Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400438.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3635.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15377
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 3920 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1453 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1026--1515 Score: 477
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
1016 NNNNNNNNNN
* * *
1026 TGAGATTATAAAA-TCATTTAGAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATGAATGG
1 TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAAT-G
* * * * *
1090 GACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
63 GACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAATCT
* * **
1155 GTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
127 ATTTTAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGAAAATCAATTT
* * * * * *
1199 TGAGAATATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGG
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* ** * * * ** *
1264 CTTTTCCTATCGATGAATGCTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATCATTATCTATT
65 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAATCTATT
* * *
1329 TTAACAAAAAATGTA-AATA-AATTTGAACTGAAAATTAATTT
130 TTAACAAAAAATGTACAA-AGAA-TTCAAATGAAAATCAATTT
* * *
1370 TGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
1435 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCAT-AAGGTAGACATACAATTC-TAGTCT
65 CTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTTTCACGTTTC-TCAAGCTAGACATTCAA-TCATAATCT
* *
1498 GTTTTAACCAAAAATGTA
127 ATTTTAACAAAAAATGTA
1516 AAAATATTCA
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 55, Indels: 15
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 135 0.53
172 61 0.24
173 52 0.20
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATCATAATCTATTT
TAACAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATGAAAATCAATTT
Found at i:1824 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1526--2725 Score: 1022
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
1516 AAAATATTCA
* ** * * *
1526 ACTTTTCTTGTCAATGAATATCCTTTCT-CTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATA-CCTTT-TGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
1590 TGTT-TGAACCCAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAATCATTTA
64 TGTTCT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
1653 AAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
1697 ACTTTTCCTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
1762 TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAG
66 TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
1827 CAAGTAATAGGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACAATAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
1868 ACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTGTGTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTG-CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
1932 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAAACAATTATTAGCTTATGAAACCATTTAAA
65 GTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
1997 CCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
130 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * ** * * * * **
2039 ACTTTTCATACCAATGGTTGA-TTTTTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * *
2103 TTTCTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCATTTAAA
65 GTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
2167 CCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG
130 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * * *
2209 ACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTC-TCTATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTC-ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
2273 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAAT-AATTATTAGTTTATGAAACCATTT-A
65 GTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * ** *
2336 AGCCTTGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
129 AG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* ** ** * * ** * *
2380 ACTTTT-TGTGTCAATGGTTGGCTTTTGCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTAT-AGCA
1 ACTTTTCT-TGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC-
* * *
2443 T-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
64 TGTTC-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
2507 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGT
128 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * **********
2551 ACTTTTCTTGTCATTGAATATCTTTTTCTTGACGTTTCCTAAGGTAGATATTCANNNNNNNNNNG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * ** * * ** * *
2616 CTCTAATCAAAAACATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAGTATGAGATCCTAAAACCATATAAAA
66 TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
2681 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGCGACTGTAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
2722 ACTT
1 ACTT
2726 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 186, Indels: 44
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 198 0.24
171 608 0.74
172 12 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
Found at i:1915 original size:434 final size:435
Alignment explanation
Indices: 1091--1963 Score: 1087
Period size: 434 Copynumber: 2.0 Consensus size: 435
1081 TATGAATGGG
* * *
1091 ACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATG
* * * *
1156 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAA
66 TTTGAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTCAGAATATAAAACTATTTAAA
* * * * * *
1221 GTTAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATCGATGAATGCTT
131 GTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATCCTT
** * * * * * *
1286 TTTTTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATCATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAATAAAT
196 TTGCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATCATAATCTATTCTAACAAAAAATGTAAATAAAA
* * * * * ** **
1351 TTGAACTGAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
261 TTCAACTGAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
* *
1416 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCATAAGGTAG
326 ATAGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTGTCTTGACATTTCATAAGGTAG
1481 ACATACAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCA
391 ACATACAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCA
* ** *
1526 ACTTTTCTTGTCAATGAATATCCT-TTCTCTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAA-AGACTCTT-TCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATA
* * * *
1590 TGTTTGAACCCAAAATGTA-AAA-CATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAA-TCATTT
64 TGTTTGAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTCAGAATATAAAACT-ATTT
* * * *
1652 AAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATA
128 AAAGTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAAT-
* * *
1717 CCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGC-AGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAA
192 CCTTTTGCTTCACGTTTCTT-AAGCTAGACATTCAATCATAATCTATTCTAACAAAAAATGTAAA
* * *
1781 -AAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTG
256 TAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** *
1845 AAG-ACATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATG-CTTGTGTCTTTATGTTTCTT
321 AAGCA-ATAGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TGTCTTGACATTTCAT
* * *
1908 GAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCT
384 AAGGTAGACATACAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCA
1960 ACTT
1 ACTT
1964 AAAAACAATT
Statistics
Matches: 371, Mismatches: 60, Indels: 15
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
433 5 0.01
434 240 0.65
435 71 0.19
436 55 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (435 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATATG
TTTGAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTCAGAATATAAAACTATTTAAA
GTGAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATCCTT
TTGCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATCATAATCTATTCTAACAAAAAATGTAAATAAAA
TTCAACTGAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
ATAGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTGTCTTGACATTTCATAAGGTAG
ACATACAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCA
Found at i:2120 original size:605 final size:605
Alignment explanation
Indices: 1028--2133 Score: 1358
Period size: 605 Copynumber: 1.8 Consensus size: 605
