Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400494.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_369.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 60782
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.12, T:0.29
Warning! 10624 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:422 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--1224 Score: 1137
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
1 T
** * * *
2 AATTATGAGGCTATAAAACCATTTACAA-TGAGTAAT-ACAACTTTCAAAGGTTTGAGTGACTAT
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAC-GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * ***
65 AAATAGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTAT
64 AAATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTAT
* * *
130 AGTATATTTTAACTAGAAATATTAAAAAATCCAAC-TAAAAATC
129 AGCATATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAATCCAACTTAAAAATC
** * * * *
173 AATTATGAGAATATAAAACTTTTTCAAGCAAGTCAT-ACGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACG-CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * * * * *
237 AGTGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCTATTATA
65 AATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATA
* * *
302 GCATGTTATAACTAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAAAT-
130 GCATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAAATC
* * ** *
343 AATTATGAGAATATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTTAAGGCGTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * ** *
408 ATGGA-TATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCCCGAGACAGACATTCAATTATA
66 ATGGACT-TTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATA
* *
472 GTATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCCAAC-TAAAAATC
130 GCATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAAATC
* * * *
513 AATTACGAAAATACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-ACGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACTAT
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAC-GCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTAT
* * *** * * * * * * ** * *
576 AGATGGGCTTTTCTCTCTGTTGGATAGCTTTTATTTCATGTCTCCTAAGGTAGTCATTCAATTAC
64 AAATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTAT
** * * *
641 AATATAGTTTAACAAAAAATGTAAAAATATCCAACTT-AAAACC
129 AGCATATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATCCAACTTAAAAATC
* * *
684 AATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * * * * *
749 ATGGACTTCTCTCTTCAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGATAAATATTTAATTATAG
66 ATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAG
* * * *
814 C-TCATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAACAAAGTT-AAAATC
131 CAT-ATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATCCAACTTAAAAATC
** * * *
855 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * *
920 ATGGACTTTTCTCTCCCATAAATGGGTTTTACTTCACGTGTCCCAAGGCA-ATCATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGA-CATTCAATTATA
* * * *
984 ACATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATCTAAATT-AAAATC
130 GCATATTTTAACAAAAAATATAAA-AAATCCAACTTAAAAATC
* * *
1026 AATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
** * ** ** ** * * *
1091 ATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATATTTTCTGATG-CAGATATTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCA-CGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATA
* ** * ** *
1155 ACATATTTTAACCGAAAGTGCAGAAAAATCCAACTT-AAAACC
130 GCATATTTTAACAAAAAATATA-AAAAATCCAACTTAAAAATC
* *
1197 AATTATGATAATATAAAACTATTTAAAG
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG
1225 GCTTGAGTGA
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 164, Indels: 42
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 271 0.31
171 570 0.66
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAG
CATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAAATC
Found at i:1031 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2--3161 Score: 2337
Period size: 342 Copynumber: 9.3 Consensus size: 338
1 T
** * * *
2 AATTATGAGGCTATAAAACCATTTACAA-TGAGTAATACA-ACTTTCAAAGGTTTGAGTGACTAT
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTA-AAGCGAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
* * * *
65 AAATAGACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTAT
63 AAATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AGACAGACATTCAATTAT
* * **
130 AGTATATTTTAACTAGAAATAT-TAAAAAATCCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTT
127 AGTATATTTTAAC-A-AAAAATGTAAAAAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * * * * *
194 TTTCAAGCAAGTCATACGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTCTCCCATGG
190 TTTAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGG
* * * * * * * *
259 ATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA-CATTCTATTATAGCATGTTATAACTAAAAATAT
255 ATGGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCA-ATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATAT
323 AAAAAATCCAACTTAAAAAT-
319 AAAAAATCCAACTT-AAAATC
* * * ** *
343 AATTATGAGAATATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTTTTAAGGCGTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * *
408 ATGGA-TATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCCCGAGACAGACATTCAATTATA
65 ATGGACT-TTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCTAGACAGACATTCAATTATA
* * * * * *
472 GTATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCCAACTAAAAATCAATTACGAAAATACAAAACCATTT
128 GTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * ***
537 AAAGTGAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTGTTGGAT
193 AAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* * * * * * * * *
601 AGCTTTTATTTCATGTCTCCTAAGGTAGTCATTCAATTACAATATAGTTTAACAAAAAATGTAAA
257 GGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAA
*
666 AATATCCAACTTAAAACC
322 AA-ATCCAACTTAAAATC
*
684 AATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * * *
749 ATGGACTTCTCTCTTCAATAAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCTAGATAAATATTTAATTATAG
65 ATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCTAGACAGACATTCAATTATAG
* * * *
814 CT-CATTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAACAAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
129 -TATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
* * * * **
878 TAAAGTTAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATAAAT
192 TAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* * * *
943 GGGTTTTACTTCACGTGTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAA
257 GGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAA
* *
1008 CAAATCTAAATTAAAATC
322 -AAATCCAACTTAAAATC
*
1026 AATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * *
1091 ATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATATTTTCT-GATGCAGATATTTAATTATA
65 ATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAGA--CAGACATTCAATTATA
** ** * * * * * *
1155 ACATATTTTAACCGAAAGTGCAGAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGATAATATAAAA-C---
128 GTATATTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
* **
1216 ------------TA----TTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTCAT-GGA
192 TAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC----TTTTCTC-TCCCA
* *** * * * * * ** * * * **
1263 TGGCTTTT---GA-GTCACGT-TTCTAGAGGCAAAAATTCAACTATAGCATATTTTAACTAGTAA
252 TGGATGGCTTTTACTTCATGTCTCCCA-AGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAA
* *
1323 TGTAAAAAAATCGAACTTAAAATC
316 TAT-AAAAAATCCAACTTAAAATC
********** *
1347 AATTATGAGAATATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* ** ** * ** ***
1412 ATGGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTNNN
65 ATGG-ACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AGACAGACATTCAATTATA
******* * *** * * * *
1477 NNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAACTTTCAACTTAGAATCAATCATGAGAATATAAAACTATT
128 GTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
** * ********** **
1542 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCCATATA
192 TAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCTCCCATGGA
* ** * ** ** **
1606 TGGCTTTTACTTCATGTTTCCCTGGGGAAAAATTCAATTATGGCATATTTTAACCCAAAATATAA
256 TGGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAA
*
1671 AAAACCCAACTTAAAATC
321 AAAATCCAACTTAAAATC
** * * * *
1689 AATTGCGAGAATATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAATGCTCTCAAAGGCTTGTA-TGACTATA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATA
* * * * * * * * ** *
1753 AATGAATTTTTCTCTCCATTGGACGGCTTTTACTTCACGTTTCATGAGGTAGTCATTCAATTATA
64 AATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AGACAGACATTCAATTATA
* * * * * * *
1818 ATAAATTTTAACCAAAAATGTTACAAAATCTAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACCAT
128 GTATATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAACCAACTAAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCAT
** * * * * * *
1882 TTGTA-TCGAGTGATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCAATA
191 TTAAAGT-AAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCTCCCATG
* ** * * * * * *
1945 GATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCGAGGCAAAT-ATTCAATTATAGCACATTTGAACCAAAAATG
254 GATGGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGC-AATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAT-
* * *
2009 TTAAAAAATCTAACTTTAAATC
317 ATAAAAAATCCAACTTAAAATC
* * * *
2031 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTTACAATAA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * *
2096 ATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCTAGGGCA-ATCATTCAATTATA
65 ATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA-GACAGA-CATTCAATTATA
** * * * * * *
2160 ACATATTTTAACCAAAAATATAAACCAATCCAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATT
128 GTATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
** * * *
2225 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGGAT
192 TAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* ** * * * * *
2290 GGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGA-CATTCAATTATAGCATATTTGAACGAAAAATGTGA
257 GGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCA-ATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAA
*
2354 AAAATTCAACTTAAAATC
321 AAAATCCAACTTAAAATC
* * * * *
2372 AATTACGAGAATACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * ** * * * *
2437 ATGTAGTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTTA-AGCAGATATTCAAGTATA
65 ATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTAGA-CAGACATTCAATTATA
** * * ** * *
2501 ACATAGTTTAA-ATAAAAGTGTAAAAGAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCAT
128 GTATATTTTAACA-AAAAATGTAAAA-AAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
** * * * *
2565 TTAAAACAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTTTCACCCATGGA
191 TTAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGA
* * * * ** * * * **
2630 TGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAGGTCAA-AATTCAACTATAGCATATTTTAACCCAAAATATA
256 TGGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGG-CAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATA
*
2694 AAAAATTCAACTTAAAATC
320 AAAAATCCAACTTAAAATC
* * *
2713 AATTATGAGAATATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* ** * ** * ** * **
2778 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGTTAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTTGATTATA
65 ATGG-ACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTAGACAGACATTCAATTATA
* * ** * *
2843 GCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATT
128 GTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
*** * * *
2908 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTCCCATGGAT
192 TAAAGTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* *** * ** * *
2973 GGCTTTTACTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAA
257 GGCTTTTACTTCATGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAA
3038 AAATCCAACTTAAAATC
322 AAATCCAACTTAAAATC
** * * * *
3055 AATTACAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTCTCAAAGGCTTGTGTGATTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
* ** * * *
3120 ATGGGCTTTTCTCTCCTTTGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTC
65 ATGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTC
3162 TCGAGGTANN
Statistics
Matches: 2269, Mismatches: 462, Indels: 176
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 3 0.00
321 140 0.06
322 92 0.04
324 1 0.00
325 9 0.00
326 3 0.00
338 4 0.00
339 14 0.01
340 154 0.07
341 831 0.37
342 957 0.42
343 59 0.03
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (338 bp):
AATTATGAGAATATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTCTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAGACAGACATTCAATTATAGTA
TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
GTAAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCT
TTTACTTCATGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAT
CCAACTTAAAATC
Found at i:1342 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 1071--1371 Score: 383
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
1061 TAAGGCTTTC
*
1071 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATATTTTCTG
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATAGTTTCTG
* * * * * * *
1136 ATGCAGATATTTAATTATAACATATTTTAACCGAAAGTGCAGAAAAATCCAACTTAAAACCAATT
66 AGGCAAAAATTCAACTATAACATATTTTAACAGAAAGTGCAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATT
* *
1201 ATGATAATATAAAACTATTT
131 ATGAGAATATAAAACCATTT
* * * *
1221 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTCATGGATGGCTTTTGAG-TCA-CGTTTCT
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTG-GTTCATAGTTTCT
* * * * *
1284 AGAGGCAAAAATTCAACTATAGCATATTTTAACTAGTAA-TGTAAAAAAATCGAACTTAAAATCA
65 -GAGGCAAAAATTCAACTATAACATATTTTAAC-AGAAAGTGCAAAAAAATCCAACTTAAAACCA
1348 ATTATGAGAATATAAAACCATTT
128 ATTATGAGAATATAAAACCATTT
1371 A
1 A
1372 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 5 0.04
150 120 0.93
151 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (150 bp):
AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATAGTTTCTG
AGGCAAAAATTCAACTATAACATATTTTAACAGAAAGTGCAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATT
ATGAGAATATAAAACCATTT
Found at i:1926 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1221--3161 Score: 1710
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 169
1211 AAAACTATTT
* * **
1221 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTCATGGATGGCTTTTGAGTCACGTTT-CTA
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTC-CATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-
*** * * ** *
1285 GAGGCAAAAATTCAACTATAGCATATTTTAACTAGTAATGTAAAAAAATCGAACTTAAAATCAAT
64 GAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
**********
1350 TATGAGAATATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTC
128 TATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* *
1392 AAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCTCC-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* * ** ********** * * *
1457 AAGGTAGAT-ATTTGATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAACTTTCAACTTAGAATCAA
64 GAGGCAG-TCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCT-AACTTAAAATCAA
* * *
1521 TCATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
127 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
********** * ** * *
1564 NNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCCATATATGGCTTTTACTTCATGTTTCCC
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTCT-CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CC
* *** * * * * *
1628 TG-GGGAAAAATTCAATTATGGCATATTTTAACCCAAAATATAAAAAACCCAACTTAAAATCAAT
63 TGAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
** * * *
1692 TGCGAGAATATAAAACCATTGAAAGT-GAGTAATAATGCTCTC
128 TATGAGAATATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
1734 AAAGGCTTGTA-TGACTATAAATGAATTTTTCTCTCCATTGGACGGCTTTTACTTCACGTTTCAT
1 AAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* ** * *
1798 GAGGTAGTCATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATGTTACAAAATCTAACTTAAAA-CTAA
64 GAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATCTAACTTAAAATC-AA
** * *
1862 TTATGAGAATATAAAACCATTTGTATCGAGTGATAAGGCTTCC
127 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
1905 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCC
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACT-TTTCTCTCC-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* * * *
1969 GAGGCAAAT-ATTCAATTATAGCACATTTGAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTTAAATCAA
64 GAGGC-AGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
2033 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTC
127 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
2076 AAAGGTTTGAGTTACAATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCT-
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTG
* * * * *
2140 AGGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAACCAATCCAACTTAAAATCAAT
65 A-GGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCTAACTTAAAATCAAT
* *
2205 TATGTGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
128 TATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
2247 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTG
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTC-TCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTG
* * * *
2312 AGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTGAACGAAAAATGTGAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATT
* * **
2376 ACGAGAATACAAAACTGTTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTC
129 ATGAGAATATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * *
2417 AAAGGCTTGTGTGACTATAAATGTAGTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTT
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTC-TCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTG
* * * * ** * *
2482 AAGCAGAT-ATTCAAGTATAACATAGTTTAAATAAAAGTGTAAAAGAAT-TCAACTTAAAACCAA
65 AGGCAG-TCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATCT-AACTTAAAATCAA
* * *
2545 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAGGGCTTTC
127 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
2588 AAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTTTCACCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTG
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTC-TCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTG
** * * *
2653 AGGTCA-AAATTCAACTATAGCATATTTTAACCCAAAATATAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAAT
65 AGG-CAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCT-AACTTAAAATCAAT
*
2716 TATGAGAATATAAAACCATTTATAGT-GAGTAATAAGGCTTTC
128 TATGAGAATATAAAACCATTTA-AATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
2758 AAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGAACTTTTCTCTCCCATGGTTAGCTTTTGCTTCATGTTT-CT
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTCT-CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
* * ** *
2822 CAAGGTAGAT-ATTTGATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGT-TCAACTTAAAATC
64 -GAGGCAG-TCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TCT-AACTTAAAATC
* *
2885 AATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
125 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * ** *
2930 TAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTTTA
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTG
** * *
2995 AGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA
65 AGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTA
** * * *
3060 CAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTCTC
130 TGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
* * ** * *
3100 AAAGGCTTGTGTGATTATAAATGGGCTTTTCTCTCCTTTGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTC
1 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCC-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
3162 TCGAGGTANN
Statistics
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0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGA
GGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
GAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTC
Found at i:2538 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 2--3162 Score: 2891
Period size: 683 Copynumber: 4.7 Consensus size: 679
1 T
** * * *
2 AATTATGAGGCTATAAAACCATTTACAA-TGAGTAATACA-ACTTTCAAAGGTTTGAGTGACTAT
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAATA-AGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTAT
* * * * * ** * **
65 AAATAG-ACTTTTCTCTCCCATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTA
64 AAATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTA
** * * * *
129 TAGTATATTTTAACTAGAAATAT-TAAAAAATCCAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT
129 TAACATATTTTAACCA-AAA-ATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT
* * * * * * * *
193 TTTTCAAGCAAGTCATACGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCTCTCCCATG
192 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATG
* * ** * * * * * *
258 GATGGTTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCTATTATAGCATGTTATAACTAAAAATAT
257 GATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
323 AAAAAATCCAACTTAAAAAT-AATTATGAGAATATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGTTTT
322 AAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCT
** * * ** * ** *
387 TTAAGGCGTGAGTGACTATAAATG-GATATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCC
386 CAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGAG-T-TTTCTCT-TTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT
* * * ** * * * * * * *
451 CG-AGACAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATCCAACTAAAAATCA
448 TGAAG-CAGTCATTCAAGTATAACAAAGTTTAAACAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAACCA
* * * *** * * *
514 ATTACGAAAATACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTCAAAGGCTT-ATGTGACTATAG
512 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGA-GTGACTATAA
* * ** * *** * * * ** * *
578 ATGGGCTTTTCTCTCTGTTGGATAGCTTTTATTTCATGTCTCCTA-AGGTAGTCATTCAATTACA
576 ATGGACTTTTTTCTC-CATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCC-AGAGGCA-AAATTCAACTATA
** * * * *
642 ATATAGTTTAACAAAAAATG-TAAAAATATCCAACTTAAAACC
638 GCATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAA-ATCTAACTTAAAATC
* ** *
684 AATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
* * * ** * * * *
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66 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGGTAGATATTTGATTAT
* * ** * *
812 AGC-TCATTTTAACAAAAAATGTAAGAAA-AACAAAGTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
130 AACAT-ATTTTAACCAAAAATGTAA-AAACTTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACT
** * * *
875 ATTTAAAGTTAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATA
192 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATG
* * * * ** * * *
940 AATGGGTTTTACTTCACGTGTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATAT
257 GATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
1005 AAACAAATCTAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
322 AAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCT
* * * * * **
1070 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGGTTCATATTT-TC
386 CAAAGGCTTGTGTGACTATAAAT-GAGTTTTCTCT-TTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-
* * * * * * * * * *
1134 TGATGCAGAT-ATTTAATTATAACATATTTTAACCGAAAGTG-CAGAAAAATCCAACTTAAAACC
448 TGAAGCAG-TCATTCAAGTATAACAAAGTTTAAACAAAAATGTTA-AAAAATCTAACTTAAAACC
*
1197 AATTAT--G---AT---A--ATATAAAAC---T-AT-----TT--AAAGGCTTGAGTGACTATAA
511 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAA
*
1241 ATGGACTTTTTTCTCTCATGGATGGCTTTTG-AGTCACGTTTCTAGAGGCAAAAATTCAACTATA
576 ATGGACTTTTTTCTC-CATGGATGGCTTTTGCA-TCACGTTTCCAGAGGC-AAAATTCAACTATA
* ** * *
1305 GCATATTTTAACTAGTAATGTAAAAAAATCGAACTTAAAATC
638 GCATATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAATC
**********
1347 AATTATGAGAATATAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
* ***
1412 ATGGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTNNN
66 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTATA
******* * *
1477 NNNNNNNTTAACCAAAAATGTAAAAACTTTCAACTTAGAATCAATCATGAGAATATAAAACTATT
131 ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATT
********** **
1542 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCCATATA
195 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCTCCCATGGA
* * * * *
1606 TGGCTTTTACTTCATGTTTCCCTG-GGGAAAAATTCAATTATGGCATATTTTAACCCAAAATATA
259 TGGCTTTTACTTCATGTTT-CCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTA
* * *
1670 AAAAACCCAACTTAAAATCAATTGCGAGAATATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAATGCTCTCA
323 AAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCTCA
* * ** * * *
1735 AAGGCTTGTATGACTATAAATGAATTTTTCTCTCCATTGGACGGCTTTTACTTCACGTTTCATGA
388 AAGGCTTGTGTGACTATAAATG-AGTTTTCTCTTTA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * * * *
1800 GGTAGTCATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATGTTACAAAATCTAACTTAAAACTAATTA
451 AGCAGTCATTCAAGTATAACAAAGTTTAAACAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTA
** * * *
1865 TGAGAATATAAAACCATTTGTATCGAGTGATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
516 TGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
1930 -TATTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCGAGGCAAATATTCAATTATAGCACA
581 CT-TTTTTCTCC-ATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCAGAGGCAAA-ATTCAACTATAGCATA
* *
1994 TTTGAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTTAAATC
643 TTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAATC
* * * *
2031 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTTACAATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
* ** * * **
2096 ATGG-ACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCTAGGGCA-ATCATTCAATTAT
66 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAT-ATTTGATTAT
* * * *
2159 AACATATTTTAACCAAAAATATAAACCAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCA
130 AACATATTTTAACCAAAAATGTAAA--AACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTA
* *
2223 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGG
193 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGG
* * * *
2288 ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTGAACGAAAAATGTG
258 ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTA
* * ** * *
2353 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
323 AAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCTCA
* *
2418 AAGGCTTGTGTGACTATAAATGTAGTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTTA
388 AAGGCTTGTGTGACTATAAATG-AGTTTTCTCTTT-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA
* * *
2483 AGCAGAT-ATTCAAGTATAACATAGTTTAAATAAAAGTG-TAAAAGAAT-TCAACTTAAAACCAA
451 AGCAG-TCATTCAAGTATAACAAAGTTTAAACAAAAATGTTAAAA-AATCT-AACTTAAAACCAA
* * *
2545 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAAT
513 TTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* *
2610 GGACTTTTTTCACCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCTGAGGTCAAAATTCAACTATAGCA
