Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397285.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_299.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 21736 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 4
Found at i:766 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--767 Score: 777
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
* * * * *
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * *
66 CAGATTATAATTGAATGTTTGTCCTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGGAAAGAGAAGT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** **
131 CCATTTAAAGTCTCTCATACCTTT-GAAAGCCTTACTACTTG
131 CCATTTATAGTCACCCA-AGATTTCGAAAGCCTTACTACTCA
** * * * * * *
172 CTTTAGGTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTCTTCTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
237 TATATTATACTTGAATGTATG-CCTAGGGAAACATGGAGCAAAAGCCATACATTGGCAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTA-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
301 TTCATTTATAGTCACTCAAGCA-TTCAAAACCCTTACTAGTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCAAG-ATTTCGAAAGCCTTACTACTCA
343 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * ** *
407 ATAGACTATAATTGAATGT-TTTCCTTTA-CAACCATGAAGAAAAAGTGATTCATT--CAAAAGA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTGTCC--TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-A
* ** * *
468 AAGTCTATTTATAGTTGCCCAAG-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGAT-TTCGAAAGCCTTACTACTCA
* *
513 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTTA-TTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAA
* ** *
577 ATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTA-GAAACCATGAAGAAAAAGTAATTCATTAGCAAGAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
641 GTCCA-TTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGCCTTAATAATCA
129 GTCCATTTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGCCTTACTACTCA
* * * * * * *
683 CTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTATATTATCAATGAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAA
747 ATAGATTATAATTGAATGTCT
65 ATAGATTATAATTGAATGTCT
768 ACCTCATTTA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 83, Indels: 39
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 235 0.48
171 241 0.49
172 4 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
TAGATTATAATTGAATGTCTGTCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGCCTTACTACTCA
Found at i:1016 original size:298 final size:299
Alignment explanation
Indices: 492--1071 Score: 738
Period size: 298 Copynumber: 1.9 Consensus size: 299
482 TTGCCCAAGT
* * * *
492 CTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
* * * *
557 GTTTTAAATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAACCATGAAGAAAAAG
66 GTTTTAAATTATTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG
*
622 TAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCAAGATTTCGAAAGCCTTAATAATCACTTT
131 TAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCAACATTTCGAAAGCCTTAATAATCACTTT
* * * * *
687 AAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTATATTATCAATGAAAATAG
196 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTA-TTTTACATTATCAATGAAAACAG
*
751 ATTATAATTGAATGTCTACCTCATTTATAGTCACGTAAAC
260 ATTATAATTAAATGTCTACCTCATTTATAGTCACGTAAAC
* * *
791 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTTATAATTAATTTTCAG-TAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
* * * ** *
855 TTTTTATATTATTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTTGAAAATGTGAAGAGAAAG
66 GTTTTAAATTATTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * * * **
920 CT-ATTTATTCGTAAGAAAAGT-CATTTATTGTCACCTATACCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGC
131 -TAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCA-ACATTTCGAAAGCCTTAATAATCAC
* * * *
982 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTCAGTTAAAAC
193 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTATCAATGAAAAC
*
1047 AGATTATATTTAAATGTCTACCTCA
258 AGATTATAATTAAATGTCTACCTCA
1072 AGAAACATAT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 39, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
297 2 0.01
298 177 0.74
299 59 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (299 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
GTTTTAAATTATTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG
TAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCAACATTTCGAAAGCCTTAATAATCACTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTATCAATGAAAACAGA
TTATAATTAAATGTCTACCTCATTTATAGTCACGTAAAC
Found at i:1405 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 772--1506 Score: 754
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
762 ATGTCTACCT
* * * * *
772 CATTTATAGTCACGT-AAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTTAT
1 CATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCAT
*** * * * ** *
836 AATTAATTTTCAG-TAAATTTTTTTATA-TTATTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAT
64 AATCGCTTTTAAGTTGAACTACTTTACACTT-TT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAT
* ** * * * * *
898 CTTTGAAAATGTGAAGAGAAAGCTATTTATTCGTAAGAAAAGTCATTTATTGTCACCTATACCTT
127 CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTACTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCTATACCTT
* * * * * *
963 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTATT
192 CGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATAGTTTAAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATT
* * * *
1028 TTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGTCA
257 TTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATACTTAAATGTCTACCTCAAAAAACATAGAGAAAAAGCCA
* *
1093 TTCATTAACAACAAAAGTC
322 TACATTAACAACAAAACTC
*
1112 CATTTATAGTCGCTCAAGCCTTC-AAACGCCTTATT-TCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTATCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCATA
*
1175 ATCGCTTTTAAGTTGAACTACTTTACACTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTTCCT
65 ATCGCTTTTAAGTTGAACTACTTTACACTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAT-CT
* *
1239 TGGAAAACATGAAGAAAAA-ATCATTTACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-ATGCCT
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTTACTAGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCAC-CTATACCT
* * * * *
1302 TCGAAAGGATTATTTCTCAGC-TTAACTAGTTTAAAAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTT
191 TCGAAAGCATTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTAAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTA
* ** * * * *
1366 TTTTACATATTT-GGTTAAAGTATATTATACTTGAATGTCTACCTCAAAAAACCTGGAGAAAAAG
255 TTTTACAT-TTTCAGTTAAAACAGATTATACTTAAATGTCTACCTCAAAAAACATAGAGAAAAAG
*** *
1430 CCATACATTGGTAAGAAAACTC
319 CCATACATTAACAACAAAACTC
* * * * *
1452 TATTTATAGTCATTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TCGCTCTAAATGGTTTTA
1507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 59, Indels: 26
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 37 0.11
339 72 0.22
340 187 0.58
341 9 0.03
342 17 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCATAA
TCGCTTTTAAGTTGAACTACTTTACACTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTG
GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTACTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAA
AGCATTATTACTAGCTTTAAATAGTTTAAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTAC
ATTTTCAGTTAAAACAGATTATACTTAAATGTCTACCTCAAAAAACATAGAGAAAAAGCCATACA
TTAACAACAAAACTC
Found at i:1428 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 772--1506 Score: 541
Period size: 169 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
762 ATGTCTACCT
* ** * * *
772 CATTTATAGTCACGTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATCTTATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGC-TTAAATAGTTTTAAAATCTCATA
* * * * *
837 ATTAATTTTCAG-TAAATTTTTTTATATTATTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCT
64 ATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATT-TT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
*** ** * * * * ***
900 TTGAAAATGTGAAG-AGAAAGCTATTTATTCGTAAGAAAAGT-
127 CAAAAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCACTAACAAGAAAAGTC
* * * * * *
941 CATTTATTGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGC-TTAAATAGTTTTAAAATCTCATA
* * * *
1006 ATTTATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTCAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTC
64 ATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
1071 AAGAAACAT-ATAGAAAAAGTCATTCATTAACAACAAAAGTC
128 AAAAAACATGA-AGAAAAAATCATTCACTAACAAGAAAAGTC
* * *
1112 CATTTATAGTCGCTCAAGCCTTC-AAACGCCTTA-TT-TCGCTCTAAATGGTTTTAAAATCTCAT
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAA-GCCTTATTTCTCGCT-TAAATAGTTTTAAAATCTCAT
* * * * * * *
1174 AATCGCTTTTAAGTTGAACTACTTTACACTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
63 AATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
*** * *
1239 TGGAAAACATGAAGAAAAAATCATTTACTAGCAAGAAAAGTC
127 CAAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCACTAACAAGAAAAGTC
** * * *
1281 CATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGGATTATTTCTCAGCTTAACTAGTTTAAAAATCTCATG
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTC-GCTTAAATAGTTTTAAAATCTCATA
* * * * *
1346 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAGTATATTATACTTGAATGTCTACCTC
64 ATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACAT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * * *** *
1411 AAAAAACCTGGAGAAAAAGCCATACATTGGTAAGAAAACTC
128 AAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCACTAACAAGAAAAGTC
* ** * * * *
1452 TATTTATAGTCATTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGC-TTAAATAGTTTTA
1507 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 104, Indels: 34
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 197 0.44
170 77 0.17
171 165 0.37
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
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CATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAA
AAACATGAAGAAAAAATCATTCACTAACAAGAAAAGTC
Found at i:1925 original size:172 final size:162
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Indices: 1717--2035 Score: 304
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
1707 TCTCATAGCA
* * * *
1717 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTCAGTTAAAATA-GATTGTAAATGAATGTTTGCCTTG
1 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGGATT-TAAATAAATGTTTGCCTCG
* ** * * **
1781 GTAGCCATAAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTGA-AGCCTTT
65 ATAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATA-CCTTT
1844 AAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAGAATT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTT----------TATAATCTCAGAATT
* * * *
1889 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTT-AGTTAAAACAGGCTTTGATTAAATGTTTGCCTCG
1 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTTTCAGTTAAAACAGGATTTAAATAAATGTTTGCCTCG
* * * * *
1953 ATAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGAGAAGCAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTTGA
65 ATAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTTAA
2018 AAGCCTTATTACTCGCTT
130 AAGCCTTATTACTCGCTT
2036 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
172 112 0.91
173 8 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (162 bp):
GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGGATTTAAATAAATGTTTGCCTCGA
TAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTTAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTATAATCTCAGAATT
Found at i:2227 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2050--3938 Score: 1133
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
2040 NNNNNNTATG
* *
2050 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
2115 TTTATCTTAGGAAACGTGAACCAAAAGCCGTCTAATGACAAAAAAATTTCATTTATAGTCACTCA
66 TCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTAATGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTCA
*
2180 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
130 AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2221 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTGTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * *
2285 GTCTA-CTTTGAAAAACATGAAACAAAAGCCATC-AATTGGCACA-ACAAGTCCTTTATA-TCCA
65 GTCTATCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCTAA-TGACA-AGAAAATTCATTTATAGT-CA
** * *
2346 CTCAAGTTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
126 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2391 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT-ATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG--AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * *
2455 TGTCTATCTTAGGAAATATGAAGCAAAAACTAT-TCATTAGACTCAGAAAGACTGGC-TATTAT-
64 TGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT-AAT-GAC-AAGAAA-A-T-TCAT-TTATA
* * * * * *
2517 CTCA-GC-ATCC-TC--AA-CCGGTGGATTCCACGTCGGTTTAACTATTTATGTTTGTCATGA
122 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC--T-TATT--AC-TCGCTTTAA--A--T-GGTTT-T-AT-A
* * * *
2574 TCTATCTCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTACATTTTTG-TTACAATATATTATAATT
1 ---A--TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
* * * *
2638 CAATGTCTAT-TTCAGGAAACATGAAAG-AAAAGCCATCTACT-AGCAAGAAAAGTCCTTT-TA-
61 GAATGTCTATCTT-AGGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCTAATGA-CAAGAAAATTCATTTATAG
* * *
2698 T-AGTC-A--C-T--AAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
123 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
2739 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTT-TATTTTGGATTACAACAGATTATATTTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
2803 GTCCACCTT-GAGAAATATGTAGAAAAAGCCATTTATTAACAA-AGAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 GTCTATCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCTAATGACAAGA-AAATTC-ATTTATAGTCAC
*
2866 TCAAGCCTTC-AAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAA
127 TCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2910 ATCTCATAATTGCTTTTAAGTTAAACTATTTTACACTTTTGGTTCAAAA-ATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * *
2974 GTTTTTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCAT-TCACT-AGCAAGAAAATTCTATTTTTAGTCA-
65 GTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT-AATGA-CAAGAAAATTC-ATTTATAGTCAC
* ** * * * *
3036 TACATA-CCTTTGAAAGTATTATTTCTCAC-TTAACTGGTTTTAAA
127 T-CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
3080 ATCTCATAATTGATTTTAATTTG-ATATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATACTTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
3144 GTCTACCTCAAGACACCT-AGAGCAAAAGTCATAC-ACTGGCAAGAAAACTCAATTTATAGTCAT
65 GTCTATCTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCAT-CTAATGACAAGAAAATTC-ATTTATAGTCAC
* * *
3207 TTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAATCGTTTTAAATGGTTTTATA
127 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3251 ATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGAATATAATTGGA
1 ATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
3314 TGTCTGT-TTGGGAAATATGAAGCGAAAGCCATC-CATTAGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 TGTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTAATGA-CAAG-AAAATTCATTTATAGTCAC
* ** * * *
3377 TAAAGCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAGTGGTTTTATA
127 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3421 GTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAAATGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** * * * *
3484 GTTTACCTTAGGAGCCATGAAGCAAAAGCGAT-TCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
65 GTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT-A-ATGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCAC
* * * *
3547 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTATA
127 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3591 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA-AGTTTTAATTGAA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA-TTATAATTGAA
* * * ** *
3655 TGT-TTTCCT-CGATAA-ATGTTAAG-AGAAAGCCATTCCT--TGGGAAGAAAAGTACATTTATA
64 TGTCTATCTTAGGA-AACATG--AAGCA-AAAGCCA-T-CTAATGACAAGAAAA-TTCATTTATA
* * * * *
3714 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATG
122 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3763 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTGTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* ** * * * * * * * * *
3827 GTTTGCCATAGAAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTTGA-TAG-AAATGTCCATTTATATTTAC
65 GTCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTA-ATGACAAGAAAAT-T-CATTTATAGTCAC
* ** * *
3890 TCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
127 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
3934 ATCTC
1 ATCTC
3939 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 260, Indels: 240
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
160 34 0.03
161 54 0.04
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* * * * * *
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* *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
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** * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTAGTT-AAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
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* ** * * *
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** * * *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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1 ATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * **
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* ** * ** *
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* * * * *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * ** * * * * *
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* * *
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127 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
3591 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACA-AGTTTTAATTGA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATA--TTTTAGTTAAAATATA-TTATAATTGA
* * * * * * ** *
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* * ** * *
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* * *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * * * * * * * *
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* ** * **
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3939 NNNNNNNNNN
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GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
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* * * * *
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** * *
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** * * * ** * * **
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** * * * ** * ** * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * **
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* * **
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * ** * * *
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1 TATAATTGAATGTCTGTTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** *
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323 TTTGGTTAAAACAGA-A
* ** ** * * * * * *
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1 TATAATTGAATGTCTGTT--T-GGGAAACATAAAGAAAAAGCCA-TCCACTAGCAAGAAAAGTCC
** * ** * * ** * * **
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* * * **
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127 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAATGAATGTCTACCTCA
* * * * * * * ** * * * *
3835 TAGAAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTTG-ATAGAAATGTCCATTTATATTTACTCATGCCTT
191 -AG-AACCATGAAGCAAAAGCGATACACTGGCA-AGAAAACTCAATTTATAGTCACTCAAGCC-T
* * *
3899 TAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
252 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
3939 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATGAAGCAAAAGCGATACACTGGCAAGAAAACTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTAAGTTAAACTATTTTACACTTTT
GGTTAAAACAGAA
Found at i:5378 original size:22 final size:22
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**
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1 AAAGAAAGGAGAGGAAAGGAAG
*
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1 AAAGAAAGGAGAGGAAAGGAAG
5418 AAA
1 AAA
5421 ATAGGAAGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:5389 original size:17 final size:17
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* *
5354 AAGAAACAAGAGGAAAGG
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*
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Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:8053 original size:170 final size:169
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7865 AAGCATTCTC
* * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * * * ** *
8108 TAAAACAGATTATAATTAAATTTCTGCCTTAGGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATA
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* *
8173 AAAGTCCATTTATA-TCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
129 AAAGTCCATTTATAGT-CACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
8214 ACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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** * * * * * * *
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9351 GAAATGTCCATTTATAGACACTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATT
** * * * *
9394 ACTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-ATGTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTAT
* * * * * * * * * * * *
9458 TAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTGCATTAGGAACTATGAAGAAGAAGCCATTCAGTGGTAAGG
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGCAAGA
* * * * *
9523 AAAGCCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
129 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATT
* * *
9564 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTGTT-AGTTGAATTTTTTTATATTGTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTA
* * * * *
9628 TTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTCTA-AAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTAG-AG
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCA-
* * * * * *
9691 GGATAAG--CATGATTATATTCACTCATGCCTTT-GAAAGCATTATC
126 AGAAAAGTCCAT--TTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
9735 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTATTGATTTTAAGTTG-ATATTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTT-A
* * * * * * ***
9799 TTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAAATCCATACATTGGTTGC
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAG-
* * *
9864 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTTT-AAAAGCCTTATT
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCTTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
9906 ACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAGAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-T
* * * * * ** * * *
9970 TAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGCCTCGGGAACCATGAGGAAAAAGCCATTTATTGGCAATA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGA
* * * *
10035 AAACTCCATTTATAGCCACCCAAGGC-TTCAAAAGCCTTATT
129 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCTTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * *
10076 ACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTATATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAT
* * * ** *
10141 TAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAA-
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGCAAG
* * *
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128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
10246 AGTCAG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATA-TTTTCT
1 ACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAT
* * * * ** * * *
10308 TAAAA-ATGATGATAATTGAATGTCTCCCTTAGGAACCATGAAGAAACAGCCATTTATTGAAAAG
65 TAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAG
* * *
10372 AAACAG-CTATTTATAGTC-GTCCAAGCTTTCGAAAGCCTTACT
128 AAA-AGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCTTTCGAAAGCCTTATT
* ** *
10414 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAGGATTTTAA-AT-AATATTTTTTATATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTA-
* * * * * ** * * * * * * *
10477 TTAAAATAAATTATAACTAAATGTTTGTCTTA-AGAAATGTGAGGTAAAAGCCATCCGTTGGAGA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-A
* * * * * *
10541 GAAAAGTCTAATTACAGTCACTCATA-CCTCCGAAAGCATTATT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTCGAAAGCCTTATT
** * * * * *
10584 ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATGTCATTATTGAGTTTAAATTGATTTCTTTTTATATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTA-
* * * * * * * * * *
10649 TTGAAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAGAAGCCATACATTATCAAC
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAG
* * *
10714 AAAAGTCTATTTATAGTCA-TCAAACTTTAGAAAGCCTTATT
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* * * * *
10755 ACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AT
* ** * ** * *
10820 TAAAATAGATTATAATTGAATGT-TCACCTTGGGAACCAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAT
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* * * *
10884 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTT-GAACGCCTTCTT
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* * * * * *
10926 ACTCGCCTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTATACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTT-A
* * * * * * * * *
10991 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTAAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGAGA
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** * * * * * **
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* * * *
11098 ACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-T
* * * * * * * *
11163 TCAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCCTCA-ATAAACATAAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGAGA
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * ** * *
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* *
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* **
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* * * * * *
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** * * * ** * *
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* ** * * * * *
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** ** ** *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * * ** * * * * *
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* * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* **
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * *
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* **
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1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTAT
* ** * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 ACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTA
* * * * * * *
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* * * * * **
13615 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCATACAAAAGTATTAGTT
126 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTA-TT
* *
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* * *
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*
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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CATTAGCAACAAAAGTCTCAAGGTTTA
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* * * * * * *
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*
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AGAAGTTT
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** * * * * *
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* * *
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* **
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AGAAGTTT
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * **
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* * * **
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * * * ** * *
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*
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321 AACATGAAGCAAAAGCCAT-CT
* * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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*
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** ** * * * ** * * * * * *
28140 CATTGGA-GTGAAAACCCCAATTACAATTGCGCATA-CATTCTATAGCATTATTACTCACTTTAA
1 -ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
28203 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATATTTGTAGTTAAAATATATT
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* * *
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128 ATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * **
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* * * **
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258 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
*
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321 AACATGAAGCAAAAGCCATCT
* * *
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* * * * * *
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* * * * *
28738 GACTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCTT-GA
256 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
*
28802 GAAACATGAAG-ACAAAGGCATCT
319 GAAACATGAAGCA-AAAGCCATCT
* * ** * ** * * * *
28825 TTTGAAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCATTCATCCCTTCGAAAGCGTTATTATTCACTTTAAATA
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *** * * * * *
28890 TTTTTATAATCTTGCAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTATTTTTGATTAAAATATAGTATA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATA
* * *
28955 ATTGAATATCTA-TATT-GGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCACA-TAAAGTCCATT
131 ATTGAATGTCTACT-TTAGGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * *
29016 TATAGTGACACAAGCCTTCGAAAGTCTTATTATTTGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTG
192 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
29081 ATTTTAACTTGAATAGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCTGCCATAAGA
257 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
* ** *
29146 AACATGAAGAAAAAATCATCC
321 AACATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * * * * * * *
29167 ATTGTCAAGAAAAGTCTATTTGTAGCCATTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAAGG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
29232 GTTTTAAAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATATGTGGCT-AAAC-TAGGTT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACATA--TT
* * * * * *** * * * * *
29295 ATAATTGAAAGTCTGC-CTACGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATTCGTAGGAAAATTTCATTT
128 ATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
29359 ATGGTCAGC-CATTG-CTTCGTAAGCCTTATTACTTGGTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATC
193 ATAGTCA-CTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * *
29422 GATTTTAACTTGAACTTTTTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATATAGCATAATTCAATGTTTA-T
256 GATTTTAAGTTGAA------TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
29486 TTCAAG-AACGTCAAGCAAAAGCCATCT
315 TT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * * * * * *
29513 ACTAATAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
29578 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TGTTTT-GTTAAAATATATAA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TAT-TTTTGGTTAAAACATATTA
* * * *
29641 TAATTAAATGTCTA-TCTTAGGAAACACGAAGCAAAAGCCA-TCTATT-GGAGAGAAAAGTTCAT
129 TAATTGAATGTCTACT-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCA-AGAAAAGTCCAT
* * * *
29703 TTACAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
191 TTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
29767 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAGATTGTTGGTTAAAATA-ATTTATAATTGAATG-CTAGCC-T
255 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGTCTA-CCTT
* *
29829 AGAGAAACA-GAAAGCAAAAGCTATCC
317 AG-GAAACATG-AAGCAAAAGCCATCT
* * * * * * *
29855 ATTGACACGAAAGGTCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGTTTTGAATG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
*
29920 GTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTT-AAACTATATTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-ATATTAT
* * * *
29983 AATTGAATGTCTAAC-TTAGGAAACGTGAATCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
130 AATTGAATGTCT-ACTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * ** * *
30047 TAGTCA-TCGATTCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTCA
194 TAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** *
30111 TTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCGGTTAAAATATATTACGATTGAATGTCTA-CTTTGAGA
258 TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GA
30175 AACATGAAGCAAAAGCCATCT
321 AACATGAAGCAAAAGCCATCT
* * * * * *
30196 ATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
30261 GTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGT-TTAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-TATTAT
* * * * ** * * * *
30325 ATTTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATTTAT
130 AATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * *
30390 A-TTAGC-CATTCTTTTGTAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGAT
195 AGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * ***
30453 TTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTGTTTTAGGAAA
259 TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
*
30518 CATGAAGTAAAAGCCATCT
323 CATGAAGCAAAAGCCATCT
30537 A
1 A
30538 CTAGTTGTAA
Statistics
Matches: 2725, Mismatches: 573, Indels: 242
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 28 0.01
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339 6 0.00
340 31 0.01
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342 1108 0.41
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344 5 0.00
345 26 0.01
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347 37 0.01
348 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATA
ATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
GAAGCAAAAGCCATCT
Found at i:32870 original size:233 final size:232
Alignment explanation
Indices: 32407--34507 Score: 1707
Period size: 232 Copynumber: 9.1 Consensus size: 232
32397 CAATCACAAA
* * * * * *
32407 CAATATTATGATATATAATTCATTAATAATCCTATAACTAATTATAAACT-AAAAGTAAA-TCAA
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TAAAAAATAAATTGAA
* * * *
32470 ATGCTTTCTTGTT-TTAGGTTAAAATC-TATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACCTTAAAT
65 A-GCTTTGTTGTTATT-GGTTAAAA-CATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAAT
* * * ** * * * * * * * *
32533 AGATGCCATCCATTGAGAAGGAAACAGAATTTTAAGTTAATAATGCGTTTGAAAGCTTGTAATGG
127 GGATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTG
* * *
32598 TTTATTAATGAATAATTATTATTTGGATAACATATTATCAT
192 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
** * * ** ** *
32639 CAATACCATGATATATAGCTT-GTTTATAATCTTATAAATGATTGCAAATCGAATATAAATTGAA
1 CAATATTATGATATATA-ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAA
*
32703 AGCTTTATTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGA
65 AGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGA
* * *
32768 TGCTAT-CATTTGACAAAAAAAAGAGGATTTTAAATTTATCATACCTCTGAAAGCTTGAAATTGT
130 TGCTATCCA-TTGAC-AAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTGT
* * * *
32832 TTATTAATGAATAATTATTATTTTGATGACAAATTATCAT
193 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
* * * * ***
32872 TAATATTATGATACATAATTCATTTATAATCTTAT-AA-GATTATGAAA-AGAAAATGAACCAAA
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT-AAATAAAAAATAAATTGAA
* ** * * * *
32934 AGCTTTGTTGTTCTTACTT-AAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAATAGA
65 AGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGA
* **
32998 TGCTATTCATTGACATGAAAAGAGCA-TTTAAAGTTTATCA-GACCTTTGAGAA-CTTGAAA-TG
130 TGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAA-TTTATCATG-CCTTTGA-AAGCTTGAAATTG
* * * * * *
33059 CTTGATCAATGAGTAATTATCATTTTGATATCATTTTTTTTAT
192 -TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA-TATTATCAT
* * * ** *
33102 CAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCTTTTAGATGATTATAAATCTAAAATAGATTGAAA
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAAA
* * ** **
33167 TCTTTGTTGTTCTTAATTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA-ATGTGATGCGA
66 GCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATG-G-
* * ** * * *
33230 ATGCTATCCATGGACAAGAAAAGAGCATTTTAGGTTTACCAGGCC-TTCAATAGCTTGAAATTGT
129 ATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAA-AGCTTGAAATTGT
** * * *
33294 TTATCAACAAATAATTATCATTTTGGTAATATATTACCAT
193 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
** * * * **
33334 CAATATTATGATATATAATTCATTT-TGAATCTTACCAATGATTACAAA-ATGAAAATAACTCCA
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTAT-AATCTTATAAATGATTATAAATA-AAAAATAAATTGA
* * * * * * * *
33397 AAGCTTTATTGTTCA-TGGTTTAAACCTAACATAATTGCATGTTTGCTTTGTGAAACGTGAAATG
64 AAGCTTTGTTGTT-ATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATG
** * * * *
33461 GATGCTATTTATTGACAAAAGAAGACCA-TTTAAAGTTTATCATGCCTTAGAATGCTTGAAA-TG
128 GATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAA-TTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTG
** * *
33524 ATTTATCAGCGAATATTTATCTTTTTGATAACATATTATCAT
192 -TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
* * * * * *
33566 CAATATTTTGATATATAATTCATTTTTAATCTTTTAAATGATTATAAATCAAAAATAAAATGATA
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAAA
** * *
33631 GAATTGTTGTTCA-TGGTTAAAACCA-ATCATAATTAGATGTTTGCATTGGG-AACGA-GAAGTG
66 GCTTTGTTGTT-ATTGGTTAAAA-CATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC-ATGAAATG
* ** * *
33692 GTTGCTATCCATTGACAAGTAAAGAGCAATTTAAATTTATCATGCCTTTG-AAGACTTGAAATGG
128 GATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAG-CTTGAAATTG
* * *
33756 TTTAGCAAGGAATAATTATCATTTTCAT-A-ATATTATCAT
192 TTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
* * * * * ***
33795 CTATATTATG-CATCTAATTCATTTATAATCTTATAAATAATTATAAATAAAAAATAAATAGTTT
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAAA
* * * *
33859 GCTTTGTTGTTATTGGATAAAACCTGTCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAAG-AA--G-T
66 GCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
* * * * * *
33920 GCCATCCATTGACAAGAAAAGAGCACTTTAAGTTCATCATGCCTTCAT-AAA-CTTG-AATTGGT
131 GCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTT--TGAAAGCTTGAAATTGTT
** *
33982 TATCAACAAATAATTATCAATTTGATAACATATTATCAT
194 TATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
* * * *
34021 TAATATTATGATATATATAATTCATTTATAATTTTATAAATGACTATAAATAAAAAATAAATAGA
1 CAATATTATG--ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGA
* * * * * * ** **
34086 AAGCTTTATTGTTATTGGTTAAAAGC-TTTCATAATTAGATGTTTGTAATAGGAAATGTGAGGTG
64 AAGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAA-CATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATG
* * * * * *
34150 GTTGCTATTCATTGACAAAAAAAGAGCA-TTTAAAGCTTATCGTGCCTTTAAAAACTTGAAA-TG
128 GATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAA-TTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTG
* * *
34213 CTTTATCAAT-AATTAATTATC-CTTTGACAGCATATTATCAT
192 -TTTATCAATGAA-TAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
* * * * *
34254 CAATATTTTGATACATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTGTAAATTAAAAATAAATTGAAG
1 CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAAA
* ** * * * * * * * *
34319 GCTTTCTTGTTCCTAGTTAAGACATATCATAATTGAATATTTACATT-GAAAACGTGAAGTGGAT
66 GCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
* * ** * * * *
34383 GCTATCCATTGACAACAAAATAGCATTTTAGGTTTATCATACCTTCGATAGCTTG-AATGGTTTA
131 GCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTGTTTA
* *** * * **
34447 TTAGCAAATAGTTATCATTTTGTTAACATGCTATCAT
196 TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
*
34484 CAATATTATGATATATAAGTCATT
1 CAATATTATGATATATAATTCATT
34508 CTTAGAAACA
Statistics
Matches: 1487, Mismatches: 313, Indels: 140
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
224 26 0.02
225 46 0.03
226 19 0.01
227 5 0.00
228 94 0.06
229 183 0.12
230 184 0.12
231 209 0.14
232 418 0.28
233 274 0.18
234 29 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
CAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTGAAA
GCTTTGTTGTTATTGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATGGAT
GCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTTGAAAGCTTGAAATTGTTTA
TCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT
Found at i:34801 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 34567--34829 Score: 481
Period size: 131 Copynumber: 2.0 Consensus size: 131
34557 TCCATAATTG
* *
34567 GATGTTTTAATTGGGAAACGCAAAGGGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGAAGATTTGAGGTTT
1 GATGTTTTAATTAGGAAACGCAAAAGGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGAAGATTTGAGGTTT
34632 ATGATGCCTTTGAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATGATTACTTATCATTCCGATAACATATTTTC
66 ATGATGCCTTTGAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATGATTACTTATCATTCCGATAACATATTTTC
34697 A
131 A
*
34698 GATGTTTTAATTAGGAAATGCAAAAGGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGAAGATTTGAGGTTT
1 GATGTTTTAATTAGGAAACGCAAAAGGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGAAGATTTGAGGTTT
**
34763 ATGATGCCTTTGAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATGATTACTTATCATTTTGATAACATATTTTC
66 ATGATGCCTTTGAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATGATTACTTATCATTCCGATAACATATTTTC
34828 A
131 A
34829 G
1 G
34830 CAATAATGCG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 127 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (131 bp):
GATGTTTTAATTAGGAAACGCAAAAGGGATGCTATCCTTTGACAAGAAAAGAAGATTTGAGGTTT
ATGATGCCTTTGAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATGATTACTTATCATTCCGATAACATATTTTC
A
Found at i:35379 original size:232 final size:232
Alignment explanation
Indices: 34759--35578 Score: 677
Period size: 232 Copynumber: 3.5 Consensus size: 232
34749 AAGATTTGAG
** *
34759 GTTTATGATGCCTTT-GAAAGCTTGAGTTGGTTTATCAATG-ATTACTTATCATTTTGATAACAT
1 GTTTATGATG-CTTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAATACTTATCATTTTGATAACAT
* * * ** * * * *
34822 ATTTTCAGCAATAATGCGATATATAATTCATTTATAATCTTAT-ATTGATTATAAATAAAAAATG
65 ATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATCAATTAAAAATA
* *
34886 AATCAAAAACTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACCTATCATAATTGGATACTTGCATTAAAAAACATG
130 AATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACCTATCATAATTGAATACTTGCATTAAAAAACATG
*
34951 ACGTGGATGCTTTCAAATGATGAGAAAATAGCATTTTAA
195 ACGTGAATGCTTTC-AATGATGAGAAAATAGCATTTTAA
* * * * * * *
34990 GTTTATCATGCCTTCAAAAGCTT-AAATGGTTTATCAA-CAAATAATTTATCATTTGGATAAAAT
1 GTTTATGATGCTTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAAT-ACTTATCATTTTGATAACAT
* * * * *
35053 ATTATAATCGATATTCTGAAATGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-CGAATTAAAAAT
65 ATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATC-AATTAAAAAT
* * * ** **
35117 AAATCGAAAGCTTTGTTGGTCTTAGTTAAAACCT-TCTCTAATTGAATGTTTGCATTGGAAAACA
129 AAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACCTATC-ATAATTGAATACTTGCATTAAAAAACA
* *
35181 TGAAC-TGAATG-TTAGTC-TTGGA-GAAGTAAAA-AGGATTTTAA
193 TG-ACGTGAATGCTT--TCAAT-GATG-AG-AAAATAGCATTTTAA
* * *
35222 GTTTATGATGCTTTCGATAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAACTA-TTATCATTTTCATAACATA
1 GTTTATGATGCTTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAATACTTATCATTTTGATAACATA
* * * *
35286 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTAATAATCTTATAACT-ATTTATCAATTGAAAGTA
66 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGA-TTATCAATTAAAAATA
* * * * ** * ** ** * * *
35350 AATCTAATGCTTTCTTGTTCTTGGTTAAAATTTATCATAATT-ATGTGTTTGTGTTGAGAAACTT
130 AATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACCTATCATAATTGA-ATACTTGCATTAAAAAACAT
* * * * * ** *
35414 GACGT-AGATTCTATCCACTGA-GAAGGAAAGAAAATTTGAA
194 GACGTGA-ATGCT-TTCAATGATG-AGAAAATAGCATTTTAA
* * * * * * *
35454 GTTTCTAATGCATTAGAAAGCTTGTAACGGTTTATCAATG-AATAGTTATCATTTTGATAACATA
1 GTTTATGATGCTTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAATACTTATCATTTTGATAACATA
* * * * *
35518 TTATCGTCAATACTATGATATATAACTCTTTTATAATCTTATAAATGATTATAAATTAAAA
66 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATCAATTAAAA
35579 GCATTATTGT
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 91, Indels: 51
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
230 17 0.04
231 84 0.18
232 338 0.72
233 29 0.06
234 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (232 bp):
GTTTATGATGCTTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAATACTTATCATTTTGATAACATA
TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATCAATTAAAAATAA
ATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACCTATCATAATTGAATACTTGCATTAAAAAACATGA
CGTGAATGCTTTCAATGATGAGAAAATAGCATTTTAA
Found at i:36946 original size:231 final size:228
Alignment explanation
Indices: 36681--37200 Score: 598
Period size: 231 Copynumber: 2.3 Consensus size: 228
36671 GGATTTTATG
* * *
36681 TTTATCATTCCTATGAAAGCTTGAAATTGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAAATT
1 TTTATCATACCT-TAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAAATT
**
36746 ATCATTGATATTATGAAATATAATTCATTTATAATCGTATACATGATTATAAATCAAAAATAAAT
65 ATCATCAATATTATGAAATATAATTCATTTATAATCGTATA-ATGATTATAAATCAAAAATAAAT
* * * * * * **
36811 TAATAGCTTTATTTTTCTTAGTTAAACCTTATCATTATTAGATGTTTGCAGTT-GGAAATGAGAA
129 CAAAAGCTCTATTGTTCTCAGTTAAACC-TATCATAATTAGATGTTTGCA-TTAAAAAATGAGAA
* *
36875 -TGGATGCTATCCAATGACAAGGAAAG-GACATTTAAAA
192 GTGGATGCTATCCAATAACAAGAAAAGAG-CA-TTAAAA
* * * * *
36912 TTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATTGAA-ACTTATCATTTCGATAAGATAT
1 TTTATCATACCTT-AAAAGCTTGAAATGGTTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACAAAT
* * ** *
36976 TATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAATGATTATAAATTGAAAATGAAT
64 TATCATCAATATTATGAAATATAATTCATTTATAATCGTATAATGATTATAAATCAAAAATAAAT
* * * * *
37041 CAAAAGCTCTGTTGTTCTCAGTTAAATCTATCATAATTGGATGTTTGTATTAAAAAATGTGAAGT
129 CAAAAGCTCTATTGTTCTCAGTTAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAAAAAATGAGAAGT
* * *
37106 GGATGCTATTCATTAACAAGAAAAGAGCATTAAAG
194 GGATGCTATCCAATAACAAGAAAAGAGCATTAAAA
** * *
37141 TTTATCATACCTTTGAAGACTTGAAATGCTTTATCAATTAATAATTATCATTTTGATAAC
1 TTTATCATACCTTAAAAG-CTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAAC
37201 CTATTTTCAT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 40, Indels: 16
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
228 8 0.03
229 75 0.31
230 66 0.27
231 89 0.37
232 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (228 bp):
TTTATCATACCTTAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAAATTA
TCATCAATATTATGAAATATAATTCATTTATAATCGTATAATGATTATAAATCAAAAATAAATCA
AAAGCTCTATTGTTCTCAGTTAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTAAAAAATGAGAAGTGG
ATGCTATCCAATAACAAGAAAAGAGCATTAAAA
Found at i:39677 original size:225 final size:223
Alignment explanation
Indices: 38921--39901 Score: 711
Period size: 221 Copynumber: 4.3 Consensus size: 223
38911 CGAAAGTTCA
* * * *
38921 AAATGATTTATCAA-TGAATAATTATGATTTTGATAATATATTATTATCAATATTATGATGTATA
1 AAATGATTTAT-AAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATA
* * * * ** *
38985 ATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAATAAATCAAAAGTTTCAGTGTTCT
65 ATTCATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAA-C---------TC-AAAGCTTCATTACTCA
* * * * ** ** * * *
39050 TGGTTGAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAACAAGAACT-AGATACTATCCATTGA
119 TGGTTTAAACCTATCATAATTGAATATTTGCATTGGGAAACATCAAATGA-ATGCTATTCATTGA
** * *
39114 CAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATTATGCCTTTGAAAACTTG
183 CAAGAAAAGA-CCGTTTAAGTTTATCATG-CTTTGAAAGCTTG
* * * * ** * *
39157 AAATGCTTTATCAA-TGAGTAGTTATCATTTTGCTATGATATTTTCATGAATATTATGATATAAT
1 AAATGATTTAT-AAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATAT-A-
* * * * * * ** * * * * *
39221 TCATTTATAGTCTTTTA-AATGATTATAAATCAAAAATGAATTGAAAGCTTTGATGT--TCTTGG
63 TAATTCAT--TCATTGATAAT-CTTATAAAT-GATTATAAACTCAAAGC-TTCAT-TACTCATGG
* * * * * * *
39283 TTCAAACCTATTATAATTTG-ATGTTTGAATTGGGAAACAT-AGAGTGGA--CTATATCTATAGA
122 TTTAAACCTATCATAA-TTGAATATTTGCATTGGGAAACATCA-AATGAATGCTAT-TC-ATTGA
* *
39344 CAAGAAAAGA-GGATCTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTGG
183 CAAGAAAAGACCG-T-TTAAGTTTATCATG-CTTTGAAAGCTTG
* * * *
39387 AAATGGTTTATAAAG-GAATAATTATCATTTTGACAACATATTATCATCAATATTATCACATATA
1 AAATGATTTAT-AAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATA
* * *
39451 ATTCATTCATTGATGATCTTATAGATGATTATAAA-TCCAAATCTTCATTACTCATGGTTTAAAC
65 ATTCATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAACT-CAAAGCTTCATTACTCATGGTTTAAAC
* * *
39515 CTATCATAATTGAA-AGTTTGCATTTGGAAACATGAAATGTATGCTATTCATTGACAAGAAAAGA
129 CTATCATAATTGAATA-TTTGCATTGGGAAACATCAAATGAATGCTATTCATTGACAAGAAAAGA
* ** *
39579 CTGTTTAAGGTTTATCATGTCTACGAAAGCTTA
193 CCGTTTAA-GTTTATCATG-CTTTGAAAGCTTG
* * *
39612 AAATGATTTATTAGTGAATAATCATCATTTTGATAGCATATTATCATCAATATTATGATATAT-A
1 AAATGATTTATAAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAA
* * **
39676 ---ATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAACTGAAAGCTTTATTGTTCATGGTTTAAACCT
66 TTCATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAACTCAAAGCTTCATTACTCATGGTTTAAACCT
* * * *
39738 ATCATCATTGAATATTTGCATTGGGAAACGTCAAATGAATGCTATTCATTAACAAGAAAAGACCA
131 ATCATAATTGAATATTTGCATTGGGAAACATCAAATGAATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCG
*
39803 TTTAAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTTG
196 TTT-AAGTTTATCATGC-TTTGAAAGCTTG
* * * * *
39833 AAATTATTTATCAGTGTATAATTATCATTTTGATAACACATTGTCATCAATATTATGATATATAA
1 AAATGATTTATAAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAA
39898 TTCA
66 TTCA
39902 CTTATAACCT
Statistics
Matches: 595, Mismatches: 114, Indels: 83
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
220 1 0.00
221 185 0.31
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223 1 0.00
224 15 0.03
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228 10 0.02
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238 6 0.01
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240 14 0.02
241 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (223 bp):
AAATGATTTATAAGTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAA
TTCATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAACTCAAAGCTTCATTACTCATGGTTTAAACCT
ATCATAATTGAATATTTGCATTGGGAAACATCAAATGAATGCTATTCATTGACAAGAAAAGACCG
TTTAAGTTTATCATGCTTTGAAAGCTTG
Found at i:40643 original size:243 final size:243
Alignment explanation
Indices: 39776--41805 Score: 1217
Period size: 232 Copynumber: 8.6 Consensus size: 243
39766 CGTCAAATGA
* * * **
39776 ATGCTATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTTGAAATTATT
1 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGTT
**** * * *
39841 TATCAGTGTATAATTATCATTTTGATAACACATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCACTTA
66 TATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * * * *
39906 TAACCTTATAAATTATCATAAAT-GAAAAATAAATAAAAAATAAATCAATAACTTTGTTGTTCTA
131 TAATCTTATAAATGATTATAAATCG-AAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTT
* * * ** * * *
39970 AGTTAAAACCAATCATAATTAAATGTTAACATTGGGAAACGAGAAGTGG
195 AGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATGGAAAACTAGAAGTGG
* * ** **
40019 ATGTTATCCGTTGACAAGTAAATA-ACGTTTTAAA-TTTATCATGCATTTGAAAGCTACAAATGG
1 ATGCTATCCATTGACAAG-AAA-AGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGG
* *
40082 TTTATCAA-AGAATAATT-TGTCATTTTGATCACATATTGTCATCAATATTATGATATCTAATTC
64 TTTATCAACA-AATAATTATG--ATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTC
* * * *
40145 ATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAATTGACAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTATTGT
126 ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGT
* * * * ** *
40210 TCTTAGATAAAAACTGTCATAATTGGATGCTTGC-ATTCAAAAATGAGAAGTGG
191 TCTTAGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATGGAAAACT-AGAAGTGG
* * * *
40263 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTT-AAGTTTATCATGCCTTCGTAAGCTTGAAATGGTT
1 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGTT
* * * *** *
40327 TATCAACAAAAAATTATAATTTTGATAATATATAACCATCAATATTATGATATATACTTCATTTA
66 TATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* * * * *
40392 TAATCTTATAAATGATTATAACTCGAAAATAATTCAAAAATAAATTGATAGCTTTGTTGTTATTG
131 TAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTTA
* * * **
40457 GTTAAAAGCTATCATAATTTGATGTTTGCAATGGAAAACTTGAAGTAT
196 GTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATGGAAAACTAGAAGTGG
* * ** ** * * *
40505 TTGCTATTCC-TTGACAAGAAATGAGGATTTAAAGTTTATTGTGCCTTTGAAATCTTGAAATGCT
1 ATGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGT
* * * *
40569 TTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTTTCAAT-GATATTATGATTTAAAATTCATT
65 TTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTC-ATCAATATTATGATATATAATTCATT
* *
40633 TATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATC------GAA--G---GCTTTGTTGTTCA
129 TATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCT
* * * * * * *
40687 TGGTTAAAACCAATCGTAATTGGATG-TTG-ACTTTGAGAAA-TATGAAGTGG
194 TAGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCA-ATGGA-AAACTA-GAAGTGG
* * * * * *
40737 ATGCTATCCATTGACAAGAAAATACCATTTTAGGTTTATCATGCCTTCGATAAG-TTGAAATGAT
1 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGA-AAGCTTGAAATGGT
* * * * *
40801 TTATCAACAAATAATTATCATTTTAATAGCATATTTTCATCAATATTGTG--ATATAATTCATTT
65 TTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * ** * *
40864 ATATTCTTATAAATGA-T-T--A-C--AACT---T-GGAAATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTT
130 ATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTT
* * * * * * *
40918 GGTCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGTA-AAGTGG
195 AGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATGGAAAAC-TAGAAGTGG
* * * *** * * ** * *
40967 GTGCTTTCC-TTAGATAAGAAAAGGGGATTTTATGTTTATCACACCTTTAAAAGCTTGAAATGGT
1 ATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGT
** * *** * *
41031 TTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAAAATCAATATTATGATTTGTAATTCATTT
65 TTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* ** *
41096 TTAATCTTATAAATGA-T-T--A---AAAAT---T-TTAAATAAATCGACAGCTTTGTTGTTCTT
130 ATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTT
* * * * ** * *
41150 TGTTATAACCTATCATAATTGGAAATTTGCATTGCG-AAAC-ATGAAGTGC
195 AGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATG-GAAAACTA-GAAGTGG
* * * *
41199 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCAGTTT-AAGTTTATCATGCCTTCGAAAGTTTGAAATGGT
1 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCA-TTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGT
* * * *
41263 TTAT-------GAA-TAT-ATTTTGATAACATATTATAATCAATATTATGGTATATAATTCATTT
65 TTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTT
* * * *
41319 AAAACCTTATAAAT-A--AT---T-----ATAAATCAAAAATAAATC-ATGCGCTTTGTTGTTAT
130 ATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGAT-AGCTTTGTTGTTCT
* * * * * *
41372 T-GCTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGGATTTGAAAAAGT-GAAGTGG
194 TAG-TTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCA-ATGGAAAACTAGAAGTGG
* * *** * * * * * * **
41422 TTGTTATTTGTTGACAACAAAGGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGAATGAAATGGTT
1 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGTT
* ** * * * * * * * *
41487 TATTAATGAATAATTATAATTTCGAAAACATATTATCATCAATATTATAATATGTAATTAATTGA
66 TATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
* *
41552 TAATCTTAT-AATG-------ATC----ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTC
131 TAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTT-
* * * * * * *
41605 A-TTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTTCATTAGG-AAAC-ATGTAGTGG
195 AGTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAAT-GGAAAACTA-GAAGTGG
* * ** ** * *
41653 ATTCTATTTC-TTGACAAGAAAAGGGC-TTCCGAAGTTTAACATGCCTTTGAAAGCTTGAAATGG
1 ATGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGACCATT-TAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGG
* * * * * * **
41716 TTTA-CAA-ATGAATAATTATCATTTTCATAATATATTATCATCAACATTATGATTTGCAATTCA
64 TTTATCAACA--AATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCA
* *
41779 TTTTTAATCTTATAAATGATTAAAAAT
127 TTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
41806 TGATAGCTTT
Statistics
Matches: 1426, Mismatches: 273, Indels: 180
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
219 2 0.00
220 1 0.00
222 8 0.01
223 162 0.11
224 9 0.01
225 5 0.00
226 1 0.00
227 1 0.00
228 1 0.00
229 6 0.00
230 169 0.12
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232 328 0.23
233 8 0.01
235 1 0.00
237 2 0.00
239 2 0.00
242 152 0.11
243 223 0.16
244 155 0.11
245 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (243 bp):
ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATCATGCATTTGAAAGCTTGAAATGGTT
TATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCATTTA
TAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCAAAAATAAATCGATAGCTTTGTTGTTCTTA
GTTAAAAACTATCATAATTAGATGTTTGCAATGGAAAACTAGAAGTGG
Found at i:40836 original size:232 final size:232
Alignment explanation
Indices: 37637--41805 Score: 2677
Period size: 230 Copynumber: 18.0 Consensus size: 232
37627 ATTAATAATT
* * * * *
37637 ATAAATCGAAAGCTTTGCTGTT-ATTGGTTAAAACTTAT-AGTAATTGGATGTTTTCATTGGGAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCA-TGGTTAAAACCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
* * * *
37700 ACATGAAGTGGATGCTAT-CATTTGACAAAAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATTCCTTTGAAAG
64 A-ATGAAGTGGATGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAG
* ** * * * * *
37764 CTTGAAATTGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAAATTAT-TATCGATATTATGAAA
127 CTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATA
* *
37828 TATAATTCATTTATAGTCTTAAAAATGATTATAAATC-AAA
192 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * *
37868 ATAAATCGATA-TCTTTGGTT-TTCTTGGTTAAAATCTATCATAATTAGACGTTTGCATT-TGAA
1 ATAAATCGA-AGGCTTT-GTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
* ** * * * *
37930 AATGAGAAATGGATATTATCCAATGACAAGGAAAG-GACATTTAAAGTTTATCATGCCTTCAAAA
64 AAT--GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAG-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA
* * * * *
37994 GCTTGAAATGGTTTATCAATGAAA-ACTTATCATTTCGATAAGATATTATC-ATCAATATTATGA
126 GCTTGAAATGGTTTATCAA-CAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGA
* * * *
38057 TATATAATTCATTTATAATTTTAT-ACTGACTATAAATAAAAA
190 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * * *
38099 ATGAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGATAAAATCTATC-TCAATTAGATGTTTGCATTGGGAAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCAT-AATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
* ** * * * * *
38163 CGTGAAGTAAATGCTATTCATTGATAA-ACAAAGAGCA-TTAAAGTTTATCATGCCTT-TAAACA
65 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA-AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA-G
* * * * * * *
38225 CTTG-AATGCTTGATCAA-AGAGTAATTATCACTTTGATAACATATTTTC-ATTAATATTATGAT
127 CTTGAAATGGTTTATCAACA-AATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGAT
* * * * * *
38287 ATATAATTCATCTAT-ATCCTTTTCAATAATAATAAATTAAAA
191 ATATAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * ** * * * *
38329 ATCAATTGAAAGCGTTGTTGCCCTTGGTTAAAATCTACCATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAA
* * * * * * * *
38393 CATGAAGTAGATGGTACCCATTGATAAGAAAAGAGCATTTTAGGTTTATCATACCTTCGATACCT
65 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
** * * *
38458 TGAAATGGTTTATCAACAAACGATTATCATTTTTATAACATATTATC-ATCAATATTAAGATATA
129 TGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATA
* * * *
38522 TAATTCGTTTATAGTCTTATAAATGAGTACAAATCAAAA
194 TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * ** * ** * * *
38561 ACAACTCAAAAGCTTTGTTTTTCATTATTTAAATTTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGATAC
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGA-AA
* * * * * * * *
38626 GTGAAATGGATGCTATTC-TTGACAAGAAAAGA-CATTTAAAGTTTATCATACTTTCGTAAGCTC
65 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* ** * * * * * *
38689 GAAATGGATTATCAATGAATACTTATCATTTTGATAAAATGTTAT-TATCAATATTATGATATGT
130 GAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATAT
** * * *
38753 AATTTGTTTATAATCTTAT-ATTGATTATAAAACGAAA
195 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * * ** * * *
38790 ATGAATTGAAGGCCTTCTTGTT-TTGGGTTAAAGCCTATAATAATTTAATATTTGTTATGGA-AA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCAT-GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGAGAA
* * *** * * * * * *
38853 ACATGAAATGGATGCTATTCACAAACAAGAAAATAGCATTTAAAATTTACCATCCCTCCGAAAG-
64 A-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * ** * * *
38917 TTCAAAATGATTTATCAATGAATAATTATGATTTTGATAATATATTAT-TATCAATATTATGATG
128 TT-GAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGA--
*
38981 TATAATTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAA
190 TAT-A-TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * *
39026 ATAAATCAAAAG-TTTCAG-TGTTCTTGGTTGAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAA
1 ATAAATCGAAGGCTTT--GTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
* * * * * * *
39089 ACAAGAACTAGATACTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATTATGCCTTTGAAAAC
64 A-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* ** * * * * ** * *
39154 TTGAAATGCTTTATCAATGAGTAGTTATCATTTTGCTATGATATTTTC-ATGAATATTATG--AT
128 TTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATAT
* *
39216 ATAATTCATTTATAGTCTTTTAAATGATTATAAATCAAAA
193 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * * * * *
39256 ATGAATTGAAAGCTTTGATGTTCTTGGTTCAAACCTATTATAATTTGATGTTTGAATTGGGAAAC
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA-
* * * * * *
39321 AT-AGAGTGGACT-ATATCTATAGACAAGAAAAGAGGATCTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC
65 ATGA-AGTGGA-TGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * ** * * * *
39384 TGGAAATGGTTTATAAAGGAATAATTATCATTTTGACAACATATTATC-ATCAATATTATCACAT
128 TTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATAT
* *
39448 ATAATTCATTCATTGATGATCTTATAGATGATTATAAATC----
193 ATAATTCA-T--TT-ATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* ** ** * * *
39488 -CAAAT------CTTCATTACTCATGGTTTAAACCTATCATAATTGAAAGTTTGCATTTG-GAAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGAGAAA
* * * * *
39545 CATGAAATGTATGCTATTCATTGACAAGAAAAGA-C-TGTTTAAGGTTTATCATGTCTACGAAAG
65 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCAT-TTTAA-GTTTATCATGCCTTCGAAAG
* * * *** * * *
39608 CTTAAAATGATTTATTAGTGAATAATCATCATTTTGATAGCATATTATC-ATCAATATTATGATA
127 CTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATA
*
39672 TATAATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAA-C----
192 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * *
39708 -----T-GAAAGCTTTATTGTTCATGGTTTAAACCTATCATCATTGAATATTTGCATTGGGAAAC
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA-
* * * * * * * * * * *
39767 GTCAAATGAATGCTATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTAAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTT
65 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
** **** * * *
39832 GAAATTATTTATCAGTGTATAATTATCATTTTGATAACACATTGTC-ATCAATATTATGATATAT
130 GAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATAT
* * * *
39896 AATTCACTTATAACCTTATAAATTATCATAAATGAAAAATAAATAAAAA
195 AATTCATTTATAATCTTAT-AA--ATGAT---T-----ATAAATCAAAA
** * * ** ** *
39945 ATAAATC-AATAACTTTGTTGTTC-TAAGTTAAAACCAATCATAATTAAATGTTAACATTGGGAA
1 ATAAATCGAA-GGCTTTGTTGTTCAT-GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
* * * * * * * * *
40008 ACGA-GAAGTGGATGTTATCCGTTGACAAGTAAATAACGTTTTAAATTTATCATGCATTTGAAAG
64 A--ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAG
** * * * *
40072 CTACAAATGGTTTATCAA-AGAATAATTTGTCATTTTGATCACATATTGTC-ATCAATATTATGA
127 CTTGAAATGGTTTATCAACA-AATAA-TTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGA
*
40135 TATCTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAATTGACAATAAATCAAAA
190 TATATAATTCATTTATAATCTTAT-AA--A-T-G--ATT----ATAAATCAAAA
* * * * * * * *
40189 ATAAATCGATA-GCTTTATTGTTCTTAGATAAAAACTGTCATAATTGGATGCTTGCATTCA-AAA
1 ATAAATCGA-AGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
*
40252 ATGAGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCA-TTTAAGTTTATCATGCCTTCGTAAGC
65 AT--GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
40316 TTGAAATGGTTTATCAACAAAAAATTATAATTTTGATAATATA-TAACCATCAATATTATGATAT
128 TTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATAT
*
40380 ATACTTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAACTCGAAAATAATTCAAAA
193 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGA-T-T-A-T-----A-AA-TCAAAA
* * * *
40431 ATAAATTGATA-GCTTTGTTGTT-ATTGGTTAAAAGCTATCATAATTTGATGTTTGCAATG-GAA
1 ATAAATCGA-AGGCTTTGTTGTTCA-TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAA
*** * * * ** *
40493 AACTTGAAGTATTTGCTATTCC-TTGACAAGAAATGAGGATTTAAAGTTTATTGTGCCTTTGAAA
64 AA--TGAAGTGGATGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAA
* * * * *
40557 TCTTGAAATGCTTTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTTTCAAT-GATATTATGAT
126 GCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGAT
* * *
40621 TTAAAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAA
191 ATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * *
40663 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCAATCGTAATTGGATG-TTGACTTTGAGAAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGAGAAA
* * *
40727 TATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATACCATTTTAGGTTTATCATGCCTTCGATAAG-
65 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGC
* * * * * *
40791 TTGAAATGATTTATCAACAAATAATTATCATTTTAATAGCATATTTTC-ATCAATATTGTG--AT
128 TTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATAT
* * * ***
40853 ATAATTCATTTATATTCTTATAAATGATTACAACTTGGAA
193 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * *
40893 ATAAATAGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA-
* * * * * * * * ** **
40958 GTAAAGTGGGTGCTTTCC-TTAGATAAGAAAAGGGGATTTTATGTTTATCACACCTTTAAAAGCT
65 ATGAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
** * * * *
41022 TGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTA-AAATCAATATTATGATTTG
129 TGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATA
* * ***
41086 TAATTCATTTTTAATCTTATAAATGATTAAAAATTTTAA
194 TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * ** *
41125 ATAAATCGACA-GCTTTGTTGTTCTTTGTTATAACCTATCATAATTGGAAATTTGCATTGCGAAA
1 ATAAATCGA-AGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAA
* * *
41189 CATGAAGTGCATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCAGTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGTT
65 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
* *
41254 TGAAATGGTTTAT-------GAA-TAT-ATTTTGATAACATATTAT-AATCAATATTATGGTATA
129 TGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATA
* * *
41309 TAATTCATTTAAAACCTTATAAATAATTATAAATCAAAA
194 TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * *
41348 ATAAATC-ATGCGCTTTGTTGTT-ATTGCTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGGATTTGA-A
1 ATAAATCGAAG-GCTTTGTTGTTCA-TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGAGA
* * *** * * **
41410 AAAGTGAAGTGGTTGTTATTTGTTGACAACAAAGGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAG
63 AAA-TGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAG
