Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397571.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_132.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1523 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2020 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1648--3194 Score: 1564
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
1638 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * * * * * * * * *
1713 TATTTCCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGTCAAACAATTTGAACTTA
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* * *
1777 AAATCAATTTTGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAAT
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* ** * *
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1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* *
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66 TGTTT-CTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTA
* * * *
1948 CAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAGT
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
1989 AAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTAACGATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATACCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * *
2053 ATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATTATCTGTTCTAACAAAAAATGTCAAAAAATTCAACCT
65 ATGTTT-CTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCT
*
2118 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAAT
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
2160 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAG-TAATAAATGCCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * * * * * * * *
2224 ATATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATGATCTATTTTTAA--AAAAATGTAAAACAATTTGAAC
65 ATGTTTCT-AAGGTAGATATTCAATCATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTCAAA-AAGTTCAAC
* * ** *
2287 TTAAAATCAATTTTGTA-ACCATAAAACCATTTATAGTGAGTAAT
127 CTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
2331 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGAGTTTTCGTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
*
2395 TGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTCTAACC-AAAATGTCAAAAAGTTCAACCTA
66 TGTTT-CTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTA
**
2459 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTCGT
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
2500 AAGACTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
*
2564 ATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCT
65 ATGTTT-CTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCT
2629 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
2671 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTGCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * * * * * * **
2736 TGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAATAGTGTACAAAGAA-TTCAAAT
66 TGTTTCT-AAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAA-AAGTTCAACC
* * * * *
2800 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTGAT
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * *
2843 AAGGC-TTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGGTCAACGAATTCC-TTTTGTACA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * * * *
2905 -GTTTTCTTGAGGTAGACATT-ATATTATAACCTGGTTTAACCAAAAACGTACAAAGAA-TTCAA
66 TG-TTTC-TAAGGTAGATATTCA-ATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAA-AAGTTCAA
** * * * * * * * *
2967 ATTCAAATAAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAACTAAGTGAT
126 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * * * *
3012 AAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * * * * **
3077 CGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AGAAAAAATCAACCT
66 TGTTTCT-AAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCA-AAAAGTTCAACCT
* * * *
3141 AAAATGAATTATG-GCGTTACAAAACCATTTGAAGTGAGTAAT
129 AAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
3183 ACGACTTTTAAA
1 AAGGCTTTTAAA
3195 AGAAATTAAA
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 191, Indels: 65
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 168 0.15
170 265 0.23
171 599 0.52
172 114 0.10
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
TGTTTCTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:3061 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 1648--3194 Score: 1843
Period size: 682 Copynumber: 2.3 Consensus size: 682
1638 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1648 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCATTAAATGCCTTTTTCCTCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * *
1713 TATTTCC-AAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTCAAACAATTTGAACTTA
66 TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTCAAA-AAATTCAACCTA
* * *
1777 AAATCAATTTTGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGAC
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAA-GAATAAGTGAC
* *
1842 TATAAATGGAGTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCAGATATTTAAT
194 TATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCAGATATTCAAT
* * *
1907 CATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTACAATCAATTATGAGATTATAAAAT
259 CATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
1972 CATTTAAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACGATAAATGGATTTTTCTTCCCAAT
324 CATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACGATAAATAGACTTTTCTTCCCAAT
* * * *