578 GGACTTTTTTC-TCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCAGAGG-CAAAATTCAACTATAGCA
* *
2675 TATTTTAACCCAAAAT-ATAAAAAAT-TCAACTTAAAATC
641 TATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATCT-AACTTAAAATC
*
2713 AATTATGAGAATATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
* *
2778 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGTTAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGATATTTGATTAT
66 ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGATATTTGATTAT
* * *
2842 AGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTAT
130 AACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTAT
* * *
2907 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTCCCATGGA
194 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGA
** * *
2972 TGGCTTTTACTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAA
259 TGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAA
* *
3037 AAAATCCAACTTAAAATCAATTACAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTCTCAA
324 AAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCTCAA
* * *
3102 AGGCTTGTGTGATTATAAATGGGCTTTTCTCTCCTT-TGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTCT
389 AGGCTTGTGTGACTATAAATGAG-TTTTCTCT--TTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT
3163 CGAGGTANNN
Statistics
Matches: 2025, Mismatches: 375, Indels: 157
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
662 4 0.00
663 305 0.15
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665 6 0.00
668 2 0.00
670 2 0.00
671 2 0.00
673 5 0.00
674 6 0.00
676 2 0.00
677 2 0.00
679 1 0.00
680 2 0.00
681 12 0.01
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684 197 0.10
685 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (679 bp):
AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAA
ATGGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTATA
ACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATG
GCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
AATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTCTCAAAG
GCTTGTGTGACTATAAATGAGTTTTCTCTTTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAG
TCATTCAAGTATAACAAAGTTTAAACAAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGA
ATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
TTCTCCATGGATGGCTTTTGCATCACGTTTCCAGAGGCAAAATTCAACTATAGCATATTTTAACC
AAAAATGTTAAAAAATCTAACTTAAAATC
Found at i:3806 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3270--3969 Score: 667
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 168
3260 NNNNNNNNNN
* * * *
3270 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGC
1 TACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGT
** * * *
3335 TTAAAATATGCTATAATAAAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTAACCATGGTAGAG
65 TTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT--TAGAG
* *
3400 -AAAAGTTTCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCCTTAT
128 AAAAAG--TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * *
3442 TACTCACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTATATATTTTTGGT
1 TACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTT
* * * * * * **
3507 TAAAATATGCTATAGTTGAATTTTTACCTCGGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATGGGAGAAA
66 TAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AA
* *
3572 AAAGTCCATTTCTAGTCA-TAGAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
130 AAAGT-CATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
********** * *
3612 TACTCACNNNNNNNNNNTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATATTTTTACACTTTTGT
1 TACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGT
* * * * * *
3677 TTAGACTATGTTATAATTGAATATCT-GCTTGGAAAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGA
65 TTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGG-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA
* *
3741 TAAAACTACATTTATAGTCAC-CTAAGCCATTGAAAGCCTTAT
129 -AAAAGT-CATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** *
3783 TACCCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-G
* * * * *
3848 TTT-AAATATGTTATAATTGAATGA-CTACCTTGGGAAGCATGAAGC-AAACCCATCTATTAGAG
64 TTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG
* *
3910 AGAAAAGTCTATCTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTAT
128 A-AAAAGTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
3953 TACTCACTTTAAATGAT
1 TACTCACTTTAAATGAT
3970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 91, Indels: 32
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 135 0.32
171 228 0.54
172 53 0.13
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTT
TAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAA
AAGTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
Found at i:3945 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3287--3963 Score: 738
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
3277 TTTAAATGGT
* *
3287 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATATGCTATAAT
1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACACTTTTGCTTAAAATATGCTATAAT
* ** *
3352 AAAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTAACCATGGTAGAGAAAAGTTTCATTTATAG
66 AAAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTAACCAT-GTAGAGAAAAACTACATTTATAG
* * * *
3417 TCACTCAAGCCCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCATAATTGATTTT
130 TCACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTT
* * *** *
3482 AAGTTAGATTTTATATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAGTTGAATTTTTACCTCGGAAAACGTG
195 AAGTTAGATTTTATATATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTCGGAAAACATG
* * * * * *
3547 ATGCAAAAGCCATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTCTAGTCATAGAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
260 AAGCAAAACCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATCTATAGTCATACAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
3612 TACTCAC
325 TACTCAC
* * * *
3619 NNNNNNNNNNTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTT-AAATATTTTTACACTTTTGTTTAGAC
1 ----------TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACACTTTTGCTTAAAA
* ** * * *
3683 TATGTTATAATTGAATATCT-GCTTGGAAAAATATGAAGCAAAAG-TCATCCAT-TAGAGATAAA
55 TATGCTATAATAAAATATCTACCTTGG-AAAACATGAAGCAAAAGCT-AACCATGTAGAGA-AAA
*
3745 ACTACATTTATAGTCAC-CTAAGCCATTGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATATTC
117 ACTACATTTATAGTCACTC-AAGCCATCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATATTC
* * * *
3809 TCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTTTTAGTTTAAATATGTTATAATTGAATGACT
181 TCATAATTGATTTTAAGTTAGATTT-TATATATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACT
* * * * * * *
3874 ACCTTGGGAAGCATGAAGC-AAACCCATCTATTAGAGAGAAAAGTCTATCTATAGTCACT-CAAG
245 ACCTCGGAAAACATGAAGCAAAACCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATCTATAGTCA-TACAAG
*
3937 CTTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
309 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
3960 TTTA
1 TTTA
3964 AATGATNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 45, Indels: 25
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.01
340 7 0.02
341 145 0.51
342 127 0.45
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACACTTTTGCTTAAAATATGCTATAAT
AAAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTAACCATGTAGAGAAAAACTACATTTATAGT
CACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
AGTTAGATTTTATATATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTCGGAAAACATGA
AGCAAAACCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATCTATAGTCATACAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
ACTCAC
Found at i:5216 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4937--5267 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
4927 ATTTAAAGTG
* * * * *
4937 AGTAATAAGGCTTTCAAGGACTTGACTGACTATAATTGGAACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTT
1 AGTAACAAGACTTTCAAGGACTTGACTGACTATAAATGGAACATTTCTCACCAATAGATGGCTTT
* * * *
5002 TGCTTCATGTTTCGCAAGGTAGATACTTGATTATTGAATATTTTAACCAAAAATGTAAACAATTT
66 TACTTCATGTTTCGCAAGGTAGATACTTCATTATAGAATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATT
* **
5067 CAACTTATAATCAATTATTAGAATATAAAACTAATTAAAGCA
130 CAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTAATTAAAGCA
* *
5109 AGTAACAAGACTTTCTAAGG-CTTGAGTGACTATAAATGG-ACATTTCTCACCCATAGATGGCTT
1 AGTAACAAGACTTTC-AAGGACTTGACTGACTATAAATGGAACATTTCTCACCAATAGATGGCTT
*** * * **
5172 TTACTTCATGTTTCTTGATGTA-A-ACATTCACTTATAGCATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAA
65 TTACTTCATGTTTCGCAAGGTAGATAC-TTCA-TTATAGAATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
5235 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAAC
128 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAAC
5268 CATTTANNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 36 0.27
171 63 0.47
172 30 0.22
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGTAACAAGACTTTCAAGGACTTGACTGACTATAAATGGAACATTTCTCACCAATAGATGGCTTT
TACTTCATGTTTCGCAAGGTAGATACTTCATTATAGAATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTAATTAAAGCA
Found at i:6595 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
6038 NNNNNNAAGT
* * *
6048 GAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGACTGACTATAAATGGAACTTTTCTCCCCAATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* ** * *
6113 TTGCTTCATGTTTCGCAAGGTAGAT-ATTTGATTATAGAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGTA-ATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA-
* * * * *
6177 TTCAACTTAGAATTAATTATTAGAATATAAAACCAATTAAAGC
128 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * *
6220 AAGTAACAAGACTTTCTAAGGCTTGAGTGAATATAAATGGACATTTCCCACCCATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* *** * * * *
6285 TACTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTC
66 TGCTTCATGTTTCCCAAGGTAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATC
*
6350 AACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
131 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * **
6390 GAGTAATAAGGCTCTCAAAGCCTTGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCTTTGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * * ** * * *
6455 TGCTTTACGTTTCCCGAGGTAGTCATTCAATTATAAAATATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATC
66 TGCTTCATGTTTCCCAAGGTAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATC
* * *
6520 AAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTCAAGC
131 -AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
6561 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
** * * * *
6626 TGCTTCACT-TTTTTCAAGATAAAT-ATTCAATTATAGCACATTTTAACGAGAAATATAAAAAAA
66 TGCTTCA-TGTTTCCCAAGGT-AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * *
6689 TCTAACTTAAAATCAATTATGAGTATATAAAACTATTTAAAGT
129 TC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * *
6732 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACAATAAATGGACTTTTCTCTGCC-ATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTT
* * *
6796 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* *
6861 CTCACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATTAAACCATTTAAAGC
130 C-AACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
6903 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAGTGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
6968 TACTTCATGTTT-CCAGAGGTAGA-CATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATAT-GAAAAA
66 TGCTTCATGTTTCCCA-AGGTA-ATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * *
7030 TCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACTATTTAAAGT
129 T-CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
7073 GAGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGTGTGACTATAGAT-GAGCTTTTCTCTCTATTGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTT
* * * * * * * * * *
7137 TTGCTTCATGTCTCCTAAGGCAATCATTGAATTACAACATAGTTTGACAAAAAATGTAAAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-
** * * *
7202 TGTACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGT
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * * * *
7244 AAGTAATAAGGATTTGGAAGGCTTGATTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTTCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* ** * *
7309 TGCTTCACGTTTCCGGAGGTAAAT-ATTTAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
66 TGCTTCATGTTTCCCAAGGT-AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-
*
7373 TCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATAAAACCAT
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
7408 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 182, Indels: 41
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 282 0.29
171 657 0.67
172 44 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
TGCTTCATGTTTCCCAAGGTAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATC
AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:6672 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6044--7407 Score: 1561
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 339
6034 NNNNNNNNNN
* * * *
6044 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGACTGACTATAAATGGAACTTTTCTCCCCAATGGATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTCTCCTATGGATG
* * ** *
6109 GCTTTTGCTTCATGTTTCGCAAGGTAGAT-ATTTGATTATAGAATATTTTAACTAAAAATGTAAA
65 GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCA-ATCATTCAATTATAAAATATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * ** * * * * *
6173 AAATTTCAACTTAGAATTAATTATTAGAATATAAAACCAATTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCTA
129 AAA-ATCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * * **
6238 AGGCTTGAGTGAATATAAATGGACATTTCCCACCCATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAG
193 AGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-CAAG
* * *
6303 GTAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
257 GTAAACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
6368 AGAATATAAAACCATTTA
322 AGAATATAAAACCATTTA
* * * * * *
6386 AAGCGAGTAATAAGGCTCTCAAAGCCTTGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCTTTGGATGG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGG
* * * * * * *
6451 CTTTTGCTTTACGTTTCCCGAGGTAGTCATTCAATTATAAAATATTTTAATTGAAAATGTAAAAA
66 CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAAAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
6516 AATCAAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAA
131 AATC-AACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *
6581 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTCTTGCTTCACTTTTTTCAAGAT
195 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCA-TGTTTCCAAGGT
* * * * *
6646 AAATATTCAATTATAGCACATTTTAACGAGAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGA
259 AAACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTACGA
* *
6711 GTATATAAAACTATTTA
323 GAATATAAAACCATTTA
* * *
6728 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACAATAAATGGACTTTTCTCTGCC-ATGGATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCTATGGATG
* * *
6792 GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAA
65 GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAAAATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
6857 AAATCTCACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAA
130 AAATC-AACTTAAAACCAATTATGA-GAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAA
* *
6921 AGGCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAGA
193 AGGCTT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCA-A
* * * * *
6985 GGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATATGAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAC
256 GGTAAACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
* *
7050 GAGAATACAAAACTATTTA
321 GAGAATATAAAACCATTTA
* * * *
7069 AAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGTGTGACTATAGAT-GAGCTTTTCTCT-CTATTGGAT
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTCTCCTA-TGGAT
* * * * * * * *
7132 GGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGGCAATCATTGAATTACAACATAGTTTGACAAAAAATGTAAA
64 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAAAATATTTTAACTAAAAATGTAAA
** * * * **
7197 AAAATTGTACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTGGA
129 AAAA-TCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * * * *
7262 AGGCTTGATTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCGGAG
193 AGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCC-AAG
* * * *
7327 GTAAATATTTAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAT
257 GTAAACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAC
7392 GAGAATATAAAACCAT
321 GAGAATATAAAACCAT
7408 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 145, Indels: 32
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 7 0.01
341 489 0.57
342 360 0.42
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGG
CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCAATTATAAAATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
AATCAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAAGGTAA
ACATTCAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAA
TATAAAACCATTTA
Found at i:7394 original size:683 final size:684
Alignment explanation
Indices: 6044--7404 Score: 1810
Period size: 683 Copynumber: 2.0 Consensus size: 684
6034 NNNNNNNNNN
* * *
6044 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGACTGACTATAAATGGAACTTTTCTCCCCAATGGATG
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACAATAAATGGAACTTTTCTCCCCAATGGATG
* * ** * *
6109 GCTTTTGCTTCATGTTTCGCAAGGTAGATATTTGATTATAGAATATTTTAACTAAAAATGTAAAA
66 GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAGAATATTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * *
6174 AATTTCAACTTAGAATTAATTATTAGAATATAAAACCAATTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCTAA
131 AATCTCAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCAATTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAA
* **
6239 GGCTTGAGTGAATATAAATGGACATTTCCCACCCATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAGG
196 GGCTTGAATGAATATAAATGGACATTTCCCACCCATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAGAGG
* * *
6304 TAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGA
261 TAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGA
* * *
6369 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCAAAGCCTTGTGTGACTATAAATGGGCTT
326 GAATACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTCTCAAAGCCTTGTGTGACTATAAATGAGCTT
* * * * * * *
6434 TTCTCTCCTTTGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCCGAGGTAGTCATTCAATTATAAAATATTTT
391 TTCTCTCCTTTGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTACAAAATAGTTT
*** * * *
6499 AATTGAAAATGTAAAAAAATCAAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTCAAGCGAG
456 AACAAAAAATGTAAAAAAATCAAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAG
*
6564 TAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTCTTGC
521 TAATAAGGATTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTCTTGC
* * *
6629 TTCACTTTTTTCAAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACGAGAAATATAAAAAAATCTAA
586 TTCACTGTTTCCAAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACGAAAAATATAAAAAAATCTAA
*
6694 CTTAAAATCAATTATGAGTATATAAAACTATTTA
651 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
* *
6728 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACAATAAATGG-ACTTTTCTCTGCC-ATGGAT
1 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACAATAAATGGAACTTTTCTC-CCCAATGGAT
6791 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCA-ATCATTCAATTATA-ACATATTTTAACCAAAAATATA
65 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAT-ATTCAATTATAGA-ATATTTTAACCAAAAATAT-
* * * *
6854 AAAAAATCTC-ACTTAAAATCAATTA-TATGAATATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
127 AAAAAATCTCAACTTAAAATCAATTATTA-GAATATAAAACCAATTAAAGCAAGTAACAAGACTT
* * * **
6917 TCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTC-TTCAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC
191 TCAAAGGCTTGAATGAATATAAATGGACATTTCCCACCCA-TGGATGGCTTTTACTTCATGTTTC
* * *
6981 CAGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATATGAAAAATCCAACTTAAAATCAA
255 CAGAGGTAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAA
* * * *
7046 TTACGAGAATACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAAG-CTTGTGTGACTATAGA
320 TTACGAGAATACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTCTC-AAAGCCTTGTGTGACTATAAA
* * *
7110 TGAGCTTTTCTCT-CTATTGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGGCAATCATTGAATTACAA
384 TGAGCTTTTCTCTCCT-TTGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTACAA
* * *** *
7174 CATAGTTTGACAAAAAATGTAAAAAAATTGTACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTT
448 AATAGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCAAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTT
* ** * * * * *
7239 AAAGTAAGTAATAAGGATTTGGAAGGCTTGATTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTTCAAT-GAAT
513 AAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAG-AT
* * * * *
7303 GGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCGGAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAA
577 GGCTCTTGCTTCACTGTTTCC-AAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACGAAAAATATAA
*
7367 AAAAAT-TCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATAAAAC
641 AAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
7405 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 81, Indels: 23
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
682 15 0.03
683 515 0.88
684 55 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (684 bp):
AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACAATAAATGGAACTTTTCTCCCCAATGGATG
GCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAGAATATTTTAACCAAAAATATAAAA
AATCTCAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCAATTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAA
GGCTTGAATGAATATAAATGGACATTTCCCACCCATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCAGAGG
TAAACATTCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGA
GAATACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTCTCAAAGCCTTGTGTGACTATAAATGAGCTT
TTCTCTCCTTTGGATGGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGGCAATCATTCAATTACAAAATAGTTT
AACAAAAAATGTAAAAAAATCAAACCTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAG
TAATAAGGATTTCAAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTCTTGC
TTCACTGTTTCCAAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACGAAAAATATAAAAAAATCTAA
CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
Found at i:9961 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9553--12862 Score: 2127
Period size: 171 Copynumber: 19.3 Consensus size: 171
9543 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
9553 AAAGCCATCCAATGAAGAGAAAAGTATATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTATTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * ** *
9618 GCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
9683 ACTATGTTGTAATTGAATGACTGCCTTAGGAGATGTGAAGCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * * * * *
9725 AAAGCCATCCGA-TAGAGAGAAAGGCCCATCTATAGTTACACAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACT
1 AAAGCCATCC-ATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
9789 CACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCGTAATTGATTTTAAGCTGAAAATTTTTCACATTTTTGGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
9854 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATCAAG-T
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* *
9896 AAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* *
9961 ACTTTAAATGATTTTATATTCAT-ATAATTGATTTTAAGTTG-GATTTGTTTACATTTTTGGTTA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATTTTTGGTTA
* * *
10024 AAA-ATGTTATAATTGAATGACTACCT-TGGAAAACGTGAAGCA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGG-AAACGTGAAGCA
* * * * * *
10066 AAACCCATGCATGGGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
10131 ACTTTAAATGGTTTTAAATCCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTCTGGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * *
10195 AATGTACTATAATTGAATATATACCTCAGGAAAGGTGAAGCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * ** * **********
10237 AAAACCATCTATTACAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGNNNNNNNNNNC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
10302 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAATT-ATATATTTTTATATTTTTTGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** *
10366 AATATGTTATAATTTAATGACTACCTTGGGAAACGTGGAGCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* ** ** * * * * *
10408 AAAGCCATCTAACGGAGAGAAAAACCCTTTTATAATCACACAAGCCTTTGACAGCATTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
10473 TCTTTAAATGGTTTTATATTCTCGTAATTGATTTTCAGTTG-GATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
10537 ATATGCTATAATTGAATGTTTGCCTC-GTGAAACATGAAGTA
131 ATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * * *
10578 AAAGCCATCCATGGGA-AAAAAATGTCTATTTATTA-TCATTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA-GTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * *
10641 TTGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTA
** * * * *
10706 AAATATGCTATAATCAAATATCTACCTTAGGAAACATGAAGTA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * ** * *
10749 TAAGCTAACCATGGGAGAGAAAAGTTTTATTTATAGTCACTCAAGCCCTTGAAAGCTTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
10814 CACTTTAAATGGTTTTATATACTCATAATTGGTTTTGAGTT-AGATTTTTTATATTTTTGGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** *
10878 AATATGCTATAATTAAATTTTTGTCTCAGGAAACGTGATGCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* *
10920 AAAGCCATCCA-TGAGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
10984 CGCTTTAAATGGTTTTGTATTCTAATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
** * ** * *
11049 AATATGCTATAATCAAATATCTACCTTGGGAAACATGAAACA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * * *
11091 AAAGCTAACTATGGGAGAGAAAAGTTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTGAAATCCTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
11156 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTCG-TTCTGAGTT-AGATTTTTTATATTTCTGGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
11219 AAATATGCTATAGTTGAATTTTTACCTCGGGAAACGTGATGCA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * *
11262 AAAGCCATCCA-TGAGGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* ********** * * * * * * **
11326 CGCTNNNNNNNNNNTTACATTCTCATAATTGGTTTTAAATTGAATTTTTTTATACTTTTATTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * *
11391 ACTATGTTATAATTGAATATCTGCTTTAAGAAATGTGAACCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* ************************************
11433 AAACCCATCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAAGCCATCCAT-----------------TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*********************************************** *
11498 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTAAGTTGAAATTTT
49 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTT
* * * * * *
11563 TTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATCGAATATTTACCTTAGGAAACATGAAGCA
114 TTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * *
