Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397569.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2179.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6851
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Warning! 361 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:370 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2--554 Score: 501
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
1 G
* * * * *
2 AATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATACGGCTTTCAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * * *
66 TGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTCCTT-CACCTTTCTCGAT
65 -GAATGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAGGCCTTTTTCTTAC-CCTTTCTTGAG
* *
130 GTAAACCTTCAATTATAGTATGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAA
127 GTAGACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA
********** *
173 AATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
*
238 AAATCGATGAATATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAGGCCTTTTTCTTACCCTTTCTTGAGGT
66 -AAT-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAGGCCTTTTTCTTACCCTTTCTTGAGGT
* * *
303 AGACCTTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAG
129 AGACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA
* * *
344 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAA
* * * * **
409 GAGTGGGA-GACTATAAATGAACTTTTCTTTCAAATGAATGG--TGTTTTCGATA-TGTTT-TTC
65 GAAT--GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAA-GGCCT-TTTTC-TTACCCTTTCTT-
* * * * *
469 AAGATAGGCATTCAATTATAGTCCGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
124 GAGGTAGACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAA
** *
515 AATTTGA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
555 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 61, Indels: 24
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 289 0.94
172 14 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
AATGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAAGGCCTTTTTCTTACCCTTTCTTGAGGTAG
ACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAA
Found at i:1268 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1002--2348 Score: 772
Period size: 170 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
992 TTTCTTATCG
* * * * * **
1002 AAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAATCAGTTTTGGGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * *
1067 AAGACATTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
** * *
1132 CCTTTCTCGAGATAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACC
129 TGTTTCTCGAGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * *
1173 AAAAACGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
1237 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGGCACCATAAATGAACTTTTCTT-CACAATGAATGGCTTTTTCTAT
66 AAGGCTTTTGAAGGAATG-GG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTT
* *
1301 ATGTTTCCCGAGACA-AGCATTCAATTATAATATGTTTTAACT
128 ATGTTTCTCGAGA-AGA-CATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * *
1343 AAAAATGTAAAAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCAAG
1 AAAAATGT--AAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
* * * *
1408 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGCCTTTTTC
62 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
1473 TTCATGTTTCTTGAGGAAGACTTTCAATTATAGTATGTTTTAA-C
125 TTTATGTTTCTCGA-GAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * * *
1517 TAAAA-GTATAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTA
1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * * * *
1580 ATAAGGCTTTTGATGGCTTAAAT--GACTATAAATGGACTTTT-TGTGCTAATGGATGGCTTTTG
64 ATAAGGCTTTTGAAGG----AATGGGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTT
* *************************************
1642 CTTTACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
124 CTTTATGT----------TTCTCGAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
**************** * * **
1697 NNNNNNNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * ** *
1762 AAGGCCTTTGAAGGAATAAGAGACAATAAATGAACTTTTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTTGAAGGAAT--GGGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
* * ** * * * **
1827 ATGTTTCCCAAGGCTGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAG
128 ATGTTTCTCGA-GAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * * * * *
1869 AAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
1934 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTGAACTTTACTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATG-G-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
** * * *
1999 CCTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACC
129 TGTTTCTCGA-GAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
**
2040 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* ** * * * *
2104 AAGCCTTTCAAAAGAATGGAGCACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTATA
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGG-G-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
* * * * * *
2169 TATTTC-CTAAGACAGGCACTCAATTATAATCTGTTTTAACT
129 TGTTTCTC-GAGA-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * * * * *
2210 AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCTAGTGA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
* * *
2275 TAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGAAT--GGGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
2340 ATGTTTCTC
128 ATGTTTCTC
2349 TAGGCAGAGC
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 256, Indels: 98
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 304 0.35
171 159 0.18
172 165 0.19
173 5 0.01
174 47 0.05
175 87 0.10
176 8 0.01
179 2 0.00
180 63 0.07
181 23 0.03
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATG
TTTCTCGAGAAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
Found at i:2066 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1713--2338 Score: 711
Period size: 172 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
1703 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1713 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * ** * *
1778 TAAGAGACAATAAATGAACTTTTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCT-
66 TAAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGG-TA
* * ** *
1842 GGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAACAAT
129 GGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
1885 TCATCTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * ** * * *