** * ** * * *
41475 AATGAAATGGTTTATTAATGAATAATTATAATTTCGAAAACATATTATC-ATCAATATTATAATA
127 CTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATA
* * * *
41539 TGTAATTAATTGATAATCTTAT-AATGATCATAAATCAAAA
192 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * ** * * *
41579 ATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTCATTAAAACCTACCATAATTGGTTGTTTTCATT-AGGAAA
1 ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAA
* * * * ** * *
41643 CATGTAGTGGATTCTATTTC-TTGACAAGAAAAGGGC-TTCCGAAGTTTAACATGCCTTTGAAAG
65 -ATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGACAAGAAAAGAGCATT-TTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAG
* * * *
41706 CTTGAAATGGTTTA-CAA-ATGAATAATTATCATTTTCATAATATATTATC-ATCAACATTATGA
127 CTTGAAATGGTTTATCAACA--AATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGA
* ** * *
41768 TTTGCAATTCATTTTTAATCTTATAAATGATTAAAAAT
190 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
41806 TGATAGCTTT
Statistics
Matches: 3113, Mismatches: 653, Indels: 343
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
216 1 0.00
220 4 0.00
221 183 0.06
222 10 0.00
223 175 0.06
224 16 0.01
225 141 0.05
226 4 0.00
227 2 0.00
228 5 0.00
229 139 0.04
230 613 0.20
231 529 0.17
232 515 0.17
233 21 0.01
234 4 0.00
235 27 0.01
236 167 0.05
237 6 0.00
238 1 0.00
239 2 0.00
240 2 0.00
241 8 0.00
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244 147 0.05
245 4 0.00
246 1 0.00
248 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
ATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAAA
TGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTG
AAATGGTTTATCAACAAATAATTATAATTTTGATAACATATTATCAATCAATATTATGATATATA
ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
Found at i:41056 original size:462 final size:463
Alignment explanation
Indices: 37637--41806 Score: 3231
Period size: 462 Copynumber: 9.0 Consensus size: 463
37627 ATTAATAATT
* * * * *
37637 ATAAATCGAAAGCTTTGCTGTTATTGGTTAAAACTTAT-AGTAATTGGATGTTTTCATTGGGAAA
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCA-TAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
* * * * *
37701 CATGAAGTGGATGCTA-TCATTTGACAAAAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATTCCTTTGAAAGC
65 CGTAAAGTGGATGCTATTC-CTTGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC
* * * *
37765 TTGAAATTGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACAAATTATT-ATCGATATTATGAAAT
129 TTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATT-TTCATCAATATTATGATAT
* * * *
37829 ATAATTCATTTATAGTCTTAAAAATGATTATAAATC-AAAATAAATCGATATCTTTGGTT-TTCT
193 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTT-GTTGTTCT
* * * * * ** *
37892 TGGTTAAAATCTATCATAATTAGACGTTTGCATT-TGAAA-ATGAGAAATGGATATTATCCAATG
257 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT--GAAGTGGATGCTATCCATTG
* * * *
37955 ACAAGGAAAG-GACATTTAAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAAA-
320 ACAAGAAAAGAG-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAA-CAAAT
* * * *
38018 ACTTATCATTTCGATAAGATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATTTTAT-A
383 AATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG-TATATAATTCATTTATAATCTTATAA
* * *
38082 CTGACTATAAATAAAAA
447 ATGATTATAAATTAAAA
* * * *
38099 ATGAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGATAAAATCTATC-TCAATTAGATGTTTGCATTGGGAAA
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCAT-AATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
* ** * * * * *
38163 CGTGAAGTAAATGCTATTCATTGATAA-ACAAAGAGCA-TTAAAGTTTATCATGCCTTT-AAACA
65 CGTAAAGTGGATGCTATTCCTTGACAAGA-AAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA-G
* * * * * *
38225 CTTG-AATGCTTGATCAAAGAGTAATTATCACTTTGATAACATATTTTCATTAATATTATGATAT
128 CTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATAT
* * * * * * * * * **
38289 ATAATTCATCTAT-ATCCTTTTCAATAATAATAAATTAAAAATCAATTGAAAGCGTTGTTGCCCT
193 ATAATTCATTTATAAT-CTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCT
* * * * * *
38353 TGGTTAAAATCTACCATAATTAGATGTTTGCATT-AGAAAACATGAAGTAGATGGTACCCATTGA
257 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGA
* * * * * **
38417 TAAGAAAAGAGCATTTTAGGTTTATCATACCTTCGATACCTTGAAATGGTTTATCAACAAACGAT
321 CAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAAT
* * * *
38482 TATCATTTTTATAACATATTATCATCAATATTAAGATATATAATTCGTTTATAGTCTTATAAATG
386 TATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG-TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATG
* * *
38547 AGTACAAATCAAAA
450 ATTATAAATTAAAA
* * * * * ** * *
38561 ACAACTCAAAAGCTTTGTTTTTCATT-ATTTAAATTTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGATA
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
* * * *
38625 CGTGAAA-TGGATGCTATT-CTTGACAAGAAAAGA-CATTTAAAGTTTATCAT-ACTTTCGTAAG
65 CGT-AAAGTGGATGCTATTCCTTGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTT-GAAAG
* * * * *
38686 CTCGAAATGGATTATCAATGAATACTTATCATTTTGATAAAATGTTATT-ATCAATATTATGATA
128 CTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATT-TTCATCAATATTATGATA
* ** * * * * * * * *
38750 TGTAATTTGTTTATAATCTTAT-ATTGATTATAAAACGAAAATGAATTGAAGGCCTTCTTGTT-T
192 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCT
* * ** * * * * * ***
38813 TGGGTTAAAGCCTATAATAATTTAATATTTGTTATGGA-AAACATGAAATGGATGCTATTCACAA
257 T-GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG
* * * * * * * * **
38877 ACAAGAAAATAGCATTTAAAATTTACCATCCCTCCGAAAG-TTCAAAATGATTTATCAATGAATA
320 ACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT-GAAATGGTTTATCAACAAATA
* * *
38941 ATTATGATTTTGATAATATATTATTATCAATATTATGATGTATAATTAATTCATTTATAATCTTA
384 ATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATA-T-T-ATGTAT-A-TAATTCATTTATAATCTTA
39006 TAAATGATTATAAATCT-AAA
444 TAAATGATTATAAAT-TAAAA
* * **
39026 ATAAATCAAAAG-TTTCAG-TGTTCTTGGTTGAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAA
1 ATAAATCAAAAGCTTT--GTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAA
* * * * * *
39089 AC-AAGAACTAGATACTA-TCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATTATGCCTTTGAAA
64 ACGTA-AAGTGGATGCTATTCC-TTGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAA
* * * * * ** *
39152 ACTTGAAATGCTTTATCAATGAGTAGTTATCATTTTGCTATGATATTTTCATGAATATTATG--A
127 GCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATA
* * * * *
39215 TATAATTCATTTATAGTCTTTTAAATGATTATAAATCAAAAATGAATTGAAAGCTTTGATGTTCT
192 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCT
* * * * * * * *
39280 TGGTTCAAACCTATTATAATTTGATGTTTGAATTGGGAAACAT-AGAGTGGACT-ATATCTATAG
257 TGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGA-AGTGGA-TGCTATCCATTG
* * * * * **
39343 ACAAGAAAAGAGGATCTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTGGAAATGGTTTATAAAGGAATAA
320 ACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAA
* ** * * *
39408 TTATCATTTTGACAACATATTATCATCAATATTATCACATATAATTCA--T-TCAT-TGAT-GAT
385 TTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTAT-GTATATAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * **
39468 -CTTATAGA-TGATT
449 GATTATAAATTAAAA
* * ** ** * * * * *
39481 ATAAATCCAAATCTTCATTACTCATGGTTTAAACCTATCATAATTGAAAGTTTGCATTTGGAAAC
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
* * * * * **
39546 ATGAAA-TGTATGCTATTCATTGACAAGAAAAGA--CTGTTTAAGGTTTATCATGTCTACGAAAG
66 GT-AAAGTGGATGCTATTCCTTGACAAGAAAAGAGGAT-TTTAA-GTTTATCATGCCTTTGAAAG
* * * * * * *
39608 CTTAAAATGATTTATTAGTGAATAATCATCATTTTGATAGCATATTATCATCAATATTATGATAT
128 CTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATAT
* * *
39673 ATAATTCATTGATAATCTTATAAATGATTATAAA-C---------T-GAAAGCTTTATTGTTCAT
193 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTT
* * * * * * * * * * *
39727 GGTTTAAACCTATCATCATTGAATATTTGCATTGGGAAACGTCAAATGAATGCTATTCATTAACA
258 GGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACA
* * * * * ** ****
39792 AGAAAAGACCATTTAAAGTTTATTATGCATTTGAAAGCTTGAAATTATTTATCAGTGTATAATTA
323 AGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTA
* * * * *
39857 TCATTTTGATAACACATTGTCATCAATATTATGATATATAATTCACTTATAACCTTATAAATTAT
388 TCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG-TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
39922 CATAAATGAAAAATAAATAAAAA
452 --T--AT---AAAT---T-AAAA
** * ** **
39945 ATAAATCAATAA-CTTTGTTGTTCTAAGTTAAAACCAATCATAATTAAATGTTAACATTGGGAAA
1 ATAAATCAA-AAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
* * * *
40009 CG-AGAAGTGGATGTTA-TCCGTTGACAAGTAAATA-ACG-TTTTAAATTTATCATGCATTTGAA
65 CGTA-AAGTGGATGCTATTCC-TTGACAAG-AAA-AGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAA
** * * * *
40070 AGCTACAAATGGTTTATCAAAGAATAATTTGTCATTTTGATCACATATTGTCATCAATATTATGA
126 AGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAA-TTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGA
* *
40135 TATCTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAGAAATTGACAATAAATCAAAAATAAATCGATA
190 TATATAATTCATTTATAATCTTAT-AA--A-T-G--ATT----ATAAATCAAAAATAAATCGAAA
* * * * * * *
40200 GCTTTATTGTTCTTAGATAAAAACTGTCATAATTGGATGCTTGCATTCA-AAA-ATGAGAAGTGG
244 GCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACAT--GAAGTGG
*
40263 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCA-TTTAAGTTTATCATGCCTTCGTAAGCTTGAAATGGTT
307 ATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTT
* * * * * *
40327 TATCAACAAAAAATTATAATTTTGATAATATATAACCATCAATATTATGATATATACTTCATTTA
372 TATCAACAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG-TATATAATTCATTTA
40392 TAATCTTATAAATGATTATAACTCGAAAATAATTCAAAA
436 TAATCTTATAAATGA-T-T-A-T-----A-AATT-AAAA
** * * * * * *
40431 ATAAATTGATAGCTTTGTTGTTATTGGTTAAAAGCTATCATAATTTGATGTTTGCAATGGAAAAC
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
* * *** * * ** *
40496 TTGAAGTATTTGCTATTCCTTGACAAGAAATGAGGATTTAAAGTTTATTGTGCCTTTGAAATCTT
66 GTAAAGTGGATGCTATTCCTTGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTT
* ** * * * *
40561 GAAATGCTTTATCAACAAATAATTATGATTTTGATAACATATTTTCAAT-GATATTATGATTTAA
131 GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTC-ATCAATATTATGATATAT
* * *
40625 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATCGAAGGCTTTGTTGTTCATGG
195 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGG
* * * *
40690 TTAAAACCAATCGTAATTGGATG-TTGACTTTGAGAAATATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
260 TTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTG-CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * * *
40754 GAAAATACCATTTTAGGTTTATCATGCCTTCGATAAG-TTGAAATGATTTATCAACAAATAATTA
324 GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA-AAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTA
* * * * *
40818 TCATTTTAATAGCATATTTTCATCAATATTGTG-ATATAATTCATTTATATTCTTATAAATGATT
388 TCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGTATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * **
40882 ACAACTTGGAA
453 ATAAATTAAAA
* *
40893 ATAAAT-AGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTCAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
1 ATAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA
* * * * ** *
40957 CGTAAAGTGGGTGCT-TTCCTTAGATAAGAAAAGGGGATTTTATGTTTATCACACCTTTAAAAGC
65 CGTAAAGTGGATGCTATTCCTT-GACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGC
*** * *
41021 TTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAAAATCAATATTATGATTTG
129 TTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATATA
* * *** * *
41086 TAATTCATTTTTAATCTTATAAATGATTAAAAATTTTAAATAAATCGACAGCTTTGTTGTTCTTT
194 TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTG
* ** * *
41151 GTTATAACCTATCATAATTGGAAATTTGCATTGCGAAACATGAAGTGCATGCTATCCATTGACAA
259 GTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
* * *
41216 GAAAAGAGCAGTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGTTTGAAATGGTTTAT-------GAA-TAT
324 GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTAT
* * * *
41273 -ATTTTGATAACATATTATAATCAATATTATGGTATATAATTCATTTAAAACCTTATAAATAATT
389 CATTTTGATAACATATTATCATCAATATTAT-GTATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
*
41337 ATAAATCAAAA
453 ATAAATTAAAA
*** * * * * * *
41348 ATAAATCATGCGCTTTGTTGTTATTGCTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGGATTTGAAAAA
1 ATAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC
* * * ** * * * * **
41413 GTGAAGTGGTTGTTATTTGTTGACAACAAAGGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGAAT
66 GTAAAGTGGATGCTATTCCTTGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCTT
* * * * * * *
41478 GAAATGGTTTATTAATGAATAATTATAATTTCGAAAACATATTATCATCAATATTATAATATGTA
131 GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATATATA
* * * * **
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196 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
* * * * * *
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261 TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACATGAAGTGGATGCTA-TCCATTGACAA
* ** * *
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324 GAAAAGAGCATT-TTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACA--AATAAT
* * * * *
41732 TATCATTTTCATAATATATTATCATCAACATTATG-ATTTGCAATTCATTTTTAATCTTATAAAT
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*
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GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTTTCATCAATATTATGATATATA
ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGT
TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
AAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTATCA
TTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGTATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
AATTAAAA
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*
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*
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*
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**
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* ** * * * * * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * ** ** *
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* * * * * ** **
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** * * * * * *
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* * * ** *** * * *
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* * * ** * *
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* * *
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129 TTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTAT
* * * *
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* * * *
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1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
56247 TAAATAAAAAATAAATT-AATAGCTTTACTATTTTTGGAT
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* * * * * *
56286 AAAAACTATCATAATTGGATGTTTGTATTGGGAAACGAGAAATGGATGCTATCTATTGACAAGAA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * * **
56351 AAGAGCATTTAAGA-TTATCATGCCTTTGTAAATTTGAATTG-GTTATCAACAAATAATTATCAT
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* * * *
56414 TTTGATAACATATTATCCTTAATATTATGATATATAATTCATTTATAGTCTTATAAATTATTATA
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* * * *
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* * * * * * * * * *
56516 ACAAGCTAACATAATTAGATGTTTG-AGATGAGAAACGTGAAGTGGTTACTATTCATTGAAAATA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA-TTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * *
56580 AAAAAG-AGTTTAA-AGTTTATCGTG-CTTTCAAAAAATTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTA
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* * *
56642 TGA-TTTGATAACATACTATCATCAATATTATGGTATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
126 TCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
** * * * *
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* * *
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1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * * * * **
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* * * * **
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130 TTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATA
** *
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* * * * * * *
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1 AAAACCTAT-CATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAG
* * * *
57041 AAAAGATG-ATTTTAAG-TTTATGATGCCTTTGAAAGCTTGGAATGGTTTATCAATGAATACTTA
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* * *
57104 TCATTTCGATGACATATTATCATC------------TATAATTCATTTATAATCTTAT-ATTGAT
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* ** * * * * *
57156 TAT-AGTTGAAAATGAATAGAAAGTTTTGTTGTTATGGGTT
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* * * * * *
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1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * * * * *
57261 AAAAGCATTTAA-AGTTGATCATTG--TTTGGAAAGTTTGAAATGATATATGAATGAATAATTAT
66 AAGAGCATTTAAGA-TTTATCA-TGCCTTT-GAAA-CTTGAAATGCTTTATCAATGAATAATTAT
* * * *
57323 CATTTTGATTACATATTATCTTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTACAAATGCTT
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** * * *
57388 ATAAATCGAAAATAAAATGAAAGCATTGTTCTTCTTGGTT
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** * * * * * *
57428 AAAAACCTATCATAATAAGATGTTTGCATTGGGAAATG-GCGAGTGGATGCTATCCATTAATATG
1 -AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTG-AAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
* * * * * * * *
57492 GAAAGAGCATTTTAAG-TTTATCATACCTTCGAAAGGTTGAAATGGTTTAGCAATGAATAGTTAC
64 AAAAGAGCA-TTTAAGATTTATCATGCCTTTGAAA-CTTGAAATGCTTTATCAATGAATAATTAT
* * *
57556 CATCTTGATTACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTAATTCATTTTTAATCTTATAAAT
127 CATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG--ATAT-A-TAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* *** ** *
57621 GATTATAAATCTAAAAAAAAAAGCAAAAGCTTCATT-TCTCTTGCTT
188 GATTATAAA--TAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGT-TCTTGGTT
** * * * *
57667 AAAATGTATCATAATTGGATGTTTACATTG-GAAAACATGATGTGGGTGCTATCCATTGACAAGA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAG-AAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGA
* * * * **
57731 AAAGACCATTTTAA-ATTTATAATTCCTTT-ATAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTAT
65 AAAGAGCA-TTTAAGATTTATCATGCCTTTGA-AA-CTTGAAATGCTTTATCAATGAATAATTAT
* * * *
57794 CATTTTGATAACATATTACCGTAAATATTAGGATATACCATTCATTTATGATCTTCATTTATAAT
127 CATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG--AT---A-T-A--TA--A--TTCATTTATAAT
* * * * * * *
57859 CTTATAACTTATTATAAATAAAAAATAAATCGAAAAGTTTTGTTGGTATTGGCT
179 CTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTG-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT
* * * * * * *
57913 AAAATCTATCATAATTGGATGTTTGTATTGGGAAACATGAAGTGGAAGCTATTCATTGACAGGAA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAA
* * * * * *
57978 AAAAGGATTGAA-AGTT-T-A---CTTTGAAAACTTGAAATGCTTTATCAATGAGTAGTTATCAT
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58037 TT
130 TT
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Statistics
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TTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
ATAAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT
Found at i:56399 original size:462 final size:461
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Period size: 462 Copynumber: 6.1 Consensus size: 461
55169 TGAGAAATAT
* * * * * *
55179 GAAGTGGATGCTATTCATTGAAAAGAAAAGAGCA-TTTAAAGTTTATCATCCCTTCAAAAGTTTG
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* * * * * * * * *
55243 ACATGATTTATCGATGAATAATTATCATTTTGATAACATCTTATCATCAATATTATGATATACAA
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* * * **
55308 TTCATTTATAATC---TAAA--A-T-TAATTA-TAAATCAA--AAA-CTTTATTGTTTTGTGCCA
130 TTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAATAAATTAAAGCTTTATT-TTTTG-GATA
* * * *
55362 AAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGGAAAC-ATGAAGTGAATACTAT-TCATTGACAAGA
193 AAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCT-ATTGACAAGA
* * * ****
55425 AAAGAGCATTTCAAGTTTATCATGCCTTTGAGAACTTGAAATGCTTTATCAATGTGTAATTATCA
257 AAAGAGCATTT-AAGATTATCATGCCTTTGACAACTTGAAATGATTTATCAACAAATAATTATCA
* ** * * * * * * * *
55490 TTTCGGCAATATGGTT-TCCTAAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTTTAAATGGTCA
321 TTTTGATAACAT-ATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* * * * * *
55554 TAAAT-AAAAATAAATTGAAAGCTTTGCTATTCTTGGTTAAAATCTATCATAGTTGGATGTTTGC
385 TAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGTTTGC
* *
55618 ATT-GAAAAACGT
450 ATTAG-GAAACGA
** * * * *
55630 GAAGCAGATGCTATCCATTGACAACAAAAGAGCA-TTTAAGATTTATCATACCTTTGATAGCTTG
1 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAACATTTTAA-ATTTATCATACCTTCGAAAGCTTG
* * ** ** * * ** * *
55694 AAATAGCTTT-TCAACAAATCTTTATAATTTTTATAACATATTGTCATCAATA-AATCAT-TTTA
65 AAAT-GGTTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATCATCATCAATATCATCATATATA
** ** * * *
55756 ATTTGTTTATAATCTTATAAATGATTGCAAATTGAACATAACTTGAAAG-TTT-TTTTGTTCGTG
129 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAATAAATT-AAAGCTTTATTTT-TT-G-G
* * * * * *** * *
55819 CTGTAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCCTTGGGAAA-TATGAAACAGATGCCATGC-ATTTAC
190 AT-AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTAT-CTATTGAC
* * * * ** **
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* * * *
55947 AGCATTTTGATAACATATTATCATCAAGATTATGATATATAATTCTTTTATAATCTTTTAAATGA
317 ATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGA
* * * * * *
56012 TTATAAATAAAAAATGAATCGATAGCTTTGTTGTTCTTGATTAAAACCAATCATAATTTGATGTT
382 TTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGTT
56077 TGCATTAGGAAACGA
447 TGCATTAGGAAACGA
* * * *
56092 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGTATAGAACATTTTAAATTAATCATTCCTTCGAAAGCTTGA
1 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAACATTTTAAATTTATCATACCTTCGAAAGCTTGA
* * * * *
56157 TATGGTTAAACTATGAATAATTATCATTTTGATAGCATATCATCATCAATATCATCATATCTAAT
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* *
56222 TCAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAATAAATTAATAGCTTTACTATTTTTGGATA
131 TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAATAAATTAA-AGCTTTA-T-TTTTTGGATA
* * *
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193 AAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGAA
* * *
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* * * *
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* * * * * *
56479 AATCAGAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTAGTTACAAGCTAA-CATAATTAGATGTTTGAG
387 AATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTA-AAACCAATCATAATTAGATGTTTG-C
* *
56543 ATGA-GAAACGT
450 ATTAGGAAACGA
* * * * * * * * * * * **
56554 GAAGTGGTTACTATTCATTGAAAATAAAA-AAGAGTTTAAAGTTTATCGTGCTTTCAAAAAATTG
1 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAACATTTTAAA-TTTATCATACCTTCGAAAGCTTG
* * * * * **
56618 AAATGCTTTATCAAAGAATAATTATGA-TTTGATAACATA-CTATCATCAATATTATGGTATATA
65 AAATGGTTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATC-ATCATCAATATCATCATATATA
* * *
56681 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATGAAGGCTTTATTGTTCTT-GA
129 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAAT-AAATTAAAGCTTTATT-TT-TTGGA
* *** *
56745 TTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-TAACAAACG-TGAAGTGGATGCTATCCATTGACAA
191 -TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCTATTGACAA
* * * * *
56808 GAAAATAGCATTTTAGGTTTATCATGCCTTTGATAGCTTGAAATGATTTATCAACAAATAATTAT
255 GAAAAGAGCA-TTTAAGATTATCATGCCTTTGACAACTTGAAATGATTTATCAACAAATAATTAT
* * * *
56873 CATTTTGATAACATATTATCATTAGTATTATGATATATAATTCATTTATGATCTTACAAATGATT
319 CATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
** ** * * * * *
56938 GCAAATTGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGATCTTGGTTAGAACC-TTCCATAATTGGATATTT
384 ATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAAT-CATAATTAGATGTTT
* *
57002 ACATTGGGAAAC-A
448 GCATTAGGAAACGA
* * ** * * * *
57015 TGAAGTAGATGCTATCC-TTAGATAAGAAAAGATGATTTTAAGTTTATGATGCCTTTGAAAGCTT
1 -GAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGAAAAGAACATTTTAAATTTATCATACCTTCGAAAGCTT
* * * * *
57079 GGAATGGTTTATCAATGAATACTTATCATTTCGAT----GA-CAT-AT---TATCATC---TATA
64 GAAATGGTTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATCATCATCAATATCATCATATATA
* * * * * * * * *
57132 ATTCATTTATAATCTTAT-ATTGATTAT-AGTTGAAAATGAATAGAAAGTTTTGTTGTTATGGGT
129 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAATAAAT-TAAAGCTTTATT-TT-TTGGA
* * * *
57195 TAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATG-TGAGGTGAATGCTAT-TCATTGACAA
191 TAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCT-ATTGACAA
* * * * **
57258 GAAAAAAGCATTTAA-AGTTGATCATTG--TTTGGA-AAGTTTGAAATGATATATGAATGAATAA
255 GAAAAGAGCATTTAAGA-TT-ATCA-TGCCTTT-GACAA-CTTGAAATGATTTATCAACAAATAA
* * *
57319 TTATCATTTTGATTACATATTATCTTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTACAAAT
315 TTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAAT
* * * * * * *
57384 GCTTATAAATCGAAAATAAAATGAAAGCATTGTTCTTCTTGGTTAAAAACCTATCATAATAAGAT
380 GATTATAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAACCAATCATAATTAGAT
* *
57449 GTTTGCATTGGGAAATG-
444 GTTTGCATTAGGAAACGA
* * * * * * * *
57466 GCGAGTGGATGCTATCCATTAATATGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATACCTTCGAAAGGTTG
1 G-AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAACATTTTAAATTTATCATACCTTCGAAAGCTTG
* * * * * * * *
57531 AAATGGTTTAGCAATGAATAGTTACCATCTTGATTACATATTATCATCAATATTATGATATATAA
65 AAATGGTTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATCATCATCAATATCAT--CATAT-A
* * * ** *
57596 TTAATTCATTTTTAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAAAAAAAAGCAAAAGCTTCATTTCTC
127 -TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA--TAGAAAATAAA-TTAAAGCTTTATTT-T-
** ** * * * * *
57661 TTGCTTAAAATGTATCATAATTGGATGTTTACATTGGAAAAC-ATGATGTGGGTGCTATCCATTG
186 TTGGATAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCTATTG
* * * * *
57725 ACAAGAAAAGACCATTTTAA-ATTTATAATTCCTTT-ATAAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAAT
251 ACAAGAAAAGAGCA-TTTAAGA-TTATCATGCCTTTGACAA-CTTGAAATGATTTATCAACAAAT
* * * *
57788 AATTATCATTTTGATAACATATTACCGTAAATATTAGGATATACCATTCATTTATGATCTTCATT
313 AATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG--AT---A-T-A--TA--A--TTCATT
* * * * * * * * *
57853 TATAATCTTATAACTTATTATAAATAAAAAATAAATCGAAAAGTTTTGTTGGTATTGGCTAAAAT
365 TATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTG-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAAC
* * * *
57918 CTATCATAATTGGATGTTTGTATTGGGAAAC-A
429 CAATCATAATTAGATGTTTGCATTAGGAAACGA
* * *
57950 TGAAGTGGAAGCTATTCATTGACAGGAAAA
1 -GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAA
57980 AAGGATTGAA
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
448 3 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (461 bp):
GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAACATTTTAAATTTATCATACCTTCGAAAGCTTGA
AATGGTTTAACAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATCATCATCAATATCATCATATATAAT
TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAGAAAATAAATTAAAGCTTTATTTTTTGGATAAAA
CCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGATGAAGTGGATGCTATCTATTGACAAGAAAAG
AGCATTTAAGATTATCATGCCTTTGACAACTTGAAATGATTTATCAACAAATAATTATCATTTTG
ATAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC
AAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTAGATGTTTGCATTAGG
AAACGA
Found at i:56965 original size:924 final size:907
Alignment explanation
Indices: 55361--57848 Score: 2422
Period size: 924 Copynumber: 2.7 Consensus size: 907
55351 GTTTTGTGCC
* * *
55361 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTAGGAAAC-ATGAAGTGAATACTATTCATTGACAAGA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGA-GAAGTGAATGCTATTCATTGACAAGA
* * * **
55425 AAAGAGCATTTCAAGTTTATCATGCCTTTGAGAACTTGAAATGCTTTATCAATGTGTAATTATCA
65 AAAGAGCATTT-AAGATTATCATGCCTTTGA-AATTTGAAATG-ATTATCAATGAATAATTATCA
* ** * * * * * * *
55490 TTTCGGCAATATGGTT-TCCTAAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTTTAAATGGTCA
127 TTTTGATAACAT-ATTATCCTTAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA
* * * * *
55554 TAAAT-AAAAATAAATTGAAAGCTTTGCTATTCTTGGTTAAAATCTATCATAGTTGGATGTTTGC
191 TAAATCAGAAATAAATTGAAAGCTTTGTTATTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGC
* ** * * *
55618 ATTGAAAAACGTGAAGCAGATGCTATCCATTGACAACAAAAGAGCA-TTTAAGATTTATCATACC
256 ATTGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAATAAAAAAG-AGTTTAAG-TTTATCATA-C
* * ** * *
55682 TTT-GATAGCTTGAAATAGCTTT-TCAACA-AATCTTTATAATTTTTATAACATATTGTCATCAA
318 TTTCGAAAGATTGAAAT-GCTTTATCAA-AGAATAATTATAA-TTTGATAACATATTATCATCAA
* * * ** ** * * ** *
55744 TA-AATCAT-TTTAATTTGTTTATAATCTTATAAATGATTGCAAATTGAACATAACTTGAAAGTT
380 TATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATGAAAGCT
* * * * * ***
55807 TTTTTGTTCGTGCTGT-AAACCTATTATAATTGGATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAACAGATGC
445 TTATTGTTCTTGCT-TAAAACCTATTATAATTGGATGTTTG-CAT-GAAAACATGAAGTGGATGC
* * * * * **
55871 CATGCATTTACAAG-AAATGACCATTTAAAGTTTATCATGCCTTCGACGGCTTGAAATGATTTAT
507 TATCCATTGACAAGAAAAT-ACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGATAGCTTGAAATGATTTAT
** * * *
55935 CAATGAATAATTAGCATTTTGATAACATATTATCATCAAG-ATTATGATATATAATTCTTTTATA
571 CAACAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCAT-AAGTATTATGATATATAATTCATTTATG
** * * * *
55999 ATCTTTTAAATGATTATAAATAAAAAATGAATCGATAGCTTTGTTGTTCTTGATTAAAACCAAT-
635 ATCTTACAAATGATTACAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGATCTTGATTAAAACC-ATC
* * * * * *
56063 CATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACGA-GAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGTATAGAACA
699 CATAATTGGATATTTACATTAGGAAAC-ATGAAGTAGATGCTATCC-TTAGACAAGAAAAGAACA
* * *
56126 TTTTAAATTAATCATTCCTTCGAAAGCTT-GATATGGTTAAACTATGAATAATTATCATTTTGAT
762 TTTTAAATTAATCATGCCTTCGAAAGCTTGGA-ATGGTTAAACAATGAATAATTATCATTTCGAT
56190 AGCATATCATCATCAATATCATCATATCTAATTCAATTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAA
826 -G---A-CAT-AT---TATCATC-TA--TAATTCAATTATAATCTTAT-AATGATTAT-AATAAA
* * *
56255 AAATAAATTA-ATAGCTTTACTATTTTTGGAT
877 AAATAAA-TAGAAAGCTTTACTATTATGGGAT
* * * *
56286 AAAAACTATCATAATTGGATGTTTGTATTGGGAAACGAGAAATGGATGCTA-TCTATTGACAAGA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGAGAAGTGAATGCTATTC-ATTGACAAGA
* * **
56350 AAAGAGCATTTAAGATTATCATGCCTTTGTAAATTTGAATTGGTTATCAACAAATAATTATCATT
65 AAAGAGCATTTAAGATTATCATGCCTTTG-AAATTTGAAATGATTATCAATGAATAATTATCATT
* *
56415 TTGATAACATATTATCCTTAATATTATGATATATAATTCATTTATAGTCTTATAAATTATTATAA
129 TTGATAACATATTATCCTTAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAA
* * * * * * *
56480 ATCAGAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGTTATTAGTTACAAGCTAACATAATTAGATGTTTG-AGA
194 ATCAGAAATAAATTGAAAGCTTTGTTATTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCA-T
* * * * *
56544 TGAGAAACGTGAAGTGGTTACTATTCATTGAAAATAAAAAAGAGTTTAAAGTTTATCGTGCTTTC
258 TGAGAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAATAAAAAAGAGTTT-AAGTTTATCATACTTTC
* * * *
56609 AAAAAATTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATGATTTGATAACATACTATCATCAATATTATG
322 GAAAGATTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATAATTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
* *
56674 GTATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATGAAGGCTTTATTGT
387 ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATGAAAGCTTTATTGT
* * *
56739 TCTTGATTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATAACAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTG
452 TCTTGCTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTG
* *
56804 ACAAGAAAATAGCATTTTAGGTTTATCATGCCTTTGATAGCTTGAAATGATTTATCAACAAATAA
516 ACAAGAAAATACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGATAGCTTGAAATGATTTATCAACAAATAA
*
56869 TTATCATTTTGATAACATATTATCATTAGTATTATGATATATAATTCATTTATGATCTTACAAAT
581 TTATCATTTTGATAACATATTATCATAAGTATTATGATATATAATTCATTTATGATCTTACAAAT
* ** * * * *
56934 GATTGCAAATTGAAAATAAATTGAAAGCTTTGTTGATCTTGGTTAGAACCTTCCATAATTGGATA
646 GATTACAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGATCTTGATTAAAACCATCCATAATTGGATA
* * ** * * *
56999 TTTACATTGGGAAACATGAAGTAGATGCTATCCTTAGATAAGAAAAGATGATTTTAAGTTTATGA
711 TTTACATTAGGAAACATGAAGTAGATGCTATCCTTAGACAAGAAAAGAACATTTTAAATTAATCA
* * * *
57064 TGCCTTTGAAAGCTTGGAATGGTTTATCAATGAATACTTATCATTTCGATGACATATTATCATCT
776 TGCCTTCGAAAGCTTGGAATGGTTAAACAATGAATAATTATCATTTCGATGACATATTATCATCT
* * * ** * * ** *
57129 ATAATTCATTTATAATCTTATATTGATTATAGTTGAAAATGAATAGAAAGTTTTGTTGTTATGGG
841 ATAATTCAATTATAATCTTATAATGATTATAATAAAAAATAAATAGAAAGCTTTACTATTATGGG
*
57194 TT
906 AT
* * * *
57196 AAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAATGTGAGGTGAATGCTATTCATTGACAAGAA
1 AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGAGAAGTGAATGCTATTCATTGACAAGAA
* *
57261 AAAAGCATTTAA-AGTTGATCATTG--TTTGGAAAGTTTGAAATGATATATGAATGAATAATTAT
66 AAGAGCATTTAAGA-TT-ATCA-TGCCTTT-GAAA-TTTGAAATGAT-TATCAATGAATAATTAT
* * *
57323 CATTTTGATTACATATTAT-CTTCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTACAAATGCT
125 CATTTTGATAACATATTATCCTT-AATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGAT
* * * *
57387 TATAAATC-GAAAATAAAATGAAAGCATTGTTCTTCTTGGTTAAAAACCTATCATAATAAGATGT
189 TATAAATCAG-AAATAAATTGAAAGCTTTGTTATTCTTGGTT-AAAACCTATCATAATTAGATGT
* * * * * * *
57451 TTGCATTGGGAAATG-GCGAGTGGATGCTATCCATT-AATATGGAAAGAGCATTTTAAGTTTATC
252 TTGCATTGAGAAACGTG-AAGTGGATGCTATCCATTGAAAAT-AAAAAAG-AGTTTAAGTTTATC
* * * * * * ** *
57514 ATACCTTCGAAAGGTTGAAATGGTTTAGCAATGAATAGTTACCATCTTGATTACATATTATCATC
314 ATACTTTCGAAAGATTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATAAT-TTGATAACATATTATCATC
* * * *
57579 AATATTATGATATATAATTAATTCATTTTTAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAAAAAAAAG
378 AATATTATG--ATAT-A-TAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATG
* ** * * *
57644 CAAAAGCTTCATT-TCTCTTGCTTAAAATGTATCATAATTGGATGTTTACATTGGAAAACATGAT
439 --AAAGCTTTATTGT-TCTTGCTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCA-T-GAAAACATGAA
* * * * *
57708 GTGGGTGCTATCCATTGACAAGAAAAGACCATTTTAAATTTATAATTCCTTT-ATAAGCTTGAAA
499 GTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAT-AGCTTGAAA
* * * * * **
57772 TGGTTTATCAACAAATAATTATCATTTTGATAACATATTACCGTAAATATTAGGATATACCATTC
563 TGATTTATCAACAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATAAGTATTATGATATATAATTC
57837 ATTTATGATCTT
628 ATTTATGATCTT
57849 CATTTATAAT
Statistics
Matches: 1287, Mismatches: 229, Indels: 98
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
909 3 0.00
910 95 0.07
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926 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (907 bp):
AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACGAGAAGTGAATGCTATTCATTGACAAGAA
AAGAGCATTTAAGATTATCATGCCTTTGAAATTTGAAATGATTATCAATGAATAATTATCATTTT
GATAACATATTATCCTTAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT
CAGAAATAAATTGAAAGCTTTGTTATTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGA
GAAACGTGAAGTGGATGCTATCCATTGAAAATAAAAAAGAGTTTAAGTTTATCATACTTTCGAAA
GATTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATAATTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATAT
ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAAATGAAAGCTTTATTGTTCTT
GCTTAAAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAG
AAAATACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGATAGCTTGAAATGATTTATCAACAAATAATTATC
ATTTTGATAACATATTATCATAAGTATTATGATATATAATTCATTTATGATCTTACAAATGATTA
CAAATAAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGATCTTGATTAAAACCATCCATAATTGGATATTTAC
ATTAGGAAACATGAAGTAGATGCTATCCTTAGACAAGAAAAGAACATTTTAAATTAATCATGCCT
TCGAAAGCTTGGAATGGTTAAACAATGAATAATTATCATTTCGATGACATATTATCATCTATAAT
TCAATTATAATCTTATAATGATTATAATAAAAAATAAATAGAAAGCTTTACTATTATGGGAT
Found at i:58281 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 58253--58289 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
58243 TAATATGATA
*
58253 TATAATTTATTGAAAATCT
1 TATAAATTATTGAAAATCT
*
58272 TATAAATTATTGTAAATC
1 TATAAATTATTGAAAATC
58290 AAAAGTTTGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TATAAATTATTGAAAATCT
Found at i:59957 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 59885--59966 Score: 110
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
59875 NNNNNNNNNN
* ** *
59885 AAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGTTGAGTGTTTG
1 AAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTATG
*
59920 AAAAACCATTTTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTATG
1 AAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTATG
*
59955 AAAAGCCATTGT
1 AAAAACCATTGT
59967 AAAAGCTTGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 7, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 40 1.00
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AAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTATG
Found at i:60272 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 60224--60304 Score: 103
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
60214 AGATCCCAGA
* * *
60224 AAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGTTGAGCCTT-TG
1 AAAAGCCATTGTTGAAGGATGTGGCTGAG-CTTGTG
*
60259 -AAATCCATTGTTGAAGGATGTGGCTGAGCTTGTG
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1 AAAAGCCATTGT
60305 AAAAGCTTGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.08
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ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
AAAAGCCATTGTTGAAGGATGTGGCTGAGCTTGTG
Found at i:61242 original size:231 final size:231
Alignment explanation
Indices: 60729--61559 Score: 822
Period size: 232 Copynumber: 3.6 Consensus size: 231
60719 AGAAAATGTT
* * * ** * **
60729 ATTTACAGTTTATCATGTCTTCGAAAGCTTGAAATTG-TTCATCAGTCTATAATTATCATGTCAA
1 ATTTAAAG-TTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAA-TGATTTATCAGTGAATAATTATCATTTTGA
* * * * * *
60793 TAACACATTATCATCAATATTATGAAATATAATTAATTATAATCTTATGAATGATTACAAATTAA
64 TAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAA
* * *
60858 AAATAAATC-AATAGCTTTGTTATTCTGGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTT--ATTGGGA
129 AAATAAATCGAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGCAATGGGA
* *
60920 AACAAGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAGTAAAGAGC
194 AACATGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAGAAAAGAGC
* * *** *
60958 ATTTTAAAATTATCATGCCTTCGTAAA-CTTGAAATGGTTTATCAACAAATAATTCTCATTTTGA
1 A-TTTAAAGTTATCATGCCTTCG-AAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGAATAATTATCATTTTGA
* * * * *
61022 TACCATATTATAATCAACATTATGATATATAATTCTTT-TACTTTCTTATAAATGATTATAAATA
64 TAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTATTTATA--ATCTTATAAATGATTATAAATA
* * * * * **
61086 AAAGATAAATCGAAT-GCTTCGTTGTTATTGGTTAAAAGCTATCATAATTAAATGTTTGCAATGG
127 AAAAATAAATCGAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGCAATGG
* * *
61150 GAAACATGAAGTGGTTGCTATTCATTGACAAGAAAAGAGC
192 GAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAGAAAAGAGC
* *
61190 ATTTAAAGTTATCATGCCTTCCAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGAATAATTATTATTTTGATA
1 ATTTAAAGTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGAATAATTATCATTTTGATA
* * * *
61255 ACAAATTATCATCAATATTATTATATATAATTTATTTATAACCTTATAAATAATTATAAATAAAA
66 ACATATTATCATCAATATTATGATATATAA-TTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAA
* * * **
61320 AATAAATCG-ATAGCTTTATTGTTCTTGTTTAAAACCAATCATACTTGGATGTTTGC-ATTAGAA
130 AATAAATCGAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGCAATGGGAA
* * * *
61383 A-ATGAGAAGAGGGTGCTATCCTTTAACAAAGAAATAGTG-
195 ACAT--GAAGTGGATGCTATCCATTAAC-AAGAAA-AGAGC
* * * * * * *
61422 TTTTAAATTTTTCATGCATTCGAAAGCTTGGAATGATTTAGCAAG-GAATAATTATCATTTTCAT
1 ATTTAAAGTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATC-AGTGAATAATTATCATTTTGAT
* * * * * * * * *
61486 AGCCTATTATCATCAATAGTATGATTTCTAACTCATTGATCATCTTATAAATGATTGTAAATAAA
65 AACATATTATCATCAATATTATGATATATAA-TTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAA
61551 AAATAAATC
129 AAATAAATC
61560 CATAACTTTA
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 96, Indels: 31
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
228 4 0.01
229 72 0.15
230 81 0.17
231 162 0.33
232 163 0.33
233 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (231 bp):
ATTTAAAGTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGATTTATCAGTGAATAATTATCATTTTGATA
ACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAA
ATAAATCGAATAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCAATCATAATTGGATGTTTGCAATGGGAAA
CATGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAGAAAAGAGC
Found at i:65654 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 65614--65656 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
65604 TATCATCAAT
*
65614 ATTATAATATATAATTC
1 ATTATAATATATAAATC
*
65631 ATTTATAATCATATAAATG
1 A-TTATAAT-ATATAAATC
65650 ATTATAA
1 ATTATAA
65657 ATTGAAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.05
18 13 0.59
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAATATATAAATC
Found at i:65819 original size:232 final size:231
Alignment explanation
Indices: 65326--66926 Score: 1214
Period size: 232 Copynumber: 7.1 Consensus size: 231
65316 GGGTCGTTAC
* * *
65326 ACTTGAAATAGTTTATCAATAAATACTTATCATTTTGATAACATATTGTCATCAATATTATGATA
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATA
* * * *
65391 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAGTCAAAAATAAATTAAAAGCTTTGTTGTT-A
66 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTCA
* * * * * * ***
65455 TTAGTTAGAAGCCT-TCATAGTAAGATGTTTGCAATGGAAAACATGATGTGGCCA--CTAGAAAT
131 TTGGTTA-AAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT-G-CATGCTATCCAT
* * ** * * * *
65517 TAACAATAATTGAGCACTTAAAGTTTTTCATGCCTGCAAAA
193 TGACAAGAAAAGA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAA
* * * * * * *
65558 AATTAAAATGCTTTATCAATTAGTAATTATCATTTTGATAATATATTATCATCAATATTATAATA
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATA
* * * *
65623 TATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAACGCTTTATTGTTCA
66 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTCA
* * * *
65688 TT-GTTCAAATCTATCATAATTAGATGTTTCCATTGGAAAACGTGAAGTGCATGCTATCCATTGA
131 TTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGCATGCTATCCATTGA
* *
65752 CAAGAAAACACAATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCAATA
196 CAAGAAAAGAC-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAA-A
* *
65790 ACTTGAAATGGTTTATGAACAAATAATTATCATTTTG-TGAACATATTATCATCAATATTATGAT
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGAT-AACATATTATCATCAATATTATGAT
* * * *
65854 ATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATCACAAATCAAAAATAAATTG-ACAGCTTTGCTGTT
65 ATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAAC-GCTTTGTTGTT
* * * * * *
65918 C-TTGGTTAAAACCTACCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAATAG-AAGCTATCC-T
129 CATTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGT-GCATGCTATCCAT
* * * **
65980 T----AGATAAGAGGATTTTAAGTTTTTCATGTGTTCAAA
193 TGACAAGAAAAGA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAA
* * *
66016 AGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATATTATCATCAATAATATGAT
1 A-CTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGAT
* * * * * * *
66081 TTAAAATTCATTT-TCAAT-TGTATAAAAGGTTATAAATTG-----AAA--G--CG--TTATAGT
65 ATATAATTCATTTAT-AATCT-TATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGT
* * * *
66133 T-ATTGG-T---GCCTATCATAATTAGATGTTTGAACT-GAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCA
128 TCATTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGCATGCTATCCA
* * *
66192 TTAACAAGAAAACAACATTTTAAGCTTATCATG-CTATCGAAA
192 TTGACAAGAAAA-GACATTTTAAGTTTATCATGCCT-TC-AAA
* * * * * * * *
66234 GCTTGAAATGTTTTATTAATGAATAATTATCATTTTGACAGCATATTATCGTCAATATTGTGATA
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATA
* * * *
66299 TATAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATTGAAGGCTTTGTGGTTCA
66 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTCA
* * * * * * *
66364 -TGGTTTAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGAAAACTTCAAATGCATGCTAT-CATTGT
131 TTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGCATGCTATCCATTGA
** *
66427 CAAGACAATAG-CATTTTCTGTTTATCATGCCTTCGATA
196 CAAGA-AA-AGACATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAA
* * * * * *
66465 GCTTGATATGGTTTATCAACAAATAATTATCATTTTG-TGTACATATTGTCATTAA-ATTATGAT
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGAT-AACATATTATCATCAATATTATGAT
* * * * * *
66528 ATATATTTCAGTTATAATCTTATTAATGATTACAAATCGAAGATAAATTGAAAGC--T-TTGTTC
65 ATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTC
* * * * * * * **
66590 -TTGGTTAAAACCTACCAT-ATTGGATGTTTGTATTGGGAAGCGTGAAGTGAAAACTATCC-TTG
130 ATTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGCATGCTATCCATT-
* * * *
66652 GATAAGAAAAGAGGATTTTATGTTTATTATGCCTTCGAAA
194 GACAAGAAAAGA-CATTTTAAGTTTATCATGCCTTC-AAA
* * * * * * *
66692 GCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTGTCATTTTGGTAACATATTATCATCAATATTAAGATT
1 ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATA
* * * ** * *
66757 TGTAATTCATTTTTAATCGTATAAA--A-GGT---T-----ATAAATTGAAAGTTTTGTTGTT-A
66 TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTCA
* * * * * * * * *
66810 TTAGTTACAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGG-AAATATGAAGTGGACGTTATCCATTA
131 TTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCA-TTGGAAAACATGAAGTGCATGCTATCCATTG
*
66874 ACAAGAAATCA-ACATTTTAAGTATATCATGCCTTCAAA
195 ACAAGAAA--AGACATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAA
66912 AGCTTGAAATGGTTT
1 A-CTTGAAATGGTTT
66927 TCTTTTTATT
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 217, Indels: 143
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
211 2 0.00
212 38 0.03
213 2 0.00
215 1 0.00
216 10 0.01
217 119 0.11
218 7 0.01
219 2 0.00
220 23 0.02
221 66 0.06
222 14 0.01
223 1 0.00
224 1 0.00
225 2 0.00
226 39 0.04
227 203 0.19
228 38 0.03
229 2 0.00
230 56 0.05
231 87 0.08
232 366 0.34
233 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (231 bp):
ACTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATA
TATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCGAAAATAAATTGAACGCTTTGTTGTTCA
TTGGTTAAAACCTATCATAATTAGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGCATGCTATCCATTGA
CAAGAAAAGACATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAA
Found at i:66786 original size:675 final size:677
Alignment explanation
Indices: 65544--66927 Score: 1770
Period size: 675 Copynumber: 2.0 Consensus size: 677
65534 TTAAAGTTTT
* ** * * * * * *
65544 TCATGCCTGCAAAAAATTAAAATGCTTTATCAATTAGTAATTATCATTTTGATAATATATTATCA
1 TCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGACAACATATTATCA
* *
65609 TCAATATTATAATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATTGAAAATAAATCGAA
66 TCAATATTATAATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCGAA
* * * * * *
65674 CGCTTTATTGTTCATTGTTCAAATCTATCATAATTAGATGTTTCCATTGGAAAACGTGAAGTGCA
131 CGCTTTATGGTTCATGGTTCAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACGTCAAATGCA
65739 TGCTATCCATTGACAAGAAAACACAATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCAATAACTTGAAATGGTTT
196 TGCTATCCATTGACAAGAAAACACAATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCAATAACTTGAAATGGTTT
* *
65804 ATGAACAAATAATTATCATTTTGTGAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTAT
261 ATCAACAAATAATTATCATTTTGTGAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTAT
*
65869 AATCTTATAAATGATCACAAATCAAAAATAAATTGACAGCTTTGCTGTTCTTGGTTAAAACCTAC
326 AATCTTATAAATGATCACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTT-CTGTTCTTGGTTAAAACCTAC
* * *
65934 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAATATGAAATAGAAGCTATCCTTAGATAAGAGGATTTTAAG
390 CATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATAGAAACTATCCTTAGAAAAGAGGATTTTAAG
** * *
65999 TTTTTCATGTGTTCAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAATATATT
455 TTTTTCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATT
* *
66064 ATCATCAATAATATGATTTAAAATTCATTTTCAATTGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCGTTA
520 ATCATCAATAATAAGATTTAAAATTCATTTTCAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCGTTA
* *
66129 TAGTTATT-GGT-GCCTATCATAATTAGATGTTTG-AACTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCC
585 TAGTTATTAGGTAACCTATCATAATTAGATGTTTGCAACTG-GAAACATGAAGTGGACGCTATCC
66191 ATTAACAAGAAAACAACATTTTAAGCT-TA
649 ATTAACAAGAAAACAACATTTTAAG-TATA
* * *
66220 TCATG-CTATCGAAAGCTTGAAATGTTTTATTAATGAATAATTATCATTTTGACAGCATATTATC
1 TCATGCCT-TCAAAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGACAACATATTATC
* * * *
66284 GTCAATATTGTGATATATAATTCATTTATAAT-ATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATTG
65 ATCAATATTATAATATATAATTCATTTATAATCA-TATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCG
* * * * *
66348 AAGGCTTTGTGGTTCATGGTTTAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGAAAACTTCAAATG
129 AACGCTTTATGGTTCATGGTTCAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACGTCAAATG
* * * ** * * * *
66413 CATGCTAT-CATTGTCAAGACAATAGC-ATTTTCTGTTTATCATGCCTTCGATAGCTTGATATGG
194 CATGCTATCCATTGACAAGAAAACA-CAATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCAATAACTTGAAATGG
* * * *
66476 TTTATCAACAAATAATTATCATTTTGTGTACATATTGTCATTAA-ATTATGATATATATTTCAGT
258 TTTATCAACAAATAATTATCATTTTGTGAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGT
* * * *
66540 TATAATCTTATTAATGATTACAAATCGAAGATAAATTGAAAGC-TT-TGTTCTTGGTTAAAACCT
323 TATAATCTTATAAATGATCACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCTGTTCTTGGTTAAAACCT
* * * *
66603 ACCAT-ATTGGATGTTTGTATTGGGAAGCGTGAAGT-GAAAACTATCCTTGGATAAGAAAAGAGG
388 ACCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATAG-AAACTATCC-T---T-AGAAAAGAGG
* * * *
66666 ATTTTATGTTTATT-ATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTGTCATTTTGG
447 ATTTTAAGTTT-TTCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGA
* ** *
66730 TAACATATTATCATCAATATTAAGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATAAAAGGTTATAAATTG
511 TAACATATTATCATCAATAATAAGATTTAAAATTCATTTTCAATCGTATAAAAGGTTATAAATTG
** * * * * * ** *
66795 AAAGTTTTGTTGTTATTAGTTACAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTGGAAATATGAAGTG
576 AAAGCGTTATAGTTATTAGGT--AACCTATCATAATTAGATGTTTGCAACTGGAAACATGAAGTG
* *
66860 GACGTTATCCATTAACAAGAAATCAACATTTTAAGTATA
639 GACGCTATCCATTAACAAGAAAACAACATTTTAAGTATA
66899 TCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGGTTTT
1 TCATGCCTTCAAAAGCTTGAAAT-GTTTT
66928 CTTTTTATTT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 85, Indels: 32
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
669 1 0.00
670 33 0.05
671 24 0.04
673 2 0.00
674 57 0.09
675 221 0.37
676 172 0.28
678 1 0.00
679 84 0.14
680 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (677 bp):
TCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGTTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGACAACATATTATCA
TCAATATTATAATATATAATTCATTTATAATCATATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCGAA
CGCTTTATGGTTCATGGTTCAAACCTATCATAATTAGATGTTTACATTGGAAAACGTCAAATGCA
TGCTATCCATTGACAAGAAAACACAATTTTAAGTTTATCAAGCCTTCAATAACTTGAAATGGTTT
ATCAACAAATAATTATCATTTTGTGAACATATTATCATCAATATTATGATATATAATTCAGTTAT
AATCTTATAAATGATCACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCTGTTCTTGGTTAAAACCTACC
ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAATAGAAACTATCCTTAGAAAAGAGGATTTTAAGT
TTTTCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTA
TCATCAATAATAAGATTTAAAATTCATTTTCAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCGTTAT
AGTTATTAGGTAACCTATCATAATTAGATGTTTGCAACTGGAAACATGAAGTGGACGCTATCCAT
TAACAAGAAAACAACATTTTAAGTATA
Found at i:67523 original size:232 final size:234
Alignment explanation
Indices: 67026--70721 Score: 3240
Period size: 232 Copynumber: 16.1 Consensus size: 234
67016 GTTTGGGTGC
* * * * * *
67026 AAGCTTGAAATAGTTTATTAATGAATAATTACCATTTTGATAATATATTATCTTCAATATTGTGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
*
67091 TATATAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAAA-AAATC-AAACGCTTTGTTG
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATC-AAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTG
* * * * ** * *
67154 TTCATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTTGGAAATGTGAAGTGCATGGTATCCAT
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * * ** *
67219 T-TACAAGACAA-TAGCATTTTTTGGTTTATCATGCCTTTGA
194 TAGACAAGAAAAGAAGCA-TTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * *
67259 TAGGTTGAAATGGTTTATCAA--ATATGATTATCATTTTG-TGAATATATTGTTATCAATATTAT
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGA-ATAATTATCATTTTGAT-AACATATTATCATCAATATTAT
* * *
67321 GATATATAATTCATTTATAATCTTATAACTGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTATTG
64 GATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG
* * * * * ** * *
67386 TTCTTAGTTAAAACCTACCATAATTGGGTGTTCGCATTGGGAAACATTAAGCAGAAGCTATTC-T
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* *
67450 TAGATAAGACAAGAAG-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
194 TAGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
*
67490 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * * * *
67555 TTTGTAATTCATTTTTAATCGTATATAA-G-GT-T--AT---AGAT---T-GAAAGCTTTATTGT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATA-AATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGT
* * ** * * *
67608 TATTGGTTACAACCTATCATAA-TGGATGTTTGCATTGAAAAACATGTAGTGGATGTTATCCACT
130 TCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT
* * * *
67672 A-ATAAGAAAACAA-CATTTTAAGTTTATCATGCTTTGGA
195 AGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * *
67710 AACCTTGAAATGGTTTGTTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCGATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * *
67775 TATATAATTCATTTATAATCTTATATATGATTTTAAAT-AAAAA-CAATCGAAAGCTTTGCTGTT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * * * *
67838 CATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATTTTTTCATTAGAAAACGTGAAGCGCATGCTATCC-TTA
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTA
* * * * * **
67902 CATAAGAAAA-AGGGATTTTAAGTGTATGTTGCCTTCGA
196 GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * *
67940 AAGCTAGACATAGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * * * * *
68005 TTTGTATTTCAATTT-TAATCATACAAAAG-GT-T--AT---AAAT---T-GAAAGCTTTATTGT
66 TATATAATTC-ATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGT
* * * **
68058 TATTGGTTACAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTAAATGCTATCCATT
130 TCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT
* * * * * **
68123 -GGCAAGAAAA-TAGCATTTTATGTTTCTCTTGCCTTTAA
195 AGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * *
68161 AAGCTTGAAATGGTTTATTAATGAATAATTATCATTTCGATATCATATTATCATCAATATTGTGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * * * *
68226 TATATCATTCAATTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAA-AAATTGAATGTTTTGTTGTT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * * *
68290 CATGGCTCAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATT-GGACAACATGAAGTGCATGTTGTCCATT
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGA-AACATGAAGTGGATGCTATCCATT
* * * * *
68354 -GGCAAGATAA-TAGCATTTTAGGTTTATCATGCCTTTGA
195 AGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * *
68392 TAGCTTGAATTGGTTTATCAAAGAATAATTATAATTTTGATAACATACTATCTTCAATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * *
68457 TATATCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATAAAAAAT-AATCAAAAGCTTTGTTTTT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * *
68521 ATTGATTAAAACTTATCATGATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGTGGAAGCTATCC-TTG
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTA
* * *
68585 GATAAGAAAAG-AGGATTTTAAGTTTATCATGCC-TCAA
196 GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * *
68622 AAGCTTAAAATGATTTAACAATGAATAATTATCATTTTGACAACATATTATCATCAATCTTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * * * *
68687 TTTGTAATTCATTTTTAATCTTAT--A--A--A-AAAT----TATAAATTGAAAGCTTTGCTATT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * *
68741 ATTGGTTACAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGTTATCCATT-
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTA
* *
68805 GACAAGAAAA-TAGCATTTTAAGCTTATCATGCCTTCGA
196 GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * *
68843 AAGCTTAAAATGGTTTATTACTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTGTGATCAATATTATGG
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * * *
68908 TTTATAA-T-ATTTCTATAATTTTGTAAATGATT-CAAATC-AAAATAAATTGAAAGCTTTCTTG
66 TATATAATTCA-TT-TATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG
** * * * * *
68969 TTCTTAATTAAAAACAATCTTAATTGGATGTTTGCATTGGGAGACATGAAGTGAATGCTATCCAT
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * * *
69034 TA-ACAAGAAAAG-GGTATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAA
194 TAGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * *
69073 AAGCTTGAAATGGTTTAT-AACTGAATTATTTTCTTTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
* * * *
69137 ATATACATTTCATTTATAATCTTATAAATTATTATAAATCAAAACTAAAT-GAAAAGCTTTGGTG
65 ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCG-AAAGCTTT-GT-
* * **
69201 TGTT-TT-GCTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATT-TTAAA-ATGAGAAGTGGATGCTAT
127 TGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAT--GAAGTGGATGCTAT
* ** *
69262 CCATT-GACAAGAAAAG-AGGATTTTAAGTTTATCATAACTTTGA
190 CCATTAGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* ** * *
69305 AAGCTTAAAATGGTTTATCAACAAATAATTATCATGTTGATAACATATTATCATCGATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * ** * * *
69370 TATGTAATTTATTTATAATCTTAGAAATGATTATAACTTGAAAGTAAATTGAAAGCTTTCTTGTT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * * * * * * *
69435 ATTGGTTAAAAGCTAACATAACTAGATATTTGTATTGAGATACGTAAAGTGGATGCTATTCA-TA
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTA
* * * * *
69499 AACAAGAAAA-AGGCA-TTAAAGTTTATTATGCCTTAGA
196 GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * *
69536 AAACTTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATCATTTTGATAAAATATT-TCATCAATATTCTAA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * *
69600 TATATAATTCATTTATATTCTCATAAATGATTATAAATCCAAAAAAAAATTGAAAGCTTTCTTGC
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-CAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTG-
* * * * * *
69665 TT-TTGGATAAAACCTATCAAAATTCGATGTTTGCATAGGAAAATATGAAGTGGATGCTATCCAT
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCAT
* * * * *
69729 T-GACAATAAAA-AGAGCATTTTATGTTTATCTTCCCTTTGA
194 TAGACAAGAAAAGA-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * *
69769 AAGCTTAAAATGGTTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACAAATTATCATCAATGTTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
** * * * *
69834 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATTTTTA-AAATTAGAAATAAATTGAAAAGCATTGTTGC
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCG-AAAGCTTTGTTG-
* * ** **
69898 TT-TTGTTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTATGAAATGTGAAGTGGATG-TCAT-C-
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCT-ATCCA
* * * **
69959 TTATGACAAGAAAAG-AGGATTTTAAGTTTATTATACCTTTAA
193 TTA-GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * *
70001 AAGCTTTAAATTGTTTATCAATGAATAA-TATTCATTGTGATAACATACTATCAACAATATTATG
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTA-TCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
* * ** *
70065 ATATGTAATTCATTTATAATCTTATAACTGATTATAAATTGAAAATAAATC-AAATGCTTTCTTG
65 ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAA-GCTTTGTTG
* * * * * ** * *
70129 TTCATGGTTAAAACTTATCACAATTGGATGTTTGCTTTAGGAAATGTGAAAAGTGGATGCCATCT
129 TTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG--AAGTGGATGCTATCC
* ** *
70194 ATT-GAGAAGAAAAG-AGCATTTTAAGTTTAAAATGCCTTTGA
192 ATTAGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * * *
70235 AAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAGCACATTATCATCAATATTGTCA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * *
70300 TATATAATTCTTTTATAATCTTTTAAATTATTACAAATCAAAAATAAATCG-AAGCTTTGTTGTT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
* * * * * * * **
70364 CTTGGTTAAAATCTATCACAATAGAATGTTTGCATTAGGAAATGA-GAAGTAGATGGAATCCATT
131 CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAA-CATGAAGTGGATGCTATCCATT
* ** * *
70428 -GACAAAAAAAG-AGCACATTAAGTTTATCATTCCTTCAA
195 AGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* * * * *
70466 AAGCTTGAAATGGTTTACCAATGAATGATTATCATTTTGATAGCATATTACCATCAACATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * *
70531 TTTATAATTAATTTGTAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATCGACAA-CTTTGTTGT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGA-AAGCTTTGTTGT
* * * * * * *
70595 TCATGATTAAAACCTACCATAATTGGATATTTGTATTGGAAAACATGAAATTGG-TGCTATCC-T
130 TCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATG-AAGTGGATGCTATCCAT
* * * * *
70658 TTGATAAGAAAAG-AGGATTTTAATTTTATCATGCCATCGA
194 TAGACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
* *
70698 GAGCTTGAAATGCTTTATCAATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGA
70722 TTATAAATTA
Statistics
Matches: 2796, Mismatches: 556, Indels: 223
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
219 4 0.00
220 245 0.09
221 273 0.10
222 6 0.00
223 6 0.00
224 6 0.00
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236 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (234 bp):
AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTGTT
CTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTA
GACAAGAAAAGAAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGA
Found at i:67597 original size:800 final size:793
Alignment explanation
Indices: 66232--67725 Score: 2158
Period size: 800 Copynumber: 1.9 Consensus size: 793
66222 ATGCTATCGA
* *
66232 AAGCTTGAAATGTTTTATTAATGAATAATTATCATTTTGACAGCATATTATCGTCAATATTGTGA
1 AAGCTTGAAATGTTTTATTAATGAATAATTACCATTTTGACAACATATTATCGTCAATATTGTGA
* ** *
66297 TATATAATTCATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATTGAAGGCTTTGTGGTT
66 TATATAATTAATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCAAACGCTTTGTGGTT
* *
66362 CATGGTTTAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTGGAAAACTTCAAATGCATGCTATCATTGT
131 CATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTACATTGGAAAACTTCAAATGCATGCTATCATTGT
*
66427 CAAGACAATAGCATTTTCTGTTTATCATGCCTTCGATAGCTTGATATGGTTTATCAACAAATAAT
196 CAAGACAATAGCATTTTCTGTTTATCATGCCTTCGATAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAAT
* * *
66492 TATCATTTTGTGTACATATTGTCATTAAATTATGATATATATTTCAGTTATAATCTTATTAATGA
261 TATCATTTTGTGAACATATTGTCATCAAATTATGATATATAATTCAGTTATAATCTTATTAATGA
* * * * * *
66557 TTACAAATCGAAGATAAATTGAAAGCTTTGTTCTTGGTTAAAACCTACCATATTGGATGTTTGTA
326 TTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTCTTAGTTAAAACCTACCATATTGGATGTTCGCA
* * * * * * *
66622 TTGGGAAGCGTGAAGTGAAAACTATCCTTGGATAAGAAAAGAGGATTTTATGTTTATTATGCCTT
391 TTGGGAAACATGAAGAGAAAACTATCCTTAGATAAGAAAAGAAGATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * *
66687 CGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTGTCATTTTGGTAACATATTATCATCAATATTA
456 CGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTA
* *
66752 AGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGTTTTGTTGTTATTAGTTA
521 AGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCTTTATTGTTATTAGTTA
* * * *
66817 CAACCTATTATAATTGGATGTTTGCATTTG-GAAATATGAAGTGGACGTTATCCATTAACAAGAA
586 CAACCTATCATAA-TGGATGTTTGCA-TTGAAAAACATGAAGTGGACGTTATCCACTAACAAGAA
* *
66881 ATCAACATTTTAAGTATATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGGTTTTCTTTTTATTTTTTTTATA
649 AACAACATTTTAAGTATATCATGCCTTCAAAACCTTGAAATGGTTTTCTTTTTATTTTTTTTATA
66946 ATTGGGGGAGGGGGGATTCGAATTCTGCTCTTTAGGCAGGGGGGATCATGCATCAACCAATGAGT
714 ATTGGGGGAGGGGGGATTCGAATTCTGCTCTTTAGGCAGGGGGGATCATGCATCAACCAATGAGT
67011 CAAATGTTTGGGTGC
779 CAAATGTTTGGGTGC
* * *
67026 AAGCTTGAAATAG-TTTATTAATGAATAATTACCATTTTGATAATATATTATCTTCAATATTGTG
1 AAGCTTGAAAT-GTTTTATTAATGAATAATTACCATTTTGACAACATATTATCGTCAATATTGTG
* * *
67090 ATATATAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAAAAAATCAAACGCTTTGTTGT
65 ATATATAATTAATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCAAACGCTTTGTGGT
* * * *
67155 TCATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTTGG-AAA-TGTGAAGTGCATGGTATCCA
130 TCATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTACA-TTGGAAAACT-TCAAATGCATGCTAT-CA
* * *
67218 TT-TACAAGACAATAGCATTTTTTGGTTTATCATGCCTTTGATAGGTTGAAATGGTTTATCAA-A
192 TTGT-CAAGACAATAGCATTTTCT-GTTTATCATGCCTTCGATAGCTTGAAATGGTTTATCAACA
* * * * *
67281 TATGATTATCATTTTGTGAATATATTGTTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTA
255 AATAATTATCATTTTGTGAACATATTGTCATCAA-ATTATGATATATAATTCAGTTATAATCTTA
67346 -TAACTGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGTTAAAACCTACCATAAT
319 TTAA-TGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGC--T-TTGTTCTTAGTTAAAACCTACCAT-AT
* * * * *
67410 TGGGTGTTCGCATTGGGAAACATTAAGCAG-AAGCTATTCTTAGATAAGACAAGAAGATTTTAAG
379 TGGATGTTCGCATTGGGAAACATGAAG-AGAAAACTATCCTTAGATAAGAAAAGAAGATTTTAAG
*
67474 TTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATT
443 TTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATT
* * *
67539 ATCATCAATATTATGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATATAAGGTTATAGATTGAAAGCTTTA
508 ATCATCAATATTAAGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCTTTA
* * *
67604 TTGTTATTGGTTACAACCTATCATAATGGATGTTTGCATTGAAAAACATGTAGTGGATGTTATCC
573 TTGTTATTAGTTACAACCTATCATAATGGATGTTTGCATTGAAAAACATGAAGTGGACGTTATCC
* * * **
67669 ACTAATAAGAAAACAACATTTTAAGTTTATCATGCTTTGGAAACCTTGAAATGGTTT
638 ACTAACAAGAAAACAACATTTTAAGTATATCATGCCTTCAAAACCTTGAAATGGTTT
67726 GTTAATGAAT
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 71, Indels: 23
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
793 1 0.00
794 163 0.27
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796 89 0.14
798 4 0.01
799 103 0.17
800 195 0.32
801 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (793 bp):
AAGCTTGAAATGTTTTATTAATGAATAATTACCATTTTGACAACATATTATCGTCAATATTGTGA
TATATAATTAATTTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAAAAAATCAAACGCTTTGTGGTT
CATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTACATTGGAAAACTTCAAATGCATGCTATCATTGT
CAAGACAATAGCATTTTCTGTTTATCATGCCTTCGATAGCTTGAAATGGTTTATCAACAAATAAT
TATCATTTTGTGAACATATTGTCATCAAATTATGATATATAATTCAGTTATAATCTTATTAATGA
TTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTGTTCTTAGTTAAAACCTACCATATTGGATGTTCGCA
TTGGGAAACATGAAGAGAAAACTATCCTTAGATAAGAAAAGAAGATTTTAAGTTTATCATGCCTT
CGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTA
AGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATAAAAGGTTATAAATTGAAAGCTTTATTGTTATTAGTTA
CAACCTATCATAATGGATGTTTGCATTGAAAAACATGAAGTGGACGTTATCCACTAACAAGAAAA
CAACATTTTAAGTATATCATGCCTTCAAAACCTTGAAATGGTTTTCTTTTTATTTTTTTTATAAT
TGGGGGAGGGGGGATTCGAATTCTGCTCTTTAGGCAGGGGGGATCATGCATCAACCAATGAGTCA
AATGTTTGGGTGC
Found at i:68381 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 67026--70721 Score: 3138
Period size: 682 Copynumber: 5.4 Consensus size: 678
67016 GTTTGGGTGC
* * * * * *
67026 AAGCTTGAAATAGTTTATTAATGAATAATTACCATTTTGATAATATATTATCTTCAATATTGTGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* *
67091 TATATAATTAATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCTAAAAAAAATC-AAACGCTTTGTTGT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA--TAAAAACAATCGAAA-GCTTTGTTGT
* * * * * * * *
67155 TCATGGTTCAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATTTGGAAATGTGAAGTGCATGGTATCCATT
128 T-ATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCC--T
* * * ** * ** * * *
67220 TAC--AAGACAATAGCATTTTTTGGTTTATCATGCCTTTGATAGGTTGAAATGGTTTATCAA--A
190 TACATAAGAAAAGAGGA-TTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTAAAAT-GTTTATCAATGA
* * * * *
67281 TATGATTATCATTTTG-TGAATATATTGTTATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTT
253 -ATAATTATCATTTTGAT-AACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATC--
** * * * * *
67345 ATAACTGATTACAAATCAAAAATAAATCGAAAGCTTTATTGTTCTTAGTTAAAACCTACCATAAT
314 ---A-T-A-TA-AAA--AATTATAAATTGAAAGCTTTCTTGTTATTGGTTAAAACCTATCATAAT
* * * * ** * * *
67410 TGGGTGTTCGCATTGGGAAACATTAAGCAGAAGCTATTC-TTAGATAAGACAAGA-AG-ATTTTA
370 TGGATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT-GACAAGA-AA-ATAGCATTTTA
** *
67472 AGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATAAATAATTATCATTTTGATAACATA
432 AGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATA
* * * * * *
67537 TTATCATCAATATTATGATTTGTAATTCATTTTTAATCGTATATAA-G-GT-----T-----ATA
497 TTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTATA-AATGATTACAAATCAAAAATA
* * * * * *
67590 GATTGAAAGCTTTATTGTTATTGGTTACAACCTATCAT-AATGGATGTTTGCATTGAAAAACATG
561 AATTGAAAGCTTTCTTGTTCTTGG-TAAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATTG-GAAACATG
* * * * * * *
67654 TAGTGGATGTTATCCACTAATAAGAAAACAACATTTTAAGTTTATCATGCTTTGGA
624 AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTT-GA
* * * *
67710 AACCTTGAAATGGTTTGTTAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCGATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * *
67775 TATATAATTCATTTATAATCTTATATATGATTTTAAATAAAAACAATCGAAAGCTTTGCTGTTCA
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAACAATCGAAAGCTTTGTTGTT-A
* * * * * *
67840 TGGTTCAAACCTATCATAATTGGATTTTTTCATTAGAAAACGTGAAGCGCATGCTATCCTTACAT
130 TGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCTTACAT
* ** * * *
67905 AAGAAAA-AGGGATTTTAAGTGTATGTTGCCTTCGAAAGC-TAGACATAGTTTATCAATGAATAA
195 AAGAAAAGA-GGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTA-AAAT-GTTTATCAATGAATAA
* * *
67968 TTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATTTGTATTTCAATTT-TAATCATACAAA
257 TTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTC-ATTTATAATCATATAAA
** * *
68032 AGGTTATAAATTGAAAGCTTTATTGTTATTGGTTACAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG
321 AAATTATAAATTGAAAGCTTTCTTGTTATTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGG
** * * * *
68097 AAAACATGAAGTAAATGCTATCCATTGGCAAGAAAATAGCATTTTATGTTTCTCTTGCCTTTAAA
386 AAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAA
* * *
68162 AGCTTGAAATGGTTTATTAATGAATAATTATCATTTCGATATCATATTATCATCAATATTGTGAT
451 AGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTGTGAT
* * * * * * * *
68227 ATATCATTCAATTATAATATTATAAATGATTATAAATCGAAAA-AAATTGAATGTTTTGTTGTTC
516 ATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCTTGTTC
* * * * * *
68291 ATGGCTCAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATTGGACAACATGAAGTGCATGTTGTCCATTGG
581 TTGG-TAAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATTGGA-AACATGAAGTGGATGCTATCCATTGA
* * *
68356 CAAGATAATAGCATTTTAGGTTTATCATGCCTTTGA
644 CAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTGA
* * * * * *
68392 TAGCTTGAATTGGTTTATCAAAGAATAATTATAATTTTGATAACATACTATCTTCAATATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * *
68457 TATATCATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATAAAAAATAATCAAAAGCTTTGTTTTTA
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-AAAAACAATCGAAAGCTTTGTTGTTA
* * * * * **
68522 TTGATTAAAACTTATCATGATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGTGGAAGCTATCCTTGGA
130 -TGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCTTACA
* *
68587 TAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATGCC-TCAAAAGCTTAAAATGATTTAACAATGAATAAT
194 TAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTAAAATG-TTTATCAATGAATAAT
* * * * *
68651 TATCATTTTGACAACATATTATCATCAATCTTATGATTTGTAATTCATTTTTAATCTTATAAAAA
258 TATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCATATAAAAA
* *
68716 ATTATAAATTGAAAGCTTTGC-TATTATTGGTTACAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA
323 ATTATAAATTGAAAGCTTT-CTTGTTATTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGA
* * **
68780 AAACATGAAGTGGATGTTATCCATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGCTTATCATGCCTTCGAAA
387 AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAA
* * * * * * * *
68845 GCTTAAAATGGTTTATTACTGAATAATTATCATTTTGATAACATATTGTGATCAATATTATGGTT
452 GCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTGTGATA
* *
68910 TATAA-T-ATTTCTATAATTTTGTAAATGATT-CAAATC-AAAATAAATTGAAAGCTTTCTTGTT
517 TATAATTCA-TT-TATAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCTTGTT
** * * * * *
68971 CTTAATTAAAAAC-AATCTTAATTGGATGTTTGCATTGGGAGACATGAAGTGAATGCTATCCATT
580 CTT-GGT-AAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATT-GGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATT
* * * * **
69035 AACAAGAAAAGGGTATTTTAAGTTTAACATGCCTTCAA
642 GACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATG-CTTTGA
* * *
69073 AAGCTTGAAATGGTTTAT-AACTGAATTATTTTCTTTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAA-TGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
* * * *
69137 ATATACATTTCATTTATAATCTTATAAATTATTATAAATCAAAACTAAAT-GAAAAGCTTTGGTG
65 ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAAC--AATCG-AAAGCTTT-GT-
* * * ** * *
69201 TGTTTTG-CTAAAACCTATCATAATTGGATTTTTGCATTTTAAAATGAGAAGTGGATGCTATCCA
125 TGTTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCC-
* ** **
69265 TTGAC--AAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATAACTTTGAAAGCTTAAAATGGTTTATCAACA
189 TT-ACATAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTAAAAT-GTTTATCAATG
* * * *
69328 AATAATTATCATGTTGATAACATATTATCATCGATATTATGATATGTAATTTATTTATAATCTTA
252 AATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCATA
* * * *
69393 GAAATGATTATAACTTGAAAGTAAATTGAAAGCTTTCTTGTTATTGGTTAAAAGCTAACATAACT
317 -TAA--A--A-AA-TT---A-TAAATTGAAAGCTTTCTTGTTATTGGTTAAAACCTATCATAATT
* * * * * * * ** *
69458 AGATATTTGTATT-GAGATACGTAAAGTGGATGCTATTCATAAACAAGAAAA-AGGCA-TTAAAG
371 GGATGTTTGCATTGGA-AAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATA-GCATTTTAAG
* * * * *
69520 TTTATTATGCC-TTAGAAAACTTGAAATGCTTTATCAAAGAATAATTATCATTTTGATAAAATAT
434 TTTATCATGCCTTTA-AAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATAT
* * * * * *
69584 T-TCATCAATATTCTAATATATAATTCATTTATATTCTCATAAATGATTATAAATCCAAAAAAAA
498 TATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAAT-CAAAAATAA
* * * *
69648 ATTGAAAGCTTTCTTGCTT-TTGGATAAAACCTATCA-AAATTCGATGTTTGCATAGGAAAATAT
562 ATTGAAAGCTTTCTTG-TTCTTGG-TAAAACTTATCATAAA-TGGATGTTTGCATTGG-AAACAT
* * * *
69711 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAATAAAAAGAGCATTTTATGTTTATCTTCCCTTTGA
623 GAAGTGGATGCTATCCATTGACAA-GAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCAT-GCTTTGA
* * * *
69769 AAGCTTAAAATGGTTTATCAATGGATAATTATCATTTTGATAACAAATTATCATCAATGTTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
** * *
69834 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATTTTTA-AAATTAGAAATA-AATTGAAAAGCATTGTTG
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAA-TA-AAA-ACAATCG-AAAGCTTTGTTG
* * * *
69897 CTTTTGTTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTACATTATG-AAATGTGAAGTGGATG-TCAT-C
127 -TTATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GAAAACGTGAAGTGGATGCT-ATCC
* * * * *
69959 TTATGACAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATTATACCTTTAAAAGCTTTAAATTGTTTATCAATG
189 TTA-CATAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGC-TTAAAATGTTTATCAATG
* * *
70024 AATAA-TATTCATTGTGATAACATACTATCAACAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCTT
252 AATAATTA-TCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATC--
* * * *
70088 ATAACTGATTATAAATTGA-AAATAAATCAAATGCTTTCTTGTTCA-TGGTTAAAACTTATCACA
314 AT-A-T-A--AAAAATT-ATAAAT---TGAAA-GCTTTCTTGTT-ATTGGTTAAAACCTATCATA
* ** * * * *
70151 ATTGGATGTTTGCTTTAGG-AAATGTGAAAAGTGGATGCCATCTATTGAGAAGAAAAGAGCATTT
368 ATTGGATGTTTGCATT-GGAAAACATG--AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATAGCATTT
** * * * *
70215 TAAGTTTAAAATGCCTTTGAAAGCTTGAAATAGTTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAGCA
430 TAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACA
* * * * *
70280 CATTATCATCAATATTGTCATATATAATTCTTTTATAATCTTTTAAATTATTACAAATCAAAAAT
495 TATTATCATCAATATTGTGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAAT
* * * *
70345 AAATCG-AAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAA-TCTATCA-CAATAGAATGTTTGCATTAGGAAAT
560 AAATTGAAAGCTTTCTTGTTCTTGG-TAAAACT-TATCATAAAT-GGATGTTTGCATT-GGAAA-
* * ** * ** * **
70407 GA-GAAGTAGATGGAATCCATTGACAAAAAAAGAGCACATTAAGTTTATCATTCCTTCAA
620 CATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCA-TGCTTTGA
* * * * *
70466 AAGCTTGAAATGGTTTACCAATGAATGATTATCATTTTGATAGCATATTACCATCAACATTATGA
1 AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
* * * * *
70531 TTTATAATTAATTTGTAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATCGACAA-CTTTGTTGT
66 TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT-AAAAA-CAATCGA-AAGCTTTGTTGT
* * * * * *
70595 TCATGATTAAAACCTACCATAATTGGATATTTGTATTGGAAAACATGAAATTGG-TGCTATCCTT
128 T-ATGATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTG-AAGTGGATGCTATCCTT
** * * * * * *
70659 TGATAAGAAAAGAGGATTTTAATTTTATCATGCCATCGAGAGCTTGAAATGCTTTATCAATGA
191 ACATAAGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTAAAATG-TTTATCAATGA
70722 TTATAAATTA
Statistics
Matches: 2455, Mismatches: 430, Indels: 241
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
669 1 0.00
670 6 0.00
671 173 0.07
672 3 0.00
673 3 0.00
674 1 0.00
675 1 0.00
676 1 0.00
677 2 0.00
680 16 0.01
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686 1 0.00
688 1 0.00
689 2 0.00
690 2 0.00
692 37 0.02
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699 72 0.03
700 48 0.02
702 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (678 bp):
AAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGA
TATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATAAAAACAATCGAAAGCTTTGTTGTTAT
GATTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAGTGGATGCTATCCTTACATA
AGAAAAGAGGATTTTAAGTTTATCATACCTTCAAAAGCTTAAAATGTTTATCAATGAATAATTAT
CATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATGATATGTAATTCATTTATAATCATATAAAAAATT
ATAAATTGAAAGCTTTCTTGTTATTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAAC
ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTAAAAGCTT
GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTGTGATATATA
ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATCAAAAATAAATTGAAAGCTTTCTTGTTCTTGGT
AAAACTTATCATAAATGGATGTTTGCATTGGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAA
AGAGCATTTTAAGTTTATCATGCTTTGA
Found at i:72200 original size:230 final size:230
Alignment explanation
Indices: 70934--72867 Score: 1684
Period size: 230 Copynumber: 8.4 Consensus size: 230
70924 ATAAATGATT
* * * * * *
70934 ATAAATTGAAACCTTTCTTG-TCATTGGTTAAAATCTATCATAATTGGATGCTTACATTGGGAAA
1 ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA
* * * *
70998 TATGAAGTGGATGCCATCCATTGAC-----AAGAGCATTTTAAGTTAATCATGGCTTCAAAAGCT
64 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
* * * ** ** * *
71058 TCAAATGTTTTAGCAACAAATAATTGGCATTTTGATAACATATTAACATCAACATTATGATATGT
128 TGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATAT
* *
71123 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAATCATAA
193 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * *
71161 ATAAATC-AAAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAATA-ATACCATAATTGGATATTTGTATT-GAGA
1 ATAAATCGAAAA-CTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-ACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAA
** * *
71223 A--AA-TGGATGCTATCTTTTGACAAAAAAAGAAG-ATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAAAGCT
64 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
* * * * * *
71284 TGAAATGGATTATCAATGACTAATTATTATTTTCATAATATATTATCATCAATATTATGATATAT
128 TGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATAT
* *
71349 AATTCATTTATAATCTTATAACTAATTATAAATCAAAA
193 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * * *
71387 ATAAATC-AAAAGTTTCTTTTCTTCTTAGTTAAAACCTATCATAATTGAATATTTGTATTGAGAA
1 ATAAATCGAAAA-CTT-TGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTG-GAA
* * * * * *
71451 ATGTGAAGT-GATGCCATCCATTGAGACGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCGAAATC
63 A-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGC
* * ** * * *
71515 CTGGAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTCAATAAGATATTATA-GTTAATATTATGATAT
127 TTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTA-ACATCAATATTATGATAT
* * * *
71579 ATAATTTACTTATAATCTTCTAAATGATTACAAATCAACAATAA
191 ATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAAT---CAA-AA
** ** **
71623 ATTGAAAAAAAATC-AAAAGCTTTGTTGTTCATT-ACTAAAACCTATTGTAATTATATGTTTGCA
1 A-T------AAATCGAAAA-CTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCA
* * * *
71686 TTGTGAAAAATGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAAAAAAGAGCACTTTAAGTTTATCATACCTT
57 TTG-G-AAAATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* ** * * * *
71751 CGAAAGCTTGAAATGGTTTATTAACAAATAATTCTCATTTT-ATAACATTTTATCAGCAATATTA
120 CGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTA
* * * * * *
71815 GGATATATAATTTATTTATAGTGTTATAAATGATTAAAAATTAAAA
185 TGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * *
71861 ATAAATTGATAATTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGCATTCGAAAAT
1 ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAAT
* * * * * ** *
71926 GAGAAATGGATGTTATTCATTTAGAAG-AAAGAGCATTTTAAGTTTATCACACCTTCAAAAGCTT
66 --GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* * * *
71990 GAAATGGGTTATCAATGAATACTTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATGTTCTGATATATA
129 GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATATA
* *
72055 ATTTATTTATAATCTTATAATTGATTATAAAT-AAAA
194 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * *
72091 CATAAATCGAAAACTTTCTTCTTCTTGGTTAAAATCTATCATAATTGGATGTTTTG-ATTGGAAA
1 -ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATG-TTTGCATTGGAAA
* * * * * * *
72155 CATGAAGTGGATGCCATCCATTGAGAAGAAAAGAACA-TTTAAGTTTATAATGTCTTTGAAGGCT
64 -ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCT
* * * * *
72219 TGAAATGGCTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTAGCATCAATACTATGATGTAT
128 TGAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATAT
*
72284 AATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
193 AATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * ** * ***
72322 ATAAATTGATAGTTTTTTTGTTCTTGG----------T--TAATTGGATGTTTGCATTGGGTGAT
1 ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAAT
* * * * * * *
72375 GAAAAATGGATGCCATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAATGCTT
66 G--AAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* * * * * *
72440 GAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAATTTGATAACATATTATCATTAATATTA--ACATAAA
129 GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATATA
* * *
72503 ATTCATTTATAAACTTGTAAATGATTATCAATCAAAA
194 ATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
* * * * * *
72540 ATAAATAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAAACCTATCATAGTTGGATATTTGCATTAAGAAC
1 ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATT-GGAAA
* * * *
72605 GTGAAGTGGATGCTATCGATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCAAAAGCTT
64 ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTT
* * * **
72670 AAAATGGTTTATCTATGAATAATTATGATTTTGATAACATATTATA-ATCAATATTACAATATAT
129 GAAATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTA-ACATCAATATTATGATATAT
* * *
72734 AAATCATTTACAATCTTATAAATTG-CTATAAAT-AAAA
193 AATTCATTTATAATCTTATAAA-TGATTATAAATCAAAA
* * *
72771 CATAAATC-AAAAGCTTTGTTGTTCTTTGTTAAAACCTA-CTATAATTGAATGCTTGCATTGGAA
1 -ATAAATCGAAAA-CTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATC-ATAATTGGATGTTTGCATTGG-A
* *
72834 AACATGAAGTGGATGCTATCCATTAATAAGAAAA
62 AA-ATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAA
72868 ATCCATTTAC
Statistics
Matches: 1373, Mismatches: 263, Indels: 137
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
217 7 0.01
218 74 0.05
219 28 0.02
220 75 0.05
221 15 0.01
222 2 0.00
224 1 0.00
225 3 0.00
226 130 0.09
227 77 0.06
228 3 0.00
229 9 0.01
230 317 0.23
231 222 0.16
232 215 0.16
233 3 0.00
235 3 0.00
236 3 0.00
237 2 0.00
238 3 0.00
239 2 0.00
242 89 0.06
243 90 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (230 bp):
ATAAATCGAAAACTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATTGGAAAAT
GAAGTGGATGCTATCCATTGACAAGAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGA
AATGGTTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATATTAACATCAATATTATGATATATAAT
TCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAA
Found at i:72567 original size:218 final size:219
Alignment explanation
Indices: 72162--72570 Score: 561
Period size: 220 Copynumber: 1.9 Consensus size: 219
72152 AAACATGAAG
* * *
72162 TGGATGCCATCCATTGAGAAGAAAAGAACATTTAAGTTTATAATGTCTTTGAAGGCTTGAAATGG
1 TGGATGCCATCCATTAACAAGAAAAGAACATTTAAGTTTATAATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGG
* * ** *
72227 CTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTAGCATCAATACTATGATGTATAATTCATT
66 CTTATCAATGAATAATTACCAATTTGATAACATATTAGCATCAATACTATAACATAAAATTCATT
* * * ** *
72292 AATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGATAGTTTTTTTGTTCTTGGTTAATTGG
131 AATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAATTGG
72357 ATGTTTGCATTGGGTGATGAAAAA
196 ATGTTTGCATTGGGTGATGAAAAA
* * * *
72381 TGGATGCCATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAATGCTTGAAATG
1 TGGATGCCATCCATTAACAAGAAAAGAACA-TTTAAGTTTATAATGCCTTTGAAGGCTTGAAATG
* * * * *
72446 GTTTATCAATGAATACTTATCAATTTGATAACATATTATCATTAATA-T-TAACATAAAATTCAT
65 GCTTATCAATGAATAATTACCAATTTGATAACATATTAGCATCAATACTATAACATAAAATTCAT
* * *
72509 TTATAAACTTGTAAATGATTATCAATCAAAAATAAATAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAA
130 TAATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAA
72571 AAACCTATCA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 26, Indels: 3
0.85 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
218 64 0.39
219 27 0.17
220 72 0.44
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (219 bp):
TGGATGCCATCCATTAACAAGAAAAGAACATTTAAGTTTATAATGCCTTTGAAGGCTTGAAATGG
CTTATCAATGAATAATTACCAATTTGATAACATATTAGCATCAATACTATAACATAAAATTCATT
AATAAACTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAATTGG
ATGTTTGCATTGGGTGATGAAAAA
Found at i:72648 original size:450 final size:450
Alignment explanation
Indices: 71023--72777 Score: 1467
Period size: 450 Copynumber: 3.8 Consensus size: 450
71013 ATCCATTGAC
* * * * * * * ** * ** *
71023 AAGAGCATTTTAAGTTAATCATGGCTTCAAAAGCTTCAAATGTTTTAGCAACAAATAATTGGCAT
1 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAA
* * * *
71088 TTTGATAACATATTAACATCAACATTATGATATGTAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACA
66 TTTGATAACATATTATCATTAATATTA--ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACA
* * * * * *
71153 AATCATAAATAAATCA-AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAATA-ATACCATAATTGGATATTTGT
129 AATCAAAAATAAATAAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAA-ACCTATCATAATTGGATATTTGC
**
71216 ATTGAG--A-A--AA-TGGATGCTATCTTTTGACAAAAAAAGAAG-ATTTTAAGTTTATCATGCC
193 ATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAAG-AGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * ** * *
71274 TTTGAAAGCTTGAAATGGATTATCAATGACTAATTATTATTTTCATAATATATTATCATCAATAT
257 TTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTATCATCAATAT
* * ** *
71339 TATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAACTAATTATAAATCAAAAATAAATCAAAAGTTTCT
322 TATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGATAGTTT-T
* * * ** * ** *
71404 TTTCTTCTTAGTTAAAACCTAT-CATAATTGAATATTTGTATTGAGAAATGTGAAGTGATGCCAT
386 TTTGTTCTTGGTT--AA--T-TGGATGTTTGCAT-TCGGTA-TGA-AAA----ATG-GATGCCAT
* * *
71468 CCATTGAGACGAA
438 TCATTAAGAAGAA
* * * *
71481 AAGAGCATTTTAAGTTTATAATGCCTTCGAAAT-CCTGGAATGGTTTATCAATGAATAATTATC-
1 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG-AATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCA
* * * * *
71544 ATTTCAATAAGATATTAT-AGTTAATATTATGATATATAATTTACTTATAATCTTCTAAATGATT
65 ATTT-GATAACATATTATCA-TTAATATTA--ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATT
* * ** **
71608 ACAAATCAACAATAAATTGAAAAAAAATCAAAAGCTTTGTTGTTCATT-ACTAAAACCTATTGTA
126 ACAAATCAAAAATAAA-T---AAGAAA-C-----CTTTGTTGTTC-TTGGTTAAAACCTATCATA
** * * * * *
71672 ATTATATGTTTGCATTGTGAAAAATGAAGTGGATGCTATCCATTAACAAAAAAAGAGCACTTTAA
180 ATTGGATATTTGCATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAA
* * ** *
71737 GTTTATCATACCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATTAACAAATAATT-CTCATTTT-ATAACATT
245 GTTTATCATGCCTTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTAC-CATTTTGATAACATA
* * * * * * *
71800 TTATCAGCAATATTAGGATATATAATTTATTTATAGTGTTATAAATGATTAAAAATTAAAAATAA
309 TTATCATCAATATTATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAA
* * * ** *
71865 ATTGATAATTTTGTTGTTCTTAGTTAAAACTTATCATAATTGGATGTTTGCATTCGAAAATGAGA
374 ATTGATAGTTTTTTTGTTCTT-G---------GT--TAATTGGATGTTTGCATTCG-GTATGAAA
** *
71930 AATGGATGTTATTCATTTAGAAG-A
426 AATGGATGCCATTCATTAAGAAGAA
** * * * *
71954 AAGAGCATTTTAAGTTTATCACACCTTCAAAAGCTTGAAATGGGTTATCAATGAATACTTATCAT
1 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAA
* * * * * * *
72019 TTTGATAACATATTAACATCAATGTTCTGATATATAATTTATTTATAATCTTATAATTGATTATA
66 TTTGATAACATATTATCATTAAT-AT-TAATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACA
* * * * * *
72084 AAT-AAAACATAAAT-CGAAAACTTTCTTCTTCTTGGTTAAAATCTATCATAATTGGATGTTTTG
129 AATCAAAA-ATAAATAAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGAT-ATTTG
* * * * * *
72147 -ATTG-GAAACATGAAGTGGATGCCATCCATTGAGAAGAAAAGAACA-TTTAAGTTTATAATGTC
192 CATTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCC
* * * * *
72209 TTTGAAGGCTTGAAATGGCTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTAGCATCAATAC
257 TTCGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTATCATCAATAT
* *
72274 TATGATGTATAATTCATTAATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGATAGTTTTT
322 TATGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGATAGTTTTT
* *
72339 TTGTTCTTGGTTAATTGGATGTTTGCATTGGGTGATGAAAAATGGATGCCATTCATTAACAAGAA
387 TTGTTCTTGGTTAATTGGATGTTTGCATTCGGT-ATGAAAAATGGATGCCATTCATTAAGAAGAA
* *
72404 AAGACCATTTTAAGTTTATCATGCCTTTGAATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAA
1 AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAA
* * * *
72469 TTTGATAACATATTATCATTAATATTAACATAAAATTCATTTATAAACTTGTAAATGATTATC-A
66 TTTGATAACATATTATCATTAATATTAATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTA-CAA
*
72533 ATCAAAAATAAAT-AGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAAACCTATCATAGTTGGATATTTGCA
130 ATCAAAAATAAATAAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTT-AAAACCTATCATAATTGGATATTTGCA
* * * * *
72597 TTAAG-AACGTGAAGTGGATGCTATCGATTGACAAGAAAATAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
194 TTGAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTT
* * * ** *
72661 CAAAAGCTTAAAATGGTTTATCTATGAATAATTATGATTTTGATAACATATTATAATCAATATTA
259 CGAAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTA
** * * *
72726 CAATATATAAATCATTTACAATCTTATAAATTG-CTATAAAT-AAAACATAAAT
324 TGATATATAATTCATTTATAATCTTATAAA-TGATTATAAATCAAAA-ATAAAT
72778 CAAAAGCTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (450 bp):
AAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCGAATGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATACTTATCAA
TTTGATAACATATTATCATTAATATTAATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTACAAA
TCAAAAATAAATAAGAAACCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGATATTTGCATT
GAGAAACATGAAGTGGATGCTATCCATTGACAAAAAAAGAGCATTTTAAGTTTATCATGCCTTCG
AAAGCTTGAAATGGTTTATCAATGAATAATTACCATTTTGATAACATATTATCATCAATATTATG
ATATATAATTCATTTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAAATAAATTGATAGTTTTTTTGT
TCTTGGTTAATTGGATGTTTGCATTCGGTATGAAAAATGGATGCCATTCATTAAGAAGAA
Found at i:73097 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 72845--74530 Score: 948
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 168
72835 ACATGAAGTG
* * * * ** * * * * *
72845 GATGCTATCCATTAATAAGAAAAATCCATTTACGGTCAGTCATGCC-TTCAAAAGTCTTGTTGCT
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATT-GAAAGCCTTGTTACT
* * * * *
72909 TTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATAGAAAACTTTTCCATTTTTGGGTAA
65 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATA-AAAACTTTTTCATTTTTGGTTAA
*
72974 AATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAATTGGAAAGCA
129 AATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAAT-G-AAGCA
* * *
73016 GATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCATGCCATTAAAAG-CTTAGTTACT
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCTT-GTTACT
* * * * * * *
73080 TGATTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAA
65 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TAAAAACTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * *
73145 AA-CAGATCTTAATTGGATGTTTGCATCAAGAACTATCAAG-G
129 AATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAA--ATGAAGCA
** * * * * * ** **
73186 GAAACCCATTCATGGACAAGAAAACTCCATTAATAGTTAATCATATC-TTCGAAAGCCTCATTAC
1 G-ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATT-GAAAGCCTTGTTAC
* * * * * **
73250 TCGTG-TTGAAA-GGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCTAAAGCTTTTTTGTTTTTAGG
64 T--TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAAACTTTTTCATTTTT-GG
* ** * * *
73313 -TAAAACCAATCA-AAGTTAAATGTTTGTATCAGAAAATGTGAAGCA
125 TTAAAATCAATCATAA-TTGGATGTTTGCATTAGGAAA--TGAAGCA
* * * * * * * * *
73358 AATTCCATCCATTGATAA-AAAATATCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAACCCTTATTACT
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACT
* * * * * * **
73422 CGCTTTAAAT-GATTTTATACTTTTCTAAAT-AGTTTTAAATCAAAATCTTTTTGATTTTTCCTT
65 TGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAT-AAAAACTTTTTCATTTTTGGTT
* * **
73485 AAAAT-AGATTATAATTGGATGTTT-CAATTGGGAAACACAAAGC-
127 AAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGC-ATTAGG-AA-ATGAAGCA
* * * * * * * * *
73528 GAATGCTATCTATTAACAAGAAATGTCCATTTTTAGTCATTAATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACT
1 G-ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACT
** ** * * * * ** *
73593 CACCATAAGT-GACTTTATAATCTTATAAATGATTTTACAT-CAATGTTTTTCAATTTTGGTTAA
65 TGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAAACTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * *
73656 AA-CAAATCAT-ATTAGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTCA
129 AATC-AATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAGGAA-ATGAAG-CA
* * * * *
73698 -AAGTCATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTTAGC-CAT-TCTTTCGAAAGCCTTGTTAC
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCATGCCATT-GAAAGCCTTGTTAC
* ** * *
73760 TCT-CTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGA-TTTAAATTTAAA-TTTTTTAGTTTTTGGCT
64 T-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAAACTTTTTCA-TTTTTGGTT
* * * *
73822 AAAAT-AGATCACATTTAGATGTTTGCATT-GAGAAATGTGAAGCG
127 AAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-GAAA--TGAAGCA
* * * ** *
73866 GATGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCCTAT-TTACT
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCT-TGTTACT
* * * **
73930 CT-CTTCAAATAGTTTTGTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTA
65 -TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAAACTTTTTCATTTTTGGTTA
* *
73994 AAA-CAGATCATAATTGGATG-TTGCATCAGGAAACATGAAGTGA
128 AAATCA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG-AA-ATGAAG-CA
* * * *
74037 AAT-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA-TTCACTTATG-TATTCGGAAGCCTTGTTAC
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACTCATGCCATT-GAAAGCCTTGTTAC
* * *
74099 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTT-GTTTTTGGTT
64 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAAAC-TTTTTCATTTTTGGTT
* * * * ** **
74163 AAAATCAATCATAATTTGATCTTTACATCAAAAAACATGAAGTG
127 AAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAGGAA-ATGAAGCA
** * * * * * * *
74207 GATGTTATCCATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAATTACTAACGCCATCGAAAGCCTTGTTACTG
1 GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACTT
* * * * *
74272 GTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAACTATTTCTTTGTTTTGTTAA
66 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAAACTTTTTCATT-TTTGGTTAA
* * * *
74337 AATCGATCAAAATTGGATGTTTGCATT-GGAAAAAGTAAAG-T
129 AATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGG--AAA-TGAAGCA
* * * * ** **
74378 GAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGAC-TTCATAAGCCACGTCGC
1 G-ATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGA-AAGCCTTGTTAC
** * * **
74442 TCACTTTAAATAGCTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATA-TTTTTTGTTTTTGGTT
64 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAA-ACTTTTTCATTTTTGGTT
* * *
74506 AAAAGCAGTCATAATTAGATGTTTG
127 AAAATCAATCATAATTGGATGTTTG
74531 TGTTTGGATT
Statistics
Matches: 1172, Mismatches: 261, Indels: 164
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 19 0.02
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173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
GATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACTT
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAAACTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
TCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAATGAAGCA
Found at i:74475 original size:850 final size:854
Alignment explanation
Indices: 72895--74530 Score: 1835
Period size: 850 Copynumber: 1.9 Consensus size: 854
72885 CATGCCTTCA
* * * * * *
72895 AAAGTCTTGTTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATAGAAAACTTTT
1 AAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAGAAAACTTTT
* * * *
72960 CCATTTTTGGGTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAATTGGAAAGCAGATGCCATC
66 CCATTTTTGGCTAAAATCAATCACAATTAGATGTTTGCATTAGAAATTGGAAAGCAGATGCCATC
* * * * * ** * * *
73025 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATTCATGCCATTAAAAGCTTAGTTACTTGATTTAAAT
131 CACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCAAAAGCCTAGTTACTTGATTCAAAT
*
73090 AGTTTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCTT
196 AGTTTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCAT
*
73155 AATTGGATGTTTGCATCAAGAACTATCAAGGGAAACCCATTCATGGACAAGAAAACTCCATTAAT
261 AATTGGATGTTTGCATCAAGAACTATCAAGGGAAACCCATCCATGGACAAGAAAACTCCATTAAT
* *
73220 AGTTAATCATATCTTCGAAAGCCTCATTACTCGTGTTGAAAGGTTTTATAATCTTATAAATAATT
326 AGTTAATCATATATTCGAAAGCCTCATTACTCGTGTTGAAAAGTTTTATAATCTTATAAATAATT
* * * ** * *
73285 TTAAATCTAAAGCTTTTTTGTTTTTAGGTAAAACCAATCAAAGTTAAATGTTTGTATCAGAAAAT
391 TTAAATCAAAAGCATTTTTGTTTTTAGGTAAAACCAATCAAAGTTAAATCTTTACATCAAAAAAC
* * * * *
73350 GTGAAGCAAATTCCATCCATTGATAAAAAATATCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAACCCT
456 ATGAAGCAAATTCCATCCATTGATAAAAAAGATCCATTTATAATCACTAACACCATCGAAACCCT
* * * * * *
73415 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATACTTTTCTAAATAGTTTTAAATCAAAATCTTTTTGATTTT
521 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAGTTTTAAATCAAAAACTATTTCATTTT
* * * * *
73480 TCCTTAAAATAGATTATAATTGGATGTTTCAATTGGGAAACACAAAGCGAATGCTATCTATTAAC
586 TCCTTAAAATAGATCAAAATTGGATGTTTCAATTGGGAAAAACAAAGCGAATGCCATCCATTAAC
* * * * ** * *
73545 AAGAAATGTCCATTTTTAGTCATTAATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACCATAAGTGACTTTA
651 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAATGACTTTCAAAGCCACGTCACTCACCATAAATGACTTTA
* *
73610 TAATCTTATAAATGATTTTACATC-AATGTTTTTCAATTTTGGTTAAAA-CAAATCAT-ATTAGA
716 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAATATTTTTCAATTTTGGTTAAAAGC-AATCATAATTAGA
73672 TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTCAAAGTCATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTTAGC
780 TGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTCAAAGTCATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTTAGC
73737 CATTCTTTCG
845 CATTCTTTCG
**
73747 AAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGA-TTTAAAT-TTAAA-TTTT
1 AAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAGAAAACTTTT
** * *
73809 TTAGTTTTTGGCTAAAAT-AGATCACATTTAGATGTTTGCATTGAGAAA-TGTG-AAGCGGATGC
66 CCA-TTTTTGGCTAAAATCA-ATCACAATTAGATGTTTGCATT-AGAAATTG-GAAAGCAGATGC
* * *
73871 CATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCCTATTTACTCT-CTT
127 CATCCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCAAAAGCCTAGTTACT-TGATT
* * * * * ** *
73935 CAAATAGTTTTGTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAG
191 CAAATAGTTTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
74000 ATCATAATTGGATG-TTGCATCAGGAAAC-ATGAAGTGAAATCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
256 ATCATAATTGGATGTTTGCATCAAG-AACTATCAAGGGAAACCCATCCATGGACAAGAAAACTCC
* * * * * **
74063 ATTTATA-TTCACTTATGTATTCGGAAGCCTTGTTACTCGCT-TT-AAATAGTTTTATAATCTTA
320 ATTAATAGTT-AATCATATATTCGAAAGCCTCATTACTCG-TGTTGAAA-AGTTTTATAATCTTA
* * * **
74125 TAAATGATTTTAAATCAAAATCATTTTTGTTTTT-GGTTAAAATCAATCATAA-TTTGATCTTTA
382 TAAATAATTTTAAATCAAAAGCATTTTTGTTTTTAGG-TAAAACCAATCA-AAGTTAAATCTTTA
*** * * * * *
74188 CATCAAAAAACATGAAGTGGATGT-TATCCATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAATTACTAACGC
445 CATCAAAAAACATGAAGCAAAT-TCCATCCATTGATAAAAAAGATCCATTTATAATCACTAACAC
* * * * *
74252 CATCGAAAGCCTTGTTACTGGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAT-GATTTTAAATCAAAA
509 CATCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAG-TTTTAAATCAAAA
* ** * * *
74316 ACTATTTCTTTGTTTTGTTAAAATCGATCAAAATTGGATGTTTGC-ATT-GGAAAAAGTAAAGTG
573 ACTATTTCATT-TTTCCTTAAAATAGATCAAAATTGGATGTTT-CAATTGGGAAAAA-CAAAGCG
* *
74379 AATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-ATGAC-TTCATAAGCCACGTCGC
635 AATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTAATGACTTTCA-AAGCCACGTCAC
** * ***
74442 TCACTTTAAAT-AGCTTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTTGTTTTTGGTT
698 TCACCATAAATGA-CTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC-AAATATTTTTCAATTTTGGTT
*
74506 AAAAGCAGTCATAATTAGATGTTTG
761 AAAAGCAATCATAATTAGATGTTTG
74531 TGTTTGGATT
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 120, Indels: 45
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 8 0.01
849 253 0.39
850 286 0.45
851 16 0.02
852 65 0.10
853 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (854 bp):
AAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAGAAAACTTTT
CCATTTTTGGCTAAAATCAATCACAATTAGATGTTTGCATTAGAAATTGGAAAGCAGATGCCATC
CACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCAAAAGCCTAGTTACTTGATTCAAAT
AGTTTTATAATCTTATAAACGACTTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCAT
AATTGGATGTTTGCATCAAGAACTATCAAGGGAAACCCATCCATGGACAAGAAAACTCCATTAAT
AGTTAATCATATATTCGAAAGCCTCATTACTCGTGTTGAAAAGTTTTATAATCTTATAAATAATT
TTAAATCAAAAGCATTTTTGTTTTTAGGTAAAACCAATCAAAGTTAAATCTTTACATCAAAAAAC
ATGAAGCAAATTCCATCCATTGATAAAAAAGATCCATTTATAATCACTAACACCATCGAAACCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATAGTTTTAAATCAAAAACTATTTCATTTT
TCCTTAAAATAGATCAAAATTGGATGTTTCAATTGGGAAAAACAAAGCGAATGCCATCCATTAAC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTAATGACTTTCAAAGCCACGTCACTCACCATAAATGACTTTA
TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAATATTTTTCAATTTTGGTTAAAAGCAATCATAATTAGAT
GTTTGCATCAAGAAACATGAAGTCAAAGTCATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCC
ATTCTTTCG
Found at i:74486 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 72926--74528 Score: 1199
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
72916 AATGGTTTTA
* * *** *
72926 TAATCTTGTAAATGATTTTAAAT-AGAAAACTTTTCCATTTTTGGGTAAAATCA-ATCATAATTG
1 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCA-AAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAA-CAGATCATAATTG
* **** * *
72989 GATGTTTGC-ATTAGGAATTGGAAAGC-AGATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 GATG-TTGCAATCAGGAAACACAAAGCGA-ATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * ** * * *
73052 TATTCATGCCATT-AAAAG-CTTAGTTACTTGA-TTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAAACGAC
127 CATTAATG-CATTCGAAAGCCTT-GTTAC-TCACCATAAATGA-CTTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * * * * * * *
73113 TTTAAAGCAAAATCGTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCTTAATTGGATGTTTGCATC-AAGAA
188 TTTAAATCAATAT--TTTTCAATTTTGGTTAAAACAAATCAT-ATTAGATCTTTACATCAAAAAA
* ** ** * * * * * * * *
73177 CTATCAAGGGAAACCCATTCATGGACAAGAAAACTCCATTAATAGTTAATCATA--TCTTCGAAA
250 C-ATGAAGTCAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATT-AGCA-ACGCCATCGAAA
** * * * * * **
73240 GCCTCATTACTCGTGTTGAAA-GGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAATCTAAAGCTTTTTT
312 GCCTTGTTACTC-TCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGA-TTTAAA--TAAAAATTTTTT
* * * * * * * *
73304 -GTTTTTAGG-TAAAACCA-ATCAAAGTTAAATGTTTGTA-TCAGAAAATGTGAAGCAAATTCCA
373 AGTTTTT-GGCTAAAA-TAGATCAAAATTAGATGTTTGCATTGAGAAAA-GTAAAGCGAATGCCA
* * * * * * * * *
73365 TCCATTGATAA-AAAATATCCATTTATAGTCACTCATACCATCGAAACCCTTA-TTACTCGCTTT
435 TCCACTAACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCC-TAGTCACTCACTTC
*
73428 AAAT-GATTT-
498 AAATAGCTTTC
* * ** * *
73437 TATACTTTTCTAAAT-AGTTTTAAATCAAAATC-TTTTTGATTTTTCCTTAAAATAGATTATAAT
1 TA-A-TCTTATAAATGA-TTTTAAATCAAAATCTTTTTTG-TTTTTGGTTAAAACAGATCATAAT
* ** * * * *
73500 TGGATGTTTCAATTGGGAAACACAAAGCGAATGCTATCTATTAACAAGAAATGTCCATTTTTAGT
62 TGGATGTTGCAATCAGGAAACACAAAGCGAATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
73565 CATTAATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACCATAAGTGACTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
127 CATTAATGCATTCGAAAGCCTTGTTACTCACCATAAATGACTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
* * * * *
73630 CATCAATGTTTTTCAATTTTGGTTAAAACAAATCATATTAGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAG
192 AATCAATATTTTTCAATTTTGGTTAAAACAAATCATATTAGATCTTTACATCAAAAAACATGAAG
* * * ** **
73695 TCAAAGTCATCCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCCATTCTTTCGAAAGCCTTGTTAC
257 TCAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTAGCAACGCCATCGAAAGCCTTGTTAC
**
73760 TCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTAAATTTAAATTTTTTAGTTTTTGGCTAAA
322 TCTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTAAATAAAAATTTTTTAGTTTTTGGCTAAA
* * * * *
73825 ATAGATCACATTTAGATGTTTGCATTGAGAAATGTGAAGCGGATGCCATCCACTAACAAGAAAAG
387 ATAGATCAAAATTAGATGTTTGCATTGAGAAAAGTAAAGCGAATGCCATCCACTAACAAGAAAAG
* * * * *
73890 TCCATTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCCTATTTACTCTCTTCAAATAGTTTTG
452 TCCATTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCCTAGTCACTCACTTCAAATAGCTTTC
73947 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGA
1 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGA
** * * *
74012 TGTTGC-ATCAGGAAACATGAAGTGAAAT-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATATTCAC
66 TGTTGCAATCAGGAAACACAAAGCG-AATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * * ** *
74075 TT-ATGTATTCGGAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
129 TTAATGCATTCGAAAGCCTTGTTACTCACCATAAATGA-CTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
** *
74138 ATCAAAATCATTTTT-GTTTTTGGTTAAAATC-AATCATAATTTGATCTTTACATCAAAAAACAT
193 ATC--AAT-ATTTTTCAATTTTGGTTAAAA-CAAATCAT-ATTAGATCTTTACATCAAAAAACAT
** * * * *
74201 GAAGTGGATGTTATCCATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAATTA-CTAACGCCATCGAAAGCCTT
253 GAAGTCAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTAGC-AACGCCATCGAAAGCCTT
* * * *
74265 GTTACTGGT-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAACTATTTCTTTG-
317 GTTACT-CTCTTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGA-TTTAAAT-AAAAA-T-TTT-TTAGT
* * * * *
74328 TTTT-GTTAAAATCGATCAAAATTGGATGTTTGCATTG-GAAAAAGTAAAGTGAATGCCATCCAT
376 TTTTGGCTAAAATAGATCAAAATTAGATGTTTGCATTGAG-AAAAGTAAAGCGAATGCCATCCAC
* * * * * *
74391 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGACTTC-ATAAGCC-ACGTCGCTCACTTTAAATA
440 TAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATAACATCGA-AAGCCTA-GTCACTCACTTCAAATA
74454 GCTTTC
503 GCTTTC
* *
74460 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTTGTTTTTGGTTAAAAGCAG-TCATAATTAG
1 TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAA-CAGATCATAATTGG
74524 ATGTT
65 ATGTT
74529 TGTGTTTGGA
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 166, Indels: 88
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 106 0.12
508 148 0.17
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511 37 0.04
512 20 0.02
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514 16 0.02
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGGA
TGTTGCAATCAGGAAACACAAAGCGAATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATT
AATGCATTCGAAAGCCTTGTTACTCACCATAAATGACTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATC
AATATTTTTCAATTTTGGTTAAAACAAATCATATTAGATCTTTACATCAAAAAACATGAAGTCAA
AGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTAGCAACGCCATCGAAAGCCTTGTTACTCTC
TTTAAATAGTATTATAATCTTATAAATGATTTAAATAAAAATTTTTTAGTTTTTGGCTAAAATAG
ATCAAAATTAGATGTTTGCATTGAGAAAAGTAAAGCGAATGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATAACATCGAAAGCCTAGTCACTCACTTCAAATAGCTTTC
Found at i:76580 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 76207--77713 Score: 1074
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
76197 TTGAATTGGG
* * * * * * * * *
76207 AAACATGAAGCAGATGCTATCTATTAACAAGAAAACTCTATTTATTGTCAATCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATC-AAA
* * * * *
76272 A-TCTT-GTTA-T-ATTCTTTAAATGTTTTTGTAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAATCCTT
64 AGCCTTAGTTACTCA--CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT
* * ** *
76333 TTG-TTTTGGTTAAAAGCAATCATAACTGGATGTTCACATCATG-
127 TTGTTTTTAGTTAAAA-CAATCATAATTGGATGTTTGCATTA-GA
* * * * *
76376 ATACGTGAAACAAATGCCATCCATTCACAAGAAAAGTCTCGA-TATAGTCACTCATACCATCAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC-C-ATTATAGTCACTCATGCCATCAAA
* * * *
76440 AG-CTTAGTTACTCACTTTAAATAGATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTCTTTCT
64 AGCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT-T
*
76504 TGTTTTTAGTTAAAAGAGATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
128 TGTTTTTAGTTAAAACA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * *
76547 AAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTTAGTCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATCAAAA
* * * * * *
76611 GCCTTA-TTGCTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTTATAAATGATTTTCAAA-CAAAGGTTTTTT
65 GCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATCAAA--ATCTTT
* * *
76674 TTGTTTTT-GATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTAGAATTAGG
127 TTGTTTTTAG-TTAAAA-CAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * ** * *
76718 AAACGTGAAGTAGACA-G-CATCCATTGA-AAAAAGAAGTCCATGTATAGTCGGTCATGCCTTCG
1 AAACATGAAGCA-A-ATGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCAT-TATAGTCACTCATGCCATCA
* * * *
76780 AAAG-CTTTGTTA-TGCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATT
62 AAAGCCTTAGTTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTT
** * * *
76843 TTTCATTTTAGGTTAAAATCAATCAGAATTGGATGTTTTCATCTTG-
126 TTTGTTTTTA-GTTAAAA-CAATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAGA
* * * ** ** * * *
76889 ATACATGAAGCAAATGGCATCTATTGACAAGATAATTTCGTTTATAATCAATCATGCC-TAAAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTATAGTCACTCATGCCATCAAAA
** * * *
76953 GACC-TAGTTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAACTCAAAATCTTCTT
65 G-CCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTT
** *
77017 CATTTTAGGTTAAAGTCAATCATAATTGGATGTTTGCATT-GTA
129 GTTTTTA-GTTAAA-ACAATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-A
* ** * * * * * * *
77060 ATATGTGAAGTAGATGCCATTCATTGATAAGAACAGTCCATTTATGGTCACTCATGCC-TCCAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATCAAAA
* ** *
77124 GTCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACCCAAAATCTTTTCC
65 GCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTT-T
* * * * ** * *
77188 ATTTTTAGTTAAAACAGATTACATTTTAATGGTTGCATTAGG
129 GTTTTTAGTTAAAACA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
** * * * * * *
77230 AAACATGAAGTGAATGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCCTCGAGA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATCAAAA
* * * * **
77295 TCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAATAT-TTTTCA
65 GCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTG
* * * * ** * *
77358 TTTTTTGTTAAAACATATTACATTTTAATGTTTGAATTAGG
130 TTTTTAGTTAAAACA-ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * * * * * * * *
77399 AAACATGAAGCGAATGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACTTATACTACCAAAA
1 AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATCAAAA
* * * * * *
77464 GTCAT-GTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTTATCAATGATCTTAAATCAAAATCATTTTT
65 GCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC--TTTT
*
77528 TGTTTTTAGTTAAAATCAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGA
128 TGTTTTTAGTTAAAA-CAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
* * ** * * *
77571 AAACCTAAAGTGGAA-GTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATCGAA
1 AAACATGAAG-CAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTCATGCCATCAAA
* * * * **
77635 AGCCTT-GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATCACTGATTTTCAATTGAAAT-TGTTT
64 AGCCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCT-TTT
*
77698 TGATTTTTGGTTAAAA
128 TG-TTTTTAGTTAAAA
77714 TTTATCACAA
Statistics
Matches: 1073, Mismatches: 211, Indels: 106
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 233 0.22
170 226 0.21
171 386 0.36
172 213 0.20
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAGTCACTCATGCCATCAAAAG
CCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTGT
TTTTAGTTAAAACAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGA
Found at i:77038 original size:342 final size:335
Alignment explanation
Indices: 76206--77682 Score: 989
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 335
76196 TTTGAATTGG
* * * * * * *
76206 GAAACATGAAGCAGATGCTATCTATTAACAAGAAAACTCTATTTATTGTCAATCATGCCTTCGAA
1 GAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAATTC-ATTTATAGTCAATCATGCC-T-AAA
* * * * * *
76271 A-ATCTTGTTA-T-ATTCTTTAAATGTTTTTGTAATCTTATAAAAGATTTTAAATCAAAATCCTT
63 AGACCTAGTTACTCA-T-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAAAAT--TT
* * * * * **
76333 TT-GTTTT-GGTTAAAAGCAATCATAACTGGATGTTCA-CATCAT-G-ATACGTGAAACA-AATG
124 TTCATTTTAGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTT-AGAAT--TGGAATACGTGAAGTAGAA-G
* * * * *
76392 CCATCCATTCACAAGAAAAGT-C-TCGATATAGTCACTCATACCATCAAAAG-CTTAGTTACTCA
185 CCATCCATTGATAAAAAAAGTCCAT-G-TATAGTCACTCATGCC-TCCAAAGTCTTA-TTACTCA
* * * * **
76454 CTTTAAATAGATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCGAATTCTTTCTTGTTTTTAGTTAAAA
246 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTT-TTCATTTTAGTTAAAA
* *
76519 GAGATCATAATTGGATGTTTGCATTA
310 CAGATCACAATTGGATGTTTGCATTA
* * * * *
76545 GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTTAGTCATGCCTTCAAA
1 G-AAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAATTCATTTATAGTCAATCATGCC-T-AAA
* * * * *
76610 AG-CCTTA-TTGCTCATTTTAAATGATTTTCTAATCTTATAAATGATTTTCAA-ACAAAGGTTTT
63 AGACC-TAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AACTCAAA---ATT
** *
76672 TTTTGTTTTTGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTAGAATTAGGAA-ACGTGAAGTAGACAG-
123 TTTCATTTTAGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTAGAATT-GGAATACGTGAAGTAGA-AGC
** * * *
76735 CATCCATTGA-AAAAAGAAGTCCATGTATAGTCGGTCATGCCTTCGAAAG-CTTTGTTA-TGCGC
186 CATCCATTGATAAAAA-AAGTCCATGTATAGTCACTCATGCC-TCCAAAGTC-TTATTACT-CAC
* *
76797 TTTAAATGTTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTAGGTTAAAAT
247 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTA-GTTAAAA-
* * *
76862 CA-ATCAGAATTGGATGTTTTCATCTT
310 CAGATCACAATTGGATGTTTGCAT-TA
* * * * * *
76888 GATACATGAAGCAAATGGCATCTATTGACAAGATAATTTCGTTTATAATCAATCATGCCTAAAAA
1 GAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGA-AAATTCATTTATAGTCAATCATGCCT-AAAA
* *
76953 GACCTAGTTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAATGATTTTAACTCAAAATCTTCTTC
64 GACCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAAAAT-TT-TTC
* * * * * * * *
77018 ATTTTAGGTTAAAGTCAATCATAATTGGATGTTTGCATTGTAATATGTGAAGTAGATGCCATTCA
127 ATTTTAGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTAGAATTGGAATACGTGAAGTAGAAGCCATCCA
* * * *
77083 TTGATAAGAACAGTCCATTTATGGTCACTCATGCCTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGT
192 TTGATAAAAAAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCCTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGT
** * * *
77148 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAACCCAAAATCTTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGATTACATT
257 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATCACAAT
** *
77213 TTAATGGTTGCATTA
321 TGGATGTTTGCATTA
** * * * * * **
77228 GGAAACATGAAGTGAATGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCCT-CG
1 -GAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAATTC-ATTTATAGTCAATCAT-GCCTAAA
** *
77292 AGATCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAATATTTTTC
63 AGA-CCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAAAATTTTTC
* * * * ** * * *
77357 ATTTTTTG-TTAAAA-CATATTACATTTTAATGTTTGAATTAGGAA-ACATGAAG-CGAATGCCA
127 A-TTTTAGATTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTAGAATT-GGAATACGTGAAGTAGAA-GCCA
* * * * * * * * * * * *
77418 TCCACTAACAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACTTAT-ACTACCAAAAGTCATGTTACTCATTTTA
188 TCCATTGATAAAAAAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCCT-CC-AAAGTCTTATTACTCACTTTA
* * * **
77482 AATAGTTTTATAATCTTATCAATGATCTTAAATCAAAATCATTTTTTGTTTTTAGTTAAAATCA-
251 AATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC--TTTTTCATTTTAGTTAAAA-CAG
* *
77546 ATCATAATTGGATCTTTGCATTA
313 ATCACAATTGGATGTTTGCATTA
* * ** * * * * * *
77569 GAAAACCTAAAGTGGAA-GTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCATCG
1 G-AAACATGAAG-CAAATGCCATCAATTGACAAGAAAA-TTCATTTATAGTCAATCATGCC-T-A
* ** * *
77633 AAAG-CCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATCACTGATTTT
61 AAAGACCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
77683 CAATTGAAAT
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 168, Indels: 112
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 124 0.14
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343 77 0.08
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (335 bp):
GAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAATTCATTTATAGTCAATCATGCCTAAAAGA
CCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAACTCAAAATTTTTCATTT
TAGATTAAAATCAATCATAATTGGATGTTAGAATTGGAATACGTGAAGTAGAAGCCATCCATTGA
TAAAAAAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCCTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATCACAATTGGAT
GTTTGCATTA
Found at i:78124 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 77822--79378 Score: 986
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 168
77812 TTAAATATCG
* * *
77822 ATCATAATTGGATATTTGCATCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAA-AAAATGTCC
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATTA-AAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAA-GTCC
* * * *
77886 ATTTATAGTTACTCATGCCATCGAAAGCCTAT-TTAATTACTTTAAATA-TTTTTATAATCTCAT
64 ATTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCT-TGTT-ACTACTTTAAATAGTTTTT-TAATCTTAT
** *
77949 AAATGATTAAAAATCAAAATCTATTTTGTTTTT-GATTAAAATA
126 AAATGATTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAG-TTAAAATA
* ** *
77992 GATTATAATTGGATGTTTGCATCTAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAAGTGACAAGAAAAGTCC
1 -ATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
78057 CTTTATATTTACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTGCTAGCTTTAAACAGTTTTTTAATCTTATAA
64 ATTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTA-CTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAA
** * *
78122 ATGATTTTAAAT-AAAA-AAAGTTTTATTTTTGGTTAAAAGCA
128 ATGATTTTAAATCAAAATCTA-TTTTATTTTTAGTTAAAA-TA
* * * * **
78163 ATCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATATGAAACAAATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTTAA
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATTAA-AAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
78228 TTTATATTCATTCATGCCTTTGAAATCCTTGTTACT-CTCTTGAAATCGTTTTGTAATCCTATAA
65 TTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTACT-TT-AAATAGTTTTTTAATCTTATAA
* * *
78292 AT-AGTTGTAAATCAAAATGTTTTTTATTTTTAGTTAAAATCA
128 ATGA-TTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAGTTAAAAT-A
* * * ** * * * * * * * *
78334 ATCTTGATTGGATCTTTTGCATTGTTAAACATGAAGCGAATGTCATCCACTGACAACAAAACTCC
1 ATCATAATTGGAT-GTTTGCATT-AAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
78399 ATTTATATTTACTCATGTCATCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
64 ATTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTAC-TACTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAA
* * **
78464 ATGATTTTAGATCACAATCT-TTTTATTTTTAGTTAAAACGG
128 ATGATTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAGTTAAAA-TA
* * * * *
78505 ATCATAATTGGATGTTTGCATTTAGAAATATGAAGCGAAAGCTATCAATTGATAAGTAAAGTCCA
1 ATCATAATTGGATGTTTGCA-TTAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * **
78570 TTTATATTTAGTCATGCCTTTGAAAGTCTTATTA-TATGCTTTAGATGGTTTTCAAATCTTATAA
65 TTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTA--CTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAA
* * ** *
78634 ATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGCTTTTAGCTAAAATCA
128 ATGATTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAGTTAAAAT-A
* * * * * * * **
78676 ATCATAATTGGATGTTTGCA-TAGGGAAATGTGAAGCAGATGCCATCCATTAAGAA-AAAACACC
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATTA--AAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAA-GTC
* * * *** * * ** *
78739 CATTTAGAGTCACTTGCGCCATCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
63 CATTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACT-ACTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATA
* * *
78804 AATGATTTTAAA-CAAAAATCT-TTTTCTTTTTTAGGTAAAACA
127 AATGATTTTAAATC-AAAATCTATTTT-ATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * * ** * * *
78846 TATCGTAATTAG-TTTTTGTATCAAGAAACACAAAGTAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCC
1 -ATCATAATTGGATGTTTGCATTAA-AAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCC
* * * ** * ** * * **
78910 ATCTATAGTCACTTTTGCCTTTGAAATACTAGTTACTCACTTTGAATTA-TTTTGAAATCTTATA
64 ATTTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACT-ACTTT-AAATAGTTTTTTAATCTTATA
* * * * * *
78974 AATGATTTTAAACCAAAATGTTTTTTGTTTTTACTTAAAACA
127 AATGATTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAGTTAAAATA
* * * * *
79016 TATCAAAATTGGTTGCTTT-CATTAGAAAACATGAAGCAAATGCCATTAATTGACAAGAAAAGTC
1 -ATCATAATTGGATG-TTTGCATTA-AAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
79080 CATTTATAGTCATTCATGCCTTTC-AAAGCATCGTTACTTTCTTTAAAT-GATTTTTTAATATTA
63 CATTTATATTTACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTGTTAC-TACTTTAAATAG-TTTTTTAATCTTA
* *
79143 CAAATGATTTT-AATCAAAATCT-TTTTAATTTTTGGTTAAAATTA
125 TAAATGATTTTAAATCAAAATCTATTTT-ATTTTTAGTTAAAA-TA
* * * * * * * **
79187 ATCACAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATGAAGCAAATGCTATCCATTGATAAGAAAAGTTAA
1 ATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
79252 TTTATAGTGATTCATGCCATT-GAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTCTATTCTTATC
65 TTTATATTTACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTGTTACT-ACTTTAAATAG-TTTTTTAATCTTATA
* * ** * *
79315 AATGATTTTAGATCAACATC-ATTGTGGTTTTCA-TTAAAATCT
127 AATGATTTTAAATCAAAATCTATT-TTATTTTTAGTTAAAAT-A
*
79357 ATCATAATTGGATGTTTACATT
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATT
79379 GGGAAACATT
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 242, Indels: 116
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 19 0.02
170 509 0.47
171 430 0.40
172 118 0.11
173 5 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATCATAATTGGATGTTTGCATTAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATATTTACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTACTTTAAATAGTTTTTTAATCTTATAAATG
ATTTTAAATCAAAATCTATTTTATTTTTAGTTAAAATA
Found at i:79216 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 77822--79415 Score: 1142
Period size: 341 Copynumber: 4.7 Consensus size: 337
77812 TTAAATATCG
* * *
77822 ATCATAATTGGATATTTGCATC-AGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAA-AAAATGT
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACA--TAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GT
* * * * * * * * * *
77884 CCATTTATAGTT-ACTCATGCCATCGAAAGCCTATTTAATTACTTTAAATATTTTTATAATCTCA
63 CCATTTATA-TTCA-TTATGCCTTTGAAA-TCTAGTTACTCACTTTAATTATTTTGA-AATCTTA
* * *
77948 TAAATGATTAAAAATCAAAATCTATTTTGTTTTTGA-TTAAAAT-AGATTATAATTGGATGTTTG
124 TAAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTT-ACTTAAAATCA-ATCATAATTGGATGTTTG
* * * * * * *
78011 CATCTA-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAAGTGACAAGAAAAGTCCCTTTATATTTACTCATAC
187 CAT-TAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
* * * * * *
78075 CTTCAAAAGCCTTGTTGC-TAGCTTTAAA-CAGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAA
251 CATCAAAAGCCTAGTTACTTA-CTTTAAATGAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AATCAAA
***
78138 AAAGTTTTATTTTTGGTTAAAAGCA
314 ATCTTTTTATTTTTGGTTAAAA-CA
* * * *
78163 ATCATAATTGGATGTTTGCAT-TAAGAAATATGAAA-CAAATGCCATCCATTAACAAGAAAAGTT
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATCT-AGAAACAT-AAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** * *
78226 AATTTATATTCATTCATGCCTTTGAAATCCTTGTTACTCTCTTGAAATCGTTTTGTAATCCTATA
64 CATTTATATTCATT-ATGCCTTTGAAAT-CTAGTTACTCACTT-TAATTATTTTGAAATCTTATA
* * * * * *
78291 AAT-AGTTGT-AAATCAAAATGTTTTTTATTTTTAGTTAAAATCAATCTTGATTGGATCTTTTGC
126 AATGA-TT-TAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTACTTAAAATCAATCATAATTGGAT-GTTTGC
* * * * * * * * * *
78354 ATT-GTTAAACATGAAGCGAATGTCATCCACTGACAACAAAACTCCATTTATATTTACTCATGTC
188 ATTAG-AAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* *
78418 ATCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATG-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGATCACAAT
252 ATCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-ATCAAAAT
* *
78482 CTTTTTATTTTTAGTTAAAACGG
316 CTTTTTATTTTTGGTTAAAAC-A
* * * * * * * *
78505 ATCATAATTGGATGTTTGCATTTAGAAATATGAAGCGAAAGCTATCAATTGATAAGTAAAGTCCA
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * ** *
78570 TTTATATTTAGTCATGCCTTTGAAAGTCTTA-TTA-T-ATGCTTTAGATGGTTTTCAAATCTTAT
66 TTTATATTCA-TTATGCCTTTGAAA-TC-TAGTTACTCA--CTTTA-ATTATTTTGAAATCTTAT
*
78632 AAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGCTTTTAGC-TAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCA
125 AAATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTA-CTTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCA
* ** * * * * ** * ***
78696 -TAGGGAAATGTGAAGCAGATGCCATCCATTAAGAA-AAAACACCCATTTAGAGTCACTTGCGCC
189 TTA-GAAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * *
78759 ATCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAACAAAAAT
252 ATCAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAATC-AAAAT
*
78823 CTTTTTCTTTTTTAGG-TAAAACA
316 CTTTTT-ATTTTT-GGTTAAAACA
* * * * * * * *
78846 TATCGTAATTAG-TTTTTGTATCAAGAAACACAAAGTAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCC
1 -ATCATAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
78910 ATCTATAGTCACTTTTGCCTTTGAAATACTAGTTACTCACTTTGAATTATTTTGAAATCTTATAA
65 ATTTATATTCA-TTATGCCTTTGAAAT-CTAGTTACTCACTTT-AATTATTTTGAAATCTTATAA
* * * * *
78975 ATGATTTTAAACCAAAATGTTTTTTGTTTTTACTTAAAA-CATATCAAAATTGGTTGCTTT-CAT
127 ATGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTACTTAAAATCA-ATCATAATTGGATG-TTTGCAT
* * *
79038 TAGAAAACATGAAGCAAATGCCATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTT
190 TAGAAAACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-AT
* * * * * *
79103 C-AAAGCATCGTTACTTTCTTTAAATGA-TTTTTTAATATTACAAATGATTTTAATCAAAATCTT
254 CAAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAATCAAAATCTT
*
79166 TTTAATTTTTGGTTAAAATTA
319 TTT-ATTTTTGGTTAAAA-CA
* * * * * **
79187 ATCACAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATGAAGCAAATGCTATCCATTGATAAGAAAAGTTAA
1 ATCATAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * ** * *
79252 TTTATAGTGATTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATGATTTTCTATTCTTATCAA
66 TTTATATTCATT-ATGCCTTTGAAA-TCTAGTTACTCACTTT-AATTATTTTGAAATCTTATAAA
* * * * * * * * * *
79317 TGATTTTAGATCAACATCATTGTGGTTTTCA-TTAAAATCTATCATAATTGGATGTTTACATTGG
128 TGATTTAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTACTTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAG
* ** * *
79381 GAAACATTG-AGTGAATACCATCAATTGACCAGAAA
193 AAAACA-TGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAA
79416 TGATTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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340 98 0.10
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343 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
ATCATAATTGGATGTTTGCATCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATATTCATTATGCCTTTGAAATCTAGTTACTCACTTTAATTATTTTGAAATCTTATAAATGA
TTTAAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTTACTTAAAATCAATCATAATTGGATGTTTGCATTAGAAA
ACATGAAGCAAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGC
CTAGTTACTTACTTTAAATGAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAATCAAAATCTTTTTATTT
TTGGTTAAAACA
Found at i:80575 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 14.4 Consensus size: 340
79758 CACTTCACAT
* * * * **
79768 TTTCA-AATGCAAATATCCTATTATGATCTATTTTAAGTAAAAATA-AAAAGGA-TTACAGTTTA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAA-AGAAAAAGATTTTGA-TTTA
* * ** ** * * *
79830 AAATCTTTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAAGTTTTTGAAGGTATGAGTAAT
64 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC-AAGGCTTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *** * *
79895 TATAAATGGA-TTTTCTTATCAATGGGTGCCTTGTGCTTCACATTTTCTAATGCAAACATCCAAT
128 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* *
79959 TATGATCTG-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAA--ATGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
193 TATGAT-TGATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
* * * * * * *
80021 CCACTTAAAGCTAGAAT---TAAGGTTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGT
256 CCATTTAAA-AT-GAATAACAAAGCTTTTGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
** ** * *
80083 CAACAGATGGTTTTTGCTTCAAG
318 CAATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * *
80106 TTTTC-CAATGGAAAAATCCAACTATGATCTATTTTAA-TAAAAAATGAAAAAGATTTTTATTTA
1 -TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTTA
** * * * * ** *
80169 AAATTGTTTACT-AGATTGTAAAATCATTT-AAGCCAAATAACTAA-GCTTTCTATCGCACGAGT
64 AAATCATTTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAAC-AAGGCTTT-GAAGGCATGAGT
* * *
80231 GACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGCCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCT
125 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCC
* *
80296 AATTATGATTGACTTTAACAAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAACCATTTATAAGATTATAAA
190 AATTATGATTGATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
** * ** * * *
80361 ACTTTTTAAAATGAATAGCAAAGCTTTTGAAAAAATGACTGACAATAAAT-GACCTTTTCTTGTC
255 ACCATTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATC
* *
80425 AATAGATGACTTTTACTTCAAG
319 AATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * *
80447 TTTCATGATGCAAATATCCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAACAATTTGATTTAAA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAA
* * * * *
80512 ATCATTTATAAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGGAGGCATAAGTGACTA
66 ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT-GAAGGCATGAGTGACTA
* * ** * * * * *
80577 TAAATGGACATTTCTCATCAATGAATGGCATTCACTTGACATTTCTCAATACAAACATCCAATTA
130 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAATTA
* ** * ** **** * ** ** * * * *
80642 TAACAGATTTTAATGAAAAACCAAGGCGATGTCAATTTAAAATCATGGATAAAAATATACAACTA
195 TGATTGATTTTAA-CAAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
** * * * * ** * * * *
80707 TTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGATGGTATGAATGACTATAAATTGCCTTTTCTTATCAATGG
259 TTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGG
* * *
80772 ATGGCATTCACTTCATG
324 ATGACTTTTACTTCATG
* * * * * *
80789 TTTCCA-GATGCAAACATTCAATTACGAT-TAATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTAA
1 TTT-CATAATGCAAACATCCAATTATGATCT-ATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTA
* * * * * * *
80852 AAATCATTTATAATATTAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAACGAGGCTTTTAAAGACATGAATGAC
64 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGAC
* * *** ** ***
80917 TATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATTGATGGCATTTGCTTCATGTTTCCTGCTGCAAACATCCAAT
128 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * ** * * ** * *
80981 TTTGATTTATTTTAAGTAAAAATGAAAAAGATTTTGGTTTAAAATTTTTTATAAGATTTTAAAAT
193 TATGATTGATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * ** * * * * * * *
81046 AATTTAAAGTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCAAGAGTTAC--TAGATGGACTTTTCTTATCAAT
257 CATTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
* * *
81109 GGATGGCTTTTGCTTTATG
322 GGATGACTTTTACTTCATG
* * * * * *
81128 TTTCCTGATGC-AACATCAAATTATGATCTATTTT-ACATAAGAATA-AAAATGATTTTTG-CTT
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAC-TAA-AAAAGAAAAAGA-TTTTGATTT
* * * * * *
81189 AAAATAATTTATAAGATTATAAAACTATTTGAGGCAAGTAAC-AGGCTTTTGATGGCATGAATGA
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGA
* * ** * * *
81253 CGATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTAACA-TTCCCTATGCAAACATCTAA
127 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAA
* * *
81317 ATATGATTGATTTTAATCAAAAGCAT----AAA---TGATTTTAAATCATTTATAAGATTATAAA
192 TTATGATTGATTTTAA-CAAAA-AATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
*** * ** * * * * *
81375 ACCATTTAAAGCAAATAAC-GAGGGTTTCAAAGGCATG-GCTGAGTAT-AATGCACTTAT-TGAT
255 ACCATTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAA-GCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* *
81436 -AGATGG-T---TTTCAATTCATG
318 CA-ATGGATGACTTTTACTTCATG
* * *
81455 TTCTC-TAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAC-CAAAAAGAAAAA-A-ATTGATATAA
1 TT-TCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAA
* * * ** ** ** *
81516 AATCATCTATAAGAGTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTATACTTTTG-ATGCTATGAGTGAC
65 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGC-ATGAGTGAC
* * ** * * * *
81580 TATAAA-AGGATTTTTTCTAT-T-AATGGATGGTATCTGCTTCACGTTTCTCGATGAAAACATCC
128 TATAAATA-GA-CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCC
* * * * *
81642 AATTATGATTTG-TTTGAACCAAAAATGATAAAGATTTTGATTTTAAATC----AT----TTATA
190 AATTATGA-TTGATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* * * * * *
81698 AAACCATTTAAAATGAGTAACAAGGTTTTTGAATGCATGACTGAATATAAATGGACTTTTCTTAT
253 AAACCATTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* ** *
81763 CAATTGAT-ATCTTTCGCTTTATG
318 CAATGGATGA-CTTTTACTTCATG
* * * * * * *
81786 TTTCTTGATGCAAACATCCCATTATGATTTGTTTTAACCAAAAACA-AAAAGGATTTTGATTTAA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAA-AGAAAAAGATTTTGATTTAA
** * * * * *
81850 AATTGTTTATAAGATTATAAAACCA-TTAAA-AATAGTAACTAGGGTATTGAAGACATGACTGAC
65 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCT-TTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *** *
81913 TACAAAT-GAACTTTTCTTTTAAATTGATGGCATTCAATTCACATTTCTTGATGCAAGCATCCAA