1018 NNNNNNNNTG
* * * *
1028 AGATTATAAAATCATTTAGAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATGAATGGGAC
1 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGAC
* * * *
1093 TTTTCTTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
66 TTTTCCTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * * * *
1158 TTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGT
131 CTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACAATACAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
1223 TAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTATCGATGAATGCTTTT
196 AAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGCTTTG
*
1288 TTTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATCATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTT
261 TCTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATCA-TATCTATTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTT
** ** ***
1353 GAACTGAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAAT
325 -AACTGAAAAACAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAAT
* * * * * *
1418 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCATAAGGTAGAC
389 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTCCATAAGGAAGAC
* * * *
1483 ATACAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTTTCTTGTCAATGAATATC
454 ATACAATTATAGCCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTTCTTGTCAATGAATATC
1548 CTTTCTCTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACCCAAAATGTAAAAC
519 CTTTCTCTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACCCAAAATGTAAAAC
1613 ATTCAACTTAAAATCAATTTTC
584 ATTCAACTTAAAATCAATTTTC
1635 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATAGG-TGACTATAAAT-GGA
1 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGGA
* * *
1698 CTTTTCCTGCCAATG-AATAC-CTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCT
65 CTTTTCCTGCCAATGAAAGACTC-TTT-CTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCT
** *
1761 ATTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAA
128 ATTCTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACAATACAAAACCATTTAA
** * * ** *
1825 AGCAAGTAATAGGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGC
193 AGCAAGTAATAAAGCTTCTAAAGGA-ATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGC
* * *
1889 TTGTGTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTC-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-
257 TT-TGTCTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAA-TCATA-TCTATTTTAACAAAAAATGTAAAT
* * *
1952 AATATTCT-ACTTAAAAACAATTATT-AGCTTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTT
319 AA-ATT-TAACTGAAAAACAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTT
* * ** * *
2015 GAAGGC--TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGTTG-ATTTTTGGTTCACGTTCC
381 GAA-GCAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGCATTTTT-CTTCACATTCC
* *
2077 TTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCT-TTTCTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
443 ATAAGGAAGACATACAATTATAGCCTGTTT-TAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
2134 GAAAATCAAT
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 68, Indels: 30
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
604 13 0.03
605 225 0.54
606 121 0.29
607 56 0.13
608 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (605 bp):
AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGAC
TTTTCCTGCCAATGAAAGACTCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATT
CTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACAATACAAAACCATTTAAAGC
AAGTAATAAAGCTTCTAAAGGAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATGCTTTG
TCTTTATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATCATATCTATTTTAACAAAAAATGTAAATAAATTTA
ACTGAAAAACAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAG
GTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGCATTTTTCTTCACATTCCATAAGGAAGACAT
ACAATTATAGCCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTTCTTGTCAATGAATATCCT
TTCTCTTCACGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACCCAAAATGTAAAACAT
TCAACTTAAAATCAATTTTC
Found at i:2257 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1574--2559 Score: 1244
Period size: 341 Copynumber: 2.9 Consensus size: 340
1564 CTCGAGATAA
* * * * * * *
1574 ACATTCAATTATAATATGTTTGAACCCAAAATGT-AAAACATTCAACTTAAAATCAATT-TTCAG
1 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAATTATT-AG
* * *** * **
1637 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * *
1701 TTCCTGCCAATGAAT-ACCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTATTC
129 TTCATGCCAATGGTTGA-CTTTTGCTTCACGTTCCTTAAGGCAGACATTCAATTAT-AGCTTTTC
* * * *
1765 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAA
192 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
1830 GTAATAGGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTGTG
256 GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTG
* *
1894 TCTTTATGTTTCTTGAGGTAG
320 TCTCTATGTTTCATGAGGTAG
* *
1915 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAAACAATTATTAGC
1 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAATTATTAGA
1980 TTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
2045 CATACCAATGGTTGATTTTTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAA
131 CATGCCAATGGTTGACTTTTGCTTCACGTTCCTTAAGGCAGACATTCAATTATAG-CTTTTCTAA
* * * *
2110 ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGAATATAAACCATTTAAACCGAGTAA
195 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
2175 TAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTCT
260 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTGTCTCT
2240 ATGTTTCATGAGGTAG
325 ATGTTTCATGAGGTAG
* * *
2256 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAATAATTATTAGT
1 ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAATTATTAGA
* ** *
2321 TTATGAAACCATTTAAGCCTTGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * ** *
2386 TGTGTCAATGGTTGGCTTTTGCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCATTTCTTAA
131 CATGCCAATGGTTGACTTTTGCTTCACGTTCCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGCTTTTC-TAA
* * * *
2451 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
195 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
2516 ATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTT
259 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
2560 GTCATTGAAT
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 78, Indels: 15
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 325 0.58
342 225 0.40
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAACAATTATTAGA
TTATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CATGCCAATGGTTGACTTTTGCTTCACGTTCCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGCTTTTCTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTGTCTCTA
TGTTTCATGAGGTAG
Found at i:2519 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1601--2557 Score: 1156
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 512
1591 GTTTGAACCC
* * * * * **
1601 AAAATGTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
1 AAAATGTAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAA
*
1666 GGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACG
66 GGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTCACG
* * *
1731 TTTCTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAA
131 TTTCATAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
1796 ATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGACATGGGTGACAA
196 ATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTGACAA
* * * *** * *
1861 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTC
261 TAAATGGACTTTTTGTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
1926 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAAACAATTATTAGCTTATGAAACCA
326 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATTAGATTATAAAACCA
* **
1991 TTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGG
391 TTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGG
2056 TTGATTTTTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAAACA
456 TTGATTTTTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAAACA
*
2113 AAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCATTTAAACCGAGTAATA
1 AAAATGT-AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAACCGAGTAATA
* * * * * * * *
2177 AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTC-TCTA
65 AGGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTC-A
* * * * * * * * * *
