Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397573.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5146.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6629
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.08, T:0.31
Warning! 1334 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:653 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 227--2580 Score: 1417
Period size: 170 Copynumber: 13.8 Consensus size: 170
217 NNNNNNNNNN
* * *
227 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATATGCAAACAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAA-AAA
* * * * * * *
292 GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
65 ACCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
357 TT-AATATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAT
130 TTAAAT-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
398 TTGTTTTACATATTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG-AAAGAA
1 TT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAA-AA
* * * * *
461 ATA-CATTTATTG-GCAAAAAAATTTCATTTTTAGTCACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTC
64 A-ACCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
524 GTTTTAAATTGTTTTATAATC-CTAAAATTTATTTTAAGTTGAAT
127 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
568 TCTTTTACATTTATAGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTACCTCGAGAAATGTGTAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * *
632 CCATTCATTGAGAATAAAAA-TTCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACT
66 CCATTCATTGAGAA-AAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*******************
696 TTAAATTGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 TTAAATTGTTTTATAATCTCAT--AATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * ** *
739 TTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAAAAATGTGAAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATG--CAAAAA
* * * ***********
803 AACCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNAC
64 AACCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
**
868 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAATGAAT
129 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** ** * *
909 TTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATCAAATGCTTGTCTGGAGAAACGTGCAAGAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAA-AAA
* * * *
973 AGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTG
64 AACCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-G
1037 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
1080 TTTTTTACATTTTTAGCTAAAATAGACAATAATTGAATATTTACATTGAGAAACATG-AAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * * * * * *
1144 GGCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGA
66 -CCATTCA-TTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
1208 TTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTTATTTTCAGTTAAAT
129 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * **
1250 TTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACTATTATTGAATGCTTGCCTAGAGAAACATATAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
****** * *
1314 --ATT-ANNNNNNNNNNAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTTATTACT
66 CCATTCA----TTGAGAAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
1375 CACTTCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAAT
126 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
1420 TTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-GCTGTGAGAAATATGCACAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT-TGAGAAACATGCAAAAAA
* * *
1484 AGC-TACTATTGAG-AAAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCG
65 ACCATTC-ATTGAGAAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *****
1546 CTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTNNNNN
128 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
***** * * * *
1589 NNNNNTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGACAAACATGGAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * * *
1654 GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
66 -CCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
***************************
1719 TTAAATTGTTTT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
130 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
1759 TTTTTTATATTTCTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAA
1 TTTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTGAGAAACATGCAAAAA
* * * **********
1822 AACTATTCATTGAGAAGAAAAA-TCCATTTATAGCCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCG
64 AACCATTCATTGAGAA-AAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
1886 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTAAATTGAA-
128 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** ** **
1926 ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATTTACCTCAAGAAACATTAAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * ** * ****
1991 GCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTNNN
66 CCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
******* * * *
2055 NNNNNNNGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTGAGTT-ACAT
130 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT
* * * * * * * * * *
2096 ATTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATTCAATACCTGCCTTCAGAAACATG-AAAAAAT
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
* * * *
2160 TCATTCATTAAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTT
66 CCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * *
2225 NNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
131 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
2265 TTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACGGACTATAATTGAATG-TCTACTTTGAGAAATGTGTAAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTGAGAAACATGCAAAAA
* * * * *
2328 AAGCTACTCATTGAGAAAAAAAAAAG-TCTATTTACAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 AA-CCATTCATTGAG---AAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
********** * * * *
2392 CTNNNNNNNNNNTATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGATCAAT
124 CTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * *
2439 TGTTTTACATTTTTACCTAAAACAGACTATAATT-AAT-TTCTA-CTTAGAGAAACGTG-AAGAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTT-GAGAAACATGCAA-AA
* * * *
2500 AAATGCATTCATTTG-CAAGAAAA-TTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTAC
63 AAA-CCATTCA-TTGAGAAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
2563 TCGCTTTAAATTGTTTTA
125 TCGCTTTAAATTGTTTTA
2581 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 458, Indels: 143
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.00
167 108 0.07
168 17 0.01
169 448 0.27
170 583 0.35
171 235 0.14
172 50 0.03
173 106 0.06
174 99 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAA
CCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
Found at i:2469 original size:174 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2235--2563 Score: 304
Period size: 174 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
2225 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2235 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACGGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTAATTTGAAGATAAATTGTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACTATAATT-
* *
2300 AATGTCTACTTTGAGAAATGTGTAA-AAAAA-GCTACTCATTGAGAAAAAAAAAAGTCTATTTAC
65 AATGTCTACTTAGAGAAACGTG-AAGAAAAATGC-ACTCATT-AG--AAAAAAAAGTCTATTTAC
*
2363 AATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTATTT
125 AATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT----------TATTT
* *
2409 TATAATCTCATAATTGATTTGAAGATCAATTGTTTTACA-TTTTTACCTAAAACAGACTATAATT
1 TATAATCTCATAATTAATTTGAAGATAAATTGTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * * *
2473 AATTTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTTGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCA
65 AATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCACTCATTAGAAAAAAAAGTCTATTTACAATCA
*
2538 CCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACT
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
2564 CGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 10
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 42 0.32
172 3 0.02
173 36 0.27
174 51 0.39
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TATAATCTCATAATTAATTTGAAGATAAATTGTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACTATAATTA
ATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAATGCACTCATTAGAAAAAAAAGTCTATTTACAATCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTT
Found at i:5479 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4394--6629 Score: 960