128 TATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAA
** * * *
81977 TTACAATTGATTTTAACCAAAAACAAAAATGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
192 TTATGATTGATTTTAACAAAAAATAAAAA-AATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
** * * * * * *
82042 TTATTT-AAA-GCAATTAAC-AAGGTTTTCAAAGGCATGATTGACTAGAAATGGAATTTTCTTGT
256 CCATTTAAAATG-AA-TAACAAAGCTTTTGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * *
82104 CAATGGGTAAC-TCTACTTCATG
318 CAATGGATGACTTTTACTTCATG
* ** * * * ** * * * * **
82126 TTCCCCAATTCCAATATGAAAGTATGATATGTTTTAA-TCAAAAATG-AAAAGATTTCAATTTAA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACT-AAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAA
* * * * * * *
82189 AATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTAACTAACTAGGCTTTTAATGGAATGAGTGATT
65 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTGAA-GGCATGAGTGACT
* * * * * * ** * * *
82254 ATAAATAAACTTGTCTTATCATTGGATGGCAACCATTTCATGTTTCCTAATGTAAACAACCAATT
129 ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAATT
* *
82319 ATAATTGATTTTAAC-AAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACC
194 ATGATTGATTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * * * *
82383 GTTT-AAA-GAAAGCAACAAGGATATCGGAGGCATGATTGACTATAAATAGAGTTTTCTTATAAA
258 ATTTAAAATG-AA-TAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
* * ** **
82446 TGTATGACATCCACTTCACA
321 TGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * * * * * * *
82466 TGTCCTGATGCCAACATTCTAATCTA--ATATGTTGTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTA
1 TTTCATAATGCAAACA-TCCAAT-TATGATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTA
* * ** *
82529 AAATCTTTTATAAGATTATAACACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGATTGAC
64 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGAC
* * ** ** * **
82594 TATAAATAGACTTTTGTTGTCAATGGATGGTATTTACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATATAAT
128 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * ** *
82659 TATAACTT-ATTTTAAGCATAAACA-AAAAAAGCTTTCAGTTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
193 TATGA-TTGATTTTAA-CA-AAAAATAAAAAAATTTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* ** * * **
82722 AACCATTT-AAA-GCAAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGAATTACCTTA
254 AACCATTTAAAATG-AA-TAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* *
82785 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
317 TCAATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * * * * *
82809 -TTCCTCAATGGAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAA
1 TTTCAT-AATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAA
* ** * * *
82873 AATCATTTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTTAGTAACAAGGCTATCGAAGGCATGATTGACC
65 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCT-TTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * ** * * * *
82938 ATAAATAGAGATTTTTTTGTCAATGGATAGCATCCGCCTCATGTTTCCCATTGTAAACATCTAAA
129 ATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * * *
83003 TGTAATATG-TTTTAACCAAAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATCTATAAGATTATAAAA
193 TATGAT-TGATTTTAACAAAAAATAAAAAA-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
* * * * * * * * * *
83067 CTATTTAAAGCT-AGTAACTAAG-TTTTCAAAGGCATAAGTTACTACAAATGGAGTTTTCTTGTC
256 CCATTTAAA-ATGAATAACAAAGCTTTTGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * *
83130 AGTGGATGGCATTCACTTCATG
319 AATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * *
83152 TTTC-TCAATGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCATAAATA-AAAAATATTTTGATTT
1 TTTCAT-AATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACT-A-AAAAAGAAAAAGATTTTGATTT
* ** * * *
83214 AAAATCATTTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTCA
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGA
* * * * * ** **
83279 CTGTAAGTAGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGTAT-CAGCTACACATTTGTCAATGTGAACATCCA
127 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCA-CTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCA
* * * * ** *
83343 ATTATGATTGATTGTAACCAAATACAATAAAGTTTTTGATTTAAAATTATTTATAA-ATTATAAA
191 ATTATGATTGATTTTAACAAAAAATAA-AAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * * * * * * * * * *
83407 ATCATTTAAAACGAGTAATAATA-ATTTCGAAGGTATGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTC
255 ACCATTTAAAATGAATAACAA-AGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * *
83471 AATGGAAAGA-ATTTATTTCATG
319 AATGG-ATGACTTTTACTTCATG
** * * * * * *
83493 TTTCCCAATGCAAATATCCAATTATGATCAACTTGT-AC-AAACAATGAAAAAGATTATAATTTA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTA-TTTTAACTAAA-AAAGAAAAAGATTTTGATTTA
* * * * * *
83556 AAATCATTTATAAGATCATAAAACCCTTTAAAGTAAGTAACAAGCCTTTTGATGGAATGAGTGAC
64 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGAC
* * ** * * **
83621 TATAAATGGACCTTTT-TTGTCAAT-GATGGCATCGACTTCATGTTTCTCTATATAAACATCCAA
128 TATAAATAGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAA
* *
83684 TTATGATCTG-TTTTAATC-AAAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGATTATAG
192 TTATGAT-TGATTTTAA-CAAAAAATAAAAAA-ATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * ** * * * * * * *
83747 AACCATATAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAGGCATGATTAAATGTAAATAGACTTTTCTTATC
254 AACCATTTAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * *** *
83812 AATTGATGGCTACCACTTCACG
319 AATGGATGACTTTTACTTCATG
* ** * *
83834 TTT-TTCAATGCAAACATTGAATTATGATCTATTTTATCCAAAAACA-AAAAAGATTATTG-TTT
1 TTTCAT-AATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAA-AGAAAAAGATT-TTGATTT
* * * * ** *
83896 AAAATCATTTATAA-ATTATTAAACTATTTAAAACAACTAATTAGGCTTTTGATGGCAT-AGGTG
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGA-GTG
* * * * *** * ** * *
83959 AATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCTGATGTAAATAT-CA
126 ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCA
* *
84023 ATTATGATATG-TTTTAAC-TAAAA-AAAAAAA--TTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
191 ATTATGAT-TGATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
* * * * * * * * *
84083 ACCACTTAATGA-GAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAAATATAAATAGACTTTTCTTATC
255 ACCATTTAA-AATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * * *
84147 CATGGATCATTTTTGCTTCACG
319 AATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * * * * ** *
84169 TTTCTTAATGCAAATATCCAATTATGATATGTTTCAA-TGAAAAATGAAAAAAAAATTAATTTAA
1 TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACT-AAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAA
* * * * * * *
84233 AACCATTTATAAGATTATAAAATCACTTAGAGTC-AGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAAT
65 AATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAACAAGGC-TTTGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * **
84297 TATAAATGGACTTTTGTTGTTAATAGATGGTATTCACTTCACATTTCCCAATGTAAAGATTAAAT
128 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* * ** ** * * *
84362 TATGATAGATTTGAACTAAAAACCAAAAAGGTTTTGATTTCAAATCATTGATAAGATTATAAAAA
193 TATGATTGATTTTAAC-AAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * ** * * * * * * * * *
84427 TATTTGAAGCAA--AATAGC-AAGTTTTTCGATGGAATAAATAAATACAACTTGATTTTTCTTAT
257 CATTT-AA--AATGAATAACAAAGCTTTT-GAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * * * * *
84489 GAATGGATGGCATCTGC-TCACG
318 CAATGGATGACTTTTACTTCATG
* * * * * *
84511 TTGC-TAGATGCAAACATCCAATTGTTAT-TGATTTTAA-GAAAAAATGAAAAACATTTTGATCT
1 TTTCATA-ATGCAAACATCCAATTATGATCT-ATTTTAACTAAAAAA-GAAAAAGATTTTGATTT
* * * * ** *
84573 AAAATCATTTGTAAGATTAGAAAACTATTGAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTCGAAGGCATGATTG
63 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTT-GAAGGCATGAGTG
* *
84638 TCTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAAT
126 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAAT
84664 TATAACCTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTCATAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAAAGAAAAAGATTTTGATTTAAA
ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCCAATTAT
GATTGATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATT
TAAAATGAATAACAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT
GACTTTTACTTCATG
Found at i:81004 original size:170 final size:171
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79773 AATGCAAATATCCTATTATGATCTATTTTAAGTAAAAAT-AAAAAGGA-TTACAGTTTAAAATCT
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* ** * * * *
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* * * * ** *
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* * **
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* ** * * *
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* ** ** * *
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* * * * ** * **
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * ** *
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66 TA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAG--AAAGTAAC-AAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACTAT
** * ** ** *
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* * * * * *
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
** * * *** * *
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66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA--AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * *
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129 TGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * * * * *
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * ** * * *
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66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** * * * **
80583 GACATTTCTCATCAATGAATGGCATTCACTTGACATTT-CT
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* * *** ** ** *** * **
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1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
** * * * * ** * * * * *
80688 GGATAAAAATATACAACTATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTCGATGGTATGAATGACTATAAAT
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * *
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130 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * *
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* * * * * *
80859 TTATAATATTAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAACGAGGCTTTTAAAGACATGAATGACTATAAAT
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* *
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130 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
** * ** * **
80965 GCTGCAAACATCCAATTTTGATTTATTTTAAGTAAAAATGAAAAAGATTTTGGTTTAAAATTTTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* ** ** * * * * * *
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66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * *
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131 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * *
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCA-AA-AATGAAAAA-GA-TTTTGATTTAAAAT
* * * * * * * *
81194 AATTTATAAGATTATAAAACTATTTGAGGCAAGTAAC-AGGCTTTTGATGGCATGAATGACGATA
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * ** *
81361 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA-TAACGAGGGTTTCAAAGGCATG-GCTGAGTAT-AA
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* * * * *
81423 TGCAC--TTATTG---ATAGATGG-TTTTCAATTCATG-TTCTCT
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* * * *
81461 AATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACCAAAAA-GAAAAA-A-ATTGATATAAAATCATC
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * ** ** ** * *
81523 TATAAGAGTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTATACTTTTG-ATGCTATGAGTGACTATAAAA
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAGTGACTATAAAT
* * * * *
81587 GGATTTTTTCTAT-T-AATGGATGGTATCTGCTTCACGTTT-CT
130 GGA-CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * * *
81628 CGATGAAAACATCCAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGATAAAGATTTTGATTTTAAATC--
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * *
81691 --AT----TTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAACAAGGTTTTTGAATGCATGACTGAATATAAA
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * ** * * *
81749 TGGACTTTTCTTATCAATTGATATC-TTTCGCTTTATGTTTCTT
129 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTT-ACTTCATGTTTCCT
* * * * **
81792 GATGCAAACATCCCATTATGATTTGTTTTAACCAAAAA-CAAAAAGGATTTTGATTTAAAATTGT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAA-GATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * * *
81856 TTATAAGATTATAAAACCA-TTAAA-AATAGTAACTAGGGTATTGAAGACATGACTGACTACAAA
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* * * * * * ** *
81919 TGAACTTTTCTTTTAAATTGATGGCATTCAATTCACATTTCTT
129 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * ** * *
81962 GATGCAAGCATCCAATTACAATTGATTTTAACCAAAAA-CAAAAATGATTTTGATTTAAAATCAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAA-GATTTTGATTTAAAATCAT
** * * * * *
82026 TTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCAATTAACAAGG-TTTTCAAAGGCATGATTGACTAGAAA
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * ** * * *
82090 TGGAATTTTCTTGTCAATGGGTAAC-TCTACTTCATGTTCCCC
129 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * ** * * * * **
82132 AATTCCAATATGAAAGTATGATATGTTTTAATCAAAAATG-AAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * * * * *
82196 TATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTAACTAACTAGGCTTTT-AATGGAATGAGTGATTATAAAT
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAAT
** * * * *** *
82260 AAACTTGTCTTATCATTGGATGGCAACCATTTCATGTTTCCT
130 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * *
82302 AATGTAAACAACCAATTATAATTGATTTTAA-CAAAAATGAAAAACATTTTGATTTAAAATCATT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * * * * * * *
82366 TATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGAAAGCAACAAGGATATCGGAGGCATGATTGACTATAAATA
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * ** ** *
82431 GAGTTTTCTTATAAATGTATGACATCCACTTCACATGTCCT
131 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
82472 GATGCCAACATTCTAATCTA--ATATGTTGTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCT
1 AATGCAAACA-TCCAAT-TATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCA
* * ** *
82535 TTTATAAGATTATAACACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCATGATTGACTATAAA
64 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * *
82600 TAGACTTTTGTTGTCAATGGATGGTATTTACTTCATGTTTCCT
129 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
** * * * * * *
82643 AATGCAAACATATAATTATAACTTATTTTAAGCATAAACA-AAAAAAG-CTTTCAGTTTAAAATC
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCA-AAA-ATGAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATC
* ** * *
82706 ATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTGACTATAA
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* ** * * *
82771 ATGGAATTACCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCCT
128 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * *
82814 CAATGGAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* ** * * * *
82879 TTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTTAGTAACAAGGCTATCGAAGGCATGATTGACCATAAAT
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * *** * *
82944 AGAGA-TTTTTTTGTCAATGGATAGCATCCGCCTCATGTTTCCC
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* * * * * * * * * * *
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1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* ** * * * *
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* * *
83115 TGGAGTTTTCTTGTCAGTGGATGGCATTCACTTCATGTTT-CT
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* * * * * * * *
83157 CAATGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCATAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATCAT
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* ** * * * * *
83222 TTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTCACTGTAAGT
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * ** *
83287 AGG-CTTTTCTTGTCAATGGATGGTA-TCAGCTACACATTT-GT
130 -GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTA-CTTCATGTTTCCT
** * * * * * *
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* * * *** * * *
83392 TTTATAA-ATTATAAAATCATTTAAA-ACGAGTAATAATAATTTCGAAGGTATGAGTGACTACAA
64 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAA
* ** * * *
83455 ATAGACTTTTCTTGTCAATGGAAAGAATTTATTTCATGTTTCCC
128 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* ** * * *
83499 AATGCAAATATCCAATTATGATCAACTTGT-A-CAAACAATGAAAAAGATTATAATTTAAAATCA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTA-TTTTAACCAAA-AATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCA
* * * * * *
83562 TTTATAAGATCATAAAACCCTTTAAAGTAAGTAACAAGCCTTTTGATGGAATGAGTGACTATAAA
64 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
**
83627 TGGACCTTTT-TTGTCAAT-GATGGCATCGACTTCATGTTTCTCT
129 TGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTC-CT
* * * * *
83670 ATAT--AAACATCCAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAATCAT
1 A-ATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * ** * * * * *
83733 TTTTAAGATTATAGAACCATATAAAGTGAGCAACAAGGCTTTTGAAGGCATGATTAAATGTAAAT
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * ** * *
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130 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCAT-TTACTTCATGTTTCCT
** * * **
83839 CAATGCAAACATTGAATTATGATCTATTTTATCCAAAAACAAAAAAGATTATTG-TTTAAAATCA
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATT-TTGATTTAAAATCA
* * * ** * *
83903 TTTATAA-ATTATTAAACTATTTAAA-ACAACTAATTAGGCTTTTGATGGCAT-AGGTGAATATA
64 TTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATA
* * * ** *
83965 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTTCT
127 AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
84010 GATGTAAATAT-CAATTATGATATGTTTTAACTAAAAA--AAAAA-A--TTAATTTAAAATCATT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * * * * *
84069 TATAAGATTATAAAACCACTTAATGAGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAAATATAAAT
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * *
84133 AGACTTTTCTTATCCATGGAT--CATTTTTGCTTCACGTTTCTT
130 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCA--TTTACTTCATGTTTCCT
* * * * ** * ** * *
84175 AATGCAAATATCCAATTATGATATGTTTCAATGAAAAATGAAAAAAAAATTAATTTAAAACCATT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* * * ** * * *
84240 TATAAGATTATAAAATCACTTAGAGTCAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTAATTATAAATG
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * ** *
84305 GACTTTTGTTGTTAATAGATGGTATTCACTTCACATTTCCC
131 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * ** ** * * ** * *
84346 AATGTAAAGATTAAATTATGATAGATTTGAACTAAAAACCAAAAAGGTTTTGATTTCAAATCATT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
* ** * * * * * * * * * * * *
84411 GATAAGATTATAAAAATATTTGAAGCAAAATAGCAA-GTTTTTCGATGGAATAAATAAATACAAC
66 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-AAAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
84475 TTGATTTTTCTTATGAATGGATGGCATCTGC-TCACG-TTGCT
129 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
* * * ** * *
84516 AGATGCAAACATCCAATTGTTATTGATTTTAAGAAAAAATGAAAAACATTTTGATCTAAAATCAT
1 A-ATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCAT
* * * * ** * *
84581 TTGTAAGATTAGAAAACTATTGAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTCGAAGGCATGATTGTCTATAAA
65 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAA
* *
84646 TGAACTTTTCTTATCAAT
129 TGGACTTTTCTTGTCAAT
84664 TATAACCTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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158 12 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATGCAAACATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATT
TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTACTTCATGTTTCCT
Found at i:81803 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 81617--82031 Score: 440
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 162
81607 TGGTATCTGC
* * * * *
81617 TTCACGTTTCTCGATGAAAACATCCAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGATAAA-GATTTTG
1 TTCACGTTTCTTGATGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAA-CAAAAAGGATTTTG
* * * *
81681 ATTTTAAATCATTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAACAAGGTTTTTGAATG-CATGACTGAATA
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* * * * * **
81745 TAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATATCTTTCGC
128 CAAATGAACTTTTCTTATAAATTGATAGCATTCAA
* * *
81780 TTTATGTTTCTTGATGCAAACATCCCATTATGATTTGTTTTAACCAAAAACAAAAAGGATTTTGA
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* *
81845 TTTAAAATTGTTTATAAGATTATAAAACCATTAAAAATAGTAACTAGGGTATTGAAGACATGACT
66 TTTAAAA----TCAT----TTATAAAACCATTAAAAATAGTAACAAGGGTATTGAAGACATGACT
* * *
81910 GACTACAAATGAACTTTTCTTTTAAATTGATGGCATTCAA
123 GAATACAAATGAACTTTTCTTATAAATTGATAGCATTCAA
* * * * *
81950 TTCACATTTCTTGATGCAAGCATCCAATTA-CAATTGATTTTAACCAAAAACAAAAATGATTTTG
1 TTCACGTTTCTTGATGCAAACATCCAATTATGATTTG-TTTTAACCAAAAACAAAAAGGATTTTG
82014 ATTTAAAATCATTTATAA
65 ATTTAAAATCATTTATAA
82032 GATTATAAAA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 33, Indels: 23
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 10 0.05
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TTCACGTTTCTTGATGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAACAAAAAGGATTTTGA
TTTAAAATCATTTATAAAACCATTAAAAATAGTAACAAGGGTATTGAAGACATGACTGAATACAA
ATGAACTTTTCTTATAAATTGATAGCATTCAA
Found at i:85617 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 84971--86075 Score: 833
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 168
84961 ATATTTCTTG
* *
84971 ATGCAAACATTCAATTATGA-C-ATATATTAA--ACAAAATGATAAATATTTTGGA-TTAAAATC
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGAT-T-TTAACTA-AAAATGA-AAAAATTTT-GATTTAAAATC
* * * * * *
85031 ATTTAT-ATATTATAAAA-TCATTTAAA-ATGAGTAATAAGACTTTCGATAGCATGAGT-AACTA
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* * *
85092 TAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCA-TCTGCTTCACATTTCTTA
121 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTC-GCTTCACATTTCCTA
* * * * ** *
85140 ATGTAAACATCTAATTATGATCTATTTTAAGTAAAAACAAAAAAAAAGTTT-AGTTTAAAATCAT
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACT-AAAA-ATGAAAAAATTTTGA-TTTAAAATCAT
* * * * *
85204 TCATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCAAAAGTAT-ATGTGACTATTAA
63 TTATAAGATTATAAAACTATTGAAA-CAAGTAACAAGGCTTTC-AAAGTATGA-GTGAATATAAA
* * * * * *
85268 TAAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCACATTTCGTA
125 TAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCTA
* * * * *** * *
85312 TTGCAAATATCCAATTATGATCTATTTGAACTAAAAATGAAAAAAAAATGATTTCAAATCAATTA
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAATGAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTA
* * * * * * *
85377 TAAGATTTTTAAGCCACTT-AATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAAT-AACTATAAATG
66 TAAGATTATAAAACTA-TTGAA-ACAAGTAACAAGGCTTTCAAA-GTATGAGTGAA-TATAAATA
** * * *
85440 GACTTTTCTTGTCAAAAGATGGCATTCACTTCACAATTCCCA
127 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCTA
* * *
85482 ATGCAAACATCTAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTTTGATTTAAAATCATTT
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAATGAAAAAA-TTTTGATTTAAAATCATTT
* *
85547 ATAAGATTATAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGAATATAAATAG
65 ATAAGATTATAAAACTATTGA-AACAAGTAACAAGGCTTTC-AAAGTATGAGTGAATATAAATAG
* * * ** *
85612 ACTTTTCTTGCCATTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT-CTGG
128 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCT-A
* * * * * *
85653 ATGCAAATATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAAAT-AAAAAA-ATTGATTTAAAATTATATA
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAATGAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTA
* * * * *
85716 TAAGATTATACAACCACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
66 TAAGATTATAAAACTA-TTGAAA-CAAGTAACAAGGCTTTCAAA-GTATGAGTGAATATAAATAG
* * * * * * *
85780 ACATTTCTTATCAATGGATGGTATTCACTTGACATTTTCTT
128 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCTA
** ** * *
85821 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAACCAAAAAGATTTCAATCTAAAATCATTG
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAATGAAAAA-ATTTTGATTTAAAATCATTT
* * * * * * * *
85886 ATAGGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAGCAAGGCTTTCAATGATATGAATGACTATAAATTG
65 ATAAGATTATAAAACTA-TTGAAACAAGTAACAAGGCTTTCAAAG-TATGAGTGAATATAAATAG
* * ** *
85951 ACTTCTCTTGTCAATGGATGGCATTCTCTTCACGCTTCCAA
128 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCTA
* * * * * * *
85992 ATGTAAATATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAACTTAAAAGATTTTGATTCAAAATAATTT
1 ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAA-TGAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTT
* *
86057 ATAGGATTAGAAAACTATT
65 ATAAGATTATAAAACTATT
86076 TAAATGGAGT
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 164, Indels: 73
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 124 0.17
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170 143 0.19
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172 116 0.16
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ATGCAAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAATGAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTA
TAAGATTATAAAACTATTGAAACAAGTAACAAGGCTTTCAAAGTATGAGTGAATATAAATAGACT
TTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTCACATTTCCTA
Found at i:85849 original size:339 final size:335
Alignment explanation
Indices: 85081--86028 Score: 1030
Period size: 339 Copynumber: 2.8 Consensus size: 335
85071 TTTCGATAGC
** * * *
85081 ATGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCA-TCTGCTTCACATTTCTTAATGTA
1 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTC-ACTTCACATTTCTT-ATGCA
* *
85145 AACATCTAATTATGATCTATTTTAAGTAAAAACAAAAAAAAAGTTTAG-TTTAAAATCATTCATA
64 AACATCTAATTATGATCGATTTTAA--CAAAA-AAAAAAAAAGTTTAGATTTAAAATCATTCATA
* * *
85209 AGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCAAAAGTAT-ATGTGACTATTAATAAAC
126 AGATTATAAAACTATTGAAA-CAAGTAACTAGGCTTTC-AAAGTATGA-GTGACTATAAATAGAC
* * * * *
85273 TTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCACATTTCGTATTGCAAATATCCAATTATGATCTATT
188 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCG-AATGCAAATATCCAATTATGATCTATT
* * * * *
85338 TGAACTAAAAATGAAAAAAAAATGATTTCAAATCAATTATAAGATTTTTAAGCCACTTAATGCAA
252 TTAACTAAAAAT-AAAAAAAAATGATTTAAAATCAATTATAAGATTTATAAACCACTTAAAGCAA
85403 GTAACAAGGCTTTCAAAGGT
316 GTAACAAGGCTTTCAAAGGT
* ** * **
85423 ATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAAGATGGCATTCACTTCACAATTCCCAATGCAA
1 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCAC-ATTTCTTATGCAA
* ** * *
85488 ACATCTAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTTTGATTTAAAATCATTTATAAGA
65 ACATCTAATTATGATCGATTTTAA-CAAAAAAAAAAAAAGTTTAGATTTAAAATCATTCATAAGA
* *
85553 TTATAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTT
129 TTATAAAACTATTGA-AACAAGTAACTAGGCTTTC-AAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * *
85618 CTTGCCATTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTGGATGCAAATATCCAATTATGATCTATTTTAA
192 CTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTC-GAATGCAAATATCCAATTATGATCTATTTTAA
* * * *
85683 CAAAAAAT-AAAAAAATTGATTTAAAAT-TATATATAAGA-TTATACAACCACTTAAAGCGAGTA
256 CTAAAAATAAAAAAAAATGATTTAAAATCAAT-TATAAGATTTATA-AACCACTTAAAGCAAGTA
85745 ACAAGGCTTTCAAAGGT
319 ACAAGGCTTTCAAAGGT
* * * * *
85762 ATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGTATTCACTTGACATTTTCTTATGCAA
1 ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACA-TTTCTTATGCAA
* * ** * * *
85827 ACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAACCAAAAAGATTTCA-ATCTAAAATCATTGATAGG
65 ACATCTAATTATGATCGATTTTAACAAAAAAAAAAAAAG-TTT-AGATTTAAAATCATTCATAAG
* * * * * * * *
85891 ATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAGCAAGGCTTTCAATGATATGAATGACTATAAATTGACTTC
128 ATTATAAAACTA-TTGAAACAAGTAACTAGGCTTTCAAAG-TATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
85956 TCTTGTCAATGGATGGCATTCTCTTCACGCTTCCAAATGTAAATATCCAATTATGAT-TGATTTT
191 TCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCACG-TTTCGAATGCAAATATCCAATTATGATCT-ATTTT
86020 AACTAAAAA
254 AACTAAAAA
86029 CTTAAAAGAT
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 84, Indels: 33
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 22 0.04
339 252 0.50
340 19 0.04
341 136 0.27
342 72 0.14
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (335 bp):
ATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCTTATGCAAA
CATCTAATTATGATCGATTTTAACAAAAAAAAAAAAAGTTTAGATTTAAAATCATTCATAAGATT
ATAAAACTATTGAAACAAGTAACTAGGCTTTCAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
TCAATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCGAATGCAAATATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAA
AATAAAAAAAAATGATTTAAAATCAATTATAAGATTTATAAACCACTTAAAGCAAGTAACAAGGC
TTTCAAAGGT
Found at i:86059 original size:510 final size:513
Alignment explanation
Indices: 85070--86075 Score: 1194
Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 513
85060 AGTAATAAGA
* **
85070 CTTTCGATAGCATGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCATCTGCTTCACATT
1 CTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATCTGCTTCACATT
* * * * *
85135 TCTTAATGTAAACATCTAATTATGATCTATTTTAAGTAAAAACAAAAAAAAAGTTTAGTTTAAAA
66 TCTGAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAGCAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAAAA
* *
85200 TCATTCATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTAT
131 TCATTCATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTAT
* * * *
85265 TAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCACATTTCGTATTGCAAATATCCAATTAT
196 AAATAAACATTTCTTATCAATGAATGACTTTCACTTCACATTTCGTATTGCAAACATCCAATTAT
* ** * * * * * *
85330 GATCTATTTGAACTAAAAATGAAAAAAAAATGATTTCAAATCAATTATAAGATTTTTAAGCCACT
261 GATCGATTTGAACTAAAAACCAAAAAAAAATAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACT
* *
85395 TAATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAAGAT
326 TAATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAGAT
* *
85460 GGCATTCACTTCACAATTCCCAATGCAAACATCTAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAA
391 GGCATTCACTTCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAA
* * *
85525 AAGTTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGG
456 AAGTTTTGATTCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGG
* * * **
85583 CTTTCGAAAGCATGAGTGAA-TATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGGATGGC-TTTCGCTTCATG
1 CTTTCGAAAGCATGAGT-AACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATCT-GCTTCACA
* * *
85646 TTTCTGGATGCAAATATCCAATTATGATCTATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAA-TTGA-TTTAA
64 TTTCTGAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAGCAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAA
* * *
85707 AATTATAT-ATAAGATTATACAACCACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGA-GTG
129 AATCAT-TCATAAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTAT-ATGTG
** * * * *
85769 ACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATG-GTATTCACTTGACATTTTCTTA-TGCAAACATC
191 ACTATAAATAAACATTTCTTATCAATGAATGACT-TTCACTTCACA-TTTCGTATTGCAAACATC
* * ** *
85832 CAATTATGATCGATTTTAACTAAAAACCAAAAAGATTTCAATCTAAAATC-ATTGATAGGATTAT
254 CAATTATGATCGATTTGAACTAAAAACCAAAAAAAAAT-AATCTAAAATCAATT-ATAAGATTAT
* * * * *
85896 AAAACCATTTGAA-GCAAGTAGCAAGGCTTTCAATGATATGAATGACTATAAATTGACTTCTCTT
317 AAAACCACTT-AATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTT
** * ** * * * *
85960 GTCAATGGATGGCATTCTCTTCACGCTTCCAAATGTAAATATCCAATTATGATTGATTTTAACTA
381 GTCAAAAGATGGCATTCACTTCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCA
* * *
86025 AAAACTTAAAAGA-TTTTGATTCAAAATAATTTATAGGATTAGAAAACTATT
446 AAAA-TGAAAAAAGTTTTGATTCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATT
86076 TAAATGGAGT
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 69, Indels: 25
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 133 0.32
510 173 0.42
511 16 0.04
512 7 0.02
513 81 0.20
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (513 bp):
CTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCATCTGCTTCACATT
TCTGAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAAGCAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAAAA
TCATTCATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTAT
AAATAAACATTTCTTATCAATGAATGACTTTCACTTCACATTTCGTATTGCAAACATCCAATTAT
GATCGATTTGAACTAAAAACCAAAAAAAAATAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACT
TAATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAGAT
GGCATTCACTTCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAA
AAGTTTTGATTCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGG
Found at i:86133 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 85015--86277 Score: 739
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
85005 AATGATAAAT
* * *** * *
85015 ATTTTGGATT-AAAATCATTTAT-ATATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCGAT
1 ATTTT-GATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGA-
* * * **
85078 A-GCATGAGT-AACTATAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCA-TCTGCTTCACATTTCTTA
64 AGGCATGAGTGAA-TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTC-ACTTCACATTTCCAA
* * * ** *
85140 ATGTAAACATCTAATTATGATCT-ATTTTAAGTAAAAACAAAAAAAA
127 ATGCAAACATCCAATTATGAT-TGATTTTAACT-AAAA-ATTAAAAG
* * * * * * * *
85186 AGTTT-AGTTTAAAATCATTCATAAGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCAAA
1 ATTTTGA-TTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * * * ** *
85250 AGTAT-ATGTGACTATTAATAAACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCACATTTCGTATT
65 GGCATGA-GTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAAT
* * * *
85314 GCAAATATCCAATTATGATCT-ATTTGAACTAAAAATGAAAAA
129 GCAAACATCCAATTATGAT-TGATTTTAACTAAAAATTAAAAG
*** * * * * * * *
85356 AAAATGATTTC-AAATCAATTATAAGATTTTTAAGCCACTTAATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAA
1 ATTTTGA-TTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
* * * ** * *
85420 GGTATGAAT-AACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAAGATGGCATTCACTTCACAATTCCCAAT
65 GGCATGAGTGAA-TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAAT
* * * * *
85484 GCAAACATCTAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAA
129 GCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATTAAAAG
* * * *
85526 AGTTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGACAA-CAAGTAACTAGGCTTTCGA
1 A-TTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTA-AAGCAAGTAACAAGGCTTTCGA
* * * * * ** ***
85590 AAGCATGAGTGAATATAAAT-AGACTTTTCTTGCCATTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTGGA
64 AGGCATGAGTGAATATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAA
* *
85654 TGCAAATATCCAATTATGATCT-ATTTTAAC-AAAAAATAAAA-
128 TGCAAACATCCAATTATGAT-TGATTTTAACTAAAAATTAAAAG
** * * * * * * *
85695 AAATTGATTTAAAATTATATATAAGATTATACAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAG
1 ATTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * **
85760 GTATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGGATGGTATTCACTTGACATTTTCTTATGC
66 GCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAATGC
* **
85825 AAACATCCAATTATGATCGATTTTAACTAAAAACCAAAAAG
131 AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAA-TTAAAAG
* * * * * *
85866 A-TTTCAATCTAAAATCATTGATAGGATTATAAAACCATTTGAAGCAAGTAGCAAGGCTTTC-AA
1 ATTTTGATTC-AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
** * * * * **
85929 TGATATGAATGACTATAAATTG-ACTTCTCTTGTCAATGGATGGCATTCTCTTCACGCTTCCAAA
65 -GGCATGAGTGAATATAAA-TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAA
* *
85993 TGTAAATATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAACTTAAAAG
128 TGCAAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAA-TTAAAAG
* * * * * * * *
86037 ATTTTGATTCAAAATAATTTATAGGATTAGAAAACTATTTAAATG-GAGTAACGAGACTTTCGGA
1 ATTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-GCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
* * * ** *
86101 GGCATAACTG-ATGATATATGAACTTTTCTTGTCAATTCATAGC-TTC-CTTTTCA-AGTTTCTC
65 GGCATGAGTGAAT-ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCAC--TTCACA-TTTC-C
* * *
86162 AATAT--AGACATGCAATTATGATCTG-TTTTAACTAAATCAA--AAAGG
125 AA-ATGCAAACATCCAATTATGAT-TGATTTTAACTAAA--AATTAAAAG
* ** * ** * * *
86207 GTTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAACTAGGCTTTCAAAG
1 ATTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAG
86272 GCATGA
66 GCATGA
86278 TTGTAACACC
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 208, Indels: 81
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 120 0.14
169 10 0.01
170 218 0.26
171 368 0.44
172 119 0.14
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAG
GCATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCACTTCACATTTCCAAATGC
AAACATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAATTAAAAG
Found at i:86180 original size:510 final size:512
Alignment explanation
Indices: 85144--86270 Score: 1145
Period size: 510 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
85134 TTCTTAATGT
* * *
85144 AAACATCTAATTATGATCTATTTTAAGTAAAAACAAAAAAAAAGTTTAGTTTAAAATCATTCATA
1 AAACATCCAATTATGATCTATTTTAA-CAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAAAATCATTCATA
* * * *
85209 AGATTATAAAACTATTGAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTATTAATAAACT
65 AGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTATAAATAAACA
* * *
85274 TTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCACATTTCGTATTGCAAATATCCAATTATGATCTATTT
130 TTTCTTATCAATGAATGACTTTCACTTCACATTTCGTATTGCAAACATCCAATTATGATCGATTT
** * * * * * *
85339 GAACTAAAAATGAAAAAAAAATGATTTCAAATCAATTATAAGATTTTTAAGCCACTTAATGCAAG
195 GAACTAAAAACCAAAAAAAAATAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAATGCAAG
* *
85404 TAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAAGATGGCATTCAC
260 TAACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAGATGGCATTCAC
* *
85469 TTCACAATTCCCAATGCAAACATCTAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTTTGA
325 TTCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTTTGA
* * * * * * *
85534 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTGACAACAAGTAACTAGGCTTTCGAAAGCATGAG
390 TTCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATTGACAACAAGTAACGAGACTTTCGAAAGCATAAC
* * * * * ** *
85599 TGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTGGATGC
455 TGAATATAAATAGACTTTTCTTGCAATTGCATAGCTTCCGCTTCAAGTTTCTCAATAC
* * *
85657 AAATATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAA-ATAAAAAAA-TTGA-TTTAAAATTATAT-ATA
1 AAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAAAATCAT-TCATA
* * **
85718 AGATTATACAACCACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGA-GTGACTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTAT-ATGTGACTATAAATAAA
* * * *
85781 CATTTCTTATCAATGGATG-GTATTCACTTGACATTTTCTTA-TGCAAACATCCAATTATGATCG
128 CATTTCTTATCAATGAATGACT-TTCACTTCACA-TTTCGTATTGCAAACATCCAATTATGATCG
* * ** * *
85844 ATTTTAACTAAAAACCAAAAAGATTTCAATCTAAAATC-ATTGATAGGATTATAAAACCATTTGA
191 ATTTGAACTAAAAACCAAAAAAAAAT-AATCTAAAATCAATT-ATAAGATTATAAAACCACTT-A
* * * * **
85908 A-GCAAGTAGCAAGGCTTTCAATGATATGAATGACTATAAATTGACTTCTCTTGTCAATGGATGG
253 ATGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAGATGG
* ** * * * * * *
85972 CATTCTCTTCACGCTTCCAAATGTAAATATCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAACTTAAAAG
318 CATTCACTTCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCAAAAA-TGAAAAA
* * ** *
86037 A-TTTTGATTCAAAATAATTTATAGGATTAGAAAACTATTTA-AATGGAGTAACGAGACTTTCGG
382 AGTTTTGATTCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATTGACAA-CAAGTAACGAGACTTTCGA
* * **
86100 AGGCATAACTG-ATGATATAT-GAACTTTTCTTGTCAATT-CATAGCTTCCTTTTCAAGTTTCTC
446 AAGCATAACTGAAT-ATAAATAG-ACTTTTCTTG-CAATTGCATAGCTTCCGCTTCAAGTTTCTC
*
86162 AATAT
508 AATAC
* * * * * ** * * *
86167 AGACATGCAATTATGATCTGTTTTAACTAAATC--AAAAAGGGTTTCAATTTAAAATCATTTATA
1 AAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAACAAAAAAAAAG-TTGAGTTTAAAATCATTCATA
** * ** *
86230 AGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAACTAGGCTTTCAAA
65 AGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAA
86271 GGCATGATTG
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 95, Indels: 39
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 143 0.29
510 256 0.51
511 26 0.05
512 50 0.10
513 24 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
AAACATCCAATTATGATCTATTTTAACAAAAACAAAAAAAAAGTTGAGTTTAAAATCATTCATAA
GATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGTATATGTGACTATAAATAAACAT
TTCTTATCAATGAATGACTTTCACTTCACATTTCGTATTGCAAACATCCAATTATGATCGATTTG
AACTAAAAACCAAAAAAAAATAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAATGCAAGT
AACAAGGCTTTCAAAGATATGAATAACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAGATGGCATTCACT
TCACAATTCCAAATGCAAACATCCAATTATGATGGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTTTGAT
TCAAAATAATTTATAAGATTAGAAAACTATTGACAACAAGTAACGAGACTTTCGAAAGCATAACT
GAATATAAATAGACTTTTCTTGCAATTGCATAGCTTCCGCTTCAAGTTTCTCAATAC
Found at i:90564 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 90264--94734 Score: 1725
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90254 AAAAATATAT
* ** * * * *
90264 TTTGAATTAAAATCATTTATAAGATTA-AAAAATATTTAAGGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGT
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* * * * * * * * * *
90328 ATAATTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGGTGGCTTTC-GATTGA-AGTTT-TTCACTG
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATCTGCTTCATA-TTTCCT-AATG
** ** *
90390 CAAACATTTAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGATGAACA
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* *** *
90433 TTTCGATTTAAAATCATTTATAA-ATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAACAAAGCTTTCAATGG
1 TTT-GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCAA-GG
** *
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64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCTGCTTCATATTTCCTAATGCA
* * * * *
90562 AACATCCATTTATGTTCTAT-TTGAATCAAAAATG-AAAAGA
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** * * * *
90602 CTTT-AGTGCAAGATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAACTAGGCTTTCGAAG
1 -TTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAG
* * * * * * *
90666 GCATGAGTGACTATTAATGGA-TGTTTCTTATTAAT-GAGTGGCT-TTTGCTTCACATTTCCTAT
63 GCATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGGA-TGG-TATCTGCTTCATATTTCCTAA
* * * *
90728 TGCAAATATCCAATTATGAT-T-TATTTGAACCAAAAAAGAAAATAAA
125 TGCAAACATCCAATTATGATCTGTA-TT-AAACAAAAACGAAAA-AGA
* * * * *
90774 TTTTATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAATGTAAGTAACAAGGCTTACGAAGTC
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGGC
* * * ** * *
90839 ATGAGTGACTATAAGT-GAATTTTTCTTGTCAAAGGATGACAT-TCACTTCATGTTTCCTAATGC
65 ATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCT-GCTTCATATTTCCTAATGC
** * * * * **
90902 AAACATATAATTACGAT-AGATTTTAACCTAAAAA-GAAAATTATT
128 AAACATCCAATTATGATCTG-TATTAAAC-AAAAACGAAAA--AGA
* * * * * * ** *
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1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGC-TTTCAAGGC
* * * * * * **
91003 ATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGCTTTC-GCTTCATGTTTCC-AATGTG
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATCTGCTTCATATTTCCTAATGCA
* * * *
91066 AATATCCAATTATGATCTATTTTAATA-AAAAATGAAAAA-A
129 AACATCCAATTATGATCTGTATTAA-ACAAAAACGAAAAAGA
* * * * * * * * * *
91106 -TTGACTTAAAATCATTTATAAGGTAATAAAACTACTTAAAGCAAGTAAGAAGGTTTTTGAAGAC
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGG-CTTTCAAGGC
* * * *
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65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCT-GCTT--CATATTTCCTAATG
* * * * * *
91232 CAAACATCTAATTATGATC-GATTTTGACCAAAAACCAAAAATA
127 CAAACATCCAATTATGATCTG-TATTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * * * * * ** *
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1 TTT-GATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGG
* * * * * *
91339 CATGAATGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCATTCT-CTTCACATTTCATAATGC
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** * ***
91403 AAACATCCAAAGATGAT-TG-ACTTTAACCAAAAACTTGAAAGA
128 AAACATCCAATTATGATCTGTA--TTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * *
91445 TTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTAAAAAACCATTTAAA-TCAAGTAACAAGACATTTGAAG
1 -TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAACAAGGC-TTTCAAG
* * * * * * * * *
91509 GCATGATTGA-TGTTACATAGACTTTTCTTGTCAATTGACAGTTTTCT-CTTCACATTT-CTCGA
63 GCATGAGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGTATCTGCTTCATATTTCCT-AA
* * * ** * * *
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** * * * *
91616 TTCAATTTAAAATCATTTATAGGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAACTAGGCTTTTGAAAG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAACAAGGC-TTT-CAAG
** * **
91680 G-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAGCGGATGGCAT-T-CAATTCATATTTTTTAAT
63 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCTGC--TTCATATTTCCTAAT
* * * * *
91742 AC-AACTAGCCAATTATGAT-TG-ATTTTAACTAAAAACTAAAAATA
126 GCAAAC-ATCCAATTATGATCTGTA-TTAAAC-AAAAACGAAAAAGA
* * * *
91786 TTTTGATTTAAAATCATTTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGT
1 -TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGG
* * * * * * *
91851 CATGATTGACTATAAATGGACTATTCTTCTCAATGGATGGCTTTCAT--TTCATGTTTCTTAATG
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATC-TGCTTCATATTTCCTAATG
* * * * *
91914 CAAACATCCAATTATGATTTGAATTAAAC-AAAACTATAAATA
127 CAAACATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * * * *
91956 TTTTGATTTAAAATCATTTATAA-ATTATAAAATCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGG
1 -TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGG
* * * * * * * *
92020 TATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATAGATGGCATCTGTTTCACATTTCCTAGTGC
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGTATCTGCTTCATATTTCCTAATGC
** * * *
92084 AAACATTGAATTATGATTTGTTGTTTTAAGCAAAAAC-AAAAAGA
128 AAACATCCAATTATGA--T-CTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * * *
92128 TTT-CTTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-ATAGGCTTCCAAAGG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACA-AGGCTTTC-AAGG
* * * * *
92191 CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCT-TTTACTTCACT-TTTCCTAATG
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GGTATCTGCTTCA-TATTTCCTAATG
* * * * **
92254 -TAACATCCAATTATGACCTAT-TTTAAGTAAAA-GAAAAAAGA
127 CAAACATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACG-AAAAAGA
** * * ** *
92295 TTTTGCCTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAACAAGATTTTTGAAGG
1 -TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAG-GCTTTCAAGG
* * * * *
92360 TATGAGTGAATATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTTGCTTCACATTTCTTAATG
64 CATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATCTGCTTCATATTTCCTAATG
* * * * **
92423 CAAATATCCAACTATGATATGTTTTAAACAAAAATTAAAAA-A
127 CAAACATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * * * * * * *
92465 ATTGATTTAAATTTATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGATGGC
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGC-TTTCAAGGC
* * * * * ** * * * * *
92530 ATGAGTGACTGTAAATGGAATTTTATTGTTAATATATGGCATCTGCTTCATGTTTCTTGATACAA
65 ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCTGCTTCATATTTCCTAATGCAA
* * * * * *
92595 ACATGCAATTATTAT-TGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAA
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* * * * ** *
92635 GTTTGATATGAAATGATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-CAACAATACTTTTAAAG
1 -TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAACAAGGC-TTTCAAG
* * ** * * * * * * * *
92699 GTATAAGAAATTATAAA-AGGACTTTTCTTGTTAATAGATTGCT-TTTACTTCATGTTAGCC-AA
63 GCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGTATCTGCTTCATATT-TCCTAA
*
92761 TACAAACATCCAATTATGATCAT-T-TTAAAC-AAAA--AAAAA-A
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** * * * * * * *
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1 TTTGATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAG-GCTTTC-AAG
** * * * * * * * * * *
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63 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GGTATCTGCTTCATATTTCCTAATG
* * * * * * *
92928 AAAACATCCAAGTATGATCTAT-TTTAACTAGAAATG-AAAATA
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* * * * * * * *
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1 TT-TGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTCAA-G
* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAACAAGGC-TTTCAAGG
* * * * * * * ** *
93203 TATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATTGTTTCTGCTTCACGTTTACC-AATAC
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* * * * * ** *
93267 TAATATCAAATTATGATATGT-TTAACCAAAATTGAAAAAAA
128 AAACATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
* * * * * ** * *
93308 ATTAATCTAAAATAATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGG
* * * * * *
93372 CATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATGGCT-TTTGCTTTACGT-TTTTC-AAT
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATCTGC-TT-CATATTTCCTAAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * ** *
93596 CCAATATCAAATTATGATCTGTTTTGACCAAAAGTGAAAAAAA
127 CAAACATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
** ** **
93639 TTCAATTTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTT-AAGTGGGTAACAATTCTTTCCAAG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCA-TTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTT-CAAG
* * * * **
93702 GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTT-TTGTTAATGGA-GAGCT-TTTGCTTCACGTTTCCCT-A
63 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG-G-TATCTGCTTCATATTT-CCTAA
** * * * * * *
93763 TGTGAACATCAAATTATGATCTATTTTTACACAAAAAGGAGAAAA-T
125 TGCAAACATCCAATTATGATCT-GTATTAAACAAAAACGA-AAAAGA
* * * * *
93809 TTTAATTTTAAAATCATTTATAAGGTTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAACTAGGGTTTCAAAGG
1 TTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGG
* * * * *
93874 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATTGATGGCT-T-TAGCTTCATGTTTCCTGATG
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TATCT-GCTTCATATTTCCTAATG
* * * * ** *
93937 TAAACAAT-AAATTATGATATGTTTTAATTAAAAATGAAAAAAGA
127 CAAAC-ATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACG-AAAAAGA
** * ** * * *
93981 -TCAATTTAAAATCATTTCATAAGATCATAAAATAATTTAAAGCAAG-AAAATAGGCTTCCAAAG
1 TTTGATTTAAAATCATTT-ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACA-AGGCTTTC-AAG
* * * * * * * * * *
94044 GTATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGCATAGCT-TTTACTTCATGTTTCTTGAC
63 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGTCAATGGAT-GGTATCTGCTTCATATTTCCTAAT
* * * *
94107 ACAAACATCAAATTATGATCT-T-TTGAACCAAAAA-TAAAACA-A
126 GCAAACATCCAATTATGATCTGTATT-AAACAAAAACGAAAA-AGA
* ** * * * * * ** *
94149 ATCAATTCAAAATTATTTATAA-AGTTATAAAATCACTTAAAGTGAGTAACAATGATTTTGAAGG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAA-GGCTTTCAAGG
* * * ** *
94213 CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTGC-TATCAATATATGGCT-TC-GCTTCACATTT-CTCAAT
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGTCAATGGATGG-TATCTGCTTCATATTTCCT-AAT
* * * * * *
94274 GTAAACAACAAATTATGAT-T-TATTTTAACTAAAAATGATAAAAAAA
126 GCAAACATCCAATTATGATCTGTA-TTAAAC-AAAAACG--AAAAAGA
** * * *** *
94320 TTCAATTTAAAATTA-TTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAG-AGAGTAGTTAGGCTTTTAAAGG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAACAAGGC-TTTCAAGG
* * * * * * * *
94383 TATGAGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATTGCTTTC-AC-T-ATATGTTTCTCGAT
64 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGTATCTGCTTCATAT-TTCCT-AAT
* ** * * *
94445 ACAAACATTAAATTATGAT-T-TTTTGAACCAAAATA-TAAAAA-A
126 GCAAACATCCAATTATGATCTGTATT-AAACAAAA-ACGAAAAAGA
** * ** * * *
94487 TTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCGCTTAAAGCAAGCAACCAAGG-TTCTGAAG
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA-CAAGGCTT-TCAAG
* * * * * * ** * ** * *
94550 GTATAAGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTTAATAGATCACTAT-TACTTCCCATTTTCTGATG
63 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GGTATCTGCTTCATATTTCCTAATG
* * * * *
94614 TAAACATCCAATTATGATCTGT-TTTAACTAGAAA-TAAAAAAA
127 CAAACATCCAATTATGATCTGTATTAAAC-AAAAACGAAAAAGA
* * * * * ** * * *
94656 ATTGATTT-AAATCGTTTATAAGACTATCAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGCCTTTCAAATGC
1 TTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC-AAGGC
*
94720 ATGAGTGAATATAAA
65 ATGAGTGACTATAAA
94735 CGAACTTTTC
Statistics
Matches: 3291, Mismatches: 753, Indels: 517
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
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TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTATCTGCTTCATATTTCCTAATGCAAA
CATCCAATTATGATCTGTATTAAACAAAAACGAAAAAGA
Found at i:90849 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 90270--94781 Score: 2472
Period size: 170 Copynumber: 26.7 Consensus size: 170
90260 ATATTTTGAA
** * ** ** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * ** * *
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* ** * **
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* * * *
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* * * * * *
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** * ** * *
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* * * * *
90674 GACTATTAATGGA-TGTTTCTTATTAAT-GAGTGGCTTTTGCTTCACATTTCCTATTGCAAATAT
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*
90737 CCAATTATGATTTATTTGAACCAAAAAAGAAAATAAATTTTAT
129 CCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAA-AAATTTTAT
* * * * *
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1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * ** ** **
90845 GACTATAAGTGAATTTTTCTTGTCAAAGGATGACATTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
* ** * * *
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* * * * ** *
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1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * ** ** *
91009 GAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCC-AATGTGAATATCC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
* * * *
91073 AATTATGATCTATTTTAA-TAAAAAATG-AAAAAA-TTGAC
131 AATTATGATTTATTTTAACCAAAAAA-GAAAAAAATTTTAT
* * * * * * * *
91111 TTAAAATCATTTATAAGGTAATAAAACTACTTAAAGCAAGTAAGAAGGTTTTTGAAGACATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * ** *
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* ** * ** * *
91240 TAATTATGATCGATTTTGACCAAAAACCAAAAATATTTCAAT
130 CAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTT-TAT
* * * * * * ** * *
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* * * *
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** * * **** *
91410 CAAAGATGATTGACTTTAACCAAAAACTTGAAAGATTTTGAT
130 CAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTT-AT
* * * *
91452 TTAAAATCATTTATAAGATTAAAAAACCATTTAAATCAAGTAACAAGACATTT-GAAGGCATGAT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC-TTTCGAAGGCATGAG
* * * * ** * * *
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65 TGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCACATTTCCT-AATGCAAAC
* * * * * ** **
91578 ATCCAACTATGATCTATTTTCA-CTAAAATGAAAAAGGCTTCAAT
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91622 TTAAAATCATTTATAGGATTATAAAACTATTTAAAG-AGAGTAACTAGGCTTTTGAAAGG-ATGA
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCG-AAGGCATGA
* ** * *** * ** *
91685 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAGCGGATGGCATTCAATTCATATTTTTTAATAC-AACTA
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAAC-A
* * * ** *
91749 GCCAATTATGATTGATTTTAACTAAAAACTAAAAATATTTTGAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTT-AT
* * * *
91793 TTAAAATCATTTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGTCATGATT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * *** ** *
91858 GACTATAAATGGACTATTCTTCTCAATGGATGGCTTTCATTTCATGTTTCTTAATGCAAACATCC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
* * ** * *
91923 AATTATGATTTGA-ATTAAAC-AAAACTATAAATATTTTGAT
131 AATTATGATTT-ATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTT-AT
* * * * *
91963 TTAAAATCATTTATAA-ATTATAAAATCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGTATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * * * *
92027 GATTATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATAGATGGCATCTGTTTCACATTTCCTAGTGCAAACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATC
* * * * * *
92091 GAATTATGATTTGTTGTTTTAAGC-AAAAACAAAAAGA-TTTCT
130 CAATTATGA--T-TTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* ** * *
92133 TTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-ATAGGCTTCCAAAGGCATGAG
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * *
92197 TGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTCACTTTTCCTAATG-TAACATC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATC
** ** **
92261 CAATTATGACCTATTTTAA--GTAAAAGAAAAAAGATTTTGCC
130 CAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAA-ATTTT-AT
* ** ** * *
92302 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAACAAGATTTTTGAAGGTATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * *
92367 GAATATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAATGCAAATATCC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
* * * * ** *
92432 AACTATGATATGTTTTAAACAAAAATTAAAAAAA-TTGAT
131 AATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* * * ** * * *
92471 TTAAATTTATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGATGGCATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * ** * * ** * * * *
92536 GACTGTAAATGGAATTTTATTGTTAATATATGGCATCTGCTTCATGTTTCTTGATACAAACATGC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
* * * *
92601 AATTATTATTGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAGTTTGAT
131 AATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAA-TTTTAT
* * * * * ** ** * *
92642 ATGAAATGATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-CAACAATACTTTTAAAGGTATAAG
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
** * * * * * * ** * *
92706 AAATTATAAAAGGACTTTTCTTGTTAATAGATTGCTTTTACTTCATGTTAGCC-AATACAAACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT-TCCTAATGCAAACAT
* * ** *
92770 CCAATTATGA-TCATTTT-A--AACAAA-AAAAAAATTCAAA
129 CCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* * * * * * **
92807 TTAAAATAATTTATAAAGCTT-TTAAACCACTTAAA-CTGAGTAACAAGAG-TTTCAAAGATATG
1 TTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAACAAG-GCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * *
92869 AGTGGCTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATAGATAGCTTTTACTTCACATATCCCAATGAAAACA
63 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACA
* * * * * * *
92934 TCCAAGTATGATCTATTTTAACTAGAAATG-AAAATATTATAAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATT-TTAT
* * * * * * *
92977 TGACAATTATTTATAAGATTATAAAACAATTTAAAG-AGAGTAACTAGACTTT-TAAGGGCATGA
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGA
* * * * * ** *
93040 GTGACTATAAATGGACTTGGT-TTATCCATGGAAGGCTTTGGCTTCATGTTT-CTCAGTGCAAAC
64 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AATGCAAAC
* * * * * **
93103 AACAAATTATGATTTGTTTTAACCTAAAATG-AAAAAATTCAAT
127 ATCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* * * * * * *
93146 TTATAATCATTTATAAGATTAT-AAACTATTTAAAGTGAA-TAACTAGGCTTTTGAAGGTATAAG
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * * * *
93209 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATTG-TTTCTGCTTCACGTTTACC-AATACTAATA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACATTT-CCTAATGCAAACA
* ** * *
93272 TCAAATTATGA--TATGTTTAACCAAAATTGAAAAAAAATTAAT
128 TCCAATTATGATTTAT-TTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* * * * * * * *
93314 CTAAAATAATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAG
1 TTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * *
93378 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTGCTTTACGTTT-TTCAATGCAAACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AATGCAAACAT
* * * * * *
93442 CCAATTATGATCTCTTTTAACTAGAAATGAAAAAAATTTTGAA
129 CCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTT-AT
* * *
93485 TTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAACTAGGC-TT-------A--AG
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * *** * * *
93539 TGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAGTGGATGTCTTCCACTTCACATTTCCCAATGCCAATATC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATC
* * * * ** **
93604 AAATTATGATCTGTTTTGACCAAAAGTGAAAAAAATTCAAT
130 CAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
*** ** *
93645 TTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTT-AAGTGGGTAACAATTCTTTCCAAGGCATGA
1 TTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * **
93708 GTGATTATAAATGGACTTTT-TTGTTAATGGA-GAGCTTTTGCTTCACGTTTCCCT-ATGTGAAC
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACATTT-CCTAATGCAAAC
* * * * *
93770 ATCAAATTATGATCTATTTTTA-CACAAAAAGGAGAAAATTTTAATT
127 ATCCAATTATGATTTATTTTAACCA-AAAAAGAAAAAAATTTT-A-T
* * * * * *
93816 TTAAAATCATTTATAAGGTTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAACTAGGGTTTCAAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * ** * *
93881 GACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATTGATGGCTTTAGCTTCATGTTTCCTGATGTAAACAAT-
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAAC-ATC
* * * ** * **
93945 AAATTATGATATGTTTTAATTAAAAATGAAAAAAGA-TCAAT
130 CAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAA-ATTTTAT
* ** * * * *
93986 TTAAAATCATTTCATAAGATCATAAAATAATTTAAAGCAAG-AAAATAGGCTTCCAAAGGTATGA
1 TTAAAATCATTT-ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGA
* * * ** * * **
94050 GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGCATAGCTTTTACTTCATGTTTCTTGACACAAACA
64 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACA
* * * * **
94114 TCAAATTATGATCT-TTTGAACCAAAAATA-AAACAAA-TCAAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAA-AGAAAAAAATTTTAT
* * * * ** * * * *
94155 TCAAAATTATTTATAA-AGTTATAAAATCACTTAAAGTGAGTAACAATGATTTTGAAGGCATAAG
1 TTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* ** * *
94219 TGACTATAAATGGACTTTTGC-TATCAATATATGGC-TTCGCTTCACATTT-CTCAATGTAAACA
65 TGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AATGCAAACA
* * * * **
94281 ACAAATTATGATTTATTTTAACTAAAAATGATAAAAAAATTCAAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAA--AGAAAAAAATTTTAT
* * *** ** *
94326 TTAAAATTA-TTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAG-AGAGTAGTTAGGCTTTTAAAGGTATGAG
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * ** * * * *
94389 TGACTATAAGTAGACTTTTCTTGTCAATGAATTGCTTTCAC-T-ATATGTTTCTCGATACAAACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TTCCT-AATGCAAACA
** * * * **
94452 TTAAATTATGATTT-TTTGAACCAAAATA-TAAAAAATTCAAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
* ** * * *
94493 TCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCGCTTAAAGCAAGCAACCAAGG--TTCTGAAGGTATA
1 TTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-CAAGGCTTTC-GAAGGCATG
* * * * ** * * * * * *
94555 AGTGACTATAAATTGACTTTTTTTGTTAATAGATCACTATTACTTCCCATTTTCTGATGTAAACA
63 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACA
* * * * *
94620 TCCAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATA-AAAAAAA-TTGAT
128 TCCAATTATGATTTATTTTAACCA-AAAAAGAAAAAAATTTTAT
* * * * * * * * *
94662 TT-AAATCGTTTATAAGACTATCAAACTATTTAAAGCGAGTAACTAGCCTTTCAAATGCATGAGT
1 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * ** * *
94726 GAATATAAACGAACTTTTCGTCTCAATGGTTGGCTTCCGCTTTACGTTTCCTAATG
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATG
94782 TTAACAACAA
Statistics
Matches: 3348, Mismatches: 822, Indels: 346
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 18 0.01
160 37 0.01
161 89 0.03
162 8 0.00
163 25 0.01
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171 832 0.25
172 121 0.04
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCC
AATTATGATTTATTTTAACCAAAAAAGAAAAAAATTTTAT
Found at i:93705 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 92985--93851 Score: 908
Period size: 330 Copynumber: 2.6 Consensus size: 328
92975 ATTGACAATT
* * * * * *
92985 ATTTAT-AAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAAC-TAGACTTTTAAGGGCATGAGTGACTAT
1 ATTTATAAAG-TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGA-TTTCAAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * * *
93048 AAATGGACTTGGTTTATCCATGGAAGGCTTTGGCTTCATGTTTCTCAGTGCAAACAACAAATTAT
64 AAATGGACTT-TTTTGTCAATGG-AGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTAT
* * * *
93113 GATTTGTTTTAACCTAAAATGAAAAAA-TTCAATTTATAATCATTTATAAGATTAT-AAACTATT
127 GATCTCTTTTAA-CTAAAATGAAAAAATTTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATT
* *
93176 TAAAGTGAATAACTAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGAT
191 TAAAGCGAATAACTAGGC---T-----TATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATAGAT
** * * *
93241 TGTTTCTGCTTCACGTTTACCAATACTAATATCAAATTATGATATGTTTAACCAAAATTGAAAAA
248 TGTTTCCACTTCACATTTACCAATACCAATATCAAATTATGATATGTTTAACCAAAAGTGAAAAA
93306 AAATTAATCTAAAATA
313 AAATTAATCTAAAATA
*
93322 ATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAA
1 ATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * *
93387 ATGGACTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTCAATGCAAACATCCAATTATGA
66 ATGGACTTTT-TTGTCAATGGA-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGA
*
93452 TCTCTTTTAACTAGAAATGAAAAAAATTTTGAA-TTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACTATT
129 TCTCTTTTAACTA-AAATG-AAAAAATTTT-AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATT
* * * *
93516 TAAAGCGAATAACTAGGC-T-TAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAGTGGA-TGTCTTCC
191 TAAAGCGAATAACTAGGCTTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATAGATTGT-TTCC
* * * *
93578 ACTTCACATTTCCCAATGCCAATATCAAATTATGATCTGTTTTGACCAAAAGTG-AAAAAAATTC
255 ACTTCACATTTACCAATACCAATATCAAATTATGATATG-TTTAACCAAAAGTGAAAAAAAATT-
* *
93642 AATTTAAAATC
318 AATCTAAAATA
* * * *** * *
93653 ATTTATAAAGTTATAAAACCACTTTAAGTGGGTAACAATTCTTTCCAAGGCATGAGTGATTATAA
1 ATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * **
93718 ATGGACTTTTTTGTTAATGGAGAGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTATGTGAACATCAAATTATGAT
66 ATGGACTTTTTTGTCAATGGAG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * *
93783 CTATTTTTACACAAAAAGGAGAAAATTTTAATTTTAAAATCATTTATAAGGTTATAAAAGC-ATT
130 CT-CTTTTA-ACTAAAATGAAAAAATTTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-CTATT
93847 TAAAG
191 TAAAG
93852 TAAGTAACTA
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 64, Indels: 42
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.01
330 130 0.29
331 129 0.29
332 4 0.01
336 5 0.01
337 113 0.25
338 12 0.03
339 22 0.05
340 27 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
ATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTTTGTCAATGGAGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATC
TCTTTTAACTAAAATGAAAAAATTTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG
CGAATAACTAGGCTTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATAGATTGTTTCCACTTCA
CATTTACCAATACCAATATCAAATTATGATATGTTTAACCAAAAGTGAAAAAAAATTAATCTAAA
ATA
Found at i:94005 original size:502 final size:496
Alignment explanation
Indices: 92132--94508 Score: 1160
Period size: 509 Copynumber: 4.7 Consensus size: 496
92122 AAAAGATTTC
* * *
92132 TTTAAAACCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-ATAGGC-TTCCAAAGGCATG