2241 TGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTA
129 CGTTTCATAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-
* ** ** ** * *
2306 AAAAT-AATTATTAGTTTATGAAACCATTT-AAGCCTTGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTG
193 AAAATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTG
* * ** *
2369 ACTATAAATGGACTTTTTGTGTCAATGGTTGGCTTTTG-CTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTC
257 ACAATAAATGGACTTTTTGTGCCAATGAAT-GCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTC
**
2433 AATTATAG-CAT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATT-TTGAGATTA
321 AATTATAGTC-TGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATT-AGATTA
*** * *
2495 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGTACTTTTC
383 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
2558 TTGTCATTGA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 70, Indels: 16
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 10 0.03
512 317 0.86
513 40 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAATGTAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAA
GGCTTGTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTCACG
TTTCATAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTGACAA
TAAATGGACTTTTTGTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATTAGATTATAAAACCA
TTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGG
TTGATTTTTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAAACA
Found at i:2637 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1608--2725 Score: 1124
Period size: 512 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
1598 CCCAAAATGT
* * * * * * *
1608 AAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGT
1 AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
1673 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCTTA
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCATA
* *
1738 AAGCAGATATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATT
130 AAGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1803 ATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGACATGGGTGACAATAAATGG
195 ATGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTGACAATAAATGG
* * * *** * *
1868 ACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTG
260 ACTTTTTGTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * * *
1933 TTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAAACAATTATTAGCTTATGAAACCATTTAAAC
325 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAC
* ** **
1998 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGTTGATTT
390 CAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGATTT
* ** **
2063 TTGGTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAAACAAAAATGTA
455 TTGCTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTGCTCTAAACAAAAACATA
**
2121 AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
2185 GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTC-TCTATGTTTCAT
65 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTC-ACGTTTCAT
* * * * * * * * *
2249 GAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAAAT-AA
129 AAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* ** ** ** * * *
2313 TTATTAGTTTATGAAACCATTT-AAGCCTTGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAA
193 TTATGACATTACAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTGACAATAAA
* ** *
2377 TGGACTTTTTGTGTCAATGGTTGGCTTTTG-CTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAG
257 TGGACTTTTTGTGCCAATGAAT-GCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAG
**
2441 -CAT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATT-TTGAGATTATAAAACCA
321 TC-TGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATT-AGATTATAAAACCA
*** * * * ** *
2503 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCATTGA
383 TTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGA
* * * * ********** *
2568 AT-ATCTTTTTCTTGACGTTTCC-TAAGGTAGATATTCANNNNNNNNNNGCTCTAATCAAAAACA
448 ATGAT-TTTTGCTTCACG-TTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTGCTCTAAACAAAAACA
2631 TA
511 TA
* * * *
2633 AAAAAATTCAACCTAAAATCAAGTATGAG-ATCCTAAAACCATATAAAATGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
* *
2697 TGAAGGAATGGGCGACTGTAAATGGACTT
64 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
2726 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 104, Indels: 26
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 14 0.03
512 378 0.77
513 96 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
AAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTGCTTCACGTTTCATAA
AGCAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGACATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGACATGAGTGACAATAAATGGA
CTTTTTGTGCCAATGAATGCTTGTGTCTTTACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAACAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAACC
AAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGATTTT
TGCTTCACGTTCCTTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTGCTCTAAACAAAAACATA
Found at i:3882 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3427--5153 Score: 1320
Period size: 172 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
3417 NTTCTAGAGG
* * *
3427 TAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAGAAATGCACAAAGAATTTC-ACTTAAAATCAATT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATGTA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
3491 TTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGACTAGGTGACTATAAATGA
63 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
3556 ACTTTTCTTTCTAAAGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGC
* * * * *
3600 AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAAGC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
*
3664 GACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
3729 TTTT-TTGACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGC
130 TTTTCTTG-CCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGC
* * * * *
3771 TAGACATTGATTTGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTAACATAAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * *
3836 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGAGACTATAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * *
3901 TTTTGATGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTGAAGC
130 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGC
* * * * * *
3943 TAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* ** * * *
4008 AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCG-AAGACCTGGGTGACTATAAATGGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ***
4072 TTTT-TGTACAAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGC
130 TTTTCT-TGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAA-GC
* * * * * * *
4115 -AAACAGTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTAATTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTT
* * * * *
4179 TGAGATTATAAAACCATTGAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
4244 CTTTTCTTGGCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGC
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAA-GC
* * *
4288 AAG-CATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-T
* * * ** * * * * *
4348 T-AGCTTATGAACCCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * *
4412 CTTTTCTTATCAATAAAAGACC-TTTTCTTCATGTTTCTT-GAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGC
* * * ** * * * * *
4455 TGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTGAAATTTAAAT-ATGTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTT
* * *
4519 TGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGTG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATG-G
* * * **
4584 -CTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTATTCTTCATGTTTCCCAAGGC
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAA-GC
* * *
4628 AAG-TATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTT-AAA--AATTA
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT-
* * ** * * * * **
4687 TT-AGCTTATGAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTGTAAATAA
63 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
4751 ACTTTTCTTGCTAATAAAAGACC-TTTTCTTCATGTTTCTT-GAG-
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGC
* * * * * **
4794 GAGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAACCGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCTGTT
1 TA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *********
4858 TTGACATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAANNNNNNNNNNACTATAAATG
63 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * ** * *
4922 GGCTTTTCTTACTAATGAATGTCATTTTCTTCACATTTCTT-GACC
127 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGC
* * * ***********
4967 TAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGNNNNNNNNNNCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * *
5032 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGACTGAGTGACTATAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
5097 TTTTCTTTCTAATGAATG-CTTTCTTCTTCACGTTTCTCGAGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTTCATGTTTTTCAAGC
*
5139 AAGACATTCAATTAT
1 TAGACATTCAATTAT
5154 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1244, Mismatches: 255, Indels: 111
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 9 0.01
168 221 0.18
169 31 0.02
170 25 0.02
171 293 0.24
172 500 0.40
173 157 0.13
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGC
Found at i:4597 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3418--4898 Score: 1479
Period size: 340 Copynumber: 4.3 Consensus size: 339
3408 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3418 TTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAGAA-ATGCACAAAGAATTTCACTTA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACAT--ACAAAGAATTTAAATTT
* * * * *
3482 AAATCA-ATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGACTAGGTGA
64 AAAT-ATATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
* * * * *
3546 CTATAAATGAACTTTTCTT-TCTAA-AGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG-AAGACATT
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGGC-AATA-AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAG-CATT
* * *
3608 CAATTATAGTCTGTTTCAA-GCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGACATTA
190 CAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-TATTA-G-C-TTA
** * * * *
3671 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTG
250 TAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTT-
* * * * * *
3736 ACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGT
314 ACAAATAAAAGACCTTTTCTTCATGT
* * * * * * ** * * *
3762 TT-TTCAAGCTAGACATTGATTTGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTTAACA-TA
1 TTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTTAA-ATTT
* * *
3825 AAATCA-ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTCAAAGAATGGGAGA
64 AAAT-ATATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
** * * * * * *
3889 CTATAAATGGACTTTTGATGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCTGAA-GCTAAACATTCA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AAGCATTCA
* ** * * *
3953 ATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGTTTATAAA
192 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAA--AATTATTAGCTTATAAA
* * * * *** * *
4018 ACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCGAAGACCTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTGTACAA
254 ACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTT-TACAA
* * *
4083 ATAGATG-GCTTTTGCTTCATGT
318 ATAAAAGACCTTTT-CTTCATGT
* *** * * * * * ** * * *
4105 TCCCCAAGGCAAACAGTCAATTATAGTCTTTTTTAACAAAAAATTTTA-AAA-AAATTCAACTTA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-CATACAAAGAATTTAAATTTA
* * * * *
4168 AAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTGAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
65 AATA-T-ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGA
*
4233 CTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAAGCATTCA
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAGCATTCA
* * *
4297 ATTATAGTCTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTATTAGCTTATGAACCC
192 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTATTAGCTTATAAAACC
*
4362 ATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATC-AAT
257 ATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTA-CAAAT
4426 AAAAGACCTTTTCTTCATGT
320 AAAAGACCTTTTCTTCATGT
* * *
4446 TTCTTGAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTGAAATTTAA
1 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTTAAATTTAA
* * * * *
4511 ATATGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
66 ATATATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTA
* * *
4576 TAAATGTG-CTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTATTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAGTATTCAATT
131 TAAATG-GACTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATT
*
4640 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAAATTATTAGCTTATGAAACCAT
195 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAAATTATTAGCTTATAAAACCAT
* * * *
4704 TTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTGTAAATAAACTTTTCTTGCTAATAAA
259 TTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTACAAATAAA
4769 AGACCTTTTCTTCATGT
323 AGACCTTTTCTTCATGT
* * *
4786 TTCTTGAGG-AGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAACCGTACAAAGAATTCAAATTTA
1 TTCTTGAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTTAAATTTA
* * * *
4850 AATCTGTTTTGACATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
65 AATATATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
4899 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 152, Indels: 68
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 353 0.37
341 117 0.12
342 32 0.03
343 258 0.27
344 180 0.19
345 6 0.01
346 3 0.00
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAATTTAAATTTAA
ATATATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGGCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTATTAGCTTATAAAACCATTT
AAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGACTTTTTTACAAATAAAAGA
CCTTTTCTTCATGT
Found at i:5150 original size:512 final size:499
Alignment explanation
Indices: 3418--5153 Score: 1410
Period size: 512 Copynumber: 3.4 Consensus size: 499
3408 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
3418 TTCTAGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAGAAATGCACAAAGAATTTCACTTAA
1 TTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTA-AAA-AATTTGAAATAA
* *
3483 AATCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATG-CTTTTGAAAGACT-AGGTGA
63 AAACAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GACTTTTGAAAGACTGA-GTGA
* * * *
3546 CTATAAATGAACTTTTCTTTCTAAAGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG-AAGACATTCA
126 CTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAGACATTCA
* *
3610 ATTATAGTCTGTTTCAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGACATTATAA
190 ATTATAGTCTGTTTTAAG-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-TATTA-G-C-TTATAA
* *
3674 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGAC
250 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG--
* * * * * * * *
3738 CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGCTAGACATTGATTTGTAATCTGTTTTAACTAAA
313 CAAT-AAAGACCTTTTCTTCATGTTTTT-AAG-GAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA
* * * * * *
3803 AATGTAAAAACAATTTAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAA
374 AATGTAAAAA-AATTCAA-ATTAAATC-TTTTTGACATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * ** * * * * * *
3868 GGCTTTTCAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTGATGCCAGTGAATGCCTTTTTCTTAATG
435 GGCTTTT-AAAGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACATTTTCTTCATG
3933 T
499 T
* * * * *
3934 TTC-TGAAGCTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAATATTCAACTTAA
1 TTCTTG-AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TTGAA-ATAA
* * * ** * * * *
3997 AATCAATTTTTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCG-AAGACCTGGGTGAC
63 AAACAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGA-CTGAGTGAC
* * * * * *
4061 TATAAATGGACTTTT-TGTACAAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGGCAA-ACAGTC
127 TATAAATGGACTTTTCT-TTCTAATGA-AT-GCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAGACATTC
* * * *
4123 AATTATAGTCTTTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTAATTTTGAGATTAT
189 AATTATAGTCTGTTTTAA-GAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAAATT-A--TT-AGCTTAT
* * *
4188 AAAACCATTGAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT
248 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
4252 GGCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAATG
312 -GCAATAAAGACC-TTTTCTTCATGTTTT-TAAGG-AGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
* ** * * **
4316 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATTATT-AGC-TTATGAACCCATTTAAACCGAGTAATA
