Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400454.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3651.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2552
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 97 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1611 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8--2175 Score: 1672
Period size: 170 Copynumber: 12.7 Consensus size: 171
1 GCTTAGG
* * * * * *
8 GAAACGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * * * *
72 AAGCATTGTTATTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TGTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
136 CA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-A
130 CATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * *
177 GAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCG
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCA
* * * * *
241 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAA--TTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** * * * *
304 ACATTTTCGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTACCTTAA
129 ACATTTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * *
347 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTTTGAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
** * * * * * *
412 AGTATTGTTATTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAA-TGTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTA
* * *
475 CA-TTTTTAGTTATAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
130 CATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * ** ** * *
516 GAAAATATGAAAAAAAAGCTTTTCATTGACAAGAAAAGTTTATATTATAGTCACCCATGCCTTCA
1 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* * * * * * * * *
581 GAAGCATTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAGGTTGAAATGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
** * * ** * * *
646 TACATTTTTGGTTAAAACATAATGCAATTGAATGTTTGCTTTGG
128 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * ** * * *
690 GAAACGTAAAGAGAAACCCATTGATTCCCATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AA
* ** * * * *
755 AA-ACTTATTACTCATTTTCAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * *
818 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-A
130 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * *
859 GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATT-AGTAAGACAAGTCCATTTATCA-TCACTTATGCCTTC
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
922 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTT
* ** *
987 TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
127 TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
** * * * * * * **
1032 GAAATGTGGAGAAAAAACCTTTCATTGCCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* * * * * * * ** * *
1097 AGCTTTGTTGCTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTGGGTTAAATTTTCTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * ** * **
1162 A-TTTTTAGTTAGAACAGGTTATAATT-AGGGTTTGCCTCAA
131 ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* ** * * * * *
1202 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATCGTCACTTATA-CCCTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAA
* * * * * *
1266 AAGCCTTATTGCTCGCTTAAAATGGATTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGAG-TGAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTT
* * *
1330 ATATTTTTTATT-AAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTTGA
129 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * *
1372 GAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTTA-TCCAAGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAA
*
1434 AAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTT
* * * *
1498 ACATTTTTTATTAAAATATATTATAATAGAATGTCTACCTTGA
129 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * *
1541 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCG-AAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * * * * * *
1605 AAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGCTGAATATTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* ** * * * **
1670 CATTTCTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAA
130 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * ** * * * *
1712 GAAACGTAAAGAAAAAGATATTTATT-AGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * *
1776 AAGCCTTATCACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTT-AGATTAAA-TTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTT
* * * *
1838 TATA-TTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
128 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * ** * * *
1881 GAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAATGGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
** * * * * * * * * *
1946 AGTTTTAGTACACACTTTAAATGGCTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AGGTGAATTTTTGTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* ** * * * * *
2010 ATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGTATGTTTGCCATGG
131 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * * * ** *
2051 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAAAAAAATCCATTTATTACT-ACTCATTCCATCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * *
2115 AAGCCTTACTACTCAG-TTAAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AGATTAAATTTT
65 AAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTT
2176 CTTATATATT
Statistics
Matches: 1576, Mismatches: 369, Indels: 106
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 25 0.02
168 81 0.05
169 322 0.20
170 560 0.36
171 304 0.19
172 217 0.14
173 60 0.04
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
Found at i:2087 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2057--2098 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
2047 ATGGGAAACG
2057 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAA
1 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAA
* *
2079 TAAA-AAAAATCCATTTATTA
1 TAAAGAAAAAGCCATTCATTA
2099 CTACTCATTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.78
