Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400455.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3652.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 625 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2633 Score: 2348
Period size: 171 Copynumber: 15.4 Consensus size: 169
** *
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTA-ATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
66 AGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATAGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
130 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGG
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * *
172 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATATAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATA-AAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
237 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTTTAAGACATGGGTGACTATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * **
302 TTTCTTACTAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGG
129 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * *
343 CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT--AAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * **
408 GAGATTATGAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-----GACTATAAATAAAC
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * *
468 TTTTCTTGCCAATGGATATCCCTTTCTTCATGTTTCTTGAGT
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
510 TAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACAAAGAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAA-AATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * *
575 AGATTATAAAACTATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGAGTCTAAATGGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
*** ** *
639 TTTTCTTATTAATGAATATCTTTTTCTTCACCATTCTCGAGG
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * * * *
681 TAGACATACAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATTTTTAACTTAAAATCAATTACG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * *
746 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGGTGACTATAGATGGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
810 TTTGCATGCTAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTATCAAGA
128 TTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * *
852 TAGACATTCAATTTTTATCAGTTTTACCCA-AAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTA---ATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * *
916 GAGCTTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGA-ATGGGCGACTATAAATAGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * **
980 CTTTTCTTGCCAATGGATATATTTCTCTTCATGTTTCCAGAGG
127 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * *
1023 CAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGA
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** ** * *
1088 GATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * ** *
1153 TTCATGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCATATTTGTCAAGA
130 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
*
1193 TAGACA-TCTAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAATCATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 CAGACATTC-AATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
1256 TGAGATTACAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGG
62 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACTATAAATGG
** * *
1320 ACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGTTTTTCTTCATGTTTC-CGAAGG
126 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTG-AGG
* * * * *
1363 CAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTCAA-TATAAAGTCTATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATA-AAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
* * *
1427 GAGATTAAAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGGGTGACTATAAATGGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
1491 GTTTT-TATACTAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGA
127 CTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * *
1534 CAAACATTGAATTATTATCTGTTTTACGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTA-ATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * *
1599 AGATTATAAAACCCTTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTGACTATAAATAGATT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACT
** * **
1664 TTTCTTATCAATGAATGA--TTTTTCTACACGTTTCTCAAGG
129 TTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
1704 TA-AGCATTTAATTATTATCTGTTTGAACTAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATG
1 CAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
1768 AGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGGGTGACTATAAATACAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * **
1832 TTTGCTTACCAATGAAT-T-TTTTTTTTCACATTTCTCAAGG
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* ** * * *
1872 TATTCATTCACTTA-TACTCTGTTTTAAAAAAATATATAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATAAAA-ATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * **
1936 AAGTTTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGGCTATAAATGGTG
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
2001 TTTTCTTACCAAT-AGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGG
128 TTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * ** *
2043 CAGACATTCAATTATTATCTATTGTAACAAAAAATGTAAACATTTTCAACTTAAAGTCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * ** * *
2108 TGATTAAAAAACTATTGAAAGTGAGTAAT-AGGGTCTTTAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
2172 TTTTCATACCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTCTGC-TGAGA
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGT-TTCTTGAGG
* *
2214 CA-ATCATTTAATTATTATCTGTTTTATCTAAAAATATAAAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAAT
1 CAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTA-ATAAAAATAT---AAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
* * * *
2277 TACGAGATTAT-AAACTCATTTAAGGC-ACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
60 TATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAA
* * *
2340 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTT-AGA
123 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTTGAGG
* * * * *
2387 CA-ATCATTCAATTATTGTCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAATATCAATTAT
1 CAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
2451 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGGTGAGTGTAAATGGAC
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
2516 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCATCACGTTTCCTGAGG
128 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
2558 CAGACATTCAATTATAATTTGTTATAATAAAAAATATAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTACG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
2623 AGATTATAAAA
64 AGATTATAAAA
2634 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 371, Indels: 172
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.00
166 65 0.03
167 75 0.04
168 48 0.02
169 189 0.09
170 345 0.17
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172 115 0.06
173 124 0.06
174 9 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
