343 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAAT-GACTGACTCTAAATAGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
407 TTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCAT-AATGCAAACATACAATTATAATCTATTTTAG
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
471 CAAACAATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATT
128 CAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
514 ATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGTC-TTGAGTAACTAGAAAGGGACTGTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * * *
578 ATATCGAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCA
64 TTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-A
* *
642 TCAAAAAA-GTAAAAAAATACAA-TCTAAAATCAATTATGAGATT
127 ACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
685 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
750 TGTCAATGAATGGCTTTTT-TTACAT-TTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATAATCTATTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
813 TAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATT
129 AAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * **
855 ACAAAGCCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCGTTCGAAAGG-TTGGGTGACTATATATGGGTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGC-TTTG-AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
918 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATTTTTC-CAAAGGCA-AGCATTTAATTATAATATGTTTT
63 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
981 AACAAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGATATT
126 AACAAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
1027 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAAT-GAGTGACTATAATTAGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
1091 TTGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
1156 CAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATC-ATATATGAGGTT
129 AAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATT
* * ** *
1198 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAACACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
1263 TGTCAATGAATATCTTTTTCTTGCATATTTC-CTAAAGCA-AGATTCAAATAT-ATCTGTTTTAA
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
1325 CCCAAAAAATTGTAAAAAAATT----TTAAAATTTAATTATGAGATT
128 --CAAAAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATT
* * *
1368 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCG-TGACTAT-AATGGGCTTTTGC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTT-C
* * * * * * * * *
1431 TTGTCAGATGAATTAGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAAATATTCAGTTATAATATGTTTTA
64 TTGCCA-ATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
1496 ACAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGCGATT
127 ACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
1540 ACAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTT-
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAAT-GGACTTTTC
* * * * * * *
1604 TTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTGCT-GAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
1668 CTAAAAATGTAAAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGT--AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
1713 ATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGG-TTACTATAATTAGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
1777 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTAC-CAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
1841 CCAAAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGGTT
128 CAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** *
1884 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGA-CTTTT
* * * * * *
1947 CTTGCCAATG-ATGGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
63 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
2011 CCAAAACTATAAAAAATTTCAACTTAAAATCATTTTTGAGGTT
128 CAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
2054 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGTTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** ** * **
2119 TACCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTGTTGAGATAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAATG
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
*
2184 AAAAATGTAAAAACATTCAA-TCTAAAATCAATTATCAGATT
130 AAAAATGTAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * ** *
2225 ATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTTACATTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
** ** * * * * *
2290 TATCTTTGAATGACTTTTTCTTCTTATTTCTCAAGGTAGAC-TAACAATTATAATCTGTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
2354 CAAAAATATAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2395 ATAAAACCATATAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
2460 TGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC-TAACAATTATAATCTTTTTTAAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
2524 AAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2566 ATAAAACTATATAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
2630 T-CTCAGTGAATGGTTTTTTCTTCTTGTTTC-CTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAA
65 TGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
2693 CAAAAAATGTAAGACAGTTCAA-TCCAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGTAA-AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
2736 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTGGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTACAAATGTACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
2801 TGTCATTAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC-TTATAATTATAATCTGTTTTAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATT-CAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
2865 AAAAAATATAAACAAATTGAGCCTAAAATCAATTATGAAATT
129 AAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
2907 ATAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGATTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
2972 T-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGCA-AGCACTCAATTATAATCTTTTTTA
65 TGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
3034 ACAAAAAATGTAAGACAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATT
127 ACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
3078 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
3142 TTTCCAAT-ATATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTCA
64 TTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-A
* * * *
3206 A-GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGGTT
127 ACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3249 ATAAAAGCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACCATAAATGGACTTTCC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * * * *
3313 TCACCAATGAATTGCTTTCTCTTCACGTTTCAT-ATGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * **
3377 CTAAAAATATAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * * **
