Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397576.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4346.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6480
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Warning! 70 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:398 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--5398 Score: 4163
Period size: 171 Copynumber: 31.6 Consensus size: 169
* * * * * * **
1 AGTAATAAGCCTTTTTGGAGGAATGGGTGTCTAT-AATGAACTTTTATTGTCAATAAATGTGTTT
1 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-ACTT
* * * * * * * *
65 TTTACATAT-TTT-TTGAGGTAAACATTTAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTT-CTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAA
* * ********** *
127 TCCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCA
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * ** *
171 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTCACTATAAATGGGCTTTTCAT-CTCAATGAATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * *
235 TTCTATATGTTTCCTAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATT
65 TTCT-TATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATT
* * * * *
300 GAACTTAAAATAAATTTTGAGATGT-TAAAACCAATTAAAGCT
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
342 AGTAATGAA-GCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAATTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTT
1 AGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGAC--T
* * * * * *
405 TTTTCTCACGTTT-CTCAGGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAC
63 TTTTCTTATGTTTCCTAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
* * * *
469 ACAATTTAAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
512 AGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGCGACAATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* ** * ** * * * * *
576 TTCTCCACATTT-CTCGATCTAGATATTCAATTATAATCTACTTTAATCAAAAAGTGA-AAAACA
65 TTCT-TATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAT-ATAAAAAA
* * * *
639 TTGAGCTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
683 ACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTGCCAAAGAAT-ATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTT
* * * * *
747 TTCTTGATGTTACCT-AGCGTAGGCATTCAATTATATTCTGTTTTAACATAAAATATAAAATAAT
65 TTCTT-ATGTTTCCTAAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAT
* * *
811 TAAACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
127 TCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
854 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAGC-ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TT
* ** **
917 TTTCTTCACGTTTCAC-CGGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAACGTA-AAAAAA
64 TTTCTT-ATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAA
*
980 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
1023 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAAT-AGACTTTT-TCTGTCGATGAATG-CTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTT
* ** * * * *
1085 TTTTTTCACATTT-CTCGATGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTA-AAAAA
64 TTTCTT-ATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAA-TATAAAAA
* * *
1148 CATTGAAC-T----TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
125 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
1189 AGTTATAAGCCTTTAGGAGAAATGGGTGACTAT-AATGGATTTTTCTTGCCAATGAATG-CGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTT
** * * * * * * *
1252 TT-TTCACATTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTT-ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATT
* * *
1316 TAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** *
1358 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTTAATGAATGA-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * * *
1421 TT-TTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTAAATTATAGTCTAGTTTAACAAAAAATATAAGAAAA
65 TTCTT--ATGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAA-AAAA
* * * * *
1484 TTGAACTTTAAATCAATTTTGAGATGT-TAAAACCAATTAAAGTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * **
1528 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAACGAATGTTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * *
1593 TCCTCACAT-TTTTCGAAGTTA-ACACTCAATTATAGTCTATTTTAATC-GAAAATATAAAAAAA
66 T-CT--TATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAA
* * *
1655 TTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ** *
1699 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACAATAAAT-AGACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGAC--T
* * *
1763 TTTTCTTTACGTTTCTCGACA--TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTA-AAA
63 TTTTC-TTATGTTTC-CTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAA-TATAAA
* * ** *
1825 AACATTGAACTTAAAATCAATT-TCAAGATTATAAAATAATTTAAAGTG
123 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
1873 AGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTT
* * *
1936 TTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-ACAAAAATATAAAAAAA
65 TTCTT-ATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAA
* * **
1999 TTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
2043 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTGTTGCCAACGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * *
2108 TCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACACTCAATTATAGTCTATTTGAATC-AAAAATGTAAAAACATT
66 TCTT-ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAA-ATT
* * * *
2172 TAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
2214 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTTACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTT
* * * * * * *
2278 TTATCTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAATAT
64 TT-TCTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-AT