Found at i:1239 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--2633 Score: 2457
Period size: 341 Copynumber: 7.7 Consensus size: 339
*** *
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
66 AGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
131 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
130 TTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* * *
196 TAATATAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
195 TAA-CTAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* ** * * *
261 GTAACAAGATTTTTTAA-GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGTCTTTT
258 GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
325 TCTTCACGTTTCCAGAGG
322 TCTTCACGTTTCCAGAGG
* * *
343 CAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAT-AAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *** * **
408 GAGATTATGAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC---A--GACTATAAATAAAC
64 GAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * *
468 TTTTCTTGCCAATGGATATCCCTTTCTTCATGTTTCTTGAGTTAGACATTCAATTATTATTTATT
129 TTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTT
* *
533 TTAACAAAGAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAATA-C
194 TTAACTAA-AATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA-AGC
** * * * * ** *
597 GAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTGGTGAGTCTAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATATCTTT
256 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTT
**
662 TTCTTCACCATTCTC-GAGG
321 TTCTTCACGTTTC-CAGAGG
* * * * * * *
681 TAGACATACAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAATTTTTAACTTAAAATCAATTACG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
746 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCAT-AGGTGACTATAGATGGA
65 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
809 CTTTGCATGCTAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTTTATCAAGATAGACATTCAATTTTTATCAG
128 CTTTTCATGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTG
* * * * *
873 TTTTACCCAAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAAATATTTAAAG
192 TTTTA-AC-TAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * *
938 TGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATATT
255 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTT
* *
1003 TCTCTTCATGTTTCCAGAGG
320 TTTCTTCACGTTTCCAGAGG
* * * *
1023 CAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGA
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
**
1088 GATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
1153 TTCATGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCATATTTGTCAAGATAGACA-TCTAATTATTATCTGTTT
131 TTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTC-AATTATTATCTGTTT
* * * *
1217 TAACTAAAATCATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTATAGCAA
195 TAACTAAAAT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * **
1282 GTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAAGGTTTTT
258 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
*
1346 CTTCATGTTTCC-GAAGG
323 CTTCACGTTTCCAG-AGG
* * ** * *
1363 CAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTCAA-TATAAAGTCTATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATA-AAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
* * * * *
1427 GAGATTA-AAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
1491 GTTTTTATACTAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGACAAACATTGAATTATTATCTGT
128 CTTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGT
* ** *
1556 TTT-ACGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAGG
193 TTTAAC-T-AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
1620 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAA-GAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTATCAAT-GA-ATGA
255 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAT-C
*
1682 TTTTTCTACACGTTTCTCA-AGG
318 TTTTTCTTCACGTTTC-CAGAGG
* * * * *
1704 TA-AGCATTTAATTATTATCTGTTTGAACT-AAAAATATAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTAT
1 CAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * **
1767 GAGATTA-AAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATACA
64 GAGATTATAAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * ** * * * ** *
1831 CTTTGCTTACCAATGAAT-T-TTTTTTTTCACATTTCTCAAGGTATTCATTCACTTA-TACTCTG
128 CTTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTA-TCTG
** * * * *
1893 TTTTAAAAAAATATATAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGTTTATAAAA-TCATTTTAA
192 TTTTAACTAAA-ATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA
* ** *
1957 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACATGGGTGGCTATAAATGGTGTTTTCTTACCAATAGATATC
254 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATC
*
2021 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGG
318 TTTTTCTTCACGTTTCCAGAGG
* * * * ** *
2043 CAGACATTCAATTATTATCTATTGTAACAAAAAATGTAAACATTTTCAACTTAAAGTCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
2108 TGATTA-AAAAACTATTGAAAGTGAGTAAT-AGGGTCTTTAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGA
65 AGATTATAAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
2171 CTTTTCATACCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTCTG-CTGAGACA-ATCATTTAATTATTATCT
128 CTTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTC-GAGATAGA-CATTCAATTATTATCT
* *
2234 GTTTTATCTAAAAATATAAAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTACGAGATTAT-AAACTCATT
191 GTTTTAACT-AAAATAT---AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATT
* * * **
2297 TAAGGC-ACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
250 TAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
** *
2361 TATCTTTTTCTTCACGTTTCCTTAGA
314 TATCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGG
* * * * *
2387 CA-ATCATTCAATTATTGTCTGTTGTAACT-AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAATATCAATTA
1 CAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
2450 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGGTGAGTGTAAATGGA
63 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * ** * *
2515 CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCATCACGTTT-CCTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTG
128 CTTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTC-GAGATAGACATTCAATTATTATCTG
* * *
2579 TTATAA-TAAAAAATATAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAA
192 TTTTAACT--AAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
2634 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 317, Indels: 155
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 10 0.01
337 73 0.04
338 327 0.17
339 66 0.03
340 251 0.13
341 492 0.26
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
TTCATGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTT
AACTAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
CACGTTTCCAGAGG
Found at i:2062 original size:509 final size:505
Alignment explanation
Indices: 1--2633 Score: 2524
Period size: 509 Copynumber: 5.1 Consensus size: 505
* * *
1 CAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTATTTTA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
