Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400410.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3608.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3705
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.08, T:0.31
Warning! 450 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:472 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 430--472 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
420 GCCTTGACGT
* *
430 AAAACTATAACAATTGATATA
1 AAAACTATAACAAGTGAAATA
451 AAAACTTATAA-AAGTGAAATA
1 AAAAC-TATAACAAGTGAAATA
472 A
1 A
473 CTAAATTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.74
22 5 0.26
ACGTcount: A:0.60, C:0.07, G:0.07, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
AAAACTATAACAAGTGAAATA
Found at i:609 original size:235 final size:238
Alignment explanation
Indices: 289--869 Score: 602
Period size: 251 Copynumber: 2.4 Consensus size: 238
279 NNNNNACAAG
* * * * * * * *
289 TCAATTAAAA-AAATTTAATTTTAATCAAAAATAAATATTTAAATTTATTTTCTCAAACTAAAAT
1 TCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAATAAATATTT-AATTTATATTCTCGAACTAAAAG
*
353 TGTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAAT-AA-AAA-TAATTATAATTCAAAATTGACATA
65 TGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAAAGTAATTATAATTCAAAATTGACATA
* * *
415 -AATAAGCCTTGACGTAAAACTATAACAATTGATATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAAT
130 GAA-AAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTAAAATAACTAAAT
* *
479 TTTAAAT-TGTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTTAA
194 TTTAAATCT-TAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAA
* * * * * *
524 TCAAGTAAAA-AACTCTAACTTTAGTGAAAAATAAATATTTATATTTATATTCTCGGATTAAAAG
1 TCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAATAAATATTTA-ATTTATATTCTCGAACTAAAAG
*
588 CGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGGTCAAAGTAATTATAATT
65 TGTTTAACAATATATAAATTTTAA-TTTT---T-----A-AATAAA-G--AAAGTAATTATAATT
* * * * * * *
653 CTAAATTGATATAGAAAAACTTTGACGTTAAACTATAAGAATTGACGTAAAAATTTATAAAAGTA
117 CAAAATTGACATAGAAAAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTA
* * * *
718 AAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAGACGTGTGAAAGTTAACGTAATAAGTCAA
182 AAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAA
* * * *
775 TTAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAACAAATATTTCAACTTATATTCTCGAACTAAAGG
1 TCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAATAAATATTT-AATTTATATTCTCGAACTAAAAG
* *
840 TATTTAATAATATATAAA-TTTAATTTTTAA
65 TGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAA
870 GTTTTGACGT
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 42, Indels: 36
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
234 1 0.00
235 73 0.26
236 4 0.01
239 1 0.00
241 1 0.00
242 1 0.00
244 1 0.00
245 3 0.01
246 2 0.01
247 1 0.00
250 7 0.02
251 126 0.45
252 61 0.22
253 1 0.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (238 bp):
TCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAATAAATATTTAATTTATATTCTCGAACTAAAAGT
GTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAAAGTAATTATAATTCAAAATTGACATAG
AAAAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAACTTATAAAAGTAAAATAACTAAATTT
TAAATCTTAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAGTCAA
Found at i:733 original size:251 final size:251
Alignment explanation
Indices: 391--869 Score: 633
Period size: 251 Copynumber: 1.9 Consensus size: 251
381 TAAATAAAAA
* *
391 TAATTATAATTCAAAATTGACATAAATAAGCCTTGACGTAAAACTATAACAATTGATATAAAAAC
1 TAATTATAATTCAAAATTGACATAAATAAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAAC
* *
456 TTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTTAAAT-TGTAACGTAAATGTGTGAAAGTTAACATAACAAG
66 TTATAAAAGTAAAATAACTAAATTTTAAATCT-TAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAG
* * * * * * * * *
520 TTAATCAAGTAAAA-AACTCTAACTTTAGTGAAAAATAAATATTT-ATATTTATATTCTCGGATT
130 TCAATCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAACAAATATTTCA-ACTTATATTCTCGAACT
*
583 AAAAGCGTTTAACAATATATAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGGTCAAAG
194 AAAAGCATTTAACAATATATAAA-TTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGGTCAAAG
* * * * * *
642 TAATTATAATTCTAAATTGATATAGAA-AAACTTTGACGTTAAACTATAAGAATTGACGTAAAAA
1 TAATTATAATTCAAAATTGACATA-AATAAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAA
* * * * *
706 TTTATAAAAGTAAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAGACGTGTGAAAGTTAACGTAATAAG
65 CTTATAAAAGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAG
*
771 TCAATTAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAACAAATATTTCAACTTATATTCTCGAACTA
130 TCAATCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAACAAATATTTCAACTTATATTCTCGAACTA
* * *
836 AAGGTATTTAATAATATATAAATTTAATTTTTAA
195 AAAGCATTTAACAATATATAAATTTAATTTTTAA
870 GTTTTGACGT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 29, Indels: 8
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
251 133 0.68
252 61 0.31
253 1 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (251 bp):
TAATTATAATTCAAAATTGACATAAATAAACCTTGACGTAAAACTATAACAATTGACATAAAAAC
TTATAAAAGTAAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAACGTGTGAAAGTTAACATAACAAGT
CAATCAAGTAAAACAAATATAAATTTAGTAAAAAACAAATATTTCAACTTATATTCTCGAACTAA
AAGCATTTAACAATATATAAATTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGGTCAAAG
Found at i:1426 original size:252 final size:251
Alignment explanation
Indices: 1075--1527 Score: 610
Period size: 252 Copynumber: 1.8 Consensus size: 251
1065 NNNNNNNAAG
* * * *
1075 AATAATAATGAAAAAAATTATAATTTAATATTGACATAGATAAGCTTTAAAGTAAAAATATAAAA
1 AATAAGAATGAAAAAAATTATAATTTAAAATTGACATAAAAAAGCTTTAAAGTAAAAATATAAAA
* * * *
1140 ATTGATGTACAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATTTGAA-A
66 ATTGACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGT-AAGA
1204 GTTAACATAATAAATTAATTAAGTATAAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAAAATTTATATTT
130 GTTAACATAATAAATTAATTAAGTA-AAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAAAATTTATATTT
1269 ATATTATCCAGCTGAAAGTATGTAATGATATTCAAATTTTTACTTTTAAATAAAAAAT
194 ATATTATCCAGCTGAAAGTATGTAATGATATTCAAATTTTTACTTTTAAATAAAAAAT
* * *
1327 AATAAGAAT-AAAAATAATTATCATTTAAAATTGACATAAAAAAG-TCTTAATA-TAAAACTGTA
1 AATAAGAATGAAAAA-AATTATAATTTAAAATTGACATAAAAAAGCT-TTAA-AGTAAAAATATA
* * * *
1389 AAAATTGACGTAAAAACTTA-AAACGGTGGATTAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATGTGTA
63 AAAATTGACGTAAAAACTTATAAA-GATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTA
* * * ** * **
1453 AGAGTTAACGTAATAAGTTAATTGAGTAAAAAAGTTTAATTTTAATTAAAAATAAGCATTTATAT
127 AGAGTTAACATAATAAATTAATTAAGTAAAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAAAATTTATAT
1518 TTATATTATC
192 TTATATTATC
1528 GGGCTAAAAG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 23, Indels: 11
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
251 53 0.31
252 119 0.69
253 1 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (251 bp):
AATAAGAATGAAAAAAATTATAATTTAAAATTGACATAAAAAAGCTTTAAAGTAAAAATATAAAA
ATTGACGTAAAAACTTATAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAACATAAATATGTAAGAG
TTAACATAATAAATTAATTAAGTAAAAAAAATTAATTTTAATAAAAAATAAAAATTTATATTTAT
ATTATCCAGCTGAAAGTATGTAATGATATTCAAATTTTTACTTTTAAATAAAAAAT
Found at i:2542 original size:255 final size:249
Alignment explanation
Indices: 1936--2576 Score: 705
Period size: 255 Copynumber: 2.6 Consensus size: 249
1926 GTATGTAACA
* *
1936 ATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAAATAAAAATATTTATAGTTT--AA--A-A
1 ATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATGACA
* * *
1996 TT-ATAAGTTTTAACGTAAAACTGTAAGAATT-AACGTAAAAATTTATAAA-AGTGAAATAATTA
66 TTGATAAGATTTAACGTAAAATTGTAAGAATTGAA-GTAAAAAATTATAAAGA-TGAAATAATTA
* * ** *
2058 AATTTTAAATCTTAACGTAAACATGTAAGAATTAATGTAACAAATCAATTAACTAAAAAAATGTA
129 AATTTTAAATCTTAACATAAACATATAAGAATTAACATAACAAATCAATGAACTAAAAAAATGTA
*
2123 ATTTTAGTGAAAAATAAATATATAAATTTATATTTTCAAACTAAAAGTGTTTAAAG
194 ATTTTAGTGAAAAATAAATATATAAATTTATATTTTCAAACTAAAAGTATTTAAAG
*
2179 ATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAAT-AAGAATTAAAATAATTATAGTTTAAAATGG
