Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400412.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_361.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22863
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.09, T:0.25
Warning! 7358 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3089 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2679--3560 Score: 716
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
2669 NNNNNAAATG
* * * * *
2679 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTACTAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
2744 TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCCACGTTT
66 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACA-TTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACATTA
* * * ** * * * *** *
2807 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAATA
129 CTCGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAAGTA
* * * * * **********
2850 TAAAAAAATACAACTTGAAATCAATTATAAAATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
2915 TTGAAGGAACGGGTGAGTATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATCCCTTTTTCTTGACGTTACT
66 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTACT
* *
2980 CGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTCAGAGTA
131 CGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAAGTA
* * * **
3021 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAACAAGAATT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * * * *** *
3085 TTGAAGGTATGAGTGACTGTAAACGGACTTTTTTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCT
66 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTACT
* ** * * **
3150 CGAGGTAGAA-ATTGAATTATAATATGTTTTAACCAAAACTGTA
131 CGAGGTA-AATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAA--GTA
* * * * * *
3193 T-AAAGAATTCAGCTTTAAATCAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
3257 TTGAAGGAAAGGATGACTATAAATGAA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTATCCACATT-T
66 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACA-TTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTAC
* *** ** * * * *
3320 TTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTTTATTTTAACTAAAAATA
130 TCGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAAGTA
* ** * *
3362 TAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTACGAAATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
3427 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTTTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTACT
66 TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTACT
* * * *
3492 CGAGGCAGATATTCAACAATAATCTGTTTTAATTAAGAGTA
131 CGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAAGTA
3533 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
3561 AAAANNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 154, Indels: 22
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 224 0.41
171 217 0.40
172 102 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTACT
CGAGGTAAATATTCAACAATAATCTATTTTAATTAAAAGTA
Found at i:3496 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 2674--3564 Score: 878
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 343
2664 NNNNNNNNNN
* * * *
2674 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTACTAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
2739 GGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCCA
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACATTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTA
* * * * *
2802 CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATACAACTTG
130 CGTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTG
********** * * *
2867 AAATCAATTATAAAATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGAG
195 AAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGAC
* ** * *
2932 TATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATCCCTTTTTCTTGACGTTACTCGAGGTAAATATTCAAC
260 TATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATCCCTTTTTATCCACATTACTCGAGGTAAACATTCAAC
* *
2997 AATAATCTATTTTAATTCA
325 AATAATCTATTTTAACTAA
* * * * * * *
3016 GAGTA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAACAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * * * * * *
3080 GAATTTTGAAGGTATGAGTGACTGTAAACGGACTTTTTTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCT-T
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTAC
* * * * * * *
3144 GTTTCTCGAGGTAGAAATTGAATTATAATATGTTTTAACCAAAACTGTATAAAGAATTCAGCTTT
131 GTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATACAACTTG
* * * * *
3209 AAATCAATTTTGAGATTTTAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGAC
195 AAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGAC
* * * * * **
3274 TATAAATGAA-ATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTATCCACATT-TTTGAGGTAGGCATTCAA
260 TATAAATGAACA-TTTCTGGCCAATGAATCCCTTTTTATCCACATTACTCGAGGTAAACATTCAA
** * *
3337 TTATAGTTTATTTTAACTAA
324 CAATAATCTATTTTAACTAA
* * *
3357 AAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTACGAAATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
3422 GGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACATTTTTGGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TAC
66 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTAC
* * * * ** * ** * * * *
3486 ATTACTCGAGGCAGATATTCAACAATAATCTGTTTTAATTAAGAGTATAAAAAAATTCAACTTAA
131 GTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTGA
*
3551 AATCAATTTTAAAA
196 AATCAATTATAAAA
3565 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 114, Indels: 13
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 190 0.44
342 239 0.56
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACATTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTAC
GTTTCTCGAGGTAGAAATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATACAACTTGA
AATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGACT
ATAAATGAACATTTCTGGCCAATGAATCCCTTTTTATCCACATTACTCGAGGTAAACATTCAACA
ATAATCTATTTTAACTAA
Found at i:6150 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5636--6378 Score: 511
Period size: 169 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
5626 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
5636 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-TTATATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGGAAT-GGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATT-TAAAGTGACTAATAAGGATTTTG-AAGGAATAGG-
* * * * * * *