66 AGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGA
65 AGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
** * * * *
129 CTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
128 CTTTTCTTATCAATGAATGA--TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATTATCTG
* * *
193 TTTTAA-TATAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
191 TTTTAACTA-AAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAA
* * * ** * * *
257 GCGAGTAACAA-GATTTTTTAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGTC
254 GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-T-
* *
321 TTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAA
316 TTTTTCTTCACGTTTCCA-AGGCAAACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACAAAAATA-T-AAAAA
* * *
386 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
377 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** ** * *
451 GCA-----GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCCCTTTCTTCATGTTTCTTGAGT
442 ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGG
* * * *
510 TAGACATTCAATTATTATTTATTTTAAC-AAAGAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAATTATTATCTATTTT-ACTAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*** * *
574 GAGATTATAAAACTATTTAATA-CGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATTG-GTGAGTCTAAATGG
64 GAGATTATAAAACTATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGG
* *** ** *
637 ACTTTTCTTATTAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACCATTCTCGAGGTAGACATACAATTATAATCT
127 ACTTTTCTTATCAATGAATGA--TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATTATCT
* * * *
701 GTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAATTTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAAA-TATTTA
190 GTTTTAACT-AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTA
* * * * * *
764 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTGCATGCTAATGAATG
252 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* ** * * * * *
828 GTTTTTTCTTCACGTTTATCAAGATAGACATTCAATTTTTATCAGTTTTACCCAAAAA-AAATAA
315 -TTTTTTCTTCACGTTT-CCAAGGCAAACATTCAA-TTATATCTGTTTTA-ACAAAAATATA-AA
* ** * *
892 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGA
375 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
957 AGGA-ATGGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTCTCTTCATGTTTCCAGA
440 A-GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGA
1021 GG
504 GG
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1023 CAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTATTTTACTAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
1087 AGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
1152 TTTCATGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCATATTTGTCAAGATAGACATCTAATTATTATCTGTTT
130 TTTCTTATCAATGAATG-ATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTT
* * *
1217 TAACT-AAAATCATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTATAGCA
194 TAACTAAAAAT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCA
* **
1281 AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGTTTT
257 AGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATTTTTT
* * *
1345 TCTTCATGTTTCCGAAGGCAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTC
320 TCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTA-TATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
1410 AA-TATAAAGTCTATTATGAGATTAAAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCA
382 AACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-CA
* * * ** * ** *
1473 TGGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TATACTAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGA
445 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGG
* * * *
1534 CAAACATTGAATTATTATCTGTTTTACGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTATTTTAC-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
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1599 AGATTATAAAACCCTTTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAAGAGTGACTATAAATAGATT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
1664 TTTCTTATCAATGAATGATTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTA-AGCATTTAATTATTATCTGTTT
130 TTTCTTATCAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTTAATTATTATCTGTTT
* * *
1728 GAACTAAAAATATAAAAAATTCAACATAAAGTCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAG
194 TAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAG
** * * *
1793 TAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATACACTTTGCTTACCAATGAATTTTTTTTTT
259 TAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTCTT
* * ** *
1858 CACATTTCTCAAGGTATTCATTCACTTATACTCTGTTTTAA-AAAAATATATAAACAAATTCAAC
324 CACGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACAAAAATATA-AAA-AAATTCAAC
* * * * * *
1922 TCAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGT
385 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGT
* ** * * *
1987 GGCTATAAATGGTGTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGG
450 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGG
* * * * ** *
2043 CAGACATTCAATTATTATCTATTGTAACAAAAAATGTAAACATTTTCAACTTAAAGTCAATTATG
1 CAGACATTCAATTATTATCTATT-TTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
2108 TGATTAAAAAACTATTGAAAGTGAGTAAT-AGGGTCTTTAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
2172 TTTTCATACCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTCTGCT-GAGACA-ATCATTTAATTATTATCTG
129 TTTTCTTATCAATGAATG-ATTTTTCTTCATGT-TTCTCGAGGTAGA-CATTTAATTATTATCTG
* * *
2235 TTTTATCTAAAAATATAAAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTACGAGATT-ATAAACTCATTT
191 TTTTAACTAAAAATAT---AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACT-ATTT
* * * * *
2298 AAGGCACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATA
251 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GA-A
* * * * * * *
2363 TCTTTTTCTTCACGTTTCCTTAGACAATCATTCAATTATTGTCTGTTGTAACTAAAAATGTAAAA
314 TTTTTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTA-TATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA
* * *
2428 AAA-TCTAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGA
376 AAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
2492 AGGCATGGGTGAGTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCATCACGTTTCCTGAG
440 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG
2557 G
505 G
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2558 CAGACATTCAATTATAATTTGTTATAATAAAAAATATAAAAATTTTCAACTTAAAATCAATTACG
1 CAGACATTCAATTATTATCTATTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
2623 AGATTATAAAA
65 AGATTATAAAA
2634 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1751, Mismatches: 302, Indels: 136
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
507 10 0.01
508 80 0.05
509 540 0.31
510 170 0.10
511 233 0.13
512 327 0.19
513 165 0.09
514 6 0.00
515 208 0.12
516 4 0.00
517 8 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (505 bp):
CAGACATTCAATTATTATCTATTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTATCAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTA
ACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTTTTTCTTCA
CGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGG
Done.