3419 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAACACAT-GAGTAATTACAAATGTCCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
3483 TTGTCATTGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC-TGACAATTATAATATGTTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
3547 TAAAAAATGTAAACAAATT-AAGCCTAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGTAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
3590 ATAAAACCATATAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGACAT-GAGTGATTATAAATGAACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
3654 TT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGGC-TCTCAATAATAATTTGTTTT
64 TTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTT
* * *
3716 AACTAAAAATGTAAGACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
126 AACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
3761 AGAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAATTAGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
3825 TTGTCAATGAATAGCTTGTTCTTCATGTTTGTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
3890 CAAAAATG-AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTT
129 AAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
3931 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTACAAATGGACTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * * *
3996 TGTCAATGGATGGATTTTTCTTTATCTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
4060 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTA
129 AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * * *
4102 AAAAAAGCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTGT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
4167 CACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAC
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
4231 TAAAACTGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ********** * * * *
4272 GTAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTGT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * * * * * *
4337 TACTAATGAATGGAGTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGGTAAACGTTCAA-TATAGTCTATTGTAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
4400 TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
4442 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTTGAGTGCCTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * * * *
4506 ATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCT-AAGGCAGACATTCAA-TATAATATATTTAAAT
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* * * *
4569 TAAAAAA-CTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATC
128 CAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
4611 ATAAAACCATTTCAAGAGAGTAATATA-CCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACAATAAATGGACTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
4674 -TGTGCCAAT-AGATAG-TTTTTACTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATATATTT
63 CT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
4736 TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
125 TAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
4782 ATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAACGCTTAGG-TGACTATAAATACATTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
4846 TTGTCATTAAATGGATTTTTCATCATGTTT-TATAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
4910 CAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
128 CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
4953 ACAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGGCTATAAAGGGACTTTGCA
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
5018 TGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCTCGATGTAGACATAT-AATTATAATCTGTTTTAAT
65 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC
** *
5081 AAAAAATAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
5123 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGG-TGACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCA-TGGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
5187 TTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAGACATACAGTTATAATCTGTTTGAAC
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
*
5252 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 AAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
5294 ATAAAACTACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTGTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * ** * * * *
5358 ATATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAGTATAATATATTTTCA
64 TTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
5422 TAAAAAAAGTAAAAAAATAT-AATTTAAAATTAGTTATGAGATT
128 CAAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
5465 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTAAAGGCTTAGG-TGACTGTAAATGGGCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
5529 TTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACACTCAATTATAATATGTTTTAA
64 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
5593 CAAAAAATGTAAGAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
128 CAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
5636 ATAAAATCATTTAAAGCGAG
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAG
5656 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4463, Mismatches: 839, Indels: 364
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 26 0.01
169 201 0.05
170 1305 0.29
171 2446 0.55
172 304 0.07
173 165 0.04
174 9 0.00
175 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:974 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--5650 Score: 4785
Period size: 341 Copynumber: 16.5 Consensus size: 340
* * * * * *
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
66 TGCCAATAAATGGCTTTTTCATCACGTTT-TGCAAGGTAAACATTCAATTGTAATTTGTTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * * * *
130 CAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTTACAAAACTAGTTAAAGTGAGTGA
130 TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAA
* * * **
195 TAAGGCTCTT--AAGGGAATGGATGACTATAGAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTC
194 TAAGGCT-TTCGAA-GGCATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * *
257 TTCATGTTTCTAAAGAC-AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAACATTC
256 TTCATGTTTCCAAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-AGTAAAAAAATTC
320 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * *
343 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGACTGACTCTAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * * * *
408 TGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCATAATGCAAACATACAATTATAATCTATTTTAGC-
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
472 AAACAATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-AAGTA
131 AAA-AATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
* * * * * * * * * ** * *
536 ATAAGGCTTTCAAAGTCTTGAGTAACTAGAAAGGGACTGTTCATATCGAT-AGATGGCTTTTGCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * * *
600 TCACGTTTCTC-AAGG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTCATCAAAAAAGTAAAAAAATACA