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAATAACA-AGGCTTTCC-AAGGCATA
* * * * * * *
92195 AGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTT-TACTTCAC-TTTTCCTAAT-GTAA
63 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGAGAG-TTTCTGCTTCACGTTTACC-AATACTAA
* ** * * *
92257 CATCCAATTATGACCTAT-TTTAA-GTAAAA-GAAAAAAGATT-TTGCCTTAAAATCATTTAT-A
126 CATCAAATTATGA--TATGTTTAACCAAAAAGGAAAAAAAATTAAT--C-TAAAATAATTTATAA
* * ** ** * * * *
92317 AGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAAC-AAGATTTTTGAAGGTATGAGTGAATATAAATGAAC
186 AG-TTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAACAAAGA-TTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
92381 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAATGCAAATATCCAACTATGATATGTT
249 TTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTAGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATCTT
* * * * * * ** * *
92446 TTAAAC-AAAAATTAAAAAAATTGATTTAAATTTATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGA
314 TT-AACTAAAAATGAAAAAAATTCAATTAAAATCATTTATAAGATCATAAAATAATTTAAA--GC
* * * * * * * ** * * *
92510 GTAACAAAGCTTTTGATGGCATGAGTGACTGTAAATGGAA-TTTTATTGTTAATATATGGCATCT
376 G-AA-TAA-C---T-A-GGCTTAAGTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTGTCAGTGGATGTCTTCC
* ** *** * * * * *
92574 GCTTCATGTTTCTTGATACAAACATGC-AATTATTAT-TGATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAGT
432 ACTTCACATTTCCCAATGCCAATAT-CAAATTATGATCTG-TTTTAACCTAAAATG-AAAAAA-T
**
92637 TTGA
493 TCAA
* * * * ** ** *
92641 TATGAAATGATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAACAACAATACTTTTAAAGGTATAAG
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCCAAGGCATAAG
** * * * * ** * * *
92706 AAATTATAAAAGGACTTTTCTTGTTAATAGATTGCTTT-TACTTCATG-TTAGCCAATACAAACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGAGAG-TTTCTGCTTCACGTTTA-CCAATACTAACA
* *
92769 TCCAATTATGATCAT-TTT-A--AACAA--AAAAAAAATTCAAAT-TAAAATAATTTATAAAGCT
128 TCAAATTATGAT-ATGTTTAACCAAAAAGGAAAAAAAATT--AATCTAAAATAATTTATAAAG-T
* * ** * * *
92827 T-TTAAACCACTTAAA-CTGAGTAAC-AAGAGTTTCAAAGATATGAGTGGCTATAAATGGACTTC
189 TATAAAACCACTTAAAGC-AAGTAACAAAGA-TTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * *
92889 TCTTGTCAATAG-ATAGCTTTTA-CTTCACATATCCCAATGAAAACATCCAAGTATGATCTATTT
252 TCTTGTCAAT-GCATGGC-TTTAGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATCTTT
* * * * * * * *
92952 TAACTAGAAATG-AAAATATTATAATTGACAATTATTTATAAGATTATAAAACAATTTAAAGAGA
315 TAACTAAAAATGAAAAAAATT-CAATT-AAAATCATTTATAAGATCATAAAATAATTT-AA-AGC
* * * ** * * * *
93016 GTAACTAGACTTTTAAGGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGGT-TTATCCA-TGGAAGGCTTT
376 G-AA-TA-AC---T-A-GGCTTAAGTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTGT-CAGTGGATGTCTTC
** ** * * * * * *
93079 GGCTTCATGTTTCTCAGTGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAACCTAAAATGAAAAAATTCA
431 CACTTCACATTTCCCAATGCCAATATCAAATTATGATCTGTTTTAACCTAAAATGAAAAAATTCA
93144 A
496 A
* * * ** *
93145 TTTATAATCATTTATAAGATTATAAACTATTTAAAGTGAATAACTAGGCTTTTGAAGGTATAAGT
1 TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAACCATTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCCAAGGCATAAGT
** *
93210 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATTGTTTCTGCTTCACGTTTACCAATACTAATATCA
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGAGAGTTTCTGCTTCACGTTTACCAATACTAACATCA
**
93275 AATTATGATATGTTTAACCAAAATTGAAAAAAAATTAATCTAAAATAATTTATAAAGTTATAAAA
131 AATTATGATATGTTTAACCAAAAAGGAAAAAAAATTAATCTAAAATAATTTATAAAGTTATAAAA
*
93340 CCACTTAAAGCGAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
196 CCACTTAAAGCAAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * *
93405 TGCATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTCAATGCAAACATCCAATTATGATCTCTTTTAACTAGAAAT
261 TGCATGGCTTTAGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATCTTTTAACTAAAAAT
* * *
93470 GAAAAAAATTTTGAATTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAATAACTAGGC
326 GAAAAAAA--TTCAATTAAAATCATTTATAAGATCATAAAA-TAATTTAAAGCGAATAACTAGGC
93534 TTAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAGTGGATGTCTTCCACTTCACATTTCCCAATGCCA
388 TTAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAGTGGATGTCTTCCACTTCACATTTCCCAATGCCA
*
93599 ATATCAAATTATGATCTGTTTTGACC-AAAAGTGAAAAAAATTCAA
453 ATATCAAATTATGATCTGTTTTAACCTAAAA-TG-AAAAAATTCAA
** ** *
93644 TTTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTT-AAGTGGGTAACAATTCTTTCCAAGGCATG
1 TTTAAAATCATTTATAAGA-TTAT-AAACCA-TTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCCAAGGCATA
* * * * * * *
93707 AGTGATTATAAATGGACTTTT-TTGTTAATGGAGAGCTTT-TGCTTCACGTTTCCCTAT-GTGAA
63 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGAGAG-TTTCTGCTTCACGTTTACCAATACT-AA
* * ** * * *
93769 CATCAAATTATGATCTAT-TTTTACACAAAAAGGAGAAAATTTTAATTTTAAAATCATTTATAAG
126 CATCAAATTATGA--TATGTTTAAC-CAAAAAGGAAAAAAAATTAA-TCTAAAATAATTTATAAA
* * * * * * *
93833 GTTATAAAAGCATTTAAAGTAAGTAACTAGGGTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
187 GTTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
93898 TCTTTTCAATTG-ATGGCTTTAGCTTCATGTTTC-CTGATGTAAACAAT-AAATTATGATATGTT
252 TCTTGTCAA-TGCATGGCTTTAGCTTCACGTTTCTC-AATGCAAAC-ATCAAATTATGATATCTT
*
93960 TTAATTAAAAATGAAAAAAGA-TCAATTTAAAATCATTTCATAAGATCATAAAATAATTTAAAGC
314 TTAACTAAAAATGAAAAAA-ATTCAA-TTAAAATCATTT-ATAAGATCATAAAATAATTTAAAGC
* * * *
94024 AAGAA-AA-TAGGCTTCCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTTGTCAATGCATAG-
376 --GAATAACTAGGC-T-------TA--AGTGACTATAAATGAATTTTTC-TTGTCAGTGGAT-GT
** ** *** ** * * * *
94085 CTTTTACTTCATGTTTCTTGACACAAACATCAAATTATGATCT-TTTGAACCAAAAAT-AAAACA
427 CTTCCACTTCACATTTCCCAATGCCAATATCAAATTATGATCTGTTTTAACCTAAAATGAAAA-A
*
94148 AATCAA
491 ATTCAA
* * * * * * * **
94154 TTCAAAATTATTTATAA-AGTTATAAAATCACTTAAAGTGAGTAACAATGATTTTGAAGGCATAA
1 TTTAAAATCATTTATAAGA-TTAT-AAACCATTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCCAAGGCATAA
* * * *
94218 GTGACTATAAATGGACTTTTGC-TATCAATATATG-GCTTC-GCTTCACATTT-CTCAAT-GTAA
64 GTGACTATAAATGGACTTTT-CTTATCAATAGA-GAGTTTCTGCTTCACGTTTAC-CAATACT-A
* * * * *
94278 ACAACAAATTATGATTTAT-TTTAACTAAAAATGATAAAAAAATTCAATTTAAAATTA-TTAT-A
125 ACATCAAATTATGA--TATGTTTAACCAAAAAGGA-AAAAAAATT-AATCTAAAATAATTTATAA
* * *** * * * * * * *
94340 AGATTATAAAGCCATTTAAAG-AGAGTAGTTAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAGTAGAC
186 AG-TTATAAAACCACTTAAAGCA-AGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
94404 TTTTCTTGTCAATGAATTGCTTTCA-CTAT-ATGTTTCTCGATACAAACATTAAATTATGAT-T-
249 TTTTCTTGTCAATGCATGGCTTT-AGCT-TCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATC
*
94465 TTTTGAAC-CAAAAT-ATAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA
312 TTTT-AACTAAAAATGA-AAAAAATTCAATT-AAAATCATTTATAA
94509 AGTTATAAAA
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CCACTTAAAGCAAGTAACAAAGATTTCAAAGGCATCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
TGCATGGCTTTAGCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATCTTTTAACTAAAAAT
GAAAAAAATTCAATTAAAATCATTTATAAGATCATAAAATAATTTAAAGCGAATAACTAGGCTTA
AGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAGTGGATGTCTTCCACTTCACATTTCCCAATGCCAATA
TCAAATTATGATCTGTTTTAACCTAAAATGAAAAAATTCAA
Found at i:94629 original size:168 final size:163
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92294 ATTTTGCCTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* **
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* * * * ** * **
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1 AAAATTATTTATAAAG-TTATAAAACCACTTAAA--GAAGAACAA-GGTTTTGAAGGTATAAGTG
* * * * * * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* *
93445 ATTATGATCTCTTTT-AACTAGAAATGA-AAAAAATTTTGAATT-
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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*
93607 TTATGATCTGTTTTG-ACCAAAAGTGA-AAAAAATTCAATTT
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * ***
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* **
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** * *
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* * ** * * *** *
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* * * *
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* *
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* * * *
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** * * ** ** * ** *
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* * *
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* * *** * *
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* * * * *
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* * *
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* * **
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63 CTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGA-AT-ACT-TTACTT--CATGTTTCTCGATACAAACATC
* * *
94622 CAATTATGATCTGTTTT-AACTAGAAATAAAAAAAATT
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94659 GATTTAAATC
Statistics
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AAAATTATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGAAGAACAAGGTTTTGAAGGTATAAGTGACTA
TAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATACTTTACTTCATGTTTCTCGATACAAACATCAAATTATG
ATTTTTTGAACCAAAATATAAAAAATTCAATTC
Found at i:95537 original size:10 final size:11
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TTTTATAAGTC
Found at i:97285 original size:170 final size:170
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96968 TGTTTCAATG
* * * *
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* * ** * ** * *
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* * * **
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** * * * *
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*
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AAGGCTTTCAAAGCCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATAACTTTCACTTCA
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * ** ** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* ** * * * *
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* * * *
98398 AGATCAAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAATAAAGTTC-AAATTATTTATAA-AG
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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1 ATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTCCT-AATGCAA
* * * * *
98735 ACAACAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTATAAGAT
64 ACATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTAATTCAAAATCATTTATAAGAT
* * ** * * *
98800 TATAAAACTATTTAAAATGTA-TAACAATGT-TTTCGAAGGT
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* * * * * ** * * *
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1 ATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAG-TTCCTAATGCAA
* * * * * * * * * * *
98905 ACA-CTAAGTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAGAACATTTCAATTTAAAATCATATATAAGA
64 ACATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATT-AATTCAAAATCATTTATAAGA
* * * ** * *
98969 CTATAAAATCATTTAAAGCGACAAAGTAGGCTTTCAAAGGC
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* * * * * * * *
99010 ATGACTGAATATAAATAGAC-TTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCTTGATACAA
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* *** * * *
99074 ACAAT-AAATTATGATTTGGGTAAACCAAAAATAAAAAAAAATTATTTCAAAATTATTTATAAGA
64 AC-ATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTAATTCAAAATCATTTATAAGA
* * * * *
99138 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGC
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* * * ** ** * * **
99179 ATGAGTTACTATAAATGGTA-TTTT-TTGGTTAATGGATTACTTTCACTAT-ATGTTTCCCAACA
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* * * * *
99241 CAAACATTAAATTATGAT-TTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATTATATATA
61 CAAACATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATT-AATTCAAAATCATTTATA
* * * *
99305 A-AGTTATAAAACCACATAAAGCGACTAA-TAAGTCTTTCGAAGGA
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* * * *
99349 ATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATTACTGGATGAG-TTTCT-CTTCATAGTT-CTCCATG
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*
99411 CAAACATCCAATTA
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Statistics
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Consensus pattern (166 bp):
ATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTCCTAATGCAAAC
ATCAAATTATGATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTAATTCAAAATCATTTATAAGATTAT
AAACCACTTAAAGCGAGTAACTAGTCTTTCAAAGGC
Found at i:99267 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 98551--99377 Score: 868
Period size: 339 Copynumber: 2.4 Consensus size: 337
98541 TTTTGCTTAT
* * *
98551 TGTTTCCCAATCCAAACATCAAATTACGATATGTTTTAGCCAAAAATG-AGAAAAATTCAATTCT
1 TGTTTCCCAA-CCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCAATT-T
* * * *
98615 AAAATCATTTATAAGATTCT-AAACCATTTAAAGTGAGCAACTAGACTTTTGAAGGCATGAATGA
64 AAAATCATATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-CAA-TAGACTTTCGAAGGCATGAATGA
*
98679 CT-TAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTGGCTTCAAGTTTCTCAATGCAAACAACAAA
127 CTATAAATAGAC-TTTCTTATCAATGGATAGCTTTGGCTTCAAGTTTCTCAATACAAACAACAAA
** * *
98743 TTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
191 TTATGATCTGGGTAAACCAAAAATAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * * **
98808 TATTTAAAATGTATAACAATGTTTTCGAAGGTGTGAGTGAATATAAATAGACTTTTGTTGTCAAT
256 TATTTAAAACGTACAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTTGTTGTCAAT
*
98873 GGATTGCTTTCACATCA
321 GGATTACTTTCACATCA
* ** * * * * * * *
98890 TGTTTCCTGATGCAAACACT-AAGTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAGAACATTTCAATTTA
1 TGTTTCC-CAACCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCAATTTA
* * * * * *
98954 AAATCATATATAAGACTATAAAATCATTTAAAGCGACAAAGTAGGCTTTCAAAGGCATGACTGAA
65 AAATCATATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAC-AA-TAGACTTTCGAAGGCATGAATGAC
* * ** *
99019 TATAAATAGACTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACA-TTTCTTGATACAAACAATAAAT
128 TATAAATAGACTTTCTTATCAATGGATAGCTTTGGCTTCA-AGTTTCTCAATACAAACAACAAAT
* *
99083 TATGATTTGGGTAAACCAAAAATAAAAAAAAATT-ATTTCAAAATTATTTATAAGATTATAAAAC
192 TATGATCTGGGTAAACCAAAAATAAAAAAAAATTAATTT-AAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
* * * * * *
99147 TATTTAAAGCG-AGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTTACTATAAATGGTA-TTTT-TTGGTT
256 TATTTAAAACGTA-CAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAG-ACTTTTGTT-GTC
99209 AATGGATTACTTTCACTAT-A
318 AATGGATTACTTTCAC-ATCA
* * * *
99229 TGTTTCCCAACACAAACATTAAATTATGAT-TTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTCA
1 TGTTTCCCAAC-CAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCAATTTA
* ** * * *
99293 AAATTATATATAA-AGTTATAAAACCACATAAAGCGACTAATAAGTCTTTCGAAGGAATGAGTGA
65 AAATCATATATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAC-AAT-AGACTTTCGAAGGCATGAATGA
*
99357 CTATAAATAAACTTTTCTTAT
127 CTATAAATAGAC-TTTCTTAT
99378 TACTGGATGA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 75, Indels: 31
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 50 0.13
339 318 0.80
340 29 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
TGTTTCCCAACCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAATTCAATTTAA
AATCATATATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACAATAGACTTTCGAAGGCATGAATGACTAT
AAATAGACTTTCTTATCAATGGATAGCTTTGGCTTCAAGTTTCTCAATACAAACAACAAATTATG
ATCTGGGTAAACCAAAAATAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTT
AAAACGTACAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTTGTTGTCAATGGATT
ACTTTCACATCA
Found at i:103305 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 102788--106776 Score: 1051
Period size: 171 Copynumber: 23.4 Consensus size: 170
102778 TACAAACTTC
* *
102788 AAATTATGACCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAAT-TTAAAATTATTTATAAAGTTATA
1 AAATTATGA-TTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATA
* ** * * * * ** * *
102852 AAATCACTT-CTATCGAATAACAAGACTTTCAAAGACATGAGCAACTATAAATAGAATTTTCTTG
63 AAACCACTTAAAAT-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * * *
102916 TAAAGGGATGGCTTTTG-CTTTATGTTTCTCGATGC-AAACATTG
127 TCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACA-AG
* *** * *
102959 -AATGATGATATGTTTTAACTGGAAAT-AAAAAACATT-TCGATTTAAAATCATTTAT-AAGACT
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTATC---TTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * * * *
103020 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTATGCTTTCGAA-GCTATGAGTGACTATAAATGGACTTTCC
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * ***
103084 TTATCAATGCATTGCTTTTACTTGAA-GTTT--C-TTGACAGAAACGTC
124 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAAT-ACA-AAACAAG
*** *
103129 AAATTATGATGTTTTTAAGTGAAAATGAAAAAACAATTATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATAT
1 AAATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AATTATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATAA
* * *
103194 AACCACTTAAAATGAGTAACAAGGATTTCGAAGGCATGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGTC
64 AACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
*
103259 AATGGATGGCTTTTGCCTCAAAT-TTT-CCAAT-GAAAACAAG
129 AATGGATGGCTTTTGCCT-AAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
*
103299 AAATTATGATTTGTTGTAACCAAAAATGAAAAAAAAATGTTTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGC
1 AAATTATGATTT-TT-TAACCAAAAATG-AAAAAAAAT-TATC---TTAAAATCATTTATAAAG-
* * * * * * *
103363 CTATAAAACCATTTAAAGTTG-GCAACTAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGCCTTT
58 TTATAAAACCACTTAAA-ATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * **
103427 ACTTATCAATGGATTTCTTTTG-CTACATGTTTCCCAATACAAAACATT
122 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * ** * *
103475 AAATTATAATCTTTTTAACCAAAAACG-AAAAAAATTCAAGTCAAAATCATTTATAAAGTAATAA
1 AAATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT-ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATAA
* * *** * * * *
103539 AACCGCTTAGAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTG-C
64 AACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** * * *
103603 TATTGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTCAATGC-AAACATCG
129 -AATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACA-AG
* * *
103645 -AATCATGACCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTTGAT-TTAAAATCATTTAT-AAGACT
1 AAATTATGA--TTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAA--TT-ATCTTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * * ** ** * * * *
103707 GTGAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAACGCATGAGTGAGTATAGATGGACTTTTCT
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * **
103772 TGTTAATGAATGGCTTTCATTTC-ACA--TTTCGCAATAC-AAACATC
125 TGTCAATGGATGGCTTT--TGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * ** * *
103816 AAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATTAAAAAATTTTAAT-TAAAAATCATTTGT-AAGATTAT
1 AAATTATGA-TT-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT-ATCTTAAAATCATTTATAAAG-TTAT
* ** * * * * ** * * * *
103879 AAGACCTTTTAAAGA-AAGCAACTAGACTTTTTAACGTATTAGTGACTATAAATGGAATTTTCAT
62 AAAACCACTTAAA-ATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T
* * * * * *
103943 T-TCAATGGATTGCTTTT-CTTTCAA-GTTTCCTAATGC-AAA-TAG
125 TGTCAATGGATGGCTTTTGC-CTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* ** * *
103985 CAAATTATGATCTGTTTCAATGAAAAATGACAATAAAATCAAT-TTAAAATCATTTAT-AAGATT
1 -AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAAT-TATCTTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * * * * * * * * * *
104048 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCAAC-CGACCTTTCAAAGGTAAGAGTGACTATAGATGGACTTTTG
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * *
104112 TTGTCAATGGATAG-TTTT-CGCTTTATGTTTCCCAATGC-AAACAAC
124 TTGTCAATGGATGGCTTTTGC-CTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * *** * * *
104157 AAATCATGACCTATTTTAA-CAAGAGATGTAAAATATTTTTAT-TTAAAATCATTTGT-ATGACT
1 AAATTATGA--TTTTTTAACCAA-AAATG-AAAA-AAAATTATCTTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * *** * ** ** *** * *
104219 ATAAAACTATTTAAAGCAAGGAATTAGGCTTTTAAACATATGAGTGATTATAAACGGACTTTTCT
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * * * *
104284 TATCAATGGAT-GATATT-CGCTTCACGTTTCCAAATGC-AAATAAC
125 TGTCAATGGATGGCTTTTGC-CTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * *
104328 AAATTATGATTTGTTCTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAAT-TGAAAATCATTTATAAGGTTA
1 AAATTATGATTT-TT-TAACCAAAAATG-AAAAAAAATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTA
* * * ** * * * * * *
104392 TGAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGAGTTATTATAAATGGACGTTACCT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
104457 ATCAATGAATTGC-TTTGGCTACACGTTTCCTAATAC-AAACAAC
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * * * *
104500 AAATTA-AACCTGTTTAACCAAATATG-AAAAAAATTCAAT-TCAAAATCATTTATAAAGTTATG
1 AAATTATGA-TTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATA
* * ** * * * * * * * * ** *
104562 CAATCACTTAAAGCGAGTAATACGTCTTTTGAAGGTATAAGTGACCATCAATTAACTTTTCTTAT
63 AAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* ** * ** *** * * **
104627 CATTGGATTACTTTCG-CTTCATGTTTCTTGATGC-AAATATC
128 CAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* ** * * *
104668 CAATTATGATCTGTTTTAATTAGAAAT-AAAAAAAGTTTTGAT-TTAAAATCATTTAT-AAGACT
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAA--ATT-ATCTTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * * * *
104730 ATAAAATCA--T----TGAGTAACTAA-GCTTTTGAAGGTAGGAGTGAATATAAATGGACTTTTC
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * * * *
104788 TTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCACT-TTTCCTAATGC-AAACAAC
124 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * * *
104833 AAATTATGGTATGTTTTAATCAAAATTGGAAAAAAAA-TAGT-TTGAAATTATTTAT-AAGATTA
1 AAATTAT-G-ATTTTTTAACCAAAAAT-GAAAAAAAATTA-TCTTAAAATCATTTATAAAG-TTA
* * * ** ** *
104895 TAAAA--ACGTTGAAAGTAAGCAAGTAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAATCGACTTTTC
61 TAAAACCAC-TT-AAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * ** * ** **
104958 TCATCAATGAATTAC--TTCCACTTCATGTTTCCCAATAC-AAACATC
124 TTGTCAATGGATGGCTTTTGC-CTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * * * *
105003 CAATTATGATCTTTTTAACTAAAAATTAAACAAACATCAT-TGTGAAATCATTTATAAAGTTATA
1 AAATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGAAA-AAAAATTATCT-TAAAATCATTTATAAAGTTATA
* * * ** * * * * *
105067 TAGCTACGTCTAGCA--AGTAAAAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTT
63 AAACCAC-T-TAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** ** *
105130 CTAAATGGATGGCTTTCG-TTGCATGTTTCCTGACACAAAATC---
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAA-CAAG
*
105172 AAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAGAAAAAAATT-TCAATTCAAAAT-ATTTATTAAGTTA
1 AAATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTATC--TT-AAAATCATTTATAAAGTTA
*** * * * * *
105235 TAAAATTGCTTAAAGTGAGTAACAAAGATTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** ** ** * * *** **
105300 GTCAACAGATTTCTTTCACTTCACAT-TTT-CC-ATTGGAAACATC
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCT-AAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * * * * * *
105343 TAATTATGATATGTTCTAACTAGAAATGAAACAAATTTCGAT-TTGAAATCATTTACAACA-TTA
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT--ATCTTAAAATCATTTATAA-AGTTA
* * * * * *
105406 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGTCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** ** * *
105471 ATCTATGGATAGCTTTTG-TTTCATGTTTTTCAATGC-AAACAAT
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * ** *
105514 AAATTATGATCCGTTTCAACCAAAAATAAAAAAATAATTCAAT-TTAAGGTCATTTGT-AAGATT
1 AAATTATGAT--TTTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAG-TT
* * ** * * * * *
105577 ATAAGACCATTTAAAGCGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGTATTG-GTGACCATAAATGGAGTTTT-
60 ATAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** * * **
105640 TATGTCAATGAATTGTTTTTG-CTTCATTTTTCCCAATAC-AAATATC
124 T-TGTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * *
105686 AAATTATGATCTTTTTAA-CTAAAAT-AGAAAAAAATCAAT-TTAAAATCATTTATAAAATTTTA
1 AAATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAAT-TATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATA
* ** * * ** * *
105748 AAACCACCTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-TATTTCTTA
63 AAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTG
* * * ** * * *
105812 TCAATGGATAGCTTTCG-TTTCATGCTTT-CCATTGC-AAACATG
127 TCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATG-TTTCCCAATACAAAACAAG
* * * * * *
105854 CAATTATGATCTATTTTAACCAGATATGAAAAAAAATTTGAT-TTAAAATTAGTTAT-AGGATTA
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAAA-TT-ATCTTAAAATCATTTATAAAG-TTA
* * * * * *
105917 TAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAA-GTTTTTGAAGGTATGAGTG---ATAAATGGACTTTTCT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * *
105978 TGTCAATGGATAGCTTTCG-CTTCATGTTTCCCAATGC-AAAC-AC
125 TGTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* * * *
106021 ATATTATGATCTTATTTAAGTCAAAAA-GAAAAAAAATCGATC-TAAAATCATTTA-CAAGATTA
1 AAATTATGAT-TT-TTTAA-CCAAAAATGAAAAAAAAT-TATCTTAAAATCATTTATAAAG-TTA
* * *** * ** * * * * * *
106083 AAAAACCATTTAAAGCAAGCAATTAGACTTTTGAAAGTATGAGTTACTATAAATGGACTTTGCTT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** **
106148 GTCAATGGGTTGCTTTT-TCTACTTGTTT-CCAA-ACACAAACACC
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACA-AAACAAG
* *
106191 AACA-TAAGATCTTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTGAAT-TAAAAATCATTTATAAAGTTAT
1 AA-ATTATGAT-TTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTAT
** ** ** * * * * **
106253 AAAACTGCTTAATGTGAGTAACAAACCTTTCGAAAGTATAATTGACTATAAATTAACTTTTCTTG
62 AAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * * **
106318 CCAATGGAT-TATTTT-CACTTCACAT-TTT-TCAATGC-AAGCATC
127 TCAATGGATGGCTTTTGC-C-T-AAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* ** * **** * * **
106360 CAATTATGATCTATTTTAAATAGAAATGAAAATTTTTTTTAT-TTAAAATCACTTAT-AGGACAA
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAA--AAAATTATCTTAAAATCATTTATAAAG-TTA
* * * * ** * *
106423 TGAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGGCTTTTAAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * *
106488 GTTAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTCAATGC-AAACAAC
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
*
106531 AAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAGAATTTAAT-TTAAAATCATTTATAAAGTTA
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AA-TT-ATCTTAAAATCATTTATAAAGTTA
* * * * * * * *
106595 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAACTAGACTTTTCCT
61 TAAAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * ** *
106660 ATCAATGGATGGCTTTTG-CTGCACG-TTCCCTATA-TGAACAAC
126 GTCAATGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
* *
106702 AAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATATAAT-TTAAAATCATTT-TTAAGATTAT
1 AAATTATGAT-T-TTTTAACCAAAAATGAAAAAAA-ATTATCTTAAAATCATTTATAAAG-TTAT
*
106765 AAATCCA-TTAAA
62 AAAACCACTTAAA
106777 GCAAACAAAT
Statistics
Matches: 2872, Mismatches: 742, Indels: 411
0.71 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 1 0.00
164 25 0.01
165 84 0.03
166 56 0.02
167 41 0.01
168 307 0.11
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174 12 0.00
175 99 0.03
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177 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAATTATGATTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTATCTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAAA
CCACTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
TGGATGGCTTTTGCCTAAATGTTTCCCAATACAAAACAAG
Found at i:104151 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 103229--106767 Score: 1157
Period size: 171 Copynumber: 20.8 Consensus size: 170
103219 TTTCGAAGGC
* * * ** * *
103229 ATGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCC--TCAAATTTTCCAATGA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GATTTT-CCTTTCACGTTTCCCAATGC
* * * *
103292 AAACAAGAAATTATGATTTGTTGT-AACCAAAAATGAAAAAAAAATGTTTCAATTTAAAATCATT
64 AAACAACAAATTATGATCTGTT-TCAATCAAAAATGAAAATAAAA----TCAATTTAAAATCATT
** * ** * * ** * *
103356 TATAAGCCTATAAAACCATTTAAAGTTGGCAACTAGGCCTTCGAAGGC
124 TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAAC-AGACTTTTAAACGT
* * * ** * * * *
103404 ATGAGTGACTATAAATGGCCTTTACTTATCAATGGATTTCTTTTGC-TACATGTTTCCCAATACA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGC-
** * * * * * * *
103468 AAACATTAAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAACGAAAA-AAATTCAAGTCAAAATCATTTATAA
64 AAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
* *** * * * * ** *
103531 -AGTAATAAAACCGCTTAGAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGGT
129 GA-TTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAACAGA-CTTTTAAACGT
* * * * * * *
103574 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTG-CTATTGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAATGC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGAT-GATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGC
* * * * * * **
103637 AAACATCGAATCATGACCTGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AAAATTTTGATTTAAAATCATTTAT
64 AAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAA--TCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * ** * * * * *
103701 AAGACTGTGAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAACGC
127 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAA-CAGACTTTTAAACGT
* * * * ** * * * *
103746 ATGAGTGAGTATAGATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTCATTTCACATTTCGCAATACAA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCAA
* * * * ** * * *
103811 ACATCAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATTAAAA-AATTTTAATTAAAAATCATTTGTAAGA
66 ACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGA
* * *
103875 TTATAAGACCT-TTTAAAGAAAGCAACTAGACTTTTTAACGT
131 TTATAA-AACTATTTAAAGTAAGCAAC-AGACTTTTAAACGT
* * * * *
103916 ATTAGTGACTATAAATGGAATTTTCATT-TCAATGGATTGCTTTT-CTTTCAAGTTTCCTAATGC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGGA-TGATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGC
* * * *
103979 AAATAGCAAATTATGATCTGTTTCAATGAAAAATGACAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
64 AAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
* * * *
104044 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACCGACCTTTCAAAGGT
129 GATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAACAGA-CTTTTAAACGT
* * * *
104087 AAGAGTGACTATAGATGGACTTTTGTTGTCAATGGAT-AGTTTTCGCTTT-ATGTTTCCCAATGC
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGA-TTTTC-CTTTCACGTTTCCCAATGC
* * * * * ** ** *
104150 AAACAACAAATCATGACCTATTTTAA-CAAGAGATGTAAAAT-ATTTTTATTTAAAATCATTTGT
64 AAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAA-AAATG-AAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * *
104213 ATGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGGAATTAGGCTTTTAAACAT
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* * * * *
104258 ATGAGTGATTATAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATGATATTCGC-TTCACGTTTCCAAATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTC-CTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * *
104322 AATAACAAATTATGATTTG-TTCTAA-CTAAAAATGAAAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTAT
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTC-AATC-AAAAATGAAAATAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * * * * *
104385 AAGGTTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGC
127 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAA-CAGACTTTTAAACGT
* * * * * * * * ** * * *
104430 ATGAGTTATTATAAATGGACGTTACCTATCAATGAATTGCTTTGGC-TACACGTTTCCTAATACA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * *
104494 AACAACAAATTA-AACCTGTTT-AACCAAATATGAAAA-AAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAG
** * ** * * * * *
104555 AGTTATGCAA-TCACTTAAAGCGAGTAATACGTCTTTTGAAGGT
130 A-TTATAAAACT-ATTTAAAGTAAGCAACA-GACTTTTAAACGT
* * * ** * * * * * ***
104598 ATAAGTGACCATCAATTAACTTTTCTTATCATTGGATTACTTTCGC-TTCATGTTTCTTGATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTC-CTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * * * **
104662 AATATCCAATTATGATCTGTTTTAATTAGAAAT-AAAA-AAAGTTTTGATTTAAAATCATTTATA
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAA--ATCAATTTAAAATCATTTATA
* * * * *
104725 AGACTATAAAA-TCA-TT-GAGTAA-CTA-AG-CTTTTGAAGGT
128 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTAAGCAACAGACTTTTAAACGT
* * * * * * *
104763 AGGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTT-GTTTCACTTTTCCTAATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * * *
104827 AACAACAAATTATGGTATGTTTTAATCAAAATTGGAAAA-AAAAT-AGTTTGAAATTATTTATAA
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAAT-GAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * *
104890 GATTATAAAAAC-GTTGAAAGTAAGCAAGTAGGCTTTAAAAGGC
129 GATTAT-AAAACTATTTAAAGTAAGCAA-CAGACTTTTAAACGT
* ** * * * * * *
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1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTCC-TTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * *
104997 AACATCCAATTATGATCT-TTTTAA-CTAAAAATTAAACA-AACATC-ATTGTGAAATCATTTAT
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATC-AAAAATGAAA-ATAAAATCAATT-TAAAATCATTTAT
* * * * * * *
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* * * * ** * * * ** **
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* * * *
105168 A-ATCAAATTATGATCT-TTTTAACCAAAAATGAGAAA-AAAATTTCAATTCAAAAT-ATTTATT
66 ACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGA-AAATAAAA--TCAATTTAAAATCATTTA-T
* ** * * ** * *
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127 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAAC--AGACTTTTAAACGT
* * ** * * * * *
105273 ATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAACAGAT-TTCTTTCAC-TTCACATTTTCCATTGG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGAT-TTTC-CTTTCACGTTTCCCAATGC
* * * * ** * *
105336 AAACATCTAATTATGATATG-TTCTAA-CTAGAAATGAAACA-AATTTCGATTTGAAATCATTTA
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* * * * * * * * *
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126 TAAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAAC-AGACTTTTAAACGT
* * * * * **
105444 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTATGGATAGCTTTT-GTTTCATGTTTTTCAATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * ** *
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65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAA-AA-TCAATTTAAAATCATTTATA
* * ** * ** *
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* * * * * ** *
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* * * *
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63 CAAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGA-AAATAAAATCAATTTAAAATCATTTAT
* * * ** ** * * * * *
105739 AAAATTTTAAAACCACCTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTAAAGGC
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* * * * * *
105784 ATGAGTGACTATAAATAGA-TATTTCTTATCAATGGAT-AGCTTTCGTTTCATGCTTT-CCATTG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGGATGA-TTTTCCTTTCACG-TTTCCCAATG
* * * * * * ** * *
105846 CAAACATGC-AATTATGATCTATTTTAACCAGATATGAAAA-AAAATTTGATTTAAAATTAGTTA
63 CAAACA-ACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAA-TCAATTTAAAATCATTTA
* * * * * *
105909 TAGGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAACTA-AGTTTTTGAAGGT
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* *
105955 ATGAGTG---ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-AGCTTTCGC-TTCATGTTTCCCAATGC
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* * * * *
106015 AAAC-ACATATTATGATCT-TATTTAAGTCAAAAA-GAAAA-AAAATCGATCTAAAATCATTTAC
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* * * *
106076 AAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATTAGACTTTTGAAA-GT
127 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAA-CAGACTTTT-AAACGT
* * * * * * ** * **
106121 ATGAGTTACTATAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGGTTGCTTTTTC-TACTTGTTTCCAAACACA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * * *
106185 AACACCAACA-TAAGATCT-TTTTAACCAAAAATGAAAA-AAATTGAATTAAAAATCATTTATAA
65 AACAACAA-ATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
** * * * * *
106247 -AGTTATAAAACTGCTTAATGTGAGTAACAAACCTTTCGAAA-GT
129 GA-TTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAACAGA-CTTT-TAAACGT
* * ** * * * **
106290 ATAATTGACTATAAATTAACTTTTCTTGCCAATGGATTATTTTCAC-TTCACATTTTTCAATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGATTTTC-CTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * * * * * **** ** * *
106354 AGCATCCAATTATGATCTATTTTAAAT-AGAAATGAAAATTTTTTTTATTTAAAATCACTTATAG
65 AACAACAAATTATGATCT-GTTTCAATCAAAAATGAAAATAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
** * * *** * * * *
106418 GACAATGAAACCATTTAAAACGAGTAACTAGGCTTTTAAAGGC
129 GATTATAAAACTATTTAAAGTAAGCAAC-AGACTTTTAAACGT
* * * * * * *
106461 ATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAATGCA
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GATTTTCCTTTCACGTTTCCCAATGCA
* * *
106525 AACAACAAATTATGATATGTTTTAA-CTAAAAATGAAAA-AAGAATTTAATTTAAAATCATTTAT
65 AACAACAAATTATGATCTGTTTCAATC-AAAAATGAAAATAA-AA-TCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * * *
106588 AA-AGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGT
127 AAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTAAG-CAACAGACTTTTAAACGT
* * * * * * * *
106633 ATAAGTGACTATAACTAGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGC-TGCACG-TTCCCTATATG
1 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GATTTTCCTTTCACGTTTCCC-A-ATG
* * * *
106696 --AACAACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AAATAT-AATTTAAAATCATTTTT
63 CAAACAACAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAAATGAAAATAAA-ATCAATTTAAAATCATTTAT
106757 AAGATTATAAA
127 AAGATTATAAA
106768 TCCATTAAAG
Statistics
Matches: 2531, Mismatches: 670, Indels: 332
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165 85 0.03
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Consensus pattern (170 bp):
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Found at i:105547 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 102788--106777 Score: 2398
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102778 TACAAACTTC
* * * * *
102788 AAATTATGACCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTATAAAGTTATAA
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* ** * * ** ** * *
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66 AACCACTTAAAGT-GAGTAACAAAG-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * ** * *
102916 TAAAGGGATGGCTTTTGCTT--TATGTTTCTCGATGCAAACATTGAATGATGATATGTTTTAACT
129 TCAATGGATTGCTTTCGCTTCACAT-TTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT
** *
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192 AAAAATGAAAAAA-ATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* ** * * * **
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* * ** *
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*** * *
103128 CAAATTATGAT-GTTTTTAAGTGAAAATGAAAAAACAATT--ATCTTAAAATCATTTATAAAGTT
1 -AAATTATGATCG-TTTTAACCAAAAATGAAAAAA-ATTTCAAT-TTAAAATCATTTATTAAGTT
* * * * * * *
103190 ATATAACCACTTAAAATGAGTAACAAGGATTTCGAAGGCATGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCT
62 ATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** * * *
103255 TGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCAAATTTTCCAATGAAAACAAGAAATTATGATTTGTTGTAACC
127 TGTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT
* **
103320 AAAAATGAAAAAAAAATGTTTCAATTTAAAATCATTTATAAGCCTATAAAACCATTTAAAGTTG-
192 AAAAATG--AAAAAAA--TTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGA
* * ** * * **
103384 GCAACTAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGCCTTTACTTATCAATGGATTTCTTTTG
252 GTAACTAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG
* * * * *
103449 CTACATGTTTCCCAATACAAAACATT
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* * * * * * *
103475 AAATTATAATCTTTTTAACCAAAAACGAAAAAAA-TTCAAGTCAAAATCATTTATAAAGTAATAA
1 AAATTATGATCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTATAA
* * ** * *
103539 AACCGCTTAGAGCAAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTG-C
66 AACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
103603 TATTGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTCAATGCAAACATCGAATCATGACCTGTTTTAACCA
131 -AATGGATTGCTTTCGCTTCACAT-TTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTA
* * * * * *
103666 AAAATGAAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTGTGAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
193 AAAATG-AAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
* * * * * * * **
103731 TAGGCTTTTGAACGCATGAGTGAGTATAGATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTCATTTCA
257 TAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCA
** *
103796 -CATTTCGCAATACAAAC-AT
322 TGTTTTC-CAATGCAAACAAT
* * * * * *
103815 CAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAAT-TAAAAAATTTTAATTAAAAATCATTT-GTAAGATTA
1 -AAATTATGA-TCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAG-TTA
* ** ** * * ** * * *
103878 TAAGACCTTTTAAAGAAAGCAAC-TAGACTTTTTAACGTATTAGTGACTATAAATGGAATTTTCA
63 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAG-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * * *
103942 TT-TCAATGGATTGCTTTTC-TTTCA-AGTTTCCTAATGCAAATAGCAAATTATGATCTGTTTCA
126 TTGTCAATGGATTGC-TTTCGCTTCACATTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA
* *
104004 A-TGAAAAATGACAATAAAA--TCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
189 ACT-AAAAATGA-AA-AAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * * * * *
104066 AGCAAC-CGACCTTTCAAAGGTAAGAGTGACTATAGATGGACTTTTGTTGTCAATGGATAG-TTT
251 AGTAACTAG-GCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTT
* *
104129 TCGCTTT-ATGTTTCCCAATGCAAACAAC
315 T-G-TTTCATGTTTTCCAATGCAAACAAT
* * * * * * ** * * *
104157 AAATCATGACCTATTTTAA-CAAGAGATGTAAAATATTTTTATTTAAAATCATTT-GTATGACTA
1 AAATTATGATC-GTTTTAACCAA-AAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAG-TTA
* * ** * ** * ** ** * *
104220 TAAAACTATTTAAAGCAAGGAATTAGGCTTTTAAACATATGAGTGATTATAAACGGACTTTTCTT
63 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
104285 ATCAATGGA-TGATATTCGCTTCAC-GTTTCCAAATGCAAATAACAAATTATGATTTGTTCTAAC
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* * * * *
104348 TAAAAATGAAAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTATAAGGTTATGAAACCATTTAAAGTGAGTA
191 TAAAAATG-AAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * * * * * *
104413 ATTAGGCTTTCAAAGGCATGAGTTATTATAAATGGACGTTACCTATCAATGAATTGCTTTGGCTA
255 ACTAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTT
* * *
104478 CACG-TTTCCTAATACAAACAAC
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* * * * * *
104500 AAATTA--AACCTGTTTAACCAAATATGAAAAAAA-TTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATG
1 AAATTATGATCGT-TTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTATA
* * * * * * * * * ** *
104562 CAATCACTTAAAGCGAGTAA-TACGTCTTTTGAAGGTATAAGTGACCATCAATTAACTTTTCTTA
65 AAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAG-CTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * *
104626 TCATTGGATTACTTTCGCTT--CATGTTTCTTGATGCAAATATCCAATTATGATCTGTTTTAATT
129 TCAATGGATTGCTTTCGCTTCACAT-TTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT
* * * *
104689 AGAAAT-AAAAAAAGTTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAATCA--T----TGAGTAA
192 AAAAATGAAAAAAA-TTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
104747 CTAAGCTTTTGAAGGTAGGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTC
256 CTAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTC
* *
104812 A-CTTTTCCTAATGCAAACAAC
321 ATGTTTTCC-AATGCAAACAAT
* * * * * *
104833 AAATTATGGTAT-GTTTTAATCAAAATTGGAAAAAAA-AT-AGTTTGAAATTATTTA-TAAGATT
1 AAATTAT-G-ATCGTTTTAACCAAAAAT-GAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAG-TT
* * ** * ** * *
104894 ATAAAA--ACGTTGAAAGTAAGCAAGTAGGCTTTAAAAGGCATGAGTGACTATAAATCGACTTTT
62 ATAAAACCAC-TT-AAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * * ** * * *
104957 CTCATCAATGAATTACTTCCACTTCATGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATCT-TTTTAA
125 CTTGTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA
* * ** * * * * ** ** **
105021 CTAAAAATTAAACAAACATC-ATTGTGAAATCATTTATAA-AGTTATATAGCTACGTCTAGCAAG
190 CTAAAAATGAAAAAAATTTCGATT-TAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAG
** * * * * * * *
105084 TAAAAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTTCTAAATGGATGGCTTTCGT
253 TAACTAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGT
*
105149 TGCATG-TTTCC--TGACACAA-AAT
318 TTCATGTTTTCCAATG-CA-AACAAT
* *
105171 CAAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAGAAAAAAATTTCAATTCAAAAT-ATTTATTAAGTTA
1 -AAATTATGATCGTTTTAACCAAAAAT--GAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTA
*** * * * *
105235 TAAAATTGCTTAAAGTGAGTAACAAAGATTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTT
63 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * *
105300 GTCAACAGATTTCTTTCACTTCACATTTTCCATTGGAAACATCTAATTATGATATGTTCTAACTA
128 GTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTA
* * * * *
105365 GAAATGAAACAAATTTCGATTTGAAATCATTTACAACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT
193 AAAATGAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT
* * * * *
105430 AGTCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCTATGGATAGCTTTTGTTTCAT
258 AGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
*
105495 GTTTTTCAATGCAAACAAT
323 GTTTTCCAATGCAAACAAT
* ** *
105514 AAATTATGATCCGTTTCAACCAAAAAT-AAAAAAATAATTCAATTTAAGGTCATTT-GTAAGATT
1 AAATTATGAT-CGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAT--TTCAATTTAAAATCATTTATTAAG-TT
* * * * * * * *
105577 ATAAGACCATTTAAAGCGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGTATTG-GTGACCATAAATGGAGTTTT-
62 ATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
105640 TATGTCAATGAATTGTTTTTGCTTCA-TTTTTCCCAATACAAATATCAAATTATGATCT-TTTTA
126 T-TGTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTT-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA
* * * ** *
105703 ACT-AAAATAGAAAAAAA--TCAATTTAAAATCATTTATAAAATTTTAAAACCACCTAAAGCGAG
189 ACTAAAAAT-GAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
105765 -AAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-TATTTCTTATCAATGGATAGCTTTC
253 TAACT-AGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGGATGGCTTTT
* *
105828 GTTTCATGCTTTCCATTGCAAAC-AT
316 GTTTCATGTTTTCCAATGCAAACAAT
* * * * * * * *
105853 GCAATTATGATCTATTTTAACCAGATATGAAAAAAAATTT-GATTTAAAATTAGTTA-TAGGATT
1 -AAATTATGATC-GTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAG-TT
* * * * *
105916 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAAGTTTTTGAAGGTATGAGTG---ATAAATGGACTTTTCT
62 ATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * *
105978 TGTCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACA-CATATTATGATCT-TATTTAAG
127 TGTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT-TTTAAC
* * * * ** *
106041 TCAAAAA-GAAAAAAA-ATCGATCTAAAATCATTTACAAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCA
191 T-AAAAATGAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * * * * *
106104 ATTAGACTTTTGAAA-GTATGAGTTACTATAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGGTTGCTTTT-TC
255 ACTAGGCTTTT-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGT-
* * ** **
106167 TACTTG-TTTCCAAACACAAACACC
318 TTCATGTTTTCC-AATGCAAACAAT
* * * * *
106191 AACA-TAAGATCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAA-TTGAATTAAAAATCATTTATAAAGTTATA
1 AA-ATTATGATCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTATA
** * * * * * ** *
106254 AAACTGCTTAATGTGAGTAACAAACCTTTCGAAAGTATAATTGACTATAAATTAACTTTTCTTGC
65 AAACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
** * * * * * * *
106319 CAATGGATTATTTTCACTTCACATTTTTCAATGCAAGCATCCAATTATGATCTATTTTAAATAGA
130 CAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAA
*** ** * * ** * **
106384 AATGAAAATTTTTTTTATTTAAAATCACTTATAGGACAATGAAACCATTTAAAACGAGTAACTAG
195 AATGAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAG
* * * * *
106449 GCTTTTAAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-
260 GCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGT
*
106513 TTTCTCAATGCAAACAAC
325 TTTC-CAATGCAAACAAT
* * *
106531 AAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAGAATTT-AATTTAAAATCATTTATAAAGTTA
1 AAATTATGAT-CGTTTTAACCAAAAATG-AAAAA-AATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTA
* * * * *
106595 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAACTAGACTTTTCC
63 TAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAA-GCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
106659 TATCAATGGATGGCTTTTGCTGCAC-GTTCCCTATATG--AACAACAAATTATGATATGTTTTAA
127 TGTCAATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCC-A-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA
* * * * *
106721 CCAAAAATGAAAAAAATAT-AATTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAATCCA-TTAAAG
190 CTAAAAATGAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
106778 CAAACAAATG
Statistics
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AAATTATGATCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAAGTTATAA
AACCACTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
AATGGATTGCTTTCGCTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA
ATGAAAAAAATTTCGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGG
CTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTT
TTCCAATGCAAACAAT
Found at i:107157 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 106783--107160 Score: 383
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
106773 TAAAGCAAAC
* ** ** * * * * * *
106783 AAATGGACTATTCTTATCAATGGATGGCTTTCG-TTACATGTGTTCTAATTCAAA-ATCAAATTT
1 AAATGGACTTTTCTTATCAATAAATATCTTTCGCTT-CATGTTTTCCACTGCAAACATCCAATTA
* *
106846 TGATCT-TTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCG
65 TGATTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCA
* *
106910 CTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACTAATGACTAT
130 CTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCAATAATGACTAT
* *
106952 AAATTGACTTTTCTTATCAATAAATTTCTTTCGCTTCATGTTTTCCACTGCAAACATCCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTATCAATAAATATCTTTCGCTTCATGTTTTCCACTGCAAACATCCAATTAT
* * * ** *
107017 GATTTGTTTTAACTAGAAATGAAACAAA-TTTCAATTTGAAATCATTTATAACGTTATAAAACCA
66 GATTTGTTTTAACCAAAAATGAAA-AAACATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCA
* * * * *
107081 TTTAAAGTGAGTAATTAGCCTTTGGAAGG-AATGAGTGACTA-
130 CTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCAAT-AATGACTAT
* * *
107122 AATATGGATTTTTCTTATTAATAGATGAT-TTTCGCTTCA
1 AA-ATGGACTTTTCTTATCAATAAAT-ATCTTTCGCTTCA
107161 CATTTCCTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATGGACTTTTCTTATCAATAAATATCTTTCGCTTCATGTTTTCCACTGCAAACATCCAATTAT
GATTTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAACATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCAC
TTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCAATAATGACTAT
Found at i:109890 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
109860 TCATTTCTCC
109870 CTTCTCCTCTTTCCTTT
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* *
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*
109908 CTTCTCCTTTTTCCTTT
1 CTTCTCCTCTTTCCTTT
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Statistics
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Consensus pattern (17 bp):
CTTCTCCTCTTTCCTTT
Found at i:111312 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 111010--111749 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
111000 TTATGGTTTG
* * * *
111010 TTTTAACCAAAAATGAAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAATCATTTAACG
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* ** * * * **
111075 CTAGCCACTGAGCTTTCAAAGATATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATAGCTT
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*
111140 TCGCTTCATGTTTCTCGA-TACAAACATCACATTATGATCT
130 TCGCTTCACGTTT-TCGATTACAAACATCACATTATGATCT
* * *
111180 TTTTAA-CAAAAACTAAAAAATAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTTTAAAACCACTTAAA
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* * *
111244 GCAAG-AAGGAAGGCTCTCAAATG-CATGAGTGACTATAAATAGATATTTT-TGGTTAGTAAATG
65 GCAAGCAAGG-A-GCTCTCAAA-GACATGAGTGACTATAAATAGAT-TTTTCTGGTCAATAAATA
* * * *
111306 GCTTTCGTTTCACGTTTTCGATTGCAAACATTTA-ATTAAGATCT
126 GCTTTCGCTTCACGTTTTCGATTACAAACA-TCACATTATGATCT
* * * * * * ** *
111350 ATTTTAACTAGAAATGAAAAAAGATATT-GATCTAAAATAATTTATAGGATTAT-AAACCGCTTA
1 -TTTTAACCAAAAAT-AAAAAACA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACCACTTA
* * ** * * ** * * * * **
111413 AAACAAGTAACCAGGCTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAAT-GAACTTTTC-GTATAAATGGAT
63 AAGCAAGCAAGGA-GCTCTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAG-ATTTTTCTG-GTCAATAAAT
* *** * * * * *
111476 GGCTTTTATTTCGCATTTTTC-ACTGCAAACAAT-AAATTATGATCT
125 AGCTTTCGCTTCAC-GTTTTCGATTACAAAC-ATCACATTATGATCT
* * * * * * * *
111521 GTTTTAACCAAAAATGAAAAACGA-TCAATTCAAAATTATTTGTAAGATTATAAGACCATTTAAA
1 -TTTTAACCAAAAATAAAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACCACTTAAA
* ** * * * * * * * * *
111585 GCAACCAACTAAGCTTTCAAAGGCGTGCA-TGACTATAAATAAACTTTTCAT-ATTAATGAATTG
65 GCAAGCAA-GGAGCTCTCAAAGACATG-AGTGACTATAAATAGATTTTTC-TGGTCAATAAATAG
* * * * *
111648 CTTTCACTTCACTGTTTCCTA-TGCAACACATCAAATTATGATCT
127 CTTTCGCTTCAC-GTTTTCGATTACAA-ACATCACATTATGATCT
* *
111692 TTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AA-TCAATTTAAAATCATTTATAAACTTATCAAACCAC
1 TTTTAACCAAAAAT-AAAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACCAC
111750 CAAAAGTGAG
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 97, Indels: 60
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Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTTTAACCAAAAATAAAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACCACTTAAAG
CAAGCAAGGAGCTCTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTGGTCAATAAATAGCTTT
CGCTTCACGTTTTCGATTACAAACATCACATTATGATCT
Found at i:113522 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 112495--114725 Score: 1203
Period size: 169 Copynumber: 13.2 Consensus size: 168
112485 CATGACAAAG
* * * * * * *
112495 AAAATTTAATGTAAAATCATTTATAAGATTAT-AAACCATTTAAATTGAGCAATTAAGCTTTCGA
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGA
* * * *
112559 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTGTT-ATTATCAATGGA-GTGCTCTCGTTAC-ACAT-TTT-
66 AGGCATGAGTGAATATAAATGGACT-TTCCTTGTCAATGGATG-GCT-T--TTACTTCATGTTTC
* * * * * *
112619 TTAATGCAAACATTAAATTAAGATCT-TGTTAACCATAAATGAAAA
126 CTAATACAAACA-TAAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATG-AAA
* * * *** * *
112664 AAAATTCAACTCAAAATCATTTATGAAG-TTATCAAA-TCGCT---GTGAGTAATTAGGCTTTTG
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * * * * * * * * * *
112724 AGGGTATAACTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATATTTCTTAA
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA
* * * * * *
112789 TGC-GACATCCAATAATGATCTATTTTAAATAAAAAT-AAGA
130 TACAAACAT-AAATTATGATATATTTT-AACAAAAATGAA-A
* * * * * ** * *
112829 AAAATTTTAATTTTAAATTATTTTTATGGCTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAACTAGACTTTC
1 AAAA-TTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTC
** * * * * **
112893 GAAGGCATGAGTGAATATAAATAAACTTTTCTTGTGAATAGATGGCATTCCCTTCATGGTTTCC-
64 GAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCAT-GTTTCCT
* *
112957 AATACAAATGATAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAACA
128 AATACAAA-CATAAATTATGATATATTTTAAC-AAAAATG-AA-A
** **** **
113002 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCAAACGGCTAACCTTTCG
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * *
113066 AAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCACTTCATGTTTCCTAA
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA
* **
113131 TACAAACATAAAATTATG--ATCTTTTAACAAAAACAAAAAA
130 TACAAACAT-AAATTATGATATATTTTAAC-AAAA-ATGAAA
* * * * * * *
113171 AAAACTTC-ATTGTAAAATCTTTTATAA-AGTTTTAAATC-AATCAAAGTGA-AAAATAAGGCTT
1 AAAA-TTCAATT-TAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACT-AGGCTT
* ** * ***
113232 TCGAAGGCATGCA-T-AACAATAAATGGA-TTTTTTTGTCAATGGATGCCTTTCGTTTCATGTTT
62 TCGAAGGCATG-AGTGAA-TATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTT
* * * * * *
113294 CCCATTGA-GATCGTAGAATTATGATATTTTTTAAACAAAAATGAAA
125 CCTAAT-ACAAACATA-AATTATGATATATTTT-AACAAAAATGAAA
* *
113340 AAAATGTCAATTTAAAATCATTTATAAGATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTG
1 AAAAT-TCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* ** *
113405 AAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCAAGTCAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA
* *
113470 TACAAATATCAAATTATGATAT-TTTTCACAAAAATTGAAA
130 TACAAACAT-AAATTATGATATATTTTAACAAAAA-TGAAA
* * *
113510 AAAACTTCAATTTAAAATCATTTATAA-AGGTATAAAA-TCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAA-TTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTT
* * * ** * * * *
113573 CGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTT-CTTACCAATGAATGGCTTTCATTTCATGTTTCCC
63 CGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCT
* * * * * **
113637 ATTGCAAACATACAATTATGATCTATTTTAACTACATACAAAA
128 AATACAAACATA-AATTATGATATATTTTAAC-AAAAATGAAA
** * * * * *
113680 AAAATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTCA
1 AAAA-TTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * * * **
113745 AAGGTATGAGT-AACTAGAAATGGACTTTTCTTGTTC-ATGGATGGATTTTGCTTCACATTTCCT
65 AAGGCATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTCCTTG-TCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCT
* * *
113808 AATGCAAACAAAAAATTATTAT-TATTTTTAATCAAAAAT-AAA
128 AATACAAAC-ATAAATTATGATATA-TTTTAA-CAAAAATGAAA
* * * * * * * *
113850 AAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAA-AGTTTTAAAACTACTTAAAGTGAGAAACAAGTCTTTCA
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * * * * * * *
113914 AAGGTATGAGTGACTATGAGTGGACTTT--TT-TTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAG
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAA
* * ** *
113976 TGCAAACATCCAATTAAAATCTATTTTAACCAAAAATGAAA
130 TACAAACAT-AAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATGAAA
** ** * * * * *
114017 AAGTTTGGATTTAATATCATTTATCAA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTCA
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * * * * * ** *
114081 AAGGTATAAGTTACTATAAATGGACTTTTCC-TGTCAATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTTGTG
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGAC-TTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTA
* * * *
114144 ACACAAATAAAAAATT-TGATATGTTTTAATCAAAAATGAAA
129 ATACAAA-CATAAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATGAAA
* * * * * * * *
114185 AACAAGTCAAGTTAAAGTCATTTGTAAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTCA
1 AA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCG
* * * * * *
114250 AAGGCAGGAGTGACTATAAATAGAGTTT-TTTGTCAATGGATTGC-TTT-CGTTACACT-TTTCC
65 AAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTAC-TT-CA-TGTTTCC
* * *
114311 CAATACAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAATAAAAAATGAAA
127 TAATACAAACAT-AAATTATGATATATTTTAA-CAAAAATGAAA
* *** * * *
114354 AAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACTGCATAAAGCGAATAA-TAAAGCTTTC
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACT-AGGCTTTC
* * * * ** * * * * * * *
114417 AAAAGTATAAGTGACCATAAATGAAGTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCATGTTTCCCA
64 GAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTA
* * * *
114482 ATACGAACATTTAATTATGATATGTCTTAACAAATAATGAAA
129 ATACAAACA-TAAATTATGATATATTTTAACAAA-AATGAAA
* * * * *
114524 AAATCATT-GATTTAAAATCATTTGTAAGACTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAACTAGGCTTTC
1 AAA--ATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTC
* * * * * ***
114588 -ATGGGCATGAGTGAATGTAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTTCC
64 GA-AGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATG-TTTCC
** * * * *
114652 -AATGTAAACAACAAATTATGATCTGTTTTAAC-----TAAAA
127 TAATACAAAC-ATAAATTATGATATATTTTAACAAAAATGAAA
* * *
114689 AAAATTTAATTTAAAATTATTTATAATATTATAAAAC
1 AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAC
114726 CTGTAACGAC
Statistics
Matches: 1596, Mismatches: 365, Indels: 207
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 31 0.02
165 34 0.02
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168 166 0.10
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGA
AGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAT
ACAAACATAAATTATGATATATTTTAACAAAAATGAAA
Found at i:113725 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 112506--114726 Score: 1376
Period size: 340 Copynumber: 6.6 Consensus size: 335
112496 AAATTTAATG
* * * * *
112506 TAAAATCATTTAT-AAGAT-TATAAACCATTTAAATTGAGCAATTAA-GCTTTCGAAGGCATGAG
1 TAAAATCATTTATAAAGGTATA-AAATCATTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * * ** ***
112568 TGACTATAAATGGACTGTTATTATCAATGGA-GTGCTCTCGTTACACATTTTTTAATGCAAACAT
64 TGACTATAAATGAACT-TTCTTGTCAATGGATG-GCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACA-
* * * * * *
112632 TA-AATTAAGATCT-TGTTAACCATAAATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATGAAG-TT
126 TACAATTATGATCTATTTTAA--ACAAA--AAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATT
* * ** * ** * * * * * *
112694 ATCAAATC-GCT---GTGAGTAATTAGGCTTTTGAGGGTATAACTGACTATAAATTGACTTTTCT
186 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCT
* * * * * * * ** * * *
112755 TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATATTTCTTAATGC-GACATCCAATAATGATCTATTTTAAAT
251 TGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGA--TATTTTTAAC
* *
112819 AAAAAT-AAGAAAAATTTTAATT
314 AAAAATGAA-AAAAACTTCAATT
* * * * * * *
112841 TTAAATTATTT-TTATGGCTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACTAGACTTTCGAAGGCATGAGT
1 TAAAATCATTTATAAAGG-TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * ** * *
112905 GAATATAAATAAACTTTTCTTGTGAATAGATGGCATTCCCTTCATGGTTT-CCAATACAAATGAT
65 GACTATAAATGAAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCAT-GTTTCCCAATGCAAA-CAT
* *
112969 A-AATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAACAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTA
127 ACAATTATGATCTATTTTAA--ACAAA--AAA-AAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* ** **** ** * * * *
113033 TAAAATCATTTAAAGCAAACGGCTAACCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTT
187 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTT
* * *
113098 GTCAATGGATTGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGAT-CTTTTAACAAA
252 GTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGATATTTTTAAC-AA
**
113162 AACAAAAAAAAAACTTC-ATT
316 AA-ATGAAAAAAACTTCAATT
* * * * * ** *
113182 GTAAAATCTTTTATAAA-GTTTTAAATCAATCAAAGTGAAAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCA-
1 -TAAAATCATTTATAAAGGTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATG-AG
* * * * * * * * *
113245 TAACAATAAATGGATTTTTTTGTCAATGGATGCCTTTCGTTTCATGTTTCCCATTG-AGATCGTA
64 TGACTATAAATGAACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCA-AACATA
* * * * *
113309 GAATTATGATATTTTTTAAACAAAAATGAAAAAAATGTCAATTTAAAATCATTTATAAGATAATA
128 CAATTATGATCTATTTTAAAC--AAA--AAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* ** * * **
113374 AAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCAAGT
189 AAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGT
* * * *
113439 CAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAATATCAAATTATGATATTTTTCACAAAAA
254 CAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGATATTTTTAACAAAAA
113504 TTGAAAAAAACTTCAATT
319 -TGAAAAAAACTTCAATT
* *
113522 TAAAATCATTTATAAAGGTATAAAATCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTG
1 TAAAATCATTTATAAAGGTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
** * * *
113587 ACTATAAATGAACTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCATTTCATGTTTCCCATTGCAAACATACAA
66 ACTATAAATGAACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACATACAA
** *
113652 TTATGATCTATTTTAACTACATACAAAAAAAATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAA
131 TTATGATCTATTTTAA--ACA-A-AAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
* * * *
113717 CCATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTCAAAGGTATGAGT-AACTAGAAATGGACTTTTCTTGTTC
192 CCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAA-TATAAATGGACTTTCCTTG-TC
* * ** * * *
113781 -ATGGATGGATTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACAAAAAATTATTATTATTTTTAATCAAAA
255 AATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGA-TATTTTTAA-CAAAA
*
113845 AT-AAAAAAA-ATCAATT
318 ATGAAAAAAACTTCAATT
* * * * * * * *
113861 TAAAGTCATTTATAAAGTTTTAAAA-CTACTTAAAGTGAGAAACAAGTCTTTCAAAGGTATGAGT
1 TAAAATCATTTATAAAGGTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * * * * * *
113925 GACTATGAGTGGACTTT-TT-TTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAGTGCAAACATCCA
65 GACTATAAATGAACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACATACA
** * ** *
113988 ATTAAAATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGTTTGGATTTAATATCATTTATCAA-ATTATAAA
130 ATTATGATCTATTTTAAACAAAAA--AAAAA-TTTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAA
* * * * *
114052 ACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTCAAAGGTATAAGTTACTATAAATGGACTTTTCC-TGTC
191 ACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGAC-TTTCCTTGTC
* * * ** * * * *
114116 AATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTTGTGACACAAATAAAAAATT-TGATATGTTTTAATCAAAA
255 AATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGATAT-TTTTAA-CAAAA
* *
114179 ATGAAAAACAA-GTCAAGT
318 ATGAAAAA-AACTTCAATT
* * * * * * * * *
114197 TAAAGTCATTTGT-AAGATTATAAGA-CTATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTCAAAGGCAGGAG
1 TAAAATCATTTATAAAG-GTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * *
114260 TGACTATAAAT-AGAGTTTTTTGTCAATGGATTGCTTTCGTTACACT-TTTCCCAATACAAACAT
64 TGACTATAAATGA-ACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCA-TGTTTCCCAATGCAAACAT
* * *
114323 -CAAATTATGATCT-TTTTAATAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTA
127 AC-AATTATGATCTATTTTAA-ACAAAA--AAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTA
* * * * * ** * * *
114385 TAAAACTGCA--TAAAGCGAATAA-TAAAGCTTTCAAAAGTATAAGTGACCATAAATGAAGTTTT
187 TAAAAC--CATTTAAAGTGAGTAACT-AGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTC
* * * * * ** *
114447 CTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCATGTTTCCCAATACGAACATTTAATTATGATATGTCTTAA
249 CTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGATAT-TTTTAA
* *
114512 CAAATAATGAAAAAATCATT-GATT
313 CAAA-AATGAAAAAAAC-TTCAATT
* * * * * *
114536 TAAAATCATTTGT-AAGACTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAACTAGGCTTTC-ATGGGCATGAG
1 TAAAATCATTTATAAAG-GTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAG
* * * * *
114599 TGAATGTAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTTCCAATGTAAACA-
64 TGACTATAAATGA-AC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * *
114662 ACAAATTATGATCTGTTTT-AAC-TAAAAAAAATTT-AATTTAAAATTATTTATAATATTATAAA
127 AC-AATTATGATCTATTTTAAACAAAAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
114724 ACC
191 ACC
114727 TGTAACGACC
Statistics
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Consensus pattern (335 bp):
TAAAATCATTTATAAAGGTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
ACTATAAATGAACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACATACAA
TTATGATCTATTTTAAACAAAAAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGA
TGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGATATTTTTAACAAAAATGAAAAA
AACTTCAATT
Found at i:114106 original size:336 final size:334
Alignment explanation
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112960 ACAAATGATA
* *
112970 AATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAACAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
1 AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATG-AA-AAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATA
* ** **** *** * * * * *
113035 AAATCATTTAAAGCAAACGGCTAACCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGT
64 AAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGTTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGT
* ** * * * *
113100 CAATGGATTGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATACAAACATAAAATTATGAT-CTTTTAA-CAAAA
129 CAATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGATATTTTTAATCAAAA
** * * * * * * * *
113163 ACAAAAAAAAAACTTC-ATTGTAAAATCTTTTATAAAGTTTTAAATC-AATCAAAGTGAAAAATA
193 A-TGAAAAAAAA--TCAATT-TAAAGTCATTTATAAAGTTATAAAACTACTTAAAGTGAGAAACA
* * * * * *
113226 AGGCTTTCGAAGGCATGCA-TAACAATAAATGGATTTTTTTGTCAATGGAT-GCCTTTCGTTTCA
254 AGCCTTTCAAAGGTATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTTT-T-AATGGATAG-CTTTCG-TTCA
* * * * **
113289 TGTTTCCCATTG-AGATCGTAG
314 CGTTTCCCAATGCA-AACATCC
* * * * *
113310 AATTATGATATTTTTTAAACAAAAATGAAAAAAATGTCAATTTAAAATCATTTATAAGATAATAA
1 AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATG-AAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA
* * * * * *
113375 AACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGAA-TATAAATAGACTTTCCAAG
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* * * ** *
113438 TCAATGGATTGCTTTTACTTCATGTTTCCTAATACAAATATCAAATTATGATATTTTTCA-CAAA
128 TCAATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGATATTTTTAATCAAA
* * * *
113502 AATTGAAAAAAACTTCAATTTAAAATCATTTATAAAGGTATAAAA-TCACTTAAAGTGAGTAACA
192 AA-TGAAAAAAA-ATCAATTTAAAGTCATTTATAAAGTTATAAAACT-ACTTAAAGTGAGAAACA
* * * ** * * * *
113566 AGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCATTTCATG
254 AGCCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TT-TTAATGGATAGCTTTC-GTTCACG
* *
113631 TTTCCCATTGCAAACATAC
316 TTTCCCAATGCAAACATCC
* ** *
113650 AATTATGATCTATTTTAACTACATACAA--AAAAAATTTTGATTTAAAATTATTTATAAGATTAT
1 AATTATGATCTATTTTAAC--CA-AAAATGAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT
* ** * *
113713 AAAACCATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTCAAAGGTATGAGTAACTAGAAATGGACTTTTCTTG
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* * * * *
113778 TTC-ATGGATGGATTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAAACAAAAAATTATTATTATTTTTAATCA
128 -TCAATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGA-TATTTTTAATCA
*
113842 AAAAT-AAAAAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAAAGTTTTAAAACTACTTAAAGTGAGAAACAA
190 AAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAAAGTTATAAAACTACTTAAAGTGAGAAACAA
* * * *
113906 GTCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATGAGTGGACTTTTTTTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT
255 GCCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTAATGGATAGCTTTCG-TTCACGTTT
* *
113971 CCTAGTGCAAACATCC
319 CCCAATGCAAACATCC
** * ** *
113987 AATTAAAATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAGTTTGGATTTAATATCATTTATCAA-ATTATAA
1 AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAA
* * * *
114051 AACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTCAAAGGTATAAGTTACTATAAATGGACTTTTCCTGTC
65 AACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGTTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGTC
** * *
114116 AATGGATAGTTTTGCTTCACGTTTTGTGACACAAATAAAAAATT-TGATATGTTTTAATCAAAAA
130 AATGGATAGTTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGATAT-TTTTAATCAAAAA
* * * * * * *
114180 TGAAAAACAAGTCAAGTTAAAGTCATTTGT-AAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGCAACTAGC
194 TGAAAAA-AAATCAATTTAAAGTCATTTATAAAG-TTATAAAACTACTTAAAGTGAGAAACAAGC
* * * * * *
114244 CTTTCAAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGAGTTTTTTGTCAATGGATTGCTTTCGTTACACTTTT
257 CTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-T-AATGGATAGCTTTCGTT-CACGTTT
* *
114309 CCCAATACAAACATCA
319 CCCAATGCAAACATCC
** * *
114325 AATTATGATCT-TTTTAATAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAA
1 AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAA
* * * * * * * * * * *
114388 AACTGCA--TAAAGCGAATAA-TAAAGCTTTCAAAAGTATAAGTGACCATAAATGAAGTTTTCTT
65 AAC--CATTTAAAGTGAGTAACT-AGGTTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCAT
* * * ** * * * * *** *
114450 ATCAATGGATGGCCTTCACTTCATGTTTCCCAATACGAACATTTAATTATGATATGTCTTAA-CA
127 GTCAATGGATAG-TTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGATAT-TTTTAATCA
* ** * * * * * * *
114514 AATAATGAAAAAATCATTGATTTAAAATCATTTGT-AAGACTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAA
190 AA-AATGAAAAAA-AATCAATTTAAAGTCATTTATAAAG-TTATAAAACTACTTAAAGTGAGAAA
* * ** * * * * *
114578 CTAGGCTTTCATGGGCATGAGTGAATGTAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGTTTC
252 CAAGCCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-T-AATGGATAGCTTTCG-TTC
* * * * *
114643 ATGTTTTCCAATGTAAACAACA
313 ACGTTTCCCAATGCAAACATCC
* * * *
114665 AATTATGATCTGTTTTAA-C--TAA--AAAAAATTT-AATTTAAAATTATTTATAATATTATAAA
1 AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
114724 ACC
66 ACC
114727 TGTAACGACC
Statistics
Matches: 1152, Mismatches: 219, Indels: 99
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 19 0.02
335 66 0.06
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343 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGTTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCATGTCA
ATGGATAGTTTTGCTTCACGTTTCCTAATACAAATAAAAAATTATGATATTTTTAATCAAAAATG
AAAAAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAAAGTTATAAAACTACTTAAAGTGAGAAACAAGCCTTT
CAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTAATGGATAGCTTTCGTTCACGTTTCCCAATG
CAAACATCC
Found at i:116413 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 116384--116422 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
116374 TTAAGACAGA
116384 ATGCTCTTAGTCGACTAAG
1 ATGCTCTTAGTCGACTAAG
*
116403 ATGCTTCTTAGTCGATTAAG
1 ATGC-TCTTAGTCGACTAAG
116423 TCATTTTTCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ATGCTCTTAGTCGACTAAG
Found at i:125440 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 125061--125419 Score: 477
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125051 AATATTATCA
* * * * * *
125061 CTTAGTCGACTAAGTCGTCTCTATCTTTAAACCCAGTTTCTAGTAGT-AGTCTCTTAGTCGACTA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCT-GCAGTAAG-CTCTTAGTCGACTA
125125 ACAAAACTT
64 ACAAAACTT
* * * *
125134 CTTAGTCGATTAAGTCGTTGCTGTCTCTGAACCCAATTTCTGATAGTAAGCTCTTAGTCCACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCTG-CAGTAAGCTCTTAGTCGACTAA
*
125199 CAAAACTC
65 CAAAACTT
* *
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125272 CAAAACTT
65 CAAAACTT
* * * *
125280 CTTAGTTGATTAAGTCGTTTCTATCTCTGAATCCAGTTTCTGGCAGTAAGCTCTTAATCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCT-GCAGTAAGCTCTTAGTCGACTAA
125345 CAAAACTT
65 CAAAACTT
* * *
125353 CTTAGTCGATTAAGTTGTTTCTGTCTTTGAACCCAGTTTCTAGCAATAAGCTCTTAGTCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCT-GCAGTAAGCTCTTAGTCGACTAA
125418 CA
65 CA
125420 CTGTTTTTTG
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 30, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
72 1 0.00
73 249 0.98
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ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (72 bp):
CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAGTTTCTGCAGTAAGCTCTTAGTCGACTAAC
AAAACTT
Found at i:132677 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 132299--136051 Score: 1973
Period size: 170 Copynumber: 22.2 Consensus size: 170
132289 TGTTGAATTG
* * *
132299 AAAATAAAAAAAATT-AATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTAAATTGAGTAACA
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* * *
132362 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCTATGGATGACTTTCGCTTCA-
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* * ** * *
132426 CTTTCTCAATGCGAAA-AAAAAATTATGATTTGTTTTAATCA
130 GTTTCCCAATGC-AAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * ** *
132467 AAAATAAAAAAAATAT-AATTTAAAATTATTTTTAAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAACAATT
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* * * * *
132531 AGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGGGTGCCTCTCGTTTCAT
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTCAT
* * * * * * *
132596 ATTTCGCATTGCAAACGTCGAACTATAATCTATTTTAATCA
130 GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* *
132637 AAAATAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTACTTAAAGCT-AGTAACT
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAG-TGAGTAACT
** * * * * * * *
132701 AAACTTTTGAAGGCATAAGTGATCGTA-AAA-GGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTAC
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-C-TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTC
*** * * * * *
132764 ATGTTTCTTGATGCAAATAACAAATTATGATATGTTTTAA-CC
128 ATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
** * * * * *
132806 AAAATGAAAAGTAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAGACCATTTAAACTGAGCAACT
1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACT
* ** * * * * * *
132871 AGGCTTTTGAAGGTGTGAGTGACTATAAATATACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTCATTACAC
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTCAT
* * *
132936 GTTTCCCAATACAAACATCAAATTATGAT-TTTTTTAATAA
130 GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * *
132976 AAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATTATTTATAA-AGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACT
* ** * * * * * * *
133040 AGGCTTTCAAAGGTGTGAGTAACTATAAATGGA-GTTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTT-
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGTCAATGGATGACTTTC-GTTTC
* ** * * *
133103 ACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAA-TATGATTTTTTTTAA-CA
128 ATGTTTCCCAATGCAAACAT-CAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * ** * * * *
133145 AAAATGAAGAAAACTTTGATTTAAAATTATTTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACT
1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACT
** * * * * *
133210 AGGCTTTCGTGGGTATGAGTGAATATAAACAAACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCACTTT-A
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTC-GTTTCA
* *
133274 TGTTTCCCAATGCAAAAAAT-AAATTATGATCTATTTTAACCA
129 TGTTTCCCAATGC-AAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * *
133316 AGAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTAAAAGT-AGGCAAT
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAGTGA-GTAAC
* * * * * * * * *
133379 TAGGCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAAT-GAACTTTCCTAGTTAATGGATTACTTTTGCTTC
64 TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTC
*** * *** * * * *
133443 GCATATCTTGATACAAGCATCAAATTATGATCT-TTTGAATTA
128 ATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
*
133485 AAAATGAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
* * * * ** ** *
133549 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTCTAAATGGAC-TTTCTCATCAATGGACAACTTTCGCTTCA
64 TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTCA
* * ** * **
133613 -CTTTCTCAATGTGAACAACAAATTATGATCCGTTTTAA-CTA
129 TGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATC-A
* * * * *
133654 AAAATGAGAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTA
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* * * * * **
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* * * *
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131 TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * *
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1 AAAATA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACT
* * ** * *
133888 AGGCTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAA-AGGACTTTTCTTACCAATGGATTG-CTTTTGCTTC
65 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTCAATGGA-TGACTTTCGTTTC
* * * ** ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** * ****
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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64 TAGGC--TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC---TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCG
*** ** * *
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* * **** * * * *
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** * * *
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** * * *
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* * * * * ***
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* ** * * * * * * *
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* * *** * * *
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* *
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1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAGTGAGTAACT
* * * * * * **
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* * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * * * **
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** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AAAATA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAGTGAGTAAC
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *** *
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1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACT
* * * * * ** *
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65 -AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCGTTTC
* * * * * * *
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128 ATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * ** * *
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1 AAAAT-AAA-AAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAA-GATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * **
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* * * * * *
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* ** * *
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1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
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Statistics
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* ** * * * **
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* * * *
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* *
132957 ATTATGAT-TTTTTTAATAA
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* * *
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** * * * * * **
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* * * ** *
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* * * * * *
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*
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320 AATTATGATCTATTTTAATCA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * * ** *
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**
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * ** ** *
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*
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322 TTATGATCTATTTTAATC-A
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
134331 ACAATTAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAA-AGTTATAGAACCACTTAAAGTGAGTGATA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
* * * * * ** * *
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* **
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* * * * * * * * * **
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* *
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* * **** * * * **
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** * * * * *
134733 AGAG-TTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTTAATGGATTG-TTTTCGCTT
65 AG-GCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGGA-TGACTTTCGCTT
* * * * * * * *
134795 CACTTTTC-CTGATACAAACATCAAATTATTATCT-TTTTAACCAAAAAT---AAAAAATTGAAT
127 CACGTTTCTC-AATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAAT
* * * * * * * * **
134855 TTTAAACCATTTATAA-AGTTATCAAATCACTTAAAAC-AAGTAA-TAAGGCGTAT-GAAGATAT
191 TTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCA-TTTAAACTGAGCAACT-AGGC-TTTCGAAGGCAT
* * * * * ** * * * ***
134916 GAGTGAGTACAAATAGACTATTCTTCTCAATAGATGACTTTTGTTACATGTTTTCCAATACACGT
252 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCATT-CACGTTTCCCAATGCAAAC
* * *
134981 AACAAATTATG-GCTTATTTTAA-GA
316 ATCAAATTATGATC-TATTTTAATCA
* *
135005 AAAA-ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAACT
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* * * * *
135068 AA-GCTCTCGAATGCATGAGTGACAATAAATGGA-TTTT-TTATGTCAATGGATTG-CTTTCACT
64 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA--TCAATGGA-TGACTTTCGCT
* * * * * * * *
135129 TCACTTTTCT-AGATAC-AACATCAAATTATGA--TCTTTTAACCAAAACTAAAAAAAAATTTAA
126 TCACGTTTCTCA-ATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAA
* * * * * * * ** * *
135190 TTTAAAATTATTTATAA-AGTTTTAAAATCACTTAAAGC-AAGAAACAATACTTTTGAAGGAATG
190 TTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAA-CTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * * * * * *
135253 AGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTGTTAAACATTTCTCATTGTAAAT
253 AGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGGATGACTTTCATT-CACGTTTCCCAATGCAAAC
* *
135317 ATCCAATTATGATCTATTTTAACCA
316 ATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * * * * * * *
135342 GAAATGTAAAAAAATTTAATCTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAACT
1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
* ** ** * * * *
135407 AGGCTTTCAAAGGCATGCGCCACTTTAAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGCTTT-GCTTCAT
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* * * * * * * *
135471 ATTTCTCGATACAAATAACAAATTATGATTTGTTTTAA-CTAAAAAAG-GAAACAATTCAGTTTA
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* * * * * * * * * * *
135534 TAATCATTTATAAGATTATGAATCTATTCAAAATGGGCAACTAGGTTTTCAAAAGTATGAGTGAC
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* *
135662 ATTATGATC--TTATAA-CTG
321 ATTATGATCTATTTTAATC-A
* * * * *** * *
135680 AAAATGAAAAAAAATTCGATTCAAAATCACTTATAAAATTATAAAACTGTTTAAAGTGAATAATA
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* * * * * * * *
135745 AGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAACGGATTACTCTCACTACAC
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** * * * * ** * * *
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130 GTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAA-AAAAATTCAATTTA
*** * * * *
135871 AAATCATTTATAACG-TTATAAAACTGCTTAAAGC-GTGTAA-TAAGGCCTTCGAAGGCATTAGT
194 AAATCATTTATAA-GATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGCAACT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * * * *
135933 GACTATAAATTGACTTTTCTTATGAATAGATTG-TTTTCACTTCATGTCTCACAATGTAAACATC
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGACTTTCA-TTCACGTTTCCCAATGCAAACATC
* * *
135997 CAATTATGATATGTTTTAA-C-
319 AAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * * * *
136017 ----T-----AGA---AA-TGAAAAGCA-TT-TCA-ATT-TAAAACCATTTAAAGCGAATAACTA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAA
* * * ** * * *
136065 GGCTTTCGAAGGCATAAATGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATTCCTTTTGCTTTACA
66 GGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCACG
* * * * * * * * ** **
136130 ATTC-CAATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAATTACAACT-AAAAAATTTTTTGATTTAA
131 TTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAA-AATTCAATTTAA
* * * * * * * *
136193 AATCAGTTT-TAAGACTATAAAAGCATTTAGAGC-AAGTAACTAAGCTTTCGAAGGTATAAGTGA
195 AATCA-TTTATAAGATTATAAAACCATTTA-AACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * *
136256 ATATAAATAGACATTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAATGCAAATAAT-G
258 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC-TTT-CATTCACGTTTCCCAATGCAAA-CATCA
* *
136319 TATTATGATCTGTTTTAATCGA
320 AATTATGATCTATTTTAATC-A
* * ** *
136341 AACTGAA-AAAAAAAATTTAATTCAAAATCA-TTATAAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCAAGCA
1 AA---AATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAGTGAGTA
** * * * ** * *
136403 ATTAGGCTTTCAAAGGGA-AGAGTGACTATAAATGGGCTTTAT-TGGTCAATAGATTG-CTTTTG
62 ACAAGGCTTTCGAAGGCATA-AGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTATCAATGGA-TGACTTTCG
* * * * * * * *
136465 CTTCACATTTCCCTATACAATCATCAAATTATGATCT-TTTCAAT-AGAAAATGAAAAAAAATTC
124 CTTCACGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCA-AAAATGAAAAAAAATTC
* * * *
136528 AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTAAAAATGAGCAACTAGGCTTTCAAAGGGATG
188 AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * * * *
136593 ACTGACTGTAAA-CGAACTTTTTTTGTCATTTGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCCCAATGTAAAC
253 AGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTC-ATTCACGTTTCCCAATGCAAAC
* *
136657 ATCAAATTATGTTCT-TTTTAACCA
316 ATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * *
136681 AAAATGAAAAAAATGT-AATTCAAAATCTTTTATAA-AGTTATAAAATCGCTTAAAGCGAGTAAC
1 AAAATAAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
* * * * * *
136744 AAGGCTTTTTG-AGAGAATGAGTGGCAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-AGCTCTT-GT
64 AAGGC-TTTCGAAG-GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGA-CT-TTCGC
* * * * *** *
136806 TTCATGTTT-TCCATTGCAAA-AATATAATTAGGATCCATTTTAA-CTAGAAATGAAAAAAAATT
125 TTCACGTTTCT-CAATGCAAACAACA-AATTATGATTTGTTTTAATC-AAAAATGAAAAAAAATT
* * * * * * * * * *
136868 CAATTTCAAATC-GTTAGTAAGTTTATAAAGCTATTTAAAGC-AAGTAATTAGTCTGTT-GAAGA
187 CAATTTAAAATCATTTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGCAACTAGGCT-TTCGAAGG
* * * * * *
136930 CATGAGTGACTACAAATGGA---TTCTTCGTCAATAGATTATTTTTGC-TTCACGTTTGCCAATA
249 CATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATGGATGA-CTTT-CATTCACGTTTCCCAAT-
136991 G-AAACATCAAATTATGATCT-TTTTAATC-
310 GCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * *
137019 AAATTGAAAAACAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACTACTTAAAGTGAGTAAC
1 AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
* * ** * * ** * * * ** * *
137083 ATGTCTAACGAAGGCATGAA-TGAGTACAAACAGACTTTTCTTGTTAATGGAGGGTTTTTGCTTT
64 AAGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTC
* * * *** * * * * **
137147 ATGTTTAC-CATTGCAAACATCAAATTATGATCAATTTTAACCAATAATGAAAAATATTTTGATT
128 ACGTTT-CTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATT
* * * * * *
137211 TAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAACAAGGCTTTCGATGACATGAAT
192 TAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * ** * * ** * * *
137275 GAGTATAAACATA-TTTTTTTGTCTTTGCATGGCTTTCACTTCATATTTCCTAATGAAAACATCC
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCA-TTCACGTTTCCCAATGCAAACATCA
* * * *
137339 AATTATGATATACTGTAACTTGGA
320 AATTATGATCTATTTTAA--T-CA
* * * * * * * **
137363 ATGAA-AAAAAAAATT-GATTTAAAATCATTGATAAGATTCTTAATCCATTTAAAGCAAGTAACA
1 A-AAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
* ** * * ** * * *
137426 AGGCTTTCAAATACATGAGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTTAC
65 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCAC
* ** * * * * ** * **
137491 ATTTCTTGATGCAAATATCCAATTATGA-TTGATTTTAACCAAAAA--AAAATGATTTTGATTTA
130 GTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTG-TTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTA
* * * ** * * * *
137553 AATTCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTGACAAGGCATTCAAAGGCTTGAGTGAC
194 AAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * *** ** *
137618 TATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGGATGACTTTTGC-TACACGTTTCTTGATATAAACATTTAA
259 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC-TTT-CATTCACGTTTCCCAATGCAAACA-TCAA
* * *
137682 A-AATGATCGATTTTAACCA
321 ATTATGATCTATTTTAATCA
* ** * * * * ** *
137701 AAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAA-CTATTTATAAAATTAAAAAACTATTTAAAGCAATTAAC
1 AAAATAAAAAA-AATTCAATTTAAAATC-ATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
*** * ** * *
137765 AATATTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTCACTTCA
64 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCA
* * * * * * * ** *
137829 CATCTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAA-CTAACAATG-AAAAACTTTCTATTT
129 CGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATC-AAAAATGAAAAAAAATTCAATTT
* * * * * * * * * * * * * * *
137892 ACAATGATTTATAAAATTGTTAAATCAGTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAAGCGTAAGTGA
193 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * *** * * * * *
137957 CAATAAATGGACTTTTCTTATAAATGGATGGGATTCGCTTCATGTTTCACAAAGCAAACATCCAA
258 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTC-ATTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAA
* *
138022 TTATGATCAATTTTAACCA
322 TTATGATCTATTTTAATCA
* * * * * * **
138041 AAAACAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATTAAATCACTTAAA-TCGAGGAGTA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGT-GAGTAACA
* * * * *
138105 AGGATTTTGAAGGCATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGA-TATTCG-TTCA
65 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACT-TTCGCTTCA
* * * * * * * * **
138168 CATTTTTCAATGTAAACATCTAATTATGA-TTGATTTTAATCAAAAATCAAAAAGATTTTGATTT
129 CGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTG-TTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTT
* * * * * * * *
138232 AAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAG-TAGTAAGACTTT-TAATGGCATGAGT
193 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACT-AGGCTTTCGAA-GGCATGAGT
* * * * *
138295 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGTA-TCTT-ATTCACATTT-CCAGATGCACACA
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-G-ACT-TTCATTCACGTTTCCCA-ATGCAAACA
*
138357 TTC-AATTATGGT-TGATTTTAA-CTA
317 -TCAAATTATGATCT-ATTTTAATC-A
* * ** * * *
138381 AAAAGAAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATAAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
* * * * * * *
138446 AGGCTTTC-AATGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCG-TTTA
65 AGGCTTTCGAA-GGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCA
** * * * ** * **
138509 TATTT-TCCAATGTAAACATTC-AATTATGA-TTGATTTAATCAAAAACCAAAAAGAATTTGATT
129 CGTTTCT-CAATGCAAACA-ACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATT
** * * * * * * * *
138571 TAAAATCATTTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGCAAGGCTTTC-AATAGCATAAAT
192 TAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAA-GGCATGAGT
* * * ** * * *
138635 TACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTTTTTCACATTTCCAAATGAAAACATTC
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC-TTTCATTCACGTTTCCCAATGCAAACA-TC
* *
138700 -AGTTATGAT-TGATTTTAACCA
319 AAATTATGATCT-ATTTTAATCA
* * * ** * * ** * *
138721 AAAAGGAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAATCGTTTAGAGTGAGTAATA
1 AAAA-TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
* * * * * * * * *
138786 AGGCTTTCGATGGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGTCAATGGATGGC-ATCTACTTTA
65 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTC-GCTTCA
* * * * * * * **
138850 TGTTTC-CTGATACAAACATGC-AATTATTA-TTGATTTTAATCAAAAATGAAAAAGATTTTGAT
129 CGTTTCTC-AATGCAAACA-ACAAATTATGATTTG-TTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAAT
* * * * * * * * *
138912 TTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAACAACAATGCTTTCAAAGGAATGAGA
191 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * ** * * *
138977 GACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATTG-CTTTTGC-TTCACGTTAACCGATACAAATAT
256 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGAC-TTT-CATTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
139040 CAAATTATGATCT-TTTTAA--A
318 CAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * * *
139060 GAAAATAAAAAAAA-TCAATTTAAAATTATTTATAAAGCTT-TAAAACCACTTAAATTGAGTAAT
1 -AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC
* * * * * *
139123 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-AGCTTTCACTTC
64 AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGA-CTTTCGCTTC
* ** * * * ** * *
139187 ACGTTTTTTGATG-TAACATCCAAGAATGATATGTTTTAACCAAAAATG--AAAAAATT-ATGAT
128 ACGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCA--AT
* * **
139248 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAATTAACTAGGCTTTC-AAGGGCATGAG
191 TTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAA-GGCATGAG
* * * *
139312 TGACTATAAATAGACTTGTCTTGTCAATGGAT-AGCTTT-AGCTTTATGTTTCTCAATGCAAACA
255 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTCA--TTCACGTTTCCCAATGCAAAC-
*
139375 AT-AAATTATGCTCTGA-TTTAA-CTA
316 ATCAAATTATGATCT-ATTTTAATC-A
* * * * ** *
139399 AAAAT-AAAAAAATTCAATTTATAATCATTTATAAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGCAACTA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC-A
* * * ** **
139463 A-GCTTTCGAAGGCATGAA-TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGAT-TTTTTTACTTCA
65 AGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCA
* * *** ** * * * * *
139525 CATTTCTCCATATTAACATTAAATTATTATCT-TTTTAACCAAAACTGAAAAAAAAAATT-AGTT
129 CGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATG--AAAAAAAATTCAATT
* * * * * ** *
139588 TAAATTCATTTATATAG-TTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAACTAGGCTTTTAAAGGC-TCAAG
192 TAAAATCATTTATA-AGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCAT-GAG
* * * * * * * * *
139651 TGACTATAAATGGACTTTTCATGTTAATGGATGGCTTCCGCTTCACGTTTCCTACTGTC-AACGT
255 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTC-ATTCACGTTTCCCAATG-CAAACAT
* * * *
139715 TAAATTATTATCTGTTTTAACCA
318 CAAATTATGATCTATTTTAATCA
* * ** *
139738 AAAGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATACAG-TTATAAAATCACTTAAAACGAGGAACA
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA-AGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACA
** * * * * * * *
139802 ATTCTTTCGAAGACATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCG-TTCAC
65 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCAC
* * *** * * * *
139866 ATTTCTCTATGCAAA-AATCAAATTATGATCCATTTTGACCAAAAATG-AGAAATATTCAATTTT
130 GTTTCTCAATGCAAACAA-CAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TTT
* * * * * *
139929 AAAATCATTTATAAGGTTGTAAAACCATTTAAAGC-GAGTAACTAGGGTTTTGAAGGCATAAGTG
193 AAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* ** * ** ** * * ** *
139993 ACAATAGGT-GACTTTTCTTTTCAATAAATGGTTTTAACTTTACGTTTCCTGATTCAAACAAT-A
257 ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCA-TTCACGTTTCCCAATGCAAAC-ATCA
* *
140056 AATTATGATATGTTTTAA-CTA
320 AATTATGATCTATTTTAATC-A
* * * * ** * *
140077 AAAATAAAAAAAATTCATTTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAA-TAATCTAAAGCAAGCAACT
1 AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACT-TAAAGTGAGTAACA
* * * * * * * * * *
140141 ACGCTTCCAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGCATAGCCTTT-TCTTCA
65 AGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-GACTTTCGCTTCA
* ** ** * * * * * * *
140205 TGTTTCTTGACACAAACATCAAACTATGATCT-TTGTAACCGAAAATGAAAAAAAAATCAATTTA
129 CGTTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTA
** * * * * * * * * *
140269 AAATCATTTATAA-AGCCATAAAAGCACTAAAAATGAGTAACAACGCTTTGGAAGGCATTAGTGA
194 AAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * * *
140333 CTATAAATAGACTTTTGC-TATCAATAGATGACTTTCGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATAACAA
258 CTATAAATAGACTTTT-CTTGTCAATGGATGACTTTC-ATTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAA
* *
140397 ATTATGATTTGTTTTAAAT-A
321 ATTATGATCTATTTT-AATCA
* * *
140417 AAAATTAAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAG
1 AAAA-TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAG
140472 CAAACAACTA
Statistics
Matches: 6024, Mismatches: 1433, Indels: 754
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 82 0.01
320 30 0.00
321 109 0.02
322 13 0.00
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331 17 0.00
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344 1 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAA
GGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGCTTCACG
TTTCTCAATGCAAACAACAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAA
ATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCATTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTAT
GATCTATTTTAATCA
Found at i:133279 original size:509 final size:510
Alignment explanation
Indices: 132305--140462 Score: 3247
Period size: 509 Copynumber: 16.1 Consensus size: 510
132295 ATTGAAAATA
* * * *
132305 AAAAAAATT-AATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACCACTTAAATTGAGTAACAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTT
* * * * * *
132368 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCTATGGATGACTTTCGCTTCAC-TTTCT
65 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCC
* ** * * *
132432 CAATGCGAAA-AAAAAATTATGATTTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAAATAT-AATTTAAAATTA
130 CAATAC-AAACATCAAATTATGATTT-TTTTAATAAAAAATAAAAAAAAT-TCAATTCAAAATCA
* * * ** ** ** *
132495 TTT-TTAAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAACAATTAGGCTTTCGAAGACATGAGTGACTATAA
192 TTTATAAAG-TTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * * ** ** ** ** * * * *
132559 ATAGACTTTTTTTGTCAATGGGT-GCCTCTCGTTTCATATTTCGCATTGCAAACGTCGAACTATA
256 ATGGACTTTCTTTATCAATGGATGGCCT-TCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAATATG
* * * *
132623 ATCTATTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTACT
320 ATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATT
* * ** * * *
132687 TAAAGCTAGTAACTAAACTTTTGAAGGCATAAGTG-ATCGTAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGA
385 TAAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAAT-ATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * ** *
132751 TGGCTTTCGCTACATGTTTCTTGATGCAAATAACAAATTATGATATGTTTTAACCAA-AATG
449 TGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAATG
* * * * *
132812 AAAAGTAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAGACCATTTAAACTGAGCAACTAGGCTT
1 AAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTT
* ** *
132877 TTGAAGGTGTGAGTGACTATAAATATACTTTCCTTGTCAATGGATTAC-TTT-CATTACACGTTT
65 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGC-TT-CACGTTT
*
132940 CCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATTAT
128 CCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAT
* ** *
133005 TTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTAACTATAAAT
193 TTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * *
133070 GGAGTTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTTACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAATATGATT
258 GGACTTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAATATGATC
* * * * *
133135 TTTTTTAA-CAAAAATGAAGAAAACTTTGATTTAAAATTATTTATAAGACTATAAAACCATTTAA
323 TATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATTTAA
* *** * *
133199 AGCGAGTAACTAGGCTTTCGTGGGTATGAGTGAATATAAACA-AACTTTTCTTGTCAATGGATGA
388 AGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* * * * * * *
133263 CTTTCACTTTATGTTTCCCAATGCAAAAAATAAATTATGATCTATTTTAACCAAGAATG
452 CTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAATG
*
133322 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTAAAA-GTAGGCAATTAGGCT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATG-A-GCAACTAGGCT
* * * * * * * *
133385 TTTGAAGGCATAAATGACTATAAAT-GAACTTTCCTAGTTAATGGATTACTTTTGCTTCGCATAT
64 TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTT
*** * * * *
133449 CTTGATACAAGCATCAAATTATGATCTTTTGAATTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
128 CCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * *
133514 TTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTCTAAA
192 TTTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* *** * * ** * ** *
133579 TGGACTTTC-TCATCAATGGACAACTTTCGCTTCAC-TTTCTCAATGTGAACA-ACAAATTATGA
257 TGGACTTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAA-TATGA
** * * * * *
133641 TCCGTTTTAACTAAAAATG-AGAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTT
321 TCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATTT
* * * * * * *
133705 AAAGTGAGCAACTAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATA-TACTTTTTTTGTCAATGGTT
386 AAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAATGGAT
* ** * * * * * * * *
133769 GCCTTTCGTTTCACATTTCCC-ATTGAAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAAG
450 GACTTTCACTTCACGTTTCCCGA-TGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAATG
* * * * * *
133830 AAAAAAAGTGAATTTAAAATCATTTATAATATCATAAAACCACTTAAAATTAGTAACTAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTTT
* * * ** * * *
133895 CGAAGGTATGAGTAACTATAAA-AGGACTTTTCTTACCAATGGATTGCTTTTGCTTCAAGTTCCC
66 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCC
* * ** * * * **
133959 CGACACAAACATTTAGTTAT--TTTTTTTAACTAAGAAAGA-AAAAAAAAATCATTTTGAAATCA
130 CAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAA-TAA-AAA-ATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * *
134021 TTTATAAAGTTATAAAGCC-TATATAAGTGAGTAACAAGGCTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATC
192 TTTATAAAGTTATAAAACCACATA-AAGTGAGTAACAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * *
134085 AATGGACTTTTCTTT-CCAATGGATGGCTTTCACTTCACCGTTCTCAA-TAAG--AACATCCAAT
255 AATGGAC-TTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCA-CGTT-T-AACAAAGCAAACATCCAAA
* * *
134146 TATG-TC--TTTTAACCAAAATTGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAAC
316 TATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAAC
* * * * **
134208 CATTTAAAGCTAGTAATTAAGCTTTCAAAAGCATGAGT-AACTATAAAAGGACTTTTTTTGTCCT
381 CATTTAAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAA-TATAAAAGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * *
134272 TGAATGACTTTTACCTCACGTTTCCCGATGTAAATATCAAATTATGATAT-TTTTAACCAACAAT
445 TGGATGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAAT
*
134336 T
510 G
** * * ** *
134337 AAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAA-AGTTATAGAACCACTTAAAGTGAGTGA-TAAAGCT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACT-AGGCT
* * * * * * * *
134400 TTCAAAGGCTTTAGTGACTATGAATTA-ACTTTTCTTATCAATTGATTACTTTCGCATT-ACGTT
64 TTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGC-TTCACGTT
* ** * * ** * * * * ** *
134463 TCCTAATGTAAACAGCCAATTATGATCTAGTTTAACTAGAAATTAAACAAATTTTGATTTAAAAT
127 TCCCAATACAAACATCAAATTATGAT-TTTTTTAA-TAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAAT
* ** * * *
134528 CATTTATAGTA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAATAACTA-GCTTTTTC-AAGGCATGAGTTACT
190 CATTTATA-AAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGC--TTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * ** * * *** * *
134590 ATAATTGGACTTTTTTTTTTGTCAATGAATGG-CTT-TTTTCCCATTTCTTAATGCAAACA-ACA
252 ATAAATGGAC---TTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCA
* * * *
134652 AATTATGATCAATTTTAACC---AA--AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTGTAAGATTATAA
314 AA-TATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAA
**** * ** * * *
134712 TTTTATTTAACGTAAGCT-ATTAGAG-TTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTT-TA
378 AACCATTTAAAGCGAG-TAACTA-AGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCT-
* * * * * * * * * *
134773 TGTTAATGGATTG-TTTTCGCTTCACTTTTCCTGATACAAACATCAAATTATTATCT-TTTTAAC
439 TGTCAATGGA-TGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAAC
*
134836 CAAAAAT-
503 CAACAATG
* * * * * ** *
134843 -AAAAAATTGAATTTTAAACCATTTATAA-AGTTATCAAATCACTTAAAACAAGTAA-TAAGGCG
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACT-AGGC-
* ** * * * * * *
134905 TAT-GAAGATATGAGTGAGTACAAATAGACTATT-CTTCTCAATAGATGACTTTTG-TTACATGT
63 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT-TTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTT-CACGT
* *** * * * * *
134967 TTTCCAATACACGTAACAAATTATGGCTTATTTTAAGAAAAAAT--AAAAAATTCAATTTAAAAT
126 TTCCCAATACAAACATCAAATTAT-GATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAAT
* * * * *
135030 CATTTAT-AAGATTATAAAACCA-TTGAAAGCGAGTAACTAA-GCTCTCGAATGCATGAGTGACA
190 CATTTATAAAG-TTATAAAACCACAT-AAAGTGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
135092 ATAAATGGA-TTT-TTTATGTCAATGGATTGCTTTCACTTCACTTTTCTAGATA-C-AACAT-CA
252 ATAAATGGACTTTCTTTA--TCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTT-AACAAAGCAAACATCCA
* * * * *
135152 AATTATGATC--TTTTAACCAAAACTAAAAAAAAATTTAATTTAAAATTATTTATAA-AGTTTTA
314 AA-TATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-CTATA
* * * * * ** * * *
135214 AAATCACTTAAAGCAAGAAAC-AATACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCTT
377 AAACCATTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGACT-TTTCTT
* * ** * * * * * * *
135277 GCCAATGGATGTCTTT-TGTTAAACATTTCTC-ATTGTAAATATCCAATTATGATCTATTTTAAC
440 GTCAATGGATGACTTTCACTT-CACGTTTCCCGA-TGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAAC
135340 CAGA-AATG
503 CA-ACAATG
* * * * * * * ** *
135348 TAAAAAAATTTAATCTAAAATCAGTTATAAAATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAACTAGGCTT
1 -AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTT
* * ** * * * ** ** ** *
135413 TCAAAGGCATGCGCCACTTTAAATGGACTTTTCTCATCAATGGATGGC-TTTGCTTCATATTTCT
65 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * ** * * * *
135477 CGATACAAATAACAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAAA-GGAAACAATTCAGTTTATAATCAT
130 CAATACAAACATCAAATTATGATTT-TTTTAA-TAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAT
* * * * * * * * * * *
135541 TTAT-AAGATTATGAATCTATTCA-AAA-TGGGCAACTAGGTTTTCAAAAGTATGAGTGACAATA
193 TTATAAAG-TTATAAAACCA--CATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * ** * * *
135603 AATAGACGTTTC-TTATAAATTGATTGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAATA-CAGACAT-CAAAT
255 AATGGAC-TTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAAC-AA-AGCAAACATCCAAA-
* ** ** * * * *
135664 TATGATC--TTATAACTGAAAATGAAAAAAAATTCGATTCAAAATCACTTATAAAATTATAAAAC
316 TATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAAC
** * * ** * *
135727 TGTTTAAAGTGAATAA-TAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAA
381 CATTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * * * * *
135791 CGGATTACTCTCACTACACGTTTCCC-TTACAACAT--CAAATCAAGA-ACT-TTTTAACCAAAA
445 TGGATGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAA-ATAACAAATTATGATA-TATTTTAACCAACA
135851 ATG
508 ATG
* ** ** * *
135854 AAATAAAATTTAAATTT-AAATCATTTATAACG-TTATAAAACTGCTTAAAGCGTGTAA-TAAGG
1 AAA-AAAA-TTCAATTTAAAATCATTTATAA-GATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACT-AGG
* * * * * * * * * *
135916 CCTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATGAATAGATT-GTTTTCACTTCATGT
62 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTT-GCTTCACGT
* * ** * * * * * * *
135980 CTCACAATGTAAACATCCAATTATGATATGTTT--T---AACT-----AGA---AA-TGAAAAGC
126 TTCCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATC
* ** * * * * *
136031 A-TT-TCAA-TT-TAAAACCATTTAAAGCGAATAACTAGGCTTTCGAAGGCATAAATGACTATAA
191 ATTTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * ** * ** * * *
136092 ATGGA-TTTTTCTTGTCAATGGAT-TCCTTTTGCTTTACAATT-CCAATGCAAACATCCAATTAT
256 ATGGACTTTCT-TTATCAATGGATGGCC-TTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAATAT
** * * ** * *
136154 GATCTATTTTAATTACAACT-AAAAAATTTTTTGATTTAAAATCAGTTT-TAAGACTATAAAAGC
319 GATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AATTTAATTTAAAATCA-TTTATAAGACTATAAAACC
* * * * * *
136217 ATTTAGAGCAAGTAACTAAGCTTTCGAAGGTATAAGTGAATATAAATA-GACATTTCTTGTCAAT
382 ATTTAAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAAT
* ** * * * *** * * *
136281 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAATAATGTATTATGATCTGTTTTAATCGAAACTG
446 GGATGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAA-C-CAAC--
*
136346 AA-A
507 AATG
* * * *
136349 AAAAAAATTTAATTCAAAATCA-TTATAAGATTATAAAACCA-TTGAAA-GCAAGCAATTAGGCT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATG--AGCAACTAGGCT
* * * * * * * * *
136411 TTCAAAGGGAAGAGTGACTATAAATGGGCTTT-ATTGGTCAATAGATTGCTTTTGCTTCACATTT
64 TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTT-GTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTT
* * * * * *
136475 CCCTATACAATCATCAAATTATGATCTTTTCAATAGAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
128 CCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * * * * * * *
136540 TTTAT-AAGATTATAAAACCA-TTAAAAATGAGCAACTAGGCTTTCAAAGGGATGACTGACTGTA
192 TTTATAAAG-TTATAAAACCACAT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * * * * * * ** * *
136603 AACGAACTTTTTTTGTCATTTGATGGCTTTCGCTTTATGTTTCCCAATGTAAACAT-CAAATTAT
255 AATGGACTTTCTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAA-TAT
* * * * * * *
136667 GTTCT-TTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATGTAATTCAAAATCTTTTATAA-AGTTATAAAATCG
319 GATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-CTATAAAACCA
* *** * * * *
136729 CTTAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTTTTGAGAGAATGAGTGGCA-ATAAATGGACTTTTCTTATCAA
383 TTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAG-GCATGAGT-GAATATAAAAGGACTTTTCTTGTCAA
** * * * * ** *
136792 TGGAT-AGCTCTT-GTTTCATGTTTTCC-ATTGCAAA-AATATAATTAGGATCCATTTTAACTAG
445 TGGATGA-CT-TTCACTTCACGTTTCCCGA-TGCAAATAACA-AATTATGATATATTTTAACCA-
136853 A-AATG
505 ACAATG
* * * * * * *** * * *
136858 AAAAAAAATTCAATTTCAAATC-GTTAGTAAGTTTATAAAGCTATTTAAAGCAAGTAATTAGTCT
1 -AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-TAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCT
* * * * *
136922 GTT-GAAGACATGAGTGACTACAAATGGA--TT-CTTCGTCAATAGATTATTTTTGCTTCACGTT
64 -TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTT-GTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTT
* * * * * *
136983 TGCCAATAGAAACATCAAATTATGATCTTTTTAAT-CAAATTGAAAAACAATTCAATTCAAAATC
127 TCCCAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTCAAAATC
* * * * ** * * *
137047 ATTTATAAAGTTATAAAACTACTTAAAGTGAGTAACATGTCTAACGAAGGCATGAATGAGTACAA
191 ATTTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
** * ** ** * * * **
137112 ACAGACTTTTCTTGT-T-AATGGAGGGTTTTTGCTTTATGTTTACCATTGCAAACAT-CAAATTA
256 ATGGAC-TTTCTT-TATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAA-TA
* * * * * *
137174 TGATCAATTTTAACCAATAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
318 TGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCA
* * * * * * * * **
137239 TTTAAAGCAAGTAAC-AAGGCTTTCGATGACATGAATGAGTATAAACA-TA-TTTTTTTGTCTTT
383 TTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAAT
* * ** ** * * * * * * ****
137301 GCATGGCTTTCACTTCATATTTCCTAATGAAAACATCCAATTATGATATACTGTAACTTGGAATG
446 GGATGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAATG
* * * * * * *** * *
137366 AAAAAAAAAATT-GATTTAAAATCATTGATAAGATTCTTAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC
1 ---AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGC
* ** * * * ** * * *
137430 TTTCAAATACATGAGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTTACATTT
63 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTT
*** * * * * ** ** * ** * *
137495 CTTGATGCAAATATCCAATTATGATTGATTTTAACCAAAAA-AAAATGATTTTGATTTAAATTCA
128 CCCAATACAAACATCAAATTATGATT-TTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * * * *
137559 TTTAT-AAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTGACAAGGCATTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
192 TTTATAAAG-TTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
** * * * ** * *** * * ** *
137623 ATAAACTTT-TCTTCTCAATGGATGACTTTTGCTACACGTTTCTTGATA-TAAACATTTAAAAAT
256 ATGGACTTTCT-TTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTT-AACAAAGCAAACATCCAAATAT
* * * * * * *
137686 GATCGATTTTAACCAAAAAT-AAAAAATATTTTGATTTAAAA-CTATTTATAAAATTAAAAAACT
319 GATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AATTTAATTTAAAATC-ATTTATAAGACTATAAAACC
* * ** * * * * * *
137749 ATTTAAAGCAATTAAC-AATATTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTATCAAT
382 ATTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGACTTTTCTTGTCAAT
* * * * * * * * * * *
137812 GGATGGCTTTCACTTCACATCTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACTAACAATG
446 GGATGACTTTCACTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATATATTTTAACCAACAATG
** * * * * * * * * * * * *
137877 AAAAACTTTCTATTTACAATGATTTATAAAATTGTTAAATCAGTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTTT
* * * * * * * * * **** * * *
137942 TGAAAGCGTAAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTATAAATGGATGGGATTCGCTTCATGTTTCAC
66 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCCC
* ** ** * * * *
138007 AA-AGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCAAAAACAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATT
131 AATA-CAAACATCAAATTATGAT-TTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATT
* * * * ** * * *
138071 TAT-AAGATTATTAAATCACTTAAA-TCGAGGAGTAAGGATTTTGAAGGCATGAGTTACTATAAA
194 TATAAAG-TTATAAAACCACATAAAGT-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* *** * * ** * * * *
138134 TGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGATATTC-GTTCACATTTTTCAATGTAAACATCTAATTATGA
257 TGGACTTTCT-TTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAAATATGA
* * * * * * * *
138197 T-TGATTTTAATCAAAAATCAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATT
321 TCT-ATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATT
** * * * * * * *
138261 TAAAGTAAGT-AGTAAGACTTTTAATGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGA
385 TAAAGCGAGTAACTAAG-CTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
138325 TGGTA-TCTT-A-TTCACATTTCCAGATGCACACAT-TC-AATTATGGT-TGATTTTAACTAA-A
449 T-G-ACT-TTCACTTCACGTTTCCCGATGCA-A-ATAACAAATTATGATAT-ATTTTAACCAACA
*
138383 AAG
508 ATG
** * * * *
138386 AAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGC
1 AAAAAA-A-TTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACT-AGGC
* * ** * * * **
138450 TTTC-AATGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCG-TTTATATT
63 TTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTT
* ** ** ** * ** *
138513 TTCCAATGTAAACATTC-AATTATGATTGATTTAATCAAAAACCAAAAAGAATTTGATTTAAAAT
127 TCCCAATACAAACA-TCAAATTATGATTTTTTTAAT-AAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAAT
** ** * * * * * *
138577 CATTTA-CGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGCAAGGCTTTC-AATAGCATAAATTACTA
190 CATTTATAAAG-TTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTA
* * *** * * * * **
138640 TAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCATTTTTTTCACATTT-CCAAATGAAAACATTCAGT
253 TAAATGGACTTTCT-TTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAA-GCAAACATCCAAA
* * * * * *
138703 TATGAT-TGATTTTAACCAAAAAGGAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAA
316 TATGATCT-ATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAA
* * * * * * * *
138767 TCGTTTAGAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGACTATAAATA-GAATTTTCTTGTC
380 CCATTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * * * * *
138830 AATGGATGGC-ATCTACTTTATGTTTCCTGATACAAACATGC-AATTATTAT-TGATTTTAATCA
443 AATGGATGACTTTC-ACTTCACGTTTCCCGATGCAAATA-ACAAATTATGATAT-ATTTTAACCA
*
138892 AAAATG
505 ACAATG
* ** * * * * * * *
138898 AAAAAGATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAACAACAATGCTT
1 AAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTT
* * * * * * * **
138963 TCAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTAAC
65 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * * * *
139028 CGATACAAATATCAAATTATGATCTTTTTAA-AGAAAATAAAAAAAA-TCAATTTAAAATTATTT
130 CAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTT
* * * * * *
139091 ATAAAGCTT-TAAAACCACTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATA
195 ATAAAG-TTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * **** * *
139155 GACTTT-TCTTGTCAATGGATAGCTTTCACTTCACGTTTTTTGATG-TAACATCCAAGA-ATGAT
259 GACTTTCT-TTATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTAACAAAGCAAACATCCAA-ATATGAT
* * * *
139217 ATGTTTTAACCAAAAATG--AAAAAATTATGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTT
322 CTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATT-TAATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATTT
** * * * * *
139280 AAAGTAATTAACTAGGCTTTCAAGGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTGTCTTGTCAATGGAT
386 AAAGCGAGTAACTAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAATGGAT
* * * * * * * * * *
139344 -AGCTTT-AGCTTTATGTTTCTCAATGCAAACAATAAATTATGCTCTGA-TTTAACTAAAAAT-
450 GA-CTTTCA-CTTCACGTTTCCCGATGCAAATAACAAATTATGATAT-ATTTTAACCAACAATG
* * * * * *
139404 AAAAAAATTCAATTTATAATCATTTATAAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGCAACTAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAATGAGCAACTAGGCTTT
* * * * * * * *
139469 CGAAGGCATGAATGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATT-TTTTTACTTCACATTTCTC
66 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTC-C
** * * * * * * *
139533 C-ATATTAACATTAAATTATTATCTTTTTAACCAAAACTGAA-AAAAAAAATT-AGTTTAAATTC
130 CAATACAAACATCAAATTATGATTTTTTTAA-TAAAA---AATAAAAAAAATTCAATTCAAAATC
* * * * ** *
139595 ATTTATATAGTTATAAAACCACTTAAAGTAAGTAACTAGGCTTTTAAAGGC-TCAAGTGACTATA
191 ATTTATAAAGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATA
* * * ** * *
139659 AATGGACTTTTCATGT-T-AATGGATGG-CTTCCGCTTCACGTTT-CCTACTGTC-AACGT-TAA
255 AATGGAC-TTTC-TTTATCAATGGATGGCCTT-CACTTCACGTTTAAC-AAAG-CAAACATCCAA
* * * * *
139718 ATTATTATCTGTTTTAACCAAAAGT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATACAG-TTATAA
315 A-TATGATCTATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATA-AGACTATAA
* * * * * * * *
139781 AATCACTTAAAACGAGGAAC-AATTCTTTCGAAGACATGAGTGATTATAAATA-GACTTTTCTTG
378 AACCATTTAAAGCGAGTAACTAA-GCTTTCAAAGGCATGAGTGAATATAAA-AGGACTTTTCTTG
* * * * * * ** *
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** * * * **
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* * * * * *
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**** * * * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * *
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66 TAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAATAA-GC-TA
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** * * *
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** * * * * *
137128 AATGGAGGGTTTTTGCTTTA-TGTTTACC--ATTGCAAACATCAAATTATGATCAATTTTAACCA
1 AATGGATTGTTTTCGCTTCACT-TTT-CCTGA-TACAAACATCAAATTATTATC-TTTTTAACCA
* ** * * *
137190 ATAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC
62 AAAAT-AAAAA-A-TTCAATTTAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * *
137254 AAGGCTTTCG-ATGACATGAATGAGTATAAACATA-TTTTTTTGTC
123 AA-GCTAT-GAAGGA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTATGTC
** * * * * * * * * * *
137298 TTTGCATGGCTTTCACTTCA-TATTTCCTAATGA-AAACATCCAATTATGATATACTGTAACTTG
1 AATGGATTGTTTTCGCTTCACT-TTTCCTGAT-ACAAACATCAAATTATTATCT-TTTTAAC---
* * * * * * *
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60 CAA--AAATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAAT-CACTTAAAGCAAGTA
* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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1 AATGGATTGTTTTCGCTTCACTTTTCCTGATACAAACATCAAATTATTATCT--TTTTAACCAAA
* ** * * ** * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
137701 AAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAA-CTATTTATAAAATTA-AAAAACTATTTAAAGCAATTAA
62 AAAAT-AAAAA-A-TTCAATTTAAAATC-ATTTATAAAGTTATAAAATC-ACTTAAAGCAAGTAA
* ** * ** * * *
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122 TAA-GCTAT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTATGTC
* * * * * * * * * * * *
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1 AATGGATTGTTTTCGCTTCACTTTTCCTGATA-CAAACATCAAATTATTATCT-TTTTAACCAAA
* * * * * * * * ** *
137873 AATGAAAAACTTTCTATTTACAATGATTTATAAAATTGTTAAATCAGTTAAAGTGAGTAACAAAG
64 AAT-AAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAA-TAAG
* * ** * * * * *
137938 CTTTTGAAAGCGTAAGTGACAATAAATGGACTTTTCT-TATA
126 C-TATGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* ** * * * *
137979 AATGGATGGGATTCGCTTCA-TGTTTCAC--AAAGCAAACATCCAATTATGATCAATTTTAACCA
1 AATGGATTGTTTTCGCTTCACT-TTTC-CTGATA-CAAACATCAAATTATTATC-TTTTTAACCA
* * * * * *
138041 AAAACAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATTAAATCACTTAAATCGAGGAGTA
62 AAAATAAAAA-A-TTCAATTTAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
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124 A-G-CTATGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* * * ** * * *
138149 AATGGA-TGATATTCG-TTCACATTTTTC-AATGTAAACATCTAATTATGAT-TGATTTTAATCA
1 AATGGATTG-TTTTCGCTTCAC-TTTTCCTGATACAAACATCAAATTATTATCT--TTTTAACCA
** * * * *
138210 AAAATCAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTAT-GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAG
62 AAAAT-AAAAA-A-TTCAATTTAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAATC-ACTTAAAGCAAGTAA
* * * * *
138273 TAAGACTTTTAATGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATC
122 TAAG-CTATGAA-GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* * * * * * * ** *
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1 AATGGATTGT-T-TTCGCTTCACTTTTCCTGATACAAACA-TCAAATTAT--TATCTTTTTAACC
* ** * * * **
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* * * *
138444 TAAGGCTTTCAATGGCATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCT-TGTC
122 TAA-GCTATGAA-GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* ** * * * ** * * *
138490 AATGGATGGCATTCG-TTTATATTTTCC-AATGTAAACATTC-AATTATGAT-TGATTTAATCAA
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* ** ** * * * **
138551 AAACCAAAAAGAATTTGATTTAAAATCATTTA-CGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGCA
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* * * * * * * *
138615 AGGCTTTCAATAGCATAAATTACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
124 A-GCTATGAA-GGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* * * ** * *
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* ** * ** * **
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* * * *
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*** * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * ***
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* * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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63 AA--ATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAATAA-
* * * *
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125 GCTAT-GAAGGA-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTC
* * * * * * * *
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* * * * * *
139909 AATGAGAAATATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGGTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAG
64 AAT-A-AAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTATAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCAAGTAA-TA-
* * * * * * ** *
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** * ** * * * * * *
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* * * *
140079 AATAAAAAAAATTCATTTTGAAATCATTTAT-AAGATTATAAAAT-AATCTAAAGCAAGCAACTA
64 AAT--AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAATCACT-TAAAGCAAGTAA-TA
* * * * * *
140142 CGCT-TCCAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTCCT-TGTC
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* * * * * * *
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* * ** * * *** *
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* * * ** *
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125 -GCTAT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTATGTC
* * * * * * * * * **
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*
140418 AAATTAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAA
63 AAA-T-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAA
140452 GACTATAAAA
Statistics
Matches: 6060, Mismatches: 1396, Indels: 1178
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Matches are distributed among these distances:
147 1 0.00
149 7 0.00
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160 1 0.00
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Alignment explanation
Indices: 136040--140471 Score: 2011
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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** ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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** ** * * * * *
136721 TAAAA-TCGCTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTTG-AGAGAATGAGTGGCAATAAATGGACTTTT
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* * ** ** * ** * ** * ***
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* * * ** * * *
136848 ACTAGAAATGAAAAAA-AATTCAATTTCAAATC-GTTAGTAAGTTTA
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* * ** * * * *
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* *** ** * * * *
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* * * * * ** *
137017 TC-AAATTGAAAAACAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTA
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * ** * ** * ***
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* * *
137190 ATAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * ** * **
137295 GTCTTTGCATGGCTTTCACTTCATATTTCCTAATGAAAACATCCAATTATGATATACTGTAACTT
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** * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * *** * *
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* *
137531 -AAAA-AAAAATGATTTTGATTTAAATTCATTTATAAGATTA
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* * * * * * * *
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* * ** * * ** * * ** ** *
137636 CTCAATGGATGACTTTTGCTACACGTTTCTTGATA-TAAACATTTAAAAATGA-TCGATTTTAAC
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* *
137699 CAAAAATAAAAAATATTTTGATTTAAAA-CTATTTATAAAATTA
129 CAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATC-ATTTATAAGATTA
* * * *** * * *
137742 AAAAACTATTTAAAGCAATTAACAATATTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
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* * *
137806 ATCAATGGATGGCTTTCACTTCACATCTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACTA
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* * * * * * *
137871 ACAATGAAAAA-CTTTCT-ATTTACAATGATTTATAAAATTG
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* * * * * * * * * *
137911 TTAAA-TCAGTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAAAGCGTAAGTGACAATAAATGGACTTTTCT
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* * ** * ** * ***
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* **
138040 AAAAA-CAAAAAGATTTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTA
130 AAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * *
138206 ATCAAAAATCAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATGAGATTA
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** * * *
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* * * *
138376 AACTAAAAAGAAAAAATATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTA
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* * * *
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* * * * * * * * * *
138486 TGTCAATGGATGGCATTC-GTTTATATTTTCCAATGTAAACATTCAATTATGA-TTGATTTAATC
65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACC
** * **
138549 AAAAACCAAAAAGAATTTGATTTAAAATCATTTACGAGATTA
130 AAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * *
138591 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAGCAAGGCTTTC-AATAGCATAAATTACTATAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * *
138655 TGTCAATGGATGGCATTT-TTTTCACATTT-CCAAATGAAAACATTCAGTTATGA-TTGATTTTA
65 TGTCAATGGATGGC-TTTCACTTCACATTTCCCAAA-GCAAACATCCAATTATGATTTG-TTTTA
** * *
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* * * * * *
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1 TAAAACT-ATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * * *
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65 TGTCAATGGATGGCTTTC-ACTTCACATTTCC-CAAAGCAAACATCCAATTATGATTTG-TTTTA
* * *
138888 ATCAAAAATGAAAAAGATTTTGATTTGAAATCATTTATAAGATTA
127 ACCAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * *
138933 TAAAACTATTTAAAGTGAA-CAACAATGCTTTCAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACTATTTAAAGT-AAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * ** * * * * * * *
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65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATT-TCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAAC
* ** * *
139059 -AGAAAATAAAAAA-A-ATCAATTTAAAATTATTTATAAAGCTT-
129 CA-AAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTAT-AAGATTA
* * * * * * *
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1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * **** * * ** *
139165 GTCAATGGATAGCTTTCACTTCACGTTTTTTGATG-TAACATCCAAGAATGATATGTTTTAACCA
66 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCA
* *
139229 AAAATGAAAAA-ATTATGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
131 AAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * *
139269 TAAAACCATTTAAAGTAATTAACTAGGCTTTC-AAGGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTGTCT
1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * * * * *
139333 TGTCAATGGATAGCTTT-AGCTTTATGTTTCTCAATGCAAACAAT-AAATTATGCTCTGATTTAA
65 TGTCAATGGATGGCTTTCA-CTTCACATTTCCCAAAGCAAAC-ATCCAATTATGATTTGTTTTAA
* ** * *
139396 CTAAAAATAAAAAA-A-TTCAATTTATAATCATTTATAAAATTA
128 CCAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
*** * * * *
139438 TAAAACTATTTAAAACGAGCAACTAA-GCTTTCGAAGGCATGAATGACTGTAAATGGACTTTTCT
1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** * * ** ** * *
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65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTC-CCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAAC
* * ** *
139564 CAAAACTGAAAAAAAAAATT-AGTTTAAATTCATTTATATAG-TTA
129 CAAAAAT-AAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATCATTTATA-AGATTA
* * * ** * * *
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1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * ** * ** * *
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65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAG-CAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAAC
* * **
139736 CAAAAGTAAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATACAG-TTA
129 CAAAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATA-AGATTA
* *** * ** * *
139778 TAAAA-TCACTTAAAACGAGGAACAATTCTTTCGAAGACATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACT-ATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * *** *
139842 TGTTAATGGATGGCTTTC-GTTCACATTTCTCTATGCAAAAATCAAATTATGATCCATTTTGACC
65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACC
* * * ** * *
139906 AAAAATGAGAAATA-TTCAATTTTAAAATCATTTATAAGGTTG
130 AAAAATAAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTA
* ** * * * * * **
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1 TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * * * ** ** * * *
140012 TTCAATAAATGGTTTTAACTTTACGTTTCCTGATTCAAACAAT-AAATTATGATATGTTTTAACT
66 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAAC-ATCCAATTATGATTTGTTTTAACC
* * *
140076 AAAAATAAAAAA-A-ATTCATTTTGAAATCATTTATAAGATTA
130 AAAAATAAAAAAGATTTTGA-TTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * * * * *
140117 TAAAA-TAATCTAAAGCAAGCAACTACGCTTCCAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACTTTCCT
1 TAAAACT-ATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * ** ** * * * * *