1950 TGAGTGACTATAATTGAACTTTACTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGA
66 TAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGG
*
2015 CATTCAACTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
131 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
2056 TCAACTTAAAATCAATT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCAAAAGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * * * **
2120 TGGAG-CACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATATTTCCTAAGACA
66 T-AAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATATTTCCTAAGGTA
* * *
2183 GGCACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAT
129 GGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * *
2227 TGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGCTAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* *
2292 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTT
66 TAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
2339 TATGTTTCTC
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 67, Indels: 13
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 117 0.31
171 115 0.30
172 149 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
TAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGG
CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:2253 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1713--2338 Score: 884
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
1703 NNNNNNNNNN
* * *
1713 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAA
1 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAAGAA
* * * * *
1778 TAAGAGACAATAAATGAACTTTTTTTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCTG
66 TAAGAGACAATAAATGAACTTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGACAG
* * * * * *
1843 GCATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATAAATTATGAGA
131 GCACTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGA
* * *
1908 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTGAACTTTA
196 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTA
*
1973 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAA
261 CTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAA
2038 CCAAAAATGTAAAAAAAT
326 CCAAAAATGTAAAAAAAT
*
2056 TCAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCCTTTCAAAAGA
1 TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT-AAAAGA
* * * * * *
2119 AT-GGAGCACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATATTTCCTAAGA
65 ATAAGAG-ACAATAAATGAACTTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATATTTCCCAAGA
** * *
2181 CAGGCACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT
128 CAGGCACTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT
* * *
2246 AAGATTATAAAACCATTTGAAGCTAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGAC
192 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGAAC
*
2311 TTTTCTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTT
257 TTTACTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTT
2339 TATGTTTCTC
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 33, Indels: 9
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 73 0.30
342 158 0.64
343 15 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
TCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTAAAAGAA
TAAGAGACAATAAATGAACTTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGACAG
GCACTCAATTATAATCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTA
CTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:2752 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 2483--2753 Score: 375
Period size: 149 Copynumber: 1.8 Consensus size: 149
2473 AAAATTTTAA
* * * **
2483 AAAAAAATTCAACTTCAAACCAATTTTGACATTATAAAATCATTGAAAGTGAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATCATTGAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
* *
2548 TGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCAATTATAGT
66 TGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTCTCTTCAATTATAGT
2613 TTGTGTTAATGAAAAATGT
131 TTGTGTTAATGAAAAATGT
* * * *
2632 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATAT-AACGCAAGTGATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATCAT-TGAAAGCAAGTAATAAAGCTT
* * * *
2696 TTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTCTCTTCA
65 TTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACATTTCTCTTCA
2754 CTTTTTTCAC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 15, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
149 103 0.98
150 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (149 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAAATTATAAAATCATTGAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
TGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTCTCTTCAATTATAGT
TTGTGTTAATGAAAAATGT
Found at i:3062 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2601--5286 Score: 2513
Period size: 171 Copynumber: 15.7 Consensus size: 171
2591 TACATTTTTC
* * * * *
2601 TTCAATTATAGTTTGTGTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** * * *
2666 TAAAATCATATAACGCAAGTGATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
2731 GCCAATGAATGTCTTTCTCTTCACT-TTTTTC-ACAGTAAACA
131 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGA-GGTAGACA
* * * * * *
2772 TTTAATTATAATGTGTTTTAA-CTAAAAATTTTTTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAA---TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
2836 AATATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTTT
62 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
2901 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTCTTGAGGTAGACA
127 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
** * * * * *
2946 TTCAACAATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAGTTTTGAGATAA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
3011 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * *
3076 GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACA
131 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * *
3117 TTCAATTATAATCTGTTGCT-ATAAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATAAGATT
1 TTCAATTATAATCTGTT-TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *** * *
3181 ATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
3246 TTCAAATGAAATG-GTTTTTCTAT-ATGTTT-TCTGAGGCATG-CA
130 TGCCAATG-AATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-GAGGTA-GACA
* * * * * *
3288 TTCAATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGT-TAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGAGTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ***