257 TCATGTTTC-CAAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAAGTAAAAAAATTCA
663 A-TCTAAAATCAATTATGAGATT
319 ACT-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
685 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
750 TGTCAATGAATGGCTTTTT-TTACAT-TTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATAATCTATTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
813 TAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAGCCATTTAAACTAAGTAA
130 TAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAA
* * * ** *
878 TAAGGCGTTCGAAAGG-TTGGGTGACTATATATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTT
194 TAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
942 TATTTTTCCAAAGGCAAGCATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCAAC
258 CATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAA-ATTCAAC
* *
1007 TTAAAATTAATTATGATATT
321 TTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
1027 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
1092 TGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
1157 AAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATC-ATATATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGC-GAGTA
131 AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
* ** * **
1220 ATAAGCCTTTCGAACACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* *
1285 GCATATTTCCTAAA-GCAAG-ATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACCCAAAAAATTGTAAAAAAATT
258 -CATGTTTCC-AAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA--CAAAAAA--GTAAAAAAATT
*
1347 ----TTAAAATTTAATTATGAGATT
317 CAACTTAAAA-TCAATTATGAGATT
** *
1368 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTCGTGACTAT-AATGGGCTTTTGC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-C
* * * * *
1431 TTGTCAGATGAATTAGCTTTTTCTTCATATTT-TTCAAGGTAAATATTCAGTTATAATATGTTTT
65 TTGTCA-ATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * *
1495 AACAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGCGATTACAAAACCATTTAAAGTGGG
127 AACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAG
* * * * *
1560 TAATAAGGCATTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTT-TTGCCAGTGAATGGGTTTTT
191 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* ** * * * * *
1624 CTTCATGTTTGCTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACATT
255 CTTCATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAAGT-AAAAAA-ATT
*
1689 CAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
317 CAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * * *
1713 ATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTTACTATAATTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
1778 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTAC-CAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
1842 CAAAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTA
130 TAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
** * * * *
1906 ATAAAACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATG-ATGGGTTTTTCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * *
1969 TCATATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTA-TAAAAAATTTCAA
257 TCATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA-AAGTAAAAAAATTCAA
* * *
2033 CTTAAAATCATTTTTGAGGTT
320 CTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** *
2054 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGTTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * *
2119 TACCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTGTTGAGATAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAA-T
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
2183 GAAAAATGTAAAAACATTCAA-TCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTA
131 -AAAAATGTAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTA
* ** * ** ** *
2247 ATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTTACATTTCTTATCTTTGAATGACTTTTTCTT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
2312 CTTATTTCTC-AAGG-TAG-ACTAACAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAATTTA
258 CATGTTTC-CAAAGGCAAGCA-T-TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGTA-AAAAAATTCA
*
2373 ACCTAAAATCAATTATGAGATT
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2395 ATAAAACCATATAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
2460 TGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC-TAACAATTATAATCTTTTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * *
2524 AAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGC-GACTA
130 TAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
* * *
2588 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-T-CTCAGTGAATGGTTTTTTCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCT
* ** * * * * *
2651 TCTTGTTTCCTGAGAC-AGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGACAGTTCAA
257 TCATGTTTCCAAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTCAA
*
2715 -TCCAAAATCAATTATGAGATT
320 CT-TAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
2736 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTGGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTACAAATGTACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
2801 TGTCATTAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC-TTATAATTATAATCTGTTTTAA-
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATT-CAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * * *
2864 TAAAAAATATAAACAAATTGAGCCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATATAAAGTGAGTA
130 T-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTA
* *
2929 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGATTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCT
* ** * * * * *
2993 TCACGTTTCCTGAGGCAAGCACTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAGACAATTCATC
257 TCATGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTCAAC
3058 TTAAAATCAATTATGAGATT
321 TTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3078 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *** ** *
3143 T-TCCAAT-ATATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTCA
66 TGT-CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-A
* * * * *
3206 A-GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAA-TCGAG
128 ACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-GAG
* * * * ** * *
3269 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTCCTCACCAATGAATTGCTTTCTC
191 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * *
3334 TTCACGTTT-CATATGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA-TATAAAAAATTCA
256 TTCATGTTTCCA-AAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGTA-AAAAAATTCA
**
3397 GTTTAAAATCAATTATGAGATT
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * * * **
3419 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAACACATGAGTAATTACAAATGTCCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
3484 TGTCATTGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC-TGACAATTATAATATGTTTTAA-
