Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400421.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3618.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3384
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 999 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1277 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 983--2526 Score: 1288
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
973 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
983 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTT-GAAAACGTGAAAAAAAAAG-CTTTCATT
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT
** * *
1046 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTT
64 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
1111 TTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTCTTACATTT
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTT
* * * * *
1154 TTAGTTAAAACAGGTTATAATT-ACGTGTCTGCCTTAGGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTC
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * ** ** *
1218 ATAACAAAAGTCCACTTATTGTCACTCTTGTTGTTGAAAGCCTTATTACTCTA-TTTAAATGGAT
65 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTT
* * * *
1282 TTATAAACCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGGTC-TACATTA
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATTT
* * ** ** * *
1325 TT-GATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTTTCTT-GAGAAATGTGAAG--AAAGTCAATCATT
1 TTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * ** * *** *
1386 CACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGT
64 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-C-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
1450 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTATT
127 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACAT-TT
* * * * ** *
1495 TTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTT-GAAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTG
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
*** * *
1558 GCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
65 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
1623 TGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTT
* * * * *
1665 TTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-A
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
1729 GTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGAG-T
66 -TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTT
*
1793 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTACA-TT
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTT
* * * *
1835 TTGGTTAAAACAGACTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTAGTTAAAACAG----------ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAG
* * * * **
1899 CCATCCATTGATACGAAAAGTCAATTTATAGTCACT-TAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACT
55 CCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCT--TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * **
1963 TGAAATGGTTTTATAATTTCATCATTGATTTTAAGTCAAATTGTT-TTACATTT
118 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATTT
* * * *
2016 TTTGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
2081 TAAGACAAGTCCATTTATAGTCAACTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTATATGGTTT
66 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTT
* *
2145 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTT-TTACATTT
129 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATTT
* * * * * * * *
2187 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTTCCCTTA-AAAACGTGAAAAAAAAG--ATTTTATT
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATT
** * * * *
2249 GGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTT
64 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
2314 TTATAAACTCATAATTGATTTTAGATTGAGTTTTCTTACATTT
128 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTT
* * * *
2357 TTAGTTAAAACAGGTTATAATT-AATTGTCTGCCTTAAGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
1 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * *
2421 ATAACAAAAGTTCACTTGTTGTCACTCAGGTT-GTT-GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGA
65 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC---TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
2484 TTTCTAATCGCATAATTGATTTTATGTTGAATTATT-TTACATT
127 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATT
2527 GTTGATTAAA
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 208, Indels: 112
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 134 0.12
170 173 0.16
171 635 0.57
172 20 0.02
173 3 0.00
178 1 0.00
179 2 0.00
180 123 0.11
181 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTT
Found at i:2144 original size:522 final size:508
Alignment explanation
Indices: 987--2378 Score: 1570
Period size: 522 Copynumber: 2.7 Consensus size: 508
977 NNNNNNTTAG
* *
987 TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAACGTGAAAAAAAAAG-CTTTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAACGTG-AAAAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* *
1051 GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCAACT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
1115 AAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATT-ACG
129 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA-A
* * * * *
1179 TGTCTGCCTTAGGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCA-TAACAAAAGTCCACTTATTGTCAC
193 TGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
* * * *
1243 TC-TTGTTGTTGAAAGCCTTATTACTCTA-TTTAAATGGATTTATAAACCCATAATTGATTTTAG
256 CCATT-CT-TTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGATTTATAAACTCATAATTGATTTTAG
* * ** *
1306 GTTGAATTGGTC-TACATTATTGATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAATGTG
318 GTTGAATT-TTCTTACATT-TTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTG
* *
1370 AAGAAAGTCAATCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
381 AAGAAAGTCAATCATTCACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*** * * * *
1435 CTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACGTATTTTA
446 CTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATATTTTA
* * * *
1498 TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTGGCGAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
1563 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
1628 TCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGT
131 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
1693 CTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
196 CTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
* * *
1758 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAACT-GAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAA
260 TCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGA
1822 ATTTTCTTACATTTTGGTTAAAACAGACTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
323 ATTTTCTTACATTTTGGTTAAAACAG--------A-A-TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* * * * * * *
1887 GTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGATACGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CTTAAGCCTTCGGAAGC
378 GTGAAG--AAAGTCAAT-CATTCACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCATC-CAAGCCTTCGAAAGC
* * * *
1950 CTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATTTCATCATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATT
439 CTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATA
*
2015 TTTTG
504 TTTTA
* * * * * * * *
2020 TTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
2085 ACAAGTCCATTTATAGTCAACTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTATATGGTTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATA
* *
2149 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTT-TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
130 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * ** * * * * * * *
2213 ATTTTCCCTTAAAAACGTGAA-AAAAAAG-ATTTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACC
194 -GTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGGCA-TTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACC
* * *
2276 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGATT
257 CATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTT
* * **
2341 GAGTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATT
321 GAATTTTCTTACA-TTTTGGTTAAAACAGAATATAATT
2379 AATTGTCTGC
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 104, Indels: 59
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 28 0.04
511 275 0.37
512 11 0.01
518 1 0.00
519 1 0.00
520 31 0.04
521 103 0.14
522 289 0.39
523 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCCTTGAAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATT
CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
TTCTTACATTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAGTCA
ATCATTCACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTGAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATATTTTA
Done.