5699 AGACCATAAATGGACTTTT-TT-TCCTAATTAATGGC-TTTTCTACACGTTTCCCAA-GATAGAG
63 AGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-C-AATGAAAGCCTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGA-AGAC
* * *
5760 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAATTGAACTT
125 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATACAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
5806 AAAATCAATTTTAAGATAACAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGATG
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAATAGGA-G
*********** * * * * * *
5870 ACTATAAATANNNNNNNNNNGCCAATGAATGCAATTTTT-TA-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAAGC-CTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGACATTC
* *
5933 AATTATAGTTTGCTTTAATAAAAAATA-AAACAACATTCAACTT
129 AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATACAAA-AA-ATTCAACTT
* * *
5976 -AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGAGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAATAGGAGA
* * * * * * *
6040 CTATAAATGGACTTTTTTTTTTCAAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTTTTAAGGAAGACATTT
66 CTATAAATGGAC-TTTTCTTGTC-AATGAAAGCCTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGACATTC
*
6105 AATTATAGTCTGTTTTGATAAAAAATACAAATAAATTCAACTT
129 AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATACAAA-AAATTCAACTT
* ********** * * *
6148 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAATAGGAGA
* * *
6213 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAAGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAAGCCTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGACATTCAA
* * * *** *
6278 TTATAATCTCTTTTAACCGAAACTGTACAAAGAATTCAACTT
131 TTATAGTCTGTTTTAA--TAAAAAATACAAAAAATTCAACTT
* * * *
6320 AAAATCAATTTTGAGATTACAAAATCATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAAT
6379 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 118, Indels: 36
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 121 0.28
170 61 0.14
171 65 0.15
172 111 0.25
173 73 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGATTTTGAAGGAATAGGAGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAAGCCTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGAAGACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATACAAAAAATTCAACTT
Found at i:7069 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6518--7278 Score: 682
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
6508 NNNNNNNNNN
* * *
6518 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATATTTCCTT-CCAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTACCAATGAA
* * ** * * * *
6582 TGCCTTTTTCTT-TATGTTTATCGAGGTAAACATTCAACAATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA
65 TGCCTTTTTCTTCCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTAT-AGTCGGTTTAAGCAAAAATGT-
* * *
6646 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGT-TGAGATTACAAAACCATT
128 AAAAAAATACAACTTAAAATCAAT-TATGAAATTATAAAACCATT
* * * * * * *
6690 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAATGTATGGGTGACTGTAAAT-AGACTTTTCTTATCAATAAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-AATTTTCTTACCAATGAA
* * * * *
6754 TGACTTTTTCTTCTCAT-TTT-CTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGGTTTAAGCAGAATTGT
65 TGCCTTTTTCTTC-CATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATAGTC-GGTTTAAGCAAAAATGT
* * * * *
6817 ATAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATT
128 A-AAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT
********* * *
6862 TANNNNNNNNNNA-AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTACTAATGAA
1 TA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAA
**
6926 TGCCTTTTT-TTCCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCCATTTAAGCTAAAAATGTA
65 TGCCTTTTTCTTCCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCGGTTTAAGC-AAAAATGTA
* *
6990 AAAAAATACAACTTAAAATCAATTACGAAATTATAAATCCATT
129 AAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT
* * *
7033 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACTATAAATGAACA-TTTCTTGCAAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-ATTTTCTTACCAATGAA
* * * * * *********
7097 TGCCTTTTT-TTCCA-CTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCNNNNNNNNNN
65 TGCCTTTTTCTTCCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCGGTTTAAGC-AAAAATGTA
*
7160 AAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCAGT
129 AAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT
* * * *** *
7203 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAACAAGTGACTATAAATGAACA-TTTCTTGCCAATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAA-ATTTTCTTACCAATGAA
7267 TGCCTTTTTCTT
65 TGCCTTTTTCTT
7279 TACGTTACTC
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 94, Indels: 31
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 145 0.30
171 122 0.25
172 206 0.43
173 5 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCCATGTTTATTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCGGTTTAAGCAAAAATGTAAA
AAAATACAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATT
Found at i:12209 original size:172 final size:159
Alignment explanation
Indices: 12020--12353 Score: 312
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
12010 TTTCAAAAAT
* * * * *
12020 CTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAGTGATTTTAAATAT-TACTTTTTTAAAA
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAAAGTAATTTTAAAT-TGAAC-TTTTT-AAA
* * * * *
12084 TTTTTCATTAAAAAAAAATATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAATGTGAAGAAGAAGGCATTCAT
63 TTTTTCATT-AAAAAAAATATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGAGAAGAAAAAGACATTCAT
12149 TAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATNNNNNNNNNNGC
127 TAGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAT----------GC
* * **
12192 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTGCATTT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAAAGTAATTTTAAATTGAACTTTTTAAATTT
* *** * * *
12257 TTGATTAAAAATGTTATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGAGAAGAAAAAGATATTTATTGGC
66 TTCATTAAAAAAAATATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGAGAAGAAAAAGACATTCATTAGC
* *
12322 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
131 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
12351 CTT
1 CTT
12354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 23, Indels: 17
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.03
