Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397578.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1148.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6287
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.10, T:0.34
Warning! 720 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--377 Score: 442
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
* *
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGATTTAATAATC
* * *
66 ATATAATTGATTTTAAAATGAATCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACACTAATTGAATGTC
66 ATAAAATTGATTTTAAAATCAATCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACACTAATTGAATGTC
* * * * *
131 TACTTCGAGAAACGTGCAGAAAAATATATTCATTGGTAAGAA
131 TACATCGAGAAAAGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGTAA-AA
* *
173 AAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCTAAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTAATAA
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TAAAAAGCCATATTACT-AGCTTTAAATGATTTAATAA
* * * *
236 TC-TCAAAATTTATTTT-AAGTACAAT-TGTTTTTACCTTTTTTGTTAAAACAGATTA-TAATTG
64 TCAT-AAAATTGATTTTAAAAT-CAATCT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-CACTAATTG
* *
297 AATGTCTACATCGAGAAAAGTTAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAAA
125 AATGTCTACATCGAGAAAAGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAAA
* * * *
344 AATGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAG
1 AA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAG
378 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 22, Indels: 16
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 27 0.15
172 130 0.74
173 18 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATGATTTAATAATC
ATAAAATTGATTTTAAAATCAATCTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACACTAATTGAATGTC
TACATCGAGAAAAGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAAA
Found at i:1129 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 740--1792 Score: 589
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
730 NNNNNNNNNN
* * * *
740 TCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGAA-TT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTT
*
804 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACG
64 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACG
* * *
869 TATAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 TATAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATCTATAG
* ********** *
911 TCACTCATTCCTNNNNNNNNNNTATTGCTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * *
976 AAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAATCTTAGGAAATG
65 AAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACG
* * * *
1040 TATAGAAAATGCCATTCATTATGAAGAAAAGTCTATCTATAG
129 TATAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATCTATAG
* * * *
1082 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCCTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * * * * * *
1147 AAGTTGAAATGTTTCACATTTCT-AGTTAAAACAGACAATTATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
65 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACG
* * *** *
1211 TGA-AAAAAAA-TCATTTATT-GGCAAGAAAAGTATGTTTATAG
129 T-ATAAAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATCTATAG
* * * * ********** * *
1252 TCACTCATTCCTTCAAAGGCCCTATTACTCACTTTAAATGCTTTNNNNNNNNNNTATTTGATTTT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* *** **
1317 AAGTTGAA-T-TTTT---TTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTAAACATCTGCC-TAGGGAAACG
65 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTA-GGAAACG
* * *
1375 TATACAAAATGCCATTCATT-GAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
129 TATAAAAAAAGCCATTCATTAG-GAAGAAAAGTCCATCTATAG
* ****************** *
1417 TCACCCATTCCTTCAACAG-CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
** * * * * * *
1481 TAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCCTAGAAAACG
64 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACG
* *** * * *
1546 TGA-AGAAAAAGGTTTTCATT-GGTAGAAAAAGTCTATTTATAG
129 T-ATAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAG-AAAAGTCCATCTATAG
* ********** * * * *
1588 TCACTCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAAAGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTT
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * * *
1653 ATGTT-AATTTTTTTA-ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAACGT
65 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACGT
* ** ** *
1716 GTAAAAAAAGTTATTCATT-GAGAAGAAAAGTCTGTTTATAG
130 ATAAAAAAAGCCATTCATTAG-GAAGAAAAGTCCATCTATAG
* *
1757 TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1793 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 191, Indels: 59
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 36 0.05
165 65 0.10
166 2 0.00
167 4 0.01
168 4 0.01
169 100 0.15
170 109 0.16
171 332 0.50
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
AGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCAACCTTAGGAAACGTA
TAAAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATCTATAG
Found at i:3483 original size:339 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3053--3754 Score: 858
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
3043 NNNNNNNNNN
*
3053 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
* * ** * * *
3118 TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCAATCTTAGGAAATGTATAGAAAATGCCATTC