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
3547 TAAAAAATGTAAACAAATT-AAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGC-GAA
130 T-AAAAATGTAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAG
* * * * *
3610 TAATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTT
191 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTT
** * * * * * *
3674 CTTCATGTTTCCTGAGGCAGGC-TCTCAATAATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAGACAATTC
255 CTTCATGTTTCCAAAGGCAAGCAT-TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAAGTAAAAAAATTC
*
3738 AACCTAAAATCAATTATGAGATT
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
3761 AGAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
3826 TGTCAATGAATAGCTTGTTCTTCATGTTTGTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
3891 AAAAATG-AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
131 AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
* * ** * * * * * *
3955 AAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTACAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGATTTTTCTTTA
195 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * * * * *
4020 TCTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTCATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
260 TGTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
4085 AAATCAATTTTGAGGTA
324 AAATCAATTATGAGATT
* * ** * * * *
4102 AAAAAAGCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTGT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*** * * ** * *
4167 CACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACT
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * **********
4232 AAAACTGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATNNNNNNNNNNTAATA
131 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATA
** * * * * **
4297 AGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTGTTACTAATGAATGGAGTTTTCTTCAT
196 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * *
4362 GTTTCTAGAGGTAAACGTTCAA-TATAGTCTATTGTAATTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTA
261 GTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTA
4425 AAATCAATTATGAGATT
324 AAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
4442 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGCCTATAAATGGACTTTTCA
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * * * *
4507 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCTAAGGCAGACATTCAA-TATAATATATTTAAATT
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
** * * * **
4570 AAAAAACTAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAACCATTTCAAGAGAGTAAT
131 AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
* * * * *
4635 ATA-CCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTT-TGTGCCAAT-AGATAG-TTTTTAC
195 A-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTT-C
* * * * *
4696 TTCACGTTTCTC-AAGAC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
256 TTCATGTTTC-CAAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTAAAAAAATTC
*
4759 AACTTAAAATCAATTATAAGATT
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * ** *
4782 ATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAACGCTTAGGTGACTATAAATACATTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
4847 TGTCATTAAATGGATTTTTCATCATGTTT-TATAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * * *
4911 AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGC-GAGTG
130 TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
* * * * * * * *
4975 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGGCTATAAAGGGACTTTGCATGCCAATGAATGACTTTTT-TT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * *
5039 CACGTTTCTC-GATG-TAGACATAT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TAAAAAAATATTT
258 CATGTTTC-CAAAGGCAAG-CAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGT-AAAAAA-ATTC
5100 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
5123 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
5188 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAGACATACAGTTATAATCTGTTTGAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
5252 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGC-AAGTA
130 TAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
* * * * * ** *
5316 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTGTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * *
5380 TCATGTTTCCCAA-G-ATAGACATTCAAGTATAATATATTTTCATA-AAAAAAGTAAAAAAATAT
257 TCATGTTTCCAAAGGCA-AG-CATTCAATTATAATCTGTTTT-A-ACAAAAAAGTAAAAAAAT-T
* * *
5442 -AATTTAAAATTAGTTATGAGATT
317 CAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * * * *
5465 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
5530 TGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAA-GTAAACACTCAATTATAATATGTTTTAAC
66 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
5594 AAAAAATGTAAGAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
130 TAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
5651 GCGAGNNNNN
Statistics
Matches: 4287, Mismatches: 857, Indels: 328
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 31 0.01
339 127 0.03
340 350 0.08
341 1838 0.43
342 1425 0.33
343 266 0.06
344 157 0.04
345 65 0.02
346 20 0.00
347 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCCAAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATT
Found at i:2510 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--5655 Score: 5033
Period size: 512 Copynumber: 11.0 Consensus size: 510
* * * * *
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * * *
66 TGCCAATAAATGGCTTTTTCATCACG-TT-TTGCAAGGTAAACATTCAATTGTAATTTGTTTTAA
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTG--AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * * * * * * *
129 CCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTTACAAAACTAGTTAAAGTGAGTG
129 -TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
194 ATAAGGCTCTT--AAGGGAATGGATGACTATAGAA-AGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTT
193 ATAAGGCT-TTCGAA-GGCATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT
* ** * *
256 CTTCATGTTTCTAAAGACAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCA
255 CTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCA
* * *
321 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGA
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * ** * * *
386 CTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCAT-AATGCAAACA
384 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * * ** *
450 TACAATTATAATCTATTTTAGCAAACAATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATT
448 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
514 ATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGAGTAACTAGAAA-GGGACTGTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGG-CTTTTC
* ** * * * ** * * *
578 ATATCGAT-AGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTCA
65 TTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
642 TCAAAAAAGTAAAAAAATACAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
129 T-AAAAATGTAAAAACATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
706 AACAAAGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-T
192 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCT
** * * * * *
770 TACAT-TTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAA
257 T-CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAA
* * * * * * * *
834 CTTAAAATTAATTACGAGATTACAAAGCCATTTAAA-CTAAGTAATAAGGCGTTCGAAAGG-TTG
320 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATG
* * ** * * * ** *
897 GGTGACTATATATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATTTTTC-CAAAGGCA-AG
383 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGA-
* * *
960 CATTTAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGATA
446 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1025 TT
509 TT
* * * * * * * * * *
1027 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* ** * * *
1092 TGCCAATGAATGGCTTTATCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-T
* *
1157 AAAAATGTAAACAA-ATTCAACTTAAAATC-ATATATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTA
130 AAAAATGTAAA-AACATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* **
1220 ATAAGCCTTTCGAACACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ATCTTTTTCT
193 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCT
* * * * * *
1284 TGCATATTTC-CTAAAG-CAAGATTCAAATAT-ATCTGTTTTAACCCAAAAAATTGTAAAAAAAT
257 T-CATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CC-AAAAA-TAT-AAAAAAT
* *
1346 T----TTAAAATTTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
316 TCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * * ** *
1407 -TTCGTGACTAT-AATGGGCTTTTGCTTGTCAGATGAATTAGCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGG
380 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCA-ATGAA-TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
1470 TAAATATTCAGTTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATG
442 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
*
1535 CGATT
506 AGATT
* * * * *
1540 ACAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTT-
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGG-CTTTTC
* * * * * * *
1604 TTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTGC-TGAGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA
65 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
1668 CTAAAAATGTAAAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAG
129 -TAAAAATGT--AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * * * * *
1733 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGTTACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
191 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC
* * *
1798 TTCATGTTTAC-CAATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTA
256 TTCATGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCA
* * * ** *
1862 ACTCAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCTTGA
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * ** * *
1927 GTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATG-ATGGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGTAAACA
384 GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * *
1990 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAATTTCAACTTAAAATCATTTTTGAGGTT
448 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
2054 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGTTTTTTT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * ** * *
2119 TACCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTCTGTTGAGATAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAATG
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-
* * **
2184 AAAAATGTAAAAACATTCAA-TCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAA
130 AAAAATGTAAAAACATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * **
2248 TAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTTACATTTCTTATCTTTGAATGACTTTTTCTTC
194 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * * *
2313 TTATTTCTCAAGGTAGAC-TAACAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACCT
259 ATGTTTCTCAAGGTAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTT
* * * *
2377 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAA
323 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA
* * * *
2442 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC-TAACA
388 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT-TCA
* * * * *
2506 ATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
452 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
2566 ATAAAACTATATAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * * * *
2630 T-CTCAGTGAATGGTTTTTTCTTCTTGTTTCCTGAGACAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAAC
66 TGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-
* * *
2694 AAAAAATGT-AAGACAGTTCAA-TCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
129 TAAAAATGTAAAAACA-TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** * * * * *
2757 GGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTACAAATGTACTTTTCTTGTCATTAAATGACTTTTTCT
192 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCT
* * * ** * *
2822 TCATGTTTCTTAAGGTAGAC-TTATAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAACAAATTGAG
257 TCATGTTTCTCAAGGTAAACATT-CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAA
* * * * *
2886 CCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-G
320 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * *
2950 TTGATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGGCA-AGC
385 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGA-C
* * * * * *
3013 ACTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAGACAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATT
447 ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3078 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * ** * *
3143 TTCCAAT-ATATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTCAA
66 TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AA
* * * * * * *
3207 GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAATCGAGTAA
129 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *** *
3272 TAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACCATAAATGGACTTTCCTCACCAATGAATTG-CTTTCTCTT
194 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGACTTTTTCTT
* * * * * * **
3336 CACGTTTCAT-ATGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAGTT
258 CATGTTTC-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACT
* * * ** *
3400 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAACACATGAGTA
322 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
* * ** * ** *
3465 ATTACAAATGTCCTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGAC-TGAC
387 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAT-TC
* * *
3529 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAACAAATT-AAGCCTAAAATCAATTATGAGATT