* * * *
2343 TTAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * * **
2386 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAAAATAAAT-AGACATTTCTTACTAATGAATCCCGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TT
* * * ** * * * *
2450 TTT-TCCATGTTTCTTGACATAGAAATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAA-AGTGAAAAAC
64 TTTCT-TATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATA-T-AAAAA-
* * *
2513 ATTGAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
2558 AGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATGGGTGACTAT-AAT-AGACTTTTCGTGTCAATGAATGTA-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG-ACT
** * * *
2619 TTTTCTTCACATTT-CTCGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
63 TTTTCTT-ATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAA
* * *
2682 AATTGACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
124 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
**
2728 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATGAATGA-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * * * * * *
2791 TT-TTACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAGAAATT
65 TTCTT--ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATT
* * * * ** * * *
2855 GAGCTTAAAATCAATTTTAAGATGT-TAAAAGAAATTCAAGCA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * **
2897 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATG-CTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT-
* * * * *
2961 TTCCTCATGTTT-TTCAGAGTAGACATTCCATTATAGTCCATTTTAAGC-AAAAATATAAAAAAA
65 TT-CTTATGTTTCCTAAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAA
* *
3024 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
3068 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATAAAT-ATCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTT
* ** * ** * * *
3131 TTTCTCCA-CATTCCTCGACATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAACAA-ATGAAAAA
64 TTTCT-TATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAA-AATAT-AAAAA
* * *
3194 TATTAAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
125 -ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
3240 AGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTGCTTACCAATAAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * *
3304 TCTTCACGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
66 TCTT-ATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAA-ATATAAAAAAT
* * * *
3368 TTAACATAAAATCAATTATGGGATTATAATACCATTTAAAGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** *
3411 AGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATTGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGTGAACGAATG-CGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TT
* * * * **********
3474 TTTCTTTATGTTTCTTAAGGTGGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAANNNNNNNNNNAAAT
64 TTTC-TTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAT
* * * *
3539 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAGGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * **
3582 AGTATTGAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTCTTT-TTGCCAACGAATGTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT-TTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * * * * * * *
3646 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATTTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTT-ATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATT
** * * *
3711 CAACTTAAGGTCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAACT
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
3753 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAAT-AGACTTTTGTT-CTCAATGAATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTT
** * * * *
3816 TTTCAGCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAACA
64 TTTC-TTATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAA-A
* * *
3880 ATTCAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
3925 AGCAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTTTTCTT-CTCAATGGATGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * * * * * ** * *
3989 CTCTACACGTTTTCTAAGGCAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTGAAAAATT
65 TTCT-TATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAATT
* *
4054 CAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
4096 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGAGTGACTCTAAAT-AGACTTTCCTT-CTCAATGAAT-AGCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-CAATGAATGA-CT
* * *
4158 TTTT-TTACACTCTTTCC-AATGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATATAA
63 TTTTCTT--A-TGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAA-ATATAA
* * *
4220 AAAATT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
122 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
4267 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAAT-ACCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTT
* ** * ** * *
4331 TTGTTCACATTTCTCTTAAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAGAAATATAAAAAAA
65 TTCTT-ATGTTTC-C-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
*
4396 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * **
4439 ATTAGTGAGACTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATCCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * * * * * * *
4504 TCTTCATGTTT-CTCGATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTGATC-ACAAATGTAAAAAAAA
66 TCTT-ATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AACAAAAAATAT-AAAAAAT
* * *
4567 TCAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
4610 AGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGA--CTT
* * * * * *
4674 TTTCTTCATATTTCTCT-AGGTAGACATTCATTTAGAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTCTT-ATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAA
* * * *
4738 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAAAGCG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** *
4782 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGATTG-CTATAAATAGAA-TTTTCTT-CTCAATGAATGGCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACT
* * * * * ** *
4844 TGTTCTACATGCTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
63 TTTTCT-TATG-TTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAA
* * *
4907 ATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
125 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
4952 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACTTTCCTT-CTCAATGAATAACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * * ** * **
5016 CTT-TACATGTTTCCTGAGGTAAACATTTTATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAT
65 -TTCT-TATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAT
* * * **
5080 TCAACCTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAATG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
5123 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATCACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATGACTTT
* * *
5187 TT-TTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACA
65 TTCTT--ATGTTTCCTAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATAT--AAA-A
* *
5250 AATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
124 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
5296 AGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAACGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
* * *
5361 TGTTCACGTGT-CTCAAGGTCA-ACATTCAATTATAGTCT
66 TCTT-ATGTTTCCT-AAGGT-AGACATTCAATTATAGTCT
5399 TTTCTTGCTA
Statistics
Matches: 4253, Mismatches: 753, Indels: 441
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 12 0.00
165 58 0.01
166 62 0.01
168 49 0.01
169 311 0.07
170 758 0.18
171 1870 0.44
172 818 0.19
173 230 0.05
174 81 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
TCTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:2471 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 171--5398 Score: 5127
Period size: 685 Copynumber: 7.7 Consensus size: 682
161 NNNNNNAGCA
* * * *
171 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-TAGTCACTATAAATGGGCTTTTCAT-CTCAATGAATGA-CT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGT-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTT
* * * * * * * *
233 TTTTCTATATGTTTCCTAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAA
64 TTTTCT-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
298 TTGAACTTAAAATAAATTTTGAGATGT-TAAAACCAATTAAAGCTAGTAATGAA-GCTTTTGAAG
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAG
* * * * *
361 GAATGTGTGACTATAAAT-GAATTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTTTCTCACGTTTCTC-AG
191 GAATGGGTGACAATAAATAG-ACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGA-
* * * * *
423 GATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATA-TAAAAAACA--CAATTTAAAGTCAA
254 CATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAA-AGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
484 TCAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGCGACAATAAA
317 T-TTCGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * ** * *
548 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTCCACATTTCTCGATCTAGATATTCAATTATAAT
381 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * * * * *
613 CTACTTTAATCAAAAA-GTGAAAAACATTGAGCTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAGCCATT
446 CTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
676 TAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTGC-CAAAGAA
509 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAA
* * * * * *
740 TATCTTTTTCTTGATG-TTACCTAGCGTAGGCATTCAATTATATTCTGTTTTAACATAAAATATA
573 T-GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AAAATATA
*
804 AAATAATTAAACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
635 AAA-AATTGAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTG
* * * *
854 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAGC-ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTT
* ** * **
917 TTTCTTCACGTTTCACCG-GGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-CAAAACGTAAAAAAA
65 TTTC-TCATGTTTC-TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAA
*
980 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * **
1044 ATGAGTGACAATAAATAGACTTTTTCTGT-C-GATGAAT-GCTTTTTTT-TCACATTTCTCGATG
193 ATGGGTGACAATAAATAGAC-TTTTCT-TACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGACA
* * * *
1105 TAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAAC-T----TCAATTTT
256 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTC
* * * * * * *
1165 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGCCTTTAGGAGAAATGGGTGACTAT-AATGGAT
321 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
1229 TTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTTT-TTCACATTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATTGTCTGTT
386 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
1293 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
451 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
1358 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTTAATGAATGATTTTT
516 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTT
* *
1423 -TTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTAAATTATAGTCTAG-TTTAACAAAAAATATAAGAAAAT
581 CTT-CATGTTTCCCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCT-GTTTTAAC-AAAAATATAA-AAAAT
* * * *
1485 TGAACTTTAAATCAATTTTGAGATGT-TAAAACCAATTAAAGTG
641 TGAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAA-TATTTAAAGTG
* * * *
1528 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAACGAATG-TTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTT
** * *
1592 TTCCTCACATTT-TTCGAAGTTA-ACACTCAATTATAGTCTATTTTAATCG-AAAATATAAAAAA
66 TT-CTCATGTTTCTT-G-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CGAAAAATATAAAAAA
* * *
1654 ATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
1719 AATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCCTA-TCAATGAATGCCTTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAC
192 AATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATCCCTTTTTTTC-TCACGTTTCTCGAC
*
1783 ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTT
255 ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTT
* * *
1848 CAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGA
320 CGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
*** ** * * *
1912 CTTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGT
385 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
* * * **
1977 TTTAAACAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGC
450 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2042 GAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTGTTGC-CAACGAATGCCTT
515 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTT
*** * * * * *
2106 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACACTCAATTATAGTCTATTTGAATCAAAAATGTAAAAACAT
578 TTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA-AT
* *
2171 TTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
641 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTG
* * * *
2214 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTT
* * * *
2279 TATCTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAATATT
66 T-TCTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAATT
* * *
2344 TAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * *
2409 GGGTGAAAATAAATAGACATTTCTTACTAATGAATCCCGTTTTTTC-CATGTTTCTTGACATAGA
195 GGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGACATAGA
* * * * *
2473 AATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAAAGTGAAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTCGAGA
260 CATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGA
*
2538 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTT
325 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
2601 TCGTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTT
389 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTT
* * * *
2665 AACAAAAAATGTAAAAAAATTGACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
453 AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
2730 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTT-T
518 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCT
* * * * *
2794 TACACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAGAAATTGAGC
583 T-CATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAATTGAAC
* * * * * **
2859 TTAAAATCAATTTTAAGATGT-TAAAAGAAATTCAAGCA
646 TTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAA-TATTTAAAGTG
* * * ** * *
2897 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATGCTTTCT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTT
* * * *
2962 TCCTCATGTTT-TTCAGAGTAGACATTCCATTATAGTCCATTTTAA-GCAAAAATATAAAAAAAT
66 TTCTCATGTTTCTTGAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACG-AAAAATATAAAAAAAT
*
3025 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * ** * * * *
3090 TGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTC-CACATTCCTCGACATAA
194 TGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGACATAG
* * * *
3154 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAACAAATGAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTTCGA
259 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAA-AAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTCGA
*
3218 GATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACT
323 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
3281 TTGCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTT
387 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* * *
3346 TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGGGATTATAATACCATTTAAAGCG
452 TAACCAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
3411 AGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATTGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGTGAACGAATGCGTTTT
516 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGC-TTTT
* ** * * *********
3476 TCTTTATGTTTCTTAAGGTGGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAANNNNNNNNNNAAATTG
580 TCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AA-AAATATAAAAAATTG
* * *
3541 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAGGCG
643 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTG
* * * *
3582 AGTATTGAGGCTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTCTTT-TTGCCAACGAATG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGATTT
* * * * * *
3644 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATTTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAA
64 TTTTC-TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAA
** * * * *
3709 TTCAACTTAAGGTCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * ** * * * **
3774 ATGGGTGATTATAAATAGACTTTTGTT-CTCAATGAATGGC--TTTTTCAGCATGTTTCTCAAGG
193 ATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATCCCTTTTTTTC-TCACGTTTCTCGACA
* * * * * *
3836 TAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAAT-TATTT
256 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAA-GTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTT
* * * * * *
3899 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGA
320 -CGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
3964 ATTTTTCTT-CTCAATGGATGACTTTCTCTACACGTTT-TCTAAGGCAGACATTTAATTATAGTC
384 ACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTC
** ** * * *
4027 TATTTTAATGAAAAATGTTGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAA
447 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
4092 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGAGTGACTCTAAATAGACTTTCCTTCTCAATGAATAGC
512 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GC
* * * *
4157 TTTTT-TTACACTCTTT-CCAATGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATATA
576 TTTTTCTT-CA-TGTTTCCCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA--CAAAA-ATATA
*
4219 AAAAATT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
635 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTG
* *
4267 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAAT-ACCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA--TT
* * * * *
4330 TTTGTTCACAT-TTCTCTTAAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAGAAATATAAAAA
63 TTT-TTCTCATGTT-TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAA
* * * * *
4394 AA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGATTAGTGAGACTTTAGAA
126 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * *
4457 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATCCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAT
190 GGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGAC
* * * * * * * *
4521 GTAAACATTCAATTATAATCTATTTTGATCACAAATGTAAAAAA-AATCAACTTTAAATTAATTA
255 ATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT-
* * * *
4585 T-GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAATG
319 TCGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* *** * * * *
4648 CACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTTCTTCATATTTCTCTAGGTAGACATTCATTTAGAGTC
383 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * *
4713 TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAA
447 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * *
4778 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGATTG-CTATAAATAGAATTTTCTTCTCAATGAATGG
512 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-G
* * * * * *
4842 CTTGTTCTACATGCTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAATGAAAAATGTAAAA
575 CTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAA
* * *
4905 AAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
637 AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTG
* ** * *
4952 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATAAACTTTCCTT-CTCAATGAATAACTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGA-TT
* * * * ** * *
5015 TCTTT-ACATGTTTCCTGAGGTAAACATTTTATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAA
63 TTTTTCTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAA
* * * * **
5079 TTCAACCTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * * * * * * **
5144 ATGGGTGACTTTAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATCACTTTTTTT-ACACGTTTCCCAAGGT
193 ATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGACAT
* *
5207 A-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAAA-TATAAAAACAAATTCAGCTTAAAATCAAT
257 AGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTA-AAAAAC--ATTCAACTTAAAATCAAT
* *
5269 TAT-GAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
318 T-TCGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * *
5332 TGGACTTTCCTTGCCAACGAATGCCTTTTTGTTCACGTGTCTCAAGGTCA-ACATTCAATTATAG
381 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAG
5396 TCT
445 TCT
5399 TTTCTTGCTA
Statistics
Matches: 3790, Mismatches: 616, Indels: 276
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
673 5 0.00
674 164 0.04
675 164 0.04
676 116 0.03
677 60 0.02
679 61 0.02
680 52 0.01
681 95 0.03
682 361 0.10
683 345 0.09
684 339 0.09
685 1179 0.31
686 626 0.17
687 212 0.06
688 11 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (682 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTT
TTCTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTTTCTCACGTTTCTCGACATAGAC
ATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGAT
TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTCA
TGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAATTGAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGTG
Found at i:2725 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1--5398 Score: 4782
Period size: 514 Copynumber: 10.5 Consensus size: 508
* * * * * * *
1 AGTAATAAGCCTTTTTGGAGGAATGGGTGTCTAT-AAT-GAACTTTTATTGTCAATAAATGTGTT
1 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT
* * * * * * * *
64 TTT-TACATATTTTTTGAGGTAAACATTTAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * ********** **
127 TCCAACTTAAACTCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * * * * * * *
192 ATTAGTCACTATAAATGGGCTTTTCAT-CTCAATGAATGA-CTTTTTCTATATGTTTCCTAAGAT
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTTCT-CATGTTTCTTAAGGT
* * * * *
255 AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTGAACTTAAAATAAATTTTGA
256 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
320 GATGT-TAAAACCAATTAAAGCTAGTAATGAA-GCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAAT
320 GAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
383 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTTCTCACGTTTC-TCAGGATAGACATTCAATTATAGTCTGT
383 TTTTCTT-CTAATGAATAC-TTTTTTC-CATGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTAT
* * * * *
447 TTTAACTAAAAATATAAAAAACA--CAATTTAAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
444 TTTAA-TAAAAAAATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
510 CG
507 CG
* * * * *
512 AGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGCGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* ** * * * * *
577 TCTCCACATTTCTCGATCTAGATATTCAATTATAATCTACTTTAATCAAAAAGTG-AAAAACATT
66 TCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
641 GAGCTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 CAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * * *
705 TGGGTGACTATAAATGAATTTTTTTTGCCAAAGAAT-ATCTTTTTCTTGATGTTACCT-AGCGTA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTC-TCATGTTTCTTAAG-GTA
* * *
768 GGCATTCAATTATATTCTGTTTTAAC-ATAAAATATAAAATAATTAAACTTAAAATCAATGT-TG
257 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGA-AAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAAT-TATG
* * *
831 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAGC-ATAAATGGAC
319 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGAC
* * **
895 TTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCACCG-GGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
383 TTTTCTT-CTAATGAATACTTTTTTC--CATGTTTC-TTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
** **
959 TTTAACCAAAACGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
444 TTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * * *
1023 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACAATAAATAGACTTTT-TCTGTCGATGAATG-CTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGTCTTT
* * * *
1086 TTTTTCACATTTCTCGATGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAACA
65 TTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAA-A
* * * * * * *
1150 TTGAAC-T----TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGCCTTTAGGAGAA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
1210 ATGGGTGACTAT-AATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTTTTTCACA--TTTCTTGAGGTA
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ATTTTTTTCTCATGTTTCTTAAGGTA
* * * * *
1272 AACACTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAACTCAATTATGAG
257 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
1337 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTT
321 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *** * *
1402 TCTTCTTAATGAATGATTTTTTTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTAAATTATAGTCTAGTTTA
386 TCTTC-TAATGAAT-ACTTTTTTCCATGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * * * * * *
1466 ACAAAAAATATAAGAAAATTGAACTTTAAATCAATTTTGAGATGT-TAAAACCAATTAAAGTG
448 ATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAATCATTTAAAGCG
* ** * * * *
1528 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATTTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAACGAATGTTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * * * * *
1593 TCCTCACATTTTTCGAAGTTA-ACACTCAATTATAGTCTATTTTAATC-GAAAATATAAAAAAAT
66 TCTTCACATTTCTCG-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAT
* * ** *
1656 TCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * ** * * * ** **
1721 TGAGTGACAATAAATAGACTTTTCCTATCAATGAATGCCTTTTTTTCTTTACGTTTCTCGACATA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ATTTTTTTC-TCATGTTTCTTAAGGTA
* * * *
1786 GACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTA-AAAAACATTGAACTTAAAATCAATT-TC
257 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CGAAAAA-TATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTAT-
* ** * *
1849 AAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGAC
318 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
1913 TTTTCTTGCCAATGAATA-TATTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG
383 TTTTCTT-CTAATGAATACT-TTTTTC--CATGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * *
1976 TTTTAA-ACAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAGTCATTTAAA
443 TTTTAATA-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
2040 GCG
506 GCG
* * * * * * *
2043 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATGAATGGACTTTTGTTGCCAACGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
** * * * * *
2108 TCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACACTCAATTATAGTCTATTTGAATC-AAAAATGTAAAAACATT
66 TCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
2172 TAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
2237 GTGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTATCTCATGTTTCTTGAGGTAAA
195 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTT-TCTCATGTTTCTTAAGGTAGA
* *
2302 CATTGAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAATATTTAACTTAACATCAATTATGAGAT
259 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
2367 TATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAAAATAAATAGACATTTC
323 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * *
2432 TTACTAATGAATCCCGTTTTTTCCATGTTTCTTGACATAGAAATTCAACTATAATCTATTTTAAT
388 TT-CTAATGAAT-AC-TTTTTTCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT
* * *
2497 AAAAAAAGTGAAAAACATTGAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
450 AAAAAAA-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * *
2558 AGTAATAAGGCTTTT-AGAGGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTTTCGTGTCAATGAATGTATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
*
2621 TTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
65 TTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
2685 TGACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** * *
2750 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATGAATGATTTTTTT-ACACGTTTCCCAAGGCAA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTTCTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * *
2813 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAGAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTAAGAT
258 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * * * * *
2878 GT-TAAAAGAAATTCAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACATTT
323 -TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
2942 CTTATCAATGAATGCTTTCTTCCTCATGTTT-TTCAGAGTAGACATTCCATTATAGTCCATTTTA
387 CTTCT-AATGAATACTTT-TTTC-CATGTTTCTTGAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * *
3006 AGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTG
448 A-TAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * *
3068 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
* * ** * * * *
3133 TCTCCACATTCCTCGACATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAACAAATG-AAAAATAT
66 TCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAA-AAATGTAAAAAAAT
* * *
3197 TAAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGA
129 TCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * ** *
3261 ATGGGTGACTAT-AATGGACTTTGCTTACCAATAAATG-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCT-AGGT
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTC-TCATGTTTCT-TAAGGT
* * * * *
3323 AGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATG
256 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAA--TATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
3388 GGATTATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATTGGTGACTATAAATTGACT
319 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * *
3453 TTTCTTGTGAACGAATGCGTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTGGACACTCAATTATAGTCTGTTT
384 TTTCTTCT-AATGAATAC-TTTTT-TCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
********** * * *
3518 TAACTAANNNNNNNNNNAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAGGCG
446 TAA-TAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * * * * *
3582 AGTATTGAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTCTTT-TTGCCAACGAATGTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATGAATGTCTTT
** * * * * * * * *
3646 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACATTCATTTATAGTTTGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
** * *
3711 CAACTTAAGGTCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAACT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** * *
3775 TGGGTGATTATAAATAGACTTTTGTT-CTCAATGAATG-GCTTTTTCAGCATGTTTCTCAAGGTA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTTC-TCATGTTTCTTAAGGTA
* ** * * * *
3838 GACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTATTTATGA
257 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CGAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
3903 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTT
320 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
3968 TTCTTCTCAATGGATGACTTTCTCTACACGTTT-TCTAAGGCAGACATTTAATTATAGTCTATTT
385 TTCTTCT-AATGAAT-ACTTT-TTTCCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
** ** *
4032 TAATGAAAAATGTTGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCG
446 TAAT-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * *
4096 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTGAGTGACTCTAAATAGACTTTCCTT-CTCAATGAATAG-CTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GTCTT
* * * ** *
4159 TTT-TTACACTCTTTC-CAATGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATATAAA
64 TTTCTT-CAC-ATTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTA-AAA
* *
4221 AAATT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
125 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
4285 GGAATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAAT-ACCTTTTTGTTCACAT-TTCTCTT
190 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA--TTTTT-TTCTCATGTT-TCTT
* * * * * *
4348 AAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAGAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
251 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
4413 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGATTAGTGAGACTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
316 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * *
4478 ACTTTTCTTGCCAATAAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAAACATTCAATTATAATCTA
381 ACTTTTCTT-CTAATGAAT-ACTTTTT-TCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
* * ** * * *
4543 TTTTGATCACAAATGTAAAAAAAATCAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAA
443 TTTTAAT-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAA
4607 GCG
506 GCG
* * * * *
4610 AGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTGTAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTT
* * * * * *
4674 TTTCTTCATATTTCTCTAGGTAGACATTCATTTAGAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
64 TTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
4739 TCAACTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
** * * ** * *
4804 TTGATTG-CTATAAATAGAATTTTCTT-CTCAATGAATG-GCTTGTTCTACATGCTTT-TCAAGG
194 -TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGATTTTTTTCT-CATG-TTTCTTAAGG
* * * *
4865 CAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATG
255 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
4929 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAAACT
319 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** *
4994 TTCCTTCTCAATGAATAACTTTCTTTACATGTTTCCTGAGGTAAACATTTTATTATAGTCTGTTT
384 TTTCTTCT-AATGAAT-ACTTT-TTTCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
* * * * * **
5059 TAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAATG
446 TAAT-AAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
* * * **
5123 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGAATCACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTT
* * * * *
5187 TT-TTACACGTTTCCCAAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACA
65 TTCTT-CACATTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAA-A
* * * *
5250 AATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAG
126 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * *
5315 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAACGAATGCCTTTTTGT-TCACGTGTCTCAAGG
191 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ATTTTTTTCTCATGTTTCTTAAGG
5379 TCA-ACATTCAATTATAGTCT
255 T-AGACATTCAATTATAGTCT
5399 TTTCTTGCTA
Statistics
Matches: 3988, Mismatches: 735, Indels: 325
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 3 0.00
503 41 0.01
504 135 0.03
505 127 0.03
506 105 0.03
507 11 0.00
509 4 0.00