22 4 0.22
ACGTcount: A:0.55, C:0.12, G:0.05, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TAAAGAAAAAGCCATTCATTAA
Found at i:2094 original size:510 final size:512
Alignment explanation
Indices: 6--2195 Score: 1951
Period size: 510 Copynumber: 4.3 Consensus size: 512
1 GCTTA
* *
6 GGGAAACGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTC
1 GGGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
70 AAAAGCATTGTTATTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATGTT
65 AAAAGCATTATTACTCA-CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAT-TT
* * * * * *
133 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAA-AAAAAGC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAG-AAACGT-AAAGAAAAAGC
* * * * * *
196 TATTCATTGACAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTT
191 CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * ** *
261 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAG-GTTGAA-TTTTTACATTTTCGGA-TAAAACAT
255 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTATATTTT-TTATTAAAACAG
* * * * **
323 ATTATAATTGACTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATCCA
319 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * * * *
388 TTTATAGTCACCCATGCTTTGAAAAG-TATT-GTTATTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
384 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCT-TTAG-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
451 ATTGATTTTAA-GTAGAA-TGTTTTACATTTTTAGTTATAACAAATTATAATTGAATGTCTACCT
447 ATTGATTTTAAGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
514 T
512 T
* * ** * ** * **
515 AGAAAATATGAAAAAAAAGCTTTTCATTGACAAGAAAAGTTTATATTATAGTCACCCATGCCTTC
1 GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** * * * *
580 AGAAGCATTATTTCTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAGGTTGAAATGTTT
65 AAAAGCATTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATATTT
* * * * * *** * *
645 TTACATTTTTGGTTAAAACATAATGCAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACGTAAAGAGAAACCCA
128 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
710 TTGATTCCCATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAA-ACTTATTACTCA-TTT
193 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTC-AAAAGCCTTATTACT-AGCTT
* * * * *
772 TCAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAT
254 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
836 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTAGTAAGACAAGTCC
319 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
** * * *
900 ATTTATCA-TCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
383 ATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
964 ATTGGTTTTAAGTTTA-ATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
447 ATTGATTTTAAG-GTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
1028 TT
511 TT
* * * * * * * *
1030 GGGAAATGTGGAGAAAAAACCTTTCATTGCCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * * * *
1095 AAAGCTTTGTTGCTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTGGGTTAAAT-TTTCT
66 AAAGCATTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTT-T
* * * * ** *
1159 TATATTTTTAGTTAGAACAGGTTATAATT-AGGGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
129 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * * *
1223 TCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATCGTCACTTATACCCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAA
194 TCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
* * * * * * *
1288 TGGATTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGAGTGAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAATAGAATA
258 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
*
1352 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
323 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * * * * *
1415 TTGTTATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGAT
388 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * *
1479 TTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATAGAATGTCTACCTT
453 TTTAAGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * * * * *
1539 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCGAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCG
1 GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
1604 AAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGCTGAATATTTTT
66 AAAGCATTATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTT
* * * **
1669 ACATTTCTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATT
130 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
1734 TATTAGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTAGCTTTAAAT
195 CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
* * *
1799 GGTTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTTAGA-TTAAATTTTTTATA-TTTTTGTTAGAACAGATTA
259 GGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * **
1861 TAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAATGGCCCATTTA
323 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * * * *
1926 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTTTTAGTACACACTTTAAATGGCTTTATAACCTCATAATTGAT
388 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1991 TTT-AGGT-GAATTTTTGTATATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGTATGTTTGCCAT
453 TTTAAGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * * *
2049 GGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAAAAAAATCCATTTATTACT-ACTCATTCCATC
1 GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTC
* * * * * * *
2113 AAAAGCCTTACTACTCAGTTAAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGATTAAAT-TTTC
65 AAAAGCATTATTACTCACTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTT-
* *
2177 TTATATATTTAGTTAAAAC
128 TTACATTTTTAGTTAAAAC
2196 TAATTCTAAT
Statistics
Matches: 1335, Mismatches: 305, Indels: 81
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 12 0.01
509 269 0.20
510 378 0.28
511 77 0.06
512 274 0.21
513 184 0.14
514 65 0.05
515 76 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCATTATTACTCACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC
ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT
Found at i:2117 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8--2238 Score: 1856
Period size: 339 Copynumber: 6.5 Consensus size: 338
1 GCTTAGG
* * * * *
8 GAAACGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCAA
1 GAAACGTAAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* * * * *
72 AAGCATTGTTATTCA-CCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTTTTTA
* * * * *
136 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTC
129 TATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
201 ATTGACAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT
192 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
265 GGTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAA-TTTTTACATTTTCGGATAAAACATATTATA
256 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA
* * *
329 ATTGACTGTCTACCTTAA
321 ATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * * *
347 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCTTTGAAA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
** * ** * * * * *
412 AGTATTGTTA-TTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTA-AATTTTTTAT
* * * * * **
476 ATTTTTAGTTATAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAAAAAAAGCTTTTCA
130 ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * * * *
541 TTGACAAGAAAAGTTTATATTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCATTATTTCTTGCTTTAAATG
193 TTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * **
606 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAGGTTGAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATGC
257 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT
* * *
671 AATTGAATGTTTGCTTTGG
320 AATTGAATGTTTACCTTGA
* * * ** * * * *
690 GAAACGTAAAGAGAAACCCATTGATTCCCATGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AA
* * * * * *
755 AA-ACTTATTACTCA-TTTTCAATCGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTTTTTA
* * * * * *
818 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTT
129 TA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
883 ATT-AGTAAGACAAGTCCATTTATCA-TCACTTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
192 ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
946 TGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
255 TGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
*
1011 ATAATTGAATGTTTACCTTGG
318 ATAATTGAATGTTTACCTTGA
* ** * * * * * *
1032 GAAATGTGGAGAAAAAACCTTTCATTGCCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
* * * * * * **
1097 AGCTTTGTTGCTCA-CTTTAAATGGTCTTATAAACTGATAATTGATTTTGGGTTAAATTTTCTTA
66 AGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTAAATTTT-TTA
* * ** * * * *
1161 TATTTTTAGTTAGAACAGGTTATAATT-AGGGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
129 TATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
** * * * * * * *
1225 ATTGGTAAGAAAATTTCATTTATCGTCACTTATA-CCCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAAT
192 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** *
1289 GGATTTACAGTCTCATAATTGATTTTAGAG-TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATAGA-A-T
256 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACATATT
1351 ATAATTGAATGTTTACCTTGA
318 ATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * * * *
1372 GAAACATGAAG-AAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTTA-TCCAAGCCTTCGA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAA
*
1434 AAGCCTTATTAC-CCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TT-AAA-TTTTT
* * * * * *
1497 TACATTTTTTATTAAAATATATTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
127 TATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * *
1562 CCATTGATATCG-AAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTATAA
190 TCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
1626 ATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAGGCTGAATATTTTTACATTTCTGGTTAAAATAGATT
254 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * **
1691 ACAATTGAATGTTTGCCTCAA
318 ATAATTGAATGTTTACCTTGA
** * * *
1712 GAAACGTAAAGAAAAAGATATTTATT-AGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCAA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* *
1776 AAGCCTTATCACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTTAGATTAAATTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTA-ATTAAATTTTTT
* * * *
1839 ATATTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAACCCATTC
128 ATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* ** * * * ** * * *
1904 ATTGGCAAGAATGGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTTTTAGTACACACTTTAAATG
192 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
1969 GCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGG-TGAATTTTTGTATATATTTGGTTAAAACATATTATA
257 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACATATTATA
* * * *
2033 ATTGTATGTTTGCCATGG
321 ATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * * * *
2051 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAAAAAAATCCATTTATTACT-ACTCATTCCATCAA
1 GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCAA
* * * *
2115 AAGCCTTACTACTCAG-TTAAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGATTAAATTTTCTT
65 AAGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTAAATTTT-TT
* * ** **
2179 ATATATTTAGTTAAAACTA-ATTCTAATT-AAGTGTCTGTCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAG
128 ATAT-TTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAA-TGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAG
2239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1527, Mismatches: 305, Indels: 118
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 23 0.02
338 88 0.06
339 460 0.30
340 258 0.17
341 83 0.05
342 368 0.24
343 234 0.15
344 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
GAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTATA
TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
ATGTTTACCTTGA
Done.