66 TATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAACATCAACCTTAGGAAATCTATACAAAATGCCATTC
* * * * *
3183 ATTG-CAA-AAAA-TCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACCTTAAATT
131 ATTGAAAAGAAAATTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACCTTAAATG
*
3245 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTCTAG-TTAAAACAGACAAT
196 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTT-TAGATTAAAACAGACAAT
* *** * * * *
3309 TATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTTATTGGTAAG-AAAAGTATGTTTA
260 AATTGAATGCCAACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAAGTATATTTA
*
3373 TAGTCACTCATTCCTTCAA
324 CAGTCACTCATTCCTTCAA
* * * * *
3392 AGGCCTTAATACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTT
* *
3457 -TATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAACATCTACCTTGGGAAATCTATACAAAATGCCATT
65 CTATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAACATCAACCTTAGGAAATCTATACAAAATGCCATT
* * * *
3521 CATTGAAAAGAAAATTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAAT
130 CATTGAAAAGAAAATTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACCTTAAAT
* ********** ** * *
3586 GGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGTATTTTTGATTAAAACAGACTAT
195 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAGATTAAAACAGACAAT
* * * *
3651 AATTGAATGCCAACCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAGAAAAAGTCTATTTAC
260 AATTGAATGCCAACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAAGTATATTTAC
3716 AGTCACTCATTCCTTCAA
325 AGTCACTCATTCCTTCAA
3734 AAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAA
3755 GTTGAATTTT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 55, Indels: 9
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 113 0.37
340 7 0.02
341 8 0.03
342 174 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTC
TATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTAAACATCAACCTTAGGAAATCTATACAAAATGCCATTC
ATTGAAAAGAAAATTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACCTTAAATG
ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAGATTAAAACAGACAATA
ATTGAATGCCAACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAAGTATATTTACA
GTCACTCATTCCTTCAA
Found at i:3534 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2325--3754 Score: 714
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 169
2315 AGAAAAACAT
* * * * *
2325 ATTCATTGACAAGAAACGTTTA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
1 ATTCATTGA-AAGAAA-ATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
* *
2389 AATAG-TTTTAT--TCTCATATAATTGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTTACATTTTTAGTTAAAA
64 AAT-GCTTTTATAATCTC--ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAA
* * * * *
2450 CAGACAATAATTAAATGTATACATT-GTAAAACGTGA-AGAAAAATG-C
124 CAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATC-T-ATA-AAAAATGCC
* * * * * * *
2496 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACATTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
* * * * * * * * **
2560 AATGGTTTCATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCCTTTTTTGTTAAGGCAGA
64 AATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTT-ATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * * * * *
2625 CTACAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTA-AGGTAGAA-GGC
128 CTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATCTATA--AAAAATGCC
* * * * * ************ *
2667 ATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTNNNNNNNNNNTTACTCACTTTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
* * * *
2732 AATAG-TTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTT-AAGT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
64 AAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACA
* *
2794 GACTATAATTGAATGTCTACCTCT-GGAAA-CGTGA-ACAAAAA-GGC
126 GACTATAATTAAATGTCTACCT-TAGGAAATC-T-ATA-AAAAATGCC
******** *
2838 ATTCATTGGCAAA-AAAAGTCTATTTATAGTCAC-C-TNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCT
1 ATTCATT-G-AAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACTCAT--TCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCT
* * * * * * ** * *
2900 TTAAAAGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTAGATTTGTTTTACATTTTTCA-TAAAACT
61 TTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACA
* *** * * * *
2964 GACTATAATTAAATGCCTGTATCAGGAAA-CGTGTAAAAAAAGTC
126 GACTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATC-TATAAAAAATGCC
* * *********** * *
3008 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 ATTCATTGA-AAGAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
* *
3073 AATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTTCTATTTTTTATTAAAACAGA
64 AATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * *
3137 TTATAATTAAATGTCAATCTTAGGAAATGTATAGAAAATGCC
128 CTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATCTATAAAAAATGCC
* * * * * *
3179 ATTCATTGCAA-AAAATCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACCTTAAA
1 ATTCATTGAAAGAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA
** ** * *
3243 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTCTAGTTAAAACAGACA
66 TGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACAGACT
* * * * *
3307 ATTATTGAATGTTTACCTTAAGAAA-CGTGAAGAAAAAAT--C
130 ATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATC-T--ATAAAAAATGCC
* * * * *