3352 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAACAAAC-TTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
3416 GCTAATAAATTCCTTTTTATTCATGTTTATCGAGGTAGATA
131 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
3457 TTCTATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATTGTAAGAAAAATTAAAC-TAAAATCAATTATGAGA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAA-TGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
3520 TTATAAAACCATTTAAAGTGATTAA-AA-GCTTTTTG-AGGAATGTGTGACTAT-AATGGACTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
3581 TCTTGCCAATGAATGCC--TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACA
127 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * *
3624 TTCAATTGTAATCTATTCTT-A-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATCTGTT-TTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
3687 TATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
3752 TTGCCAATAAATTCCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGTA-AGCA
129 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CA
* * * *
3795 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAATTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TATG-GTATT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATT
* * * *
3858 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAATGGA-TTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * *
3922 TGGCCAATGAATACCATTTTCTTTACATTTCCCAAGGTAGACA
130 T-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * *
3965 TTCAATTATAATCTGCTCTT-ATCAAAAATATAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATCTG-TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** ** * *
4029 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATCTGGCTTTTGAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*** ** * * * * *
4094 TTTTAATGAATGAGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCA-AGTA
130 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CA
* * * * * * * *
4136 TTCAATTATAGTCTGTTCTAATGAGAAACGT--AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGTTTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * ** * * *
4199 TAAAACCATTTAAAGCCAGGAAGAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * **
4264 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCTACGAGACAGACA
131 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACA
* * * * *
4305 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTTAAAAAAATT-AAGTGAAAATCAATCATGATAT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
4368 TATAAAATCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * *
4433 CTAG-CAATTAATG-TTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
128 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * * *
4475 CTCAATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAAGT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
4539 ATTAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTC
65 ATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
4603 TT-CACAATGAATGGCTTGTTCTACATGTTTTTCAAGATAGAAA
129 TTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * *
4646 TTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
4711 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** *
4776 TGTCAAAAAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
130 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * * *
4818 TTCAATTATCATCTTTTTTAACCAAAAATTTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
4883 ATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * *
4948 T-CTAAATGAATATCTTTTCCTACATGTTTCTTGTGGTAGCCA
130 TGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* *
4990 TTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * ** *
5054 TAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTTTAAAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
5119 GCCGATGAATGCCTTTTTCTTCA-CTTTCTTCGAGATAGACA
131 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAGACA
* * * * * *
5160 TTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATTTAAAACAAATTGAATTTAAAAAT-AATT-TGGAGA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTT-AAAATCAATTAT-GAGA
* * * *
5223 TTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGGGAT-ACTATAAATGGACTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTT
5287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2042, Mismatches: 403, Indels: 139
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 10 0.00
166 43 0.02
167 49 0.02
168 31 0.02
169 251 0.12
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172 387 0.19
173 5 0.00
174 136 0.07
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
Found at i:3532 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2601--5286 Score: 2357
Period size: 341 Copynumber: 7.9 Consensus size: 342
2591 TACATTTTTC
* * * * *
2601 TTCAATTATAGTTTGTGTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
2666 TAAAATCATATAACGCA-AGTGATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
2730 TGCCAATGAATGT-CTTTCTCTTCACT-TTTTTC-ACAGTAAACATTTAATTATAATGTGTTTTA
130 TGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * ** *
2792 ACTAAAAATTTTTTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTGTTTAAAGTG
192 ACTAAAAA--TTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
2857 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
255 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATG-GTTT
* *
2921 TTCTTTAAG-TTTCTTGAGGTAGACA
318 TTCTATATGTTTTC-TGAGGTAGACA
** * * * * *
2946 TTCAACAATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAGTTTTGAGATAA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
3011 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
3075 TGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTGCT-A
130 TGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAA
* * * * * * *
3138 -TAAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGT
193 CTAAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
3202 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTTCAAATGAAATGGTTTTTCT
258 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG-AATGGTTTTTCT
*
3267 ATATGTTTTCTGAGGCATG-CA
322 ATATGTTTTCTGAGGTA-GACA
* * * * * *
3288 TTCAATTATAGTCAGTTTTAATGAAAAATGT-TAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGAGTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ***
3352 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAACAAAC-TTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
3416 GCTAATAAATTCCTTTTTATTCATGTTTATCGAGGTAGATATTCTATTATAATATATTTTAACTA
131 GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* *
3481 AAAATTGTAAGAAAAATTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAA
196 AAAATTGTAA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * **
3545 -AA-GCTTTTTG-AGGAATGTGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTCT-T
260 TAAGGC-TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGTTTTTCTAT
* **
3604 CATGTTTCCCAAGGTAGACA
324 -ATGTTTTCTGAGGTAGACA
* * *
3624 TTCAATTGTAATCTATTCTT-A-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATCTGTT-TTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3687 TATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
3752 TTGCCAATAAATTCCTTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
129 TTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
3816 -TCAAAATTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TATG-GTATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
193 CTAAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ***
3878 TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTGGCCAATGAATACCATTTT
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTT-GCCAATGAAT-GGTTTTT
* ** * **
3942 CTTTACATTTCCCAAGGTAGACA
320 CTATATGTTTTCTGAGGTAGACA
* * * * *
3965 TTCAATTATAATCTGCTCTT-ATCAAAAATATAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATCTG-TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*** ** * *
4029 ATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATCTGGCTTTTGAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTTTT
65 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*** *** * * * * * * *
4093 TTTTTAATGAATGAGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCA-AGTATTCAATTATAGTCTGTTCTAA
129 TTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * *
4157 -TGAGAAA-CGT--AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCCAG
193 CT-AAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * ** * * ** * *
4218 GAAGAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGC
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTTTC
* **
4283 T-TCATGTTCTAC-GAGACAGACA
321 TAT-ATGTT-TTCTGAGGTAGACA
* * * * *
4305 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTTAAAAAAATT-AAGTGAAAATCAATCATGATAT
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
4368 TATAAAATCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * *
4433 CTAG-CAATTAATGT--TTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTA
128 CTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * * * * * *
4495 GCTAAAAA-TGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAAAGTATTAAACTATTTAAAGCTAG
192 ACTAAAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
4559 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-CACAATGAATGGCTTGTT
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGC-CAATGAATGG-TTTTT
* * * *
4623 CTACATGTTTT-TCAAGATAGAAA
320 CTATATGTTTTCT-GAGGTAGACA
* * * * * *
4646 TTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4711 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** ** * * *
4776 TGTCAAAAAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATCATCTTTTTTAACC
130 TGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * *
4841 AAAAATT-TAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTA
195 AAAAATTGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
4905 ATAAGGGTTTTGAAGGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAAT-ATCTTTTC
259 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTTTTGC-CAATGAATGGT-TTTT-
* * *
4967 CTACATG-TTTCTTGTGGTAGCCA
320 CTATATGTTTTC-TGAGGTAGACA
* *
4990 TTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * ** *
5054 TAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTTTAAAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
5119 GCCGATGAATGCCTTTTTCTTCA-CTTTCTTCGAGATAGACATTCAATTATAATATTTTTTAACC
131 GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * *
5183 AAAAATT-TAAAACAAATTGAATTTAAAAAT-AATT-TGGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAG
195 AAAAATTGTAAAA-AAATTAAACTT-AAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
5245 TAATAAGACTTTTGAAGGTATGGGATACTATAAATGGACTTT
257 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT
5287 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1917, Mismatches: 350, Indels: 151
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.00
336 78 0.04
337 110 0.06
338 95 0.05
339 101 0.05
340 247 0.13
341 462 0.24
342 450 0.23
343 79 0.04
344 137 0.07
345 153 0.08
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
AAAATTGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGTTTTTCTATAT
GTTTTCTGAGGTAGACA
Found at i:6213 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5501--6851 Score: 1134
Period size: 170 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
5491 NNTAAGCTGC
* * *
5501 ATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTTGAGAAGCATGTAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
** * * * *
5565 AAAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTC
65 AAAGCCATTCA-TTGGCAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * *
5630 ACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
129 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G
* * * * * *
5672 ATTTTTTTTTTAAATATTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
1 A---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * ** ** * *
5737 AAAAAGGCTTTTTTTGATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
63 AAAAAGCCATTCATTG-GCAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
5802 TCATTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTA
127 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG
* * * * * *
5846 ATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATTTCTATCTT-AGAAAACATGTAGA
1 ATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGA
* * * * * *
5910 AAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACT
64 AAAAGCCATTCATT-GGCAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
5975 CGCTTTAAATAGTTTAATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTG
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
6017 AATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AA
1 -ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
6081 AAAGACATTAATTGGTAGGAAAAATCTATTTATAGTCAAC-CATTCCTTAAAAAGACTTATTACT
65 AAAGCCATTCATTGGCA-GAAAAATCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
6145 CCCTTAAAATGGTTTTATAATATCATGATTGATTTTAATTTG
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** * *
6187 ATTTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTGTCTCT-AGGAACATGAAGT
1 ATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGA
* * * ** * * *
6251 AAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCC-TCTT-CC