371 AAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAATCTTTTTGA-CATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
4379 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTA-TCAATAAAAGACCTTTTCTTCA
434 AGGCTTTT-AAAGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGAATGACATTTTCTTCA
4443 TGT
497 TGT
* * * * ** **
4446 TTCTTGAGGTGGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATACAAAGAA-TTGAAATTTA
1 TTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTGAAATAAA
* * * * * *
4510 AATATGTTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACT
64 AACA-ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGACTGAGTGACT
* * * * *
4575 ATAAATGTG-CTTTTCTTGGC-AATAAATGCCTTATTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAG-TATTCA
128 ATAAATG-GACTTTTCTT-TCTAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAGACATTCA
* *
4637 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAAATTATTAGCTTATGAAAC
190 ATTATAGTCTGTTTTAA-GAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAAATTATTAGCTTATAAAAC
** * * **
4701 CATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTGTAAATAAACTTTTCTTGCTAAT
253 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AAT
* *
4766 AAAAGACCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAACCG
317 -AAAGACCTTTTCTTCATGTTT-TTAAGGA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-TG
*
4831 TACAAAGAATTCAAATTTAAATCTGTTTTGACATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
378 TA-AAAAAATTCAAA-TTAAATCT-TTTTGACATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
********* * * **
4896 TTTAAANNNNNNNNNNACTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGAATGTCATTTTCTTCACAT
439 TTTAAA-GAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACATTTTCTTCATGT
* * *******
4958 TTCTTGACCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGNNNNNNNN
1 TTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTTG-AAATAAA
** *
5023 NNCAATTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGACTGAGTGACTA
64 AACAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGACTGAGTGACTA
* *
5088 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGCTTTCTTCTTCACGTTTCTCGAGG-AAGACATTCAATT
129 TAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGCTTT-TTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAGACATTCAATT
5152 AT
193 AT
5154 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (499 bp):
TTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTGAAATAAAAA
CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAAGACTGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATTATTAGCTTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATAAAGACCTT
TTCTTCATGTTTTTAAGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAA
ATTAAATCTTTTTGACATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGAGAAAC
TATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACATTTTCTTCATGT
Found at i:7977 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6967--9098 Score: 1292
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
6957 NNNNNAATAC
* * * * *
6967 TCAATTTAAAAA-CAATTATTAGTTTATAAAACTATTT-AAGCCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * ** *
7030 CTTGAGTGACTATAAATGAAATTTTCATGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTACCCCAAGGCA
65 ATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-GATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* *
7095 GACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-
129 AACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
********** * * ** * *
7137 TNNNNNNNNNNATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* ** * * *
7202 ATGGGTGGGTACAAATGGACTTTT-ATTGCCAATGAATACCTGTTT-CTTCATGTTCTCCGC--T
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCA-TGCCAATG-ATAGCT-TTTGCTTCATGTT-TCC-CAAG
* ** * * * *
7263 G---ATATTCAATTATAATCTGTTCTCATCAAAAA-GTTCAAAAAAT
126 GAAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAAT
* * ** *
7306 TCAA-TCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACT-TAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * * *
7369 AATGGATGACTATGAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGACTCTTT-CTTCACGTTTCTCAAGGT
65 ATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGATAG-CT-TTTGCTTCATGTTTCCCAAGGA
*** * *
7433 AAACATTCAATTATAATAT-TTGTTAACTAAAAATGTACAAAGAAT
128 AAACATTCAATTATAGCCTGTT-TTAACCAAAAATGTA-AAAAAAT
* * * * * *
7478 TCAAATT-TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTC-AAG
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAG
* * ** * * ** * * *** *
7541 GAATGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCCT-ACAGATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGT
64 GATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCA-ATG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * ** * *
7605 TAGATATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATT
127 AAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAAT
** * * * * * ** * * *
7651 TGGAC-TCAAAATTAATTTTCAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCA
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* ** * * * * ** ** *
7715 ATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTGACATTTCTAAAGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGATA-G-CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* * *
7779 GACATTCAATTCTAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATAT
129 AACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
7822 TCAACTTAAAAAT-AATTATTAGTTTATAACACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGG
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
** * * * * * *
7886 TTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATTGTTAGCTTTTGCTTTACGTTCCCCAAGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAA-TGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAA
*
7951 ACACTCAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAGCCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
7993 TCAACTT-AAAATAAAATT-TGAGATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACTTAAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * * *
8056 AATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAACGCATATCCTTTT-CTTCATGTTTCTCGAGGT
65 ATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATG-ATA-GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGA
* * * * * *
8120 AGACATTCAATTAT-GATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAAA
128 AAACATTCAATTATAG-CCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * **
8164 TCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACAGCAAGTAATAAAGATTTTAAAGGA
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* ** * * * *** **
8228 ATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATATCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGATAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATG-ATAGC-TTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAA
* ** * *
8293 AACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-CAAAACAT
129 AACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
8335 TCAACTT-AAAATCAATTTTCAAATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * * * *
8399 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATA-CCTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAA
* ** *
8463 ATATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * ** * **
8505 TCAAC-TCAAAATCAATTATGACATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTAAAGGT
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-
* * * * * *** *
8569 ATT-GGTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTTGAGGT
65 ATTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGATA-GCTT-TTGCTTCATGTTTCCCAAGGA
* * *
8632 AAACATTCAATTCTAGTCC-GTTTTAATCAAAAATGTAAAAATAT
128 AAACATTCAATTATAG-CCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * *
8676 TCTACTTAAAAA-CAATTATTAGCTGATGAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * * * * *
8740 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCATGCCAATGGTTGGCTGTTGCTAT-ACG-TTCCCTAAGGA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-GATAGCTTTTGCT-TCATGTTTCCC-AAGGA
* *
8803 AGACATTCAATTATAGCCT-TTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
128 AAACATTCAATTATAGCCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
8847 TCAAC-TGAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAACCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGC
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
* * ** * *