3347 ATTTATTGGTAAGAAAAGTATGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTAATACTCGCTTTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
* *
3412 AATGCTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAAAC
64 AATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGAC
** * *
3477 TATAATTAAACATCTACCTTGGGAAATCTATACAAAATGCC
129 TATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATCTATAAAAAATGCC
* *
3518 ATTCATTGAAAAGAAAATTCCATTTATAGTCACAT-ATTCCTTCAAAAGTC-TAATTACTCGCTT
1 ATTCATTG-AAAGAAAA-TCTATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTAA-TACTCGCTT
* ********** * * *
3581 TAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGTATTTTTGATTAAAACAG
62 TAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAG
* * * * *
3646 ACTATAATTGAATGCCAACCCTAGGAAA-CGTGA-AGAAAAA-GGC
127 ACTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATC-T-ATA-AAAAATGCC
** * *
3689 ATTCATTGGCAGAAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGAAAG-AAAA-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
3754 A
64 A
3755 GTTGAATTTT
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 231, Indels: 108
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 104 0.11
169 32 0.03
170 164 0.17
171 564 0.58
172 94 0.10
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTGAAAGAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA
TGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTA
TAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATCTATAAAAAATGCC
Found at i:3815 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 3609--3895 Score: 348
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 141
3599 NATAATTGAT
* * * * *
3609 TTTAAGTTGAATTATTTTGTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCAACCCTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTATTTTGTATATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCAACCCTAAGAAA
* * * * *
3674 CGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG-GCAGAAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
66 CAT-ATAAAAAAAGGCATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATATACAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
*
3737 CCTTATTACTCGC
129 CCTTACTACTCGC
** *
3750 TTTAAGTTGAATT-TTTTAAGT-TATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCCTTAAGA
1 TTTAAGTTGAATTATTTT--GTATATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCAACCCTAAGA
* * * *
3813 AACATATAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCGTATATAGTCACTCATTCCTTCCAAAG
64 AACATATAAAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATATACAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
3878 CCTTACTACTCGC
129 CCTTACTACTCGC
3891 TTTAA
1 TTTAA
3896 ATGCTTTTAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 5 0.04
141 114 0.92
142 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (141 bp):
TTTAAGTTGAATTATTTTGTATATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGCCAACCCTAAGAAA
CATATAAAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATATACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
TTACTACTCGC
Found at i:4554 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3778--6180 Score: 1674
Period size: 342 Copynumber: 7.1 Consensus size: 342
3768 AGTTATTTCA
* * * * * * * * * *
3778 TTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCCTTAAGAAACATATAAAAAAAGTCATTCATTGAG-AA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAAAAAAAATCATTTATTG-GCAA
* * * * * * **
3842 GAAAAGTCCGTATATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGCTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
********** * *
3907 ATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGACTATAATT-ACA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-A
* * * * *
3970 TGCCTTCCTTG-GAAA-AAGTATAGAAAATG-TCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCTATTTATAGT
193 TGCCTACCTTGAGAAACACGTA-AAAAAAGGCT-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
4031 CAC-CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTGTAATCTAATAATT-GATTTA
255 CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAG-TTT-
*
4094 AAATTGAATTGTTTTACATTTTTGG
318 AAATTGAATTGTTTTACATTTTTAG
* * **********
4119 TTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGANNNNNNNNNNAAAAATCATTTATTGGCAAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAAAAAAAATCATTTATTGGCAAG
* * * * * *
4184 AAAAGTCCGTTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATTATTTTATCA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAA
* * * ** * *
4249 TCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATGTTTTAATA
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
4313 CCTACCTTGGGAAACACGTAGAAAAA-GCTTTTCATTAAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
195 CCTACCTTGAGAAACACGTAAAAAAAGGCTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
********** *
4376 CATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAGTTTCAAGTT
259 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAGTTT-AAATT
4441 GAATTGTTTTACATTTTTAG
323 GAATTGTTTTACATTTTTAG
* * * *
4461 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAGAAAAAAAATCAATTA-TGGTAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AGAAAAAAAATCATTTATTGGCAA
* * * *
4525 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACCTTAAACTATTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATA
* *
4590 ATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