11621 AAAGCCATTCATGGGAGAGAAAAGTTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTTGAAAGCTTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* *
11686 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTGTTTTATATTTTTGGTT
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AATT-TTTTACATTTTTGGTT
* * **
11750 AAAATATGCTATAGTTGAAT-TTTAACCTC-GAGAAACGTGATTCA
128 AAAATATGCTATAATTGAATGTCT-ACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * *
11794 AAAGCCAT-CAATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTAATACT
1 AAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
** * * * * *
11858 TGCTTTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGGATTTTTTTGCACTTTTAGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
11921 AAATATGTTAGAATTGAATATCTACCTC-GAGAAATGTGAACCA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * ** * * * *
11964 AAAGGCATCCATTAGATAGAAATCTGCATTTGTAGTCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
12029 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAGAATTGATTTTACGTCG-GATTTGTTTATC-TTTTTGGTTA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTA-CATTTTTGGTTA
* * * ** *
12092 AAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTTGGGAAACATGAAGC-
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * * * * *
12134 AAATCCATCCATGGGAGAAAAAAGTTCATTCATAGCCACTCAAACCTTTGAAAGTCTTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
12199 ACTTTAAATGGTTTTACATTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
12264 ATGTGCTATAGTTGAATTTTTACCT-TGAGAAACGTGATGCA
131 ATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * * *
12305 AAAGCTATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTATATTCACT-AGAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
12369 CGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTT-AGATTTTTTTCCACTTTTGGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * *
12433 AAATATGTTAGAATCGAATATCTGCCTC-GAGAAATGTGAACCA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * * *
12476 AAAGCCATCCATGGGAGAGAAAATTTCATTTATTA-TCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* *
12540 CACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTA
65 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * *
12604 AAATGTACTATTATTAAATATTTACCTC-GAGAAACGTGAAGCA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCA
* * * * * * * *
12647 AAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCACTTGTAGTTAGTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTT
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* ** * * *
12712 GCTTTAAATTATTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTACG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
66 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * ** *
12776 ACTATGTTGTAATTGAATGACTGCCTTAGGATTCATGAAGCA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
* * * * *
12818 AAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGC
1 AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
12863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2374, Mismatches: 687, Indels: 155
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 42 0.02
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171 1191 0.50
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188 79 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
Found at i:10549 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 9570--12862 Score: 1870
Period size: 512 Copynumber: 6.4 Consensus size: 506
9560 TCCAATGAAG
** * * * * *
9570 AGAAAAGTATATTTATAT-TCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTAT-TGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * *
9634 TATTTTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTATGTTGTAATTGA
65 TATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAGA--TTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGA
* * * * * * * * * *
9699 ATGA-CTGCCTTAGGAGATGTGAAGCAAAAGCCATCCGAT-AGAGAGAAAGGCCCATCTATAGTT
128 AT-ATATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
9762 ACACAAGCCTTTGAAAG-TCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCGTAATTGATTTTA
191 ACTCAAGCCTTTGAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
9826 AGCTGAAAATTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
255 A-ATTAATATTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * ** * *
9891 CAAG-TAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
318 -GAGCAAAAGCCATCTA-AGGAGAGAAAAACCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
*
9955 TTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCATATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTG
381 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTC-TATAATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTTACATTTTTG
* * * *
10020 GTTAAAA-ATGTTATAATTGAATGACTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAACCCATGCATGGGAA
444 GTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTTGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATACATGGGAA
*
10083 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAA
1 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
10148 ATCCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAATGTACTATAATTGAAT
66 ATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAGA-TTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT
* * * * *
10213 ATATACCTCAGGAAAGGTGAAGCAAAAACCATCTATTACAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
130 ATATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
********** * * *
10278 AAGCCTTTGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAATTA
195 AAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTA
* * * * **
10343 TATATTTTTATATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTTAATGACTACCTTGGGAAACGTGGAGCA
260 -ATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGT-GAGCA
* * * *
10408 AAAGCCATCTAACGGAGAGAAAAACCCTTTTATAATCACACAAGCCTTTGACAGCATTATTACTC
323 AAAGCCATCTAA-GGAGAGAAAAACCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
10473 TCTTTAAATGGTTTTATATTCTCGTAATTGATTTTCAGTTGGATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
387 ACTTTAAATGGTTTTATATTCT-ATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** * * * *
10538 TATGCTATAATTGAATGTTTGCCTCGTGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGGGAA
451 TATGCTATAATTGAATGACTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATACATGGGAA
* * * ** *
10595 A-AAAATGTCTATTTATTATCATTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
1 AGAAAA-GTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * **
10659 TATTCTCATAATTGATTCTAAGTT-GAACTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATAATCAA
65 TATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAG-A-TTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGA
* * * * * * * * *
10723 ATATCTACCTTAGGAAACATGAAGTATAAGCTAACCATGGGAGAGAAAAGTTTTATTTATAGTCA
128 ATATATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA
* * * * *
10788 CTCAAGCCCTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATACTCATAATTGGTTTTGAG
192 CTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAA
* * **
10853 TTAGAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATTTTTGTCTCAGGAAACGTGAT
257 TTA-ATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA-
* * **
10917 GCAAAAGCCATC-CATGAGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
320 GCAAAAGCCATCTAAGGAGAG-AAAAACCCT-TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * *
10981 ACTCGCTTTAAATGGTTTTGTATTCTAATAATTGATTCTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGT
383 ACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCT-ATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGT
** * * *
11046 TAAAATATGCTATAATCAAAT-ATCTACCTTGGGAAACATGAAACAAAAGCTA-ACTATGGGAG
446 TAAAATATGCTATAATTGAATGA-CTACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATAC-ATGGGAA
* *
11108 AGAAAAGTTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTT-GAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AGAAAAG-TCCATTTATTGTCACTCAAG-CCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
11172 ATATTCTCATAATTCG-TTCTGAGTTAGATTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAGTTGA
64 ATATTCTCATAATT-GATTCTAAGTTAGATTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGA
* * * * * * *
11236 ATTTTTACCTCGGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATGAGGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
128 ATATATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * ********** * *
11301 TCAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTACATTCTCATAATTGGTTTTAAAT
193 TCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAT
* * ** * * * * * * * * * *
11366 TGAATTTTTTTATACTTTTATTTAAACTATGTTATAATTGAATATCTGCTTTAAGAAATGTGAAC
258 T-AATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTG-AG
* **********************************
11431 CAAAACCCATCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
321 CAAAAGCCAT-C-T-----------------AAGGAGAGAAAAACCCTTTTATAGTCACTCAAGC
************************************************* * *
11496 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTAAGTTGAAATT
367 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTATAATTGATTTTAAGTTG-GATT
* * *
11561 TTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATCGAAT-ATTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG
431 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGA-CTACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAG
* *
11625 CCATTCATGGGAG
494 CCATACATGGGAA
* * *
11638 AGAAAAGTTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTT-GAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AGAAAAG-TCCATTTATTGTCACTCAAG-CCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
11702 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAGTTG
64 ATATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAGA-TT-TTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* ** * * *
11767 AAT-TTTAACCTC-GAGAAACGTGATTCAAAAGCCATCAATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGT
127 AATATAT-ACCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * **
11830 CACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATT-AGTTTT
190 CACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTT
* * * ** * * * * * * *
11893 AAGTTGGATTTTTTTGCACTTTTAGTTAAAATATGTTAGAATTGAATATCTACCTC-GAGAAATG
254 AAATT-AATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAG-GAAACG
* * * * * * * * * *
11957 TGAACCAAAAGGCATCCATTA-GATAG-AAATCTGCATTTGTAGTCACTTAAGCTTTTGAAAGCC
317 TG-AGCAAAAGCCAT-C-TAAGGAGAGAAAAAC-CCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * * *
12020 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAGAATTGATTTTACGTCGGATTTGTTTATC-TT
378 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCT-ATAATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTTA-CATT
* * * *
12084 TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTTGGGAAACATGAAGC-AAATCCATCCATGG
440 TTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATACATGG
12148 GAGA
504 GA-A
* * * * * * * *
12152 A-AAAAGTTCATTCATAGCCACTCAAACCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
1 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
12216 ATTCTCGTAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATGTGCTATAGTTGAA
66 ATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAG-A-TTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA
* * * * * * * * *
12280 TTTTTACCT-TGAGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTATATTCAC
129 TATATACCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * * * * *
12344 T-AGAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAG
193 TCA-AGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAA
* ** * * * ** * * *
12408 TTAGATTTTTTTCCACTTTTGGTTAAAATATGTTAGAATCGAATATCTGCCTC-GAGAAATGTGA
257 TTA-ATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAG-GAAACGTG-
* * * *** * * *
12472 ACCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAATTTCATTTATTA-TCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTAT
319 AGCAAAAGCCATCTA-AGGAGAGAAAAACCCTTTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* *
12536 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTTGG
382 TACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCT-ATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * * *
12601 TTAAAATGTACTATTATTAAAT-ATTTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCAT-TGAA
445 TTAAAATATGCTATAATTGAATGA-CTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATACATGGGAA
* * * * * * * ** **
12663 GAGAAAAGTCCACTTGTAGTTAGTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTA
1 -AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
12728 TATTCTCATAATTGGTTTTAAG-TACGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGA
65 TATTCTCATAATTGATTCTAAGTTA-GA-TTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGA
* * * ** * * * *
12792 ATGA-CTGCCTTAGGATTCATGAAGCAAAAGCCATCCAAT-AGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTC
128 AT-ATATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
12855 ACACAAGC
191 ACTCAAGC
12863 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2141, Mismatches: 551, Indels: 176
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.00
511 217 0.10
512 882 0.41
513 516 0.24
514 136 0.06
515 7 0.00
529 1 0.00
530 166 0.08
531 92 0.04
532 118 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (506 bp):
AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
ATTCTCATAATTGATTCTAAGTTAGATTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATA
TATACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
AGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAA
TATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAGCAAAA
GCCATCTAAGGAGAGAAAAACCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATATTCTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGC
TATAATTGAATGACTACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATACATGGGAA
Found at i:14577 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14366--14926 Score: 601
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
14356 NNNNNNNNNT
*
14366 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-TT
* * * *
14431 GGATTTGTTTATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTTGGAAAACGTAAAGC
65 GGATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAATATGTTATAATTGAATGACTACCTTGG-AAACGTGAAGC
* * *
14496 AAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTC
128 AAAAGCCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATC
* * *
14538 AAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
14603 AATTTTTTTATATTTTTAG-TAAAAATGTGCTATAATTAAAT-ATTTACCTCCGGAAACGTGAAG
66 GATTTTTTTATATTTTTGGTTAAATATGT--TATAATTGAATGA-CTACCT-TGGAAACGTGAAG
* * ** *
14666 CAAAAGCTA-CTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTGCAATCAATC
127 CAAAAGCCATC-CA-TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATC
* ** * * *
14709 AAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATT-AGTTTTTAGTA
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTT
* * * * *
14773 CGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGACTACCTTAGGAGACATGAAGC
65 GGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-TATGTTATAATTGAATGACTACCTT-GGAAACGTGAAGC
* * *
14838 AAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACA-C
128 AAAAGCCATCC-ATGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-ATC
* * *
14880 AAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTCTC
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTC
14927 GTGAAACATG
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 54, Indels: 29
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 4 0.01
171 238 0.74
172 69 0.21
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
GATTTTTTTATATTTTTGGTTAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTTGGAAACGTGAAGCAAA
AGCCATCCATGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATC
Found at i:15043 original size:134 final size:135
Alignment explanation
Indices: 14795--15058 Score: 388
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
14785 ATTTTTGGTT
* * *
14795 AAACTATGTTGTAATTGAATGACTACCTTAGGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAA
1 AAACTATGTTATAATTGAATGACTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAA
* *
14860 AAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTC
66 AAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTC
14925 TCGTG
131 TCGTG
* * * *
14930 AAAC-ATGTTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCC-ATTGAAGAGA
1 AAACTATGTTATAATTGAATGACTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAG-AGAGA
* * * *
14993 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATT
65 AAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATT
15058 C
130 C
15059 ATATAATTGA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 13, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.03
134 108 0.94
135 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (135 bp):
AAACTATGTTATAATTGAATGACTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAA
AAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTC
TCGTG
Found at i:15196 original size:305 final size:305
Alignment explanation
Indices: 14655--15223 Score: 772
Period size: 305 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
14645 TTTACCTCCG
* * *
14655 GAAACGTGAAGCAAAAGCTACTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTGCAATCAATCAAGCCTTTCAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCACTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAA
* * * *
14720 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTAGTTTTTAGTACGATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAGTTTTAAGTACGATTTTTCTAC
* * * * *
14785 ATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGACTACCTTAGGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCA
131 ATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA
14850 ATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTT-AAATA
196 ATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCA-TTTCAAATA
14914 GTTTTGTATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAT
260 GTTTTGTATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAT
* * * * *
14960 GAAACATGAAGTAAAAGCCA-TCCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCACT-CATTGAAGAGAAAAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCA
**
15024 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCAT-ATAATT-GATTTTAAGTTGGATTTTTC
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTC-TCATAATTAG-TTTTAAGTACGATTTTTC
* * *
15087 TATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAT
128 TACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * * *
15152 CC-ATGGCGGAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCGAA-CGTTTGAAAGTGTTATTACTCATTTCA
193 CCAATAG-AGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACAC-AAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTCA
15215 AATAGTTTT
256 AATAGTTTT
15224 ATATACTCAT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 30, Indels: 12
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
304 8 0.04
305 217 0.95
306 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (305 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCCACTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAGTTTTAAGTACGATTTTTCTAC
ATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA
ATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTCAAATAG
TTTTGTATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAT
Found at i:15220 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14934--16257 Score: 1278
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 168
14924 CTCGTGAAAC
* * * *
14934 ATGTTATAATTGAATG-TCTACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGT
1 ATGTTATAATTGAATGAT-TACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGAGAAAAGT
* *
14998 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCAT-A
64 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATATTC-TCA
* *
15062 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAAT
127 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAAT
* * *
15105 ATGTTATAATTGAATGATTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGCGGAGAAAAGTC
1 ATGTTATAATTGAATGATTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGG-AGAGAAAAGTC
* * ** * *
15170 CATTTATTGTCACTCGAA-CGTTTGAAAGTGTTATTACTCATTTCAAATAGTTTTATATACTCAT
65 CATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTT-AAATGGTTTTATATTCTCAT
* *
15234 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGCTTAAAAT
128 AATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* *** * * * * *
15276 TTACAATAATTGAAT-ATTTATCTT-GAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGGAGAGAAAAG
1 ATGTTATAATTGAATGA-TTACCTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGAGAAAAG
* * * *
15339 TCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAACCTTATTAGTTGC-TTTAAATGGTTTTATATTCTC
63 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA-CT-CATTTAAATGGTTTTATATTCTC
* * * *
15403 ATAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
126 ATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * *
15447 ATGTTATAATTGAATGACTATCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGCCATCCAATTGAGAGAAAAGCC
1 ATGTTATAATTGAATGATTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGAGAGAAAAGTC
* * * *
15512 CATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCGTA
65 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * *
15577 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
129 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
15617 AT-TCTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGG-GTAAGAAATG
1 ATGT-TATAATTGAATGATTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGAG--AGAAAAG
* * * * *
15680 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTGTTACTTACTTTAATTGGTTTTATATTCTAA
63 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * *
15745 TAACTGAGTCTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGCTAGAAT
127 TAATTGATTTTAAGTTG-GATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** *
15788 AT-TCTATAATCAAAT-ATCTACCTT-GAGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA
1 ATGT-TATAATTGAATGAT-TACCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGAGAAAA
* * * *
15850 GTTTCATTTATAGTCAGTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCT
62 G-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATATTCT
* *
15915 CATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAAT
125 CATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * * * * *
15960 ATGCTATAGTTGAATTTTTGCC-TCGGAAGCTATGATGCAAAAGCCATCCATGGGAGAAAAAAGT
1 ATGTTATAATTGAATGATTACCTTAGGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGAGAGAAAAGT
* * * * *
16024 CCAATTATAGTCATTCAAGCCTCTGAATGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATATTCTCAT
64 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
* * * *
16089 AATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTGCACTTTTGGTTAAAAT
128 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * *
16130 ATGTTACAATTGAAT-ATCTACCTT-GGAAA-ATGTGAA-CCAAAGCCATCCAT-TAGAGAGAAA
1 ATGTTATAATTGAATGAT-TACCTTAGGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATGGAGAGA-AAA
* * * * *
16190 CTACATTTATAGTAACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC
62 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATATTCTC
16255 ATA
126 ATA
16258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 166, Indels: 81
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 62 0.07
169 19 0.02
170 189 0.20
171 517 0.55
172 154 0.16
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATGTTATAATTGAATGATTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGAGAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
Found at i:15294 original size:647 final size:647
Alignment explanation
Indices: 14366--16254 Score: 1732
Period size: 647 Copynumber: 2.9 Consensus size: 647
14356 NNNNNNNNNT
* *
14366 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTT
* * *
14431 GGATTTGTTTATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTTGGAAAACGTAAAGC
66 GGATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTTGGAAAACATAAAGC
* *
14496 AAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
131 AAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTATTACT
* * *
14561 TACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAA
195 CACTTTAAATAGTTTTATATACTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAA
* * * * * *
14626 AATGTGCTATAATTAAATATTTACCTCCG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTA-CTCATTGAAGAGAA
260 AATGTACAATAATTAAATATTTACCT-CGAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCT-ATTGAAGAGAA
* * *
14689 AAGTCCATTTGCAATCAATCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTC
323 AAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * * *
14754 TCATAATTAGTTTTTA-G-TACGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGA
388 TCATAATT-GGTTTTAGGTTA-GATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGA
*
14817 CTACCTTAGGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAA
451 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAA
* *
14882 GCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGA
516 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGA
14947 ATGTCTACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
581 ATGTCTACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
15012 TC
646 TC
*
15014 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCAT-ATAATTGATTTTAAG-T
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTC-TCATAATTGATTTTAAGTT
* *
15077 TGGATTT-TTCTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCTTAGG-AAACATAA
65 TGGATTTGTT-TATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTT-GGAAAACATAA
* * **
15140 AGCAAAAGCCATCCATGGCG-GAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCGAA-CGTTTGAAAGTGTTA
128 AGCAAAACCCATCCATGG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGC-TTTGAAAGCCTTA
* *
15203 TTACTCA-TTTCAAATAGTTTTATATACTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTT
190 TTACTCACTTT-AAATAGTTTTATATACTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * *
15267 -GCTTAAAATTTACAATAATTGAATATTTATCTTGAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGGA
254 AG-TAAAAATGTACAATAATTAAATATTTACCTCGAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGAA
* * * * * *
15331 GAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAACCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTA
318 GAGAAAAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
15396 TATTCTCATAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAA
383 TATTCTCATAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAA
* * * * * *
15461 TGACTATCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGCCATCCAATTGAGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACA
448 TGACTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACA
* * * * *
15526 CAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCGT--AA-TTGATTTTAA
513 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCGTGAAACATG-TTATAA
* * ** * * * *
15588 GTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATTCTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA
577 -TTGAA---TGTCTA-CCTCA--T-GAA-A--C----A-TGAA-----G--T-AA-AAGC---CA
* *
15653 GTAAAAGCCATCCATG-GGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTC
614 -T-----CCAT---TGAAG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * * * *
15697 AAGCCTTAGAAAGCCTTGTTACTTACTTTAATTGGTTTTATATTCTAATAACTGAGTCTAAG-TT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTT
* * * * * ** * *
15761 GAAATTT-TTTACATTTTTGGCTAGAATAT-TCTATAATCAAAT-ATCTACCTT-GAGAAACATG
66 G-GATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATATAT-TATAATTGAATGA-CTGCCTTGGA-AAACATA
* * * * * *
15822 AACCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTTTCATTTATAGTCAGTCAAGCCCTTGAAAGCCTTA
127 AAGCAAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCCTTA
* * **
15887 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACGTTTTT
190 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATATACTCATAAATGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * * * * *** * * * * *
15951 GGTTAAAATATGCTATAGTTGAATTTTTGCCTCGGAAGCTA-TGATGCAAAAGCCATCCATGGGA
254 AGTAAAAATGTACAATAATTAAATATTTACCTC-GAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGAA
* * * * * * * ** ** *
16015 GAAAAAAGTCCAATTATAGTCATTCAAGCCTCTGAATGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTA
318 GAGAAAAGTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
16080 TATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGA-TTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAA
383 TATTCTCATAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAA
* * * *
16144 T-ATCTACCTT-GGAAA-ATGTGAA-CCAAAGCCATCCATTAGAGAG-AAA-CTACATTTATAGT
448 TGA-CTACCTTAGGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGC-CCATCTATAGT
* ** * *
16203 AACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC
509 CACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTC
16255 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 142, Indels: 107
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
644 2 0.00
645 7 0.01
646 19 0.02
647 413 0.40
648 66 0.06
649 5 0.00
650 2 0.00
652 1 0.00
653 2 0.00
654 1 0.00
656 1 0.00
660 1 0.00
661 4 0.00
666 1 0.00
668 1 0.00
669 2 0.00
670 3 0.00
673 1 0.00
674 1 0.00
679 4 0.00
680 1 0.00
681 63 0.06
682 29 0.03
683 184 0.18
684 206 0.20
685 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (647 bp):
AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTT
GGATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTTGGAAAACATAAAGC
AAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATAGTTTTATATACTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAAA
ATGTACAATAATTAAATATTTACCTCGAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGAAGAGAAAAG
TCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCA
TAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACC
TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCTT
TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGTC
TACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
Found at i:15362 original size:476 final size:476
Alignment explanation
Indices: 14496--15402 Score: 1058
Period size: 476 Copynumber: 1.9 Consensus size: 476
14486 AACGTAAAGC
* * * *
14496 AAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAACCCATCCATGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * *
14561 TACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTAAA
66 CACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTAAA
* * * * * *
14626 AATGTGCTATAATTAAATATTTACCTCCGGAAACGTGAAGCAAAAGCTACTCATTGAAGAGAAAA
131 AATATGCTATAATTAAATATTTACCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCACTCATGGAAGAGAAAA
* * *
14691 GTCCATTTGCAATCAATCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTC
196 GTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATACTC
* * * ****
14756 ATAATTAGTTTTTAGTACGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGACTAC
261 ATAATTAGTTTTAAGTACGATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATATACAATAATTGAATGACTAC
* * * * *
14821 CTTAGGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCCT
326 CTTAGAAAAAATGAAGCAAAAACCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATACTCACACAAGCCT
** *
14886 TTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGT
391 TTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGT
14951 CTACCTCATGAAACATGAAGT
456 CTACCTCATGAAACATGAAGT
* *
14972 AAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAACCCATCCATGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
15037 CGCTTTAAATAGTTTTATATTCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATTTTTAGTTA
66 CACTTTAAATAGTTTTATATTC-TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTAA
* * * * **
15101 AAATATGTTATAATTGAATGA-TTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCA-TCCATGGCGGAGA
130 AAATATGCTATAATTAAAT-ATTTACCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCACT-CATGGAAGAGA
*** * * * **
15164 AAAGTCCATTTATTGTCACTCGAA-CGTTTGAAAGTGTTATTAC-T-CATTTCAAATAGTTTTAT
193 AAAGTCCATTTACAATCAATC-AAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGC-TTT-AAATAGTTTTAT
** * *
15226 ATACTCATAATT-GATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATTTACAATAATTGAA
255 ATACTCATAATTAG-TTTTAAGTACGATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATATACAATAATTGAA
* * * * * * *
15290 T-ATTTATCTT-GAAAAAAGTGAAGCAAAAACCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATACTCA
319 TGA-CTACCTTAGAAAAAA-TGAAGCAAAAACCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATACTCA
** * ** *
15353 CTTAAGCCTTTGAAAACCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC
382 CACAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTC
15403 ATAATTGGTT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 68, Indels: 18
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
474 1 0.00
475 11 0.03
476 338 0.95
477 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (476 bp):
AAAACCCATCCATGGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTAAA
AATATGCTATAATTAAATATTTACCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCACTCATGGAAGAGAAAA
GTCCATTTACAATCAATCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATACTC
ATAATTAGTTTTAAGTACGATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATATACAATAATTGAATGACTAC
CTTAGAAAAAATGAAGCAAAAACCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATACTCACACAAGCCT
TTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCGTGAAACATGTTATAATTGAATGT
CTACCTCATGAAACATGAAGT
Found at i:15901 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 14934--16144 Score: 1434
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 509
14924 CTCGTGAAAC
* * * *
14934 ATGTTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTC
1 ATGTTATAATTGAATG-CTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-AGAGAAAAGTC
*
14999 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCAT-AT
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-TCAT
*
15063 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCT
127 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCT
* * * * * *
15128 TAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGCGGAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCGAACGTTT
191 CAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGCGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAACCTTA
** * * * * * *
15193 GAAAGTGTTATTACTCATTTCAAATAGTTTTATATACTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT
256 GAAAGCCTTATTACTCATTTCAAATAGTTTTATATACTAATAACTGAGTCTAAGTTGAAATTTTT
* ** * * *
15258 TATATTTTTGCTTAAAATTTACAATAATTGAATATTTATCTTGAAAAAAGTGAAGCAAAAACCAT
321 TACATTTTTGCTTAAAATTTACAATAATCAAATATCTACCTTGAAAAAAGTGAACCAAAAACCAT
* * * * **
15323 CTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAACCTTATTAGTTGCTTTAAA
386 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAGCCCTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
15388 TGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
451 TAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
* * * *
15447 ATGTTATAATTGAATGACTATCTTGGGAAACGTGAAGCAATAGCCATCCAATTGAGAGAAAAGCC
1 ATGTTATAATTGAATG-CTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGAGAGAAAAGTC
* *
15512 CATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCGTA
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
*
15577 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT-TCTATAATTGAATGTTTGCCTC
128 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGT-TATAATTGAATGATTGCCTC
* * *
15641 AAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGG-GTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTT
192 AAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGCG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAA-CCTT
* * * * *
15704 AGAAAGCCTTGTTACTTACTTT-AATTGGTTTTATATTCTAATAACTGAGTCTAAGTTGAAATTT
255 AGAAAGCCTTATTACTCA-TTTCAAATAGTTTTATATACTAATAACTGAGTCTAAGTTGAAATTT
* * *
15768 TTTACATTTTTGGC-TAGAATATT-CTATAATCAAATATCTACCTTGAGAAACA-TGAACCAAAA
319 TTTACATTTTT-GCTTAAAAT-TTACAATAATCAAATATCTACCTTGA-AAAAAGTGAACCAAAA
* * * * *
15830 GCCATCCATTGGAGAGAAAAGTTTCATTTATAGTCAGTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCAC
381 ACCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATTTATACTCACTCAAGCCCTTGAAAACCTTATTACTCAC
* *
15895 TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAAT
445 TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
* * * * * * * * * *
15960 ATGCTATAGTTGAAT-TTTTGCCTCGGAAGCTATGATGCAAAAGCCATCCATGGGAGAAAAAAGT
1 ATGTTATAATTGAATGCTAT-CTTAGGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCAT-TGAGAGAAAAGT
* * * * *
16024 CCAATTATAGTCATTCAAGCCTCTGAATGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATATTCTCAT
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
* ** * * *
16089 AATTGGTTTTAAGTT-AGATTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAAT
127 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAAT
16145 ATCTACCTTG
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 87, Indels: 34
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 209 0.35
513 374 0.63
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
ATGTTATAATTGAATGCTATCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCTCAAGA
AACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGCGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAACCTTAGAAAG
CCTTATTACTCATTTCAAATAGTTTTATATACTAATAACTGAGTCTAAGTTGAAATTTTTTACAT
TTTTGCTTAAAATTTACAATAATCAAATATCTACCTTGAAAAAAGTGAACCAAAAACCATCCATT
GGAGAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCAAGCCCTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
Found at i:17856 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17563--19157 Score: 1471
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 171
17553 NNNNNNNNNT
* * * * * ** *
17563 TGGATGGTTTTTGCTTGACGTTTCTTGAGGTAGTTATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * * *
17628 GTAAAAAAATCCAACCTAAAACCAATTATGAGAACATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
66 ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
17693 TTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTCCAA
131 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * * * * * * *
17734 TAGATGGTTTTTGATTCCCT-TTTTCTAAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTT-CATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * *
17798 TAT-AAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGTATATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 TATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
17862 TTTCAAAGGTTTGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTTGCC-A
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAA
* *
17904 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGT-AATCAGTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAT-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
**
17968 TATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGG
65 TATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
18032 CTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTCAA
129 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * * * * *
18075 TGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAGAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
18140 AT-GAAATATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGACT
66 ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
18204 TTGAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTAT
131 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * *
18245 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCCTAAGG-AAGTCATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAT-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * *
18309 T-TCAAAAAAAT-CATACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAG
65 TAT-AAAAAAATCCA-ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
18372 GCTTTGAAAGACTTGATTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTTCAA
128 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * * * ** * * *
18416 TGAATGGCTTTTGCTTTACGTTTTCGGAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTTAACCAAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * *
18481 TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
66 ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * **
18546 TTTAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTTA
131 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * * * ** * *
18587 TTGATGGGTTTTGCTTTACGTTTTCC-AA-GCCAGTCATTCAATTATAACATATTTGAACCAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGTAAAT-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
* * * *
18650 ATATAAACAACTCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
64 ATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
********** ** * * *
18715 C-TTNNNNNNNNNNAGGTGACTATAAATATAGTTTTTTCTCTAA
129 CTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* ** * * * * * * ** *
18758 TGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCTTAAAGCAGATATTCAATAATAACATAGTTTAAATAAAAGT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* ** * * * * *********
18823 GTAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGAATGTAAAACAATTTAAAG-CANNNNNNNNNNC
66 ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGC
* *
18887 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTCTCCCA
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
* * * * * ** * *
18928 TGGATGGCTTTTGCATCACGTTT-CTCGAGGTAAAAATTCAACTATAGTATATTTTAACTAGAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * *
18992 TAT-AAAAAATCTAACTAAAAACCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGC
65 TATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *
19055 TTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGAAACTTTTCTCTCCCA
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCCAA
* * * ** *
19098 T-AATTAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTATAGCATATTTTAACCA
1 TGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCA
19158 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 253, Indels: 59
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 27 0.02
169 53 0.05
170 402 0.35
171 643 0.56
172 17 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA
Found at i:18194 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17598--19157 Score: 1461
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 339
17588 TGAGGTAGTT
* * * *
17598 ATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAACCAATTATGAGAAC
1 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAAT
17663 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
17728 CTCCAATAGATGGTTTTTGA-TTCCCT-TTTTCTAAGATAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
131 CTTCAATGGATGGCTTTT-ACTT-CATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
* * *
17791 CCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGTATATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAA
194 CCAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
17856 TAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTTGCCATGGATGGCTTTTGCTTC
259 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTATGGATGGCTTTTGCTTC
17921 ATGTTTCCCAAGGTAATC
323 ATGTTTCCCAAGG-AATC
* *
17939 AGTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT-ATGAA
1 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGA-GAA
* * *
18003 TATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTC
* * * *
18068 TCTTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAAC
130 TCTTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAAC
* * * * * * *
18133 CAGAAATATGAAATATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATACAAAACTATTTAGAGTGAGTAAT
195 CAAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
18198 AAGACTTTGAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTATTGGATGGCTTTTGCTTCA
260 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTA-TGGATGGCTTTTGCTTCA
* *
18263 TGTCTCCTAAGGAAGTC
324 TGTTTCCCAAGGAA-TC
*
18280 ATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAAT-TCAAAAAAAT-CATACTTAAAACCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATCCA-ACTTAAAACCAATTATGAGA
* ** * * * *
18343 ATATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGAAAGACTTGATTGACTGTAAATGGACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTT
* * * * * *
18408 CTCTTCAATGAATGGCTTTTGCTTTACGTTTTCGGAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTTAA
129 CTCTTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
* * *
18473 CCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
194 CCAAAAATAT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
18538 ATAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTTATTGATGGGTTTTGCTT
258 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTC-TATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
18603 TACGTTTTCCAAGCCAGTC
322 CATGTTTCCCAAG-GAATC
* * * **
18622 ATTCAATTATAACATATTTGAACCAAAAATATAAACAACTCCAACTTAAAATTAATTATGAGAAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAAT
* * ********** * * ** * *
18687 CTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNAGGTGACTATAAATATAGTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCT
** ** * * * * * * * *
18752 C-TCTAATGGATGGCTTTTGGTTCA-CATTTCTTAAAGCAGATATTCAATAATAACATAGTTTAA
131 CTTC-AATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTC-TGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
** * * ** * * * * **
18815 ATAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGAATGTAAAACAATTTAAAG-CANNN
194 CCAAAAATAT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA-GT
******* * * * *
18879 NNNNNNNCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTCTCCCATGGATGGCTTTTGCA
257 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTATGGATGGCTTTTGCT
* * * **
18943 TCACGTTTCTCGAGGTAAAA
321 TCATGTTTCCCAAGG-AATC
* ** * * * * *
18963 ATTCAACTATAGTATATTTTAACTAGAAATAT-AAAAAATCTAACTAAAAACCAATTATAAGAAT
1 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAAT
* * * * *
19027 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGCTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGAAACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATG-GACTTTTC
* * * * * * * * ** *
19091 TCTCCCAT-AATTAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATATTTGATTATAGCATATTTTAA
130 TCTTCAATGGA-TGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
19155 CCA
194 CCA
19158 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 214, Indels: 45
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 19 0.02
340 106 0.11
341 528 0.54
342 324 0.33
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAAT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCT
CTTCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAACC
AAAAATATAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTATGGATGGCTTTTGCTTCATG
TTTCCCAAGGAATC
Found at i:20856 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20428--22402 Score: 1641
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
20418 NNNNNNNNNA
* * * *
20428 CATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATCTAAAACTATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * ** * *
20493 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTAAGTGACTACAAATGTAGATTTCTCTCTAATGGATG
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGAATG
* * * * * *
20558 GCGTTTGGTTCACATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTCTAA
131 GCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * * *
20599 CATACTTTAACTAAAAGTGTAAATAAATCTAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACCATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATT
********** * * * * *
20663 NNNNNNNNNNATTAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCTTGTGAAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGAAT
* ** * * * *
20728 AGCTTTTGAATCACGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAACTATAG
130 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * *
20770 CATATTTTATCTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * * ** *
20835 AGAGTGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGACATGAGTGACTATAAATGAAAC-TTTCTCTCCCATGGA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTCTCTTATGAA
* *
20898 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCGATTATAG
129 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * * *
20941 CATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGCATATAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * ** *
21006 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGG-TTAGAGTGACTATAAAGGGACATTTT-TCACCCATGGA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTCTCTTATGAA
* * * * *
21069 TGGATTTTACTTCATGTTTCCCCAAGCATA-A-ATTCAATTGTAG
129 TGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCCAAG-GTAGATATTCAATTATAG
** * * * *
21112 CATATTTTAACCTTAAATGT-AAAAAATCCAGCGTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
** * * * * * * *
21176 AATTCGAGTAATAATGCTCTCAAAAGCTTGGGTGGCTATAAATGG-GTTTT-TCTCTTCATTGGA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTT-A-TGAA
** *
21239 TGGCTTTTGCTTCACAATTCCCAAGGTAG-TCATTCAATTATAA
129 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAT-ATTCAATTATAG
* * * * *
21282 CATATTTTGACAAAAAATGTAAAAAAAACCAACTTAAAA-CTAATTATGATAATATAAAATCATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATT
* * *
21346 TAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATTGACTTTTCTCT-TTAAT-AG
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTT-ATGA-
* *
21409 ATGGCTTTAT-CTTCACCTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAG
128 ATGGCTTT-TGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * * **
21453 CACATTTTTACCAGAACTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATGCAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* ** *
21518 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGTAT
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGAAT
* * * * * *
21582 GTCTTTAT-CTTCTCCTTTCCTAAGGCAG-TCATTCAATTATAA
130 GGCTTT-TGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAT-ATTCAATTATAG
* *
21624 CATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATAAAACCATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCATT
* * * *
21688 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCTCAAT-AG
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT-TATGA-
* ** *** * *
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128 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * *
21795 TATATTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * * *
21859 AAA-CTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTGT-CGGA
66 AAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT-TATGAA
* ** * * *
21922 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCGTAAGGGAGTTATTCAATTATAA
129 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * * *
21965 CATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATCCAATTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAATCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * *
22030 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTAC-AATGGAT
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTTATGAAT
* * * * * * *
22094 GGCTTTTACCTCATGTCTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAG
130 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
* * * ************* *
22136 AATATTTTAACCAAATATGTGAAAAAAATCTAACTTACNNNNNNNNNNNNGAATACAAAACCATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
* * * * * *
22201 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTA-AAGATGGGCTTTTCCCTCTGT-CGG
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTCTCT-TATGA
* * ********** * *
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128 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAT-ATTCAATTATAG
* * * *
22308 CATAGTTTAACCAAAACTATAAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACAATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATT
* *
22372 TAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTG
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
22403 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGAATG
GCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAG
Found at i:21265 original size:341 final size:338
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 5.8 Consensus size: 338
20418 NNNNNNNNNA
* *
20428 CATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-CTAAAACTATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAC-AAAACCATT
* * * * * ** **
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64 T-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* * * * * * * * *
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* * ********** *
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* * * * * * * *
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* * * *
20747 TCAAGGTAAAAATTCAACTATAG
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* * * * *
20770 CATATTTTATCTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
* * *
20835 AGAGTGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGACATGAGTGACTATAAATGAAAC-TTTCTCTCCCATGGA
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* * *
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** * *
20962 AAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGCATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
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* * * * * *
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255 AAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTCATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTT-C
* *
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317 CCAAGCAGAAATTCAATTATAG
** * * * * *
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1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTA
* * * * * * ** *
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** * * *
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* * *
21306 AAAACCAACTTAAAA-CTAATTATGATAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCAA
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* * * * **
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*
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* * * * *
21453 CACATTTTTACCAGAACTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATGCAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
*