8911 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAT-GATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAA
* * **********
8976 ACATTTAATTATAGTCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAAAAT
130 ACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
9018 TCAACTTAAAAAT-TATTA-G-CA-TATGAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-
1 TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
*
9078 TATGGGTAACTATAAATGGAC
66 T-TGGGTGACTATAAATGGAC
9099 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1537, Mismatches: 357, Indels: 138
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 6 0.00
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173 125 0.08
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGA
TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGAAAA
CATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:8082 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7010--9098 Score: 1503
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 340
7000 ATTTAAGCCA
* ** * * * * ** *
7010 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAAATTTTCATGCCAATGGTTGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* ** * * * * **
7075 GCTTCACGTACCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATNN
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
******** * * ** * * * *
7140 NNNNNNNNATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAATTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGATTG
** * ** * * * * ** *
7205 GGTGGGTACAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATACCTGTTTCTTCATG-TTCTCCGCTG---AT
195 GGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGAAAAC
* * * * * * * *
7266 ATTCAATTATAATCTGTTCTCATCAAAAA-GTTCAAAAAATTCAA-TCTAAAAT-CAATTATGAG
258 ATTCAATTATAACCTCTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATAAAATT-TCAG
* * *
7328 ATTATAAAATCATTTAGAGTA
320 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
7349 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATGAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGACTCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * *
7414 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATTTGTTAACTAAAAATGTACAAAGAATT
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTT-TTAACTAAAAATGTA-AAAAAATT
* * * * *
7479 CAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTC-AAGGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCGAAGGA
* * ** * * ** **
7543 ATGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCCT-ACAGATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTTA
192 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCA-ATG-ATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAA
* * * * ** * * *
7607 GATATTCAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTTGGACTCAAAATTAATTTTCA
255 AACATTCAATTATAACCTCTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATAAAATTTCA
* **
7672 AATTATAAAACTGTTTAAAGTG
319 GATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** *
7694 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATACGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
7759 TCTTGACATTTCTAAAGGTAGACATTCAATTCTAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTC
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * *
7824 AACTTAAAAAT-AATTATTAGTTTATAACACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGTT
130 AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGATT
** * * * * * ***
7888 AAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAATTGTTAGCTTTTGCTTTACGTTCCCCAAGGAAAAC
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAA-TGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAAC
* * *
7953 ACTCAATTATAGCCT-TTCTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATTTGAGAT
258 ATTCAATTATAACCTCTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATTTCAGAT
*
8017 TATAAAACCATGTAAAGTG
322 TATAAAACCATTTAAAGTG
* *
8036 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAACGCATAT-CC-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATGCCTT
* * *
8099 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT-GATCTATTTTAACTAAAAATGCAAAAAAA
64 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-TCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * **
8163 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACAGCAAGTAATAAAGATTTTAAAGGA
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGA
* ** * * * * **
8228 ATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGAATATCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGATAAA
192 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG-ATAGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAA
* * * * * * * *
8293 AACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-CAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTCAA
255 AACATTCAATTATAACCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATTTCAG
*
8357 ATTATAAAACCAATTAAAGTG
320 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
8378 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAATGAATACC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
8442 GCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
66 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** ** **
8507 AACTCAAAATCAATTATGACATTACGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTAAAGGTATT
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG-ATT
* * * * * *
8572 -GGTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAA
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGATA-GCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAA
* * * * * * * *
8635 CATTCAATTCTAGTCC-GTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCTACTTAAAA-ACAATTATTAG
257 CATTCAATTATA-ACCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATT-TCAG
* * * ***
8698 CTGATGAAACCATTTAAACCA
320 ATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * ** * *
8719 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCCATGCCAATGGTTGGCTGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * *
8784 GCTAT-ACG-TTCCCTAAGGAAGACATTCAATTATAGCCTTTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
66 TCT-TCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTT-TAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
8847 TCAACTGAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAACCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGGCT
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAT
* * * *** *
8912 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAAGGCAAA
193 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-GATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAA
* ** * ********** **
8977 CATTTAATTATAGTCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-ATTA-TT-AGCA
257 CATTCAATTATAACCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATTTCAG-A
* **
9039 -TATGAAACCATTTAAACCG
321 TTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
9058 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAATGGAC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
9099 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1378, Mismatches: 329, Indels: 86
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGATTGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATT
CAATTATAACCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAATTTCAGATTATA
AAACCATTTAAAGTG
Found at i:10436 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10118--10438 Score: 385
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
10108 GTTGAATATT
* **
10118 TTTACATTTTTAGTTAAAACAAAATAGAATTGAATGTCTATCTTGAGAATATAAAAAAAAAGGCA
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAAAATAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAATATAAAAAAAAAGGCA
* * **
10183 TTCATTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNN
66 TTCATTGCTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTGCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAA
******** *
10248 NNNNNNNNATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTCAAATTTA
131 ATGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTCAAATTTA
* * * * * *
10289 TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTCAAGAAAAAGGC
1 TTTACATTTTTAGTTAAAACAAAATAGAATTGAATGTCTACCTCAAG-AATATAAAAAAAAAGGC
* *
10354 ATTCATTGAC-AAGAAAAATCTATTTATAGTCAC-CTTTTGCTTCAAAAGCCGTATTGCTCACTT
65 ATTCATTG-CTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTC-ATTGCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTT
10417 TAAATGGTTTTACAATCTCAAA
128 TAAATGGTTTTACAATCTCAAA