Period size: 170 Copynumber: 13.1 Consensus size: 170
4384 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4394 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTTTTGCTCGCTTCAAATTATTTTACA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * * *
4459 ATCCCAAAATTGATGTTAAGTTAATTTTTTTTAATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATG-
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * * * *
4523 CTCGCCTTGAGGAACGTGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
131 CT-ACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * *********************** *
4564 GAAAAATCCATTTATGGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * *
4629 AACTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGA-TAATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAAT
** ** * * * * *
4692 GTTTACCTCGACAAACATGAAAAAAAGGC-ATCCATTAGCAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * ********** * * *
4733 GAAAAATCTATTTANNNNNNNNNNTTCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT-
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * *
4797 ATGC-CAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTGTATTTAT-GTTAAAATAGACTATAATTGAAT
66 AT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * **
4860 GCCTGCCTTAAGAAATGTGTAAAAAAAATC-ATTCATTAAGAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * * * * *
4902 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
********** * * *
4967 ATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATT-GTTAAAACAAACTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
5031 ACCTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAACTATTCATTGAGAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
********** *
5074 GAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTGATTACTCG-TCTTAAATTATTTTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCT-TTAAATTGTTTTA
* *
5137 TAATCTTC-TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT-ACATTTTTAATTAAAACAGA-TAATAATT
64 TAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATT
* * * * * * * * *
5199 TAATGTCTACCTCAGGAGACATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGCAA
125 GAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * * * ********** *
5245 GAAAATTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * *
5310 ATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGC
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * *
5375 CTACCTTAAGAAACATGCAAAAAAATCTATTCCTTGGGAA
131 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* ** *
5415 GAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * ***************************** *
5480 AACTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGAATGT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * *
5545 TTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGGC-ATTCATTAGTAA
131 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAA-GCTATTCATTGGGAA
* ** * * * **********
5585 GAAAAATATATTTATAGTCA-CAATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * * *
5649 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
5714 CCTGCCTTCAA-AAATATGTAAAAAAAATC-ATTCATTGGAAA
130 CCTACCTT-AAGAAACATG-AAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * * **********
5755 AAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* *
5820 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTCTGAATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TGAA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * **
5884 GTTTGCCTTAAGAAATAT-ACAAAAAAAGCTATTCATTCAGAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATGA-AAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * ***********
5926 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * *
5991 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTATGTTAAAACAGACTATAACTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGAATTTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
6055 TCTTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAA-CTATTCATTGAGAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* * * *
6096 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * * *
6161 ATCACATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT-ACA-TTTTAGTTAAAAATAGGCAATAATTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTAGTT-AAAACAGACTATAATTGAAT
** ********** * *
6224 GTTTACCTTANNNNNNNNNNAAAAAAAGAC-ATTCATTAGCAA
129 GCCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAG-CTATTCATTGGGAA
* * * * * * *
6266 GAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAACTGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* * * * ********
6331 ATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTATAGTTAAAACAGACTATANNNNNNNN
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA-ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * ** *
6396 NNTGCCTTTAGAAATGTGTAAAAAAAA-ATCATTCATTGGGAA
130 CCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAAAGCT-ATTCATTGGGAA
* * * * * * * * * * *
6438 AAAAAGTCTATTCATTGTCACTCATTCGTTTAAAGGCCTAATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
* ********** * *
6503 ATTTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
6568 CCTGCCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
130 CCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
* *
6609 GAAAAGTCTATTTATTGTCAC
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 525, Indels: 97
0.71 0.25 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 50 0.03
169 214 0.14
170 530 0.36
171 435 0.29
172 249 0.17
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGGAA
Found at i:5821 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5644--6387 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 160
5634 NNNNNNNNNN
*
5644 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTGCATTTAT-GTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
5708 TAAATGCCTGCCTTCAAAAATATGTAAAAAAAATCATTCATTG-GAAAAAAAAGTCCTTTTATAG
64 TGAATGCTTGCCTT-AAAAATATGTAAAAAAAATCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAG
*
5772 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTT
127 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC---------AGTT
* * * * *
5815 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTCTGAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTATGTTAAAACAGACTATAATT
* * *
5880 GAATGTTTGCCTTAAGAAATA--TACAAAAAAAGCTATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 GAATGCTTGCCTTAA-AAATATGTA-AAAAAAATC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
5943 TCAC-CTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTT
127 TCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT---------CAGTT
*
5986 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTATGTTAAAACAGACTATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTATGTTAAAACAGACTATAATT
* * * ** * * *
6051 GAATTCTTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAACT-ATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
65 GAATGCTTGCCTT-AAAAATATGTAAAAAAAATCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
6115 ACTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
129 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT--C-----A--GTT
* * * * * *
6156 TTATAATCACATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTACATTT-TAGTTAAAAATAGGCAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTAT-GTT-AAAACAGACTATAAT
* * ********* *
6219 TGAATGTTTACCTTANNNNNNNNNNAAAAAAAGA-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATA
64 TGAATGCTTGCCTTA-AAAATATGTAAAAAAA-ATCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
6282 GTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAACTGTT
126 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC------T---CAGTT
* * * **
6326 TTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTATAGTTAAAACAGACTATA
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTAT-GTTAAAACAGACTATA
6388 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 71, Indels: 84
0.75 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.02
169 42 0.09
170 173 0.38
171 214 0.47
172 18 0.04
173 1 0.00
176 1 0.00
177 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTATGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGCTTGCCTTAAAAATATGTAAAAAAAATCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTT
Found at i:6450 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6416--6454 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
6406 GAAATGTGTA
6416 AAAAAAAATCATTCATTGGG
1 AAAAAAAATCATTCATTGGG
*
6436 AAAAAAAGTCTATTCATTG
1 AAAAAAAATC-ATTCATTG
6455 TCACTCATTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 8 0.47
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAATCATTCATTGGG
Done.