451 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * **
3590 ATAAAACCATATAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * *
3655 T-CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAGGC-TCTCAATAATAATTTGTTTTAA
66 TGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAT-TCAATTATAATATGTTTTAA
* * * *
3718 CTAAAAATGT-AAGACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGT
129 -TAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
3782 AGTAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTGTTC
192 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTC
* * * *
3846 TTCATGTTTGTCATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAGAAATTCAA
256 TTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAA
* * * * *
3910 CTTAAAATCAATAATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAA
320 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * *
3975 TGACTACAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGATTTTTCTTTATC-TTTC-CTGAGGTAAACA
385 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * * *
4038 TTCAATTATAATTTGTTTTCATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTA
448 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** * * *
4102 AAAAAAGCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAG-TTTTG
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTC
** * * * * * *
4166 TCACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTTAC
65 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATG-TTTTAA
* * * **********
4231 TAAAACTGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATNNNNNNNNNNTAA
129 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * * * *
4295 TAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTGTT-ACTAATGAATGGA-GTTTTCT
194 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAAT-GACTTTTTCT
* * * * **
4358 TCATGTTTCT-AGAGGTAAACGTTCAA-TATAGTCTATTGTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAA
257 TCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAA
* ** **
4421 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAG
320 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAG
* * * * * * *
4486 TGCCTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCT-AAGGCAGACATT
385 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * *
4550 CAA-TATAATATATTTAAATTAAAAAACTA-AAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATC
450 CAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
4611 ATAAAACCATTTCAAGAGAGTAATATA-CCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTT-
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
* * ** * *
4674 TGTGCCAAT-AGATAG-TTTTTACTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATATATTTT
65 T-TGCCAATGA-ATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * *
4737 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
127 AAT-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * ** * * *
4802 CAATAAGGCTTTCGAACGCTTAGGTGACTATAAATACATTTTTCTTGTCATTAAATGGA-TTTTT
191 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTT
* * * * * *
4866 CATCATGTTT-TATAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTT
255 CTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTC
* * * * *
4930 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATG
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * * *
4995 GGTGGCTATAAAGGGACTTTGCATGCCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTCTCGATGTAGACA
383 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
5059 TAT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
448 T-TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
5123 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* * * * *
5188 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGCAGACATACAGTTATAATCTGTTTGAAC
66 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-
* * *
5252 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCAAGTAA
129 TAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
5317 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTGTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCTT
194 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGACTTTTTCTT
* * * * * * *
5381 CATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAGTATAATATATTTTCATA-AAAAAAGTA-AAAAAATAT-A
258 CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-A-ACCAAAAA-TATAAAAAAT-TCA
* * * * * * * * *
5443 ATTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTAAAGGC-TTA
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
5507 GGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAA-GTAAAC
384 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGAC
* * *
5571 ACTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAGAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
447 ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
5636 ATAAAATCATTTAAAGCGAG
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAG
5656 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4210, Mismatches: 777, Indels: 310
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 13 0.00
509 143 0.03
510 161 0.04
511 674 0.16
512 1737 0.41
513 941 0.22
514 310 0.07
515 128 0.03
516 70 0.02
517 25 0.01
518 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA
AAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
TAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:6121 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5923--6334 Score: 411
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 168
5913 NNNNNNNTAA
* * * * * *
5923 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTCTAATCTCAGAATT
1 TTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA-TACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATT
* * *
5988 GATTTTAGGCTGAA-TTGTCTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AGTGCCTGCCTT
64 GATTTCAGGCTCAATTTGT-TTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGTAGT--CTACCTT
* * * *
6050 -AGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGAGAGGAAAAGT-TCAT
125 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAGTAT-AT
* *********
6094 TTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA-TACTCG-CTTTAAATATTTTATAATCTCATAATT
*
6159 GATTTCAGGCTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGTTAGTCTACCTTGAG
64 GATTTCAGGCTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG-TAGTCTACCTTGAG
* *
6224 AAACATGAAGAAATAGCCATTCAATGATAAGAAAAGTATAT
128 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAGTATAT
* **
6265 TTGTAATCACTCATGTCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCCTTAT-ACTCGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATT
6330 GATTT
64 GATTT
6335 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 40, Indels: 18
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 176 0.92
172 12 0.06
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTCAGGCTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTAGTCTACCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAGTATAT
Done.