140181 TGTCAATGCATAGCCTTT-TCTTCATGTTTCTTGACA-CAAACATCAAACTATGATCT-TTGTAA
65 TGTCAATGGAT-GGCTTTCACTTCACATTTC-CCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAA
* ** ** **
140243 CCGAAAATGAAAAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTATAA-AGCCA
128 CCAAAAAT-AAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TTA
* * * * * * *
140287 TAAAAGC-ACTAAAAATGAGTAACAACGCTTTGGAAGGCATTAGTGACTATAAATAGACTTTTGC
1 TAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-C
* * * * ** * * * * * * *
140351 -TATCAATAGATGACTTTCGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATAACAAATTATGATTTGTTTTAAA
64 TTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAAC
* * ** *
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129 CAAAAA-TAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
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1 TAAAACTATTTAAAG
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TAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACATCCAATTATGATTTGTTTTAACCA
AAAATAAAAAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
Found at i:140649 original size:312 final size:311
Alignment explanation
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Period size: 312 Copynumber: 1.8 Consensus size: 311
140206 GTTTCTTGAC
* * * *
140216 ACAAACATCAAACTATGATCTTTGTAACCGAAAATGAAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATA
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* * ** * *
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140346 TTTGC-TATCAATAGA-TGACTTTCGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATAACAAATTATGATTTGT
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* *
140409 TTTAAATAAAAATTAAAAAAAA-TCAATTTA-AAATCATTTATAAGACTATAAAACTATT-TAAA
194 TTTAAATAAAAA-CAAAAAAAATTCAATTTATAAATCATTTATAAGAATATAAAACT-TTGTAAA
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* * *
140526 ACAAACATCAAATTATAATATTTTTACCCAAAAATGAAAAAAAAATTTCAATTCAAAATCATTTA
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** * * ** * *
140591 -AATAGTTATAAAATCGCTTTAAGCGAGTAACAA-GACTCTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATT
64 TAA-AGCCATAAAAGCACTAAAAACGAGTAACAACG-CTCTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATA
* * * * ** * *
140654 GACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCCCATTTCCTGGTACAAACATCCAATTATGATAT
127 GACTTTTCTTATCAATAGATTGCTTTCGCTTCACATTTCCTAATACAAACAACAAATTATGATAT
* *
140719 GTTTTAACTAGAAACAAAAAAAATTCAATTTATAAATCATTTATAAGAATATAAAACTTTGTAAA
192 GTTTTAAATAAAAACAAAAAAAATTCAATTTATAAATCATTTATAAGAATATAAAACTTTGTAAA
140784 G
257 G
140785 TAAGTAACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (311 bp):
ACAAACATCAAACTATAATATTTGTAACCAAAAATGAAAAAAAAATCAATTCAAAATCATTTATA
AAGCCATAAAAGCACTAAAAACGAGTAACAACGCTCTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATAGACT
TTTCTTATCAATAGATTGCTTTCGCTTCACATTTCCTAATACAAACAACAAATTATGATATGTTT
TAAATAAAAACAAAAAAAATTCAATTTATAAATCATTTATAAGAATATAAAACTTTGTAAAGCAA
ACAACTAGGCTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCTACACTTTTCCTAAT
Found at i:155367 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 154757--161593 Score: 3684
Period size: 170 Copynumber: 40.5 Consensus size: 168
154747 CATGTTACAT
* * * * *
154757 TGTTTTAACGAAAATAAAAAAAA-TCAATTAAAAATTATTTATAAGATTATAATACCATTTAAAG
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * ** *** *
155051 TGGATGGCTTTCGCTTCACGTTTCCTAATGCAAACATTGAATTCCAATA
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* * * ** * * *
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1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
* *
155165 GCGAGTAACTAGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
* * * * *
155230 TTTGCTTCATGTTTTCTGATGCAAACAAT-AAATTCTGATA
129 TTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATC
* * * * * *
155270 TGTTTTAAGAAGAATAAAAAAAATTCAGTTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAATAATTAAAAG
1 TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * * * *
155335 TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTCCTTATTAGTGGATTG-CT
66 TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGA-TGACT
** * * * * *
155399 TTTACTTCTTGTTT-CTCGATACATACATCAAGTTATGATC
129 TTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
155439 -CTTTTAACCAAAAGT-AAAAATATT-AATTTAAAATCATTTATAA-ATTTATAAAACCACTTAA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTAA
** *** * * * * *
155500 AGTGAGTAAGAAAATTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCTATGGATGAC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
* * *
155565 TTTTGCTTCATGTTT-CTCAATGC-AACTATCCAATTATGATT
128 TTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAAC-ATCAAATTATGATC
* ** *
155606 TGTTTTAA-ACAGAAT-AAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TGTTTTAACA-AAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * * * * *
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65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-CTTT-TCTTGTCAATGGATGAC
** * * * *
155733 TTTTACTTCAGGTTTCCTGATGCAAACAACAAATTATGATA
128 TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
155774 TGTTTTAATCAAAACTGAAAAAAATTTCAATTAAAAATCATTTATAAGATTGTAAAATCATTTAT
1 TGTTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * *
155839 AGT-AGGCAACTAAGCTTTTGAAGGCATTAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATTG
64 AGTGA-GTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGA-TG
* * *
155903 -CTTTCGCTATACA--TTTCCCAATAG-AAACGTCAAATTATGACC
126 ACTTTCGCT-T-CATGTTTCCTAAT-GCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * *
155945 T-TTTTAAACAAAAATGAAAAACAATTGAATTCAAAATTATATATAA-AGTTATAAAATCACTTA
1 TGTTTT-AACAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTA
* * * * * * * *
156008 AAGTGAGTAACAAGGCTTACAAAGACATAACTAACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATAGATTG
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGTCAATGGA-TG
* * * * * *
156073 -CTTTTGCTTAACAT-TTTTC-GATGCAAACTTCCAATTACGATC
126 ACTTTCGCTT--CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * * *
156115 TATATTAACTAGAAATGAAAAAAAAAT-GATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAATTATTTAA
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * *
156179 AGTAAGTAACTAAGCCTTCGAAGGCATAAGTAAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
* * ** *
156244 TTTCGCTTCATATTTCCCAATGCAAACAAAAAAGTATGATC
128 TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * *
156285 --TATTAATCGAAAATGAAAAAAATTGAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAA-CTATTGAA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTAA
** * * * * * * *
156347 AGCAAGCAACTAGGCTTTTGAGGGAATCAATGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATTG-
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGA-TGA
* * ** * *
156411 CTTTCGCTTCATGTCTCCCAATATAAACATCCAATCATGATC
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * **
156453 T-TCTTGACCAAAAATAAAAAAAAATCAACTTTAAAA-CATTTATAA-AGTTATAAAATCACATA
1 TGT-TTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTA
* * * * * * * *
156515 CACT-AGGTGACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTTGTTATCAATGGATG
63 AAGTGA-GTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
156579 GCTTTTAG-TTAACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATA
126 AC-TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * ** *
156622 TGTTTTAACCAGAAATGAATAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGAATATAAAA-CTATTTA
1 TGTTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTA
* * * * * * * *
156686 AAGTGAGTAATTAGCCTTT-GAAAGGCATAAGTGAATACAAACGAACTTTTCTTCTCAATGGTTG
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* ** * *
156750 GCTTTCGCTTCACATCT-CTCAATG-ACAACAACAAA-T-T-A--
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCA-AACATCAAATTATGATC
* * *
156788 --TTTTAATCAAAAATAAAAGAAAATTTAA-TTAAATATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAA-AAAATTCAATTTAAA-ATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTA
** * * * * *
156850 AAGCAAGCAAATAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTATCAATTGATT
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGA-T
* * * * * * * *
156913 G-GTTTTGCTTAATATTTCTTGATACAAACATCAAATTATTATC
125 GACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
*
156956 TTTTTTAACAAAAATAAAAAAAA-TCAA-TTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACTACA--TA
1 TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAA-T-CATTTA
* * * * *
157016 AAGTGAGTAACAAGGCTTTTGATGATC-TAAGTGACTATAAATGACCTTTTCTTGTCAATGGATA
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGA-CTTTTCTTGTCAATGGAT-
* ** ** *
157080 GA-TTTCGGTTCACATTT-CTCAATGCAAACATTGAATTTTGATC
125 GACTTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * *
157123 -GGTTTAACCAAAAATGAAAAAAATT-GATTTAAAAGCATTTATAAGACTATAAAACCATTTAAA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
* *
157186 GAGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
** * * * *
157251 TTTACTTCATATTTCTTGATGCAAACAACAAATTATGATC
129 TTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * ** * * **
157291 TGTTTTAAGAAGAATGAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTATTTATAAGATTACAAAA-CAATCAAA
1 TGTTTTAACAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTAA
* * ** * * * * * * *
157355 AGCGAGCAACTAAACTTTCAAACGCATGAGTGACTACAAATGCACTTTGCTTATCAATAGATTAC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
** * *
157420 TTTTTCTTACCAT-TTTCCAATATG--AACATCAAATCATGATC
128 TTTCGCTT--CATGTTTCCTA-ATGCAAACATCAAATTATGATC
* * *
157461 T-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATTAAG-TTATAGAACCATTTAA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA-TAAGATTATAAAATCATTTAA
** * * ********* * * *
157523 AGTGAGTAAGAAGGTTTTCAAAGGCATGAGTGANNNNNNNNNNACCTTTCTTGTCAATAGATGGC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
* * * * *
157588 TTTTGCTTCATGTTTCCTGATGCAAATATCCAATTATGATT
128 TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* ** **
157629 TGTTTTAA-ATAAA-AAAAAAGTTTTGA-TTAAAATCATTTATAAGATTATAACAA-CATTTAAA
1 TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA-AATCATTTAAA
* * * * * * ** * * *
157690 GTGAGCAACTAAGCTTTCGAAAGCATAAGTGAATCTAAATGGACTTGCCTTGTTAATGGTTGGCT
65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
* * * *
157755 TTCACTTCACGTTT-CTCAATGCAAACAACAAATTATGATA
129 TTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* *
157795 TGTTTTAAC---CA-AAAAAAAACT-AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTACAA
1 TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTA-AA
* * * * * * *
157855 -TGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGCATTAGTGAGTATAAATGACTTTTCTTTTCAATGGATTACTT
65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTT
* * ** *
157919 TCACTACACATTTCCCAATAG-AAACATCAAATTAT-ATC
130 TCGCTTCATGTTTCCTAAT-GCAAACATCAAATTATGATC
* ** * ** * *
157957 T-TTTTAAAAAAAAGTGAAAAGCAATTCAATTCAAAATCATAAATAA-AGTTATAAAACCACTTA
1 TGTTTTAACAAAAA-T-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTA
* * * * * * *
158020 AAATAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAACTAACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATTG
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGTCAATGGA-TG
* * * *
158085 -CTTTCGCTTTACGTTTCTTAATGCAAAC-TTACAATTATGATC
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCA-AATTATGATC
* * * * ** ** * * * * *
158127 TATATTAACTAGAATTCAAAAAACTTTTGATCTAAAATAATTTATAAGACTATAAAATTATTTGA
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
** * * * * * * * * * * *
158192 AGCAAGT-A--A-GCCTTCGAAAGTATTAATAAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
* * *
158253 TTTCACTTCATG-TTCCCAATGCAAACAAT-AAATTATGATT
128 TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATC
* * * *
158293 TATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTGAATCTAAAATCATATATAAGATTATAAAA-CTATTTA
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTA
** * * * *
158357 AAGCAAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATTA
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* *
158422 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATACAAACATCCAATTATGATC
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * ***
158464 T-TCTTTACCAAAAATGAGAAAAAAATTCAATCTCAAATCATTTA-AAAAGTTATAAAACCACAA
1 TGT-TTTAACAAAAAT-A-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTT
* *
158527 AAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGTACTTTTCCTATCAATGGAT
62 AAAGTGAGTAACT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGAT
*
158591 -AGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATC
125 GA-CTTTCGCTTCATG-TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * ** * * *
158635 TGTTTTAATTAAAAATGAACAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATTTAG
1 TGTTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
** * * *
158700 AG-GAAGTAGGTAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATGG
64 AGTG-AGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* ** * * * * *
158764 CTTTCACTTCACATTTCCTGATACAAAGATCAAAGTATGAGC
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
158806 T-TTTTAATTAAAAATGAAAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTATAA-AGTTATCAAATCACTT
1 TGTTTTAA-CAAAAAT--AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTT
* ** * * ** * *
158869 AAAGTGAGTGAGAAAGTTTTATAAGGCATGAGTGACTATAATTGAACCTTTCTTGTCAATGGATG
62 AAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
158934 GCTTTCTCTTCATGCTTCCCAATGCAAATATCTAATTATGATT
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * **
158977 TGTTTTAA-ATAGAAATAAAAAAATTTC-ACTTAAAATTATTTATTAGATTATAAAACCATTCGA
1 TGTTTTAACA-A-AAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * * *
159040 AGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGTCTTATTAATAGATGG
64 AGTGAGTAACT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* * *
159104 CTTTCGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAACAAATTATGATC
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
159146 TATTTT------AATAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTATAAGATTGTAAAACCATCTAAAG
1 TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG
* * ** * * ** * *
159204 TGA-TCAACTAAGCTTTTGAAGATATTAGAGAGAATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGTATTACT
66 TGAGT-AACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGACT
* * * *
159268 TTCACTACTTAG-TTCCCAATAG-AAACATCAAATTATGATC
129 TTCGCTTCAT-GTTTCCTAAT-GCAAACATCAAATTATGATC
** * * * * * * **
159308 T-TTAAAATAGAAATGAAAAACAATTCAATTCAAAATCATATATAA-AGTTATAAAACCACCTAA
1 TGTTTTAACAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTAA
** * ** * * * * *
159371 AGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAATCATAACTAACTATAAATTGACCTTTCTTGTCAATAGATTG-
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGA
* ** * * *
159435 CTTTGGCTTCACAT-TTTTTTAATGCAAACTTCCAATTACGATC
127 CTTTCGCTT--CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * ** * * *
159478 TATATTAACTAGAAATCAAAAAAATTTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTGTAAAATCATTTGA
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAA
** * * * * * * * * * * *
159543 AGCAAGTAACTAAGCCTTCAAAAGTATAAGTAAATATAGATAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGC
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
* *
159608 TTTCGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACAACAAATTATGATC
128 TTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
** ** * * *
159649 CATTGGAATCAAAAATGAAAAAAAAATT-AATTTAAAATTATTTATAAGATTGTAAGATCATTTA
1 TGTTTTAA-CAAAAAT--AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTA
** * * * * * * ** **
159713 AAGCAAGCAACTAGGCTTGCGATGGTATGAATGACTACAAATGGACTTTGATTGTCAATAAATTG
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGA-TG
* *** * * **
159778 -CTTTTGCTTCACACTTCCTAATACAAACTTTGAATTATGAT-
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
159819 T-TTTTAAGCAAAAATGAAAAGAATTCAATCTAAAATCTTTTATAA-AGTTTTAAAA-CTATTTA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATC-ATTTA
* * * * * * * * * *
159881 AAGTGAGAAACAAGGCTTTTGAAGGCATGACTTAATAGAAATAGACATTTCTTGTCAATAGATAA
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* * * * * * * * *
159946 CTTTCGTTTCATGTTTTCTATTGTAAATAGCCAATTATCATT
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * ** *
159988 TATTGTAACTAAAAATGAAAAAACAATTTGATTCAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * * *
160053 AGGCGTGTAACTATGCTTTTC-AAGGTATGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATAGAT-
63 AAGTGAGTAACTAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * *
160116 AGGTTTCACCTCACGTTTCCTATTGCAAACAGT-AAATTATAATC
126 A-CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACA-TCAAATTATGATC
* * * * *
160160 TATTTTAACCGAAAAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATTACTTATAA-AGTTATAAAACCCA-TTA
1 TGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAA-TCATTTA
** * * * * * * * * *
160222 AAGCAAGTATCAAGGCTTTCCATA-GCATGAATGACTATAAATAAACTTTTTTTGTTAGTTGATG
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATG
* *
160286 GCTTTCTCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * *
160329 TATTTTAACTAAAAATGAAACAAATTCAATTCTAAAATCATTTATAAGTTTCTAAAACCATTTAA
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* * * * ** *
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* * *
160454 TTTGGCTTCATGTTT-CTGAATGCAAACAACAAATTATGATA
128 TTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
** **
160495 TGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAAATT-AATTCGAAATCATTTATAAGAACATAAAA-CTATTT
1 TGTTTTAAC-AAAAAT--AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTT
** * * * * * * * *
160558 AAAGAAAATAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAACTAAATTTTCCTATCGATGGATT
62 AAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGTCAATGGA-T
* * * *
160623 GA-TTTCGCTTCACG-TTCCTAGTGCAAACA-CTAATTATGACC
125 GACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* ** * ** * * * *
160664 TATTTTAACTAGGAATGAAAAGTAGTTTGAATTTAAAATTATATATAAGACTATAAAA-CTATTT
1 TGTTTTAAC-AAAAAT-AAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTT
* * * * * * * * *
160728 TAAGCT-AGAAAGTAGGCGTTCAAAGGCATGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT
62 AAAG-TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGAT
* ** * * *
160792 GACTTTTGCTTCACATTTCTTAATGCAAATAACAAATTATGATC
125 GACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
160836 T-TTGTTAAATAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATTATTTTTAAGATTATAAAA-CTATTTA
1 TGTT-TT-AACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATC-ATTTA
* * * * * *
160899 AAGTGAGCAACTAGGCTTTCGAAAGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCATTGGATTA
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGA
* * * * * *
160964 CTTACACTTCATGTTTCCCAATACAAACATCAAAATATGATA
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
161006 T-TTTCTAATTAGAAATGAAAAAGAAATTC-ATTATGAAATCATTTATAA-AGTTATAAAATGAC
1 TGTTT-TAA-CAAAAAT-AAAAA-AAATTCAATT-TAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCAT
* * * *
161068 ATAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCATTGG
60 TTAAAGTGAGTAACT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * ** *
161132 ATGGCTTTCTCTTCACGATTCTTGATGGAAGGATCCAATTATGAT-
123 ATGACTTTCGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * ** * * *
161177 TGGTTTAACAAGAAATGAACAAAATTTTGATTTGAAATCATTTACAAGACTT-T-AAAGC-----
1 TGTTTTAACAA-AAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTA
* * * * * * * *
161235 AAGT---T-GCTTGGCTTTCCACA-GCATGAGAGATTATAAATAGACTTTTCTTATCGATGGATA
63 AAGTGAGTAACTAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * *
161295 ACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAATACAAACAT-ACAACTATGATA
126 ACTTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCA-AATTATGATC
* *
161338 TGTTTTTAACAAAAAT-AAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAGAA-AGTTATAAAACCATTTAA
1 TG-TTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAATCATTTAA
** * * ** * * * *
161400 AGCAAGCAACAACACTTTCAAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTGT-TTGTAAATGGATGG
64 AGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTT-TCTTGTCAATGGATGA
* * * * * *
161464 CTTTTGTTTCATGTTT-CTCAATACAAAGAACAAATTATGTTC
127 CTTTCGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * ** * * * *
161506 TGCTTCAACTGAAAATGAAAAAAATTTGATCTAAAATCGTTTATGAGATTATAAAATAATTTAAA
1 TGTTTTAAC-AAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAA
** ** *
161571 ACGACCAATTAGGCTTTCGAAGG
65 GTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGG
161594 AACTTTCTTG
Statistics
Matches: 5131, Mismatches: 1220, Indels: 634
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.00
158 18 0.00
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Consensus pattern (168 bp):
TGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTAAAG
TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTT
CGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
Found at i:155525 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 155102--159034 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 23.3 Consensus size: 168
155092 TTCCAATATG
* * * * * ** * *
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* * *** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
155335 TGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCA-CTTTCCTT-ATTAGTGGATTG-
63 TGAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTT-CTTGACTA-TGGA-TGA
* *
155397 CTTTTACTTCTTGTTTCTCGATACATAC-AT-CAAGTTATGA-TCC
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* *
155440 TTTTAACCAAAAGTAAAAATA-TTAATTTAAAATCATTTATAA-ATTTATAAAACCACTTAAAGT
1 TTTTAAACAAAA-TAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGT
* * * * * *
155503 GAGTAAGAAAATTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCTATGGATGACTTT
64 GAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGACTTT
* * **
155568 TGCTTCATGTTTCTCAATGCAACTATCCAATTATGATTTG
129 TACTTCATGTTTCTCAATACAACTATCCAATTATGATTCC
* * *
155608 TTTTAAACAGAATAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
1 TTTTAAACAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGA
* * ** * * * *
155673 ATAACTAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAAT--AGGTTTGTCTTGTCAATAGATGGCTTT
66 ATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCA-CCTT-TCTTGACTATGGATGACTTT
* * * * * *
155736 TACTTCAGGTTTC-CTGATGCAAAC-AACAAATTATGATAT-G
129 TACTTCATGTTTCTC-AATAC-AACTATCCAATTATGAT-TCC
* * * * * *
155776 TTTTAATCAAAACTGAAAAAAATTTCAATTAAAAATCATTTATAAGATTGTAAAATCATTTATAG
1 TTTTAAACAAAA-T-AAAAAAATTT-AATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAG
** * * * * * * * * ** *
155841 T-AGGCAACTAAGCTTTTGAAGGCATTAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATTG-C
63 TGA-ATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGA-TGAC
** * * * *
155904 TTTCGCTATACA--TTTCCCAATAGAAAC-GTCAAATTATGA--CC
126 TTTTACT-T-CATGTTTCTCAATA-CAACTATCCAATTATGATTCC
* * * * *
155945 TTTTTAAACAAAAATGAAAAACAATTGAATTCAAAATTATATATAA-AGTTATAAAATCACTTAA
1 -TTTTAAAC-AAAAT-AAAAA-AATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAA
* ** * ** * * * * * * *
156009 AGTGAGTAACAAGGC-TTACAAAGACATAACTAACTATAAATTG-ACTTTTCTTGTCAATAGATT
61 AGTGAATAACAAAACTTTA-GAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGCACCTTTCTTGACTATGGA-T
* * * *
156072 G-CTTTTGCTTAACAT-TTT-TCGATGCAAACT-TCCAATTACGA-T-C
123 GACTTTTACTT--CATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
** * * ** *
156115 TATATT-AACTAGAAATGAAAAAAAAATGATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAATTATTTAA
1 T-T-TTAAAC-A-AAAT-AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAA
* * * * * * * * * * *
156179 AGT-AAGTAACTAAGCCTTCGAAGGCATAAGTAAATATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATG
61 AGTGAA-TAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GCACCTTTCTTGACTATGGATG
** * * * *** *
156242 ACTTTCGCTTCATATTTCCCAATGCAAAC-AAAAAAGTATGA-T-C
124 ACTTTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * *
156285 TATTAATCGAAAATGAAAAAAATTGAATTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACTA-TTGAAAG
1 TTTTAAAC-AAAAT-AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTT-AAAG
* * * ** * * * * * * * *
156349 -CAAGCAACTAGGCTTTTGAGGGAATCAATGACTATAAATGAACTTTTCTT-ATCAATGGATTG-
63 TGAA-TAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGA-CTATGGA-TGA
** * * * *
156411 CTTTCGCTTCATGTCTCCCAATATAAAC-ATCCAATCATGA-T-C
125 CTTTTACTTCATGTTTCTCAATA-CAACTATCCAATTATGATTCC
* * * * * * *
156453 TTCTTGACCAAAAATAAAAAAAAATCAACTTTAAAA-CATTTATAA-AGTTATAAAATCACATAC
1 TT-TTAAAC-AAAAT-AAAAAAATTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAA
* * * ** * * * *
156516 ACT-AGGTGACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTTGTT-ATCAATGGATG
61 AGTGA-ATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGA-CTATGGATG
* * * * * * *
156579 GCTTTTAGTTAACGTTTCCCAATGCAAAC-ATCCAATTATGATAT-G
124 ACTTTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGAT-TCC
* * * * * * *
156624 TTTTAACCAGAAATGAATAAGATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGAATATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAAACA-AAAT-AA-AAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAG
* ** ** * * * * * * * ** * * *
156689 TGAGTAATTAGCCTTT-GAAAGGCATAAGTGAATACAAACGAACTTTTCTTCTCAATGGTTGGCT
63 TGAATAACAAAACTTTAG-AAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGACT
** ** * * *
156753 TTCGCTTCACATCTCTCAATGACAAC-A-AC-A--A--ATT-A
127 TTTACTTCATGTTTCTCAAT-ACAACTATCCAATTATGATTCC
* * *
156788 TTTTAATCAAAAATAAAAGAAAATTTAA-TTAAATATTATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAAAC-AAAAT-AAA-AAAATTTAATTTAAA-ATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAA
* * * * * *
156852 --GCA-AGCAAATAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATAG-A-CTTT-TTTATCAATTG
62 GTGAATAACAAA-A--CTTTAGAAGGTATGA-GTGACTATAAAT-GCACCTTTCTTGA-CTATGG
* * * * ** * * *
156910 ATTG-GTTTTGCTTAATATTTCTTGATACAAAC-ATCAAATTATTA-TCT
121 A-TGACTTTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * *
156957 TTTTTAACAAAAATAAAAAAAATCAA-TTAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAACTACATAAAGT
1 TTTTAAAC-AAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGT
* ** * * * * * * *
157020 GAGTAACAAGGCTTTTGATGATCTAAGTGACTATAAATG-ACCTTTTCTTGTCAATGGATAGA-T
64 GAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACC-TTTCTTGACTATGGAT-GACT
*** ** * ** * *
157083 TTCGGTTCACATTTCTCAATGCAAAC-ATTGAATTTTGA-TCG
127 TTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * * * *
157124 GTTTAACCAAAAATGAAAAAAA-TTGATTTAAAAGCATTTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGA
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* * ** * * * * * *
157188 GAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTT
64 GAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGACTTT
* ** * * * *
157253 TACTTCATATTTCTTGATGCAAAC-AACAAATTATGA-TCTG
129 TACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTC-C
* * ** * * * *
157293 TTTTAAGA-AGAATGAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTATTTATAAGATTACAAAA-CAATCAAAA
1 TTTTAA-ACAAAAT--AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACT-TAAA
* ** * * * * * * *
157356 GCGAGCAACTAAACTTTCA-AACGCATGAGTGACTACAAATGCA-CTTTGCTT-ATCAATAGATT
62 GTGAATAACAAAACTTT-AGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTT-CTTGA-CTATGGATG
* * * * *
157418 ACTTTTTCTTACCAT-TTTC-CAATATGAAC-ATCAAATCATGA-TCT
124 ACTTTTACTT--CATGTTTCTCAATA-CAACTATCCAATTATGATTCC
* * *
157462 TTTTAACCAAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATTAAG-TTATAGAACCATTTAAAGT
1 TTTTAAAC-AAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTA-TAAGATTATAAAACCACTTAAAGT
* * *** * ********** * * * *
157526 GAGTAAGAAGGTTTTCA-AAGGCATGAGTGANNNNNNNNNNACCTTTCTTGTCAATAGATGGCTT
64 GAATAACAAAACTTT-AGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGACTT
* * * * **
157590 TTGCTTCATGTTTC-CTGATGCAAATATCCAATTATGATTTG
128 TTACTTCATGTTTCTC-AATACAACTATCCAATTATGATTCC
* ** * *
157631 TTTTAAATAAAA-AAAAAGTTTTGA-TTAAAATCATTTATAAGATTATAACAA-CATTTAAAGTG
1 TTTTAAACAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAA-AACCACTTAAAGTG
** * * * * * * * * * * * * *
157693 AGCAACTAAGCTTTCGAAAGCATAAGTGAATCTAAATGGA-CTTGCCTTG-TTAATGGTTGGCTT
65 AATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTT-TCTTGACT-ATGGATGACTT
* * * * * *
157756 TCACTTCACGTTTCTCAATGCAAAC-AACAAATTATGATAT-G
128 TTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGAT-TCC
* * * *
157797 TTTT-AAC-CAA-AAAAAAA-CTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCATTTACAA-TG
1 TTTTAAACAAAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTA-AAGTG
** * * * * * * * ** * * *
157857 AGCAACTAAGCTTTTGAAGGCATTAGTGAGTATAAATG-ACTTTTCTTTTCAATGGATTACTTTC
65 AATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGACTTTT
* ** * * * *
157921 ACTACACATTTCCCAATAGAAAC-ATCAAATTAT-A-TCT
130 ACTTCATGTTTCTCAATA-CAACTATCCAATTATGATTCC
* * * * **
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1 TTTTAAACAAAA-T-AAAA-AAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTAAA
* ** * * * * * * *
158022 AT-AAGTAACAAGGCTTTCA-AAGGCATAACTAACTATAAATTG-ACTTTTCTTGTCAATGGATT
62 GTGAA-TAACAAAACTTT-AGAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGCACCTTTCTTGACTATGGA-T
** * * * * *
158084 G-CTTTCGCTTTACGTTTCTTAATGCAAACT-TACAATTATGA-T-C
123 GACTTTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * * * ** * *
158127 TATATT-AACTAGAATTCAAAAAACTTTTGATCTAAAATAATTTATAAGACTATAAAATTATTTG
1 T-T-TTAAAC-A-AAAT-AAAAAA-ATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTA
* * * * * * * * * * * *
158191 AAG-CAAGTAAGC----C-TTCGAAAGTATTAATAAATATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAACGAA
60 AAGTGAA-TAA-CAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GCACCTTTCTTGACTATGGA
* * * * * * **
158249 TGGCTTTCACTTCATG-TTCCCAATGCAAACAAT-AAATTATGATTTA
122 TGACTTTTACTTCATGTTTCTCAATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * *
158295 TTTT-AACTAAAAATGAAAAAAAATTGAATCTAAAATCATATATAAGATTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAAAC--AAAAT--AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAA
* * * ** * * * * * *
158359 G-CAAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-ATCAATGGATT
62 GTGAA-TAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GCACCTTTCTTGA-CTATGGATG
** *
158421 ACTTTCGCTTCATGTTTC-CTAATACAAAC-ATCCAATTATGA-TCT
124 ACTTTTACTTCATGTTTCTC-AATAC-AACTATCCAATTATGATTCC
* * * * * **
158465 TCTTTACCAA-AAATGAGAAAAAAATTCAATCTCAAATCATTTA-AAAAGTTATAAAACCACAAA
1 T-TTTA--AACAAA--ATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTA
* * ** * * * * * *
158528 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGTACTTTTCCT-ATCAATGGAT-
60 AAGTGAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGA-CTATGGATG
* * * *
158591 AGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAATGCAAAC-ATCAAATTATGA-TCTG
124 A-CTTTTACTTCATGTTTCT-CAATAC-AACTATCCAATTATGATTC-C
* * * * *
158637 TTTTAATTA-AAAATGAACAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATTTAGA
1 TTTTAA--ACAAAAT-AA-AAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAA
*** ** * * * * * *
158701 G-GAAGTAGGTAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGGATGGC
62 GTGAA-TAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGAC
* ** * ** * * * *
158765 TTTCACTTCACATTTC-CTGATACAAAGATCAAAGTATGA-GCT
126 TTTTACTTCATGTTTCTC-AATACAACTATCCAATTATGATTCC
* * * *
158807 TTTTAATTA-AAAATGAAAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTATAA-AGTTATCAAATCACTTA
1 TTTTAA--ACAAAAT---AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAAACCACTTA
* * * ** * * * * * * *
158870 AAGTGAGTGAGAAAGTTTTATAAGGCATGAGTGACTATAATTGAACCTTTCTTGTCAATGGATGG
60 AAGTGAATAACAAAACTTTAGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACCTTTCTTGACTATGGATGA
* * * * * **
158935 CTTTCT-CTTCATGCTTCCCAATGCAAATATCTAATTATGATTTG
125 CTTT-TACTTCATGTTTCTCAATACAACTATCCAATTATGATTCC
* * * * *
158979 TTTTAAATAGAAATAAAAAAATTTCACTTAAAATTATTTATTAGATTATAAAACCA
1 TTTTAAACA-AAATAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA
159035 TTCGAAGCGA
Statistics
Matches: 2862, Mismatches: 670, Indels: 463
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
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174 2 0.00
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CTTCATGTTTCTCAATACAACTATCCAATTATGATTCC
Found at i:160383 original size:20 final size:19
Alignment explanation
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1 TTCTAAAACCATTTAAAGT
160397 GAGCAACTAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
TTCTAAAACCATTTAAAGT
Found at i:160582 original size:166 final size:168
Alignment explanation
Indices: 160130--160604 Score: 425
Period size: 166 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
160120 TTCACCTCAC
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160130 GTTTCCTATTGCAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACCGAAAAT-AAAAAAATTCAATT-TAA
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* * * * ** * * *
160193 AATTACTTATAAAGTTA-TAAAACCCA-TTAAAGCAAGTATCAAGGCTTTCCATA-GCATGAATG
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** * * **
160255 ACTATAAA-TAAACTTTTTTTGTTAGTTGATGGCTTTCTCTTCAT
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* * * * *
160299 GTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAACAAATTCAATTCTAA
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** ** * *
160364 AATCATTTATAAGTTTCTAAAACCATTTAAAGTGAGCAACTAGGCATTCGAAGGCATGAATGACT
66 AATCATTTATAAGTAACTAAAACCATTTAAAGAAAACAACAAGGCATTCGAAGGCATGAATGACT
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131 ATAAACTAAACTACTCTTGTTAATAGCTTTGGCTTCAT
*
160465 GTTT-CTGAATGCAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAAAATT-AATTC
1 GTTTCCT-AATGCAAACAACAAATTATGATATATTTTAACAAAAAAT--AAAAAAAATTCAATTC
* * * *
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127 GACTATAAACTAAA
160605 TTTTCCTATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
GTTTCCTAATGCAAACAACAAATTATGATATATTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTCAATTCTAA
AATCATTTATAAGTAACTAAAACCATTTAAAGAAAACAACAAGGCATTCGAAGGCATGAATGACT
ATAAACTAAACTACTCTTGTTAATAGCTTTGGCTTCAT
Found at i:175147 original size:171 final size:169
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Indices: 174542--176865 Score: 1315
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 169
174532 TATACAAATG
** * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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126 TTTGTCAATGGATGGC-TTTCTCTTTAAGTTTTTCAATGCAAACA
* * * * ** * **
174712 TGAAATTATGATCTATTTTAATCAAAAAT-AAAAAAA-ATCAATTTAAATTCATTTATAAGCCTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * *
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66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TT
* * ** * * ** * * * *
174840 ATCAATGAATTACATTCGCTACATG-TTTCCTAATACAAATA
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* ** * ** *
174881 TTAAATTATGATCT-TTTTAATTAAAAATGAAAAAGAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAA-AATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-T
* * * * * * * * *
174944 TATAAAA-CAGCTTATAGCGAGTGACAAGGCTTTTGTAGGCCTGAGTGACCATCAATGATCATTT
64 TATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-C-TTT
* *
175008 TTTGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTCGATGCAAATA
126 TTTGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTCAATGCAAACA
* * *
175052 TCAAATTATGATATGTTTTAA-CAAGAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAAACT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA-AAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATT
* * * * * *
175116 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACTTTACT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTT-TT
* * * *
175181 TGTCAATGGATGGCTTTCAC-TTCA-TATTTCCTAATGCAAACG
128 TGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGT-TTTTC-AATGCAAACA
* * * ** * *
175223 TTAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAG-TTT-AAATCATTTGTAAGATTC
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * * * * * * * *
175286 CAAGACCTTTTAAAGCGAGCAATTAGGCTATCGAATGCATAAGTGACTATAAATGA--TATTT-T
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTTTGT
* * * *
175348 CAATGGATTGCTTT-TCCTTCAAGTTTCTCAA-GACGAACA
131 CAATGGATGGCTTTCT-CTTTAAGTTTTTCAATG-CAAACA
* * ** * *
175387 ACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTACAAGATTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* ** * * * *
175452 TAAAACCATTTAAAGCAAACAACTAAGCTTT-TAGAGGCAT-AGTGATTATAAATGGACCTTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAAT-GA-CTTTTT
* * * * * *
175515 TGTCAATGGATGGCATTCGCTTTATG-TTTCCTAATGAAAATAA
128 TGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTC-AATGCAAA-CA
* * * * * * *
175558 T-AAATTATGATCTATTTTAACTAGAGATGTAAAACATTTTGATTTAACATCATTTATAAGATTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * ** * *
175622 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGTTTTTGAAGGTTTCAGTGATTATAAATGGACTTTTTTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAC-TTTTTT
* * * *
175687 GTCAATGGATGGCTTTCACTTTATG-TTTCCTAATGAAAACA
129 GTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTC-AATGCAAACA
** * * * *
175728 AGAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATCAAAACAAA-TATGATTTAAAATCATTTGTAAGATT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATT
* * ** * * *
175792 ATAAAACTATTGAAAGTAAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTTACTATAAACGGACTTTGTC
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTT-TT
* * * * ** *
175857 TATCAATGGATTGC-TT-TCGTTACACTTGTTTTGATACAAACA
128 TGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTA-AGTT-TTTCAATGCAAACA
* * * ** *
175899 TCACATTAAGATCT-TTTTAACCAAAAATGAGAAAAA-TTCCATTCAAAATCATTTATAA-AGTT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-TT
* **** * * * * * *
175961 ATGAAATTGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTTTAAATTGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTTT-T
* * * * *
176026 TGTCAATGGATTGCTTT-TGCTTCACGTTTCTCAATGAAAACA
128 TGTCAATGGATGGCTTTCT-CTTTAAGTTTTTCAATGCAAACA
* * * * * * * * * *
176068 TCCAATAATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATACGACTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * *** * * * *
176133 TAAAACTATGTAAAATAAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAATGAATATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-TT
* * * *
176198 GTCAATGGATGGCTTTCAT-TTCACGTTTCTT-GATGTAAACA
129 GTCAATGGATGGCTTTC-TCTTTAAGTTT-TTCAATGCAAACA
* * * * ** * *
176239 ACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAATTGAAAAAGCA-TTCAATTTAAAATTATTAATAAGATT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAA-AATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATT
* ** * * *
176303 ATAAAACCATTGAAAGTAAGCAAGTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTT-T
* * * * * **
176368 TGTCAATGGATTGC-TTCTGCTTCATGTTCTCCAATAAAAACA
128 TGTCAATGGATGGCTTTCT-CTTTAAGTTTTTCAATGCAAACA
* * *** * * * *
176410 TCCAATTATGATCT-TTTTAACCAAAAAT-TAAAAAACCATCATTGTGAAATCAATTATAAAATT
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATT-TAAAATCATTTATAAGATT
* ** * * * * *
176473 ATATAACCACATAAAACGAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTATAAATGAACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTT-T
* * * * *
176538 TATCAATGGATGGCTTT-T-GTTACATGTTTCTCGATACAAA-A
128 TGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTA-A-GTTTTTCAATGCAAACA
* * * ** *
176579 TCAAAATTATGATCT-TTTTAACTAAAAATCAAACAAAA-ATCAATTCAAAATCATTTATAA-AG
1 TC-AAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAA-AAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGA-
* * * ** *
176641 TTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAGTTTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTAT
63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTT-T
* ** * * * * *
176706 TTTGTCAGTGGATTTCTTTCACTTCATG-TTTCCTATTGCAAACA
126 TTTGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTC-AATGCAAACA
* * * * * * * * * * *
176750 TCCAATTATGATATGTTCTAACTAGAAATGAAACAAATTTCGATTTAAAATCCTTTTTAATACTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
* * *
176815 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTA-GCCTTCAAAAGGCA-GAAGTGACTATA
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTC-GAAGGCATG-AGTGACTATA
176866 TATGGTGTTG
Statistics
Matches: 1649, Mismatches: 420, Indels: 169
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 53 0.03
165 23 0.01
166 47 0.03
168 23 0.01
169 214 0.13
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172 45 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTTTGT
CAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTTTTCAATGCAAACA
Found at i:176156 original size:511 final size:505
Alignment explanation
Indices: 174542--176870 Score: 1944
Period size: 511 Copynumber: 4.6 Consensus size: 505
174532 TATACAAATG
** * ** * **
174542 TCAAATTATGATCT-TTTTAAGAAAAAATGAAAAAA-AATCATTCGAAAATCATTTATAAAGTTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAAAAATTTTCATT-TAAAATCATTTATAAAACTA
* * * * * *
174605 TAAAACCATTTAAAGTGAG-AAATAACGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTGTCT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACT-AGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** * * * * *
174669 TATCAATGGATGGCTTTTTTCCTCAAGCTTCGC-AATGCAAACATGAAATTATGATCTATTTTAA
129 TGTCAATGGATGGC-TTTCACTTCATGTTTC-CTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA
* * ** * *
174733 -TCAAAAATAAAAAAAATCAATTTAAATTCATTTATAAGCCTATAAAACCATTTAAAACT-AGCA
192 CT-AAAAATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-TTGAAAGTAAGCA
* * * * * * *
174796 ATTAGGCTTCCGAAGGCGTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATTACATTCGCTA
255 ACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTCG-TT
* * **
174861 CATGTTTCCTAATACAAATATTAAATTATGATCTTTTTAATTAAAAATGAAAAAGAAATTCAATT
319 CATGTTT-CTAATACAAACATCAAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAAAAA-AAATTCAATT
* * ** * * *
174926 CAAAATCATTTATAAAGTTATAAAA-CAGCTTATAGCGAGTGACAAGGCTTTTGTAGGCCTGAGT
382 CAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCA-CTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * * * *
174990 GACCATCAATGATCATTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTCT-CTTTAAGTTTTTCGATGCAAATA
446 GACTATAAATGA-C-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTCAATG-AAAAA
* * *
175052 TCAAATTATGATATGTTTTAACAAGAAATGAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAAACTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATG-AAAAAATTTTCATTTAAAATCATTTATAAAACTA
* ** * * * *
175117 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGACATGAGTGAGTATAAATAGACTTTACTT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * *
175182 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCATATTTCCTAATGCAAACGTTAAATTATGATCCGTTTTAACCA
130 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTA
* * ** * * * ** *
175247 AAAATAAAAAAAATTCAGTTT-AAATCATTTGTAAGATTCCAAGACCTTTTAAAGCGAGCAATTA
195 AAAAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAACTA
* * * * * *
175311 GGCTATCGAATGCATAAGTGACTATAAAT-GA--TAT-TT-TCAATGGATTGCTTTTCCTTCAAG
259 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGC-TTTCGTTCATG
* * * * *
175371 TTTCTCAAGACGAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATT-AATTTAA
323 TTTCT-AATACAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAATTCAA
* * * * *
175435 AATCATTTA-CAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAACAACTAA-GCTTT-TAGAGGCAT-AGT
385 AATCATTTATAAAG-TTATAAAACCACTTAAAACGAGA-AAC-AAGGCTTTCGA-AGGCATGAGT
* * * * *
175495 GATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCGCTTTATGTTTC-CTAATGAAAATAA
446 GACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AATG-AAA-AA
* * * * * * *
175558 T-AAATTATGATCTATTTTAACTAGAGATGTAAAACATTTTGATTTAACATCATTTATAAGATTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATG-AAAAAATTTTCATTTAAAATCATTTATAAAACTA
* * ** * * *
175622 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGTTTTTGAAGGTTTCAGTGATTATAAATGGACTTTTTTT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * **
175687 GTCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCCTAATGAAAACAAGAAATTATGATCTGTTTTAACTA
130 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTA
* * * *
175752 AAAATCAAAACAAATAT-GATTTAAAATCATTTGTAAGATTATAAAACTATTGAAAGTAAGTAAC
195 AAAAT-AAAA-AAAT-TCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAAC
* *
175816 TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTTACTATAAACGGACTTTGTC-TATCAATGGATTGCTTTCGTTAC
257 TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTATCAATGGATTGCTTTCGTT-C
* * * * *
175880 ACTTGTTT-TGATACAAACATCACATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATTCCATTC
320 A--TGTTTCTAATACAAACATCAAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTC
* *** * *
175943 AAAATCATTTATAAAGTTATGAAATTGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
383 AAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * *
176008 CTTTAAATTGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGAAAACA
448 CTATAAA-TGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGAAAA-A
* * * * **
176068 TCCAATAATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATACGACTA
1 TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAAAA-ATTTTCATTTAAAATCATTTATAAAACTA
* * * * * *
176133 TAAAACTATGTAAAATAAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAATGAATATAAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * *
176198 GTCAATGGATGGCTTTCATTTCACGTTTCTTGATGTAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCA
130 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTA
* * * * *
176263 AAATTGAAAAAGCATTCAATTTAAAATTATTAATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAAGT
195 AAAAT-AAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAACT
** *
176328 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATTGC-TTCTGCTTCA
258 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTC-G-TTCA
* * * * * *
176392 TGTTCTCCAATAAAAACATCCAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATTAAAAAACCA-TC-ATTGT
321 TGTT-TCTAATACAAACATCAAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAA-AATTCAATT-C
* * * * * * * * *
176455 GAAATCAATTATAAAATTATATAACCACATAAAACGAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCA
383 AAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* *
176520 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG-TTACATGTTTCTCGAT-ACAAAA
448 CTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGTTTCTCAATGA-AAAA
* * ** * **
176579 TCAAAATTATGATCT-TTTTAACTAAAAATCAAACAAA-AATCAATTCAAAATCATTTATAAAGT
1 TC-AAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAA-AAATTTTC-ATTTAAAATCATTTATAAAAC
* * * * *
176642 TATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAAC-AAGTTTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTAT
63 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTT-GAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTT-T
* ** * * * *
176706 T-TTGTCAGTGGATTTCTTTCACTTCATGTTTCCTATTGCAAACATCCAATTATGATATGTTCTA
126 TCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTA
* * * * * * * * * *
176770 ACTAGAAATGAAACAAATTTCGATTTAAAATCCTTTTTAATACTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
191 ACTAAAAAT-AAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGC
* * *
176835 AACTA-GCCTTCAAAAGGCA-GAAGTGACTATATATGG
254 AACTAGGCTTTC-GAAGGCATG-AGTGACTATAAATGG
176871 TGTTGGTCCT
Statistics
Matches: 1455, Mismatches: 298, Indels: 131
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
504 4 0.00
505 221 0.15
506 87 0.06
507 85 0.06
508 9 0.01
509 15 0.01
510 93 0.06
511 678 0.47
512 250 0.17
513 9 0.01
514 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (505 bp):
TCAAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAAAAATTTTCATTTAAAATCATTTATAAAACTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTTGAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
TCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAA
AAATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAACTAGG
CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTCGTTCATGTTT
CTAATACAAACATCAAATTATGATCTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAT
TTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGAAAAA
Found at i:176817 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 174533--176840 Score: 1540
Period size: 682 Copynumber: 3.4 Consensus size: 679
174523 ACATTTCCTT
** * ** *
174533 ATACAAATGTCAAATTATGATCTTTTTAAGAAAAAATGAAAAAAAATC-ATTCGAAAATCATTTA
1 ATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAATCAATTC-AAAATCATTTA
** ** * * * * * *
174597 TAAAGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAACGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA
65 TAAAGTTATAAAACCGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATTGA
* * * ** * * * * * ** * * *
174662 CTTGTCTTATCAATGGATGGCTTTTTTCCTCAAGCTTCGCAATGCAAACATGAAATTATGATCTA
130 CTTTTCTTGTCAATGGATTGC-TTTCACTTCACGTTTCTCAATGAAAACATCCAATAATGATATG
* * ** * * * * *
174727 TTTTAA-TCAAAAAT-AAAAA-A-AATCAATTTAAATTCATTTATAAGCCTATAAAACCATTTAA
194 TTCTAACT-AGAAATGAAAAATATTTTC-ACTGAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATGTAA
* * ** * * * * * * * *
174788 AACT-AGCAATTAGGC-TTCCGAAGGCGTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATT
257 AA-TAAGTAACTAGGCTTTTAG-AGGCAT-AATGAATATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGGATG
* * ** * * ** * ** *
174851 ACATTCGCTACATGTTTCCTAAT-ACAAATATTAAATTATGATCT-TTTTAATTAAAAATGAAAA
319 GCATTCGATTTACGTTTCCTAATGA-AAACAACAAATTATGATATATTTTAACCAGAAATGAAAA
* * * * * * ** *
174914 AGAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAA-CAGCTT-ATAGCGAGTGACAAGGCTT
383 A-CATTTCAATTTAAAATCATTAATAAGA-TTATAAAACCA--TTGAAAGCAAGCAACTAGGCTT
* * * * * * * * * * *
174976 TTGTAGGCCTGAGTGACCATCAATGATCATTTT-TTGTCAATGGATGGCTTTCTCTTTAAGTTT-
444 TCGAAGGCATCAGTGACTATAAATAAAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTC
* * ** * * * * ** *
175039 TTCGATGCAAATATCAAATTATGATATGTTTTAA-CAAGAAATGAAAA-AAATTTTGATTTAAAA
508 CT-AATAAAAACAACAAATTATGATCTGTTTTAACCAA-AAATCAAAACAAA-CATCATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
175102 TCATTTATAAAACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCAAAGACATGAGTGAGTAT
570 TCAATTATAAAATTATAAAACCAATAAAAG-AAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTAT
* * * * * *
175167 AAA-TAGACTTT-ACTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT-CA-TATTTCCTA
634 AAACGA-ACTTTGTC-TATCAATGGATGGCTTTC-GTTACACTGTTT--TG
* * * * * * *
175214 ATGCAAACGTTAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAGTT-TAAATCATTT
1 ATACAAACATCAAATTAAGAT-CTTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAA-TCAATTCAAAATCATTT
* ** * ** * * ** * * *
175277 GT-AAGATTCCAAGACCTTTTAAAGCGAGCAATTAGGCTATCGAATGCATAAGTGACTATAAA-T
64 ATAAAG-TTATAAAACCGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATT
* * * * * *
175340 GA--TAT-TT-TCAATGGATTGCTTTTC-CTTCAAGTTTCTCAA-GACGAACAACAAATTATGAT
128 GACTTTTCTTGTCAATGGATTGC-TTTCACTTCACGTTTCTCAATGA-AAACATCCAATAATGAT
* * * * ** * * * * * *
175399 ATGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTACAAGATTATAAAACCATTTA
191 ATGTTCTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATGTA
** ** * * * *
175464 AAGCAAACAACTAAGCTTTTAGAGGCATAGTGATTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGC
256 AAATAAGTAACTAGGCTTTTAGAGGCATAATGAATATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * * * * *
175529 ATTCGCTTTATGTTTCCTAATGAAAATAATAAATTATGATCTATTTTAACTAGAGATGTAAAACA
321 ATTCGATTTACGTTTCCTAATGAAAACAACAAATTATGATATATTTTAACCAGAAATGAAAAACA
** * * * * * * *
175594 TTTTGATTTAACATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGTTTTTGAAGG
386 TTTCAATTTAAAATCATTAATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGCAACTAGGCTTTCGAAGG
** * ** * * *
175659 TTTCAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCCTAATGAA
451 CATCAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATAAA
* * * * * * *
175724 AACAAGAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATCAAAACAAATATGATTTAAAATCATTTGTAAG
516 AACAACAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAACAAACATCATTTAAAATCAATTATAAA
* * * * * * * *
175789 ATTATAAAACTATTGAAAGTAAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTTACTATAAACGGACTTT
581 ATTATAAAACCAATAAAAG-AAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTATAAACGAACTTT
*
175854 GTCTATCAATGGATTGCTTTCGTTACACTTGTTTTG
645 GTCTATCAATGGATGGCTTTCGTTACAC-TGTTTTG
* * * * *
175890 ATACAAACATCACATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATGAGAAAAATTCCATTCAAAATCATTTAT
1 ATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAATCAATTCAAAATCATTTAT
* ** *
175955 AAAGTTATGAAATTGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTTTAAATTGAC
66 AAAGTTATAAAACCGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATTGAC
** *
176020 TTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGAAAACATCCAATAATGATCTGTT
131 TTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCTCAATGAAAACATCCAATAATGATATGTT
* * *
176085 TTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATACGACTATAAAACTATGTAAAATA
196 CTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATGTAAAATA
* *
176150 AGTAACTAGGCTTTT-GAAGGCATCAATGAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
261 AGTAACTAGGCTTTTAG-AGGCAT-AATGAATATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCATT
* * * *
176214 C-ATTTCACGTTTCTTGATGTAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCA-AAATTGAAAAAGCA
324 CGATTT-ACGTTTCCTAATGAAAACAACAAATTATGATATATTTTAACCAGAAA-TGAAAAA-CA
* * *
176277 -TTCAATTTAAAATTATTAATAAGATTATAAAACCATTGAAAGTAAGCAAGTAGGCTTTCGAAGG
386 TTTCAATTTAAAATCATTAATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGCAACTAGGCTTTCGAAGG
* * *
176341 CATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATTGC-TTCTGCTTCATGTTCTCC-AATA
451 CATCAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTC-ACTTCATGTT-TCCTAATA
* * * * *
176404 AAAACATCCAATTATGATCT-TTTTAACCAAAAATTAAAA-AACCATCATTGTGAAATCAATTAT
514 AAAACAACAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAACAAACATCATT-TAAAATCAATTAT
* *
176467 AAAATTATATAACCACATAAAACG-AGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTATAAATGAA
578 AAAATTATAAAACCA-ATAAAA-GAAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTATAAACGAA
*
176531 CTTT-TCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTACA-TGTTTCTCG
641 CTTTGTC-TATCAATGGATGGCTTTCGTTACACTGTTT-T-G
* *
176571 ATACAAA-ATCAAAATTATGATCTTTTTAACTAAAAATCAAACAAAAATCAATTCAAAATCATTT
1 ATACAAACATC-AAATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATCAAA-AAAAATCAATTCAAAATCATTT
* ** * ** * *
176635 ATAAAGTTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAACAAGTTTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTG
64 ATAAAGTTATAAAACCGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATTG
* * * * * *
176700 ACTTATT-TTGTCAGTGGATTTCTTTCACTTCATGTTTC-CTATTGCAAACATCCAATTATGATA
129 ACTT-TTCTTGTCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCTC-AATGAAAACATCCAATAATGATA
* * * * * *
176763 TGTTCTAACTAGAAATGAAACAA-A-TTTCGATTTAAAATCCTTTTTAATACTATAAAACCATTT
192 TGTTCTAACTAGAAATGAAA-AATATTTTC-ACTGAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATGT
* *
176826 AAAGTGAGTAACTAG
255 AAAATAAGTAACTAG
176841 CCTTCAAAAG
Statistics
Matches: 1305, Mismatches: 268, Indels: 107
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
674 1 0.00
675 66 0.05
676 376 0.29
677 82 0.06
678 11 0.01
679 7 0.01
680 24 0.02
681 335 0.26
682 391 0.30
683 12 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
ATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAATCAATTCAAAATCATTTAT
AAAGTTATAAAACCGCTTAAAACGAGAAACAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATTGAC
TTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCTCAATGAAAACATCCAATAATGATATGTT
CTAACTAGAAATGAAAAATATTTTCACTGAAAATCATTTATAAGACTATAAAACCATGTAAAATA
AGTAACTAGGCTTTTAGAGGCATAATGAATATAAATAGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCATTCG
ATTTACGTTTCCTAATGAAAACAACAAATTATGATATATTTTAACCAGAAATGAAAAACATTTCA
ATTTAAAATCATTAATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGCAACTAGGCTTTCGAAGGCATCA
GTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCCTAATAAAAACAA
CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAACAAACATCATTTAAAATCAATTATAAAATTAT
AAAACCAATAAAAGAAGTAACAAGACTTTCAAAGGCATGAGTCACTATAAACGAACTTTGTCTAT
CAATGGATGGCTTTCGTTACACTGTTTTG
Found at i:177821 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 177631--177830 Score: 175
Period size: 73 Copynumber: 2.7 Consensus size: 72
177621 ACTGTCAGAT
* * * * * *
177631 AGAATGCTCTTAGTCGACTAATCGTTATCACTTTGTCAACTAAGTCGTCTCTGTCTCTGAACCCA
1 AGAAGGCTCTTAGTCGACTAA-C-ATATCTCTTAGTCGACTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCA
* *
177696 GTTTTTAAT
64 GTTTCTAAC
* * * * * * * *
177705 AGTAGCCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCATTTTTGTCTCTGAACCCGG
1 AGAAGGCTCTTAGTCGACTAACATATC-TCTTAGTCGACTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCAG
*
177770 TTTCTAGC
65 TTTCTAAC
* * **
177778 AGAAGGCTCTTAGTTGACTAACACTATCTCTTGGTCGACTAAGTGTTCTCTGT
1 AGAAGGCTCTTAGTCGACTAACA-TATCTCTTAGTCGACTAAGTCATCTCTGT
177831 TTCACGATTT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 28, Indels: 5
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.02
73 74 0.77
74 20 0.21
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (72 bp):
AGAAGGCTCTTAGTCGACTAACATATCTCTTAGTCGACTAAGTCATCTCTGTCTCTGAACCCAGT
TTCTAAC
Found at i:184834 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 183557--186187 Score: 640
Period size: 171 Copynumber: 15.5 Consensus size: 170
183547 ATTCCCATTG
* * * * * *
183557 TAAACATGC-AATTATAATCTATTGTAACTAGATATGAAAAAAAATTTTATTTAAAATCATTTAT
1 TAAACAT-CTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTAT
* * * * * *
183621 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACTA-GCTTTT-GAAGGCATGAGTGATTATCGATGAA
64 AAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGAA
* *** ** * * *
183684 CTTTCCTTACGAATGGATGGCTTTCACTTCATGT-TTCCCAATC
128 CTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTT-TCAATA
* * ** * * * *
183727 CAAAGATAAAATTATTATCTATTTTAACT---AATAAAAAAAA-TTAATTTAAAATCATTTGTAA
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAA
* * * ** ** ** * *
183788 GATTAT-AAACTATTTAATGAAAACAACTA-GCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-
66 GACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGAACT
* * * * * *
183850 TTTCTTAGTCAATAGATTGCTTTTACTTCATGT-TTCCTAATA
130 TTTCTT-GTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTTTC-AATA
* * * * * * ** * * *
183892 CAAACAT-TAAACTATGATCT-TTGTAATTGAAAATGAAAAACAATTAAACTTAATATAATTTAT
1 TAAACATCT-AATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * ** * * * * * *
183955 AAAATTTTTAAAACCACTAAAAGTGAGTAAC-AAAGCTTTCGAAGGTATAAGTGACCATAAATGG
64 AAGA-CTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGA
* * * **
184019 ACTTTTCTTGTCAAGGGATTGCTTTCACTACACAT-TAC--TCAATA
127 ACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCT-C-CATGT-CTTTCAATA
* * * * * ** * *
184063 CAAACATCAAATTATCATCT-TTTGAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAATTCAAAATAATTTAT
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT--AAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTAT
* * * ** * * * * * * * * **
184127 AA-AGTTACAAAATCGCTTAAAACAAGTAAC-AAGGCTTTGGAAGGTATAACTGACTATAAATTA
64 AAGA-CTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGA
** * ** ** * *
184190 ACTTTTCTCATCAATGGATTGG-TTTCACTTTAT-TTTTTCTAATG
127 ACTTTTCTTGTTAATGGA-TGGCTTTTGCTCCATGTCTTTC-AATA
* * * ** * * * **
184234 CAAACATCTAATTATAATCTTTTTTAACTGGAAATGAGACAAATTTTGATTTGGAATCATTTATA
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATA
* ** * * * *
184299 AGACTATAAAATCATTTAAAATGAGTAACTA-GGCTATCGAAGGCATGAGTGAATATAAACAAAC
65 AGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGAAC
* * * *
184363 TTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTT-CATCCCATGT-TGTCCCATG
129 TTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGC-T-CCATGTCT-TTCAATA
* * * *
184405 TAAATAACAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAACAAATTTAATTTAAAATCATTTAT
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAA-AAATTTGATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * * *
184470 AAGATTATAAAACCA-CTAAGAGCAAGCAACTAGGCTTTT-AAAGGCATGAGTGACTAGAAATGA
64 AAGACTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTA-TAACGA
* * * * *
184533 ATTTTTTTTGTTAATGGATTGCTTTTGCTCCATGTACCTT-GATA
127 ACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGT-CTTTCAATA
* * * * * * *
184577 CAAACATGC-CATTCTGATCT-TTTTAACTAAAAACCAAAAAACAA-ATCATTTTGAAATCATTT
1 TAAACAT-CTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA-TAAAAAA-AATTTGA-TTTAAAATCATTT
* * ** *
184639 ATAA-AGTTATAAAATCACATAAAGCGAGTAA-TAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAACG
62 ATAAGA-CTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAACG
* * *
184702 AACCTTTCTTGTTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTTTCAATA
126 AACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTTTCAATA
* * *
184747 TAAACATCTAATTATGATATGTTTTAACTAGAAATAAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATT
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAA-TTTGATTTAAAATCATTTATA
* ** * * * ** * * *
184812 AGACTATAAAGCCATTTAAAGCGAGCGACTAAGCTTTT-GATGATATAAGTGACTATTAATGGAC
65 AGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTA-TAACGAAC
* * * * * * *
184876 TTTTTTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTCACGT-TTCCCAATA
129 TTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTT-TCAATA
* * * ** *
184918 CAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAACTAAAACTAAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTATAA
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAA
* * * * * * * * * * * *
184982 AATTTTAAAACCACTTAAAGCGAGAAAC-AAGGCTTTC-AGAGGCATTAATGACTACAAATGGAC
66 GACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGA-AGGCATGAGTGACTA-TAACGAAC
*** * * * * *
185045 TTTTCGCATCAATGGATGGC-TTTCCTTCCATAT-TTCCCAT-
129 TTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGC-TCCATGTCTTTCAATA
* * * * * * ** *
185085 TGCAAACATGC-AAGTATGATCTATTTTAACTAGATATGACAAATGTTTGATTTAAAATCATTTT
1 T--AAACAT-CTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTA
* * ** * * * *
185149 TAAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAACTA-GGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGG
63 TAAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AACGA
* * * *
185213 ACTTTTTTTACCAATAGATGGCTTGGTCAATGGATTGATTTTGCTTCATCT-TTTCCAATA
127 AC---TTTT--C--T---T-G--T--T-AATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTTT-CAATA
* * * * ** * *
185273 CAAATATCAAATTATGATCT-TTTTAA-TCAAAAATAAAAAAAAATCAATTTAATATAATTTATA
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATA
* * * ** * * * * * * *
185336 ATG-GTTTAAAATCATTTAAAATGAGTAAC-AAGGCTTTCAAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGG
65 A-GACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGA-GTGACTAT-AACGA
* * *
185398 ACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGCTCCATGT-TTCCCAATG
127 ACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTT-TCAATA
* * * * * **
185442 CAAATAAT-AAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTATA
1 TAAA-CATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTATA
* ** * * *
185505 AGATTATAAAACCATTGCAAGCAAGCAACTA-GGCTTTCG-AGTG-ACT-A-TGA-T-T-A-G-A
65 AGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAG-GCA-TGAGTGACTATAACGAA
* * * ** * *
185560 CTTGTCTTG-TCATGGATTGCTTTCACTTCATGT-TCCTCAATA
128 CTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCT-TTCAATA
* * * **
185602 CAAAAATCCAATTACAATCT-TTTTAACT---AA-AAAAAAAA-TT-ATTTTAAAATCATTTATA
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGA-TTTAAAATCATTTATA
* ** * * * * ** *
185660 A-AGTTATAAAACCACATAAAGTGAGTAA-TA-AGTCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAGTGGA
65 AGA-CTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGT-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAACGAA
* * * * * * *
185722 CCTTTCTTCTTAGTGGATGACTTTTTGATTCACAT-T-TTCCAATG
128 CTTTTCTTGTTAATGGATGGC-TTTTG-CTC-CATGTCTTTCAATA
* * * * * * * *
185766 CAAATATTTAATTATGATTTGTTTTAACTAGAAATGAAAGAAATTTCAATTTAAAATCATTTATT
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTT-GATTTAAAATCATTTA-T
* * *** * * * * **
185831 AA-ACTATAAAATCTTTTAAAATAAGTGACTA-GGATTTCGAAGCCATGAGTGATTATAAATAGA
64 AAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAACGA-A
* * * ** ** *
185894 CTTTTATGGTCAATGGACT-GCTTTCACTTTATGT-TTCCCAATA
128 CTTTTCTTGTTAATGGA-TGGCTTTTGCTCCATGTCTT-TCAATA
* * * * ** *
185937 CAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAAC-CAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAA-CTATTTA-A
1 TAAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAATTTGATTTAAAATC-ATTTATA
* * * ** * * * * **
185998 AAAGTTATAAAACTACATAGAGCGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGA
65 AGA-CTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACTAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAACGA-A
* * * ** * *
186062 CTTTTGTTATCAATGGATGTG-TTTCACTTCACT-T-TTCCCAAT-
128 CTTTTCTTGTTAATGGATG-GCTTTTGCTCCA-TGTCTT-TCAATA
* * * *
186104 TCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTAT
1 T-AAACATCTAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTGATTTAAAATCATTTAT
*
186169 AAGACTAT-AAATCATTTAA
64 AAGACTATAAAACCATTTAA
186188 TTTGAAGGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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TTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCATGTCTTTCAATA
Found at i:185214 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 183494--186187 Score: 1378
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* ** * * * * * ** * **
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* * * **
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* ** * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
183749 TTTAACTAATAAA--AAAAA--TTAATTTAAAATCATTTGTAAGATTAT-AAACTATTTAATGAA
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
183958 ATTTTTAAAACCAC-TAAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTAT-AAGTGACCATAAATGGAC
128 A-TTATAAAACCACAT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAA-TGACTATAAATGGAC
*** * * * * * * *
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190 TTTTCGCATCAATGGATGGCTTTCACTTC-CATTTTCCCAATGCAAACATC-AATTATGATCTAT
* * * ** * * * * * * **
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253 TTTAACTAAAAATG---AAAAATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGA-CTATAAAACCATTTAAA
* * * *
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314 ACAAGCAACTAGGCTTTCGAATGA
* * * ** * * * * ** * * *
184171 TATAACTGACTATAAATTAACTTTTCTCATCAATGGATTGGTTTCACTTTATTTTTTCTAATGCA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCCCAATACA
* * * * * * ** ** *
184236 AACATCTAATTATAATCTTTTTTAACTGGAAATGAGACAAATTTTGATTTGGAATCATTTATAAG
66 AACATCAAATTATGATC-TTTTTAACT-AAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAA
* * ** ** * * * * * ***
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128 ATTATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTT
*** * * * * *
184366 TCTTGTCAATGGATGGCTTTCA-TCCCATGTTGTCCC-ATGTAAATAACAAATTATGATCTGTTT
193 TCGCATCAATGGATGGCTTTCACTTCCAT-TT-TCCCAATGCAAACATC-AATTATGATCTATTT
* * * * * *
184429 TAACTAAAAATGAAAAACAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCA-CTAAGAGC
255 TAACTAAAAATG--AAA-AATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGACTATAAAACCATTTAA-AAC
* * *
184493 AAGCAACTAGGCTTT-TAAAGG
316 AAGCAACTAGGCTTTCGAATGA
* * * * * ** * * * **
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1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCC-CAATAC
* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
184642 AAGTTATAAAATCACATAAAGCGAGTAATAGGGTTTTCGAAGGCATGAGTGGCTAT-AACGAACC
126 AAATTATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACT
*** * * ** * ** * *
184706 TTTCTTGTTAGTGGATGGCTTTTGCTT-CATGTCTT-TCAATATAAACATCTAATTATGATATGT
191 TTTCGCATCAATGGATGGCTTTCACTTCCAT-T-TTCCCAATGCAAACATC-AATTATGATCTAT
** * *
184769 TTTAACTAGAAATAAAAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTATT-AGACTATAAAGCCATTTAAAG
253 TTTAACTA-AAA-ATGAAAAATTTTGATTTAAAATCATTT-TTAAGACTATAAAACCATTTAAAA
* * * *
184833 CGAGCGACTAAGCTTTTG-ATGA
315 CAAGCAACTAGGCTTTCGAATGA
* * * **
184855 TATAAGTGACTATTAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATACA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCCCAATACA
*
184920 AACATCAAATTATGATCTTTTTAACTAAAACTAAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTATAAAAT
66 AACATCAAATTATGATCTTTTTAACTAAAA-TAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAAT
* * * * * *
184985 TTTAAAACCACTTAAAGCGAGAAACAAGGCTTTC-AGAGGCATTAATGACTACAAATGGACTTTT
130 TATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTT
* *
185049 CGCATCAATGGATGGCTTTC-CTTCCATATTTCCCATTGCAAACATGCAAGTATGATCTATTTTA
194 CGCATCAATGGATGGCTTTCACTTCCAT-TTTCCCAATGCAAACAT-CAATTATGATCTATTTTA
* * * * * ** *
185113 ACTAGATATGACAAATGTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTA
257 ACTAAAAATGAAAAAT-TTTGATTTAAAATCATTTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAACAAGCA
185178 ACTAGGCTTTCGAATG-
321 ACTAGGCTTTCGAATGA
* **
185194 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATAGATGGCTTGGTCAATGGATTGATTTTGCTT
1 CATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTTT-----T--A--------TCAATGGATTGCTTTCACTT
* * * *
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* * ** * ** ** * * * *
185323 AATATAATTTATAATGGTT-TAAAATCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCAAAAGAAT-AGGT
113 AAAATCATTTATAA-AATTATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGA-AT
*** * * *
185386 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCGC-TCCATGTTTCCCAATGCAAATAAT
176 GACTATAAATGGACTTTTCGCATCAATGGATGGCTTTCACTTCCAT-TTTCCCAATGCAAA-CAT
* * * * * ** ** * *
185450 AAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAA
239 CAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGACTATAAA
** * *
185515 ACCATTGCAAGCAAGCAACTAGGCTTTCGAGTGA
304 ACCATTTAAAACAAGCAACTAGGCTTTCGAATGA
* * * *
185549 C-T-A-TGA-T-T--A--GACTTGTCTTGTC-ATGGATTGCTTTCACTTCATG-TTCCTCAATAC
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCC-CAATAC
* * ** * *
185603 AAAAATCCAATTACAATCTTTTTAACT--AA-AAAAAAAATT-ATTTTAAAATCATTTATAAAGT
65 AAACATCAAATTATGATCTTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAAT
* * * * *
185664 TATAAAACCACATAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGTATGAATGACTAT-AGTGGACCTTTC
130 TATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
185728 TTC-TTAGTGGATGACTTTTTGA-TTCACATTTT-CCAATGCAAATATTTAATTATGATTTGTTT
195 -GCATCAATGGATGGC--TTTCACTTC-CATTTTCCCAATGCAAACA-TCAATTATGATCTATTT
* ** * * *
185790 TAACTAGAAATGAAAGAAATTTCAATTTAAAATCATTTATTAA-ACTATAAAATCTTTTAAAATA
255 TAACTAAAAATG-AA-AAATTTTGATTTAAAATCATTT-TTAAGACTATAAAACCATTTAAAACA
** * *
185854 AGTGACTAGGATTTCGAA-GC
317 AGCAACTAGGCTTTCGAATGA
* * * ** * * *
185874 CATGAGTGATTATAAATAGACTTTTATGGTCAATGGACTGCTTTCACTTTATGTTTCCCAATACA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCCCAATACA
* * *
185939 AACATCAAATTATGATCTTTTTAACCAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAA-CTATTTA-AAAAG
66 AACATCAAATTATGATCTTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTATAAAA-
* * * *
186002 TTATAAAACTACATAGAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
129 TTATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTT
* *
186067 -GTTATCAATGGATGTG-TTTCACTT-CACTTTTCCCAATTCAAACATCCAATTATGATCTATTT
194 CG-CATCAATGGATG-GCTTTCACTTCCA-TTTTCCCAATGCAAACAT-CAATTATGATCTATTT
* *
186129 TAACTAAAAATGAAAAATATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGACTAT-AAATCATTTAA
255 TAACTAAAAATG-AAAA-ATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGACTATAAAACCATTTAA
186188 TTTGAAGGTA
Statistics
Matches: 1819, Mismatches: 419, Indels: 239
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
323 24 0.01
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Consensus pattern (337 bp):
CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATTGCTTTCACTTCACGTTTCCCAATACA
AACATCAAATTATGATCTTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAAATT
ATAAAACCACATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTCG
CATCAATGGATGGCTTTCACTTCCATTTTCCCAATGCAAACATCAATTATGATCTATTTTAACTA
AAAATGAAAAATTTTGATTTAAAATCATTTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAACAAGCAACTAG
GCTTTCGAATGA
Found at i:196417 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 196404--196457 Score: 76
Period size: 8 Copynumber: 7.0 Consensus size: 8
196394 AGGAAACAAT
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1 GGAAGAAA
*
196412 GGAAGAAT
1 GGAAGAAA
*
196420 GAAAGAAA
1 GGAAGAAA
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1 GGAAGAAA
196434 GGAAGAAA
1 GGAAGAAA
196442 GGAAGAAA
1 GGAAGAAA
196450 GGAAGAAA
1 GGAAGAAA
196458 ACGAGAGAGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (8 bp):
GGAAGAAA
Found at i:196432 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 196407--196450 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
196397 AAACAATGGA
*
196407 AGAAAGGAAGAATGAAAGAAAG
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*
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1 AGAAAGGAAGAAAGAAAGAAAG
196451 GAAGAAAACG
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Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
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AGAAAGGAAGAAAGAAAGAAAG
Found at i:196481 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 196404--196478 Score: 98
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
196394 AGGAAACAAT
*
196404 GGAAGAAAGGAAGAATGAAAGAAAGAGAAAGGAAGAAA
1 GGAAGAAAGGAAGAA-GAAAGAAAGAGAAAAGAAGAAA
* *
196442 GGAAGAAAGGAAGAA-AACGAGAGAGAAAAAGAAGAAA
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196479 AGGGAAGGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
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GGAAGAAAGGAAGAAGAAAGAAAGAGAAAAGAAGAAA
Found at i:198730 original size:73 final size:73
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Indices: 198610--198770 Score: 259
Period size: 73 Copynumber: 2.2 Consensus size: 73
198600 GATAGGGAAC
* *
198610 ACTTAATCAACTAAGAAGTTTTGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGGTTCAGAGA
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*
198675 CATAAACG
66 CAGAAACG
* * *
198683 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTATTGCCAGAAACTAGATTCAGAGA
1 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGATTCAGAGA
*
198748 CAGAGACG
66 CAGAAACG
198756 ACTTAATCGACTAAG
1 ACTTAATCGACTAAG
198771 TAGCAAATTT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 7, Indels: 0
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ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGATTCAGAGA
CAGAAACG
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198600 GATAGGGAAC
* *** * *
198610 ACTTAATCAACTAAGAAGTTTTGTTAGTCAACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGGTTCAGAGA
1 ACTTAATCGACTAAGAAGAAATGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGATTCAGAGA
*
198675 CATAAACG
66 CAGAAACG
*** * *
198683 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTATTGCCAGAAACTAGATTCAGAGA
1 ACTTAATCGACTAAGAAGAAATGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTAGATTCAGAGA
*
198748 CAGAGACG
66 CAGAAACG
*
198756 ACTTAATCGACTAAGTAGCAAAT-TTAGTCGACTAAG
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198792 GGCATTCTGT
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CAGAAACG
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200164 TTAAGTGATA
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* *
200195 TTTAGGTTATTTTATTTTAAAT
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1 T
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TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
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1 GCAAGAGAGGCA
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1 GCAAGA
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GCAAGAGAGGCA
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204590 TTGTTAAGTG
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*
204618 ATTAATTTAGGTTATTTT
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1 ATT
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GAGGCAGCAAGA
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205279 GAGATTTTTG
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1 GAGGCAGCAAGAGAGGCAGCAAGA
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GAGGCAGCAAGAGAGGCAGCAAGA
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210142 CAGAGAACAG
* *
210152 TTAATCAACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGGGTTCAGAGACA
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*
210217 AAAATGAC
66 AAAACGAC
* * * * *
210225 TTAATCTACTAAGAAGTTTTTTTAGTCGACTAAGAGCCTACTACCAGAAACTAGGTTTAGAGATA
1 TTAATCAACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTAGGTTCAGAGACA
* *
210290 GAGACGAC
66 AAAACGAC
* * ***
210298 TTAATCGACTAAGTAGCAATGTTAGTCGACTAAGAGC
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210335 ATTCTGTCTG
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AAAACGAC
Found at i:213837 original size:25 final size:25
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213798 TCACAACGAC
* *
213808 GTATATCAACTCATGGCTTAGCCAT
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* *
213833 GTATATCAACCCGTGGCCTATCCAT
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* * *
213858 GTATATCAACCCATAGCCTTGCCAC
1 GTATATCAACCCATGGCCTAGCCAT
213883 GTATAT
1 GTATAT
213889 ATCACAGACT
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GTATATCAACCCATGGCCTAGCCAT
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216092 TAGAAATATT
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1 TAAA-TATTATTT
216144 AATTCCAAAA
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13 2 0.09
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17 2 0.09
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TAAATATTATTTTAA
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Indices: 216397--217885 Score: 1051
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
216387 GGTGCTACAA
* * * * * ** * *
216397 AAGGCATGAGTGAATATTAATGGACTTTTCATGTCAATGCATTATTTTTGCTTTA-CTTTTCTAG
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTTCTAA
* * * *
216461 ATGCAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAAGC-AAAACTGAAAAACAATTCCA-TTAAAATCATT
66 ATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-CTAAAAATGAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATT
* * * * *
216523 TATAA-AGTTTTCAAACTACTTAAAGTGAGAAACAAGGCTTTCA
129 TATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * *
216566 AAAGAATGAGTAACTATAAATGGA-TATTTCTTATCAATGGA-TGACTTTTGTTTTATATTTTCT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGGATTG-CTTTTGCTTTATATTTTCT
* * * * * *
216629 -ATTACAAACCTCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAATGAAAAAAAAATTGATTTAAAATCAA
64 AAATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAAATTAATTTAAAATC-A
* * *
216693 TTT-TAAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTAACTAA-GCTTTCG
127 TTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC-AAGGCTTTCG
* * * * * * *
216737 AAGGCATGAATGACTCTAAATAGA-TGTTTCTTGTCAATGGA-TGGTTTT-TTATTA-ACGTTTC
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCT-TTATA-TTTTC
* * * * **
216798 TCAAT-CTAAACAACAAATCATGATCTGTTTTAACTAAAAACGAAAAAAAAAACAATTTAAAATC
63 TAAATAC-AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAAATTAATTTAAAATC
* * * * * ** * *
216862 ATTTATAAGATTTTAAAACTATTTAATGTAACCAACTAGGTTTTCG
126 ATTTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * *
216908 AAAGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCATAGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTT-TC
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTTCTA
* * * *
216971 AATACAAACATCAAATTTTGATCT-TTTTAACAAAAAAT-AAAAAATATTAATTCAAAATCATTT
65 AATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTT
* * *
217034 ATAA-AGTTATACAACCACTTAAAGTGAATGACAAGGCTTTCG
130 ATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * * * * **
217076 AAGACATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGA-TGATTTTTACTTCAT-GTTTCCC
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTG-CTTTTGCTTTATATTTTCTA
* * * * * *
217139 AATGCAATCAACAAATTATGATATGTTTTATCTGAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
65 AATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATT
* * * * *
217204 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATTAA-GCTTTTG
129 TATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTTCG
** * * * * * *
217247 AAGGTGTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATTAATAGATTGC-TTT-CATTACATGATTCTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATAT-TTTCTA
* * * * *
217310 AATACAAACATCAAATTAAGATC-CTTTTAACAAAAAATG-AAAAAAATTCAATTCAAAATCCTT
65 AATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATT
*
217373 TATAA-AGTTATAAAACCACTTAAAGTTAGTAACAAGGCTCTT-G
129 TATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCT-TTCG
* * * * * * * * *** * *
217416 AATGTATTAGTGACTACAAATTGAGTTTTTTTCTCAACAAATTGCTTTTGTTTTATA-TTTCTTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTTCTAA
* * * * * * *
217480 ATTCAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAACTAGAAATGAAAGAAAATTTGATTTAAAATCATTT
66 ATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA-AAAAATTAATTTAAAATCATTT
** *
217545 ATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAACTAA--CTTTCCG
130 ATAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAAC-AAGGCTTT-CG
* * * ** **
217587 AAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATTGCTTTTGCTACACGTTTTCCT-
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTT-CTA
* * * * * *
217651 -ATACAAACATCAAATTAAGATC--TTTTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAAATCAAAATAATT
65 AATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATT
* * *
217713 TATAA-AGCTATAAAACCGCTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
129 TATAAGA-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
* * * * * **
217756 AAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTGCTTTAT-GTTTCTTG
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTTCTAA
* * * * *
217820 ATGA-AAATATCCAATTGTGATCTGTTTTAACTAGAAATG-AAAAAAATAAGATTATAAAATCAT
66 AT-ACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTA-ATT-TAAAATCAT
217883 TTA
128 TTA
217886 AAGTGAGTAA
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 237, Indels: 116
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
168 123 0.12
169 308 0.30
170 111 0.11
171 435 0.42
172 36 0.04
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATTGCTTTTGCTTTATATTTTCTAA
ATACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTA
TAAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCG
Found at i:217153 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 216464--220614 Score: 1711
Period size: 340 Copynumber: 12.3 Consensus size: 337
216454 TTTCTAGATG
* * * * *
216464 CAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAAGC-AAAACTGAAAAACAATTCCA-TTAAAATCATTTAT
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAA-CTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * * *
216526 AA-AGTTTTCAAACTACTTAAAGTGAGAAACAAGGC-TTTCAAAAGAATGAGTAACTATAAATGG
65 AAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTA-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
216589 A-TATTTCTTATCAATGGA-TGACTTTTGTTTTAT-ATTTTCTATTACAAACCTCCAATTATGAT
128 ACT-TTTC-TATCAATGGATTG-CTTTTGCTTCATGATTTTC-AATACAAACATCAAATTAAGAT
* * * * * * *
216651 CTATTTTAACTAGAAATGAAAAAAAAATT-GATTTAAAATCAATTT-T-AAGATTATACAACTAT
189 CT-TTTTAACAAAAAATG--AAAAAAATTCAATTCAAAATC-ATTTATAAAG-TTATAAAACCAC
* * *
216713 TTAAAGTGAGTAACTAA-GCTTTCGAAGGCATGAATGACTCTAAATAGA-TGTTTCTTGTCAATG
249 TTAAAGTGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACT-TTTCTTATCAATA
* *
216776 GATGGTTTTTTATTAACGTTTCTCAAT
312 GAT-GATTTTTATTAATGTTTCTCAAT
* * * **
216803 CTAAACAACAAATCATGATCTGTTTTAACTAAAAACGAAAAAAAAAACAATTTAAAATCATTTAT
1 C-AAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * *
216868 AAGATTTTAAAACTATTTAATGTAACCAACTAGGTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
65 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAGCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* **
216933 -TTTCATAGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAATACAAACATCAAATTTTGATCTTT
130 TTTTC-TA-TCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTCAATACAAACATCAAATTAAGATCTTT
*
216997 TTAACAAAAAAT-AAAAAATATT-AATTCAAAATCATTTATAAAGTTATACAACCACTTAAAGTG
193 TTAACAAAAAATGAAAAAA-ATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTG
* * *
217060 AATGACAAGGCTTTCGAAGACATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGATTTTT
257 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGATTTTT
* *
217125 ACTTCATGTTTCCCAAT
322 A-TTAATGTTTCTCAAT
* * *
217142 GCAATCAACAAATTATGATATGTTTTATCTGAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
1 -CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * **
217207 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATTAAGCTTTT-GAAGGTGTGAGTGACTATAAATGGA
65 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACT-AGCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
217271 CTTTTCCTATTAATAGATTGC-TTT-CATTACATGATTCTAAATACAAACATCAAATTAAGATCC
129 CTTTT-CTATCAATGGATTGCTTTTGC-TT-CATGATTTTCAATACAAACATCAAATTAAGATCT
*
217334 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCCTTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGT
191 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGT
* * * * * * * * * * * * *
217399 TAGTAACAAGGCTCTT-GAATGTATTAGTGACTACAAATTGAGTTTTTTTCTCAACAAATTGCTT
256 GAGTAACAAGGCT-TTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGA-TGATT
* * *
217463 TTGT-TTTATATTTCTTAATT
319 TT-TATTAATGTTTCTCAA-T
* * * * * **
217483 CAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAACTAGAAATGAAAGAAAATTTGATTTAAAATCATTTATA
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA
* * * * *
217548 AGATTATAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAACTAACTTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
66 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGCAACTAGCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
217612 TTTTCTTGTCAAAGGATTGCTTTTGCTACACG-TTTTCCTATACAAACATCAAATTAAGATC-TT
130 TTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTT-CAATACAAACATCAAATTAAGATCTTT
* * * * * *
217675 TTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAAATCAAAATAATTTATAAAGCTATAAAACCGCTTAAAGCG
193 TTAACAAAAAATGAAA-AAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTG
* * * *
217740 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAAT-GAATTACTTT
257 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAG-ATGA-TTT
** * **
217804 TGCTTTATGTTTCTTGAT
320 TTATTAATGTTTCTCAAT
* * * * * *
217822 GAAA-ATATCCAATTGTGATCTGTTTTAACTAGAAATG---AAAAA---AA--T--AA-GA-TTA
1 CAAACA-A-CAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
* * * *
217874 TAA-A--AT----C-ATTTAAAGTGAGTAACTAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGG
64 TAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTA-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
217930 ACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGATTTTCATTACAAACATCCAATTATGATCTA
128 ACTTTTCTA-TCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTCAATACAAACATCAAATTAAGATCT-
* * * * * * * *
217995 TTTTAACTAGAAGTGAAAAAACGTAT-GATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAAACTATTTAA
191 TTTTAACAAAAAATGAAAAAA-AT-TCAATTCAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAACCACTTAA
* * * * * * **
218058 AGTGAGCAACTAA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA-GTTT-TTACGTCAACGGAT
253 AGTGAGTAAC-AAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTA--TCAATAGA-
* * *
218120 TG-CTTTTAGTTCATG-TTCCCAAT
314 TGATTTTTA-TTAATGTTTCTCAAT
* * * * * *
218143 ACAAACAATAAATTATGATATGTTCTAACTAGAAATG--AAAAAATCTCGACTTAAAATTATTTA
1 -CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTTA
* * * * * * *
218206 TAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTT-GAAGGCATGAGAGATTATAAATGG
64 TAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAG-CTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
218270 A-TTTTGCTTGTCAATTGATAGCTTTCTCCTT-ATG-TTTCCCTATGA-AAACAAT-AGATTATG
128 ACTTTT-C-TATCAATGGATTGCTTT-TGCTTCATGATTT-TCAAT-ACAAAC-ATCAAATTAAG
* * * * * **
218330 ATATGTTTTAATC-AAAAATAAAAAGAAATTTAATTTAAAATTATTTAT-AAGATTATAAAACTT
187 ATCT-TTTTAA-CAAAAAATGAAAA-AAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAACCA
* ** ** ** * * * * *
218393 TTTAAAGTGAGCGAGTAGATTTTCGAAGGTAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATG
248 CTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATA
* * *** * * *
218457 GCTTGCTTTCGCTTCACGTTTCT-AGGT
312 G-ATGATTTTTATTAATGTTTCTCA-AT
* ** * * *
218484 ACAAACATCAAATTATGATCA--TTTTAACCGAAAATG-AAAATAATTTAATATAAAATCATTTA
1 -CAAACAACAAATTATGAT-ATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
* * * * * ** * *
218546 TAA-AGTAATAAAA-TCACTAAAAGTTAGTAA-TAAGGCTTTT-GAAAGTGTGATTGACTTTAAA
64 TAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGCAACT-A-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
218607 TGGACTTTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTTACG-TTTCCTAATGCAAATAACAAATTATGG
125 TGGACTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTC-AATACAAACATCAAATTAAGA
* * * * * * *
218671 CCTCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACAATTTAAAATCATTTAT-AAGATTATAAATCCATT
188 TCT-TTTTAACAAAAAAT-GAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAACCACT
* * ** * ** * * * *
218735 TCAAGTGAATAACTTGACTTTTAAAGGCA-CAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGA
250 TAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGA
* *
218799 T-AGTTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAT
314 TGA-TTTTT-ATTAATGTTTCTC-AAT
* * * *
218824 GCAAACATCAAATTATGATCT-TTTTAA-TCAAAAATG-AAAAAAATTCAATTCAAAATCACTTA
1 -CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
** ** * * * *
218886 TAA-AGTTATAAAACTGA-TTAAAGCAAATAACAAGGCTTATC-AAAGGCATTG-GTGACTTTAA
64 TAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGCAACTA-GCTTTTCGAAA-G-AATGAGTGACTATAA
* * * * * * * * * * *
218947 ATTGACTTTTCTTGTTAACGAATTTCTTTGGCTTCATG-TTTTCCAATGCAAATATCCAATTATG
124 ATGGACTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTT-CAATACAAACATCAAATTAAG
* * * * * * * *
219011 ATATGTTTTAACTATAAATGAAATAAATTTTGACTT-AAAACCATTT-TACAAGATTATAAAACT
187 ATCT-TTTTAACAAAAAATGAAA-AAA-ATTCAATTCAAAATCATTTATA-AAG-TTATAAAACC
* * * * * * * * *
219074 ATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTTGAAGGCAT-AAGTGATTAT-AATGGACTTTT-TTTTCAGT
247 ACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* *** *
219136 AGATGACTTTCGCTACATGTTTCTCAAAG
311 AGATGATTTTTATTA-ATGTTTCTC-AAT
* * * * * * *
219165 CAAACAACAAATTGTGATTTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTTAATTCAAAAACATTTGTA
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA
* * * * *
219229 AGATTATAAGA-TCATTTAAAGTAAGCTAA-TAGGC-TTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATA
66 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGC-AACTA-GCTTTTCGAAA-GAATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
219290 AAGTTTTCATGTCAATGGATTGC-TTTGCCTTACAT--TTTCTCAAAAAAAACATCAAATTATGA
127 GACTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTG-CTT-CATGATTT-TCAATACAAACATCAAATTAAGA
* * * * * * * *
219352 TCTTTTTAGCTAATAATGAAATAAAAATTCAATTTAAAATCACTTATAAAGTTTTCAAATCACTT
188 TCTTTTTAACAAAAAATG-AA-AAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTT
* * * * * * ** * * * **
219417 AAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTACGAGTGAGTGCAAATAGACTTCT-TTGTTAGCAGATG
251 AAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGAT-
* *** *
219481 GCTTTTGCCTCATGTTTCTCAAAGT
315 GATTTTTATTAATGTTTCTC-AA-T
* * * ** *
219506 -AAACAACAAACTATGATCTGTTTTAACCAAAAAT--AAAAAAATTCAATTTATGATCCTTTATA
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA
* * ** * * * *
219568 ATATTATAAAA-TCATTTGAAGCT-AGTGACTAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGAATATAAATTG
66 AGATTATAAAACT-ATTTAAAG-TGAGCAACTA-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGG
* * * ** * ** *
219630 ACTTTTCTTGTCAAAGGATTGCCTTCACTTCA-CATTTCTCAATACAAACATCAAATTGTGATCA
128 ACTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTT-TCAATACAAACATCAAATTAAGATCT
* * * * * * * *
219694 TTTCAACCAAAACT-AAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATAAAGTT-TTAAACCACTTCAAGT
191 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGT
* * * * * * * * ** *
219757 GAGAAACAAGGATTTCGAAAGCACGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTAT
256 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGATTTT
* *
219822 CATTTCACAT-TTTC-CATTT
321 TA-TT-A-ATGTTTCTCA-AT
* * * * * * * * **
219841 CAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAACAGTTTGATTTAAAATCATTTATA
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA
* * * * *
219906 AGATTGTAAAACTATTTAATA-TGAGCAAGTAGGCTTTT-GAAGGTATAAGTGACTATAAATGGA
66 AGATTATAAAACTATTTAA-AGTGAGCAACTA-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
219969 GTTTTCATGTCAACGGATTGCATTTGCTTCGTG--TTCCTAGTACAAACAAT-AAATTATGA-CT
129 CTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTC-AATACAAAC-ATCAAATTAAGATCT
*** * * ** * * * * *
220030 TGTGTTAACTTGAAATGCAACAAATTTTGATTTAAAAGCATTTA-GAAGATTATAAAACTATTTA
191 T-T-TTAACAAAAAATG-AAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAG-TTATAAAACCACTTA
** * * * ** * * ** *
220094 AAGCAAGTAACTAGCCTTTCTAAGATATGAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTATCAACCGATGG
252 AAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGA
* ** * *
220159 CTTTTGCTACACGTTTCCCAAAGT
317 TTTTTATTA-ATGTTTCTC-AA-T
* * * * *
220183 -AACCAACAAATTATGATCTGTTTTCACTAAAAATGAAAAAGAAA-TCAAGTTAAAATCAATTAT
1 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* * * * * **
220246 AAGATTATAAAACCT-TGTAAAGCGAG-AATTGAGGCTTTT-GAAGGTATGAGTGACTCGAAATG
65 AAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGCAACT-A-GCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * ** ** * *
220308 GACTATGCTTTTCAATGGACTACTTTTGCTTTA-CATTTTTTATGTAAACATCAAATTATGATCA
127 GACTTTTC-TATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTCAATACAAACATCAAATTAAGATCT
* * ** ** *
220372 TTTTAACTATAACGGAAAAAAATTC-ATT-TTAA--ATTCAT----TTAT-AAACCACTTAAAGT
191 TTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGT
* * * * ** * * * *
220428 AAGAAATAAGACTTTTAAAGGCATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATGAATGGCCA-GCTT
256 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAG--ATGATT
* *
220492 TCCTT-TCACAT-TTTC-CATT
319 T--TTATTA-ATGTTTCTCAAT
* * * * * * * * * * * *
220511 GCAAATATCCAATCATGATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAAAAGTTCGATTTAAAATCATCTAC
1 -CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAT
* *
220576 AAGATTATAAAACCATTTAATGTGAG-AACTAGGCTTTTC
65 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTA-GCTTTTC
220615 ATGTCAACAA
Statistics
Matches: 2959, Mismatches: 656, Indels: 403
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 91 0.03
321 46 0.02
322 95 0.03
323 6 0.00
325 2 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 8 0.00
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334 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATA
AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAGCTTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTATCAATGGATTGCTTTTGCTTCATGATTTTCAATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTTA
ACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTA
ACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGATTTTTATTA
ATGTTTCTCAAT
Found at i:217999 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 217732--218036 Score: 384
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
217722 ATAAAACCGC
* * * *
217732 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTATCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * * * * *
217797 TTACTTTTGCTTTATGTTTCTTGATGAAAATATCCAATTGTGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAA
66 TGACTTTTGCTTTATGATTCTTCATGAAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAATGAAA
217862 AAA-ATAAGATTATAAAATCAT
131 AAACATAAGATT-TAAAATCAT
* * *
217883 TTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGA
* * *
217947 ATGGCTTTTG-TTTCATGATT-TTCATTACAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAGTG
65 ATGACTTTTGCTTT-ATGATTCTTCATGA-AAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAATG
* *
218010 AAAAAACGTATGATTTAAAATCAT
128 AAAAAACATAAGATTTAAAATCAT
218034 TTA
1 TTA
218037 TAAGATTATA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 10 0.08
151 116 0.88
152 6 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (151 bp):
TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
TGACTTTTGCTTTATGATTCTTCATGAAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAATGAAA
AAACATAAGATTTAAAATCAT
Found at i:218399 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 217865--220415 Score: 1100
Period size: 171 Copynumber: 15.0 Consensus size: 167
217855 AATGAAAAAA
* * *
217865 ATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATG
1 ATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
* * * ** * * *
217929 GACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGATTTTC-ATTACAAAC-ATCCAATTATGAT
64 GACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATG-TTTCCTATGA-AAACAAT-AAATTATGAT
* * * * ** *
217992 CTATTTTAACTAGAAGTGAAAAAACGTAT-GATTTAAAATCATTT
126 AT-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTT
*
218036 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACT-AGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
* * * * ** * *
218101 AGTTTT-TACGTCAACGGATTGCTTTTAGTTCATGTTCCCAAT-ACAAACAATAAATTATGATAT
65 ACTTTTCT-TGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCTATGA-AAACAATAAATTATGATAT
* * * * * * *
218164 GTTCTAACTAGAAAT-GAAAAAATCTCGACTTAAAATTATTT
128 -TTTTAACCAAAAATAAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
218205 ATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTTGAAGGCATGAGAGATTATAAATGG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAG-CTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
* *
218270 A-TTTTGCTTGTCAATTGATAGCTTTCTCCTT-ATGTTTCCCTATGAAAACAATAGATTATGATA
65 ACTTTT-CTTGTCAATGGATAGCTTT-TCCTTCATGTTT-CCTATGAAAACAATAAATTATGATA
* * *
218333 TGTTTTAATCAAAAATAAAAAGAAATTTAATTTAAAATTATTT
127 T-TTTTAACCAAAAATAAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTT
* ** * * *
218376 ATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGCGAGTAGATTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGCTTTT-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
218441 ACTTTTCTTGTTAATGGCTTGC-TTTCGCTTCACGTTT-CTAGGTACAAAC-ATCAAATTATGAT
65 ACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTC-CTTCATGTTTCCTATG-A-AAACAAT-AAATTATGAT
* * * * *
218503 CA-TTTTAACCGAAAATGAAAATAATTTAATATAAAATCATTT
126 -ATTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * * *
218545 ATAA-AGTAATAAAA-TCACTAAAAGTTAGTAA-TAAGGCTTTTGAAAGTGTGATTGACTTTAAA
1 ATAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACT-A-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * **
218607 TGGACTTTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTTACGTTTCCTAATGCAAATAACAAATTATGGC
62 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCT-ATGAAAACAATAAATTATGAT
* *
218672 CTCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACAATTTAAAATCATTT
126 AT-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * * **
218716 ATAAGATTATAAATCCATTTCAAGTGAATAACTTGACTTTTAAAGGCACAAGTGACTATAAATGG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAG-CTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
* * * * *
218781 ACTTTTCTTGTCAATTGATAGTTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCT
65 ACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCT-ATGAAAACAAT-AAATTATGATAT
* * * *
218845 TTTTAATCAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCACTT
128 TTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
** * * ** * *
218885 ATAA-AGTTATAAAACTGA-TTAAAGCAAATAACAAGGCTTATCAAAGGCATTG-GTGACTTTAA
1 ATAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTA-GCTT-TTGAAGGTA-TGAGTGACTATAA
* * * * ** ** * * * *
218947 ATTGACTTTTCTTGTTAACGAATTTCTTTGGCTTCATGTTTTCCAATGCAAA-TATCCAATTATG
61 ATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATG-TTTCCTATGAAAACAAT-AAATTATG
* * * * ** * *
219011 ATATGTTTTAACTATAAATGAAATAAATTTTGACTTAAAACCATTTT
124 ATAT-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCA-TTT
* * * * *
219058 ACAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAGCCTTTTGAAGGCATAAGTGATTAT-AATGG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAG-CTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * * *
219122 ACTTTT-TTTTCAGTAGAT-GAC-TTTCGCTACATGTTTCTCAAAGCAAACAACAAATTGTGATT
65 ACTTTTCTTGTCAATGGATAG-CTTTTC-CTTCATGTTTC-CTATGAAAACAATAAATTATGATA
* * *
219184 TGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTTAATTCAAAAACATTT
127 T-TTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * ** * *
219226 GTAAGATTATAAGA-TCATTTAAAGTAAGCTAA-TAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
1 ATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAG-TAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
** * * * * * **
219289 AAAGTTTTCATGTCAATGGATTGCTTTGCCTTACAT-TTTCTCAAAAAAAAC-ATCAAATTATGA
63 GGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTT-CATGTTTC-CTATGAAAACAAT-AAATTATGA
* * * * *
219352 TCTTTTTAGCTAATAATGAAATAAAAATTCAATTTAAAATCACTT
125 TATTTTTAACCAAAAAT-AAA-AAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * * **
219397 ATAA-AGTTTTCAAA-TCACTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTACGAGTGAGTGCAAAT
1 ATAAGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
* * * *** * * * * * *
219460 AGACTTCT-TTGTTAGCAGATGGCTTTTGCC-TCATGTTTCTCAAAGTAAACAACAAACTATGAT
63 GGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTT-CCTTCATGTTTC-CTATGAAAACAATAAATTATGAT
* ** *
219523 CTGTTTTAACCAAAAAT-AAAAAAATTCAATTTATGATCCTTT
126 AT-TTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
219565 ATAATATTATAAAA-TCATTTGAAGCT-AGTGACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAAT
1 ATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAG-TGAGTAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
* * * * ** * *
219628 TGACTTTTCTTGTCAAAGGATTGC-CTTCACTTCACATTTCTCAAT-ACAAAC-ATCAAATTGTG
63 GGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTC-CTTCATGTTTC-CTATGA-AAACAAT-AAATTATG
* * * *
219690 ATCA-TTTCAACCAAAACT-AAAAAAATTGAATTTAAAATCAATT
124 AT-ATTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * * * * * * * *
219733 ATAA-AGTT-TTAAACCACTTCAAGTGAGAAACAAGGATTTCGAAAGCACGAGTGATTATAAATA
1 ATAAGA-TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
* * * ** *
219796 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTATCATTTC-ACAT-TTTCC-ATTTCAAAC-ATCCAATTATG
64 GACTTTTCTTGTCAATGGATAGCT-T--TTCCTTCATGTTTCCTA-TGAAAACAAT-AAATTATG
* * * * * * **
219857 ATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAACAGTTTGATTTAAAATCATTT
124 ATAT-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * *
219903 ATAAGATTGTAAAACTATTTAATA-TGAGCAAGTAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATG
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAA-AGTGAGTAACTA-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * *
219967 GAGTTTTCATGTCAACGGATTGCATTTGCTTCGTG-TTCCTA-GTACAAACAATAAATTATGACT
64 GACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCTATG-A-AAACAATAAATTATGA-T
* *** * * * ** *
220030 -TGTGTTAACTTGAAATGCAACAAATTTTGATTTAAAAGCATTT
126 AT-TTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* ** * *
220073 AGAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACTAGCCTTTCT-AAGATATGAGTGACTATAAATA
1 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAG-CTTT-TGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
* * ** * * * * * * * * * *
220137 GACTTCTCTTATCAACCGATGGCTTTTGCTACACGTTTCCCAAAGTAACCAACAAATTATGATCT
64 GACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTT-CCTATGAAAACAATAAATTATGATAT
* * * *
220202 GTTTTCACTAAAAATGAAAAAGAAA-TCAAGTTAAAATCAATT
128 -TTTTAACCAAAAAT-AAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * **
220244 ATAAGATTATAAAACCT-TGTAAAGCGAG-AATTGAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTCGAAAT
1 ATAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAACT-A-GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
* * * * * *
220307 GGACTATGCTTTTCAATGGACTA-CTTTTGCTTTACAT-TTT-TTATGTAAAC-ATCAAATTATG
63 GGACTTTTCTTGTCAATGGA-TAGCTTTT-CCTT-CATGTTTCCTATGAAAACAAT-AAATTATG
* * *** * *
220368 ATCA-TTTTAACTATAACGGAAAAAAATTCATTTTAAATTCATTT
124 AT-ATTTTTAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
220412 ATAA
1 ATAA
220416 ACCACTTAAA
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 444, Indels: 247
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 83 0.05
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169 345 0.19
170 495 0.27
171 585 0.32
172 57 0.03
173 32 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACTAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCTATGAAAACAATAAATTATGATATTTT
TAACCAAAAATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
Found at i:218681 original size:831 final size:829
Alignment explanation
Indices: 217191--218716 Score: 1811
Period size: 831 Copynumber: 1.8 Consensus size: 829
217181 AAAAAATTCA
* *
217191 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATTAAGCTTTTGAAGGTGTGA
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGTATGA
* * *
217256 GTGACTATAAATGGACTTTTCCTATTAATAGATTGCTTTCATTACATGATTCTAAATACAAACAT
66 GTGACTATAAATGGACTTTT-CTATCAACAGATTGCTTTCATTACATGATTCCAAATACAAACAT
* * *
217321 CAAATTAAGATCCTTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCCTTTATAAAGTTATAA
130 CAAATTAAGATCATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAATTATAA
* * * * * * * *
217386 AACCACTTAAAGTTAGTAACAAGGCTCTTGAATGTATTAGTGACTACAAATTGAGTTTTTTTCTC
195 AACCACTTAAAGTGAGTAACAAGCCTCTTGAAGGCATGAGAGACTACAAATGGAGTTTTCTTCTC
* ** * ** * *
217451 AACAAATTGCTTTTGTTTTATATTTCTTAATTCAAACATCCAATTGTGATATGTTTTAACTAGAA
260 AACAAATAGCTTTTGCCTTATATTTCCTAATGAAAACAT-CAATTATGATATGTTTTAACTAAAA
* * *
217516 ATGAAAGAAAATTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAACTAAC
324 ATAAAAGAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGCAACTAAC
* *
217581 TTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATTGCTTTTGCTACACGTT
389 TTTCCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATTGCTTTCGCTACACGTT
217646 TTCCTATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAAATCAAAATAA
454 TTCCTATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAAATCAAAATAA
* * * *
217711 TTTATAAAGCTATAAAACCGCTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAA
519 TTTATAAAGCTATAAAACCACTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
217776 TTGACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTGCTTTATGTTTCTTGATGAAAATATCCAATTGTGAT
584 TGGACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTGCTTTACGTTTCCTAATGAAAATAACAAATTATGAC
* * * *
217841 CTGTTTTAACTAGAAAT-GAAAAAAATA-AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTT
649 CTCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACA-ATT-TAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTT
217904 TCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGATTTT
712 TCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGATTTT
217969 CATTACAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAAACGTATG
777 CATTACAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAAACGTATG
* *
218022 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGTATGA
1 ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGTATGA
* * * *
218087 GTGACTATAAATGGAGTTTT-TACGTCAACGGATTGCTTTTAGTT-CATG-TTCCCAATACAAAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTA--TCAACAGATTGCTTTCA-TTACATGATTCCAAATACAAAC
* * * * *
218149 AAT-AAATTATGAT-ATGTTCTAACTAGAAATG-AAAAAATCTCGACTT-AAAATTATTTATAAA
128 -ATCAAATTAAGATCAT-TT-TAACAAAAAATGAAAAAAAT-TC-AATTCAAAATCATTTATAAA
* * * * *
218210 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTTGAAGGCATGAGAGATTATAAATGGA-TTT
188 ATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGCCTCTTGAAGGCATGAGAGACTACAAATGGAGTTT
* *** *
218274 TGCTTGTCAATTGATAGCTTTCT-CCTTATGTTTCCCT-ATGAAAACAAT-AGATTATGATATGT
253 T-CTTCTCAACAAATAGCTTT-TGCCTTATATTT-CCTAATGAAAAC-ATCA-ATTATGATATGT
* *
218336 TTTAA-TCAAAAATAAAA-AGAAATTTAATTTAAAATTATTTATAAGATTATAAAACT-TTTTAA
313 TTTAACT-AAAAATAAAAGA-AAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA-TAATTTAA
* * * * * *
218398 AGTGAGCGAGTAGA-TTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGCTTG
375 AGTGAGCAACTA-ACTTTCCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATTG
* * *
218462 CTTTCGCTTCACG-TTT-CTAGGTACAAACATCAAATTATGATCATTTTAACCGAAAATGAAA-A
439 CTTTCGCTACACGTTTTCCTA--TACAAACATCAAATTAAGATC-TTTTAACCAAAAATGAAAGA
* * * * ** * *
218524 TAATTTAATAT-AAAATCATTTATAAAG-TAATAAAATCACTAAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTG
501 AAATTCAA-ATCAAAATAATTTATAAAGCT-ATAAAACCACTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
** * * * *
218587 AAAGTGTGATTGACTTTAAATGGACTTTTCTTATTAATGGA-TAGCTTTTGCTTTACGTTTCCTA
564 AAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATTA-CTTTTGCTTTACGTTTCCTA
* *
218651 ATGCAAATAACAAATTATGGCCTCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACAATTTAAAATCATTT
628 ATGAAAATAACAAATTATGACCTCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACAATTTAAAATCATTT
218716 A
693 A
218717 TAAGATTATA
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 93, Indels: 50
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
829 6 0.01
830 43 0.07
831 484 0.84
832 43 0.07
833 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (829 bp):
ATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAACTAAGCTTTTGAAGGTATGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTATCAACAGATTGCTTTCATTACATGATTCCAAATACAAACATC
AAATTAAGATCATTTTAACAAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAATTATAAA
ACCACTTAAAGTGAGTAACAAGCCTCTTGAAGGCATGAGAGACTACAAATGGAGTTTTCTTCTCA
ACAAATAGCTTTTGCCTTATATTTCCTAATGAAAACATCAATTATGATATGTTTTAACTAAAAAT
AAAAGAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGCAACTAACTT
TCCGAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATTGCTTTCGCTACACGTTTT
CCTATACAAACATCAAATTAAGATCTTTTAACCAAAAATGAAAGAAAATTCAAATCAAAATAATT
TATAAAGCTATAAAACCACTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTATCAATGAATTACTTTTGCTTTACGTTTCCTAATGAAAATAACAAATTATGACCT
CTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATACAATTTAAAATCATTTAAAGTGAGTAACTAGGCTTTCGA
AGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGATTTTCATT
ACAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACTAGAAGTGAAAAAACGTATG
Found at i:221536 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 220701--221545 Score: 526
Period size: 169 Copynumber: 5.0 Consensus size: 168
220691 AAATCTTGAC
* * * * * *
220701 TTAAAATCATTTATGAGA-TTATAAAA-CATTTTAAAGTGAGTTACAAGGCTATT-AAAGGTATG
1 TTAAAATCATTTA-GAAAGTTATAAAACCA-CTTAAAGTGAGTAACTAGCCT-TTCAAAGGCATG
* ** * * * * * ** * **
220763 AGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATTAATTGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCCAATGCAAATG
63 AATGACTATAAATATA-TTTTTTTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
*
220828 ACAAATTATGATATGTTTTAATCAAAA--ATAAAAAAATTT-AAT
127 ACAAATTATGATCT-TTTTAA-CAAAATGAT-AAAAAATTTCAAT
* * ** * * *
220870 TTAAAATCATTTATAATA-TTATACAACCTTTTAAAG-CAATCAA-TAAGGCTTTCAAAGGCATG
1 TTAAAATCATTTAGAA-AGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGT-AACT-AGCCTTTCAAAGGCATG
* ** * * * *
220932 AGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATTACTTTCACTTCACGTTTCCTAATACAAACA
63 AATGACTATAAATATA-TTTTTTTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
* *
220997 TCAAATTATGATCATTTTAACCAAAACT--TAAAAAATTTCAAT
127 ACAAATTATGATCTTTTTAA-CAAAA-TGATAAAAAATTTCAAT
* * * * * * * * * *
221039 TTAAAATCAGTTATAAAATTTTAAAACCTCTTAAAGTTAGAAACAAGGCTTTCAAAGGAATGAAT
1 TTAAAATCATTTAGAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTCAAAGGCATGAAT
*** * * * * * ** * *
221104 GGGAAGAAATGGACA-TTTTTTGTTAATGGATGGC-TTCAATTTCATGTTTTTCATTGTAAACAT
66 GACTATAAAT--ATATTTTTTTGTCAATGGATGACTTTC-ACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA-
* *
221167 TC-AATTATGATCTTCTTTAACTAGAAATGA-AAAAAATTTCTAT
127 ACAAATTATGATCTT-TTTAAC-A-AAATGATAAAAAATTTCAAT
* * * *
221210 TTAAAATCATTT-GCAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAACTA-CCTTTTAAAGGCATGAA
1 TTAAAATCATTTAGAAAG-TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTCAAAGGCATGAA
* * * ** *** *
221273 TAACTATAAATATAATTTCTTGGTCAATGGATTG-CTTTTGCTTCATGTTTCTTGATACAAACAT
65 TGACTATAAATAT-ATTTTTTTGTCAATGGA-TGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA-
* * * *
221337 A-AAATTGTGATCTATTTAACAAAAAATGATAAACAAA-TGCAAC
127 ACAAATTATGATCTTTTTAAC--AAAATGATAAA-AAATTTCAAT
* * * *
221380 TAAAAATCATTTAGAAAGTTATAAAACCACTTATAGTGAGTAACTAGCCTTTCGAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCATTTAGAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTCAAAGGCATGAAT
*
221445 GACTATAAATATATTTTTGTTGTCAATCGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACAACA
66 GACTATAAATATATTTTT-TTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACAACA
*
221510 AATTATGATCTCTTTTAATCAAAATGA-AAAATATTT
130 AATTATGATCT-TTTTAA-CAAAATGATAAAAAATTT
221546 AAAGCGAGTA
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 117, Indels: 73
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 30 0.06
169 223 0.43
170 128 0.25
171 135 0.26
172 5 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAATCATTTAGAAAGTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACTAGCCTTTCAAAGGCATGAAT
GACTATAAATATATTTTTTTGTCAATGGATGACTTTCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACAACAA
ATTATGATCTTTTTAACAAAATGATAAAAAATTTCAAT
Found at i:221916 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 221542--223832 Score: 1110
Period size: 170 Copynumber: 13.5 Consensus size: 169
221532 AATGAAAAAT
* * * * *
221542 ATTTAAAGCGAGTAACAAGAC-TTTCAGATGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTC-TAGTCAA
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAA
* ** * * * *
221605 TGGATTGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAATACAAAC-ATCAAAATATGATCT-TTTGAATCAAAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCT-AATGCAAACAAT-AAATTATGATATGTTTAAAT-AAAA
** * ** * *
221667 AGGGAAATAAAATTCAATTTAAAATCATTTGCAAAATTATAAAACC
126 A-TTAAA-AAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * * * *
221713 ACTTAAAGTGAGTAACAAGGCATTTAAAGGCATGAGTGATTCTTAATGGACTTTTCTTATCAAAG
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
*
221778 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTTAAATGAAAAATTA
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTTAAAT-AAAAATTA
* * *
221843 AAAAAATACAATTTAAAATTATTTGTAAGATTATAAATGC
130 AAAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* ** ** * * * * *
221883 AATTAAAGTGAACAACTTGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCTTGTCAATT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * ** * * * ** *
221948 GATAGCTTTCACTACATGTTTCCTGATGCAAA-TATCAAATTATGATAT-TTTTAACCAAAATGA
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAAT-AAATTATGATATGTTTAAATAAAAATTA
* *
222011 AAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAA-AGTTATAAAAT-C
130 AAAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTAT-AAATCC
* * * * * * * * *
222051 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTCGAAAGAATTAGTGAATGTAAATTGACTTTTCTTGTCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
* ** * * ** * * * * *
222116 GAATTTCTTTCTCCTCATGTGTCCCAATGCAAAC-ATACAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAAT
65 GGATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATA-AATTATGATATG-TTTAAATAAAAAT
* * ***
222180 GAAACAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATTAAA-CC
128 TAAA-AAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTA-TAAATCC
** * * * * * * *
222223 ATTTAAAGTGAGTAA-TTGACCTTTCGAAGGTATGAGTGATTATAAATGAACTTCTCTTGTCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
* * * ** * * * * * * * * *
222287 GGATAGCTATCGCTTCATGTTTCCTAAAGTACACAACAAATTCTGATTTGTTTTAATCACAATTG
65 GGATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTTAAATAAAAATT-
* * *
222352 AAAAAAA-ATCAAGTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACT
129 AAAAAAATA-CAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * * * *
222393 TTTTACAGTGGGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGA-TTATTGTTATCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTATCAAT
* * * * ** *
222457 TGATGGCTTTCACCTCACATTT-CTAATGCAAACAACAAATTAAGA-ATTGTTTTTATCAAAATT
65 GGATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATA-TGTTTAAATAAAAATT
* *
222520 GAAAATAAA-ATCAATTTAAAGTCATTTATAAGATTATAAAACC
129 -AAAA-AAATA-CAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * *
222563 ATTTAAAGTGAGCAACCAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATATCAATA
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
** ** * * * * * * * *
222628 GATTACTTTTGCTTCACA-ATCTTGATACAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTATAAATAA
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATATG-TTTAAATAAAAATTA
* *
222692 AAAAAAT-CTAGATTTAAAATTATTTATCAGATTATAAAAT-C
130 AAAAAATAC-A-ATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AAATCC
*** * * * * *
222733 ATTTAAACCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTGTCAATT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * *** * * * *
222798 GATGGCATTCACCTCATGCTTCTTGATACAAACAATAAATTATGATATGTTTGAACTAAAAATTA
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTT-AAATAAAAATTA
* *
222863 AAAAAA-ATCAATTTAAAATCATTTATAGGATTATAAAACC
130 AAAAAATA-CAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * * * ** * * * * *
222903 TTTTAAAGTAAATGACTAGGCTTTCGAAGATATGAGTGATTATAAATAGATTTTTCTTGTCCATG
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * * ** * *
222968 GATTGTTTTTACTTCATGTTTCCTAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCA-ATTT-AACAAAAATT
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAAT-AAATTATGAT-ATGTTTAAATAAAAATT
* * ** * * *
223030 GAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACTATAAAATTTTAAAACC
129 -AAAAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * * * * * * * * *
223072 ACTTAAAGCGAG-AAGTAAGTCTTTTGAAAGAATCAGTGGCAATAAATAGACTTTTGTT-GCTAA
1 ATTTAAAGTGAGTAA-CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AA
* * * ** * * * * *
223135 TGAATGGCTTTTATTTCATGTTTTCC-ATTGCAAAC-ATCCAATTATGATATATTTTAACTAGAA
64 TGGATGGCTTTCACTTCA-CATTTCCTAATGCAAACAAT-AAATTATGATAT-GTTTAAATAAAA
* * *** * **
223198 GTGAAAAAACATTTGACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGC
126 ATTAAAAAA-ATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
* * * * * * * **
223243 ATTTAAGGTGAGCAACTAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAACA
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * ** * * * * ** * * * *
223308 AATTGCTTTTGCTTCACA-TT-CTCGATACAAATAACAAATTATGATCCGTGGTAACTAGAAATG
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCT-AATGCAAACAATAAATTATGATATGT-TTAAATAAAAATT
**** * *
223371 AAACAAAATTTTTTTTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACC
129 AAA-AAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
** * * * * * ** *
223413 ATTTAAACCGACTAACTAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
* * ** * * * * * * *
223478 CAAGGCTTTTGCTTCATATTT-CTCAAAGAAAATAACAAATTATGATCTGTTTTAACA-AAAAAA
66 GATGGCTTTCACTTCACATTTCCT-AATGCAAACAATAAATTATGATATG-TTTAA-ATAAAAAT
* * *
223541 TAAAACAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAT-C
128 TAAAAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTAT-AAATCC
* * ** * ** *
223583 TTTTAAAGCGAGCGACGAGGCTTTTGAATACATAAGTGACTATAAATGGACTATTT-TTATCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAAT
* * ** * * * * ** *
223647 GGATTGCTTTCATTTCATGTTT-CTCGATACAAAC-ATCACATTATGATCA-CTTTAACCAAAAC
65 GGATGGCTTTCACTTCACATTTCCT-AATGCAAACAAT-AAATTATGAT-ATGTTTAAATAAAAA
* * * * * * *
223709 TGAAAAAAGTTCAATTAAAAATCAGTTATAAGATTTTAAAACC
127 TTAAAAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
** * * * * * * * * * *
223752 CCTTACAGTGAGAAACAAGGTTTTTGAAAGAATAAATGGCAATAAATGAACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
*
223817 GATGGCTTTCATTTCA
66 GATGGCTTTCACTTCA
223833 TGTTTTAAAA
Statistics
Matches: 1623, Mismatches: 430, Indels: 136
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 74 0.05
169 341 0.21
170 773 0.48
171 359 0.22
172 73 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
GATGGCTTTCACTTCACATTTCCTAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTTAAATAAAAATTAA
AAAAATACAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCC
Found at i:222294 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 221571--223836 Score: 1391
Period size: 340 Copynumber: 6.7 Consensus size: 337
221561 ACTTTCAGAT
* * * ** *
221571 GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAATA
1 GCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATG
* * * * * **
221635 CAAACATCAAAATATGATCTTTTGAATCAAAAAGGGAAATAAAATTCAATTTAAAATCATTTGCA
65 CAAACATCAAATTATGATATTTTTAA-CAAAAA-TGAAA-AAAATTCAATTCAAAATCATTTATA
* * * * * * *
221700 AAATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCATTT-AAAGGCATGAGTGATTCTTAATGGAC
127 AAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAA-GCATGAGTGAATATAAATAGAC
* * *
221764 TTTTCTTATCAAAGGATGGCTTTCACTTCACAT-TTCCCAATGCAAACAATA-AATTATGATATG
191 TTTTCTTGTC-AATGATGGCTTTCAC--CTCATGTTCCCAATGCAAAC-ATACAATTATGATATG
* * * * * ** *
221827 -TTTAAATGAAAAATTAAAAAAATACAATTTAAAATTATTTGTAAGATTATAAATGCAATTAAAG
252 TTTTAACT-AAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
221891 TGAACAACTT--GGCTTTTGAAG
316 TGAGCAA-TTGAGGCTTTCGAAG
* * * ** * *
221912 GCATGAGTGAATATAAAT-AGACTTTCCTTGTCAATTGATAGCTTTCACTACATGTTTCCTGATG
1 GCATGAGTGATTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATG
* *
221976 CAAATATCAAATTATGATATTTTTAACCAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAG
65 CAAACATCAAATTATGATATTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAG
* * * * *
222041 TTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTCGAAAGAATTAGTGAATGTAAATTGACTTT
130 TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT-GAAAGCATGAGTGAATATAAATAGACTTT
** * *
222106 TCTTGTCAATGAATTTCTTTCTCCTCATGTGTCCCAATGCAAACATACAATTATGATCTGTTTTA
194 TCTTGTCAATG-ATGGCTTTCACCTCATGT-TCCCAATGCAAACATACAATTATGATATGTTTTA
* * ** * *
222171 ACTAGAAATGAAACAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGT
257 ACTAAAAATGAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGC
*
222236 AATTGA-CCTTTCGAAG
321 AATTGAGGCTTTCGAAG
* * * * * *
222252 GTATGAGTGATTATAAATGAACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCGCTTCATGTTTCCTAAAGT
1 GCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGC
* * * * * * *
222317 ACACAACAAATTCTGATTTGTTTTAATCACAATTGAAAAAAAATCAAGTT-AAAATCATTTAT-A
66 AAACATCAAATTATGATAT-TTTTAA-CAAAAATGAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCATTTATAA
*** * * * * *
222380 AGATTATAAAACTTTTTACAGTGGGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGT-AACTATAAATAGA-
128 AG-TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGAA-TATAAATAGAC
* * ** * * *
222443 TTATTGTTATCAATTGATGGCTTTCACCTCACATTTCTAATGCAAACA-ACAAATTAAGA-ATTG
191 TT-TTCTTGTCAA-TGATGGCTTTCACCTCATGTTCCCAATGCAAACATAC-AATTATGATA-TG
* * * *
222506 TTTTTA-TCAAAATTGAAAATAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
252 TTTTAACT-AAAAATGAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
** *
222570 GTGAGCAA-CCAGGCTTTTGAAG
315 GTGAGCAATTGAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *** * * *
222592 GCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATATCAATAGATTA-CTTTTGCTTCA-CAATCTTGATA
1 GCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGA-TAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATG
* * * * *
222655 CAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTATAAAT-AAAAAAAATCTAGATTTAAAATTATTTAT
65 CAAACATCAAATTATGATAT-TTTTAAC-AAAAATGAAAAAAATTC-A-ATTCAAAATCATTTAT
* * * * * * * *
222719 -CAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA-AGA
126 AAAG-TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGAATATAAATAG-
* *** *
222782 ACTTTTCTTGTCAATTGATGGCATTCACCTCATGCTTCTTGATACAAACAATA-AATTATGATAT
189 ACTTTTCTTGTCAA-TGATGGCTTTCACCTCATG-TTCCCAATGCAAAC-ATACAATTATGATAT
* * * * *
222846 GTTTGAACTAAAAATTAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAGGATTATAAAACCTTTTAAAG
251 GTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *** *
222911 TAAATGACT-AGGCTTTCGAAG
316 TGAGCAATTGAGGCTTTCGAAG
** * * * * *
222932 ATATGAGTGATTATAAAT-AGATTTTTCTTGTCCATGGATTGTTTTTACTTCATGTTTCCTAATG
1 GCATGAGTGATTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATG
* **
222996 CAAACATCAAATTATGATCA-ATTTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAACTATA
65 CAAACATCAAATTATGAT-ATTTTTAACAAAAA-TGAAAAAAATTCAATTC-AAAATCATTTATA
* * * * * * *
223059 AAATTTTAAAACCACTTAAAGCGAG-AAGTAAGTCTTTTGAAAGAATCAGTGGCA-ATAAATAGA
127 AAGTTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAA-CAAGGCTTTTGAAAGCATGAGT-GAATATAAATAGA
* * ** * * * *
223122 CTTTTGTTG-CTAATGAATGGCTTTTATTTCATGTTTTCCATTGCAAACATCCAATTATGATATA
190 CTTTTCTTGTC-AATG-ATGGCTTTCACCTCATG-TTCCCAATGCAAACATACAATTATGATATG
* * ** * * *
223186 TTTTAACTAGAAGTGAAAAAACATTTGACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAGG
252 TTTTAACTAAAAATGAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
223251 TGAGCAACT-AGGCTTTTGAAG
316 TGAGCAATTGAGGCTTTCGAAG
* * * * * *** * ** * *
223272 ACATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAACAAATTGCTTTTGCTTCA-CATT-CTCGATA
1 GCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATG
* * ** ** * *** **
223335 CAAATAACAAATTATGATCCGTGGTAACTAGAAATGAAACAAAATTTTTTTTGAAATCATTTAT-
65 CAAACATCAAATTATGAT-ATTTTTAAC-AAAAATGAAA-AAAATTCAATTCAAAATCATTTATA
* * * * * * * *
223399 AAGATTATAAAACCATTTAAACCGACTAACTAGGCTTTCG-AAGTCATGGGTGACTATAAATATA
127 AAG-TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAG-CATGAGTGAATATAAATAGA
* ** * * * * *
223463 CTTTTCTTGTCAATGCAAGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAAAG-AAA-ATAACAAATTATGATCT
190 CTTTTCTTGTCAATG-ATGGCTTTCACCTCAT-GTTCCCAATGCAAACAT-AC-AATTATGATAT
* * * * *
223526 GTTTTAACAAAAAAAT-AAAACAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAATCTTTTAAA
251 GTTTTAAC-TAAAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
223590 GCGAGCGA-CGAGGCTTTTGAAT
315 GTGAGCAATTGAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *** *
223612 ACATAAGTGACTATAAATGGACTATTT-TTATCAATGGATTGCTTTCATTTCATGTTT-CTCGAT
1 GCATGAGTGATTATAAATGAACT-TTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAT
* * * * * * *
223675 ACAAACATCACATTATGATCA-CTTTAACCAAAACTGAAAAAAGTTCAATTAAAAATCAGTTAT-
64 GCAAACATCAAATTATGAT-ATTTTTAA-CAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATA
* * * * * * * * * *
223738 AAGATTTTAAAACCCCTTACAGTGAGAAACAAGGTTTTTGAAAGAATAAATGGCA-ATAAAT-GA
127 AAG-TTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGCATGAGT-GAATATAAATAG-
* **
223801 ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCATTTCATGTT
189 ACTTTTCTTGTCAAT-GATGGCTTTCACCTCATGTT
223837 TTAAAATCAT
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 366, Indels: 157
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 86 0.06
339 330 0.22
340 666 0.45
341 322 0.22
342 71 0.05
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
GCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGC
AAACATCAAATTATGATATTTTTAACAAAAATGAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTATAAAGT
TATAAAACCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTTC
TTGTCAATGATGGCTTTCACCTCATGTTCCCAATGCAAACATACAATTATGATATGTTTTAACTA
AAAATGAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATTG
AGGCTTTCGAAG
Found at i:222879 original size:680 final size:674
Alignment explanation
Indices: 221573--223832 Score: 1783
Period size: 680 Copynumber: 3.3 Consensus size: 674
221563 TTTCAGATGC
* * * * * ** **
221573 ATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGGATTGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAATA-C
1 ATGAGTGATTATAAATAGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCACTTCATGTTTCCT-AA-AGC
* * * ** **
221636 AAACATCAAAATATGATC-TTTTGAATCAAAAAGGGAAATAAAATTCAATTTAAAATCATTTGCA
64 AAACAACAAATTATGATCAATTT-AA-CAAAAATTGAAA-AAAATTCAA-TTAAAATCATTTATA
* * * * * * *
221700 AAATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCATTTAAAGGCATGAGTGATTCTTAATGGACT
125 AAATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
* * *
221765 TTTCTTATCAAAGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAATGCAAACAATAAATTATGATATGTTT
190 TTTGTTATC-AATGATGGCTTTCACTTCACATTT-CCAATGCAAACAACAAATTATGATATGTTT
** * * * * *
221830 AAATGAAAAATT--AAAAAAATACAATTTAAAATTATTTGTAAGATTATAAATGCAATTAAAGTG
253 TTAT-CAAAATTGAAAAAAAAT-CAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTG
* * * * * * * *
221893 AACAACTTGGCTTTTGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGACTTTCCTTGTCAATTGA-TAGCTTT
316 AGCAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAATAGATTA-CTTT
** * ** * * * * *
221957 CACTACATGTTTCCTGATGCAAATATCAAATTATGATAT-TTTTAACCAAAATGAAAAAAATTCA
380 TGCTTCA-CATTCTTGATACAAATAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAATAAAAAAAATT-A
* * * * * * *
222021 ATTCAAAATCATTTATAAAGTTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTCGAAAGAATT
443 ATTTAAAATCATTTATAGA-TTATAAAATCATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATG
* * * ** * * *
222086 AGTGAATGTAAATTGACTTTTCTTGTCAA-TGAATTTCTTTCTCCTCATGTGTCCCAATGCAAAC
506 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTGAATGGCATTCACCTCATGTGTCCCAATACAAAC
* * * ** **
222150 ATACAATTATGATCTGTTTTAACTAGAAATGAAACAAATTTTGATTTAAAATCATTTATAAGATT
571 ATACAATTATGATATGTTTGAACTAAAAATGAAACAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATT
* * * * *
222215 ATTAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TTGACCTTTCGAAGGT
636 ATAAAACCATTTAAAGTAAATAACTAG-CCTTTCGAAGAT
* *
222254 ATGAGTGATTATAAAT-GAACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCGCTTCATGTTTCCTAAAGTA
1 ATGAGTGATTATAAATAG-ACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCACTTCATGTTTCCTAAAGCA
* * *** * * *
222318 CACAACAAATTCTGATTTGTTTTAATC-ACAATTGAAAAAAAATCAAGTTAAAATCATTTATAAG
65 AACAACAAATTATGA-TCAATTTAA-CAAAAATTGAAAAAAATTCAA-TTAAAATCATTTATAAA
*** * * *
222382 ATTATAAAACTTTTTACAGTGGGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATAGA-TTA
127 ATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT-
* * *
222446 TTGTTATCAATTGATGGCTTTCACCTCACATTTCTAATGCAAACAACAAATTAAGA-ATTGTTTT
191 TTGTTATCAA-TGATGGCTTTCACTTCACATTTCCAATGCAAACAACAAATTATGATA-TGTTTT
* *
222510 TATCAAAATTGAAAATAAAATCAATTTAAAGTCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
254 TATCAAAATTGAAAA-AAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAG
* *
222575 CAACCAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATATCAATAGATTACTTTTGC
318 CAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAATAGATTACTTTTGC
* *
222640 TTCACAATCTTGATACAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACTATAAATAAAAAAAATCTAGAT
383 TTCACATTCTTGATACAAATAACAAATTATGATATGTTTTAACTA-AAATAAAAAAAAT-TA-AT
* * *
222705 TTAAAATTATTTATCAGATTATAAAATCATTTAAACCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGGCATGAGT
445 TTAAAATCATTTAT-AGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGT
***
222770 GACTATAAA-AGAACTTTTCTTGTCAATTG-ATGGCATTCACCTCATGCT-TCTTGATACAAACA
509 GACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATTGAATGGCATTCACCTCATG-TGTCCCAATACAAAC-
* *
222832 ATA-AATTATGATATGTTTGAACTAAAAATTAAA-AAAAATCAATTTAAAATCATTTATAGGATT
571 ATACAATTATGATATGTTTGAACTAAAAATGAAACAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATT
* * *
222895 ATAAAACCTTTTAAAGTAAATGACTAGGCTTTCGAAGAT
636 ATAAAACCATTTAAAGTAAATAACTAGCCTTTCGAAGAT
* * * * * * * *
222934 ATGAGTGATTATAAATAGATTTTTCTTGTCCATGGATTGTTTTTACTTCATGTTTCCTAATGCAA
1 ATGAGTGATTATAAATAGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCACTTCATGTTTCCTAAAGCAA
* **
222999 ACATCAAATTATGATCAATTTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAATCTAAAATCAACTATAAAATT
66 ACAACAAATTATGATCAATTTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAAT-TAAAATCATTTATAAAATT
* * * * * * * *
223064 TTAAAACCACTTAAAGCGAG-AA-GTAAGTCTTTTGAAAGAATCAGTGGCAATAAATAGACTTTT
130 ATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACG--AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** * * * *
223127 GTT-GCTAATGAATGGCTTTTATTTCATGTTTTCCATTGCAAACATCCAATTATGATAT-ATTTT
193 GTTATC-AATG-ATGGCTTTCACTTCA-CATTTCCAATGCAAACAACAAATTATGATATGTTTTT
* * * * ** * *
223190 AACTAGAAGTGAAAAAACATTTGACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAGGTGAG
255 ATC-AAAATTGAAAAAA-AATCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAG
* * * *
223255 CAACTAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAACAAATTGCTTTTGC
318 CAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAATAGATTACTTTTGC
* ** ** * **
223320 TTCACATTCTCGATACAAATAACAAATTATGATCCGTGGTAACTAGAAATGAAACAAAATTTTTT
383 TTCACATTCTTGATACAAATAACAAATTATGATATGTTTTAACTA-AAAT-AAA-AAAAATTAAT
* * * * * * *
223385 TTGAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGACTAACTAGGCTTTCGAAGTCATGGGT
445 TTAAAATCATTTAT-AGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGT
* * ** * * * * *
223450 GACTATAAATATACTTTTCTTGTCAA-TGCAA-GGCTTTTGCTTCATATTTCTCAA-AGAAA-AT
509 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTG-AATGGCATTCACCTCATGTGTCCCAATACAAACAT
* * * * * *
223511 AACAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAAAT-AAA-ACAATTCAACTTAAAATCATTTATAAGAT
573 -AC-AATTATGATATGTTTGAAC-TAAAAATGAAACAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGAT
* * ** *** * * * * *
223574 TATAAAATCTTTTAAAGCGAGCGACGAGGCTTTTGAATAC
635 TATAAAACCATTTAAAGTAAATAACTAGCCTTTCGAAGAT
* * * * * * * * * *
223614 ATAAGTGACTATAAATGGACTAT-TTTTATCAATGGATTGCTTTCATTTCATGTTTCTCGATA-C
1 ATGAGTGATTATAAATAGACT-TCTCTTGTCAATGGATAGCTATCACTTCATGTTTC-CTAAAGC
* * * * * * * *
223677 AAACATCACATTATGATCACTTTAACCAAAACTGAAAAAAGTTCAATTAAAAATCAGTTATAAGA
64 AAACAACAAATTATGATCAATTTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAATT-AAAATCATTTATAAAA
* * * * * * * * * * * *
223742 TTTTAAAACCCCTTACAGTGAGAAACAAGGTTTTTGAAAGAATAAATGGCAATAAAT-GAACTTT
128 TTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTT
* *
223806 TCTTATCAATGGATGGCTTTCATTTCA
192 TGTTATCAAT-GATGGCTTTCACTTCA
223833 TGTTTTAAAA
Statistics
Matches: 1276, Mismatches: 251, Indels: 105
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
677 3 0.00
678 15 0.01
679 169 0.13
680 831 0.65
681 188 0.15
682 64 0.05
683 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (674 bp):
ATGAGTGATTATAAATAGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTATCACTTCATGTTTCCTAAAGCAA
ACAACAAATTATGATCAATTTAACAAAAATTGAAAAAAATTCAATTAAAATCATTTATAAAATTA
TAAAACCACTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTT
ATCAATGATGGCTTTCACTTCACATTTCCAATGCAAACAACAAATTATGATATGTTTTTATCAAA
ATTGAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGCAACTAGG
CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCATGTCAATAGATTACTTTTGCTTCACATT
CTTGATACAAATAACAAATTATGATATGTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTAATTTAAAATCATT
TATAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTGTCAATTGAATGGCATTCACCTCATGTGTCCCAATACAAACATACAATTATGATAT
GTTTGAACTAAAAATGAAACAAAAATCAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
GTAAATAACTAGCCTTTCGAAGAT
Done.