21518 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGTAT
65 -AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGAT
* * * * * * *
21582 GTCTTTAT-CTTCTCCTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAA
128 GGCTTT-TGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAA
* * *
21646 AAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTT
192 AAAAA-CCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * *
21710 AAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TCAATAGATGGCTTTTACTTCGTGTTTCTT
255 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TCATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTC-C
* * *
21774 GAGGCAGACATTCAATTATAG
318 CAAGCAGAAATTCAATTATAG
*
21795 TATATTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
* * * * * **
21859 AAACTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCT-CTGTCGGAT
65 -AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCAT-GGAT
* ** * *
21923 GGCTTTTGCTTCATGTTTCGTAAGGGAGTTATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAA
128 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAA
* * * *
21988 CAAATCCAATTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
193 -AAAACCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * *
22053 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-TACAATGGATGGCTTTTACCTCATGTCTCCTAA
257 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCAT-CAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAA
*
22117 GGCAGACATTCAATTATAG
321 -GCAGAAATTCAATTATAG
* * * *************
22136 AATATTTTAACCAAATATGTGAAAAAAATCTAACTTACNNNNNNNNNNNNGAATACAAAACCATT
1 CATATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATT
* * * **
22201 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTA-AAGATGGGCTTTTCCCT-CTGTCGG
64 T-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTCTCCCAT-GG
* * ********** * * *
22264 ATGGCTTTTGCTTCACATCTNNNNNNNNNNTCATTCAATTACAACATAGTTTAACCAAAACTATA
126 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATA
* * *
22329 AAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
191 AAAAAA-CCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
22393 CAAAGGCTTG
254 CAAAGGCTTG
22403 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (338 bp):
CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTA
AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGC
TTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
ACCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGCAGA
AATTCAATTATAG
Found at i:21762 original size:683 final size:678
Alignment explanation
Indices: 20428--22100 Score: 1886
Period size: 683 Copynumber: 2.4 Consensus size: 678
20418 NNNNNNNNNA
* *
20428 CATATTTTAACCAAAAATATAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATCTAAAACTATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTT
* * * * * *
20493 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTAAGTGACTACAAATGTAGATTTCTCTCTAATGGATG
65 AAA-CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATG-GGTTTTCTCTC-ATTGGATG
* * * * * * * *
20558 GCGTTTGGTTCACATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTCTAACATACTTTAACTAAAAGTGTAAAT
127 GCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAG-TATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * ********** *
20623 AAATCTAACTTAAAACTAATTATGAGAATATAAAACCATTNNNNNNNNNNATTAAGGCTTTCAAA
191 AAATCCAACTTAAAACTAATTATGATAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * *
20688 GACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTCTCTT-GTGAATAGCTTTTGAATCACGTTTCTCAAG
256 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-TTAATG-ATGGCTTTTGAATCACCTTTCCCAAG
* * *
20752 GTAAAAATTCAACTATAGCATATTTTATCTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTAT
319 GTAAAAATTCAACTATAGCACATTTTATCCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* *
20817 GAGAATATAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAGGACATGAGTGACTATAAATGAAA
384 GAGAATACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAGGACATGAGTGACTATAAATGAAA
* * * *
20882 CTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCGATTATAGCATATT
449 CTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAACATATT
* * *
20947 TTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGCATATAAAACCATTTAAAGCG
514 TTAACCAAAAATATAAAAAATCTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCG
* *
21012 AGTAATAAGGCTTTCTAAGGTTAGAGTGACTATAAAGGGACATTTTTCACCCATGGATGGATTTT
579 AGTAATAAGGCTTTCTAAGGTTAGAGTGACTATAAAGGGACATTTTTCACCAATAGATGGATTTT
* *
21077 ACTTCATGTTTCCCCAAGCATAAATTCAATTGTAG
644 ACTTCATGTTTCCCCAAGCAGAAATTCAATTATAG
** * * *
21112 CATATTTTAACCTTAAATGTAAAAAATCCAGCGTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTATTTA
1 CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
* * * * *
21177 ATTCGAGTAATAATGCTCTCAAAAGCTTGGGTGGCTATAAATGGGTTTTTCTCTTCATTGGATGG
66 A-ACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGG-TTTTCTC-TCATTGGATGG
* *
21242 CTTTTGCTTCACAATTCCCAAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTGACAAAAAATGTAAAAA
128 CTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGT-ATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* *
21307 AAACCAACTTAAAACTAATTATGATAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCAAAG
192 AATCCAACTTAAAACTAATTATGATAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * **
21372 GCTTGAGTAACTATAAATTGACTTTTCTCTTTAATAGATGGCTTTAT-CTTCACCTTTCCCAAGG
257 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTAAT-GATGGCTTT-TGAATCACCTTTCCCAAGG
* * * * *
21436 TAAATATTCAATTATAGCACATTTT-TACCAGAACTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
320 TAAAAATTCAACTATAGCACATTTTAT-CCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
21500 GAGAATGCAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGTGA-TAATAAATG-
384 GAGAATACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC-AAGGACATGAGTGACT-ATAAATGA
* * * *
21562 GACTTTTCTCTCCCATGTATGTCTTTAT-CTTC-TCCTTTCCTAAGGCAG-TCATTCAATTATAA
447 AAC-TTTCTCTCCCATGGATGGCTTT-TGCTTCAT-CTTTCCCAAGGCAGAT-ATTCAATTATAA
* *
21624 CATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTAT-ATGAATATAAAACCAT
508 CATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATCTCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCAT
* * * * *
21687 TTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-TCAATA
571 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGTTAGAGTGACTATAAAGGGACATTT-TTCACCAATA
* * *** * *
21750 GATGGCTTTTACTTCGTGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
634 GATGGATTTTACTTCATGTTTCCCCAAGCAGAAATTCAATTATAG
* * *
21795 TATATTTTAACCAAAAATG-AGAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTT
1 CATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTT
* * * *
21859 AAACTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTC-TGTCGGAT
65 AAAC-GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGG-TTTTCTCTCAT-T-GGAT
** ** * * *
21923 GGCTTTTGCTTCATGTTTCGTAAGGGAGTTATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAA
126 GGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAG-TATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAA
* *
21988 CAAATCCAATTTAAAA-TCAATTATG-TGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
190 AAAATCCAACTTAAAACT-AATTATGAT-AATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * **
22051 AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACAATGGATGGCTTTT
253 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTAAT-GATGGCTTTT
22101 ACCTCATGTC
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 132, Indels: 52
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 23 0.03
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684 41 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (678 bp):
CATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTA
AACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGTTTTCTCTCATTGGATGGCTT
TTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGTATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATC
CAACTTAAAACTAATTATGATAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTAATGATGGCTTTTGAATCACCTTTCCCAAGGTAAAAA
TTCAACTATAGCACATTTTATCCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAGGACATGAGTGACTATAAATGAAACTTTCTC
TCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCCAAGGCAGATATTCAATTATAACATATTTTAACCA
AAAATATAAAAAATCTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCTAAGGTTAGAGTGACTATAAAGGGACATTTTTCACCAATAGATGGATTTTACTTCAT
GTTTCCCCAAGCAGAAATTCAATTATAG
Found at i:23165 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22928--24108 Score: 1156
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
22918 NNNNNNNNNN
*
22928 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCAT-ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-TCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
22992 TAAAATATGTTATAATTGACTGATTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGCAAAGA
65 TAAAATATGTTATAATTGAAT-ATTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGG-AAAGA
* * *
23057 AAAGTTCATTTATTGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
23099 CTCACTTTAAGTAGTTTTATATACTCATAATTAATTTTTAGTTAGATTTTTTTATATTTCTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * * ** *
23164 AAAATGTGCTATAATTGAATATTTATCTTGGAAAAAAAGAATCAAAAACCATTTATTGGAGAGAA
66 AAAATATGTTATAATTGAATA-TTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAAAGAA
* *
23229 AAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTCTGAAAGCCTTATTA
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
23270 CTCGCTTTAAATGGATTTATGTTCTCATAATTGGTTTTAGGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
23335 AAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTCGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAACGGAAAGAA
66 AAAATATGTTATAATTGAAT-ATTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGAAAGAA
* *
23400 AAG-CTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTA
129 AAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
** * *
23441 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTGTAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* ** * * * *** * * **
23505 AACATATACTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAGCCATCCATGGGTGAGAA
66 AAAATATGTTATAATTGAAT-ATTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGAAAGAA
* * * *
23570 ATGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTAGAAAGCCTTGTTA
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
23611 CTTGCTTTAATTGGTTTTATATTC-CAATAATTGATTCTATGTT-GAAATTTTTTACATTTGTGG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGG
** * *
23674 TTAAAATAT-TCTATAATCAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGA
64 TTAAAATATGT-TATAATTGAATAT-TACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAAA
* * * * *
23738 GAAAAGTTTCATGTATAGTCAGTCAATCCCTTGAAAGCCTTATTA
126 GAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * *
23783 CTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACGTTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * * *
23848 AAAATATGCTATAGTTGAATTTTTTCCTTGAGAACCACGATGCGAAAGCCATCCATGGGAGAA-A
66 AAAATATGTTATAATTGAA-TATTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGA-AAGA
23912 AAAGTCCATTTATAGTCA-TACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * ** *
23954 CTCGTTTTAAGTGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTGGCACTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* ** * * *
24019 AAAATATGTTACAATTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAA-CCAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
66 AAAATATGTTATAATTGAATAT-TACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAAAGAA
* * *
24083 AACTACATTTATAGTCACTTAAGCCT
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
24109 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 167, Indels: 53
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 180 0.22
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172 137 0.17
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
AAAATATGTTATAATTGAATATTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGAAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
Found at i:23345 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 22928--24101 Score: 1299
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 337
22918 NNNNNNNNNN
*
22928 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCAT-ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-TCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
22992 TAAAATATGTTATAATTGACTGAT-TGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGCAAAG
65 TAAAATATGTTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGG-AAAG
* *
23056 AAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATAT
128 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAT
* * * * * * * *
23121 ACTCATAATTAATTTTTAGTTAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAATGTGCTATAATTGAATAT
193 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-T
* ** * *
23186 TTATCTTGGAAAAAAAGAATCAAAAACCATTTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAA
257 TT-TCTT-GAAAAAAAGAATCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
23251 GCCTCTGAAAGCCTTATTA
320 GCCT-TGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
23270 CTCGCTTTAAATGGATTTATGTTCTCATAATTGGTTTTAGGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
23335 AAAATATGTTATAATTGAATGA-CTACCTCGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAACGGAAAGA
66 AAAATATGTTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGAAAGA
* * * * * *
23399 AAAGCTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
129 AAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATT
* * * * *
23464 CTTGTAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTAGTTAACATATACTACAATTGAATGTT
194 CTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-TT
* * * * * * *
23528 TGCCTCAAGAAATATGAAGT-AAAAGCCATCCATGGGTGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCGA
258 TTCTTGAA-AAA-AAGAA-TCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
*
23592 GCCTTAGAAAGCCTTGTTA
320 GCCTT-GAAAGCCTTATTA
* * * * * *
23611 CTTGCTTTAATTGGTTTTATATTC-CAATAATTGATTCTATGTT-GAAATTTTTTACATTTGTGG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGG
** * *
23674 TTAAAATAT-TCTATAATCAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGA
64 TTAAAATATGT-TATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAAA
* * * *
23738 GAAAAGTTTCATGTATAGTCAGTCAATCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
127 GAAAAG-TTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* *
23803 ATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATATGCTATAGTTGAAT
191 ATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAA-
** * * *
23868 TTTTTCCTTGAGAACCACG-ATGCGAAAGCCATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-T
255 TTTTT-CTTGA-AAAAAAGAAT-CAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
23931 ACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
317 -CAAGCC-TTGAAAGCCTTATTA
* * * ** *
23954 CTCGTTTTAAGTGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTGGCACTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* ** * * *
24019 AAAATATGTTACAATTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAA-CCAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
66 AAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAAAGAA
* *
24083 AACTACATTTATAGTCACT
130 AAGTTCATTTATAGTCACT
24102 TAAGCCTNNN
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 116, Indels: 49
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 11 0.02
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344 10 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT
AAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGAAAGAAA
AGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCT
TATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATTTTTC
TTGAAAAAAAGAATCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTG
AAAGCCTTATTA
Found at i:24068 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 22928--24101 Score: 1329
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
22918 NNNNNNNNNN
*
22928 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCATATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-TATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
22993 AAAATATGTTATAATTGACTGATTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGCAAAGAA
64 AAAATATGTTACAATTGAAT-ATTGCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
* * *
23058 AAGTTCATTTATTGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATATAC
128 AAGTACATTTATAGTCACTCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATATAC
* * * * ** *
23123 TCATAATTAATTTTTAGTTAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAATGTGCTATAATTGAATATTT
193 TCATAATTAATTTATAGTTAGAATTTTTTACATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATCAAATATCT
* * ** * * *
23188 ATCTTGGAAAAAAAGAATCAAAAACCATTTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGC
258 ACCTTGGAAAAAAAGAAGCAAAAACCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATGTATAGTCACTCAACC
* * * * *
23253 CTCTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATGTTCTCATAATTGGTTTTAGGTTGGATT
323 CTCTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATT
* * * *
23318 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGACTACCTCGGGAAATATGAAGCAAAAG
388 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACACGAAGCAAAAG
*
23383 CCATCCAACGGAAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTA
453 CCATCCAACGGAAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * *
23441 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTGTAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTAGTTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC-TATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTTA
* ** * *** * *
23506 ACATATACTACAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAAGCCATCCATGGGTGAGAAA
65 AAATATGTTACAATTGAAT-ATTGCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAA
* * * * * ** * * *
23571 TGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTAGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAATTGGTTTTATATTC-
129 AGTACATTTATAGTCACTCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATATACT
* * *
23635 CAATAATTGATTCTAT-GTT-GAAATTTTTTACATTTGTGGTTAAAATATTCTATAATCAAATAT
194 C-ATAATTAATT-TATAGTTAG-AATTTTTTACATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATCAAATAT
* * * * *
23698 CTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTTTCATGTATAGTCAGTC
256 CTACCTTGGA-AAAAAAGAAGCAAAAACCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATGTATAGTCACTC
* *
23762 AATCCCT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTT
319 AA-CCCTCTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *** * * * *
23826 GGATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATATGCTATAGTTGAATTTTTTCCTTGAGAACCACGATGC
383 GGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACACGAAGC
* ** *
23891 GAAAGCCATCCATGGGAGAA-AAAAG-TCCATTTATAGTCATACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
448 AAAAGCCATCCAACGGA-AAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * *
23954 CTCGTTTTAAGTGGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTGGCACTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT-ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT-ACATTTTTGGTT
* * * **
24019 AAAATATGTTACAATTGAATATCTACCTTGGGAAATGTGAA-CCAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
64 AAAATATGTTACAATTGAATAT-TGCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAA
*
24083 AACTACATTTATAGTCACT
128 AAGTACATTTATAGTCACT
24102 TAAGCCTNNN
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 105, Indels: 22
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
512 203 0.37
513 294 0.54
514 44 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTTAA
AATATGTTACAATTGAATATTGCCTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAG
TACATTTATAGTCACTCAAACCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTATATACTCA
TAATTAATTTATAGTTAGAATTTTTTACATTTCTGGTTAAAATATGCTATAATCAAATATCTACC
TTGGAAAAAAAGAAGCAAAAACCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATGTATAGTCACTCAACCCTC
TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
TTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGACTACCTCGAGAAACACGAAGCAAAAGCCA
TCCAACGGAAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
Found at i:25499 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 24873--25730 Score: 953
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 342
24863 NNNNNNNNNN
* * *
24873 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGTCGTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
24938 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTTAGTTAGATTTTTTTACATTTCTGGTTAA
66 CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT-TGATTAA
* *** * ***
25003 AATATACTATAATTGAATGT-TTGTTTTGAGAAACGTGAAGCAAACACCATCCATGGGAGAGAAA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGCAAACACCATCCAACAGAGAGAAA
* * * * *
25067 AGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGACAGTCGTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
195 AGCCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
25132 CATAATTATTTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTCTGATTAAAATATACTATAATTA-AATGTT
260 CATAATTATTTTCAAGTTAGATTTTTTTACATTTTCTG-TTAAAATATACTATAA-TAGAATATC
25195 TGCCTCGGGAAACATAAAGT
323 TGCCTCGGGAAACATAAAGT
* * *
25215 AAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
25280 CAATTTGAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTAGAGTTTTGATTAA
66 CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTGATTAA
* * * **
25345 AATATGCTATAGTTGAATGTCTACCTTAGA-AAATGTGATGCAAA-AGCCATCCAACATTGAGAA
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGCAAACA-CCATCCAACAGAGAGAA
* * * * * **
25408 TAA-CCCATTTACAGTCA-TACAAGGCTTAGAAAGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTATGT
194 -AAGCCCATTTACAGTCACT-CAAGCCTTAGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * **
25471 TCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATAGAATA
257 TCTCATAATT-ATTTTCAAGTTAGATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAATATACTATAATAGAATA
*
25535 TCTGCCTTGGGAAACATAAAGT
321 TCTGCCTCGGGAAACATAAAGT
* * * * * *
25557 AAAAGTCGTCCATTTGAGAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTAGAAAGCCTTATTGC
1 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
25621 TCGCTTTAAATGATTTTATATTTTCATAATTGATTCTAAGTCAGATTTGTTTACATTTTTCATTT
65 TCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTGATTA
* * * * * *
25686 AAAGATGTTACAATTGAATGTCCACCTTAG-GAAACATAAAGCAAA
129 AAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGCAAA
25731 AGCTATNNNN
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 78, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.01
342 407 0.95
343 17 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTGATTAAA
ATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGCAAACACCATCCAACAGAGAGAAAA
GCCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTATTTTCAAGTTAGATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAATATACTATAATAGAATATCTGC
CTCGGGAAACATAAAGT
Found at i:25726 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24873--25733 Score: 818
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
24863 NNNNNNNNNN
* ** * *
24873 AAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGTCGTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
24938 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTTAGTTAGATTTTTTTACATTTCTGGTTAA
65 CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* *** * * *
25003 AATATACTATAATTGAATGT-TTGTTTTGAGAAACGTGAAGC
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATAAAGC
** * * * * * *
25044 AAACA-CCATCCATGGGAGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGACAGTCGTATTGC
1 AAA-AGCCATCCATTTGAGAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTAC
* *
25108 TCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTCTGAT
64 TCACTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * ** *
25171 TAAAATATACTATAATTAAATGTTTGCCTCGGGAAACATAAAGT
127 TAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
** * * *
25215 AAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
25280 CAATTTGAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTAGAGTTTTGATTAA
65 CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * ** * *
25345 AATATGCTATAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGATGC
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
* * * * *
25386 AAAAGCCATCCAACATTGAGA-ATAACCCATTTACAGTCA-TACAAGGCTTAGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATCC-A-TTTGAGAGAAAATCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTAGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
25449 CTCTCTTTATATGGTTTTATGTTCTCATAATTGATTTCAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTG-T
63 CTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGAT
* * * * * *
25513 TAAAATATGTTATAATAGAATATCTGCCTTGGGAAACATAAAGT
127 TAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
* * * *
25557 AAAAGTCGTCCATTTGAGAGAAATATCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTAGAAAGCCTTATTGCT
1 AAAAGCCATCCATTTGAGAGAAA-ATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
25622 CGCTTTAAATGATTTTATATTTTCATAATTGATTCTAAGTCAGATTTGTTTACATTTTTCATTTA
65 CACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * *
25687 AAGATGTTACAATTGAATGTCCACCTTAGGAAACATAAAGC
130 AATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
25728 AAAAGC
1 AAAAGC
25734 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 107, Indels: 30
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 11 0.02
171 531 0.93
172 16 0.03
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
ATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGC
Found at i:26133 original size:48 final size:49
Alignment explanation
Indices: 26030--26134 Score: 140
Period size: 48 Copynumber: 2.2 Consensus size: 49
26020 NNNNNNTCTC
* ** *
26030 ATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGATTACACTTTTGGTTAAAATATGTT
* * *
26079 ACAATTGATTTTAAGTTGGATTTGATTACA-TTTTGGTTCAAATATGTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGATTACACTTTTGGTTAAAATATGTT
26127 ATAATTGA
1 ATAATTGA
26135 ATGACTGCCT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
48 24 0.50
49 24 0.50
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.16, T:0.50
Consensus pattern (49 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGATTACACTTTTGGTTAAAATATGTT
Found at i:27067 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26633--27241 Score: 689
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 169
26623 NNNNNNNNNN
* * * * * *** * *
26633 TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAA-CTAAATGTCTGTCTCCTAAAACATGAAGTAAAA
1 TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATC-GAATGTCTGCCTCGGGAAATATGAAGCAAAA
* * * * * *
26697 GCCATCCATTGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCT
65 GCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACT
* *
26762 TTAAATAGTTATATATACTCAATTGATTTTAAGTTGGATT
130 TTAAATAGTTTTATATACTCAATTGATTTTAAGTTAGATT
* * * * * *
26802 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGCTATAATCGAATATCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAG
1 TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATCGAATGTCTGCCTCGGGAAATATGAAGCAAAAG
* * * *
26867 CCATCCATTGGAGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTTACTT
66 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTT
* *
26932 TAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAGTTAGATT
131 TAAATAGTTTTATATACTC--AATTGATTTTAAGTTAGATT
** * ** * * *
26973 TTTTTACATTTCTAATTAAAATATACTATAATCGAATGTTTGTTTTGGGAAATGTGAAGCAAACG
1 TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATCGAATGTCTGCCTCGGGAAATATGAAGCAAAAG
* *
27038 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGTCGTATTACTCACTT
66 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTT
* ******** *
27103 TAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTAATTTTAAGTTAGATT
131 TAAATAGTTTTA--TATACTCAATTGATTTTAAGTTAGATT
* * *
27144 TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATATGAAGCAAAAG
1 TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATCGAATGTCTGCCTCGGGAAATATGAAGCAAAAG
27209 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTC
27242 NNNNNNNNNN
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TTTTTACATTTCTGGTTAAAATATACTATAATCGAATGTCTGCCTCGGGAAATATGAAGCAAAAG
CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTT
TAAATAGTTTTATATACTCAATTGATTTTAAGTTAGATT
Found at i:27646 original size:171 final size:171
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27336 NNNNNNAAGC
* * * *
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* *
27410 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCC
65 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCC
** * **
27475 TCCTAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAATTT
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* * * * *
27517 CCATTTATAGTCACTGAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTATATATACTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * *
27582 AATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGCTATAATCGAATCTCTGCCT
66 AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCT
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131 CGGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
* * * * * *
27687 GCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * *
27752 AATTGATTGCT-AGTTAGATTTTTTTACATTTCTGGTGAAAATATACAATAATTGAATGTCTGTC
66 AATTGATT-TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
27816 TCGGGAAACGTGAAGCAAACGCCATCCATGGGAGAGAAAAGT
130 TCGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
* * * *
27858 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* *
27923 AATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCGT
66 AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCT
* * *
27988 CGGGAAACACGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGT
131 CGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
* * *
28029 CCATTTATAGTCACTTAGGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * * * * *
28094 AATTGATTTTAGGGTGGTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGA-GCTATAATTAAATAT-TAC
66 AATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATACTATAATTGAATGTCTGC
** * * *
28157 CAAGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGT
129 CTCGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
* * *
28200 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATATTCCCAT
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * * ** * *
28265 AATTGGTATTAAGTTGGATTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGACTGTC
66 AATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTG-C
* * * * ** * *
28330 TTAGG-AGACATGAAGCTAAAGCCATCCGA-CAGAGGGAAAAGC
129 CTCGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTGGAGAGAAAAGT
* * * * * *
28372 CCATCTT-TAGTCACACATGCCTTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCG
1 CCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCA
* * ** *
28436 TAATTGATTGTAAGTTAGATTTTTTTCACATATTTGGTTAAAATATTTTATAATTAAATGTCTGC
65 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
28501 CTTAGG-AGACATGAGGCAAAAGCCATCCATTGTAGAGAAAAGT
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28544 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
1 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
28572 NNNNNNNNNN
Statistics
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CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCT
CGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
Found at i:28004 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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27343 AGCCCATCTA
* * *
27353 TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATATTGTATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* ***
27418 TTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCCTCCTAAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAA
* ** * *
27483 CATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAATTTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTAGAAAGCC
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * *
27548 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTATAT-ATACTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATT
196 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATT
* * * * *
27612 TTTGGTTAAAACATGCTATAATCGAATCTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAG-CATCCATTG
260 TTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTG-CTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCG
*
27676 GAGAGAAAAGTGCATTT
324 GAGAGAAAAGTCCATTT
* * * *
27693 GTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA
1 -TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA
* * * * * *
27758 TTGCT-AGTTAGATTTTTTTACATTTCTGGTGAAAATATACAATAATTGAATGTCTGTCTCGGGA
65 TT-TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGA
* * *
27822 AACGTGAAGCAAACGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
129 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
* * *
27887 TCGTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAT
194 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAT
* * *
27952 TTTTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCGTCGGGAAACACGAAGCAAAAGCCATCCATG
259 TTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGC-TCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATC
28017 GGAGAGAAAAGTCCATTT
323 GGAGAGAAAAGTCCATTT
** * * *
28035 ATAGTCACTTAGGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGA
1 -TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA
* * * * * * * **
28100 TTTTAGGGTGGTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGA-GCTATAATTAAATAT-TACCAAGGG
65 TTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATACTATAATTAAATGTCTGCCTCGGG
* *
28163 AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
128 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* * * * * *
28228 GCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATATTCCCATAATTGGTATTAAGTTGGATTTTTTTTAC
193 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTAC
* * * * * ** * *
28293 AGTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAATGACTGTCTTAGGAGACATGAAGCTAAAGCCATCCG
257 ATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTG-CTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-
* * *
28358 A-CAGAGGGAAAAGCCCATCTT
320 ATCGGAGAGAAAAGTCCAT-TT
* * * *
28379 TAGTCACACATGCCTTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTATTCTCGTAATTGAT
1 TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * ** ** *
28444 TGTAAGTTAGATTTTTTTCACATATTTGGTTAAAATATTTTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAG
66 TTTAAGTTAGATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAA
* *
28509 ACATGAGGCAAAAGCCATCCATTGTAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
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28572 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGCCTCGGGAAA
CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
TTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATCGGA
GAGAAAAGTCCATTT
Found at i:28965 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 17.6 Consensus size: 169
28665 NNNNNNNATA
* * * **
28675 TATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AGCTTAAAATCAATTACAAGAA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGAA
* * * *
28739 TATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTCTCAAAGGCTT-ATGTGACTATAAATGGGCTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTT
**** * *
28803 CTCTTTGTTGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAG
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* *
28844 TCATTAAATTATAATATATTTTGAA-CAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAACTAATTATGAG
1 T-ATTCAATTATAACATATTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAG
* *
28908 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTGATTATAAATGGACTTT
63 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
28973 TCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCTGAGGTAAA
128 TCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGT-AG
* * * * *
29016 TATTCAATCATAGCAAATTTTAACTAGAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAA-TAATTATGAGA
** * *
29080 ATATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACAATAAATGGACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
29145 CTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAG
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
** * *
29186 TCATTCAATTATAACATATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAACTAATTATGTGA
1 T-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
* * * *
29251 ATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
29316 CTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCAAGTTTCCTCAGGTAG
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* * ** * * *
29357 ACAATCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATCTAACCTAAAATCAATTACGAGA
1 -TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGA
* * * * * **
29422 ATACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGCGACTATAAATGGGTTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * * *
29487 TTCT-TTATCGGATGGCTTTTACTCCACGTCTCCCAAGGCAA
129 CTCTCCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* * * * * *
29528 TAATTCAATTACAACATAATTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGA
1 T-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
** ** * *
29593 ATATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTGACTATAAAT-GAATTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
29657 -T-T-TAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-GTCAAGGTAAA
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGT-AG
* * * *
29696 TATTTAATTATAGCACATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAAT-AATTATGAGA
*
29760 ATATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
29825 CTGTCCTATGGATAGG-TTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
129 CTCTCCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* * * * *
29866 TCATTCAATTACAACACATTTTAACTAAAAATATAAACAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 T-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
* * * *
29931 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGTA-GTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
29995 CTCTCTAATAGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCCAAGGTAG
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* *
30036 ATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGA
1 -TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
* * * * * *
30101 AAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGATTATAAATGAACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * ** *
30166 TTCTCCCATGGATGGCTTTTGAATCACATTTCCCGAGGTAAA
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGT-AG
* * * * * *
30208 AATTTAACTATAGCATATTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGAA
* * * *
30273 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
30338 TC-ACTATCGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTCCCAAGGCAG
130 TCTCCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* * * * * * * *
30378 TCATTTAATTACAATATAGTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATCCAACTTAAAACTAAATATGAGA
1 T-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
* * * * * *
30443 ATATAAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTAAATATAAATGAACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
30508 CTCTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAA
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* * * * * *
30550 TATTTAATAATAGCACATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGAA
*** * * *
30615 TGCGAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGA-TAATAAATGGAATTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
30679 CTCTCCCATTGATGGCTTTGGGTTCACATTT-CTCGAGGCAG
129 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAG
* * * * * * *
30720 ATATTCGATTCTAACATAGTTGAACCAAAAGTGGAAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGA
1 -TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
*
30785 ATATAAAACAATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTCT-AGTGACTATAAATGGACTT
64 ATATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * ** * *
30848 TTTTCTCCCATGGATAGTTTTTACATCACGTTTCC-CGGGACAAA
127 TTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG--TAG
* * * * * * *
30892 AATTCAACTATAGCACATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGAA
* * * *
30957 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTC
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* * * * * *
31022 TCTCCCATGGATGGGTTTGGCTTCATGTTTCTTAAGGCAG
130 TCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
* * * * *
31062 TCATTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATATAAACAAAT-TCAACATATAATCAATTATGAG
1 T-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAAT-AATTATGAG
* * * * * * **
31126 AATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTACAACTGTAGATT
63 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * **
31191 TATCTCTAATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCCGAGGTAG
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* * * * *
31233 ATATTCAATTCTAACATATTCTAACTAAAAGTGTAAAAAAATCCAACTTAAAACTAATTATGAGA
1 -TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA-TAATTATGAGA
** * * *
31298 ATATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAAGGCTTTCAAAGACTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
31363 TTCTCTC-ATGGATAGCTTTTGAATCACGTTT-CTCAAGGCAAA
129 CTCTC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGG-TAG
* * ** * * *
31405 AATTTAACAATAGCATATTTTAACCAAAATTATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT-AATTATGAGAA
* * *
31470 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTC-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGAACTTTT
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* **
31534 CTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCGTGTTTCCTAAGGTAG
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* * * ** * *
31575 ATATTCGATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACTTTTAAC-TATGAATCAATTATGAG
1 -TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTA-AAAT-AATTATGAG
* * * *
31639 CATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCTAAGGCTTG
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31684 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2325, Mismatches: 447, Indels: 133
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.00
167 117 0.05
168 13 0.01
169 5 0.00
170 232 0.10
171 1911 0.82
172 40 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATAATTATGAGAAT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAG
Found at i:33581 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33136--33680 Score: 599
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
33126 NNNNNNNNNN
* * *
33136 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACT
1 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
33201 CAAACTTAAAATCAATTATGTAAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
65 CAAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * ** * *
33266 TGAGTAACTGTAGATGGACTTTTCTCTCCACTAGATGGCTT
130 TGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCTCTTC-GGATAGCTT
* * * ** * * *
33307 TTACTTTATATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTAACTAAAAATGTGAAAAAATT
1 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATC
* * * * * *
33372 AAGCTTAAAATCAATTA-CAAGAATAGAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGTCTTTCAAAGGCT
66 AAACTTAAAATCAATTATGAA-AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* *
33436 TGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTGTCGGATAGCTT
130 TGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCTCT-TCGGATAGCTT
* * * * *
33477 TTGCTTCATGTCTCCCAAGGTAGTCATTCAATTACAACATAGTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
1 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
33542 CCAACTTAAAATTAATTATGAAAATATAAAGCCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCT
65 CAAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * *
33607 TGAGTGAATATAAATGTACTTTTATCTTCATT-GGATAGCTT
130 TGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTC-TC-TTCGGATAGCTT
* * **
33648 TTGCTTTATGTTTCCTAAGGTGGACATTCAATT
1 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATT
33681 GTAANNNNNN
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 63, Indels: 12
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 135 0.44
171 163 0.53
172 5 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATC
AAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
GAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCTCTTCGGATAGCTT
Found at i:34163 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33785--35351 Score: 1400
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
33775 NNNNNNNNNN
* * ** * *
33785 GAGTAATTAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACATTTCTCTCCCA-TGGACGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCT-CCATTGGATGGCTT
* * * * *
33849 TTACTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATATGTAAACCAAAAATG-AAAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
** *
33913 CCAACTTAAAATCAATTACAAGAATATAAAACCATTTAAAAC
130 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
33955 GAGTAATAATGCTCTCAAAGGTTTGTGTGATTATAAATGGGCTTCTCTCTCCGTTGCATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTTT
* * * * * *
34020 TGCTCCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATG
66 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * *
34085 CAGCTTAAAATTAATTATGAGAATATAAGACCATTTAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
** ** * *
34126 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTCTGTAATAGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTTT
** ** * * * *
34191 TGCTTCACCTTTCCCGAGGCAAAT-ATTCAATTATAGTACA-TTTAACCAGAAATGTAAAAAAAT
66 TGCTTCATGTTTCCTAAGGC-AGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
34254 CTAACTTAAAATCAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGT
130 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
34296 GAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTCTCCCA-TGCATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCT-CCATTGGATGGCTT
* * * * *
34360 TTGCTTCATGTTTCCTAATGCAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAGT
65 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
34425 CCAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAATCATTTAAAAC
130 CCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * ** *
34467 GAGCAATAAGGCTTTCAATA-GTTTGAGTAACTATAGATGGACTTTTCTCTTCGCTAGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTT
* * * * *
34531 TTACTTTATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGTGAAAAAA
65 TTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
34595 TTCAGCTTAAAATCAATTACGAGAATAAAAAACCATTTAAAGT
129 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
34638 GAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCTTGTGTGGCTATAGATGGGCTTTTCTCTCTATCGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTTT
* * * * * * * **
34703 TGCTTTACGTCTCCTAAGGTAGTCATTCAATTACAACATAGTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATC
66 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * ** *
34768 TAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAATGCGATTTAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * **
34809 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATATAAATGTACTTTTCTCTTCATTGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTTT
* * ** * * * * *
34874 TGCTTTATGTTTTCTAAGGTGGACATTCAATTGTAACATCTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATC
66 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * ******************
34939 CGACTTAGAATCAATTATGA-AANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGC
**** * * * * *
34980 NNNNAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGATATTTCTCTCCAATGGACGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTCTCCATTGGATGGCTT
* * * * *
35044 TTACTTCATGTTTCCCAAGGCAGAT-ATTCTATTATAGCATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAA
65 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAG-TCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
35107 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAACATAAAACCATTTAAAGC
129 TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
* ** *
35150 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTGGTA-TGACTATAAATGGG-TTATTCTCAAT-C-TTGGATGG
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGGCTT-TTCTC--TCCATTGGATGG
* * * * * * * * *
35211 CCTTTGCATCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAACTATAGCATATTTTAATCAAAACTCTAAAAA
62 CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
35276 TATCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTATTTAAAGT
127 AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
*
35321 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAC
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
35352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1097, Mismatches: 277, Indels: 45
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 352 0.32
171 734 0.67
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCCATTGGATGGCTTT
TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:34415 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 33785--35351 Score: 1525
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 340
33775 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
33785 GAGTAATTAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACATTTCTCTCCCATGGACGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TAATGGATGGCTTT
* * *
33850 TACTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATATGTAAACCAAAAATG-AAAAAAATC
65 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCATAT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* ** * * *
33914 CAACTTAAAATCAATTACAAGAATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTCTCAAAGGTTT
129 CAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
* * * * ** * * *
33979 GTGTGATTATAAATGGGCTTCTCTCTCCGTTGCATGGCTTTTGCTCCATGTTTCCTGAGGTAGTC
194 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTC
* * * *
34044 ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATGCAGCTTAAAATTAATTATGAGAAT
259 ATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
*
34109 ATAAGACCATTTAAAGC
324 ATAAAACCATTTAAAGC
* *
34126 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTCTGTAATAGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TAATGGATGGCTTT
** ** * * * * * *
34191 TGCTTCACCTTTCCCGAGGCAAATATTCAATTATAGTACATTTAACCAGAAATGTAAAAAAATCT
65 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCC
* * *
34256 AACTTAAAATCAATTATGAGGATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAGAGGCTTG
130 AACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* * *
34321 AGTGACAATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAGTCA
195 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCA
* *
34386 TTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAGTCCAACTTAAAATCAATTATGTGAATA
260 TTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
* *
34451 TAAAATCATTTAAAAC
325 TAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** *
34467 GAGCAATAAGGCTTTCAATA-GTTTGAGTAACTATAGATGGACTTTTCTCTTCGCTAGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-AATGGATGGCTT
* * * *
34531 TTACTTTATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATGTGAAAAAA
64 TTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAGCATA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
34595 TTCAGCTTAAAATCAATTACGAGAATAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGGC
127 TCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
* * * * * * * * * *
34660 TTGTGTGGCTATAGATGGGCTTTTCTCT-CTATCGAATGGCTTTTGCTTTACGTCTCCTAAGGTA
192 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT-GCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA
* * * * * *
34724 GTCATTCAATTACAACATAGTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAA
256 GTCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
34789 AATATAATGCGATTTAAAGC
321 AATATAAAACCATTTAAAGC
* * * * **
34809 GAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGAATATAAATGTACTTTTCTCTTCATTGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-AATGGATGGCTTT
* * ** * * * *
34874 TGCTTTATGTTTTCTAAGGTGGACATTCAATTGTAACATCTTTTAACCAAAAATGTAAACAAATC
65 TGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCAT-ATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * * ********************** *
34939 CGACTTAGAATCAATTATGA-AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCTAAGGCT
129 CAACTTAAAATCAATTACGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* * * * *
35003 TGAGTGACTATAAATGGA-TATTTCTCTCCAATGGACGACTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGCAG
193 TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTCTCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAG
* * *
35067 AT-ATTCTATTATAGCATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
257 -TCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
35130 AACATAAAACCATTTAAAGC
321 AATATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * ** *
35150 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTGGTA-TGACTATAAATGG-GTTATTCTCAATCTTGGATGGCC
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTT-TTCTC-TTAATGGATGGCT
* * * * * * * *
35213 TTTGCATCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAACTATAGCATATTTTAATCAAAACTCTAAAAATA
63 TTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCATA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
35278 TCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
127 TCCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
*
35343 TTAAGTGAC
192 TTGAGTGAC
35352 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 234, Indels: 36
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 14 0.01
341 550 0.56
342 406 0.42
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTAATGGATGGCTTTT
GCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
ACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCAT
TCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
AAAACCATTTAAAGC