64 AAAAGCCATTCATTGGCA-GAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
6314 CGGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTA
128 C-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * **
6357 AATTTTTTACATTTCTCA-TTAGAACAGACTGTGATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTCTAGAA
1 ATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * ** * * *
6421 AAACCCATTCATTTGG-AAAAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTGATTACT
65 AAAGCCATTCA-TTGGCAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
6485 -AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
128 CA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * *
6527 AATTTTTTTACATTTTT-GATAAGATTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATAAAGA
1 -ATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
** * * * *
6591 AAAAGGAATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATCGTCAC-CTATAT-CTTCAAAAGTCTTATTA
64 AAAAGCCATTCATTGGCAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTC-AT-TCCTTCAAAAGCCTTATTA
6654 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAT-ATTGATTTTAAGTTG
126 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
6697 AATTGTTTTACATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAGCATGAAGA
1 -ATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* ** * * * * * *
6761 AAATGGAATTTATTGGCA-AAAAAGTCTATTCATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACT
64 AAAAGCCATTCATTGGCAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
6825 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
128 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 187, Indels: 77
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 145 0.15
170 297 0.31
171 217 0.23
172 142 0.15
173 4 0.00
174 141 0.15
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGCAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:6517 original size:510 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5501--6849 Score: 1307
Period size: 510 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
5491 NNTAAGCTGC
* * * *
5501 ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTTGAGAAGCATGTAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAAAA
* * * * **
5566 AAGCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCA
64 AAGACATTCA-TTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCA
** * * ** *
5631 CTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTAAATATTTGGTTA
127 CTTTAAATGGTTTTATAATATC-ATATTGATTTTAA-TT---TGATTTTTTTAAAT-TTTTGTTA
* * * * ** *
5696 AAAAAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCTTTTTTTGATAAGAA
186 AAACAGACT-ATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
** * * * *
5760 AAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATTATC
250 AAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAAAC
* * * ** * * **
5825 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATTTC
315 TCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCC
* * * * *
5890 TATCTTAGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATT
380 TACCTTAGAAAACATCTAGAAAAACCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * *
5955 CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
445 CCTTCAAAAGCCTGATTACTAGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* *
6018 ATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTT-GATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAA
* * * * *
6083 AGACATTAATTGGTAGGAAAAATCTATTTATAGTCAACCATTCCTTAAAAAGACTTATTACTCCC
65 AGACATTCATTGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAC
*
6148 TTAAAATGGTTTTATAATATCATGATTGATTTTAATTTGATTTTTTTAATATTTTTAGTTAAAAC
128 TTTAAATGGTTTTATAATATCAT-ATTGATTTTAATTTGATTTTTTTAA-ATTTTT-GTTAAAAC
** * * * * *
6213 AGACTATAATTGAACGTCTGTCTCTAGGAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTC
190 AGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
6278 TATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCC-TCTT-CCCGGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AA
255 CACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCC-ACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAA
* * * *
6340 TAATTAATTTTAAG-TTAAATT-TTTTACATTTCTCATTAGAACAGACTGTGATTGAATGCCTAC
319 -AATTAATTTTAAGTTTAAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTAC
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6403 CTTGGGAAACGTCTAGAAAAACCCATTCATTTGGAAAAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCT
383 CTTAGAAAACATCTAGAAAAACCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
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6468 TCAAAAGCCTGATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
448 TCAAAAGCCTGATTACTAGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
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6528 ATTTTTTTACATTTTTGATAAGATTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGATAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAA
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6593 AAGGA-ATTCATT-GACAAAAAAAGTCCATTTATCGTCACCTATAT-CTTCAAAAGTCTTATTAC
64 AA-GACATTCATTGGA-AGAAAAA-TCCATTTATAGTCACC-AT-TCCTTCAAAAGACTTATTAC
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6655 TCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAA
124 TCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATATTGATTTTAATTTG-ATTTTTTTAAATTTTTG-TTAA
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6720 AACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAATGGAATTTATTGGCAA-AAAA
187 AACAGACTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
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6784 GTCTA-TTCATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
252 GTCCACTT-ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAAACT
6848 CA
316 CA
6850 TA
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 130, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 34 0.05
510 287 0.42
511 84 0.12
512 49 0.07
513 83 0.12
514 1 0.00
515 6 0.01
516 82 0.12
517 53 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ATTTTTTTACATTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAA
GACATTCATTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATATCATATTGATTTTAATTTGATTTTTTTAAATTTTTGTTAAAACAGACTA
TAATTGAACGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTA
TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTAAT
TTTAAGTTTAAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAAA
ACATCTAGAAAAACCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
CTGATTACTAGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
Done.