2037 GAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATTATCTGTTCTAACAAAAAATG
389 GAATACCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTCTAACAAAAAATG
*
2102 TCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTT
454 TCAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * *
2167 TTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAGTAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCT
519 TTAAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAGTAACAAATGCCTTTTTCTACATATTTCT
* * ** * * * *
2232 CGAGCTAGACATTCAATTATGATCTATTTTTAAAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAA
584 CGAGCTAGACATTCAATTATAACCTAGGTTTAAAAAAACGTAAAACAATTTCAAATTAAAATAAA
* * *
2297 TTTTGTAACCATAAAACCATTTATAGTGAGTAAT
649 TTTTGTAACCATAAAACCATTTAAACTAAGTAAT
* *
2331 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGAG-TTTTCGTGCCAATGAATACCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * *
2394 ATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTCTAACCAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTA
65 ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTA
** **
2459 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTCGTAAGACTTTTGAAAGAATGGGTGAC
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT-AAAGAATAAGTGAC
* * *
2524 TATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAAT
194 TATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCAGATATTCAAT
2589 CATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
259 CATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * **
2654 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
324 CATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTAACGATAAATAGACTTTTCTTCCCAA
* * * * * * * * *
2718 TGAATGCCTTTTTCTGCATGTTT-GTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAATAG
388 TGAATACCTTTTTCTGCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTCTAACAAAAAA
* * * * * * * *
2782 TGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTGATAAGG
452 TGT-CAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * * *
2847 C-TTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGGTCAACGAATTCC-TTTTGTACAGT-
516 CTTTTAAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAGT-AACAAATGCCTTTTTCTACA-TA
* * *
2907 TTTCTTGAGGTAGACATT-ATATTATAACCT-GGTTTAACCAAAAACGTACAAAGAA-TTCAAAT
579 TTTCTCGAGCTAGACATTCA-ATTATAACCTAGGTTTAA--AAAAACGTA-AAACAATTTCAAAT
* * *
2969 TCAAATAAATTTTAAG-AA-TATAAAACCATTTAAACTAAGTGAT
640 TAAAATAAATTTT--GTAACCATAAAACCATTTAAACTAAGTAAT
* * * * * * *
3012 AAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * *
3077 CGTTT-CTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AGAAAAAATCAACC
66 TGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTCA-AAAAATTCAACC
* * * * *
3140 TAAAATGAATTATG-GCGTTACAAAACCATTTGAAGTGAGTAATACGACTTTTAAA
128 TAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAA
3195 AGAAATTAAA
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 113, Indels: 41
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 6 0.01
680 35 0.05
681 86 0.12
682 423 0.58
683 181 0.25
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGAATAAGTGACTA
TAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCAGATATTCAATCA
TAATCTGTTCTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACGATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGA
ATACCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTCTAACAAAAAATGTC
AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
AAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAGTAACAAATGCCTTTTTCTACATATTTCTCG
AGCTAGACATTCAATTATAACCTAGGTTTAAAAAAACGTAAAACAATTTCAAATTAAAATAAATT
TTGTAACCATAAAACCATTTAAACTAAGTAAT
Found at i:3168 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1648--3194 Score: 1850
Period size: 512 Copynumber: 3.0 Consensus size: 504
1638 NNNNNNNNNN
* *
1648 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCATTAAATGCCTTTTTCCTCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTT-CTCA
* * *
1713 TATTTCCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGT-CAAACAATTTGAACTTA
65 TATTTTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT-TTTTAA-AAAAATGTACAAACAATTTGAACTTA
* * **
1777 AAATCAATTTTGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAAGTGAC
128 AAATCAATTTTG-AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
* * * *
1842 TATAAATGGAGTTTTCTTGCCACTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTACTAAGGCAGATATT-TAA
192 TATAAATGGAGTTTT-TGGCAAC-GAATACCTTTTTCTTCA-GTTTTCTAAGGTAGATATTAT-A
*
1906 TCATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTACAATCAATTATGAGATTATAAAA
253 TCATAATCTGGTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTA-AATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
1971 TCATTTAAAGTGAG-CAGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACGATAAATGGATTTTTCTTCCCA
317 CCATTTAAAGTGAGTGA-TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCA
2035 ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATTATCTGTTCTAACAAAAAA
381 ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCA-TATCTGTTCTAACAAAAAA
*
2100 TGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAAT
445 TGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
*
2160 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTAGT-AATAAATGCCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATAAATGCCTTTTTC-TC
*
2224 ATATTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATGATCTATTTTTAAAAAAATGTA-AAACAATTTGAACT
64 ATATTT-TCGAGCTAGACATTCAATTAT-A-ATATTTTTAAAAAAATGTACAAACAATTTGAACT
