Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400444.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3641.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3030
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.07, T:0.19
Warning! 1444 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1797 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1329--2138 Score: 645
Period size: 169 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
1319 NNNNNNNNNN
* * * * *
1329 TCTCAATGAATGAT-TTTTTTTACACATTTCTGAAGGCAGGCATTCAATTATAGTATGTTTTAAC
1 TCTCAATGAATG-TCTTTTTTTTCACGTTTCTGAAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * * * * * *
1393 AAAAAAT-AAAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGAGATTTTAAATTAATTTAAAGTTAGTAA
64 CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAA
********** *
1457 TAAGGCTNNNNNNNNNNTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-T
129 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * ** *
1498 TC-CATAATGAATG-ATTTTTTTACATATTTCTCAAGACAAGCATTCGATTATAGTCT-TTTTAA
1 TCTC--AATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTGAAGGTAA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* ********** * * *
1560 CCATAANNNNNNNNNNATTTAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTA
63 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTA
*
1625 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAATTGGACTTTTCT
128 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
1668 TGTCAATAAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTGAAGGTAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCA
1 TCTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTGAAGGTAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * *
1733 AAAATGTAAAAAAAAATTAACTTTAAATCAATTATGTGATAATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAT
66 AAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
1798 AAAGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTGTAAATAGACTTTTCT
130 AAGGCTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
1839 CCTCAATGAATAG-CTTTCTTTGT-ACGTTTCTCATGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
1 TCTCAATGAAT-GTCTTT-TTTTTCACGTTTCTGAAGGTA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *********
1902 -CAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACAATTTANNNNNNNNN
63 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTA
* * *
1965 NTAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
128 ATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
2008 TCACAATGAATGT-TTTTTTTTACACATTTCCGAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
1 TCTCAATGAATGTCTTTTTTTT-CACGTTTCTGAAGGTAA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * * *
2072 TATAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAA
64 CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAA
2137 TA
129 TA
2139 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 128, Indels: 40
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 15 0.03
169 217 0.44
170 104 0.21
171 126 0.26
172 26 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTGAAGGTAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
Done.