Found at i:35815 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35526--35984 Score: 566
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
35516 NNNNNNNGTG
* * **
35526 AGTAATACGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGGCGCTT
1 AGTAATACAACTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * *
35591 GCTTTACGTTTCTTGATGCAGACTTTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATC
65 GCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATC
*
35655 TAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-T
130 AAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCT
*
35696 AAGTAATACAACTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGACGGCTTT
1 -AGTAATACAACTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * *
35761 TGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCGATTATAGCATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAT
64 TGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAT
* * * *
35826 CAAACTTAAAATCAATTATGAGTATATATAACTATTTAAAGCT
129 CAAACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCT
* * *
35869 AGTAATA-AGGCTTTCTAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATACA-ACTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
35933 TACTTCGTGTTT-TAGGAGACAGACATTTAGTTATAGCATATTTTAACCAAAA
64 TGCTTCATGTTTCT-CGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAA
35985 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 34, Indels: 11
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 104 0.42
172 139 0.56
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATACAACTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
CTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCA
AACTAAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCT
Found at i:36877 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 36586--36951 Score: 356
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 163
36576 NNNNNNNNNA
* *
36586 GAAACGTGAAGCAAACGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* **
36651 AGTCGTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTTTAC
66 AGCCGTATTACTCACTTTAAAT--------GGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTTTAC
* *
36716 A-TTTCTGGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTGG
123 AGTTT-TGATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * *
36757 GAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGGCTTTGAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* ** * * *
36822 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAG
66 AGCCGTATTACTCACTTTAAATGG--------TCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTTTAC
** * *
36887 AGTTTTGATTAAAATATGTTATAGTTGAATGTTTGCCTTAG
123 AGTTTTGATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* *
36928 AAAACATGATGCAAAAGCCATCCA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
36952 ACATTGAGAA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 25, Indels: 18
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 158 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (163 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
AGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTTTACAGTTTTGA
TTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
Found at i:38010 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37702--38032 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
37692 NNNNNNNNNC
*
37702 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGACTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGACTTTTTTACATT
* ** * * *
37767 TTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGACTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATGG
66 TCTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGACTACATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATGA
* ** *
37832 GAGAGAAATGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTCTGAAAGG
131 CAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGAAAGG
* *
37873 CTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATA-TCTTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA
1 CTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATATTC-ACATAATTGATTTTAAGTTGGACTTTTTTACA
* * * * **
37936 TTTCTGGTTAAAATGTACTATAATTGAAT-ATTTACCTCGGGAAAGGTGAAGCAAAAGCCAT-CT
64 TTTCTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGA-CTACATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGC-
* *
37999 ATTACAGAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAG
127 ATGACAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAG
38033 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 130 0.96
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGACTTTTTTACATT
TCTGGTTAAAATATACTATAATTAAATGACTACATCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATGA
CAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTGAAAGG
Found at i:42202 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41728--42228 Score: 448
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
41718 NNNNNNNNNN
* * **
41728 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATACGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTACTCT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
* * * ** *
41793 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTTGATTATAGGATGTTTTAACCAA
66 CC-ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGGATATTTTAACCAA
* * ** *
41858 AATTGTAAAAAAATTCAACCCATAATCAATTATGAGAATAT
130 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
********** * * * *
41899 AAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTC-
** * * **********
41964 T-TGTCGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCAC-AAGGCAGACATTCAATTATAGNNNNNNNNNNCC
65 TCCAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAGGATATTTTAACC
*
42027 AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATAT
128 AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
** ** * *
42070 AAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
* *
42135 CACATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAA
66 C-CATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGGATATTTTAACCAA
* * *
42200 AAATATGAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
130 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAA
42229 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 78, Indels: 12
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
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171 240 0.98
172 3 0.01
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AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
CCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAGGATATTTTAACCAAA
AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
Found at i:42628 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 42329--43735 Score: 1397
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
42319 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATG
* * * * * * *
42393 TCTCCTAAGG-CAGTCATTCAATTACAACATAGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAA
65 TTTCCTAAGGTGA-ACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAA
*
42457 AATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
129 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
42500 GCTTTCAAAGGCTTGAGCGAATATAAATGTACTTTTCTCTTCATTGGATGGCTTTTGCTTTATGT
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* ** * * *
42565 TTCCTAAGGTGTACATTCAATTATAATATCTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATCCTACTTAAAA
66 TTCCTAAGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * *
42630 TCGATTACGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
131 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * **
42671 ACTTT-ATAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACATTTCTCTCAAATGGACAGCTTTTGCTTCATG
1 GCTTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
* * *
42735 TTTCCTAAGGT-AGACATTCTATTATAGCATATTTTAACAAAAATAT-T-AAAAATTCCAACTAA
65 TTTCCTAAGGTGA-ACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAA-ATGTAAAAAAATCCAACTTA
*
42797 AAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
128 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
42841 GCTTTCAAAGGCTTGTA-TGACTATAAATGG-GTTAT-TCT-CAATGTTGGATGGCTTTTGCATC
1 GCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAA---TGGATGGCTTTTGCTTC
* * * ** * * * *
42902 ACGTTTTC-AAAGACAGACATTCAACTATAGCATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTCCAACT
62 ATGTTTCCTAAGGTGA-ACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACT
* * * *
42966 TAATATCAATAATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG
126 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
43012 GCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGGTGGCTTTTGCTTCATGT
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * * * * *
43077 TTCCCGAGGTCAACATTCAATTACAGTATAATTTAACTAGAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
66 TTCCTAAGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * *
43142 TTAATTATGAGACTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATACG
131 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
43183 ACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTACTTCACGT
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
43248 TTTCTGAGATAAACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-CAACTAAAA
66 TTCCTAAGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATCCAACTTAAA
* * *
43312 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACAAGTAATACG
130 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
43354 ACTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTATCTCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGT
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
** * * *
43419 TT-CTAGAGGCAAACATTCGATTATAGCATGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
66 TTCCTA-AGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAA
* **
43482 AATCAATTATGAGTATATTTAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
129 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
43525 GCTTTCTAAGGCTTGACTGACTCA-AAATGGACATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATG
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
* * ************ * * *
43589 TTT-CTAGAGATAAACATTCAATTATNNNNNNNNNNNNCTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAA
65 TTTCCTA-AGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAA
* * * * * *
43653 AATCAATTACGAGTATACAAAACCACTTGAAGTGAGTAATAAG
129 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
43696 GCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTGTCTCT
1 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
43736 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.33
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GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
TTCCTAAGGTGAACATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
Found at i:45134 original size:340 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
44502 NNNNNNNNAT
* * *
44512 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCTGGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAAGGGCT-TAGT
*
44577 GACTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTAGATATT
64 GACTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGATTCATATTTCCCAAGGTAGATATT
* * * * * * * * *
44642 TGATTATTGAATATTTTAACGAGAAATATAAAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGAATATA
129 TAATTATTAAATATTTTAACCAGAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAAGCAATTATAAGAATATA
* * * * *
44707 AAACCATTTAAAGCAAGTGACAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTCAC
194 AAACCATTGAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAATAAATGGACATTTCTCAC
* * *
44772 CCATGGATGGCTTTGACTTTATG-TTTCCTGAGGTAAAT-ATTCAATTATAGCATATTTTAACTA
259 CCATGGATGGCTTTGACTTTATGTTTTCC-AAGG-AAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAA
* * *
44835 AAAAGGTAA-AAACTCTAGC
322 AAAAGATAACAAAATCTAAC
*
44854 TTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTCTCAAAGGG-TTATG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TC-AAGGGCTTA-G
** * * **
44917 TGACTATAAAT-GGGCTTTTTTCT-CCATTGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCTGAGGTAG-TC
63 TGACTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCA-TGGATGGCTTTTGATTCATATTTCCCAAGGTAGAT-
44979 ATTTAATTA-TAACATATTTTAACCCA-AAATATAAAAAAATCCAACCTAAAAGCAATTATAAGA
126 ATTTAATTATTAA-ATATTTTAA-CCAGAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAAGCAATTATAAGA
* * *
45042 ATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTGAAAAGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTT
189 ATATAAAACCATTGAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAATAAATGGACATTT
* * *
45107 CTCTCTCATGGATGGCTTTTG-CTTTATGTTTTCCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTTA
254 CTCACCCATGGATGGC-TTTGACTTTATGTTTTCCAAGGAAATCATTCAATTATAACATATTTTA
*
45171 ACAAAAAATATAACAAAATCTAAC
318 ACAAAAAAGATAACAAAATCTAAC
* * * * * *
45195 TTAAAATCAATTTTGTGAATATAAAAGCATTTAAAGCGAGTACTAAGGTTTTCAAGGGTTTAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTCAAGGGCTT-AGT
45260 GACTATAAATA
64 GACTATAAATA
45271 TAGTTTTCTC
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 44, Indels: 31
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (341 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAAGGGCTTAGTGA
CTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGATTCATATTTCCCAAGGTAGATATTTA
ATTATTAAATATTTTAACCAGAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAAGCAATTATAAGAATATAAA
ACCATTGAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACAATAAATGGACATTTCTCACCC
ATGGATGGCTTTGACTTTATGTTTTCCAAGGAAATCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAA
GATAACAAAATCTAAC
Found at i:45160 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44512--45269 Score: 812
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
44502 NNNNNNNNAT
* * * * *
44512 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCTGGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * *
44577 GACTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTAGATATT
66 GACTATAAAT-GGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTA-ATATT
** * * * * *
44642 TGATTATTGA-ATATTTTAACGAGAAATATAAAAAATTTCAAC
129 CAATTA-TAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAC
* * * *
44684 TTAGAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTGACAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * *
44749 GACTATAAATGGACATTTCTCACCCATGGATGGC-TTTGACTTTATGTTTCCTGAGGTAAATATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAAGGT-AATATT
* * ** * * *
44813 CAATTATAGCATATTTTAACTAAAAAGGT-AAAAACTCTAGC
129 CAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAC
* * * *
44854 TTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTCTCAAAGGGTT-ATG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-G
* * * * *
44917 TGACTATAAATGGGCTTTTTTCT-CCATTGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCTGAGGTAGTCAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCA-TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAT-AT
* *
44981 TTAATTATAACATATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATCCAAC
128 TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAC
* * * * * *
45024 CTAAAAGCAATTATAAGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAGGCTTTGAAAAGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * *
45089 GACAATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCC-AAGGCAATCATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGTAAT-ATT
* * *
45153 CAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAACAAAATCTAAC
129 CAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAC
* * * * * * *
45195 TTAAAATCAATTTTGTGAATATAAAAGCATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGTTTTCAAGGGTTTAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
45259 TGACTATAAAT
65 TGACTATAAAT
45270 ATAGTTTTCT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 90, Indels: 27
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
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172 75 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAATATTCA
ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAC
Found at i:45280 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 44512--45358 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
44502 NNNNNNNNAT
* * * *
44512 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCTGGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGT
* * *
44577 GACTATAAATAGAACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTAGAT-AT
66 GACTATAAATAG-ACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CCAAGGCA-ATCAT
** * * * *
44641 TTGATTATTGA-ATATTTTAACGAGAAATATAAAAAATTTCAAC
128 TCAATTA-TAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCT-AAC
* *
44684 TTAGAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTGAC-AAGGCTTTCTAA-GGCTTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTC-AAGGGCTTGA
* * * * *
44747 GTGACTATAAATGGACATTTCTCACCCATGGATGGC-TTTGACTTTATGTTTCCTGAGGTAAAT-
64 GTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTG-CTTTATGTTTCC-AAGG-CAATC
* * ** * *
44810 ATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAAGGTAAAAACTCTAGC
126 ATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCTAAC
* * *
44854 TTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTCTCAAAGGG-TT-AT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTC-AAGGGCTTGA-
* * * * * * * *
44916 GTGACTATAAATGGGCTTTTTTCT-CCATTGGATGGCTTTTGATTCATGTTTCCTGAGGTAGTCA
64 GTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCA-TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCC-AAGGCAATCA
* ** *
44980 TTTAATTATAACATATTTTAACCCAAAATATAAAAAAATCCAAC
127 TTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATCTAAC
* * * * * **
45024 CTAAAAGCAATTATAAGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAAC-AAGGCTTTGAAAAGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ACTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAG
* * *
45088 TGACAATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCCAAGGCAATCATT
65 TGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTTCCAAGGCAATCATT
45153 CAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAACAAAATCTAAC
129 CAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATCTAAC
* * * * * *
45195 TTAAAATCAATTTTGTGAATATAAAAGCATTTAAAGCGAGTACTAAGGTTTTCAAGGGTTTAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGT
* * * ** * * * *
45260 GACTATAAATATAGTTTTCTC-CCTAATGGATCACTTTTGGTTTACGGTTCCCATGGCAGA-CAT
66 GACTATAAATAGACTTTTCTCTCC-CATGGATGGCTTTTGCTTTA-TGTTTCCAAGGCA-ATCAT
* * * *
45323 TCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAGTATAAAAAA
128 TCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA
45359 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 99, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 79 0.14
170 114 0.21
171 274 0.50
172 76 0.14
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAAGGGCTTGAGT
GACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCAAGGCAATCATTCA
ATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCTAAC
Found at i:46233 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 45465--48771 Score: 3335
Period size: 171 Copynumber: 19.4 Consensus size: 171
45455 NNNNNNATTG
* * *
45465 GAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
45530 TATATTCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTGTGGTGAAAATATGTTTTAATT
66 TATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
**
45594 GAATGAATACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAATG-
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATGA
** * * * ** *
45636 GAGAGAAAACCCCATTTATAGTCACACAAGCTTTTGAGAGCCTTATTACTCGAATTAAATGATTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
45701 TATATTCTCGTAATTGATTTGAAGCTGGA-TTTTTAATATTTTTGATTAAAATATGCTACAATTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * * * *
45765 AATGTATGCC-TGGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGG
131 AATGTCTACCTTGGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * *
45806 GTGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * **
45871 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTACAATATGCTATAGTCA
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * * * * *
45936 AATATCTACGTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATGG
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* *
45977 GAGAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACTCATA-CCCTTGAAAGCCTTATTACTC-C---AAATGGT
1 GAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
46037 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAGTTTTTTATATTTCTGGTTAAAATATGCTATAGT
64 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAAT
* * * **
46102 TGAATTTTTGCCTTGGGAAACGTGATTCAAAAGCCATCCATGA
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * * *
46145 TAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTAATACTTGGTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
46210 TATATTCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAATATGTTAGAATT
66 TATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * ** * * *
46274 GAATATCTGCCTCAGGAAATGTGAACCAAAAGCCATCCATTA
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
** * * * * * * *
46316 GAGAGAAATCTACATTTGTAGTCACTTAAAACTTTTG-AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
46380 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATT
65 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
** * * *
46445 GAATGAT-TGTCTTGGGAAACTTGAAGCAAAACCCATCCATTA
130 GAATG-TCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
*** ** *
46487 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTGTGGTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * * * *
46552 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTACATTTTTTTATATTTTTTGTTCAAATATGCTATAGTTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * ** *** * *
46617 AATTTTTACCTCAGGAAACGTGATTTAAAGGCCATTCATGA
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * *
46658 GAGAAAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * * *
46723 TATATTCTCATAATTGTTTTTAAGTTACATTTTTTTGCACTTTTGATTAAAATATGTTAGAATTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* ** *** * * *
46788 AATATCTGTCTCAAGAAATGTGAACCAAAAGCCATCCATGG
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
46829 GAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATGGCTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
46894 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATGTGCTATAATTA
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * * * *
46959 AATATTTACCTTGAGAAAC-TGAAACAAAAGCCATTCATTGA
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGA
* * * * * *
47000 -AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCTTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATTGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
47064 TATATTCTCAT-ATTTAGTTTTAAGTTGGATTTTTTAAAATTTTTTGTTAAACTATGTTGTAATT
66 TATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * ** * **
47128 GAATGACTGCCTT-GGAAGATATGAAGCAAAAGCCATTCAACA
130 GAATGTCTACCTTGGGAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
47170 GAAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * ** * *
47235 TGTATTCTCGTAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTCCATATTTTTTGTTAAAATATGCTATAATTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* ** *
47300 ATTGTCTACCTAAGGAAACTTGAAGTC-AAAGCCATCCATTG-
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCA-TGA
*
47341 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
47406 TATATTCACATAATT-AGTTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATT
66 TATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * * * * *
47470 GAATGACTGCCTTAGGAAAGGTGAAGTAAAAGCCATCCATGG
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * *
47512 GAGAGAAAAGTACATTTATTGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
47576 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGTGCTATAATTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * * ** * ** *
47641 AATATATGTCC-CAGGAAAGGTGAAGCAAAAGCCATTTATTA
131 AATGTCT-ACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * *
47682 CAGAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTATTCACTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
47747 TATATTCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGGATTTTTTTGCATTTTTGATCAAAATATGTTATAATT
66 TATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * ** * *
47811 AAATGACTACCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA-AA
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
47852 GAGAAAAAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCGTTTGAGAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
47917 TATATTCTCGTAATTAATTTTAAGCTGG-GTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTG
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
* * * * * *
47981 AATGTATGCCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTG-
131 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGA
* * * *
48022 GTGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
48087 TATATTCTCATAACTGATTCTAAGTTGAAATTTTTTATATATTTT--TTAAAATATGCTATAATC
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * * *** *
48150 AAATATCTACCTTGTGAAACACAAAGCAAAAGCCATCCATGG
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
48192 GAGAGAAACGTTTCATTTAAAGTCACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
1 GAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
48257 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATAGTTAAAATATGCTATAGTT
65 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * * * ** *
48322 GAATTTTTACCATGTGAAACGTGATTCAAAAGCCATCCATGG
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
48364 GAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTTAATGGTTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
48429 TATATTCTCATAGTTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTGC-TGTTTTGGTTAAAATATGTTATAATT
66 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * * * * * *
48493 GAATATCCACCTCGGGAAATGTGAACCAAAAGTCATCCATTA
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * *
48535 GAGAGAAAACTACATTTATA-TCCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
1 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * ** * * * *
48599 TTATATTCTCATAATTAATTTTTAGTCAGATTTGTTTATATTTTTCGTTAAAATATGTTATAATT
65 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * * *
48664 GAATGACTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAACCCATCCAT-A
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
* * * * * *
48705 GGATAAAAAATTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
1 -GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
48770 TT
65 TT
48772 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.39
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TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTG
AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGA
Found at i:50067 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 8.6 Consensus size: 169
49772 NNNNNNNNNN
** * * *
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1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-
* * * * * *
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*
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** ** * * *