** *
2288 TAAAATCAATTTTGTAACCATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
126 TAAAATCAATTTTG-AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * *
2353 ACTAT-AATGGAGTTTTCGTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCA
190 ACTATAAATGGAGTTTT--TGGCAACGAATACCTTTTTCTTCA-GTTTTCTAAGGTAGATATT-A
2417 -ATCATAATCT-GTTCTAACC-AAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
251 TATCATAATCTGGTT-TAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTATA
* * *
2479 AAACCATTTAAAGTGAGTCG-TAAGACTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTG
314 AAACCATTTAAAGTGAGT-GATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTA
*
2543 CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATAATCTGTTCTAACCAA
378 CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCAT-ATCTGTTCTAACAAA
*
2608 AAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
442 AAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
2671 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTGCA
1 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCT-CA
* * * * * * * *
2736 TGTTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAGCCAATAGTGTACAAAGAA-TTCAAAT
65 TATTT-TCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT-TTTTA--AAAAAATGTACAAACAATTTGAACT
* * * * *
2800 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTGATAAGGC-TTTAAAAGAATGGGTG
126 TAAAATCAATTTTGA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * * *
2864 ACTATAAATGGACTTTTTGGTCAACGAATTCC-TTTTGTACAGTTTTCTTGAGGTAGACATTATA
190 ACTATAAATGGAGTTTTTGG-CAACGAATACCTTTTTCTTCAGTTTTC-TAAGGTAGATATTATA
* * * ** * * * *
2928 TTATAACCTGGTTTAACCAAAAACGTACAAAGAA-TTCAAATTCAAATAAATTTTAAGAATATAA
253 TCATAATCTGGTTTAACCAAAAATGT-CAAA-AAGTTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *** *
2992 AACCATTTAAACTAAGTGATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACC
315 AACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACC
* * * * * * * *
3057 AATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTT-CTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAA
380 AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGATATTCAATCATA-TCTGTTCTAACAAAA
* * * * *
3121 AATGT-AGAAAAAATCAACCTAAAATGAATTATG-GCGTTACAAAACCATTTGAAGTGAGTAAT
443 AATGTCA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
3183 ACGACTTTTAAA
1 AAGGCTTTTAAA
3195 AGAAATTAAA
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 100, Indels: 68
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 9 0.01
510 43 0.05
511 349 0.39
512 376 0.42
513 115 0.13
514 7 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTCAT
ATTTTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATTTTTAAAAAAATGTACAAACAATTTGAACTTAAAA
TCAATTTTGAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATA
AATGGAGTTTTTGGCAACGAATACCTTTTTCTTCAGTTTTCTAAGGTAGATATTATATCATAATC
TGGTTTAACCAAAAATGTCAAAAAGTTCAACCTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATACCT
TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTCAATCATATCTGTTCTAACAAAAAATGTCAAAAAAT
TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:3609 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3201--4597 Score: 917
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
3191 TAAAAGAAAT
* * ** * * *
3201 TAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTTTTTAAAGGGAGTAAT-AGGCCTTTTCAAGGAATAAGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGAATGAGT
* ** * * * *
3265 GACTATAAATGGACTTTTCCTGCTGATGAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTCCCATGGTATACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
3330 AATTATAATTTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAATTCAACC
130 AATTATAGTCTATT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* ** * * *
3372 TAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAA-AAAT-AGG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGA-G
* * * * * *
3435 TAACTATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATT
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * *
3500 CAATTATAGTCTATTTAAGC-AAAATGTGCAAAAAATTTAAAT
129 CAATTATAGTCTATTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAAC
* * * * * * *
3542 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAATAAGGCTCTTAAAGGAATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* * * * * * ** * *
3607 ACTATAAATGGGCATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGAGATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
** * *
3672 ATTATAGTCGGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
131 ATTATAGTCTATT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * *
3713 TAAAATGAATTATG-GCATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGT
1 TAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
* * * * * * ** *
3777 --CTATAAATAGACGTTTT-TTGCCAGTGAAT-GCTTTTTTTTTATTTTTCTCAAAATAGATATT
65 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * * *
3838 CAATTCTAGTATGTTTTTATCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
129 CAATTATAG--TCTATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * * * * * * *
3882 AAAAATCAATTATG-GCCTTACAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGC-TCTGAAGGTATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
* * * * * ***
3945 GATTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTATTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT-TTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATT
** * * * * **
4009 CAATTCCAGTATATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATT
129 CAATTATAGTCTA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * * * * **
4052 TAAAAAT-AATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
* * * ** ** * * * *
4116 GACTTTAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTACTTCATG-TTCCCTAAGGAAAACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCC-AAGGTAGACATT
* * *
4180 CAATTATAG-CATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAAAT
129 CAATTATAGTC--TATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * ** * * * *
4223 TAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAATCATTTAAATTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
* ** ** * *
4288 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTATGTTTTTCTTTAAATTTCCCATGGTAGACGTTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
* * * *
4353 ATTATAATC-AGTTCTAAACCAAAACA--TCAAAAAGTTCAACC
131 ATTATAGTCTA-TT-T-AACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * * * * **
4394 TAAAATCAATTAAGAGATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTTCAGGAATGAGTT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-T
* * * * * * **
4459 G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGGAAATGTTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
4523 AATTATAATCTGTTCAAACTAAAAAAAGTCAAAAAGTTC-AAT
130 AATTATAGTCTATT-TAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
*
4565 TGAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTA
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
4598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 226, Indels: 73
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.05
169 102 0.11
170 227 0.24
171 518 0.54
172 71 0.07
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
Found at i:3716 original size:573 final size:573
Alignment explanation
Indices: 2628--3767 Score: 1411
Period size: 573 Copynumber: 2.0 Consensus size: 573
2618 AAGTTCAACC
* **
2628 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTA
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTA
* * * *
2693 ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTTGTCGAGGTAGACATTCA
66 ACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTGCAAGTTTGCCCAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
2758 ATTATAATATGTTTTAGCCAATAGTGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAA
131 ATTATAATATGTTCTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* * * * * * *
2823 AACTATTTAAATTGAGTGATAAGGCTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGGTCAA
196 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAAGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTTGGCCAA
* * *** *
2888 CGAATTCCTTTTGTACAGTTTTCTTGAGGTAGACATTATATTATAACCTGGTTTAACCAAAAACG
261 CGAATACCTTTTCTACAGTTTTCACAAGGTAGACATTATATTATAACCTGATTTAACCAAAAACG
* * *
2953 TACAAAGAATTCAAATTCAAATAAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAACTAAGTGATAAGGCT
326 TACAAAAAATTCAAATTCAAATAAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCT
* * * *
3018 ATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTC
391 ATTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCCTCTTTCTTTACATTTC
* *
3083 TCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAGAAAAAATCAACCTAAAATGA
456 TCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCGATTCTAACAAAAAATGTAGAAAAAATCAACCTAAAATGA
* * *
3148 ATTATGGCGTTACAAAACCATTTGAAGTGAGTAATACGACTTTTAAAAGAAAT
521 ATTATGGCATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAAAT
* * ** *
3201 TAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTTTTTAAAGGGAGTAAT-AGGCCTTTTCAAGGAATAAGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGAATAAGT
* * * ** *
3265 GACTATAAATGGACTTTTCCTG-CTGATGAATGCCTTTTTCTTTAAGTTT-CCCATGGTATACAT
65 AACTATAAATAGACTTTTCCTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTGCAAGTTTGCCCA-GGTAGACAT
* * *
3328 TCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAAG-GT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTT
128 TCAATTATAATATGTTCTAACC-AAAAGTGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3391 GCAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAA-AATAGGTAACTATAAATAGAGTTTTC
192 ACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTT-AAAAGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTT-
* * * **
3455 TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACG-TTTCACAAGGTAGACATTCA-ATTATAGTCT-ATTTA
254 TGGCCAACGAATACC-TTTTCTACA-GTTTTCACAAGGTAGACATT-ATATTATAACCTGATTTA
* * * * * * * * * *
3517 AGC-AAAATGTGCAAAAAATTTAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAG
316 ACCAAAAACGTACAAAAAATTCAAATTCAAATAAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAACCAAG
* * *
3581 TAATAAGGCTCTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTC
381 TAATAAGGCTATTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCCTCTTTC
*
3646 TTTACATTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCGGTTCTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCA
446 TTTACATTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCGATTCTAACAAAAAATGTAGAAAAAA-TCA
*
3710 ACCTAAAATGAATTATGGCATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
510 ACCTAAAATGAATTATGGCATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAA
3768 GGTATGAGTC
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 77, Indels: 22
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
572 62 0.13
573 360 0.75
574 25 0.05
575 30 0.06
576 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (573 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTA
ACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAATGAATGCCTTTTTCTGCAAGTTTGCCCAGGTAGACATTCA
ATTATAATATGTTCTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATTACAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAAGAATAGGTAACTATAAATAGACTTTTTGGCCAA
CGAATACCTTTTCTACAGTTTTCACAAGGTAGACATTATATTATAACCTGATTTAACCAAAAACG
TACAAAAAATTCAAATTCAAATAAATTTTAAGAATATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCT
ATTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTACCAATGAATGCCTCTTTCTTTACATTTC
TCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCGATTCTAACAAAAAATGTAGAAAAAATCAACCTAAAATGA
ATTATGGCATTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAAGAAAT
Found at i:3867 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3197--4507 Score: 825
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
3187 CTTTTAAAAG
* * ** * *
3197 AAATTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACTTTTTAAAGGGAGTAATAGGCCTTTTCAAGGAATA
1 AAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAATAGGCCTCTTAAAGGAATA
* * * * * *
3262 AGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTGATGAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTCCCATGGTATACA
66 AGTAACTATAAATGGACATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTTAAGTTTCCCAAGGTAGACA
** * * * *
3327 TTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAAGGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTG
131 TTCAATTATAATCGGTTCTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
3392 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAAAATAGGTAACTATAAATAGAGTTTTCTT
196 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAGGT-ACTATAAATAGAGTTTTCTT
** *
3457 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTAAGCAA
260 GCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAAATAGACATTCAATTATAGTATATTTAAGCAA
*
3522 AATGTGCAAAAAATTT
325 AATGT-AAAAAAATTT
*
3538 AAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAATAAGG-CTCTTAAAGGAAT
1 AAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAAT-AGGCCTCTTAAAGGAAT
** * *
3602 GGGTAACTATAAATGGGCATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTTACA-TTTCTCAAGGTAGA
65 AAGTAACTATAAATGGACATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTTA-AGTTTCCCAAGGTAGA
* * * *
3666 GATTCAATTATAGTCGGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATG-GCA
129 CATTCAATTATAATCGGTTCTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-A
* **
3730 TTACAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTT--AAAGGTATGAGT-CTATAAATAGACGTT
193 TTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATA-G-GTACTATAAATAGA-GTT
* * * * ** * * * *
3792 TT-TTGCCAGTGAAT-GCTTTTTTTTTATTTTTCTCAAAATAGATATTCAATTCTAGTATGTTTT
255 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAAATAGACATTCAATTATAGTAT-ATTT
* * *
3855 TATCAAAAAATGTAAAAAAATTC
319 AAGC--AAAATGTAAAAAAATTT
*** * * * * * * *
3878 AACCAAAAATCAATTATG-GCCTTACAAAA-CTATTTAAAGCGAATAATAAGG-CTC-TGAAGGT
1 AAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCT-TTTAAACCGAGTAAT-AGGCCTCTTAAAGGA
** * * * * * * * * ***
3939 ATGGGTGATTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTATTT-TCTTAATGTTTCTTGAGGT
63 ATAAGTAACTATAAATGGACATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCT-TTAA-GTTTCCCAAGGT
** * *** * * ** * ** *
4002 AGACATTCAATTCCAGTATATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAATTTAAAAAT-AATTATT
126 AGACATTCAATTATAATCGGTTCTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATG
* * * * * * *** * * * *
4066 AGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGCAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTTTAAATGGAC
190 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAG-GT-ACTATAAATAGAG
* * ** ** * * * *
4130 TTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTACTTCATG-TTCCCTAAGGAA-A-ACATTCAATTATAGCAT
253 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCAC-AA--AATAGACATTCAATTATAGTA-
* *
4192 TTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT
314 TATTTAAGC-AAAATGTAAAAAAATTT
* * * ** * * * *
4219 AAATTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAATCATTTAAATTGAGTAGTAAGG-CTTTTGAAGAAAT
1 AAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAAT-AGGCCTCTTAAAGGAAT
** * * * * * * *
4283 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTATG--TTTTTCTTTAAATTTCCCATGGTAG
65 AAGTAACTATAAATGGACATTTCCTGCTAATGA--ATGCCTCTTTCTTTAAGTTTCCCAAGGTAG
* * * * * *
4346 ACGTTCAATTATAATCAGTTCTAAACCAAAACA--TCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTAAGA
128 ACATTCAATTATAATCGGTTCT-AA-CAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
** * * * * ** ** * * * *
4409 GATTATGAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTTCAGGAATGAGTTGCTATAAATGGACTT
191 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAAT-AGGTACTATAAATAGAGTT
* *
4474 TTCTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCAGGTTTC
255 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTC
4508 CCATGGGAAA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 178, Indels: 74
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 44 0.06
339 154 0.20
340 69 0.09
341 278 0.37
342 173 0.23
343 22 0.03
344 12 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAACCGAGTAATAGGCCTCTTAAAGGAATA
AGTAACTATAAATGGACATTTCCTGCTAATGAATGCCTCTTTCTTTAAGTTTCCCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCGGTTCTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATAGGTACTATAAATAGAGTTTTCTTG
CCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAAATAGACATTCAATTATAGTATATTTAAGCAAA
ATGTAAAAAAATTT
Done.