1 ATATACAAATTTTAATTTTTAAAT-AAAAATAATAAAG-ATAAAAATAATTATAGTTTAAAAT-G
* * * * *
2243 ACATAGA-AAAATCTTAAAGTAAAATTATAAGAATTGACGTAAAAAATTATAAAGATGAAATAAT
63 ACATTGATAAGAT-TTAACGTAAAATTGTAAGAATTGAAGTAAAAAATTATAAAGATGAAATAAT
* * * * * * * * *
2307 TAAATTTTAAATTTTAACATAAATATATGAGAGTTAACATAATAAGTCAATGAAGT-AAAAATTT
127 TAAATTTTAAATCTTAACATAAACATATAAGAATTAACATAACAAATCAATGAACTAAAAAAATG
* * * * *
2371 TATTTTTATTTAAAAATAAATATTTATATTTATATTTATATTTTTACAA-TAAAAGTATTTAACG
192 TAATTTTAGTGAAAAATAAATA--TATA---A-ATTTATATTTTCA-AACTAAAAGTATTTAAAG
* *
2435 ATGTATAAATTTTAATTTTTAAAT-AAAATAAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGA
1 ATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAT-AATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAA-TGA
* * * * * *
2499 CATTGATAAGCTTTGACGTAAAATTGTAAGAATTGAAGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATAACTA
64 CATTGATAAGATTTAACGTAAAATTGTAAGAATTGAAGTAAAAAATTATAAAGATGAAATAATTA
2564 AATTTTAAATCTT
129 AATTTTAAATCTT
2577 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 46, Indels: 34
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
243 26 0.08
244 26 0.08
246 2 0.01
249 1 0.00
250 30 0.09
251 87 0.26
252 6 0.02
254 5 0.02
255 90 0.27
256 54 0.16
257 2 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (249 bp):
ATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAATAATAAAGATAAAAATAATTATAGTTTAAAATGACA
TTGATAAGATTTAACGTAAAATTGTAAGAATTGAAGTAAAAAATTATAAAGATGAAATAATTAAA
TTTTAAATCTTAACATAAACATATAAGAATTAACATAACAAATCAATGAACTAAAAAAATGTAAT
TTTAGTGAAAAATAAATATATAAATTTATATTTTCAAACTAAAAGTATTTAAAG
Found at i:3572 original size:248 final size:249
Alignment explanation
Indices: 3021--3695 Score: 670
Period size: 249 Copynumber: 2.7 Consensus size: 249
3011 NNNNATTATT
** * ** * *
3021 ATTATAGTTCAAAATTGGTATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAGTGGACGTAAAAATTT
1 ATTATAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTAATGTAAAAACTT
* * * * *
3086 ATAAAGGTAAAATAATTAAATTTTAAATCTTAATGTAAATATGTGAGAGTTAATGTAACAAATCA
66 ATAAAGGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGAGACTTAACGTAACAAATCA
* * * * * * *
3151 ATTGAGTAAAAAAATTTTAATTTTAGTAAAAAATAAATATTGAAATATATATTCTTTAGCTAAAT
131 ATTAAATAAAAAAAGTTTAATTTTAGAAAAAAATAAATATTGAAATATATATTCATCAGCTAAAG
** * * * *
3216 GTATTTAACGATATATAAATTTTAACTTTTAAATAAATAATAATAATAAAAATT
196 GTATGAAACAATATACAAATTTAAACTTTTAAATAAATAATAATAATAAAAATA
* * * * *
3270 ACTATAGCTCAAAATTGTCATAGATAAATCTTGACATAAAACTGTAACAATTAATGTAAAAAGTT
1 ATTATAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTAATGTAAAAACTT
* * * * * * *
3335 ATAAAGGTGGAATAATTAAATTTTAAATTTTAACGTAAATGTATTAGACTTAACGTAATAAGTTA
66 ATAAAGGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGAGACTTAACGTAACAAATCA
* * * * *
3400 ATTAAAT-AAAAAAGTTTAA-TTTA-AAAAAAATAAGTATTTATATTTATATT-ATCAGGTTAAA
131 ATTAAATAAAAAAAGTTTAATTTTAGAAAAAAATAAATATTGAAATATATATTCATCA-GCTAAA
*
3461 GGTATGAAACAATATACAAATTTAAATTTTTAAATAAA-AATAATGAGGATAAAAATA
195 GGTATGAAACAATATACAAATTTAAACTTTTAAATAAATAATAAT-A--ATAAAAATA
* * * * * * *
3518 ATTATAGTTTAAAATTGACATAAATAAGTCTTAATGTAAAACTGTAAGAATTAATTTAAAAACTT
1 ATTATAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTAATGTAAAAACTT
** ** *
3583 ATAAAAATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGT-AA-ACGTGTGA---AA-GTTAACAAATC
66 ATAAAGGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGAGACTTAACG-TAACAAATC
* * * ** * *
3642 AATTAACTAAAAAAAATCTAATTTTAGTGAAAAATAAATATTTAAATTTATATT
130 AATTAAATAAAAAAAGTTTAATTTTAGAAAAAAATAAATATTGAAATATATATT
3696 TTCAAACTAA
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 72, Indels: 19
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
242 1 0.00
243 15 0.04
244 10 0.03
245 12 0.03
246 85 0.25
247 6 0.02
248 104 0.30
249 113 0.33
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (249 bp):
ATTATAGTTCAAAATTGACATAGATAAATCTTGACGTAAAACTGTAACAATTAATGTAAAAACTT
ATAAAGGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATATGAGACTTAACGTAACAAATCA
ATTAAATAAAAAAAGTTTAATTTTAGAAAAAAATAAATATTGAAATATATATTCATCAGCTAAAG
GTATGAAACAATATACAAATTTAAACTTTTAAATAAATAATAATAATAAAAATA
Done.