Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400428.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3625.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 855
Length: 1425
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.09, T:0.29
Warning! 300 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:500 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--968 Score: 921
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
* * * * * *
1 TTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATT-
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * * * *
65 GCATAAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTT
66 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
130 TATAATCTCATAATTACA-TTTAACTTGAA-TTTTTTATATT
131 TATAATCTCATAATTA-ATTTTAACTTGAATTTTTTTATATT
* * *
170 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAA-AGTGAAGAAAAA-AAATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACA-TGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * * ** *
232 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCGTCGAAAGCCTTGTTACAT-GCTTGCAATGG
64 TGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG
* * * * * * *
296 TTTTACAACCTCAAAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATT
128 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTATATT
** *
340 TTTTATTAAAATTGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
405 GCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTCT
66 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* *
470 TATAATCTCAAAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTT-TACAT
131 TATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTATA-TT
* *
511 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCAC-T-AG-AACATAAAGAAAAAGATGA---
1 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATCC
* * * * * * * *
570 A-TGACAGGATAAA-TCCGTTTGTGGACACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACAT-GCTTTAAA
62 ATTGGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* *
632 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATG-ATTTTTTTATATT
125 TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACT-TGAATTTTTTTATATT
* * * * * * ** * **
679 TTTTATTCAATCAGATTATAACTGGATGTATATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATCA
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * **
744 GCAAGAAGAGTCCGTTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTT
66 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * *
809 TATAATCTCATAA-CAGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATT
131 TATAATCTCATAATTA-ATTTTAACTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * *
850 TTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGCCGACCTTGAGAAACATGAATAAAAATATATCCATTA
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
915 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
66 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
969 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 119, Indels: 58
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
167 24 0.04
168 113 0.17
169 128 0.20
170 64 0.10
171 291 0.45
172 26 0.04
173 2 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTATATT
Found at i:624 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--877 Score: 968
Period size: 339 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
* * * * *
1 TTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTG
1 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * * *
66 CATAAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCTTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
66 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
*
131 ATAATCTCATAATTACA-TTTAACTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
131 ATAATCTCATAATTACATTTTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** * *
195 ATGTTTGCCTTAGGAAAAGTGAAGAAAAAAAATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
196 ATGTTTGCCTTAGGAAAAGTAAAGAAAAAAAATCCAATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACACC
* * * * *
260 CAAGCCGTCGAAAGCCTTGTTACATGCTTGCAATGGTTTTACAACCTCAAAATTGATTTTCAGT-
261 CAAGCCGTCGAAAGCCCTATTACATGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTA
324 TGAATTTTTTTACATT
326 TG-ATTTTTTTACATT
* * **
340 TTTTATTAAAATTGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-
* * * *
405 GCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTCT
65 GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * *
470 TATAATCTCAAAATTA-ATTTTAACTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAT
130 TATAATCTCATAATTACATTTTAACTTGAATTTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
534 TGAATGTCTAT-CAC-TA-GAACA-TAAAG-AAAAAGAT-GAATGACAGGATAAA-TCCGTTTGT
193 TGAATGT-T-TGC-CTTAGGAAAAGTAAAGAAAAAAAATCCAATGACAAGA-AAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
592 GGACACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
254 AGACACCCAAGCCGTCGAAAGCCCTATTACATGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCAAAATTGATT
*
657 TTAAGTATGATTTTTTTATATT
319 TTAAGTATGATTTTTTTACATT
* * * * * *
679 TTTTATT-CAATCAGATTATAACTGGATGTATATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATC
1 TTTTATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT-
* * * * * * *
743 AGCAAGAAGAGTCCGTTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTT
64 TGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * *
808 TTATAATCTCATAA-CAGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATCAAAACAGATTATAAT
129 TTATAATCTCATAATTACATTTTAACTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
872 TGAATG
193 TGAATG
878 CCGACCTTGA
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 76, Indels: 27
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 25 0.06
339 279 0.62
340 102 0.23
341 10 0.02
342 27 0.06
343 4 0.01
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTACATTTTAACTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTTTGCCTTAGGAAAAGTAAAGAAAAAAAATCCAATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACACC
CAAGCCGTCGAAAGCCCTATTACATGCTTGAAATAGTTTTACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTA
TGATTTTTTTACATT
Done.