510 220 0.06
511 385 0.10
512 525 0.13
513 460 0.12
514 1316 0.33
515 597 0.15
516 55 0.01
517 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTT
TCTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTCTCATGTTTCTTAAGGTAGACA
TTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
TAATGAATACTTTTTTCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAA
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
Found at i:5969 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5418--6375 Score: 773
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
5408 AATGACTGTG
* * * * * *
5418 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAATATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAG
1 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * **********
5483 ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
5548 AATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGT
131 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATACT
* * * * * **
5589 TTTTTCTACACGTTTCCT-AGGGTAGGCAATCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* ********** *
5653 AATTTAACTNNNNNNNNNNTACT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-A
65 AATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** *
5716 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATTAAT-CT
129 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATACT
* * * * * * *
5758 CTTTTTTTTCTCGTTTCTTAAGGTAGACAATCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAC
1 -TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
5823 CATTCAACTTAAAATTACTTATGAGATTAGAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
5888 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATACT
130 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATACT
* * **********
5930 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTANNNNNNNNNNAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
5995 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
6060 AATTGGTGACTAT-AAT-AGACTTCTCTTACCAACGAAT-GT
131 AATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATACT
* * * * *
6099 GTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACCTTCAATTATGGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 -TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
6164 CATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
********** *
6229 GANNNNNNNNNNATAAAT-AGACTTTTCTTCTCAATGAATGAC-
130 GAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAAT-ACT
* * * * * ** * *
6271 TTTGTCTACACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
6336 AGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTA
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
6376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 165, Indels: 24
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 259 0.42
171 344 0.56
172 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATACT
Found at i:6344 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5447--6375 Score: 792
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 341
5437 AGATAAATAT
* * * * * *
5447 TCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
* *********** * * * *
5512 AAAACTATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTC
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * ** *
5577 TCAATGAATAGTTTTTTCTACACGTTTCCT-AGGGTAGGCAATCAATTATAGTCTATTTTAA-TG
131 TCAATGAATACTTTTGTCTACACATTTCTTGA-GGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACT-
* * * * ********** * *
5640 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTACT-AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
194 AAGAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTA-TAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ** * *
5704 TAAGGCTTTTGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATTAATCTCTTTTTTTTCT
258 TAAGGCTTTTGAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTACCAACGAATCTCTTTTTCTTCA
* *
5769 CGTTTCTTAAGGTAGACAA
323 AGTTTCTCAAGGTAGACAA
* * * *
5788 TCATTTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACCATTCAACTTAAAATTACTTATGAGATTAG
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
*
5853 AAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * * *
5918 TTAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAN
131 TCAATGAATACTTTTGTCTACACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAA
********* * *
5983 NNNNNNNNNAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAA
196 GAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
6048 GGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAT-AATAGACTTCTCTTACCAACGAATGTGTTTTTCTTCAAG
261 GGCTTTTG-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTACCAACGAATCTCTTTTTCTTCAAG
* **
6112 TTTCTCGAGGTAGACCT
325 TTTCTCAAGGTAGACAA
* * * * **
6129 TCAATTATGGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTTT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
* * **********
6194 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGANNNNNNNNNNATAAAT-AGACTTTTCTT
66 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
*
6258 CTCAATGAATGAC-TTTGTCTACACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-T
130 ATCAATGAAT-ACTTTTGTCTACACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACT
* *
6321 GAAGAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACTATTTA
194 -AAGAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTA
6376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 120, Indels: 14
0.77 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 439 0.95
342 19 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAG
AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
TCAATGAATACTTTTGTCTACACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAA
GAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTACCAACGAATCTCTTTTTCTTCAAGT
TTCTCAAGGTAGACAA
Done.