168 1 0.01
169 72 0.53
170 9 0.07
171 6 0.04
172 45 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAAAGTAATTTTAAATTGAACTTTTTAAATTT
TTCATTAAAAAAAATATAATTGAATGTCTATATCGAGAAATGAGAAGAAAAAGACATTCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
Found at i:13905 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 13731--14058 Score: 329
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
13721 TAAGAATGTA
* * *
13731 AAAAAATTTAACTGAAAATCAATTTTGAGATTATAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTT
1 AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTTAGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTT
* ** * * * * * *
13795 GAAGGTATGAGTGACTGTAAAT-GAACTTTTCTT-GTCAATAAACACCTTTTTCTTCTCGTTTCT
66 AAAGAAATGAGTGACTATAAATAG-ACATTTCTTACT-AATAAACACCTTCTTCTTCACATTTCT
13858 AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNAT
129 AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT----------AT
* * *
13900 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTAGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT
1 AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTTAGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTT
* * ** * *
13965 AAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTACTAATGAATGCCTTCTTCTTCACATTTTTTG
66 AAAGAAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTACTAATAAACACCTTCTTCTTCACATTTCTAG
*
14030 AGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTA
131 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
14059 ATTCAAAATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 15
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 34 0.25
170 97 0.72
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTTAGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTT
AAAGAAATGAGTGACTATAAATAGACATTTCTTACTAATAAACACCTTCTTCTTCACATTTCTAG
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAT
Found at i:15348 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15074--15568 Score: 475
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
15064 TTTCTTGAGT
* * * * * * * * * * *
15074 TAGACATTGAATTATAGTTTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATAAAATATG
1 TAGACATTGAATAATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTC
* ** * *
15139 AGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTA-TGAGTAACAGTAAATGGAC
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTG-GTAACAGTAAATGGAC
* *
15203 TTTTCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCTCGTTTCTCAAGG
129 TTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCTCGTTTCTCAAGG
* * * *
15245 TAGACATTTAATAATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAATATTCAGCTT-GAATTCAATTT
1 TAGACATTGAATAATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATT-AA-TT
* * * **
15308 TTCAGA-TA-AAATC-ATTTAAAGCGACTAATAAGCCTTTTGAAGGTATTGGTGATTGTAAATGG
62 TTCAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTAACAGTAAATGG
* **
15370 ATTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCTCGTTTCTTTAGG
127 ACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCTCGTTTCTCAAGG
* * * * *
15414 TATACATTGAATTATTATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGA
1 TAGACATTGAATAATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTCA
* * * *
15479 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGGTGACTA-TAAATGGA-T
66 GATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTAAC-AGTAAATGGACT
* * **
15542 ATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
130 -TTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCT
15569 ATACGTTTCT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 48, Indels: 25
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.03
168 11 0.04
169 121 0.46
170 80 0.30
171 40 0.15
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAGACATTGAATAATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTCA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTAACAGTAAATGGACTT
TTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCTCGTTTCTCAAGG
Found at i:15611 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14998--15618 Score: 566
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
14988 NNNNNNNNNN
* * *
14998 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATA-TTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCTTC
* * * * * * *
15061 ATGTTTCTTGAGTTAGACATTGAATTATAGTTTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTT
65 ACGTTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * * **
15126 AAAATAAAATATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAAT
129 AAAATTAATTTTGAGATTA-AAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
15168 AAGGTTTTTGAAGGTATGAGTAAC-AGTAAATGGACT-TTTCTTG-TCAATAAATGTCTTTTTCT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA-TAAATGGA-TATTTCTTGCT-AATAAATGGCTTTTTCT
* * * * * *
15230 TCTCGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATAATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAATATTCAG
63 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAA-ATTCAA
* * * *
15294 CTT-GAATTCAATTTTTCAGA-TAAAATC-ATTTAAAGCGACTAAT
126 CTTAAAATT-AA-TTTTGAGATTAAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * **
15337 AAGCCTTTTGAAGGTATTG-GTGATTGTAAATGGATTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGATATTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * * *
15401 TCGTTTCTTTAGGTATACATTGAATTATTA-TATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTGAACTT
65 ACGTTTCTCGAGGTAGACATTGAATTA-TAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTT
15465 AAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
129 AAAATTAATTTTGAGATTA-AAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* *
15507 AAGGCTTTTAAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGATATTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATGGATATTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCT-T
* * * *
15571 -ACGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
64 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAT
15619 AGCATTCATA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 70, Indels: 44
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.02
168 13 0.04
169 118 0.33
170 155 0.43
171 60 0.17
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGATATTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCTTCA
CGTTTCTCGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
AATTAATTTTGAGATTAAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:16121 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15746--16208 Score: 452
Period size: 168 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
15736 GTTTTAACTA
* * ** * * ** *
15746 AAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGTGATAATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTT
1 AAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
15811 TGAACGAAT-GGATGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATACAATTTTTTAATGTTTCTT
66 TGAAAGAATGGGA-GACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATAC-CTTTTTTTATGTTTCTC
* * ** * * *
15875 GAGGTAGGCTTTCAATTATAATTTACTTTAATAAAAAATAT
129 AAGGTAGACAATAAATTATAATCTACTTTAACAAAAAATAT
* * *
15916 AAAAAAATTCAA-TTTAAATTAATTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTT
1 AAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAA-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** *
15979 TTGATGGAATGGGAGACTATAAATATAATTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTATGTTGT-TC
65 TTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTATGTT-TCTC
** * *
16043 AAGGTAGACAATAAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATAT
129 AAGGTAGACAATAAATTATAATCTACTTTAACAAAAAATAT
* * *
16084 -AAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
16148 TGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACA-TTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTT
66 TGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGA-ATTTTCTTGCTAATGAATACC-TTTT-TTTATGTT
16209 ACTCNNNNNN
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 45, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.04
168 124 0.52
169 84 0.35
170 22 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGAATTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTTATGTTTCTCAA
GGTAGACAATAAATTATAATCTACTTTAACAAAAAATAT
Found at i:19129 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18469--20391 Score: 1656
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 171
18459 NCAGTTTTGA
* * * * * * *
18469 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGACACGTGAAAAAAAAAGCATTCATTA-GCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTACG-AA
* * * * * *
18533 AAAAAATTACATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCGTATTAC-CTGTTTTAAATGGTTTTA
65 GAAAAGTT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTA
* * ** *
18597 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTGTATTTTTCA-
128 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AG
* ** * * * * ** * * **
18641 TCAAAACAGACAATAATTCAATGCCTTCCT-TAGGAAATGTGTAGAAAAA-GCTAGTCATTTGGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTACGA
* * * * * *
18704 AAAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
18769 AATCTCATAATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * *** *
18810 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATTAA-AAAATTACATTCATT-GGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTACG-AA
* * * * * * * *
18873 CAAAAG-TCTATTTGTAGTCATCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGT
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
18937 TATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTCTATTTTTAG
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAG
* * ** * *
18981 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGGGAAACATGTGGAAAAAGCCATTAATTACGAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTACGAAG
* * * * **
19046 AAAAGTTCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTATGAATACTTTTATA
66 AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATA
* * * * *
19110 ATGTTATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG
130 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * * * * * * *
19151 TTAAAACAAACTATAATTGAATGTATTCTTTGAGAAACGT-ATAGAAAAAGCCATTCATT-TGAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTACG-A
* * * ** * * *
19214 AGATAAGTCCATTTATAGCCTTCTATTCCTTGAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
19279 AATCTAAAAATTGATTTTAAATAT-AGTTTTTTTAAAATTTTGAT
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT-ATATTTTTAG
* *
19323 TTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTA-GTAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTACG-AA
* * * * * * * *
19386 GAAATG-TCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATGGCTTTAT
65 GAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
19450 AATCTCTAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * ** *
19493 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACGA-GAAGAAAAAGGTGTTTATTGAC-A
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATT-ACGA
* * * * *** *
19556 AGAAAAGCTCATTTACAGTCACTCATACCTTCAAAATTTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTAT
64 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
19620 AATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTCTTAG
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* ** * * * * * *
19663 TTAAAACAAATTATTGTTGAATGTCTCCCTTGAGTAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGAC-AA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-ACGAA
* * *
19727 GAAATGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
19792 ATTTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
130 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * * * * * * *
19834 CTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGGAAAAAAAAGACATTCATTACCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAAGGCATTCATTACGAA
* ** *
19899 GAAAA-TTCCATTTATAGTCACCCACTCAATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
19963 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGTACAGTTTTAG
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAG
* * *
20007 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGA-GAAGATAAAA-TCATTTATTGAC-
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAGA-AAAAGGCATTCATT-ACG
* * * *
20069 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
63 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
20134 CAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTTTGG
128 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAG
* * ** * * * *
20178 TTAAAGCAAATTATTGTTGAATGTTTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAGAA-GCATTCATTA-GCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGGCATTCATTACG-A
* *
20241 AGAAATA-TACATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
64 AGAAA-AGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * * * *
20305 TAATTTCATCATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGG
128 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
* * * * * *
20349 CTAAAAAAGACTATAATCGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
20392 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1419, Mismatches: 286, Indels: 93
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 71 0.05
169 48 0.03
170 323 0.23
171 582 0.41
172 336 0.24
173 56 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTACGAAG
AAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG
Found at i:19429 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18463--20391 Score: 1732
Period size: 341 Copynumber: 5.6 Consensus size: 341
18453 NNNNNNNCAG
* * * ** * *
18463 TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGACACGTGAAAAAAAAAG-CATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACGT-AAAGAAAAAGACATTCA
* * * * * *
18526 TTAGCAAAAAAAATTACATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGTCGTATTAC-CTGTTTTAAA
64 TTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAA
* * * * * *
18589 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAGTTTTTGT-ATTTTTCA-TCAAAACAGAC
126 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAA-TTTTTTTAAATTTT-AGTTAAAACAGAT
* * * * * ** * *
18652 AATAATTCAATGCCTTCCT-TAGGAAATGTGTAGAAAAA-GCTAGTCATTTGGA-AA-AAAAGTC
188 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCA-TT-GACAAGAAAAGTC
* * * * *
18713 CATTTATAGCCTCTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
249 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
*
18778 ATT-AATTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
314 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * * **
18805 TTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATTAA-AAAATTACATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATT
* * * * * * * *
18868 GGCAACAAAAGTCTATTTGTAGTCATCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCACTTTAAATGGTT
66 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
18933 TTGTTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTGTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
131 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-AAATTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * *
18998 TGAATGTCTATCTCGGGAAACATGTGGAAAAAGCCATTAATT-ACGAAGAAAAGTTCATTTATGG
194 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** *
19062 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTATGAATACTTTTATAATGTTATAATTGA-TT
258 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
*
19125 TAAGTTAAATTTTTTTATAT
322 TAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * *
19145 TTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATTCTTTGAGAAACGTATAGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATT
* * * * * * * *
19210 TGAAAGATAAGTCCATTTATAGCCTTCTATTCCTTGAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
66 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
19275 TTATAATCTAAAAATTGATTTTAAATAT-AGTTTTTTTAAAATTTTGATTTAAAA-AGATTATAA
131 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT-AAATTTT-AGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
19338 TTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAATGTCTATTTATA
193 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * *
19402 GTCACTCATTTCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAGATGGCTTTATAATCTCTA-AATTGATT
257 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATT
19466 TTAAGTTGAATTTTTTTATAT
321 TTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * *** *
19487 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTCT-AGAAACG-AGAAGAAAAAGGTGTTT
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-TCCT-TGAGAAACGTA-AAGAAAAAGACATTC
* * ***
19549 ATT-GACAAGAAAAG-CTCATTTACAGTCA-CTCATACCTTCAAAATTTTTATTACTCGCTTTAA
63 ATTAG-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
19611 ATAG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTCTTAGTTAAAACAAATT
125 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT-TTAGTTAAAACAGATT
** * * * * * * *
19675 ATTGTTGAATGTCTCCCTTGAGTAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAATGTCCATTT
189 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* *
19740 ATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTT
254 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTG
*
19804 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
318 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * *
19828 TTTTGGCTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGGAAA-AAAAAGACATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGT--AAAGAAAAAGACATTCA
* * * * ** *
19892 TTACCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCACTCAATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
19957 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTGTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATA
129 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-AATTTTAGTTAAAACAGATTATA
* *
20022 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGA-GAAGATAAAA-TCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
192 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAGA-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
20085 CAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGAT
255 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAT
*
20150 TTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-
320 TTTAAGTTGAATT-TTTTTATAT
* * ** *
20172 TTTTGGTTAAAGCAAATTATTGTTGAATGT-TTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAGAAG-CATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACGTAAAGAAA-AAGACATTCA
* * *
20235 TTAGCAAGAAATA-TACATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
64 TTAGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * * * * * *
20299 GTTTTATAATTTCATCATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGGCTAAAAAAGACTATA
128 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTT-TAGTTAAAACAGATTATA
* * *
20364 ATCGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAA
192 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
20392 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1292, Mismatches: 239, Indels: 112
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 5 0.00
339 85 0.07
340 160 0.12
341 387 0.30
342 324 0.25
343 134 0.10
344 178 0.14
345 15 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATAT
Done.