10439 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 24, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 42 0.34
172 80 0.65
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Consensus pattern (171 bp):
TTTACATTTTTAGTTAAAACAAAATAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAATATAAAAAAAAAGGCA
TTCATTGCTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTGCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTACAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTCAAATTTA
Found at i:12281 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11518--13416 Score: 1045
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 168
11508 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
11518 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTGTTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * *
11583 CTAGAATTGAGTGTCTACCTCAATAAACATAAAAAAACAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
64 CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAA-AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
11647 TTTATAGTCACCTACACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
128 TTTATAGTCACC-ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *********** * * *
11689 AAATGGTTTTGNNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAGAACAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT-TTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * * * ** *
11753 ATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCN
63 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
********* * * *
11817 NNNNNNNNNCACCTATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCACTTT
127 ATTTATAGTCACC-ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
11860 AAATG-GTTTATAATCTGAAAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGATAAAAACAGAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * *
11924 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
11989 TTATAGTCACCCCTTCCTTTAAAATCCTTATTGCTCGCTGT
129 TTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ********* * *
12030 AAGA-GGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAATAG
1 AA-ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAG
* * ** *
12094 ACTAAAATTTAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAG-CATTCATAAGCAAGAGAAGTCC
63 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
12158 ATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTT
127 ATTTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
12201 AAATGATTTTAT-ATCCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAGAAA-G
1 AAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACTTTTTT-GTTA-AAACA
* * * * * * * * * * ** *
12264 GGCTATAATTAAATGTCTTCTTTAGGGAACGTGA-AGCAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTC
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * **
12328 CATTTATAATCACTCA-AGCCTTTGAAAGGCTTATTACTTGCTTT
126 CATTTATAGTCAC-CATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
12372 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATT-ATTTTTAAGTAGAATATTTTTA-TATTTTTGATTAAAACA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACT-TTTTTG-TTAAAACA
* * * * * * *
12435 GACTAGAATTGAATGTCAACCTCAATAAACGTAAAGAAATAAG-CATTCATTGGTAAGAAAAGTC
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
12499 CATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTT
126 CATTTATAGTCAC-CATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
12543 AAATGGTTTTGTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTG-A------A-TTTTTTGTTAGAACAGATT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGACT
* *** * ** *
12600 ATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGA-AGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATT
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
12664 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTT
130 TATAGTCACC-ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
12704 AAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGCATTTTTGATAAAAACAGAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTG-TTAAAACAGAC
* * * * * ** * * * *
12769 TATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACGTAAAGAAAACGGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCTAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
12834 TTATAGTCATCCATTCCTTTAAAA-TCTCTATTGCTCGCTGT
129 TTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCT-TATTACTCACTTT
* ** * * *
12875 AAA-AAGTTTTCCAATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAG
* * * * *
12939 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAGAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
63 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
13003 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 ATTTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
13046 CAAT-AGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGAA-A
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTTGTTAA-AACA
* * * *** * * * ** *
13109 GTCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGAACGTGA-AATAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTC
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAA-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *** * * ***
13173 TATTTATAGTCACTCA-AGCCTGCGAAAGCCTTTTTGCTTGGTTT
126 CATTTATAGTCAC-CATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
13217 AAAAGGTTTTATAAAT-TAATAATT-ATTTTGAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 AAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAAT-TTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACA
* * * ** ** * * * * * *
13280 TAATAGAATTGAATGTCTACCTTGAG-AATGTCACAAAAGAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
62 GACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** ** *
13344 ATTTATAGTCACCCATTGCTTCCAAAGCCTTATTACTCACCTT
127 ATTTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * *
13387 AAACAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
13417 GAGTNNNNNN
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 350, Indels: 140
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 6 0.00
161 118 0.09
162 7 0.01
163 2 0.00
168 1 0.00
169 50 0.04
170 217 0.17
171 786 0.60
172 108 0.08
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:12742 original size:503 final size:501
Alignment explanation
Indices: 11845--13089 Score: 1250
Period size: 503 Copynumber: 2.5 Consensus size: 501
11835 CTTCACAAGC
* * *
11845 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-ATAATCTGAA-AATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
* * * *
11908 TTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGGATATTCATT
65 TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-GATATTCATT
* * * * * *
11973 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTCCTTTAAAATCCTTATTGCTCGCTGTAAGA-GGT
129 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGGT
* * *
12037 TTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAA
193 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG----------TTGA-ATTTTTTGTTAAAACAGACTAAAA
* *
12101 TTTAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
247 TTGAATATCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
* * * *
12166 TCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATATCCTCATAATTGATTTT
312 TCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGATTTTATATCCTAAAAATTGATTTT
* * * * * * ** *
12231 CAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAGAAA-GGGCTATAATTAAATGTCTT-CTTTAG-GGAA
377 AAGTTGAA-TGTTTTACATTTTT-GATAAAAACAGACTATAATTAAATGT-TTAC-CCAGAGAAA
* **
12293 CGTGAAGCAAAA-GCCA-A-CCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAATCA-CTCAAGCCTTTGAA
438 CGTAAAG-AAAACG-CATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCATC-CAAGCCTTT-AA
*
12354 AGG
499 AAG
* * * *
12357 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAAGCTAATAATT-ATTTTTAAGTAGAATATTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTAATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
* * * * * *
12421 TTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCAACCTCAATAAACGTAAAGAAATAAG-CATTCAT
64 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGATATTCAT
* * *
12485 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGT
128 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
12550 TTTGTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTA
193 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTTAAAACAGACTAAAATTGAATATCTA
*** * * * **
12615 CCTTGGGAAACAT-GAAGCAAAAGGTATTCATTGGCAAG-GAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTAT
258 CCTCAAGAAACATAG-AGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAG-AAGTCCATTTATAGTCATCC-AT
* *
12677 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTAAAAATTGATTTTAAGTTGA
320 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGATTTTAT-ATCCTAAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
12741 ATGTTTTGCATTTTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACGTAAAGAAAA
384 ATGTTTTACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCCAGAGAAACGTAAAGAAAA
* * * * * ** *
12806 CGGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAT
449 CGCATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCATCCAAGCCTTTAAAAG
* * * * * ** *
12859 CTCTATTGCTCGCTGTAAAAAGTTTTC-CAATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CT-TATTACTCGCT-TTAAATGGTTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
* * *
12923 TTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGATATTCA
63 -TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCA
* * *
12987 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATAG
127 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *
13052 TTTTGTAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT
192 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
13090 TACATTTTTA
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 104, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
501 14 0.02
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504 21 0.03
512 26 0.04
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515 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGG
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTTAAAACAGACTAAAATTGAATATCTACCT
CAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTC
AAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGATTTTATATCCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
ACATTTTTGATAAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCCAGAGAAACGTAAAGAAAACGCATAT
CCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCATCCAAGCCTTTAAAAG
Found at i:13156 original size:845 final size:846
Alignment explanation
Indices: 11518--13389 Score: 2346
Period size: 845 Copynumber: 2.2 Consensus size: 846
11508 NNNNNNNNNN
* * *
11518 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTGTTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTATTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * *
11583 CTAGAATTGAGTGTCTACCTCAATAAACATAAAAAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 CTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACGT-AAAAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * **********
11648 TTATAGTCACCTACACCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGNNNNNNNNNNATT
130 TTATAGTCACC-ATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATT
* * *
11713 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGG
194 GATTTTAAGTTTAA------TATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGG
********** *
11778 AAACATGAAGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCTATTCCTTCACAA
253 AAACATGAAGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
* *
11843 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTGAAAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATT
318 GCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTATAATCTAAAAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATT
* *
11908 TTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGGATATTCATT
383 TTTGATAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGGATATTCATT
* * * *
11973 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTCCTTTAAAATCCTTATTGCTCGCTGTAAGAGGTT
448 GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCCTTATTGCTCGCTGTAAAAAGTT
* * * **********
12038 TTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATT
513 TTCCAATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATT
* *
12103 TAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTC
578 GAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
12168 ATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGATTTTATATCCTCATAATTGATTTTCA
643 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATCCTCAAAATTGATTTTAA
* * *
12233 GTTGAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAGAAAGGGCTATAATTAAATGTCTTCTTTAGGGAACGTGA
708 GTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAGAAAGGGCTATAATTAAATGTCTTCCTTAGGGAACGTGA
* ** *
12298 AGCAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTATT
773 AACAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTGCGAAAGCCTTATT
12363 ACTTGCTTT
838 ACTTGCTTT
*
12372 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTATTTTTAAGTAGAATATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTATTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* *
12437 CTAGAATTGAATGTCAACCTCAATAAACGTAAAGAAATAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
66 CTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACGTAAA-AAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
*
12502 TTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATT
130 TTATAGTCAC-CATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATT
* *
12567 GATTTTAAG-TTGA-AT-TTTTT-GTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACAT
194 GATTTTAAGTTTAATATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACAT
*
12628 GAAGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
259 GAAGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
12693 TTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGCATTTTTGA
324 TTACTAACTTTAAATGG-TTTATAATCTAAAAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGA
* * *
12758 TAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACGTAAAGAAAACGGATATTCATTGGTAA
388 TAAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGGATATTCATTGGCAA
* *
12823 AAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAT-CTCTATTGCTCGCTGTAAAAAGTTTTCC
453 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCCT-TATTGCTCGCTGTAAAAAGTTTTCC
* * *
12887 AATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
517 AATCCCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAAT
* * ** * *
12952 GTCTACCTCAAGAAACAT-GA-AGAGAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
582 GTCTACCTCAAGAAACATAGAGA-AAAAAG-CATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
13015 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAAT-AGTTTTGTAAT-CTCAAAATTTATTTTAA
645 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT-ATCCTCAAAATTGATTTTAA
* * * *
13078 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGAAA-GTCTATAATTGAATGT-TTGCCTTGGGGAACGT
708 GTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTT-AGAAAGGGCTATAATTAAATGTCTT-CCTTAGGGAACGT
* * * *
13141 GAAATAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTGCGAAAGCCTTT
771 GAAACAAAAGCCAACCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTGCGAAAGCCTTA
* *
13206 TTGCTTGGTTT
836 TTACTTGCTTT
* * ** * * * *
13217 AAAAGGTTTTATAAATTAATAATTATTTTGAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTATTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* ** * * * * * *
13282 ATAGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAATGTCACAAAAGAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
66 CTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACGT-AAAAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
** ** *
13346 TTATAGTCACCCATTGCTTCCAAAGCCTTATTACTCACCTTAAA
130 TTATAGTCA-CCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
13390 CAATTTTATA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 129, Indels: 34
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
843 1 0.00
844 186 0.21
845 498 0.57
846 9 0.01
853 6 0.01
854 176 0.20
855 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (846 bp):
AAATGGTTTCATAAGCTAATAATTATTTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
CTAGAATTGAATGTCTACCTCAATAAACGTAAAAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTGA
TTTTAAGTTTAATATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACATGA
AGCAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTAACTTTAAATGGTTTATAATCTAAAAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGATAA
AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCGAGAAACATAAAGAAAAAGGATATTCATTGGCAAAAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCCTTATTGCTCGCTGTAAAAAGTTTTCCAATC
CCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCT
ACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
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Done.