49952 GTAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGACTTGAGCGACTATAAATGGACATTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
** * *
50017 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTAGAGACAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAA
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* * * * *
50082 AA-ATATAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTACGAGAATAC
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* * *
50122 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
* * * * * * ** * * * *
50186 CTATTGGATGACTTTTACTTCACGTCTCCCAAGGTACTCATTCAATTACAACATAGTTTAATCAA
66 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGT-TTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAA-CCA
* * *
50251 AAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAACCAATTTTGAGAATAT
129 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
** ** * * * *
50292 AAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGATTGACTAAAAATAGACTTTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
* * * ** * * * * * *
50357 TCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTCCCAAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTTCACCAAA
66 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC-AA
*
50422 AATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
130 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * * * *
50462 AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
** * * * * * * *
50527 CTTATGAATGGATTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTGAACCAA
66 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC-A
50592 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAT
129 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-AT
* * * * *
50634 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTTAAGTGACAATAAATGTAGTTTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
* ** ** * * *
50698 CAAATGGATGGC-TTTGGTTCACATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAACATATTTTAACCAA
66 CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAA
* *
50762 AA-GTGAAACTAAATCCAACTTAAAACCAATTATGAGAATAT
130 AATGT-AAA-AAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * *
50803 AAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
* * * * * ** * * **
50868 CCCATGGATGGCTTTTGCATCATGGTTCCCAAGAAAAAAATTCAACTATAGCATATTTTAATAAA
66 CCAATGGATGGCTTTTACTTCAT-GTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAA-CCA
*
50933 AAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
129 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * * *
50974 AAAACCATTCAAAGTGAATAATAAGGCTTTCAAGGGCTTGAATGACTATAAATGGAACTTTT-TC
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCT-
* * * *** * ** *
51038 CTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCCCGCGGTAAATATTTGATTATAGCATATTTTAGCC
64 CTCCAATGGATGGCTTTTACTTCATG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC
* * *
51103 AAAATGTAAAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGAATAT
128 AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * * * * *
51145 AAAACAATTTAAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCTAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACATTTCTC
1 AAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
* * *
51209 -ACACACGGATAGCTTTTACTTCATGTTTCT
65 TCCA-ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCT
51239 TGANNNNNNN
Statistics
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0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
CCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAA
ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
Found at i:50696 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 49782--51237 Score: 1471
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 337
49772 NNNNNNNNNN
* * * *
49782 AAAACCATTTAAAG-CAAGTAATACGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTC
1 AAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTC
* * * ** * * *
49846 TTCCATGGATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCTATTATAGCATGTTATAACC-
65 -TCCATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATT-TAACCA
* ** *
49910 AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAACATGTAACCATTTAAAGTGAGTAATA
128 AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * * * *
49975 AGGCTTTTTAAGACTTGAGCGACTATAAATGGACATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCAT
193 AGGCTTTCAAAG-CTTAAGTGACAATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * ** * * * *
50040 GTTTCTAGAGACAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATCTAACTTAAA
257 ATTCCCA-AGGTAAATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAA
* * *
50105 ATTAATTACGAGAATAC
321 ATCAATTATGAGAATAT
* * * * *
50122 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
* * * ** * *
50186 CTATTGGAT-GACTTTTACTTCACGTCTCCCAAGGTACTCATTCAATTACAACATAGTTTAATCA
66 CCA-TGGATGGA-TTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATA-TTTAACCA
* * * ** *
50250 AAAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAACCAATTTTGAGAATATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATA
128 AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
50315 AGACTTTCAAAGGCTTGATTGACTAA-AAATAGACTTTTCTCTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
193 AGGCTTTCAAA-GCTTAAGTGAC-AATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * *
50379 CATTCCCAAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTTCACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
256 CATTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCTAACTTAA
50444 AATCAATTATGAGAATAT
320 AATCAATTATGAGAATAT
* * *
50462 AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAT
1 AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
* * * *
50527 CTTATGAATGGATTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAATCATTCAATTATAACATATTTGAACCAA
66 C-CATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTT-AACCAA
50592 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
129 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
50657 AGGCTTTCAAAGCTTAAGTGACAATAAAT-GTAGTTTTCTCTCAAATGGATGGC-TTTGGTTCAC
193 AGGCTTTCAAAGCTTAAGTGACAATAAATAG-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * *
50720 ATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAGTG-AAACTAAATCCAACTTA
257 A-TTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAA--AAATCTAACTTA
*
50784 AAACCAATTATGAGAATAT
319 AAATCAATTATGAGAATAT
* * *
50803 AAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
* * * * * ** * * * **
50868 CCCATGGATGGCTTTTGCATCATGGTTCCCAAGAAAAAAATTCAACTATAGCATATTTTAATAAA
66 -CCATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATA-TTTAACCAA
* * * *
50933 AAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTCAAAGTGAATAATAA
129 AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
50998 GGCTTTCAAGGGCTTGAA-TGACTATAAATGGAACTTTT-TCCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTC
194 GGCTTTCAA-AGCTT-AAGTGACAATAAATAG-ACTTTTCT-CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** ** * *
51061 ATGC-TTCCCGCGGTAAATATTTGATTATAGCATATTTTAGCC-AAAATGTAAAAAATTTCAACT
255 A--CATTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCT-AACT
*
51124 TAGAATCAATTATGAGAATAT
317 TAAAATCAATTATGAGAATAT
* * * * * * *
51145 AAAACAATTTAAAAG-AAGTAACAAGGCTTTCTAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACATTTCTC
1 AAAACCATTT-AAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTC
* * * * *
51209 ACACACGGATAGCTTTTACTTCATGTTTC
65 TC-CATGGATGGATTTTACTTCACGTTTC
51238 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 158, Indels: 60
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 108 0.12
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341 377 0.41
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (337 bp):
AAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
CCATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCAAAGCTTAAGTGACAATAAATAGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTC
CCAAGGTAAATATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
TTATGAGAATAT
Found at i:52352 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 51959--54750 Score: 2384
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 170
51949 NNNNNNNNNN
* * * *
51959 AATCCAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * **
52024 GTTTGAATGAGTATAAATGGACTTTTCTCTGCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCGTGAGGC
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGGC
* * *
52089 AAACATTCAATTATAGTATATTTTAACTAAAAATGT-AAAA
130 AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
52129 AATCCATCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTCTCAAAA
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* ** * *
52194 GCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGT-CGTTGGATGCCTTTTGCTCCACGTTTCCAAAGG
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC-TCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGG
* * * * *
52258 TAGTCATTCAAATATAACATATTTTAACCTAAAATGTAAAAA
129 CAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
*
52300 AATCTAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAA
1 AATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * ** * *
52364 GGCTTGAGTGACTTTAAATGGACTTTTCTCTCCAATAAATAGCTTTTGCTTCACCTTTCTCAAGG
65 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGG
* * *
52429 AAAAT-ATTCAATTATAGCACATTTTAACCAGAAATGTAAAAA
129 -CAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
52471 AATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * *
52536 ACTTGAGTCACAATAAATAGACTTTTCACTCCCATGTG-TGGTTTTTACTTCACGTTTCCTAAGG
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATG-GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGG
* * * *
52600 TAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
129 CAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
52642 ATTCCAACTTAAAA-CTAATTATGCGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAAGCTTTCAAA
1 AATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * ** ** *
52706 GGCTTGACTAACTATAAATAGAATTTTCTCTCTAATAAATGGCTTTTGCTTCACCTTTCCCAAGG
65 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAGG
* * *
52771 CAAAT-ATTCAATTGTAGCACATTTTAGCCAAAAATGTAAAAA
129 C-AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
52813 AATCTAACATAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTAACGCGAATAATAAGGCTTCCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * *** * * ** *
52878 GCTTAAGTGACTATAAATGAAATTTTATATATAATGGGTGGCTTTTACTTCGTGTTTCCTGAGGC
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGC
* * *
52943 AAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATATTAAAA
130 AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
52984 AATCTAATTTAAAATGAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * *
53049 GCTTGTGTGACTATAGATGGGCTTTTCTCTCTGTCA--GATGGCTTTTGCTTCATGTCTCCCAGG
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC--CCATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCCAAG
* * * *
53112 GCAGTCATTCAATTACAACATAGTTTAACCAAAAATGTAAAAA
128 GCAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
53155 AATCTAACTTAAAACCAATTATGAG-ATATAAAACAATTGAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAA
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * * * *
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65 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAGG
* * * *
53282 TAAAT-ATTTAATTATAGCACATTTGAACCAAAAATGTAAAAA
129 -CAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
53324 AAACTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
53389 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGGTTTTGCTTCACGTGTCCTAAAGC
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* * *
53454 AATCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAATA
130 AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
53495 AATCCAAC-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTCAAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * ** * * *
53559 GCTTGAGTGACTATAACTGTAGTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGGTTCACATTTCCCACGGC
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CCAAGGC
* * * * **
53624 AGAT-ATTCAATTATAACATGTTTTAGCCAAAAGTACAAAAA
130 A-ATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * **********
53665 AATCCAACTTAAAACCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAACGAGTAATNNNNNNNNNNAAG
1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * * * * * *
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66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCAAGGC
** * * * *
53795 AAAAATTCAACTACAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAT
130 AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
********** * * *
53836 AAT-TCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAG
1 AATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * ** *
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65 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GGAC-TTT-TCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAA
* * * * *
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* * * * * *
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1 AATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * *
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* *
54130 GGCAAACATTCAATTATACCATATTTTAACCAAAAATGT-AAAA
127 GGCAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* ** * *
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1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *** * * *
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* * * *
54303 AGTCATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAATGTAAAAC
130 AATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * **********
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1 AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * ** * **
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* *
54473 CAGA-CATTCAATTATAGCATATTTTAATCAAAAATGTGAAAA
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********** * * * *
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* * * ** * * *
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66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCCAAGG
* * ********** * *
54644 TAGTCATTCANNNNNNNNNNAGTTTAACAAAAAATGTAAAAA
129 CAATCATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
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54751 NNNNNNNNNN
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GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAGGCA
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Alignment explanation
Indices: 54853--55463 Score: 841
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54843 NNNNNNNNTC
* * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* *
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66 ATTTTAAGTTAG-ATGTTTTTACATTTTTGGTTA
55464 NNNNNNNNNN
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Found at i:55984 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 55697--58812 Score: 3126
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55687 NNNNNNNNNN
** *
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* * * * *
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** * * *
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* * * **
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* * * *
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** * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTTCCT
* ** *
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130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* * * ** * *
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1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* ** ** * ** ***
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66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTTCCTT
* * * ** *
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*
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* * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTT-CCT
*** * * * * * * *
56852 CAAGAAACGTGACGCAAATGCTATCCATGAGAGAAAAAAGCC
130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* ** *
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* * * *
56958 AATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAGTGAATATCTGT-C
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* ** * * * * *
57022 GTGGGAAATGTGAACCAAAAGCCATTCATTAGATAGAAAACTA
129 TTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* *
57065 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATGACCCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * *
57130 ATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTTTTGGTTAGAATATGTTATAATTGAATGA-CTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTTCCT
* * * * *
57194 TGGGACATAAGAAGCAAAACCCATCCATGAGAGAGAAAAGTC
130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* * *
57236 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
** * * *
57300 ATTGATTTTAAGTTAGTTTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATGTGCTATAATTAAATAT-TTACC
66 ATTGATTTTAAGTT-GGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTT-CC
** * *
57364 TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAAAGAGAAAAGTC
129 TTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* * * **
57407 CATTTATAGTCAGTCAAGCATTTAAAAGCCTTA-T--T-ACTTTAAATTATTTTATA-TCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * * *********
57467 ATTG-GTTTAAGTTGGATTTTTTATATATTTTTGGTTAAACTATGTTGTAATTGAANNNNNNNNN
66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTTCCT
* * * * *
57531 NGGGAGACGTGAAGCAAAAGCCATCCGA-CA-ACGAGAAAAGCC
130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAGA-GAGAAAAGTC
* * * * * * **
57573 CATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAACTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTATTCTTGTA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * *
57638 ATTGATTTTAAGTTTGA-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT-TTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTT-CCT
** * *
57701 CAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATT-GTAGACAAAAGTC
130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTC
* * * *
57743 CA--TATA-T-AGTC-A--C-TT--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCACATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * *
57798 TTTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATGTGCTATAATTGAATAT-TTACC
66 ATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTT-CC
* ** * ** *
57862 TTGAGAAAGGTGAAGGAAAAGCCATTTATTTGAGAGAAAAGTC
129 TTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
* **
57905 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * ** ** *
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* * * *
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* * * *
58076 TATTTATTGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTTATA
1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * * *
58141 ATTAATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATGTGCTATAATTGAATAT-TTAACT
66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTT-CCT
** * * * ** * *
58205 TGGGAAAGGTAAATCAAAAACCATTTATTGGAGAGAAAAGTA
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* *
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* * * *
58312 ATT-AGTTTTAAGTTGGAATTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGA-CTACC
66 ATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTTCC
** * *
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* * * * * *
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1 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * *
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** * *
58546 CAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATT-GTACAGAAAAGTC
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* * * * * *
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* * * * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTTCCT
* ** *
58717 TGGGGAATGTGAAGCAAAAGCCATCCGA-CAGAGAGAAAAG-C
130 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAGAGAGAAAAGTC
* *
58758 CAATCTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 C-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
58813 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2417, Mismatches: 452, Indels: 152
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Matches are distributed among these distances:
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163 2 0.00
164 4 0.00
165 10 0.00
166 95 0.04
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168 20 0.01
169 8 0.00
170 334 0.14
171 1661 0.69
172 144 0.06
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTTCCTT
GGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC
Found at i:59407 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 59115--60782 Score: 1140
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 171
59105 NNNNNNNNNN
* ** *
59115 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGGCTACCTTGGGAAG
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * * *
59180 CGTGAAGTAAAAGCCATCCA-TGAGAGAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTAAAGCCTTTGAAAAC
66 AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGC
*
59244 CTTATTGA-TCAG-TTTAAATGAATTTATATTCTCATAATTGAT
130 CTTATT-ACTC-GCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * **
59286 TTTAAGTTAGATTTTTTTATACTTCTGGTTAAAATGTGCTATGATTGAATATTTGTCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
*
59351 AGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCC
66 AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCC
* *
59416 TTATAACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGGT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
********** ***
59457 TTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGA-CTACC-TCCAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGGAA
* ** * * * ** *
59520 AACGTGAGGCAAAAGCCATCCAACGAAGAGAAAA-ACCGATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAGA
65 AA-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAA
********** *
59584 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCGTAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * ***
59628 TTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTTGTTACAATATGCAAGAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * * * *
59692 CA-TTAAGTAAAAGCCATCCATAGGTGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTAGAAAGC
66 -AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGC
* * * * ******
59756 CTTGTTACTTGTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATANNNNNN
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
**** * * * **
59798 NNNNAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGCTATAATCAAATATCTACCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * *
59863 CA-TTAAGCAAAAGCCATCTATGGGAGAGAAAAGTTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAG
66 -AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAG
** * *
59927 CCTTATTACTTACTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
********** * * * *
59970 NNNNNNNNNNATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAGTTGAATTTCTACCTTTGGAAC
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * * *
60035 CGTGATGCAAAAGCTATCCA-TGGAAGAAAAAAGTCCATTTGTAGTCA-TTCAAGCCTTTGAAAT
66 AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTTGAAAG
* * *
60098 CCTTATTACTCGCTTGAAATAG-TTCTATATTCTCATAATTGGT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGATT-TATATTCTCATAATTGAT
* * * * *
60141 TTTATGTTGGATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * * *
60206 TGTGTA-CCAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAACTACATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCC
66 AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCC
**********
60270 TTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNATTCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
* * * *
60311 TTTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTGGTTCAAATATGTTATAATTGAATGAT-TGCCTTGGGAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGGAA
* * * * ** * *
60375 ACGTGAAGTAAAAGCTATCCA-TGAGACAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCTTTTGAAAG
65 AAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAG
* * * *
60439 CCTTATTATTCACTTTAAAT-AATTTTATATTCTCAAAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTATATTCTCATAATTGAT
* * * ********** *
60482 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATGTGCTNNNNNNNNNNATTTACCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
* * * * * * *
60547 CA-TGAAGCAAAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAATCCATTTTTAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGT
66 -AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGC
* * * ********** *
60611 CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATATNNNNNNNNNNGGT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
* * * ** * *
60653 TTTAAGTTGGATATTTTTACATTTTTTTGTTAAACTATATTGTAATTGAATGA-CTACCTTAGGA
1 TTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTACCTTGGGA
* * * * * * * * *
60717 GACGTGAAGTAAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAGCCCATCTATAGTCACATAAGCCTTTAAAAG
64 AAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAG
60782 C
129 C
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 344, Indels: 59
0.74 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 254 0.23
171 659 0.59
172 209 0.19
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAA
AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATATTCTCATAATTGAT
Found at i:60322 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 60126--60458 Score: 337
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
60116 ATAGTTCTAT
* * * *
60126 ATTCTCATAATTGGTTTTATGTTGGATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAAT
1 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAAT
* * * ** *
60191 -ATCTACCTTGGGAAATGTGTA-CCAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAACTACATTTATAGTCACT
66 GAT-TACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGACAGAAAACTACATTTATAGTCACT
* *
60254 TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
130 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
60286 NNNNNNNNNNATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTGGTTCAAATATGTT
1 ----------ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACACTTTTGGTTAAAATATGTT
* * * * * *
60351 ATAATTGAATGATTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCTATCCATGAGACAGAAAAGTCCATTT
56 ACAATTGAATGATTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGACAGAAAACTACATTT
** * *
60416 ATAGTTGCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCACTTTAA
121 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
60457 AT
1 AT
60459 AATTTTATAT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 24, Indels: 13
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
170 73 0.53
171 62 0.45
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTGTTTACACTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAAT
GATTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGACAGAAAACTACATTTATAGTCACTC
AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
Done.