130 ATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
4654 GTCTCCCTCT-AGAAGCATG-AAAAAAATGG-TATTCATTGGCAAGAAACGTTCA-TTATAGTCA
194 GCCTACCT-TGAGAAACACGTAAAAAAA-GGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********** * *
4715 CCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCCT-ATAATTGAATTTAA
257 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTAATAATT-AGTTTAA
4779 ATTGAATTGTTTTTACATTTTTAG
320 ATTGAATTG-TTTTACATTTTTAG
* * * * * * * *
4803 TTAAAGCAGATAATAATTAAATGTATACCTTATGAAACAT-GAAGAAAAATACATTTATTGGCAA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAAAAAAAAT-CATTTATTGGCAA
* **********
4867 GAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAA-TAGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTAT
* * * * * ** *
4930 AATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAAT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
4995 GTCTACATCGAG-AA-ACGTGAAAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATTGTCAC
194 GCCTACCTTGAGAAACACGT-AAAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
5057 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATAATCTAATAATTAGTTTTAAGT
258 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAG-TTTAAAT
* * *
5121 TGAATTTTTTTATATTTTTGG
322 TGAATTGTTTTACATTTTTAG
*
5142 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTA-AAGAAAAAAGT-ATTTATTGGCA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAA-AAAAAA-TCATTTATTGGCA
* * *
5205 AGAAAAGTCCATTT-TATTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTAT
* *
5269 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
5334 GCCTACCTT-AGGAA-ATGTGAAATAAAAGGC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
194 GCCTACCTTGAGAAACACGT-AAA-AAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * ********** *
5396 CCCATTATTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAG
257 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTAGTTTAAA
5461 TTGAATT-TTTTACATTTTTCA-
321 TTGAATTGTTTTACATTTTT-AG
* * * * * *
5482 TTAAAAAAGACTATAATT-AA-GTACCTGCCTCAGGAAACGT-GTAAAAAAAGTCATTCATTGAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGT--CTACCTCAAGAAACGTAG-AAAAAAAATCATTTATTG-G
* ********** **
5544 -AAGAAAAGTCCATTTAT-G--ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGCTTTT
62 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT
* * * * * * * *
5605 ATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACAATAATTAA
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
5670 ATGCCTATCTTG-GAAA-ACGTATAGAAAATGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
192 ATGCCTACCTTGAGAAACACGTA-AAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * **********
5733 ATTTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAA
256 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTAGTTTAA
* * *
5798 GTTGAATTATTTTACATTTCTAG
320 ATTGAATTGTTTTACATTTTTAG
* * * * * * * * * * * *
5821 TTAAAACAAATATTAATTGAAAGTCTATCTCAAGAAACATGGAGAAAAAGTCATTTAGTGGTAAA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAAAAAAAATCATTTATTGGCAAG
*** * * * ** *
5886 AAAAGTATGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTAGAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAA
* * * ** *
5951 TCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
6015 CCTATCTT-AGGAA-ACGTATAGAAAATGCCATTCATTGAG-AAGAAAGAGT-C-TTTATAGT-A
195 CCTACCTTGAGAAACACGTA-AAAAAAGGCTATTCATTG-GCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA
* ** * * *
6074 C-C-TTCTTTC-AAAGCCTTAATTACTCGAGTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
257 CTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT-AGTTTAA
* * *
6135 GTTTAATTGTTTTATATTTTTAG
320 ATTGAATTGTTTTACATTTTTAG
*
6158 TTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATG
6181 CTTAACCTAA
Statistics
Matches: 1647, Mismatches: 350, Indels: 134
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 72 0.04
338 220 0.13
339 245 0.15
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342 442 0.27
343 25 0.02
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Consensus pattern (342 bp):
TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAAAAAAAATCATTTATTGGCAAG
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
CTACCTTGAGAAACACGTAAAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAGTTTAAATTGAA
TTGTTTTACATTTTTAG
Found at i:4707 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
3740 TATTACTCGC
* * * *
3750 TTTAAGTTGAAT-TTTTTA-AGTTATTTCA-TTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCCT-TAA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TT-TTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-A
* * * * * * *
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* * * *********
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* * * * * * *
3921 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGACTATAATT-ACATGCCTTCCT-TGGA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTCTAG-
* * * * *
3983 AAAAGT-ATAGAAAATGTCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATTTCTTCAA
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* * * *
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* * * * * *
4091 TTAAAATTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
1 TTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCTAGA
******** * * * *
4154 NNNNNNNNNNAAAAAT--CATTTATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATTGTCACTCATTCCTTCAAA
64 --AACGTGAAAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
4217 AGCCTTAATACTCGCTTTAAATTATTTTATCATCTCATAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AT
* * * * * ** * ** *
4262 TGTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATGTTTTAATACCTACCT-TGGGA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AG-
* * * * * **
4325 AACACGT-AGAAAAA--GCTTTTCATTAAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTNN
63 AA-ACGTGAAAAAAATGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
******** * * *
4386 NNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTAGT
125 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTA-T
* * * * *
4433 TTCAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAA
1 TTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAA
*** * * * *
4497 ACGTGAGAAAAAAAATCAATT-A-TGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAA
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*
4560 GCCTTATTACTCACCTTAAACT-ATTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATT-AT
*
4604 TTTCAA-TTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCTCTAGAA
1 TTT-AAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAA
* * * * * **
4668 GCATGAAAAAAATGGTATTCATTGGCAAGAAACGTTCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANN
65 ACGTGAAAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
******** * *
4732 NNNNNNNNT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGAA
130 CTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTC-ATAATT-AT
* * * * *
4774 TTTAAATTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGA-TAATAATTAAATGTATACCT-TATG
1 TTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCTA-G
* * * *
4837 AAACATGAAGAAAAAT-ACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAA
63 AAACGTGAA-AAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** *
4900 AGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTTAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAA-TTAT
* * ** * * *
4945 TTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTCTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAA
* * * *
5009 ACGTGAAAAAAA-GGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
65 ACGTGAAAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
5073 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTATAATCTAATAATTAGT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTA-T
* * *
5114 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA
** * * * *
5179 CGT-AAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-TATTCACCCATTCTTTCAAAAGC
66 CGTGAAA-AAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
5242 CTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AT
* *
5284 TTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT-TAGGAA
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAA
* * ** *
5348 ATGTGAAATAAAA-GGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTATTTCGAAAG
65 ACGTGAAA-AAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *********
5412 CCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTAT
* * *
5455 TTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAAAAGACTATAATT-AA-GTACCTGCCTC-AG
1 TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT--CTACCTCTA-
* *
5515 GAAACGTGTAAAAAAA-GTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT-G--ACTCATTCCTTCA
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********** * *
5575 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGCTTTTATAATCTCATAAATAAT
125 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-AATTAT
* * * * * * *
5622 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACAATAATTAAATGCCTATCT-TGGAAA
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* * * * *** *
5686 ACGT-ATAGAAAATGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTTATTCTTTCAAAAG
65 ACGTGA-AAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *********
5750 CCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTAT
* * * * * *
5793 TTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTCTAGTTAAAACA-AATATTAATTGAAAGTCTATCTCAAGA
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* * * * * * * *** * * *
5856 AACATGGAGAAAAA-GTCATTTAGTGGTAAAAAAAGTATGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAG
64 AACGT-GAAAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
5920 GCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTAGAATCTCATATTTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AT
* * * * *
5964 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTATCT-TAGGA
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* * *
6027 AACGT-ATAGAAAATGCCATTCATTGAG-AAGAAAGAGT-C-TTTATAGT-A-CC-TTCTTTC-A
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*
6084 AAGCCTTAATTACTCGA-GTT-AAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAAT
126 AAGCCTT-ATTACTC-ACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATT-AT
*
6130 TTTAAGTTTAAT-TGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
1 TTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
6181 CTTAACCTAA
Statistics
Matches: 1756, Mismatches: 396, Indels: 221
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 73 0.04
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168 74 0.04
169 169 0.10
170 478 0.27
171 836 0.48
172 48 0.03
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA
CGTGAAAAAAATGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAT
Done.